TY - JOUR A1 - Heidrich, Lea A1 - Pinkert, Stefan A1 - Brandl, Roland A1 - Bässler, Claus A1 - Hacker, Hermann A1 - Roth, Nicolas A1 - Busse, Annika A1 - Müller, Jörg A1 - Friess, Nicolas T1 - Noctuid and geometrid moth assemblages show divergent elevational gradients in body size and color lightness JF - Ecography N2 - Previous macroecological studies have suggested that larger and darker insects are favored in cold environments and that the importance of body size and color for the absorption of solar radiation is not limited to diurnal insects. However, whether these effects hold true for local communities and are consistent across taxonomic groups and sampling years remains unexplored. This study examined the variations in body size and color lightness of the two major families of nocturnal moths, Geometridae and Noctuidae, along an elevational gradient of 700 m in Southern Germany. An assemblage-based analysis was performed using community-weighted means and a fourth-corner analysis to test for variations in color and body size among communities as a function of elevation. This was followed by a species-level analysis to test whether species occurrence and abundance along an elevation gradient were related to these traits, after controlling for host plant availability. In both 2007 and 2016, noctuid moth assemblages became larger and darker with increasing elevation, whereas geometrids showed an opposite trend in terms of color lightness and no clear trend in body size. In single species models, the abundance of geometrids, but not of noctuids, was driven by habitat availability. In turn, the abundance of dark-colored noctuids, but not geometrids increased with elevation. While body size and color lightness affect insect physiology and the ability to cope with harsh conditions, divergent trait–environment relationships between both families underline that findings of coarse-scale studies are not necessarily transferable to finer scales. Local abundance and occurrence of noctuids are shaped by morphological traits, whereas that of geometrids are rather shaped by local habitat availability, which can modify their trait–environment-relationship. We discuss potential explanations such as taxon-specific flight characteristics and the effect of microclimatic conditions. KW - insects KW - color lightness KW - body size KW - elevation KW - habitat availability KW - flight characteristics Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-256694 VL - 44 IS - 8 ER - TY - THES A1 - Groma, Michaela T1 - Identification of a novel LysR-type transcriptional regulator in \(Staphylococcus\) \(aureus\) T1 - Identifizierung eines neuen Transkriptionsregulators vom LysR-Typ in \(Staphylococcus\) \(aureus\) N2 - Staphylococcus aureus is a facultative pathogen which causes a variety of infections. The treatment of staphylococcal infections is complicated because the bacteria is resistant to multiple common antibiotics. S. aureus is also known to express a variety of virulence factors which modulate the host’s immune response in order to colonize and invade certain host cells, leading to the host cell’s death. Among the virulence factors is a LysR-type transcriptional regulator (lttr) which is required for efficient colonization of secondary organs. In a recent report, which used transposon screening on S. aureus-infected mice, it was found that the amount of a novel lttr852 mutant bacteria recovered from the kidneys was significantly lower compared to the wildtype strains. This doctoral thesis therefore focused on phenotypical and molecular characterization of lttr852. An assessment of the S. aureus biofilm formation and the hemolysis revealed that lttr852 was not involved in the regulation of these virulence processes. RNA-sequencing for potential target genes of lttr852 identified differentially expressed genes that are involved in branched chain amino-acid biosynthesis, methionine sulfoxide reductase and copper transport, as well as a reduced transcription of genes encoding urease and of components of pyrimidine nucleotides. Promoter fusion with GFP reporters as as well as OmniLog were used to identify conditions under which the lttr852 was active. The promoter studies showed that glucose and high temperatures diminish the lttr852 promoter activity in a time-dependent manner, while micro-aerobic conditions enhanced the promoter activity. Copper was found to be a limiting factor. In addition, the impact on promoter activity of the lttr852 was tested in the presence of various regulators, but no central link to the genes involved in virulence was identified. The present work, thus, showed that lttr852, a new member of the class of LysR-type transcriptional regulators in S. aureus, has an important role in the rapid adaptation of S. aureus to the changing microenvironment of the host. N2 - Staphylococcus aureus ist ein fakultativer Erreger, der eine Vielzahl von Infektionen