TY - THES A1 - Böhm, Lena T1 - Dissecting Mechanisms of Host Colonization by C. albicans T1 - Untersuchungen zur Wirtskoloniserung durch C. albicans N2 - The human body is laden with trillions of microorganisms that belong to all three domains of life. Some species of this microbiota subsist as harmless commensals in healthy adults, but under certain circumstances, they can cause mucosal disease or even systemic, life-threatening infections. While the bacterial members of our microbiota are heavily studied today, much less attention is afforded to eukaryotic species that colonize different mucocutaneous surfaces of the human body. This dissertation focuses on identifying regulatory circuits that enable a prominent member of these eukaryotes, C. albicans, to, on the one hand, live on a specific mammalian mucosal surface as a harmless commensal and, on the other hand, proliferate as a pathogen. Since the ultimate source of many fatal Candida infections is the gastrointestinal (GI) tract of the infected individual, this organism is particularly suited to distinguishing traits essential for the gut colonization of commensal fungi and their ability to cause disease. Sequence-specific DNA-binding proteins that regulate transcription are important to most biological processes; I thus used these proteins as starting points to gain insights into 1) how a specific transcription regulator promotes virulence in C. albicans; 2) which traits C. albicans requires to inhabit the GI tract of a specific, well-defined mouse model as a harmless commensal; and 3) how three previously undescribed transcriptional regulators contribute to the commensal colonization of the digestive tract of this mouse model. Altogether, this work advances the knowledge concerning the biology of commensal fungi in the mammalian gut and genetic determinants of fungal commensalism, as well as pathogenicity. N2 - Der menschliche Körper wird von unzähligen Mikroorganismen aus allen drei Domänen des Lebens besiedelt. Einige Spezies dieser so genannten Mikrobiota leben mit gesunden Menschen als harmlose Kommensale, können jedoch unter bestimmten Umständen auch Erkrankungen der Schleimhäute oder sogar systemische, lebensbedrohliche Krankheiten verursachen. Der bakterielle Anteil unserer Mikrobiota wurde bereits ausgiebig untersucht. Sehr viel weniger Aufmerksamkeit haben bisher eukaryotische Organismen erlangt, die unterschiedliche Schleimhäute des menschlichen Körpers besiedeln. Ziel dieser Dissertation ist es regulatorische Kreisläufe zu identifizieren, die es einem prominenten eukaryotischen Mitglied unserer Mikrobiota, Candida albicans, ermöglichen auf der einen Seite eine spezielle mukokutane Oberfläche von Säugern zu besiedeln, und sich auf der anderen Seite als Pathogen zu verbreiten. Da man annimmt, dass viele bedrohliche Candida Infektionen ihren Ursprung im Gastrointestinaltrakt desselben Individuums haben, eignet sich dieser Organismus im speziellen um Eigenschaften zu identifizieren, die es kommensalen Pilzen ermöglicht den Darm zu besiedeln aber auch Krankheiten zu verursachen. Sequenz-spezifische DNA Bindeproteine, die die Transkription regulieren sind zentrale Akteure in den meisten biologischen Prozessen; aus diesem Grund verwende ich diese Proteine als Startpunkte um Einblicke in Folgendes zu erlangen: Zuerst, wie ein spezieller Transkriptionsregulator C. albicans‘ Virulenz beeinflusst. Dann welche Eigenschaften von C. albicans Voraussetzung für die Kolonisierung des Gastrointestinaltrakts eines klar definierten Mausmodells sind. Und zuletzt wie drei bisher nicht beschriebene Transkriptionsregulatoren zu der kommensale Kolonisierung des Verdauungstrakts dieses Mausmodells beitragen. Zusammenfassend trägt diese Arbeit dazu bei, das Wissen über die Biologie kommensaler Pilze im Säugertrakt und über genetische Determinanten zu erweitern, die zum Kommensalismus aber auch zur Pathogenität von Pilzen beitragen. KW - Candida albicans KW - Host Colonization KW - Microbiota KW - Pathogenicity KW - Commensalism KW - Transcription Factor Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-192303 ER - TY - THES A1 - Eckstein, Marie-Therese T1 - Exploring the biology of the fungus Candida albicans in the gut of gnotobiotic mice T1 - Untersuchung der Biologie des Hefepilzes Candida albicans im Verdauungstrakt gnotobiotischer Mäuse N2 - The human body is colonized by trillions of microbes from all three domains of life – eukaryotes, bacteria and archaea. The lower gastrointestinal tract is the most densely colonized part of the body, harbouring a diverse and dynamic community of microbes. While the importance of bacteria in this so-called microbiota is well acknowledged, the role of commensal fungi remains underexplored. The most prominent fungus of the human gastrointestinal microbiota is Candida albicans. This fungus occasionally causes life-threatening disseminated infections in individuals with debilitated immune defences. It is this “pathogenic” facet that has received the most attention from researchers in the past, leaving many aspects of its “commensal” lifestyle understudied. Using gnotobiotic mice as a model system to explore the biology of C. albicans in the mammalian gut, in this dissertation I establish the global response of the host to C. albicans monocolonization as well as the spatial distribution of the fungus in the intestine in the context of co-colonization with single gut bacterial species. The fungus elicited transcriptome changes in murine intestinal tissue, which included the activation of a reactive oxygen species-related defence mechanism and the induction of regulators of the circadian clock circuitry. Both responses have previously been described in the context of a complete bacterial microbiota. Imaging the intestine of animals monocolonized with the fungus or co-colonized with C. albicans and