TY - THES A1 - Engelmann, Julia Cathérine T1 - DNA microarrays: applications and novel approaches for analysis and interpretation T1 - DNA Mikroarrays: Anwendungen und neue Ansätze für die Analyse und Interpretation N2 - In der vorliegenden Dissertation wird die Entwicklung eines phylogenetischen DNA Microarrays, die Analyse von mehreren Microarray-Genexpressionsdatensätzen und neue Ansätze für die Datenanalyse und Interpretation der Ergebnisse vorgestellt. Die Entwicklung und Analyse der Daten eines phylogenetischen DNA Microarrays wird in der ersten Publikation dargestellt. Ich konnte zeigen, dass die Spezies-Detektion mit phylogenetischen Microarrays durch die Datenanalyse mit einem linearen Regressionsansatz signifikant verbessert werden kann. Standard-Methoden haben bislang nur Signalintensitäten betrachtet und eine Spezies als an- oder abwesend bezeichnet, wenn die Signalintensität ihres Messpunktes oberhalb eines willkürlich gesetzten Schwellenwertes lag. Dieses Verfahren ist allerdings aufgrund von Kreuz-Hybridisierungen nicht auf sehr nah verwandte Spezies mit hoher Sequenzidentität anwendbar. Durch die Modellierung des Hybridisierungs und Kreuz-Hybridisierungsverhaltens mit einem linearen Regressionsmodell konnte ich zeigen, dass Spezies mit einer Sequenzähnlichkeit von 97% im Markergen immer noch unterschieden werden können. Ein weiterer Vorteil der Modellierung ist, dass auch Mischungen verschiedener Spezies zuverlässig vorhergesagt werden können. Theoretisch sind auch quantitative Vorhersagen mit diesem Modell möglich. Um die großen Datenmengen, die in öffentlichen Microarray-Datenbanken abgelegt sind besser nutzen zu können, bieten sich Meta-Analysen an. In der zweiten Publikation wird eine explorative Meta-Analyse auf Arabidopsis thaliana-Datensätzen vorgestellt. Mit der Analyse verschiedener Datensätze, die den Einfluss von Pflanzenhormonen, Pathogenen oder verschiedenen Mutationen auf die Genexpression untersucht haben, konnten die Datensätze anhand ihrer Genexpressionsprofile in drei große Gruppen eingeordnet werden: Experimente mit Indol-3-Essigsäure (IAA), mit Pathogenen und andere Experimente. Gene, die charakteristisch für die Gruppe der IAA-Datensätze beziehungsweise für die Gruppe der Pathogen-Datensätze sind, wurden näher betrachtet. Diese Gene hatten Funktionen, die bereits mit Pathogenbefall bzw. dem Einfluss von IAA in Verbindung gebracht wurden. Außerdem wurden Hypothesen über die Funktionen von bislang nicht annotierten Genen aufgestellt. In dieser Arbeit werden auch Primäranalysen von einzelnen Arabidopsis thaliana Genexpressions-Datensätzen vorgestellt. In der dritten Publikation wird ein Experiment beschrieben, das durchgeführt wurde um herauszufinden ob Mikrowellen-Strahlung einen Einfluss auf die Genexpression einer Zellkultur hat. Dazu wurden explorative Analysemethoden angewendet. Es wurden geringe aber signifikante Veränderungen in einer sehr kleinen Anzahl von Genen beobachtet, die experimentell bestätigt werden konnten. Die Funktionen der regulierten Gene und eine Meta-Analyse mit öffentlich zugänglichen Datensätzen einer Datenbank deuten darauf hin, dass die pflanzliche Zellkultur die Strahlung als eine Art Energiequelle ähnlich dem Licht wahrnimmt. Des weiteren wird in der vierten Publikation die funktionelle Analyse eines Arabidopsis thaliana Genexpressionsdatensatzes beschrieben. Die Analyse der Genexpressions eines pflanzlichen Tumores zeigte, dass er seinen Stoffwechsel von aerob und auxotroph auf anaerob und heterotroph umstellt. Gene der Photosynthese werden im Tumorgewebe reprimiert, Gene des Aminosäure- und Fettstoffwechsels, der Zellwand und Transportkanäle werden so reguliert, dass Wachstum und Entwicklung des Tumors gefördert werden. In der fünften Publikation in dieser Arbeit wird GEPAT (Genome Expression Pathway Analysis Tool) beschrieben. Es