TY - JOUR A1 - Rest, Christina A1 - Mayoral, María José A1 - Fernández, Gustavo T1 - Aqueous Self-Sorting in Extended Supramolecular Aggregates JF - International Journal of Molecular Sciences N2 - Self-organization and self-sorting processes are responsible for the regulation and control of the vast majority of biological processes that eventually sustain life on our planet. Attempts to unveil the complexity of these systems have been devoted to the investigation of the binding processes between artificial molecules, complexes or aggregates within multicomponent mixtures, which has facilitated the emergence of the field of self-sorting in the last decade. Since, artificial systems involving discrete supramolecular structures, extended supramolecular aggregates or gel-phase materials in organic solvents or—to a lesser extent—in water have been investigated. In this review, we have collected diverse strategies employed in recent years to construct extended supramolecular aggregates in water upon self-sorting of small synthetic molecules. We have made particular emphasis on co-assembly processes in binary mixtures leading to supramolecular structures of remarkable complexity and the influence of different external variables such as solvent and concentration to direct recognition or discrimination processes between these species. The comprehension of such recognition phenomena will be crucial for the organization and evolution of complex matter. KW - co-aggregation KW - self-sorting KW - supramolecular chemistry KW - self-assembly Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-129435 VL - 14 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Brixner, Tobias A1 - Koch, Federico A1 - Kullmann, Martin A1 - Selig, Ulrike A1 - Nuernberger, Patrick A1 - Götz, Daniel C. G. A1 - Bringmann, Gerhard T1 - Coherent two-dimensional electronic spectroscopy in the Soret band of a chiral porphyrin dimer JF - New Journal of Physics N2 - Using coherent two-dimensional (2D) electronic spectroscopy in fully noncollinear geometry, we observe the excitonic coupling of β,β'-linked bis[tetraphenylporphyrinato-zinc(II)] on an ultrafast timescale in the excited state. The results for two states in the Soret band originating from an excitonic splitting are explained by population transfer with approximately 100 fs from the energetically higher to the lower excitonic state. This interpretation is consistent with exemplary calculations of 2D spectra for a model four-level system with coupling. KW - optics KW - quantum optics KW - laser Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-96139 ER - TY - JOUR A1 - Jansen, Nils A1 - Ohlendorf, Birgit A1 - Erhard, Arlette A1 - Bruhn, Torsten A1 - Bringmann, Gerhard A1 - Imhoff, Johannes F. T1 - Helicusin E, Isochromophilone X and Isochromophilone XI: New Chloroazaphilones Produced by the Fungus Bartalinia robillardoides Strain LF550 JF - Marine Drugs N2 - Microbial studies of the Mediterranean sponge Tethya aurantium led to the isolation of the fungus Bartalinia robillardoides strain LF550. The strain produced a number of secondary metabolites belonging to the chloroazaphilones. This is the first report on the isolation of chloroazaphilones of a fungal strain belonging to the genus Bartalinia. Besides some known compounds (helicusin A (1) and deacetylsclerotiorin (2)), three new chloroazaphilones (helicusin E (3); isochromophilone X (4) and isochromophilone XI (5)) and one new pentaketide (bartanolide (6)) were isolated. The structure elucidations were based on spectroscopic analyses. All isolated compounds revealed different biological activity spectra against a test panel of four bacteria: three fungi; two tumor cell lines and two enzymes. KW - tethya aurantium KW - marine natural product KW - azaphilone KW - pentaketide KW - bartalinia robillardoides Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-129649 VL - 11 IS - 3 ER - TY - THES A1 - Paasche, Alexander T1 - Mechanistic Insights into SARS Coronavirus Main Protease by Computational Chemistry Methods T1 - Mechanistische Einblicke in die SARS Coronavirus Hauptprotease mit computerchemischen Methoden N2 - The SARS virus is the etiological agent of the severe acute respiratory syndrome, a deadly disease that caused more than 700 causalities in 2003. One of its viral proteins, the SARS coronavirus main protease, is considered as a potential drug target and represents an important model system for other coronaviruses. Despite extensive knowledge about this enzyme, it still lacks an effective anti-viral drug. Furthermore, it possesses some unusual features related to its active-site region. This work gives atomistic insights into the SARS coronavirus main protease and tries to reveal mechanistic aspects that control catalysis and inhibition. Thereby, it applies state-of-the-art computational methods to develop models for this enzyme that are