TY  - THES
A1  - Dudaczek, Jürgen
T1  - Oktapeptide als neue Organokatalysatoren zur Hydrolyse von Phosphaten und Estern
T1  - Octapeptides as new organocatalysts for hydrolysis of phosphates and ester
N2  - Ziel der Dissertation „Oktapeptide als neue Organokatalysatoren zur Hydrolyse von Phosphaten und Estern“ war es neue Oktapeptide zu finden, die die Fähigkeit besitzen Phosphate und Ester zu Hydrolysieren. In der Natur ist bei den Katalysereaktionen die Sekundärstruktur von entscheidender Bedeutung. Aus diesem Grunde wurde im Rahmen dieser Arbeit zunächst ein Modellsystem entwickelt, mit dem gezeigt werden konnte, dass es möglich ist mit einfachen Bausteinen wie Diaminobutan und dem in der Gruppe von Schmuck entwickelten Guanidiniocarbonylpyrrol ein Molekül zu entwickeln, welches eine stabile intramolekulare Schleife in polaren Lösungsmitteln ausbildet. Aufgrund der geringen Größe des Moleküls, konnte kein β-Faltblatt gebildet werden. Dennoch konnte mit Hilfe der NMR-Spektroskopie gezeigt werden, dass in dem polaren Lösungsmittel Methanol eine stabile Schleifenbildung mit einer intramolekularen Komplexierung stattfindet. Nach erfolgreicher Synthese des oben beschriebenen Testsystems wurde als nächster Schritt eine kombinatorische Organokatalysatorbibliothek mit 625 Mitgliedern aufgebaut. Die Struktur der Peptide kann man in drei Teile untergliedern. Der erste Teil ist die feste Phase, das Amino-TentaGel, an das nacheinander die einzelnen Aminosäuren gekuppelt wurden. An Stelle der Butylgruppe als Schleifenelement wurde Aib-D-Pro als β-Turn Element eingesetzt. Den dritten Teil bilden die bei der Synthese der Oktapeptide eingesetzten Aminosäuren AA1, AA3, AA6, AA8, die ein β-Faltblatt ausbilden sollten. Die kombinatorische Synthese der Bibliothek erfolgte nach der „Split and Mix“ Methode. Zum Unterscheiden der einzelnen Mitglieder untereinander, wurde die feste Phase zusammen mit einem Radiofrequenzchip in IRORI MikroKans gegeben. Durch die unterschiedlichen Aminosäuren ist die Bibliothek für die Katalyse in polaren Lösungsmitteln wie Wasser konzipiert worden. Als exemplarische Katalysereaktionen wurden dabei zwei Hydrolysereaktionen (Phosphatspaltung und Esterspaltung) ausgesucht. Zunächst wurde für beide Reaktionen ein Screening mit unterschiedlichen Bedingungen durchgeführt. Dabei hat sich gezeigt, dass bei der Phosphatspaltung nur dann die Reaktion katalysiert wurde, wenn das künstliche Argininanalogon, welches in unserer Arbeitsgruppe synthetisiert wurde, vorhanden war. Der beste Katalysator hat die Reaktion 175-mal schneller katalysiert als die unkatalysierte Reaktion. Bei dem Screening der Esterspaltung hat sich herausgestellt, dass die Aminosäure Histidin essentiell für die katalytische Aktivität ist. Der beste Katalysator bei der Esterspaltung hat die Hydrolyse des Esters 345-mal schneller katalysiert als die unkatalysierte Reaktion. Bei beiden Reaktionen hat sich gezeigt, dass die Sequenz der Katalysatoren sehr wichtig für die Katalyse ist. So verringert z.B. bei der Esterhydrolyse der Austausch zweier Aminosäuren eine Verringerung der Aktivität von dem Faktor 294 auf den Beschleunigungsfaktor 35. Auch konnten beide Katalysereaktionen in wässrigem gepufferten Lösung durchgeführt werden. Damit ist es möglich gewesen neue Oktapeptide für die Katalyse von Phosphat- und Esterspaltung zu finden und diese erfolgreich im Screening als auch in Lösung zu untersuchen.