verursacht. Die Behandlung von Staphylokokken-Infektionen ist aufgrund des Auftretens einer Resistenz gegen mehrere gängige Antibiotika kompliziert. Es ist bekannt, dass S. aureus eine Vielzahl von Virulenzfaktoren exprimiert, um die Immunantwort des Wirts zu umgehen, und so in bestimmte Wirtszellen einzudringen und diese zu kolonisieren, was zum Tod von Wirtszellen führen kann. Unter den Virulenzfaktoren befindet sich ein Transkriptions-regulator vom LysR-Typ (lttr), der für eine effiziente Besiedlung von Sekundärorganen erforderlich ist. In einem kürzlich durchgeführten Transposon-Screen, bei dem Mäuse mit S. aureus infiziert wurden, wurde ein neuartiger lttr, der lttr852 identifiziert, bei dem aus den Nieren gewonnenen Bakterien signifikant dezimiert waren. Diese Doktorarbeit befasste sich mit der phänotypischen und molekularen Charakterisierung von lttr852. Die Auswertung der Biofilmbildung und der Hämolyse von S. aureus ergab, dass lttr852 nicht an der Regulation dieser Virulenzprozesse beteiligt war. Die RNA-Sequenzierung für potenzielle Zielgene von lttr852 identifizierte sowohl eine erhöhte Expression von Genen, die in der Aminosäuren-Biosynthese, Methionin-Sulfoxid-Reduktase und dem Kupfertransport involviert sind, als auch eine verringerte Transkription von codierenden Genen der Urease und Komponenten der Pyrimidin Nukleotide. Die Promotorfusion mit dem GFP-Reporter sowie das OmniLog System wurden verwendet, um Bedingungen zu identifizieren unter denen das lttr852 aktiv ist. Die Promotorstudien ergaben, dass die Anwesenheit von Glucose und eine erhöhte Temperatur die Promotoraktivität von lttr852 zeitabhängig herabsetzt, wobei die Aktivität durch mikroaerobe Bedingungen begünstigt wird. Kupfer wurde als limitierender Faktor identifiziert. Außerdem wurde der Einfluss diverser Regulatoren auf die transkriptionelle Regulation von lttr852 kontrolliert, jedoch keine zentrale Rolle in der Regulation von Virulenzgenen zugewiesen. Damit konnte innerhalb der vorliegenden Arbeit gezeigt werden, dass lttr852, ein neues Mitglied der Klasse der LysR-Typ Transkriptionsregulatoren in S. aureus, eine wichtige Rolle in der schnellen Adaption von S. aureus an die wechselnde Mikroumgebungen des Wirts hat. KW - Staphylococcus aureus KW - transcriptional regulation KW - metabolic adaptation KW - secondary site infection KW - LysR-type Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-246757 ER - TY - JOUR A1 - Garitano-Trojaola, Andoni A1 - Sancho, Ana A1 - Götz, Ralph A1 - Eiring, Patrick A1 - Walz, Susanne A1 - Jetani, Hardikkumar A1 - Gil-Pulido, Jesus A1 - Da Via, Matteo Claudio A1 - Teufel, Eva A1 - Rhodes, Nadine A1 - Haertle, Larissa A1 - Arellano-Viera, Estibaliz A1 - Tibes, Raoul A1 - Rosenwald, Andreas A1 - Rasche, Leo A1 - Hudecek, Michael A1 - Sauer, Markus A1 - Groll, Jürgen A1 - Einsele, Hermann A1 - Kraus, Sabrina A1 - Kortüm, Martin K. T1 - Actin cytoskeleton deregulation confers midostaurin resistance in FLT3-mutant acute myeloid leukemia JF - Communications Biology N2 - The presence of FMS-like tyrosine kinase 3-internal tandem duplication (FLT3-ITD) is one of the most frequent mutations in acute myeloid leukemia (AML) and is associated with an unfavorable prognosis. FLT3 inhibitors, such as midostaurin, are used clinically but fail to entirely eradicate FLT3-ITD+AML. This study introduces a new perspective and highlights the impact of RAC1-dependent actin cytoskeleton remodeling on resistance to midostaurin in AML. RAC1 hyperactivation leads resistance via hyperphosphorylation of the positive regulator of actin polymerization N-WASP and antiapoptotic BCL-2. RAC1/N-WASP, through ARP2/3 complex activation, increases the number of actin filaments, cell stiffness and adhesion forces to mesenchymal stromal cells (MSCs) being identified as a biomarker of resistance. Midostaurin resistance can be overcome by a combination of midostaruin, the BCL-2 inhibitor venetoclax and the RAC1 inhibitor Eht1864 in midostaurin-resistant AML cell lines and primary samples, providing the first evidence of a potential new treatment approach to eradicate FLT3-ITD+AML. Garitano-Trojaola et al. used a combination of human acute myeloid leukemia (AML) cell lines and primary samples to show that RAC1-dependent actin cytoskeleton remodeling through BCL2 family plays a key role in resistance to the FLT3 inhibitor, Midostaurin in AML. They showed that by targeting RAC1 and BCL2, Midostaurin resistance was diminished, which potentially paves the way for an innovate treatment approach for FLT3 mutant AML. KW - actin KW - acute myeloid leukaemia Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-260709 VL - 4 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Castañeda Londono, Paula Andrea A1 - Banholzer, Nicole A1 - Bannermann, Bridget A1 - Kramer, Susanne T1 - Is mRNA decapping activity of ApaH like phosphatases (ALPH’s) the reason for the loss of cytoplasmic ALPH’s in all