TY - JOUR A1 - Wolter, Patrick A1 - Hanselmann, Steffen A1 - Pattschull, Grit A1 - Schruf, Eva A1 - Gaubatz, Stefan T1 - Central spindle proteins and mitotic kinesins are direct transcriptional targets of MuvB, B-MYB and FOXM1 in breast cancer cell lines and are potential targets for therapy JF - Oncotarget N2 - The MuvB multiprotein complex, together with B-MYB and FOXM1 (MMB-FOXM1), plays an essential role in cell cycle progression by regulating the transcription of genes required for mitosis and cytokinesis. In many tumors, B-MYB and FOXM1 are overexpressed as part of the proliferation signature. However, the transcriptional targets that are important for oncogenesis have not been identified. Given that mitotic kinesins are highly expressed in cancer cells and that selected kinesins have been reported as target genes of MMB-FOXM1, we sought to determine which mitotic kinesins are directly regulated by MMB-FOXM1. We demonstrate that six mitotic kinesins and two microtubule-associated non-motor proteins (MAPs) CEP55 and PRC1 are direct transcriptional targets of MuvB, B-MYB and FOXM1 in breast cancer cells. Suppression of KIF23 and PRC1 strongly suppressed proliferation of MDA-MB-231 cells. The set of MMB-FOXM1 regulated kinesins genes and 4 additional kinesins which we referred to as the mitotic kinesin signature (MKS) is linked to poor outcome in breast cancer patients. Thus, mitotic kinesins could be used as prognostic biomarker and could be potential therapeutic targets for the treatment of breast cancer. KW - breast cancer KW - kinesin KW - cell cycle KW - cytokinesis Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-171851 VL - 8 IS - 7 ER - TY - JOUR A1 - Meder, Lydia A1 - König, Katharina A1 - Ozretić, Luka A1 - Schultheis, Anne M. A1 - Ueckeroth, Frank A1 - Ade, Carsten P. A1 - Albus, Kerstin A1 - Boehm, Diana A1 - Rommerscheidt-Fuss, Ursula A1 - Florin, Alexandra A1 - Buhl, Theresa A1 - Hartmann, Wolfgang A1 - Wolf, Jürgen A1 - Merkelbach-Bruse, Sabine A1 - Eilers, Martin A1 - Perner, Sven A1 - Heukamp, Lukas C. A1 - Buettner, Reinhard T1 - NOTCH, ASCL1, p53 and RB alterations define an alternative pathway driving neuroendocrine and small cell lung carcinomas JF - International Journal of Cancer N2 - Small cell lung cancers (SCLCs) and extrapulmonary small cell cancers (SCCs) are very aggressive tumors arising de novo as primary small cell cancer with characteristic genetic lesions in RB1 and TP53. Based on murine models, neuroendocrine stem cells of the terminal bronchioli have been postulated as the cellular origin of primary SCLC. However, both in lung and many other organs, combined small cell/non-small cell tumors and secondary transitions from non-small cell carcinomas upon cancer therapy to neuroendocrine and small cell tumors occur. We define features of "small cell-ness" based on neuroendocrine markers, characteristic RB1 and TP53 mutations and small cell morphology. Furthermore, here we identify a pathway driving the pathogenesis of secondary SCLC involving inactivating NOTCH mutations, activation of the NOTCH target ASCL1 and canonical WNT-signaling in the context of mutual bi-allelic RB1 and TP53 lesions. Additionaly, we explored ASCL1 dependent RB inactivation by phosphorylation, which is reversible by CDK5 inhibition. We experimentally verify the NOTCH-ASCL1-RB-p53 signaling axis in vitro and validate its activation by genetic alterations in vivo. We analyzed clinical tumor samples including SCLC, SCC and pulmonary large cell neuroendocrine carcinomas and adenocarcinomas using amplicon-based Next Generation Sequencing, immunohistochemistry and fluorescence in situ hybridization. In conclusion, we identified a novel pathway underlying rare secondary SCLC which may drive small cell carcinomas in organs other than lung, as well. KW - lung cancer KW - small cell lung cancer KW - achaete-scute homolog 1 KW - neurogenic locus notch homolog KW - retinoblastoma protein Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-190853 VL - 138 IS - 4 ER - TY - THES A1 - Heidrich, Lea T1 - The effect of environmental heterogeneity on communities T1 - Der Einfluss von Heterogenität in Umweltbedingungen auf Artgemeinschaften N2 - How diversity of life is generated, maintained, and distributed across space and time is the central question of community ecology. Communities are shaped by three assembly processes: (I) dispersal, (II) environ-mental, and (III) interaction filtering. Heterogeneity in environmental conditions can alter these filtering processes, as it increases the available niche space, spatially partitions the resources, but also reduces the effective area available for individual species. Ultimately, heterogeneity thus shapes diversity. However, it is still unclear under which conditions heterogeneity has positive effects on diversity and under which condi-tions it has negative or no effects at all. In my thesis, I investigate how environmental heterogeneity affects the assembly and diversity of diverse species groups and whether these effects are mediated by species traits. In Chapter II, I first examine how much functional traits might inform about environmental filtering pro-cesses. Specifically, I examine to which extent body size and colour lightness, both of which are thought to reflect the species thermal preference, shape the distribution and abundance of two moth families along elevation. The results show, that assemblages of noctuid moths are more strongly driven by abiotic filters (elevation) and thus form distinct patterns in colour lightness and body size, while geometrid moths are driven by biotic filters (habitat availability), and show no decline in body size nor colour lightness along elevation. Thus, one and the same functional trait can have quite different effects on community assembly even between closely related taxonomic groups. In Chapter III, I elucidate how traits shift the relative importance of dispersal and environmental filtering in determining beta diversity between forests. Environmental filtering via forest heterogeneity had on aver-age higher independent effects than dispersal filtering within and among regions, suggesting that forest heterogeneity determines species turnover even at country-wide extents. However, the relative importance of dispersal filtering increased with decreasing dispersal ability of the species group. From the aspects of forest heterogeneity covered, variations in herb or tree species composition had overall stronger influence on the turnover of species than forest physiognomy. Again, this ratio was influenced by species traits, namely trophic position, and body size, which highlights the importance of ecological properties of a taxo-nomic group in community assembly. In Chapter IV, I assess whether such ecological properties ultimately determine the level of heterogeneity which maximizes species richness. Here, I considered several facets of heterogeneity in forests. Though the single facets of heterogeneity affected diverse species groups both in positive and negative ways, we could not identify any generalizable mechanism based on dispersal nor the trophic position of the species group which would dissolve these complex relationships. In Chapter V, I examine the effect of environmental heterogeneity of the diversity of traits itself to evalu-ate, whether the effects of environmental heterogeneity on species richness are truly based on increases in the number of niches. The results revealed that positive effects of heterogeneity on species richness are not necessarily based on an increased number of niches alone, but proposedly also on a spatially partition of resources or sheltering effects. While ecological diversity increased overall, there were also negative trends which indicate filtering effects via heterogeneity. In Chapter VI, I present novel methods in measuring plot-wise heterogeneity of forests across continental scales via Satellites. The study compares the performance of Sentinel-1 and LiDar-derived measurements in depicting forest structures and heterogeneity and to their predictive power in modelling diversity. Senti-nel-1 could match the performance of Lidar and shows high potential to assess free yet detailed infor-mation about forest structures in temporal resolutions for modelling the diversity of species. Overall, my thesis supports the notion that heterogeneity in environmental conditions is an important driv-er of beta-diversity, species richness, and ecological diversity. However, I could not identify any general-izable mechanism which direction and form this effect will have. N2 - Eine zentrale Frage in der Ökologie ist es, wie die Diversität von Artgemeinschaften generiert, aufrecht-erhalten, und über Zeit und Raum verteilt wird. Die Zusammensetzung von Artgemeinschaften wird durch drei Prozesse bestimmt, die einzelne Arten herausfiltern: (I) Ausbreitung, sowie (II) Umweltbedin-gungen und (III) Interaktionen mit anderen Arten. Heterogenität in Umweltbedingungen verändert das Zusammenspiel dieser Filterprozesse, da es die Anzahl verfügbarer Nischen erhöht und Ressourcen räum-lich aufteilt, aber auch den für die jeweilige Art verfügbaren Raum reduziert, was schlussendlich die Diver-sität der Artgemeinschaft beeinflusst. Es ist jedoch immer noch unklar, wann Heterogenität die Diversität positiv und wann negativ oder sogar überhaupt nicht beeinflusst. In dieser Dissertation werde ich der Fra-ge nachgehen, wie Heterogenität die Artzusammensetzung und Diversität verschiedenster Artengruppen beeinflusst und ob deren Reaktion auf Heterogenität durch Artmerkmale beeinflusst wird. In Kapitel II untersuche ich zunächst inwieweit funktionale Merkmale den Einfluss von Umweltbedingun-gen auf Arten widerspiegeln. Dazu untersuchte ich den Einfluss von Körpergröße und Helligkeit auf die Verbreitung und Abundanz zweier Nachtfalterfamilien entlang eines Höhengradienten. Es zeigte sich, dass Noctuidae stärker von abiotischen Filterprozessen, d.h. Höhe, betroffen waren und klare Zu- bzw. Ab-nahmen in Körpergröße und Helligkeit entlang der Höhe aufwiesen, während Geometridae eher von bioti-schen Filterprozessen, d.h. der Verfügbarkeit ihres Habitats, beeinflusst wurden und keine Merkmalsmus-ter entlang der Höhe aufwiesen. Entsprechend kann ein- und dasselbe Merkmal selbst innerhalb nah-verwandter Artgruppen unterschiedliche Effekte auf die Zusammensetzung von Arten haben. In Kapitel III erläutere ich, wie funktionelle Merkmale die relative Wichtigkeit von Ausbreitungs- und Umweltfiltern für beta-Diversität verschieben können. Sowohl innerhalb als auch zwischen den untersuch-ten Regionen beeinflusste Heterogenität in Wäldern die beta-Diversität stärker als die räumliche Distanz. Letztere wurde allerdings immer bedeutender, je schlechter die Ausbreitungsfähigkeit der jeweiligen Arten-gruppe war. Wenn die Heterogenität in Wäldern nach floristischen und strukturellen Aspekten aufgeteilt wird, so hatte erstere alles in allem einen stärkeren Einfluss auf Unterschiede zwischen Artgemeinschaften. Bei Artengruppen höheren trophischen Levels und größeren Körperbaus hatten die strukturellen Aspekte jedoch einen stärkeren Einfluss. Diese Ergebnisse verdeutlichen, dass die Artzusammensetzung von be-stimmte Merkmale beeinflusst werden kann. In Kapitel IV untersuche ich ob solche Merkmale das Level an Heterogenität festlegen, an welchen Arten-reichtum am höchsten ist. Dazu betrachtete ich mehrere Aspekte von Heterogenität in Wäldern. Obwohl Heterogenität in diesen Aspekten sowohl positive als auch negative Einfluss auf den Artenreichtum der verschiedensten Artengruppen hatte, konnten wir diese nicht anhand der Ausbreitungsfähigkeit oder des trophischen Levels der Artengruppen ableiten. In Kapitel V untersuche ich schließlich den Effekt von Heterogenität auf die Vielfalt von funktionalen Merkmalen. Dieser Ansatz soll helfen zu evaluieren, ob eventuelle Anstiege in der Artenzahl mit Hetero-genität einem Zuwachs in der Anzahl der ökologischen Nischen zurückzuführen sind. Die Ergebnisse legen nahe, dass ein Anstieg von Artenreichtum nicht dadurch beeinflusst wird, sondern auch durch ande-re Mechanismen wie die räumliche Aufteilung von Ressourcen oder durch die Schaffung von Zufluchts-räumen. Obwohl Heterogenität die ökologische Diversität überwiegend positiv beeinflusste, gab es auch einige negative Reaktionen die darauf hindeuten, dass Heterogenität auch bestimmte Merkmale aus einer Artgemeinschaft herausfiltern kann. In Kapitel VI präsentiere ich neue, Satelliten-gestützte Methoden in der Erfassung von Waldstrukturen. In dieser Studie werden die Eignung von LiDar (Lasergestützte Waldvermessungen aus der Luft) und Senti-nel-1 (Satellitenscan durch Radiowellen) verglichen, Waldstrukturen und deren Heterogenität zu messen sowie verschiedene Diversitäts-indices zu modellieren. Hierbei schnitt Sentinel-1 ähnlich gut ab wie LiDar. Somit zeigt Sentinel-1 großes Potential zukünftige Biodiversitätsaufnahmen zu unterstützen, auch aufgrund der kostenfreie Verfügbarkeit von Daten, deren globalen Abdeckung und hohen zeitlichen Auflösung. Insgesamt unterstützen die Ergebnisse meiner Arbeit die große Bedeutung von Heterogenität, insbesonde-re von Waldstrukturen, für beta-Diversität, Artenreichtum und funktionaler Diversität. Allerdings konnte keine generelle Regel identifiziert werden, nach der sich vorhersagen lassen würde welche genaue Richtung dieser Effekt haben wird. KW - Heterogenität KW - Wald KW - Artenvielfalt KW - Waldstruktur Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-221781 ER - TY - THES A1 - Grebinyk, Anna T1 - Synergistic Chemo- and Photodynamic Treatment of Cancer Cells with C\(_{60}\) Fullerene Nanocomplexes T1 - Synergistische chemo- und photodynamische Behandlung von Krebszellen mit C\(_{60}\)-Fulleren-Nanokomplexen N2 - Recent progress in nanotechnology has attracted interest to a biomedical application of the carbon nanoparticle C60 fullerene (C60) due to its unique structure and versatile biological activity. In the current study the dual functionality of C60 as a photosensitizer and a drug nanocarrier was exploited to improve the efficiency of chemotherapeutic drugs towards human leukemic cells. Pristine C60 demonstrated time-dependent accumulation with predominant mitochondrial localization in leukemic cells. C60’s effects on leukemic cells irradiated with high power single chip LEDs of different wavelengths were assessed to find out the most effective photoexcitation conditions. A C60-based noncovalent nanosized system as a carrier for an optimized drug delivery to the cells was evaluated in accordance to its physicochemical properties and toxic effects. Finally, nanomolar amounts of C60-drug nanocomplexes in 1:1 and 2:1 molar ratios were explored to improve the efficiency of cell treatment, complementing it with photodynamic approach. A proposed treatment strategy was developed for C60 nanocomplexes with the common chemotherapeutic drug Doxorubicin, whose intracellular accumulation and localization, cytotoxicity and mechanism of action were investigated. The developed strategy was revealed to be transferable to an alternative potent anticancer drug – the herbal alkaloid Berberine. Hereafter, a strong synergy of treatments arising from the combination of C60-mediated drug delivery and C60 photoexcitation was revealed. Presented data indicate that a combination of chemo- and photodynamic treatments with C60-drug nanoformulations could provide a promising synergetic approach for cancer treatment. N2 - Kürzliche Fortschritte in der Nanotechnologie haben Interesse an einer biomedizinischen Anwendung des Kohlenstoffnanopartikels C60 Fulleren (C60) aufgrund seiner einzigartigen Struktur und breiten biologischen Aktivität geweckt. In der aktuellen Studie wurde die doppelte Funktionalität von C60 als Photosensibilisator und als Wirkstoff-Nanoträger genutzt, um die Wirkung von Chemotherapeutika auf menschliche Leukämiezellen zu verbessern. C60 alleine zeigte in den Zellen eine zeitabhängige Akkumulation mit vorherrschender mitochondrialer Lokalisation. Die Wirkung von C60 auf Leukämiezellen, die mit unterschiedlicher Wellenlänge bestrahlt wurden, wurde bewertet, um die effektivsten Photoanregungsbedingungen zu finden. Die physikochemischen Eigenschaften und toxischen Wirkungen von C60 auf die Leukämiezellen wurden nach nicht kovalenter Bindung von Arzneistoffen bewertet. Schließlich wurden nanomolare Mengen von C60-Wirkstoff-Nanokomplexen in Molverhältnissen von 1:1 und 2:1 untersucht, um die Effizienz der Behandlung von Zellen zu verbessern und sie durch photodynamischen Ansatz zu ergänzen. Mit dem gängigen Chemotherapeutikum Doxorubicin wurde eine Behandlungsstrategie entwickelt und dessen intrazelluläre Akkumulation und Lokalisation, Zytotoxizität und Wirkmechanismus untersucht wurden. Es wurde gezeigt, dass die entwickelte Strategie auch auf ein alternatives Krebsmedikament übertragbar ist – das pflanzliche Alkaloid Berberin. Die erhaltenen Daten deuten darauf hin, dass eine Kombination von chemo- und photodynamischen Behandlungen mit C60-Nanokomplexen einen vielversprechenden synergetischen Ansatz für die Krebsbehandlung bieten könnte. KW - cancer KW - drug delivery KW - photodynamic therapy KW - fullerene Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-222075 ER - TY - THES A1 - Zwettler, Fabian Ulrich T1 - Expansionsmikroskopie kombiniert mit hochauflösender Fluoreszenzmikroskopie T1 - Expansion Microscopy combined with Super-Resolution Fluorescence Microscopy N2 - Fluorescence microscopy is a form of light microscopy that has developed during the 20th century and is nowadays a standard tool in Molecular and Cell biology for studying the structure and function of biological molecules. High-resolution fluorescence microscopy techniques, such as dSTORM (direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy) allow the visualization of cellular structures at the nanometre scale (10−9 m). This has already made it possible to decipher the composition and function of various biopolymers, such as proteins, lipids and nucleic acids, up to the three-dimensional (3D) structure of entire organelles. In practice, however, it has been shown that these imaging methods and their further developments still face great challenges in order to achieve an effective resolution below ∼ 10 nm. This is mainly due to the nature of labelling biomolecules. For the detection of molecular structures, immunostaining is often performed as a standard method. Antibodies to which fluorescent molecules are coupled, recognize and bind specifcally and with high affnity to the molecular section of the target structure, also called epitope or antigen. The fluorescent molecules serve as reporter molecules which are imaged with the use of a fluorescence microscope. However, the size of these labels with a length of about 10-15 nm in the case of immunoglobulin G (IgG) antibodies, cause a detection of the fluorescent molecules shifted to the real position of the studied antigen. In dense regions where epitopes are located close to each other, steric hindrance between antibodies can also occur and leads to an insuffcient label density. Together with the shifted detection of fluorescent molecules, these factors can limit the achievable resolution of a microscopy technique. Expansion microscopy (ExM) is a recently developed technique that achieves a resolution improvement by physical expansion of an investigated object. Therefore, biological samples such as cultured cells, tissue sections, whole organs or isolated organelles are chemically anchored into a swellable polymer. By absorbing water, this so-called superabsorber increases its own volume and pulls the covalently bound biomolecules isotropically apart. Routinely, this method achieves a magnifcation of the sample by about four times its volume. But protocol variants have already been developed that result in higher expansion factors of up to 50-fold. Since the ExM technique includes in the frst instance only the sample treatment for anchoring and magnifcation of the sample, it can be combined with various standard methods of fluorescence microscopy. In theory, the resolution of the used imaging technique improves linearly with the expansion factor of the ExM treated sample. However, an insuffcient label density and the size of the antibodies can here again impair the effective achievable resolution. The combination of ExM with high-resolution fluorescence microscopy methods represents a promising strategy to increase the resolution of light microscopy. In this thesis, I will present several ExM variants I developed which show the combination of ExM with confocal microscopy, SIM (Structured Illumination Microscopy), STED (STimulated Emission Depletion) and dSTORM. I optimized existing ExM protocols and developed different expansion strategies, which allow the combination with the respective imaging technique. Thereby, I gained new structural insights of isolated centrioles from the green algae Chlamydomonas reinhardtii by combining ExM with STED and confocal microscopy. In another project, I combined 3D-SIM imaging with ExM and investigated the molecular structure of the so-called synaptonemal complex. This structure is formed during meiosis in eukaryotic cells and contributes to the exchange of genetic material between homologous chromosomes. Especially in combination with dSTORM, the ExM method showed its high potential to overcome the limitations of modern fluorescence microscopy techniques. In this project, I expanded microtubules in mammalian cells, a polymer of the cytoskeleton as well as isolated centrioles from C. reinhardtii. By labelling after expansion of the samples, I was able to signifcantly reduce the linkage error of the label and achieve an improved label density. In future, these advantages together with the single molecule sensitivity and high resolution obtained by the dSTORM method could pave the way for achieving molecular resolution in fluorescence microscopy N2 - Die Fluoreszenzmikroskopie ist eine Form der Lichtmikroskopie, die sich im Laufe des 20. Jahrhunderts entwickelt hat und heutzutage standardmäßig in der Molekular-und Zellbiologie zur Erforschung von Aufbau und Funktion biologischer Moleküle eingesetzt wird. Hochauflösende Verfahren der Fluoreszenzmikroskopie, wie die dSTORM (direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy) Technik, ermöglichen die Visualisierung zellulärer Strukturen im Nanometer-Größenbereich (10−9 m). Dadurch konnte bereits die Zusammensetzung und Funktion unterschiedlicher Biopolymere, wie die von Proteinen, Lipiden und Nukleinsäuren, bis hin zum dreidimensionalen (3D) Aufbau ganzer Organellen entschlüsselt werden. In der Praxis zeigt sich jedoch, dass diese Bildgebungsverfahren und ihre Weiterentwicklungen immer noch vor großen Herausforderungen stehen, bevor eine effektive Auflösung von unter ∼10 nm erreicht werden kann. Die größte Hürde stellt die Art und Weise der Markierung von Biomolekülen dar. Bei dieser wird zum Nachweis molekularer Strukturen häufig die sogenannte Immunfärbung als Standardmethode eingesetzt. Antikörper, welche mit Fluoreszenzmolekülen gekoppelt werden, erkennen und binden hierbei spezifisch und mit hoher Affinität den Molekülabschnitt der Zielstruktur, auch Epitop oder Antigen genannt. Die Fluoreszenzmoleküle dienen als Reportermoleküle, welche mit Hilfe eines Fluoreszenzmikroskops abgebildet werden. Die Größe der Antikörper, mit einer Länge von etwa 10-15 nm im Falle von Immunglobulin G (IgG) Antikörpern, bewirkt jedoch eine Detektion der fluoreszierenden Moleküle verschoben zur eigentlichen Lage des untersuchten Antigens. In Regionen mit räumlich dicht nebeneinander liegenden Epitopen kann es zusätzlich zur sterischen Hinderung zwischen den Antikörpern kommen. Dies führt zu einer unzureichenden Markierungsdichte und stellt - zusammen mit der verschobenen Detektion der Fluoreszenzmoleküle - eine Limitierung der zu erreichenden Auflösung dar. Die Expansionsmikroskopie (ExM) ist ein neu entwickeltes Verfahren, welches eine Auflösungsverbesserung durch die physikalische Expansion eines untersuchten Objekts erreicht. Hierbei werden biologische Proben, wie beispielsweise kultivierte Zellen, Gewebeschnitte, ganze Organe oder isolierte Organellen, chemisch in ein quellbares Polymer verankert. Durch Absorption von Wasser vergrößert dieser sogenannte Superabsorber sein eigenes Volumen und zieht während der räumlichen Expansion die kovalent gebundenen Biomoleküle isotrop auseinander. Standardmäßig wird durch dieses Verfahren eine Vergrößerung der Proben um etwa das vierfache Volumen erreicht, wobei bereits Protokollvarianten entwickelt wurden, die eine bis zu 50-fache Expansion erzielt haben. Da die ExM-Technik zunächst nur die Probenbehandlung zur Verankerung und Vergrößerung der Probe selbst beinhaltet, kann sie mit unterschiedlichen Standardmethoden der Fluoreszenzmikroskopie kombiniert werden. Dadurch verbessert sich die Auflösung des verwendeten Bildgebungsverfahrens theoretisch linear um den Faktor der Volumenvergrößerung der ExM behandelten Probe. Eine unzureichende Markierungsdichte und die Größe der verwendeten Antikörper können auch hier die effektiv erreichbare Auflösung beeinträchtigen. Die Kombination der ExM mit hochauflösenden Verfahren der Fluoreszenzmikroskopie stellt eine vielversprechende Strategie zur Erhöhung der bisher erreichbaren Auflösung in der Lichtmikroskopie dar. In dieser Arbeit werde ich mehrere von mir entwickelte ExM Varianten vorstellen, welche die Kombination von ExM mit konfokaler Mikroskopie, SIM (Structured Illumination Microscopy), STED (STimulated Emission Depletion) und dSTORM zeigen. Um die Verbindung mit dem jeweiligen Bildgebungsverfahren zu ermöglichen, optimierte ich bestehende ExM-Protokolle und entwickelte unterschiedliche Expansionsstrategien. Dadurch konnte ich neue strukturelle Erkenntnisse von isolierten Zentriolen aus der Grünalge Chlamydomonas reinhardtii durch die Verbindung von ExM mit STED und konfokaler Mikroskopie gewinnen. In einem weiteren Projekt kombinierte ich 3D-SIM mit ExM und untersuchte den molekularen Aufbau des sogenannten synaptonemalen Komplexes. Diese Struktur bildet sich in eukaryotischen Zellen während der Reifeteilung (Meiose) aus und trägt zum Austausch des genetischen Materials zwischen homologen Chromosomen bei. Vor allem in Verbindung mit dSTORM zeigte sich das hohe Potential der ExM-Methode, die bisherigen Limitierungen moderner Techniken der Fluoreszenzmikroskopie zu überwinden. In diesem Projekt expandierte ich Mikrotubuli in Säugetierzellen, ein Polymer des Zytoskeletts, sowie isolierte Zentriolen aus C. reinhardtii. Dadurch, dass die Markierung erst nach dem Expandieren der Proben erfolgte, gelang es, den Abstandsfehler der Markierung deutlich zu verringern und eine verbesserte Markierungsdichte zu erreichen. Diese Vorteile könnten in Verbindung mit der Einzelmolekülsensititvität und hohen Auflösung der dSTORM Methode Wegbereiter zur Erreichung einer molekularen Auflösung sein KW - Fluoreszenzmikroskopie KW - Expansionsmikroskopie KW - Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopie KW - Zentriolen KW - Synaptonemaler Komplex Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-212362 ER - TY - THES A1 - Eisenhuth, Nicole Juliana T1 - Novel and conserved roles of the histone methyltransferase DOT1B in trypanosomatid parasites T1 - Neue und konservierte Rollen der Histonmethyltransferase DOT1B in Parasiten der Ordnung Trypanosomatida N2 - The family of trypanosomatid parasites, including the human pathogens Trypanosoma brucei and Leishmania, has evolved sophisticated strategies to survive in harmful host environments. While Leishmania generate a safe niche inside the host’s macrophages, Trypanosoma brucei lives extracellularly in the mammalian bloodstream, where it is constantly exposed to the attack of the immune system. Trypanosoma brucei ensures its survival by periodically changing its protective surface coat in a process known as antigenic variation. The surface coat is composed of one species of ‘variant surface glycoprotein’ (VSG). Even though the genome possesses a large repertoire of different VSG isoforms, only one is ever expressed at a time from one out of the 15 specialized subtelomeric ‘expression sites’ (ES). Switching the coat can be accomplished either by a recombination-based exchange of the actively-expressed VSG with a silent VSG, or by a transcriptional switch to a previously silent ES. The conserved histone methyltransferase DOT1B methylates histone H3 on lysine 76 and is involved in ES regulation in T. brucei. DOT1B ensures accurate transcriptional silencing of the inactive ES VSGs and influences the kinetics of a transcriptional switch. The molecular machinery that enables DOT1B to execute these regulatory functions at the ES is still elusive, however. To learn more about DOT1B-mediated regulatory processes, I wanted to identify DOT1B-associated proteins. Using two complementary approaches, specifically affinity purification and proximity-dependent biotin identification (BioID), I identified several novel DOT1B-interacting candidates. To validate these data, I carried out reciprocal co-immunoprecipitations with the most promising candidates. An interaction of DOT1B with the Ribonuclease H2 protein complex, which has never been described before in any other organism, was confirmed. Trypanosomal Ribonuclease H2 maintains genome integrity by resolving RNA-DNA hybrids, structures that if not properly processed might initiate antigenic variation. I then investigated DOT1B’s contribution to this novel route to antigenic variation. Remarkably, DOT1B depletion caused an increased RNA-DNA hybrid abundance, accumulation of DNA damage, and increased VSG switching. Deregulation of VSGs from throughout the silent repertoire was observed, indicating that recombination-based switching events occurred. Encouragingly, the pattern of deregulated VSGs was similar to that seen in Ribonuclease H2-depleted cells. Together these data support the hypothesis that both proteins act together in modulating RNA-DNA hybrids to contribute to the tightly-regulated process of antigenic variation. The transmission of trypanosomatid parasites to mammalian hosts is facilitated by insect vectors. Parasites need to adapt to the extremely different environments encountered during transmission. To ensure their survival, they differentiate into various specialized forms adapted to each tissue microenvironment. Besides antigenic variation, DOT1B additionally affects the developmental differentiation from the mammalian-infective to the insect stage of Trypanosoma brucei. However, substantially less is known about the influence of chromatin-associated proteins such as DOT1B on survival and adaptation strategies of related Leishmania parasites. To elucidate whether DOT1B’s functions are conserved in Leishmania, phenotypes after gene deletion were analyzed. As in Trypanosoma brucei, generation of a gene deletion mutant demonstrated that DOT1B is not essential for the cell viability in vitro. DOT1B deletion was accompanied with a loss of histone H3 lysine 73 trimethylation (the lysine homologous to trypanosomal H3K76), indicating that Leishmania DOT1B is also solely responsible for catalyzing this post-translational modification. As in T. brucei, dimethylation could only be observed during mitosis/cytokinesis, while trimethylation was detectable throughout the cell cycle in wild-type cells. In contrast to the trypanosome DOT1B, LmxDOT1B was not essential for differentiation in vitro. However, preliminary data indicate that the enzyme is required for effective macrophage infection. In conclusion, this study demonstrated that the identification of protein networks and the characterization of protein functions of orthologous proteins from related parasites are effective tools to improve our understanding of the parasite survival strategies. Such insights are a necessary step on the road to developing better treatments for the devastating diseases they cause. N2 - Vertreter der Familie der Trypanosomatidae einschließlich der humanpathogenen Trypanosoma brucei und Leishmania Arten entwickelten eine Reihe von ausgeklügelten Strategien, um in ihren Wirten zu überleben. Während sich Leishmanien eine sichere Nische in den Makrophagen ihrer Wirte aufbauen, lebt Trypanosoma brucei ausschließlich extrazellulär im Blutkreislauf der Säugetiere. Dort ist der Parasit ständig dem Angriff des Immunsystems ausgesetzt. Um sein Überleben zu sichern, wechselt er regelmäßig seine variablen Oberflächenproteine (VSG), eine Strategie, die auch als antigene Variation bekannt ist. Obwohl das Genom des Parasiten über ein enormes Repertoire an VSG Genen verfügt, wird immer nur eine einzige Art von einer von 15 spezialisierten telomerproximalen Expressionsstellen (ES) transkribiert. Um die VSG-Zelloberfläche zu wechseln, können Trypanosomen das VSG Gen der aktiven ES gegen ein inaktives VSG aus dem gigantischen Repertoire mittels Rekombination eintauschen. Eine weitere Möglichkeit ist der Transkriptionswechsel zu einer zuvor stillen ES. Die konservierte Histonmethyltransferase DOT1B katalysiert die Methylierung von Histon H3 am Lysin 76 und ist an der ES-Regulation beteiligt. DOT1B gewährleistet den transkriptionell inaktiven Status der ES und beeinflusst die Kinetik eines transkriptionellen ES Wechsels. Die molekularen Komponenten, die DOT1B diese regulatorischen Funktionen an der ES ermöglichen, sind jedoch noch unbekannt. Um mehr über die von DOT1B vermittelten Mechanismen zu erfahren, ist es notwendig, DOT1B-assoziierte Proteine zu identifizieren. Durch die Anwendung von komplementären biochemischen Proteinaufreinigungsmethoden gelang es mir, mehrere potentielle Proteininteraktionen zu DOT1B zu entdecken. Um die Daten zu validieren, führte ich weitere Proteinaufreinigungen mit den vielversprechendsten Kandidaten durch. Eine Interaktion zwischen DOT1B und der Ribonuklease H2 konnte bestätigt werden - eine Interaktion, die noch nie zuvor in anderen Organismen beschrieben wurde. In Trypanosomen gewährleistet Ribonuklease H2 die Genomintegrität, indem das Enzym RNA-DNA-Hybride auflöst. Diese Strukturen können zudem, wenn sie nicht richtig prozessiert werden, antigene Variation initiieren. In dieser Studie wurde daher außerdem DOT1B’s Beitrag zu diesem Weg der Initiation der antigenen Variation analysiert. In der Tat konnte gezeigt werden, dass DOT1B RNA-DNA-Hybride moduliert und die Genomintegrität sowie VSG-Wechselrate beeinflusst. Die Tatsache, dass in DOT1B-Mutanten VSG Isoformen von den unterschiedlichsten Genomregionen exprimiert wurden, deutet darauf hin, dass rekombinations-basierte Ereignisse dem VSG-Wechsel zu Grunde lagen. Da in den DOT1B-Mutanten ähnliche VSG exprimiert wurden wie in Ribonuklease H2-Mutanten, kann vermutet werden, dass beide Proteine bei der Modulation der RNA-DNA-Hybride zusammenwirken, um antigene Variation zu regulieren. Trypanosomen und Leishmanien werden mittels Insektenvektoren auf den nächsten Säugerwirt übertragen. Sie müssen daher nicht nur im Säugerwirt überleben, sondern sich auch an die extrem unterschiedliche Umgebung im Vektor anpassen. Dafür differenzieren sich die Parasiten in speziell angepasste Zellstadien. Zusätzlich zu der antigenen Variation beeinflusst DOT1B die Entwicklungsdifferenzierung in Trypanosoma brucei. In Leishmanien hingegen ist über den Einfluss von chromatin-assoziierten Proteinen wie DOT1B auf die Überlebens- und Anpassungsstrategien wesentlich weniger bekannt. Um herauszufinden, ob die Funktionen von DOT1B in Leishmanien konserviert sind, wurden Phänotypen nach Gendeletion analysiert. Wie auch in Trypanosoma brucei konnte gezeigt werden, dass DOT1B für das Überleben der Parasiten nicht essentiell ist. Die Deletion von DOT1B ging mit einem Verlust der Trimethylierung von Histon H3 am Lysin 73 (dem zum trypanosomalen H3K76 homologen Lysin) einher, was darauf hinweist, dass DOT1B auch in Leishmanien allein für die Katalyse dieser posttranslationalen Modifikation verantwortlich ist. Wie in Trypanosoma brucei konnte eine Dimethylierung nur in der Mitose/Zytokinese beobachtet werden, wobei die Trimethylierung während des gesamten Zellzyklus in Wildtyp-Zellen nachweisbar war. Im Gegensatz zum trypanosomalen DOT1B war LmxDOT1B für die Differenzierung in vitro entbehrlich. Vorläufige Daten zeigen jedoch, dass das Enzym für eine wirksame Makrophageninfektion wesentlich ist. Zusammenfassend zeigte diese Studie, dass die Identifizierung von Proteinnetzwerken und die Charakterisierung von Funktionen orthologer Proteine aus verwandten Parasiten wirksame Werkzeuge sind, um unser Verständnis der Überlebensstrategien der Parasiten zu verbessern. Solche Erkenntnisse sind ein notwendiger Schritt auf dem Weg zu effektiveren Behandlungsmethoden für die verheerenden Krankheiten, die diese Parasiten verursachen. KW - Trypanosoma brucei KW - Leishmania KW - Chromatin KW - Histon-Methyltransferase KW - DNA repair KW - developmental differentiation KW - DOT1 KW - Ribonuclease H2 Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-219936 ER - TY - JOUR A1 - Fleischmann, Pauline N. A1 - Grob, Robin A1 - Rössler, Wolfgang T1 - Kompass im Kopf : wie Wüstenameisen lernen heimzukehren JF - Biologie in unserer Zeit N2 - Erfolgreiche räumliche Orientierung ist für viele Tiere eine alltägliche Herausforderung. Cataglyphis‐Wüstenameisen sind bekannt für ihre Navigationsfähigkeiten, mit deren Hilfe sie nach langen Futtersuchläufen problemlos zum Nest zurückfinden. Wie aber nehmen naive Ameisen ihre Navigationssysteme in Betrieb? Nach mehrwöchigem Innendienst im dunklen Nest werden sie zu Sammlerinnen bei hellem Sonnenschein. Dieser Wechsel erfordert einen drastischen Wandel im Verhalten sowie neuronale Veränderungen im Gehirn. Erfahrene Ameisen orientieren sich vor allem visuell, sie nutzen einen Himmelskompass und Landmarkenpanoramen. Daher absolvieren naive Ameisen stereotype Lernläufe, um ihren Kompass zu kalibrieren und die Nestumgebung kennenzulernen. Während der Lernläufe blicken sie wiederholt zum Nesteingang zurück und prägen sich so ihren Heimweg ein. Zur Ausrichtung ihrer Blicke nutzen sie das Erdmagnetfeld als Kompassreferenz. Cataglyphis‐Ameisen besitzen hierfür einen Magnetkompass, der bislang unbekannt war. N2 - Successful spatial orientation is a daily challenge for many animals. Cataglyphis desert ants are famous for their navi­gational performances. They return to the nest after exten­sive foraging trips without any problems. How do ants take their navigational systems into operation? After conducting different tasks in the dark nest for several weeks, they be­come foragers under bright sun light. This transition re­quires both a drastic switch in behavior and neuronal changes in the brain. Experienced foragers mainly rely on visual cues. They use a celestial compass and landmark panoramas. For that reason, naïve ants perform stereotype learning walks to calibrate their compass systems and ac­quire information about the nest’s surroundings. During their learning walks, the ants frequently look back to the nest entrance to learn the homing direction. For aligning their gazes, they use the earth’s magnetic field as a com­pass reference. This magnetic compass in Cataglyphis ants was previously unknown. KW - Cataglyphis-Wüstenameisen KW - Magnetkompass KW - Insektennavigation KW - Himmelskompass Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-219260 SN - 1521-415X VL - 50 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Wäldchen, Sina T1 - Super-Resolution-Mikroskopie zur Visualisierung und Quantifizierung von Glutamatrezeptoren und ADHS-assoziierten Proteinen T1 - Super-resolution microscopy for visualization and quantification of Glutamate receptors and ADHD-associated proteins N2 - Die Entwicklung hochauflösender Fluoreszenzmikroskopiemethoden hat die Lichtmikroskopie revolutioniert. Einerseits ermöglicht die höhere erzielte räumliche Auflösung die Abbildung von Strukturen, die deutlich unterhalb der beugungsbedingten Auflösungsgrenze liegen. Andererseits erhält man durch Einzelmoleküllokalisationsmikroskopiemethoden wie dSTORM (Direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy) Informationen, welche man für quantitative Analysen heranziehen kann. Aufgrund der sich dadurch bietenden neuen Möglichkeiten, hat sich die hochauflösende Fluoreszenzmikroskopie rasant entwickelt und kommt mittlerweile zur Untersuchung einer Vielzahl biologischer und medizinischer Fragestellungen zum Einsatz. Trotz dieses Erfolgs ist jedoch nicht zu verleugnen, dass auch diese neuen Methoden ihre Nachteile haben. Dazu zählt die Notwendigkeit relativ hoher Laserleistungen, welche Voraussetzung für hohe Auflösung ist und bei lebenden Proben zur Photoschädigung führen kann. Diese Arbeit widmet sich sowohl dem Thema der Photoschädigung durch Einzelmoleküllokalisationsmikroskopie, als auch der Anwendung von dSTORM und SIM (Structured Illumination Microscopy) zur Untersuchung neurobiologischer Fragestellungen auf Proteinebene. Zur Ermittlung der Photoschädigung wurden lebende Zellen unter typischen Bedingungen bestrahlt und anschließend für 20−24 h beobachtet. Als quantitatives Maß für den Grad der Photoschädigung wurde der Anteil sterbender Zellen bestimmt. Neben der zu erwartenden Intensitäts- und Wellenlängenabhängigkeit, zeigte sich, dass die Schwere der Photoschädigung auch von vielen weiteren Faktoren abhängt und dass sich Einzelmoleküllokalisationsmikroskopie bei Berücksichtigung der gewonnenen Erkenntnisse durchaus mit Lebendzellexperimenten vereinbaren lässt. Ein weiteres Projekt diente der Untersuchung der A- und B-Typ-Glutamatrezeptoren an der neuromuskulären Synapse von Drosophila melanogaster mittels dSTORM. Dabei konnte eine veränderte Anordnung beider Rezeptortypen infolge synaptischer Plastizität beobachtet, sowie eine absolute Quantifizierung des A-Typ-Rezeptors durchgeführt werden. Im Mittelpunkt eines dritten Projekts standen Cadherin-13 (CDH13) sowie der Glucosetransporter Typ 3 (GluT3), welche beide mit der Aufmerksamkeitsdefizit-Hyperaktivitätsstörung in Verbindung gebracht werden. CDH13 konnte mittels SIM in serotonergen Neuronen, sowie radiären Gliazellen der dorsalen Raphekerne des embryonalen Mausgehirns nachgewiesen werden. Die Rolle von GluT3 wurde in aus induzierten pluripotenten Stammzellen differenzierten Neuronen analysiert, welche verschiedene Kopienzahlvariation des für GluT3-codierenden SLC2A3-Gens aufwiesen. Die Proteine GluT3, Bassoon und Homer wurden mittels dSTORM relativ quantifiziert. Während die Deletion des Gens zu einer erwartenden Verminderung von GluT3 auf Proteinebene führte, hatte die Duplikation keinen Effekt auf die GluT3-Menge. Für Bassoon und Homer zeigte sich weder durch die Deletion noch die Duplikation eine signifikante Veränderung. N2 - The emergence of super-resolution microscopy techniques caused a revolution of light microscopy. On the one hand, the higher achieved structural resolution allows for the visualization of structures below the diffraction limit. On the other hand, single molecule localization microscopy methods like dSTORM (Direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy) provide information that can be used for quantitative analysis. The new possibilities, offered by these approaches, lead to rapid development of the same and by now they are applied to investigate a broad range of biological and medical questions. Besides this success, it can’t be denied, that these methods also have some disadvantages like the necessity of relative high laser intensities that are needed for the high resolution and might cause photodamage in living samples. This work deals with the issue of photodamage induced by single molecule localization microscopy methods as well as the examination of neurobiological problems on protein level by the usage of dSTORM and SIM (Structured Illumination Microscopy). To identify photodamage, living cells were irradiated at typical conditions and were observed for 20−24 h afterwards. As a quantitative measure for the severity of photodamage, the fraction of dying cells was determined. Besides the expected dependency on intensity and wavelength, a lot of other factors showed to affect the severity. It could be demonstrated that single molecule localization microscopy can be combined with live-cell imaging if one takes those results into account. Another project aimed for the investigation of A- and B-type Glutamate receptors at the neuromuscular junction of Drosophila melanogaster via dSTORM. Thus, an altered arrangement of both receptor types could be observed and A-type receptors could be quantified absolutely. A third project focused on cadherin-13 (CDH13) and glucose transporter 3 (GluT3), which are connected with attention deficit hyperactivity disorder. CDH13 could be detected in serotonergic neurons and radial glial cells of dorsal raphe in embryonic mouse brains using SIM. The role of GluT3 was analyzed in neurons, differentiated from induced pluripotent stem cells, which possessed different copy-number variations of the gene SLC2A3, which codes for GluT3. Proteins GluT3, Bassoon and Homer were quantified relatively using dSTORM. While the deletion of the gene resulted in an expected decrease of GluT3 at the protein level, the duplication didn’t affect the amount of GluT3. In the case of Homer and Bassoon, neither the deletion, nor the duplication caused any significant changes. KW - Mikroskopie KW - Einzelmolekülmikroskopie KW - Quantitative Mikroskopie KW - Glutamatrezeptor KW - Aufmerksamkeitsdefizit-Syndrom KW - dSTORM KW - Photoschädigung KW - Neuromuskuläre Synapse KW - Glucosetransporter Typ3 KW - Cadherin-13 Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-192834 ER - TY - JOUR A1 - Blättner, Sebastian A1 - Das, Sudip A1 - Paprotka, Kerstin A1 - Eilers, Ursula A1 - Krischke, Markus A1 - Kretschmer, Dorothee A1 - Remmele, Christian W. A1 - Dittrich, Marcus A1 - Müller, Tobias A1 - Schuelein-Voelk, Christina A1 - Hertlein, Tobias A1 - Mueller, Martin J. A1 - Huettel, Bruno A1 - Reinhardt, Richard A1 - Ohlsen, Knut A1 - Rudel, Thomas A1 - Fraunholz, Martin J. T1 - Staphylococcus aureus Exploits a Non-ribosomal Cyclic Dipeptide to Modulate Survival within Epithelial Cells and Phagocytes JF - PLoS Pathogens N2 - Community-acquired (CA) Staphylococcus aureus cause various diseases even in healthy individuals. Enhanced virulence of CA-strains is partly attributed to increased production of toxins such as phenol-soluble modulins (PSM). The pathogen is internalized efficiently by mammalian host cells and intracellular S. aureus has recently been shown to contribute to disease. Upon internalization, cytotoxic S. aureus strains can disrupt phagosomal membranes and kill host cells in a PSM-dependent manner. However, PSM are not sufficient for these processes. Here we screened for factors required for intracellular S. aureus virulence. We infected escape reporter host cells with strains from an established transposon mutant library and detected phagosomal escape rates using automated microscopy. We thereby, among other factors, identified a non-ribosomal peptide synthetase (NRPS) to be required for efficient phagosomal escape and intracellular survival of S. aureus as well as induction of host cell death. By genetic complementation as well as supplementation with the synthetic NRPS product, the cyclic dipeptide phevalin, wild-type phenotypes were restored. We further demonstrate that the NRPS is contributing to virulence in a mouse pneumonia model. Together, our data illustrate a hitherto unrecognized function of the S. aureus NRPS and its dipeptide product during S. aureus infection. KW - cell death KW - cytotoxicity KW - Staphylococcus aureus KW - host cells KW - neutrophils KW - macrophages KW - transposable elements KW - epithelial cells Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-180380 VL - 12 IS - 9 ER - TY - JOUR A1 - Fischer, Robin A1 - Helfrich-Förster, Charlotte A1 - Peschel, Nicolai T1 - GSK-3 Beta Does Not Stabilize Cryptochrome in the Circadian Clock of Drosophila JF - PLoS ONE N2 - Cryptochrome (CRY) is the primary photoreceptor of Drosophila’s circadian clock. It resets the circadian clock by promoting light-induced degradation of the clock protein Timeless (TIM) in the proteasome. Under constant light, the clock stops because TIM is absent, and the flies become arrhythmic. In addition to TIM degradation, light also induces CRY degradation. This depends on the interaction of CRY with several proteins such as the E3 ubiquitin ligases Jetlag (JET) and Ramshackle (BRWD3). However, CRY can seemingly also be stabilized by interaction with the kinase Shaggy (SGG), the GSK-3 beta fly orthologue. Consequently, flies with SGG overexpression in certain dorsal clock neurons are reported to remain rhythmic under constant light. We were interested in the interaction between CRY, Ramshackle and SGG and started to perform protein interaction studies in S2 cells. To our surprise, we were not able to replicate the results, that SGG overexpression does stabilize CRY, neither in S2 cells nor in the relevant clock neurons. SGG rather does the contrary. Furthermore, flies with SGG overexpression in the dorsal clock neurons became arrhythmic as did wild-type flies. Nevertheless, we could reproduce the published interaction of SGG with TIM, since flies with SGG overexpression in the lateral clock neurons shortened their free-running period. We conclude that SGG does not directly interact with CRY but rather with TIM. Furthermore we could demonstrate, that an unspecific antibody explains the observed stabilization effects on CRY. KW - neurons KW - RNA interference KW - hyperexpression techniques KW - circadian rhythms KW - Drosophila melanogaster KW - animal behavior KW - phosphorylation Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-180370 VL - 11 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Viera, Jonathan Trujillo A1 - El-Merahbi, Rabih A1 - Nieswandt, Bernhard