capable to reproduce and interpreting the experimental observations. The theoretical investigations are elaborated over four main fields that assess the accuracy of the used methods, and employ them to understand the function of the active-site region, the inhibition mechanism, and the ligand binding. The testing of different quantum chemical methods reveals that their performance depends partly on the employed model. This can be a gas phase description, a continuum solvent model, or a hybrid QM/MM approach. The latter represents the preferred method for the atomistic modeling of biochemical reactions. A benchmarking uncovers some serious problems for semi-empirical methods when applied in proton transfer reactions. To understand substrate cleavage and inhibition of SARS coronavirus main protease, proton transfer reactions between the Cys/His catalytic dyad are calculated. Results show that the switching between neutral and zwitterionic state plays a central role for both mechanisms. It is demonstrated that this electrostatic trigger is remarkably influenced by substrate binding. Whereas the occupation of the active-site by the substrate leads to a fostered zwitterion formation, the inhibitor binding does not mimic this effect for the employed example. The underlying reason is related to the coverage of the active-site by the ligand, which gives new implications for rational improvements of inhibitors. More detailed insights into reversible and irreversible inhibition are derived from in silico screenings for the class of Michael acceptors that follow a conjugated addition reaction. From the comparison of several substitution patterns it becomes obvious that different inhibitor warheads follow different mechanisms. Nevertheless, the initial formation of a zwitterionic catalytic dyad is found as a common precondition for all inhibition reactions. Finally, non-covalent inhibitor binding is investigated for the case of SARS coranavirus main protease in complex with the inhibitor TS174. A novel workflow is developed that includes an interplay between theory and experiment in terms of molecular dynamic simulation, tabu search, and X-ray structure refinement. The results show that inhibitor binding is possible for multiple poses and stereoisomers of TS174. N2 - Das Schwere Akute Respiratorische Syndrom (SARS) wird durch eine Infektion mit dem SARS Virus ausgelöst, dessen weltweite Verbreitung 2003 zu über 700 Todesfällen führte. Die SARS Coronavirus Hauptprotease stellt ein mögliches Wirkstoffziel zur Behandlung dar und hat Modellcharakter für andere Coronaviren. Trotz intensiver Forschung sind bis heute keine effektiven Wirkstoffe gegen SARS verfügbar. Die vorliegende Arbeit gibt Einblicke in die mechanistischen Aspekte der Enzymkatalyse und Inhibierung der SARS Coronavirus Hauptprotease. Hierzu werden moderne computerchemische Methoden angewandt, die mittels atomistischer Modelle experimentelle Ergebnisse qualitativ reproduzieren und interpretieren können. Im Zuge der durchgeführten theoretischen Arbeiten wird zunächst eine Fehlereinschätzung der Methoden durchgeführt und diese nachfolgend auf Fragestellungen zur aktiven Tasche, dem Inhibierungsmechanismus und der Ligandenbindung angewandt. Die Einschätzung der quantenchemischen Methoden zeigt, dass deren Genauigkeit teilweise von der Umgebungsbeschreibung abhängt, welche als Gasphasen, Kontinuum, oder QM/MM Modell dargestellt werden kann. Letzteres gilt als Methode der Wahl für die atomistische Modellierung biochemischer Reaktionen. Die Vergleiche zeigen für semi-empirische Methoden gravierende Probleme bei der Beschreibung von Proton-Transfer Reaktionen auf. Diese wurden für die katalytische Cys/His Dyade betrachtet, um Einblicke in Substratspaltung und Inhibierung zu erhalten. Dem Wechsel zwischen neutralem und zwitterionischem Zustand konnte hierbei eine zentrale Bedeutung für beide Prozesse zugeordnet werden. Es zeigt sich, dass dieser „electrostatic trigger“ von der Substratbindung, nicht aber von der Inhibitorbindung beeinflusst wird. Folglich beschleunigt ausschließlich die Substratbindung die Zwitterionbildung, was im Zusammenhang mit der Abschirmung der aktiven Tasche durch den Liganden steht. Dies gibt Ansatzpunkte für die Verbesserung von Inhibitoren. Aus in silico screenings werden genauere Einblicke in die reversible und irreversible Inhibierung durch Michael-Akzeptor Verbindungen gewonnen. Es wird gezeigt, dass unterschiedlichen Substitutionsmustern unterschiedliche Reaktionsmechanismen in der konjugierten Additionsreaktion zugrunde liegen. Die vorangehende Bildung eines Cys-/His+ Zwitterions ist allerdings für alle Inhibierungsmechanismen eine notwendige Voraussetzung. Letztendlich wurde die nicht-kovalente Bindung eines Inhibitors am Beispiel des TS174-SARS Coronavirus Hauptprotease Komplexes untersucht. Im Zusammenspiel von Theorie und Experiment wurde ein