TY - JOUR A1 - Vollmuth, Nadine A1 - Schlicker, Lisa A1 - Guo, Yongxia A1 - Hovhannisyan, Pargev A1 - Janaki-Raman, Sudha A1 - Kurmasheva, Naziia A1 - Schmitz, Werner A1 - Schulze, Almut A1 - Stelzner, Kathrin A1 - Rajeeve, Karthika A1 - Rudel, Thomas T1 - c-Myc plays a key role in IFN-γ-induced persistence of Chlamydia trachomatis JF - eLife N2 - Chlamydia trachomatis (Ctr) can persist over extended times within their host cell and thereby establish chronic infections. One of the major inducers of chlamydial persistence is interferon-gamma (IFN-γ) released by immune cells as a mechanism of immune defence. IFN-γ activates the catabolic depletion of L-tryptophan (Trp) via indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO), resulting in persistent Ctr. Here, we show that IFN-γ induces the downregulation of c-Myc, the key regulator of host cell metabolism, in a STAT1-dependent manner. Expression of c-Myc rescued Ctr from IFN-γ-induced persistence in cell lines and human fallopian tube organoids. Trp concentrations control c-Myc levels most likely via the PI3K-GSK3β axis. Unbiased metabolic analysis revealed that Ctr infection reprograms the host cell tricarboxylic acid (TCA) cycle to support pyrimidine biosynthesis. Addition of TCA cycle intermediates or pyrimidine/purine nucleosides to infected cells rescued Ctr from IFN-γ-induced persistence. Thus, our results challenge the longstanding hypothesis of Trp depletion through IDO as the major mechanism of IFN-γ-induced metabolic immune defence and significantly extends the understanding of the role of IFN-γ as a broad modulator of host cell metabolism. KW - Chlamydia trachomatis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-301385 VL - 11 ER - TY - JOUR A1 - Schul, Daniela A1 - Schmitt, Alexandra A1 - Regneri, Janine A1 - Schartl, Manfred A1 - Wagner, Toni Ulrich T1 - Bursted BMP Triggered Receptor Kinase Activity Drives Smad1 Mediated Long-Term Target Gene Oscillation in c2c12 Cells JF - PLoS ONE N2 - Bone Morphogenetic Proteins (BMPs) are important growth factors that regulate many cellular processes. During embryogenesis they act as morphogens and play a critical role during organ development. They influence cell fates via concentration-gradients in the embryos where cells transduce this extracellular information into gene expression profiles and cell fate decisions. How receiving cells decode and quantify BMP2/4 signals is hardly understood. There is little data on the quantitative relationships between signal input, transducing molecules, their states and location, and ultimately their ability to integrate graded systemic inputs and generate qualitative responses. Understanding this signaling network on a quantitative level should be considered a prerequisite for efficient pathway modulation, as the BMP pathway is a prime target for therapeutic invention. Hence, we quantified the spatial distribution of the main signal transducer of the BMP2/4 pathway in response to different types and levels of stimuli in c2c12 cells. We found that the subcellular localization of Smad1 is independent of ligand concentration. In contrast, Smad1 phosphorylation levels relate proportionally to BMP2 ligand concentrations and they are entirely located in the nucleus. Interestingly, we found that BMP2 stimulates target gene expression in non-linear, wave-like forms. Amplitudes showed a clear concentration-dependency, for sustained and transient stimulation. We found that even burst-stimulation triggers gene-expression wave-like modulations that are detectable for at least 30 h. Finally, we show here that target gene expression oscillations depend on receptor kinase activity, as the kinase drives further expression pulses without receptor reactivation and the target gene expression breaks off after inhibitor treatment in c2c12 cells. KW - gene expression KW - BMP signaling KW - SMAD signaling KW - genetic oscillators KW - cell fusion KW - DNA-binding proteins KW - luciferase KW - kinase inhibitors Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-130131 VL - 8 IS - 4 ER - TY - THES A1 - Bollazzi Sosa, Leonardo Martin T1 - Building behaviour and the control of nest climate in Acromyrmex leaf-cutting ants T1 - Bauverhalten und die Kontrolle des Nestklimas in der Blattschneiderameisen Acromyrmex N2 - This work was aimed at experimentally studying whether climatic variables act as environmental cues for workers’ building behaviour in leaf-cutting ants of the genus Acromyrmex, and to what extent building responses account for the maintenance of nest climate in a proper range for the inhabiting colony. Specifically, this work presents independent analysis in different Acromyrmex species with disparate ecology and nesting habits, aimed at understanding to what extent: i) temperature and humidity act as cues for workers’ building behaviour, ii) inter- and intraspecific differences in the nesting habits observed in South American Acromyrmex are based on distinct building behaviours and on the variation in regional climate across continent, iii) differences in nest architecture account for the maintenance of nest climate in a proper range for colony members and, iv) climatic variables trigger building responses aimed at controlling short-term changes in nest climate. It is first experimentally shown that soil temperature acts as a cue for workers’ digging behaviour. Acromyrmex lundi workers were observed to respond to both soil temperature as well as its changes, and to decide accordingly where to start or whether to stop digging. The soil temperature range preferred by workers to dig, between 20°C and maximally 30.6°C, matches the range at which colony growth is expected to be maximized. Temperature-sensitive digging might therefore lead to the establishment of the fungus chambers in soil layers with a proper range of temperatures for colony growth. Based on that, it was hypothesized that nest depth in Acromyrmex largely depends on the depth at which this temperature range is located across the soil profile, i.e., the higher the temperature in the superficial soil layers, the deeper the nest location, since soil temperature decreases with increasing depth. A bibliographic survey on nesting habits of 21 South American Acromyrmex species confirmed that the warmer the soil temperature at 50 cm depth throughout the South American continent, the higher the number of species presenting subterranean nests, compared with those inhabiting superficial nests. Temperature-sensitive digging in Acromyrmex would therefore explain the geographical distribution of nesting habits observed for this genus in the South American continent, i.e., subterranean in the northern tropical regions, and superficial in the southern temperate ones. In addition, results showed that Acromyrmex colonies from temperate regions indeed achieve thermoregulatory benefits through the determination of nest depth based on thermoregulatory needs. In sympatrically-occurring colonies of the grass-cutting ant A. heyeri, temperature inside superficial thatched nests was higher, and more suitable for colony growth, than that inside subterranean nests. This temperature surplus was even higher in spring, at the time of production of sexual brood, than in winter or summer. It was demonstrated that such temperature surplus was brought about by the low thermal diffusivity of the nest thatch, which prevents diurnal nest overheating by the incoming solar radiation, and avoids losses of the accumulated daily heat into the cold air during night, thus leading to high average nest temperatures. Although highly advantageous for colonies in terms of nest temperature, the determination of nest depth based on thermoregulatory needs may differentially affect nest ventilation and humidity depending on how nest exposition influences the exchange of nest air with the outside air. For instance, colonies with a superficial nesting habit might benefit from improved nest ventilation, but be at risk of desiccation due to their exposition and the consequent humidity losses into the dry outside air. Results demonstrated that in two Acromyrmex species, short-term regulatory building responses triggered and spatially organized by climatic variables occur, and may counteract undesired changes in internal nest humidity. Workers of the thatching grass-cutting ant A. heyeri, for instance, closed a number of nest-thatch openings as a response to desiccation of the outside air, even at a nest temperature that otherwise triggered the response of opening them so as to reduce nest temperature. In the leaf-cutting ant A. ambiguus, the direction of the airflow inside nest tunnels was shown to act as a cue for spatially guiding the building behaviour of plugging nest entrances. However, workers only responded if the humidity content of the circulating air was low, trading therefore nest ventilation for humidity maintenance. N2 - Die vorliegende Arbeit untersucht, inwiefern das Bauverhalten von Blattschneiderameisen der Gattung Acromyrmex durch klimatische Variablen beeinflusst wird und dem Erhalt für die Ameisen geeigneter klimatischer Bedingungen dient. Betrachtet werden verschiedene Acromyrmex-Arten, die sich in ihrer Ökologie und ihren Nistgewohnheiten unterscheiden. Ziel ist es zu verstehen, in wie fern: i) Temperatur und Feuchtigkeit als Reize das Bauverhalten der Arbeiterinnen beeinflussen, ii) Unterschiede im Bauverhalten und die regionale Variation des Klimas über den südamerikanischen Kontinent die beobachteten, inter- und intraspezifischen Unterschiede zwischen den Nesttypen südamerikanischer Acromyrmex-Arten erklären, iii) unterschiedliche Nestarchitekturen für die Aufrechterhaltung für die Ameisen geeigneter klimatischer Bedingungen im Nest sorgen, iv) klimatische Variablen Verhaltensweisen auslösen, die der Kontrolle kurzfristiger Änderungen des Nestklimas dienen. Zunächst wird experimentell gezeigt, dass die Bodentemperatur ein Reiz ist, der das Bauverhalten von Ameisen beeinflusst. Es wurde beobachtet, dass Acromyrmex lundi-Arbeiterinnen sowohl auf Temperaturen als auch auf Temperaturänderungen reagieren, und, abhängig von diesen Variablen, über die Aufnahme oder den Abbruch des Grabeverhaltens entscheiden. Der Temperaturbereich im Boden, in dem die Arbeiterinnen zu Graben bevorzugen, also zwischen 20°C und maximal 30.6°C, entspricht dem Temperaturbereich, bei dem ein maximales Koloniewachstum erwartet werden sollte. Zudem legen die Ergebnisse nahe, dass die Orientierung des kollektiven Grabenverhaltens an der Bodentemperatur den Ameisen ermöglicht, Nestkammern in Bodenschichten zu etablieren die geeignete Temperaturbedingungen bieten. Es wird angenommen, dass die Nesttiefe bei Acromyrmex stark davon abhängt, wie tief im Boden geeignete Temperaturbedingungen anzutreffen sind. Je höher die Temperatur in den obersten Bodenschichten, desto tiefer das Nest, denn die Bodentemperatur sinkt mit zunehmender Tiefe. Literaturdaten zu den Nistgewohnheiten von 21 südamerikanischen Acromyrmex-Arten wurden verglichen. Hierbei bestätigte sich, dass über den südamerikanischen Kontinent mit zunehmender, mittlerer Bodentemperatur in einer Tiefe von 50 cm auch der Anteil der Arten zunimmt, die ausschließlich unterirdische Nester bauen im Verhältnis zu den Arten mit Oberflächennestern zunimmt. Temperaturabhängiges Graben würde die geographische Verteilung der Nistgewohnheiten von Acromyrmex in Südamerika erklären: Unterirdische Nester überwiegen in den nördlichen, tropischen Regionen und Oberflächennester in den gemäßigten Regionen im Süden. Zudem konnte gezeigt werden, dass Acromyrmex-Kolonien der gemäßigten Regionen tatsächlich ihre Nesttemperatur durch Anpassung der Nesttiefe an klimatische Bedingungen regulieren. Bei der Grassschneiderameise A. heyeri, bei der Kolonien mit unterirdischen Nestern und solche mit oberflächlichen Hügelnestern sympatrisch vorkommen, war die Temperatur in den Oberflächennestern höher, und für das Koloniewachstum günstiger, als in unterirdischen Nestern. Dieser Temperaturvorteil war im Frühling, der Zeit, in der die Geschlechtstierbrut herangezogen wird, größer als in Winter oder Sommer. Es wurde gezeigt, dass dieser Vorteil durch die niedrige Wärmeleitfähigkeit der Nesthügels bedingt ist. Tagsüber verhindert der Nesthügel zunächst die Überhitzung durch Sonneneinstrahlung, und minimiert dann während der Nacht den Wärmeverlust an die kalte Umgebungsluft. Dies führt zu hohen Durchschnittstemperaturen innerhalb solcher Nester. Neben dem Vorteil, den eine geringe Nesttiefe in diesem Fall für die Temperatur in der Nestkammer bietet, spielen auch weitere Aspekte eine Rolle. Kolonien mit oberflächlichen Nestern profitieren zwar von der vergleichsweise guten Nestventilation, setzen sich dabei aber einem Erhöhten Risiko aus, durch den Verlust von Feuchtigkeit an die Außenluft auszutrocknen. Bei zwei Acromyrmex-Arten zeigen die Ergebnisse das Auftreten regulatorischer Bauaktivität, die, ausgelöst und räumlich organisiert durch klimatische Variablen, einem unerwünschten Feuchtigkeitsverlust innerhalb des Nestes entgegenwirkt. Arbeiterinnen der hügelbauenden Grassschneiderameise A. heyeri verschlossen Öffnungen im Nesthügel als Antwort auf die Austrocknung der Aussenluft, und das selbst bei einer Nesttemperatur, auf die unter anderen Umständen mit der Öffnung derselben zur Reduzierung der Nesttemperatur reagiert worden wäre. Bei der Blattschneiderameise A. ambiguus, die unter bestimmten Bedingungen ihre Tunnel mit Pflanzenmaterial verschließt, wurde gezeigt, dass die Richtung der Luftbewegung in den Nestgängen das Verschließen der Eingänge räumlich beeinflusst. Dennoch reagierten Arbeiteinnen nur, wenn der Feuchtigkeitsgehalt der zirkulierenden Luft niedrig war, sie beschränkten somit die Nestventilation um die Feuchtigkeit aufrecht zu erhalten. KW - Verhaltensökologie KW - Bauverhalten KW - Nestklimas KW - Acromyrmex KW - Blattschneiderameisen KW - Building behaviour KW - nest climate KW - Acromyrmex KW - leaf-cutting ants Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-27610 ER - TY - THES A1 - Halboth, Florian T1 - Building behavior and nest climate control in leaf-cutting ants: How environmental cues affect the building responses of workers of \(Atta\) \(vollenweideri\) T1 - Bauverhalten und Kontrolle des Nestklimas bei Blattschneiderameisen: Wie Umweltreize die Bauaktivität von Arbeiterinnen der Art \(Atta\) \(vollenweideri\) beeinflussen N2 - The present work investigates the influence of environmental stimuli on the building behavior of workers of the leaf-cutting ant Atta vollenweideri. It focuses on cues related to the airflow-driven ventilation of their giant underground nests, i.e., air movements and their direction, carbon dioxide concentrations and humidity levels of the nest air. First, it is shown that workers are able to use airflow and its direction as learned orientation cue by performing learning experiments with individual foragers using a classical conditioning paradigm. This ability is expected to allow workers to also navigate inside the nest tunnels using the prevailing airflow directions for orientation, for example during tasks related to nest construction and climate control. Furthermore, the influence of carbon dioxide on the digging behavior of workers is investigated. While elevated CO2 levels hardly affect the digging rate of the ants, workers prefer to excavate at locations with lower concentrations and avoid higher CO2 levels when given a choice. Under natural conditions, shifting their digging activity to soil layers containing lower carbon dioxide levels might help colonies to excavate new or to broaden existing nest openings, if the CO2 concentration in the underground rises. It is also shown that workers preferably transport excavated soil along tunnels containing high CO2 concentrations, when carbon dioxide levels in the underground are elevated as well. In addition, workers prefer to carry soil pellets along outflow tunnels instead of inflow tunnels, at least for high humidity levels of the air. The material transported along tunnels providing outflow of CO2-rich air might be used by workers for the construction of ventilation turrets on top of the nest mound, which is expected to promote the wind-induced ventilation and the removal of carbon dioxide from the underground. The climatic conditions inside the nest tunnels also influence the structural features of the turrets constructed by workers on top the nest. While airflow and humidity have no effect on turret structure, outflow of CO2-rich air from the nest causes workers to construct turrets with additional openings and increased aperture, potentially enhancing the airflow-driven gas exchanges within the nest. Finally, the effect of airflow and ventilation turrets on the gas exchanges in Atta vollenweideri nests is tested experimentally on a physical model of a small nest consisting of a single chamber and two nest tunnels. The carbon dioxide clearance rate from the underground was measured depending on both the presence of airflow in the nest and the structural features of the built turrets. Carbon dioxide is removed faster from the physical nest model when air moves through the nest, confirming the contribution of wind-induced flow inside the nest tunnels to the ventilation of Atta vollenweideri nests. In addition, turrets placed on top of one of the tunnel openings of the nest further enhance the CO2 clearance rate and the effect is positively correlated with turret aperture. Taken together, climatic variables like airflow, carbon dioxide and humidity levels strongly affect the building responses of Atta vollenweideri leaf-cutting ants. Workers use these environmental stimuli as orientation cue in the nest during tasks related to excavation, soil transport and turret construction. Although the effects of these building responses on the microclimatic conditions inside the nest remain elusive so far, the described behaviors are expected to allow ant colonies to restore and maintain a proper nest climate in the underground. N2 - Die vorliegende Arbeit untersucht den Einfluss von Umweltreizen auf das Bauverhalten von Blattschneiderameisen der Art Atta vollenweideri. Dabei wird der Fokus auf Luftströmungen und deren Richtung, sowie CO2-Konzentration und Feuchtigkeitsgehalt der Luft gelegt, welche alle im Zusammenhang mit dem wind-induzierten Ventilationssystem der riesigen, unterirdischen Nester stehen. Zunächst wird experimentell mit Hilfe von klassischer Konditionierung gezeigt, dass Arbeiterinnen während des Furagierens lernen können, Luftströmungen sowie deren Richtung zur Orientierung zu nutzen. Diese Fähigkeit sollte Arbeiterinnen auch die Navigation im Nest anhand der auftretenden Strömungsrichtung der Luft, zum Beispiel während Tätigkeiten im Kontext des Nestbaus und der Klimakontrolle, ermöglichen. Weiterhin wird der Einfluss von Kohlenstoffdioxid auf das Grabeverhalten von Arbeiterinnen untersucht. Obwohl CO2 kaum die Grabe-Rate der Ameisen beeinflusst, graben Arbeiterinnen bevorzugt an Orten mit niedrigerer Konzentration und vermeiden höhere Konzentrationen, wenn möglich. Unter natürlichen Bedingungen könnte das Verlagern der Grabeaktivität in Bodenschichten mit niedrigerer CO2-Konzentration Kolonien dabei helfen, neue Nestöffnungen zu graben oder bestehende zu erweitern, wenn die CO2-Konzentration unter der Erde zunimmt. Zusätzlich wird gezeigt, dass Arbeiterinnen ausgegrabene Erde vornehmlich entlang Tunnel transportieren, die eine hohe CO2-Konzentration aufweisen, wenn die CO2-Konzentration im Untergrund ebenfalls erhöht ist. Zudem bevorzugen Arbeiterinnen den Transport von Erdmaterial entlang Ausstrom- anstatt Einstrom-Tunnel, zumindest für hohe Luftfeuchtigkeiten. Material, welches entlang Nesttunnel transportiert wird, aus denen CO2-haltige Luft ausströmt, könnte Arbeiterinnen zum Bau der Ventilationstürme an der Nestoberfläche dienen, was die wind-induzierte Belüftung der Nester verstärken und die Abfuhr von CO2 aus dem Nest fördern sollte. Die klimatischen Bedingungen in den Nesttunneln beeinflussen auch die strukturellen Eigenschaften der Ventilationstürme, die von Arbeiterinnen oberhalb des Nests errichtet werden. Während Luftströmungen und Luftfeuchtigkeit keinen Einfluss auf die Struktur der Türme haben, veranlasst das Ausströmen von CO2-haltiger Luft aus dem Nest Arbeiterinnen dazu, Türme zu bauen, die mehrere Öffnungen und eine vergrößerte Öffnungsfläche besitzen, was den strömungsinduzierten Gasaustausch im Nest begünstigen könnte. Abschließend werden die Auswirkungen von Luftströmungen und Ventilationstürmen auf den Gasaustausch in den Nestern der Blattschneiderameise Atta vollenweideri mit Hilfe eines physikalischen Modells eines kleinen Nests, bestehend aus einer einzelnen Nestkammer und zwei Nesttunneln, untersucht. Die Abfuhr-Rate von CO2 aus dem Untergrund wurde abhängig vom Vorhandensein von Luftströmungen und den strukturellen Eigenschaften der errichteten Ventilationstürme gemessen. CO2 wird schneller aus dem physikalischen Modell entfernt, wenn Luft durch das Nest strömt, was den Beitrag von Luftbewegungen in den Tunneln zur Ventilation der Nester von Atta vollenweideri bestätigt. Ventilationstürme an einer der Nestöffnungen platziert, verstärken zusätzlich die Abfuhr-Rate von CO2 aus dem Nest und dieser Effekt nimmt mit zunehmender Öffnungsfläche der Türme zu. Zusammengefasst beeinflussen Klimavariablen wie Luftströmungen, Kohlenstoffdioxid und Luftfeuchtigkeit stark das Bauverhalten von Blattschneiderameisen der Art Atta vollenweideri. Arbeiterinnen nutzen diese Umweltreize zur Orientierung im Nest während Tätigkeiten, die im Zusammenhang mit Grabeverhalten, dem Transport von Erdmaterial und dem Bau von Ventilationstürmen stehen. Obwohl die Auswirkungen dieser Bauantworten auf die mikroklimatischen Bedingungen im Nest zunächst noch unklar sind, wird angenommen, dass die beschriebenen Verhaltensweisen es Kolonien erlauben, ein geeignetes Nestklima wiederherzustellen und aufrechtzuerhalten. KW - Verhalten KW - Ameisen KW - Nestbau KW - Klima KW - Kohlendioxid KW - building behavior KW - leaf-cutting ants KW - nest climate KW - climate control KW - carbon dioxide KW - airflow KW - Atta vollenweideri Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-161701 ER - TY - JOUR A1 - Paul, Mila M. A1 - Pauli, Martin A1 - Ehmann, Nadine A1 - Hallermann, Stefan A1 - Sauer, Markus A1 - Kittel, Robert J. A1 - Heckmann, Manfred T1 - Bruchpilot and Synaptotagmin collaborate to drive rapid glutamate release and active zone differentiation JF - Frontiers in Cellular Neuroscience N2 - The active zone (AZ) protein Bruchpilot (Brp) is essential for rapid glutamate release at Drosophila melanogaster neuromuscular junctions (NMJs). Quantal time course and measurements of action potential-waveform suggest that presynaptic fusion mechanisms are altered in brp null mutants (brp\(^{69}\)). This could account for their increased evoked excitatory postsynaptic current (EPSC) delay and rise time (by about 1 ms). To test the mechanism of release protraction at brp\(^{69}\) AZs, we performed knock-down of Synaptotagmin-1 (Syt) via RNAi (syt\(^{KD}\)) in wildtype (wt), brp\(^{69}\) and rab3 null mutants (rab3\(^{rup}\)), where Brp is concentrated at a small number of AZs. At wt and rab3\(^{rup}\) synapses, syt\(^{KD}\) lowered EPSC amplitude while increasing rise time and delay, consistent with the role of Syt as a release sensor. In contrast, syt\(^{KD}\) did not alter EPSC amplitude at brp\(^{69}\) synapses, but shortened delay and rise time. In fact, following syt\(^{KD}\), these kinetic properties were strikingly similar in wt and brp\(^{69}\), which supports the notion that Syt protracts release at brp\(^{69}\) synapses. To gain insight into this surprising role of Syt at brp\(^{69}\) AZs, we analyzed the structural and functional differentiation of synaptic boutons at the NMJ. At tonic type Ib motor neurons, distal boutons contain more AZs, more Brp proteins per AZ and show elevated and accelerated glutamate release compared to proximal boutons. The functional differentiation between proximal and distal boutons is Brp-dependent and reduced after syt\(^{KD}\). Notably, syt\(^{KD}\) boutons are smaller, contain fewer Brp positive AZs and these are of similar number in proximal and distal boutons. In addition, super-resolution imaging via dSTORM revealed that syt\(^{KD}\) increases the number and alters the spatial distribution of Brp molecules at AZs, while the gradient of Brp proteins per AZ is diminished. In summary, these data demonstrate that normal structural and functional differentiation of Drosophila AZs requires concerted action of Brp and Syt. KW - neuromuscular junction KW - Bruchpilot KW - synaptic delay KW - dSTORM KW - synaptotagmin KW - presynaptic differentiation KW - neurotransmitter release KW - active zone KW - synaptic transmission KW - fluorescent probes Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-148988 VL - 9 IS - 29 ER - TY - CHAP A1 - Mahsberg, Dieter T1 - Brood care and family cohesion in the tropical scorpion Pandinus imperator (Koch) (Scorpiones: Scorpionidae) N2 - Pandinus imperator is a forest dweller of tropical West Africa. In the field, lobserved aggregations of up to 15 individuals. In the laboratory, mixed age groups of related and also unrelated animals lived jointly in terraria rarely showing within-group aggression or cannibalism. Brood-caring behavior of the mother influenced growth rate and survival probability of the young. With birth, mothers became very aggressive. To study family cohesion in Pandinus, experiments with family groups were conducted. Siblings aggregated around their mother. In choice experiments with two family groups, mothers were placed in enclosures that only the young were able to enter or to leave. Second instars significantly preferred the enclosure containing their own mother. Aggression among unrelated young of the same age was not observed. Feeding experiments studied the possible advantages of long-Iasting group living with regard to enhanced success in prey capture and its effect on growth of the young. Even groups of second instars were unable to subdue large prey on their own. Sibling groups with their mother removed suffered high mortality due to starvation and cannibalism compared to groups with mothers present. Here, young grew significantly faster: they shared the prey that only the mother was able to kill and dismember. Pandinus imperator has to be considered an intermediate subsocial scorpion. KW - Skorpion Y1 - 1990 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-45776 ER - TY - THES A1 - Müllner, Antje T1 - Breeding ecology and related life-history traits of the hoatzin, Opisthocomus hoazin, in a primary rainforest habitat T1 - Brutökologie und Lebensgeschichte des Hoatzins (Opisthocomus hoazin) in einem primären Regenwaldhabitat N2 - The hoatzin (Opisthocomus hoazin) is an enigmatic bird that lives in the riparian lowlands of northern South America. Among its peculiar attributes are 1) microbial foregut fermentation, unique in birds, to convert plant cellulose in the foliage which it consumes into simple sugars, 2) an ongoing debate about the puzzling taxonomic position, although a relationship to the Cuculiformes appears likely, 3) adaptive wing claws in the young which are used for climbing, and 4) co-operative breeding behaviour. Despite the information available on digestive mode and taxonomy little has been published on its breeding biology and behaviour and until now almost all knowledge was based on a study in the savannah of Venezuela. This is the first detailed study of the hoatzin’s nesting ecology in a rainforest habitat. From 1995-1998 and in 2000 I monitored a hoatzin population which consisted of approximately 700 individuals in an Amazonian rainforest in Ecuador situated in the Cuyabeno Wildlife Reserve (between 0°02’ N, 76°0’ W, 0°03’ S, and 76°14’ W). The area is composed of various black water lagoons and small rivers, flooded forests and terra firme forest. Primarily, I examined group composition and breeding pattern and success related to traits such as clutch and egg size, offspring sex ratio and the number of parents involved in a common breeding attempt. Apart from standardised observations and monitoring I took blood samples from chicks, which were later used for molecular sexing and for DNA fingerprints. Food plants were collected and determined and a rough habitat mapping was conducted. Since the impacts of boat tourism in the area became apparent I investigated the interactions of adult and young hoatzins with tourists and measured the plasma concentration of the hormone corticosterone in chicks as an indicator of stress. Each chapter has its own introduction to the specific topic and can be read independently. The main findings of this study are: The reproduction of the hoatzin was timed strictly following the bimodal rainy pattern in the area. There was only one breeding attempt per year. Only 18% of breeding attempts ended successfully with at least one fledgling. Incubation started with the first egg laid and led to hatching asynchrony. In most cases only the A-chick survived and there is evidence for a brood reduction strategy. I observed egg size variation patterns both within the clutches and between the clutches. Approximately 80% of breeding attempts were carried out with auxiliaries. Units with alloparentals had a higher breeding success than single pairs. The results indicate a trade-off between helping and group size. DNA band-sharing comparisons revealed the existence of joint-nests, where several females laid their eggs in one single nest. The clutches of these joint-nests suffered severe egg loss during all stages of incubation. Breeding success did not differ between single- and joint-nests. The primary offspring sex ratio was biased towards daughters. There was no differential mortality between the sexes until fledging. Individual breeding units employed an adaptive production of offspring of each sex according to their current group size. Rainforest tourism negatively influenced the survival and growth of young, not yet fledged hoatzins. In addition tourist-exposed young showed a stronger hormonal stress response than their conspecifics from undisturbed sites. In contrast, breeding adults appear to have habituated to tourist boats and exposure to observers. N2 - Der Hoatzin (Opisthocomus hoazin), im Deutschen auch Zigeunerhuhn genannt, ist ein ungewöhnlicher Vogel, der an den Ufern von Flüssen und Seen im Tiefland von Südamerika lebt. Zu seinen besonderen Eigenschaften gehören 1) seine für Vögel einmalige Vormagen-Verdauung, die sonst nur bei Wiederkäuern vorkommt, und die mit Hilfe von Mikroben die Zellulose aus seiner Pflanzennahrung in einfache Zucker abbaut, 2) seine noch immer unklare, heftig diskutierte Stellung in der Vogelsystematik, obwohl eine Beziehung zu den Kuckucken wahrscheinlich ist, 3) Flügelkrallen zum Klettern bei den Jungtieren und 4) sein kooperatives Brutverhalten mit „Helfern-am-Nest“. Während über sein spezielles Verdauungssystem und seine rätselhaften Verwandtschaftsbeziehungen mehrere und zum Teil ausführliche Arbeiten vorliegen, war bisher nur sehr wenig über seine Brutbiologie und sein soziales Verhalten bekannt. Das gesamte Wissen darüber beruhte fast ausschließlich auf einer einzigen Studie aus der Feuchtsavanne von Venezuela. Diese Arbeit stellt die erste detaillierte Studie über die Brutökologie des Hoatzins in einem Regenwald-Habitat dar. Von 1995-1998 und im Jahr 2000 untersuchte ich eine Population mit ca. 700 Hoatzin-Individuen im Cuyabeno Reservat im amazonischen Regenwald Ecuadors (0°02’ N, 76°0’ W, 0°03’ S, 76°14’ W). Das Gebiet besteht aus verschiedenen Schwarzwasserseen und kleinen Flüssen, großen Überschwemmungszonen und terra firme-Wald. Kern meiner Arbeiten war die Bestimmung von Gruppenzusammensetzung und Bruterfolg im Zusammenhang mit dem Brutaufwand. Besonders behandelt wurden dabei die Themen kooperatives Brüten, Variation von Gelege- und Eigrößen, Schlupfasynchronie und Brut-Reduktions-Hypothesen. Neben standardisierten Nestkontrollen und Beobachtungen nahm ich Blutproben von Küken, die später für eine molekulare Geschlechtsbestimmung und für DNS-Fingerabdrücke verwendet wurden. Ich sammelte und bestimmte Futterpflanzen der Hoatzins und kartierte das Habitat. Da in Teilen des Gebietes Bootstourismus stattfand und es Hinweise auf dessen negative Einflüsse gab, untersuchte ich zusätzlich die Interaktionen zwischen Touristen und Hoatzins. Hierzu beobachtete ich Fluchtreaktionen und führte an Jungtieren Messungen der Plasmakonzentration des Stresshormons Corticosteron durch. Alle Kapitel der Arbeit haben ihre eigene Einleitung und Diskussion und können unabhängig voneinander gelesen werden. Meine wesentlichen Ergebnisse sind: Die Fortpflanzung war zeitlich strikt an das bimodale Muster der jährlichen Regenfälle gebunden. Es gab in der Regel nur einen Brutversuch pro Jahr. Nur knapp ein Fünftel aller Brutversuche endete mit einem flüggen Jungtier. Die Inkubation des Geleges begann mit dem ersten Ei und es gab eine deutliche Schlupfasynchronie. A-Küken hatten die höchsten Überlebenschancen und es gibt Hinweise auf eine Brutreduktionsstrategie. Die Eigrößen variierten auffällig zwischen und innerhalb von Gelegen. Gut Dreiviertel der Bruteinheiten brüteten in Gruppen. Gruppen hatten einen höheren Bruterfolg als einzelne Paare. Die Ergebnisse weisen auf eine Abwägung zwischen mehr Helfern und zuviel Gruppenmitgliedern hin. Anhand von DNS-Fingerabdrücken konnte ich zweifelsfrei die Existenz von Gemeinschaftsgelegen nachweisen, bei denen mehrere Weibchen ihre Eier in ein Nest legen. In diesen Gemeinschaftsnestern gab es auffällige Verluste an Eiern in allen Stadien des Brütens. Gemeinschaftsgelege hatten keinen höheren Bruterfolg als Gelege von nur einem Brutpaar. Das primäre Geschlechterverhältnis der Nachkommen war zugunsten von Töchtern verschoben. Es gab keine Unterschiede in der Sterblichkeit zwischen den Geschlechtern bis zum Flüggewerden. Individuelle Bruteinheiten zeigten eine angepasste Produktion des Nachkommensgeschlechts in Abhängigkeit von der Gruppengröße. Regenwald-Tourismus beeinflusste das Überleben und Wachstum von jungen, noch nicht flüggen Hoatzins negativ. Tourismus-exponierte Jungtiere zeigten auch eine stärkere hormonelle Stressantwort als Tiere aus touristenfreien Zonen. Brütende Adulte scheinen sich dagegen an den Tourismus gewöhnt zu haben. KW - Hoatzins KW - Brutbiologie KW - Brutaufwand KW - Soziale Organisation KW - Geschlechterverhältnis KW - Ökotourismis KW - Stress KW - Breeding effort KW - social organisation KW - sex ratio KW - eco-tourism KW - stress Y1 - 2004 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-13239 ER - TY - JOUR A1 - Götz, Rudolf A1 - Raulf, Friedrich A1 - Schartl, Manfrad T1 - Brain-derived neurotrophic factor is more highly conserved in structure and function than nerve growth factor during vertebrate evolution N2 - Mammalian nerve growth factor (NGF) and brain-derived neurotrophic factor (BDNF) are members of a protein family with perfectly conserved domains arranged around the cysteine residues thought to stabilize an invariant three-dimensional scaffold in addition to distinct sequence motifs that convey different neuronal functions. To study their structural and functional conservation during evolution, we have compared NGF and BDNF from a lower vertebrate, the teleost fi.sh Xiphophorus, with the mammalian homlogues. Genomic clones encoding fish NGF and BDNF were isolated by cross-hybridization using probes from the cloned mammalian factors. Fish NGF and BDNF were expressed by means of recombinant vaccinia viruses, purified, and their neuronal survival specificities for different classes of neurons were found to mirror those of the mammalian factors. The half-maximal survival concentration for chick sensory neurons was 60 pg/ml for both fish and mammalian purifi.ed recombinant BDNF. However, the activity ofrecombinant fish NGF on both chick sensory and sympathetic neurons was 6 ng,lml, 75-fold lower than that of mouse NGF. The different functional conservation of NGF and BDNF is also reflected in their structures. The DNA-deduced amino acid sequences of processed mature fish NGF and BDNF showed, compared to mouse, 63% and 90% identity, respectively, indicating that NGF bad reached an optimized structure later than BDNF. The retrograde extrapolation of these data indicates that NGF and BDNF evolved at strikingly different rates ftom a common ancestral gene about 600 million years ago. By RNA gel blot anaJysis NGF mRNA was detected during late embryonie development; BDNF was present in adult brain. KW - Physiologische Chemie KW - Brain-derived neurotrophic factor KW - Nerve growth factor KW - Fish KW - Recombinant protein expression KW - Neuronal survival Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-61703 ER - TY - JOUR A1 - Müller, Sophie A1 - Köhler, Franziska A1 - Hendricks, Anne A1 - Kastner, Carolin A1 - Börner, Kevin A1 - Diers, Johannes A1 - Lock, Johan F. A1 - Petritsch, Bernhard A1 - Germer, Christoph-Thomas A1 - Wiegering, Armin