eukaryotes but Kinetoplastida? JF - BMC Ecology and Evolution N2 - Background: ApaH like phosphatases (ALPHs) originate from the bacterial ApaH protein and are present in eukaryotes of all eukaryotic super-groups; still, only two proteins have been functionally characterised. One is ALPH1 from the Kinetoplastid Trypanosoma brucei that we recently found to be the mRNA decapping enzyme of the parasite. mRNA decapping by ALPHs is unprecedented in eukaryotes, which usually use nudix hydrolases, but the bacterial ancestor protein ApaH was recently found to decap non-conventional caps of bacterial mRNAs. These findings prompted us to explore whether mRNA decapping by ALPHs is restricted to Kinetoplastida or more widespread among eukaryotes. Results: We screened 824 eukaryotic proteomes with a newly developed Python-based algorithm for the presence of ALPHs and used the data to refine phylogenetic distribution, conserved features, additional domains and predicted intracellular localisation of ALPHs. We found that most eukaryotes have either no ALPH (500/824) or very short ALPHs, consisting almost exclusively of the catalytic domain. These ALPHs had mostly predicted non-cytoplasmic localisations, often supported by the presence of transmembrane helices and signal peptides and in two cases (one in this study) by experimental data. The only exceptions were ALPH1 homologues from Kinetoplastida, that all have unique C-terminal and mostly unique N-terminal extension, and at least the T. brucei enzyme localises to the cytoplasm. Surprisingly, despite of these non-cytoplasmic localisations, ALPHs from all eukaryotic super-groups had in vitro mRNA decapping activity. Conclusions: ALPH was present in the last common ancestor of eukaryotes, but most eukaryotes have either lost the enzyme since, or use it exclusively outside the cytoplasm in organelles in a version consisting of the catalytic domain only. While our data provide no evidence for the presence of further mRNA decapping enzymes among eukaryotic ALPHs, the broad substrate range of ALPHs that includes mRNA caps provides an explanation for the selection against the presence of a cytoplasmic ALPH protein as a mean to protect mRNAs from unregulated degradation. Kinetoplastida succeeded to exploit ALPH as their mRNA decapping enzyme, likely using the Kinetoplastida-unique N- and C-terminal extensions for regulation. KW - ApaH like phosphatase KW - ApaH KW - ALPH KW - Trypanosoma brucei KW - mRNA decapping KW - m7G cap KW - mRNA cap KW - ALPH1 KW - Kinetoplastida Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-261180 VL - 21 ER - TY - THES A1 - Mayr, Antonia Veronika T1 - Following Bees and Wasps up Mt. Kilimanjaro: From Diversity and Traits to hidden Interactions of Species T1 - Auf den Spuren von Bienen und Wespen auf den Kilimandscharo: Eine Studie über die Diversität, Merkmale und verborgenen Wechselwirkungen zwischen Arten N2 - Chapter 1 – General Introduction One of the greatest challenges of ecological research is to predict the response of ecosystems to global change; that is to changes in climate and land use. A complex question in this context is how changing environmental conditions affect ecosystem processes at different levels of communities. To shed light on this issue, I investigate drivers of biodiversity on the level of species richness, functional traits and species interactions in cavity-nesting Hymenoptera. For this purpose, I take advantage of the steep elevational gradient of Mt. Kilimanjaro that shows strong environmental changes on a relatively small spatial scale and thus, provides a good environmental scenario for investigating drivers of diversity. In this thesis, I focus on 1) drivers of species richness at different trophic levels (Chapter 2); 2) seasonal patterns in nest-building activity, life-history traits and ecological rates in three different functional groups and at different elevations (Chapter 3) and 3) changes in cuticular hydrocarbons, pollen composition and microbiomes in Lasioglossum bees caused by climatic variables (Chapter 4). Chapter 2 – Climate and food resources shape species richness and trophic interactions of cavity-nesting Hymenoptera Drivers of species richness have been subject to research for centuries. Temperature, resource availability and top-down regulation as well as the impact of land use are considered to be important factors in determining insect diversity. Yet, the relative importance of each of these factors is unknown. Using trap nests along the elevational gradient of Mt. Kilimanjaro, we tried to disentangle drivers of species richness at different trophic levels. Temperature was the major driver of species richness across trophic levels, with increasing importance of food resources at higher trophic levels in natural antagonists. Parasitism rate was both related to temperature and trophic level, indicating that the relative importance of bottom-up and