A1 - Stegner, David A1 - Sumara, Grzegorz T1 - Phospholipases D1 and D2 Suppress Appetite and Protect against Overweight JF - PLoS ONE N2 - Obesity is a major risk factor predisposing to the development of peripheral insulin resistance and type 2 diabetes (T2D). Elevated food intake and/or decreased energy expenditure promotes body weight gain and acquisition of adipose tissue. Number of studies implicated phospholipase D (PLD) enzymes and their product, phosphatidic acid (PA), in regulation of signaling cascades controlling energy intake, energy dissipation and metabolic homeostasis. However, the impact of PLD enzymes on regulation of metabolism has not been directly determined so far. In this study we utilized mice deficient for two major PLD isoforms, PLD1 and PLD2, to assess the impact of these enzymes on regulation of metabolic homeostasis. We showed that mice lacking PLD1 or PLD2 consume more food than corresponding control animals. Moreover, mice deficient for PLD2, but not PLD1, present reduced energy expenditure. In addition, deletion of either of the PLD enzymes resulted in development of elevated body weight and increased adipose tissue content in aged animals. Consistent with the fact that elevated content of adipose tissue predisposes to the development of hyperlipidemia and insulin resistance, characteristic for the pre-diabetic state, we observed that Pld1\(^{-/-}\) and Pld2\(^{-/-}\) mice present elevated free fatty acids (FFA) levels and are insulin as well as glucose intolerant. In conclusion, our data suggest that deficiency of PLD1 or PLD2 activity promotes development of overweight and diabetes. KW - enzyme regulation KW - insulin resistance KW - body weight KW - mouse models KW - bioenergetics KW - insulin KW - hypothalamus KW - adipose tissue Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-179729 VL - 11 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Eisenreich, Wolfgang A1 - Rudel, Thomas A1 - Heesemann, Jürgen A1 - Goebel, Werner T1 - How viral and intracellular bacterial pathogens reprogram the metabolism of host cells to allow their intracellular replication JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - Viruses and intracellular bacterial pathogens (IBPs) have in common the need of suitable host cells for efficient replication and proliferation during infection. In human infections, the cell types which both groups of pathogens are using as hosts are indeed quite similar and include phagocytic immune cells, especially monocytes/macrophages (MOs/MPs) and dendritic cells (DCs), as well as nonprofessional phagocytes, like epithelial cells, fibroblasts and endothelial cells. These terminally differentiated cells are normally in a metabolically quiescent state when they are encountered by these pathogens during infection. This metabolic state of the host cells does not meet the extensive need for nutrients required for efficient intracellular replication of viruses and especially IBPs which, in contrast to the viral pathogens, have to perform their own specific intracellular metabolism to survive and efficiently replicate in their host cell niches. For this goal, viruses and IBPs have to reprogram the host cell metabolism in a pathogen-specific manner to increase the supply of nutrients, energy, and metabolites which have to be provided to the pathogen to allow its replication. In viral infections, this appears to be often achieved by the interaction of specific viral factors with central metabolic regulators, including oncogenes and tumor suppressors, or by the introduction of virus-specific oncogenes. Less is so far known on the mechanisms leading to metabolic reprogramming of the host cell by IBPs. However, the still scant data suggest that similar mechanisms may also determine the reprogramming of the host cell metabolism in IBP infections. In this review, we summarize and compare the present knowledge on this important, yet still poorly understood aspect of pathogenesis of human viral and especially IBP infections. KW - metabolic adaptation KW - viruses KW - intracellular bacterial pathogens KW - metabolism of infected and uninfected host cells KW - reprogamming of host cell metabolism Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-197188 SN - 2235-2988 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Hartel, Andreas J.W. A1 - Glogger, Marius A1 - Jones, Nicola G. A1 - Abuillan, Wasim A1 - Batram, Christopher A1 - Hermann, Anne A1 - Fenz, Susanne F. A1 - Tanaka, Motomu A1 - Engstler, Markus T1 - N-glycosylation enables high lateral mobility of GPI-anchored proteins at a molecular crowding threshold JF - Nature Communications N2 - The protein density in biological membranes can be extraordinarily high, but the impact of molecular crowding on the diffusion of membrane proteins has not been studied systematically in a natural system. The diversity of the membrane proteome of most cells may preclude systematic studies. African trypanosomes, however, feature a uniform surface coat that is dominated by a single type of variant surface glycoprotein (VSG). Here we study the density-dependence of the diffusion of different glycosylphosphatidylinositol-anchored VSG-types on living cells and in artificial membranes. Our results suggest that a specific molecular crowding threshold (MCT) limits diffusion and hence affects protein function. Obstacles in the form of heterologous proteins compromise the diffusion coefficient and the MCT. The trypanosome VSG-coat operates very close to its MCT. Importantly, our experiments show that N-linked glycans act as molecular insulators that reduce retarding intermolecular interactions allowing membrane proteins to function correctly even when densely packed. KW - parasitology KW - cellular imaging KW - membrane biophysics KW - single-molecule biophysics Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-171368 VL - 7 ER - TY - THES A1 - Keppler, Sarah T1 - Characterization of Novel Mutations in Receptor-Tyrosine Kinases in Multiple Myeloma T1 - Charakterisierung neuer Mutationen in Rezeptor-Tyrosin Kinasen im Multiplen Myelom N2 - Multiple myeloma (MM) is a disease of terminally differentiated B-cells which accumulate in the bone marrow leading to bone lesions, hematopoietic insufficiency and hypercalcemia. Genetically, MM is characterized by a great heterogeneity. A recent next-generation sequencing approach resulted in the identification of a signaling network with an accumulation of mutations in receptor-tyrosine kinases (RTKs), adhesion molecules and downstream effectors. A deep-sequencing amplicon approach of the coding DNA sequence of the six RTKs EPHA2, EGFR, ERBB3, IGF1R, NTRK1 and NTRK2 was conducted in a patient cohort (75 MM samples and 68 corresponding normal samples) of the “Deutsche Studiengruppe Multiples Myelom (DSMM)” to further elucidate the role of RTKs in MM. As an initial approach the detected mutations were correlated with cytogenetic abnormalities and clinical data in the course of this thesis. RTK mutations were present in 13% of MM patients of the DSMM XI trial and accumulated in the ligand-binding and tyrosine-kinase domain. The newly identified mutations were associated with an adverse patient survival, but not with any cytogenetic abnormality common in MM. Especially rare patient-specific SNPs (single nucleotide polymorphism) had a negative impact on patient survival. For a more comprehensive understanding of the role of rare RTK SNPs in MM, a second amplicon sequencing approach was performed in a patient cohort of the DSMM XII trial that included 75 tumor and 184 normal samples. This approach identified a total of 23 different mutations in the six RTKs EPHA2, EGFR, ERBB3, IGF1R, NTRK1 and NTRK2 affecting 24 patients. These mutations could furthermore be divided into 20 rare SNPs and 3 SNVs (single nucleotide variant). In contrast to the first study, the rare SNPs were significantly associated with the adverse prognostic factor del17p. IGF1R was among the most commonly mutated RTKs in the first amplicon sequencing approach and is known to play an important role in diverse cellular processes such as cell proliferation and survival. To study the role of IGF1R mutations in the hard-to-transfect MM cells, stable IGF1R-knockdown MM cell lines were established. One of the knockdown cell lines (L363-C/C9) as well as a IGF1R-WT MM cell line (AMO1) were subsequently used for the stable overexpression of WT IGF1R and mutant IGF1R (N1129S, D1146N). Overall, an impact on the MAPK and PI3K/AKT signaling pathways was observed upon the IGF1R knockdown as well as upon WT and mutant IGF1R overexpression. The resulting signaling pattern, however, differed between different MM cell lines used in this thesis as well as in a parallel performed master thesis which further demonstrates the great heterogeneity described in MM. Taken together, the conducted sequencing and functional studies illustrate the importance of RTKs and especially of IGF1R and its mutants in the pathogenesis of MM. Moreover, the results support the potential role of IGF1R as a therapeutic target for a subset of MM patients with mutated IGF1R and/or IGF1R overexpression. N2 - Das Multiple Myelom (MM) ist eine maligne Erkrankung ausdifferenzierter B-Zellen, den sogenannten Plasmazellen, welche sich im Knochenmark anhäufen. Symptome des MM sind, unter anderem, Knochenläsionen, Hyperkalzämie und hämatopoetische Insuffizienz. Zusätzlich ist das MM durch eine große genetische Heterogenität geprägt. In einer kürzlich durchgeführten Next-Generation Sequencing Studie wurde eine Akkumulation von Mutationen in Rezeptortyrosinkinasen (RTK), Adhesionmolekülen und den zugehörigen Effektoren identifiziert. Dies erlaubte die Definition eines inter- und intrazellulären Signalnetzwerkes. Um die Rolle der RTKs im MM genauer zu definieren, wurde die kodierende DNA Sequenz der sechs RTKs EPHA2, EGFR, ERBB3, IGF1R, NTRK1 und NTRK2 in einer einheitlich therapierten Patientenkohorte (75 Patienten) der „Deutschen Studiengruppe Multiples Myelom“ (DSMM) mittels eines Amplikonansatzes sequenziert. Die identifizierten Mutationen wurden im Rahmen dieser Arbeit validiert und anschließend mit zytogenetischen Anomalitäten und klinischen Daten korreliert. RTK Mutationen waren in 13 % der MM Patienten vorhanden und akkumulierten besonders in den Ligandenbindungs- und der Tyrosinkinase- Domänen. Die neu identifizierten RTK Mutationen hatten einen signifikant negativen Einfluss auf das Überleben, jedoch konnte kein Zusammenhang zwischen den Mutationen und zytogenetischen Alterationen festgestellt werden. Besonders seltene, Patienten-spezifische SNPs hatten einen negativen Einfluss auf die Gesamtüberlebenszeit, das ereignisfreie und das progressionsfreie Überleben. Um die Rolle dieser seltenen SNPs im MM besser zu verstehen, wurde ein zweiter Amplikonansatz in einer neuen Patientenkohorte der DSMM XII Studie durchgeführt. Hierbei wurden die sechs RTKs EPHA2, EGFR, ERBB3, IGF1R, NTRK1 und NTRK2 in 75 Tumor und 184 Normalproben sequenziert. Bei diesem Ansatz wurden 23 unterschiedliche Mutationen in 24 Patienten identifiziert. Diese Mutation konnten in 20 seltene SNPs und 3 SNVs (single nuleotide variant) unterteilt werden und waren, im Gegensatz zu Mutationen der ersten Studie, signifikant mit dem negativ prognostischen Faktor del17p assoziiert. IGF1R war bei der initialen Amplikon-Sequenzierstudie unter den am häufigsten mutierten RTKs und spielt eine wichtige Rolle in verschiedenen zellulären Prozessen, z. B. der Zellproliferation und dem Überleben. Um eine funktionelle Untersuchung der IGF1R Mutation in den schwer-zu-transfizierenden MM-Zellen zu ermöglichen, wurden stabile IGF1R-knockdown MM-Zelllinien etabliert. Eine dieser knockdown Zelllinien (L363-C/C9) sowie eine IGF1R WT MM-Zelllinie (AMO1) wurden anschließend für die stabile Überexpression von IGF1R WT, IGF1R D1146N und IGF1R N1129S verwendet. Funktionelle Analysen zeigten, dass sowohl IGF1R-knockdown als auch die Überexpression von IGF1R WT, IGF1R D1146N und IGF1R N1129S einen Einfluss auf den MAPK und den PI3K/AKT Signalweg haben. Der Einfluss des IGF1R WT, als auch der zwei Mutanten IGF1R D1146N und IGF1R N1129S unterschied sich jedoch in den in dieser Arbeit und in einer parallel durchgeführten Masterarbeit verwendeten Zelllinien. Diese Unterschiede verdeutlichen zusätzlich die große Heterogenität für die das MM bekannt ist. Zusammengenommen verdeutlichen die durchgeführten Sequenzier- und funktionellen Studien die wichtige Rolle der RTKs, besonders von IGF1R, im MM. Darüber hinaus unterstützen die erhaltenen Ergebnisse die potenzielle Rolle von IGF1R als therapeutisches Ziel für MM-Patienten mit mutiertem IGF1R und / oder IGF1R-Überexpression. KW - Plasmozytom KW - Rezeptor-Tyrosinkinasen KW - Multiple Myeloma KW - Amplicon Sequencing KW - Receptor-Tyrosine Kinases KW - IGF1R Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-155720 ER - TY - JOUR A1 - Peters, Marcell K. A1 - Hemp, Andreas A1 - Appelhans, Tim A1 - Behler, Christina A1 - Classen, Alice A1 - Detsch, Florian A1 - Ensslin, Andreas A1 - Ferger, Stefan W. A1 - Frederiksen, Sara B. A1 - Gebert, Frederike A1 - Haas, Michael A1 - Helbig-Bonitz, Maria A1 - Hemp, Claudia A1 - Kindeketa, William J. A1 - Mwangomo, Ephraim A1 - Ngereza, Christine A1 - Otte, Insa A1 - Röder, Juliane A1 - Rutten, Gemma A1 - Costa, David Schellenberger A1 - Tardanico, Joseph A1 - Zancolli, Giulia A1 - Deckert, Jürgen A1 - Eardley, Connal D. A1 - Peters, Ralph S. A1 - Rödel, Mark-Oliver A1 - Schleuning, Matthias A1 - Ssymank, Axel A1 - Kakengi, Victor A1 - Zhang, Jie A1 - Böhning-Gaese, Katrin A1 - Brandl, Roland A1 - Kalko, Elisabeth K.V. A1 - Kleyer, Michael A1 - Nauss, Thomas A1 - Tschapka, Marco A1 - Fischer, Markus A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf T1 - Predictors of elevational biodiversity gradients change from single taxa to the multi-taxa community level JF - Nature Communications N2 - The factors determining gradients of biodiversity are a fundamental yet unresolved topic in ecology. While diversity gradients have been analysed for numerous single taxa, progress towards general explanatory models has been hampered by limitations in the phylogenetic coverage of past studies. By parallel sampling of 25 major plant and animal taxa along a 3.7 km elevational gradient on Mt. Kilimanjaro, we quantify cross-taxon consensus in diversity gradients and evaluate predictors of diversity from single taxa to a multi-taxa community level. While single taxa show complex distribution patterns and respond to different environmental factors, scaling up diversity to the community level leads to an unambiguous support for temperature as the main predictor of species richness in both plants and animals. Our findings illuminate the influence of taxonomic coverage for models of diversity gradients and point to the importance of temperature for diversification and species coexistence in plant and animal communities. KW - community ecology KW - macroecology KW - tropical ecology KW - biodiversity Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-169374 VL - 7 ER - TY - JOUR A1 - Kilinc, Mehmet Okyay A1 - Ehrig, Klaas A1 - Pessian, Maysam A1 - Minev, Boris R. A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Colonization of xenograft tumors by oncolytic vaccinia virus (VACV) results in enhanced tumor killing due to the involvement of myeloid cells JF - Journal of Translational Medicine N2 - Background The mechanisms by which vaccinia virus (VACV) interacts with the innate immune components are complex and involve different mechanisms. iNOS-mediated NO production by myeloid cells is one of the central antiviral mechanisms and this study aims to investigate specifically whether iNOS-mediated NO production by myeloid cells, is involved in tumor eradication following the virus treatment. Methods Human colon adenocarcinoma (HCT-116) xenograft tumors were infected by VACV. Infiltration of iNOS\(^{+}\) myeloid cell population into the tumor, and virus titer was monitored following the treatment. Single-cell suspensions were stained for qualitative and quantitative flow analysis. The effect of different myeloid cell subsets on tumor growth and colonization were investigated by depletion studies. Finally, in vitro culture experiments were carried out to study NO production and tumor cell killing. Student’s t test was used for comparison between groups in all of the experiments. Results Infection of human colon adenocarcinoma (HCT-116) xenograft tumors by VACV has led to recruitment of many CD11b\(^{+}\) ly6G\(^{+}\) myeloid-derived suppressor cells (MDSCs), with enhanced iNOS expression in the tumors, and to an increased intratumoral virus titer between days 7 and 10 post-VACV therapy. In parallel, both single and multiple rounds of iNOS-producing cell depletions caused very rapid tumor growth within the same period after virus injection, indicating that VACV-induced iNOS\(^{+}\) MDSCs could be an important antitumor effector component. A continuous blockade of iNOS by its specific inhibitor, L-NIL, showed similar tumor growth enhancement 7–10 days post-infection. Finally, spleen-derived iNOS+ MDSCs isolated from virus-injected tumor bearing mice produced higher amounts of NO and effectively killed HCT-116 cells in in vitro transwell experiments. Conclusions We initially hypothesized that NO could be one of the factors that limits active spreading of the virus in the cancerous tissue. In contrast to our initial hypothesis, we observed that PMN-MDSCs were the main producer of NO through iNOS and NO provided a beneficial antitumor effect, The results strongly support an important novel role for VACV infection in the tumor microenvironment. VACV convert tumor-promoting MDSCs into tumor-killing cells by inducing higher NO production. KW - MDSCs KW - VACV KW - iNOS KW - oncolytic virus therapy KW - NO KW - innate immune system KW - antitumor immune response KW - antiviral immunity Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-168914 VL - 14 IS - 340 ER - TY - JOUR A1 - Joschinski, Jens A1 - Beer, Katharina A1 - Helfrich-Förster, Charlotte A1 - Krauss, Jochen T1 - Pea Aphids (Hemiptera: Aphididae) Have Diurnal Rhythms When Raised Independently of a Host Plant JF - Journal of Insect Science N2 - Seasonal timing is assumed to involve the circadian clock, an endogenous mechanism to track time and measure day length. Some debate persists, however, and aphids were among the first organisms for which circadian clock involvement was questioned. Inferences about links to phenology are problematic, as the clock itself is little investigated in aphids. For instance, it is unknown whether aphids possess diurnal rhythms at all. Possibly, the close interaction with host plants prevents independent measurements of rhythmicity. We reared the pea aphid Acyrthosiphon pisum (Harris) on an artificial diet, and recorded survival, moulting, and honeydew excretion. Despite their plant-dependent life style, aphids were independently rhythmic under light–dark conditions. This first demonstration of diurnal aphid rhythms shows that aphids do not simply track the host plant’s rhythmicity. KW - artificial diet KW - circadian clock KW - hourglass clock KW - Acyrthosiphon pisum KW - photoperiodism Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-168783 VL - 16 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Hacker, Ulrich T. A1 - Escalona-Espinosa, Laura A1 - Consalvo, Nicola A1 - Goede, Valentin A1 - Schiffmann, Lars A1 - Scherer, Stefan J. A1 - Hedge, Priti A1 - Van Cutsem, Eric A1 - Coutelle, Oliver A1 - Büning, Hildegard T1 - Evaluation of Angiopoietin-2 as a biomarker in gastric cancer: results from the randomised phase III AVAGAST trial JF - British Journal of Cancer N2 - Background: In the phase III AVAGAST trial, the addition of bevacizumab to chemotherapy improved progression-free survival (PFS) but not overall survival (OS) in patients with advanced gastric cancer. We studied the role of Angiopoietin-2 (Ang-2), a key driver of tumour angiogenesis, metastasis and resistance to antiangiogenic treatment, as a biomarker. Methods: Previously untreated, advanced gastric cancer patients were randomly assigned to receive bevacizumab (n = 387) or placebo (n = 387) in combination with chemotherapy. Plasma collected at baseline and at progression was analysed by ELISA. The role of Ang-2 as a prognostic and a predictive biomarker of bevacizumab efficacy was studied using a Cox proportional hazards model. Logistic regression analysis was applied for correlations with metastasis. Results: Median baseline plasma Ang-2 levels were lower in Asian (2143 pg ml\(^-\)\(^1\)) vs non-Asian patients (3193 pg ml\(^-\)\(^1\)), P<0.0001. Baseline plasma Ang-2 was identified as an independent prognostic marker for OS but did not predict bevacizumab efficacy alone or in combination with baseline VEGF. Baseline plasma Ang-2 correlated with the frequency of liver metastasis (LM) at any time: Odds ratio per 1000 pg ml\(^-\)\(^1\) increase: 1.19; 95% CI 1.10-1.29; P<0.0001 (non-Asians) and 1.37; 95% CI 1.13-1.64; P = 0.0010 (Asians). Conclusions: Baseline plasma Ang-2 is a novel prognostic biomarker for OS in advanced gastric cancer strongly associated with LM. Differences in Ang-2 mediated vascular response may, in part, account for outcome differences between Asian and non-Asian patients; however, data have to be further validated. Ang-2 is a promising drug target in gastric cancer. KW - gastric cancer KW - angiogenesis KW - Angiopoietin-2 KW - bevacizumab KW - liver metastasis KW - biomarker Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-189578 VL - 114 IS - 8 ER - TY - JOUR A1 - Fujiwara, Yuri A1 - Hermann-Luibl, Christiane A1 - Katsura, Maki A1 - Sekiguchi, Manabu A1 - Ida, Takanori A1 - Helfrich-Förster, Charlotte A1 - Yoshii, Taishi T1 - The CCHamide1 Neuropeptide Expressed in the Anterior Dorsal Neuron 1 Conveys a Circadian Signal to the Ventral Lateral Neurons in Drosophila melanogaster JF - Frontiers in Physiology N2 - The fruit fly Drosophila melanogaster possesses approximately 150 brain clock neurons that control circadian behavioral rhythms. Even though individual clock neurons have self-sustaining oscillators, they interact and synchronize with each other through a network. However, little is known regarding the factors responsible for these network interactions. In this study, we investigated the role of CCHamide1 (CCHa1), a neuropeptide expressed in the anterior dorsal neuron 1 (DN1a), in intercellular communication of the clock neurons. We observed that CCHa1 connects the DN1a clock neurons to the ventral lateral clock neurons (LNv) via the CCHa1 receptor, which is a homolog of the gastrin-releasing peptide receptor playing a role in circadian intercellular communications in mammals. CCHa1 knockout or knockdown flies have a generally low activity level with a special reduction of morning activity. In addition, they exhibit advanced morning activity under light-dark cycles and delayed activity under constant dark conditions, which correlates with an advance/delay of PAR domain Protein 1 (PDP1) oscillations in the small-LNv (s-LNv) neurons that control morning activity. The terminals of the s-LNv neurons show rather high levels of Pigment-dispersing factor (PDF) in the evening, when PDF is low in control flies, suggesting that the knockdown of CCHa1 leads to increased PDF release; PDF signals the other clock neurons and evidently increases the amplitude of their PDP1 cycling. A previous study showed that high-amplitude PDP1 cycling increases the siesta of the flies, and indeed, CCHa1 knockout or knockdown flies exhibit a longer siesta than control flies. The DN1a neurons are known to be receptive to PDF signaling from the s-LNv neurons; thus, our results suggest that the DN1a and s-LNv clock neurons are reciprocally coupled via the neuropeptides CCHa1 and PDF, and this interaction fine-tunes the timing of activity and sleep. KW - circadian clock KW - circadian rhythm KW - CCHamide1 KW - pacemaker neuron KW - neuropeptide KW - pigment-dispersing factor Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-195940 SN - 1664-042X VL - 09 ER - TY - THES A1 - Tulke, Moritz T1 - Grundlegende Arbeiten zum bio-artifiziellen renalen Tubulus aus ko-kultivierten adipozytären mesenchymalen Stammzellen und Endothelzellen auf einer synthetischen Kapillarmembran T1 - Fundamental work on a bio-artificial renal tubule consisting of co-cultivated adipose-derived mesenchymal stem cells and endothelial cells on a synthetic capillary membrane N2 - Mit fortschreitender chronischer Niereninsuffizienz kommt es zur Akkumulation von Urämietoxinen und im Endstadium unbehandelt zum Tod im sogenannten Urämischen Syndrom. Die Blutreinigung erfolgt bei der am häufigsten verwendeten Form der Nierenersatztherapie, der Hämodialyse, nur unzureichend. Die Folge ist eine erhöhte Morbidität und Mortalität der betroffenen Patienten. Bei der Hämodialyse werden nur Urämietoxine bis zu einer Größe von 20 kDa über die im Dialysator eingesetzten Hohlfaserdialysemembranen diffusiv und konvektiv semiselektiv nach Größenausschluss entfernt. Proteingebundene Urämietoxine, deren effektive Größe durch die Bindung an Transportproteine wie beispielsweise Albumin die Trennschärfe der Dialysemembranen übersteigt, werden retiniert. In-vivo werden proteingebundene Urämietoxine im proximalen Tubulus, einem Teil des tubulären Systems des Nephrons, sekretorisch eliminiert. Im Rahmen der vorliegenden Promotionsarbeit wurden die ersten Entwicklungsschritte auf dem Weg zu einem sogenannten bio-artifiziellen Tubulus evaluiert. Der angedachte biohybride Filter sollte aus einer Ko-Kultur funktionaler humaner proximaler Tubuluszellen und humaner Endothelzellen (HUVEC) auf synthetischen Hohlfasermembranen bestehen und könnte während der Hämodialyse als zusätzlicher Reinigungsschritt angewendet werden, um unter anderem proteingebundene Urämietoxine effektiv durch aktiven Transport aus dem Blut der Patienten zu entfernen. Die Differenzierung der proximalen Tubuluszellen erfolgte dabei aus adulten adipozytären mesenchymalen Stammzellen (ASC), deren Herkunft eine spätere autologe Behandlung ermöglicht. Die Ko-Kultur mit Endothelzellen wurde zur potentiellen Steigerung der Sekretion proteingebundener Urämietoxine verwendet. In der vorliegenden Arbeit konnten ASCs durch eine Kombination der löslichen Differenzierungsfaktoren All-Trans-Retinoinsäure (ATRA), Aktivin A und BMP-7 erfolgreich in Zytokeratin 18-exprimierende Zellen differenziert werden, wodurch die erwünschte epitheliale Differenzierung bestätigt wurde. Die Expression funktionaler Proteine, wie das für den Wassertransport relevante Aquaporin 1 oder auch der Na+-/K+-ATPase, konnte in dieser Arbeit bereits vor der Differenzierung nachgewiesen werden. Im nächsten Schritt wurde erfolgreich gezeigt, dass eine simultane, qualitativ hochwertige Ko-Kultur von ASCs und HUVECs auf der mit dem extrazellulären Matrixprotein Fibronektin modifizierten Innen- bzw. Außenseite von synthetischen Hohlfasermembranen aus Polypropylen bzw. Polyethersulfon möglich ist. Die Viabilität beider Zelltypen wurde dabei durch die Verwendung eines für die Ko-Kultur entwickelten Nährmediums erreicht, in welchem die Proliferation von ASCs bei gleichzeitiger Aufrechterhaltung ihrer Stammzelleigenschaften deutlich erhöht war. Die in dieser Arbeit erzielten Ergebnisse stellen eine aussichtsreiche Basis für einen bio-artifiziellen renalen Tubulus dar. Weitere Entwicklungsschritte, wie die Differenzierung der ASCs zu proximalen Tubuluszellen im 3D-Bioreaktor einschließlich ihrer funktionalen Charakterisierung anhand Tubulusepithel-spezifischer Transporter, sind erforderlich, be-vor erste funktionale Experimente vor dem „Upscaling“ auf klinisch verwendbare Module möglich sind. N2 - Progressing chronic kidney disease results in the accumulation of uremic toxins and, if left untreated in end-stage kidney disease, death due to the developing uremic syndrome. The most common renal replacement therapy is hemodialysis. It is a life-prolonging therapy but only delivering inadequate blood purification, which is associated with excess morbidity and mortality of the patients. In hemodialysis, only uremic toxins with a molecular size of up to 20 kDa are removed by diffusion or convection. Solutes are eliminated by semi-selective size exclusion across a hollow fiber dialysis membrane in a dialyzer. Binding of certain uremic toxins to carrier proteins, such as albumin, results in an increased effective size, which excludes them from passing through dialysis membranes. In the native kidney, these protein-bound uremic toxins are eliminated from blood by secretory transport in the proximal tubule, a specific part of the tubular filtration apparatus of the nephron. The present doctoral thesis evaluated the first steps towards a so-called bio-artificial tubule. The intended biohybrid filter was supposed to consist of a co-culture of functional human proximal tubule cells and human endothelial cells on synthetic hollow fiber membranes. In its final form, it would be implemented during hemodialysis as an additional purification step to more efficiently remove protein-bound uremic toxins from the patients’ blood by active transport. The proximal tubule cells were differentiated from adipose-derived mesenchymal stem cells, which facilitates a later autologous treatment. The co-culture with endothelial cells should further promote the expression of transporters for organic anions and, thereby, potentially increase the secretion of protein-bound uremic toxins. In the present study, the differentiation from ASCs to a CK18-expression lineage, which confirmed successful epithelial differentiation, was induced by a combination of the soluble differentiation factors all-trans-retinoic acid, activin A and BMP-7. The expression of functional proteins, i.e., of aquaporin 1, which is relevant for water transport, and Na+-/K+-ATPase, was shown already before differentiation. Additionally, the present work demon-strated a high-quality co-culture of ASCs and HUVECs on the inner- and outer membrane surfaces of synthetic polypropylene- or polyethersulfone-based hollow fiber membranes, which initially were surface-modified with the extracellular matrix protein fibronectin. The viability of both cell types was thereby ensured by the application of a specific co-culture medium, which further increased the proliferation of ASCs intensely while maintaining their stem-cell character. The results of the present approach represent a promising basis for a bio-artificial renal tubule. The further development requires the differentiation of ASCs into proximal tubule cells on the 3D-bioreactor membrane and their characterization by verifying tubulusepithel-specific transporters. Finally, subsequent functional experiments have to precede an upscaling to clinically applicable modules. KW - Hohlfaserreaktor KW - Stammzelle KW - Endothelzelle KW - Adipozytäre mesenchymale Stammzelle KW - Bio-artifizieller Tubulus KW - Ko-Kultur Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-216896 ER - TY - THES A1 - Castillo Cajas, Ruth T1 - Evolution and diversity of cuticular hydrocarbon profiles of cuckoo wasps T1 - Evolution und Diversität der Kohlenwasserstoffprofile der Goldwespen N2 - Cuticular hydrocarbons (CHC) abound on the surface of arthropods. In spite of their simple structure (molecules of carbon and hydrogen atoms), they provide pivotal functions in insects: their hydrophobic properties confer the insects a means to regulate water balance and avoid desiccation, whereas their diversity has enhanced their use as signals and cues in a wide range of communication and recognition processes. Although the study of CHC in insects over the past two decades has provided great insight into the wide range of functions they play, there is still a gap in understanding how they diversify and evolve. In this thesis, I have used members of the family Chrysididae to explore patterns of diversification of CHC. Most of the species of cuckoo wasps in this study are specialized parasitoids or kleptoparasites of mainly solitary hymenopteran hosts. Other hosts of the family include butterflies or stick insects. Cuckoo wasps are a particular interesting model to study the evolution of cuticular hydrocarbons because of their chemical adaptations that allow them to remain unrecognized by their hosts. Chemical insignificance (the reduction of the total amount of CHC on the cuticle) and chemical mimicry (the de novo production of CHC profiles resembling those of their female host) have been described in some representatives of the family and unpublished evidence suggests chemical deception is widespread in Chrysididae (Chapter 2). Nonetheless, to trace the evolution of any trait of interest, a reliable phylogenetic reconstruction of the family is required. Therefore, the first study of this thesis constitutes the largest and to-date most reliable phylogenetic reconstruction of the family Chrysididae, which includes representatives of 186 species of cuckoo wasps. While the results of this phylogenetic reconstruction are consistent with previous ideas on the relationships of subfamilies and tribes, it shows the existence of several non-monophyletic genera (Chapter 3). CHC are involved in intraspecific recognition, often acting as contact sex pheromones. Nevertheless, it is not yet understood to what extent CHC profiles differ between the two sexes and whether some compound classes are more prevalent in one or the other sex. So far, no comparison of CHC profiles of males and females has been done for more than a dozen of related species. In Chapter 4, I describe and compare CHC profiles of females and males of 58 species of cuckoo wasps in order to evaluate whether and to what extent CHC profiles of these species differ between the sexes. I demonstrated that CHC profiles of cuckoo wasps are frequently (more than 90% of the species analyzed) and strongly dimorphic (both sexes of a given species tend to produce very different CHC compounds). Methyl-branched compounds tend to be more prevalent in males (especially dimethyl-branched compounds) and unsaturated compounds prevail in females. Moreover, a sex-specific pattern in the distribution of the double bond position of alkenes was evident: internal double bond positions (> 11) occur predominantly in males, whereas alkenes with the doublé bond at position 9 were more abundant and frequent in females (Chapter4). In Chapter5, I investigated how CHC profiles of cuckoo wasps differ across species. Are CHC profiles of cuckoo wasps species-specific, enabling their use as cues for species recognition? How do CHC profiles resemble phylogenetic relatedness? In Chapter 5, I try to answer these questions by comparing CHC profiles of 59 species of cuckoo wasps. CHC profiles of cuckoo wasps are shown to be species (and sex-) specific. I show that CHC profiles are useful as a complementary tool to help delimiting taxonomically difficult sibling species. Moreover, the evaluation of CHC profiles of five commonly occurring species within a genus, showed little or no geographical variation. However, CHC profiles of closely related species may differ strongly among each other, not being useful to track the evolutionary history of species (Chapter 5). Sexual selection is generally credited for generating striking sexual dimorphism by causing changes in male traits. Most often, sexual selection has a stronger effect on males, who compete for access to and may be selected by females, thus male traits may rapidly evolve. Nevertheless, in cuckoo wasps, it appears that it is the female sex the one evolving faster changes, with females of very closely related species showing extremely divergent profiles. One plausible reason for this disparity is that natural selection acting on female’s CHC profiles may be stronger than sexual selection on males (Chapter 6). Since females of cuckoo wasps are most probably engaged in an evolutionary arms race with their female hosts, CHC profiles of female cuckoo wasps are likely rapidly evolving, thus explaining part of the strong observed sexual dimorphism of CHC (Chapter 6). In fact, Chapter 7 shows evidence of a possible ongoing evolutionary arms race between five cuckoo wasps of the genus Hedychrum and their hosts. Hedychrum species parasitize either Coleoptera-hunting or Hymenoptera-hunting digger wasps. Since the coleopteran prey of the former digger wasps is naturally better protected against fungus infestation, these wasps do not embalm their prey with alkene-enriched secretions as do the Hymenoptera-hunting digger wasps. Thus, Coleoptera-hunting digger wasps can apparently diversify their profiles to escape chemical mimicry. Interestingly, only female cuckoo wasps of these hosts have started producing the same compound classes and even the same CHC compounds as those of their hosts. Male cuckoo wasps, however retain an alkene-enriched CHC profile that reflects the molecular phylogeny of the genus (Chapter 7). Whereas, a larger number of parasite-host comparisons may be needed to further conclude that an arms race between cuckoo wasps and their hosts is capable of generating sexual dimorphism of cuckoo wasps, this thesis constitutes the first effort towards this, providing a starting point for further studies. Finally, I provide some methodological tools that may help in speeding up the sometimes cumbersome process of analyzing and identifying CHC profiles. One of the most time-demanding steps in the processing of CHC data is the alignment of CHC chromatograms. This process is often done manually, because alignment programs are mostly designed for metabolomics or are just recently being developed. I analyzed CHC profiles using a combined approach with two freely available programs. I used AMDIS (Automated Mass Spectral Deconvolution and Identification System, http://chemdata.nist.gov/mass-spc/amdis/) to deconvolute and automatically identify all CHC of interest present in a chromatogram. I then developed a series of R scripts to correct for potential, unavoidable errors while processing CHC chromatograms with AMDIS. Chapter 8 explains this procedure. In the next chapter, I developed a program that helps in the identification of one commonly occurring class of hydrocarbons. The limited number of linear alkanes (only one per carbon atom) and their characteristic diagnostic ion allows a rapid and unambigous identification of these substances. In opposition, unsaturated and methyl-branched compounds are more difficult to identify, as a result of the much larger diversity of existing compounds. To identify unsaturated compounds a derivatization is necessary to determine the position of the double bond. Methyl-branched alkanes, however can be identified from the original chromatogram if their diagnostic ions are known. Nonetheless, polymethyl-branched alkanes (e.g., compounds with two or more methyl groups along the chain) are often difficult to identify, because they may appear in mixes (e.g., 3,7 diMeC27 and 3,9 diMeC27), and tables containing the diagnostic ions are not easily available. Therefore, I developed a program that creates a table with all possiblemethyl-branched compounds containing up to 4 methyl groups, and that provides their diagnostic ions and a calculated retention index. This may allow a much faster identification of the methyl-branched compound a researcher is dealing with, without having to lose time in the tedious calculations by hand. The program is able to correctly identify, or at least, greatly reduce the number of possible options for the identification of an unknown methyl-branched compound. Thus, using this tool, most methyl-branched compounds can be readily identified (Chapter 9). This thesis ends with a general discussion (Chapter 10). Overall, this work provides a comprehensive overview of the diversity of cuticular hydrocarbons of cuckoo wasps. The analyses presented here shed light on the emergence and evolution of interspecific diversity and intraspecific sexual dimorphism of CHC profiles. In addition, two technical methods have been developed that could greatly facilitate the CHC analysis of insects. N2 - Kutikulare Kohlenwasserstoffe (engl. „cuticular hydrocarbons“, CHC) sind Substanzen, die wir in größeren Mengen auf der Körperoberfläche von Arthropoden finden. Diese Moleküle aus Kohlenstoff- und Wasserstoffatomen haben trotz ihrer einfachen Struktur entscheidende Funktionen bei Insekten: Ihre wasserabweisende Eigenschaften geben den Insekten die Möglichkeit, den Wasserhaushalt zu regulieren und Austrocknung zu vermeiden. Darüber hinaus ermöglicht die Vielfältigkeit der CHC ihre Verwendung als Signale für eine breite Palette von Kommunikations-und Erkennungsprozessen. Obwohl die Erforschung von CHC in den letzten zwei Jahrzehnten einen großen Einblick in die Funktionen bei Insekten ermöglicht hat, gibt es immer noch Verständnislücken bezüglich der Evolution und Diversifizierung von CHC (Kapitel1). In der vorliegenden Dissertation habe ich anhand verschiedener Arten der Wespen Familie Chrysididae die Diversifizierungsmuster von CHC erforscht. Die meisten der Goldwespenarten in dieser Studie sind spezialisierte Parasitoiden oder Kleptoparasiten von hauptsächlich solitären Hymenopteren. Wirte von anderen Goldwespen sind auch Phasmatodea und Lepidoptera. Goldwespen sind besonders interesante Modellorganismen, um die Evolution von CHC zu untersuchen. Denn sie haben auf ihrer Kutikula chemische Anpassungen an die chemischen Oberflächen ihrer Wirte entwickelt, um bei dem Wirt zu vermeiden, dass ihre eigenen chemischen Signale bei der Eiablage erkannt werden. Für einige Vertreter der Familie Chrysididae wurden chemische Unscheinbarkeit/Unsichtbarkeit („insignificance“) und chemische Mimikry beschrieben. Bei ersterem, handelt es sich um die Reduzierung der Gesamtmenge der CHC auf der Kutikula, bei letzterem um die Nachahmung des CHC Profils des Wirtes. Zudem, deuten unveröffentlichte Daten darauf hin, dass chemische Nachahmung unter den Chrysididae weit verbreitet ist (Kapitel 2). Eine zuverlässige phylogenetische Rekonstruktion der Chrysididae ist notwendig, um die Evolution eines Merkmales, wie z.B. die Ausbildung eines CHC-Profils, zu verfolgen. Daher stellt der erste Teil dieser Arbeit die größte und bis heute zuverlässigste phylogenetische Rekonstruktion der Familie Chrysididae dar, welche Vertreter von 186 Arten von Goldwespen umfasst. Die Ergebnisse dieser Phylogenie stehen in Übereinstimmung mit vorherigen Studien über die Beziehungen zwischen Subfamilien und Triben der Goldwespen. Die Phylogenie deutet jedoch auf die Existenz mehrerer nicht-monophyletischer Gattungen in Chrysididae hin (Kapitel 3). CHC sind an der innerartlichen Erkennung beteiligt und fungieren manchmal als Kontakt-Sex-Pheromonen. Es ist jedoch noch nicht klar, inwieweit die CHC-Profile zwischen den beiden Geschlechtern differieren und ob einige Verbindungsklassen in dem einen Geschlecht häufiger als in dem anderen vorkommen. Bislang gibt es lediglich einen Vergleich von CHC-Profilen zwischen Männchen und Weibchen für weniger alseinDutzendverwandterArten.In Kapitel 4 werden die CHC-Profile von Weibchen und Männchen von 58 Goldwespenarten beschrieben und verglichen, um zu beurteilen, ob und in welchem Ausmaß, sich die CHC-Profile dieser Arten zwischen den Geschlechtern unterscheiden. Ich konnte zeigen, dass CHC-Profile von Goldwespen stark sexuell dimorph sind (Männchen und Weibchen der gleichen Art neigen dazu, sehr unterschiedliche CHC-Verbindungen zu produzieren), und dass dieser Dimorphismus sehr häufig vorkommt (mehr als 90% der untersuchten Arten). Methylverzweigte Verbindungen (insbesondere dimethylverzweigte Verbindungen) waren tendenziel bei Männchen häufiger und bei Weibchen waren ungesättigte Verbindungen häufiger. Darüber hinaus war ein geschlechtsspezifisches Muster in der Verteilung der Doppelbindungsposition von Alkenen offensichtlich: interne Doppelbindungspositionen (>11) treten vorwiegend bei Männchen auf, während Alkene mit der Doppelbindung an Position 9 bei Weibchen häufiger vorkommen (Kapitel 4). Im darauf folgenden Kapitel meiner Arbeit, beschäftige ich mich mit der Frage wie unterschiedlich CHC-Profile von Goldwespen zwischen Arten sind. Sind CHC-Profile artspezifisch, wie es zu erwarten wäre, wenn sie zur Arterkennung dienen? Gibt es Ähnlichkeiten in Bezug auf die phylogenetische Verwandtschaft der Arten? In Kapitel 5, versuche ich diese Fragen zu beantworten, indem ich die CHC-Profile von 59 Goldwespenarten vergleiche. Ich zeige, dass CHC-Profile von Goldwespen art- (und geschlechts-) spezifisch sind, und dass CHC-Profile als ergänzendes Werkzeug zur Abgrenzung von taxonomisch schwierigen Geschwisterarten nützlich sind. Darüber hinaus zeigt die Beurteilung der CHC-ProfilevonfünfhäufigvorkommendeArteninnerhalbeinerGattungwenigoder keine geografische Variation, was bei der Abgrenzung der Arten hilft. Allerdings können CHC-Profile nah verwandter Arten sehr unterschiedlich sein. Somit sind sie kein geeignetes Merkmal um die Evolutionsgeschichte von Arten nachzuvollziehen (Kapitel 5). Im sich daran anschließenden Kapitel, geht es darum, zu verstehen warum CHCProfile der meisten Goldwespenarten so auffallend unterschiedliche CHC-Profile zwischen Geschlechtern aufweisen. Beider sexuellen Selektion wird in der Regel erwartet, dass siedurch Veränderungen männlicher Merkmale zu einem auffälligen Sexualdimorphismus führt. Meistens wirkt die sexuelle Selektion stärker auf die Männchen aus als auf die Weibchen, weil sie um die Weibchen konkurrieren und von den Weibchen ausgewählt werden müssen. Daher wird erwartet, dass männliche Merkmale schneller evolvieren. Dennoch scheint das weibliche Geschlecht bei Goldwespen das Geschlecht zu sein, das schneller evolviert, was sich z. B. dadurch äußert, dass Weibchen sehr nah verwandter Arten extrem divergierende Profile zeigen (Kapitel 6). Ein plausibler Grund für diese Verschiedenheit zwischen den Weibchen nah verwandter Arten ist, dass die natürliche Selektion, die auf die CHC-Profile von Weibchen wirkt, stärker sein kann als die sexuelle Selektion bei den Männchen (Kapitel 6). Da die Weibchen der Goldwespen höchstwahrscheinlich in einem evolutionären Wettrüsten mit ihren weiblichen Wirten stehen, ist es möglich dass die CHC-Profile von Weibchen schnell evolvieren und somit den stark beobachteten sexuellen Dimorphismus von CHC in Goldwespen erklären (Kapitel 6). In Kapitel 7, werden Hinweise auf ein mögliches fortwährendes Wettrüsten zwischen fünf Goldwespenarten der Gattung Hedychrum und ihren Wirten aufgezeigt. Arten dieser Gattung parasitieren entweder Grabwespen die Coleoptera oder Hymenoptera als Nahrung für ihre Nachkommen jagen. Da die Coleoptera-Beute natürlicherweise besser gegen Pilzbefall geschützt ist, balsamieren diese Wespen ihre Beute nicht mit durch Alkene angereicherte Sekrete ein, im Gegensatz zu der anderen Gruppe der Grabwespen, die Hymenopteren als Futter verwerten. Daher diversifizieren Coleoptera-jagende Grabwespen offenbar ihre Profile stärker,um der chemischen Mimikry ihrer Parasitoiden zu entkommen. Interessanterweise haben nur weibliche Goldwespen dieser Coleoptera-jagende Wirte begonnen, die gleichen Substanzklassen und sogar die gleichen CHC-Verbindungen wie die ihrer Wirte zu produzieren. Männliche Goldwespen behalten jedoch ein durch Alkene angereichertes CHC-Profil, das die molekulare Phylogenie der Gattung Hedychrum widerspiegelt. Um jedoch eindeutiger zu beweisen, dass ein Wettrüsten zwischen Goldwespen und ihren Wirten den Geschlechtsdimorphismus von Goldwespen hervorbringt, wäre eine größere Anzahl von Vergleichen zwischen Goldwespen und ihren Wirten nötig. Nichtsdestotrotz ist diese Arbeit ein erster Versuch, den Geschlechtsdimorphismus von CHC in Goldwespen zu erklären und ein Ausgangspunkt für weitere Studien. Abschließend stelle ich einige methodische Werkzeuge vor, die helfen können, den bisher umständlichen Prozess der Analyse und Identifizierung von CHC-Profilen zu beschleunigen. Einer der zeitaufwendigsten Schritte bei der Verarbeitung von CHC Daten ist die Alinierung von CHC-Chromatogrammen. Dieser Prozess wird oft manuell durchgeführt, da Alinierungsprogramme für die Metabolomik konzipiert sind oder gerade erst entwickelt werden. Meine CHC-Profile habe ich mit einem kombinierten Ansatz mit zwei frei verfügbaren Programmen analysiert. Ich benutzte AMDIS (Automated Mass Spectral Deconvolution and Identification System), um die CHC in einem Chromatogramm zu dekonvolutieren und automatisch zu identifizieren. Ich habe weiterhin eine Reihe von R-Skripten entwickelt, um mögliche unvermeidbare Fehler bei der Verarbeitung von CHC-Chromatogrammen mit AMDIS zu korrigieren. In Kapitel 8 wird dieses Verfahren erläutert. Im darauffolgenden Kapitel stelle ich ein Programm vor, das ich für eine erleichterte Identifizierung einer häufig vorkommenden Verbindungsklasse von CHC entwickelt habe. Die begrenzte Anzahl von linearen Alkanen (nur eines pro Kohlenstoffatom) und ihre charakteristischen diagnostischen Ionen erlauben die schnelle und eindeutige Identifizierung dieser Substanzen. Im Gegensatz dazu sind ungesättigte und methylverzweigte Verbindungen auf grund der viel größeren Vielfalt möglicher Verbindungen deutlich schwieriger zu identifizieren. Für die Identifizierung ungesättigter Verbindungen ist eine Derivatisierung notwendig, um die Position der Doppelbindung zu bestimmen. Methylverzweigte Alkane können jedoch theoretisch vom ursprünglichen Chromatogramm unterschieden werden, sofern die diagnostischen Ionen bekannt sind. Trotz alledem sind polymethylverzweigte Alkane (z.B. Verbindungen mit zwei oder mehr Methylgruppen entlang der Kette) oft schwer zu identifizieren, da sie in Mischungen (z. B. 3,7 diMeC27 und 3,9 diMeC27) auftreten können. Ihre diagnostische Ionen müssen entweder berechnet werden oder in Tabellen, die nicht leicht verfügbar sind, gesucht werden. Ich entwickelte daher ein kleines