T1 - Brain metastases from colorectal cancer: a systematic review of the literature and meta-analysis to establish a guideline for daily treatment JF - Cancers N2 - Colorectal cancer (CRC) is the third most common malignancy worldwide. Most patients with metastatic CRC develop liver or lung metastases, while a minority suffer from brain metastases. There is little information available regarding the presentation, treatment, and overall survival of brain metastases (BM) from CRC. This systematic review and meta-analysis includes data collected from three major databases (PubMed, Cochrane, and Embase) based on the key words “brain”, “metastas*”, “tumor”, “colorectal”, “cancer”, and “malignancy”. In total, 1318 articles were identified in the search and 86 studies matched the inclusion criteria. The incidence of BM varied between 0.1% and 11.5%. Most patients developed metastases at other sites prior to developing BM. Lung metastases and KRAS mutations were described as risk factors for additional BM. Patients with BM suffered from various symptoms, but up to 96.8% of BM patients were asymptomatic at the time of BM diagnosis. Median survival time ranged from 2 to 9.6 months, and overall survival (OS) increased up to 41.1 months in patients on a multimodal therapy regimen. Several factors including age, blood levels of carcinoembryonic antigen (CEA), multiple metastases sites, number of brain lesions, and presence of the KRAS mutation were predictors of OS. For BM diagnosis, MRI was considered to be state of the art. Treatment consisted of a combination of surgery, radiation, or systemic treatment. KW - brain metastases KW - cerebral metastases KW - BM KW - colorectal cancer KW - CRC KW - systematic review KW - meta-analysis Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-228883 SN - 2072-6694 VL - 13 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Grimm, Johannes A1 - Hufnagel, Anita A1 - Wobser, Marion A1 - Borst, Andreas A1 - Haferkamp, Sebastian A1 - Houben, Roland A1 - Meierjohann, Svenja T1 - BRAF inhibition causes resilience of melanoma cell lines by inducing the secretion of FGF1 JF - Oncogenesis N2 - Approximately half of all melanoma patients harbour activating mutations in the serine/threonine kinase BRAF. This is the basis for one of the main treatment strategies for this tumor type, the targeted therapy with BRAF and MEK inhibitors. While the initial responsiveness to these drugs is high, resistance develops after several months, frequently at sites of the previously responding tumor. This indicates that tumor response is incomplete and that a certain tumor fraction survives even in drug-sensitive patients, e.g., in a therapy-induced senescence-like state. Here, we show in several melanoma cell lines that BRAF inhibition induces a secretome with stimulating effect on fibroblasts and naive melanoma cells. Several senescence-associated factors were found to be transcribed and secreted in response to BRAF or MEK inhibition, among them members of the fibroblast growth factor family. We identified the growth factor FGF1 as mediator of resilience towards BRAF inhibition, which limits the pro-apoptotic effects of the drug and activates fibroblasts to secrete HGF. FGF1 regulation was mediated by the PI3K pathway and by FRA1, a direct target gene of the MAPK pathway. When FGFR inhibitors were applied in parallel to BRAF inhibitors, resilience was broken, thus providing a rationale for combined therapeutical application. KW - melanoma KW - senescence KW - BRAF KW - tumor Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-177261 VL - 7 IS - 71 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich T1 - Boveri's research at the Zoological Station Naples: Rediscovery of his original microscope slides at the University of Würzburg JF - Marine Genomics N2 - Eric Davidson once wrote about Theodor Boveri: "From his own researches, and perhaps most important, his generalized interpretations, derive the paradigms that underlie modern inquiries into the genomic basis of embryogenesis" (Davidson, 1985). As luck would have it, the "primary data" of Boveri's experimental work, namely the microscope slides prepared by him and his wife Marcella during several stays at the Zoological Station in Naples (1901/02, 1911/12 and 1914), have survived at the University of Wurzburg. More than 600 slides exist and despite their age they are in a surprisingly good condition. The slides are labelled and dated in Boveri's handwriting and thus can be assigned to his published experimental work on sea urchin development. The results allowed Boveri to unravel the role of the cell nucleus and its chromosomes in development and inheritance. Here, I present an overview of the slides in the context of Boveri's work along with photographic images of selected specimens taken from the original slides. It is planned to examine the slides in more detail, take high-resolution focal image series of significant specimens and make them online available. KW - Sea urchin development KW - Polyspermy KW - Multipolar mitosis KW - Aneuploidy KW - Merogone experiments KW - Science history Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-228453 VL - 40 ER - TY - JOUR A1 - Ondrusch, Nicolai A1 - Kreft, Jürgen T1 - Blue and Red Light Modulates SigB-Dependent Gene Transcription, Swimming Motility and Invasiveness in Listeria monocytogenes N2 - Background: In a number of gram-positive bacteria, including Listeria, the general stress response is regulated by the alternative sigma factor B (SigB). Common stressors which lead to the activation of SigB and the SigB-dependent regulon are high osmolarity, acid and several more. Recently is has been shown that also blue and red light activates SigB in Bacillus subtilis. Methodology/Principal Findings: By qRT-PCR we analyzed the transcriptional response of the pathogen L. monocytogenes to blue and red light in wild type bacteria and in isogenic deletion mutants for the putative blue-light receptor Lmo0799 and the stress sigma factor SigB. It was found that both blue (455 nm) and red (625 nm) light induced the transcription of sigB and SigB-dependent genes, this induction was completely abolished in the SigB mutant. The blue-light effect was largely dependent on Lmo0799, proving that this protein is a genuine blue-light receptor. The deletion of lmo0799 enhanced the red-light effect, the underlying mechanism as well as that of SigB activation by red light remains unknown. Blue light led to an increased transcription of the internalin A/B genes and of bacterial invasiveness for Caco-2 enterocytes. Exposure to blue light also strongly inhibited swimming motility of the bacteria in a Lmo0799- and SigB-dependent manner, red light had no effect there. Conclusions/Significance: Our data established that visible, in particular blue light is an important environmental signal with an impact on gene expression and physiology of the non-phototrophic bacterium L. monocytogenes. In natural environments these effects will result in sometimes random but potentially also cyclic fluctuations of gene activity, depending on the light conditions prevailing in the respective habitat. KW - Listeria monocytogenes Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-75451 ER - TY - JOUR A1 - Ondrusch, Nicolai A1 - Kreft, Jürgen T1 - Blue and Red Light Modulates SigB-Dependent Gene Transcription, Swimming Motility and Invasiveness in \(Listeria\) \(monocytogenes\) JF - PLoS ONE N2 - Background: In a number of gram-positive bacteria, including Listeria, the general stress response is regulated by the alternative sigma factor B (SigB). Common stressors which lead to the activation of SigB and the SigB-dependent regulon are high osmolarity, acid and several more. Recently is has been shown that also blue and red light activates SigB in Bacillus subtilis. Methodology/Principal Findings: By qRT-PCR we analyzed the transcriptional response of the pathogen L. monocytogenes to blue and red light in wild type bacteria and in isogenic deletion mutants for the putative blue-light receptor Lmo0799 and the stress sigma factor SigB. It was found that both blue (455 nm) and red (625 nm) light induced the transcription of sigB and SigB-dependent genes, this induction was completely abolished in the SigB mutant. The blue-light effect was largely dependent on Lmo0799, proving that this protein is a genuine blue-light receptor. The deletion of lmo0799 enhanced the red-light effect, the underlying mechanism as well as that of SigB activation by red light remains unknown. Blue light led to an increased transcription of the internalin A/B genes and of bacterial invasiveness for Caco-2 enterocytes. Exposure to blue light also strongly inhibited swimming motility of the bacteria in a Lmo0799- and SigB-dependent manner, red light had no effect there. Conclusions/Significance: Our data established that visible, in particular blue light is an important environmental signal with an impact on gene expression and physiology of the non-phototrophic bacterium L. monocytogenes. In natural environments these effects will result in sometimes random but potentially also cyclic fluctuations of gene activity, depending on the light conditions prevailing in the respective habitat. KW - Gram-positive bacteria KW - Sigma(B)-dependent stress-response KW - Non-phototrophic bacteria KW - Prfa-mediated virulence KW - NTP-binding-properties KW - Bacillus-subtilis KW - Receptor ytva KW - Lov domain KW - Factor sigma(B) Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-134050 VL - 6 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Kuhlemann, Alexander T1 - Bioorthogonal labeling of neuronal proteins using super-resolution fluorescence microscopy T1 - Bioorthogonale Markierung von neuronalen Proteinen mittels hochauflösender Fluoreszenzmikroskopie N2 - The synaptic cleft is of central importance for synaptic transmission, neuronal plasticity and memory and thus well studied in neurobiology. To target proteins of interest with high specificity and strong signal to noise conventional immunohistochemistry relies on the use of fluorescently labeled antibodies. However, investigations on synaptic receptors remain challenging due to the defined size of the synaptic cleft of ~20 nm between opposing pre- and postsynaptic membranes. At this limited space, antibodies bear unwanted side effects such as crosslinking, accessibility issues and a considerable linkage error between fluorophore and target of ~10 nm. With recent single molecule localization microscopy (SMLM) methods enabling localization precisions of a few nanometers, the demand for labeling approaches with minimal linkage error and reliable recognition of the target molecules rises. Within the scope of this work, different labeling techniques for super-resolution fluorescence microscopy were utilized allowing site-specific labeling of a single amino acid in synaptic proteins like kainate receptors (KARs), transmembrane α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid receptor regulatory proteins (TARPs), γ-aminobutyric acid type A receptors (GABA-ARs) and neuroligin 2 (NL2). The method exploits the incorporation of unnatural amino acids (uAAs) in the protein of interest using genetic code expansion (GCE) via amber suppression technology and subsequent labeling with tetrazine functionalized fluorophores. Implementing this technique, hard-to-target proteins such as KARs, TARPs and GABA-ARs could be labeled successfully, which could only be imaged insufficiently with conventional labeling approaches. Furthermore, functional studies involving electrophysiological characterization, as well as FRAP and FRET experiments validated that incorporation of uAAs maintains the native character of the targeted proteins. Next, the method was transferred into primary hippocampal neurons and in combination with super-resolution microscopy it was possible to resolve the nanoscale organization of γ2 and γ8 TARPs. Cluster analysis of dSTORM localization data verified synaptic accumulation of γ2, while γ8 was homogenously distributed along the neuron. Additionally, GCE and bioorthogonal labeling allowed visualization of clickable GABA-A receptors located at postsynaptic compartments in dissociated hippocampal neurons. Moreover, saturation experiments and FRET imaging of clickable multimeric receptors revealed successful binding of multiple tetrazine functionalized fluorophores to uAA-modified dimeric GABA-AR α2 subunits in close proximity (~5 nm). Further utilization of tetrazine-dyes via super-resolution microscopy methods such as dSTORM and click-ExM will provide insights to subunit arrangement in receptors in the future. This work investigated the nanoscale organization of synaptic proteins with minimal linkage error enabling new insights into receptor assembly, trafficking and recycling, as well as protein-protein interactions at synapses. Ultimately, bioorthogonal labeling can help to understand pathologies such as the limbic encephalitis associated with GABA-AR autoantibodies and is already in application for cancer therapies. N2 - Der synaptische Spalt ist von zentraler Bedeutung für die synaptische Reizweiterleitung, neuronale Plastizität und Gedächtnis und dadurch neurobiologisch sehr gut charakterisiert. Um Zielproteine mit hoher Spezifität und einem guten Signal-zu-Rauschen Verhältnis zu adressieren, wird konventionell auf Immunhistochemie mittels Fluoreszenzfarbstoff-markierter Antikörper zurückgegriffen. Untersuchungen synaptischer Rezeptoren bleiben dabei jedoch aufgrund der limitierten Zugänglichkeit des synaptischen Spalts mit einem Abstand von ~20 nm zwischen gegenüberliegenden pre- und postsynaptischen Membranen herausfordernd. Speziell in einem räumlich begrenzten Umfeld können bei der Verwendung von Antikörpern unerwünschte Artefakte auftreten, die durch Kreuzverlinkung, eine verminderte Zugänglichkeit und einen erheblichen Markierungsabstand zwischen Fluorophor und Probe von ~10 nm entstehen. Aktuelle Verfahren der Einzelmolekül-Lokalisations-Mikroskopie (SMLM), die eine Lokalisationsgenauigkeit von wenigen Nanometern ermöglichen, erhöhen die Nachfrage an Markierungsstrategien mit minimalem Markierungsabstand und zuverlässiger Erkennung der Zielstruktur. Im Rahmen dieser Arbeit wurden daher verschiedene Markierungsmethoden für die hochauflösende Fluoreszenz-Mikroskopie erprobt. Dies ermöglichte die ortsspezifische Markierung einer einzigen Aminosäure in synaptischen Proteinen wie Kainat-Rezeptoren (KARs), Transmembran-α-Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazol-Propionsäure-Rezeptor regulierenden Proteinen (TARPs), γ-Aminobuttersäure-Typ-A-Rezeptoren (GABA-ARs) oder Neuroligin 2 (NL2). Die angewandte Methodik nutzt den Einbau von unnatürlichen Aminosäuren (uAAs) in das Zielprotein mittels Erweiterung des genetischen Codes (GCE) durch Unterdrückung des Amber-Stop-Codons. Durch Anwendung dieser Strategie gelang es, schwer adressierbare Proteine wie KARs, TARPs und GABA-ARs, welche zuvor mittels konventioneller Markierungsversuche nur unzureichend abgebildet werden konnten, erfolgreich zu markieren. Funktionelle Studien wie elektrophysiologische Charakterisierungen, aber auch FRAP und FRET Experimente zeigten, dass dabei der native Zustand der Zielproteine auch nach dem Einbau von uAAs erhalten bleibt. Schließlich wurde die Methode in primäre hippocampale Neuronen überführt und in Kombination mit hochauflösender Mikroskopie konnte die Organisation von γ2 und γ8 TARPs im Nanobereich aufgelöst werden. Eine Cluster-Analyse von dSTORM Lokalisationsdaten bestätigte die Anreicherung von γ2 in Synapsen, während γ8 homogen entlang des Neurons verteilt vorliegt. Die Erweiterung des genetischen Codes in Kombination mit bioorthogonaler Markierung erlaubte zusätzlich die Visualisierung von clickbaren GABA-A Rezeptoren in Postsynapsen von dissoziierten hippocampalen Neuronen. Außerdem zeigten Saturierungs-Experimente und FRET-Bildgebung die erfolgreiche Bindung von mehreren Tetrazin-gekoppelten Fluorophoren an uAA-modifizierten, dimerischen GABA-AR α2-Untereinheiten in geringem Abstand (~5 nm). Auf der Basis dieser Resultate werden zukünftig hochauflösende mikroskopische Verfahren, wie dSTORM und click-ExM, in Kombination mit Tetrazin-Farbstoffen die Visualisierung von multimerischen Rezeptoren ermöglichen. Im Rahmen dieser Arbeit konnte die Organisation von synaptischen Proteinen mit minimalem Markierungsabstand im Nanobereich untersucht werden und dadurch neue Einsichten in Rezeptor-Zusammenbau, -Bewegungen und -Wiederverwertung, aber auch Protein-Protein Interaktionen in Synapsen gewonnen werden. Die Weiterentwicklung bioorthogonaler Markierungsstrategien kann in Zukunft dazu beitragen Krankheiten, wie die Limbische Enzephalitis, welche mit GABA-AR Autoantikörpern in Verbindung steht, besser zu verstehen und findet zudem bereits heute Anwendung in Krebstherapien. KW - microscopy KW - bioorthogonal labeling KW - super-resolution fluorescence microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-243731 ER - TY - JOUR A1 - Heydarian, Motaharehsadat A1 - Yang, Tao A1 - Schweinlin, Matthias A1 - Steinke, Maria A1 - Walles, Heike A1 - Rudel, Thomas A1 - Kozjak-Pavlovic, Vera T1 - Biomimetic human tissue model for long-term study of Neisseria gonorrhoeae infection JF - Frontiers in Microbiology N2 - Gonorrhea is the second most common sexually transmitted infection in the world and is caused by Gram-negative diplococcus Neisseria gonorrhoeae. Since N. gonorrhoeae is a human-specific pathogen, animal infection models are only of limited use. Therefore, a suitable in vitro cell culture model for studying the complete infection including adhesion, transmigration and transport to deeper tissue layers is required. In the present study, we generated three independent 3D tissue models based on porcine small intestinal submucosa (SIS) scaffold by co-culturing human dermal fibroblasts with human colorectal carcinoma, endometrial epithelial, and male uroepithelial cells. Functional analyses such as transepithelial electrical resistance (TEER) and FITC-dextran assay indicated the high barrier integrity of the created monolayer. The histological, immunohistochemical, and ultra-structural analyses showed that the 3D SIS scaffold-based models closely mimic the main characteristics of the site of gonococcal infection in human host including the epithelial monolayer, the underlying connective tissue, mucus production, tight junction, and microvilli formation. We infected the established 3D tissue models with different N. gonorrhoeae strains and derivatives presenting various phenotypes regarding adhesion and invasion. The results indicated that the disruption of tight junctions and increase in interleukin production in response to the infection is strain and cell type-dependent. In addition, the models supported bacterial survival and proved to be better suitable for studying infection over the course of several days in comparison to commonly used Transwell® models. This was primarily due to increased resilience of the SIS scaffold models to infection in terms of changes in permeability, cell destruction and bacterial transmigration. In summary, the SIS scaffold-based 3D tissue models of human mucosal tissues represent promising tools for investigating N. gonorrhoeae infections under close-to-natural conditions. KW - 3D tissue model KW - small intestinal submucosa scaffold KW - co-culture KW - infection KW - Neisseria gonorrhoeae Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-197912 SN - 1664-302X VL - 10 IS - 1740 ER - TY - JOUR A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Biologische Vielfalt und ökologische Stabilität N2 - No abstract available Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-31157 ER - TY - INPR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Biological heuristics applied to cosmology suggests a condensation nucleus as start of our universe and inflation cosmology replaced by a period of rapid Weiss domain-like crystal growth N2 - Cosmology often uses intricate formulas and mathematics to derive new theories and concepts. We do something different in this paper: We look at biological processes and derive from these heuristics so that the revised cosmology agrees with astronomical observations but does also agree with standard biological observations. We show that we then have to replace any type of singularity at the start of the universe by a condensation nucleus and that the very early period of the universe usually assumed to be inflation has to be replaced by a period of rapid crystal growth as in Weiss magnetization domains. Impressively, these minor modifications agree well with astronomical observations including removing the strong inflation perturbations which were never observed in the recent BICEP2 experiments. Furthermore, looking at biological principles suggests that such a new theory with a condensation nucleus at start and a first rapid phase of magnetization-like growth of the ordered, physical laws obeying lattice we live in is in fact the only convincing theory of the early phases of our universe that also is compatible with current observations. We show in detail in the following that such a process of crystal creation, breaking of new crystal seeds and ultimate evaporation of the present crystal readily leads over several generations to an evolution and selection of better, more stable and more self-organizing crystals. Moreover, this explains the “fine-tuning” question why our universe is fine-tuned to favor life: Our Universe is so self-organizing to have enough offspring and the detailed physics involved is at the same time highly favorable for all self-organizing processes including life. This biological theory contrasts with current standard inflation cosmologies. The latter do not perform well in explaining any phenomena of sophisticated structure creation or self-organization. As proteins can only thermodynamically fold by increasing the entropy in the solution around them we suggest for cosmology a condensation nucleus for a universe can form only in a “chaotic ocean” of string-soup or quantum foam if the entropy outside of the nucleus rapidly increases. We derive an interaction potential for 1 to n-dimensional strings or quantum-foams and show that they allow only 1D, 2D, 4D or octonion interactions. The latter is the richest structure and agrees to the E8 symmetry fundamental to particle physics and also compatible with the ten dimensional string theory E8 which is part of the M-theory. Interestingly, any other interactions of other dimensionality can be ruled out using Hurwitz compositional theorem. Crystallization explains also extremely well why we have only one macroscopic reality and where the worldlines of alternative trajectories exist: They are in other planes of the crystal and for energy reasons they crystallize mostly at the same time, yielding a beautiful and stable crystal. This explains decoherence and allows to determine the size of Planck´s quantum h (very small as separation of crystal layers by energy is extremely strong). Ultimate dissolution of real crystals suggests an explanation for dark energy agreeing with estimates for the “big rip”. The halo distribution of dark matter favoring galaxy formation is readily explained by a crystal seed starting with unit cells made of normal and dark matter. That we have only matter and not antimatter can be explained as there may be right handed mattercrystals and left-handed antimatter crystals. Similarly, real crystals are never perfect and we argue that exactly such irregularities allow formation of galaxies, clusters and superclusters. Finally, heuristics from genetics suggest to look for a systems perspective to derive correct vacuum and Higgs Boson energies. KW - heuristics KW - inflation KW - cosmology KW - crystallization KW - crystal growth KW - E8 symmetry KW - Hurwitz theorem KW - evolution KW - Lee Smolin Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-183945 ER - TY - THES A1 - Zeeshan, Ahmed T1 - Bioinformatics Software for Metabolic and Health Care Data Management T1 - Metabolische Flux-Analyse N2 - Computer Science approaches (software, database, management systems) are powerful tools to boost research. Here they are applied to metabolic modelling in infections as well as health care management. Starting from a comparative analysis this thesis shows own steps and examples towards improvement in metabolic modelling software and health data management. In section 2, new experimental data on metabolites and enzymes induce high interest in metabolic modelling including metabolic flux calculations. Data analysis of metabolites, calculation of metabolic fluxes, pathways and their condition-specific strengths is now possible by an advantageous combination of specific software. How can available software for metabolic modelling be improved from a computational point of view? A number of available and well established software solutions are first discussed individually. This includes information on software origin, capabilities, development and used methodology. Performance information is obtained for the compared software using provided example data sets. A feature based comparison shows limitations and advantages of the compared software for specific tasks in metabolic modeling. Often found limitations include third party software dependence, no comprehensive database management and no standard format for data input and output. Graphical visualization can be improved for complex data visualization and at the web based graphical interface. Other areas for development are platform independency, product line architecture, data standardization, open source movement and new methodologies. The comparison shows clearly space for further software application development including steps towards an optimal user friendly graphical user interface, platform independence, database management system and third party independence especially in the case of desktop applications. The found limitations are not limited to the software compared and are of course also actively tackled in some of the most recent developments. Other improvements should aim at generality and standard data input formats, improved visualization of not only the input data set but also analyzed results. We hope, with the implementation of these suggestions, metabolic software applications will become more professional, cheap, reliable and attractive for the user. Nevertheless, keeping these inherent limitations in mind, we are confident that the tools compared can be recommended for metabolic modeling for instance to model metabolic fluxes in bacteria or metabolic data analysis and studies in infection biology. ... N2 - Informatik Ansätze (Software, Datenbank, Management-Systeme) sind wichtige Werkzeuge für die Forschung in der Biologie. Ausgehend von einer vergleichenden Analyse zeigt diese Arbeit eigene Schritte und Beispiele zur Verbesserung von metabolischer Modellierungs-Software und Gesundheit Datenmanagementsystemen auf. Neue experimentelle Daten über Metaboliten und Enzyme führen zu hohem Interesse an metabolischen Modellierungen einschließlich Stoffwechselflusses Berechnungen. In Kapitel 2 zeigen wir, das die Datenanalyse von Metaboliten, die Berechnung der Stoffflüsse und Wege sowie die spezifischen Softwarestärken nur durch eine vorteilhafte Kombination voll ausgeschöpft werden. Wie kann Software zur metabolischen Modellierung von einer informatischen Sicht her verbessert werden? Eine Anzahl von verfügbaren und gut etablierten Softwareansätzen wird zunächst einzeln diskutiert. Dazu gehören Informationen über Software-Herkunft, Fähigkeiten, Entwicklung und verwendeten Methodik einschließlich Testdatensätzen und Modellen. Ein Vergleich zeigt, merkmalsbasierte Einschränkungen und Vorteile der verglichenen Software für spezifische Aufgaben in der metabolischen Modellierung. Häufige Einschränkungen der verglichenen Software sind ihre Abhängigkeit von Drittanbietern, kein umfassendes Datenbank-Management und kein Standard-Format für Dateneingabe und -ausgabe. Die grafische Visualisierung für komplexe Visualisierungen von Daten und die Web-basierte grafische Benutzeroberfläche kann oft noch verbessert werden. Andere Bereiche für weitere Entwicklung sind Plattformunabhängigkeit, Produktlinien-Architektur, Daten-Standardisierung, die Open-Source-Bewegung und neue Algorithmen und Methoden. Der Vergleich zeigt deutlich Möglichkeiten für weitere Entwicklung von Softwareanwendungen auf, einschließlich Schritten in Richtung einer optimalen, benutzerfreundlichen grafischen Benutzeroberfläche, Plattform-Unabhängigkeit, Datenbank-Management-System und Unabhängigkeit von weiterer software, vor allem im Falle von Desktop-Anwendungen. Die gefundenen Einschränkungen sind von allgemeiner Bedeutung für bioinformatische Modellierungssoftware einschließlich jüngster Entwicklungen. Weitere Verbesserungen betreffen standardisierte Formate und eine, verbesserte Visualisierung von Eingabedatensatz und analysierten Ergebnissen. Wir hoffen, dass mit der Umsetzung dieser Vorschläge metabolische Software-Anwendungen professioneller werden, billiger, zuverlässiger und attraktiver für den Anwender. Trotz dieser inhärenten Einschränkungen im Hinterkopf sind wir zuversichtlich und ... KW - Stoffwechsel KW - Modell KW - Software KW - Gesundheitswesen KW - Datenbanksystem KW - Metabolische Flux-Analyse KW - Massen-Isotopomer Verteilungs-Analyse KW - Datenbank KW - Management-Systeme KW - Metabolic Flux Analysis KW - Mass Isotopomers Distribution Analysis KW - Software KW - Database KW - Management System Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-73926 ER - TY - THES A1 - Blenk, Steffen T1 - Bioinformatical analysis of B-cell lymphomas T1 - Bioinformatische Analyse von B-Zell Lymphomen N2 - Background: The frequency of the most observed cancer, Non Hodgkin Lymphoma (NHL), is further rising. Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is the most common of the NHLs. There are two subgroups of DLBCL with different gene expression patterns: ABC (“Activated B-like DLBCL”) and GCB (“Germinal Center B-like DLBCL”). Without therapy the patients often die within a few months, the ABC type exhibits the more aggressive behaviour. A further B-cell lymphoma is the Mantle cell lymphoma (MCL). It is rare and shows very poor prognosis. There is no cure yet. Methods: In this project these B-cell lymphomas were examined with methods from bioinformatics, to find new characteristics or undiscovered events on the molecular level. This would improve understanding and therapy of lymphomas. For this purpose we used survival, gene expression and comparative genomic hybridization (CGH) data. In some clinical studies, you get large data sets, from which one can reveal yet unknown trends. Results (MCL): The published proliferation signature correlates directly with survival. Exploratory analyses of gene expression and CGH data of MCL samples (n=71) revealed a valid grouping according to the median of the proliferation signature values. The second axis of correspondence analysis distinguishes between good and bad prognosis. Statistical testing (moderate t-test, Wilcoxon rank-sum test) showed differences in the cell cycle and delivered a network of kinases, which are responsible for the difference between good and bad prognosis. A set of seven genes (CENPE, CDC20, HPRT1, CDC2, BIRC5, ASPM, IGF2BP3) predicted, similarly well, survival patterns as proliferation signature with 20 genes. Furthermore, some bands could be associated with prognosis in the explorative analysis (chromosome 9: 9p24, 9p23, 9p22, 9p21, 9q33 and 9q34). Results (DLBCL): New normalization of gene expression data of DLBCL patients revealed better separation of risk groups by the 2002 published signature based predictor. We could achieve, similarly well, a separation with six genes. Exploratory analysis of gene expression data could confirm the subgroups ABC and GCB. We recognized a clear difference in early and late cell cycle stages of cell cycle genes, which can separate ABC and GCB. Classical lymphoma and best separating genes form a network, which can classify and explain the ABC and GCB groups. Together with gene sets which identify ABC and GCB we get a network, which can classify and explain the ABC and GCB groups (ASB13, BCL2, BCL6, BCL7A, CCND2, COL3A1, CTGF, FN1, FOXP1, IGHM, IRF4, LMO2, LRMP, MAPK10, MME, MYBL1, NEIL1 and SH3BP5; Altogether these findings are useful for diagnosis, prognosis and therapy (cytostatic drugs). N2 - Hintergrund: Die Häufigkeit von Non-Hodgkin-Lymphomen (NHL), den am meisten beobachteten Krebserkrankungen, steigt weiter an. Von den aggressiven Non-Hodgkin-Lymphomen (NHL) macht das “großzellige, diffuse B-Zell-Lymphom” (DLBCL) den größten Anteil aus. Durch Genexpressionsmuster wurden zwei Subtypen definiert: ACB (“Activated B-like DLBCL”) und GCB (“Germinal Center B-like DLBCL”). Die Patienten der Gruppe ABC sterben ohne Therapie oft innerhalb weniger Monate, weil der ABC Typ einen aggressiveren Krankheitsverlauf aufweist. Ein weiteres, von einer malignen Entartung der B-Lymphozyten ausgehendes Lymphom, ist das “Mantelzell Lymphom” (MCL). Es tritt selten auf und ist ebenfalls mit einer schlechten Prognose verbunden. Eine vollständige Heilung nach der Therapie ist sehr selten. Methoden: In diesem Projekt wurden diese B-zell Lymphome mit bioinformatischen Methoden untersucht, um auf molekularer Ebene neue Eigenschaften oder bisher unentdeckte Zusammenhänge zu finden. Das würde das Verständnis und damit auch die Therapie voranbringen. Dafür standen uns Überlebens-, Genexpressions- und chromosomale Aberrationsdaten zur Verfügung. Sie sind die bevorzugte Wahl der Mittel, um genetische Veränderungen in Tumorzellen zu bestimmen. Hierbei fallen oft große Datenmengen an, aus welchen man mit bioinformatischen Methoden vorher unerkannte Trends und Hinweise identifizieren kann. Ergebnisse (MCL): Explorative Analysen sowohl der Genexpressions- (zweite Hauptachse der Korrespondenz Analyse) als auch der chromosomalen Aberrationsdaten des Mantelzell-Lymphom zeigten uns hierbei, daß es trotz der linearen Korrelation zwischen der veröffentlichten Proliferationssignatur und der Überlebenszeit sinnvoll ist, in den Patienten (n=71) zwei Ausprägungen zu betrachten: Patienten mit schlechter und mit guter Prognose. Statistische Tests (moderate t-test, Wilcoxon rank-sum test) dieser beiden Typen zeigten Unterschiede im Zellzyklus und ein Netzwerk von Kinasen auf, welche für den Unterschied zwischen guter und schlechter Prognose verantwortlich sind. Sieben Gene (CENPE, CDC20, HPRT1, CDC2, BIRC5, ASPM, IGF2BP3) konnten gefunden werden, die eine ähnliche gute Prognose für Überlebenszeiten ermöglichen, wie eine früher veröffentlichte Proliferationssignatur mit 20 Genen. Außerdem konnten chromosomale Banden durch eine explorative Analyse mit der Prognose assoziiert werden (Chromosom 9: 9p24, 9p23, 9p22, 9p21, 9q33 and 9q34). Ergebnisse (DLBCL): Durch geeignete Normalisierung der Genexpressionsdaten von 248 DLBCL-Patienten trennte der Signatur basierte Predictor die Risikogruppen nun besser auf. Eine ähnlich gute Auftrennung konnte von uns sogar mit sechs Genen erreicht werden. Die explorative Analyse der Genexpressionsdaten konnte die Subtypen ABC und GCB als valide Gruppen bestätigen. In den Genen, die ABC und GCB unterscheiden, ergab sich eine Häufung in späten und frühen Zellzyklusstadien. Klassische Lymphommarker, neu aufgefundene spezielle Gene und Zellzyklusgene bilden ein Netzwerk, das die ABC und GCB Gruppen klassifizieren und Unterschiede in deren Regulation erklären kann (ASB13, BCL2, BCL6, BCL7A, CCND2, COL3A1, CTGF, FN1, FOXP1, IGHM, IRF4, LMO2, LRMP, MAPK10, MME, MYBL1, NEIL1 and SH3BP5. Dies ist auch für die Diagnose, Prognose und Therapie (Zytostatika) interessant. KW - Bioinformatik KW - Genexpression KW - Auswertung KW - B-Zell-Lymphom KW - Diffuses großzelliges B-Zell-Lymphom KW - Mantelzell-Lymphom KW - Bioinformatics KW - gene expression KW - B-cell lymphoma KW - Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) KW - Mantle cell lymphoma (MCL) Y1 - 2007 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-27421 ER - TY - THES A1 - Fadl El Mola, Faisal Mohamed T1 - Bioinformatic and molecular approaches for the analysis of the retinal pigment epithelium (RPE) transcriptome N2 - There is substantial interest in the identification of genes underlying susceptibility to complex human diseases because of the potential utility of such genes in disease prediction and therapy. The complex age-related macular degeneration (AMD) is a prevalent cause of legal blindness in industrialized countries and predominantly affects the elderly population over 75 years of age. Although vision loss in AMD results from photoreceptor cell death in the central retina, the initial pathogenesis likely involves processes in the retinal pigment epithelium (RPE) (Liang and Godley, 2003). The goal of the current study was to identify and characterize genes specifically or abundantly expressed in the RPE in order to determine more comprehensively the transcriptome of the RPE. In addition, our aim was to assess the role of these genes in AMD pathogenesis. Towards this end, a bovine cDNA library enriched for RPE transcripts was constructed in-house using a PCR-based suppression subtractive hybridization (SSH) technique (Diatchenko et al., 1996, 1999), which normalizes for sequence abundance and achieves high enrichment for differentially expressed genes. CAP3 (Huang and Madan, 1999) was used to assemble the high quality sequences of all the 2379 ESTs into clusters or singletons. 