besteht aus einer Internet- Anwendung und einer Datenbank, die das einfache Hochladen von Datensätzen in die Datenbank und viele Möglichkeiten der Datenanalyse und die Integration anderer Datentypen erlaubt. In den folgenden zwei Publikationen (Publikation 6 und Publikation 7) wird GEPAT auf humane Microarray-Datensätze angewendet um Genexpressionsdaten mit weiteren Datentypen zu verknüpfen. Genexpressionsdaten und Daten aus vergleichender Genom-Hybridisierung (CGH) von primären Tumoren von 71 Mantel-Zell-Lymphom (MCL) Patienten ermöglichte die Ermittlung eines Prädiktors, der die Vorhersage der Überlebensdauer von Patienten gegenüber herkömmlichen Methoden verbessert. Die Analyse der CGH Daten zeigte, dass auch diese für die Vorhersage der Überlebensdauer geeignet sind. Für den Datensatz von Patienten mit großzellig diffusem B-Zell-Lymphom DLBCL konnte aus den Genexpressionsdaten ebenfalls ein neuer Prädiktor vorgeschlagen werden. Mit den zwischen lang und kurz überlebenden Patienten differentiell exprimierten Genen der MCL Patienten und mit den Genen, die zwischen den beiden Untergruppen von DLBCL reguliert sind, wurden Interaktionsnetzwerke gebildet. Diese zeigen, dass bei beiden Krebstypen Gene des Zellzyklus und der Proliferation zwischen Patienten mit kurzer und langer Überlebensdauer unterschiedlich reguliert sind. N2 - In this thesis, the development of a phylogenetic DNA microarray, the analysis of several gene expression microarray datasets and new approaches for improved data analysis and interpretation are described. In the first publication, the development and analysis of a phylogenetic microarray is presented. I could show that species detection with phylogenetic DNA microarrays can be significantly improved when the microarray data is analyzed with a linear regression modeling approach. Standard methods have so far relied on pure signal intensities of the array spots and a simple cutoff criterion was applied to call a species present or absent. This procedure is not applicable to very closely related species with high sequence similarity because cross-hybridization of non-target DNA renders species detection impossible based on signal intensities alone. By modeling hybridization and cross-hybridization with linear regression, as I have presented in this thesis, even species with a sequence similarity of 97% in the marker gene can be detected and distinguished from related species. Another advantage of the modeling approach over existing methods is that the model also performs well on mixtures of different species. In principle, also quantitative predictions can be made. To make better use of the large amounts of microarray data stored in public databases, meta-analysis approaches need to be developed. In the second publication, an explorative meta-analysis exemplified on Arabidopsis thaliana gene expression datasets is presented. Integrating datasets studying effects such as the influence of plant hormones, pathogens and different mutations on gene expression levels, clusters of similarly treated datasets could be found. From the clusters of pathogen-treated and indole-3-acetic acid (IAA) treated datasets, representative genes were selected which pointed to functions which had been associated with pathogen attack or IAA effects previously. Additionally, hypotheses about the functions of so far uncharacterized genes could be set up. Thus, this kind of meta-analysis could be used to propose gene functions and their regulation under different conditions. In this work, also primary data analysis of Arabidopsis thaliana datasets is presented. In the third publication, an experiment which was conducted to find out if microwave irradiation has an effect on the gene expression of a plant cell culture is described. During the first steps, the data analysis was carried out blinded and exploratory