Programm, das eine Tabelle erstellt mit allen möglichen methylverzweigten Verbindungen mit bis zu 4 Methylgruppen sowie deren diagnostischen Ionen und einem berechneten Retentionsindex. Dies erlaubt eine viel schnellere Identifizierung der richtigen methylverzweigten Verbindung, ohne dass ein Wissenschaflter Zeit für die mühsamen Berechnungen von Hand verlieren muss. Das Programm ist in der Lage, die Anzahl möglicher Optionen einer unbekannten methylverzweigten Verbindung korrekt zu nennen oder zumindest die Auswahl stark einzugrenzen und damit die Identifikation der Substanz stark zu erleichtern. Es ist daher zu erwarten, dass mit diesem Werkzeug die meisten methylverzweigten Verbindungen leicht identifiziert werden können (Kapitel9). Ich schließe meiner Dissertation mit einer allgemeinen Diskussion (Kapitel 10). Die vorliegende Arbeit stellt einen umfangreichen Überblick der Diversität von kutikularen Kohlenwasserstoffen von Goldwespen dar. Dieser Einblick kann uns helfen, die Bedeutung von CHC-Profilen für Arthropoden im Allgemeinen besser zu verstehen. Konkret beleuchten die durchgeführten Analysen die Entstehung und Evolution von interspezifischer Diverstität bzw. Ähnlichkeiten von CHC-Profilen und intraspezifischen sexuellen Dimorphismus von CHC-Profilen. Darüber hinaus wurden technische Methoden entwickelt, die zukünftige Arbeiten zu CHC Analysen von verschiedenen Insekten stark erleichtern könnten. KW - Chrysididae KW - Cuticular hydrocarbons Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-173418 ER - TY - THES A1 - Pfann, Christina T1 - Untersuchungen zu neuen therapeutischen Ansätzen zur Beeinflussung der MYC-Expression im kolorektalen Karzinom T1 - Experiments on new therapeutic strategies to influence MYC expression in colorectal cancer N2 - Eine veränderte Expression des Transkriptionsfaktors MYC wird als entscheidender Faktor für Tumorentstehung und -progress im kolorektalen Karzinom gesehen. Somit ist die Hemmung dessen Expression und Funktion ein zentraler Ansatz bei der zielgerichteten Tumortherapie. Als geeignete Strategie, sowohl die Halbwertszeit als auch die Translation von MYC zu verringern, erschien eine duale PI3K-/mTOR-Hemmung durch den small molecule-Inhibitor BEZ235. Gegenteilig ist jedoch unter Behandlung mit BEZ235 eine verstärkte MYC-Expression in verschiedenen Kolonkarzinom-Zelllinien zu beobachten. Neben verstärkter Transkription, konnte eine verstärkte IRES-abhängige Translation von MYC nach Hemmung der mTOR-/5´Cap-abhängigen Translation durch BEZ235, als Ursache der MYC-Induktion nachgewiesen werden. Es konnte gezeigt werden, dass die Induktion von MYC nach PI3K-/mTOR-Hemmung durch eine kompensatorische Aktivierung des MAPK-Signalwegs in Folge einer FOXO-abhängigen Induktion von Rezeptortyrosinkinasen, stattfindet. Eine mögliche Strategie, diese Feedback-Mechanismen zu umgehen, ist die direkte Hemmung der Translationsinitiation. Hierfür wurden Rocaglamid und dessen Derivat Silvestrol als small molecule-Inhibitoren der eIF4A-Helikase verwendet. Im Gegensatz zur PI3K/mTOR-Hemmung, ist durch eIF4A-Inhibition eine Reduktion der MYC-Proteinexpression in verschiedenen Kolonkarzinom-Zelllinien zu erreichen – ohne einhergehende MAPK-Aktivierung. Anhand der Ergebnisse kann postuliert werden, dass Silvestrol das Potential besitzt, sowohl die Cap-/eIF4F-abhängie als auch die somit eIF4A-abhängige IRES-vermittelte Translation von MYC zu hemmen. Weiterhin kann eine proliferationshemmende Wirkung durch Silvestrol auf Kolonkarzinom-Zellen in vitro, via Zellzyklusarrest und Induktion von Apoptose, gezeigt werden. Dies stellt die Voraussetzung für eine potentielle Eignung als tumorhemmender Wirkstoff in der Therapie des kolorektalen Karzinoms dar. N2 - Deregulated expression of MYC is a driver of colorectal carcinogenesis. Thus inhibition of MYC function and expression may be a central aim in targeted therapy. Inhibiting the PI3K-and mTOR pathway seemed to be a proper strategy to increase MYC turnover and reduce its translation. Instead, we observe enhanced MYC expression in colon carcinoma cells upon treatment with the dual PI3K-/mTOR-inhibitor BEZ235. PI3K-/mTOR-Inhibition permits both enhanced transcription and induction of IRES-dependent translation of MYC through feedback activation of the MAPK pathway via FOXO-dependent induction of receptor tyrosine kinases. A strategy to bypass the signalling feedback mechanisms, is targeting the translation initiation. Using Silvestrol, a Rocaglamid derivate as small molecule inhibitor of the initiation factor eIF4A, MYC protein expression can be reduced in colorectal cancer cells – without observed MAPK-activation. So Silvestrol has he potential to inhibit Cap-/eIF4F-dependend as well as eIF4A-dependent IRES-mediated tranlation of MYC. Furthermore Silvestrol inhibits proliferation of colon carcinoma cells in vitro, shown by cell cycle arrest and induction of apoptosis. Our data argue that targeting translation initiation is a promising strategy to limit MYC expression in colorectal cancer. Thus, together with its antiproliferative effect, Silvestrol might be a potential anti-tumor agent. KW - Myc KW - colorectal cancer Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-216687 ER - TY - THES A1 - Redlich, Sarah T1 - Opportunities and obstacles of ecological intensification: Biological pest control in arable cropping systems T1 - Chancen und Hürden Ökologischer Intensivierung: Biologische Schädlingsbekämpfung im Ackerbau N2 - Modern agriculture is the basis of human existence, a blessing, but also a curse. It provides nourishment and well-being to the ever-growing human population, yet destroys biodiversity-mediated processes that underpin productivity: ecosystem services such as water filtration, pollination and biological pest control. Ecological intensification is a promising alternative to conventional farming, and aims to sustain yield and ecosystem health by actively managing biodiversity and essential ecosystem services. Here, I investigate opportunities and obstacles for ecological intensification. My research focuses on 1) the relative importance of soil, management and landscape variables for biodiversity and wheat yield (Chapter II); 2) the influence of multi-scale landscape-level crop diversity on biological pest control in wheat (Chapter III) and 3) on overall and functional bird diversity (Chapter IV). I conclude 4) by introducing a guide that helps scientists to increase research impact by acknowledging the role of stakeholder engagement for the successful implementation of ecological intensification (Chapter V). Ecological intensification relies on the identification of natural pathways that are able to sustain current yields. Here, we crossed an observational field study of arthropod pests and natural enemies in 28 real-life wheat systems with an orthogonal on-field insecticide-fertilizer experiment. Using path analysis, we quantified the effect of 34 factors (soil characteristics, recent and historic crop management, landscape heterogeneity) that directly or indirectly (via predator-prey interactions) contribute to winter wheat yield. Reduced soil preparation and high crop rotation diversity enhanced crop productivity independent of external agrochemical inputs. Concurrently, biological control by arthropod natural enemies could be restored by decreasing average field sizes on the landscape scale, extending crop rotations and reducing soil disturbance. Furthermore, reductions in agrochemical inputs decreased pest abundances, thereby facilitating yield quality. Landscape-level crop diversity is a promising tool for ecological intensification. However, biodiversity enhancement via diversification measures does not always translate into agricultural benefits due to antagonistic species interactions (intraguild predation). Additionally, positive effects of crop diversity on biological control may be masked by inappropriate study scales or correlations with other landscape variables (e.g. seminatural habitat). Therefore, the multiscale and context-dependent impact of crop diversity on biodiversity and ecosystem services is ambiguous. In 18 winter wheat fields along a crop diversity gradient, insect- and bird-mediated pest control was assessed using a natural enemy exclusion experiment with cereal grain aphids. Although birds did not influence the strength of insect-mediated pest control, crop diversity (rather than seminatural habitat cover) enhanced aphid regulation by up to 33%, particularly on small spatial scales. Crop diversification, an important Greening measure in the European Common Agricultural Policy, can improve biological control, and could lower dependence on insecticides, if the functional identity of crops is taken into account. Simple measures such as ‘effective number of crop types’ help in science communication. Although avian pest control did not respond to landscape-level crop diversity, birds may still benefit from increased crop resources in the landscape, depending on their functional grouping (feeding guild, conservation status, habitat preference, nesting behaviour). Observational studies of bird functional diversity on 14 wheat study fields showed that non-crop landscape heterogeneity rather than crop diversity played a key role in determining the richness of all birds. Insect-feeding, non-farmland and non-threatened birds increased across multiple spatial scales (up to 3000 m). Only crop-nesting farmland birds declined in heterogeneous landscapes. Thus, crop diversification may be less suitable for conserving avian diversity, but abundant species benefit from overall habitat heterogeneity. Specialist farmland birds may require more targeted management approaches. Identifying ecological pathways that favour biodiversity and ecosystem services provides opportunities for ecological intensification that increase the likelihood of balancing conservation and productivity goals. However, change towards a more sustainable agriculture will be slow to come if research findings are not implemented on a global scale. During dissemination activities within the EU project Liberation, I gathered information on the advantages and shortcomings of ecological intensification and its implementation. Here, I introduce a guide (‘TREE’) aimed at scientists that want to increase the impact of their research. TREE emphasizes the need to engage with stakeholders throughout the planning and research process, and actively seek and promote science dissemination and knowledge implementation. This idea requires scientists to leave their comfort zone and consider socioeconomic, practical and legal aspects often ignored in classical research. Ecological intensification is a valuable instrument for sustainable agriculture. Here, I identified new pathways that facilitate ecological intensification. Soil quality, disturbance levels and spatial or temporal crop diversification showed strong positive correlations with natural enemies, biological pest control and yield, thereby lowering the dependence on agrochemical inputs. Differences between functional groups caused opposing, scale-specific responses to landscape variables. Opposed to our predictions, birds did not disturb insect-mediated pest control in our study system, nor did avian richness relate to landscape-level crop diversity. However, dominant functional bird groups increased with non-crop landscape heterogeneity. These findings highlight the value of combining different on-field and landscape approaches to ecological intensification. Concurrently, the success of ecological intensification can be increased by involving stakeholders throughout the research process. This increases the quality of science and reduces the chance of experiencing unscalable obstacles to implementation. N2 - Die moderne Landwirtschaft ist die Grundlage menschlichen Lebens, ein Segen, aber auch ein Fluch. Sie stellt Nahrung und Wohlstand für die immerfort wachsende menschliche Bevölkerung bereit, und zerstört gleichzeitig Biodiversitäts-geförderte Prozesse, welche die Produktivität unterstützen: Ökosystemdienstleistungen wie Wasseraufbereitung, Bestäubung und biologische Schädlingsbekämpfung. Ökologische Intensivierung ist eine vielversprechende Alternative zur konventionellen Landwirtschaft, und zielt darauf aus, Erträge und die Gesundheit von Ökosystemen zu erhalten indem Biodiversität und essentielle Ökosystemdienstleistungen aktiv gemanagt werden. In meiner Doktorarbeit untersuche ich die Chancen und Hürden Ökologischer Intensivierung. Das Hauptinteresse meiner Forschung liegt bei 1) der relativen Bedeutung von Boden, Bewirtschaftung und Landschaftsaspekten für Biodiversität und Weizenerträge (Kapitel II); 2) dem Einfluss regionaler Anbauvielfalt auf verschiedenen räumlichen Skalen auf die biologische Schädlingsbekämpfung in Weizen (Kapitel III) und 3) auf die gesamte und funktionelle Artenvielfalt von Vögeln (Kapitel IV). Zum Schluss 4) stelle ich einen Leitfaden vor, der Wissenschaftlern hilft die Wirkung ihrer Forschung zu erhöhen, indem die fundamentale Rolle von Stakeholdern für die Umsetzung Ökologischer Intensivierung besser genutzt wird (Kapitel V). Ökologische Intensivierung bedarf der Identifizierung von natürlichen Prozessen, die zum Erhalt landwirtschaftlicher Erträge beitragen. Zu diesem Zweck verknüpften wir eine Beobachtungsstudie, in der Schädlinge und natürliche Gegenspieler in 28 realen Weizen Anbausystem aufgenommen wurden, mit einem orthogonalen Feldexperiment (Insektizid und mineralische Düngung). Anhand einer Pfadanalyse quantifizierten wir den Einfluss von 34 Faktoren (Bodencharakteristiken, gegenwärtige und vergangene Bewirtschaftung, Landschaftsheterogenität), die direkt oder indirekt (über Räuber-Beute-Interaktionen) Einfluss auf den Winterweizenertrag ausüben. Reduzierte Bodenbearbeitung und vielfältige Fruchtfolgen erhöhten die Erträge unabhängig von der Ausbringung von Agrochemikalien. Gleichzeitig könnte die biologische Schädlingsbekämpfung durch räuberische Insekten wiederhergestellt werden, indem durchschnittliche Schlaggrößen auf der Landschaftsebene verringert, Fruchtfolgen erweitert und die Bodenbearbeitung reduziert wird. Des Weiteren senkte der Verzicht auf Agrochemikalien das Schädlingsaufkommen einiger Arten, und trug zu einer höheren Ertragsqualität bei. Regionale Anbauvielfalt ist ein vielversprechendes Mittel zur Ökologischen Intensivierung. Doch die Erhöhung der Artenvielfalt durch Diversifizierungsmaßnahmen führt nicht immer zu Vorteilen in der Landwirtschaft, vor allem auf Grund antagonistischer Wechselwirkungen zwischen verschiedenen Arten (intraguild predation). Weiterhin können positive Effekte der Anbauvielfalt durch die Wahl der falschen räumlichen Skala oder durch Korrelationen mit anderen Landschaftsvariablen (z.B. halbnatürliche Habitate) überdeckt werden. Aus diesem Grund bestehen Unklarheiten über die Wirkung von Anbauvielfalt auf Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen in unterschiedlichen räumlichen Skalen und Kontexten. Durch Ausschlussexperimente mit Getreideblattläusen untersuchten wir die biologische Schädlingsbekämpfung durch räuberische Insekten und Vögel in 18 Winterweizenfeldern innerhalb eines Landschaftsgradienten der Anbauvielfalt. Vögel hatten keinen Einfluss auf die biologische Schädlingsbekämpfung durch Insekten. Anbauvielfalt (nicht das Vorkommen halbnatürlicher Habitate) erhöhte die Schädlingsbekämpfung um bis zu 33%, vor allem auf kleinen räumlichen Skalen. Somit kann die Steigerung der Anbauvielfalt, eine wichtige Säule der Europäischen Gemeinsamen Agrarpolitik, die biologische Schädlingsbekämpfung verbessern und den Einsatz von Agrochemikalien verringern, solange die funktionelle Gruppe der Anbaupflanzen berücksichtigt wird. Einfache Maßeinheiten wie die ‘effektive Anzahl an Kulturpflanzengruppen‘ helfen in der Kommunikation wissenschaftlicher Ergebnisse. Obwohl die Schädlingsbekämpfung durch Vögel nicht durch regionale Anbauvielfalt beeinflusst wurde, könnten Vögel, abhängig von der Zugehörigkeit zu bestimmten funktionellen Gruppen (Ernährung, Gefährdungsstatus, Lebensraum, Nistplatzwahl), dennoch von erhöhten Ressourcen auf landwirtschaftlichen Flächen profitieren. In einer Beobachtungsstudie wurde die funktionelle Vielfalt von Vögeln auf 14 Winterweizenfeldern aufgenommen. Die Studie zeigte, dass die nicht agrarisch genutzte Landschaftsheterogenität im Vergleich zur regionalen Anbauvielfalt eine übergeordnete Rolle für die Artenvielfalt spielte, vor allem für Insektenfresser, Vögel die außerhalb landwirtschaftlicher Flächen siedeln oder nicht in ihrem Bestand gefährdet sind. Effekte waren auf allen Skalen sichtbar (bis zu 3000m). Nur Acker-nistende Agrarvögel zeigten negative Beziehungen zu Landschaftsheterogenität. Der Nutzen der Anbaudiversifizierung scheint weniger Bedeutung für den Vogelschutz zu haben als die übergeordnete Vielfalt der Landschaft, welche den Artenreichtum häufiger Vogelarten erhöhte. Spezialisierte Vogelarten dagegen bedürfen eines gezielten, angepassten Managements. Um Ökologische Intensivierung voranzutreiben und ein Gleichgewicht zwischen Naturschutz- und Produktivitätszielen zu erreichen, bedarf es der Identifikation ökologischer Prozesse, die zur Steigerung von Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen beitragen. Doch der die Wende zu einer nachhaltigeren Landwirtschaft wird nur langsam voran schreiten, wenn Forschungsergebnisse nicht global umgesetzt werden. Während der Öffentlichkeitsarbeit im EU Projekt Liberation konnte ich Informationen über die Vor- und Nachteile Ökologischer Intensivierung und deren Umsetzung sammeln. Hier stelle ich einen Leitfaden (‘TREE’) vor, der Wissenschaftlern helfen soll die Wirkung ihrer Forschung zu erhöhen. TREE verdeutlicht wie wichtig es ist, Stakeholder in den Planungs- und Forschungsprozess eines Projektes mit einzubeziehen, und aktiv die Verbreitung von Wissen und die Umsetzung wissenschaftlicher Ergebnisse voranzutreiben. TREE fordert Wissenschaftler dazu auf, die eigene Komfortzone zu verlassen und sozioökonomische, praktische und rechtliche Aspekte zu berücksichtigen, welche oft in der klassischen Forschung unbeachtet bleiben. Ökologische Intensivierung ist ein bedeutender Schritt in Richtung nachhaltige Landwirtschaft. In dieser Arbeit identifiziere ich neue Wege zur ökologischen Intensivierung. Bodenqualität, Störungsgrad des Bodens und die räumliche oder zeitliche Anbauvielfalt zeigten starke positive Korrelationen mit natürlichen Gegenspielern, biologischer Schädlingsbekämpfung und Erträgen auf, wodurch die Abhängigkeit von Agrochemikalien verringert wird. Unterschiede zwischen funktionellen Gruppen verursachten gegensätzliche Beziehungen zu Landschaftsvariablen auf verschiedenen räumlichen Skalen. Entgegen unserer Erwartungen nahmen Vögel in unserem System keinen Einfluss auf die biologische Schädlingsbekämpfung durch Insekten. Die Vogelvielfalt war außerdem unbeeinflusst von der regionalen Anbauvielfalt. Doch dominante funktionelle Vogelgruppen profitieren von der Vielfalt nicht agrarisch genutzter Landschaftsaspekte. Diese Ergebnisse betonen den Wert einer Mischung aus unterschiedlichen lokalen und landschaftsbezogenen Ansätzen zur Ökologischen Intensivierung. Gleichzeitig kann der Erfolg Ökologischer Intensivierung vor allem dadurch erhöht werden, dass Stakeholder in den Forschungsprozess eingebunden werden. Dies steigert die Qualität der Forschung und reduziert die Wahrscheinlichkeit, während der Umsetzung auf unüberwindbare Hürden zu stoßen. KW - Ökologische Intensivierung KW - Biologische Schädlingsbekämpfung KW - Landwirtschaft KW - Artensterben KW - Ökosystemdienstleistungen KW - Öffentlichkeitsarbeit KW - ecological intensification KW - biological pest control KW - agriculture KW - public outreach KW - ecosystem services KW - sustainable farming Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-171228 ER - TY - THES A1 - Kaltdorf, Martin Ernst T1 - Analyse von regulatorischen Netzwerken bei Zelldifferenzierung und in der Infektionsbiologie T1 - Analysis of Regulatory Networks during Cell Differentiation and in Infection Biology N2 - Das zentrale Paradigma der Systembiologie zielt auf ein möglichst umfassendes Ver-ständnis der komplexen Zusammenhänge biologischer Systeme. Die in dieser Arbeit angewandten Methoden folgen diesem Grundsatz. Am Beispiel von drei auf Basis von Datenbanken und aktueller Literatur rekonstruier-ten Netzwerkmodellen konnte in der hier vorliegenden Arbeit die Gültigkeit analyti-scher und prädiktiver Algorithmen nachgewiesen werden, die in Form der Analy-sesoftware Jimena angewandt wurden. Die daraus resultierenden Ergebnisse sowohl für die Berechnung von stabilen Systemzuständen, der dynamischen Simulation, als auch der Identifikation zentraler Kontrollknoten konnten experimentell validiert wer-den. Die Ergebnisse wurden in einem iterativen Prozess verwendet werden um das entsprechende Netzwerkmodell zu optimieren. Beim Vergleich des Verhaltens des semiquantitativ ausgewerteten regulatorischen Netzwerks zur Kontrolle der Differenzierung humaner mesenchymaler Stammzellen in Chondrozyten (Knorpelbildung), Osteoblasten (Knochenbildung) und Adipozyten (Fett-zellbildung) konnten 12 wichtige Faktoren (darunter: RUNX2, OSX/SP7, SOX9, TP53) mit Hilfe der Berechnung der Bedeutung (Kontrollzentralität der Netzwerkknoten identifi-ziert werden). Der Abgleich des simulierten Verhaltens dieses Netzwerkes ergab eine Übereinstimmung mit experimentellen Daten von 47,2%, bei einem widersprüchlichen Verhalten von ca. 25%, dass unter anderem durch die temporäre Natur experimentel-ler Messungen im Vergleich zu den terminalen Bedingungen des Berechnung der stabilen Systemzustände erklärt werden kann. Bei der Analyse des Netzwerkmodells der menschlichen Immunantwort auf eine Infek-tion durch A. fumigatus konnten vier Hauptregulatoren identifiziert werden (A. fumi-gatus, Blutplättchen, hier Platelets genannt, und TNF), die im Zusammenspiel mit wei-teren Faktoren mit hohen Zentralitätswerten (CCL5, IL1, IL6, Dectin-1, TLR2 und TLR4) fähig sind das gesamte Netzwerkverhalten zu beeinflussen. Es konnte gezeigt werden, dass sich das Aktivitätsverhalten von IL6 in Reaktion auf A. fumigatus und die regulato-rische Wirkung von Blutplättchen mit den entsprechenden experimentellen Resultaten deckt. Die Simulation, sowie die Berechnung der stabilen Systemzustände der Immunantwort von A. thaliana auf eine Infektion durch Pseudomonas syringae konnte zeigen, dass die in silico Ergebnisse mit den experimentellen Ergebnissen übereinstimmen. Zusätzlich konnten mit Hilfe der Analyse der Zentralitätswerte des Netzwerkmodells fünf Master-regulatoren identifiziert werden: TGA Transkriptionsfaktor, Jasmonsäure, Ent-Kaurenoate-Oxidase, Ent-kaurene-Synthase und Aspartat-Semialdehyd-Dehydrogenase. Während die ersteren beiden bereits lange als wichtige Regulatoren für die Gib-berellin-Synthese bekannt sind, ist die immunregulatorische Funktion von Aspartat-Semialdehyd-Dehydrogenase bisher weitgehend unbekannt. N2 - The central paradigm of systems biology aims at a comprehensive understanding in complex relationships of biological systems. The methods used in this work support this aim. By the example of three network models reconstructed on the basis of databases and current literature, the validity of analytical and predictive algorithms could be demon-strated in this work. As simulation software the framework Jimena was applied. The results for the calculation of stable system states, the dynamic simulation as well as the identification of central control nodes could be validated experimentally. The re-sults were used in an iterative process to further optimize the corresponding network model. Comparing the behavior of the semi-quantitatively evaluated regulatory network to control the differentiation of human mesenchymal stem cells into chondrocytes (carti-lage formation), osteoblasts (bone formation) and adipocytes (fatty cell formation), 12 important factors (including: RUNX2, OSX/SP7, SOX9, TP53) could be identified by the calculation of the control centralities of the network nodes. The comparison of the simulated behavior of these nodes showed an agreement with experimental data of 47.2%. We found a contradictory behavior of approximately 25%. Differing results can be explained due to the temporary nature of experimental measurements compared to the terminal conditions of the calculation the stable system states. Analyzing the network model of the human immune response to A. fumigatus infec-tion, four major regulators could be identified (A. fumigatus, platelets, and TNF), which interact with other factors with high control centrality values (CCL5, IL1, IL6, Dectin1). TLR2 and TLR4) are capable of affecting the overall network behavior. It could be shown that the activity behavior of IL6 in response to the modular activity of the plate-lets as well as A. fumigatus coincides with the corresponding experimental results. The simulation, as well as the calculation of the stable system states of the immune response of A. thaliana to an infection by Pseudomonas syringae, showed that in silico results are in agreement with the experimental results. By analyzing the control cen-trality values of the network model, five main regulators could be: TGA transcription factor, jasmonic acid, ent-kaurene-Oxidase, ent-kaurene synthase and aspartate semi-aldehyde. While the former two have long been recognized as important regulators of gibberel-lin synthesis, the immunoregulatory function of aspartate semialdehyde dehydrogen-ase has been largely unknown. KW - Netzwerksimulation KW - Immunbiologie KW - Zelldifferenzierung KW - Systembiologie KW - Signaltransduktion KW - Mesenchymale Stammzelldifferenzierung KW - Netzwerkrekonstruktion KW - network simulation KW - network reconstruction KW - immunology KW - mesenchymal stem cell differentiation KW - signal transduction Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-198526 ER - TY - THES A1 - Fuß, Antje T1 - Evaluierung des Nachweises von Schistosoma mansoni DNA mittels Real-Time PCR in verschiedenen humanen Proben sowie den Zwischenwirtschnecken in einer Hochprävalenzregion am Viktoriasee in Tansania T1 - Evaluation of the detection of Schistosoma mansoni DNA by real-time PCR in different human samples and the intermediate host snails in a high prevalence region at Lake Victoria in Tanzania N2 - Die Schistosomiasis ist nach wie vor eine der häufigsten parasitären Erkrankungen der Welt und verursacht erhebliche gesundheitliche und wirtschaftliche Folgen, insbesondere in ärmeren, ländlichen Regionen. Durch Immunreaktionen auf die im Wirt abgelegten Eier des Parasiten können sich chronische Verlaufsformen manifestieren. Dabei kann es zu irreversiblen Schäden kommen. Um dies zu verhindern sind eine frühe und sichere Diagnose sowie eine Behandlung mit Praziquantel (PZQ) unabdingbar. Zudem spielt der zuverlässige Nachweis der Schistosomiasis eine Schlüsselrolle bei der Überwachung, Prävention und Kontrolle der Erkrankung. In epidemiologischen Studien findet am häufigsten die mikroskopische Kato-Katz (KK)-Methode zum Nachweis von Schistosoma mansoni Eiern im Stuhl Anwendung. Dieses Verfahren ist äußerst spezifisch und bietet die Möglichkeit der Quantifizierung, wodurch die Intensität der vorliegenden Infektion bestimmt werden kann. Die Sensitivität der Testmethode ist jedoch nur moderat, insbesondere bei einer niedrigen Infektionsintensität. Zudem kann eine Infektion erst nach der Präpatenzzeit nachgewiesen werden. Der ebenfalls häufig eingesetzte urinbasierte Point-of-Care Circulating Cathodic Antigen (POC-CCA)-Test weist zwar eine höhere Sensitivität aber geringere Spezifität als das KK-Verfahren auf. Als hochsensitive und sehr spezifische Methode zur Diagnose der Schistosomiasis hat sich der Nachweis von Schistosoma-spezifischer DNA mittels Real-Time PCR herausgestellt. Allerdings wird für die Durchführung dieser Technik ein gut ausgestattetes Labor benötigt, das sich in der Regel nicht in unmittelbarer Nähe zum Patienten im Feld befindet. Daher ist es besonders wichtig, über praktikable und schnelle Konservierungsmethoden zu verfügen, die bevor die Extraktion und Amplifikation der DNA stattfindet, einen einfachen Transport und eine einfache Lagerung des Probenmaterials ermöglichen. Das Ziel des ersten Teils der vorliegenden Arbeit war, die Sensitivität und Spezifität der klassischerweise verwendeten KK-Methode und des POC-CCA-Tests mit der Real-Time PCR- Methode unter Verwendung von Stuhlproben, Urinproben, Serumproben sowie auf Filterpapier getrocknete Blutproben (dried blood spots – DBSs) zu vergleichen. Zudem wurde die Anwendbarkeit der Real-Time PCR aus Serum- und Urinproben zur Therapiekontrolle überprüft. Die dazu notwendigen Studien wurden alle in der Region Mwanza in Tansania durchgeführt, welche als hochendemisch für S. mansoni gilt. Für die Untersuchungen zur stuhlbasierten Real-Time PCR wurden als Studienteilnehmer Schulkinder gewählt. Aufgrund der erforderlichen Blutabnahme wurden die anderen Teilstudien nur mit erwachsenen Probanden durchgeführt. Unter Verwendung der KK-Methode als Goldstandard erzielten die Real-Time PCR aus Stuhlproben und der POC-CCA-Test sehr hohe Sensitivitäten von 99,5% bzw. 89,7%, jedoch nur geringe Spezifitäten von 29,55% und 22,73%. Die KK-Methode weist bekanntermaßen nur eine geringe bis moderate Sensitivität auf und ist daher nicht gut als Referenz geeignet. Deshalb wurde zusätzlich eine latente Klassenanalyse angewandt, um die tatsächlich Erkrankten zu ermitteln und anhand dieser die diagnostische Güte der verwendeten Tests zu bestimmen. Hier zeigte der POC-CCA-Test die höchste Sensitivität (99,5%) sowie eine Spezifität von 63,4%. Der Real-Time PCR-Test hatte eine Sensitivität von 98,7% und die höchste Spezifität (81,2%). Die Spezifität der KK-Technik betrug 72,8%, die Sensitivität war signifikant niedriger (89,7%) als bei den anderen beiden Methoden. Diese Ergebnisse verdeutlichen, dass der POC-CCA-Schnelltest empfindlicher ist als die KK-Methode und zum Screening von S. mansoni-Infektionen eingesetzt werden kann. Die Stuhl-PCR war zwar ebenfalls hochsensitiv und zeigte unter den drei getesteten Diagnoseverfahren die höchste Spezifität, aber aufgrund der höheren Kosten und der komplizierten Anwendung sollte für epidemiologische Untersuchungen in Hochprävalenzregionen der POC-CCA-Test bevorzugt werden. Bei unklaren Diagnosen kann die Real-Time PCR-Methode als Bestätigungstest Anwendung finden. In der Teilstudie zur serum- und urinbasierten Real-Time PCR in einer endemischen Region vor und nach der Behandlung mit PZQ wurden folgende Ergebnisse erzielt: Unter Verwendung einer kombinierten Referenz aus den Ergebnissen des parasitologischen KK-Tests und / oder der serumbasierten PCR konnte zu Studienbeginn eine Prävalenz von S. mansoni von 77,1% ermittelt werden. In Bezug auf die Sensitivität zeigte der DNA-Nachweis aus Serum (96,3%) und der POC-CCA-Assay (77,8%) die höchsten Ergebnisse. Die urinbasierte Real-Time PCR zeigte die geringste Empfindlichkeit (33,3%). Durch die Behandlung mit Praziquantel wurde eine signifikante Reduktion der S. mansoni Prävalenz erreicht. Zwanzig Wochen nach Therapie konnte durch die KK-Methode keine, mit dem POC-CCA-Test 33,3% und mit der serumbasierten Real-Time PCR 58,3% Infektionen festgestellt werden. Die Analyse der mittels der serumbasierten PCR bestimmten mittleren Ct-Werte im zeitlichen Verlauf zeigte, dass dieser eine Woche nach der Behandlung signifikant abnahm (von 30,3 auf 28) und 20 Wochen später über den Basiswert (34,9) anstieg. Der Ct-Wert ist umgekehrt proportional zur DNA-Ausgangsmenge, die in die PCR eingesetzt wurde. Dies deutet darauf hin, dass kurz nach der Therapie ein DNA-Anstieg zu verzeichnen war und 20 Wochen später weniger DNA als zu Beginn der Studie nachweisbar war. Dieser DNA-Verlauf lässt verschiedene Interpretationsmöglichkeiten zu. Die Daten zeigen jedoch, dass die serumbasierte Real-Time PCR eine ausgezeichnete diagnostische Genauigkeit aufweist. Da die nachgewiesene DNA jedoch keine Rückschlüsse auf das Parasitenstadium zulässt und es sich hierbei auch um DNA aus im Gewebe verbliebenen Eiern oder Reinfektionen handeln könnte, ist diese Methode in Hochprävalenz- Regionen nicht zur Therapiekontrolle geeignet. Die Verwendung von Urin zum DNA-Nachweis erzielte keine vielversprechenden Ergebnisse. Die Sensitivität der Real-Time PCR aus DBSs war ebenfalls sehr gering (45,4%) und kann ohne weitere ausführliche Testung hinsichtlich Lagertemperatur, Lagerdauer, verschiedener Filterpapierarten und Extraktionsmethoden nicht empfohlen werden. Zusammenfassend zeigten die Ergebnisse dieser Studien, dass sowohl die stuhl- als auch die serumbasierte Real-Time PCR bei der Erkennung und Bewertung der Infektionsprävalenz, einem wichtigen Aspekt epidemiologischer Studien, deutlich empfindlicher ist als das mikroskopische KK-Verfahren. Aufgrund des hohen Kosten- und Personalaufwandes und der Notwendigkeit eines gut ausgestatteten Labors wird sich diese Methode aber nicht zum Screening in hochendemischen Ländern durchsetzen. Sie kann jedoch einen Mehrwert bei der Diagnose der Schistosomiasis bieten, vor allem bei frühen oder leichten Infektionen. Zudem kann diese hochsensitive und spezifische Methode als Bestätigungstest bei unklaren Diagnosen herangezogen werden. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurden malakologische Untersuchungen zur Identifizierung potenzieller Übertragungsorte für die Schistosomiasis rund um die im Viktoriasee gelegene Insel Ijinga durchgeführt. Diese Analysen fanden innerhalb eines Pilotprojektes zur Eliminierung der Erkrankung auf der Insel Ijinga statt, wobei ein intensiviertes Behandlungsprotokoll, welches die gesamte Inselbevölkerung einschloss, Anwendung fand. Die Kontrolle der Praziquanteleffektivität nach mehreren Behandlungsrunden bringt eine Reihe diagnostischer Herausforderungen mit sich. Hier könnte die Beurteilung der Schistosoma-Infektion in den Zwischenwirtschnecken vor und nach der Therapie als Indikator für den Erfolg der Maßnahme dienen. Zu diesem Zweck erfolgte zunächst eine Baseline-Untersuchung, bei der Schnecken an Uferregionen gesammelt wurden, an denen die Inselbewohner häufigen Wasserkontakt hatten. Die Schnecken wurden anhand morphologischer Merkmale identifiziert und mithilfe der Real-Time PCR-Methode auf Infektionen mit S. mansoni untersucht. Insgesamt wurden 35,4% (279/788) S. mansoni- positive Zwischenwirtschnecken (Biomphalaria) detektiert. Dies verdeutlicht, dass an den meisten Wasserkontaktstellen um die Insel Ijinga ein potentielles Risiko für die Übertragung der Schistosomiasis besteht. Die mithilfe der KK-Methode ermittelte Gesamtprävalenz von S. mansoni in der humanen Bevölkerung betrug 68,9%. Nachdem die Bewohner der Insel viermal mit PZQ behandelt wurden, zeigte sich in der kontinuierlich überwachten Sentinelgruppe eine Reduktion der Prävalenz auf 28,7%. Zu diesem Zeitpunkt wurde ebenfalls die Analyse der Schnecken wiederholt und es konnten 16,8% (57/350) Schnecken mit einer S. mansoni Infektion nachgewiesen werden. Die Reduktion der Infektionshäufigkeit in den Schnecken vor und nach der viermaligen Behandlung der Bevölkerung war signifikant (χ² = 74.335, p < 0,001). Dies deutet darauf hin, dass die intermediären Wirtsschnecken zur Überwachung von Kontrollmaßnahmen verwendet werden können. N2 - Schistosomiasis remains one of the most common parasitic infections in the world, causing significant health and economic consequences, particularly in rural areas. Immune reactions to the parasite's eggs deposited in the host can lead to chronic progression. This may result in to irreversible damage. In order to prevent this, an early and reliable diagnosis and a concomitant therapy will be indispensable. In addition, the reliable detection of schistosomiasis plays a key role in monitoring, prevention and control of the disease. In epidemiological studies, the microscopic Kato-Katz (KK) method is most frequently used to detect eggs in stool. This method is highly specific and offers the possibility of quantification, which allows to determine the intensity of the existing infection. However, especially at low infection intensities, the sensitivity of the test method is rather moderate. Furthermore, infections can only be detected after the prepatent period. The also frequently used urine-based Point-of-Care Circulating Cathodic Antigen (POC-CCA) test shows a higher sensitivity but lower specificity than the KK method. The detection of schistosome-specific DNA through Real-Time PCR has proven to be a highly sensitive and very specific method for the diagnosis of schistosomiasis. However, this assay requires a well-equipped laboratory, which is usually not located in the immediate vicinity of the patient in the field. Therefore, it is particularly important to have practical and rapid preservation methods that allow easy transport and storage of the sample material before DNA extraction and amplification takes place. The aim of the first part of this dissertation was to compare the sensitivity and specificity of the classical KK method and the POC-CCA test with the Real-Time PCR method using stool samples, urine samples, serum samples and blood samples dried on filter paper (dried blood spots – DBS). In addition, tests were conducted regarding the applicability of Real-Time PCR from serum and urine samples for therapy control. The necessary studies were all carried out in the Mwanza region of Tanzania, which is considered to be highly endemic for S. mansoni. Schoolchildren were selected as study participants for the studies on stool-based Real-Time PCR. Due to the required blood collection, the other partial studies were conducted with adults only. Using the KK method as gold standard, the Real-Time PCR from stool samples and the POC-CCA test achieved very high sensitivities of 99.5% and 89.7%, respectively, but only low specificities of 29.55% and 22.73%. The KK method is known to have low to moderate sensitivity and is therefore not well suited as a reference. For this reason, a latent class analysis was carried out to determine the true patients and the diagnostic quality of the tests used. The POC-CCA test showed the highest sensitivity (99.5%) and a specificity of 63.4%. The Real-Time PCR test had a sensitivity of 98.7% and the highest specificity (81.2%). The specificity of the KK technique was 72.8%, the sensitivity was significantly lower (89.7%) than with the other two methods. These results show that the POC-CCA rapid test is more sensitive than the KK method and can be used to screen for S. mansoni infections. Although stool PCR is also highly sensitive and shows the highest specificity of the three diagnostic methods tested, the POC-CCA test should be preferred for epidemiological investigations in high prevalence regions on account of the higher costs and complicated application. If the diagnosis is unclear, the Real-Time PCR method can be used as a confirmatory test. The following results were obtained in the partial study regarding the use of serum and urine-based Real-Time PCR in an endemic region before and after treatment with Praziquantel (PZQ): Using a combined reference of the results of the parasitological KK test and / or the serum-based PCR, a prevalence of S. mansoni of 77.1% could be determined at the beginning of the study. In terms of sensitivity, DNA detection from serum (96.3%) and the POC-CCA assay (77.8%) showed the highest results. Urine-based Real-Time PCR showed the lowest sensitivity (33.3%). Treatment with Praziquantel significantly reduced the prevalence of S. mansoni. Twenty weeks after therapy, no infections could be detected with the KK method, 33.3% with the POC-CCA test and 58.3% with the serum-based Real-Time PCR. Analysis of mean Ct-values determined by serum-based Real-Time PCR over time showed that it decreased significantly (from 30.3 to 28) one week after treatment and increased above the baseline value (34.9) 20 weeks later. The Ct-value is inversely proportional to the initial amount of DNA added to the PCR. This suggests that shortly after therapy there was an increase in DNA and 20 weeks later less DNA was detectable compared to the beginning of the study. This DNA progression offers various interpretation possibilities. However, the data show that serum-based Real-Time PCR has excellent diagnostic accuracy. Yet, since the detected DNA does not allow conclusions to be drawn about the parasite stage and this could also be DNA from eggs remaining in the tissue or reinfections, this method is not suitable for therapy control in high prevalence regions. The use of urine for DNA detection did not yield promising results. The sensitivity of the Real-Time PCR from DBSs was also very low (45.4%) and cannot be recommended without further extensive testing with regard to storage temperature, storage time, different filter paper types and extraction methods. In summary, the results of these studies showed that Real-Time PCR is significantly more sensitive than microscopy in the detection and evaluation of infection prevalence, an important aspect of epidemiological studies. However, due to the high costs and personnel involved and the need for a well-equipped laboratory, this method will not be accepted for screening in high-endemic countries. Yet, it can provide added value in the diagnosis of schistosomiasis, especially in early or light infections. In addition, this highly sensitive and specific method can be used as a confirmatory test for unclear diagnoses. The second part of this dissertation describes malacological investigations to identify potential transmission sites for schistosomiasis around Ijinga Island located on Lake Victoria. These analyses took place as part of a pilot project to eliminate the disease on this island, using an intensified treatment protocol that included the entire island population. The control of Praziquantel effectiveness after several rounds of treatment poses a number of diagnostic challenges. Here, the assessment of the schistosoma infection in the intermediate host snails before and after the therapies could serve as an indicator for the success of the measure. For this purpose, a baseline study was carried out, in which snails were collected from shore regions where the islanders had frequent contact with water. The snails were identified on the basis of morphological characteristics and examined for infections with S. mansoni using the Real-Time PCR method. A total of 35.4% (279/788) S. mansoni positive intermediate host snails (Biomphalaria) were detected. This shows that there is a potential risk of schistosomiasis transmission at most water contact points around Ijinga. The total prevalence of S. mansoni in the human population determined by the KK method was 68.9%. After treating the community with Praziquantel four times, the prevalence of S. mansoni in the continuously monitored sentinel group was reduced to 28.7%. At this time, the analysis of the snails was repeated and 16.8% (57/350) snails with a S. mansoni infection were detected. The reduction in the frequency of infection in the snails before and after the fourfold treatment of the population was significant (χ² = 74,335, p < 0.001). This suggests that the intermediate host snails can be used to monitor control measures. KW - Schistosomiasis KW - Bilharziose KW - Real-time PCR KW - Tansania KW - Trematoden KW - Vernachlässigte Tropenkrankheiten Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-215061 ER - TY - THES A1 - Lakovic, Milica T1 - Evolution of animal dispersal: Putting timing in perspective T1 - Evolution von Ausbreitungsstrategien: Die Fitnesskonsequenzen des Zeitpunkts von Emigration N2 - Dispersal is a life-history trait affecting dynamics and persistence of populations; it evolves under various known selective pressures. Theoretical studies on dispersal typically assume 'natal dispersal', where individuals emigrate right after birth. But emigration may also occur during a later moment within a reproductive season ('breeding dispersal'). For example, some female butterflies first deposit eggs in their natal patch before migrating to other site(s) to continue egg-laying there. How breeding compared to natal dispersal influences the evolution of dispersal has not been explored. To close this gap we used an individual-based simulation approach to analyze (i) the evolution of timing of breeding dispersal in annual organisms, (ii) its influence on dispersal (compared to natal dispersal). Furthermore, we tested (iii) its performance in direct evolutionary contest with individuals following a natal dispersal strategy. Our results show that evolution should typically result in lower dispersal under breeding dispersal, especially when costs of dispersal are low and population size is small. By distributing offspring evenly across two patches, breeding dispersal allows reducing direct sibling competition in the next generation whereas natal dispersal can only reduce trans-generational kin competition by producing highly dispersive offspring in each generation. The added benefit of breeding dispersal is most prominent in patches with small population sizes. Finally, the evolutionary contests show that a breeding dispersal strategy would universally out-compete natal dispersal. N2 - Emigration und die daraus resultierende Ausbreitung („dispersal“) ist ein wichtiges Ereignis im Lebenszyklus von Insekten, mit grundlegenden öko-evolutionären Folgen. Fortschreitender globaler Wandel hinterlässt viele Arten in stark fragmentierten Habitaten; der Verbreitungsstrategie kommt deshalb eine Schlüsselrolle im Fortbestehen von Populationen zu. Insekten sind besonders anfällig gegenüber Habitatzerstörungen, da viele von ihnen Spezialisten sind und daher z.B. stark von Präsenz bestimmter Wirtsarten und deren Verteilung abhängen. Zum Schutz dieser Arten ist es folglich entscheidend die Ursachen und Folgen verschiedener Ausbreitungsstrategien zu verstehen. Zudem können Arten mit unterschiedlichen Lebenszyklen spezifische Ausbreitungsstrategien aufweisen. Natale Emigration („natal dispersal“) ist definiert als das Verlassen des Ortes der Geburt, um an einem neuen Ort zu reproduzieren, während „breeding dispersal“ Ausbreitung zwischen zwei aufeinanderfolgenden Paarungen bedeutet. Natal dispersal kann während des Larval- und Adultstadiums stattfinden, breeding dispersal nur während des Adultstadiums. Weiterhin ist der Zeitpunkt der Verpaarung, entweder vor oder nach Ausbreitung, besonders wichtig für Weibchen, die nicht nur die eigenen Gene transportieren, sondern eventuell auch die eines verpaarten Männchens. Es ist eindeutig, dass sich Genfluss und ökoevolutionäre Dynamik zwischen diesen Ausbreitungsstrategien unterscheiden. Schließlich erhielt nformationsverarbeitung durch Insekten und dessen Rolle in emigrationsbezogenen Entscheidungen in jüngster Zeit viel Aufmerksamkeit. Dennoch wurde der Zeitraum der Informationsbeschaffung (z.B. während des Larven- oder Adultstadiums) und folglich die Verfügbarkeit von Information zum Zeitpunkt der Emigration von Theoretikern und Empirikern größtenteils nicht beachtet. Meine Doktorarbeit liefert theoretische Einsichten in den optimalen Zeitpunkt der Emigration, des Zeitpunktes der Paarung (in Relation zu Emigration) und die Rolle von Informationsbeschaffung in Insekten- Metapopulationen. Mit Individuen basierten Modellen analysierte ich zuerst die Evolution des Emigrationszeitpunktes in Metapopulationen, gefolgt von der Evolution des (optimalen) Emigrations- und Paarungszeitpunktes in Metapopulationen von Insekten. Abschließend untersuchte ich, wie sich die Investition von Zeit in das Sammeln von Informationen auf den Zeitpunkt und die Häufigkeit von Emigration auswirkt. Ergebnisse meiner Thesis zeigen, dass die Vermeidung von Konkurrenz innerhalb der Art eine entscheidende Rolle in der Evolution des Zeitpunktes der Emigration einnimmt; weiterhin konnte ich zeigen, dass Insekten Informationen über die Populationsdichte nutzen können, um daran angepasst Entscheidungen bezüglich ihrer Emigration zu treffen; in heterogener Umwelt bestimmt die Toleranz gegenüber der Habitate die Evolution der Ausbreitungsstrategie und des Paarungszeitpunktes, was folglich die lokal Anpassung innerhalb ganzer Landschaften bestimmt. Meine Thesis bietet neue Einsichten in die Evolution von Ausbreitung, insbesondere auf den richtigen Zeitpunkt und die Reihenfolge von Emigration, Verpaarung und dem Sammeln von Informationen. Dieser Aspekt des Timings wurde bisher von theoretischen und empirischen Ökologen größtenteils ignoriert. Um die Populationsdynamik und die Ausbreitung einer Art verstehen zu können, ist es essentiell den Lebenszyklus und die Zeitpunkte der wichtigsten Lebensereignisse (Verbreitung, Reproduktion) zu kennen. Dies ist zwingend nötig, wenn eine erfolgreiche Umsetzung von Naturschutzmaßnahmen (z.B. Wiedereinführung von Arten) oder biologischer Schädlingsbekämpfung (z.B. Einführung von Prädatoren zur Bekämpfung von Schädlingen) angestrebt wird. KW - dispersal timing KW - metapopulation KW - individual-based simulation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-154522 ER - TY - THES A1 - Vikuk, Veronika T1 - Epichloë endophyte-grass symbioses in Germany – Infection rates, alkaloid concentrations and possible intoxication risks T1 - Epichloë Endophyt-Gras Symbiosen in Deutschland – Infektionsraten, Alkaloidkonzentrationen und mögliche Vergiftungsrisiken N2 - Endophytes live in partial symbiosis inside a plant and have been detected in all tested plants. They belong to the group of fungi or bacteria and their ecological function is mostly unknown. The fungal endophytes of the genus Epichloë belong to a special group of endophytes. Epichloë endophytes live symbiotically inside cool season grass species and some of them are able to produce alkaloids toxic to vertebrates and insects. Their symbiosis is seen as mutualistic for the following reasons: the fungus provides the plant herbivore resistance by producing