top-down forces might shift with climate change. Chapter 3 – Seasonal variation in the ecology of tropical cavity-nesting Hymenoptera Natural populations fluctuate with the availability of resources, presence of natural enemies and climatic variations. But tropical mountain seasonality is not yet well investigated. We investigated seasonal patterns in nest-building activity, functional traits and ecological rates in three different insect groups at lower and higher elevations separately. Insects were caught with trap nests which were checked monthly during a 17 months period that included three dry and three rainy seasons. Insects were grouped according to their functional guilds. All groups showed strong seasonality in nest-building activity which was higher and more synchronised among groups at lower elevations. Seasonality in nest building activity of caterpillar-hunting and spider-hunting wasps was linked to climate seasonality while in bees it was strongly linked to the availability of flowers, as well as for the survival rate and sex ratio of bees. Finding adaptations to environmental seasonality might imply that further changes in climatic seasonality by climate change could have an influence on life-history traits of tropical mountain species. Chapter 4 – Cryptic species and hidden ecological interactions of halictine bees along an elevational Gradient Strong environmental gradients such as those occurring along mountain slopes are challenging for species. In this context, hidden adaptations or interactions have rarely been considered. We used bees of the genus Lasioglossum as model organisms because Lasioglossum is the only bee genus occurring with a distribution across the entire elevational gradient at Mt. Kilimanjaro. We asked if and how (a) cuticular hydrocarbons (CHC), which act as a desiccation barrier, change in composition and chain length along with changes in temperature and humidity (b), Lasioglossum bees change their pollen diet with changing resource availability, (c) gut microbiota change with pollen diet and climatic conditions, and surface microbiota change with CHC and climatic conditions, respectively, and if changes are rather influenced by turnover in Lasioglossum species along the elevational gradient. We found physiological adaptations with climate in CHC as well as changes in communities with regard to pollen diet and microbiota, which also correlated with each other. These results suggest that complex interactions and feedbacks among abiotic and biotic conditions determine the species composition in a community. Chapter 5 – General Discussion Abiotic and biotic factors drove species diversity, traits and interactions and they worked differently depending on the functional group that has been studied, and whether spatial or temporal units were considered. It is therefore likely, that in the light of global change, different species, traits and interactions will be affected differently. Furthermore, increasing land use intensity could have additional or interacting effects with climate change on biodiversity, even though the potential land-use effects at Mt. Kilimanjaro are still low and not impairing cavity-nesting Hymenoptera so far. Further studies should address species networks which might reveal more sensitive changes. For that purpose, trap nests provide a good model system to investigate effects of global change on multiple trophic levels and may also reveal direct effects of climate change on entire life-history traits when established under different microclimatic conditions. The non-uniform effects of abiotic and biotic conditions on multiple aspects of biodiversity revealed with this study also highlight that evaluating different aspects of biodiversity can give a more comprehensive picture than single observations. N2 - Kapitel 1 – Allgemeine Einführung Eine der größten Herausforderungen der ökologischen Forschung ist es, die Reaktion der Ökosysteme auf den globalen Wandel, d.h. auf Veränderungen von Klima und Landnutzung, vorherzusagen. Eine komplexe Frage in diesem Zusammenhang ist, wie sich verändernde Umweltbedingungen auf die Ökosystemprozesse auf verschiedenen Ebenen von Gemeinschaften auswirken. Um dieses Thema näher zu beleuchten, untersuche ich die Triebkräfte der Biodiversität auf der Ebene des Artenreichtums, der funktionellen Eigenschaften und der Wechselwirkungen zwischen Arten bei Hautflüglern, die in Hohlräumen nisten. Zu diesem Zweck nutze ich den steilen Höhengradienten des Kilimandscharo, der starke Umweltveränderungen auf relativ kleinem Raum mit sich bringt und somit ein gutes System für die Untersuchung von Triebkräften der biologischen Vielfalt bietet. In dieser Arbeit konzentriere ich mich auf 1) Triebkräfte des Artenreichtums auf verschiedenen trophischen Ebenen (Kapitel 2); 2) saisonale Muster in der Nestbauaktivität, lebensgeschichtliche Merkmale und ökologische Raten in drei verschiedenen