analysis methods were applied to find out if the irradiation had an effect on gene expression of plant cells. Small but statistically significant changes in a few genes were found and could be experimentally confirmed. From the functions of the regulated genes and a meta-analysis with publicly available microarray data, it could be suspected that the plant cell culture somehow perceived the irradiation as energy, similar to perceiving light rays. The fourth publication describes the functional analysis of another Arabidopsis thaliana gene expression dataset. The gene expression data of the plant tumor dataset pointed to a switch from a mainly aerobic, auxotrophic to an anaerobic and heterotrophic metabolism in the plant tumor. Genes involved in photosynthesis were found to be repressed in tumors; genes of amino acid and lipid metabolism, cell wall and solute transporters were regulated in a way that sustains tumor growth and development. Furthermore, in the fifth publication, GEPAT (Genome Expression Pathway Analysis Tool), a tool for the analysis and integration of microarray data with other data types, is described. It consists of a web application and database which allows comfortable data upload and data analysis. In later chapters of this thesis (publication 6 and publication 7), GEPAT is used to analyze human microarray datasets and to integrate results from gene expression analysis with other datatypes. Gene expression and comparative genomic hybridization data from 71 Mantle Cell Lymphoma (MCL) patients was analyzed and allowed proposing a seven gene predictor which facilitates survival predictions for patients compared to existing predictors. In this study, it was shown that CGH data can be used for survival predictions. For the dataset of Diffuse Large B-cell lymphoma (DLBCL) patients, an improved survival predictor could be found based on the gene expression data. From the genes differentially expressed between long and short surviving MCL patients as well as for regulated genes of DLBCL patients, interaction networks could be set up. They point to differences in regulation for cell cycle and proliferation genes between patients with good and bad prognosis. KW - Microarray KW - Differentielle Genexpression KW - Genexpression KW - Statistische Analyse KW - Cluster-Analyse KW - Datenanalyse KW - Explorative Datenanalyse KW - Non-Hodgkin-Lymphom KW - B-Zell-Lymphom KW - Metabolom KW - Tumorklassifikation KW - Tumor KW - Krebs KW - Schmalwa KW - phylogenetische Arrays KW - Interaktionsnetzwerke KW - lineare Regression KW - DNA microarray KW - gene expression KW - statistical analysis KW - clustering KW - classification KW - interaction networks Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29747 ER - TY - THES A1 - Hennig, Gabriele T1 - Die suprakondyläre Humerusfraktur im Kindesalter T1 - Supracondylar humerus fracture in childhood N2 - Knöcherne Verletzungen am Ellenbogen stehen bei Kindern und Jugendlichen nach Unterarm-, Unterschenkel- und Schlüsselbeinbrüchen an vierter Stelle. Von diesen ist die suprakondyläre Humerusfraktur mit ca. 60 Prozent (50 Prozent - 70 Prozent) die häufigste Fraktur. Bedeutend ist sie, weil es sich um eine gelenknahe Fraktur handelt, deren exakte Reposition und Fixation schwierig ist und Wachstumsfugen nicht tangiert werden dürfen. Es treten auch relativ häufig Nerven- und Gefäßläsionen, Gelenkfehlstellungen und Bewegungseinschränkungen sowie der Cubitus varus auf, die immer wieder erneut Anlaß zu Diskussionen über neue, verbesserte Therapiemaßnahmen geben. Das Bestreben, Komplikationen zu vermindern, hat in der Vergangenheit zu einer Vielzahl von Therapiemaßnahmen geführt. Erst 1998 einigte sich die Arbeitsgemeinschaft Kindertraumatologie der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie auf eine einheitliche Klassifikation der Frakturen, die