alkaloids, and it increases the plant’s drought tolerance as well as its biomass production. In return, the grass provides the fungus shelter, nutrients and dispersal. Epichloë endophytes are host specific and the ability to produce alkaloids differs between species. In order to estimate intoxication risks in grasslands, it is necessary to detect infection rates of different grass species with Epichloë endophytes, and to determine the genotypes and chemotypes of the Epichloë species as well as the produced alkaloid concentrations. Factors like land-use intensity or season may have an influence on infection rates and alkaloid concentrations. Also, different methodological approaches may lead to different results. In this doctoral thesis my general aim was to evaluate intoxication risks in German grasslands caused by Epichloë endophytes. For that I investigated infection rates of different grass species and the genotypes and chemotypes of their Epichloë endophytes in German grasslands (Chapter II). Furthermore, I compared alkaloid concentrations detected with dry and fresh plant weight and different analytical methods. I also detected possible changes on the influence of season or land-use intensity (Chapter III). Additionally, I examined infections with Epichloë endophytes and alkaloid concentrations in commercially available grass seed mixtures and determined how that influences the intoxication risk of grazing animals in Europe (Chapter IV). It is of agricultural interest to estimate intoxication risks for grazing livestock on German grasslands due to Epichloë infected grass species. Therefore, it is important to investigate which grasses are infected with the Epichloë endophyte, if the endophytes have the ability to produce vertebrate and invertebrate toxic alkaloids and if the alkaloids are indeed produced. I showed that Epichloë festucae var. lolii infecting agriculturally important Lolium perenne lacked the starting gene for ergovaline biosynthesis. Hence, vertebrate toxic ergovaline was not detected in the majority of the collected L. perenne plants. The detection of alkaloid concentrations is an important tool to estimate intoxication risk for vertebrates, but also invertebrates. My studies showed that the usage of dry plant material is crucial to quantify the correct alkaloid concentrations, and that alkaloid concentrations can vary depending on the detection method. Hence, the usage of validated, similar detection methods is important to be able to compare alkaloid concentrations from different studies. Nevertheless, the trends of seasonal changes and the influence of land-use intensity stayed the same, regardless if dry or fresh plant weight was used. Also, alkaloid concentrations were below toxicity thresholds on population level, regardless of the method used. Two commercially available forage grass and two commercially available turf grass seed mixtures were infected with Epichloë endopyhtes and alkaloids were detected. This might contribute to the spreading of Epichloë endopyhtes in Germany, therefore seed mixtures should be tested for Epichloë infections. My results indicate that the intoxication risk is generally low in Germany at the moment, although that might change due to climate change, an increase of monocultural land-use, or the seeding of Epichloë infected grass seeds. N2 - Endophyten leben, zumindest zeitweise, symbiontisch in Pflanzen und sind bisher in allen untersuchten Pflanzen nachgewiesen worden. Es handelt sich dabei um Pilze oder Bakterien und ihre ökologische Funktion ist meistens unbekannt. Eine spezielle Gruppe der Endophyten sind Pilzendophyten der Gattung Epichloë. Diese leben symbiontisch innerhalb von kaltgemäßigten Grasarten und einige sind in der Lage vertebraten- und/oder insektentoxische Alkaloide herzustellen. Die Symbiose wird meist als mutualistisch bezeichnet, weil der Pilz der Pflanze einen Herbivorenschutz durch die Produktion der Alkaloide und eine gesteigerte Trockenresistenz und Biomassesteigerung bietet. Das Gras hingegen bietet dem Pilz Unterkunft, Nährstoffe und Verbreitung. Epichloë Endophyten sind wirtsspezifisch und die Fähigkeit Alkaloide zu produzieren schwankt zwischen den Arten. Um das Vergiftungsrisiko im Grünland einzuschätzen, ist es nötig Infektionsraten verschiedener Grasarten mit Epichloë Endophyten, die Geno- und Chemotypen der Epichloë Arten, und die produzierten Alkaloidkonzentrationen zu bestimmen. Faktoren wie Landnutzungsintensität oder die Jahreszeit können Infektionsraten und Alkaloidkonzentrationen beeinflussen. Ebenso können Alkaloidkonzentrationen von methodischen Faktoren abhängen. In dieser Doktorarbeit habe ich Infektionsraten verschiedener Grasarten in Deutschland und die Geno- und Chemotypen ihrer Epichloë Endophyten untersucht (Kapitel II). Außerdem habe ich Alkaloidkonzentrationen mit Frisch- bzw. Trockengewicht gemessen und mit verschiedenen analytischen Methoden verglichen, um mögliche Änderungen beim Einfluss von Jahreszeiten oder der Landnutzungsintensität zu detektieren. Des Weiteren habe ich das Vergiftungsrisiko auf deutschen Grasflächen abgeschätzt (Kapitel III). Zusätzlich habe ich kommerziell erhältliche Grassaatgutmischungen auf Epichloë Infektionen und Alkaloidgehalt untersucht und habe versucht einzuschätzen, wie sich das auf das Vergiftungsrisiko von Weidevieh in Europa auswirkt (Kapitel IV). Die Einschätzung von Vergiftungsrisiken für Weidevieh aufgrund von Epichloë infizierten Grasarten auf deutschen Graslandflächen ist von landwirtschaftlichem Interesse. Deshalb ist es wichtig zu untersuchen, welche Grasarten mit Epichloë Endophyten infiziert sind, ob der Endophyt in der Lage ist vertebraten- oder insektentoxische Alkaloide zu produzieren und ob diese tatsächlich produziert werden. Ich konnte zeigen, dass Epichloë festucae var. lolii, welches das landwirtschaflich wichtige Lolium perenne infiziert, das Startgen für die Ergovalinbiosynthese fehlt. Deshalb wurde das vertebraten-toxische Ergovalin in der Mehrheit der gesammelten L. perenne Pflanzen nicht nachgewiesen. Die Detektion von Alkaloidkonzentrationen ist ein wichtiges Werkzeug, um das Vergiftungsrisiko für Vertebraten aber auch Invertebraten einschätzen zu können. Ich konnte zeigen, dass die Verwendung von trockenem Pflanzenmaterial essenziell ist, um korrekte Alkaloidkonzentrationen zu quantifizieren und dass Alkaloidkonzentrationen in Abhängigkeit von der Detektionsmethode schwanken können. Deshalb ist die Verwendung von validierten, ähnlichen Detektionsmethoden wichtig, um die Alkaloidkonzentrationen von verschiedenen Studien vergleichen zu können. Dennoch blieben die jahreszeitlichen Trends und der Einfluss von Landnutzungsintensität gleich, egal ob Trocken- oder Frischgewicht der Pflanze verwendet wurde und Alkaloidkonzentrationen lagen unter der Toxizitätsschwelle auf Populationsebene. Ich konnte außerdem zeigen, dass zwei kommerziell erwerbliche Futtergrasmischungen, sowie zwei Rasengrasmischungen mit Epichloë Endophyten infiziert waren und auch Alkaloide detektiert werden konnten. Das könnte zu einer weiteren Ausbreitung von Epichloë-Endophyten in Deutschland beitragen, weshalb Saatgutmischungen auf Epichloë Infektionen getestet werden sollten. Meine Ergebnisse zeigen, dass das Vergiftungsrisiko in Deutschland im Moment generell eher niedrig ist. Allerdings kann sich das auf Grund von Klimawandel, zunehmenden Monokulturen in der Landnutzung, aber auch der Aussaat von Epichloë infiziertem Saatgut ändern. KW - Endophytische Pilze KW - HPLC-MS KW - Deutsches Weidelgras KW - Weidegräser KW - Alkaloide KW - intoxication risk KW - alkaloid concentrations KW - Epichloe endophytes KW - cool-season grass species KW - infection rates Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-213895 ER - TY - JOUR A1 - Beck, Katherina A1 - Hovhanyan, Anna A1 - Menegazzi, Pamela A1 - Helfrich-Förster, Charlotte A1 - Raabe, Thomas T1 - Drosophila RSK Influences the Pace of the Circadian Clock by Negative Regulation of Protein Kinase Shaggy Activity JF - Frontiers in Molecular Neuroscience N2 - Endogenous molecular circadian clocks drive daily rhythmic changes at the cellular, physiological, and behavioral level for adaptation to and anticipation of environmental signals. The core molecular system consists of autoregulatory feedback loops, where clock proteins inhibit their own transcription. A complex and not fully understood interplay of regulatory proteins influences activity, localization and stability of clock proteins to set the pace of the clock. This study focuses on the molecular function of Ribosomal S6 Kinase (RSK) in the Drosophila melanogaster circadian clock. Mutations in the human rsk2 gene cause Coffin–Lowry syndrome, which is associated with severe mental disabilities. Knock-out studies with Drosophila ortholog rsk uncovered functions in synaptic processes, axonal transport and adult behavior including associative learning and circadian activity. However, the molecular targets of RSK remain elusive. Our experiments provide evidence that RSK acts in the key pace maker neurons as a negative regulator of Shaggy (SGG) kinase activity, which in turn determines timely nuclear entry of the clock proteins Period and Timeless to close the negative feedback loop. Phosphorylation of serine 9 in SGG is mediated by the C-terminal kinase domain of RSK, which is in agreement with previous genetic studies of RSK in the circadian clock but argues against the prevailing view that only the N-terminal kinase domain of RSK proteins carries the effector function. Our data provide a mechanistic explanation how RSK influences the molecular clock and imply SGG S9 phosphorylation by RSK and other kinases as a convergence point for diverse cellular and external stimuli. KW - circadian clock KW - Period KW - Timeless KW - Shaggy kinase KW - RSK KW - Coffin–Lowry syndrome Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-196034 SN - 1662-5099 VL - 11 IS - 122 ER - TY - JOUR A1 - Krauss, Jochen A1 - Vikuk, Veronika A1 - Young, Carolyn A. A1 - Krischke, Markus A1 - Mueller, Martin J. A1 - Baerenfaller, Katja T1 - Epichloë endophyte infection rates and alkaloid content in commercially available grass seed mixtures in Europe JF - Microorganisms N2 - Fungal endophytes of the genus Epichloë live symbiotically in cool season grass species and can produce alkaloids toxic to insects and vertebrates, yet reports of intoxication of grazing animals have been rare in Europe in contrast to overseas. However, due to the beneficial resistance traits observed in Epichloë infected grasses, the inclusion of Epichloë in seed mixtures might become increasingly advantageous. Despite the toxicity of fungal alkaloids, European seed mixtures are rarely tested for Epichloë infection and their infection status is unknown for consumers. In this study, we tested 24 commercially available seed mixtures for their infection rates with Epichloë endophytes and measured the concentrations of the alkaloids ergovaline, lolitrem B, paxilline, and peramine. We detected Epichloë infections in six seed mixtures, and four contained vertebrate and insect toxic alkaloids typical for Epichloë festucae var. lolii infecting Lolium perenne. As Epichloë infected seed mixtures can harm livestock, when infected grasses become dominant in the seeded grasslands, we recommend seed producers to test and communicate Epichloë infection status or avoiding Epichloë infected seed mixtures. KW - Epichloë spp. KW - grass endophytes KW - cool-season grass species KW - infection rates KW - alkaloids KW - toxicity KW - livestock KW - horses KW - Lolium perenne KW - perennial ryegrass Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-203323 SN - 2076-2607 VL - 8 IS - 4 ER - TY - THES A1 - Glaab, Sabine T1 - Green classroom at the wildlife park: Aspects of environmental, instructional and conceptual education of primary school children concerning the European wildcat. T1 - Das Grüne Klassenzimmer im Wildpark: Aspekte der Umweltbildung, Instruktion sowie Schülervorstellungen bei Grundschulkindern zum Thema Wildkatze. N2 - To foster sustainable environmentally friendly behavior in children it is important to provide an effective form of environmental education. In this context we studied three important factors: Attitude towards nature, environmental knowledge and advanced expert knowledge. Concerning attitude towards nature our first question was: “Is it possible to affect primary school children’s environmental values during a one-day visit at a wildlife park?” As a control, the program was also conducted in schools, leading to two different learning settings- wildlife park and school. Regarding environmental knowledge, in our second question we wanted to know, if our modified teaching approach “guided learning at workstations” (G) combining instructional and constructivist elements would lead to good cognitive learning results of primary school children. Additionally, we compared it to a stronger teacher-centered (T) as well as to a stronger student-centered (S) approach. The third question we asked was “Is it possible to convey fascinating expert knowledge on a more advanced subject to primary school children using conceptual change theory?” After gathering primary school children’s preconceptions, we defined different groups due to the heterogeneity of their pre-existing conceptions and the change in conceptions. Based on this research we designed a program along with an instrument to measure the impact of the conceptual change teaching method. After years of building a strong cooperation between the section Didactics of Biology at the Julius-Maximilians University Würzburg, the nearby schools and the wildlife park “Wild-Park Klaushof” near Bad Kissingen in northern Bavaria it was time to evaluate the environmental education programs prepared and applied by undergraduate university students. As a model species we chose the European wildcat (Felis silvestris silvestris) which represents endangered wildlife in Europe and the need for human interaction for the sake of preserving a species by restoring or recreating the habitat conditions needed while maintaining current infrastructure. Drawing from our own as well as teachers’ and university students’ experiences, we built, implemented and evaluated a hands-on program following several workstations between the wildcat enclosure and the wildlife park’s green classroom. The content of our intervention was presented as a problem-oriented lesson, where children were confronted with the need for human interaction in order to preserve the European wildcat. Not only on a theoretical basis, but very specific to their hometowns they were told where and when nature conservation groups met or where to donate money. 692 Bavarian third grade primary school children in 35 classes participated in the one-day intervention that took place between the months of april, 2014 and november, 2015 in the wildlife park or in their respective classrooms. The ages varied between 8 and 11 years with the mean age being 8.88 ± 0.56 years old. 48.6 % of them were boys, 51.4 % were girls. (1) To measure primary school children’s environmental attitudes a questionnaire on two major environmental values- preservation and utilization of nature- was administered in a pre, post- and retention test design. It was possible to affect primary school children’s environmental preservation values during our one-day program. This result could be found not only at the wildlife park but unexpectedly also in school, where we educated classes for control purposes. We also found this impact consistent in all used teaching approaches and were surprised to see the preservation values change in a way we did not expect from higher tendency towards preservation of nature to a lower one. We presume that children of this age group reflected on the contents of our intervention. This had an influence on their own values towards preservation which led to a more realistic marking behavior in the questionnaire. We therefore conclude that it is possible to affect primary school children’s environmental values with a one-day program on environmental content. (2) We were interested in conveying environmental knowledge about the European wildcat; its morphology, ecology and behavior. We designed and applied a knowledge questionnaire also in a pre-, post- and retention test design, to find out, whether different forms of instruction made a difference in learning success of primary school children. We used two approaches with a teacher in the role of a didactic leader- our modified guided approach (G) as well as a stronger teacher-centered one (T) with a higher focus on instruction. The third approach was presented as a strong student-centered learning at workstations (S) without a didactic leader we also called “free learning at workstations”. Overall, all children’s knowledge scores changed significantly from pre- to post-test and from pre- to retention test, indicating learning success. Differences could only be found between the posttest values of both approaches with a didactic leader (G, T) in comparison to the strong student-centered (S) form. It appears that these primary school children gained knowledge at the out of school learning setting regardless of the used teaching approach. On the subject of short-term differences, we discuss, that the difference in learning success might have been consistent from post to retention test if a consolidation phase had been added in the days following the program as should be common practice after a visit to an out-of- school learning setting but was not part of our intervention. When comparing both approaches with a didactic leader (G, T), we prefer our modified guided learning at workstations (G) since constructivist phases can be implemented without losses concerning learning success. Moreover, the (at least temporary) presence of a teacher in the role of a didactic leader ensures maintained discipline and counteracts off-task behavior. To make sure, different emotional states did not factor in our program, we measured children’s situational emotions directly after the morning intervention using a short scale that evaluated interest, wellbeing and boredom. We found, that these emotions remained consistent over both learning settings as well as different forms of instruction. While interest and wellbeing remained constantly high, boredom values remained low. We take this as a sign of high quality designing and conducting the intervention. (3) In the afternoon of the one-day intervention, children were given the opportunity to investigate the wildcat further, this time using the conceptual change theory in combination with a more complex and fascinating content: cats’ vision in dusk and dawn. Children were confronted with their preconceptions which had been sampled prior to the study and turned into three distinctive topics reflected in a special questionnaire. In a pre-, post and retention test design we included the most common alternative conceptions, the scientifically correct conceptions as well as other preconceptions. We gathered a high heterogeneity of preconceptions and defined three groups based on conceptual change literature: “Conceptual change”, “Synthetic Models” and “Conceptual Growth”. In addition to these we identified two more groups after our data analysis: “Knowledge” and “Non-addressed Concepts”. We found that instruction according to the conceptual change theory did not work with primary school children in our intervention. The conceptual change from the addressed alternative conceptions as well as from other preconceptions towards the scientifically correct conceptions was successfully achieved only on occasion. In our case and depending on the topic only one third to one fourth of the children actually held the addressed conception while the rest was not targeted by the instruction. Moreover, we conclude children holding other conceptions were rather confused than educated by the confrontation. We assume that children of this age group may be overchallenged by the conceptual change method. N2 - Bildung für nachhaltige Entwicklung soll unter anderem dazu führen, dass Kinder langfristig umweltfreundliches Verhalten zeigen. Um dies zu erreichen, sind verschiedene Faktoren nötig - in dieser Studie lag unser besonderes Augenmerk auf drei Punkten: den Umwelteinstellungen der Kinder, dem umweltrelevanten Wissen, besonders im Hinblick auf die Lebensbedingungen und den Schutz der europäischen Wildkatze sowie weiterführendem, komplexeren, biologischen Wissen. Zuerst fragten wir uns in Bezug auf die Umwelteinstellungen, ob es möglich ist, die Einstellungen der Grundschulkinder zum Thema „Erhaltung der Natur“ im Laufe nur eines Tages am Wildpark zu beeinflussen. Umweltwissen war der Bestandteil der zweiten Frage, wie Grundschulkinder am außerschulischen Lernort gute Lernerfolge erzielen können. Wir testeten unseren modifizierten Ansatz „Geführtes Lernen an Stationen“ (G), der instruktionale und konstruktivistische Elemente beinhaltet und verglichen ihn einerseits mit einem stärker lehrerzentrierten (T) sowie andererseits einem stark schülerzentrierten (S) Lernen an Stationen, das wir auch als „freies Lernen an Stationen“ bezeichneten. Die dritte Frage beschäftigte sich schließlich damit, ob es gelingen kann, faszinierendes, tiefergehendes Wissen mit Hilfe der „Conceptual Change Theorie“ an Grundschulkinder zu vermitteln. Hintergrund der didaktischen Arbeit mit Grundschülern am außerschulischen Lernort Wildpark ist die Kooperation zwischen der Fachgruppe Didaktik der Julius-Maximilians-Universität Würzburg mit dem „Wild-Park Klaushof“ bei Bad Kissingen. Im Rahmen dieser Zusammenarbeit stellt die Fachgruppe Didaktik Biologie angehende Biologielehrerinnen und -lehrer als Referenten von Führungen gemäß des „Geführten Lernen an Stationen“ zur Verfügung. Diese Führungen wurden inhaltlich und didaktisch ebenfalls von Lehramtsstudierenden in der Biologiedidaktik ausgearbeitet, meist im Rahmen der schriftlichen Hausarbeiten gegen Ende des Lehramtsstudiums. Die Führungen sind konstruktivistisch angelegt, bieten hohe Selbsttätigkeit der Schülerinnen und Schüler und folgen dem Prinzip des problemorientierten Unterrichts. Die Schülerinnen und Schüler arbeiten nicht völlig frei, es handelt sich aber auch nicht um einen rein lehrerzentrierten Vortrag, sondern eine Mischung aus beiden Formen, die wir als „Geführtes Lernen an Stationen“ (G) bezeichnen. In dieser Variante stellt der Referent die didaktische Leitung der Führung dar, der Impulse und Anleitungen gibt, immer für Fragen zur Verfügung steht, jedoch Anteile von Selbsttätigkeit ermuntert und begleitet. Im Zeitraum von April 2014 bis November 2015 nahmen 692 Grundschulkinder der dritten Klassen bayerischer Grundschulen in 35 Klassen an der Studie am Wild-Park Klaushof sowie in ihren eigenen Klassenzimmern in der Schule teil. Durchschnittlich waren die Kinder 8.88 ± 0.56 Jahre alt, das Alter variierte zwischen 8 und 11 Jahren. 48,6 % der teilnehmenden Kinder waren Jungs, 51,4 % Mädchen. Im Vormittagsteil des Programms wurde im Rahmen einer problemorientierten Unterrichtseinheit gemeinsam mit den Schülerinnen und Schülern die Frage aufgeworfen, warum die europäische Wildkatze (Felis silvestris silvestris), eine Zeigerart für intakte Ökosysteme, nicht überall vorkommt, wo sie vorkommen könnte. Gemeinsam wurden Aspekte zu Morphologie, Ökologie und Verhalten der Wildkatze erarbeitet; die Frage konnte jedoch auch dann noch nicht beantwortet werden. Erst eine Verknüpfung der Verbreitungskarten und der gelernten Fakten führte zur Erkenntnis, dass die Wildkatze bestimmte Barrieren (Autobahnen, offene Wiesen- und Ackerflächen, bebaute Flächen etc.) nicht überwinden kann und hier der Eingriff des Menschen nötig ist. Nicht nur allgemein, sondern auch ganz konkret wurde der eigene Einsatz der Kinder, zum Beispiel im Rahmen der Mitarbeit in einer Naturschutz-Organisation oder einer Geldspende angeregt. (1) Zur Messung der Umwelteinstellungen verwendeten wir das 2-MEV Modell (two major environmental factors), das die Umwelteinstellungen in zwei Dimensionen darstellt, zum einen die Tendenz zur Erhaltung, zum anderen die Ausnutzungstendenz der Umwelt. Die Fragebögen wurden zu drei Testzeitpunkten ausgefüllt - einem Vortest ca. eine Woche vor dem Programm, einem Nachtest unmittelbar nach Beendigung des Programms und einem Behaltenstest etwa sechs bis acht Wochen nach dem Programm. Die Umwelt-Einstellungen konnten tatsächlich verändert werden, nicht nur am Wildpark, sondern auch in der Schule, wo Klassen das Programm zu Kontrollzwecken ebenfalls durchliefen. Auch blieb der Einfluss über alle verwendeten Lehrmethoden konsistent. Besonders überrascht waren wir von der Art der Änderung der Einstellungen zur Naturerhaltung. Statt sich wie erwartet von schwächerer Tendenz zur Erhaltung in Richtung stärkere Tendenz zur Naturerhaltung zu ändern, erfolgte die Änderung genau entgegengesetzt. Wir vermuten, dass die Kinder dieser Altersgruppe die Inhalte der Intervention reflektiert haben und dies einen Einfluss auf ihre Einstellungen zur Naturerhaltung hatte, was sich in einem realistischeren Ankreuzverhalten niederschlug. Zusammenfassend sehen wir es als möglich an, die Einstellungen zur Umwelt von Grundschulkindern mit einem Ein-Tagesprogramm zu verändern. (2) Auch für die Erhebung des Umweltwissens wählten wir die bereits erwähnten drei Testzeitpunkte für den Wissensfragebogen, der Fragen zur Morphologie, Ökologie und Verhalten der Wildkatze beinhaltete. Die Anzahl richtiger Antworten erhöhte sich vom Vor- zum Nachtest sowie vom Vor- zum Behaltenstest signifikant bei allen Schülerinnen und Schülern, es wurde also erfolgreich gelernt. Zwischen den einzelnen Führungsformen konnten wir signifikante Unterschiede nur kurzfristig vom Vor- zum Nachtest zwischen den beiden Methoden mit dem didaktischen Begleiter, also dem stärker lehrerzentrierten (T) und dem „Geführten Lernen an Stationen“ (G) einerseits und dem stark schülerzentrierten freien Lernen (S) andererseits erkennen. Der kurzfristige Wissenserwerb war mit didaktischem Begleiter (G, T) höher als ohne. Insgesamt konnte also ein Lernerfolg verzeichnet werden, unabhängig von der Führungsform. Allerdings vermuten wir, dass der kurzfristige Unterschied sich auch mittelfristig ausgewirkt hätte, wenn im Anschluss an den Besuch im Wildpark eine Nachbereitung stattgefunden hätte, was gewöhnlich zum Besuch des außerschulischen Lernorts gehören sollte, jedoch nicht Bestandteil dieser Untersuchung war. Vergleicht man die beiden Ansätze mit didaktischen Begleitern (G, T), bevorzugen wir nach wie vor unser „Geführtes Lernen an Stationen“ (G), da hier die Einbindung konstruktivistischer Phasen möglich ist. Darüber hinaus kann die (zumindest zeitweise) Anwesenheit eines Lehrers in der Rolle des didaktischen Begleiters sicherstellen, dass Disziplin gewahrt wird und Störungen vermieden werden. Um die situationalen Emotionen der Schülerinnen und Schüler mit einbeziehen zu können, beziehungsweise Effekte von situationalen Emotionen auf Umwelteinstellungen oder Wissenserwerb ausschließen zu können, wendeten wir zusätzlich eine Kurzskala zur Erfassung von Interesse, Langeweile und Wohlbefinden an. Diese Skala wurde nur einmalig angewendet, direkt im Anschluss an das Vormittagsprogramm. Wir konnten keine Unterschiede bei den erhobenen situationalen Emotionen finden - weder zwischen den Lernorten Schule und Wildpark noch zwischen den drei verschiedenen Führungsformen (G, T, S), überall zeigten sich hohe Werte für Interesse und Wohlbefinden sowie niedrige Werte für Langeweile. Dieses Ergebnis zeigt für uns die hohe didaktische Qualität der Entwicklung und Durchführung des Programms. (3) Am Nachmittag des Ein-Tages-Programms beschäftigten sich die Kinder weiter mit der Wildkatze, diesmal folgten wir einer anderen Methode der Wissensvermittlung, der „Conceptual Change Theorie“ in Kombination mit komplexerem und gleichzeitig faszinierendem Wissen zum Dämmerungssehen der Katze. Gemäß dem Prinzip der didaktischen Rekonstruktion wurden Wissensinhalte im Rahmen dieser Intervention nicht kontinuierlich erarbeitet wie im Vormittagsprogramm, sondern es fand eine Konfrontation der Schülerinnen und Schüler mit ihren eigenen Schülervorstellungen zum Thema Dämmerungssehen bei Mensch und Katze statt. Diese Vorstellungen wurden vorab in einem offenen Fragebogen erhoben und in drei Themenschwerpunkte gegliedert, die sich anschließend im Fragebogen zur Erhebung des Konzeptwechsels widerspiegelten. Auch dieser Fragebogen wurde zu den eingangs erwähnten drei Testzeitpunkten angewendet. Gemäß der Theorie erwarteten wir im Ankreuzverhalten drei Gruppen: „Conceptual Change“, „Synthetic Models“ sowie „Conceptual Growth“. Darüber hinaus fanden wir zwei weitere Gruppen „Knowledge“ und „Non-addressed Concepts“. Wir stellten fest, dass der Konzeptwechsel der Kinder von der wissenschaftlich nicht korrekten Schülervorstellung hin zur wissenschaftlich korrekten Vorstellung in unserer Intervention nicht gelang, nur punktuell kreuzten wenige Schülerinnen und Schüler das entsprechende Muster an. Auch der Wechsel in den anderen Gruppen hin zur wissenschaftlich korrekten Vorstellung funktionierte kaum. In unserem Fall hatten darüber hinaus je nach Thema nur ein Drittel bis ein Viertel der beteiligten Kinder überhaupt die adressierte Vorstellung, was unserer Meinung nach dazu führt, dass der Großteil der Kinder mit anderen Vorstellungen durch die Anwendung der „Conceptual Change Theorie“ eher verwirrt wurde. Wir vermuten, dass Grundschulkinder der dritten Klasse durch diese Form des Unterrichts überfordert sind. KW - Biologie KW - Education Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-169496 ER - TY - THES A1 - Stelzner, Kathrin T1 - Identification of factors involved in Staphylococcus aureus- induced host cell death T1 - Identifizierung von Faktoren, die am Staphylococcus aureus-induzierten Wirtszelltod beteiligt sind N2 - Staphylococcus aureus is a Gram-positive commensal bacterium, that asymptomatically colonizes human skin and mucosal surfaces. Upon opportune conditions, such as immunodeficiency or breached barriers of the host, it can cause a plethora of infections ranging from local, superficial infections to life-threatening diseases. Despite being regarded as an extracellular pathogen, S. aureus can invade and survive within non-phagocytic and phagocytic cells. Eventually, the pathogen escapes from the host cell resulting in killing of the host cell, which is associated with tissue destruction and spread of infection. However, the exact molecular mechanisms underlying S. aureus-induced host cell death remain to be elucidated. In the present work, a genome-wide haploid genetic screen was performed to identify host cell genes crucial for S. aureus intracellular cytotoxicity. A mutant library of the haploid cell line HAP1 was infected with the pathogen and cells surviving the infection were selected. Twelve genes were identified, which were significantly enriched when compared to an infection with a non-cytotoxic S. aureus strain. Additionally, characteristics of regulated cell death pathways and the role of Ca2+ signaling in S. aureus-infected cells were investigated. Live cell imaging of Ca2+ reporter cell lines was used to analyze single cells. S. aureus-induced host cell death exhibited morphological features of apoptosis and activation of caspases was detected. Cellular H2O2 levels were elevated during S. aureus intracellular infection. Further, intracellular S. aureus provoked cytosolic Ca2+ overload in epithelial cells. This resulted from Ca2+ release from endoplasmic reticulum and Ca2+ influx via the plasma membrane and led to mitochondrial Ca2+ overload. The final step of S. aureus-induced cell death was plasma membrane permeabilization, a typical feature of necrotic cell death. In order to identify bacterial virulence factors implicated in S. aureus-induced host cell killing, the cytotoxicity of selected mutants was investigated. Intracellular S. aureus employs the bacterial cysteine protease staphopain A to activate an apoptosis-like cell death characterized by cell contraction and membrane bleb formation. Phagosomal escape represents a prerequisite staphopain A-induced cell death, whereas bacterial intracellular replication is dispensable. Moreover, staphopain A contributed to efficient colonization of the lung in a murine pneumonia model. In conclusion, this work identified at least two independent cell death pathways activated by intracellular S. aureus. While initially staphopain A mediates S. aureus-induced host cell killing, cytosolic Ca2+-overload follows later and leads to the final demise of the host cell. N2 - Staphylococcus aureus ist ein Gram-positives, kommensales Bakterium, welches menschliche Haut- und Schleimhautoberflächen asymptomatisch kolonisiert. Unter günstigen Bedingungen, wie z. B. Immunschwäche oder verletzten Barrieren des Wirtes, kann es eine Vielzahl von Infektionen verursachen, die von lokalen, oberflächlichen Infektionen bis hin zu lebensbedrohlichen Krankheiten reichen. Obwohl S. aureus als extrazellulärer Erreger angesehen wird, kann das Bakterium von nicht-phagozytischen und phagozytischen Zellen aufgenommen werden und dort überleben. Schließlich bricht das Pathogen aus der Wirtszelle aus und die damit einhergehende Tötung der Wirtszelle wird mit Gewebezerstörung und Ausbreitung der Infektion in Verbindung gebracht. Die genauen molekularen Mechanismen, die dem S. aureus induzierten Wirtszelltod zugrunde liegen, müssen jedoch noch geklärt werden. In dieser Arbeit wurde ein genomweiter haploid genetischer Screen durchgeführt, um Wirtszellgene zu identifizieren, die für die intrazelluläre Zytotoxizität von S. aureus entscheidend sind. Eine Mutantenbibliothek der haploiden Zelllinie HAP1 wurde mit dem Erreger infiziert und die Zellen, die die Infektion überlebten, wurden selektiert. Dabei wurden zwölf Gene identifiziert, die signifikant angereichert waren gegenüber einer Infektion mit einem nicht-zytotoxischen S. aureus Stamm. Des Weiteren wurden Eigenschaften regulierter Zelltod-Signalwege und die Rolle der Ca2+-Signalübertragung in S. aureus infizierten Zellen untersucht. Lebendzellbildgebung von Ca2+-Reporterzelllinien wurde zur Analyse von einzelnen Zellen eingesetzt. Der S. aureus induzierte Wirtszelltod wies morphologische Merkmale von Apoptose auf und die Aktivierung von Caspasen wurde nachgewiesen. Der zelluläre H2O2-Spiegel wurde durch die intrazelluläre Infektion mit S. aureus erhöht. Zusätzlich rief der intrazelluläre S. aureus eine zytosolische Ca2+-Überbelastung in Epithelzellen hervor. Dies resultierte aus der Ca2+-Freisetzung vom endoplasmatischen Retikulum und dem Einstrom von Ca2+ über die Plasmamembran und führte zu einer mitochondrialen Ca2+-Überbelastung. Der finale Schritt des durch S. aureus induzierten Zelltods war die Permeabilisierung der Plasmamembran, ein typisches Merkmal des nekrotischen Zelltods. Um bakterielle Virulenzfaktoren zu identifizieren, die am S. aureus-induzierten Wirtszelltod beteiligt sind, wurde die Zytotoxizität von ausgewählten Mutanten untersucht. Der intrazelluläre S. aureus nutzt die bakterielle Cysteinprotease Staphopain A, um einen Apoptose-artigen Zelltod zu aktivieren, der durch Zellkontraktion und Blasenbildung der Membran gekennzeichnet ist. Der phagosomale Ausbruch stellt eine Voraussetzung für den Staphopain A-induzierten Zelltod da, während die intrazelluläre Replikation der Bakterien nicht notwendig ist. Darüber hinaus trug Staphopain A zu einer effizienten Kolonisation der Lunge in einem murinen Pneumonie-Modell bei. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass diese Arbeit mindestens zwei unabhängige Zelltod-Signalwege identifiziert hat, die durch den intrazellulären S. aureus aktiviert werden. Während zunächst Staphopain A den Tod der Wirtszelle einleitet, folgt später die zytosolische Ca2+-Überlastung und führt zum endgültigen Untergang der Wirtszelle. KW - Staphylococcus aureus KW - Zelltod KW - Wirtszelle KW - cell death KW - host cell Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-188991 N1 - Zusatzmaterial (Videos) befinden sich auch auf einer CD in der gedruckten Ausgabe ER - TY - JOUR A1 - Hesselbach, Hannah A1 - Seeger, Johannes A1 - Schilcher, Felix A1 - Ankenbrand, Markus A1 - Scheiner, Ricarda T1 - Chronic exposure to the pesticide flupyradifurone can lead to premature onset of foraging in honeybees Apis mellifera JF - Journal of Applied Ecology N2 - 1.Honeybees Apis mellifera and other pollinating insects suffer from pesticides in agricultural landscapes. Flupyradifurone is the active ingredient of a novel pesticide by the name of ‘Sivanto’, introduced by Bayer AG (Crop Science Division, Monheim am Rhein, Germany). It is recommended against sucking insects and marketed as ‘harmless’ to honeybees. Flupyradifurone binds to nicotinergic acetylcholine receptors like neonicotinoids, but it has a different mode of action. So far, little is known on how sublethal flupyradifurone doses affect honeybees. 2. We chronically applied a sublethal and field‐realistic concentration of flupyradifurone to test for long‐term effects on flight behaviour using radio‐frequency identification. We examined haematoxylin/eosin‐stained brains of flupyradifurone‐treated bees to investigate possible changes in brain morphology and brain damage. 3. A field‐realistic flupyradifurone dose of approximately 1.0 μg/bee/day significantly increased mortality. Pesticide‐treated bees initiated foraging earlier than control bees. No morphological damage in the brain was observed. 4. Synthesis and applications. The early onset of foraging induced by a chronical application of flupyradifurone could be disadvantageous for honeybee colonies, reducing the period of in‐hive tasks and life expectancy of individuals. Radio‐frequency identification technology is a valuable tool for studying pesticide effects on lifetime foraging behaviour of insects. KW - radiofrequency identification KW - flight behaviour KW - flupyradifurone KW - foraging KW - histology KW - honeybee KW - insecticide KW - mortality Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-212769 VL - 57 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Thorn, Simon A1 - Chao, Anne A1 - Bernhardt-Römermann, Markus A1 - Chen, Yan-Han A1 - Georgiev, Kostadin B. A1 - Heibl, Christoph A1 - Müller, Jörg A1 - Schäfer, Hanno A1 - Bässler, Claus T1 - Rare species, functional groups, and evolutionary lineages drive successional trajectories in disturbed forests JF - Ecology N2 - Following natural disturbances, additional anthropogenic disturbance may alter community recovery by affecting the occurrences of species, functional groups, and evolutionary lineages. However, our understanding of whether rare, common, or dominant species, functional groups, or evolutionary lineages are most strongly affected by an additional disturbance, particularly across multiple taxa, is limited. Here, we used a generalized diversity concept based on Hill numbers to quantify the community differences of vascular plants, bryophytes, lichens, wood‐inhabiting fungi, saproxylic beetles, and birds in a storm‐disturbed, experimentally salvage logged forest. Communities of all investigated species groups showed dissimilarities between logged and unlogged plots. Most species groups showed no significant changes in dissimilarities between logged and unlogged plots over the first seven years of succession, indicating a lack of community recovery. In general, the dissimilarities of communities were mainly driven by rare species. Convergence of dissimilarities occurred more often than divergence during the early stages of succession for rare species, indicating a major role in driving decreasing taxonomic dissimilarities between logged and unlogged plots over time. Trends in species dissimilarities only partially match the trends in dissimilarities of functional groups and evolutionary lineages, with little significant changes in successional trajectories. Nevertheless, common and dominant species contributed to a convergence of dissimilarities over time in the case of the functional dissimilarities of wood‐inhabiting fungi. Our study shows that salvage logging following disturbances can alter successional trajectories in early stages of forest succession following natural disturbances. However, community changes over time may differ remarkably in different taxonomic groups and are best detected based on taxonomic, rather than functional or phylogenetic dissimilarities. KW - wood-inhabiting fungi KW - birds KW - bryophytes KW - climate change KW - forest succession KW - Hill numbers KW - natural disturbances KW - salvage logging KW - saproxylic beetles KW - vascular plants Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-212378 VL - 101 IS - 3 ER - TY - THES A1 - Spindler, Marie-Christin T1 - Molecular architecture of meiotic multiprotein complexes T1 - Molekulare Architektur meiotischer Multiproteinkomplexe N2 - Sexually reproducing organisms depend on meiosis for the generation of haploid, genetically diverse gametes to maintain genome stability and the potential to adapt to changing environments. Haploidization is achieved through two successive rounds of cell division after a single initial pre-meiotic DNA replication. Meiosis I segregates the homologous chromosomes, followed by the segregation of the sister chromatids in meiosis II. Genetic diversity is achieved through the process of recombination that de-scribes the exchange of genetic material between the maternal and paternal homolog. Recombination and the initial steps of haploidization are executed already early on in prophase I. Both essential processes depend on a variety of multiprotein complexes, such as the linker of nucleo- and cytoplasm (LINC) complex and the synaptonemal complex (SC). The structure of multiprotein complexes is adjusted according to their function, environment, and the forces they are subjected to. Coiled-coil domains typical in load-bearing proteins characterize the meiotic mechanotransducing LINC complexes. SCs resemble ladder-like structures that are highly conserved amongst eukaryotes, while the primary sequence of the proteins that form the complex display very little if any sequence homology. Despite the apparent significance of the structure to their function, little quantitative and topological data existed on the LINC complexes and the SC within their morphological context prior to the present work. Here, the molecular architecture of the meiotic telomere attachment site where LINC complexes reside and the SC have been analyzed in depth, mainly on the basis of electron microscope tomography derived 3D models complemented by super-resolution light microscopic acquisitions of the respective protein components. N2 - Sich sexuell fortpflanzende Organismen sind auf die Meiose angewiesen, um haploide, genetisch vielfältige Keimzellen zu erzeugen, die die Stabilität des Genoms und die Fähigkeit zur Anpassung an sich verändernde Umgebungen erhalten. Die Haploidisierung wird durch zwei aufeinanderfolgende Runden der Zellteilung nach einer einzigen anfänglichen prä-meiotischen DNA Replikation erreicht. In der Meiose I werden die homologen Chromosomen getrennt, gefolgt von der Trennung der Schwesterchromatiden während der Meiose II. Genetische Diversität wird durch den Prozess der Rekombination erreicht, der den Austausch von genetischem Material zwischen den mütterlichen und väterlichen Homologen beschreibt. Die Rekombination und die ersten Schritte der Haploidisierung werden bereits früh in der Prophase I durchgeführt. Beide essentiellen Prozesse hängen von einer Vielzahl von Multiproteinkomplexen ab, wie z.B. dem Linker of Nucleo- and Cytoplasm (LINC)-Komplex und dem synaptonemalen Komplex (SC). Die Struktur von Multiproteinkomplexen wird je nach ihrer Funktion, ihrer Umgebung und den Kräften, denen sie ausgesetzt sind, angepasst. Coiled-coil-Domänen, die für tragende Proteine typisch sind, charakterisieren die meiotischen, mechanotransduzierenden LINC-Komplexe. SCs ähneln leiterähnlichen Strukturen, die unter Eukaryonten hoch konserviert sind, während die Primärsequenz der Proteine, die den Komplex bilden, sehr wenig bis gar keine Sequenzhomologie aufweist. Trotz der offensichtlichen Bedeutung der Struktur für ihre Funktion gab es vor der vorliegenden Arbeit nur wenige quantitative und topologische Daten über die LINC Komplexe und den SC in ihrem morphologischen Kontext. Hier wurde die molekulare Architektur der Telomeranheftungsstellen, an denen sich die LINC-Komplexe befinden, und die des SCs eingehend analysiert, hauptsächlich auf der Grundlage von auf der Elektronenmikroskop-Tomographie basierenden 3D-Modellen, ergänzt durch hochauflösende lichtmikroskopische Aufnahmen der jeweiligen Proteinkomponenten. KW - Meiose KW - Meiosis Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-212105 ER - TY - THES A1 - Lehmann, Julian T1 - Hochauflösende Fluoreszenzmikroskopie beleuchtet den Oligomerisierungsstatus pflanzlicher Membranproteine T1 - Super-resolution microscopy elucidates the stoichiometry of plant membrane proteins N2 - SLAC/SLAH Anionenkanäle, die zur Familie der langsamen Anionenkanäle gehören, repräsentieren Schlüsselproteine in der pflanzlichen Stressantwort. Neben ihrer Aufgabe in Stresssituationen, ist eine Untergruppe der Kanäle für die Beladung der Leitgefäße mit Nitrat und Chlorid in der Stele der Pflanzenwurzeln verantwortlich. Biophysikalische und pflanzenphysiologische Studien stellten heraus, dass vor Allem der Anionenkanal SLAH3 für die Beladung der Xylem Leitgefäße mit Nitrat und Chlorid verantwortlich ist. Ihm zur Seite gestellt werden noch die elektrisch inaktiven Homologe SLAH1 und SLAH4 in der Wurzel exprimiert. Sie steuern die Aktivität von SLAH3 durch die Assemblierung zu SLAH1/SLAH3 oder SLAH3/SLAH4 Heteromeren. Neben der Kontrolle durch Heteromerisierungsereignisse, werden SLAH3 Homomere sehr spezifisch und schnell durch zytosolische Ansäuerung aktiviert. Obwohl bereits die Kristallstruktur des bakteriellen Homologs HiTehA zu pflanzlichen SLAC/SLAH Anionenkanälen bekannt ist, welche HiTehA als Trimer charakterisiert, sind die Stöchiometrie und der Polymerisierungsgrad der pflanzlichen SLAC/SLAHs bisher noch unbekannt. Die Fluoreszenzmikroskopie umfasst viele etablierte Anwendungsmethoden, wie die konfokale Laserrastermikroskopie (CLSM), Techniken mit verbesserter Auflösung, wie die Mikroskopie mit strukturierter Beleuchtung (SIM) und hochauflösende Methoden, welche durch die Lokalisationsmikroskopie (z.B. dSTORM und PALM) oder die Expansionsmikroskopie (ExM) vertreten werden. Diese unterschiedlichen Mikroskopie-methoden ermöglichen neue Einblicke in die Organisation von Proteinen in biologischen Systemen, die bis auf die molekulare Ebene hinunterreichen. Insbesondere im Bereich der hochauflösenden Fluoreszenzmikroskopie sind im Gegensatz zu tierischen Frage-stellungen bisher jedoch nur wenige Untersuchungen in pflanzlichen Geweben durchgeführt worden. Die Lokalisationsmikroskopie ermöglicht die Quantifizierung einzelner Moleküle in nativen Systemen und lässt überdies Rückschlüsse auf den Polymerisierungsgrad von Proteinen zu. Da Poly- und Heteromerisierung von Proteinen oftmals mit der Funktionalität eines entsprechenden Proteins einhergeht, wie es bei den SLAC/SLAH Anionenkanälen der Fall ist, wurden in dieser Arbeit PALM Messungen zur Untersuchung des Polymerisierungsgrades und Interaktionsmuster der Anionenkanäle angewendet. Ferner wurden Expressionsmuster der SLAC/SLAHs untersucht und zudem Mikroskopieanwendungen im Pflanzengewebe etabliert und verbessert. In Bezug auf die Mikroskopieanwendungen konnten wir in Arabidopsis thaliana (At) Wurzeln die polare Verteilung von PIN Proteinen mittels SIM bestätigen und die gruppierte Verteilung in der Plasmamembran am Zellpol auflösen. In Wurzel-querschnitten war es möglich, Zellwände zu vermessen, den Aufbau der Pflanzenwurzel mit den verschiedenen Zelltypen zu rekonstruieren und diesen in Zusammenhang mit Zellwanddicken zu bringen. Anhand dieser Aufnahmen ließ sich die Auflösungsgrenze eines SIM-Mikroskops bestimmen, weshalb diese Probe als Modellstruktur für Auflösungsanalysen, zur Kontrolle für die korrekte Bildverarbeitung bei hochauflösender Bildgebung und andere Fragestellungen empfohlen werden kann. Für die Expansionsmikroskopie in pflanzlichen Proben konnten ein enzym- und ein denaturierungsbasiertes Präparationsprotokoll etabliert werden. Dabei wurden ganze At Setzlinge, Wurzelabschnitte und Blattstücke gefärbt, expandiert und mit zwei bis drei Mal verbesserter Auflösung bildlich dargestellt. In diesem Zusammenhang waren Aufnahmen ganzer Wurzel- und Blattproben mit beeindruckender Eindringtiefe und extrem geringem Hintergrundsignal möglich. Zudem wurden die Daten kritisch betrachtet, Probleme aufgezeigt, gewebespezifische Veränderungen dargestellt und limitierende Faktoren für die ExM in Pflanzenproben thematisiert. Im Fokus dieser Arbeit stand die Untersuchung der SLAC/SLAH Proteine. SLAH2 wird in den Wurzeln vornehmlich in Endodermis- und Perizykelzellen exprimiert, was anhand verschiedener At SLAH2 YFP Mutanten untersucht werden konnte. Dies unterstützt die Annahme, dass SLAH2 bei der Beladung der Leitgefäße mit Nitrat maßgeblich beteiligt ist. Es ist denkbar, dass SLAH2 ebenfalls eine wachstumsbeeinflussende Funktion über die Regulation von Nitratkonzentrationen zugeschrieben werden kann. Darauf deuten vor allem die verstärkte Expression von SLAH2 im Bereich der Seitenwurzeln und die heterogene Expression in der Elongations-, Differenzierungs- und meristematischen Zone hin. Die Membranständigkeit von SLAH4 konnte nachgewiesen werden und FRET FLIM Untersuchungen zeigten eine hohe Affinität von SLAH4 zu SLAH3, was die beiden Homologe als Interaktionspartner identifiziert. Für die Bestimmung des Oligomerisierungsgrades mittels PALM wurden die pflanzlichen Anionenkanäle in tierischen COS7-Zellen exprimiert. Die