1.2% of the 2379 RPE-ESTs contains vector sequences and was excluded from further analysis. 5% of the RPE-ESTs showed homology to multipe chromosomes and were not included in further assembly process. The rest of the ESTs (2245) were assembled into 175 contigs and 509 singletons, which revealed approximately 684 unique genes in the dataset. Out of the 684, 343 bovine RPE transcripts did not align to their human orthologues. A large fraction of clones were shown to include a considerable 3´untranslated regions of the gene that are not conserved between bovine and human. It is the coding regions that can be conserved between bovine and human and not the 3’ UTR (Sharma et al., 2002). Therefore, more sequencing from the cDNA library with reclustering of those 343 ESTs together with continuous blasting might reveal their human orthologoues. To handle the large volume of data that the RPE cDNA library project has generated a highly efficient and user-friendly RDBMS was designed. Using RDBMS data storage can be managed efficiently and flexibly. The RDBMS allows displaying the results in query-based form and report format with additional annotations, links and search functions. Out of the 341 known and predicted genes identified in this study, 2 were further analyzed. The RPE or/and retina specificity of these two clones were further confirmed by RT-PCR analysis in adult human tissues. Construction of a single nucleotide polymphism (SNP) map was initiated as a first step in future case/control association studies. SNP genotyping was carried out for one of these two clones (RPE01-D2, now known as RDH12). 12 SNPs were identified from direct sequencing of the 23.4-kb region, of which 5 are of high frequency. In a next step, comparison of allele frequencies between AMD patients and healthy controls is required. Completion of the expression analysis for other predicted genes identified during this study is in progress using real time RT-PCR and will provide additional candidate genes for further analyses. This study is expected to contribute to our understanding of the genetic basis of RPE function and to clarify the role of the RPE-expressed genes in the predisposition to AMD. It may also help reveal the mechanisms and pathways that are involved in the development of AMD or other retinal dystrophies. N2 - Es besteht ein grosses medizinisches Interesse an der Identifizierung von Genen, welche an der Entstehung komplexer, häufiger Krankheiten des Menschen beteiligt sind. Eine solche Krankheit ist die alters-korrelierte Makuladegeneration (AMD). Die AMD ist eine der häufigsten Ursachen für den Verlust der Sehfähigkeit im Alter von über 75 Jahren. Obwohl die Erblindung bei der AMD letztlich durch das Absterben von Photorezeptor-Zellen in der zentralen Retina bedingt wird, gibt es genügend Hinweise dafür, dass die Pathogenese der AMD ihren Ausgang vom retinalen Pigmentepithel (RPE) nimmt (Liang and Godley, 2003). Ziel dieser Arbeit war die Identifizierung und Charakterisierung von RPE-spezifischen Genen als Beitrag zur umfassenden Charakterisierung des RPE-Transkriptoms. Darüberhinaus war es Ziel der Arbeit, die mögliche Rolle der RPE-spezifischen Gene bei der Entstehung der AMD zu explorieren. Ausgangspunkt der Arbeit war eine RPE-spezifische, bovine cDNA Bibliothek, welche in der Arbeitsgruppe auf der Grundlage der SSH-Technik (Diatchenko et al, 1996, 1999) hergestellt worden war. Die SSH-Technik gestattet die Anreicherung von differentiell exprimierten Genen bei gleichzeitiger Normalisierung redundanter Sequenzen. Mit Hilfe des Software-Programms CAP3 (Huang and Madan, 1999) wurden insgesamt 2379 ESTs gruppiert und geordnet. 1,2% der 2379 RPE-ESTs enthielten Vektor Sequenzen und wurden daher von der weiteren Analyse ausgeschlossen. 5% der RPE-ESTs wiesen Homologien zu multiplen Chromosomen auf und wurden daher ebenfalls von der weiteren Analyse ausgeschlossen. Die übrigen 2245 ESTs wurden in 175 Contigs und 509 Singletons gruppiert, woraus sich Hinweise auf insgesamt 684 putative Einzelgene ergaben. 343 dieser 684 Klone zeigten jedoch keine Homologien zu humanen orthologen Sequenzen. Ursache für die fehlende Homologie muss in der grossen Zahl der Klone gesehen werden, bei welchen nur die 3´untranslatierten verglichen wurden. Im Gegensatz zu den kodierenden Sequenzabschnitten kommt es in den nicht-kodierenden Regionen in der Regel zu einer relativ raschen evolutionären Divergenz und damit zum Verlust der Homologie (Sharma et al, 2002). Durch zusätzliche Sequenzierung und Sequenzvergleiche der kodierenden Bereiche dieser 343 Klone lassen sich möglicherweise weitere RPE-spezifische Gene finden. Um die grosse Anzahl der im Rahmen des RPE-Projektes generierten Daten bearbeiten zu können wurde eine sehr effiziente und Benutzer-freundliche Datenbank auf Grundlage des RDBMS-Moduls etabliert. Dieses System gestattet die interaktive Bearbeitung der gespeicherten Daten im Query-Format. Darüberhinaus können die Daten in beliebiger Weise annotiert und verbunden werden. Nach Abzug der 343 nicht-homologen cDNA Klone von den 684 putativen Einzelsequenzen verblieben 341 Kandidaten-Sequenzen. 2 dieser Sequenzen wurden als putative neue RPE-spezifische Gene einer weiteren Analyse zugeführt. Dabei wurde zunächst die RPE- bzw. Retina-Spezifität dieser Kandidaten-Sequenzen mit Hilfe der RT-PCR Analyse bestätigt. Als Basis für zukünftige Fall-Kontroll- und Assoziationsstudien wurde eine SNP-Genotypisierung eines dieser zwei Klone (ursprüngliche Bezeichnung: RPE01-D2; derzeitige Bezeichnung: RDH12) durchgeführt. Die direkte Sequenzanalyse umfasste 23.4 kb und ergab insgesamt 12 SNPs, von denen sich 5 als hoch-informativ erwiesen. Auf dieser Grundlage können zukünftig Allel-Frequenzen zwischen Kontrollpersonen und AMD-Patienten ermittelt und verglichen werden. Zukünftig werden darüberhinaus real-time PCR Methoden zur Expressionsanalyse der verbliebenen Kandidaten-Klone eingesetzt. Zusammenfassend liefert die vorliegende Arbeit einen Beitrag zum Verständnis der genetischen Grundlagen der RPE-Funktionen und trägt zur Aufklärung der Rolle von RPE-spezifischen Genen bei der Disposition zur AMD bei. Zusätzlich ergaben sich Hinweise auf Kandidatengene, welche möglicherweise in der Pathogenese der AMD eine Rolle spielen. KW - Senile Makuladegeneration KW - Netzhaut KW - Pigmentepithel KW - Molekulargenetik KW - RPE KW - Bioinformatics KW - Age-related macular degeneration KW - Molecular approaches Y1 - 2003 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-6877 ER - TY - JOUR A1 - Sebald, Walter A1 - Werner, S A1 - Weiss, H T1 - Biogenesis of mitochondrial membrane proteins in Neurospora crassa N2 - no abstract available KW - Biochemie KW - Neurospora crassa Y1 - 1979 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-82055 ER - TY - JOUR A1 - Sebald, Walter T1 - Biogenesis of mitochondrial ATPase N2 - No abstract available KW - Biochemie Y1 - 1977 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-47362 ER - TY - JOUR A1 - Ferreira, Eliana Aparecida A1 - Boff, Samuel A1 - Verza, Sandra S. A1 - Mussury, Rosilda Mara T1 - Bioecological and behavioral interaction between pollinating bees and the pioneer shrub Ludwigia nervosa in degraded area suggests an exotic bee as its major pollinator JF - Biology N2 - The flowers of plants of the genus Ludwigia are an important source of food for several species of bees. In the current study, we conducted an experiment with the aim to describe the reproductive biology and phenology of L. nervosa; to identify the species of visiting bees; analyze the foraging behavior of bees; and to investigate whether the reproductive success of the species is related to the foraging activity of bees. We found that the flowers received visits from several native bee species (n = 7), in addition of the exotic honey bees which came to be the dominant species. During visits the majority of the bees foraged in both resources, pollen and nectar. The significantly higher production of fruits in open pollinated pollination experiment compared to artificial cross pollination, suggests honey bees as effective pollinator of this plant species in the study site. Pollen deposition occurs efficiently, given the absence of pollen limitation. Despite massive visitation of honey bees, Ludwigianervosa is attractive to native bees, and therefore it may help to sustain population of both native and exotic pollinators in fragmented humid areas. KW - cross pollination KW - disturbed humid area KW - germination speed KW - honey bees and native bees KW - pollen limitation Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-228757 SN - 2079-7737 VL - 10 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Kortmann, Mareike T1 - Biodiversity and recreation – Optimizing tourism and forest management in forests affected by bark beetles T1 - Biodiversität und Erholungsfunktionen – Optimierung von Tourismus- und Waldmanagement in Borkenkäferwäldern N2 - Forests are multi-functional system, which have to fulfil different objectives at the same time. The main functions include the production of wood, storage of carbon, the promotion of biological diversity and the provision of recreational space. Yet, global forests are affected by large and intense natural disturbances, like bark beetle infestations. While natural disturbances threaten wood production and are perceived as ‘catastrophe’ diminishing recreational value, biodiversity can benefit from the disturbance-induced changes in forest structures. This trade-off poses a dilemma to managers of bark beetle affected stands, particularly in protected areas designated to both nature conservation and recreation. Forest landscapes need a sustainable management concept aligning these different objectives. In order to support this goal with scientific knowledge, the aim of this work is to analyse ecological and social effects along a gradient of different disturbance severities. In this context, I studied the effects of a disturbance severity gradient on the diversity of different taxonomic groups including vascular plants, mosses, lichens, fungi, arthropods and birds in five national parks in Central Europe. To analyse the recreational value of the landscape I conducted visitor surveys in the same study areas in which the biodiversity surveys were performed. To analyse possible psychological or demographic effects on preferences for certain disturbance intensities, an additional online survey was carried out. N2 - Wälder müssen unterschiedliche Zielsetzungen zur gleichen Zeit erfüllen. Zu den wichtigsten Zielsetzungen zählen Produktion von Holz, Speicherung von CO2, die Förderung der biologischen Vielfalt und die Bereitstellung von Erholungsgebieten. Wälder sind jedoch global von intensiven natürlichen Störungen wie Borkenkäferbefall betroffen. Während natürliche Störungen die Holzproduktion bedrohen und von der Bevölkerung als „Katastrophe“ wahrgenommen werden, die den Erholungswert verringert, kann die biologische Vielfalt von den störungsbedingten Veränderungen der Waldstrukturen profitieren. Dieser Kompromiss stellt die Manager der von Borkenkäfern betroffenen Bestände vor ein Dilemma, insbesondere in Schutzgebieten, die sowohl dem Naturschutz als auch der Erholung gewidmet sind, und fordert ein nachhaltiges Bewirtschaftungskonzept, das diese unterschiedlichen Ziele in Einklang bringt. Um diese Vorhaben durch wissenschaftliche Erkenntnisse zu unterstützen, ist das Ziel dieser Arbeit, ökologische und soziale Effekte entlang eines Gradienten verschiedener Störungsintensitätsgrade zu analysieren. In diesem Zusammenhang wurden die Auswirkungen verschiedener Störungsintensitäten auf die Biodiversität verschiedener taxonomischer Gruppen, einschließlich Gefäßpflanzen, Moosen, Flechten, Pilzen, Arthropoden und Vögeln untersucht. Außerdem Befragungen von Nationalpark Besuchern durchgeführt, um den Erholungswert der Landschaft zu analysieren. Um mögliche psychologische oder demografische Auswirkungen auf Präferenzen für bestimmte Störungsintensitäten zu analysieren, wurde zudem eine Online-Umfrage durchgeführt. KW - Borkenkäfer KW - Nationalpark KW - Biodiversität KW - natural disturbance KW - nature conservation KW - national park KW - biodiversity KW - recreation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-240317 ER - TY - THES A1 - Gründl, Marco T1 - Biochemical characterization of the MMB-Hippo crosstalk and its physiological relevance for heart development T1 - Biochemische Charakterisierung des MMB-Hippo Signalweges und dessen physiologische Rolle in der Herzentwicklung N2 - The Myb-MuvB (MMB) complex plays an essential role in the time-dependent transcriptional activation of mitotic genes. Recently, our laboratory identified a novel crosstalk between the MMB-complex and YAP, the transcriptional coactivator of the Hippo pathway, to coregulate a subset of mitotic genes (Pattschull et al., 2019). Several genetic studies have shown that the Hippo-YAP pathway is essential to drive cardiomyocyte proliferation during cardiac development (von Gise et al., 2012; Heallen et al., 2011; Xin et al., 2011). However, the exact mechanisms of how YAP activates proliferation of cardiomyocytes is not known. This doctoral thesis addresses the physiological role of the MMB-Hippo crosstalk within the heart and characterizes the YAP-B-MYB interaction with the overall aim to identify a potent inhibitor of YAP. The results reported in this thesis indicate that complete loss of the MMB scaffold protein LIN9 in heart progenitor cells results in thinning of ventricular walls, reduced cardiomyocyte proliferation and early embryonic lethality. Moreover, genetic experiments using mice deficient in SAV1, a core component of the Hippo pathway, and LIN9-deficient mice revealed that the correct function of the MMB complex is critical for proliferation of cardiomyocytes due to Hippo-deficiency. Whole genome transcriptome profiling as well as genome wide binding studies identified a subset of Hippo-regulated cell cycle genes as direct targets of MMB. By proximity ligation assay (PLA), YAP and B-MYB were discovered to interact in embryonal cardiomyocytes. Biochemical approaches, such as co-immunoprecipitation assays, GST-pulldown assays, and µSPOT-based peptide arrays were employed to characterize the YAP-B-MYB interaction. Here, a PY motif within the N-terminus of B-MYB was found to directly interact with the YAP WW-domains. Consequently, the YAP WW-domains were important for the ability of YAP to drive proliferation in cardiomyocytes and to activate MMB target genes in differentiated C2C12 cells. The biochemical information obtained from the interaction studies was utilized to develop a novel competitive inhibitor of YAP called MY-COMP (Myb-YAP competition). In MY-COMP, the protein fragment of B-MYB containing the YAP binding domain is fused to a nuclear localization signal. Co-immunoprecipitation studies as well as PLA revealed that the YAP-B-MYB interaction is robustly blocked by expression of MY-COMP. Adenoviral overexpression of MY-COMP in embryonal cardiomyocytes suppressed entry into mitosis and blocked the pro-proliferative function of YAP. Strikingly, characterization of the cellular phenotype showed that ectopic expression of MY-COMP led to growth defects, nuclear abnormalities and polyploidization in HeLa cells. Taken together, the results of this thesis reveal the mechanism of the crosstalk between the Hippo signaling pathway and the MMB complex in the heart and form the basis for interference with the oncogenic activity of the Hippo coactivator YAP. N2 - Der Myb-MuvB Komplex spielt eine essenzielle Rolle in der transkriptionellen Aktivierung von Zellzyklusgenen. Unser Labor hat kürzlich einen bis dahin unbekannten Mechanismus zwischen dem MMB-Komplex und Hippo-YAP Signalweg, der zur Aktivierung von Mitosegenen beiträgt, identifiziert. Der Hippo-YAP Signalweg ist beteiligt an der Gewebehomöostase und am Wachstum von Organen. So reguliert der Hippo-YAP Signalweg zum Beispiel während der Herzentwicklung die Proliferation von Herzmuskelzellen. Der exakte Mechanismus wie YAP die Zellteilung von Kardiomyozyten aktiviert, ist jedoch bisher nicht bekannt. In der vorliegenden Doktorarbeit wird das Zusammenspiel zwischen dem Hippo-Signalweg und dem MMB-Komplex im Herzen untersucht. Außerdem wird die Interaktion zwischen YAP und B-MYB biochemisch charakterisiert, um einen Inhibitor zu entwickeln, der die Aktivität von YAP vermindert. Die Ergebnisse dieser Doktorarbeit zeigen, dass der Verlust der zentralen Untereinheit des MMB-Komplexes, LIN9, in Vorläuferzellen der Kardiomyozyten zu einer Reduktion der Herzwand sowie zu einer niedrigeren Proliferationsrate von Herzmuskelzellen und einer erhöhten Embryonalsterblichkeit führt. Außerdem wurde in genetischen Experimenten mit Hippo- und LIN9-defizienten Mäusen gezeigt, dass der MMB-Komplex wichtig für die Aktivierung der Proliferation in Hippo-defizienten Kardiomyozyten ist. Eine globale Analyse der Transkription und Chromatinbindung von YAP und LIN9 im Herzen zeigte, dass eine Untergruppe von Zellzyklusgenen, die nach Inaktivierung des Hippo-Signalwegs vermehrt exprimiert werden, gleichzeitig den MMB-Komplex am Promoter gebunden haben. Durch Interaktionsstudien konnte gezeigt werden, dass YAP und B-MYB in embryonalen Kardiomyozyten miteinander interagieren. Die Bindung der beiden Transkriptionsfaktoren wurde durch Co-Immunpräzipitation, GST-Pulldown-Analysen und Peptid-Arrays biochemisch untersucht. Dabei wurde gezeigt, dass ein PY-Motiv im N-terminus von B-MYB direkt an die WW-Domänen von YAP bindet. Im Umkehrschluss wurde festgestellt, dass die WW-Domänen von YAP essenziell sind, um sowohl die Proliferation in Herzmuskelzellen als auch die Expression von Mitosegenen in differenzierten C2C12 Zellen zu aktivieren. Letztendlich wurden die Ergebnisse der Interaktionsstudie genutzt, um einen neuartigen kompetitiven Inhibitor von YAP zu entwickeln. Für MY-COMP (Myb-YAP Competition) wurde der Proteinabschnitt von B-MYB, der die YAP Bindedomäne enthält, mit einer Kernlokalisierungssequenz fusioniert. Bindestudien zeigten, dass MY-COMP die Interaktion zwischen YAP und B-MYB effektiv blockiert. Eine durch Adenoviren vermittelte Überexpression von MY-COMP in embryonalen Herzmuskelzellen resultierte in einer verminderten Anzahl von mitotischen Zellen. Somit wird durch Expression von MY-COMP, die proliferative Fähigkeit von YAP vermindert. Interessanterweise wurden in HeLa Zellen, die mit MY-COMP behandelt wurden, vermehrt Abnormalitäten der Zellkerne, polyploide Zellen sowie ein Wachstumsdefizit beobachtet. Zusammengefasst verdeutlichen die Ergebnisse dieser Doktorarbeit die Bedeutung des Zusammenspiels zwischen dem MMB-Komplex und dem Hippo-YAP-Signalweg für die Herzentwicklung und bilden die Grundlage, für die effektive Inhibierung der onkogenen Eigenschaften des Hippo-Coaktivators YAP. KW - Zellzyklus KW - Heart development KW - Hippo pathway KW - Myb-MuvB complex KW - Cardiomyocyte Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-213328 ER - TY - THES A1 - Fackler, Marc T1 - Biochemical characterization of GAS2L3, a target gene of the DREAM complex T1 - Biochemische Charakterisierung von GAS2L3, ein Zielgen des DREAM Komplex N2 - GAS2L3 was identified recently as a target gene of the DREAM complex (Reichert et al., 2010; Wolter et al., 2012). It was shown that GAS2L3 is expressed in a cell cycle specific manner and that depletion of the protein leads to defects in cytokinesis and genomic instability (Wolter et al., 2012). Major aim of this thesis was, to further characterize the biochemical properties and physiological function of GAS2L3. By in vitro co-sedimentation and bundling assays, GAS2L3 was identified as a cytoskeleton associated protein which bundles, binds and crosslinks F-actin and MTs. GST pulldown assays and co-immunoprecipitation experiments revealed that GAS2L3 interacts in vitro and in vivo with the chromosomal passenger complex (CPC), a very important regulator of mitosis and cytokinesis, and that the interaction is mediated by the GAR domain of GAS2L3 and the C-terminal part of Borealin and the N-terminal part of Survivin. Kinase assays showed that GAS2L3 is not a substrate of the CPC but is strongly phosphorylated by CDK1 in vitro. Depletion of GAS2L3 by shRNA influenced protein stability and activity of the CPC. However pharmacological studies showed that the decreased CPC activity is not responsible for the observed cytokinesis defects upon GAS2L3 depletion. Immunofluorescence experiments revealed that GAS2L3 is localized to the constriction zone by the CPC in a GAR dependent manner and that the GAR domain is important for proper protein function. New interacting proteins of GAS2L3 were identified by stable isotope labelling by amino acids in cell culture (SILAC) in combination with tandem affinity purification and subsequent mass spectrometrical analysis. Co-immunoprecipitation experiments further confirmed the obtained mass spectrometrical data. To address the physiological function of GAS2L3 in vivo, a conditional and a non-conditional knockout mouse strain was established. The non-conditional mouse strain showed a highly increased mortality rate before weaning age probably due to heart failure. The physiological function of GAS2L3 in vivo as well as the exact reason for the observed heart phenotype is not known at the moment. N2 - GAS2L3 wurde vor kurzem als Zielgen des DREAM Komplex identifiziert (Reichert et al., 2010; Wolter et al., 2012). Es konnte gezeigt werden, dass die Expression von GAS2L3 Zellzyklus abhängig reguliert wird und dass Depletion des Proteins zu Fehlern in der Zytokinese und genomischer Instabilität führt (Wolter et al., 2012). Hauptziel dieser Doktorarbeit war es, GAS2L3 hinsichtlich seiner biochemischen Eigenschaften und physiologischer Funktion näher zu charakterisieren. Unter Verwendung verschiedener in vitro Experimente konnte gezeigt werden, dass GAS2L3 sowohl F-Aktin als auch Mikrotubuli binden, bündeln und quervernetzen kann. In vitro und in vivo Protein-Protein Interaktionsexperimente zeigten, dass GAS2L3 mit dem „chromosomal passenger complex“ (CPC), einem wichtigen Mitose- und Zytokineseregulator, interagiert und dass diese Interaktion durch die GAR Domäne von GAS2L3 und den C-Terminus von Borealin beziehungsweise den N-terminus von Survivin vermittelt wird. Phosphorylierungsexperimente zeigten deutlich, dass GAS2L3 kein Substrat des CPC ist, jedoch von CDK1 phosphoryliert wird. Zellbiologische Experimente belegten, dass Depletion von GAS2L3 mittels shRNA die Proteinstabilität und Aktivität des CPC beeinflusst. Experimente mit einem chemischen Aurora B Inhibitor dokumentierten, dass die verringerte CPC Aktivität nicht die Ursache der beobachteten Zytokinesefehler nach GAS2L3 Depletion ist. Immunfluoreszenzexperimente machten deutlich, dass GAS2L3 mit Hilfe des CPC an der Abschnürungszone lokalisiert wird und dass die Lokalisation abhängig von der GAR Domäne erfolgt. Mit Hilfe von SILAC in Kombination mit Tandem-Affinitätsaufreinigung und anschließender massenspektrometrischer Auswertung wurden neue Proteininteraktoren von GAS2L3 identifiziert. Protein-Protein Interaktionsexperimente bestätigten die massenspektrometrisch ermittelten Daten. Um die physiologische Funktion von GAS2L3 in vivo näher analysieren zu können, wurden verschiedene Knockout Mauslinien etabliert. Die nicht-konditionelle Mauslinie zeigte erhöhte Sterblichkeit vor dem Absetzalter wahrscheinlich verursacht durch Herzversagen. Die genaue physiologische Funktion von GAS2L3 und der Grund für den beobachteten Herzphänotyp sind momentan noch unbekannt. KW - Zellzyklus KW - Zellteilung KW - Cytoskeleton Chromosomal Passenger Complex Interaction GAR Domain KW - Regulation KW - Molekulargenetik KW - GAS2L3 KW - Chromosomal Passenger Complex Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-103394 ER - TY - CHAP A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Biochemical and structural aspects of nucleocytoplasmic transfer of ribonucleoproteins at the nuclear envelope level: facts and theses N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33766 ER - TY - THES A1 - Bertho, Sylvain T1 - Biochemical and molecular characterization of an original master sex determining gene in Salmonids T1 - Biochemische und molekulare Charakterisierung des Mastergens bei der Sex-bestimmung in Salmoniden N2 - Sexual development is a fundamental and versatile process that shapes animal morphology, physiology and behavior. The underlying developmental process is composed of the sex determination and the sex differentiation. Sex determination mechanisms are extremely labile among taxa. The initial triggers of the sex determination process are often genetics called sex determining genes. These genes are expressed in the bipotential gonad and tilt the balance to a developmental program allowing the differentiation of either a testis or an ovary. Fish represent a large and fascinating vertebrate group to study both sex determination and sex differentiation mechanisms. To date, among the known sex determining genes, three gene families namely sox, dmrt and TGF-β factors govern this developmental program. As exception to this rule, sdY “sexually dimorphic on the Y” does not belong to one of these families as it comes from the duplication / evolution of an ancestor gene related to immunity, i.e., the interferon related factor 9, irf9. sdY is the master sex determining gene in salmonids, a group of fishes that include species such as rainbow trout and Atlantic salmon. The present study was aimed to firstly characterize the features of SdY protein. Results indicate that SdY is predominantly localized in the cytoplasm tested in various fish and mammalian cell lines and confirmed by different methods. Predictive in silico analysis revealed that SdY is composed of a β-sandwich core surrounded by three α-helices as well specific characteristics conferring a putative protein-protein interaction site. Secondly, the study was aimed to understand how SdY could trigger testicular differentiation. SdY is a truncated divergent version of Irf9 that has a conserved protein-protein domain but lost the DNA interaction domain of its ancestor gene. It was then hypothesized that SdY could initiate testicular differentiation by protein-protein interactions. To evaluate this we first conducted a yeast-two-hybrid screen that revealed a high proportion of transcription factors including fox proteins. Using various biochemical and cellular methods we confirm an interaction between SdY and Foxl2, a major transcription factor involved in ovarian differentiation and identity maintenance. Interestingly, the interaction of SdY with Foxl2 leads to nuclear translocation of SdY from the cytoplasm. Furthermore, this SdY translocation mechanism was found to be specific to fish Foxl2 and to a lesser extend Foxl3 and not other Fox proteins or mammalian FoxL2. In addition, we found that this interaction allows the stabilization of SdY and prevents its degradation. Finally, to better decipher SdY action we used as a model a mutated version of SdY that was identified in XY females of Chinook salmon natural population. Results show that this mutation induces a local conformation defect obviously leading to a misfolded protein and a quick degradation. Moreover, the mutated version compromised the interaction with Foxl2 defining a minimal threshold to induce testicular differentiation. Altogether results from my thesis propose that SdY would trigger testicular differentiation in salmonids by preventing Foxl2 to promote ovarian differentiation. Further research should be now carried out on how this interaction of SdY and Foxl2 acts in-vivo. N2 - Le développement du sexe est un processus fondamental et versatile qui forme la morphologie, la physiologie et le comportement des animaux. Le processus de développement sous-jacent est composé de la détermination et de la différentiation du sexe. Les mécanismes de détermination du sexe sont extrêment labile parmi les taxons. Les signaux initiaux du processus de détermination du sexe sont souvent génétiques et nommés gènes de détermination du sexe. Ces gènes sont exprimés dans la gonade bipotente et font pencher l’équilibre vers un programme de développement permettant la formation soit d’un testicule soit d’un ovaire. Les poissons représentent un large et fascinant groupe de vertébrés pour étudier les processus de détermination et de différentiation du sexe. A l’heure actuelle, parmi les gènes de détermination connus, trois familles de gènes nommément sox, dmrt and les facteurs TGF-β gouvernent ce processus de développement. Comme exception à cette règle, sdY « sexually dimorphic on the Y » n’appartient à aucune de ces familles puisqu’il provient d’une duplication/évolution d’un gène ancestral de l’immunité, c’est-à-dire d’un facteur lié à l’interféron, irf9. sdY est le gène maître de la détermination du sexe chez les salmonidés, un groupe de poissons incluant des espèces tel que la truite arc-en-ciel et le saumon Altantique. L’étude présentée avait pour but de premièrement caractériser les propriétés de la protéine SdY. Les résultats indiquent que SdY est localisée de façon prédominante dans le cytoplasme testés dans diverses cellules de poissons et de mammifères et confirmé par des différentes méthodes. Une analyse in silico prédictive a révélé que SdY est composé d’un core β-sandwich entouré par trois hélices-α ainsi que des caractéristiques lui conférant un site d’interaction protéine-protéine. Deuxièment, l’étude avait pour but de comprendre comment SdY pouvait entraîner la différentiation testiculaire. SdY est une version tronquée divergente de Irf9 qui a conservé le domaine protéine-protéine mais a perdu le domaine d’interaction à l’ADN présent dans le gène ancestral. Il a été proposé que SdY entraîne la différentiation testiculaire par interaction(s) protéine-protéine. Afin d’évaluer cette hypothèse, un crible double-hybride en système levure a révélé une forte proportion de facteurs de transcription incluant les protéines fox. En utilisant de nombreuses méthodes au niveau cellulaire et biochimique, nous avons confirmé une interaction entre SdY et Foxl2, un facteur majeur impliqué dans la différentiation ovarienne et gardien de son identité. De façon intéressante, l’interaction de SdY avec Foxl2 conduit à une translocation nucléaire de SdY à partir du cytoplasme. De plus, le mécanisme de translocation de SdY est spécifique à la protéine Foxl2 et dans une moindre mesure à Foxl3 parmi les protéines Fox de poissons ou bien des protéines FoxL2 de mammifères. Puis, nous avons montré que cette interaction permet la stabilisation de SdY et empêche sa dégradation. Enfin, pour mieux décrypter l’action de SdY, nous avons utilisé comme modèle une version mutée qui a été identifiée dans une population naturelle de saumon Chinook avec des individus XY femelles. Les résultats montrent que la mutation induit un défaut de conformation local menant à une protéine mal-repliée et à sa dégradation. De plus, la version mutée compromet l’interaction avec Foxl2 définissant un seuil minimal d’induction de la différentiation testiculaire. Les résultats de ma thèse pris dans leur ensemble proposent que SdY pourrait entraîner la différentiation testiculaire chez les salmonidés en empêchant Foxl2 d’induire la différentiation ovarienne. Les recherches doivent se poursuivre dans le but de comprendre comment l’interaction SdY avec Foxl2 fonctionne in vivo. N2 - Sexuelle Entwicklung ist ein grundlegender und vielfältiger Prozess, der die Morphologie, Physiologie und das Verhalten von Tieren gestaltet. Der zugrundeliegende Entwicklungsprozess besteht aus der Geschlechtsbestimmung und der Geschlechtsdifferenzierung. Die Mechanismen der Geschlechtsbestimmung sind sehr instabil zwischen verschiedenen Arten. Die Auslöser des Prozesses der Geschlechtsbestimmung sind oft genetischen Ursprungs wie geschlechtsbestimmende Gene. Diese Gene werden in den bipotentialen Gonaden exprimiert und steuern die Balance eines entwicklungsgemäßen Programms, das die Differenzierung zum Testis oder Ovar erlaubt. Fische repräsentieren eine umfangreiche und faszinierende Gruppe von Vertebraten, um die Mechanismen der Geschlechtsbestimmung und –differenzierung zu untersuchen. Bislang ist bekannt, dass –unter den bekannten geschlechtsbestimmenden Genen- die drei Gen-Familien sox, dmrt und die TGFß-Faktoren dieses Entwicklungsprogramm steuern. Als Ausnahme von dieser Regel ist sdY „sexually dimorphic on the Y“ keiner dieser Familien zugehörig da es von der Duplikation / Evolution eines Vorgänger-Gens, das mit Immunität wie z.B. interferon related factor9, irf9, in Verbindung steht, herrührt. sdY ist das Mastergen der Geschlechtsbestimmung in Salmoniden, die als Gruppe von Fischen Arten wie die Regenbogenforelle und den Atlantischen Lachs umfassen. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es zunächst die Eigenschaften des SdY Proteins zu charakterisieren. Die Ergebnisse zeigen, dass SdY vor allem im Zytoplasma lokalisiert ist. Dies wurde in verschiedenen Fischen und Säugetier Zelllinien untersucht und mit Hilfe verschiedener Methoden bestätigt. Prädiktive in silico Analysen zeigten, dass SdY aus einem ß-sandwich Kern besteht, der von drei α-Helices umgeben ist sowie spezifischen Eigenschaften für eine putative Protein-Protein Interaktion Stelle. Das zweite Ziel der vorliegenden Arbeit war es, zu verstehen, wie SdY die testikuläre Differenzierung auslösen könnte. SdY ist eine verkürzte, divergente Version von Irf9, das eine konservierte Protein-Protein Domäne aufweist, jedoch seine DNA Interaktion Domäne a seines Vorläufer Gens verloren hat. Daher wurde angenommen, dass SdY die testikuläre Differenzierung durch Protein-Protein Interaktion initiieren könnte. Um diese Hypothese zu bestätigen führten wir zuerst einen Yeast Two-Hybrid Screen durch, der einen hohen Anteil an Transkriptionsfaktoren darunter fox Proteine zeigte. Unter Einsatz verschiedener biochemischer und zellulärer Methoden bestätigten wir eine Interaktion zwischen SdY und Foxl2, einem wesentlichen Transkriptionsfaktor, der in die Differenzierung und die Erhaltung der Identität der Ovarien involviert ist. Interessanterweise führt die Interaktion von SdY mit Foxl2 zu einer nukleären Translokation von SdY aus dem Zytoplasma. Außerdem wurde festgestellt, dass dieser SdY Translokations-Mechanismus für das Fisch Foxl2 und in einem geringerem Maße für Foxl3 spezifisch ist aber nicht für andere Fox Proteine oder Säuger FoxL2. Des Weiteren haben wir herausgefunden, dass diese Interaktion die Stabilisierung von SdY ermöglicht und sein Abbau verhindert. Zuletzt haben wir ein Modell einer mutierten Version von SdY benutzt, die in XY Weibchen der natürlichen Population der Königslachse identifiziert wurde, um die Wirkung von SdY besser zu entschlüsseln. Die Ergebnisse zeigen, dass diese Mutation einen lokalen Konformationsdefekt verursacht, der zu fehlgefalteten Proteinen und einem raschen Abbau führt. Darüber hinaus beeinträchtigt die mutierte Version die Interaktion mit FoxL2 und definiert einen minimalen Grenzwert, um die testikuläre Differenzierung zu induzieren. Insgesamt deuten die Ergebnisse meiner Dissertation darauf hin, dass SdY die testikuläre Differenzierung in Salmoniden auslöst, indem es verhindert, dass Foxl2 die Differenzierung der Ovarien fördert. In Zukunft soll erforscht werden, wie sich die Interaktion von SdY und Foxl2 in-vivo auswirkt. KW - Fish Sex determination KW - gonad development KW - SdY KW - salmonids KW - Lachsartige KW - Geschlechtsdifferenzierung KW - Molekulargenetik Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-139130 ER - TY - JOUR A1 - Makbul, Cihan A1 - Kraft, Christian A1 - Grießmann, Matthias A1 - Rasmussen, Tim A1 - Katzenberger, Kilian A1 - Lappe, Melina A1 - Pfarr, Paul A1 - Stoffer, Cato A1 - Stöhr, Mara A1 - Wandinger, Anna-Maria A1 - Böttcher, Bettina T1 - Binding of a pocket factor to Hepatitis B virus capsids changes the rotamer conformation of Phenylalanine 97 JF - Viruses N2 - (1) Background: During maturation of the Hepatitis B virus, a viral polymerase inside the capsid transcribes a pre-genomic RNA into a partly double stranded DNA-genome. This is followed by envelopment with surface proteins inserted into a membrane. Envelopment is hypothetically regulated by a structural signal that reports the maturation state of the genome. NMR data suggest that such a signal can be mimicked by the binding of the detergent Triton X 100 to hydrophobic pockets in the capsid spikes. (2) Methods: We have used electron cryo-microscopy and image processing to elucidate the structural changes that are concomitant with the binding of Triton X 100. (3) Results: Our maps show that Triton X 100 binds with its hydrophobic head group inside the pocket. The hydrophilic tail delineates the outside of the spike and is coordinated via Lys-96. The binding of Triton X 100 changes the rotamer conformation of Phe-97 in helix 4, which enables a π-stacking interaction with Trp-62 in helix 3. Similar changes occur in mutants with low secretion phenotypes (P5T and L60V) and in a mutant with a pre-mature secretion phenotype (F97L). (4) Conclusion: Binding of Triton X 100 is unlikely to mimic structural maturation because mutants with different secretion phenotypes show similar structural responses. KW - Hepatitis B Virus KW - pocket factor KW - Triton X 100 KW - envelopment KW - maturation signal KW - single strand blocking KW - electron cryo-microscopy KW - isothermal titration calorimetry Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-248565 SN - 1999-4915 VL - 13 IS - 11 ER - TY - JOUR A1 - Muthalagu, Nathiya A1 - Junttila, Melissa R. A1 - Wiese, Kathrin E. A1 - Wolf, Elmar A1 - Morton, Jennifer A1 - Bauer, Barbara A1 - Evan, Gerard I. A1 - Eilers, Martin A1 - Murphy, Daniel J. T1 - BIM Is the Primary Mediator of MYC-Induced Apoptosis in Multiple Solid Tissues JF - Cell Reports N2 - MYC is one of the most frequently overexpressed oncogenes in human cancer, and even modestly deregulated MYC can initiate ectopic proliferation in many postmitotic cell types in vivo. Sensitization of cells to apoptosis limits MYC's oncogenic potential. However, the mechanism through which MYC induces apoptosis is controversial. Some studies implicate p19ARF-mediated stabilization of p53, followed by induction of proapoptotic BH3 proteins NOXA and PUMA, whereas others argue for direct regulation of BH3 proteins, especially BIM. Here, we use a single experimental system to systematically evaluate the roles of p19ARF and BIM during MYC-induced apoptosis, in vitro, in vivo, and in combination with a widely used chemotherapeutic, doxorubicin. We find a common specific requirement for BIM during MYC-induced apoptosis in multiple settings, which does not extend to the p53-responsive BH3 family member PUMA, and find no evidence of a role for p19ARF during MYC-induced apoptosis in the tissues examined. KW - ARF tumor-suppressor induced lymphomagenes KW - BCL-X-L P53 KW - C-MYC PUMA KW - in-vivo expression KW - cell-cycle arrest cancer therapy Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-115370 VL - 8 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Broster Reix, Christine E. A1 - Florimond, Célia A1 - Cayrel, Anne A1 - Mailhé, Amélie A1 - Agnero-Rigot, Corentin A1 - Landrein, Nicolas A1 - Dacheux, Denis A1 - Havlicek, Katharina A1 - Bonhivers, Mélanie A1 - Morriswood, Brooke A1 - Robinson, Derrick R. T1 - Bhalin, an essential cytoskeleton-associated protein of Trypanosoma brucei linking TbBILBO1 of the flagellar pocket collar with the hook complex JF - Microorganisms N2 - Background: In most trypanosomes, endo and exocytosis only occur at a unique organelle called the flagellar pocket (FP) and the flagellum exits the cell via the FP. Investigations of essential cytoskeleton-associated structures located at this site have revealed a number of essential proteins. The protein TbBILBO1 is located at the neck of the FP in a structure called the flagellar pocket collar (FPC) and is essential for biogenesis of the FPC and parasite survival. TbMORN1 is a protein that is present on a closely linked structure called the hook complex (HC) and is located anterior to and overlapping the collar. TbMORN1 is essential in the bloodstream form of T. brucei. We now describe the location and function of BHALIN, an essential, new FPC-HC protein. Methodology/Principal Findings: Here, we show that a newly characterised protein, BHALIN (BILBO1 Hook Associated LINker protein), is localised to both the FPC and HC and has a TbBILBO1 binding domain, which was confirmed in vitro. Knockdown of BHALIN by RNAi in the bloodstream form parasites led to cell death, indicating an essential role in cell viability. Conclusions/Significance: Our results demonstrate the essential role of a newly characterised hook complex protein, BHALIN, that influences flagellar pocket organisation and function in bloodstream form T. brucei parasites. KW - trypanosoma KW - flagellar pocket KW - hook complex KW - endocytosis KW - cytoskeleton KW - protozoan KW - flagellar pocket collar Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-250301 SN - 2076-2607 VL - 9 IS - 11 ER - TY - JOUR A1 - Schartl, Manfred T1 - Beyond the zebrafish: diverse fish species for modeling human disease JF - Disease Models & Mechanisms N2 - In recent years, zebrafish, and to a lesser extent medaka, have become widely used small animal models for human diseases. These organisms have convincingly demonstrated the usefulness of fish for improving our understanding of the molecular and cellular mechanisms leading to pathological conditions, and for the development of new diagnostic and therapeutic tools. Despite the usefulness of zebrafish and medaka in the investigation of a wide spectrum of traits, there is evidence to suggest that other fish species could be better suited for more targeted questions. With the emergence of new, improved sequencing technologies that enable genomic resources to be generated with increasing efficiency and speed, the potential of non-mainstream fish species as disease models can now be explored. A key feature of these fish species is that the pathological condition that they model is often related to specific evolutionary adaptations. By exploring these adaptations, new disease-causing and disease-modifier genes might be identified; thus, diverse fish species could be exploited to better understand the complexity of disease processes. In addition, non-mainstream fish models could allow us to study the impact of environmental factors, as well as genetic variation, on complex disease phenotypes. This Review will discuss the opportunities that such fish models offer for current and future biomedical research. KW - evolutionary mutant model KW - natural variation KW - cancer KW - fish model Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-119919 SN - 1754-8411 VL - 7 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Heidinger, Ina M. M. T1 - Beyond metapopulation theory: Determinants of the dispersal capacity of bush crickets and grasshoppers T1 - Bestimmende Faktoren der Ausbreitungsfähigkeit von Heuschrecken N2 - Habitat fragmentation and destruction due to anthropogenic land use are the major causes of the increasing extinction risk of many species and have a detrimental impact on animal populations in numerous ways. The long-term survival and stability of spatially structured populations in fragmented landscapes largely depends on the colonisation of habitat patches and the exchange of individuals and genes between patches. The degree of inter-patch dispersal, in turn, depends on the dispersal ability of a species (i.e. the combination of physiological and morphological factors that facilitate dispersal) and the landscape structure (i.e. the nature of the landscape matrix or the spatial configuration of habitat patches). As fragmentation of landscapes is increasing and the number of species is continuously declining, a thorough understanding of the causes and consequences of dispersal is essential for managing natural populations and developing effective conservation strategies. In the context of animal dispersal, movement behaviour is intensively investigated with capture-mark-recapture studies. For the analysis of such experiments, the influence of marking technique, handling and translocation of marked animals on movement pattern is of crucial importance since it may mask the effects of the main research question. Chapter 2 of this thesis presents a capture-mark-recapture study investigating the effect of translocation on the movement behaviour of the blue-winged grasshopper Oedipoda caerulescens. Transferring individuals of this grasshopper species to suitable but unfamilliar sites has a significant influence on their movement behaviour. Translocated individuals moved longer distances, showed smaller daily turning angles, and thus their movements were more directed than those of resident individuals. The effect of translocation was most pronounced on the first day of the experiment, but may persist for longer. On average, daily moved distances of translocated individuals were about 50 % longer than that of resident individuals because they have been transferred to an unfamiliar habitat patch. Depending on experiment duration, this leads to considerable differences in net displacement between translocated and resident individuals. In summary, the results presented in chapter 2 clearly point out that translocation effects should not be disregarded in future studies on arthropod movement, respectively dispersal. Studies not controlling for possible translocation effects may result in false predictions of dispersal behaviour, habitat detection capability or habitat preferences. Beside direct field observations via capture-mark-recapture methods, genetic markers can be used to investigate animal dispersal. Chapter 3 presents data on the genetic structure of populations of Metrioptera bicolor, a wing-dimorphic bush cricket, in a spatially structured landscape with patches of suitable habitat distributed within a diverse matrix of different habitat types. Using microsatellite markers, the effects of geographic distance and different matrix types on the genetic differentiation among 24 local populations was assessed. The results of this study clearly indicate that for M. bicolor the isolation of local populations severely depends on the type of surrounding matrix. The presence of forest and a river running through the study area was positively correlated with the extent of genetic differentiation between populations. This indicates that both matrix types severely impede gene flow and the exchange of individuals between local populations of this bush cricket. In addition, for a subsample of populations which were separated only by arable land or settlements, a significant positive correlation between pairwise genetic and geographic distances exists. For the complete data set, this correlation could not be found. This is most probably due to the adverse effect of forest and river on gene flow which dominates the effect of geographic distance in the limited set of patches investigated in this study. The analyses in chapter 3 clearly emphasize the differential resistance of different habitat types on dispersal and the importance of a more detailed view on matrix ‘quality’ in metapopulation studies. Studies that focus on the specific dispersal resistance of different matrix types may provide much more detailed information on the dispersal capacity of species than a mere analysis of isolation by distance. Such information is needed to improve landscape oriented models for species conservation. In addition to direct effects on realised dispersal (see chapter 3), landscape structure on its own is known to act as an evolutionary selection agent because it determines the costs and benefits of dispersal. Both morphological and behavioural traits of individuals and the degree to which a certain genotype responds to environmental variation have heritable components, and are therefore expected to be able to respond to selection pressures. Chapter 4 analyses the influence of patch size, patch connectivity (isolation of populations) and sand dynamics (stability of habitat) on thorax- and wing length as proxies for dispersal ability of O. caerulescens in coastal grey dunes. This study revealed clear and sex-specific effects of landscape dynamics and patch configuration on dispersal-related morphology. Males of this grasshopper species were smaller and had shorter wings if patches were larger and less connected. In addition, both sexes were larger in habitat patches with high sand dynamics compared to those in patches with lower dynamics. The investments in wing length were only larger in connected populations when sand dynamics were low, indicating that both landscape and patch-related environmental factors are of importance. These results are congruent with theoretical predictions on the evolution of dispersal in metapopulations. They add to the evidence that dispersal-related morphology varies and is selected upon in recently structured populations even at small spatial scales. Dispersal involves different individual fitness costs like increased predation risk, energy expenditure, costs of developing dispersal-related traits, failure to find new suitable habitat as well as reproductive costs. Therefore, the decision to disperse should not be random but depend on the developmental stage or the physiological condition of an individual just as on actual environmental conditions (context-dependent dispersal, e.g. sex- and wing morph-biased dispersal). Biased dispersal is often investigated by comparing the morphology, physiology and behaviour of females and males or sedentary and dispersive individuals. Studies of biased dispersal in terms of capture-mark-recapture experiments, investigating real dispersal and not routine movements, and genetic proofs of biased dispersal are still rare for certain taxa, especially for orthopterans. However, information on biased dispersal is of great importance as for example, undetected biased dispersal may lead to false conclusions from genetic data. In chapter 5 of this thesis, a combined approach of morphological and genetic analyses was used to investigate biased dispersal of M. bicolor. The presented results not only show that macropterous individuals are predestined for dispersal due to their morphology, the genetic data also indicate that macropters are more dispersive than micropters. Furthermore, even within the group of macropterous individuals, males are supposed to be more dispersive than females. To get an idea of the flight ability of M. bicolor, the morphological data were compared with that of Locusta migratoria and Schistocerca gregaria, which are proved to be very good flyers. Based on the morphological data presented here, one can assume a good flight ability for macropters of M. bicolor, although flying individuals of this species are seldom observed in natural populations. N2 - Zahlreiche Tierarten sind mehr und mehr vom Aussterben bedroht. Hauptursachen dafür sind die Zerstörung und Fragmentierung von Lebensraum durch den Menschen. Mit der anthropogenen Landnutzung sind vielfältige, negative Auswirkungen auf die betroffenen Tierpopulationen verbunden. Das langfristige Überleben und die Stabilität von räumlich strukturierten Populationen in fragmentierten Landschaften hängen dabei wesentlich von der Besiedlung von Habitatflächen, sowie dem Individuenaustausch und dem damit verbundenen genetischen Austausch zwischen einzelnen Populationen ab. Das Ausmaß der Ausbreitung von Individuen zwischen einzelnen Habitatflächen wird dabei (i) durch die Ausbreitungsfähigkeit der betreffenden Tierart, als die Kombination physiologischer und morphologischer Faktoren, welche die Ausbreitung eines Individuums begünstigen, und (ii) von der Struktur der Landschaft, wie z.B. dem Matrix-Typ oder die räumliche Anordnung von Habitatflächen, bestimmt. Da die Fragmentierung von Lebensräumen und die Anzahl bedrohter Tierarten stetig zunehmen, ist ein umfassendes Verständnis der Ursachen und Konsequenzen der Ausbreitung essenziel für das Management natürlicher Populationen sowie für die Entwicklung effektiver Schutzmaßnahmen. Eine gängige und sehr häufig angewandte Methode, Ausbreitung zu untersuchen, sind Fang-Wiederfang-Studien zum Laufverhalten einzelner Individuen. Dabei wird grundsätzlich davon ausgegangen, dass das Markieren und das Versetzen der Tiere keinerlei Einfluss auf deren Verhalten haben. Für die Analyse und Interpretation solcher Experimente ist es entscheidend, diesen Einfluss ausschließen zu können, da er die Effekte, die eigentlich untersucht werden sollen, überlagern kann. Kapitel 2 der vorliegenden Arbeit ist eine Fang-Wiederfang-Studie, die diese Annahme und damit den Einfluss des Versetzens auf das Laufverhalten der Blauflügelige Ödlandschrecke (Oedipoda caerulescens) untersucht. Wie sich zeigte, hat das Versetzen von Individuen auf eine geeignete, jedoch fremde Habitatfläche einen signifikanten Einfluss auf das Laufverhalten der versetzten Tiere. Versetzte Individuen legten größere Strecken zurück und zeigten ein geradlinigeres Bewegungsmuster als die Tiere, die genau an ihrem Fundort im „Heimathabitat“ wieder freigelassen wurden. Dieser Effekt war am ersten Tag nach der Freilassung der Versuchstiere am deutlichsten ausgeprägt, kann jedoch auch noch darüber hinaus anhalten. Die zurückgelegten Tagesstrecken der versetzten Individuen, die in eine ihnen unbekannte Habitatfläche verbracht wurden, waren im Durchschnitt 50 % länger, als die der nichtversetzten Tiere. In Abhängigkeit von der Dauer eines Experiments führt dies zu erheblichen Unterschieden hinsichtlich der Nettostrecken, die insgesamt von versetzten und nicht versetzten Tieren zurückgelegt werden. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die in Kapitel 2 präsentierten Ergebnisse deutlich zeigen, dass in zukünftigen Untersuchungen des Laufverhaltens von Arthropoden bzw. deren Ausbreitung, der Effekt des Versetzens berücksichtigt werden muss. Studien, die diesen Einfluss ignorieren, können zu falschen Vorhersagen bezüglich des Ausbreitungsverhaltens, der Fähigkeit geeignetes Habitat zu detektieren oder der Habitatpräferenzen einer Art führen. Neben direkter Beobachtung mittels Fang-Wiederfang-Methoden kommen auch genetische Methoden zur Anwendung, um das Ausbreitungsverhalten von Tieren zu untersuchen. Kapitel 3 beinhaltet Daten zur genetischen Struktur von Populationen der Zweifarbigen Beißschrecke (Metrioptera bicolor), einer Heuschreckenart mit ausgeprägtem Flügeldimorphismus. Die Untersuchung fand in einer räumlich strukturierten Landschaft statt, in der geeignete Habitatflächen verteilt in einer diversen Matrix von unterschiedlichen nicht-geeigneten Habitattypen vorliegen. Mit Hilfe von Mikrosatellitenmarkern wurde der Einfluss der geographischen Distanz und unterschiedlicher Matrixtypen auf die genetische Differenzierung von 24 lokalen Populationen von M. bicolor untersucht. Die Ergebnisse dieser Studie zeigen deutlich, dass der Isolationsgrad lokaler Populationen dieser Heuschreckenart wesentlich von der umgebenden Matrix abhängt. Wie sich zeigte, werden der Individuenaustausch und der damit verbundenen Genfluss zwischen den untersuchten Populationen wesentlich durch Wald und einen Fluss eingeschränkt, da das Vorhandensein dieser beiden Matrixtypen positiv mit dem Grad der genetischen Differenzierung zwischen den Populationen korrelierte. Zudem zeigte sich für eine Teilauswahl von Populationen, welche nur durch landwirtschaftlich genutzte Flächen und Siedlungen voneinander getrennt sind, eine signifikant positive Korrelation zwischen der paarweise berechneten genetischen und der geographischen Distanz zwischen zwei Populationen. Dies bedeutet eine größere Differenzierung der Populationen je weiter sie voneinander entfernt sind. Für den vollständigen Datensatz mit allen untersuchten Populationen, konnte dieser Zusammenhang nicht nachgewiesen werden. Am wahrscheinlichsten ist dies darauf zurück zu führen, dass der nachteilige Effekt von Wald und Fluss auf den Genfluss den Effekt der geographischen Distanz überlagert. Die Analysen in Kapitel 3 machen deutlich, dass sich verschiedene Matrixtypen unterschiedlich auf die Ausbreitung einer Art auswirken, und unterstreichen wie wichtig eine eingehende Betrachtung der Matrixqualität für Metapopulationsstudien ist. Studien mit Fokus auf den unterschiedlichen Einfluss verschiedener Matrixtypen können wesentlich genauere Informationen zur Ausbreitungsfähigkeit einer Art liefern, als eine alleinige Analyse des isolierenden Effekts der räumlichen Trennung von Populationen. Gerade solche Informationen sind essentiell und nötig, um landschaftsorientierte Modelle für den Artenschutz verbessern zu können. Zusätzlich zu dem unmittelbaren Einfluss der Struktur der Landschaft auf die realisierte Ausbreitung von Individuen (siehe Kapitel 3), kann Landschaft auch als evolutionärer Selektionsfaktor agieren, da sie Kosten und Nutzen der Ausbreitung bestimmt. Ein entsprechender Selektionsdruck sollte sich sowohl auf morphologische Merkmale und Verhaltensmerkmale eines Individuums als auch auf das Ausmaß, mit dem ein bestimmter Genotyp auf Variationen der Umwelt reagiert, auswirken. Kapitel 4 untersucht den Einfluss der Größe und der Isolation einer Habitatfläche, sowie der Habitatstabilität (in Form der Sanddynamik) auf die Thorax- und Flügellänge, als Maße für die Ausbreitungsfähigkeit, der Blauflügeligen Ödlandschrecke in einem Küstengebiet. Die vorliegende Studie zeigte deutliche, geschlechtsspezifische Effekte der Sanddynamik und der räumlichen Anordnung der Habitatflächen zueinander auf die untersuchten morphologischen Merkmalen. Mit zunehmender Flächengröße und abnehmender Habitatkonnektivität, waren die Männchen von O. caerulescens kleiner und hatten zudem kürzere Flügel. Männchen und Weibchen von instabilen Habitatflächen (gekennzeichnet durch eine hohe Sanddynamik) waren größer als die Individuen von stabileren Habitatflächen (geringerer Sanddynamik). Insgesamt machen die vorliegenden Ergebnisse deutlich, dass sowohl landschaftsbezogene als auch habitatflächenbezogene Umweltfaktoren für die individuelle Investition in ausreitungsrelevante, morphologische Merkmale von Bedeutung sind. Diese Ergebnisse stimmen mit den Vorhersagen theoretischer Modelle zur Evolution der Ausbreitung in Metapopulationen überein und liefern einen weiteren Nachweis dafür, dass ausbreitungsrelevante, morphologische Merkmale variieren und in kürzlich strukturierten Populationen einer Selektion unterliegen. Die Ausbreitung eines Individuums ist mit unterschiedlichen Fitnesskosten verbunden. Dazu zählen zum Beispiel: Ein erhöhtes Predationsrisiko, energetische Kosten, das Risiko kein geeignetes Habitat zu finden, Kosten die mit der Ausbildung von ausbreitungsrelevanten Merkmalen verbunden sind, sowie Reproduktionskosten. Die Entscheidung, ob sich ein Individuum ausbreitet, sollte daher nicht zufällig erfolgen, sondern von dessen Entwicklungsstadium oder dessen physiologischer Konstitution, sowie von aktuellen Umweltbedingungen abhängen. Man spricht von einer kontextbezogene Ausbreitung, die zum Beispiel vom Geschlecht oder der Flügelmorphe eines Individuums abhängt. Ein Ungleichgewicht in der Ausbreitung verschiedener Geschlechter oder Morphen wird als biased dispersal bezeichnet. Für die Untersuchung von biased dispersal werden häufig Weibchen und Männchen oder sesshafte und sich ausbreitende Individuen einer Art morphologisch, physiologisch oder hinsichtlich ihres Verhaltens miteinander verglichen. Für einige Taxa, insbesondere Heuschrecken, liegen bislang nur wenige Studien zum biased dispersal in Form von Fang-Wiederfang-Experimenten (die auch wirklich Ausbreitung und keine Routinebewegungen einzelner Individuen untersuchen) oder genetischen Analysen vor. Allerdings sind gerade Informationen hierzu von großer Bedeutung, da zum Beispiel ein unentdecktes biased dispersal dazu führen kann, dass falsche Schlüsse aus den Ergebnissen genetischer Untersuchungen gezogen werden. Kapitel 5 der vorliegenden Dissertation untersucht das Auftreten von biased dispersal der Zweifarbigen Beißschrecke unter Verwendung eines kombinierten Ansatzes morphologischer und genetischer Analysen. Die hier präsentierten Ergebnisse zeigen nicht nur, dass makroptere Individuen aufgrund ihrer Morphologie prädestiniert für die Ausbreitung sind. Auch die genetischen Daten deuten an, dass sich makroptere Tiere stärker ausbreiten als mikroptere Tiere. Darüber hinaus besitzen innerhalb der Gruppe der makropteren Individuen Männchen eine bessere Ausbreitungsfähigkeit als Weibchen. Um die Flugfähigkeit von M. bicolor beurteilen zu können, wurden die morphologischen Daten der vorliegenden Untersuchung mit den Ergebnissen von Studien über Locusta migratoria and Schistocerca gregaria verglichen. Beide Arten sind für ihr sehr gutes Flugvermögen bekannt. Darauf basierend ist für maktoptere Individuen von M. bicolor eine gute Flugfähigkeit anzunehmen, wenn auch in natürlichen Populationen fliegende Tiere dieser Art nur selten beobachtet werden. KW - Heuschrecken <Überfamilie> KW - capture-mark-recapture KW - patch connectivity KW - sand dynamics KW - populations genetics KW - biased dispersal KW - Populationsgenetik KW - Demökologie KW - Habitat KW - Ausbreitung KW - dispersal KW - orthoptera Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-135068 ER - TY - INPR A1 - Odenwald, Johanna A1 - Gabiatti, Bernardo A1 - Braune, Silke A1 - Shen, Siqi A1 - Zoltner, Martin A1 - Kramer, Susanne T1 - Beyond BioID: Streptavidin outcompetes antibody fluorescence signals in protein localization and readily visualises targets evading immunofluorescence detection T2 - eLife N2 - Immunofluorescence is a common method to localise proteins within their cellular context via fluorophore labelled antibodies and for some applications without alternative. However, some protein targets evade detection due to low protein abundance or accessibility issues. In addition, some imaging methods require a massive reduction in antigen density thus impeding detection of even medium-abundant proteins.Here, we show that the fusion of the target protein to TurboID, a biotin ligase labelling lysine residues in close proximity, and subsequent detection of biotinylation by fluorescent streptavidin offers an “all in one” solution to the above-mentioned restrictions. For a wide range of target proteins tested, the streptavidin signal was significantly stronger than an antibody signal, markedly improving the imaging sensitivity in expansion microscopy and correlative light and electron microscopy, with no loss in resolution. Importantly, proteins within phase-separated regions, such as the central channel of the nuclear pores, the nucleolus or RNA granules, were readily detected with streptavidin, while most antibodies fail to label proteins in these environments. When TurboID is used in tandem with an HA epitope tag, co-probing with streptavidin and anti-HA can be used to map antibody-accessibility to certain cellular regions. As a proof of principle, we mapped antibody access to all trypanosome nuclear pore proteins (NUPs) and found restricted antibody labelling of all FG NUPs of the central channel that are known to be phase-separated, while most non-FG Nups could be labelled. Lastly, we show that streptavidin imaging can resolve dynamic, temporally and spatially distinct sub-complexes and, in specific cases, reveal a history of dynamic protein interaction.In conclusion, streptavidin imaging has major advantages for the detection of lowly abundant or inaccessible proteins and in addition, can provide information on protein interactions and biophysical environment. KW - BioID KW - Streptavidin KW - antibody fluorescence signals KW - protein localization KW - immunofluorescence detection Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360704 ER - TY - JOUR A1 - Bartmann, Catharina A1 - Janaki Raman, Sudha R. A1 - Flöter, Jessica A1 - Schulze, Almut A1 - Bahlke, Katrin A1 - Willingstorfer, Jana A1 - Strunz, Maria A1 - Wöckel, Achim A1 - Klement, Rainer J. A1 - Kapp, Michaela A1 - Djuzenova, Cholpon S. A1 - Otto, Christoph A1 - Kämmerer, Ulrike T1 - Beta-hydroxybutyrate (3-OHB) can influence the energetic phenotype of breast cancer cells, but does not impact their proliferation and the response to chemotherapy or radiation JF - Cancer & Metabolism N2 - Background: Ketogenic diets (KDs) or short-term fasting are popular trends amongst supportive approaches for cancer patients. Beta-hydroxybutyrate (3-OHB) is the main physiological ketone body, whose concentration can reach plasma levels of 2–6 mM during KDs or fasting. The impact of 3-OHB on the biology of tumor cells described so far is contradictory. Therefore, we investigated the effect of a physiological concentration of 3 mM 3-OHB on metabolism, proliferation, and viability of breast cancer (BC) cells in vitro. Methods: Seven different human BC cell lines (BT20, BT474, HBL100, MCF-7, MDA-MB 231, MDA-MB 468, and T47D) were cultured in medium with 5 mM glucose in the presence of 3 mM 3-OHB at mild hypoxia (5% oxygen) or normoxia (21% oxygen). Metabolic profiling was performed by quantification of the turnover of glucose, lactate, and 3-OHB and by Seahorse metabolic flux analysis. Expression of key enzymes of ketolysis as well as the main monocarboxylic acid transporter MCT2 and the glucose-transporter GLUT1 was analyzed by RT-qPCR and Western blotting. The effect of 3-OHB on short- and long-term cell proliferation as well as chemo- and radiosensitivity were also analyzed. Results: 3-OHB significantly changed the oxygen consumption rate (OCR) and extracellular acidification rate (ECAR) in BT20 cells resulting in a more oxidative energetic phenotype. MCF-7 and MDA-MB 468 cells had increased ECAR only in response to 3-OHB, while the other three cell types remained uninfluenced. All cells expressed MCT2 and GLUT1, thus being able to uptake the metabolites. The consumption of 3-OHB was not strongly linked to mRNA overexpression of key enzymes of ketolysis and did not correlate with lactate production and glucose consumption. Neither 3-OHB nor acetoacetate did interfere with proliferation. Further, 3-OHB incubation did not modify the response of the tested BC cell lines to chemotherapy or radiation. Conclusions: We found that a physiological level of 3-OHB can change the energetic profile of some BC cell lines. However, 3-OHB failed to influence different biologic processes in these cells, e.g., cell proliferation and the response to common breast cancer chemotherapy and radiotherapy. Thus, we have no evidence that 3-OHB generally influences the biology of breast cancer cells in vitro. KW - ketogenic diet KW - β-Hydroxybutyrate KW - ketone bodies KW - breast cancer KW - seahorse KW - metabolic profile KW - chemotherapy KW - ionizing radiation Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-175607 VL - 6 IS - 8 ER - TY - RPRT A1 - Müller, Jörg A1 - Scherer-Lorenzen, Michael A1 - Ammer, Christian A1 - Eisenhauer, Nico A1 - Seidel, Dominik A1 - Schuldt, Bernhard A1 - Biedermann, Peter A1 - Schmitt, Thomas A1 - Künzer, Claudia A1 - Wegmann, Martin A1 - Cesarz, Simone A1 - Peters, Marcell A1 - Feldhaar, Heike A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Claßen, Alice A1 - Bässler, Claus A1 - von Oheimb, Goddert A1 - Fichtner, Andreas A1 - Thorn, Simon A1 - Weisser, Wolfgang T1 - BETA-FOR: Erhöhung der strukturellen Diversität zwischen Waldbeständen zur Erhöhung der Multidiversität und Multifunktionalität in Produktionswäldern. Antragstext für die DFG Forschungsgruppe FOR 5375 T1 - BETA-FOR: Enhancing the structural diversity between patches for improving multidiversity and multifunctionality in production forests. Proposal for DFG Research Unit FOR 5375 BT - β\(_4\) : Proposal for the 1st phase (2022-2026) of the DFG Research Unit FOR 5375/1 (DFG Forschergruppe FOR 5375/1 – BETA-FOR), Fabrikschleichach, October 2021 N2 - Der in jüngster Zeit beobachtete kontinuierliche Verlust der β-Diversität in Ökosystemen deutet auf homogene Gemeinschaften auf Landschaftsebene hin, was hauptsächlich auf die steigende Landnutzungsintensität zurückgeführt wird. Biologische Vielfalt ist mit zahlreichen Funktionen und der Stabilität von Ökosystemen verknüpft. Es ist daher zu erwarten, dass eine abnehmende β-Diversität auch die Multifunktionalität verringert. Wir kombinieren hier Fachwissen aus der Forstwissenschaft, der Ökologie, der Fernerkundung, der chemischen Ökologie und der Statistik in einem gemeinschaftlichen und experimentellen β-Diversitätsdesign, um einerseits die Auswirkungen der Homogenisierung zu bewerten und andererseits Konzepte zu entwickeln, um negative Auswirkungen durch Homogenisierung in Wäldern rückgängig zu machen. Konkret werden wir uns mit der Frage beschäftigen, ob die Verbesserung der strukturellen β-Komplexität (ESBC) in Wäldern durch Waldbau oder natürliche Störungen die Biodiversität und Multifunktionalität in ehemals homogenen Produktionswäldern erhöhen kann. Unser Ansatz wird mögliche Mechanismen hinter den beobachteten Homogenisierungs-Diversitäts-Beziehungen identifizieren und zeigen, wie sich diese auf die Multifunktionalität auswirken. An elf Standorten in ganz Deutschland haben wir dazu zwei Waldbestände als zwei kleine "Waldlandschaften" ausgewählt. In einem dieser beiden Bestände haben wir ESBC (Enhancement of Structural Beta Complexity)-Behandlungen durchgeführt. Im zweiten, dem Kontrollbestand, werden wir die gleich Anzahl 50x50m Parzellen ohne ESBC einrichten. Auf allen Parzellen werden wir 18 taxonomische Artengruppen aller trophischer Ebenen und 21 Ökosystemfunktionen, einschließlich der wichtigsten Funktionen in Wäldern der gemäßigten Zonen, messen. Der statistische Rahmen wird eine umfassende Analyse der Biodiversität ermöglichen, indem verschiedenen Aspekte (taxonomische, funktionelle und phylogenetische Vielfalt) auf verschiedenen Skalenebenen (α-, β-, γ-Diversität) quantifiziert werden. Um die Gesamtdiversität zu kombinieren, werden wir das Konzept der Multidiversität auf die 18 Taxa anwenden. Wir werden neue Ansätze zur Quantifizierung und Aufteilung der Multifunktionalität auf α- und β-Skalen verwenden und entwickeln. Durch die experimentelle Beschreibung des Zusammenhangs zwischen β-Diversität und Multifunktionalität in einer Reallandschaft wird unsere Forschung einen neuen Weg einschlagen. Darüber hinaus werden wir dazu beitragen, verbesserte Leitlinien für waldbauliche Konzepte und für das Management natürlicher Störungen zu entwickeln, um Homogenisierungseffekte der Vergangenheit umzukehren. N2 - The recently observed consistent loss of β-diversity across ecosystems indicates increasingly homogeneous communities in patches of landscapes, mainly caused by increasing land-use intensity. Biodiversity is related to numerous ecosystem functions and stability. Therefore, decreasing β-diversity is also expected to reduce multifunctionality. To assess the impact of homogenization and to develop guidelines to reverse its potentially negative effects, we combine expertise from forest science, ecology, remote sensing, chemical ecology and statistics in a collaborative and experimental β-diversity approach. Specifically, we will address the question whether the Enhancement of Structural Beta Complexity (ESBC) in forests by silviculture or natural disturbances will increase biodiversity and multifunctionality in formerly homogeneously structured production forests. Our approach will identify potential mechanisms behind observed homogenization-diversity-relationships and show how these translate into effects on multifunctionality. At eleven forest sites throughout Germany, we selected two districts as two types of small ‘forest landscapes’. In one of these two districts, we established ESBC treatments (nine differently treated 50x50 m patches with a focus on canopy cover and deadwood features). In the second, the control district, we will establish nine patches without ESBC. By a comprehensive sampling, we will monitor 18 taxonomic groups and measure 21 ecosystem functions, including key functions in temperate forests, on all patches. The statistical framework will allow a comprehensive biodiversity assessment by quantifying the different aspects of multitrophic biodiversity (taxonomical, functional and phylogenetic diversity) on different levels of biodiversity (α-, β-, γ-diversity). To combine overall diversity, we will apply the concept of multidiversity across the 18 taxa. We will use and develop new approaches for quantification and partitioning of multifunctionality at α- and β- scales. Overall, our study will herald a new research avenue, namely by experimentally describing the link between β-diversity and multifunctionality. Furthermore, we will help to develop guidelines for improved silvicultural concepts and concepts for management of natural disturbances in temperate forests reversing past homogenization effects. KW - Waldökosystem KW - Biodiversität KW - BETA-Multifunktionalität KW - beta-multifunctionality KW - BETA-Diversität KW - beta diversity KW - Forschungsstation Fabrikschleichach Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-290849 ER - TY - JOUR A1 - Ruedenauer, Fabian A. A1 - Raubenheimer, David A1 - Kessner-Beierlein, Daniela A1 - Grund-Mueller, Nils A1 - Noack, Lisa A1 - Spaethe, Johannes A1 - Leonhardt, Sara D. T1 - Best be(e) on low fat: linking nutrient perception, regulation and fitness JF - Ecology Letters N2 - Preventing malnutrition through consuming nutritionally appropriate resources