im Vergleich zu den früher gebräuchlichen Klassifikationen, die Rotationsstellung, den wichtigsten Grund für die Entstehung für Fehlstellungen, mit berücksichtigt. Es wurden auch, nach der Auswertung einer retrospektiven deutschlandweiten Sammelstudie, Therapieempfehlungen nach Dislokations- und Rotationsgrad der neuen Klassifikation herausgegeben. Leider konnte man sich immer noch nicht auf einheitliche Bewertungskriterien einigen. In der Universitätsklinik Würzburg wurde bereits in den Jahren 1986 bis 1996 im weitesten Sinne nach diesen Richtlinien therapiert, da man frühzeitig die Bedeutung des Rotationsfehlers erkannt hatte. Im Allgemeinen Teil wird auf die speziellen Grundlagen eingegangen, die Besonderheiten der Ellenbogenregion und des wachsenden Skeletts erläutert, um das Entstehen der verschiedenen Komplikationen zu verdeutlichen. Der Spezielle Teil stellt die Auswertung der nachuntersuchten 80 von 136 Patienten, die von 1986 bis 1996 in der kinderchirurgischen Abteilung der Universität Würzburg behandelt wurden, von den allgemeinen Daten über die Klassifikationen, Therapiemethoden und Komplikationen detailliert dar. An Behandlungsmethoden kamen zwei konservative (Blount und Gips), die perkutane gekreuzte Kirschner-Draht-Osteosynsthese und die offene Reposition als Therapiemethoden zum Einsatz. Die perkutane Kirschner-Draht-Osteosynthese erzielte mit 94 Prozent Ideale und Gute Ergebnisse in der Bewertung nach Morger. Bei den konservativen Therapien wurden 80 Prozent mit ideal und gut bewertet. Das Ergebnis der offenen Repositionen lag mit 83 Prozent auch noch weit über dem deutschlandweiten Durchschnitt von 56 Prozent der Idealen Ergebnissen. Die größere Anzahl an schwierigen Fällen führten auch zu dem Auftreten einer relativ hohen Anzahl primärer Komplikationen wie Nerven- (22,5 Prozent) und Gefäßläsionen (5 Prozent), die jedoch fast alle innerhalb kurzer Zeit folgenlos ausheilten. In unserem Patientengut hatten fünf Patienten (6,25 Prozent) einen Cubitus varus. Schwerwiegende Komplikationen wie die Volkmann´sche Kontraktur traten nicht auf. In der Diskussion werden die eigenen Ergebnisse in Bezug zur deutschland-weiten Sammelstudie, zu Vorgängerarbeiten (Fälle von 1975 – 1985 und 1964 – 1974) und weiteren aktuellen Veröffentlichungen gebracht. N2 - Fractures of the elbow among children and adolescents take fourth position after fractures of the forearm, lower leg and collarbone. At around 60 per cent (50 per cent - 70 per cent) of all elbow fractures supracondylar fractures are the most common. This kind of fracture is significant as exact reposition and fixation is difficult without injuring the growth joints. It is relatively often also associated with injury to the nerves and vessels, defective joint positions as well as loss of movement or cubitus varus, something which repeatedly renews the debate about new improved therapy methods. Efforts in the past to minimise complications have resulted in a large number of therapies. It was only in 1998 that the Arbeitsgemeinschaft Kindertraumatologie der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie (Association of Paediatric Traumatology of the German Society for Accident Surgery) agreed on a standardised classification of fractures which, compared with previous classifications, also took rotation into consideration, the main reason for the occurrence of defective positions. Following the analysis of a retrospective collective study performed throughout Germany, therapy recommendations were also issued according to the degree of dislocation and rotation of the new classification. Unfortunately it has still not been possible to agree on uniform criteria for evaluation. Between 1986 and 1996 treatment was already carried out at the University Hospital of Würzburg in general terms according to these guidelines as the significance