N2  - The main focus of the thesis “Octapeptides as new organocatalysts for hydrolysis of phosphates and esters” was to find new octapeptides with the ability to hydrolyse phosphates and esters. In nature the secondary structure is essential for catalytic reactions. For this reason a model system was developed. With simple devices like diaminobutyl and guanidiniocarbonylpyrrol developed in the group of Schmuck a molecule should be build up, which could form a stable intramolecular loop in polar solvents. Due to the small size of the molecule no β-sheet could be formed. Nevertheless it could be demonstrated with the help of the NMR spectroscopy that in the polar solvent methanol a stable loop formation with an intramolekular complexation took place. After successfully producing and testing of the above test system the next step was to synthesize a combinatorial library with 625 organocatalysts members. The structure of the peptides can be broken down into three parts. The first part is the solid phase, the amino-TentaGel. To this the amino acids where coupled. Instead of a butyl group the literature known β-turn element Aib-D-Pro was used. Third part of the octapeptides was the varying amino acids in the position AA1, AA3, AA6 and AA8. Between amino acid AA1 and AA3 and AA6 and AA8 a glycine was used. These amino acids should build a β-sheet. The combinatorial synthesis of the library took place after the “split and mix” method.[90-93] To distinguish the individual members the resin was put in the IRORI MikroKans and a radio frequency chip was added to the resin. Due to the different amino acids the members of the library were designed for use in polar solvents as water. Two hydrolysis reactions were used as exemplary catalysis reactions. For both reactions a screening followed by catalysis in solution were performed under different conditions. Thereby it was found that for the cleavage of phosphate the artificial arginine analogue is essential for the catalysis. The best found catalyst for this reaction catalysed the reaction 175-times faster than without catalyst. For the screening of ester cleavage it was found that the amino acid histidine is essential for the catalytic activity. For that it is not surprising that the best catalyst has four histidine and catalysed the reaction 345-times faster compared with the uncatalysed reaction. For both reactions it could be shown that the sequence of the amino acids is of great importance for the catalytic activity. So for example reduced the exchange of two amino acids the activity from the accelerating factor 294 to 35 for the ester cleavage. Also one aim of these thesis was to carry out the hydrolysis under aqueous conditions and this was possible. All reactions were carried out in water with buffer. So it was possible to synthesis new octapeptides which show catalytic activity for the hydrolysis of phosphates and esters and to investigate this octapeptides successfully in the screening as well as in solution.
KW  - Organokatalyse
KW  - Kombinatorische Synthese
KW  - Esterasen
KW  - Phosphatasen
KW  - Enzymkinetik
KW  - Screening
KW  - Fluoreszenz
KW  - Ultraviolettspektroskopie
KW  - organocatalysis
KW  - combinatorial chemistry
KW  - esterase
KW  - phosphatase
KW  - enzym kinetic
KW  - screening
KW  - fluorescence
KW  - UV-spectroscopy
Y1  - 2009
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-35175
ER  - 
TY  - THES
A1  - Stuhlfelder, Christiane
T1  - Reinigung, Klonierung und heterologe Expression der Methyljasmonat-Esterase aus Lycopersicon esculentum
T1  - Purification, cloning and heterologous expression of methyl jasmonate esterase from Lycopersicon esculentum
N2  - Aus Lycopersicon esculentum Zellsuspensionskulturen konnte ein bisher unbekanntes Enzym isoliert und beschrieben werden, das die Hydrolyse von Methyljasmonat (MeJA) zu Jasmonsäure (JA) katalysiert. Das Enzym wurde als Methyljasmonat-Esterase (MeJA-Esterase) bezeichnet. Mittels Methyl-[2-14C]JA und [Methyl-3H]MeJA wurden qualitative und quantitative Enzymtestsysteme etabliert, welche die Reinigung und Charakterisierung des Enzyms erlaubten. Methyljasmonat-Esterase Aktivität konnte in 18 taxonomisch unterschiedlichen Zellsuspensionskulturen höherer Pflanzen sowie in differenziertem Gewebe (Blüte, Wurzel, Stengel und Blatt) von Lycopersicon esculentum