elektrophysiologische Funktionalität der mEOS2-SLAC/SLAH-Konstrukte wurde mit Hilfe von Patch-Clamp-Versuchen in COS7-Zellen überprüft. Um Expressionslevel, Membranständigkeit und die Verteilung über die Membran der SLAC/SLAHs zu verifizieren, wurden dSTORM-Aufnahmen herangezogen Schließlich ermöglichten PALM-Aufnahmen die Bestimmung des Polymerisierungs-grades der SLAC/SLAH Anionenkanäle, die stöchiometrischen Veränderungen bei Heteromerisierung von SLAH3 mit SLAH1 oder SLAH4 und auch der Einfluss einer zytosolischer Ansäuerung auf den Polymerisierungsgrad von SLAH3 Homomeren. Zudem weisen die Oligomerisierungsanalysen von SLAH3 Mutanten darauf hin, dass die Aminosäuren Histidin His330 und His454 entscheidend an der pH sensitiven Regulierung von SLAH3 beteiligt sind. Durch die erhobenen Daten konnten also entscheidende, neue Erkenntnisse über die Regulationsmechanismen von pflanzlichen Anionenkanälen auf molekularer Ebene gewonnen werden: Unter Standardbedingungen liegen SLAC1, SLAH2 und SLAH3 hauptsächlich als Dimer vor. Auf eine zytosolische Ansäuerung reagiert ausschließlich SLAH3 mit einer signifikanten stöchiometrischen Veränderung und liegt im aktiven Zustand vor Allem als Monomer vor. Der Oligomerisierungsgrad von SLAC1 und SLAH2 bleibt hingegen bei einer zytosolischen Ansäuerung unverändert. Ferner kommt es bei der Interaktion von SLAH3 mit SLAH1 oder SLAH4 zur Formierung eines Heterodimers, welches unbeeinflusst durch den zytosolischen pH bleibt. Im Gegensatz dazu bleiben die elektrisch inaktiven Untereinheiten SLAH1 und SLAH4 monomerisch und assemblieren ganz spezifisch nur mit SLAH3. Die hochauflösende Fluoreszenz-mikroskopie, insbesondere PALM erlaubt es also Heteromerisierungsereignisse und Änderungen im Poylmerisierungsgrad von Membranproteinen wie den SLAC/SLAHs auf molekularer Ebene zu untersuchen und lässt so Rückschlüsse auf physiologische Ereignisse zu. N2 - Anion channels of the slow anion channel family (SLAC/SLAH) are general master switches of plant stress responses. In addition a subgroup of channels load the vascular tissue in roots with nitrate and chloride. The activity of the main nitrate and chloride loading anion channel, SLAH3, is controlled by heteromerization with the electro-physiologically silent subunits SLAH1 and SLAH4 or alternatively by cytosolic acidification. Although the crystal structure of a bacterial homologue (HiTehA) of plant SLAC/SLAH anion channels is already known and suggests a trimeric structure, the stoichiometry and the multimerization level of the plant anion channel counterparts are still undiscovered. Fluorescence microscopy encompasses numerous well-established application methods like confocal laser scanning microscopy (CLSM), high resolution techniques like structured illumination microscopy (SIM) and super resolution microscopy represented by single molecule localization microscopy (e.g. dSTORM and PALM) or recently upcoming methods like expansion microscopy (ExM). These different application methods open new fields of insight into the biological organization of proteins, even down to the molecular level. In comparison to faunal studies, very little floral enquiries have been conducted, especially in the super resolution-sector. Single-molecule localization microscopy enables individual molecules to be quantified in the native environment and therefore allows conclusions regarding protein stoichiometry. As protein stoichiometry often involves cellular function of the corresponding protein, we used PALM applications and single molecule counting strategies to analyze the stoichiometric distribution of anion channel complexes. Moreover, in this study, expression patterns of the SLAC/SLAH proteins were investigated and different microscopic applications on plant specific issues could be improved and established. Referring to microscopic applications, we confirmed the polar orientation of PIN proteins via SIM and succeeded in resolving the clustered distribution in the plasma membrane at the cellular pole. Besides we were also able to measure cellwall dimensions of root cross sections from Arabidopsis thaliana seedlings and therefore succeeded in concluding the root architecture, designating the various cell types within the root, comparing them with cellwall thickness and evaluating resolution limits of the SIM microscope. Due to these reasons, this specimen can be recommended as a model structure for resolution analyses, control measurements regarding tissue-intactness after image processing for super-resolution images, or further questions. We turned out to establish two different protocols for ExM-studies in plants. One is based on enzymatic digestion and the other one on denaturation. We were able to label, expand and image whole At-seedlings, root- and leaf segments and thereby improved the resolution 2 3 fold. In this regard we managed to comprehensively depict the intact structure of leaves and roots with impressive penetration depth and extremely low background. We also examined our data and identified tissue-specific changes, discuss problems and possible limits of ExM in plants. The major part of this work was the investigation of SLAC/SLAH proteins. The expression of SLAH2 in roots is mainly located in endodermal and pericycle cells which was observed in various At-SLAH2-YFP mutants. Thus, strengthening the hypothesis, that SLAH2 has a major role in loading the vascular tissue with nitrate. The heterogeneous expression levels of SLAH2 in the meristematic-, elongation- and differentiation zone and moreover the upregulation in areas of lateral root formation also suggests that SLAH2 has an effect on plant growth by regulating nitrate levels. SLAH4 is located in the plasma membrane and FRET FLIM measurements showed a high affinity to SLAH3, validating the two homologues as interaction partners. For PALM-stoichiometry analyses, the plant anion channels were expressed in mammalian COS7-cells, in order to avoid endogenous falsification of the stoichiometries, as well as impractical reasons of PALM imaging in plant tissue. Hence, checking the electrophysiological functionality of mEOS2-SLAC/SLAH constructs via patch-clamp measurements. dSTORM-measurements were used to verify expression levels, correct membrane-association and the distribution of the SLAC/SLAHs in COS7 cells. We determined the multimerization level of SLAC/SLAHs upon cytosolic acidification and monitor stoichiometric changes upon heteromerization of SLAH3 with SLAH1 and SLAH4. On the basis of our data the following valuable new insights into the regulation mechanisms of plant anion channels were revealed: under control conditions, SLAC1, SLAH2 and SLAH3 are mainly depicted as dimers. Upon cytosolic acidification with NaOAc the stoichiometries of SLAC1 and SLAH2 remained unchanged, whereas the amount of dimeric SLAH3 is significantly reduced and shifts to a mainly monomeric distribution. It could also be assessed that SLAH3 interacts with SLAH1 or SLAH4, thereby forming a heterodimer, which is barely separable by acidification. In contrast, for SLAH1 and SLAH4 no affinity was observed. Moreover, the stoichiometries of different SLAH3-mutants indicated a crucial role of the amino acids histidin His330 and His454 in the pH-sensitive regulation of SLAH3. Hence, super-resolution micrsocopy, especially PALM allows the quantification of polymerization- and heteromerization-levels of proteins like the SLAC/SLAH anion-channels on the molecular level and therefore enabling physiological conclusions. KW - Fluoreszenzmikroskopie KW - Membranproteine KW - Oligomerisation KW - Superresolution microscopy KW - SLAC/SLAH KW - PALM stoichiometry Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-211762 ER - TY - JOUR A1 - Requier, Fabrice A1 - Jowanowitsch, Kim K. A1 - Kallnik, Katharina A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf T1 - Limitation of complementary resources affects colony growth, foraging behavior, and reproduction in bumble bees JF - Ecology N2 - Resource availability in agricultural landscapes has been disturbed for many organisms, including pollinator species. Abundance and diversity in flower availability benefit bee populations; however, little is known about which of protein or carbohydrate resources may limit their growth and reproductive performance. Here, we test the hypothesis of complementary resource limitation using a supplemental feeding approach. We applied this assumption with bumble bees (Bombus terrestris), assuming that colony growth and reproductive performance should depend on the continuous supply of carbohydrates and proteins, through the foraging for nectar and pollen, respectively. We placed wild‐caught bumble bee colonies along a landscape gradient of seminatural habitats, and monitored the colonies’ weight, foraging activity, and reproductive performance during the whole colony cycle. We performed supplemental feeding as an indicator of landscape resource limitation, using a factorial design consisting of the addition of sugar water (carbohydrate, supplemented or not) crossed by pollen (protein, supplemented or not). Bumble bee colony dynamics showed a clear seasonal pattern with a period of growth followed by a period of stagnation. Higher abundance of seminatural habitats resulted in reducing the proportion of pollen foragers relative to all foragers in both periods, and in improving the reproductive performance of bumble bees. Interestingly, the supplemental feeding of sugar water positively affected the colony weight during the stagnation period, and the supplemental feeding of pollen mitigated the landscape effect on pollen collection investment. Single and combined supplementation of sugar water and pollen increased the positive effect of seminatural habitats on reproductive performance. This study reveals a potential colimitation in pollen and nectar resources affecting foraging behavior and reproductive performance in bumble bees, and indicates that even in mixed agricultural landscapes with higher proportions of seminatural habitats, bumble bee populations face resource limitations. We conclude that the seasonal management of floral resources must be considered in conservation to support bumble bee populations and pollination services in farmlands. KW - bombus terrestris KW - seasonal phenology KW - reproductive performance KW - pollen and nectar resources KW - landscape structure KW - feeding experiment Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-211891 VL - 101 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Ruedenauer, Fabian A. A1 - Raubenheimer, David A1 - Kessner-Beierlein, Daniela A1 - Grund-Mueller, Nils A1 - Noack, Lisa A1 - Spaethe, Johannes A1 - Leonhardt, Sara D. T1 - Best be(e) on low fat: linking nutrient perception, regulation and fitness JF - Ecology Letters N2 - Preventing malnutrition through consuming nutritionally appropriate resources represents a challenge for foraging animals. This is due to often high variation in the nutritional quality of available resources. Foragers consequently need to evaluate different food sources. However, even the same food source can provide a plethora of nutritional and non‐nutritional cues, which could serve for quality assessment. We show that bumblebees, Bombus terrestris , overcome this challenge by relying on lipids as nutritional cue when selecting pollen. The bees ‘prioritised’ lipid perception in learning experiments and avoided lipid consumption in feeding experiments, which supported survival and reproduction. In contrast, survival and reproduction were severely reduced by increased lipid contents. Our study highlights the importance of fat regulation for pollen foraging bumblebees. It also reveals that nutrient perception, nutrient regulation and reproductive fitness can be linked, which represents an effective strategy enabling quick foraging decisions that prevent malnutrition and maximise fitness. KW - bee decline KW - foraging KW - nutrition KW - plant-insect interactions KW - pollen quality KW - PER KW - resource use Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208709 VL - 23 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Auer, Daniela A1 - Hügelschäffer, Sophie D. A1 - Fischer, Annette B. A1 - Rudel, Thomas T1 - The chlamydial deubiquitinase Cdu1 supports recruitment of Golgi vesicles to the inclusion JF - Cellular Microbiology N2 - Chlamydia trachomatis is the main cause of sexually transmitted diseases worldwide. As obligate intracellular bacteria Chlamydia replicate in a membrane bound vacuole called inclusion and acquire nutrients for growth and replication from their host cells. However, like all intracellular bacteria, Chlamydia have to prevent eradication by the host's cell autonomous system. The chlamydial deubiquitinase Cdu1 is secreted into the inclusion membrane, facing the host cell cytosol where it deubiquitinates cellular proteins. Here we show that inactivation of Cdu1 causes a growth defect of C. trachomatis in primary cells. Moreover, ubiquitin and several autophagy receptors are recruited to the inclusion membrane of Cdu1‐deficient Chlamydia . Interestingly, the growth defect of cdu1 mutants is not rescued when autophagy is prevented. We find reduced recruitment of Golgi vesicles to the inclusion of Cdu1 mutants indicating that vesicular trafficking is altered in bacteria without active deubiquitinase (DUB). Our work elucidates an important role of Cdu1 in the functional preservation of the chlamydial inclusion surface. KW - autophagy KW - Cdu1 KW - ChlaDUB1 KW - Chlamydia trachomatis KW - DUB KW - Golgi KW - xenophagy Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208675 VL - 22 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Mayr, Antonia V. A1 - Peters, Marcell K. A1 - Eardley, Connal D. A1 - Renner, Marion E. A1 - Röder, Juliane A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf T1 - Climate and food resources shape species richness and trophic interactions of cavity-nesting Hymenoptera JF - Journal of Biogeography N2 - Aim: Temperature, food resources and top‐down regulation by antagonists are considered as major drivers of insect diversity, but their relative importance is poorly understood. Here, we used cavity‐nesting communities of bees, wasps and their antagonists to reveal the role of temperature, food resources, parasitism rate and land use as drivers of species richness at different trophic levels along a broad elevational gradient. Location: Mt. Kilimanjaro, Tanzania. Taxon: Cavity‐nesting Hymenoptera (Hymenoptera: Apidae, Colletidae, Megachilidae, Crabronidae, Sphecidae, Pompilidae, Vespidae). Methods: We established trap nests on 25 study sites that were distributed over similar large distances in terms of elevation along an elevational gradient from 866 to 1788 m a.s.l., including both natural and disturbed habitats. We quantified species richness and abundance of bees, wasps and antagonists, parasitism rates and flower or arthropod food resources. Data were analysed with generalized linear models within a multi‐model inference framework. Results: Elevational species richness patterns changed with trophic level from monotonically declining richness of bees to increasingly humped‐shaped patterns for caterpillar‐hunting wasps, spider‐hunting wasps and antagonists. Parasitism rates generally declined with elevation but were higher for wasps than for bees. Temperature was the most important predictor of both bee and wasp host richness patterns. Antagonist richness patterns were also well predicted by temperature, but in contrast to host richness patterns, additionally by resource abundance and diversity. The conversion of natural habitats through anthropogenic land use, which included biomass removal, agricultural inputs, vegetation structure and percentage of surrounding agricultural habitats, had no significant effects on bee and wasp communities. Main conclusions: Our study underpins the importance of temperature as a main driver of diversity gradients in ectothermic organisms and reveals the increasingly important role of food resources at higher trophic levels. Higher parasitism rates at higher trophic levels and at higher temperatures indicated that the relative importance of bottom‐up and top‐down drivers of species richness change across trophic levels and may respond differently to future climate change. KW - land-use change KW - species richness KW - trophic levels KW - wasps KW - feeding guilds KW - antagonists KW - bees KW - bottom‐up and top‐down control KW - elevational gradients Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208101 VL - 47 IS - 4 ER - TY - THES A1 - Horn [née Bunz], Melanie T1 - The impact of Drosophila melanogaster`s endogenous clock on fitness: Influence of day length, humidity and food composition T1 - Auswirkungen von Drosophila melanogaster`s Innerer Uhr auf die Fitness: Einfluss von Tageslänge, Luftfeuchtigkeit und Ernährung N2 - We are living in a system that underlies permanent environmental changes due to the rotation of our planet. These changes are rhythmic with the most prominent one having a period of about 24 hours, but also shorter and longer rhythms characterize our environment. To cope with the ever-changing environmental conditions, it is thought to be beneficial if an organism can track and anticipate these changes. The so called endogenous clocks enable this and might provide a fitness advantage. To investigate and unravel the mechanism of endogenous clocks Chronobiologists have used different model organisms. In this thesis Drosophila melanogaster was used as model organism with its about 150 clock neurons representing the main endogenous clock of the fly in the central brain. The molecular mechanisms and the interlocked feedback loops with the main circadian key players like period, timeless, clock or cycle are under investigation since the 1970s and are characterized quite well so far. But the impact of a functional endogenous clock in combination with diverse factors and the resulting fitness advantages were analysed in only a few studies and remains for the most part unknown. Therefore the aim of this thesis was to unravel the impact of Drosophila melanogaster`s endogenous clock on the fitness of the fly. To achieve this goal different factors – like day length, humidity and food composition – were analyzed in wild type CS and three different period mutants, namely perL, perS and per01, that carry a point mutation altering or abolishing the free-running period of the fruit fly as well as a second arrhythmic strain, clkAR. In competition assay experiments wild type and clock mutant flies competed for up to 63 generations under a normal 24 hour rhythm with 12 hours light/day and 12 hours darkness/night (LD12:12) or T-cycles with 19 or 29 hours, according to the mutants free-running period, or constant light (LL) in case of the arrhythmic mutant as well as under natural-like outdoor conditions in two consecutive years. Overall the wild type CS strain was outcompeting the clock mutant strains independent of the environmental conditions. As the perL fly strain elongated their free-running period, the competition experiments were repeated with naturally cantonized new fly strains. With these experiments it could be shown that the genetic background of the fly strains – which are kept for decades in the lab, with backcrosses every few years – is very important and influences the fitness of flies. But also the day length impacts the fitness of the flies, enabling them to persist in higher percentage in a population under competition. Further factors that might influence the survival in a competing population were investigated, like e.g. mating preferences and locomotor activity of homo- and heterozygous females or sperm number of males transferred per mating. But these factors can still not explain the results in total and play no or only minor roles and show the complexity of the whole system with still unknown characteristics. Furthermore populations of flies were recorded to see if the flies exhibit a common locomotor activity pattern or not and indeed a population activity pattern could be recorded for the first time and social contact as a Zeitgeber could be verified for Drosophila melanogaster. In addition humidity and its impact on the flies´ fitness as well as a potential Zeitgeber was examined in this thesis. The flies experienced different relative humidities for eclosion and wing expansion and humidity cycle phase shifting experiments were performed to address these two different questions of fitness impact and potential Zeitgeber. The fruit fly usually ecloses in the morning hours when the relative humidity is quite high and the general assumption was that they do so to prevent desiccation. The results of this thesis were quite clear and demonstrate that the relative humidity has no great effect on the fitness of the flies according to successful eclosion or wing expansion and that temperature might be the more important factor. In the humidity cycle phase shifting experiments it could be revealed that relative humidity cannot act as a Zeitgeber for Drosophila melanogaster, but it influences and therefore masks the activity of flies by allowing or surpressing activity at specific relative humidity values. As final experiments the lifespan of wild type and clock mutant flies was investigated under different day length and with different food qualities to unravel the impact of these factors on the fitness and therefore survival of the flies on the long run. As expected the flies with nutrient-poor minimum medium died earlier than on the nutrient-rich maximum medium, but a small effect of day length could also be seen with flies living slightly longer when they experience environmental day length conditions resembling their free-running period. The experiments also showed a fitness advantage of the wild type fly strain against the clock mutant strains for long term, but not short term (about the first 2-3 weeks). As a conclusion it can be said that genetic variation is important to be able to adapt to changing environmental conditions and to optimize fitness and therefore survival. Having a functional endogenous clock with a free-running period of about 24 hours provides fitness advantages for the fruit fly, at least under competition. The whole system is very complex and many factors – known and unknown ones – play a role in this system by interacting on different levels, e.g. physiology, metabolism and/or behavior. N2 - Wir leben in einem System, welches durch die Erdrotation permanenten Veränderungen der Umwelt unterliegt. Diese Veränderungen sind rhythmischer Natur, wobei die wichtigste Veränderung einen Rhythmus von circa 24 Stunden aufweist. Aber auch kürzere und längere Rhythmen charakterisieren unsere Umwelt. Um mit den permanenten Veränderungen klar zu kommen geht man davon aus, dass es von Vorteil ist wenn ein Organismus die Veränderungen wahrnehmen und vorausahnen kann. Die sogenannten Inneren Uhren ermöglichen dies und stellen möglicherweise einen Fitness Vorteil dar. Um den Mechanismus von Inneren Uhren zu untersuchen und aufzudecken benutzen Chronobiologen verschiedene Modellorganismen. In dieser Arbeit wurde Drosophila melanogaster, mit ihren etwa 150 Uhrneuronen welche die Innere Uhr im Zentralen Nervensystem darstellen, als Modellorganismus verwendet. Der molekulare Mechanismus und die ineinandergreifenden Rückkopplungsschleifen mit den Hauptakteuren period, timeless, clock und cycle werden seit den 1970ern erforscht und wurden bisher recht gut charakterisiert. Aber der Einfluss einer funktionellen Inneren Uhr in Kombination mit diversen Faktoren und die daraus resultierenden Fitness Vorteile wurden in nur wenigen Studien untersucht und bleiben zu großen Teilen unbekannt. Deshalb war es das Ziel dieser Arbeit den Einfluss von Drosophilas Innere Uhr auf die Fitness der Taufliege aufzudecken. Um dieses Ziel zu erreichen wurden verschiedene Faktoren – wie z.B. Tageslänge, Luftfeuchtigkeit und Futterqualität – in Wildtyp CS und drei verschiedenen period Mutanten – namentlich perL, perS und per01, welche alle eine Punktmutation tragen, welche die Freilauf-Periodenlänge verändert oder zu Arrhythmizität führt – sowie einem weiteren arrhythmischen Fliegenstamm, clkAR, untersucht. In Konkurrenzversuchen konkurrierten Wildtyp und Uhrmutanten über bis zu 63 Generationen unter normalen 24 Stunden Rhythmen mit jeweils 12 Stunden Licht/Tag und 12 Stunden Dunkelheit/Nacht oder unter T-Zyklen mit 19 oder 29 Stunden, entsprechend der Freilauf-Periodenlänge der Mutanten, oder Dauerlicht (LL) im Falle der arrhythmischen Mutante, sowie unter naturähnlichen Bedingungen im Feldversuch in zwei aufeinanderfolgenden Jahren. Im Gesamten war der Wildtyp den Uhrmutanten überlegen, unabhängig von den Umweltbedingungen. Da die perL Mutanten Ihre Freilauf-Periodenlänge deutlich verlängerten, wurden die Konkurrenzexperimente mit auf natürlicher Weise mit dem Wildtyp CS rückgekreuzten Fliegenstämmen wiederholt. Mit diesen Experimenten konnte gezeigt werden, dass der genetische Hintergrund der Fliegenstämme – welche teils für Jahrzehnte im Labor gehalten und nur wenige Male rückgekreuzt werden – sehr wichtig ist und die Fitness der Fliegen beeinflusst. Aber auch die Länge der Tage (19 h, 24 h oder 29 h) beeinflusst die Fitness der Fliegen und ermöglicht es Ihnen in höherem Anteil in einer Population unter Konkurrenz zu bestehen. Weitere Faktoren, welche das Überleben unter Konkurrenz möglicherweise beeinflussen können, wie z.B. eine Paarungspräferenz und Laufaktivität von homo- und heterozygoten Weibchen oder die Anzahl an Spermien, die pro Paarung übertragen werden, wurden untersucht. Diese Faktoren allein konnten jedoch die Ergebnisse der Konkurrenzversuche nicht erklären und spielen dabei keine oder nur geringfügige Rollen und stellen ein Beispiel für die Komplexität des ganzen Systems mit noch weiteren unbekannten Faktoren dar. Im Weiteren wurde das Laufverhalten von ganzen Fliegenpopulationen aufgezeichnet, um zu erforschen, ob eine Fliegenpopulation einen gemeinsamen Freilauf an Laufaktivität aufweist oder nicht. Und tatsächlich konnte zum ersten Mal das Laufverhalten von ganzen Populationen aufgezeichnet werden und Sozialer Kontakt als Zeitgeber für Drosophila melanogaster bestätigt werden. Zusätzlich wurde in dieser Arbeit relative Luftfeuchtigkeit und deren Auswirkung auf die Fitness der Fliegen, als auch als potentieller Zeitgeber untersucht. Die Fliegen wurden zum Schlupf und zur Entfaltung der Flügel unterschiedlichen Luftfeuchtigkeiten ausgesetzt und es wurden Phasenverschiebungsversuche mit Luftfeuchtigkeitszyklen durchgeführt, um diese zwei verschiedenen Fragen nach Fitness und potentiellem Zeitgeber zu beantworten. Die Fruchtfliege schlüpft normalerweise in den Morgenstunden, wenn die Luftfeuchtigkeit relativ hoch ist, weshalb im Allgemeinen angenommen wird, dass dies zu diesem Zeitpunkt des Tages geschieht, um eine Austrocknung zu verhindern. Die Ergebnisse dieser Arbeit waren sehr eindeutig und demonstrierten, dass die relative Luftfeuchtigkeit keinen großen Einfluss auf die Fitness der Fliegen in Bezug auf den Schlupferfolg und korrektes Entfalten der Flügel hat und dass die Temperatur wohl eher der ausschlaggebende Faktor sein könnte. In den Phasenverschiebungsversuchen mit Luftfeuchtigkeitszyklen konnte aufgedeckt werden, dass relative Luftfeuchtigkeit keinen Zeitgeber für Drosophila melanogaster darstellt, aber die Laufaktivität der Fliegen beeinflusst und maskiert, indem das Laufverhalten bei bestimmten relativen Luftfeuchtigkeiten zugelassen oder unterdrückt wird. Außerdem wurde die Lebenserwartung der Wildtyp und Uhrmutanten Fliegenstämme unter verschiedenen Tageslängen und mit unterschiedlicher Futterqualität untersucht, um den Einfluss dieser Faktoren auf die Fitness und somit das Überleben der Fliegen auf Dauer zu charakterisieren. Wie erwartet starben die Fliegen auf dem nährstoffarmen Minimalmedium früher als auf dem nährstoffreichen Maximalmedium, aber es konnte auch ein kleiner Effekt der Tageslänge gezeigt werden. Hierbei lebten die Fliegen etwas länger, wenn die Tageslänge die Freilauf-Periodenlänge der Fliegen widerspiegelte. Diese Versuche zeigten auch einen Fitness Vorteil der Wildtyp Fliegen gegenüber der Uhrmutanten auf lange Sicht, jedoch nicht zu Beginn (in den ersten ca. 2-3 Wochen). Abschließend kann zusammengefasst werden, dass genetische Variation wichtig ist, um sich an Veränderungen in der Umwelt anzupassen und die eigene Fitness und somit Überleben zu steigern. Eine funktionelle Innere Uhr mit einer Periodenlänge von etwa 24 Stunden zu besitzen stellt einen Fitness Vorteil für die Fliegen dar, zumindest unter Konkurrenzbedingungen. Das ganze System ist sehr komplex und viele Faktoren – bekannte und noch unbekannte – spielen eine Rolle in diesem System, welches auf verschiedenen Ebenen interagiert, wie z.B. auf physiologischer, metabolistischer oder auf der Verhaltensebene. KW - Taufliege KW - Drosophila KW - Biologische Uhr KW - Tageslänge KW - Luftfeuchtigkeit KW - Drosophila melanogaster KW - Fitness Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-211415 ER - TY - JOUR A1 - Aurast, Anna A1 - Gradl, Tobias A1 - Pernes, Stefan A1 - Pielström, Steffen T1 - Big Data und Smart Data in den Geisteswissenschaften JF - Bibliothek Forschung und Praxis N2 - Kein Abstract verfügbar. KW - Textanalyse KW - unstrukturierte Daten KW - Natural Language Processing KW - Text analysis KW - unstructured data KW - natural language processing Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-195237 SN - 1865-7648 SN - 0341-4183 N1 - Dieser Beitrag ist mit Zustimmung des Rechteinhabers aufgrund einer (DFG-geförderten) Allianz- bzw. Nationallizenz frei zugänglich. VL - 40 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Trinkl, Moritz A1 - Kaluza, Benjamin F. A1 - Wallace, Helen A1 - Heard, Tim A. A1 - Keller, Alexander A1 - Leonhardt, Sara D. T1 - Floral Species Richness Correlates with Changes in the Nutritional Quality of Larval Diets in a Stingless Bee JF - Insects N2 - Bees need food of appropriate nutritional quality to maintain their metabolic functions. They largely obtain all required nutrients from floral resources, i.e., pollen and nectar. However, the diversity, composition and nutritional quality of floral resources varies with the surrounding environment and can be strongly altered in human-impacted habitats. We investigated whether differences in plant species richness as found in the surrounding environment correlated with variation in the floral diversity and nutritional quality of larval provisions (i.e., mixtures of pollen, nectar and salivary secretions) composed by the mass-provisioning stingless bee Tetragonula carbonaria (Apidae: Meliponini). We found that the floral diversity of larval provisions increased with increasing plant species richness. The sucrose and fat (total fatty acid) content and the proportion and concentration of the omega-6 fatty acid linoleic acid decreased, whereas the proportion of the omega-3 fatty acid linolenic acid increased with increasing plant species richness. Protein (total amino acid) content and amino acid composition did not change. The protein to fat (P:F) ratio, known to affect bee foraging, increased on average by more than 40% from plantations to forests and gardens, while the omega-6:3 ratio, known to negatively affect cognitive performance, decreased with increasing plant species richness. Our results suggest that plant species richness may support T. carbonaria colonies by providing not only a continuous resource supply (as shown in a previous study), but also floral resources of high nutritional quality. KW - floral resources KW - plant-insect interactions KW - nutrition KW - biodiversity KW - bee decline Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-200605 SN - 2075-4450 VL - 11 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Prusty, Bhupesh K. A1 - Chowdhury, Suvagata R. A1 - Gulve, Nitish A1 - Rudel, Thomas T1 - Peptidase Inhibitor 15 (PI15) Regulates Chlamydial CPAF Activity JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - Obligate intracellular pathogenic Chlamydia trachomatis express several serine proteases whose roles in chlamydial development and pathogenicity are not completely understood. The chlamydial protease CPAF is expressed during the replicative phase of the chlamydial developmental cycle and is secreted into the lumen of the Chlamydia-containing vacuole called inclusion. How the secreted protease is activated in the inclusion lumen is currently not fully understood. We have identified human serine peptidase inhibitor PI15 as a potential host factor involved in the regulation of CPAF activation. Silencing expression as well as over expression of PI15 affected normal development of Chlamydia. PI15 was transported into the chlamydial inclusion lumen where it co-localized with CPAF aggregates. We show that PI15 binds to the CPAF zymogen and potentially induces CPAF protease activity at low concentrations. However, at high concentrations PI15 inhibits CPAF activity possibly by blocking its protease domain. Our findings shed light on a new aspect of chlamydial host co-evolution which involves the recruitment of host cell proteins into the inclusion to control the activation of bacterial proteases like CPAF that are important for the normal development of Chlamydia. KW - chlamydia KW - CPAF activation KW - peptidase inhibitor PI15 KW - chlamydial inclusion KW - chlamydia serine proteases Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-196918 SN - 2235-2988 VL - 8 IS - 183 ER - TY - JOUR A1 - Anelli, Viviana A1 - Ordas, Anita A1 - Kneitz, Susanne A1 - Sagredo, Leonel Munoz A1 - Gourain, Victor A1 - Schartl, Manfred A1 - Meijer, Annemarie H. A1 - Mione, Marina T1 - Ras-Induced miR-146a and 193a Target Jmjd6 to Regulate Melanoma Progression JF - Frontiers in Genetics N2 - Ras genes are among the most commonly mutated genes in human cancer; yet our understanding of their oncogenic activity at the molecular mechanistic level is incomplete. To identify downstream events that mediate ras-induced cellular transformation in vivo, we analyzed global microRNA expression in three different models of Ras-induction and tumor formation in zebrafish. Six microRNAs were found increased in Ras-induced melanoma, glioma and in an inducible model of ubiquitous Ras expression. The upregulation of the microRNAs depended on the activation of the ERK and AKT pathways and to a lesser extent, on mTOR signaling. Two Ras-induced microRNAs (miR-146a and 193a) target Jmjd6, inducing downregulation of its mRNA and protein levels at the onset of Ras expression during melanoma development. However, at later stages of melanoma progression, jmjd6 levels were found elevated. The dynamic of Jmjd6 levels during progression of melanoma in the zebrafish model suggests that upregulation of the microRNAs targeting Jmjd6 may be part of an anti-cancer response. Indeed, triple transgenic fish engineered to express a microRNA-resistant Jmjd6 from the onset of melanoma have increased tumor burden, higher infiltration of leukocytes and shorter melanoma-free survival. Increased JMJD6 expression is found in several human cancers, including melanoma, suggesting that the up-regulation of Jmjd6 is a critical event in tumor progression. The following link has been created to allow review of record GSE37015: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?token=jjcrbiuicyyqgpc&acc=GSE37015. KW - zebrafish KW - cancer models KW - microRNA KW - Jmjd6 KW - ras KW - melanoma KW - miR-146a KW - miR-193a Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-196963 SN - 1664-8021 VL - 9 IS - 675 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Eisenreich, Wolfgang T1 - Host-adapted metabolism and its regulation in bacterial pathogens JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - No abstract available. KW - bacterial pathogens KW - enteric pathogens KW - metabolism KW - host-pathogen adaption KW - isotopolog profiling Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-196876 SN - 2235-2988 VL - 5 IS - 28 ER - TY - JOUR A1 - Grebinyk, Anna A1 - Prylutska, Svitlana A1 - Buchelnikov, Anatoliy A1 - Tverdokhleb, Nina A1 - Grebinyk, Sergii A1 - Evstigneev, Maxim A1 - Matyshevska, Olga A1 - Cherepanov, Vsevolod A1 - Prylutskyy, Yuriy A1 - Yashchuk, Valeriy A1 - Naumovets, Anton A1 - Ritter, Uwe A1 - Dandekar, Thomas A1 - Frohme, Marcus T1 - C60 fullerene as an effective nanoplatform of alkaloid Berberine delivery into leukemic cells JF - Pharmaceutics N2 - A herbal alkaloid Berberine (Ber), used for centuries in Ayurvedic, Chinese, Middle-Eastern, and native American folk medicines, is nowadays proved to function as a safe anticancer agent. Yet, its poor water solubility, stability, and bioavailability hinder clinical application. In this study, we have explored a nanosized carbon nanoparticle—C60 fullerene (C60)—for optimized Ber delivery into leukemic cells. Water dispersions of noncovalent C60-Ber nanocomplexes in the 1:2, 1:1, and 2:1 molar ratios were prepared. UV–Vis spectroscopy, dynamic light scattering (DLS), and atomic force microscopy (AFM) evidenced a complexation of the Ber cation with the negatively charged C60 molecule. The computer simulation showed that π-stacking dominates in Ber and C\(_{60}\) binding in an aqueous solution. Complexation with C\(_{60}\) was found to promote Ber intracellular uptake. By increasing C\(_{60}\) concentration, the C\(_{60}\)-Ber nanocomplexes exhibited higher antiproliferative potential towards CCRF-CEM cells, in accordance with the following order: free Ber < 1:2 < 1:1 < 2:1 (the most toxic). The activation of caspase 3/7 and accumulation in the sub-G1 phase of CCRF-CEM cells treated with C\(_{60}\)-Ber nanocomplexes evidenced apoptosis induction. Thus, this study indicates that the fast and easy noncovalent complexation of alkaloid Ber with C\(_{60}\) improved its in vitro efficiency against cancer cells. KW - C60 fullerene KW - Berberine KW - noncovalent nanocomplex KW - UV–Vis KW - DLS and AFM measurements KW - drug release KW - leukemic cells KW - uptake KW - cytotoxicity KW - apoptosis Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-193216 SN - 1999-4923 VL - 11 IS - 11 ER - TY - JOUR A1 - Paponov, Ivan A. A1 - Dindas , Julian A1 - Król , Elżbieta A1 - Friz, Tatyana A1 - Budnyk, Vadym A1 - Teale, William A1 - Paponov, Martina A1 - Hedrich , Rainer A1 - Palme, Klaus T1 - Auxin-Induced plasma membrane depolarization is regulated by Auxin transport and not by AUXIN BINDING PROTEIN1 JF - Frontiers in Plant Science N2 - Auxin is a molecule, which controls many aspects of plant development through both transcriptional and non-transcriptional signaling responses. AUXIN BINDING PROTEIN1 (ABP1) is a putative receptor for rapid non-transcriptional auxin-induced changes in plasma membrane depolarization and endocytosis rates. However, the mechanism of ABP1-mediated signaling is poorly understood. Here we show that membrane depolarization and endocytosis inhibition are ABP1-independent responses and that auxin-induced plasma membrane depolarization is instead dependent on the auxin influx carrier AUX1. AUX1 was itself not involved in the regulation of endocytosis. Auxin-dependent depolarization of the plasma membrane was also modulated by the auxin efflux carrier PIN2. These data establish a new connection between auxin transport and non-transcriptional auxin signaling. KW - auxin KW - ABP1 KW - plasma membrane depolarization KW - AUX1 KW - endocytosis Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-195914 SN - 1664-462X VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Nadella, Vinod A1 - Mohanty, Aparna A1 - Sharma, Lalita A1 - Yellaboina, Sailu A1 - Mollenkopf, Hans-Joachim A1 - Mazumdar, Varadendra Balaji A1 - Palaparthi, Ramesh A1 - Mylavarapu, Madhavi B. A1 - Maurya, Radheshyam A1 - Kurukuti, Sreenivasulu A1 - Rudel, Thomas A1 - Prakash, Hridayesh T1 - Inhibitors of Apoptosis Protein Antagonists (Smac Mimetic Compounds) Control Polarization of Macrophages during Microbial Challenge and Sterile Inflammatory Responses JF - Frontiers in Immunology N2 - Apoptosis is a physiological cell death process essential for development, tissue homeostasis, and for immune defense of multicellular animals. Inhibitors of apoptosis proteins (IAPs) regulate apoptosis in response to various cellular assaults. Using both genetic and pharmacological approaches we demonstrate here that the IAPs not only support opportunistic survival of intracellular human pathogens like Chlamydia pneumoniae but also control plasticity of iNOS+ M1 macrophage during the course of infection and render them refractory for immune stimulation. Treatment of Th1 primed macrophages with birinapant (IAP-specific antagonist) inhibited NO generation and relevant proteins involved in innate immune signaling. Accordingly, birinapant promoted hypoxia, angiogenesis, and tumor-induced M2 polarization of iNOS+ M1 macrophages. Interestingly, birinapant-driven changes in immune signaling were accompanied with changes in the expression of various proteins involved in the metabolism, and thus revealing the new role of IAPs in immune metabolic reprogramming in committed macrophages. Taken together, our study reveals the significance of IAP targeting approaches (Smac mimetic compounds) for the management of infectious and inflammatory diseases relying on macrophage plasticity. KW - apoptosis KW - macrophages immunobiology KW - inflammation mediators KW - polarization KW - infection KW - hypothalamus Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-197484 SN - 1664-3224 VL - 8 IS - 1792 ER - TY - THES A1 - Olivares-Baerwald, Silvana T1 - Die Rolle von Calcineurin im Nukleus von Kardiomyozyten und ein innovativer Inhibitor als neuer therapeutischer Ansatz bei kardialer Hypertrophie T1 - The role of calcineurin in the nucleus of cardiomyocytes and an innovative inhibitor as a new therapy approach to treat cardiac hypertrophy N2 - Die Calcineurin/NFAT-Signalkaskade spielt eine wichtige Rolle bei der Entwicklung einer kardialen Hypertrophie. Im Zytoplasma von Kardiomyozyten wird die Phosphatase Calcineurin nach Stimulierung der Zellen, z. B. durch Dehnungsreize, Angiotensin II (Ang II) oder Endothelin I (ET-1), und einen daraus folgenden intrazellulären Ca2+-Strom aktiviert. Dies führt zur Dephosphorylierung von NFAT und zu dessen nukleärer Translokation. In früheren Arbeiten von Ritter et al. wurden sowohl eine nukleäre Lokalisationssequenz (NLS) als auch eine nukleäre Exportsequenz (NES) innerhalb von Calcineurin identifiziert, die den Transport von Calcineurin zwischen dem Zytoplasma und dem Nukleus ermöglichen. Basierend auf diesen Ergebnissen wurde das Import Blocking Peptid (IBP) entwickelt. Dieses Peptid entspricht der NLS von Calcineurin und blockiert die Calcineurin-Bindungsstellen des Shuttleproteins (Karyopherins) Importin β1. So wird die Translokation von Calcineurin in den Nukleus unterbunden und die Signalkaskade zur Aktivierung von Hypertrophie-Genen in Kardiomyozyten unterbrochen. Dabei blieb die Phosphatase-Aktivität von Calcineurin unbeeinflusst. Eines der Ziele dieser Arbeit war, IBP weiter zu optimieren und den „proof of principle“ auch in vivo zu führen. Hierfür wurden u. a. ein geeignetes Lösungsmittel bestimmt (biokompatibel und an die Peptidcharakteristika angepasst), die Peptidstruktur modifiziert (Erhöhung der Spezifität/Wirksamkeit) und die erforderliche Dosis weiter eingegrenzt (Belastungs- und Kostenreduktion). Unter Verwendung einer TAMRA-markierten Wirkstoffvariante konnten der Weg des Peptids in Mäusen nachverfolgt und die Ausscheidung quantifiziert werden. Aufbauend auf den Ergebnissen von Burkard et al., die die Entstehung einer konstitutiv-aktiven und nukleären Calcineurin-Isoform nach proteolytischer Spaltung durch Calpain nachwiesen, wurde die Rolle von Calcineurin im Zellkern genauer untersucht. Außerdem sollte die Frage beantwortet werden, wie (über Calcineurin?) die Herzmuskelzelle zwischen Calciumschwankungen im Zuge der Exzitations-Kontraktions-Kopplung (ECC) und vergleichsweise schwachen Calciumsignalen zur Transkriptionsteuerung unterscheidet. Mit Hilfe von nukleären Calcineurin-Mutanten, die einen Defekt in der Ca2+-Bindung aufwiesen, konnte die Bedeutung von Calcineurin als Calciumsensor für die NFAT-abhängige Transkription nachgewiesen werden. Im Mausmodell waren unter Hypertrophie-Bedingungen die Ca2+-Transienten in der nukleären Mikrodomäne signifikant stärker als im Zytosol, wodurch die Hypothese, dass die Aktivierung der Calcineurin/NFAT-Signalkaskade unabhängig von zytosolischem Ca2+ erfolgt, gestützt wird. Messungen von nukleären und zytosolischen Ca2+-Transienten in IP3-Sponge-Mäusen zeigten im Vergleich zu Wildtyp-Mäusen keine Erhöhung des Ca2+-Spiegels während der Diastole, was auf eine Rolle von Inositoltrisphosphat (IP3) in der Signalkaskade deutet. Außerdem zeigten isolierte Zellkerne ventrikulärer adulter Kardiomyozyten eine erhöhte Expression des IP3-Rezeptors 2 (IP3R2) nach Ang II-Stimulierung. Diese gesteigerte Expression war abhängig von der Calcineurin/NFAT-Kaskade und bestand sogar 3 Wochen nach Entfernung des Ang II-Stimulus fort. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass nukleäres Calcineurin als ein Ca2+-Sensor agiert, dass die lokale Ca2+-Freisetzung im Kern über IP3-Rezeptoren detektiert wird und dass dies im Zusammenspiel mit NFAT die Transkription von Hypertrophiegenen initiiert. N2 - The Calcineurin/NFAT signaling pathway plays an important role in the development of cardiac hypertrophy. Calcineurin is activated in the cytoplasm of cardiac myocytes by the interaction of different factors, e.g. Ang II or ET-1, with structures of the cell surface, this leads to the desphosphorylation of NFAT and its translocation into the nucleus. Previous works by the working group led to the detection of a nuclear localization sequence (NLS) and a nuclear export signal (NES) within the Calcineurin domains. They are required for the transport of Calcineurin through the nuclear membrane. Supported by these findings the import blocking peptide (IBP) was conceived. IBP mimics the NLS of Calcineurin and binds to the shuttle protein Importin β1, thereby blocking the binding sites for Calcineurin and inhibiting the transport of Calcineurin to the nucleus. One characteristic of the peptide is that it does not affect the phosphatase activity of Calcineurin. The aim of this project was to improve the peptide and to investigate its efficacy in vivo. We identified the optimal solvent and were able to significantly improve the solubility of IBP. We developed new isoforms of IBP with higher specificity. We were able to identify the minimal effective dose and studied the degradation and excretion of the substance in vivo. As shown by Burkard et al., Calcineurin is proteolytically cleaved by calpain, which leads to a constitutively active Calcineurin form. We investigated the role of this isoform in the nucleus. Furthermore, we investigated how Calcineurin is able to differentiate between Ca2+ fluctuations in the course of excitation contraction coupling (ECC) and Ca2+ signals for a hypertrophic response. Nuclear Calcineurin mutants defective for Ca2+ binding failed to activate NFAT-dependent transcription. Under hypertrophic conditions Ca2+ transients in the nuclear microdomain were significantly higher than in the cytosol providing a basis for sustained Calcineurin/NFAT mediated signaling uncoupled from cytosolic Ca2+. Measurements of nuclear and cytosolic Ca2+ transients in IP3 sponge mice showed no increase of Ca2+ levels during diastole as we detected in wildtype mice. Nuclei, isolated from ventricular myocytes of mice after chronic Ang II treatment, showed an elevation of IP3R2 expression which was dependent from calcineurin/NFAT signaling and persisted for 3 weeks after removal of the Ang II stimulus. Thus, we demonstrate that nuclear calcineurin was able to act as a nuclear Ca2+ sensor detecting local Ca2+ release from the nuclear envelope via IP3R. KW - kardiale Hypertrophie KW - Calcineurin Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208080 ER - TY - THES A1 - Hofrichter, Michaela Angelika Hedwig T1 - Charakterisierung von angeborenen Hörstörungen mit Hilfe von Hochdurchsatz-Sequenziermethoden T1 - Characterization of inherited hearing loss by high throughput sequencing methods N2 - Fast 500 Millionen Menschen weltweit sind von einer Hörstörung betroffen. Es wird sogar angenommen, dass diese Anzahl laut der Weltgesundheitsorganisation (WHO) noch steigen und 2050 jeder zehnte Mensch eine Hörstörung aufweisen wird. Mindestens in 50% aller Fälle ist die Hörstörung genetisch bedingt. Durch die jüngsten Fortschritte der Sequenzierungstechnologien hat die genetische Analyse von Hörstörungen an Bedeutung gewonnen, vor allem hinsichtlich Familienplanung, geeigneter Therapien und zukünftiger möglichen Therapieansätzen, um das Hörvermögen wiederherzustellen. Die folgende Arbeit stellt 155 familiäre Fälle vor, die genetisch untersucht wurden. Diese Fälle konnten in zwei Kohorten unterteilt werden. Eine Kohorte (n = 74) umfasste Patienten mit kaukasischem Hintergrund, während die andere Kohorte (n = 81) Patienten beinhaltete, die aus dem Iran rekrutiert wurden. Für die Untersuchung wurde zum einen eine Panel-Analyse mit dem TruSight One Panel (Illumina, San Diego, USA) und zum anderen eine Exom-Sequenzierung durchgeführt. Anschließend wurden die Daten mit Analyse-Programmen wie GensearchNGS (PhenoSystems, Wallonia, Belgien) ausgewertet. Insgesamt konnte für 55% aller Fälle eine pathogene oder wahrscheinlich pathogene Variante durch Next Generation Sequencing diagnostiziert werden. Die meisten der gelösten Fälle (ca. 73%) stammten aus der iranischen Kohorte, was durch elterliche Blutsverwandtschaft und erhöhte Inzidenz von Hörstörungen im Iran zu erklären ist. 27% der gelösten Fälle gehörten der zweiten Kohorte an. Mutationen in den Genen MYO15A, LHFPL5, TECTA und SLC26A4 konnten überwiegend bei iranischen Patienten identifiziert werden. Varianten im Gen TECTA als auch im Gen SLC26A4 wurden ebenfalls in der kaukasischen Kohorte identifiziert. Beide Ethnien wiesen jeweils ein eigenes Mutationsspektrum auf. Jedoch wurden in beiden Gruppen Überschneidungen im klinischen Bild durch pathogene Varianten in einer Vielzahl von Hörstörungsgenen, sowie unterschiedliche klinische Phänotypen, deren Ursache pathogene Varianten im gleichen Hörstörungsgen zugrunde liegen, und familiäre Locus-Heterogenität beobachtet.. In dieser Arbeit konnte eine De Novo Mutation im CEACAM16-Gen (DFNA4B) bestätigt und der Effekt von einer wiederholt betroffenen Aminosäure im S1PR2-Gen (DFNB68) beschrieben werden. Darüber hinaus wurden mehrere Patienten mit X-chromosomalem Hörverlust aufgrund von Defekten im POU3F4-Gen (DFNX2) und Deletionen im SMPX-Gen (DFNX4) diagnostiziert. Zusätzlich konnte mit Hilfe einer Exom-basierten Copy Number Variation-Analyse eine Deletion im OTOA-Gen (DFNB22) gefunden werden, welche sich bis in die Tandempseudogenregion erstreckte. Diese Untersuchung zeigt die enormen Möglichkeiten zur Detektion von Mutationen bei heterogenen Erkrankungen durch Anwendung von Next Generation Sequencing. Weiterhin konnte eine intragenische Deletion im Gen COL9A1 identifiziert werden, die im Zusammenhang mit einer scheinbar isolierten Hörstörung steht und durch den komplexen Umlagerungsmechanismus FoSTeS/MMBIR (Fork Stalling und Template Switching/Microhomology-mediated Break-induced Replication) entstand, der so bei Hörstörungen noch nicht beschrieben wurde. Auf der Suche nach Genen, die bisher noch nicht mit Hörstörungen assoziiert werden konnten, wurden acht Familien in eine Kandidatengenuntersuchung miteinbezogen und eine Exom-weite Analyse durchgeführt. Bei fünf Familien konnte noch keine ursächliche Variante identifiziert werden. Jedoch wurde bei drei Familien mit einer autosomal dominanten Schwerhörigkeit eine genetische Ursache identifiziert und TECTB, ATP11A und THBS2 konnten als Kandidatengene ermittelt werden. Diese Arbeit zeigt, wie wichtig es ist, die kausale Variante bei Hörstörungspatienten zu detektieren. Eine genetische Diagnostik ermöglicht eine endgültige Diagnose eines Syndroms, ist für die Klassifizierung der Hörstörung notwendig und trägt zu einer zukünftigen Therapie der Patienten bei. N2 - Nearly 500 million people are affected by hearing impairment. According to the World Health Organization (WHO), the prevalence of hearing loss will increase to one in ten people in 2050. It is expected that at least half of all cases have a genetic etiology. Due to recent advancements in sequencing technologies the genetic analysis of hearing loss gain in importance, especially in regard to family planning, directing appropriate therapies and engaging in future therapeutic approaches for hearing restoration. The following thesis describes the genetic causes of 155 familial cases with hearing loss. These cases were divided into two cohorts. One cohort (n = 74) included patients with a Caucasian background, while the other cohort (n = 81) comprised patients who were recruited from the Iran. A panel analysis using the TruSight One Panel (Illumina, San Diego, USA) as well as an exome sequencing approach were applied. The data were subsequently analyzed using bioinformatics programs such as GensearchNGS (PhenoSystems, Wallonia, Belgium). Overall, 55% of all cases disclosed a pathogenic or likely pathogenic genetic variant by utilizing next generation sequencing methods. Most of the resolved cases (ca. 73%) were detected in the Iranian cohort, a fact which is traced back to parental consanguinity and increased incidence of overall hearing impairment in the Iran. 27% of resolved cases were revealed in the second cohort. Variants in the genes MYO15A (DFNB3), LHFPL5 (DFNB67), TECTA (DFNB21), and SLC26A4 (DFNB4) were especially prevalent in Iranian patients. Variants in the genes TECTA and SLC26A4 were also identified in the Caucasian cohort. The two ethnic groups each exhibited a distinctly unique mutational landscape. Additionally, the overlapping clinical outcomes caused by pathogenic variants in a multitude of hearing impairment genes as well as the phenotypical different characters of variants in the same gene generating hearing loss and familial locus heterogeneity were observed. This work also described a de novo mutation in the CEACAM16 (DFNA4B) gene and described the effect of a recurrently substituted amino acid residue in the S1PR2 (DFNB68) gene. In addition, several X-linked hearing loss patients were diagnosed due to defects in the POU3F4 (DFNX2) gene and deletions in the SMPX (DFNX4) gene. Furthermore, exome-based copy number variation analysis identified a deletion in the OTOA (DFNB22) gene extending into the tandem pseudogene region. This study demonstrates the enormous potential for the detection of mutations in a genetically heterogeneous disorder applying next generation sequencing. Furthermore, an intragenic deletion in the gene COL9A1 was identified, which is related to an apparent isolated hearing impairment and was likely caused by the complex rearrangement of FoSTeS/MMBIR mechanism (fork stalling and template switching/microhomology-mediated break-induced replication), which has not been previously described in hearing disorders. In order to reveal new genes associated with hearing loss, eight families were investigated with an exome-wide analysis in a candidate gene study. In five families, no causal variant could be identified. However, a genetic cause was identified in three families with autosomal dominant hearing loss and TECTB, ATP11A, and THBS2 were identified as candidate genes. This work shows the importance of the identification of the causal variant. Herein, genetic diagnostic could be necessary for the final diagnosis of a syndrome, is important for classification of the hearing loss and contributes to a future therapy. KW - Hörstörungen KW - High throughput screening Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-185331 ER - TY - THES A1 - Rost, Isabell T1 - Gezielte Anreicherungs- und neue DNA-Sequenzierungsstrategien für die molekulare Analyse von Fanconi-Anämie-Genen T1 - Targeted enrichment and novel DNA sequencing strategies for the molecular analysis of fanconi anemia genes N2 - Fanconi-Anämie (FA) ist, mit Ausnahme von Mutationen in FANCR/RAD51, eine autosomal-rezessive oder X-chromosomal vererbte Krankheit, die sich durch eine ausgesprochene klinische als auch genetische Heterogenität auszeichnet. Neben einem fortschreitenden Knochenmarksversagen zählen zu den typischen Merkmalen eine Vielzahl an angeborenen Fehlbildungen, wie beispielsweise Radialstrahlanomalien, Minderwuchs oder Pigmentierungsstörungen. Zudem besteht für FA-Patienten ein überdurchschnittlich hohes Risiko bereits in jungen Jahren an akuter myeloischer Leukämie oder soliden Tumoren zu erkranken. Bislang konnten in 21 FA-Genen (FANCA, -B, -C, - D1, -D2, -E, -F, -G, -I, -J, -L, -M, -N, -O, -P, -Q, -R, -S, -T, -U oder -V) krankheitsverursachende Mutationen identifiziert werden, deren Proteinprodukte maßgeblich an der Aufrechterhaltung der Genomstabilität beteiligt sind und Komponenten des FA/BRCA-DNA-Reparaturweges darstellen. In der klassischen FA-Mutationsanalyse kommen meist Sanger-Sequenzierungen sowie MLPA- und Immunblot-Analysen zum Einsatz. Da im Wesentlichen keine Genotyp-Phänotyp-Korrelation besteht, gestaltet sich, gerade bei seltenen FA-Komplementationsgruppen, der Nachweis von krankheitsverursachenden Mutationen oftmals sehr zeit- und kostenintensiv. Während der letzten Jahre wurden verschiedene Strategien zur Anreicherung und Sequenzierung entwickelt, welche die parallele Sequenzanalyse einzelner ausgewählter Gene, ganzer Exome oder sogar des gesamten Genoms und somit eine kosten- und zeiteffiziente Mutationsanalyse ermöglichen. In der vorliegenden Arbeit wurden unterschiedliche Anreicherungsmethoden mit anschließender Hochdurchsatzsequenzierung auf ihre Anwendbarkeit in der molekulargenetischen FA-Diagnostik getestet, um klassische Mutationsanalyse-Methoden zu ergänzen oder möglicherweise sogar ganz ersetzen zu können. Der erste Teil der Arbeit befasste sich mit der Etablierung eines FA-spezifischen Genpanels zur Genotypisierung von FA-Patienten. Nachdem die Methode zunächst anhand von FA-Patienten mit bekannten Mutationen optimiert werden musste, erwies sie sich als effizienter Ansatz zum Nachweis krankheitsverursachender Mutationen bei FA-Patienten unbekannter Komplementationsgruppe. Durch die FA-Panelanalyse konnten 37 von 47 unklassifizierten Patienten einer FA-Komplementationsgruppe zugeordnet werden, indem deren kausalen Mutationen bestimmt wurden. In einem weiteren Ansatz sollte die Anwendbarkeit eines kommerziellen Anreicherungspanels zur FA-Diagnostik untersucht werden. Auch hier konnte ein Großteil der krankheitsverursachenden Mutationen von fünf bekannten wie auch 13 nicht zugeordneten FA-Patienten detektiert und somit eine molekulargenetische Diagnose bei neun weiteren, zuvor unklassifizierten FA-Patienten, gestellt werden. Ferner wurden sechs ausgewählte Patienten, zusätzlich zur Panelanreicherung, per Exomanalyse untersucht. Zum einen konnten Mutationen in bekannten FA-Genen bestätigt oder neu identifiziert werden. Zum anderen wurden auch potentiell pathogene Mutationen in DNA-Reparaturgenen außerhalb des FA/BRCA-Signalweges bei zwei Patienten mit unbestätigter Verdachtsdiagnose FA verifiziert. So wurde bei mehreren Mitgliedern einer Familie mit unterschiedlichen Tumorerkrankungen eine zuvor unbeschriebene homozygote Nonsense-Mutation in der BER-Glykosylase NTHL1 nachgewiesen, für welche bislang erst zwei pathogene Mutationen als Auslöser eines neuen Krebssyndroms bekannt sind. Bei einem weiteren Patienten wurden compound-heterozygote Mutationen in RPA1 detektiert, ein Gen für das bislang noch kein Krankheitsbild bekannt ist. Mit Hilfe der drei verschiedenen Anreicherungsstrategien konnten insgesamt 47 von 60 unklassifizierten FA-Patienten 13 verschiedenen Komplementationsgruppen eindeutig zugeordnet werden. Es zeigte sich dabei ein breites Spektrum an neuen, bislang unbeschriebenen FA-Mutationen. Den größten Anteil an der Gesamtzahl der nachgewiesenen Mutationen hatten Spleißmutationen, die auf eine Auswirkung auf das kanonische Spleißmuster untersucht wurden, um einen pathogenen Effekt nachweisen zu können. Weiterhin schloss die Arbeit die Charakterisierung einzelner FA-Patienten bzw. Komplementationsgruppen mit ein. Dazu zählen die seltenen Untergruppen FA-T und FA-Q, für die jeweils ein neuer Patient identifiziert werden konnte. Durch die funktionelle Charakterisierung der dritten jemals beschriebenen FA-Q-Patientin konnten Einblicke in das Zusammenspiel der Reparatur von DNA-Quervernetzungen und der Nukleotidexzisionsreparatur gewonnen und die phänotypische Variabilität von FA durch die subjektive als auch zelluläre UV-Sensitivität der Patientin ergänzt werden. Darüber hinaus konnte das Mutationsspektrum in FA-I sowie FA-D2 erweitert werden. Eine genauere Untersuchung der Pseudogenregionen von FANCD2 ermöglichte dabei die gezielte Mutationsanalyse des Gens. Insgesamt konnten die Ergebnisse dieser Arbeit dazu beitragen, das Mutationsspektrum in FA zu erweitern und durch die Identifizierung und Charakterisierung einzelner Patienten neue Einblicke in verschiedene Komponenten des FA/BRCA-Signalweges zu erhalten. Es zeigte sich, dass neue DNA-Sequenzierungsstrategien in der FA-Diagnostik eingesetzt werden können, um eine effiziente Mutationsanalyse zu gewährleisten und klassische Methoden in Teilbereichen zu ersetzen. N2 - Fanconi anemia (FA) is, with the exception of mutations in FANCR/RAD51, an autosomal recessive or X-linked inherited disease that is characterized by a remarkable clinical and genetic heterogeneity. In addition to progressive bone marrow failure, typical features include a multitude of developmental malformations, such as radial ray anomalies, growth retardation or cutaneous pigment displacement. Additionally, FA patients have a higher risk for developing acute myelogenous leukemia or solid tumors early in life. To date, pathogenic mutations have been identified in 21 FA genes (FANCA, -B, -C, - D1, -D2, -E, -F, -G, -I, -J, -L, -M, -N, -O, -P, -Q, -R, -S, -T, -U or -V) whose protein products are responsible for maintaining genomic integrity and constitute components of the FA/BRCA DNA repair pathway. Typical methods for FA mutation analysis comprise Sanger sequencing as well as MLPA and immunoblot analyses. As no definite genotype-phenotype correlation exists, pathogenic mutation detection in rare subgroups is often quite time-consuming and cost-intensive. Within the last few years, distinct strategies for both enrichment and sequencing of a subset of genes, whole exomes or even the whole genome have been developed that facilitate a cost-effective and time-saving mutation analysis. In the present work different target-enrichment strategies followed by high-throughput sequencing were tested for their applicability in molecular genetic diagnostics of FA in order to complement or even replace classic strategies for mutation analysis. The first part of this work addressed the establishment of an FA-specific gene panel for genotyping FA patients. After optimizing this method by means of FA patients with known mutations, this proved to be an efficient approach for detecting pathogenic mutations in FA patients of unknown complementation groups. Due to FA gene panel analysis, 37 of 47 unclassified FA patients were assigned to a complementation group based on the identification of their causative mutations. In another approach, a commercial enrichment panel was tested for its application in FA diagnostics. Again, most pathogenic mutations of five classified and 13 unclassified FA patients were detected, enabling a molecular diagnosis for nine previously unclassified FA patients. Moreover, six selected patients were studied by exome analysis in addition to panel enrichment. This allowed for mutations in known FA complementation groups to be confirmed or newly identified. Additionally, potentially pathogenic variants in DNA-repair genes outside the FA/BRCA pathway were verified in two patients with an unconfirmed suspected diagnosis of FA. One previously undescribed homozygous nonsense mutation in the BER glycosylase NTHL1 was detected in several members of one family with various tumors. For this gene, only two distinct pathogenic mutations were previously described to cause a novel cancer syndrome. In another patient, compound heterozygous mutations in RPA1 were detected, a gene for which no disease pattern is yet known. By means of the three different enrichment strategies a total of 47 of 60 unclassified FA patients were definitely assigned to 13 diverse complementation groups. In this context, a broad spectrum of previously undescribed mutations was identified. The majority of all verified mutations were splice mutations that were examined for an effect on the canonical splicing pattern in order to verify a pathogenic effect. Additionally, this work also included the characterization of individual FA patients and complementation groups, respectively. These include the rare subgroups FA-T and FA-Q, for each of which one new patient was identified. Functional characterization of the third ever described FA-Q patient allowed new insights into the interplay of DNA interstrand-crosslink and nucleotide excision repair and broadened the spectrum of phenotypic variability of FA by the subjective and cellular UV sensitivity of this patient. Furthermore, the mutation spectrum in both FA-I and FA-D2 was expanded. Here, a closer investigation of the pseudogene regions of FANCD2 facilitated a precise mutation screening of the gene. Overall, the results of this work broadened the mutation spectrum of FA and allowed new insights into diverse components of the FA/BRCA pathway by identifying and characterizing individual patients. It became apparent that novel strategies for DNA sequencing can be applied in FA diagnostics to ensure an efficient mutation analysis, as well as to replace some parts of classical approaches. KW - Fanconi-Anämie KW - DNS-Reparatur KW - Sequenzdaten KW - Genpanel KW - Next generation sequencing KW - Mutationsanalyse Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-151096 ER - TY - THES A1 - Eidel, Matthias T. A. M. T1 - Training Effects of a Tactile Brain-Computer Interface System During Prolonged Use by Healthy And Motor-Impaired People T1 - Trainingseffekte eines Taktilen Brain-Computer Interface Systems bei längerer Nutzung von gesunden sowie motorisch eingeschränkten Personen N2 - Background - Brain-Computer Interfaces (BCI) enable their users to interact and communicate with the environment without requiring intact muscle control. To this end, brain activity is directly measured, digitized and interpreted by the computer. Thus, BCIs may be a valuable tool to assist severely or even completely paralysed patients. Many BCIs, however, rely on neurophysiological potentials evoked by visual stimulation, which can result in usability issues among patients with impaired vision or gaze control. Because of this, several non-visual BCI paradigms have been developed. Most notably, a recent study revealed promising results from a tactile BCI for wheelchair control. In this multi-session approach, healthy participants used the BCI to navigate a simulated wheelchair through a virtual apartment, which revealed not only that the BCI could be operated highly efficiently, but also that it could be trained over five sessions. The present thesis continues the research on this paradigm in order to - confirm its previously reported high performance levels and trainability - reveal the underlying factors responsible for observed performance increases - establish its feasibility among potential impaired end-users Methods - To approach these goals, three studies were conducted with both healthy participants and patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Brain activity during BCI operation was recorded via electroencephalography (EEG) and interpreted using a machine learning-based linear classifier. Wheelchair navigation was executed according to the classification results and visualized on a monitor. For offline statistical analysis, neurophysiological features were extracted from EEG data. Subjective data on usability were collected from all participants. Two specialized experiments were conducted to identify factors for training. Results and Discussion - Healthy participants: Results revealed positive effects of training on BCI performances and their underlying neurophysiological potentials. The paradigm was confirmed to be feasible and (for a non-visual BCI) highly efficient for most participants. However, some had to be excluded from analysis of the training effects because they could not achieve meaningful BCI control. Increased somatosensory sensitivity was identified as a possible mediator for training-related performance improvements. Participants with ALS: Out of seven patients with various stages of ALS, five could operate the BCI with accuracies significantly above chance level. Another ALS patient in a state of near-complete paralysis trained with the BCI for several months. Although no effects of training were observed, he was consistently able to operate the system above chance level. Subjective data regarding workload, satisfaction and other parameters were reported. Significance - The tactile BCI was evaluated on the example of wheelchair control. In the future, it could help impaired patients to regain some lost mobility and self-sufficiency. Further, it has the potential to be adapted to other purposes, including communication. Once visual BCIs and other assistive technologies fail for patients with (progressive) motor impairments, vision-independent paradigms such as the tactile BCI may be among the last remaining alternatives to interact with the environment. The present thesis has strongly confirmed the general feasibility of the tactile paradigm for healthy participants and provides first clues about the underlying factors of training. More importantly, the BCI was established among potential end-users with ALS, providing essential external validity. N2 - Hintergrund - Brain-Computer Interfaces (BCI) ermöglichen ihren Benutzern die Interaktion und Kommunikation mit der Außenwelt, ohne dabei die Funktionstüchtigkeit der Muskeln voraus zu setzen. Zu diesem Zweck wird die Gehirnaktivität vom Computer direkt gemessen, digitalisiert und schließlich interpretiert. BCIs könnten daher eine wertvolle Methode sein, schwer körperlich beeinträchtigten oder sogar vollständig gelähmten Patienten zu assistieren. Viele BCI Ansätze basieren allerdings auf neurophysiologischen Potentialen, welche mittels visueller Stimulation evoziert werden. Dies kann zur Folge haben, dass das BCI von Patienten mit Sehbehinderung oder fehlender Kontrolle über die eigene Blickrichtung nicht erfolgreich benutzt werden kann. Deshalb wurden bereits einige nicht-visuelle BCI Paradigmen entwickelt. Insbesondere eine aktuelle Studie über ein taktiles BCI zur Rollstuhlkontrolle lieferte vielversprechende Ergebnisse: In fünf Trainingssitzungen navigierten gesunde Studienteilnehmer per BCI einen simulierten Rollstuhl durch eine virtuelle Wohnung. Hierbei konnte gezeigt werden, dass das BCI System nicht nur sehr effizient genutzt werden konnte, sondern auch, dass sich die Kontrolle durch das Training über mehrere Sitzungen verbesserte. Die vorliegende Dissertation befasst sich mit der weiterführenden Erforschung eben dieses Paradigmas, insbesondere mit den Zielen: . die zuvor berichtete hohe Performanz und Trainierbarkeit zu bestätigen . aufzuklären, welche Faktoren der Steigerung der BCI-Leistung zugrunde liegen . die Anwendbarkeit des Paradigmas bei beeinträchtigten Endnutzern zu etablieren Methoden - Um diese Ziele zu erreichen wurden drei Studien sowohl mit gesunden als auch mit Teilnehmern mit amyotropher Lateralsklerose (ALS) durchgeführt. Während der BCI-Nutzung wurde die Gehirnaktivität per Elektroenzephalographie (EEG) aufgezeichnet und von einem linearen Klassifikator (basierend auf Maschinenlernverfahren) interpretiert. Die Navigation des Rollstuhls wurde entsprechend der Ergebnisse des Klassifikators umgesetzt und auf einem Bildschirm visualisiert. Zur späteren statistischen Analyse wurden aus den EEG Daten neurophysiologische Merkmale extrahiert. Zudem wurden Fragebogendaten zur Nutzbarkeit des Systems von allen Teilnehmern erhoben. Zwei Experimente zur Identifizierung von Trainingsfaktoren wurden durchgeführt. Ergebnisse und Diskussion - Gesunde Teilnehmer: Die Ergebnisse zeigten positive Effekte des Trainings auf die BCI Performanz und deren zugrundeliegenden neurophysiologischen Potentiale. Es konnte bestätigt werden, dass das Paradigma anwendbar und für die meisten Teilnehmer hocheffizient nutzbar war (im Vergleich zu anderen nicht-visuellen Ansätzen). Einige Teilnehmer mussten jedoch von der Analyse der Trainingseffekte ausgeschlossen werden, da sie keine ausreichende Kontrolle über das BCI ausüben konnten. Eine Steigerung der somatosensorischen Empfindlichkeitsschwelle wurde als ein möglicher Faktor für die Trainierbarkeit und Verbesserung der Performanz identifiziert. Teilnehmer mit ALS: Fünf von sieben Teilnehmern in verschiedenen ALS-Stadien konnten das BCI signifikant überzufällig benutzen. Ein weiterer ALS Patient mit nahezu vollständiger Lähmung trainierte den Umgang mit dem BCI über mehrere Monate hinweg. Er war beständig in der Lage, das System mit Genauigkeiten über dem Zufallsniveau zu steuern, jedoch konnten keine Trainingseffekte gezeigt werden. Fragebogendaten zur subjektiven Arbeitsbelastung, Zufriedenheit und einigen weiteren Parametern wurden ausführlich berichtet. Bedeutung - Das taktile BCI wurde am Beispiel der Rollstuhlkontrolle evaluiert. In naher Zukunft könnte es beeinträchtigten Patienten helfen, ihre verlorene Mobilität und Selbstständigkeit zurück zu erlangen. Zudem kann es für viele weitere Zwecke adaptiert werden, insbesondere zur Kommunikation. Sobald visuelle BCIs oder andere technische Hilfsmittel bei Patienten mit (progressiver) motorischer Lähmung scheitern, könnten nicht-visuelle Paradigmen wie das taktile BCI zu den letzten verbleibenden Alternativen gehören, die eine Interaktion mit der Außenwelt noch erlauben. Die vorliegende Arbeit hat die grundsätzliche Anwendbarkeit des taktilen Paradigmas für gesunde Benutzer klar bestätigt. Zudem liefert sie erste Hinweise darauf, welche Faktoren den beobachteten Trainingseffekten zugrunde liegen könnten. Das BCI hat sich zudem bei potentiellen End-Nutzern mit ALS bewährt, was der externen Validität der Studienergebnisse enorm zuträgt. KW - Myatrophische Lateralsklerose KW - Gehirn-Computer-Schnittstelle KW - Elektroencephalographie KW - Rollstuhl KW - Brain-Computer Interface KW - Amyotrophic Lateral Sclerosis KW - Wheelchair Navigation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208511 ER - TY - THES A1 - Seibold, Marcel T1 - Funktionelle Charakterisierung des Ras family small GTP binding protein RAL im Multiplen Myelom T1 - Functional characterization of the Ras family small GTP binding protein RAL in multiple myeloma N2 - Die monoklonale Proliferation maligner Plasmazellen im Knochenmark ist charakteristisch für das multiple Myelom (MM) und kann bei Erkrankten zu Störungen in der Hämatopoese sowie zu Knochenläsionen und Niereninsuffizienz führen. Die Weiterentwicklung und der Einsatz neuer Therapieoptionen konnten das Überleben von MM-Patienten zwar erheblich verbessern, jedoch gilt diese Krankheit weiterhin als unheilbar. Onkogene Mutationen und das Knochenmarkmikromilieu führen in MM-Zellen zur Entstehung eines onkogenen Signalnetzwerks, das das Wachstum und Überleben der Zellen aufrechterhält. Mutationen der GTPase RAS treten bei bis zu 50 % der MM-Patienten auf und tragen zum Überleben von MM-Zellen bei. Trotz der Häufigkeit und Bedeutsamkeit von onkogenem RAS, auch in anderen Tumorentitäten, ist die GTPase nach wie vor therapeutisch nicht angreifbar. Die GTPase RAL aus der Familie der RAS-GTPasen wird als Downstream-Effektor von RAS angesehen, der damit ebenfalls zur Aufrechterhaltung des Tumorzellüberlebens beitragen könnte. In einigen Tumorentitäten konnte bisher gezeigt werden, dass eine Überexpression von RAL in den Tumorzellen vorliegt und die Proliferation und Apoptose von Tumorzellen durch RAL beeinflusst wird. Daher stellte sich die Frage, ob RAL im MM ebenfalls das Überleben von Tumorzellen beeinflusst und ob eine direkte Verbindung zwischen onkogenem RAS und RAL besteht. In dieser Arbeit wurde die funktionelle Rolle von RAL sowie dessen Zusammenhang mit onkogenem RAS im MM untersucht. Hierbei konnte eine Überexpression von RAL in MM-Zellen im Vergleich zu MGUS oder normalen Plasmazellen beobachtet werden. In Knockdown-Analysen wurde gezeigt, dass RAL überlebensnotwendig für MM-Zellen ist. Dabei wurde in Western Blot-Analysen festgestellt, dass diese Überlebenseffekte unabhängig von MAPK/ERK-Signaling vermittelt werden. Es konnte teilweise jedoch eine Abhängigkeit von der AKT-Aktivität beobachtet werden. Da RAL-Knockdown Einfluss auf das Überleben von MM-Zellen hat, wurde eine pharmakologische Inhibition von RAL durch den Inhibitor RBC8 untersucht. RBC8 zeigte in höheren Dosen nur bei einem Teil der MM-Zelllinien eine Wirkung auf das Zellüberleben sowie auf die RAL-Aktivierung. Die Weiterentwicklung potenter RAL-Inhibitoren ist daher für eine klinische Translation einer RAL-Inhibition von großer Bedeutung. Zur Untersuchung des Zusammenhangs zwischen onkogenem RAS und der RAL-Aktivierung wurden RAL-Pulldown-Analysen nach Knockdown von onkogenem RAS durchgeführt. In diesen Experimenten wurde keine Abhängigkeit der RAL-Aktivierung von onkogenem RAS festgestellt. Darüber hinaus zeigten Genexpressionsanalysen nach RAS- bzw. RAL-Knockdown unterschiedliche Genexpressionsprofile. In Massenspektrometrie-Analysen wurden mögliche Effektoren, die mit RAL an der Beeinflussung des Zellüberlebens beteiligt sein könnten, untersucht. Hierbei wurden die Komponenten des Exozyst-Komplexes EXO84 und SEC5 als Interaktionspartner von RAL identifiziert. Nachdem gezeigt wurde, dass RAL ausschlaggebend für das Überleben von MM-Zellen ist, wurde eine Kombination von RAL-Knockdown mit klinisch relevanten Wirkstoffen analysiert. Diese zeigte bei der Kombination mit PI3K oder AKT-Inhibitoren verstärkte Effekte auf das Zellüberleben der MM-Zellen. Zusammenfassend wurde die Bedeutung von RAL für das Überleben von Tumorzellen im MM gezeigt und RAL als potentielles therapeutisches Target im MM beschrieben, welches unabhängig von onkogenem RAS reguliert wird. N2 - Multiple myeloma (MM) is a hematologic neoplasia which is characterized by monoclonal proliferation of malignant plasma cells in the bone marrow leading to hematopoetic failure, bone lesions and renal failure. Although continuous development of existing therapeutics and new therapeutic options vastly improved MM patient survival, MM still remains an incurable disease. Oncogenic mutations and the bone marrow microenvironment contribute to a signaling network which sustains MM cell proliferation and survival. Within this network mutations of the RAS oncogene account for up to 50 % of MM patients. Despite its prevalence and importance not only in MM, RAS still remains undruggable. The GTPase-family Member RAL is considered as a RAS effector which might also influence maintainance of tumor cell survival. In several tumor entities RAL is overexpressed in tumor cells and influences proliferation and apoptosis. Therefore, in MM RAL might also be controlled by oncogenic RAS and mediate cell survival of tumor cells. In this work, RAL’s functional role as well as the potential interconnection with oncogenic RAS was investigated. In MM cells RAL is ovexpressed compared to non-malignant MGUS or plasma cells. Knockdown analyses showed that RAL is essential for MM cell survival. These survival effects are transferred independently of MAPK/ERK signaling as shown by Western Blot analysis. However, to some extent RAL influenced MM cell survival dependently of AKT activity. Because RAL knockdown had a significant effect on MM cell survival a pharmacological inhibition was tested using the inhibitor RBC8. In a portion of MM cell lines RBC8 exerts effects on cell survival. But the effects of RBC8 on RAL activation were only visible at higher concentrations as shown by pulldown assays. Thus, subsequent development of potent RAL inhibitors is of major importance for clinical translation. To investigate whether RAL is directly activated by oncogenic RAS, RAL pulldown assays were performed after knockdown of oncogenic RAS. Strikingly, there was no direct connection between the presence of oncogenic RAS and RAL activation. Furthermore, gene expression profiles after RAS or RAL knockdown showed differing expression signatures. Potential effectors of RAL which might also influence MM cell survival were investigated in mass spectrometric analyses where the exocyst complex components EXO84 and SEC5 were identified as RAL interaction partners. Since RAL is of importance for MM cell survival, RAL knockdown was combined with clinically relevant agents. There was an enhanced induction of apoptosis upon combination of PI3K or AKT inhibitors with RAL knockdown. Taken together, the influence of RAL as a crucial mediator of MM cell survival was shown in this work. Therefore, RAL represents a potential therapeutic target which is regulated independently of oncogenic RAS. KW - Kleine GTP-bindende Proteine KW - Signaltransduktion KW - Plasmozytom KW - RAL KW - Multiples Myelom KW - Zellüberleben KW - Knochenmark Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208003 ER - TY - THES A1 - Seitz, Nicola T1 - Bee demise and bee rise: From honey bee colony losses to finding measures for advancing entire bee communities T1 - Bienenschwund und Bienenaufschwung: Von Honigbienen-Kolonieverlusten zur Förderung von gesamten Bienengemeinschaften N2 - My dissertation comprises three studies: (1) an assessment of honey bee colony losses in the USA between 2014 and 2015, (2) an exploration of the potential of reclaimed sand mines as bee habitat, and (3) an evaluation of native and non-native pollinator friendly plants in regard to their attraction to bees. While the first study focuses on honey bees, the latter two studies primarily take wild bees or entire bee communities in focus. The study on honey bee colony losses was conducted within the framework of the Bee Informed Partnership (BIP, beeinformed.org) and aligns with the annual colony loss surveys which have been conducted in the USA since the winter of 2006/2007. It was the fourth year for which summer and annual losses were calculated in addition to winter losses. Among participants, backyard beekeepers were the largest group (n = 5690), although sideline (n = 169) and commercial (n = 78) beekeepers managed the majority (91.7 %) of the 414 267 surveyed colonies. Overall, 15.1 % of the estimated 2.74 million managed colonies in the USA were included in the study. Total honey bee colony losses (based on the entirety of included colonies) were higher in summer (25.3 %) than in winter (22.3 %) and amounted to 40.6 % for the entire 2014/2015 beekeeping year. Average colony losses per beekeeper or operation were higher in winter (43.7 %) than in summer (14.7 %) and amounted to 49 % for the entire 2014/2015 beekeeping year. Due to the dominance of backyard beekeepers among participants, average losses per operation (or unweighted loss) stronger reflected this smaller type of beekeeper. Backyard beekeepers mainly named colony management issues (e.g., starvation, weak colony in the fall) as causes for mortality, while sideline and commercial beekeepers stronger emphasized parasites or factors outside their control (e.g., varroa, nosema, queen failure). The second study took place at reclaimed sand mines. Sand mines represent anthropogenically impacted habitats found worldwide, which bear potential for bee conservation. Although floral resources can be limited at these habitats, vegetation free patches of open sandy soils and embankments may offer good nesting possibilities for sand restricted and other bees. We compared bee communities as found in three reclaimed sand mines and at adjacent roadside meadows in Maryland, USA, over two years. Both sand mines and roadsides hosted diverse bee communities with 111 and 88 bee species, respectively. Bee abundances as well as richness and Shannon diversity of bee species were higher in sand mines than at roadsides and negatively correlated with the percentage of vegetational ground cover. Species composition also differed significantly between habitats. Sand mines hosted a higher proportion of ground nesters, more uncommon and more ‘sand loving’ bees similar to natural sandy areas of Maryland. Despite the destruction of the original pre-mining habitat, sand mines thus appear to represent a unique habitat for wild bees, particularly when natural vegetation and open sand spots are encouraged. Considering habitat loss, the lack of natural disturbance regimes, and ongoing declines of wild bees, sand mines could add promising opportunities for bee conservation which has hitherto mainly focused on agricultural and urban habitats. The third study was an experimental field study on pollinator friendly plants. Bees rely on the pollen and nectar of plants as their food source. Therefore, pollinator friendly plantings are often used for habitat enhancements in bee conservation. Non-native pollinator friendly plants may aid in bee conservation efforts, but have not been tested and compared with native pollinator friendly plants in a common garden experiment. In this study, we seeded mixes of 20 native and 20 non-native pollinator friendly plants in two separate plots at three sites in Maryland, USA. For two years, we recorded flower visitors to the plants throughout the blooming period and additionally sampled bees with pan traps. A total of 3744 bees (120 species) were sampled in the study. Of these, 1708 bees (72 species) were hand netted directly from flowers for comparisons between native and non-native plants. Depending on the season, bee abundance and species richness was either similar or lower (early season and for richness also late season) at native plots compared to non-native plots. Additionally, the overall bee community composition differed significantly between native and non-native plots. Furthermore, native plants were associated with more specialized plant-bee visitation networks compared to non-native plants. In general, visitation networks were more specialized in the early season than the later seasons. Four species (Bombus impatiens, Halictus poeyi/ligatus, Lasioglossum pilosum, and Xylocopa virginica) out of the five most abundant bee species (also including Apis mellifera) foraged more specialized on native than non-native plants. Our study showed that non-native plants were well accepted by a diverse bee community and had a similar to higher attraction for bees compared to native plants. However, we also demonstrated alterations in foraging behavior, bee community assemblage, and visitation networks. As long as used with caution, non-native plants can be a useful addition to native pollinator friendly plantings. This study gives a first example of a direct comparison between native and non-native pollinator friendly plants. N2 - Meine Dissertation umfasst drei Studien: (1) eine Erfassung von Honigbienen-Kolonieverlusten in den USA zwischen 2014 und 2015, (2) die Erforschung des Potenzials renaturierter Sandminen als Habitat für Bienen und (3) eine Evaluierung nativer sowie standortfremder bestäuberfreundlicher Pflanzen hinsichtlich ihrer Attraktivität für Bienen. Während die erste Studie Honigbienen im Fokus hat, verschiebt sich der Fokus der zwei weiteren Studien hin zu Wildbienen bzw. gesamten Bienengemeinschaften. Die Studie zu Honigbienenkolonieverlusten wurde im Rahmen des Bee Informed Partnerships (BIP, beeinformed.org) durchgeführt und reiht sich ein in die seit dem Winter 2006/2007 jährlich durchgeführten Untersuchungen in den USA. Es ist das vierte Jahr in dem Sommer- und Jahresverluste zusätzlich zu den Winterverlusten kalkuliert wurden. Unter den Teilnehmern bildete die Gruppe der Hobby-Imker den größten Anteil (n = 5690), obwohl nebenberufliche (n = 169) und kommerzielle (n = 78) Imker den Großteil (91,7 %) der 414 267 begutachteten Bienenvölkern bzw. Kolonien hielten. Insgesamt enthielt die Studie 15,1 % der auf 2,74 Mio. geschätzten Gesamtzahl an gehaltenen Bienenvölkern in den USA. Die Gesamtverluste an Honigbienenvölkern (basierend auf der Gesamtheit der erfassten Völker) waren im Sommer mit 25,3 % höher als im Winter mit 22,3 % und bezifferten sich auf 40,6 % für das gesamte Imkerjahr in 2014/2015. Durchschnittliche Kolonieverluste pro Imkerbetrieb waren höher im Winter (43,7 %) als im Sommer (14,7 %) und betrugen 49 % für das gesamte Imkerjahr in 2014/2015. Aufgrund der hohen Anzahl an Hobby-Imkern unter den Teilnehmern reflektieren die durchschnittlichen Kolonieverluste pro Imkerbetrieb (oder ungewichtete Verluste) v.a. die Situation dieser kleineren Imkerbetriebe. Hobby-Imker nannten als Gründe für die Honigbienenmortalität hauptsächlich Probleme des Koloniemanagements (z.B. Verhungerung, schwache Völker im Herbst), während nebenberufliche und kommerzielle Imker stärker Faktoren betonten, die außerhalb ihrer Kontrolle lagen (z.B. Varroamilben, Nosemasporen, Versagen der Königin). Die zweite Studie fand in renaturierten Sandminen statt. Sandminen sind weltweit zu findende anthropogen veränderte Landschaften, die ein Potenzial für Bienenschutz haben. Obwohl florale Ressourcen in diesen Habitaten limitiert sein können, könnten die vegetationsfreien Flecken auf offenen Sandböden und Böschungen gute Nistplätze für auf Sand spezialisierte und andere Bienen bieten. Wir haben Bienengemeinschaften aus drei renaturierten Sandminen sowie jeweils nahe gelegenen bepflanzten Straßenrändern in Maryland, USA verglichen. Sowohl die Sandminen als auch die Straßenränder enthielten vielfältige Bienengemeinschaften mit 111 (Sandminen) und 88 (Straßenränder) Bienenarten. Bienenabundanz, Artenreichtum und Shannon Diversität waren höher in den Sandminen als an den Straßenrändern und korrelierten negativ mit dem Anteil an vorhandener Bodenvegetation. Darüber hinaus unterschied sich die Artzusammensetzung signifikant zwischen den beiden Habitattypen. Sandminen enthielten einen größeren Anteil an Bodennistern, mehr seltene Arten und mehr sandliebende Arten, ähnlich natürlicher sandiger Gebiete in Maryland. Trotz der Zerstörung des ursprünglichen prä-Minen Habitats, scheinen Sandminen daher ein einzigartiges Bienenhabitat für Wildbienen darzustellen, besonders wenn die natürliche Besiedlung von Vegetation und offene Sandflächen gefördert werden. Im Hinblick auf Habitatverluste, auf das Fehlen von natürlichen Landschaftsstörungen und auf den weiterschreitenden Rückgang an Wildbienen, könnten Sandminen eine vielversprechende Möglichkeit für Bienenschutz darstellen, der sich bisher stark auf landwirtschaftliche und urbane Habitate konzentrierte. Bei der dritten Studie handelt es sich um eine experimentelle Feldstudie zu bestäuberfreundlichen Pflanzen. Bienen sind auf Pollen und Nektar von Pflanzen als Nahrungsquelle angewiesen. Aus diesem Grund werden bestäuberfreundliche Pflanzen oft für Habitatverbesserungen im Rahmen von Bienenschutzmaßnahmen gepflanzt. Standortfremde bestäuberfreundliche Pflanzen können dabei die Bienenschutzmaßnahmen unterstützen, wurden aber bisher nicht in einem Common Garden Experiment zusammen mit nativen bestäuberfreundlichen Pflanzen getestet bzw. verglichen. In dieser Studie haben wir Saatgutmischungen mit jeweils 20 nativen und 20 standortfremden Pflanzen in zwei separaten Plots in drei Gebieten in Maryland, USA ausgesät. Zwei Jahre lang protokollierten wir über die gesamten Blühzeiträume hinweg Pflanzenbesucher und sammelten Bienen mit Farbschalen. Insgesamt erfassten wir 3744 Bienen (120 Arten), von denen 1708 Individuen (72 Arten) per Hand direkt von den Blüten gesammelt wurden für die Vergleiche zwischen nativen und standortfremden Pflanzen. Abhängig von der Saison waren Bienenabundanz und Artenreichtum entweder ähnlich oder niedriger (frühe Saison und für Artenreichtum auch späte Saison) in nativen Plots verglichen mit den standortfremden Plots. Zusätzlich unterschied sich die Zusammensetzung der Bienengemeinschaft signifikant zwischen nativen und standortfremnden Pflanzen. Darüber hinaus waren die Bienen-Pflanzen-Besuchs-Netzwerke nativer Pflanzen spezialisierter als die Besuchs-Netzwerke standortfremder Pflanzen. Im Allgemeinen waren die Besuchs-Netzwerke in der frühen Saison spezialisierter als in der späten Saison. Vier Arten (Bombus impatiens, Halictus poeyi/ligatus, Lasioglossum pilosum, und Xylocopa virginica) der fünf am häufigsten vorkommenden Arten (zusätzlich auch Apis mellifera) fouragierten spezialisierter auf nativen Pflanzen als auf standortfremden Pflanzen. Unsere Studie zeigte, dass standortfremde Pflanzen weitläufig von einer artenreichen Bienengemeinschaft angenommen wurden und eine ähnliche bis höhere Attraktivität für Bienen aufwiesen verglichen mit nativen Pflanzen. Allerdings demonstrierten wir auch Änderungen im Fouragierverhalten, in der Zusammensetzung der Bienengemeinschaft und in den Besuchs-Netzwerken. Insgesamt kann ein vorsichtiger Einsatz standortfremder Pflanzen eine sinnvolle Ergänzung zu nativen bestäuberfreundlichen Anpflanzungen sein. Diese Studie stellt ein erstes Beispiel eines direkten Vergleichs von nativen und standortfremden bestäuberfreundlichen Anpflanzungen dar. KW - Biene KW - Wildbienen KW - Renaturierung <Ökologie> KW - Naturschutz KW - Honigbienen KW - exotische Pflanzen KW - Sandminen KW - Pflanzen-Bienen-Netzwerke KW - bestäuberfreundliche Pflanzen KW - wild bees KW - honey bees KW - sand mine KW - pollinator friendly plants KW - plant-bee visitation networks Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-184180 ER - TY - THES A1 - Schneider, Felicitas Maria Hannelore T1 - Vergleichende Evaluierung verschiedener Ansätze des Memory Enhancement bei neurodegenerativen Prozessen T1 - Comparative evaluation of different approaches of memory enhancement in neurodegenerative disease N2 - Angesichts des dramatischen, weltweiten Anstiegs der Prävalenz von Demenzerkrankungen und der aktuellen, unzureichenden Therapieansätze ist die Bereitstellung neuer, wirkungsvoller Behandlungsoptionen von größter Bedeutung. Technologische, pharmakologische und verhaltensbasierte Verfahren des Memory Enhancement könnten zur Lösung dieses Problems beitragen: Hierzu zählt die Stammzelltransplantation, die in mehreren Tierstudien zu einer Verbesserung der Gedächtnisfunktion führte. Zudem wird seit Längerem an einer Impfung gegen die Alzheimer-Krankheit mittels β-Amyloid-Antikörpern geforscht. Ein weiterer therapeutischer Ansatz für die Alzheimer-Krankheit besteht in der optogenetischen Stimulation spezifischer hippocampaler Engramm-Zellen, durch die bei einem Maus-Modell verloren gegangene Erinnerungen wiederhergestellt werden konnten. Unkonventionelle Pharmazeutika wie Erythropoetin führten in Tierstudien und bei Patienten mit neuropsychiatrischen Erkrankungen zu einer Verbesserung der kognitiven Fähigkeiten und des Gedächtnisses. Eine Modifikation der Ernährung und der Einsatz von Pro- und Präbiotika beeinflussen das Gedächtnis über eine Manipulation der Darm-Hirn-Achse. Verhaltensbasierte Maßnahmen wie körperliche Aktivität und der Einsatz von Mnemotechniken stellen effektive Ansätze des Memory Enhancement dar, welche bereits heute von gesunden Individuen implementiert werden können. Für die Anwendung von Augmented Reality (AR) konnten kognitionsfördernde Wirkungen beim Lernen neuroanatomischer Themen und dem Zusammenbau von Objekten nachgewiesen werden. Besonders vielversprechend stellt sich die Entwicklung einer Gedächtnisprothese dar, durch die vergessene Informationen bei Personen mit stattgehabtem Schädel-Hirn-Trauma und apoplektischem Insult reaktiviert werden könnten. Memory Enhancement ist prinzipiell bereits heute bei gesunden und kranken Individuen anwendbar und verspricht wirksame zukünftige Präventions- und Therapieoptionen. Ein realer Einsatz in der klinischen Praxis ist in naher Zukunft jedoch noch nicht zu erwarten. N2 - Due to the worldwide increasing prevalence of dementia and the current, inadequate therapeutic approaches, it is very important to develop new, effective treatment options. Technological, pharmacological and behavior-based methods of memory enhancement could help to solve this problem: This includes stem cell transplantation, which has led to an improvement in memory function in several animal studies. In addition, research into vaccination against Alzheimer's disease using β-amyloid antibodies has been done for several years. Another therapeutic approach for Alzheimer's disease is the optogenetic stimulation of specific hippocampal engram cells, through which lost memories could be restored in a mouse model. Unconventional pharmaceuticals such as erythropoietin have improved cognitive skills and memory in animal studies and in patients with neuropsychiatric disorders. A diet modification and the use of probiotics and prebiotics affect memory by manipulating the gut-brain axis. Behavioral approaches such as physical activity and the use of mnemonics represent effective approaches of memory enhancement that healthy individuals can already implement today. The application of augmented reality (AR) was associated to cognition-promoting effects when learning neuroanatomical topics and assembling objects. The development of a memory prosthesis seems to be particularly promising and could be used to reactivate forgotten information in people with traumatic brain injury and apoplectic insult. In principle, memory enhancement can already be used today in healthy and diseased individuals and promises effective future prevention and therapy options. However, a real use in clinical practice cannot be expected in the near future. KW - Neurodegeneration KW - Langzeitgedächtnis KW - Alzheimerkrankheit KW - memory enhancement KW - neuroenhancement Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-207562 ER - TY - THES A1 - Götz, Ralph T1 - Super-resolution microscopy of plasma membrane receptors and intracellular pathogens T1 - Hochauflösende Mikroskopie von Plasmamembran Rezeptoren und intrazellulären Pathogenen N2 - Humans tend to believe in what they can see with their own eyes. Hence, visualization methods like microscopy have always been extremely popular since their invention in the 17th century. With the advent of super-resolution microscopy, the diffraction limit of ~200 - 250 nm could be overcome to enable more detailed insights into biological samples. Especially the single molecule localization microscopy method dSTORM offers the possibility of quantitative bioimaging. Hereby, the repetitive photoswitching of organic dyes in the presence of thiols is exploited to enable a lateral resolution of 20 nm. Another, recently introduced super-resolution method is expansion microscopy (ExM) which physically expands the sample to increase the resolution by the expansion factor from four to even twenty. To enable this, the sample is embedded into a hydrogel, homogenized using an unspecific proteinase and expanded in distilled water. Within this thesis, both methods were used to shed light on plasma membrane receptor distributions and different bacterial and fungal pathogens. In the first part of this thesis dSTORM was used to elucidate the “Receptome”, the entirety of all membrane receptors, of the cell line Jurkat T-cells and primary T-cells. Within this project we could successfully visualize and quantify the distribution of the plasma membrane receptors CD2, CD3, CD4, CD5, CD7, CD11a, CD20, CD28, CD45, CD69 and CD105 with receptor densities ranging from 0.8 cluster/µm² in case of CD20 and 81.4 cluster/µm² for the highly abundant CD45 in activated primary T-cells at the basal membrane. Hereby, we could also demonstrate a homogeneous distribution of most receptors, while only few were clustered. In the case of CD3-clusters were detected in Jurkat T-cells and in primary activated T-cells, but not in naïve ones, demonstrating the activation of this receptor. This was followed by the application of dSTORM to three different clinical projects involving the receptors CD38, BCMA and CD20 which are immunotherapeutic targets by monoclonal antibodies and CAR T-cells. In the first two projects dSTORM was applied to determine the receptor upregulation upon exposure of various drugs to MM1.S cells or primary multiple myeloma patient cells. This increase in membrane receptor expression can subsequently enhance the efficacy of therapies directed against these receptors. Within the CD20-project, the superior sensitivity of dSTORM compared to flow cytometry could be demonstrated. Hereby, a substantially higher fraction of CD20-positive patient cells was detected by dSTORM than by flow cytometry. In addition, we could show that by dSTORM CD20-positive evaluated cells were eradicated by immunotherapeutic CAR T-cell treatment. These studies were followed by whole cell super-resolution imaging using both LLS-3D dSTORM and 10x ExM to exclude any artifacts caused by interactions with the glass surface. In 10x ExM signal amplification via biotinylated primary antibodies and streptavidin ATTO 643 was essential to detect even single antibodies directed against the heterodimer CD11a with standard confocal microscopes. Albeit probably not quantitative due to the process of gelation, digestion and expansion during the ExM protocol, even some putative dimers of the receptor CD2 could be visualized using 10x ExM-SIM, similar to dSTORM experiments. Within the second part of this thesis, expansion microscopy was established in bacterial and fungal pathogens. ExM enabled not only an isotropic fourfold expansion of Chlamydia trachomatis, but also allowed the discrimination between the two developmental forms by the chlamydial size after expansion into reticulate and elementary bodies. Hereafter, a new α-NH2-ω-N3-C6-ceramide was introduced enabling an efficient fixation and for the first time the use of lipids in both, 4x and 10x ExM, termed sphingolipid ExM. This compound was used to investigate the ceramide uptake and incorporation into the cell membrane of Chlamydia trachomatis and Simkania negevensis. For Chlamydia trachomatis the combined resolution power of 10x ExM and SIM even allowed the visualization of both bacterial membranes within a distance of ~30 nm. Finally, ExM was applied to the three different fungi Ustilago maydis, Fusarium oxysporum and Aspergillus fumigatus after enzymatic removal of the fungal cell wall. In case of Ustilago maydis sporidia this digestion could be applied to both, living cells resulting in protoplasts and to fixed cells, preserving the fungal morphology. This new protocol could be demonstrated for immunostainings and fluorescent proteins of the three different fungi. N2 - Menschen neigen schon immer dazu, vor allem das zu glauben, was sie mit eigenen Augen sehen können, weswegen mikroskopische Methoden seit ihrer Erfindung im 17. Jahrhundert schon immer sehr beliebt waren. Mit der Einführung der hochauflösenden Mikroskopie konnte das Auflösungslimit von ~200 - 250 nm durchbrochen werden, was genauere Einblicke in biologische Proben ermöglichte. Insbesondere die Einzelmolekül-Lokalisations-Mikroskopie Methode dSTORM bietet hierbei die Möglichkeit der quantitativen Bildgebung. Sie nutzt das wiederholte Schalten organischer Farbstoffe in Anwesenheit von Thiolen, was eine Auflösung von bis zu 20 nm möglich macht. Eine weitere kürzlich entwickelte hochauflösende Mikroskopiemethode ist die Expansionsmikroskopie (ExM), in welcher die Probe isotrop vier- bis sogar zwanzigfach vergrößert wird, womit sich auch die Auflösung um diesen Faktor vergrößert. Um dies zu ermöglichen, wird die Probe in ein Hydrogel eingebettet, mittels einer unspezifischen Proteinase homogenisiert und in destilliertem Wasser expandiert. Innerhalb dieser Arbeit wurden beide Methoden genutzt, um sowohl die Verteilung von Plasmamembran Rezeptoren als auch unterschiedliche bakterielle und pilzliche Pathogene zu beleuchten Im ersten Teil dieser Arbeit wurde dSTORM genutzt, um das „Rezeptom“, die Gesamtheit aller Membranrezeptoren, sowohl von Jurkat T-Zellen als auch von primären Patientenzellen zu entschlüsseln. In dieser Arbeit konnten die Rezeptoren CD2, CD3, CD4, CD5, CD7, CD11a, CD20, CD28, CD45, CD69 und CD105 erfolgreich visualisiert und quantifiziert werden, welche Dichten von 0,8 Cluster pro µm² im Falle von CD20 und 81,4 Cluster pro µm² für den stark exprimierten Rezeptor CD45 in aktivierten primären T-Zellen auf der basalen Membran aufwiesen. Hierbei konnten wir für einen Großteil der Rezeptoren eine homogene Verteilung nachweisen, wohingegen nur wenige andere Rezeptoren Cluster zeigten. Für CD3 konnten sowohl in Jurkat T-Zellen als auch in aktivierten primären Zellen Cluster detektiert werden, was auf deren Aktivierung hinweist, wohingegen CD3 in naiven Zellen homogen verteilt war. Im Weiteren wurde dSTORM im Rahmen von drei klinischen Fragestellungen angewandt, in welche die Rezeptoren CD38, BCMA und CD20 involviert waren, die in Immuntherapien mit monoklonalen Antikörpern oder auch CAR T-Zellen adressiert werden. In den beiden erstgenannten Projekten wurde dSTORM genutzt, um die Erhöhung der Rezeptoren-Expression nach Zugabe verschiedener Medikamente sowohl in der Zelllinie MM1.S als auch in primären Zellen von Patienten mit multiplen Myelomen zu bestimmen. Durch das CD20-Projekt hingegen wurde die überlegene Sensitivität von dSTORM gegenüber der Durchflusszytometrie unter Beweis gestellt. Hier konnte verglichen mit der Durchflusszytometrie eine deutlich höhere CD20-positive Fraktion in Patientenzellen detektiert werden, welche nach Behandlung mit CD20 CAR T-Zellen eliminiert wurde. Hierauf folgte hochauflösende Bildgebung ganzer Zellen sowohl mit LLS-3D dSTORM als auch 10x ExM, um Interaktionen mit der Glasoberfläche ausschließen zu können. Bei 10x ExM wurde eine Signalamplifikation mittels Biotin und Streptavidin ATTO 643 benötigt, wonach sogar einzelne Antikörper, welche gegen den Heterodimer CD11a gerichtet waren, an einem herkömmlichen konfokalen Mikroskop detektiert werden konnten. Obwohl dies aufgrund der Prozesse von Gelierung, Verdau und Expansion während des ExM-Protokolls vermutlich nicht quantitativ ist, konnten sogar mutmaßliche Dimere des Rezeptors CD2 mit 10x ExM-SIM visualisiert werden, welche ähnlich in dSTORM Experimenten auftraten. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurde die Expansionsmikroskopie für bakterielle und pilzliche Pathogene eingesetzt. ExM ermöglichte nicht nur eine isotrope vierfache Expansion von Chlamydia trachomatis, sondern auch die Unterscheidung der beiden Entwicklungsformen, der Retikulär- und Elementarkörperchen, aufgrund der Größe der einzelnen Chlamydien. Anschließend wurde ein neues α-NH2-ω-N3-C6-Ceramid eingeführt, was eine effiziente Fixierung und zum ersten Mal die Nutzung von Lipiden in 4x und 10x ExM ermöglichte, was wir Sphingolipid ExM nannten. Diese Verbindung wurde genutzt, um die Ceramid-Aufnahme und den -Einbau in die Zellmembran von Chlamydia trachomatis und Simkania negevensis zu untersuchen. Im Falle von Chlamydia trachomatis wurde die hohe Auflösung von 10x ExM mit SIM kombiniert, was die Visualisierung beider bakterieller Membranen in einem Abstand von ~30 nm ermöglichte. Hiernach wurde ExM bei den drei unterschiedlichen Pilzen Ustilago maydis, Fusarium oxysporum und Aspergillus fumigatus nach enzymatischen Verdau der pilzlichen Zellwand angewandt. Im Falle von Ustilago maydis Sporidien konnte der Verdau sowohl an lebenden Zellen, was in Protoplasten resultierte, als auch an fixierten Zellen verwendet werden, was die Morphologie erhielt. Mittels dieses neuen Protokolls konnten sowohl Immunfärbungen als auch fluoreszierende Proteine der drei genannten Pilze expandiert werden. KW - Mikroskopie KW - Microscopy KW - Super-resolution microscopy KW - Hochauflösende Mikroskopie Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-207165 ER - TY - JOUR A1 - Gebert, Friederike A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Moretto, Philippe A1 - Peters, Marcell K. T1 - Climate rather than dung resources predict dung beetle abundance and diversity along elevational and land use gradients on Mt. Kilimanjaro JF - Journal of Biogeography N2 - Aim: While elevational gradients in species richness constitute some of the best depicted patterns in ecology, there is a large uncertainty concerning the role of food resource availability for the establishment of diversity gradients in insects. Here, we analysed the importance of climate, area, land use and food resources for determining diversity gradients of dung beetles along extensive elevation and land use gradients on Mt. Kilimanjaro, Tanzania. Location: Mt. Kilimanjaro, Tanzania. Taxon: Scarabaeidae (Coleoptera). Methods: Dung beetles were recorded with baited pitfall traps at 66 study plots along a 3.6 km elevational gradient. In order to quantify food resources for the dung beetle community in form of mammal defecation rates, we assessed mammalian diversity and biomass with camera traps. Using a multi‐model inference framework and path analysis, we tested the direct and indirect links between climate, area, land use and mammal defecation rates on the species richness and abundance of dung beetles. Results: We found that the species richness of dung beetles declined exponentially with increasing elevation. Human land use diminished the species richness of functional groups exhibiting complex behaviour but did not have a significant influence on total species richness. Path analysis suggested that climate, in particular temperature and to a lesser degree precipitation, were the most important predictors of dung beetle species richness while mammal defecation rate was not supported as a predictor variable. Main conclusions: Along broad climatic gradients, dung beetle diversity is mainly limited by climatic factors rather than by food resources. Our study points to a predominant role of temperature‐driven processes for the maintenance and origination of species diversity of ectothermic organisms, which will consequently be subject to ongoing climatic changes. KW - altitudinal gradients KW - diversity gradients KW - enercy-richness hypothesis KW - food resources KW - insect abundance KW - land use KW - Scarabaeidae KW - temperature‐richness hypothesis KW - temperature‐mediated resource exploitation hypothesis KW - species‐area hypothesis Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204701 VL - 47 IS - 2 SP - 371 EP - 381 ER - TY - JOUR A1 - Hovestadt, Thomas A1 - Thomas, Jeremy A. A1 - Mitesser, Oliver A1 - Schönrogge, Karsten T1 - Multiple host use and the dynamics of host-switching in host-parasite systems JF - Insect Conservation and Diversity N2 - The link between multi‐host use and host switching in host–parasite interactions is a continuing area of debate. Lycaenid butterflies in the genus Maculinea, for example, exploit societies of different Myrmica ant species across their ranges, but there is only rare evidence that they simultaneously utilise multiple hosts at a local site, even where alternative hosts are present. We present a simple population‐genetic model accounting for the proportion of two alternative hosts and the fitness of parasite genotypes on each host. In agreement with standard models, we conclude that simultaneous host use is possible whenever fitness of heterozygotes on alternative hosts is not too low. We specifically focus on host‐shifting dynamics when the frequency of hosts changes. We find that (i) host shifting may proceed so rapidly that multiple host use is unlikely to be observed, (ii) back and forth transition in host use can exhibit a hysteresis loop, (iii) the parasites' host use may not be proportional to local host frequencies and be restricted to the rarer host under some conditions, and (iv) that a substantial decline in parasite abundance may typically precede a shift in host use. We conclude that focusing not just on possible equilibrium conditions but also considering the dynamics of host shifting in non‐equilibrium situations may provide added insights into host–parasite systems. KW - Host-parasite interaction KW - Maculinea butterfly KW - Myrmica ant non-equilibrium dynamics KW - population genetics Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204747 VL - 12 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Boetzl, Fabian A. A1 - Konle, Antonia A1 - Krauss, Jochen T1 - Aphid cards – useful model for assessing predation rates or bias prone nonsense? JF - Journal of Applied Entomology N2 - Predation on pest organisms is an essential ecosystem function supporting yields in modern agriculture. However, assessing predation rates is intricate, and they can rarely be linked directly to predator densities or functions. We tested whether sentinel prey aphid cards are useful tools to assess predation rates in the field. Therefore, we looked at aphid cards of different sizes on the ground level as well as within the vegetation. Additionally, by trapping ground‐dwelling predators, we examined whether obtained predation rates could be linked to predator densities and traits. Predation rates recorded with aphid cards were independent of aphid card size. However, predation rates on the ground level were three times higher than within the vegetation. We found both predatory carabid activity densities as well as community weighted mean body size to be good predictors for predation rates. Predation rates obtained from aphid cards are stable over card type and related to predator assemblages. Aphid cards, therefore, are a useful, efficient method for rapidly assessing the ecosystem function predation. Their use might especially be recommended for assessments on the ground level and when time and resource limitations rule out more elaborate sentinel prey methods using exclosures with living prey animals. KW - carabid beetles KW - ecosystem service KW - ground-dwelling predators KW - methods KW - natural pest control KW - sentinel prey Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204798 VL - 144 IS - 1-2 ER - TY - JOUR A1 - Figueiredo, Ludmilla A1 - Krauss, Jochen A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Cabral, Juliano Sarmento T1 - Understanding extinction debts: spatio-temporal scales, mechanisms and a roadmap for future research JF - Ecography N2 - Extinction debt refers to delayed species extinctions expected as a consequence of ecosystem perturbation. Quantifying such extinctions and investigating long‐term consequences of perturbations has proven challenging, because perturbations are not isolated and occur across various spatial and temporal scales, from local habitat losses to global warming. Additionally, the relative importance of eco‐evolutionary processes varies across scales, because levels of ecological organization, i.e. individuals, (meta)populations and (meta)communities, respond hierarchically to perturbations. To summarize our current knowledge of the scales and mechanisms influencing extinction debts, we reviewed recent empirical, theoretical and methodological studies addressing either the spatio–temporal scales of extinction debts or the eco‐evolutionary mechanisms delaying extinctions. Extinction debts were detected across a range of ecosystems and taxonomic groups, with estimates ranging from 9 to 90% of current species richness. The duration over which debts have been sustained varies from 5 to 570 yr, and projections of the total period required to settle a debt can extend to 1000 yr. Reported causes of delayed extinctions are 1) life‐history traits that prolong individual survival, and 2) population and metapopulation dynamics that maintain populations under deteriorated conditions. Other potential factors that may extend survival time such as microevolutionary dynamics, or delayed extinctions of interaction partners, have rarely been analyzed. Therefore, we propose a roadmap for future research with three key avenues: 1) the microevolutionary dynamics of extinction processes, 2) the disjunctive loss of interacting species and 3) the impact of multiple regimes of perturbation on the payment of debts. For their ability to integrate processes occurring at different levels of ecological organization, we highlight mechanistic simulation models as tools to address these knowledge gaps and to deepen our understanding of extinction dynamics. KW - Anthropocene KW - biotic interaction KW - extinction dynamics KW - mechanistic modelling KW - time lag KW - transient dynamics Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204859 VL - 42 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Pauls, Dennis A1 - Hamarat, Yasmin A1 - Trufasu, Luisa A1 - Schendzielorz, Tim M. A1 - Gramlich, Gertrud A1 - Kahnt, Jörg A1 - Vanselow, Jens A1 - Schlosser, Andreas A1 - Wegener, Christian T1 - Drosophila carboxypeptidase D (SILVER) is a key enzyme in neuropeptide processing required to maintain locomotor activity levels and survival rate JF - European Journal of Neuroscience N2 - Neuropeptides are processed from larger preproproteins by a dedicated set of enzymes. The molecular and biochemical mechanisms underlying preproprotein processing and the functional importance of processing enzymes are well‐characterised in mammals, but little studied outside this group. In contrast to mammals, Drosophila melanogaster lacks a gene for carboxypeptidase E (CPE ), a key enzyme for mammalian peptide processing. By combining peptidomics and neurogenetics, we addressed the role of carboxypeptidase D (dCPD ) in global neuropeptide processing and selected peptide‐regulated behaviours in Drosophila . We found that a deficiency in dCPD results in C‐terminally extended peptides across the peptidome, suggesting that dCPD took over CPE function in the fruit fly. dCPD is widely expressed throughout the nervous system, including peptidergic neurons in the mushroom body and neuroendocrine cells expressing adipokinetic hormone. Conditional hypomorphic mutation in the dCPD ‐encoding gene silver in the larva causes lethality, and leads to deficits in starvation‐induced hyperactivity and appetitive gustatory preference, as well as to reduced viability and activity levels in adults. A phylogenomic analysis suggests that loss of CPE is not common to insects, but only occurred in Hymenoptera and Diptera. Our results show that dCPD is a key enzyme for neuropeptide processing and peptide‐regulated behaviour in Drosophila . dCPD thus appears as a suitable target to genetically shut down total neuropeptide production in peptidergic neurons. The persistent occurrence of CPD in insect genomes may point to important further CPD functions beyond neuropeptide processing which cannot be fulfilled by CPE. KW - direct muss spectrometric profiling KW - friut fly behaviour KW - M14 carboxypeptidasses KW - peptidomoics KW - protein processing Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204863 VL - 50 IS - 9 ER - TY - JOUR A1 - Zielewska-Büttner, Katarzyna A1 - Heurich, Marco A1 - Müller, Jörg A1 - Braunisch, Veronika T1 - Remotely Sensed Single Tree Data Enable the Determination of Habitat Thresholds for the Three-Toed Woodpecker (Picoides tridactylus) JF - Remote Sensing N2 - Forest biodiversity conservation requires precise, area-wide information on the abundance and distribution of key habitat structures at multiple spatial scales. We combined airborne laser scanning (ALS) data with color-infrared (CIR) aerial imagery for identifying individual tree characteristics and quantifying multi-scale habitat requirements using the example of the three-toed woodpecker (Picoides tridactylus) (TTW) in the Bavarian Forest National Park (Germany). This bird, a keystone species of boreal and mountainous forests, is highly reliant on bark beetles dwelling in dead or dying trees. While previous studies showed a positive relationship between the TTW presence and the amount of deadwood as a limiting resource, we hypothesized a unimodal response with a negative effect of very high deadwood amounts and tested for effects of substrate quality. Based on 104 woodpecker presence or absence locations, habitat selection was modelled at four spatial scales reflecting different woodpecker home range sizes. The abundance of standing dead trees was the most important predictor, with an increase in the probability of TTW occurrence up to a threshold of 44–50 dead trees per hectare, followed by a decrease in the probability of occurrence. A positive relationship with the deadwood crown size indicated the importance of fresh deadwood. Remote sensing data allowed both an area-wide prediction of species occurrence and the derivation of ecological threshold values for deadwood quality and quantity for more informed conservation management. KW - deadwood KW - standing deadwood KW - dead tree KW - snags KW - three-toed woodpecker (Picoides tridactylus) KW - habitat suitability model (HSM) KW - habitat requirements KW - airborne laser scanning (ALS) KW - CIR aerial imagery Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-197565 SN - 2072-4292 VL - 10 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Beer, Katharina A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Härtel, Stephan A1 - Helfrich-Förster, Charlotte T1 - A new device for monitoring individual activity rhythms of honey bees reveals critical effects of the social environment on behavior JF - Journal of Comparative Physiology A N2 - Chronobiological studies of individual activity rhythms in social insects can be constrained by the artificial isolation of individuals from their social context. We present a new experimental set-up that simultaneously measures the temperature rhythm in a queen-less but brood raising mini colony and the walking activity rhythms of singly kept honey bees that have indirect social contact with it. Our approach enables monitoring of individual bees in the social context of a mini colony under controlled laboratory conditions. In a pilot experiment, we show that social contact with the mini colony improves the survival of monitored young individuals and affects locomotor activity patterns of young and old bees. When exposed to conflicting Zeitgebers consisting of a light-dark (LD) cycle that is phase-delayed with respect to the mini colony rhythm, rhythms of young and old bees are socially synchronized with the mini colony rhythm, whereas isolated bees synchronize to the LD cycle. We conclude that the social environment is a stronger Zeitgeber than the LD cycle and that our new experimental set-up is well suited for studying the mechanisms of social entrainment in honey bees. KW - Social entrainment KW - Foragers KW - Nurses KW - Locomotor activity KW - Temperature rhythms Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-188030 VL - 202 IS - 8 ER - TY - JOUR A1 - Yadav, Preeti A1 - Selvaraj, Bhuvaneish T. A1 - Bender, Florian L. P. A1 - Behringer, Marcus A1 - Moradi, Mehri A1 - Sivadasan, Rajeeve A1 - Dombert, Benjamin A1 - Blum, Robert A1 - Asan, Esther A1 - Sauer, Markus A1 - Julien, Jean-Pierre A1 - Sendtner, Michael T1 - Neurofilament depletion improves microtubule dynamics via modulation of Stat3/stathmin signaling JF - Acta Neuropathologica N2 - In neurons, microtubules form a dense array within axons, and the stability and function of this microtubule network is modulated by neurofilaments. Accumulation of neurofilaments has been observed in several forms of neurodegenerative diseases, but the mechanisms how elevated neurofilament levels destabilize axons are unknown so far. Here, we show that increased neurofilament expression in motor nerves of pmn mutant mice, a model of motoneuron disease, causes disturbed microtubule dynamics. The disease is caused by a point mutation in the tubulin-specific chaperone E (Tbce) gene, leading to an exchange of the most C-terminal amino acid tryptophan to glycine. As a consequence, the TBCE protein becomes instable which then results in destabilization of axonal microtubules and defects in axonal transport, in particular in motoneurons. Depletion of neurofilament increases the number and regrowth of microtubules in pmn mutant motoneurons and restores axon elongation. This effect is mediated by interaction of neurofilament with the stathmin complex. Accumulating neurofilaments associate with stathmin in axons of pmn mutant motoneurons. Depletion of neurofilament by Nefl knockout increases Stat3-stathmin interaction and stabilizes the microtubules in pmn mutant motoneurons. Consequently, counteracting enhanced neurofilament expression improves axonal maintenance and prolongs survival of pmn mutant mice. We propose that this mechanism could also be relevant for other neurodegenerative diseases in which neurofilament accumulation and loss of microtubules are prominent features. KW - Amyotrophic-lateral-sclerosis KW - Transgenic mice KW - Mouse model KW - Alzheimers disease KW - Neurofilament KW - Progressive motor neuronopathy KW - Axonal transport KW - Intermediate filaments KW - Motoneuron disease KW - Lacking neurofilaments KW - Missense mutation KW - Axon degeneration KW - Microtubules KW - Stathmin KW - Stat3 Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-188234 VL - 132 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Bemm, Felix A1 - Becker, Dirk A1 - Larisch, Christina A1 - Kreuzer, Ines A1 - Escalante-Perez, Maria A1 - Schulze, Waltraud X. A1 - Ankenbrand, Markus A1 - Van de Weyer, Anna-Lena A1 - Krol, Elzbieta A1 - Al-Rasheid, Khaled A. A1 - Mithöfer, Axel A1 - Weber, Andreas P. A1 - Schultz, Jörg A1 - Hedrich, Rainer T1 - Venus flytrap carnivorous lifestyle builds on herbivore defense strategies JF - Genome Research N2 - Although the concept of botanical carnivory has been known since Darwin's time, the molecular mechanisms that allow animal feeding remain unknown, primarily due to a complete lack of genomic information. Here, we show that the transcriptomic landscape of the Dionaea trap is dramatically shifted toward signal transduction and nutrient transport upon insect feeding, with touch hormone signaling and protein secretion prevailing. At the same time, a massive induction of general defense responses is accompanied by the repression of cell death-related genes/processes. We hypothesize that the carnivory syndrome of Dionaea evolved by exaptation of ancient defense pathways, replacing cell death with nutrient acquisition. KW - Dionaea-muscipula ellis KW - Plant utricularia-gibba KW - Programmed cell-death KW - Genomics data sets KW - RNA-SEQ data KW - Arabidopsis-thaliana KW - Jasmonate perception KW - Action potentials KW - Stress responses KW - Wonderful plants Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-188799 VL - 26 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Kupper, Maria A1 - Stigloher, Christian A1 - Feldhaar, Heike A1 - Gross, Roy T1 - Distribution of the obligate endosymbiont Blochmannia floridanus and expression analysis of putative immune genes in ovaries of the carpenter ant Camponotus floridanus JF - Arthropod Structure & Development N2 - The bacterial endosymbiont Blochmannia floridanus of the carpenter ant Camponotus floridanus contributes to its hosts' ontogeny via nutritional upgrading during metamorphosis. This primary endosymbiosis is essential for both partners and vertical transmission of the endosymbionts is guaranteed by bacterial infestation of oocytes. Here we present a detailed analysis of the presence and localisation of B. floridanus in the ants' ovaries obtained by FISH and TEM analyses. The most apical part of the germarium harbouring germ-line stem cells (GSCs) is not infected by the bacteria. The bacteria are detectable for the first time in lower parts of the germarium when cystocytes undergo the 4th and 5th division and B. floridanus infects somatic cells lying under the basal lamina surrounding the ovarioles. With the beginning of cystocyte differentiation, the endosymbionts are exclusively transported from follicle cells into the growing oocytes. This infestation of the oocytes by bacteria very likely involves exocytosis endocytosis processes between follicle cells and the oocytes. Nurse cells were never found to harbour the endosymbionts. Furthermore we present first gene expression data in C floridanus ovaries. These data indicate a modulation of immune gene expression which may facilitate tolerance towards the endosymbionts and thus may contribute to their transovarial transmission. KW - Ecologically important traits KW - Bacterial symbionts KW - Arthropods KW - Peptidoglycan recognition KW - Transovarial transmission KW - Horizontal transfer KW - Insect hosts KW - Microorganisms KW - Reproduction KW - Hymenoptera KW - Primary endosymbiont KW - Oogenesis KW - Insects Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-187482 VL - 45 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Chagtai, Tasnim A1 - Zill, Christina A1 - Dainese, Linda A1 - Wegert, Jenny A1 - Savola, Suvi A1 - Popov, Sergey A1 - Mifsud, William A1 - Vujanic, Gordan A1 - Sebire, Neil A1 - Le Bouc, Yves A1 - Ambros, Peter F. A1 - Kager, Leo A1 - O`Sullivan, Maureen J. A1 - Blaise, Annick A1 - Bergeron, Christophe A1 - Holmquist Mengelbier, Linda A1 - Gisselsson, David A1 - Kool, Marcel A1 - Tytgat, Godelieve A.M. A1 - van den Heuvel-Eibrink, Marry M. A1 - Graf, Norbert A1 - van Tinteren, Harm A1 - Coulomb, Aurore A1 - Gessler, Manfred A1 - Williams, Richard Dafydd A1 - Pritchard-Jones, Kathy T1 - Gain of 1q As a Prognostic Biomarker in Wilms Tumors (WTs) Treated With Preoperative Chemotherapy in the International Society of Paediatric Oncology (SIOP) WT 2001 Trial: a SIOP Renal Tumours Biology Consortium Study JF - Journal of Clinical Oncology N2 - Purpose Wilms tumor (WT) is the most common pediatric renal tumor. Treatment planning under International Society of Paediatric Oncology (SIOP) protocols is based on staging and histologic assessment of response to preoperative chemotherapy. Despite high overall survival (OS), many relapses occur in patients without specific risk factors, and many successfully treated patients are exposed to treatments with significant risks of late effects. To investigate whether molecular biomarkers could improve risk stratification, we assessed 1q status and other potential copy number biomarkers in a large WT series. Materials and Methods WT nephrectomy samples from 586 SIOP WT 2001 patients were analyzed using a multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) assay that measured the copy number of 1q and other regions of interest. Results One hundred sixty-seven (28%) of 586 WTs had 1q gain. Five-year event-free survival (EFS) was 75.0% in patients with 1q gain (95% CI, 68.5% to 82.0%) and 88.2% in patients without gain (95% CI, 85.0% to 91.4%). OS was 88.4% with gain (95% CI, 83.5% to 93.6%) and 94.4% without gain (95% CI, 92.1% to 96.7%). In univariable analysis, 1q gain was associated with poorer EFS (P<.001; hazard ratio, 2.33) and OS (P=.01; hazard ratio, 2.16). The association of 1q gain with poorer EFS retained significance in multivariable analysis adjusted for 1p and 16q loss, sex, stage, age, and histologic risk group. Gain of 1q remained associated with poorer EFS in tumor subsets limited to either intermediate-risk localized disease or nonanaplastic localized disease. Other notable aberrations associated with poorer EFS included MYCN gain and TP53 loss. Conclusion Gain of 1q is a potentially valuable prognostic biomarker in WT, in addition to histologic response to preoperative chemotherapy and tumor stage. KW - Poor-prognosis KW - Mutations KW - Gene KW - Drosha KW - MYCN KW - Mechanisms KW - Reveals KW - Event KW - Relapse KW - Locus Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-187478 VL - 34 IS - 26 ER - TY - JOUR A1 - Holzschuh, Andrea A1 - Dainese, Matteo A1 - Gonzalez-Varo, Juan P. A1 - Mudri-Stojnic, Sonja A1 - Riedinger, Verena A1 - Rundlöf, Maj A1 - Scheper, Jeroen A1 - Wickens, Jennifer B. A1 - Wickens, Victoria J. A1 - Bommarco, Riccardo A1 - Kleijn, David A1 - Potts, Simon G. A1 - Roberts, Stuart P. M. A1 - Smith, Henrik G. A1 - Vilà, Montserrat A1 - Vujic, Ante A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf T1 - Mass-flowering crops dilute pollinator abundance in agricultural landscapes across Europe JF - Ecology Letters N2 - Mass-flowering crops (MFCs) are increasingly cultivated and might influence pollinator communities in MFC fields and nearby semi-natural habitats (SNHs). Across six European regions and 2 years, we assessed how landscape-scale cover of MFCs affected pollinator densities in 408 MFC fields and adjacent SNHs. In MFC fields, densities of bumblebees, solitary bees, managed honeybees and hoverflies were negatively related to the cover of MFCs in the landscape. In SNHs, densities of bumblebees declined with increasing cover of MFCs but densities of honeybees increased. The densities of all pollinators were generally unrelated to the cover of SNHs in the landscape. Although MFC fields apparently attracted pollinators from SNHs, in landscapes with large areas of MFCs they became diluted. The resulting lower densities might negatively affect yields of pollinator- dependent crops and the reproductive success of wild plants. An expansion of MFCs needs to be accompanied by pollinator-supporting practices in agricultural landscapes. KW - wild plant pollination KW - Colony growth KW - Densities KW - Context KW - crop pollination KW - Oilseed rape KW - Nesting resources KW - Bee abundance KW - Yield KW - Richness KW - Habitats KW - Agricultural intensification KW - agri-environment schemes KW - biofuels KW - ecosystem services KW - field boundaries KW - landscape compositionv KW - non-crop habitats KW - semi-natural habitats KW - spillover Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-187356 VL - 19 IS - 10 ER - TY - JOUR A1 - Markert, Sebastian Matthias A1 - Britz, Sebastian A1 - Proppert, Sven A1 - Lang, Marietta A1 - Witvliet, Daniel A1 - Mulcahy, Ben A1 - Sauer, Markus A1 - Zhen, Mei A1 - Bessereau, Jean-Louis A1 - Stigloher, Christian T1 - Filling the gap: adding super-resolution to array tomography for correlated ultrastructural and molecular identification of electrical synapses at the C. elegans connectome JF - Neurophotonics N2 - Correlating molecular labeling at the ultrastructural level with high confidence remains challenging. Array tomography (AT) allows for a combination of fluorescence and electron microscopy (EM) to visualize subcellular protein localization on serial EM sections. Here, we describe an application for AT that combines near-native tissue preservation via high-pressure freezing and freeze substitution with super-resolution light microscopy and high-resolution scanning electron microscopy (SEM) analysis on the same section. We established protocols that combine SEM with structured illumination microscopy (SIM) and direct stochastic optical reconstruction microscopy (dSTORM). We devised a method for easy, precise, and unbiased correlation of EM images and super-resolution imaging data using endogenous cellular landmarks and freely available image processing software. We demonstrate that these methods allow us to identify and label gap junctions in Caenorhabditis elegans with precision and confidence, and imaging of even smaller structures is feasible. With the emergence of connectomics, these methods will allow us to fill in the gap-acquiring the correlated ultrastructural and molecular identity of electrical synapses. KW - caenorhabditis elegans KW - localization micoscopy KW - fluorescent-probes KW - junction proteins KW - resolution limit KW - direct stochasticoptical reconstruction microscopy KW - structured illumination microscopy KW - correlative light and electron microscopy KW - gap junction KW - neural circuits KW - nervous-system KW - image data KW - reconstruction KW - innexins KW - super-resolution microscopy Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-187292 VL - 3 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Scharaw, Sandra A1 - Iskar, Murat A1 - Ori, Alessandro A1 - Boncompain, Gaelle A1 - Laketa, Vibor A1 - Poser, Ina A1 - Lundberg, Emma A1 - Perez, Franck A1 - Beck, Martin A1 - Bork, Peer A1 - Pepperkok, Rainer T1 - The endosomal transcriptional regulator RNF11 integrates degradation and transport of EGFR JF - Journal of Cell Biology N2 - Stimulation of cells with epidermal growth factor (EGF) induces internalization and partial degradation of the EGF receptor (EGFR) by the endo-lysosomal pathway. For continuous cell functioning, EGFR plasma membrane levels are maintained by transporting newly synthesized EGFRs to the cell surface. The regulation of this process is largely unknown. In this study, we find that EGF stimulation specifically increases the transport efficiency of newly synthesized EGFRs from the endoplasmic reticulum to the plasma membrane. This coincides with an up-regulation of the inner coat protein complex II (COP II) components SEC23B, SEC24B, and SEC24D, which we show to be specifically required for EGFR transport. Up-regulation of these COP II components requires the transcriptional regulator RNF11, which localizes to early endosomes and appears additionally in the cell nucleus upon continuous EGF stimulation. Collectively, our work identifies a new regulatory mechanism that integrates the degradation and transport of EGFR in order to maintain its physiological levels at the plasma membrane. KW - Epidermal growth-factor KW - finger protein 11 KW - receptor tyrosine kinases KW - early secretory pathway KW - breast-cancer KW - brefeldin-a KW - E3 ligase KW - trafficking KW - export KW - endoplasmic-reticulum Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-186731 VL - 215 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Bert, Bettina A1 - Chmielewska, Justyna A1 - Bergmann, Sven A1 - Busch, Maximilian A1 - Driever, Wolfgang A1 - Finger-Baier, Karin A1 - Hößler, Johanna A1 - Köhler, Almut A1 - Leich, Nora A1 - Misgeld, Thomas A1 - Nöldner, Torsten A1 - Reiher, Annegret A1 - Schartl, Manfred A1 - Seebach-Sproedt, Anja A1 - Thumberger, Thomas A1 - Schönfelder, Gilbert A1 - Grune, Barbara T1 - Considerations for a European animal welfare standard to evaluate adverse phenotypes in teleost fish JF - The EMBO Journal N2 - No abstract available. KW - Danio-rerio KW - Zebrafish KW - Pain Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-188783 VL - 35 IS - 11 ER - TY - JOUR A1 - Schneider, Eberhard A1 - Dittrich, Marcus A1 - Böck, Julia A1 - Nanda, Indrajit A1 - Müller, Tobias A1 - Seidmann, Larissa A1 - Tralau, Tim A1 - Galetzka, Danuta A1 - El Hajj, Nady A1 - Haaf, Thomas T1 - CpG sites with continuously increasing or decreasing methylation from early to late human fetal brain development JF - Gene N2 - Normal human brain development is dependent on highly dynamic epigenetic processes for spatial and temporal gene regulation. Recent work identified wide-spread changes in DNA methylation during fetal brain development. We profiled CpG methylation in frontal cortex of 27 fetuses from gestational weeks 12-42, using Illumina 450K methylation arrays. Sites showing genome-wide significant correlation with gestational age were compared to a publicly available data set from gestational weeks 3-26. Altogether, we identified 2016 matching developmentally regulated differentially methylated positions (m-dDMPs): 1767 m-dDMPs were hypermethylated and 1149 hypomethylated during fetal development. M-dDMPs are underrepresented in CpG islands and gene promoters, and enriched in gene bodies. They appear to cluster in certain chromosome regions. M-dDMPs are significantly enriched in autism-associated genes and CpGs. Our results promote the idea that reduced methylation dynamics during fetal brain development may predispose to autism. In addition, m-dDMPs are enriched in genes with human-specific brain expression patterns and/or histone modifications. Collectively, we defined a subset of dDMPs exhibiting constant methylation changes from early to late pregnancy. The same epigenetic mechanisms involving methylation changes in cis-regulatory regions may have been adopted for human brain evolution and ontogeny. KW - Autism spectrum disorders KW - DNA methylation KW - Genome KW - Autism KW - Frontal cortex KW - Human prefrontal cortex KW - Gene-expression KW - Schizophrenia KW - Patterns KW - Transcription KW - Epigenetics KW - Environment KW - Fetal brain development KW - DNA methylation dynamics KW - Methylome Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-186936 VL - 592 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Dotterweich, Julia A1 - Schlegelmilch, Katrin A1 - Keller, Alexander A1 - Geyer, Beate A1 - Schneider, Doris A1 - Zeck, Sabine A1 - Tower, Robert J. J. A1 - Ebert, Regina A1 - Jakob, Franz A1 - Schütze, Norbert T1 - Contact of myeloma cells induces a characteristic transcriptome signature in skeletal precursor cells-implications for myeloma bone disease JF - Bone N2 - Physical interaction of skeletal precursors with multiple myeloma cells has been shown to suppress their osteogenic potential while favoring their tumor-promoting features. Although several transcriptome analyses of myeloma patient-derived mesenchymal stem cells have displayed differences compared to their healthy counterparts, these analyses insufficiently reflect the signatures mediated by tumor cell contact, vary due to different methodologies, and lack results in lineage-committed precursors. To determine tumor cell contact-mediated changes on skeletal precursors, we performed transcriptome analyses of mesenchymal stem cells and osteogenic precursor cells cultured in contact with the myeloma cell line INA-6. Comparative analyses confirmed dysregulation of genes which code for known disease-relevant factors and additionally revealed upregulation of genes that are associated with plasma cell homing, adhesion, osteoclastogenesis, and angiogenesis. Osteoclast-derived coupling factors, a dysregulated adipogenic potential, and an imbalance in favor of anti-anabolic factors may play a role in the hampered osteoblast differentiation potential of mesenchymal stem cells. Angiopoietin-Like 4 (ANGPTL4) was selected from a list of differentially expressed genes as a myeloma cell contact-dependent target in skeletal precursor cells which warranted further functional analyses. Adhesion assays with full-length ANGPTL4-coated plates revealed a potential role of this protein in INA6 cell attachment. This study expands knowledge of the myeloma cell contact-induced signature in the stromal compartment of myelomatous bones and thus offers potential targets that may allow detection and treatment of myeloma bone disease at an early stage. KW - marrow stromal cells KW - Endothelial growth-factor KW - precedes multiple-myeloma KW - monoclonial gammopathy KW - in-vitro KW - mesenchymal stem-cells KW - undetermined significance KW - angiogenic cytokines KW - peripheral-blood KW - gene-expression KW - Multiple myeloma KW - Bone disease KW - Angiopoietin-like 4 KW - Gene expression profiling KW - Mesenchymal stem cells KW - Osteogenic precursor cells Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-186688 VL - 93 ER - TY - JOUR A1 - Hassouna, I. A1 - Ott, C. A1 - Wüstefeld, L. A1 - Offen, N. A1 - Neher, R. A. A1 - Mitkovski, M. A1 - Winkler, D. A1 - Sperling, S. A1 - Fries, L. A1 - Goebbels, S. A1 - Vreja, I. C. A1 - Hagemeyer, N. A1 - Dittrich, M. A1 - Rossetti, M. F. A1 - Kröhnert, K. A1 - Hannke, K. A1 - Boretius, S. A1 - Zeug, A. A1 - Höschen, C. A1 - Dandekar, T. A1 - Dere, E. A1 - Neher, E. A1 - Rizzoli, S. O. A1 - Nave, K.-A. A1 - Sirén, A.-L. A1 - Ehrenreich, H. T1 - Revisiting adult neurogenesis and the role of erythropoietin for neuronal and oligodendroglial differentiation in the hippocampus JF - Molecular Psychiatry N2 - Recombinant human erythropoietin (EPO) improves cognitive performance in neuropsychiatric diseases ranging from schizophrenia and multiple sclerosis to major depression and bipolar disease. This consistent EPO effect on cognition is independent of its role in hematopoiesis. The cellular mechanisms of action in brain, however, have remained unclear. Here we studied healthy young mice and observed that 3-week EPO administration was associated with an increased number of pyramidal neurons and oligodendrocytes in the hippocampus of similar to 20%. Under constant cognitive challenge, neuron numbers remained elevated until >6 months of age. Surprisingly, this increase occurred in absence of altered cell proliferation or apoptosis. After feeding a \(^{15}\)N-leucine diet, we used nanoscopic secondary ion mass spectrometry, and found that in EPO-treated mice, an equivalent number of neurons was defined by elevated \(^{15}\)N-leucine incorporation. In EPO-treated NG2-Cre-ERT2 mice, we confirmed enhanced differentiation of preexisting oligodendrocyte precursors in the absence of elevated DNA synthesis. A corresponding analysis of the neuronal lineage awaits the identification of suitable neuronal markers. In cultured neurospheres, EPO reduced Sox9 and stimulated miR124, associated with advanced neuronal differentiation. We are discussing a resulting working model in which EPO drives the differentiation of non-dividing precursors in both (NG2+) oligodendroglial and neuronal lineages. As endogenous EPO expression is induced by brain injury, such a mechanism of adult neurogenesis may be relevant for central nervous system regeneration. KW - neural stem-cells KW - recombinat-human-erythropoietin KW - cognitive functions KW - pyramidal neurons KW - nervous-sytem KW - brain-injury KW - mouse-brain KW - progenitors KW - mice KW - memory Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-186669 VL - 21 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Vaze, Koustubh M. A1 - Helfrich-Förster, Charlotte T1 - Drosophila ezoana uses an hour-glass or highly damped circadian clock for measuring night length and inducing diapause JF - Physiological Entomology N2 - Insects inhabiting the temperate zones measure seasonal changes in day or night length to enter the overwintering diapause. Diapause induction occurs after the duration of the night exceeds a critical night length (CNL). Our understanding of the time measurement mechanisms is continuously evolving subsequent to Bünning’s proposal that circadian systems play the clock role in photoperiodic time measurement (Bünning, 1936). Initially, the photoperiodic clocks were considered to be either based on circadian oscillators or on simple hour-glasses, depending on ‘positive’ or ‘negative’ responses in Nanda–Hamner and Bünsow experiments (Nanda & Hammer, 1958; Bünsow, 1960). However, there are also species whose responses can be regarded as neither ‘positive’, nor as ‘negative’, such as the Northern Drosophila species Drosophila ezoana, which is investigated in the present study. In addition, modelling efforts show that the ‘positive’ and ‘negative’ Nanda–Hamner responses can also be provoked by circadian oscillators that are damped to different degrees: animals with highly sustained circadian clocks will respond ‘positive’ and those with heavily damped circadian clocks will respond ‘negative’. In the present study, an experimental assay is proposed that characterizes the photoperiodic oscillators by determining the effects of non-24-h light/dark cycles (T-cycles) on critical night length. It is predicted that there is (i) a change in the critical night length as a function of T-cycle period in sustained-oscillator-based clocks and (ii) a fxed night-length measurement (i.e. no change in critical night length) in damped-oscillator-based clocks. Drosophila ezoana flies show a critical night length of approximately 7 h irrespective of T-cycle period, suggesting a damped-oscillator-based photoperiodic clock. The conclusion is strengthened by activity recordings revealing that the activity rhythm of D. ezoana flies also dampens in constant darkness. KW - photoperiodic time mesurement KW - wyeomyia smithii KW - protophormia terraenovae KW - immunoreactive neurons KW - geographical variation KW - reproductive diapause KW - rhythmic components KW - locomotor activity KW - circadian clock KW - damped-oscillator-model of photoperiodic clock KW - diapause KW - Drosophila KW - hour-glass KW - pitcher-plant mosquito KW - bug riptortus-pedestris KW - Nanda-Hamner KW - photoperiodism Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204278 VL - 41 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Requier, Fabrice A1 - Paillet, Yoan A1 - Laroche, Fabienne A1 - Rutschmann, Benjamin A1 - Zhang, Jie A1 - Lombardi, Fabio A1 - Svoboda, Miroslav A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf T1 - Contribution of European forests to safeguard wild honeybee populations JF - Conservation Letters N2 - Abstract Recent studies reveal the use of tree cavities by wild honeybee colonies in European forests. This highlights the conservation potential of forests for a highly threatened component of the native entomofauna in Europe, but currently no estimate of potential wild honeybee population sizes exists. Here, we analyzed the tree cavity densities of 106 forest areas across Europe and inferred an expected population size of wild honeybees. Both forest and management types affected the density of tree cavities. Accordingly, we estimated that more than 80,000 wild honeybee colonies could be sustained in European forests. As expected, potential conservation hotspots were identified in unmanaged forests, and, surprisingly, also in other large forest areas across Europe. Our results contribute to the EU policy strategy to halt pollinator declines and reveal the potential of forest areas for the conservation of so far neglected wild honeybee populations in Europe. KW - Apis mellifera KW - Conservation KW - forest management KW - honeybees KW - native populations KW - protected forests KW - tree cavities KW - unmanaged broadleaved forests Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204407 VL - 13 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Diers, J. A1 - Wagner, J. A1 - Baum, P. A1 - Lichthardt, S. A1 - Kastner, C. A1 - Matthes, N. A1 - Löb, S. A1 - Matthes, H. A1 - Germer, C.