of the rotation defect had been recognised early on. The general section considers the specific principles, the special features of the elbow region and the growing bone to clarify how the various complications come about. The second section provides a detailed evaluation for 80 of 136 patients who attended the paediatric surgery department of the University of Würzburg for treatment between 1986 and 1996, ranging from general data through classifications, therapy methods to complications. This involved the use of two conservative treatment methods (Blount and plaster), percutaneous crossed Kirschner's wire osteosynthesis and open reposition. In 94 per cent of cases ideal and good results were seen for percutaneous Kirschner's wire osteosynthesis in Morger's evaluation. The conservative therapies were awarded the ratings ideal and good in 80 per cent of cases. At 83 per cent the result for open reposition was also well above the German average of 56 per cent for ideal results. The large number of difficult cases also resulted in a relatively high level of primary complications such as injury to nerves (22.5 per cent) and vessels (5 per cent), which nonetheless healed with no further consequences in virtually all cases. Among our patient population five patients (6.25 per cent) experienced cubitus varus. Serious complications such as Volkmann's contracture did not occur. In the discussion our own results are compared with a collective study performed throughout Germany, previous results obtained at our clinic (cases between 1975 – 1985 and 1964 – 1974) as well as other up-to-date publications. KW - Suprakondyläre Humerus Fraktur KW - Ellenbogen KW - Kind KW - Retrospektive Studie KW - Behandlungsmethoden KW - Klassifikation KW - Komplikationen KW - Nachuntersuchung KW - supracondylar humerus fracture KW - ellbow KW - childhood KW - retrospective study KW - treatment KW - classification KW - complications KW - follow-up KW - outcome Y1 - 2001 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-1181873 ER - TY - THES A1 - Kieslich, Christian T1 - Numerische Chromosomen-Aberrationen im Carcinoma ductale in situ der Mamma unter besonderer Berücksichtigung neuerer Klassifikationen T1 - Numerical chromosomal aberrations in ductal carcinoma in situ of the female breast considering new classification systems N2 - Das duktale Carcinoma in situ (DCIS) der Mamma stellt eine Neoplasie mit sowohl heterogener Morphologie als auch variierendem biologischen Verhaltens dar. Dies führte in der Vergangenheit zur Etablierung zahlreicher pathohistologischer Klassifikationssysteme mit dem Ziel, das Risiko einer malignen Transformation in ein invasives Carcinom und die Wahrscheinlichkeit eines Lokalrezidivs nach Tumorektomie anhand histologischer Kriterien abzuschätzen. Zur Untersuchung solcher Klassifikationsparameter auf ihre Wichtigkeit sollte der genetische Hintergrund am Beispiel der chromosomalen Trisomie untersucht werden und mit diesen korreliert werden. Die Ergebnisse einer DNA-in situ-Hybridisierung an Paraffin-Material mit spezifischen Proben für die Chromosomen 1, 7, 8 und 18 zeigen, daß Trisomien in dieser Neoplasie ein häufiges Ereignis darstellen (56 Prozent aller Fälle) und daß diese mit den histologischen Parametern der Nekrose und einem hohen Kernatypiegrad korrelieren. Dieser Befund wird durch die Tatsache untermauert, daß solche Beziehungen sogar im gleichen Tumor gefunden werden, wenn dieser eine heterogene Morphologie aufwies. So läßt sich die große Bedeutung der Klassifikationsparameter Nekrose und Kern-Atypie auch durch die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit unterstreichen. Eine Trisomie des Chromosoms 18 konnte nur in Fällen von einer Koinzidenz mit mikroinvasiven Herden detektiert werden. Dies deckt sich mit sämtlichen Angaben der Literatur, bei denen eine Trisomie 18 nie