cv. Moneymaker nachgewiesen werden. In einem 6-stufigen Reinigungsverfahren wurde das native Enzym mit einer Ausbeute von 2.2 % bis zur Homogenität 767-fach angereichert. Die native MeJA-Esterase kommt nativ als monomeres 26 kDa großes Protein vor. Unter denaturierenden Bedingungen konnte ein Molekulargewicht von 28 kDa bestimmt werden. Eine Analyse mittels ESI-TOF-Massenspektrometrie ergab ein Molekulargewicht von 28547 Da. Die native MeJA-Esterase hatte ein basisches pH-Optimum von 9.0. Optimale katalytische Aktivität zeigte die MeJA-Esterase bei einer Reaktionstemperatur von 40 C. Der isoelektrische Punkt lag bei pH 4.7. Eine vollständige und irreversible Hemmung der MeJA-Esterase konnte durch 5 mM Phenylmethylsulfonylfluorid (PMSF), einem Serinprotease-Inhibitor erzielt werden. Dieses Ergebnis lieferte einen Hinweis darauf, dass die MeJA-Esterase eine katalytische Triade mit einem reaktiven Serin-Rest besitzt. N-Methylmaleimid, Iodacetamid, Bestatin, Pepstatin und Leupeptin konnten die MeJA-Esterase nicht inhibieren. Nach der Reinigung der MeJA-Esterase wurde das Protein partiell mit der Endoproteinase LysC verdaut. Mittels Sequenzierung der Spaltpeptide und N-terminaler Sequenzierung der MeJA-Esterase konnte von vier Peptiden die Sequenz bestimmt werden. Ein Datenbankvergleich (SwissProt und EMBL) dieser Peptide mit bekannten Sequenzen zeigte eine hohe Homologie (bis zu 80 %) zu verschiedenen Esterasen und α-Hydroxynitrillyasen. Die Peptide konnten somit eindeutig als Bestandteile einer Esterase identifiziert werden. Zur Identifizierung des MeJA-Esterase Gens wurden aus den Peptidsequenzen degenerierte Primer abgeleitet und zur weiteren Klonierung verwendet. Über eine Reverse Transkription mit anschließender PCR wurde ein internes cDNA-Fragment (513 bp) amplifiziert. Mittels RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) konnten das 5´-und 3´-Ende der MeJA-Esterase cDNA ermittelt werden. Die Nucleotidsequenz umfasste einen offenen Leserahmen von 786 bp. Die davon abgeleitete Aminosäuresequenz codierte ein offenes Leseraster für ein Protein von 262 Aminosäuren. Datenbankvergleiche der vollständigen Aminosäuresequenz zeigten Homologien von 33 – 47 % zu Esterasen und α-Hydroxynitrillyasen. Die Aminosäuren der katalytischen Triade, die in den homologen Proteinen hochkonserviert waren, konnten bei der MeJA-Esterase als Serin-83, Asparaginsäure-211 und Histidin-240 ermittelt werden. Diese drei Aminosäuren bilden vermutlich das katalytische Zentrum der MeJA-Esterase. Darüber hinaus konnte eine hochkonservierte Signatur, die allen Lipasen gemeinsam ist in der Aminosäuresequenz der MeJA-Esterase identifziert werden. Diese Ergebnisse erlauben eine Einordnung der MeJA-Esterase in die Superfamilie der „alpha/beta-Fold“-Hydrolasen. Untersuchungen der Primärstruktur der MeJA-Esterase legten den Schluss nahe, dass es sich um ein cytosolisches Enzym handelt. Eine Southern-Blot Analyse mit genomischer DNA aus L. esculentum wurde zur Abschätzung der Kopienzahl der zum Protein der MeJA-Esterase korresporendierenden Gene durchgeführt. Dabei wurden zwei bis sieben DNA-Abschnitte ermittelt, die mit der Volllänge-Sonde der MeJA-Esterase hybridisierten. Dieses Ergebnis lässt vermuten, dass die MeJA-Esterase zu einer Genfamilie gehört. Unklar bleibt jedoch, ob es sich um mehrere homologe Gene handelt, oder ob eine Hybridisierung der Volllänge-Sonde mit Pseudogenen erfolgte. Die heterologe Expression der MeJA-Esterase cDNA wurde erfolgreich durchgeführt. Hierdurch wurde der Beweis erbracht werden, dass die klonierte cDNA tatsächlich für das Gen der MeJA-Esterase codierte. Nach Klonierung der cDNA in den pQE70-Expressionsvektor und Transformation in kompetente E. coli (M15) konnte im Proteinrohextrakt eine spezifische Enzymaktivität von 1.64 pkat/mg detektiert werden. In einem 4-stufigen Reinigungsverfahren wurde das heterolog exprimierte Enzym mit einer Ausbeute von 0.8 % bis zur Homogenität 283-fach angereichert. Untersuchungen zur Substratspezifität zeigten, dass native und heterolog exprimierte MeJA-Esterase Methyljasmonat zu Jasmonsäure hydrolysierten. In beiden Fällen handelte es sich jedoch um kein hochspezifisches Enzym. Für die native MeJA-Esterase konnte ein KM-Wert von 14.7 ± 0.8 µM und für die heterolog exprimierte MeJA-Esterase ein KM-Wert von 24.3 ± 2.3 µM ermittelt werden.