the gut bacteria Bacteroides thetaiotaomicron or Lactobacillus reuteri revealed that the fungus was embedded in a B. thetaiotaomicron-promoted outer mucus layer in the murine colon. The gel-like outer mucus constitutes a unique microhabitat, distinct in microbial composition from the adjacent intestinal lumen. This finding indicates that bacteria can shape the specific microhabitat occupied by the fungus in the intestine. Overall, the results described in this dissertation suggest that gnotobiotic mice constitute a valuable tool to dissect multiple aspects of the interactions among host, commensal fungi and cohabiting bacteria. N2 - Der menschliche Körper beheimatet Billionen von Mikroorganismen aus allen drei Domänen des Lebens – Eukaryoten, Bakterien und Archaeen. Der menschliche Dickdarm ist dabei das am dichtesten besiedelte Organ des Körpers. Er beherbergt eine sehr diverse und dynamische Gemeinschaft von Mikroorganismen. Während die Relevanz der so genannten Mikrobiota weitreichend anerkannt ist, wurde die Bedeutung der kommensalen Pilze bisher noch vernachlässigt. Der am häufigsten vorkommende Pilz im menschlichen Gastrointestinaltrakt ist Candida albicans. Der Hefepilz kann vor allem in Patienten mit geschwächtem Immunsystem zum Ursprung lebensbedrohlicher Krankheiten werden. Diese Pathogenität des Pilzes wurde in den letzten Jahren ausführlich beleuchtet, wohingegen die kommensalen Aspekte des Pilzes vernachlässigt wurden. In dieser Dissertation habe ich, mit Hilfe von gnotobiotischen Mausmodellen, (i) das Leben von C. albicans im Säugetierdarm untersucht, (ii) die Reaktion des Wirts auf diese Kolonisierung ermittelt, (iii) sowie das Kolonisierungsverhalten und die Interaktionen von verschiedenen Darmbakterienspezies und C. albicans erforscht. Durch die alleinige Kolonisierung des Darms mit Candida albicans konnte ich Veränderungen im Transkriptom der Darmepithelzellen nachweisen, wie etwa die Aktivierung einer reaktiven Sauerstoffspezies-vermittelten Wirtsantwort und die Induktion von mehreren Regulatoren des zirkadianen Rhythmus. Beide dieser Wirtsreaktionen wurden zuvor nur in der Anwesenheit einer bakteriellen Mikrobiota nachgewiesen. Durch die Visualisierung der Pilzzellen im Darm während der Monokolonisierung, sowie während der Kolonisierung des Darms mit dem Pilz und den Darmbakterien, Bacteroides thetaiotaomicron oder Lactobacillus reuteri, konnten wir zeigen, dass der Pilz den von B. thetaiotaomicron neu geschaffenen Lebensraum, die äußere Mukusschicht, besiedeln kann. Diese äußere gelartige Mukusschicht ist ein einzigartiger Lebensraum, welcher sich stark von der inneren, sterilen Mukusschicht unterscheidet. Diese Erkenntnisse deuten darauf hin, dass einzelne Bakterienspezies den Lebensraum des Pilzes verändern können. Zusammenfassend konnte ich feststellen, dass die gnotobiotischen Mausmodelle sich sehr gut eignen, um die unterschiedlichen Aspekte der kommensalen Kolonisierung des Darms durch C. albicans, sowie dessen Interaktionen mit dem Wirt und den anwesenden Bakterien zu untersuchen. KW - Candida albicans KW - microbiota KW - Bacteroides thetaiotaomicron KW - spatial organization KW - Lactobacillus reuteri KW - intestinal mucus KW - gastronintestinal microbiota Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-218705 ER - TY - JOUR A1 - Mottola, Austin A1 - Schwanfelder, Sonja A1 - Morschhäuser, Joachim T1 - Generation of Viable Candida albicans Mutants Lacking the "Essential" Protein Kinase Snf1 by Inducible Gene Deletion JF - mSphere N2 - The protein kinase Snf1, a member of the highly conserved AMP-activated protein kinase family, is a central regulator of metabolic adaptation. In the pathogenic yeast Candida albicans, Snf1 is considered to be essential, as previous attempts by different research groups to generate homozygous snf1 Delta mutants were unsuccessful. We aimed to elucidate why Snf1 is required for viability in C. albicans by generating snf1 Delta null mutants through forced, inducible gene deletion and observing the terminal phenotype before cell death. Unexpectedly, we found that snf1 Delta mutants were viable and could grow, albeit very slowly, on rich media containing the preferred carbon source glucose. Growth was improved when the cells were incubated at 37 degrees C instead of 30 degrees C, and this phenotype enabled us to isolate homozygous snf1 Delta mutants also by conventional, sequential deletion of both SNF1 alleles in a wild-type C. albicans strain. All snf1 Delta mutants could grow slowly on glucose but were unable to utilize alternative carbon sources. Our results show that, under optimal conditions, C. albicans can live and grow without Snf1. Furthermore, they demonstrate that inducible gene deletion is a powerful method for assessing gene essentiality in C. albicans. IMPORTANCE Essential genes are those that are indispensable for the viability and growth of an organism. Previous studies indicated that the protein kinase Snf1, a central regulator of metabolic adaptation, is essential in the pathogenic yeast Candida albicans, because no homozygous snf1 deletion mutants of C. albicans wild-type strains could be obtained by standard approaches. In order to investigate the lethal consequences of SNF1 deletion, we generated conditional mutants in which SNF1 could be deleted by forced, inducible excision from the genome. Unexpectedly, we found that snf1 null mutants were viable and could grow slowly under optimal conditions. The growth phenotypes of the snf1 Delta mutants explain why such mutants were not recovered in previous attempts. Our study demonstrates that inducible gene deletion is a powerful method for assessing gene essentiality in C. albicans. KW - Candida albicans KW - Snf1 KW - conditional mutants KW - essential genes KW - protein kinases Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-230524 VL - 5 IS - 4 ER -