bei streng intraduktalem DCIS, sondern nur bei mikroinvasiven oder invasiven Mamma-Karzinomen gefunden wurde. Folglich wäre es wichtig, mit weiteren Untersuchungen die Bedeutung dieser Aberration im Invasionsgeschehen und in der Diagnosestellung einer Mikroinvasion des DCIS zu analysieren. N2 - Ductal carcinomata in situ (DCIS) of the female breast are heterogeneous in respect to their morphology and biology. Due to the local transition of some DCIS into invasive carcinoma, DCIS provides a suitable model to correlate morphologic features with genetic events underlying this malignant transformation. A possible relationship between histological and biological classification parameters of DCIS and the incidence of numerical chromosomal aberrations has been analyzed. Paraffin sections were investigated by in-situ-hybridization using specific DNA probes for chromosome 1,7, 8 and 18. Aneusomy was present in 56 per cent of DCIS and absent in the normal breast tissues. No correlation between aneusomy and growth pattern (comedo, clinging, cribriform, papillary, apocrine or intracystic) was observed. However, aneusomy was significantly associated with high nuclear grade, the presence of comedo-necrosis and microinvasion. Aneusomy 18 occured exclusively in 3 of 5 cases with microinvasive carcinoma and only in combination with trisomy 1, 7 and 8. This may argue for an involvement of aneusomy 18 in the transition from benign to malignant breast neoplasm. In new classification systems of DCIS the histological parameters necrosis and high nuclear grade were favored because of their clinical relevance. The present data support these findings as were able to link these histological parameters with cytogenetic events. KW - DCIS KW - Trisomie KW - in-situ-Hybridisierung KW - Klassifikation KW - Pathohistologie KW - Brustkrebs KW - DCIS KW - trisomy KW - aneusomy KW - in-situ-hybridization KW - classification KW - pathohistology KW - breast cancer Y1 - 2000 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-1180443 ER - TY - THES A1 - Wilde, Sabrina T1 - Einsatz von mechanistischen Biomarkern zur Charakterisierung und Bewertung von \(in\) \(vitro\) Genotoxinen T1 - Use of mechanistic biomarkers for the characterization and evaluation of \(in\) \(vitro\) genotoxins N2 - Die verfügbaren in vitro Genotoxizitätstests weisen hinsichtlich ihrer Spezifität und ihres Informationsgehalts zum vorliegenden Wirkmechanismus (Mode of Action, MoA) Einschränkungen auf. Um diese Mängel zu überwinden, wurden in dieser Arbeit zwei Ziele verfolgt, die zu der Entwicklung und Etablierung neuer in vitro Methoden zur Prüfung auf Genotoxizität in der Arzneimittelentwicklung beitragen. 1. Etablierung und Bewertung einer neuen in vitro Genotoxizitätsmethode (MultiFlow Methode) Die MultiFlow Methode basiert auf DNA-schadensassoziierten Proteinantworten von γH2AX (DNA-Doppelstrangbrüche), phosphorylierten H3 (S10) (mitotische Zellen), nukleären Protein p53 (Genotoxizität) und cleaved PARP1 (Apoptose) in TK6-Zellen. Insgesamt wurden 31 Modellsubstanzen mit dem MultiFlow Assay und ergänzend mit dem etablierten Mikrokerntest (MicroFlow MNT), auf ihre Fähigkeit verschiedene MoA-Gruppen (Aneugene/Klastogene/Nicht-Genotoxine) zu differenzieren, untersucht. Die Performance der „neuen“ gegenüber der „alten“ Methode führte zu einer verbesserten Sensitivität von 95% gegenüber 90%, Spezifität von 90% gegenüber 72% und einer MoA-Klassifizierungsrate von 85% gegenüber 45% (Aneugen vs. Klastogen). 