-T. A1 - Wiegering, A. T1 - Nationwide in-hospital mortality following colonic cancer resection according to hospital volume in Germany JF - BJS Open N2 - Background: Colonic cancer is the most common cancer of the gastrointestinal tract. The aim of this study was to determine mortality rates following colonic cancer resection and the effect of hospital caseload on in-hospital mortality in Germany. Methods: Patients admitted with a diagnosis of colonic cancer undergoing colonic resection from 2012 to 2015 were identifed from a nationwide registry using procedure codes. The outcome measure was in-hospital mortality. Hospitals were ranked according to their caseload for colonic cancer resection, and patients were categorized into five subgroups on the basis of hospital volume. Results: Some 129 196 colonic cancer resections were reviewed. The overall in-house mortality rate was 5⋅8 per cent, ranging from 6⋅9 per cent (1775 of 25 657 patients) in very low-volume hospitals to 4⋅8 per cent (1239 of 25 825) in very high-volume centres (P < 0⋅001). In multivariable logistic regression analysis the risk-adjusted odds ratio for in-house mortality was 0⋅75 (95 per cent c.i. 0⋅66 to 0⋅84) in very high-volume hospitals performing a mean of 85⋅0 interventions per year, compared with that in very low-volume hospitals performing a mean of only 12⋅7 interventions annually, after adjustment for sex, age, co-morbidity, emergency procedures, prolonged mechanical ventilation and transfusion. Conclusion: In Germany, patients undergoing colonic cancer resections in high-volume hospitals had with improved outcomes compared with patients treated in low-volume hospitals Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204385 VL - 3 IS - 5 ER - TY - THES A1 - Thelen, David T1 - Erstellung eines genregulatorischen Netzwerkes zur Simulation der Entstehung von Zahnhartsubstanz T1 - Construction of a gene regulatory network to simulate the formation of dental hard tissue N2 - In this dissertation, the author describes the creation of a basic bioinformatic model of human enamel maturation. Supported by the interactions found in the KEGG Pathway database, we were able to establish a gene regulatory network (GRN) that focuses primarily on the signal transduction pathways apoptosis, cell cycle, hedgehog signaling pathway, MAP kinase pathway, mTOR signaling pathway, Notch signaling pathway, TGF-β signaling pathway and Wnt signaling pathway. We extended this through further verified interactions and implicated the tooth-specific genes AMELX, AMELY, AMBN, ENAM and DSPP. In the subsequent simulation of the network by the simulation tool Jimena, six stable states could be identified. These are examined in more detail and juxtaposed with results of a GEO dataset. The long-term goal is to draw conclusions about the odontogenesis of humans through consistent optimization of the bioinformatics network. N2 - In dieser Dissertation beschreibt der Autor die Erstellung eines grundlegenden bioinformatischen Modelles der menschlichen Zahnschmelzreifung. Mithilfe der KEGG Pathway-Datenbank wurde ein genregulatorisches Netzwerk (GRN) erstellt, welches maßgeblich auf den Signaltransduktionswegen Apoptose, Zellzyklus, Hedgehog-Signalweg, MAP-Kinase-Weg, mTOR-Signalweg Notch-Signalweg Signalweg, TGF-β-Signalweg und Wnt-Signalweg basiert. Im Weiteren wurde dieses Netzwerk durch zahlreiche verifizierte Wechselwirkungen erweitert und die zahnspezifischen Gene AMELX, AMELY, AMBN, ENAM und DSPP implementiert. In der anschließenden Simulation des Netzwerks mit dem Simulations-Tool Jimena konnten sechs stabile Zustände identifiziert werden. Diese wurden genauer untersucht und den Erkenntnissen eines GEO-Datensatzes gegenübergestellt. Langfristiges Ziel ist es, durch konsequente Optimierung des bioinformatischen Netzwerks Rückschlüsse auf die Odontogenese des Menschen zu ziehen. KW - Universität Würzburg. Lehrstuhl für Bioinformatik KW - Boolesches Netz KW - Zahnentwicklung KW - Amelogenese KW - Genregulation KW - genregulatorisches Netzwerk Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204068 ER - TY - JOUR A1 - Duque, Laura A1 - Poelman, Erik H. A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf T1 - Plant-mediated effects of ozone on herbivores depend on exposure duration and temperature JF - Scientific Reports N2 - Abiotic stress by elevated tropospheric ozone and temperature can alter plants’ metabolism, growth, and nutritional value and modify the life cycle of their herbivores. We investigated how the duration of exposure of Sinapis arvensis plants to high ozone and temperature levels affect the life cycle of the large cabbage white, Pieris brassicae. Plants were exposed to ozone-clean (control) or ozone-enriched conditions (120 ppb) for either 1 or 5 days and were afterwards kept in a greenhouse with variable temperature conditions. When given the choice, P. brassicae butterflies laid 49% fewer eggs on ozone-exposed than on control plants when the exposure lasted for 5 days, but showed no preference when exposure lasted for 1 day. The caterpillars took longer to hatch on ozone-exposed plants and at lower ambient temperatures. The ozone treatment had a positive effect on the survival of the eggs. Ozone decreased the growth of caterpillars reared at higher temperatures on plants exposed for 5 days, but not on plants exposed for 1 day. Overall, longer exposure of the plants to ozone and higher temperatures affected the life cycle of the herbivore more strongly. With global warming, the indirect impacts of ozone on herbivores are likely to become more common. KW - Ecology KW - Environmental impact Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202805 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Maierhofer, Anna A1 - Flunkert, Julia A1 - Oshima, Junko A1 - Martin, George M. A1 - Poot, Martin A1 - Nanda, Indrajit A1 - Dittrich, Marcus A1 - Müller, Tobias A1 - Haaf, Thomas T1 - Epigenetic signatures of Werner syndrome occur early in life and are distinct from normal epigenetic aging processes JF - Aging Cell N2 - Werner Syndrome (WS) is an adult‐onset segmental progeroid syndrome. Bisulfite pyrosequencing of repetitive DNA families revealed comparable blood DNA methylation levels between classical (18 WRN‐mutant) or atypical WS (3 LMNA‐mutant and 3 POLD1‐mutant) patients and age‐ and sex‐matched controls. WS was not associated with either age‐related accelerated global losses of ALU, LINE1, and α‐satellite DNA methylations or gains of rDNA methylation. Single CpG methylation was analyzed with Infinium MethylationEPIC arrays. In a correspondence analysis, atypical WS samples clustered together with the controls and were clearly separated from classical WS, consistent with distinct epigenetic pathologies. In classical WS, we identified 659 differentially methylated regions (DMRs) comprising 3,656 CpG sites and 613 RefSeq genes. The top DMR was located in the HOXA4 promoter. Additional DMR genes included LMNA, POLD1, and 132 genes which have been reported to be differentially expressed in WRN‐mutant/depleted cells. DMRs were enriched in genes with molecular functions linked to transcription factor activity and sequence‐specific DNA binding to promoters transcribed by RNA polymerase II. We propose that transcriptional misregulation of downstream genes by the absence of WRN protein contributes to the variable premature aging phenotypes of WS. There were no CpG sites showing significant differences in DNA methylation changes with age between WS patients and controls. Genes with both WS‐ and age‐related methylation changes exhibited a constant offset of methylation between WRN‐mutant patients and controls across the entire analyzed age range. WS‐specific epigenetic signatures occur early in life and do not simply reflect an acceleration of normal epigenetic aging processes. KW - (classical and atypical) Werner syndrome KW - bisulfite pyrosequencing KW - methylation array KW - premature aging KW - segmental progeria KW - transcription deficiency Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202733 VL - 18 ER - TY - JOUR A1 - Beer, Katharina A1 - Schenk, Mariela A1 - Helfrich-Förster, Charlotte A1 - Holzschuh, Andrea T1 - The circadian clock uses different environmental time cues to synchronize emergence and locomotion of the solitary bee Osmia bicornis JF - Scientific Reports N2 - Life on earth adapted to the daily reoccurring changes in environment by evolving an endogenous circadian clock. Although the circadian clock has a crucial impact on survival and behavior of solitary bees, many aspects of solitary bee clock mechanisms remain unknown. Our study is the first to show that the circadian clock governs emergence in Osmia bicornis, a bee species which overwinters as adult inside its cocoon. Therefore, its eclosion from the pupal case is separated by an interjacent diapause from its emergence in spring. We show that this bee species synchronizes its emergence to the morning. The daily rhythms of emergence are triggered by temperature cycles but not by light cycles. In contrast to this, the bee’s daily rhythms in locomotion are synchronized by light cycles. Thus, we show that the circadian clock of O. bicornis is set by either temperature or light, depending on what activity is timed. Light is a valuable cue for setting the circadian clock when bees have left the nest. However, for pre-emerged bees, temperature is the most important cue, which may represent an evolutionary adaptation of the circadian system to the cavity-nesting life style of O. bicornis. KW - Behavioural ecology KW - Evolutionary developmental biology Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202721 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Wagner, Fabienne A1 - Kunz, Tobias C. A1 - Chowdhury, Suvagata R. A1 - Thiede, Bernd A1 - Fraunholz, Martin A1 - Eger, Debora A1 - Kozjak-Pavlovic, Vera T1 - Armadillo repeat-containing protein 1 is a dual localization protein associated with mitochondrial intermembrane space bridging complex JF - PLoS ONE N2 - Cristae architecture is important for the function of mitochondria, the organelles that play the central role in many cellular processes. The mitochondrial contact site and cristae organizing system (MICOS) together with the sorting and assembly machinery (SAM) forms the mitochondrial intermembrane space bridging complex (MIB), a large protein complex present in mammalian mitochondria that partakes in the formation and maintenance of cristae. We report here a new subunit of the mammalian MICOS/MIB complex, an armadillo repeat-containing protein 1 (ArmC1). ArmC1 localizes both to cytosol and mitochondria, where it associates with the outer mitochondrial membrane through its carboxy-terminus. ArmC1 interacts with other constituents of the MICOS/MIB complex and its amounts are reduced upon MICOS/MIB complex depletion. Mitochondria lacking ArmC1 do not show defects in cristae structure, respiration or protein content, but appear fragmented and with reduced motility. ArmC1 represents therefore a peripheral MICOS/MIB component that appears to play a role in mitochondrial distribution in the cell. KW - Mitochondria KW - Outer membrane proteins KW - HeLa cells KW - Immunoprecipitation KW - Cytosol KW - Small interfering RNAs KW - Confocal microscopy KW - Cell stainin Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202670 VL - 14 IS - 10 ER - TY - JOUR A1 - Akhoon, Bashir A. A1 - Gupta, Shishir K. A1 - Tiwari, Sudeep A1 - Rathor, Laxmi A1 - Pant, Aakanksha A1 - Singh, Nivedita A1 - Gupta, Shailendra K. A1 - Dandekar, Thomas A1 - Pandey, Rakesh T1 - C. elegans protein interaction network analysis probes RNAi validated pro-longevity effect of nhr-6, a human homolog of tumor suppressor Nr4a1 JF - Scientific Reports N2 - Protein-protein interaction (PPI) studies are gaining momentum these days due to the plethora of various high-throughput experimental methods available for detecting PPIs. Proteins create complexes and networks by functioning in harmony with other proteins and here in silico network biology hold the promise to reveal new functionality of genes as it is very difficult and laborious to carry out experimental high-throughput genetic screens in living organisms. We demonstrate this approach by computationally screening C. elegans conserved homologs of already reported human tumor suppressor and aging associated genes. We select by this nhr-6, vab-3 and gst-23 as predicted longevity genes for RNAi screen. The RNAi results demonstrated the pro-longevity effect of these genes. Nuclear hormone receptor nhr-6 RNAi inhibition resulted in a C. elegans phenotype of 23.46% lifespan reduction. Moreover, we show that nhr-6 regulates oxidative stress resistance in worms and does not affect the feeding behavior of worms. These findings imply the potential of nhr-6 as a common therapeutic target for aging and cancer ailments, stressing the power of in silico PPI network analysis coupled with RNAi screens to describe gene function. KW - Computer modelling KW - Embryonic induction KW - RNAi Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202666 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Kehrberger, Sandra A1 - Holzschuh, Andrea T1 - How does timing of flowering affect competition for pollinators, flower visitation and seed set in an early spring grassland plant? JF - Scientific Reports N2 - Knowledge on how the timing of flowering is related to plant fitness and species interactions is crucial to understand consequences of phenological shifts as they occur under climate change. Early flowering plants may face advantages of low competition for pollinators and disadvantages of low pollinator abundances and unfavourable weather conditions. However, it is unknown how this trade-off changes over the season and how the timing affects reproductive success. On eight grasslands we recorded intra-seasonal changes in pollinators, co-flowering plants, weather conditions, flower visitation rates, floral longevity and seed set of Pulsatilla vulgaris. Although bee abundances and the number of pollinator-suitable hours were low at the beginning of the season, early flowers of P. vulgaris received higher flower visitation rates and estimated total number of bee visits than later flowers, which was positively related to seed set. Flower visitation rates decreased over time and with increasing number of co-flowering plants, which competed with P. vulgaris for pollinators. Low interspecific competition for pollinators seems to be a major driver for early flowering dates. Thus, non-synchronous temporal shifts of co-flowering plants as they may occur under climate warming can be expected to strongly affect plant-pollinator interactions and the fitness of the involved plants. KW - ecology Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202549 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Heiby, Julia C. A1 - Goretzki, Benedikt A1 - Johnson, Christopher M. A1 - Hellmich, Ute A. A1 - Neuweiler, Hannes T1 - Methionine in a protein hydrophobic core drives tight interactions required for assembly of spider silk JF - Nature Communications N2 - Web spiders connect silk proteins, so-called spidroins, into fibers of extraordinary toughness. The spidroin N-terminal domain (NTD) plays a pivotal role in this process: it polymerizes spidroins through a complex mechanism of dimerization. Here we analyze sequences of spidroin NTDs and find an unusually high content of the amino acid methionine. We simultaneously mutate all methionines present in the hydrophobic core of a spidroin NTD from a nursery web spider’s dragline silk to leucine. The mutated NTD is strongly stabilized and folds at the theoretical speed limit. The structure of the mutant is preserved, yet its ability to dimerize is substantially impaired. We find that side chains of core methionines serve to mobilize the fold, which can thereby access various conformations and adapt the association interface for tight binding. Methionine in a hydrophobic core equips a protein with the capacity to dynamically change shape and thus to optimize its function. KW - Circular dichroism KW - Fluorescence spectroscopy KW - Protein folding KW - Solution-state NMR Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202539 VL - 10 ER - TY - JOUR A1 - Dechaud, Corentin A1 - Volff, Jean-Nicolas A1 - Schartl, Manfred A1 - Naville, Magali T1 - Sex and the TEs: transposable elements in sexual development and function in animals JF - Mobile DNA N2 - Transposable elements are endogenous DNA sequences able to integrate into and multiply within genomes. They constitute a major source of genetic innovations, as they can not only rearrange genomes but also spread ready-to-use regulatory sequences able to modify host gene expression, and even can give birth to new host genes. As their evolutionary success depends on their vertical transmission, transposable elements are intrinsically linked to reproduction. In organisms with sexual reproduction, this implies that transposable elements have to manifest their transpositional activity in germ cells or their progenitors. The control of sexual development and function can be very versatile, and several studies have demonstrated the implication of transposable elements in the evolution of sex. In this review, we report the functional and evolutionary relationships between transposable elements and sexual reproduction in animals. In particular, we highlight how transposable elements can influence expression of sexual development genes, and how, reciprocally, they are tightly controlled in gonads. We also review how transposable elements contribute to the organization, expression and evolution of sexual development genes and sex chromosomes. This underscores the intricate co-evolution between host functions and transposable elements, which regularly shift from a parasitic to a domesticated status useful to the host. KW - Transposable element KW - Sex determination KW - Sexual development and function KW - Germline KW - piRNA KW - Sex chromosome Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202510 VL - 10 ER - TY - JOUR A1 - Krebs, Markus A1 - Behrmann, Christoph A1 - Kalogirou, Charis A1 - Sokolakis, Ioannis A1 - Kneitz, Susanne A1 - Kruithof-de Julio, Marianna A1 - Zoni, Eugenio A1 - Rech, Anne A1 - Schilling, Bastian A1 - Kübler, Hubert A1 - Spahn, Martin A1 - Kneitz, Burkhard T1 - miR-221 Augments TRAIL-mediated apoptosis in prostate cancer cells by inducing endogenous TRAIL expression and targeting the functional repressors SOCS3 and PIK3R1 JF - BioMed Research International N2 - miR-221 is regarded as an oncogene in many malignancies, and miR-221-mediated resistance towards TRAIL was one of the first oncogenic roles shown for this small noncoding RNA. In contrast, miR-221 is downregulated in prostate cancer (PCa), thereby implying a tumour suppressive function. By using proliferation and apoptosis assays, we show a novel feature of miR-221 in PCa cells: instead of inducing TRAIL resistance, miR-221 sensitized cells towards TRAIL-induced proliferation inhibition and apoptosis induction. Partially responsible for this effect was the interferon-mediated gene signature, which among other things contained an endogenous overexpression of the TRAIL encoding gene TNFSF10. This TRAIL-friendly environment was provoked by downregulation of the established miR-221 target gene SOCS3. Moreover, we introduced PIK3R1 as a target gene of miR-221 in PCa cells. Proliferation assays showed that siRNA-mediated downregulation of SOCS3 and PIK3R1 mimicked the effect of miR-221 on TRAIL sensitivity. Finally, Western blotting experiments confirmed lower amounts of phospho-Akt after siRNA-mediated downregulation of PIK3R1 in PC3 cells. Our results further support the tumour suppressing role of miR-221 in PCa, since it sensitises PCa cells towards TRAIL by regulating the expression of the oncogenes SOCS3 and PIK3R1. Given the TRAIL-inhibiting effect of miR-221 in various cancer entities, our results suggest that the influence of miR-221 on TRAIL-mediated apoptosis is highly context- and entity-dependent. KW - Cancer Cell Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202480 VL - 2019 ER - TY - JOUR A1 - Otto, C. A1 - Schmidt, S. A1 - Kastner, C. A1 - Denk, S. A1 - Kettler, J. A1 - Müller, N. A1 - Germer, C.T. A1 - Wolf, E. A1 - Gallant, P. A1 - Wiegering, A. T1 - Targeting bromodomain-containing protein 4 (BRD4) inhibits MYC expression in colorectal cancer cells JF - Neoplasia N2 - The transcriptional regulator BRD4 has been shown to be important for the expression of several oncogenes including MYC. Inhibiting of BRD4 has broad antiproliferative activity in different cancer cell types. The small molecule JQ1 blocks the interaction of BRD4 with acetylated histones leading to transcriptional modulation. Depleting BRD4 via engineered bifunctional small molecules named PROTACs (proteolysis targeting chimeras) represents the next-generation approach to JQ1-mediated BRD4 inhibition. PROTACs trigger BRD4 for proteasomale degradation by recruiting E3 ligases. The aim of this study was therefore to validate the importance of BRD4 as a relevant target in colorectal cancer (CRC) cells and to compare the efficacy of BRD4 inhibition with BRD4 degradation on downregulating MYC expression. JQ1 induced a downregulation of both MYC mRNA and MYC protein associated with an antiproliferative phenotype in CRC cells. dBET1 and MZ1 induced degradation of BRD4 followed by a reduction in MYC expression and CRC cell proliferation. In SW480 cells, where dBET1 failed, we found significantly lower levels of the E3 ligase cereblon, which is essential for dBET1-induced BRD4 degradation. To gain mechanistic insight into the unresponsiveness to dBET1, we generated dBET1-resistant LS174t cells and found a strong downregulation of cereblon protein. These findings suggest that inhibition of BRD4 by JQ1 and degradation of BRD4 by dBET1 and MZ1 are powerful tools for reducing MYC expression and CRC cell proliferation. In addition, downregulation of cereblon may be an important mechanism for developing dBET1 resistance, which can be evaded by incubating dBET1-resistant cells with JQ1 or MZ1. KW - Cancer Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202451 VL - 21 IS - 11 ER - TY - JOUR A1 - Schartl, Manfred A1 - Kneitz, Susanne A1 - Volkoff, Helene A1 - Adolfi, Mateus A1 - Schmidt, Cornelia A1 - Fischer, Petra A1 - Minx, Patrick A1 - Tomlinson, Chad A1 - Meyer, Axel A1 - Warren, Wesley C. T1 - The piranha genome provides molecular insight associated to its unique feeding behavior JF - Genome Biology and Evolution N2 - The piranha enjoys notoriety due to its infamous predatory behavior but much is still not understood about its evolutionary origins and the underlying molecular mechanisms for its unusual feeding biology. We sequenced and assembled the red-bellied piranha (Pygocentrus nattereri) genome to aid future phenotypic and genetic investigations. The assembled draft genome is similar to other related fishes in repeat composition and gene count. Our evaluation of genes under positive selection suggests candidates for adaptations of piranhas’ feeding behavior in neural functions, behavior, and regulation of energy metabolism. In the fasted brain, we find genes differentially expressed that are involved in lipid metabolism and appetite regulation as well as genes that may control the aggression/boldness behavior of hungry piranhas. Our first analysis of the piranha genome offers new insight and resources for the study of piranha biology and for feeding motivation and starvation in other organisms. KW - whole-genome sequencing KW - genome annotation KW - comparative genomics KW - RNA-seq transcriptome KW - energy homeostasis Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202218 VL - 11 IS - 8 ER - TY - JOUR A1 - Jurowich, Christian A1 - Lichthardt, Sven A1 - Kastner, Caroline A1 - Haubitz, Imme A1 - Prock, Andre A1 - Filser, Jörg A1 - Germer, Christoph-Thomas A1 - Wiegering, Armin T1 - Laparoscopic versus open right hemicolectomy in colon carcinoma: A propensity score analysis of the DGAV StuDoQ|ColonCancer registry JF - PLoS ONE N2 - Objective To assess whether laparoscopy has any advantages over open resection for right-sided colon cancer. Summary background data Right hemicolectomy can be performed using either a conventional open or a minimally invasive laparoscopic technique. It is not clear whether these different access routes differ with regard to short-term postoperative outcomes. Methods Patients documented in the German Society for General and Visceral Surgery StuDoQ|ColonCancer registry who underwent right hemicolectomy were analyzed regarding early postoperative complications according to Clavien-Dindo (primary endpoint), operation (OP) time, length of postoperative hospital stay (LOS), MTL30 and number of lymph nodes retrieved (secondary endpoints). Results A total of 4.997 patients were identified as undergoing oncological right hemicolectomy without additional interventions. Of these, 4.062 (81.3%) underwent open, 935 (18.7%) laparoscopic surgery. Propensity score analysis showed a significantly shorter LOS (OR: 0.55 CI 95%0.47-.64) and a significantly longer OP time (OR2.32 CI 1.98–2.71) for the laparoscopic route. Risk factors for postoperative complications, anastomotic insufficiency, ileus, reoperation and positive MTL30 were higher ASA status, higher age and increasing BMI. The surgical access route (open / lap) had no influence on these factors, but the laparoscopic group did have markedly fewer lymph nodes retrieved. Conclusion The present registry-based analysis could detect no relevant advantages for the minimally invasive laparoscopic access route. Further oncological analyses are needed to clarify the extent to which the smaller lymph node harvest in the laparoscopic group is accompanied by a poorer oncological outcome. KW - Laparoscopy KW - Lymph nodes KW - Minimally invasive surgery KW - Surgical oncology KW - Oncology KW - Surgical and invasive medical procedures Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202184 VL - 14 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Pattschull, Grit A1 - Walz, Susanne A1 - Gründl, Marco A1 - Schwab, Melissa A1 - Rühl, Eva A1 - Baluapuri, Apoorva A1 - Cindric-Vranesic, Anita A1 - Kneitz, Susanne A1 - Wolf, Elmar A1 - Ade, Carsten P. A1 - Rosenwald, Andreas A1 - von Eyss, Björn A1 - Gaubatz, Stefan T1 - The Myb-MuvB complex is required for YAP-dependent transcription of mitotic genes JF - Cell Reports N2 - YAP and TAZ, downstream effectors of the Hippo pathway, are important regulators of proliferation. Here, we show that the ability of YAP to activate mitotic gene expression is dependent on the Myb-MuvB (MMB) complex, a master regulator of genes expressed in the G2/M phase of the cell cycle. By carrying out genome-wide expression and binding analyses, we found that YAP promotes binding of the MMB subunit B-MYB to the promoters of mitotic target genes. YAP binds to B-MYB and stimulates B-MYB chromatin association through distal enhancer elements that interact with MMB-regulated promoters through chromatin looping. The cooperation between YAP and B-MYB is critical for YAP-mediated entry into mitosis. Furthermore, the expression of genes coactivated by YAP and B-MYB is associated with poor survival of cancer patients. Our findings provide a molecular mechanism by which YAP and MMB regulate mitotic gene expression and suggest a link between two cancer-relevant signaling pathways. KW - YAP KW - B-MYB KW - Myb-MuvB KW - mitotic genes KW - enhancer KW - transcription Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202039 VL - 27 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Lyutova, Radostina A1 - Selcho, Mareike A1 - Pfeuffer, Maximilian A1 - Segebarth, Dennis A1 - Habenstein, Jens A1 - Rohwedder, Astrid A1 - Frantzmann, Felix A1 - Wegener, Christian A1 - Thum, Andreas S. A1 - Pauls, Dennis T1 - Reward signaling in a recurrent circuit of dopaminergic neurons and peptidergic Kenyon cells JF - Nature Communications N2 - Dopaminergic neurons in the brain of the Drosophila larva play a key role in mediating reward information to the mushroom bodies during appetitive olfactory learning and memory. Using optogenetic activation of Kenyon cells we provide evidence that recurrent signaling exists between Kenyon cells and dopaminergic neurons of the primary protocerebral anterior (pPAM) cluster. Optogenetic activation of Kenyon cells paired with odor stimulation is sufficient to induce appetitive memory. Simultaneous impairment of the dopaminergic pPAM neurons abolishes appetitive memory expression. Thus, we argue that dopaminergic pPAM neurons mediate reward information to the Kenyon cells, and in turn receive feedback from Kenyon cells. We further show that this feedback signaling is dependent on short neuropeptide F, but not on acetylcholine known to be important for odor-shock memories in adult flies. Our data suggest that recurrent signaling routes within the larval mushroom body circuitry may represent a mechanism subserving memory stabilization. KW - Learning and memory KW - Neural circuits Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202161 VL - 10 ER - TY - JOUR A1 - Liedtke, Daniel A1 - Orth, Melanie A1 - Meissler, Michelle A1 - Geuer, Sinje A1 - Knaup, Sabine A1 - Köblitz, Isabell A1 - Klopocki, Eva T1 - ECM alterations in fndc3a (fibronectin domain containing protein 3A) deficient zebrafish cause temporal fin development and regeneration defects JF - Scientific Reports N2 - Fin development and regeneration are complex biological processes that are highly relevant in teleost fish. They share genetic factors, signaling pathways and cellular properties to coordinate formation of regularly shaped extremities. Especially correct tissue structure defined by extracellular matrix (ECM) formation is essential. Gene expression and protein localization studies demonstrated expression of fndc3a (fibronectin domain containing protein 3a) in both developing and regenerating caudal fins of zebrafish (Danio rerio). We established a hypomorphic fndc3a mutant line (fndc3a\(^{wue1/wue1}\)) via CRISPR/Cas9, exhibiting phenotypic malformations and changed gene expression patterns during early stages of median fin fold development. These developmental effects are mostly temporary, but result in a fraction of adults with permanent tail fin deformations. In addition, caudal fin regeneration in adult fndc3a\(^{wue1/wue1}\) mutants is hampered by interference with actinotrichia formation and epidermal cell organization. Investigation of the ECM implies that loss of epidermal tissue structure is a common cause for both of the observed defects. Our results thereby provide a molecular link between these developmental processes and foreshadow Fndc3a as a novel temporal regulator of epidermal cell properties during extremity development and regeneration in zebrafish. KW - Extracellular matrix KW - Limb development KW - Self-renewal Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202141 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Streinzer, Martin A1 - Chakravorty, Jharna A1 - Neumayer, Johann A1 - Megu, Karsing A1 - Narah, Jaya A1 - Schmitt, Thomas A1 - Bharti, Himender A1 - Spaethe, Johannes A1 - Brockmann, Axel T1 - Species composition and elevational distribution of bumble bees (Hymenoptera, Apidae, Bombus Latreille) in the East Himalaya, Arunachal Pradesh, India JF - ZooKeys N2 - The East Himalaya is one of the world’s most biodiverse ecosystems. However, very little is known about the abundance and distribution of many plant and animal taxa in this region. Bumble bees are a group of cold-adapted and high elevation insects that fulfil an important ecological and economical function as pollinators of wild and agricultural flowering plants and crops. The Himalayan mountain range provides ample suitable habitats for bumble bees. Systematic study of Himalayan bumble bees began a few decades ago and the main focus has centred on the western region, while the eastern part of the mountain range has received little attention and only a few species have been verified. During a three-year survey, more than 700 bumble bee specimens of 21 species were collected in Arunachal Pradesh, the largest of the north-eastern states of India. The material included a range of species that were previously known from a limited number of collected specimens, which highlights the unique character of the East Himalayan ecosystem. Our results are an important first step towards a future assessment of species distribution, threat, and conservation. Clear elevation patterns of species diversity were observed, which raise important questions about the functional adaptations that allow bumble bees to thrive in this particularly moist region in the East Himalaya. KW - Alpine habitats KW - Apidae KW - conservation KW - global change KW - insect collection KW - pollination Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-201937 VL - 851 ER - TY - JOUR A1 - Thiem, Alexander A1 - Hesbacher, Sonja A1 - Kneitz, Hermann A1 - di Primio, Teresa A1 - Heppt, Markus V. A1 - Hermanns, Heike M. A1 - Goebeler, Matthias A1 - Meierjohann, Svenja A1 - Houben, Roland A1 - Schrama, David T1 - IFN-gamma-induced PD-L1 expression in melanoma depends on p53 expression JF - Journal of Experimental & Clinical Cancer Research N2 - Background Immune checkpoint inhibition and in particular anti-PD-1 immunotherapy have revolutionized the treatment of advanced melanoma. In this regard, higher tumoral PD-L1 protein (gene name: CD274) expression is associated with better clinical response and increased survival to anti-PD-1 therapy. Moreover, there is increasing evidence that tumor suppressor proteins are involved in immune regulation and are capable of modulating the expression of immune checkpoint proteins. Here, we determined the role of p53 protein (gene name: TP53) in the regulation of PD-L1 expression in melanoma. Methods We analyzed publicly available mRNA and protein expression data from the cancer genome/proteome atlas and performed immunohistochemistry on tumors with known TP53 status. Constitutive and IFN-ɣ-induced PD-L1 expression upon p53 knockdown in wildtype, TP53-mutated or JAK2-overexpressing melanoma cells or in cells, in which p53 was rendered transcriptionally inactive by CRISPR/Cas9, was determined by immunoblot or flow cytometry. Similarly, PD-L1 expression was investigated after overexpression of a transcriptionally-impaired p53 (L22Q, W23S) in TP53-wt or a TP53-knockout melanoma cell line. Immunoblot was applied to analyze the IFN-ɣ signaling pathway. Results For TP53-mutated tumors, an increased CD274 mRNA expression and a higher frequency of PD-L1 positivity was observed. Interestingly, positive correlations of IFNG mRNA and PD-L1 protein in both TP53-wt and -mutated samples and of p53 and PD-L1 protein suggest a non-transcriptional mode of action of p53. Indeed, cell line experiments revealed a diminished IFN-ɣ-induced PD-L1 expression upon p53 knockdown in both wildtype and TP53-mutated melanoma cells, which was not the case when p53 wildtype protein was rendered transcriptionally inactive or by ectopic expression of p53\(^{L22Q,W23S}\), a transcriptionally-impaired variant, in TP53-wt cells. Accordingly, expression of p53\(^{L22Q,W23S}\) in a TP53-knockout melanoma cell line boosted IFN-ɣ-induced PD-L1 expression. The impaired PD-L1-inducibility after p53 knockdown was associated with a reduced JAK2 expression in the cells and was almost abrogated by JAK2 overexpression. Conclusions While having only a small impact on basal PD-L1 expression, both wildtype and mutated p53 play an important positive role for IFN-ɣ-induced PD-L1 expression in melanoma cells by supporting JAK2 expression. Future studies should address, whether p53 expression levels might influence response to anti-PD-1 immunotherapy. KW - Melanoma KW - PD-L1 KW - CD274 KW - p53 KW - TP53 KW - JAK2 Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-201016 VL - 38 ER - TY - JOUR A1 - Reuter, Isabel A1 - Jäckels, Jana A1 - Kneitz, Susanne A1 - Kuper, Jochen A1 - Lesch, Klaus-Peter A1 - Lillesaar, Christina T1 - Fgf3 is crucial for the generation of monoaminergic cerebrospinal fluid contacting cells in zebrafish JF - Biology Open N2 - In most vertebrates, including zebrafish, the hypothalamic serotonergic cerebrospinal fluid-contacting (CSF-c) cells constitute a prominent population. In contrast to the hindbrain serotonergic neurons, little is known about the development and function of these cells. Here, we identify fibroblast growth factor (Fgf)3 as the main Fgf ligand controlling the ontogeny of serotonergic CSF-c cells. We show that fgf3 positively regulates the number of serotonergic CSF-c cells, as well as a subset of dopaminergic and neuroendocrine cells in the posterior hypothalamus via control of proliferation and cell survival. Further, expression of the ETS-domain transcription factor etv5b is downregulated after fgf3 impairment. Previous findings identified etv5b as critical for the proliferation of serotonergic progenitors in the hypothalamus, and therefore we now suggest that Fgf3 acts via etv5b during early development to ultimately control the number of mature serotonergic CSF-c cells. Moreover, our analysis of the developing hypothalamic transcriptome shows that the expression of fgf3 is upregulated upon fgf3 loss-of-function, suggesting activation of a self-compensatory mechanism. Together, these results highlight Fgf3 in a novel context as part of a signalling pathway of critical importance for hypothalamic development. KW - Fgf-signalling KW - Serotonin KW - Dopamine KW - Hypothalamus KW - Central nervous system Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-200749 VL - 8 ER - TY - JOUR A1 - Kehrberger, Sandra A1 - Holzschuh, Andrea T1 - Warmer temperatures advance flowering in a spring plant more strongly than emergence of two solitary spring bee species JF - PLoS ONE N2 - Climate warming has the potential to disrupt plant-pollinator interactions or to increase competition of co-flowering plants for pollinators, due to species-specific phenological responses to temperature. However, studies focusing on the effect of temperature on solitary bee emergence and the flowering onset of their food plants under natural conditions are still rare. We studied the effect of temperature on the phenology of the two spring bees Osmia cornuta and Osmia bicornis, by placing bee cocoons on eleven grasslands differing in mean site temperature. On seven grasslands, we additionally studied the effect of temperature on the phenology of the red-list plant Pulsatilla vulgaris, which was the first flowering plant, and of co-flowering plants with later flowering. With a warming of 0.1°C, the abundance-weighted mean emergence of O. cornuta males advanced by 0.4 days. Females of both species did not shift their emergence. Warmer temperatures advanced the abundance-weighted mean flowering of P. vulgaris by 1.3 days per 0.1°C increase, but did not shift flowering onset of co-flowering plants. Competition for pollinators between P. vulgaris and co-flowering plants does not increase within the studied temperature range. We demonstrate that temperature advances plant flowering more strongly than bee emergence suggesting an increased risk of pollinator limitation for the first flowers of P. vulgaris. KW - Flowering plants KW - Bees KW - Proteus vulgaris KW - Evolutionary emergence KW - Plants KW - Species delimitation KW - Flowers KW - Insect flight Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-201165 VL - 14 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Du, Kang A1 - Wuertz, Sven A1 - Adolfi, Mateus A1 - Kneitz, Susanne A1 - Stöck, Matthias A1 - Oliveira, Marcos A1 - Nóbrega, Rafael A1 - Ormanns, Jenny A1 - Kloas, Werner A1 - Feron, Romain A1 - Klopp, Christophe A1 - Parrinello, Hugues A1 - Journot, Laurent A1 - He, Shunping A1 - Postlethwait, John A1 - Meyer, Axel A1 - Guiguen, Yann A1 - Schartl, Manfred T1 - The genome of the arapaima (Arapaima gigas) provides insights into gigantism, fast growth and chromosomal sex determination system JF - Scientific Reports N2 - We have sequenced the genome of the largest freshwater fish species of the world, the arapaima. Analysis of gene family dynamics and signatures of positive selection identified genes involved in the specific adaptations and unique features of this iconic species, in particular it’s large size and fast growth. Genome sequences from both sexes combined with RAD-tag analyses from other males and females led to the isolation of male-specific scaffolds and supports an XY sex determination system in arapaima. Whole transcriptome sequencing showed that the product of the gland-like secretory organ on the head surface of males and females may not only provide nutritional fluid for sex-unbiased parental care, but that the organ itself has a more specific function in males, which engage more in parental care. KW - Genome KW - Genomics Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-201333 VL - 9 ER - TY - THES A1 - Zimmermann, Henriette T1 - Antigenic variation and stumpy development in \(Trypanosoma\) \(brucei\) T1 - Antigene Variation und Stumpy Entwicklung in \(Trypanosoma\) \(brucei\) N2 - The eukaryotic parasite Trypanosoma brucei has evolved sophisticated strategies to persist within its mammalian host. Trypanosomes evade the hosts' immune system by antigenic variation of their surface coat, consisting of variant surface glycoproteins (VSGs). Out of a repertoire of thousands of VSG genes, only one is expressed at any given time from one of the 15 telomeric expression sites (ES). The VSG is stochastically exchanged either by a transcriptional switch of the active ES (in situ switch) or by a recombinational exchange of the VSG within the active ES. However, for infections to persist, the parasite burden has to be limited. The slender (sl) bloodstream form secretes the stumpy induction factor (SIF), which accumulates with rising parasitemia. SIF induces the irreversible developmental transition from the proliferative sl to the cell cycle-arrested but fly-infective stumpy (st) stage once a concentration threshold is reached. Thus, antigenic variation and st development ensure persistent infections and transmissibility. A previous study in monomorphic cells indicated that the attenuation of the active ES could be relevant for the development of trypanosomes. The present thesis investigated this hypothesis using the inducible overexpression of an ectopic VSG in pleomorphic trypanosomes, which possess full developmental competence. These studies revealed a surprising phenotypic plasticity: while the endogenous VSG was always down-regulated upon induction, the ESactivity determined whether the VSG overexpressors arrested in growth or kept proliferating. Full ES-attenuation induced the differentiation of bona fide st parasites independent of the cell density and thus represents the sole natural SIF-independent differentiation trigger to date. A milder decrease of the ES-activity did not induce phenotypic changes, but appeared to prime the parasites for SIF-induced differentiation. These results demonstrate that antigenic variation and development are linked and indicated that the ES and the VSG are independently regulated. Therefore, I investigated in the second part of my thesis how ES-attenuation and VSG-silencing can be mediated. Integration of reporters with a functional or defective VSG 3'UTR into different genomic loci showed that the maintenance of the active state of the ES depends on a conserved motif within the VSG 3'UTR. In situ switching was only triggered when the telomere-proximal motif was partially deleted, suggesting that it serves as a DNA-binding motif for a telomere-associated protein. The VSG levels seem to be additionally regulated in trans based on the VSG 3'UTR independent of the genomic context, which was reinforced by the regulation of a constitutively expressed reporter with VSG 3' UTR upon ectopic VSG overexpression. N2 - Der eukaryotische Parasit Trypanosoma brucei hat komplexe Strategien entwickelt, um in seinem Säugetierwirt zu überleben. Die Grundlage der Immunevasion ist die antigene Variation des Oberflächenmantels, der aus dem variablen Oberflächenglykoprotein (VSG) besteht. Von mehreren tausend VSG-Genen wird zu jedem Zeitpunkt nur ein einziges aus einer der 15 telomerischen Expressionsstellen (ES) exprimiert. Das VSG kann entweder durch einen transkriptionellen Wechsel der aktiven ES (in situ Wechsel) oder durch einen rekombinatorischen Wechsel des VSG-Gens innerhalb der aktiven ES stochastisch ausgetauscht werden. Damit jedoch eine langanhaltende Infektion des Wirts möglich wird, muss gleichzeitig der Parasitenbefall begrenzt werden. Mit ansteigender Parasitämie akkumuliert der 'stumpy induction factor' (SIF), welcher von der 'slender' (sl) Blutstromform sekretiert wird. Sobald ein Schwellenwert in der SIF-Konzentration erreicht ist, wird die irreversible Differenzierung der proliferativen sl in die zellzyklusarretierte 'stumpy'(st) Form eingeleitet, welche infektiös für den Fliegenvektor ist. Somit stellen antigene Variation und st- Differenzierung das Persistieren der Infektion und die Übertragung des Parasiten sicher. Eine frühere Arbeit mit monomorphen Zellen deutete darauf hin, dass die Attenuierung der aktiven ES eine Rolle für die Differenzierung der Trypanosomen spielen könnte. Diese Hypothese wurde in der vorliegenden Dissertation untersucht, indem in pleomorphen Zellen mit vollständiger Entwicklungskompetenz ein ektopisches VSG induzierbar überexprimiert wurde. Diese Studien offenbarten eine erstaunliche phänotypische Plastizität: während das endogene VSG nach Induktion runter reguliert wurde, arretierten die VSG-Überexpressoren in Abhängigkeit von der ES-Aktivität entweder im Wachstum oder teilten sich weiter. Die vollständige ES-Attenuierung löste die Differenzierung zu echten st Zellen unabhängig von der Zelldichte aus und ist somit der bisher einzige natürliche SIF-unabhängige Differenzierungsauslöser. Eine mildere Abnahme der ES-Aktivität verursachte keinen Phänotyp, scheint aber die Zellen auf die SIF-induzierte Differenzierung vorzubereiten. Diese Ergebnisse zeigen, dass antigene Variation und Differenzierung verbunden sind und deuteten an, dass die ES und das VSG unabhängig voneinander reguliert werden. Daher habe ich im zweiten Teil meiner Dissertation untersucht, wie ES-Attenuierung und VSG-Stilllegung vermittelt werden können. Die Integration eines Reporters mit funktioneller oder defekter VSG 3'UTR an verschiedenen Orten im Genom zeigte, dass die Aufrechterhaltung der ES-Aktivität von einem konservierten Motiv in der VSG 3'UTR abhängig ist. Ein in situ Wechsel wurde nur ausgelöst, wenn Teile des Telomer-proximalen Motiv deletiert wurden, was nahelegt, dass das Motiv auf DNA-Ebene von einem Telomerbindeprotein erkannt wird. Die VSG-Level scheinen unabhängig vom genomischen Kontext zusätzlich in trans basierend auf der VSG 3'UTR reguliert zu werden, was durch die Regulation eines konstitutiv exprimierten Reporters mit VSG 3'UTR nach VSG-Überexpression bekräftigt wurde. KW - Trypanosoma brucei KW - Genexpression KW - Entwicklung KW - Parasit KW - VSG KW - antigenic variation KW - monoallelic expression KW - stumpy development KW - differentiation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-146902 ER - TY - JOUR A1 - Matos, Isa A1 - Machado, Miguel P. A1 - Schartl, Manfred A1 - Coelho, Maria Manuela T1 - Allele-specific expression variation at different ploidy levels in Squalius alburnoides JF - Scientific Reports N2 - Allopolyploid plants are long known to be subject to a homoeolog expression bias of varying degree. The same phenomenon was only much later suspected to occur also in animals based on studies of single selected genes in an allopolyploid vertebrate, the Iberian fish Squalius alburnoides. Consequently, this species became a good model for understanding the evolution of gene expression regulation in polyploid vertebrates. Here, we analyzed for the first time genome-wide allele-specific expression data from diploid and triploid hybrids of S. alburnoides and compared homoeolog expression profiles of adult livers and of juveniles. Co-expression of alleles from both parental genomic types was observed for the majority of genes, but with marked homoeolog expression bias, suggesting homoeolog specific reshaping of expression level patterns in hybrids. Complete silencing of one allele was also observed irrespective of ploidy level, but not transcriptome wide as previously speculated. Instead, it was found only in a restricted number of genes, particularly ones with functions related to mitochondria and ribosomes. This leads us to hypothesize that allelic silencing may be a way to overcome intergenomic gene expression interaction conflicts, and that homoeolog expression bias may be an important mechanism in the achievement of sustainable genomic interactions, mandatory to the success of allopolyploid systems, as in S. alburnoides. KW - Gene expression analysis KW - Transcription KW - Transcriptomic Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-200910 VL - 9 ER -