represents a challenge for foraging animals. This is due to often high variation in the nutritional quality of available resources. Foragers consequently need to evaluate different food sources. However, even the same food source can provide a plethora of nutritional and non‐nutritional cues, which could serve for quality assessment. We show that bumblebees, Bombus terrestris , overcome this challenge by relying on lipids as nutritional cue when selecting pollen. The bees ‘prioritised’ lipid perception in learning experiments and avoided lipid consumption in feeding experiments, which supported survival and reproduction. In contrast, survival and reproduction were severely reduced by increased lipid contents. Our study highlights the importance of fat regulation for pollen foraging bumblebees. It also reveals that nutrient perception, nutrient regulation and reproductive fitness can be linked, which represents an effective strategy enabling quick foraging decisions that prevent malnutrition and maximise fitness. KW - bee decline KW - foraging KW - nutrition KW - plant-insect interactions KW - pollen quality KW - PER KW - resource use Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-208709 VL - 23 IS - 3 ER - TY - THES A1 - Gabel, Martin Sebastian T1 - Behavioural resistance to \(Varroa\) \(destructor\) in the Western honeybee \(Apis\) \(mellifera\) - Mechanisms leading to decreased mite reproduction T1 - Resistenzverhalten der Westlichen Honigbiene \(Apis\) \(mellifera\) gegen \(Varroa\) \(destructor\) - Zu verringerter Milbenreproduktion führende Mechanismen N2 - The Western Honeybee (Apis mellifera) is among the most versatile species in the world. Its adaptability is rooted in thousands of the differently specialized individuals acting jointly together. Thus, bees that are able to handle a certain task or condition well can back up other individuals less capable to do so on the colony level. Vice versa, the latter individuals might perform better in other situations. This evolutionary recipe for success ensures the survival of colonies despite challenging habitat conditions. In this context, the ectoparasitic mite Varroa destructor reflects the most pronounced biotic challenge to honeybees worldwide. Without proper treatment, infested colonies rapidly dwindle and ultimately die. Nevertheless, resistance behaviours against this parasite have evolved in some populations through natural selection, enabling colonies to survive untreated. In this, different behaviours appear to be adapted to the respective habitat conditions and may complement each other. Yet, the why and how of this behavioural response to the mite remains largely unknown. My thesis focuses on the biological background of Varroa-resistance traits in honeybees and presents important findings for the comprehension of this complex host-parasite interaction. Based on this, I draw implications for both, applied bee breeding and scientific investigations in the field of Varroa-resistance. Specifically, I focus on two traits commonly found in resistant and, to a lower degree, also mite-susceptible colonies: decreased mite reproduction and the uncapping and subsequent recapping of sealed brood cells. Examining failures in the reproductive success of mites as a primary mechanism of Varroa-resistance, I was able to link them to specific bee behaviours and external factors. Since mite reproduction and the brood rearing of bees are inevitably connected, I first investigated the effects of brood interruption on the reproductive success of mites. Brood interruption decreased the reproductive success of mites both immediately and in the long term. By examining the causes of reproductive failure, I could show that this was mainly due to an increased share of infertile mites. Furthermore, I proved that interruption in brood rearing significantly increased the expression of recapping behaviour. These findings consequently showed a dynamic modulation of mite reproduction and recapping, as well as a direct effect of brood interruption on both traits. To further elucidate the plasticity in the expression of both traits, I studied mite reproduction, recapping behaviour and infestation levels over the course of three years. The resulting extensive dataset unveiled a significant seasonal variation in mite reproduction and recapping. In addition, I show that recapping decreases the reproductive success of mites by increasing delayed developing female offspring and cells lacking male offspring. By establishing a novel picture-based brood investigation method, I could furthermore show that both the removal of brood cells and recapping activity specifically target brood ages in which mite offspring would be expected. Recapping, however, did not cause infertility of mites. Considering the findings of my first study, this points towards complementary mechanisms. This underlines the importance of increased recapping behaviour and decreased mite reproduction as resistance traits, while at the same time emphasising the challenges of reliable data acquisition. To pave the way for a practical application of these findings in breeding, we then investigated the heritability (i.e., the share of genotypic variation on the observed phenotypic variation) of the accounted traits. By elaborating comparable test protocols and compiling data from over 4,000 colonies, we could, for the first time, demonstrate that recapping of infested cells and decreased reproductive success of mites are heritable (and thus selectable) traits in managed honeybee populations. My thesis proves the importance of recapping and decreased mite reproduction as resistance traits and therefore valuable goals for breeding efforts. In this regard, I shed light on the underlying mechanisms of both traits, and present clear evidence for their interaction and heritability. N2 - Die Westliche Honigbiene (Apis mellifera) zählt zu den anpassungsfähigsten Arten der Welt. Diese Anpassungsfähigkeit liegt in der Zusammenarbeit tausender unterschiedlich spezialisierter Individuen begründet. Auf Volksebene können Bienen, die mit einer bestimmten Aufgabe oder Situation gut umgehen können, andere Individuen, die dies weniger gut können, absichern. Andererseits können Letztere womöglich mit anderen Situationen besser umgehen. Dieses evolutionäre Erfolgskonzept sichert das Überleben der Völker selbst unter herausfordernden Habitatbedingungen. Die ektoparasitäre Milbe Varroa destructor stellt in diesem Zusammenhang weltweit die größte biotische Herausforderung dar. Ohne entsprechende Behandlung siechen die Völker rasch dahin und sterben schlussendlich. In einigen Populationen haben sich jedoch Resistenzmechanismen durch natürliche Selektion herausgebildet, die es den Völkern ermöglichen, ohne Behandlung zu überleben. Die verschiedenen Verhaltensweisen scheinen dabei an die jeweiligen Habitatbedingungen angepasst zu sein und sich gegenseitig zu ergänzen. Was diese Reaktion auf die Milben auslöst und wie sie funktioniert ist allerdings noch weitestgehend unbekannt. Meine Dissertation fokussiert den biologischen Hintergrund von Varroa-resistenzmechanismen bei Honigbienen und stellt dabei wichtige Erkenntnisse zum Verständnis dieser komplexen Parasit-Wirt-Beziehung vor. Darauf aufbauend leite ich Implikationen für die angewandte Bienenzucht und wissenschaftliche Untersuchungen auf dem Gebiet der Varroa-resistenz ab. Hierbei konzentriere ich mich insbesondere auf zwei Merkmale, die häufig in resistenten Völkern zu finden sind: die reduzierte Milbenreproduktion und das Entdeckeln und Wiederverdeckeln bereits verschlossener Brutzellen. Beide Merkmale treten in geringerem Umfang auch in milbenanfälligen Populationen auf und sind daher von besonderem Interesse für jedwede Zuchtbemühung mit dem Ziel der Varroa-resistenz. Durch die Untersuchung von Fehlern in der Reproduktion der Milben, konnte ich diesen Hauptmechanismus der Varroa-resistenz mit Verhaltensweisen der Bienen, sowie äußeren Faktoren in Verbindung setzen. Da die Milbenvermehrung untrennbar mit der Brutaufzucht der Bienen verbunden ist, habe ich zunächst die Einflüsse von Brutunterbrechungen auf den Vermehrungserfolg der Milben untersucht. Diese Untersuchung zeigte auf, dass Brutunterbrechungen den Vermehrungserfolg der Milben sowohl kurzfristig, als auch langfristig herabsetzen. Durch die Untersuchung der jeweils zugrundeliegenden Ursachen gescheiterter Milbenreproduktion konnte ich zeigen, dass dies vor Allem auf einen gesteigerten Anteil infertiler Milben zurückzuführen war. Des Weiteren konnte ich beweisen, dass die Unterbrechung der Brutaufzucht die Ausprägung des Wiederverdeckelns signifikant verstärkte. Folglich zeigten diese Ergebnisse eine dynamische Anpassung der Milbenreproduktion und des Wiederverdeckelns, sowie einen direkten Einfluss der Brutunterbrechungen auf beide Eigenschaften. Um die Plastizität der Ausprägung beider Merkmale genauer zu erklären, untersuchte ich daraufhin drei Jahre lang die Milbenvermehrung, das Verhalten des Wiederverdeckelns, sowie die Befallsentwicklung. Daraus resultierte ein umfangreicher Datensatz, der eine signifikante saisonale Variation der Milbenvermehrung und des Wiederverdeckelns belegte. Ich konnte außerdem eindeutig beweisen, dass das Wiederverdeckeln den Reproduktionserfolg der Milben herabsetzt, indem es die Anteile von verzögert heranwachsenden weiblichen Nachkommen und fehlenden Männchen steigert. Durch Anwendung einer neuartigen Bild-basierten Methode der Brutuntersuchung, konnte ich darüber hinaus zeigen, dass sich sowohl das Ausräumen, als auch das Wiederverdeckeln von Brutzellen auf Brutalter konzentriert, in denen Milbennachwuchs erwartet werden würde. Das Wiederverdeckeln trug jedoch nicht zur Infertilität der Milben bei, was zusammen mit den Ergebnissen meiner ersten Untersuchung auf komplementäre Mechanismen hinweist. Dies unterstreicht die Bedeutung des Wiederverdeckelns und der verminderten Milbenreproduktion als Resistenzmechanismen, hebt aber gleichzeitig auch die Herausforderungen einer verlässlichen Datenerhebung hervor. Um den Weg für die praktische Anwendung dieser Erkenntnisse in der Zuchtarbeit zu ebnen, untersuchten wir daraufhin die Erblichkeit (den Anteil der genotypischen Variation an der beobachteten phänotypischen Variation) der betrachteten Merkmale. Durch das Erarbeiten vergleichbarer Prüfprotokolle und Zusammenführen von Daten aus über 4000 Völkern, konnten wir erstmalig zeigen, dass das Wiederverdeckeln befallener Zellen und der verminderte Vermehrungserfolg der Milben erbliche und damit selektierbare Merkmale in bewirtschafteten Honigbienenpopulationen sind. Meine Dissertation beweist die Relevanz des Wiederverdeckelns und der verminderten Milbenreproduktion als Resistenzmerkmale und damit lohnende Ziele für Zuchtbemühungen. In diesem Zusammenhang beleuchtete ich verschiedene Mechanismen, die der Ausprägung beider Merkmale zugrunde liegen und lieferte eindeutige Beweise für deren Interaktion und Erblichkeit. KW - Varroa destructor KW - Resistenz KW - Biene KW - mite non-reproduction KW - recapping KW - Varroa resistance KW - biotechnical Varroa control KW - heritability KW - selection KW - honeybees KW - Varroa mites KW - Züchtung KW - Apis mellifera KW - Breeding Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360536 ER - TY - JOUR A1 - El-Keredy, Amira A1 - Schleyer, Michael A1 - König, Christian A1 - Ekim, Aslihan A1 - Gerber, Bertram T1 - Behavioural Analyses of Quinine Processing in Choice, Feeding and Learning of Larval Drosophila JF - PLoS One N2 - Gustatory stimuli can support both immediate reflexive behaviour, such as choice and feeding, and can drive internal reinforcement in associative learning. For larval Drosophila, we here provide a first systematic behavioural analysis of these functions with respect to quinine as a study case of a substance which humans report as "tasting bitter". We describe the dose-effect functions for these different kinds of behaviour and find that a half-maximal effect of quinine to suppress feeding needs substantially higher quinine concentrations (2.0 mM) than is the case for internal reinforcement (0.6 mM). Interestingly, in previous studies (Niewalda et al. 2008, Schipanski et al 2008) we had found the reverse for sodium chloride and fructose/sucrose, such that dose-effect functions for those tastants were shifted towards lower concentrations for feeding as compared to reinforcement, arguing that the differences in dose-effect function between these behaviours do not reflect artefacts of the types of assay used. The current results regarding quinine thus provide a starting point to investigate how the gustatory system is organized on the cellular and/or molecular level to result in different behavioural tuning curves towards a bitter tastant. KW - honeybees KW - chemosensory system KW - bitter taste KW - melanogaster KW - receptor KW - reward KW - brain KW - organization KW - architecture KW - perception Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-130811 VL - 7 IS - 7 ER - TY - JOUR A1 - Chen, Yi-chun A1 - Mishra, Dushyant A1 - Gläß, Sebastian A1 - Gerber, Bertram T1 - Behavioral Evidence for Enhanced Processing of the Minor Component of Binary Odor Mixtures in Larval Drosophila JF - Frontiers in Psychology N2 - A fundamental problem in deciding between mutually exclusive options is that the decision needs to be categorical although the properties of the options often differ but in grade. We developed an experimental handle to study this aspect of behavior organization. Larval Drosophila were trained such that in one set of animals odor A was rewarded, but odor B was not (A+/B), whereas a second set of animals was trained reciprocally (A/B+). We then measured the preference of the larvae either for A, or for B, or for “morphed” mixtures of A and B, that is for mixtures differing in the ratio of the two components. As expected, the larvae showed higher preference when only the previously rewarded odor was presented than when only the previously unrewarded odor was presented. For mixtures of A and B that differed in the ratio of the two components, the major component dominated preference behavior—but it dominated less than expected from a linear relationship between mixture ratio and preference behavior. This suggests that a minor component can have an enhanced impact in a mixture, relative to such a linear expectation. The current paradigm may prove useful in understanding how nervous systems generate discrete outputs in the face of inputs that differ only gradually. KW - learning KW - memory KW - perception KW - compound conditioning KW - decision-making KW - Drosophila Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-170011 VL - 8 IS - 1923 ER - TY - JOUR A1 - Sponsler, Douglas B. A1 - Bratman, Eve Z. T1 - Beekeeping in, of or for the city? A socioecological perspective on urban apiculture JF - People and Nature N2 - The term ‘urban beekeeping’ connotes a host of meanings—sociopolitical, commercial, ecological and personal—beyond the mere description of where bees and beekeepers happen to coincide. Yet, these meanings are seldom articulated explicitly or brought into critical engagement with the relevant fields of urban ecology and political ecology. Beginning with a brief account of the history of urban beekeeping in the United States, we draw upon urban ecological theory to construct a conceptual model of urban beekeeping that distinguishes beekeeping in, of and for the city. In our model, beekeeping in the city describes the mere importation of the traditionally rural practice of beekeeping into urban spaces for the private reasons of the individual beekeeper, whereas beekeeping of the city describes beekeeping that is consciously tailored to the urban context, often accompanied by (semi)professionalization of beekeepers and the formation of local expert communities (i.e. beekeeping associations). Beekeeping for the city describes a shift in mindset in which beekeeping is directed to civic ends beyond the boundaries of the beekeeping community per se. Using this framework, we identify and discuss specific socioecological assets and liabilities of urban beekeeping, and how these relate to beekeeping in, of and for the city. We then formulate actionable guidelines for maturing the practice of urban beekeeping into a beneficent and self‐critical form of urban ecological citizenship; these include fostering self‐regulation within the beekeeping community, harnessing beekeeping as a ‘gateway’ experience for a broader rapprochement between urban residents and nature, and recognizing the political‐ecological context of beekeeping with respect to matters of socioecological justice. KW - environmental justice KW - honey bee KW - multispecies studies KW - policy KW - pollinator KW - urban greening Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-239949 VL - 3 IS - 3 SP - 550 EP - 559 ER - TY - JOUR A1 - Stein, Katharina A1 - Coulibaly, Drissa A1 - Stenchly, Kathrin A1 - Goetze, Dethardt A1 - Porembski, Stefan A1 - Lindner, André A1 - Konaté, Souleymane A1 - Linsenmair, Eduard K. T1 - Bee pollination increases yield quantity and quality of cash crops in Burkina Faso, West Africa JF - Scientific Reports N2 - Mutualistic biotic interactions as among flowering plants and their animal pollinators are a key component of biodiversity. Pollination, especially by insects, is a key element in ecosystem functioning, and hence constitutes an ecosystem service of global importance. Not only sexual reproduction of plants is ensured, but also yields are stabilized and genetic variability of crops is maintained, counteracting inbreeding depression and facilitating system resilience. While experiencing rapid environmental change, there is an increased demand for food and income security, especially in sub-Saharan communities, which are highly dependent on small scale agriculture. By combining exclusion experiments, pollinator surveys and field manipulations, this study for the first time quantifies the contribution of bee pollinators to smallholders’ production of the major cash crops, cotton and sesame, in Burkina Faso. Pollination by honeybees and wild bees significantly increased yield quantity and quality on average up to 62%, while exclusion of pollinators caused an average yield gap of 37% in cotton and 59% in sesame. Self-pollination revealed inbreeding depression effects on fruit set and low germination rates in the F1-generation. Our results highlight potential negative consequences of any pollinator decline, provoking risks to agriculture and compromising crop yields in sub-Saharan West Africa. KW - bees KW - pollination KW - Burkina Faso KW - cash crops KW - cotton KW - sesame Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-169914 VL - 7 IS - 17691 ER - TY - JOUR A1 - Klatt, Björn K. A1 - Holzschuh, Andrea A1 - Westphal, Catrin A1 - Clough, Yann A1 - Smit, Inga A1 - Pawelzik, Elke A1 - Tscharntke, Teja T1 - Bee pollination improves crop quality, shelf life and commercial value JF - Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences N2 - Pollination improves the yield of most crop species and contributes to one-third of global crop production, but comprehensive benefits including crop quality are still unknown. Hence, pollination is underestimated by international policies, which is particularly alarming in times of agricultural intensification and diminishing pollination services. In this study, exclusion experiments with strawberries showed bee pollination to improve fruit quality, quantity and market value compared with wind and self-pollination. Bee-pollinated fruits were heavier, had less malformations and reached higher commercial grades. They had increased redness and reduced sugar–acid–ratios and were firmer, thus improving the commercially important shelf life. Longer shelf life reduced fruit loss by at least 11%. This is accounting for 0.32 billion US$ of the 1.44 billion US$ provided by bee pollination to the total value of 2.90 billion US$ made with strawberry selling in the European Union 2009. The fruit quality and yield effects are driven by the pollination-mediated production of hormonal growth regulators, which occur in several pollination-dependent crops. Thus, our comprehensive findings should be transferable to a wide range of crops and demonstrate bee pollination to be a hitherto underestimated but vital and economically important determinant of fruit quality. KW - commercial grades KW - ecosystem services KW - post-harvest quality KW - shelf life KW - strawberry KW - crop yield KW - ecology Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-120797 VL - 281 IS - 1775 ER - TY - THES A1 - Seitz, Nicola T1 - Bee demise and bee rise: From honey bee colony losses to finding measures for advancing entire bee communities T1 - Bienenschwund und Bienenaufschwung: Von Honigbienen-Kolonieverlusten zur Förderung von gesamten Bienengemeinschaften N2 - My dissertation comprises three studies: (1) an assessment of honey bee colony losses in the USA between 2014 and 2015, (2) an exploration of the potential of reclaimed sand mines as bee habitat, and (3) an evaluation of native and non-native pollinator friendly plants in regard to their attraction to bees. While the first study focuses on honey bees, the latter two studies primarily take wild bees or entire bee communities in focus. The study on honey bee colony losses was conducted within the framework of the Bee Informed Partnership (BIP, beeinformed.org) and aligns with the annual colony loss surveys which have been conducted in the USA since the winter of 2006/2007. It was the fourth year for which summer and annual losses were calculated in addition to winter losses. Among participants, backyard beekeepers were the largest group (n = 5690), although sideline (n = 169) and commercial (n = 78) beekeepers managed the majority (91.7 %) of the 414 267 surveyed colonies. Overall, 15.1 % of the estimated 2.74 million managed colonies in the USA were included in the study. Total honey bee colony losses (based on the entirety of included colonies) were higher in summer (25.3 %) than in winter (22.3 %) and amounted to 40.6 % for the entire 2014/2015 beekeeping year. Average colony losses per beekeeper or operation were higher in winter (43.7 %) than in summer (14.7 %) and amounted to 49 % for the entire 2014/2015 beekeeping year. Due to the dominance of backyard beekeepers among participants, average losses per operation (or unweighted loss) stronger reflected this smaller type of beekeeper. Backyard beekeepers mainly named colony management issues (e.g., starvation, weak colony in the fall) as causes for mortality, while sideline and commercial beekeepers stronger emphasized parasites or factors outside their control (e.g., varroa, nosema, queen failure). The second study took place at reclaimed sand mines. Sand mines represent anthropogenically impacted habitats found worldwide, which bear potential for bee conservation. Although floral resources can be limited at these habitats, vegetation free patches of open sandy soils and embankments may offer good nesting possibilities for sand restricted and other bees. We compared bee communities as found in three reclaimed sand mines and at adjacent roadside meadows in Maryland, USA, over two years. Both sand mines and roadsides hosted diverse bee communities with 111 and 88 bee species, respectively. Bee abundances as well as richness and Shannon diversity of bee species were higher in sand mines than at roadsides and negatively correlated with the percentage of vegetational ground cover. Species composition also differed significantly between habitats. Sand mines hosted a higher proportion of ground nesters, more uncommon and more ‘sand loving’ bees similar to natural sandy areas of Maryland. Despite the destruction of the original pre-mining habitat, sand mines thus appear to represent a unique habitat for wild bees, particularly when natural vegetation and open sand spots are encouraged. Considering habitat loss, the lack of natural disturbance regimes, and ongoing declines of wild bees, sand mines could add promising opportunities for bee conservation which has hitherto mainly focused on agricultural and urban habitats. The third study was an experimental field study on pollinator friendly plants. Bees rely on the pollen and nectar of plants as their food source. Therefore, pollinator friendly plantings are often used for habitat enhancements in bee conservation. Non-native pollinator friendly plants may aid in bee conservation efforts, but have not been tested and compared with native pollinator friendly plants in a common garden experiment. In this study, we seeded mixes of 20 native and 20 non-native pollinator friendly plants in two separate plots at three sites in Maryland, USA. For two years, we recorded flower visitors to the plants throughout the blooming period and additionally sampled bees with pan traps. A total of 3744 bees (120 species) were sampled in the study. Of these, 1708 bees (72 species) were hand netted directly from flowers for comparisons between native and non-native plants. Depending on the season, bee abundance and species richness was either similar or lower (early season and for richness also late season) at native plots compared to non-native plots. Additionally, the overall bee community composition differed significantly between native and non-native plots. Furthermore, native plants were associated with more specialized plant-bee visitation networks compared to non-native plants. In general, visitation networks were more specialized in the early season than the later seasons. Four species (Bombus impatiens, Halictus poeyi/ligatus, Lasioglossum pilosum, and Xylocopa virginica) out of the five most abundant bee species (also including Apis mellifera) foraged more specialized on native than non-native plants. Our study showed that non-native plants were well accepted by a diverse bee community and had a similar to higher attraction for bees compared to native plants. However, we also demonstrated alterations in foraging behavior, bee community assemblage, and visitation networks. As long as used with caution, non-native plants can be a useful addition to native pollinator friendly plantings. This study gives a first example of a direct comparison between native and non-native pollinator friendly plants. N2 - Meine Dissertation umfasst drei Studien: (1) eine Erfassung von Honigbienen-Kolonieverlusten in den USA zwischen 2014 und 2015, (2) die Erforschung des Potenzials renaturierter Sandminen als Habitat für Bienen und (3) eine Evaluierung nativer sowie standortfremder bestäuberfreundlicher Pflanzen hinsichtlich ihrer Attraktivität für Bienen. Während die erste Studie Honigbienen im Fokus hat, verschiebt sich der Fokus der zwei weiteren Studien hin zu Wildbienen bzw. gesamten Bienengemeinschaften. Die Studie zu Honigbienenkolonieverlusten wurde im Rahmen des Bee Informed Partnerships (BIP, beeinformed.org) durchgeführt und reiht sich ein in die seit dem Winter 2006/2007 jährlich durchgeführten Untersuchungen in den USA. Es ist das vierte Jahr in dem Sommer- und Jahresverluste zusätzlich zu den Winterverlusten kalkuliert wurden. Unter den Teilnehmern bildete die Gruppe der Hobby-Imker den größten Anteil (n = 5690), obwohl nebenberufliche (n = 169) und kommerzielle (n = 78) Imker den Großteil (91,7 %) der 414 267 begutachteten Bienenvölkern bzw. Kolonien hielten. Insgesamt enthielt die Studie 15,1 % der auf 2,74 Mio. geschätzten Gesamtzahl an gehaltenen Bienenvölkern in den USA. Die Gesamtverluste an Honigbienenvölkern (basierend auf der Gesamtheit der erfassten Völker) waren im Sommer mit 25,3 % höher als im Winter mit 22,3 % und bezifferten sich auf 40,6 % für das gesamte Imkerjahr in 2014/2015. Durchschnittliche Kolonieverluste pro Imkerbetrieb waren höher im Winter (43,7 %) als im Sommer (14,7 %) und betrugen 49 % für das gesamte Imkerjahr in 2014/2015. Aufgrund der hohen Anzahl an Hobby-Imkern unter den Teilnehmern reflektieren die durchschnittlichen Kolonieverluste pro Imkerbetrieb (oder ungewichtete Verluste) v.a. die Situation dieser kleineren Imkerbetriebe. Hobby-Imker nannten als Gründe für die Honigbienenmortalität hauptsächlich Probleme des Koloniemanagements (z.B. Verhungerung, schwache Völker im Herbst), während nebenberufliche und kommerzielle Imker stärker Faktoren betonten, die außerhalb ihrer Kontrolle lagen (z.B. Varroamilben, Nosemasporen, Versagen der Königin). Die zweite Studie fand in renaturierten Sandminen statt. Sandminen sind weltweit zu findende anthropogen veränderte Landschaften, die ein Potenzial für Bienenschutz haben. Obwohl florale Ressourcen in diesen Habitaten limitiert sein können, könnten die vegetationsfreien Flecken auf offenen Sandböden und Böschungen gute Nistplätze für auf Sand spezialisierte und andere Bienen bieten. Wir haben Bienengemeinschaften aus drei renaturierten Sandminen sowie jeweils nahe gelegenen bepflanzten Straßenrändern in Maryland, USA verglichen. Sowohl die Sandminen als auch die Straßenränder enthielten vielfältige Bienengemeinschaften mit 111 (Sandminen) und 88 (Straßenränder) Bienenarten. Bienenabundanz, Artenreichtum und Shannon Diversität waren höher in den Sandminen als an den Straßenrändern und korrelierten negativ mit dem Anteil an vorhandener Bodenvegetation. Darüber hinaus unterschied sich die Artzusammensetzung signifikant zwischen den beiden Habitattypen. Sandminen enthielten einen größeren Anteil an Bodennistern, mehr seltene Arten und mehr sandliebende Arten, ähnlich natürlicher sandiger Gebiete in Maryland. Trotz der Zerstörung des ursprünglichen prä-Minen Habitats, scheinen Sandminen daher ein einzigartiges Bienenhabitat für Wildbienen darzustellen, besonders wenn die natürliche Besiedlung von Vegetation und offene Sandflächen gefördert werden. Im Hinblick auf Habitatverluste, auf das Fehlen von natürlichen Landschaftsstörungen und auf den weiterschreitenden Rückgang an Wildbienen, könnten Sandminen eine vielversprechende Möglichkeit für Bienenschutz darstellen, der sich bisher stark auf landwirtschaftliche und urbane Habitate konzentrierte. Bei der dritten Studie handelt es sich um eine experimentelle Feldstudie zu bestäuberfreundlichen Pflanzen. Bienen sind auf Pollen und Nektar von Pflanzen als Nahrungsquelle angewiesen. Aus diesem Grund werden bestäuberfreundliche Pflanzen oft für Habitatverbesserungen im Rahmen von Bienenschutzmaßnahmen gepflanzt. Standortfremde bestäuberfreundliche Pflanzen können dabei die Bienenschutzmaßnahmen unterstützen, wurden aber bisher nicht in einem Common Garden Experiment zusammen mit nativen bestäuberfreundlichen Pflanzen getestet bzw. verglichen. In dieser Studie haben wir Saatgutmischungen mit jeweils 20 nativen und 20 standortfremden Pflanzen in zwei separaten Plots in drei Gebieten in Maryland, USA ausgesät. Zwei Jahre lang protokollierten wir über die gesamten Blühzeiträume hinweg Pflanzenbesucher und sammelten Bienen mit Farbschalen. Insgesamt erfassten wir 3744 Bienen (120 Arten), von denen 1708 Individuen (72 Arten) per Hand direkt von den Blüten gesammelt wurden für die Vergleiche zwischen nativen und standortfremden Pflanzen. Abhängig von der Saison waren Bienenabundanz und Artenreichtum entweder ähnlich oder niedriger (frühe Saison und für Artenreichtum auch späte Saison) in nativen Plots verglichen mit den standortfremden Plots. Zusätzlich unterschied sich die Zusammensetzung der Bienengemeinschaft signifikant zwischen nativen und standortfremnden Pflanzen. Darüber hinaus waren die Bienen-Pflanzen-Besuchs-Netzwerke nativer Pflanzen spezialisierter als die Besuchs-Netzwerke standortfremder Pflanzen. Im Allgemeinen waren die Besuchs-Netzwerke in der frühen Saison spezialisierter als in der späten Saison. Vier Arten (Bombus impatiens, Halictus poeyi/ligatus, Lasioglossum pilosum, und Xylocopa virginica) der fünf am häufigsten vorkommenden Arten (zusätzlich auch Apis mellifera) fouragierten spezialisierter auf nativen Pflanzen als auf standortfremden Pflanzen. Unsere Studie zeigte, dass standortfremde Pflanzen weitläufig von einer artenreichen Bienengemeinschaft angenommen wurden und eine ähnliche bis höhere Attraktivität für Bienen aufwiesen verglichen mit nativen Pflanzen. Allerdings demonstrierten wir auch Änderungen im Fouragierverhalten, in der Zusammensetzung der Bienengemeinschaft und in den Besuchs-Netzwerken. Insgesamt kann ein vorsichtiger Einsatz standortfremder Pflanzen eine sinnvolle Ergänzung zu nativen bestäuberfreundlichen Anpflanzungen sein. Diese Studie stellt ein erstes Beispiel eines direkten Vergleichs von nativen und standortfremden bestäuberfreundlichen Anpflanzungen dar. KW - Biene KW - Wildbienen KW - Renaturierung <Ökologie> KW - Naturschutz KW - Honigbienen KW - exotische Pflanzen KW - Sandminen KW - Pflanzen-Bienen-Netzwerke KW - bestäuberfreundliche Pflanzen KW - wild bees KW - honey bees KW - sand mine KW - pollinator friendly plants KW - plant-bee visitation networks Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-184180 ER - TY - JOUR A1 - Stoll, Sascha A1 - Feldhaar, Heike A1 - Fraunholz, Martin J. A1 - Gross, Roy T1 - Bacteriocyte dynamics during development of a holometabolous insect, the carpenter ant Camponotus floridanus N2 - Background: The carpenter ant Camponotus floridanus harbors obligate intracellular mutualistic bacteria (Blochmannia floridanus) in specialized cells, the bacteriocytes, intercalated in their midgut tissue. The diffuse distribution of bacteriocytes over the midgut tissue is in contrast to many other insects carrying endosymbionts in specialized tissues which are often connected to the midgut but form a distinct organ, the bacteriome. C.floridanus is a holometabolous insect which undergoes a complete metamorphosis. During pupal stages a complete restructuring of the inner organs including the digestive tract takes place. So far, nothing was known about maintenance of endosymbionts during this life stage of a holometabolous insect. It was shown previously that the number of Blochmannia increases strongly during metamorphosis. This implicates an important function of Blochmannia in this developmental phase during which the animals are metabolically very active but do not have access to external food resources. Previous experiments have shown a nutritional contribution of the bacteria to host metabolism by production of essential amino acids and urease-mediated nitrogen recycling. In adult hosts the symbiosis appears to degenerate with increasing age of the animals. Results: We investigated the distribution and dynamics of endosymbiotic bacteria and bacteriocytes at different stages during development of the animals from larva to imago by confocal laser scanning microscopy. The number of bacteriocytes in relation to symbiont-free midgut cells varied strongly over different developmental stages. Especially during metamorphosis the relative number of bacteria-filled bacteriocytes increased strongly when the larval midgut epithelium is shed. During this developmental stage the midgut itself became a huge symbiotic organ consisting almost exclusively of cells harboring bacteria. In fact, during this phase some bacteria were also found in midgut cells other than bacteriocytes indicating a cell-invasive capacity of Blochmannia. In adult animals the number of bacteriocytes generally decreased. Conclusions: During the life cycle of the animals the distribution of bacteriocytes and of Blochmannia endosymbionts is remarkably dynamic. Our data show how the endosymbiont is retained within the midgut tissue during metamorphosis thereby ensuring the maintenance of the intracellular endosymbiosis despite a massive reorganization of the midgut tissue. The transformation of the entire midgut into a symbiotic organ during pupal stages underscores the important role of Blochmannia for its host in particular during metamorphosis. KW - Camponotus floridanus KW - carpenter ant Y1 - 2010 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-67950 ER - TY - JOUR A1 - Goebel, Werner A1 - Chakraborty, T. A1 - Kreft, Jürgen T1 - Bacterial hemolysins as virulence factors N2 - No abstract available KW - Biologie Y1 - 1988 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-60553 ER - TY - JOUR A1 - von Jagow, Gerhard A1 - Sebald, Walter T1 - b-Type cytochromes N2 - No abstract available KW - Biochemie Y1 - 1980 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-47383 ER - TY - JOUR A1 - Brenner, Daniela A1 - Geiger, Nina A1 - Schlegel, Jan A1 - Diesendorf, Viktoria A1 - Kersting, Louise A1 - Fink, Julian A1 - Stelz, Linda A1 - Schneider-Schaulies, Sibylle A1 - Sauer, Markus A1 - Bodem, Jochen A1 - Seibel, Jürgen T1 - Azido-ceramides, a tool to analyse SARS-CoV-2 replication and inhibition — SARS-CoV-2 is inhibited by ceramides JF - International Journal of Molecular Sciences N2 - Recently, we have shown that C6-ceramides efficiently suppress viral replication by trapping the virus in lysosomes. Here, we use antiviral assays to evaluate a synthetic ceramide derivative α-NH2-ω-N3-C6-ceramide (AKS461) and to confirm the biological activity of C6-ceramides inhibiting SARS-CoV-2. Click-labeling