2. Identifizierung mechanistischer Biomarker zur Klassifizierung genotoxischer Substanzen Die Analyse 67 ausgewählter DNA-schadensassoziierter Gene in der QuantiGene Plex Methode zeigte, dass mehrere Gene gleichzeitig zur MoA-Klassifizierung beitragen können. Die Kombination der höchstrangierten Marker BIK, KIF20A, TP53I3, DDB2 und OGG1 ermöglichte die beste Identifizierungsrate der Modellsubstanzen. Das synergetische Modell kategorisierte 16 von 16 Substanzen korrekt in Aneugene, Klastogene und Nicht-Genotoxine. Unter Verwendung der Leave-One-Out-Kreuzvalidierung wurde das Modell evaluiert und erreichte eine Sensitivität, Spezifität und Prädiktivität von 86%, 83% und 85%. Ergebnisse der traditionellen qPCR Methode zeigten, dass Genotoxizität mit TP53I3, Klastogenität mit ATR und RAD17 und oxidativer Stress mit NFE2L2 detektiert werden kann. Durch die Untersuchungen von posttranslationalen Modifikationen unter Verwendung der High-Content-Imaging-Technologie wurden mechanistische Assoziationen für BubR1 (S670) und pH3 (S28) mit Aneugenität, 53BP1 (S1778) und FANCD2 (S1404) mit Klastogenität, p53 (K373) mit Genotoxizität und Nrf2 (S40) mit oxidativem Stress identifiziert. Diese Arbeit zeigt, dass (Geno)toxine unterschiedliche Gen- und Proteinveränderungen in TK6-Zellen induzieren, die zur Erfassung mechanistischer Aktivitäten und Einteilung (geno)toxischer MoA-Gruppen (Aneugen/Klastogen/ Reaktive Sauerstoffspezies) eingesetzt werden können und daher eine bessere Risikobewertung von Wirkstoffkandidaten ermöglichen. N2 - Available in vitro genotoxicity tests have limitations regarding their specificity and mode of action (MoA) information. To overcome these shortages, two objectives were pursued in this work to develop and establish new in vitro tools for genotoxicity testing. 1. Establishment and evaluation of a novel in vitro genotoxicity method (MultiFlow method) The MultiFlow method is based on DNA damage-related protein responses of γH2AX (DNA double-strand breaks), phosphorylated H3 (S10) (mitotic cells), nuclear protein p53 (genotoxicity) and cleaved PARP1 (apoptosis) in TK6 cells. In total, 31 model substances were studied flow cytometrically in the MultiFlow assay - and also with the well-established micronucleus test (MicroFlow MNT) - for their ability to classify across MoA groups: aneugens, clastogens and non-genotoxicants. The performance of the new method resulted in an improved sensitivity of 95% to 90%, specificity of 90% to 72% and a MoA classification rate of 85% to 45% (aneugen vs. clastogen). 2. Identification of mechanistic biomarkers for the characterization of genotoxicants The analysis of 67 selected DNA-damage associated genes using the QuantiGene Plex method showed that a combinaten of genes can contribute to MoA classification. The combination of the highest-ranked markers (BIK, KIF20A, TP53I3, DDB2 and OGG1) highlighted the best identification rate of model substances. The synergistic statistic tool correctly categorized 16 of 16 substances into aneugens, clastogens and non-genotoxicants. By using leave-one out cross validation, the model was evaluated and achieved a sensitivity, specificity and predictivity of 86%, 83%, 85% respectively. Follow-up with qPCR was conducted and revealed associations with TP53I3 for genotoxicity, ATR and RAD17 for clastogenicity and NFE2L2 for oxidative stress. By investigating posttranslational modifications using high-content imaging, associations for BubR1 (S670) and pH3 (S28) with aneugenicity, 53BP1 (S1778) and FANCD2 (S1404) with clastogenicity, p53 (K373) with genotoxicity and Nrf2 (S40) with oxidative stress were found to be further useful for MoA identification. This work demonstrates that genotoxicants and non-genotoxicants induce different gene- and protein expression changes in the TK6 cells that can be used to classify the MoA groups (aneugen/clastogen/non-genotoxicant/reactive oxygen species), thus enabling better risk assessment of potential drug candidates. KW - Genotoxizität KW - Genotoxicitiy KW - Klastogene KW - Aneugene KW - Biomarker KW - Klassifizierung KW - clastogens KW - aneugens KW - biomarker KW - classification Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-182782 ER -