Prozess, bestehend aus Molekulardynamik Simulation, Tabu Search und Röntgenstruktur Verfeinerung ausgearbeitet, der eine Interpretation der Bindungssituation von TS174 ermöglicht. Im Ergebnis zeigt sich, dass der Inhibitor gleichzeitig in mehreren Orientierungen, als auch in beiden stereoisomeren Formen im Komplex vorliegt. KW - SARS KW - Inhibitor KW - Enzym KW - Computational chemistry KW - Coronaviren KW - SARS KW - Protease KW - Mechanismus KW - Inhibitor KW - Computerchemie KW - SARS KW - protease KW - mechanism KW - inhibitor KW - computational chemistry Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-79029 ER - TY - THES A1 - Gsänger, Marcel T1 - Organic Thin-Film Transistors Based on Dipolar Squaraine Dyes T1 - Organische Dünnschichttransistoren von dipolaren Squarainfarbstoffen N2 - In summary, it can be stated that the herein studied set of acceptor-substituted squaraine dyes can be seen as potent candidates for OTFTs. Furthermore, their transistor performance can be easily tuned to obtain hole mobilities up to 0.45 cm2/Vs from solution and 1.3 cm2/Vs from sublimation by choosing adequate deposition techniques. In the end, a probable structural model derived from studies of the thin-film morphology by methods such as optical spectroscopy, AFM and X-ray even facilitated the clarification of the observed charge transport behavior. N2 - Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die in dieser Arbeit untersuchten akzeptorsubstituierten Squarainfarbstoffe durchaus als leistungsfähige Kandidaten für den Einsatz in OTFT-Bauteilen angesehen werden können. Ihre Transistorleistung lässt sich durch geeignete Wahl der Abscheidungsmethode dahingehend einstellen, als dass sich Lochmobilitäten von bis zu 0.45 cm2/Vs mittels Lösungsprozessierung und von bis zu 1.3 cm2/Vs mittels Sublimation realisieren lassen. Schließlich ermöglichte die Untersuchung der Dünnfilmmorphologie mit Methoden wie der optischen Spektroskopie, Rasterkraftmikroskopie und Röntgenbeugung die Schlussfolgerung auf ein mutmaßliches Strukturmodell. KW - Organische Chemie KW - Squaraine KW - Organischer Feldeffekttransistor KW - Organic Chemistry KW - Squaraine KW - Organic Field-Effect Transistor KW - Organischer Halbleiter Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-80588 ER - TY - THES A1 - Dürrbeck, Nina T1 - Photoinduced Charge-Transfer Processes in Redox Cascades based on Triarylamine Donors and the Perchlorinated Triphenylmethyl Radical Acceptor T1 - Photoinduzierte Ladungstransferprozesse in Redox-Kaskaden basierend auf Triarylamin-Donoren und dem perchlorierten Triphenylmethyl-Radikal-Akzeptor N2 - In this work, a series of redox cascades was synthesised and investigated in view of their photophysical and electrochemical properties. The cascades are based on a perchlorinated triphenylmethyl radical acceptor and two triarylamine donors. Absorption spectra showed the presence of charge-transfer bands in the NIR range of the spectra, which pointed to the population of a charge-transfer state between a triarylamine donor and the radical acceptor. A weak to moderate emission in the NIR range of the spectra was observed for all compounds in cyclohexane. Spectroelectrochemical measurements were used to investigate the characteristic spectral features of the oxidised and reduced species of all compounds. Transient absorption spectra in the ns- and fs-time regime revealed an additional hole transfer in the cascades between the triarylamine donors, resulting in a charge-separated state. Charge-separation and -recombination processes were found to be located in the ps-time regime. N2 - Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine Reihe von Redox-Kaskaden synthetisiert und hinsichtlich ihrer spektroskopischen und elektrochemischen Eigenschaften untersucht. Die Kaskaden basieren auf einem perchlorierten Triphenylmethyl-Radikal-Akzeptor und zwei Triarylamin-Donoren. Absorptionsspektren zeigten das Vorhandensein von Ladungstransferbanden im NIR-Bereich des Spektrums, welche auf die Bevölkerung eines Ladungstransferzustands zwischen einem Triarylamin-Donor und dem perchlorierten Akzeptor hinweisen. Eine schwache bis mäßige Fluoreszenz ließ sich für alle Verbindungen in Cyclohexan im NIR-Bereich beobachten. Spektroelektrochemische Messungen kamen zur Untersuchung der oxidierten und reduzierten Spezies aller Verbindungen zum Einsatz. Transiente Absorption im ns- bis fs-Zeitbereich zeigte einen zusätzlichen Lochtransfer zwischen den Triarylaminen, welcher zur Ausbildung eines ladungsseparierten Zustands führte. Alle Ladungsseparierungs- und Rekombinationsprozesse fanden im ps-Bereich statt. KW - Ladungstransfer KW - Donator KW - Akzeptor KW - Redox-Kaskade KW - Transiente Absorption KW - charge transfer KW - redox cascade KW - acceptor KW - transient absorption KW - Donor Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-90078 ER -