with a fluorophore demonstrated that AKS461 accumulates in lysosomes. Previously, it has been shown that suppression of SARS-CoV-2 replication can be cell-type specific. Thus, AKS461 inhibited SARS-CoV-2 replication in Huh-7, Vero, and Calu-3 cells up to 2.5 orders of magnitude. The results were confirmed by CoronaFISH, indicating that AKS461 acts comparable to the unmodified C6-ceramide. Thus, AKS461 serves as a tool to study ceramide-associated cellular and viral pathways, such as SARS-CoV-2 infections, and it helped to identify lysosomes as the central organelle of C6-ceramides to inhibit viral replication. KW - ceramides KW - SARS-CoV-2 KW - azido-ceramides KW - sphingolipids Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-313581 SN - 1422-0067 VL - 24 IS - 8 ER - TY - JOUR A1 - Arenas, Andrés A1 - Roces, Flavio T1 - Avoidance of plants unsuitable for the symbiotic fungus in leaf-cutting ants: Learning can take place entirely at the colony dump JF - PLoS ONE N2 - Plants initially accepted by foraging leaf-cutting ants are later avoided if they prove unsuitable for their symbiotic fungus. Plant avoidance is mediated by the waste produced in the fungus garden soon after the incorporation of the unsuitable leaves, as foragers can learn plant odors and cues from the damaged fungus that are both present in the recently produced waste particles. We asked whether avoidance learning of plants unsuitable for the symbiotic fungus can take place entirely at the colony dump. In order to investigate whether cues available in the waste chamber induce plant avoidance in naïve subcolonies, we exchanged the waste produced by subcolonies fed either fungicide-treated privet leaves or untreated leaves and measured the acceptance of untreated privet leaves before and after the exchange of waste. Second, we evaluated whether foragers could perceive the avoidance cues directly at the dump by quantifying the visits of labeled foragers to the waste chamber. Finally, we asked whether foragers learn to specifically avoid untreated leaves of a plant after a confinement over 3 hours in the dump of subcolonies that were previously fed fungicide-treated leaves of that species. After the exchange of the waste chambers, workers from subcolonies that had access to waste from fungicide-treated privet leaves learned to avoid that plant. One-third of the labeled foragers visited the dump. Furthermore, naïve foragers learned to avoid a specific, previously unsuitable plant if exposed solely to cues of the dump during confinement. We suggest that cues at the dump enable foragers to predict the unsuitable effects of plants even if they had never been experienced in the fungus garden. KW - leaves KW - ants KW - fungi KW - foraging KW - animal sociality KW - social systems KW - learning KW - symbiosis Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-157559 VL - 12 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Paponov, Ivan A. A1 - Dindas , Julian A1 - Król , Elżbieta A1 - Friz, Tatyana A1 - Budnyk, Vadym A1 - Teale, William A1 - Paponov, Martina A1 - Hedrich , Rainer A1 - Palme, Klaus T1 - Auxin-Induced plasma membrane depolarization is regulated by Auxin transport and not by AUXIN BINDING PROTEIN1 JF - Frontiers in Plant Science N2 - Auxin is a molecule, which controls many aspects of plant development through both transcriptional and non-transcriptional signaling responses. AUXIN BINDING PROTEIN1 (ABP1) is a putative receptor for rapid non-transcriptional auxin-induced changes in plasma membrane depolarization and endocytosis rates. However, the mechanism of ABP1-mediated signaling is poorly understood. Here we show that membrane depolarization and endocytosis inhibition are ABP1-independent responses and that auxin-induced plasma membrane depolarization is instead dependent on the auxin influx carrier AUX1. AUX1 was itself not involved in the regulation of endocytosis. Auxin-dependent depolarization of the plasma membrane was also modulated by the auxin efflux carrier PIN2. These data establish a new connection between auxin transport and non-transcriptional auxin signaling. KW - auxin KW - ABP1 KW - plasma membrane depolarization KW - AUX1 KW - endocytosis Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-195914 SN - 1664-462X VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Mainz, Laura A1 - Sarhan, Mohamed A. F. E. A1 - Roth, Sabine A1 - Sauer, Ursula A1 - Maurus, Katja A1 - Hartmann, Elena M. A1 - Seibert, Helen-Desiree A1 - Rosenwald, Andreas A1 - Diefenbacher, Markus E. A1 - Rosenfeldt, Mathias T. T1 - Autophagy blockage reduces the incidence of pancreatic ductal adenocarcinoma in the context of mutant Trp53 JF - Frontiers in Cell and Developmental Biology N2 - Macroautophagy (hereafter referred to as autophagy) is a homeostatic process that preserves cellular integrity. In mice, autophagy regulates pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) development in a manner dependent on the status of the tumor suppressor gene Trp53. Studies published so far have investigated the impact of autophagy blockage in tumors arising from Trp53-hemizygous or -homozygous tissue. In contrast, in human PDACs the tumor suppressor gene TP53 is mutated rather than allelically lost, and TP53 mutants retain pathobiological functions that differ from complete allelic loss. In order to better represent the patient situation, we have investigated PDAC development in a well-characterized genetically engineered mouse model (GEMM) of PDAC with mutant Trp53 (Trp53\(^{R172H}\)) and deletion of the essential autophagy gene Atg7. Autophagy blockage reduced PDAC incidence but had no impact on survival time in the subset of animals that formed a tumor. In the absence of Atg7, non-tumor-bearing mice reached a similar age as animals with malignant disease. However, the architecture of autophagy-deficient, tumor-free pancreata was effaced, normal acinar tissue was largely replaced with low-grade pancreatic intraepithelial neoplasias (PanINs) and insulin expressing islet β-cells were reduced. Our data add further complexity to the interplay between Atg7 inhibition and Trp53 status in tumorigenesis. KW - pancreatic cancer KW - autophagy KW - p53 KW - metastasis KW - ATG7 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266005 SN - 2296-634X VL - 10 ER - TY - JOUR A1 - Kaltdorf, Kristin Verena A1 - Theiss, Maria A1 - Markert, Sebastian Matthias A1 - Zhen, Mei A1 - Dandekar, Thomas A1 - Stigloher, Christian A1 - Kollmannsberger, Philipp T1 - Automated classification of synaptic vesicles in electron tomograms of C. elegans using machine learning JF - PLoS ONE N2 - Synaptic vesicles (SVs) are a key component of neuronal signaling and fulfil different roles depending on their composition. In electron micrograms of neurites, two types of vesicles can be distinguished by morphological criteria, the classical “clear core” vesicles (CCV) and the typically larger “dense core” vesicles (DCV), with differences in electron density due to their diverse cargos. Compared to CCVs, the precise function of DCVs is less defined. DCVs are known to store neuropeptides, which function as neuronal messengers and modulators [1]. In C. elegans, they play a role in locomotion, dauer formation, egg-laying, and mechano- and chemosensation [2]. Another type of DCVs, also referred to as granulated vesicles, are known to transport Bassoon, Piccolo and further constituents of the presynaptic density in the center of the active zone (AZ), and therefore are important for synaptogenesis [3]. To better understand the role of different types of SVs, we present here a new automated approach to classify vesicles. We combine machine learning with an extension of our previously developed vesicle segmentation workflow, the ImageJ macro 3D ART VeSElecT. With that we reliably distinguish CCVs and DCVs in electron tomograms of C. elegans NMJs using image-based features. Analysis of the underlying ground truth data shows an increased fraction of DCVs as well as a higher mean distance between DCVs and AZs in dauer larvae compared to young adult hermaphrodites. Our machine learning based tools are adaptable and can be applied to study properties of different synaptic vesicle pools in electron tomograms of diverse model organisms. KW - synaptic vesicles KW - Caenorhabditis elegans KW - machine learning Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-176831 VL - 13 IS - 10 ER - TY - JOUR A1 - Malitschek, Barbara A1 - Wittbrodt, Joachim A1 - Fischer, Petra A1 - Lammers, Reiner A1 - Ullrich, Axel A1 - Schartl, Manfred T1 - Autocrine stimulation of the Xmrk receptor tyrosine kinase in Xiphophorus melanoma cells and identification of a source for the physiological ligand N2 - The melanoma·inducing gene of Xiphophorus fish encodes the Xmrk receptor tyrosine kinase. U sing a highly specific antiserum p~oduced against the recombinant receptor expressed with a baculovirus, it is shown that Xmrk is the most abundant phosphotyrosine protein in fish melanoma and thus highly activated in the tumors. Studies on a melanoma cellline revealed that these cells produce an activity that considerably stimulates receptor autophosphorylation. The stimulating activity induces receptor down-regulation and can be depleted from the melanoma cellsupernatant by the immobilized recombinant receptor protein. The fish melanoma cells can thus be considered autocrine tumor cells providing a source for future purification and characterization of the Xmrk ligand. KW - Physiologische Chemie Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-61551 ER - TY - THES A1 - Grimm, Johannes T1 - Autocrine and paracrine effects of BRAF inhibitor induced senescence in melanoma T1 - Autokrine und parakrine Effekte BRAF-Inhibitor-induzierter Seneszenz im Melanom N2 - The FDA approval of targeted therapy with BRAFV600E inhibitors like vemurafenib and dabrafenib in 2011 has been the first major breakthrough in the treatment of metastatic melanoma since almost three decades. Despite increased progression free survival and elevated overall survival rates, complete responses are scarce due to resistance development approximately six months after the initial drug treatment. It was previously shown in our group that melanoma cells under vemurafenib pressure in vitro and in vivo exhibit features of drug-induced senescence. It is known that some cell types, which undergo this cell cycle arrest, develop a so-called senescence associated secretome and it has been reported that melanoma cell lines also upregulate the expression of different factors after senescence induction. This work describes the effect of the vemurafenib-induced secretome on cells. Conditioned supernatants of vemurafenib-treated cells increased the viability of naive fibroblast and melanoma cell lines. RNA analysis of donor melanoma cells revealed elevated transcriptional levels of FGF1, MMP2 and CCL2 in the majority of tested cell lines under vemurafenib pressure, and I could confirm the secretion of functional proteins. Similar observations were also done after MEK inhibition as well as in a combined BRAF and MEK inhibitor treatment situation. Interestingly, the transcription of other FGF ligands (FGF7, FGF17) was also elevated after MEK/ERK1/2 inhibition. As FGF receptors are therapeutically relevant, I focused on the analysis of FGFR-dependent processes in response to BRAF inhibition. Recombinant FGF1 increased the survival rate of melanoma cells under vemurafenib pressure, while inhibition of the FGFR pathway diminished the viability of melanoma cells in combination with vemurafenib and blocked the stimulatory effect of vemurafenib conditioned medium. The BRAF inhibitor induced secretome is regulated by active PI3K/AKT signaling, and the joint inhibition of mTor and BRAFV600E led to decreased senescence induction and to a diminished induction of the secretome-associated genes. In parallel, combined inhibition of MEK and PI3K also drastically decreased mRNA levels of the relevant secretome components back to basal levels. In summary, I could demonstrate that BRAF inhibitor treated melanoma cell lines acquire a specific PI3K/AKT dependent secretome, which is characterized by FGF1, CCL2 and MMP2. This secretome is able to stimulate other cells such as naive melanoma cells and fibroblasts and contributes to a better survival under drug pressure. These data are therapeutically highly relevant, as they imply the usage of novel drug combinations, especially specific FGFR inhibitors, with BRAF inhibitors in the clinic. N2 - Die Zulassung der spezifischen BRAFV600E Inhibitoren Vemurafenib und Dabrafenib im Jahr 2011 war der erste wirksame Schritt nach Jahrzehnten der Stagnation in der Behandlung des metastasierenden Melanoms. Allerdings zeigte sich, dass trotz erhöhter Gesamtüberlebensrate und gestiegenem progressionsfreien Überleben komplette Remissionen selten waren. Wir konnten in vorangegangenen Versuchen zeigen, dass eine Behandlung BRAFV600E-mutierter Melanom Zelllinien mit Vemurafenib mit der Induktion von Seneszenz-assoziierten Merkmalen einhergeht. Da bekannt ist, dass seneszente Zellen, darunter auch Melanom Zellen, ein sogenanntes Sekretom ausbilden können, welches andere Zellen beeinflussen kann, war die Identifizierung und Charakterisierung von Vemurafenib-induzierten sezernierten Faktoren das Ziel meiner Arbeit. Initiale Versuche zeigten, dass konditionierter Überstand von Vemurafenib behandelten Zellen das Wachstum naiver Zelllinien erhöhen kann. Ich konnte in weiteren Versuchen zeigen, dass sich die Transkription und Expression des Cytokins CCL2, der Matrixmetalloprotease MMP2 und des Wachstumsfaktors FGF1 nach Vemurafenib Behandlung erhöht. Darüber hinaus konnte ich interessanterweise auch eine gesteigerte Transkription anderer FGF Liganden (FGF7, FGF17) feststellen, was meinen Fokus auf die Analyse von FGFR abhängigen Prozessen als Antwort auf die BRAF Inhibition gelenkt hat. Es zeigte sich, dass sich Melanomzellen mittels Zugabe von FGF1 besser gegen die Vemurafenib-induzierte MEK/ERK1/2 Hemmung behaupten können. Darüber hinaus konnte durch den Einsatz eines spezifischen FGFR Inhibitors die Viabilität von Melanomzellen unter Vemurafenib Behandlung vermindert werden. Auch der stimulierende Effekt des Vemurafenib konditionierten Überstandes konnte dadurch teilweise aufgehoben werden. Die Induktion des BRAF Inhibitor assoziierten Sekretoms ist auf einen aktiven PI3K/AKT Signalweg angewiesen. So führt eine gleichzeitige Hemmung des MEK/ERK1/2 und PI3K/AKT Signalwegs zu einer verminderten Seneszenzinduktion und einer niedrigeren Transkription der Seneszenz-assoziierten Gene. Zudem konnte ich feststellen, dass auch eine gemeinsame Hemmung von BRAF und MEK Seneszenz und das damit einhergehende Sekretom unter Beteiligung von CCL2, MMP2 und den FGFs induziert. Zusammenfassend zeigen meine Daten, dass BRAFV600E-mutierte Melanomzellen nach Vemurafenib Behandlung ein Sekretom ausbilden, welches potentiell wachstumsfördernde und matrix-modellierende Faktoren beinhaltet. Dies ist abhängig vom PI3K/AKT Signalweg und charakterisiert durch die Sekretion von FGF1, CCL2 und MMP2. Klinische Relevanz erlangen diese Erkenntnisse durch die Möglichkeit, diese Faktoren im Rahmen einer Kombinationstherapie, z.B. mit einem spezifischen FGFR Inhibitor, zu inaktivieren. KW - Melanoma KW - Inhibitor KW - Melanom Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-181161 ER - TY - JOUR A1 - Reimer, Georg A1 - Rose, Kathleen M. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Tan, Eng M. T1 - Autoantibody to RNA polymerase I in scleroderma sera N2 - Autoantibodies to components of the nucleolus are a unique serological feature of patients with scleroderma. There are autoantibodies of several specificities; one type produces a speckled pattern of nucleolar staining in immunofluorescence. In actinomycin D and 5,6-dichloro-{j-D-ribofuranosylbenzimidazoletreated Vero cells, staining was restricted to the fibrillar and not the granular regions. By double immunofluorescence, specific rabbit anti-RNA polymerase I antibodies stained the same fibrillar structures in drug-segregated nucleoli as scleroderma sera. Scleroderma sera immunoprecipitated 13 polypeptides from (35S)methionine-labeled HeLa cell extract with molecular weights ranging from 210,000 to 14,000. Similar polypeptides were precipitated by rabbit anti-RNA polymerase I antibodies, and their common identities were confirmed in immunoabsorption experiments. Microinjection of purified IgG from a patient with speckled nucleolar staining effectively inhibited ribosomal RNA transcription. Autoantibodies to RNA polymerase I were restricted to certain patients with scleroderma and were not found in other autoimmune diseases. Y1 - 1987 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34294 ER - TY - JOUR A1 - Schmitt, Jana A1 - Keller, Andreas A1 - Nourkami-Tutdibi, Nasenien A1 - Heisel, Sabrina A1 - Habel, Nunja A1 - Leidinger, Petra A1 - Ludwig, Nicole A1 - Gessler, Manfred A1 - Graf, Norbert A1 - Berthold, Frank A1 - Lenhof, Hans-Peter A1 - Meese, Eckart T1 - Autoantibody Signature Differentiates Wilms Tumor Patients from Neuroblastoma Patients JF - PLoS ONE N2 - Several studies report autoantibody signatures in cancer. The majority of these studies analyzed adult tumors and compared the seroreactivity pattern of tumor patients with the pattern in healthy controls. Here, we compared the autoimmune response in patients with neuroblastoma and patients with Wilms tumor representing two different childhood tumors. We were able to differentiate untreated neuroblastoma patients from untreated Wilms tumor patients with an accuracy of 86.8%, a sensitivity of 87.0% and a specificity of 86.7%. The separation of treated neuroblastoma patients from treated Wilms tumor patients' yielded comparable results with an accuracy of 83.8%. We furthermore identified the antigens that contribute most to the differentiation between both tumor types. The analysis of these antigens revealed that neuroblastoma was considerably more immunogenic than Wilms tumor. The reported antigens have not been found to be relevant for comparative analyses between other tumors and controls. In summary, neuroblastoma appears as a highly immunogenic tumor as demonstrated by the extended number of antigens that separate this tumor from Wilms tumor. KW - Heparan-sulfate KW - N-Myc KW - Serum autoantibodies KW - Suppressors EXT1 KW - Neuro-blastoma KW - Allelic loss KW - Lung-cancer KW - Children KW - Amplification KW - Therapy Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-133794 VL - 6 IS - 12 ER - TY - THES A1 - Röschert, Isabelle T1 - Aurora-A prevents transcription-replication conflicts in MYCN-amplified neuroblastoma T1 - Aurora-A verhindert Transkriptions-Replikationskonflikte in MYCN-amplifizierten Neuroblastomen N2 - Neuroblastoma is the most abundant, solid, extracranial tumor in early childhood and the leading cause of cancer-related childhood deaths worldwide. Patients with high-risk neuroblastoma often show MYCN-amplification and elevated levels of Aurora-A. They have a low overall survival and despite multimodal therapy options a poor therapeutic prognosis. MYCN-amplified neuroblastoma cells depend on Aurora-A functionality. Aurora-A stabilizes MYCN and prevents it from proteasomal degradation by competing with the E3 ligase SCFFBXW7. Interaction between Aurora-A and MYCN can be observed only in S phase of the cell cycle and activation of Aurora-A can be induced by MYCN in vitro. These findings suggest the existence of a profound interconnection between Aurora-A and MYCN in S phase. Nevertheless, the details remain elusive and were investigated in this study. Fractionation experiments show that Aurora-A is recruited to chromatin in S phase in a MYCN-dependent manner. Albeit being unphosphorylated on the activating T288 residue, Aurora-A kinase activity was still present in S phase and several putative, novel targets were identified by phosphoproteomic analysis. Particularly, eight phosphosites dependent on MYCN-activated Aurora-A were identified. Additionally, phosphorylation of serine 10 on histone 3 was verified as a target of this complex in S phase. ChIP-sequencing experiments reveal that Aurora-A regulates transcription elongation as well as histone H3.3 variant incorporation in S phase. 4sU-sequencing as well as immunoblotting demonstrated that Aurora-A activity impacts splicing. PLA measurements between the transcription and replication machinery revealed that Aurora-A prevents the formation of transcription-replication conflicts, which activate of kinase ATR. Aurora-A inhibitors are already used to treat neuroblastoma but display dose-limiting toxicity. To further improve Aurora-A based therapies, we investigated whether low doses of Aurora-A inhibitor combined with ATR inhibitor could increase the efficacy of the treatment albeit reducing toxicity. The study shows that the combination of both drugs leads to a reduction in cell growth as well as an increase in apoptosis in MYCN-amplified neuroblastoma cells, which is not observable in MYCN non-amplified neuroblastoma cells. This new approach was also tested by a collaboration partner in vivo resulting in a decrease in tumor burden, an increase in overall survival and a cure of 25% of TH-MYCN mice. These findings indicate indeed a therapeutic window for targeting MYCN-amplified neuroblastoma. N2 - Das Neuroblastom ist der häufigste, solide, extrakranielle Tumor der frühesten Kindheit und die häufigste mit Krebs verbundene Todesursache von Kleinkindern weltweit. Patienten mit geringerer Überlebenswahrscheinlichkeit und schlechterer Therapieprognose zeigen oft eine MYCN-Amplifikation und erhöhte Mengen von Aurora-A. Aurora-A ist eine Serin/Threonin-Protein Kinase, die wichtige mitotische Prozesse reguliert. Aurora-A stabilisiert MYCN und verhindert dadurch den proteasomalen Abbau von MYCN. Die Interaktion zwischen Aurora-A und MYCN ist S Phasen-spezifisch und MYCN ist in vitro in der Lage, durch seine Bindung Aurora-A zu aktivieren. Die Funktionen und Prozesse, die von Aurora-A in der S Phase reguliert werden, sind noch nicht hinreichend untersucht und daher Gegenstand dieser Dissertation. Zell-Fraktionierungen zeigen, dass Aurora-A in der S Phase in einer MYCN-abhängigen Weise an das Chromatin gebunden ist. Phosphoproteom-Analysen mittels Massenspektrometrie identifizierten zahlreiche neue Substrate von Aurora-A, sowie acht Substrate von MYCN-aktiviertem Aurora-A. Zusätzlich konnte gezeigt werden, dass Histon 3 Serin 10 von Aurora-A in Abhängigkeit von MYCN in S Phase phosphoryliert wird. ChIP-Sequenzierungen zeigen, dass Aurora-A die Elongation der Transkription und den Einbau der Histone Variante H3.3 in S Phase beeinflusst. 4sU-Sequenzierung sowie Immunoblots zeigen einen Zusammenhang zwischen der Aktivität von Aurora-A und dem Spleißosom in der S Phase. Zusätzlich konnte mittels PLA nachgewiesen werden, dass Aurora-A die Entstehung von Transkriptions-Replikationskonflikten verhindert, die andernfalls die Kinase ATR aktivieren würden. Aurora-A Inhibitoren wurden unter anderem zur Therapie von Neuroblastomen eingesetzt, allerdings ist die Dosis des Aurora-A Inhibitors durch die hohe Toxizität limitiert, was die Effizienz der Therapie stark beeinträchtigt. Daher wurde untersucht, ob die gleichzeitige Gabe von geringeren Mengen Aurora-A Inhibitor in Kombination mit einem ATR Inhibitor zur Therapie geeignet ist. In vitro konnte gezeigt werden, dass die Kombination beider Inhibitoren das Zellwachstum reduziert und das MYCN-amplifizierte Zellen im Vergleich zu MYCN nicht-amplifizierten Zellen verstärkt durch Apoptose sterben. Durch einen Kollaborationspartner konnte die Kombination der beiden Inhibitoren an Mäusen getestet werden. Die mit der Kombination behandelten Mäuse, zeigen ein deutlich reduziertes Tumorwachstum, sowie längeres Überleben. Somit stellt diese Kombination ein therapeutisches Fenster dar und könnte zur Behandlung von Neuroblastompatienten genutzt werden. KW - Neuroblastom KW - Aurora-A KW - MYCN KW - neuroblastoma Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-243037 ER - TY - JOUR A1 - Rose, Kathleen M. A1 - Szopa, Jan A1 - Han, Fu-Sheng A1 - Cheng, Yung-Chi A1 - Richter, Arndt A1 - Scheer, Ulrich T1 - Association of DNA topoisomerase I and RNA polymerase I: A possible role for topoisomerase I in ribosomal gene transcription N2 - RNA polymerase I preparations purified from a rat hepatoma contained DNA topoisomerase activity. The DNA topoisomerase associated with the polymerase had an Mr of 110000, required Mg2+ but not ATP, and was recognized by anti-topoisomerase I antibodies. When added to RNA polymerase I preparations containing topoisomerase activity, anti-topoisomerase I antibodies were able to inhibit the DNA relaxing activity of the preparation as well as RNA synthesis in vitro. RNA polymerase II prepared by analogous procedures did not contain topoisomerase activity and was not recognized by the antibodies. The topoisomerase I: polymerase I complex was reversibly dissociated by column chromatography on Sephacryl S200 in the presence of 0.25 M (NH4hS04. Topoisomerase I was immunolocalized in the transcriptionally active ribosomal gene complex containing RNA polymerase I in situ. These data indicate that topoisomerase I and RNA polymerase I are tightly complexed both in vivo and in vitro, and suggest a role for DNA topoisomerase I in the transcription of ribosomal genes. Y1 - 1988 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33901 ER - TY - JOUR A1 - Tomei, Sara A1 - Adams, Sharon A1 - Uccellini, Lorenzo A1 - Bedognetti, Davide A1 - De Giorgi, Valeria A1 - Erdenebileg, Narnygerel A1 - Libera Ascierto, Maria A1 - Reinboth, Jennifer A1 - Liu, Qiuzhen A1 - Bevilacqua, Generoso A1 - Wang, Ena A1 - Mazzanti, Chiara A1 - Marincola, Francesco M. T1 - Association between HRAS rs12628 and rs112587690 polymorphisms with the risk of melanoma in the North American population JF - Medical Oncology N2 - HRAS belongs to the RAS genes superfamily. RAS genes are important players in several human tumors and the single-nucleotide polymorphism rs12628 has been shown to contribute to the risk of bladder, colon, gastrointestinal, oral, and thyroid carcinoma. We hypothesized that this SNP may affect the risk of cutaneous melanoma as well. HRAS gene contains a polymorphic region (rs112587690), a repeated hexanucleotide -GGGCCT- located in intron 1. Three alleles of this region, P1, P2, and P3, have been identified that contain two, three, and four repeats of the hexanucleotide, respectively. We investigated the clinical impact of these polymorphisms in a case–control study. A total of 141 melanoma patients and 118 healthy donors from the North America Caucasian population were screened for rs12628 and rs112587690 polymorphisms. Genotypes were assessed by capillary sequencing or fragment analysis, respectively, and rs12628 CC and rs112587690 P1P1 genotypes significantly associated with increased melanoma risk (OR = 3.83, p = 0.003; OR = 11.3, p = 0.033, respectively), while rs112587690 P1P3 frequency resulted significantly higher in the control group (OR = 0.5, p = 0.017). These results suggest that rs12628 C homozygosis may be considered a potential risk factor for melanoma development in the North American population possibly through the linkage to rs112587690. KW - HRAS KW - polymorphism KW - melanoma KW - rs12628 KW - rs112587690 Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-126834 VL - 29 IS - 5 ER - TY - THES A1 - Heidbreder, Meike T1 - Association and Activation of TNF-Receptor I Investigated with Single-Molecule Tracking and Super-Resolution Microscopy in Live Cells T1 - Assoziierung und Aktivierung des TNF-Rezeptor I untersucht mit Einzelmolekül-Tracking und hochauflösender Mikroskopie in lebenden Zellen N2 - Cellular responses to outer stimuli are the basis for all biological processes. Signal integration is achieved by protein cascades, recognizing and processing molecules from the environment. Factors released by pathogens or inflammation usually induce an inflammatory response, a signal often transduced by Tumour Necrosis Factor alpha (TNF). TNFα receptors TNF-R1 and TNF-R2 can in turn lead to apoptosis or proliferation via NF-B. These processes are closely regulated by membrane compartimentalization, protein interactions and trafficking. Fluorescence microscopy offers a reliable and non-invasive method to probe these cellular events. However, some processes on a native membrane are not resolvable, as they are well below the diffraction limit of microscopy. The recent development of super-resolution fluorescence microscopy methods enables the observation of these cellular players well below this limit: by localizing, tracking and counting molecules with high spatial and temporal resolution, these new fluorescence microscopy methods offer a previously unknown insight into protein interactions at the near-molecular level. Direct stochastic optical reconstruction microscopy (dSTORM) utilizes the reversible, stochastic blinking events of small commercially available fluorescent dyes, while photoactivated localization microscopy (PALM) utilizes phototransformation of genetically encoded fluorescent proteins. By photoactivating only a small fraction of the present fluorophores in each observation interval, single emitters can be localized with high precision and a super-resolved image can be reconstructed. Quantum Dot Triexciton imaging (QDTI) utilizes the three-photon absorption (triexcitonic) properties of quantum dots (QD) and to achieve a twofold resolution increase using conventional confocal microscopes. In this thesis, experimental approaches were implemented to achieve super-resolution microscopy in fixed and live-cells to study the spatial and temporal dynamics of TNF and other cellular signaling events. We introduce QDTI to study the three-dimensional cellular distribution of biological targets, offering an easy method to achieve resolution enhancement in combination with optical sectioning, allowing the preliminary quantification of labeled proteins. As QDs are electron dense, QDTI can be used for correlative fluorescence and transmission electron microscopy, proving the versatility of QD probes. Utilizing the phototransformation properties of fluorescent proteins, single-receptor tracking on live cells was achieved, applying the concept of single particle tracking PALM (sptPALM) to track the dynamics of a TNF-R1-tdEos chimera on the membrane. Lateral receptor dynamics can be tracked with high precision and the influences of ligand addition or lipid disruption on TNF-R1 mobility was observed. The results reveal complex receptor dynamics, implying internalization processes in response to TNFα stimulation and a role for membrane domains with reduced fluidity, so-called lipid raft domains, in TNF-R1 compartimentalization prior or post ligand induction. Comparisons with previously published FCS data show a good accordance, but stressing the increased data depth available in sptPALM experiments. Additionally, the active transport of NF-κB-tdEos fusions was observed in live neurons under chemical stimulation and/or inhibition. Contrary to phototransformable proteins that need no special buffers to exhibit photoconversion or photoactivation, dSTORM has previously been unsuitable for in vivo applications, as organic dyes relied on introducing the probes via immunostaining in concert with a reductive, oxygen-free medium for proper photoswitching behaviour. ATTO655 had been previously shown to be suitable for live-cell applications, as its switching behavior can be catalyzed by the reductive environment of the cytoplasm. By introducing the cell-permeant organic dye via a chemical tag system, a high specificity and low background was achieved. Here, the labeled histone H2B complex and thus single nucleosome movements in a live cell can be observed over long time periods and with ~20 nm resolution. Implementing these new approaches for imaging biological processes with high temporal and spatial resolution provides new insights into the dynamics and spatial heterogeneities of proteins, further elucidating their function in the organism and revealing properties that are usually only detectable in vitro.   N2 - Zelluläre Antworten auf externe Stimuli sind die Basis aller biologischer Prozesse. Die Integration dieser Signale wird dabei von Proteinkaskaden ausgeführt, welche Moleküle aus der Umgebung wahrnehmen und verarbeiten. Faktoren, welche von Pathogenen oder während einer Entzündung freigesetzt werden, induzieren für gewöhnlich eine Entzündungsantwort, eine Reaktion, die oft vom Tumornekrosefaktor alpha (TNFα) vermittelt wird. Die TNFα Rezeptoren TNF-R1 und TNF-R2 vermitteln nach Ligandenbinding Apoptose oder Zellproliferation durch NF-kB. Diese Prozesse sind engmaschig durch Membrankompartimentierung, Proteininteraktionen und -transport reguliert. Fluoreszenzmikroskopie bietet eine zuverlässige, nicht-invasive Methode um diese zellulären Prozesse zu untersuchen. Allerdings sind einige Prozesse innerhalb einer nativen Membran nicht auflösbar, da sie weit unterhalb der Beugungsgrenze der Lichtmikroskopie stattfinden. Die jüngste Entwicklung der hochauflösenden Fluoreszenzmikroskopiemethoden erlaubt die Beobachtung dieser zellulären Abläufe auf molekularer Ebene: durch das Lokalisieren, Verfolgen und Zählen von Molekülen mit hoher räumlicher und zeitlicher Auflösung bieten diese neuen Fluoreszenzmethoden bisher unbekannte Einblicke in Proteininteraktionen. Direkte stochastische optische Rekonstruktionsmikroskopie (dSTORM) nutzt die reversiblen, stochastischen Ereignisse von kleinen blinkenden, kommerziell erhältlichen Fluoreszenzfarbstoffen, während die photoaktivierte Lokalisationsmikroskopie (PALM) die Phototransformation fluoreszierenden Proteinen nutzt. Durch das Photoaktivieren lediglich eines kleinen Bruchteils der Fluorophore innerhalb eines Zeitintervalls können einzelne Emitter mit hoher Genauigkeit lokalisiert und ein hochaufgelöstes Bild daraus rekonstruiert werden. Quantum Dot Triexciton Imaging (QDTI) nutzt die Drei-Photonen-Absorption von Quantenpunkten um eine zweifache Auflösungserhöhung mittels eines Konfokalmikroskopes zu erreichen. In dieser Arbeit wurden experimentelle Ansätze zur hochauflösenden Mikroskopie an fixierten und lebenden Zellen implementiert, um die räumliche und zeitliche Dynamik von TNF und anderen zellulären Signalwegen zu untersuchen. Zur Analyse der dreidimensionalen, zellulären Verteilung von biologischen Zielen stellen wir QDTI vor, welches eine einfache Methode zur Verbesserung der Auflösung an Konfokalmikroskopen in Kombination mit optischen Schnitten darstellt. Dies ermöglicht die vorläufige Quantifizierung von markierten Proteinen. Da QDs eine hohe Elektronendichte besitzen kann QDTI auch für korrelative Fluoreszenz- und Transmissionselektronenmikroskopie genutzt werden, was die Vielseitigkeit der QD-Sonden verdeutlicht. Mit Hilfe des single-particle tracking PALM (sptPALM) Konzepts konnten einzelne Rezeptormoleküle verfolgt werden, um die Dynamiken einer TNF-R1-tdEos Chimäre auf der Membran zu beobachten. Die laterale Rezeptordynamik kann hier mit hoher Präzision gemessen, und die Einflüsse auf die TNF-R1-Mobilität konnte nach Ligandenzugabe oder die Störung der Membranzusammensetzung analysiert werden. Die Ergebnisse zeigen eine komplexe Rezeptordynamik und lassen sowohl auf Internalisierungsprozesse in Reaktion auf TNFα-Stimulation, als auch auf eine wichtige Rolle von Membrandomänen mit eingeschränkter Fluidität in der TNF-R1 Kompartimentierung während der Ligandenbindung schließen. Zusätzlich wurde der aktive Transport von NF-kB-tdEos Fusionsproteinen in lebenden Neuronen unter chemischer Stimulierung bzw. Inhibierung untersucht. Im Gegensatz zu phototransformierbaren Proteinen, die keine speziellen Puffer zur Photokonversion oder Photoaktivierung benötigen, war dSTORM bisher für in vivo Anwendungen ungeeignet, da organische Farbstoffe auf die Einführung über Immunfärbung in Kombination mit einem reduktiven, Sauerstoff-freiem Medium für korrektes Photoschalten angewiesen waren. ATTO655 wurde zuvor als geeignet für die Anwendung in lebenden Zellen eingestuft, da das Schaltverhalten durch die reduktive Umgebung des Zytoplasmas katalysiert werden kann. Durch die Einführung von membranpermeablen organischen Farbstoffen über ein chemisches Markierungssystem konnte eine hohe Spezifität und ein geringer Hintergrund erreicht werden. Hier konnte durch die Markierung des Histon H2B Komplexes die Bewegung einzelner Nukleosome in lebenden Zellen über lange Zeiträume mit einer Auflösung von ~20 nm beobachtet werden. Die Umsetzung dieser neuen Ansätze für die Darstellung biologischer Prozesse mit hoher zeitlicher und räumlicher Auflösung liefert neue Einblicke in die Dynamiken und die räumliche Heterogenität von Proteinen und enthüllt Funktionen im Organismus und beleuchtet Eigenschaften, die sonst nur in vitro nachweisbar wären. KW - Fluoreszenzmikrosopie KW - Tumor-Nekrose-Faktor KW - Hochauflösendes Verfahren KW - sptPALM KW - dSTORM KW - PALM KW - QDTI KW - TNF-R1 KW - TNF-R2 Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-73191 ER - TY - JOUR A1 - Fischer, Dagmar A1 - Weißenberger, Dieter A1 - Scheer, Ulrich T1 - Assigning functions to nucleolar structures N2 - Nucleoli provide the fascinating possibility of linking morphologically distinct structures such as those seen in the electron microscope with biochemical f eatures of the formation and step wise maturation of ribosomes. Localization of proteins by immunocytochemistry and of rRNA genes and their transcripts by in situ hybridization has greatly improved our understanding of the structural-functional relationships of the nucleolus. The present review describes some recent results obtained by electron microscopic in situ hybridization and argues that this approach has the potential to correlate each step of the complex pre-rRNA maturation pathway with nucleolar structures. Evidence is accumulating that the nucleolus-specific U3 snRNPs (small nuclear ribonucleoprotein particles) participate in rRNA processing events, similar to the role played by the nucleoplasmic snRNPs in mRNA maturation. The intranucleolar distribution of U3 snRNA is consistent with the view that it is involved in both early and late stages of pre-rRNA processing. Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34258 ER - TY - JOUR A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Scheer, Ulrich T1 - Assembly of nuclear pore complexes in Xenopus egg extract N2 - No abstract available Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-41194 ER - TY - JOUR A1 - Gupta, Shishir K. A1 - Srivastava, Mugdha A1 - Osmanoglu, Özge A1 - Xu, Zhuofei A1 - Brakhage, Axel A. A1 - Dandekar, Thomas T1 - Aspergillus fumigatus versus genus Aspergillus: conservation, adaptive evolution and specific virulence genes JF - Microorganisms N2 - Aspergillus is an important fungal genus containing economically important species, as well as pathogenic species of animals and plants. Using eighteen fungal species of the genus Aspergillus, we conducted a comprehensive investigation of conserved genes and their evolution. This also allows us to investigate the selection pressure driving the adaptive evolution in the pathogenic species A. fumigatus. Among single-copy orthologs (SCOs) for A. fumigatus and the closely related species A. fischeri, we identified 122 versus 50 positively selected genes (PSGs), respectively. Moreover, twenty conserved genes of unknown function were established to be positively selected and thus important for adaption. A. fumigatus PSGs interacting with human host proteins show over-representation of adaptive, symbiosis-related, immunomodulatory and virulence-related pathways, such as the TGF-β pathway, insulin receptor signaling, IL1 pathway and interfering with phagosomal GTPase signaling. Additionally, among the virulence factor coding genes, secretory and membrane protein-coding genes in multi-copy gene families, 212 genes underwent positive selection and also suggest increased adaptation, such as fungal immune evasion mechanisms (aspf2), siderophore biosynthesis (sidD), fumarylalanine production (sidE), stress tolerance (atfA) and thermotolerance (sodA). These genes presumably contribute to host adaptation strategies. Genes for the biosynthesis of gliotoxin are shared among all the close relatives of A. fumigatus as an ancient defense mechanism. Positive selection plays a crucial role in the adaptive evolution of A. fumigatus. The genome-wide profile of PSGs provides valuable targets for further research on the mechanisms of immune evasion, antimycotic targeting and understanding fundamental virulence processes. KW - molecular evolution KW - phylogenetic analysis KW - adaptation KW - recombination KW - positive selection KW - human pathogenic fungi KW - genus Aspergillus KW - Aspergillus fumigatus Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-246318 SN - 2076-2607 VL - 9 IS - 10 ER - TY - JOUR A1 - Srivastava, Mugdha A1 - Bencurova, Elena A1 - Gupta, Shishir K. A1 - Weiss, Esther A1 - Löffler, Jürgen A1 - Dandekar, Thomas T1 - Aspergillus fumigatus challenged by human dendritic cells: metabolic and regulatory pathway responses testify a tight battle JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - Dendritic cells (DCs) are antigen presenting cells which serve as a passage between the innate and the acquired immunity. Aspergillosis is a major lethal condition in immunocompromised patients caused by the adaptable saprophytic fungus Aspergillus fumigatus. The healthy human immune system is capable to ward off A. fumigatus infections however immune-deficient patients are highly vulnerable to invasive aspergillosis. A. fumigatus can persist during infection due to its ability to survive the immune response of human DCs. Therefore, the study of the metabolism specific to the context of infection may allow us to gain insight into the adaptation strategies of both the pathogen and the immune cells. We established a metabolic model of A. fumigatus central metabolism during infection of DCs and calculated the metabolic pathway (elementary modes; EMs). Transcriptome data were used to identify pathways activated when A. fumigatus is challenged with DCs. In particular, amino acid metabolic pathways, alternative carbon metabolic pathways and stress regulating enzymes were found to be active. Metabolic flux modeling identified further active enzymes such as alcohol dehydrogenase, inositol oxygenase and GTP cyclohydrolase participating in different stress responses in A. fumigatus. These were further validated by qRT-PCR from RNA extracted under these different conditions. For DCs, we outlined the activation of metabolic pathways in response to the confrontation with A. fumigatus. We found the fatty acid metabolism plays a crucial role, along with other metabolic changes. The gene expression data and their analysis illuminate additional regulatory pathways activated in the DCs apart from interleukin regulation. In particular, Toll-like receptor signaling, NOD-like receptor signaling and RIG-I-like receptor signaling were active pathways. Moreover, we identified subnetworks and several novel key regulators such as UBC, EGFR, and CUL3 of DCs to be activated in response to A. fumigatus. In conclusion, we analyze the metabolic and regulatory responses of A. fumigatus and DCs when confronted with each other. KW - infection KW - dendritic cells KW - Aspergillus fumigalus KW - metabolic modelling KW - signalling Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-201368 VL - 9 ER - TY - THES A1 - Hauff, Cornelia T1 - Aspects of the mode of action of bispecific T cell engager (BiTE) antibodies T1 - Wirkmechanismus eines bispezifischen T cell engager Antikörpers N2 - Bispecific T cell engager (BiTE) display a novel design among the class of bispecific antibodies and hold great promise to fight diverse cancers. BiTE molecules consist of two different binding entities derived from two human IgG antibodies connected by a short peptide linker. Their binding arms are directed against the CD3e chain of the T cell receptor on T cells and against an antigen that is specific for (e.g., CD19 for lymphoma in MT103) or over-expressed on (e.g., EpCAM for epithelial cancer in MT110) tumor cells. Without requirement for pre- or co-stimulation, BiTE molecules efficiently redirect CD3+ T cells towards tumor cells expressing the relevant target antigen. Only a BiTE molecule simultaneously bound to both tumor cell and T cell activates the T cell to exert its cytolytic function resulting in tumor cell death. In T cells stimulated with both BiTE and target cells, elevated levels of caspase activation and increased expression of cytotoxic and signaling proteins are observed. These include cytolytic proteins granzyme B and perforin, activation markers CD69 and CD25 and adhesion molecules CD2 and LFA-1. Activated T cells secrete the usual mix of cytokines, among them pro-inflammatory cytokines IFN-g and TNF-a. The membrane of tumor cells expressing the relevant target antigen is perforated during the attack of BiTE-stimulated effector cells as can be concluded from adenylate kinase release from the cytosol of tumor cells. Ca2+-chelator EGTA completely blocked BiTE-mediated activation of caspases and tumor cell lysis. As perforin is strictly Ca2+-dependent, a major role for this pore-forming protein is assumed for the elimination of tumor cells via BiTE-stimulated T cells. Granzyme B and caspases are main players in BiTE-mediated elimination of tumor cells. Inhibitors of granzyme B or caspases reduce or block, respectively the activation of caspases. However, other signals of apoptosis (cleavage of PARP and fragmentation of DNA) were only reduced by granzyme B inhibitor or caspase inhibitor. Most interestingly, the lytic capacity of BiTE molecules was not impaired by granzyme B inhibitor or caspase inhibitor. It seems that there is no requirement for granzyme B and caspases to be present simultaneously. Instead the data presented provide evidence that they can be replaced one at a time by related proteins. Pre-incubation of effector cells with the glucocorticoids dexamethasone or methylprednisolone resulted in markedly decreased secretion of cytokines by T cells yet only a small reduction in the expression of activation markers and adhesion molecules on T cells and specific lysis of tumor cells upon BiTE stimulation. Soluble factors secreted in an undirected manner by BiTE-stimulated T cells do not mediate tumor cell death by themselves. Bystander cells negative for the antigen that is recognized by the BiTE molecule will not be compromised by BiTE activity. The cytokine TGF-b reduced proliferation as well as granzyme B and perforin expression of BiTE-stimulated T cells. Redirected lysis by BiTE-activated T cells was also decreased under the influence of TGF-b, however lysis was still performed at a reasonable rate (72 % of target cells). TGF-b does not exert a deleterious effect on lytic potential of BiTE-stimulated T cells. The minimal anticipated biological effect level for the BiTE MT110 was determined for the entry of MT110 into phase I clinical studies. Experiments analyzing redirected lysis of tumor cells, expression of activation marker CD25 and cytokine release by T cells revealed a MABEL value of 50 pg/ml for MT110. N2 - Bispecific T cell engager stellen mit ihrem neuartigen Design eine eigene Gruppe unter den bispezifischen Antikörpern dar und zeigen sich vielversprechend im Kampf gegen unter-schiedliche Krebsarten. BiTE Moleküle bestehen aus zwei unterschiedlichen Bindungsstellen, die von zwei humanen IgG Antikörpern abgeleitet sind und durch einen kurzen Peptidlinker verbunden sind. Die Bindungsstellen sind gerichtet gegen die CD3e Kette des T-Zell-Rezeptors auf T-Zellen und gegen ein Antigen, das auf den Tumorzellen ausschließlich (CD19 bei Lymphomen in MT103) oder in erhöhtem Maße (EpCAM bei epithelialem Krebs in MT110) exprimiert wird. BiTE Moleküle richten CD3+ T-Zellen gegen Tumorzellen, die das relevante Zielantigen präsentieren. Dabei sind sie nicht auf Vor- oder Kostimulation angewiesen. Nur wenn das BiTE Molekül gleichzeitig an Tumorzelle und T-Zelle gebunden ist, aktiviert es die T-Zelle zytolytisch zu wirken und die Tumorzelle zu töten. T-Zellen, die mit BiTE und zugleich Targetzellen stimuliert wurden, zeigen erhöhte Raten von Caspaseaktivierung und vermehrte Expression von zytotoxischen und Signalproteinen. Diese beinhalten die zytolytischen Proteine Granzyme B und Perforin, die Aktivierungs-marker CD69 und CD25 und die Adhäsionsmoleküle CD2 und LFA-1. Aktivierte T-Zellen sezernieren die übliche Mischung an Zytokinen, darunter die pro-inflammatorischen Zytokine IFN-g und TNF-a. Die Freisetzung von Adenylatkinase aus dem Zytosol von Tumorzellen lässt darauf schließen, dass die Membran von Tumorzellen, die das relevante Zielantigen exprimieren, während dem Angriff von BiTE-stimulierten Effektorzellen durchlöchert wird. Der Ca2+ Chelator EGTA verhinderte die BiTE-vermittelte Aktivierung von Caspasen und Lyse von Tumorzellen vollständig. Da Perforin in Abhängigkeit von Ca2+ wirkt, wird für dieses porenbildende Protein eine entscheidende Rolle in der Beseitigung von Tumorzellen mittels BiTE-stimulierter T-Zellen angenommen. Granzyme B und Caspasen sind die Hauptakteure in der BiTE-vermittelten Beseitigung von Tumorzellen. Inhibitoren von Granzyme B oder den Caspasen vermindern bzw. hemmen die Aktivierung von Caspasen. Andere Apoptosesignale (PARP-Spaltung und DNA-Fragmentierung) werden von Granzyme B- oder Caspase-Inhibitoren jedoch lediglich reduziert. Bemerkenswerterweise wurde die lytische Kapazität von BiTE Molekülen durch einen Granzyme B- oder Caspase-Inhibitor nicht beeinträchtigt. Es scheint, dass keine Notwendigkeit für die gleichzeitige Anwesenheit von Granzyme B und Caspasen besteht. Stattdessen erbringen die vorgestellten Ergebnisse einen Hinweis dafür, dass diese Proteine jeweils einzeln durch verwandte Proteine ersetzt werden können. Präinkubation von Effektorzellen mit den Glucocorticoiden Dexamethason oder Methylpred-nisolon bewirkte eine deutlich verminderte Zytokinsekretion von T-Zellen, jedoch nur eine geringe Abnahme der Expression von Aktivierungsmarkern und Adhäsionsmolekülen auf T-Zellen und der spezifischen Lyse von Tumorzellen in Folge von BiTE-Stimulierung. Lösliche Faktoren, die von BiTE-stimulierten T-Zellen nicht zielgerichtet abgegeben werden, vermitteln keine Lyse von Tumorzellen. Zellen, die sich in der Nachbarschaft des Tumors befinden, aber das Antigen nicht exprimieren, das vom BiTE Moleküle erkannt wird, werden daher durch BiTE Aktivität nicht in Mitleidenschaft gezogen. Das Zytokin TGF-b verminderte die Proliferation von BiTE-stimulierten T-Zellen sowie deren Expression von Granzyme B und Perforin. Die gerichtete Lyse von BiTE-aktivierten T-Zellen war unter dem Einflusss von TGF-b ebenfalls vermindert. Trotzdem erreichten die Lysisraten Werte von 72 %. TGF-b übt keinen schädlichen Effekt auf das lytische Potential von BiTE-stimulierten T-Zellen aus. Die MT110-Konzentration, bei der der geringste biologische Effekt erwartet wird, wurde für den Eintritt von MT110 in klinische Studien der Phase I bestimmt. Auf Grundlage von Experimenten zur gerichteten Lyse von Tumorzellen, zur Expression des Aktivierungsmarker CD25 auf T-Zellen und zu Freisetzung von Zytokinen aus T-Zellen, ergab sich ein MABEL-Wert von 50 pg/ml für MT110. KW - Antikörper KW - Krebs KW - Therapie KW - T-Lymphozyt KW - bispezifische Antikörper KW - Krebstherapie KW - T cell KW - bispecific antibody KW - cancer therapy Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-48369 ER - TY - JOUR A1 - Müller, T. A1 - Dieckmann, T. A1 - Sebald, Walter A1 - Oschkinat, H. T1 - Aspects of receptor binding and signalling of interleukin-4 investigated by site-directed mutagenesis and NMR spectroscopy N2 - Cytokines are hormones that carry information from ceJI to ceH. This information is read from their surface upon binding to transmembrane receptors and by the subsequent initiation of receptor oligomerization. An inftuence on this process through mutagenesis on the hormone surface is highly desirab)e for medical reasons. However, an understanding of hormone-receptor interactions requires insight into the structural changes introduced by the mutations. In this line structural studies on human TL-4 and the medically important IL-4 antagonists YI24D and Y124G are presented. The site a.round YI24 is an important epitope responsible for the a.bility of 11-4 t.o ca.use a signal in the target cells. It is shown that the local main-chain structure around residue 124 in the variants remains unchanged. A strategy is presented here which allows the study of these types of proteins and their variants by NMR which does not require carbon Iabeiied sa.mples. KW - Biochemie KW - Interleukin-4 KW - protein structure KW - NMR KW - signal transduction Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-62444 ER - TY - THES A1 - Yarali, Ayse T1 - Aspects of predictive learning in the fruit fly T1 - Aspekte des assoziatives Lernens bei Taufliegen N2 - Past experience contributes to behavioural organization mainly via learning: Animals learn otherwise ordinary cues as predictors for biologically significant events. This thesis studies such predictive, associative learning, using the fruit fly Drosophila melanogaster. I ask two main questions, which complement each other: One deals with the processing of those cues that are to be learned as predictors for an important event; the other one deals with the processing of the important event itself, which is to be predicted. Do fruit flies learn about combinations of olfactory and visual cues? I probe larval as well as adult fruit flies for the learning about combinations of olfactory and visual cues, using a so called ‘biconditional discrimination’ task: During training, one odour is paired with reinforcement only in light, but not in darkness; the other odour in turn is reinforced only in darkness, but not in light. Thus, neither the odours nor the visual conditions alone predict reinforcement, only combinations of both do. I find no evidence that either larval or adult fruit flies were to solve such task, speaking against a cross-talk between olfactory and visual modalities. Previous studies however suggest such cross-talk. To reconcile these results, I suggest classifying different kinds of interaction between sensory modalities, according to their site along the sensory-motor continuum: I consider an interaction ‘truly’ cross-modal, if it is between the specific features of the stimuli. I consider an interaction ’amodal’ if it instead engages the behavioural tendencies or ‘values’ elicited by each stimulus. Such reasoning brings me to conclude that different behavioural tasks require different kinds of interaction between sensory modalities; whether a given kind of interaction will be found depends on the neuronal infrastructure, which is a function of the species and the developmental stage. Predictive learning of pain-relief in fruit flies Fruit flies build two opposing kinds of memory, based on an experience with electric shock: Those odours that precede shock during training are learned as predictors for punishment and are subsequently avoided; those odours that follow shock during training on the other hand are learned as signals for relief and are subsequently approached. I focus on such relief learning. I start with a detailed parametric analysis of relief learning, testing for reproducibility as well as effects of gender, repetition of training, odour identity, odour concentration and shock intensity. I also characterize how relief memories, once formed, decay. In addition, concerning the psychological mechanisms of relief learning, first, I show that relief learning establishes genuinely associative conditioned approach behaviour and second, I report that it is most likely not mediated by context associations. These results enable the following neurobiological analysis of relief learning; further, they will form in the future the basis for a mathematical model; finally, they will guide the researchers aiming at uncovering relief learning in other experimental systems. Next, I embark upon neurogenetic analysis of relief learning. First, I report that fruit flies mutant for the so called white gene build overall more ‘negative’ memories about an experience with electric shock. That is, in the white mutants, learning about the painful onset of shock is enhanced, whereas learning about the relieving offset of shock is diminished. As they are coherently affected, these two kinds of learning should be in a balance. The molecular mechanism of the effect of white on this balance remains unresolved. Finally, as a first step towards a neuronal circuit analysis of relief learning, I compare it to reward learning and punishment learning. I find that relief learning is distinct from both in terms of the requirement for biogenic amine signaling: Reward and punishment are respectively signalled by octopamine and dopamine, for relief learning, either of these seem dispensible. Further, I find no evidence for roles for two other biogenic amines, tyramine and serotonin in relief learning. Based on these findings I give directions for further research. N2 - Vergangene Ereignisse beeinflussen die Organisation des Verhaltens hauptsächlich durch das Lernen: Tiere lernen natürlich vorkommende neutrale Reize als Signal für biologisch relevante Ereignisse zu nutzen. Diese Dissertation befasst sich mit derartigen assoziativen Lernvorgängen bei der Taufliege Drosophila melanogaster. Ich stelle zwei, sich ergänzende, grundlegende Fragen: Die eine Frage beschäftigt sich mit der Verarbeitung von Reizen, die als Signal für ein wichtiges Ereignis erlernt werden. Die andere Frage behandelt die Verarbeitung des Ereignisses selbst. Lernen Taufliegen etwas über Kombinationen von olfaktorischen und visuellen Reizen? Sowohl bei larvalen, als auch bei adulten Taufliegen wird das Lernen von Kombinationen aus olfaktorischen und visuellen Stimuli untersucht. Ich verwende einen sogenannten „bikonditionalen Diskriminierungs-Versuchsaufbau“: Während des Trainings wird ein Duft nur im Licht und nicht im Dunkeln mit Reinforcement kombiniert, während ein anderer Duft nur im Dunkeln und nicht im Licht mit Reinforcement kombiniert wird. Somit signalisieren weder die Düfte, noch die visuellen Bedingungen allein das Reinforcement, sondern nur eine Kombination aus Beiden. Ich finde keine Beweise dafür, dass larvale oder adulte Taufliegen eine solche Aufgabe lösen können. Dies spricht gegen eine Interaktion zwischen olfaktorischen und visuellen Modalitäten. Allerdings weisen frühere Studien auf derartige Interaktionen hin. Um meine Ergebnisse mit den bekannten Studien in Einklang zu bringen, ordne ich die unterschiedlichen Interaktionen zwischen den sensorischen Modalitäten nach ihrer Lage entlang des sensorisch-motorischen Kontinuums: Ich bezeichnen eine Interaktion für „echt“ cross-modal, wenn sie zwischen den spezifischen Eigenschaften der beiden Reize stattfindet. Ich halte eine Interaktion für „amodal“, wenn sie zwischen den von den Reizen induzierten Verhaltenstendenzen und „Werten“ stattfindet. Aufgrund dieser Argumentation komme ich zu der Schlussfolgerung, dass unterschiedliche Verhaltensaufgaben unterschiedliche Interaktionen zwischen den sensorischen Modalitäten erfordern. Ob eine Art von Interaktion gefunden wird oder nicht hängt von der neuronalen Vernetzung ab, welche charakteristisch für Art und Entwicklungsstadium ist. Assoziatives Lernen von Schmerz-Erleichterung bei Taufliegen Taufliegen entwickeln zwei unterschiedliche Arten von Gedächtnissen basierend auf Erfahrung mit Elektro-Schock: Düfte, die während des Trainings dem Schock vorausgehen, werden als Bestrafungssignale gelernt und deshalb vermieden. Düfte, die während des Trainings auf den Schock folgen, werden als Erleichterungssignale gelernt und deshalb bevorzugt. Ich beschäftige mich mit der zweiten Art dieses assoziativen Lernens, das ich als „Erleichterungslernen“ bezeichne. Ich beginne mit einer detaillierten parametrischen Analyse des Erleichterungslernens. Die Reproduzierbarkeit, sowie die Einflüsse des Geschlechts, der Anzahl an Trainingswiederholungen, der Duftintensität, der Duftkonzentration und der Schockintensität werden geprüft. Ich teste, wie das Erleichterungsgedächtnis, nachdem es gebildet wurde, wieder gelöscht wird. Des Weiteren gehe ich zwei wichtigen Fragen zu den psychologischen Mechanismen des Erleichterungslernen nach: Zum einen zeige ich, dass das Erleichterungslernen echtes assoziativ konditioniertes Annäherungsverhalten etabliert. Zum anderen zeige ich, dass vorausgegangenes Kontext-Schock Training das folgende Erleichterungslernen nicht beeinflusst. Das Erleichterungslernen wird also nicht durch Kontextassoziation vermittelt. Diese Ergebnisse erlauben die folgende neurobiologische Analyse des Erleichterungslernens. Außerdem werden sie in Zukunft als Grundlage für ein mathematisches Modell des Erleichterungslernens dienen. Schließlich werden die Forscher/innen, die das Erleichterungslernen in anderen experimentellen Systemen untersuchen, von diesen parametrischen Erkenntnissen profitieren. In einer neurobiologischen Analyse des Erleichterungslernens zeige ich, dass der Verlust der Funktion des sogenannten white Gens die beiden unterschiedlichen Arten von Schock-Induziertem Lernen zusammenhängend beeinflusst: Das Bestrafungslernen wird verstärkt und das Erleichterungslernen wird abgeschwächt. Auf Grund dieses Ergebnisses schlagen ich vor, dass sich diese zwei Arten von Lernen in einem Gleichgewicht befinden sollen, welches vom white Gen beeinflusst wird. Die zugrunde liegenden molekularen Mechanismen eines solchen Gleichgewichts sind noch nicht bekannt. Schließlich vergleiche ich das Erleichterungslernen mit dem Belohnungslernen und dem Bestrafungslernen. Ich zeige, dass das Erleichterungslernen anders ist als beide: Bestrafung und Belohnung werden entsprechend von Dopamin und Octopamin vermittelt. Für das Erleichterungslernen sind beide diese biogenen Aminen unnötig. Ebenso finde ich beim Erleichterungslernen keinen Beleg für die Rolle von zwei weiteren Aminen: Tyramin und Serotonin. Aufgrund dieser Ergebnisse schlage ich vor weitere Forschungsrichtungen. KW - Lernen KW - Drosophila KW - Neurogenetik KW - Lernverhalten KW - olfaktorik KW - sehen KW - erleichterungslernen KW - associative learning KW - drosophila KW - neurogenetic analyses KW - behavioural analyses KW - relief Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-28741 ER - TY - THES A1 - Münz, Thomas Sebastian T1 - Aspects of neuronal plasticity in the mushroom body calyx during adult maturation in the honeybee Apis mellifera T1 - Aspekte neuronaler Plastizität im Pilzkörper kalyx während der Adultreifung der Honigbiene Apis mellifera N2 - Division of labor represents a major advantage of social insect communities that accounts for their enormous ecological success. In colonies of the honeybee, Apis mellifera, division of labor comprises different tasks of fertile queens and drones (males) and, in general, sterile female workers. Division of labor also occurs among workers in form of an age-related polyethism. This helps them to deal with the great variety of tasks within the colony. After adult eclosion, workers spend around three weeks with various duties inside the hive such as tending the brood or cleaning and building cells. After this period workers switch to outdoor tasks and become foragers collecting nectar, pollen and water. With this behavioral transition, workers face tremendous changes in their sensory environment. In particular, visual sensory stimuli become important, but also the olfactory world changes. Foragers have to perform a completely new behavioral repertoire ranging from long distance navigation based on landmark orientation and polarized-skylight information to learning and memory tasks associated with finding profitable food sources. However, behavioral maturation is not a purely age-related internal program associated with a change, for example, in juvenile hormone titers. External factors such as primer pheromones like the brood pheromone or queen mandibular pheromone can modulate the timing of this transition. In this way colonies are able to flexibly adjust their work force distribution between indoor and outdoor tasks depending on the actual needs of the colony. Besides certain physiological changes, mainly affecting glandular tissue, the transition from indoor to outdoor tasks requires significant adaptations in sensory and higher-order integration centers of the brain. The mushroom bodies integrate olfactory, visual, gustatory and mechanosensory information. Furthermore, they play important roles in learning and memory processes. It is therefore not surprising that the mushroom bodies, in particular their main input region, the calyx, undergo volumetric neuronal plasticity. Similar to behavioral maturation, plastic changes of the mushroom bodies are associated with age, but are also to be affected by modulating factors such as task and experience. In my thesis, I analyzed in detail the neuronal processes underlying volumetric plasticity in the mushroom body. Immunohistochemical labeling of synaptic proteins combined with quantitative 3D confocal imaging revealed that the volume increase of the mushroom body calyx is largely caused by the growth of the Kenyon cell dendritic network. This outgrowth is accompanied by changes in the synaptic architecture of the mushroom body calyx, which is organized in a distinct pattern of synaptic complexes, so called microglomeruli. During the first week of natural adult maturation microglomeruli remain constant in total number. With subsequent behavioral transition from indoor duties to foraging, microglomeruli are pruned while the Kenyon cell dendritic network is still growing. As a result of these processes, the mushroom body calyx neuropil volume enlarges while the total number of microgloumeruli becomes reduced in foragers compared to indoor workers. In the visual subcompartments (calyx collar) this process is induced by visual sensory stimuli as the beginning of pruning correlates with the time window when workers start their first orientation flights. The high level of analysis of cellular and subcellular process underlying structural plasticity of the mushroom body calyx during natural maturation will serve as a framework for future investigations of behavioral plasticity in the honeybee. The transition to foraging is not purely age-dependent, but gets modulated, for example, by the presence of foragers. Ethyl oleate, a primer pheromone that is present only in foragers, was shown to delay the onset of foraging in nurse bees. Using artificial application of additional ethyl oleate in triple cohort colonies, I tested whether it directly affects adult neuronal plasticity in the visual input region of the mushroom body calyx. As the pheromonal treatment failed to induce a clear behavioral phenotype (delayed onset of foraging) it was not possible to show a direct link between the exposure to additional ethyl oleate and neuronal plasticity in mushroom body calyx. However, the general results on synaptic maturation confirmed my data of natural maturation processes in the mushroom body calyx. Given the result that dendritic plasticity is a major contributor to neuronal plasticity in the mushroom body calyx associated with division of labor, the question arose which proteins could be involved in mediating these effects. Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II (CaMKII) especially in mammals, but also in insects (Drosophila, Cockroach), was shown to be involved in facilitating learning and memory processes like long-term synaptic potentiation. In addition to presynaptic effects, the protein was also revealed to directly interact with cytoskeleton elements in the postsynapse. It therefore is a likely candidate to mediate structural synaptic plasticity. As part of my thesis, the presence and distribution of CaMKII was analyzed, and the results showed that the protein is highly concentrated in a distinct subpopulation of the mushroom body intrinsic neurons, the noncompact Kenyon cells. The dendritic network of this population arborizes in two calyx subregions: one receiving mainly olfactory input – the lip – and the collar receiving visual input. This distribution pattern did not change with age or task. The high concentration of CaMKII in dendritic spines and its overlap with f-actin indicates that CaMKII could be a key player inducing structural neuronal plasticity associated with learning and memory formation and/or behavioral transitions related to division of labor. Interestingly CaMKII immunoreactivity was absent in the basal ring, another subregion of the mushroom body calyx formed almost exclusively by the inner compact Kenyon cells and known to receive combined visual and olfactory input. This indicates differences of this mushroom body subregion regarding the molecular mechanisms controlling plastic changes in corresponding Kenyon cells. How is timing of behavioral and neuronal plasticity regulated? The primer pheromone ethyl oleate was found in high concentrations on foragers and was shown to influence behavioral maturation by delaying the onset of foraging when artificially applied in elevated concentrations. But how is ethyl oleate transferred and how does it shift the work force distribution between indoor and outdoor tasks? Previous work showed that ethyl oleate concentrations are highest in the honeycrop of foragers and suggested that it is transferred and communicated inside the colony via trophallaxis. The results of this thesis however clearly show, that ethyl oleate was not present inside the honey crop or the regurgitate, but rather in the surrounding tissue of the honey crop. As additionally the second highest concentration of ethyl oleate was measured on the surface of the cuticle of forgers, trophallaxis was ruled out as a mode of transmission. Neurophysiological measurements at the level of the antennae (electroantennogram recordings) and the first olfactory neuropil (calcium imaging of activity in the antennal lobe) revealed that the primer pheromone ethyl oleate is received and processed as an olfactory stimulus. Appetitive olfactory conditioning using the proboscis extension response as a behavioral paradigm showed that ethyl oleate can be associated with a sugar reward. This indicates that workers are able to perceive, learn and memorize the presence of this pheromone. As ethyl oleate had to be presented by a heated stimulation device at close range, it can be concluded that this primer pheromone acts via close range/contact chemoreception through the olfactory system. This is also supported by previous behavioral observations. Taken together, the findings presented in this thesis revealed structural changes in the synaptic architecture of the mushroom body calyx associated with division of labor. For the primer pheromone ethyl oleate, which modulates the transition from nursing to foraging, the results clearly showed that it is received via the olfactory system and presumably acts via this pathway. However, manipulation experiments did not indicate a direct effect of ethyl oleate on synaptic plasticity. At the molecular level, CaMKII is a prime candidate to mediate structural synaptic plasticity in the mushroom body calyx. Future combined structural and functional experiments are needed to finally link the activity of primer pheromones like ethyl oleate to the molecular pathways mediating behavioral and synaptic plasticity associated with division of labor in Apis mellifera. The here identified underlying processes will serve as excellent models for a general understanding of fundamental mechanisms promoting behavioral plasticity. N2 - Arbeitsteilung stellt einen der wesentlichen Faktoren dar, der für den ökologischen Erfolg von sozialen Insektengemeinschaften verantwortlich ist. In Staaten der Honigbiene, Apis mellifera, umfasst die Arbeitsteilung verschiedene Aufgaben für die fertilen Königinnen und Drohnen (Männchen) beziehungsweise die gewöhnlicherweise sterilen Arbeiterinnen. Arbeitsteilung findet aber auch in Form eines altersabhängigen Polyethismus zwischen den Arbeiterinnen selber statt. Dies hilft ihnen die Vielzahl verschiedener Aufgaben im Stock zu bewältigen. Nach dem Schlupf verbringen die Arbeiterinnen etwa drei Wochen mit verschiedenen Aufgaben im Stock, wie beispielsweise Brutpflege oder Reinigen und Bauen neuer Wabenzellen. Nach dieser Zeit wechseln die Arbeiterinnen zu Aufgaben außerhalb des Stocks und werden Nektar-, Pollen- oder Wassersammlerinnen. Durch diesen Verhaltensübergang sind die Arbeiterinnen mit einem massiven Wandel ihrer sensorischen Umwelt konfrontiert. Im speziellen werden nun visuelle Reize wichtig, aber auch die olfaktorische Welt der Arbeiterinnen ändert sich. Sammlerinnen zeigen ein komplett neues Verhaltensrepertoire das von Langstreckennavigation, basierend Landmarken und dem Polarisationsmuster des Himmels, bishin zu Lern- und Gedächtnisaufgaben im Zusammenhang mit dem Auffinden profitabler Futterquellen reicht. Allerdings ist Verhaltensreifung kein rein altersbedingtes internes Programm beispielsweise basierend auf einer Veränderung des Juvenilhormon-Titers. Externe Faktoren wie beispielsweise die Primer Pheromone Brutpheromone oder Königinnenpheromon können den Zeitpunkt des Übergangs modulieren. Hierdurch sind Staaten in der Lage ihre Arbeiterkräfte flexibel zwischen Innen- und Außendienst Aufgaben zu verschieben. Neben bestimmten physiologischen Veränderungen, die vor allem Drüsengewebe betreffen, benötigt der Übergang vom Innendienst zum Außendienst deutliche Anpassungen sensorischer und höherer Integrationszentren im Gehirn. Die Pilzkörper integrieren olfaktorische, visuelle und mechanosensorische Informationen. Sie spielen weiterhin eine wichtige Rolle für Lern- und Gedächtnisvorgänge. Es ist daher nicht überraschend, dass die Pilzkörper, im Speziellen deren Haupteingangsregion, der