funktionellen Gruppen und in verschiedenen Höhenlagen (Kapitel 3) und 3) Veränderungen in kutikulären Kohlenwasserstoffen, Pollenzusammensetzung und Mikrobiomen bei Lasioglossum Bienen, die durch klimatische Faktoren verursacht werden (Kapitel 4). Kapitel 2 – Klima und Nahrungsressourcen prägen den Artenreichtum und die trophischen Wechselwirkungen von hohlraumnistenden Hautflüglern Die Triebkräfte des Artenreichtums werden seit Jahrhunderten erforscht. Temperatur, Ressourcenverfügbarkeit und Top-Down-Regulierung sowie die Auswirkungen der Landnutzung werden als wichtige Faktoren für die Bestimmung der Insektenvielfalt angesehen. Die relative Bedeutung jedes dieser Faktoren ist jedoch unbekannt. Mit Hilfe von Nisthilfen entlang des Höhengradienten des Kilimandscharo versuchten wir, die Triebkräfte des Artenreichtums auf verschiedenen trophischen Ebenen zu enträtseln. Die Temperatur war der Hauptfaktor für den Artenreichtum auf allen trophischen Ebenen, wobei die Bedeutung der Nahrungsressourcen auf den höheren trophischen Ebenen der natürlichen Antagonisten zunahm. Die Parasitierungsrate wurde sowohl durch die Temperatur als auch durch die trophische Ebene bestimmt, was darauf hindeutet, dass sich die relative Bedeutung der Bottom-up- und Top-down-Kräfte mit dem Klimawandel verschieben könnte. Kapitel 3 – Saisonale Schwankungen in der Ökologie von tropischen hohlraumnistenden Hautflüglern Natürliche Populationen schwanken mit der Verfügbarkeit von Ressourcen, dem Vorhandensein natürlicher Feinde und klimatischen Schwankungen. Die Saisonalität ist jedoch auf tropischen Bergen noch nicht gut untersucht. Wir untersuchten saisonale Muster in der Nestbauaktivität, funktionale Merkmale und ökologische Raten bei drei verschiedenen Insektengruppen in niedrigeren und höheren Höhenlagen. Insekten wurden mit Nisthilfen gefangen, die während eines Zeitraums von 17 Monaten, der drei Trocken- und drei Regenzeiten umfasste, monatlich überprüft wurden. Die Insekten wurden nach ihren funktionalen Gilden eingeteilt. Alle Gruppen zeigten eine starke Saisonalität im Nestbau, die in niedrigeren Lagen höher war und dort zwischen den Gruppen stärker synchronisiert war. Die Saisonalität im Nestbau von Raupen- und Spinnen- jagenden Wespen war mit saisonalen Klimaschwankungen verbunden, während sie bei Bienen stark von der Verfügbarkeit von Blüten abhing, genauso wie die Überlebensrate und das Geschlechterverhältnis der Bienen von der Blütenmenge abhing. Die Anpassung an die Saisonalität der Umwelt könnte bedeuten, dass weitere Veränderungen der saisonalen Klimaschwankungen durch den Klimawandel einen Einfluss auf die lebensgeschichtlichen Merkmale tropischer Bergarten haben könnten. Kapitel 4 – Kryptische Arten und versteckte ökologische Wechselwirkungen bei Schmalbienen entlang eines Höhengradienten Starke Umweltgradienten, wie sie an Berghängen auftreten, stellen für Arten eine Herausforderung dar. Versteckte Anpassungen oder Interaktionen wurden in diesem Zusammenhang selten berücksichtigt. Als Modellorganismen haben wir Bienen der Gattung Lasioglossum verwendet, da Lasioglossum die einzige Bienengattung ist, die über den gesamten Höhengradienten am Kilimandscharo weit verbreitet ist. Wir fragten, ob und wie (a) kutikuläre Kohlenwasserstoffe (CHC), die als Barriere gegen Austrocknung wirken, sich in ihrer Zusammensetzung und Kettenlänge entlang von Temperatur- und Feuchtigkeitsänderungen verändern; (b) Lasioglossum Bienen ihre Pollennahrung mit wechselnder Ressourcenverfügbarkeit ändern; (c) Änderungen von Darm-Mikrobiota mit Pollennahrung und Klimabedingungen und Änderungen von Oberflächen-Mikrobiota mit CHC und Klimabedingungen zusammen hängen, und ob die Veränderungen eher durch den Wechsel von Lasioglossum Arten entlang des Höhengradienten beeinflusst werden. Wir fanden physiologische Anpassungen an das Klima in CHC, sowie Veränderungen in der Zusammensetzung von Pollennahrung und Mikrobiota, die auch miteinander korrelierten. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass komplexe Wechselwirkungen und Rückkopplungen zwischen abiotischen und biotischen Bedingungen die Artenzusammensetzung in einer Gemeinschaft bestimmen. Kapitel 5 – Allgemeine Diskussion Abiotische und biotische Faktoren förderten die Artenvielfalt, Eigenschaften und Wechselwirkungen von Arten und sie wirkten unterschiedlich, je nachdem, welche funktionelle Gruppe untersucht wurde und ob räumliche oder zeitliche Einheiten berücksichtigt worden sind. Es ist daher wahrscheinlich, dass im Lichte des globalen Wandels verschiedene Arten, Merkmale und Wechselwirkungen unterschiedlich betroffen sein werden. Darüber hinaus könnte eine zunehmende Landnutzungsintensität zusätzliche Auswirkungen oder Wechselwirkungen mit dem Klimawandel auf die Biodiversität haben, auch wenn die potenziellen Landnutzungseffekte am Kilimandscharo noch gering sind und bis jetzt die hohlraumnistenden Hautflüglern nicht