TY - THES A1 - Noll, Torsten Frank T1 - Aufklärung der Biosynthese und Faltungsmodi aromatischer Polyketide in pflanzlichen Gewebekulturen, Mikroorganismen und Insekten sowie Strukturaufklärung von entsprechenden Biosynthese-Intermediaten mittels HPLC-MS, NMR und CD T1 - Elucidation of the biosynthesis and folding modes of aromatic polyketides in plant tissue cultures, microorganisms and insects as well as structural elucidation of corresponding biosynthetic intermediates by means of HPLC-MS, NMR and CD N2 - Polyketide stellen aufgrund ihrer großen strukturellen Vielfalt nach wie vor Leit- und Wirkstoffe für die Pharma- und Pflanzenschutzforschung in den Industrieländern dar und bilden außerdem eine der wichtigsten Klassen von Naturstoffen (Sekundärmetaboliten) überhaupt. Besonders die Biosynthese aromatischer Polyketide und die hierbei involvierten Enzyme, die Polyketidsynthasen (PKS), wurden von Biosyntheseforschern als hervorragendes Modellsystem zur Untersuchung von Struktur-Funktions-Beziehungen von Multienzymkomplexen erkannt. Für annelierte aromatische Polyketide existiert seit dem Jahr 2001 eine biosynthetische Klassifizierung auf Metabolitebene, das sogenannte Modus-F/S-System, mit dessen Hilfe man zwischen pro- und eukaryotischen Produzenten unterscheiden kann. Die Erforschung der detaillierten Biosynthese von aromatischen Polyketiden ist somit in mehrfacher Hinsicht ein lohnendes Ziel. In der vorliegenden Dissertation sollten die Biosynthese und die Faltungsmodi ausgewählter aromatischer Polyketide einschließlich der Charakterisierung potentieller Vorstufen in verschiedensten biologischen Systemen untersucht werden. Die dabei gewonnenen Resultate sind das Ergebnis interdisziplinärer Zusammenarbeit. N2 - Polyketides constitute one of the most important classes of natural products (secondary metabolites) because of their vast structural variety. The pharmaceutical and crop protection companies still generate a great deal of lead structures based on polyketides. In particular the biosynthesis of aromatic polyketides and the enzymes involved therein, the polyketide synthases (PKSs), have been recognized by researchers as an ideal model system for the study of structure-function relationships in multienzyme complexes. Since 2001, a classification of fused-ring aromatic polyketides at a metabolic level exists: the so-called F/S-mode-system. This method enables the experimenter to determine the biological origin (prokaryotes vs. eukaryotes) of a polyketidic natural product. Therefore, to investigate the detailed biosynthesis of aromatic polyketides is a rewarding goal in many aspects. This thesis deals with the biosynthesis and the determination of polyketide folding modes of selected fused-ring aromatic polyketides in various biological systems. In addition, the structural elucidation of potential biosynthetic intermediates has been achieved. The findings reported here arose from fruitful interdisciplinary cooperations. KW - Polyketide KW - Biosynthese KW - Strukturaufklärung KW - Polyketide KW - Biosynthese KW - Strukturaufklärung KW - PKS KW - polyketides KW - biosynthesis KW - structural elucidation KW - PKS Y1 - 2006 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-20187 ER - TY - THES A1 - Förstner, Konrad Ulrich T1 - Computational analysis of metagenomic data: delineation of compositional features and screens for desirable enzymes T1 - Computergestützte Analyse von Metagenomedate: Beschreibung von kompositionellen Eigenschaften und Suchen nach gewünschten Enzymen N2 - The topic of my doctorial research was the computational analysis of metagenomic data. A metagenome comprises the genomic information from all the microorganisms within a certain environment. The currently available metagenomic data sets cover only parts of these usually huge metagenomes due to the high technical and financial effort of such sequencing endeavors. During my thesis I developed bioinformatic tools and applied them to analyse genomic features of different metagenomic data sets and to search for enzymes of importance for biotechnology or pharmaceutical applications in those sequence collections. In these studies nine metagenomic projects (with up to 41 subsamples) were analysed. These samples originated from diverse environments like farm soil, acid mine drainage, microbial mats on whale bones, marine water, fresh water, water treatment sludges and the human gut flora. Additionally, data sets of conventionally retrieved sequence data were taken into account and compared with each other N2 - Das Thema meiner Doktorarbeit war die bioinformatische Analyse von metagenomischen Sequenzdaten. Ein Metagenom umfasst die genomische Information aller Mikroorganismen eines Biotops. Die bisher durchgeführten metagenomische Projekte sequenzierten auf Grund des technischen und finanziellen Aufwands einer solchen Unternehmung nur kleine Teile dieser im allgemeinen sehr großen Metagenome. Im Zuge meiner Doktorarbeit, die auf solchen Sequenzierungprojekten aufbaut, wurden bioinformatische Werkzeuge entwickelt und angewandt um genomische Eigenschaften verschiedener metagenomische Datensätze zu analysieren und um biotechnologisch und pharmakologisch relevante Enzyme exemplarisch in diesen Datensätzen zu suchen. In den Analysen wurden neun publizierte, metagenomische Projektedatensammlungen (teilweise mit bis zu 41 Subproben) untersucht. Die Probem stammen von zahlreichen unterschiedlichen Habitaten wie Farmerde, sauerer Minendrainage, dem mikrobiellen Belag auf Walknochen, Meerwasser, Süßwasser, Abwasseraufbereitungssschlamm und der menschlichen Darmu flora. Zusätzlich wurden in den meisten Analysen konventionell gewonnene Sequenzdaten vergleichend hinzugezogen und analysiert. KW - Bioinformatik KW - Metagenomomanalyse KW - GC-Wert KW - Enyzme KW - PKS KW - NHase KW - Nitrilase KW - Metagenomics KW - GC-value KW - enzymes KW - PKS KW - NHase KW - Nitrilase Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33577 ER -