N2  - From cell suspension cultures of Lycopersicon esculentum a so far unknown enzyme was purified, catalyzing the cleavage of methyl jasmonate to jasmonic acid. The isolated enzyme was termed as methyl jasmonate esterase (MeJA esterase). Qualitative and quantitative enzyme assays using methyl-[2-14C]jasmonic acid and [methyl-3H]methyl jasmonate as substrates were established for purification and characterization of the enzyme. Screening of 18 suspension plant cell cultures of taxonomically distant species revealed that MeJA-Esterase activity occurs in all plant species so far analyzed. MeJA esterase activity was also found in flowers, roots, stems and leaves of L. esculentum (cv. Moneymaker). MeJA esterase was purified in a six-step purification scheme. The enzyme was purified 767-fold to give a homogenous protein with a yield of 2.2 %. The native enzyme exhibited a Mr of 26 kDa (gel-filtration chromatography) which was similar to the Mr determined by SDS-PAGE (Mr of 28 kDa) and ESI-TOF MS analysis (Mr of 28547 kDa). MeJA esterase revealed a pH optimum of pH 9.0 and a temperature optimum of 40 C. Chromatofocussing of MeJA esterase gave an isoelectric point (pI) of 4.7. Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF), a serine protease inhibitor, led to irreversible and complete inhibition of MeJA esterase at a concentration of 5 mM. This result suggests that the enzyme has a catalytic triade with an active serine residue. N-Methylmaleimide, iodacetamide, bestatin, leupeptin and pepstatin did not inactivate the enzyme. Proteolysis of the purified and pure enzyme with endoproteinase LysC and subsequently sequencing revealed three peptide fragments. N-Terminal sequencing yielded an additional peptide fragment. Sequence alignment of these fragments showed high homologies (up to 80 %) to certain esterases and hydroxynitrile lyases. MeJA esterase peptides could be identified as components of an esterase. For the identification of the MeJA esterase gene degenerated primers were designed on the basis of the partial amino acid sequences obtained from the purified MeJA esterase. Degenerated primers were used for cloning. Reverse transcription followed by PCR amplified an internal cDNA fragment (513 bp). Full-length cDNA of MeJA esterase was amplified using RACE (Rapid amplification of cDNA ends). Sequencing and annealing of the 5´- and the 3´-sequence revealed an open reading frame of 789 bp encoding a 262 amino acid protein. Sequence analysis and alignment with known proteins from Genbank showed high overall-homology of 33 – 47 % to esterases and hydroxynitrile lyases. Since all the aligned proteins belong to the extremely divergent family of alpha/beta-hydrolase fold proteins it could be assumed that MeJA esterase is a member of this protein family. MeJA esterase shows the highly conserved amino acid residues forming the catalytic triad – nucleophile, acid and a histidine – represented by serine-83, aspartic acid-211 and histidine-240. Additionally a higly conserved lipase motive could be identified in the MeJA esterase amino acid sequence. Analysis of the primary structure of the enzyme makes a cytosolic location probably. Southern blot analysis of genomic cDNA from cell suspension cultures of L. esculentum was carried out to estimate gene copies of MeJA esterase. MeJA esterase coding sequence hybridized with two to seven cDNA fragments. It might be possible that MeJA esterase belongs to a gene family. It remains still unclear if there are several homologous genes or pseudogenes hybridized with the MeJA esterase sequence. To get unequivocal evidence of the identity of cloned sequence, MeJA esterase cDNA was successfully subcloned into a bacterial vector (pQE70) for heterologous expression. Crude extracts of E. coli M15 cells harbouring the pQE-MeJA esterase plasmid showed MeJA esterase activity (1.64 pkat/mg) while wild type M15 cells did not show any MeJA esterase activity. A four step purification protocol was employed to purify the enzyme to homogeneity (283-fold) with a yield of 0.8 %. Analysis of substrate specifity showed that native and heterologously expressed MeJA esterase cleaved methyl jasmonate to jasmonic acid. However MeJA esterase is not a highly specific enzyme. Enzyme kinetics of native MeJA esterase revealed a KM value of 14.7 ± 0.8 µM while heterologous expressed MeJA esterase revealed a KM value of 24.3 ± 2.3 µM. Northern blot analysis was used to determine MeJA esterase expression in different plant organs. MeJA esterase transcripts were present in all tomato plant tissues. High levels of MeJA esterase mRNA could be found in roots and flowers while low to moderate amounts where present in leafs and stems of tomato plants.
KW  - Tomate
KW  - Methylglasmonat
KW  - Esterasen
KW  - Methyljasmonat Esterase
KW  - Solanaceae
KW  - Lycopersicon esculentum
KW  - Proteinreinigung
KW  - Heterologe Expression
KW  - Methyl jasmonate esterase
KW  - Lycopersicon esculentum
KW  - Solanaceae
KW  - protein purification
KW  - heterologous expression
Y1  - 2004
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-8433
ER  -