beeinträchtigen. Weitere Studien sollten sich mit Nahrungsnetzwerken befassen, die empfindlichere Veränderungen aufzeigen könnten. Nisthilfen bieten dafür ein gutes Modellsystem, um die Auswirkungen des globalen Wandels auf mehreren trophischen Ebenen zu untersuchen, und können auch direkte Auswirkungen des Klimawandels auf ganze lebensgeschichtliche Merkmale aufzeigen, wenn sie unter verschiedenen mikroklimatischen Bedingungen etabliert werden. Die nicht einheitlichen Auswirkungen abiotischer und biotischer Bedingungen auf mehrere Aspekte der Biodiversität, die in dieser Studie gezeigt wurden, zeigen auch, dass die Untersuchung verschiedener Aspekte der Biodiversität ein umfassenderes Bild vermitteln kann als Einzelbetrachtungen. KW - land use KW - Landnutzung KW - climate change KW - bees KW - wasps KW - biodiversity KW - Klimawandel KW - Bienen KW - Wespen KW - Biodiversität Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-182922 ER - TY - JOUR A1 - Mrestani, Achmed A1 - Pauli, Martin A1 - Kollmannsberger, Philip A1 - Repp, Felix A1 - Kittel, Robert J. A1 - Eilers, Jens A1 - Doose, Sören A1 - Sauer, Markus A1 - Sirén, Anna-Leena A1 - Heckmann, Manfred A1 - Paul, Mila M. T1 - Active zone compaction correlates with presynaptic homeostatic potentiation JF - Cell Reports N2 - Neurotransmitter release is stabilized by homeostatic plasticity. Presynaptic homeostatic potentiation (PHP) operates on timescales ranging from minute- to life-long adaptations and likely involves reorganization of presynaptic active zones (AZs). At Drosophila melanogaster neuromuscular junctions, earlier work ascribed AZ enlargement by incorporating more Bruchpilot (Brp) scaffold protein a role in PHP. We use localization microscopy (direct stochastic optical reconstruction microscopy [dSTORM]) and hierarchical density-based spatial clustering of applications with noise (HDBSCAN) to study AZ plasticity during PHP at the synaptic mesoscale. We find compaction of individual AZs in acute philanthotoxin-induced and chronic genetically induced PHP but unchanged copy numbers of AZ proteins. Compaction even occurs at the level of Brp subclusters, which move toward AZ centers, and in Rab3 interacting molecule (RIM)-binding protein (RBP) subclusters. Furthermore, correlative confocal and dSTORM imaging reveals how AZ compaction in PHP translates into apparent increases in AZ area and Brp protein content, as implied earlier. KW - active zone KW - Bruchpilot KW - RIM-binding protein KW - compaction KW - homeostasis KW - presynaptic plasticity KW - super-resolution microscopy Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265497 VL - 37 IS - 1 ER - TY - INPR A1 - Hennig, Thomas A1 - Prusty, Archana B. A1 - Kaufer, Benedikt A1 - Whisnant, Adam W. A1 - Lodha, Manivel A1 - Enders, Antje A1 - Thomas, Julius A1 - Kasimir, Francesca A1 - Grothey, Arnhild A1 - Herb, Stefanie A1 - Jürges, Christopher A1 - Meister, Gunter A1 - Erhard, Florian A1 - Dölken, Lars A1 - Prusty, Bhupesh K. T1 - Selective inhibition of microRNA processing by a herpesvirus-encoded microRNA triggers virus reactivation from latency N2 - Herpesviruses have mastered host cell modulation and immune evasion to augment productive infection, life-long latency and reactivation thereof 1,2. A long appreciated, yet elusively defined relationship exists between the lytic-latent switch and viral non-coding RNAs 3,4. Here, we identify miRNA-mediated inhibition of miRNA processing as a novel cellular mechanism that human herpesvirus 6A (HHV-6A) exploits to disrupt mitochondrial architecture, evade intrinsic host defense and drive the latent-lytic switch. We demonstrate that virus-encoded miR-aU14 selectively inhibits the processing of multiple miR-30 family members by direct interaction with the respective pri-miRNA hairpin loops. Subsequent loss of miR-30 and activation of miR-30/p53/Drp1 axis triggers a profound disruption of mitochondrial architecture, which impairs induction of type I interferons and is necessary for both productive infection and virus reactivation. Ectopic expression of miR-aU14 was sufficient to trigger virus reactivation from latency thereby identifying it as a readily drugable master regulator of the herpesvirus latent-lytic switch. Our results show that miRNA-mediated inhibition of miRNA processing represents a generalized cellular mechanism that can be exploited to selectively target individual members of miRNA families. We anticipate that targeting miR-aU14 provides exciting therapeutic options for preventing herpesvirus reactivations in HHV-6-associated disorders like myalgic encephalitis/chronic fatigue syndrome (ME/CFS) and Long-COVID. KW - Herpesvirus KW - HHV-6 KW - miRNA processing KW - miR-30 KW - mitochondria KW - fusion and fission KW - type I interferon KW - latency KW - virus reactivation Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267858 UR - https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-820696/v1 ET - submitted version ER - TY - JOUR A1 - Lehenberger, Maximilian A1 - Benkert, Markus A1 - Biedermann, Peter H. W. T1 - Ethanol-Enriched Substrate Facilitates Ambrosia Beetle Fungi, but Inhibits Their Pathogens and Fungal Symbionts of Bark Beetles JF - Frontiers in Microbiology N2 - Bark beetles (sensu lato) colonize woody tissues like phloem or xylem and are associated with a broad range of micro-organisms. Specific fungi in the ascomycete orders Hypocreales, Microascales and Ophistomatales as well as the basidiomycete Russulales have been found to be of high importance for successful tree colonization and reproduction in many species. While fungal mutualisms are facultative for most phloem-colonizing bark beetles (sensu stricto), xylem-colonizing ambrosia beetles are long known to obligatorily depend on mutualistic fungi for nutrition of adults and larvae. Recently, a defensive role of fungal mutualists for their ambrosia beetle hosts was revealed: Few tested mutualists outcompeted other beetle-antagonistic fungi by their ability to produce, detoxify and metabolize ethanol, which is naturally occurring in stressed and/or dying trees that many ambrosia beetle species preferentially colonize. Here, we aim to test (i) how widespread beneficial effects of ethanol are among the independently evolved lineages of ambrosia beetle fungal mutualists and (ii) whether it is also present in common fungal symbionts of two bark beetle species (Ips typographus, Dendroctonus ponderosae) and some general fungal antagonists of bark and ambrosia beetle species. The majority of mutualistic ambrosia beetle fungi tested benefited (or at least were not harmed) by the presence of ethanol in terms of growth parameters (e.g., biomass), whereas fungal antagonists were inhibited. This confirms the competitive advantage of nutritional mutualists in the beetle’s preferred, ethanol-containing host material. Even though most bark beetle fungi are found in the same phylogenetic lineages and ancestral to the ambrosia beetle (sensu stricto) fungi, most of them were highly negatively affected by ethanol and only a nutritional mutualist of Dendroctonus ponderosae benefited, however. This suggests that ethanol tolerance is a derived trait in nutritional fungal mutualists, particularly in ambrosia beetles that show cooperative farming of their fungi. KW - ambrosia fungi KW - bark and ambrosia beetles KW - symbiont selection KW - ethanol KW - detoxification KW - Ips typographus Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-222222 SN - 1664-302X VL - 11 ER - TY - JOUR A1 - Schuster, Sarah A1 - Lisack, Jaime A1 - Subota, Ines A1 - Zimmermann, Henriette A1 - Reuter, Christian A1 - Mueller, Tobias A1 - Morriswood, Brooke A1 - Engstler, Markus T1 - Unexpected plasiticty in the life cycle of Trypanosoma brucei JF - eLife N2 - African trypanosomes cause sleeping sickness in humans and nagana in cattle. These unicellular parasites are transmitted by the bloodsucking tsetse fly. In the mammalian host’s circulation, proliferating slender stage cells differentiate into cell cycle-arrested stumpy stage cells when they reach high population densities. This stage transition is thought to fulfil two main functions: first, it auto-regulates the parasite load in the host; second, the stumpy stage is regarded as the only stage capable of successful vector transmission. Here, we show that proliferating slender stage trypanosomes express the mRNA and protein of a known stumpy stage marker, complete the complex life cycle in the fly as successfully as the stumpy stage, and require only a single parasite for productive infection. These findings suggest a reassessment of the traditional view of the trypanosome life cycle. They may also provide a solution to a long-lasting paradox, namely the successful transmission of parasites in chronic infections, despite low parasitemia. KW - trypanosoma KW - sleeping sickness KW - tsetse fly KW - transmission KW - life cycle KW - development Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-261744 VL - 10 ER - TY - THES A1 - Zachary, Marie T1 - Functional characterization of small non-coding RNAs of \(Neisseria\) \(gonorrhoeae\) T1 - Funktionelle Charakterisierung kleiner nicht-kodierender RNAs in \(Neisseria\) \(gonorrhoeae\) N2 - During infection, bacteria need to adapt to a changing environment and have to endure various stress conditions. Small non-coding RNAs are considered as important regulators of bacterial gene expression and so allow quick adaptations by altering expression of specific target genes. Regulation of gene expression in the human-restricted pathogen Neisseria gonorrhoeae, the causative agent of the sexually transmitted disease gonorrhoea, is only poorly understood. The present study aims a better understanding of gene regulation in N. gonorrhoeae by studying small non-coding RNAs. The discovery of antisense RNAs for all opa genes led to the hypothesis of asRNA-mediated degradation of out-of-frame opa transcripts. Analysis of asRNA expression revealed a very low abundance of the transcripts and inclusion of another phase-variable gene in the study indicates that the asRNAs are not involved in degradation of out-of-frame transcripts. This doctoral thesis focuses on the analysis of trans-acting sRNAs. The sibling sRNAs NgncR_162 and NgncR_163 were discovered as post-transcriptional regulators altering expression of genes involved in metabolic processes, amino acid uptake and transcriptional regulation. A more detailed analysis by in silico and transcriptomic approaches showed that the sRNAs regulate a broad variety of genes coding for proteins of central metabolism, amino acid biosynthesis and degradation and several transport processes. Expression levels of the sibling sRNAs depend on the growth phase of the bacteria and on the growth medium. This indicates that NgncR_162 and NgncR_163 are involved in the adaptation of the gonococcal metabolism to specific growth conditions. This work further initiates characterisation of the sRNA NgncR_237. An in silico analysis showed details on sequence conservation and a possible secondary structure. A combination of in silico target prediction and differential RNA sequencing resulted in the identification of several target genes involved in type IV pilus biogenesis and DNA recombination. However, it was not successful to find induction conditions for sRNA expression. Interestingly, a possible sibling sRNA could be identified that shares the target interaction sequence with NgncR_237 and could therefore target the same mRNAs. In conclusion, this thesis provides further insights in gene regulation by non-coding RNAs in N. gonorrhoeae by analysing two pairs of sibling sRNAs modulating bacterial metabolism or possibly type IV pilus biogenesis. N2 - Bakterien müssen sich während des Infektionsprozesses an eine sich veränderte Umgebung anpassen und sind dabei zahlreichen Stressfaktoren ausgesetzt. Kleine, nicht-kodierende RNAs gelten als wichtige Regulatoren der bakteriellen Genexpression und ermöglichen daher eine schnelle Anpassung durch eine Veränderung der Expression spezifischer Ziel-Gene. Die Regulation der Genexpression des Humanpathogens Neisseria gonorrhoeae, Auslöser der Geschlechtskrankheit Gonorrhö, ist bis jetzt kaum verstanden. Die vorliegende Studie soll durch die Analyse kleiner, nicht-kodierender RNAs zum besseren Verständnis der Genregulation in Gonokokken beitragen. Durch die Entdeckung von antisense-RNAs für alle opa Gene wurde die Hypothese entwickelt, dass diese für den Abbau von opa Transkripten außerhalb des Leserahmens verantwortlich sind. Eine Analyse der asRNA Expression zeigte jedoch, dass diese sehr wenig exprimiert werden und auch die Untersuchung eines anderen phasenvariablen Gens weist darauf hin, dass die asRNAs keine Bedeutung für den Abbau von Transkripten außerhalb des Leserahmens haben. Der Schwerpunkt der Doktorarbeit liegt auf der Untersuchung trans-codierter sRNAs. Die Zwillings-sRNAs NgncR_162 und NgncR_163 agieren als post-transkriptionelle Regulatoren, die die Expression von Genen verändern, die bei Stoffwechselprozessen, Aminosäureaufnahme und transkriptioneller Regulation eine Rolle spielen. Eine detailliertere Analyse durch in silico- und Transkriptom-Studien zeigte, dass die sRNAs ein großes Spektrum an Genen regulieren, die für Proteine des Zentralstoffwechsels, der Aminosäurebiosynthese und des –abbaus, sowie zahlreicher Transportprozesse kodieren. Die Expressionslevel der Zwillings-sRNAs hängen von der Wachstumsphase der Bakterien und dem Wachstumsmedium ab. Das weist darauf hin, dass NgncR_162 und NgncR_163 eine Rolle bei der Adaptation des Stoffwechsels von Gonokokken zu bestimmten Wachstumsbedingungen spielen. In dieser Arbeit wird zudem die Charakterisierung der sRNA NgncR_237 initiiert. Im Rahmen von in silico Analysen wurde die Sequenzkonservierung und mögliche Sekundärstruktur untersucht. Eine Kombination aus in silico Zielgen-Vorhersage und differentieller RNA Sequenzierung führte zur Identifizierung zahlreicher Zielgene, die in der Biogenese von Typ IV Pili und DNA Rekombination eine Rolle spielen. Allerdings konnten keine Induktionsbedingungen für die sRNA Expression gefunden werden. Interessanterweise konnte eine mögliche Zwillings-sRNA identifiziert werden, die dieselbe Targetinteraktionsdomäne wie NgncR_237 hat und somit dieselben Zielgene regulieren könnte. Zusammenfassend ermöglicht diese Arbeit neue Einblicke in die Genregulation durch nicht-kodierende RNAs in Gonokokken, indem zwei Paare Zwillings-sRNAs analysiert wurden, die den bakteriellen Stoffwechsel anpassen oder möglicherweise eine Rolle in der Typ IV Pilus Biogenese spielen. KW - Neisseria gonorrhoeae KW - Non-coding RNA KW - Genregulation KW - regulation of gene expression Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-245826 ER -