Kalyx, eine neuronale Volumensplastizität durchlaufen. Ähnlich wie die Verhaltensreifung, sind plastische Veränderungen im Pilzkörper mit dem Alter verbunden, werden aber auch durch modulierende Faktoren wie Aufgabe und Erfahrungen beeinflusst. In meiner Dissertation habe ich detailliert die neuronalen Prozesse analysiert, die der Volumensplastizität des Pilzkörpers zugrunde liegen. Immunhistologische Färbungen synaptischer Proteine kombiniert mit quantitativer 3D Konfokalmikroskopie zeigten, dass die Volumenszunahme des Pilzkörpers hauptsächlich durch dendritisches Wachstum des Kenyon-Zellen-Netzwerks bedingt ist. Dieses Auswachsen wurde begleitet durch Veränderungen der synaptischen Architektur des Kalyx des Pilzkörpers, welcher in Form synaptischer Komplexe, sogenannter Mikroglomeruli organisiert ist. Während der ersten Woche der Adultreifung blieb die Gesamtzahl der Mikroglomeruli konstant. Im folgenden Verhaltensübergang von Innendienstaufgaben zum Sammeln, wurden die Mikroglomeruli zurückgetrimmt, während das dendritische Kenyon-Zell-Netzwerk weiterhin wuchs. Als Ergebnis dieser Prozesse vergrößerte sich das Volumen des Kalyx des Pilzkörpers während die Gesamtzahl der Mikroglomeruli bei Sammlerinnen im Vergleich zu Inndienst Arbeiterinnen reduziert war. In der visuellen Unterregion (Kragen des Kalyx) wurde dieser Prozess induziert durch sensorische Stimuli, da der Beginn des Zurücktrimmens mit dem Zeitfenster zusammenfiel, in dem die Arbeiterinnen ihre ersten Orientierungsflüge starteten. Der hohe Analysegrad der zellulären und subzellulären Prozesse, die der strukturellen Plastizität des Kalyx des Pilzkörpers während der natürlichen Reifung zugrunde liegen, wird zukünftigen Untersuchungen der Verhaltensplastizität bei Honigbienen als Referenz dienen. Der Übergang zur Sammlerin ist nicht rein altersabhängig, sondern wird beispielsweise durch die Gegenwart von anderen Sammlerinnen moduliert. Ethyloleat, ein Primer Pheromone das nur auf Sammlerinnen auftritt, verzögert das Einsetzen des Sammelns von Ammenbienen. Durch das Einbringen zusätzlichen Ethyloleats in Dreifach Kohorten, testete ich, ob es einen direkten Einfluss auf die neuronale Plastizität der visuellen Eingangsregion des Pilzkörper Kalyx hat. Da durch die Pheromon Behandlung kein eindeutiger Verhaltensphänotyp (verzögerter Sammelbeginn) induziert werden konnte, war es nicht möglich einen direkten Zusammenhang zwischen der verstärkten Ethyloleat-Exposition und der neuronalen Plastizität des Kalyx des Pilzkörpers herzustellen. Dennoch bestätigten die Beobachtungen der synaptischen Reifung meine generellen Daten zu den natürlichen Reifungsprozessen im Kalyx des Pilzkörper. Basierend auf dem Ergebnis, dass dendritische Plastizität einen wesentlichen Anteil an der arbeitsteilungsbezogenen neuronalen Plastizität des Kalyx des Pilzkörper hat, stellte sich die Frage, welche Proteine daran beteiligt sein könnten diese Effekte zu vermitteln. Von der Calcium/Calmodulin abhängigen Kinase II (CaMKII) ist bekannt, dass sie speziell bei Säugetieren - aber bei Insekten (Drosophila, Schabe) - daran beteiligt ist, Lern- und Gedächtnisvorgänge, wie die Langzeitpotenzierung, zu ermöglichen. Neben präsynaptischen Effekten, wurde gezeigt, dass dieses Protein direkt mit Elementen des postsynaptischen Cytoskeletts interagieren kann. Als Teil meiner Dissertation habe ich das Vorkommen und die Verteilung der CaMKII analysiert. Ich konnte es hochkonzentriert in einer definierten Subpopulation der intrinsischen Pilzkörper-Neurone, den „nicht kompakten“ Kenyon Zellen, nachweisen. Das dendritische Netzwerk dieser Population verzweigt sich in zwei Kalyx Subregionen: eine olfaktorisch innervierte – die Lippe – und den Kragen, welcher optischen Eingang erfährt. Dieses Verteilungsmuster ändert sich nicht mit dem Alter oder der Aufgabe der Biene. Die hohe Konzentration von CaMKII in den dendritsichen Dornenfortsätzen und die gleichzeitige räumliche Überlappung mit f-Aktin, weisen darauf hin, dass CaMKII eine Schüsselrolle bei der Induzierung struktureller neuronaler Plastizität im Zusammenhang mit Lernen und Gedächtnisbildung und/oder Arbeitsteilung bezogener Verhaltensübergänge, zukommen könnte. Interessanterweise wies der Basalring, eine weitere Subregion des Kalyx des Pilzkörpers die dafür bekannt ist kombinierten visuellen und olfaktorischen Eingang zu erhalten und fast ausschließlich durch die „inneren kompakten“ Kenyon Zellen gebildet wird, keine Immunreaktivität auf. Dies deutet auf Unterschiede in den molekularen Mechanismen die plastische Veränderungen in den entsprechenden Kenyon zellen kontrollieren. Wie wird die zeitliche Abstimmung der Verhaltensplastizität und neuronalen Plastizität reguliert? Für das in hohen Konzentration auf Sammlerinnen vorkommende Primer Pheromon Ethyloelat konnte durch dessen Anwendung in erhöhten Konzentrationen gezeigt werden, dass es die Verhaltensreifung durch Verzögerung des Sammelbeginns beeinflussen kann. Wie aber wird Ethyloleat transferiert und wie verschiebt es die Arbeitskräfteverteilung zwischen Innen- und Außendienst Aufgaben? Frühere Arbeiten zeigten die höchste Konzentration von Ethyloleat im Sozialmagen der Sammlerinnen und schlugen vor, dass es innerhalb der Kolonie über Trophollaxis transferiert und kommuniziert wird. Die Ergebnisse meiner Arbeit zeigten aber eindeutig, dass Ethyloleat nicht im Inhalt des Sozialmagen und auch nicht im Regurgitat, sondern nur im Gewebe des Sozialmagens vorhanden ist. Da zusätzlich die zweithöchste Konzentration von Ethyloleat auf der Oberfläche der Kutikula von Sammlerinnen gemessen wurde, wurde Trophollaxis als Übertragungsmodus ausgeschlossen. Neurophysiologische Messungen an der Antenne (Elektroantennografie), dem ersten olfaktorischen Neuropil (Calcium Imaging der Aktivität des Antennallobus), zeigten, dass Ethyloleat als olfaktorischer Reiz wahrgenommen und prozessiert wird. Appetitive olfaktorische Konditionierung mit Hilfe des Rüsselstreckreflexes wurde als Verhaltensparadigma verwendet um zu zeigen, dass Ethyloleat mit einer Zuckerbelohnung assoziiert werden kann. Dies deutet darauf hin, dass Arbeiterinnen in der Lage sind, die Anwesenheit dieses Pheromons zu perzipieren, zu erlernen und sich auch daran zu erinnern. Da Ethyloleat nur durch Erwärmung als Stimulus präsentiert werden konnte, lässt sich schlussfolgern, dass es über Nahbereichs/Kontakt-Chemorezeption durch das olfaktorische System wahrgenommen wird. Dies wird auch durch frühere Verhaltensbeobachtungen unterstützt. Zusammengenommen, zeigen die in dieser Dissertation präsentierten Ergebnisse strukturelle Veränderungen in der synaptischen Architektur des Kalyx des Pilzkörpers in Zusammenhang mit Arbeitsteilung. Für das Primer Pheromone Ethyloleat, welches den Übergang von Ammendiensten zum Sammeln moduliert, zeigten die Ergebnisse eindeutig, dass es über das olfaktorische System wahrgenommen wird und vermutlich auch über diesen Weg seine Wirkung vermittelt. Dennoch konnten Manipulationsexperimente keine direkte Verbindung zwischen Ethyloleat und der synaptischen Reifung herstellen. Auf molekularer Ebene stellt CaMKII einen Topkandidaten dar, der strukturelle synaptische Plastizität im Kalyx des Pilzkörpers vermitteln kann. Eine Kombination struktureller und funktioneller Experimente ist der nächste logische Schritt um schlussendlich die Verbindung zwischen der Aktivität von Primer Pheromonen (wie Ethyloleat) und molekularen Signalwegen, die Verhaltensplastizität und synaptische Plastizität im Zusammenhang mit der Arbeitsteilung von Apis mellifera vermitteln, herzustellen. Die hierbei identifizierten zugrundeliegenden Prozesse werden als exzellente Modelle für ein generelles Verständnis der fundamentalen Mechanismen welche Verhaltensplastizität vermitteln, dienen. KW - Biene KW - Neuronale Plastizität KW - Pheromon KW - Neuronal plasticity KW - Honeybee KW - Pheromon communication KW - CaMKII KW - Division of labor KW - Neuronale Plastizität KW - Honigbiene KW - Pheromon Kommunikation KW - Arbeitsteilung Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-111611 ER - TY - JOUR A1 - Basset, Yves A1 - Cizek, Lukas A1 - Cuénoud, Philippe A1 - Didham, Raphael K. A1 - Novotny, Vojtech A1 - Ødegaard, Frode A1 - Roslin, Tomas A1 - Tishechkin, Alexey K. A1 - Schmidl, Jürgen A1 - Winchester, Neville N. A1 - Roubik, David W. A1 - Aberlenc, Henri-Pierre A1 - Bail, Johannes A1 - Barrios, Hector A1 - Bridle, Jonathan R. A1 - Castaño-Meneses, Gabriela A1 - Corbara, Bruno A1 - Curletti, Gianfranco A1 - da Rocha, Wesley Duarte A1 - De Bakker, Domir A1 - Delabie, Jacques H. C. A1 - Dejean, Alain A1 - Fagan, Laura L. A1 - Floren, Andreas A1 - Kitching, Roger L. A1 - Medianero, Enrique A1 - de Oliveira, Evandro Gama A1 - Orivel, Jerome A1 - Pollet, Marc A1 - Rapp, Mathieu A1 - Ribeiro, Servio P. A1 - Roisin, Yves A1 - Schmidt, Jesper B. A1 - Sørensen, Line A1 - Lewinsohn, Thomas M. A1 - Leponce, Maurice T1 - Arthropod Distribution in a Tropical Rainforest: Tackling a Four Dimensional Puzzle JF - PLoS ONE N2 - Quantifying the spatio-temporal distribution of arthropods in tropical rainforests represents a first step towards scrutinizing the global distribution of biodiversity on Earth. To date most studies have focused on narrow taxonomic groups or lack a design that allows partitioning of the components of diversity. Here, we consider an exceptionally large dataset (113,952 individuals representing 5,858 species), obtained from the San Lorenzo forest in Panama, where the phylogenetic breadth of arthropod taxa was surveyed using 14 protocols targeting the soil, litter, understory, lower and upper canopy habitats, replicated across seasons in 2003 and 2004. This dataset is used to explore the relative influence of horizontal, vertical and seasonal drivers of arthropod distribution in this forest. We considered arthropod abundance, observed and estimated species richness, additive decomposition of species richness, multiplicative partitioning of species diversity, variation in species composition, species turnover and guild structure as components of diversity. At the scale of our study (2km of distance, 40m in height and 400 days), the effects related to the vertical and seasonal dimensions were most important. Most adult arthropods were collected from the soil/litter or the upper canopy and species richness was highest in the canopy. We compared the distribution of arthropods and trees within our study system. Effects related to the seasonal dimension were stronger for arthropods than for trees. We conclude that: (1) models of beta diversity developed for tropical trees are unlikely to be applicable to tropical arthropods; (2) it is imperative that estimates of global biodiversity derived from mass collecting of arthropods in tropical rainforests embrace the strong vertical and seasonal partitioning observed here; and (3) given the high species turnover observed between seasons, global climate change may have severe consequences for rainforest arthropods. KW - trees KW - species richness KW - beta-diveristy KW - strategy KW - turnover KW - similarity KW - biodiversity KW - specialization KW - herbivorous insects KW - assemblages Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-136393 VL - 10 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Kortmann, Mareike A1 - Roth, Nicolas A1 - Buse, Jörn A1 - Hilszczański, Jacek A1 - Jaworski, Tomasz A1 - Morinière, Jérôme A1 - Seidl, Rupert A1 - Thorn, Simon A1 - Müller, Jörg C. T1 - Arthropod dark taxa provide new insights into diversity responses to bark beetle infestations JF - Ecological Applications N2 - Natural disturbances are increasing around the globe, also impacting protected areas. Although previous studies have indicated that natural disturbances result in mainly positive effects on biodiversity, these analyses mostly focused on a few well established taxonomic groups, and thus uncertainty remains regarding the comprehensive impact of natural disturbances on biodiversity. Using Malaise traps and meta‐barcoding, we studied a broad range of arthropod taxa, including dark and cryptic taxa, along a gradient of bark beetle disturbance severities in five European national parks. We identified order‐level community thresholds of disturbance severity and classified barcode index numbers (BINs; a cluster system for DNA sequences, where each cluster corresponds to a species) as negative or positive disturbance indicators. Negative indicator BINs decreased above thresholds of low to medium disturbance severity (20%–30% of trees killed), whereas positive indicator BINs benefited from high disturbance severity (76%–98%). BINs allocated to a species name contained nearly as many positive as negative disturbance indicators, but dark and cryptic taxa, particularly Diptera and Hymenoptera in our data, contained higher numbers of negative disturbance indicator BINs. Analyses of changes in the richness of BINs showed variable responses of arthropods to disturbance severity at lower taxonomic levels, whereas no significant signal was detected at the order level due to the compensatory responses of the underlying taxa. We conclude that the analyses of dark taxa can offer new insights into biodiversity responses to disturbances. Our results suggest considerable potential for forest management to foster arthropod diversity, for example by maintaining both closed‐canopy forests (>70% cover) and open forests (<30% cover) on the landscape. KW - arthropods KW - biodiversity KW - conservation KW - metabarcoding KW - national park KW - natural disturbance KW - threshold indicator taxa analysis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276392 VL - 32 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Wagner, Fabienne A1 - Kunz, Tobias C. A1 - Chowdhury, Suvagata R. A1 - Thiede, Bernd A1 - Fraunholz, Martin A1 - Eger, Debora A1 - Kozjak-Pavlovic, Vera T1 - Armadillo repeat-containing protein 1 is a dual localization protein associated with mitochondrial intermembrane space bridging complex JF - PLoS ONE N2 - Cristae architecture is important for the function of mitochondria, the organelles that play the central role in many cellular processes. The mitochondrial contact site and cristae organizing system (MICOS) together with the sorting and assembly machinery (SAM) forms the mitochondrial intermembrane space bridging complex (MIB), a large protein complex present in mammalian mitochondria that partakes in the formation and maintenance of cristae. We report here a new subunit of the mammalian MICOS/MIB complex, an armadillo repeat-containing protein 1 (ArmC1). ArmC1 localizes both to cytosol and mitochondria, where it associates with the outer mitochondrial membrane through its carboxy-terminus. ArmC1 interacts with other constituents of the MICOS/MIB complex and its amounts are reduced upon MICOS/MIB complex depletion. Mitochondria lacking ArmC1 do not show defects in cristae structure, respiration or protein content, but appear fragmented and with reduced motility. ArmC1 represents therefore a peripheral MICOS/MIB component that appears to play a role in mitochondrial distribution in the cell. KW - Mitochondria KW - Outer membrane proteins KW - HeLa cells KW - Immunoprecipitation KW - Cytosol KW - Small interfering RNAs KW - Confocal microscopy KW - Cell stainin Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-202670 VL - 14 IS - 10 ER - TY - JOUR A1 - Floren, Andreas A1 - Mupepele, Anne-Christine A1 - Müller, Tobias A1 - Dittrich, Marcus T1 - Are Temperate Canopy Spiders Tree-Species Specific? N2 - Arboreal spiders in deciduous and coniferous trees were investigated on their distribution and diversity. Insecticidal knock-down was used to comprehensively sample spiders from 175 trees from 2001 to 2003 in the Białowieża forest and three remote forests in Poland. We identified 140 species from 9273 adult spiders. Spider communities were distinguished between deciduous and coniferous trees. The richest fauna was collected from Quercus where beta diversity was also highest. A tree-species-specific pattern was clearly observed for Alnus, Carpinus, Picea and Pinus trees and also for those tree species that were fogged in only four or three replicates, namely Betula and Populus. This hitherto unrecognised association was mainly due to the community composition of common species identified in a Dufrene-Legendre indicator species analysis. It was not caused by spatial or temporal autocorrelation. Explaining tree-species specificity for generalist predators like spiders is difficult and has to involve physical and ecological tree parameters like linkage with the abundance of prey species. However, neither did we find a consistent correlation of prey group abundances with spiders nor could differences in spider guild composition explain the observed pattern. Our results hint towards the importance of deterministic mechanisms structuring communities of generalist canopy spiders although the casual relationship is not yet understood. KW - trees KW - spiders KW - conifers KW - forests KW - predation KW - oaks KW - community structures KW - pines Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-111413 ER - TY - THES A1 - Kuklovsky [former Finke], Valerie T1 - Are some bees smarter than others? An examination of consistent individual differences in the cognitive abilities of honey bees T1 - Sind manche Bienen schlauer als andere? Eine Untersuchung von konsistenten individuellen Unterschieden in den kognitiven Fähigkeiten von Honigbienen N2 - Cognition refers to the ability to of animals to acquire, process, store and use vital information from the environment. Cognitive processes are necessary to predict the future and reduce the uncertainty of the ever-changing environment. Classically, research on animal cognition focuses on decisive cognitive tests to determine the capacity of a species by the testing the ability of a few individuals. This approach views variability between these tested key individuals as unwanted noise and is thus often neglected. However, inter-individual variability provides important insights to behavioral plasticity, cognitive specialization and brain modularity. Honey bees Apis mellifera are a robust and traditional model for the study of learning, memory and cognition due to their impressive capabilities and rich behavioral repertoire. In this thesis I have applied a novel view on the learning abilities of honey bees by looking explicitly at individual differences in a variety of learning tasks. Are some individual bees consistently smarter than some of her sisters? If so, will a smart individual always perform good independent of the time, the context and the cognitive requirements or do bees show distinct isolated ‘cognitive modules’? My thesis presents the first comprehensive investigation of consistent individual differences in the cognitive abilities of honey bees. To speak of an individual as behaving consistently, a crucial step is to test the individual multiple times to examine the repeatability of a behavior. I show that free-flying bees remain consistent in a visual discrimination task for three consecutive days. Successively, I explored individual consistency in cognitive proficiency across tasks involving different sensory modalities, contexts and cognitive requirements. I found that free-flying bees show a cognitive specialization between visual and olfactory learning but remained consistent across a simple discrimination task and a complex concept learning task. I wished to further explore individual consistency with respect to tasks of different cognitive complexity, a question that has never been tackled before in an insect. I thus performed a series of four experiments using either visual or olfactory stimuli and a different training context (free-flying and restrained) and tested bees in a discrimination task, reversal learning and negative patterning. Intriguingly, across all these experiments I evidenced the same results: The bees’ performances were consistent across the discrimination task and reversal learning and negative patterning respectively. No association was evidenced between reversal learning and negative patterning. After establishing the existence of consistent individual differences in the cognitive proficiency of honey bees I wished to determine factors which could underlie these differences. Since genetic components are known to underlie inter-individual variability in learning abilities, I studied the effects of genetics on consistency in cognitive proficiency by contrasting bees originating from either from a hive with a single patriline (low genetic diversity) or with multiple patrilines (high genetic diversity). These two groups of bees showed differences in the patterns of individually correlated performances, indicating a genetic component accounts for consistent cognitive individuality. Another major factor underlying variability in learning performances is the individual responsiveness to sucrose solution and to visual stimuli, as evidenced by many studies on restrained bees showing a positive correlation between responsiveness to task relevant stimuli and learning performances. I thus tested whether these relationships between sucrose/visual responsiveness and learning performances are applicable for free-flying bees. Free-flying bees were again subjected to reversal learning and negative patterning and subsequently tested in the laboratory for their responsiveness to sucrose and to light. There was no evidence of a positive relationship between sucrose/visual responsiveness and neither performances of free-flying bees in an elemental discrimination, reversal learning and negative patterning. These findings indicate that relationships established between responsiveness to task relevant stimuli and learning proficiency established in the laboratory with restrained bees might not hold true for a completely different behavioral context i.e. for free-flying bees in their natural environment. These results show that the honey bee is an excellent insect model to study consistency in cognitive proficiency and to identify the underlying factors. I mainly discuss the results with respect to the question of brain modularity in insects and the adaptive significance of individuality in cognitive abilities for honey bee colonies. I also provide a proposition of research questions which tie in this theme of consistent cognitive proficiency and could provide fruitful areas for future research. N2 - Unter Kognition versteht man die Fähigkeit von Tieren, essenzielle Informationen aus der Umwelt zu erfassen, zu verarbeiten, zu speichern und zu nutzen. Kognitive Prozesse sind notwendig, um die Zukunft vorherzusagen und die Unvorhersehbarkeit der sich ständig verändernden Umwelt zu verringern. Die Forschung der Kognition von Tieren konzentriert sich klassischerweise auf entscheidende kognitive Tests, um die Fähigkeit einer Spezies anhand der Leistungen einiger weniger Individuen zu bestimmen. Bei diesem Ansatz wird die Variabilität zwischen Individuen als unerwünschtes Rauschen betrachtet und daher vernachlässigt. Die interindividuelle Variabilität liefert jedoch wichtige Erkenntnisse über die Plastizität des Verhaltens, die kognitive Spezialisierung und die Modularität des Gehirns. Die Honigbiene Apis mellifera ist aufgrund ihrer eindrucksvollen Fähigkeiten und ihres reichen Verhaltensrepertoires ein robuster und traditioneller Modellorganismus für die Untersuchung von Lernen, Gedächtnis und Kognition. In dieser Arbeit habe ich das Lernverhalten von Honigbienen in einem neuen Blickwinkel betrachtet, indem ich explizit die individuellen Unterschiede bei diversen Lernaufgaben untersucht habe. Zeigen manche Bienen durchweg eine erhöhte Lernleistung im Vergleich zu ihren Schwestern? Wenn ja, erbringt ein Individuum unabhängig von der Zeit, dem Kontext und den kognitiven Anforderungen der Lernaufgaben immer gute Leistungen, oder zeigen Bienen ausgeprägte unabhängige "kognitive Module"? Die vorliegende Doktorarbeit stellt die erste umfassende Untersuchung konsistenter individueller Unterschiede in den kognitiven Fähigkeiten von Honigbienen dar. Um von einem konsistenten Verhalten sprechen zu können, ist es entscheidend das Individuum mehrfach zu testen, um die Wiederholbarkeit eines Verhaltens zu untersuchen. Ich konnte zeigen, dass frei fliegende Bienen bei einer visuellen Unterscheidungsaufgabe an drei aufeinanderfolgenden Tagen eine konsistente Lernleistung zeigen. Im Anschluss untersuchte ich die individuelle Konsistenz der kognitiven Fähigkeiten bei Lernaufgaben mit unterschiedlichen sensorischen Modalitäten, Kontexten und kognitiven Anforderungen. Frei fliegende Bienen zeigten eine kognitive Spezialisierung zwischen visuellem und olfaktorischem Lernen, während sie bei einer einfachen Unterscheidungsaufgabe und einer komplexen Konzeptlernaufgabe konsistent im Lernverhalten blieben. Anschließend wollte ich die individuelle Konsistenz im Lernverhalten bei Aufgaben unterschiedlicher kognitiver Komplexität weiter erforschen, eine Frage, die bisher noch nie bei einem Insekt behandelt wurde. Ich führte dazu eine Reihe von vier Experimenten durch, bei denen entweder visuelle oder olfaktorische Stimuli und ein unterschiedlicher Trainingskontext (frei fliegend oder eingespannt) verwendet wurden. Die Bienen wurden in einer Unterscheidungsaufgabe, einer Umlernaufgabe und in Negative Patterning getestet. Erstaunlicherweise wurden bei diesen Experimenten die gleichen Ergebnisse festgestellt: Die Lernleitung der Bienen in der Unterscheidungsaufgabe zeigte eine positive Korrelation mit der Lernleistung im Umlernen und Negative Patterning. Zwischen dem Umkehrlernen und Negative Patterning konnte jedoch kein Zusammenhang festgestellt werden. Nachdem ich festgestellt hatte, dass es konsistente individuelle Unterschiede in den kognitiven Fähigkeiten von Bienen gibt, wollte ich die Faktoren ermitteln, die diesen Unterschieden zugrunde liegen könnten. Es war bereits bekannt, dass genetische Komponenten der interindividuellen Variabilität im Lernverhalten zugrunde liegen. Deshalb untersuchte ich den Einfluss von genetischer Vielfalt auf die Beständigkeit von kognitiven Fähigkeiten, indem ich Bienen gegenüberstellte, die entweder aus einem Bienenstock mit einer einzigen Patriline (geringe genetische Vielfalt) oder mit mehreren Patrilinen (hohe genetische Vielfalt) stammten. Diese beiden Gruppen von Bienen wiesen Unterschiede in den Mustern der individuellen korrelierten Lernleistungen auf, was darauf hindeutet, dass eine genetische Komponente für kognitive Individualität verantwortlich ist. Ein weiterer wichtiger Faktor, welcher der Variabilität im Lernverhalten zugrunde liegt, ist die individuelle Reaktionsfähigkeit auf Saccharose Lösungen und auf visuelle Stimuli. Dies wurde durch viele Studien an eingespannten Bienen gezeigt, die eine positive Korrelation zwischen der Reaktionsfähigkeit auf aufgabenrelevante Reize und den Lernfähigkeiten feststellten. Ich habe daher untersucht, ob diese Beziehungen zwischen der Reaktionsfähigkeit auf Saccharose und visuellen Stimuli und den Lernleistungen auch für frei fliegende Bienen zutreffen. Die individuellen Lernleistungen im Umlernen und Negative patterning von frei fliegenden Bienen wurden erneut ermittelt und anschließend wurde im Labor die Reaktionsfähigkeit auf Saccharose und Licht getestet. Es gab keine Hinweise auf eine positive Korrelation zwischen der Reaktionsfähigkeit auf Saccharose und Licht und den Lernleistungen von frei fliegenden Bienen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass Beziehungen zwischen der Reaktionsfähigkeit auf aufgabenrelevante Stimuli und der Lernleistung, die im Labor mit eingespannten Bienen festgestellt wurden, möglicherweise nicht für einen anderen Verhaltenskontext gelten, d. h. für frei fliegende Bienen in ihrer natürlichen Umgebung. Diese Ergebnisse zeigen, dass die Honigbiene ein hervorragendes Insektenmodell ist, um die Konsistenz kognitiver Fähigkeiten zu untersuchen und die zugrunde liegenden Faktoren zu ermitteln. Ich diskutiere die Ergebnisse vor allem im Hinblick auf die Frage der Modularität des Gehirns bei Insekten und die adaptive Bedeutung von individuellen konsistenten kognitiven Fähigkeiten für Honigbienenvölker. Ich schlage auch Forschungsfragen vor, die mit individuellen konsistenten kognitiven Fähigkeiten zusammenhängen und wertvolle Bereiche für künftige Forschungen darstellen könnten. KW - Lernen KW - Biene KW - Kognition KW - Individual differences KW - Cognitive consistency KW - Cognitive profile KW - Learning KW - Honeybee KW - Cognition Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-323012 ER - TY - JOUR A1 - Seitz, Nicola A1 - vanEngelsdorp, Dennis A1 - Leonhardt, Sara D. T1 - Are native and non‐native pollinator friendly plants equally valuable for native wild bee communities? JF - Ecology and Evolution N2 - Bees rely on floral pollen and nectar for food. Therefore, pollinator friendly plantings are often used to enrich habitats in bee conservation efforts. As part of these plantings, non‐native plants may provide valuable floral resources, but their effects on native bee communities have not been assessed in direct comparison with native pollinator friendly plantings. In this study, we performed a common garden experiment by seeding mixes of 20 native and 20 non‐native pollinator friendly plant species at separate neighboring plots at three sites in Maryland, USA, and recorded flower visitors for 2 years. A total of 3,744 bees (120 species) were collected. Bee abundance and species richness were either similar across plant types (midseason and for abundance also late season) or lower at native than at non‐native plots (early season and for richness also late season). The overall bee community composition differed significantly between native and non‐native plots, with 11 and 23 bee species being found exclusively at one plot type or the other, respectively. Additionally, some species were more abundant at native plant plots, while others were more abundant at non‐natives. Native plants hosted more specialized plant–bee visitation networks than non‐native plants. Three species out of the five most abundant bee species were more specialized when foraging on native plants than on non‐native plants. Overall, visitation networks were more specialized in the early season than in late seasons. Our findings suggest that non‐native plants can benefit native pollinators, but may alter foraging patterns, bee community assemblage, and bee–plant network structures. KW - bee conservation KW - common garden experiment KW - exotic plants KW - non‐native plants KW - plant–bee visitation networks KW - pollinator friendly plants KW - wild bees Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-218439 VL - 10 IS - 23 ER - TY - JOUR A1 - Seren, Ümit A1 - Grimm, Dominik A1 - Fitz, Joffrey A1 - Weigel, Detlef A1 - Nordborg, Magnus A1 - Borgwardt, Karsten A1 - Korte, Arthur T1 - AraPheno: a public database for Arabidopsis thaliana phenotypes JF - Nucleic Acids Research N2 - Natural genetic variation makes it possible to discover evolutionary changes that have been maintained in a population because they are advantageous. To understand genotype–phenotype relationships and to investigate trait architecture, the existence of both high-resolution genotypic and phenotypic data is necessary. Arabidopsis thaliana is a prime model for these purposes. This herb naturally occurs across much of the Eurasian continent and North America. Thus, it is exposed to a wide range of environmental factors and has been subject to natural selection under distinct conditions. Full genome sequencing data for more than 1000 different natural inbred lines are available, and this has encouraged the distributed generation of many types of phenotypic data. To leverage these data for meta analyses, AraPheno (https://arapheno.1001genomes.org) provide a central repository of population-scale phenotypes for A. thaliana inbred lines. AraPheno includes various features to easily access, download and visualize the phenotypic data. This will facilitate a comparative analysis of the many different types of phenotypic data, which is the base to further enhance our understanding of the genotype–phenotype map. KW - phenotype KW - arabidopsis KW - genotype Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-147909 VL - 45 IS - D1 ER - TY - THES A1 - Vainshtein, Yevhen T1 - Applying microarray‐based techniques to study gene expression patterns: a bio‐computational approach T1 - Anwendung von Mikroarrayanalysen um Genexpressionsmuster zu untersuchen: Ein bioinformatischer Ansatz N2 - The regulation and maintenance of iron homeostasis is critical to human health. As a constituent of hemoglobin, iron is essential for oxygen transport and significant iron deficiency leads to anemia. Eukaryotic cells require iron for survival and proliferation. Iron is part of hemoproteins, iron-sulfur (Fe-S) proteins, and other proteins with functional groups that require iron as a cofactor. At the cellular level, iron uptake, utilization, storage, and export are regulated at different molecular levels (transcriptional, mRNA stability, translational, and posttranslational). Iron regulatory proteins (IRPs) 1 and 2 post-transcriptionally control mammalian iron homeostasis by binding to iron-responsive elements (IREs), conserved RNA stem-loop structures located in the 5’- or 3‘- untranslated regions of genes involved in iron metabolism (e.g. FTH1, FTL, and TFRC). To identify novel IRE-containing mRNAs, we integrated biochemical, biocomputational, and microarray-based experimental approaches. Gene expression studies greatly contribute to our understanding of complex relationships in gene regulatory networks. However, the complexity of array design, production and manipulations are limiting factors, affecting data quality. The use of customized DNA microarrays improves overall data quality in many situations, however, only if for these specifically designed microarrays analysis tools are available. Methods In this project response to the iron treatment was examined under different conditions using bioinformatical methods. This would improve our understanding of an iron regulatory network. For these purposes we used microarray gene expression data. To identify novel IRE-containing mRNAs biochemical, biocomputational, and microarray-based experimental approaches were integrated. IRP/IRE messenger ribonucleoproteins were immunoselected and their mRNA composition was analysed using an IronChip microarray enriched for genes predicted computationally to contain IRE-like motifs. Analysis of IronChip microarray data requires specialized tool which can use all advantages of a customized microarray platform. Novel decision-tree based algorithm was implemented using Perl in IronChip Evaluation Package (ICEP). Results IRE-like motifs were identified from genomic nucleic acid databases by an algorithm combining primary nucleic acid sequence and RNA structural criteria. Depending on the choice of constraining criteria, such computational screens tend to generate a large number of false positives. To refine the search and reduce the number of false positive hits, additional constraints were introduced. The refined screen yielded 15 IRE-like motifs. A second approach made use of a reported list of 230 IRE-like sequences obtained from screening UTR databases. We selected 6 out of these 230 entries based on the ability of the lower IRE stem to form at least 6 out of 7 bp. Corresponding ESTs were spotted onto the human or mouse versions of the IronChip and the results were analysed using ICEP. Our data show that the immunoselection/microarray strategy is a feasible approach for screening bioinformatically predicted IRE genes and the detection of novel IRE-containing mRNAs. In addition, we identified a novel IRE-containing gene CDC14A (Sanchez M, et al. 2006). The IronChip Evaluation Package (ICEP) is a collection of Perl utilities and an easy to use data evaluation pipeline for the analysis of microarray data with a focus on data quality of custom-designed microarrays. The package has been developed for the statistical and bioinformatical analysis of the custom cDNA microarray IronChip, but can be easily adapted for other cDNA or oligonucleotide-based designed microarray platforms. ICEP uses decision tree-based algorithms to assign quality flags and performs robust analysis based on chip design properties regarding multiple repetitions, ratio cut-off, background and negative controls (Vainshtein Y, et al., 2010). N2 - Die Regulierung und Aufrechterhaltung der Eisen-Homeostase ist bedeutend für die menschliche Gesundheit. Als Bestandteil des Hämoglobins ist es wichtig für den Transport von Sauerstoff, ein Mangel führt zu Blutarmut. Eukaryotische Zellen benötigen Eisen zum Überleben und zum Proliferieren. Eisen ist am Aufbau von Hämo- und Eisenschwefelproteinen (Fe-S) beteiligt und kann als Kofaktor dienen. Die Aufnahme, Nutzung, Speicherung und der Export von Eisen ist zellulär auf verschiedenen molekularen Ebenen reguliert (Transkription, mRNA-Level, Translation, Protein-Level). Die iron regulatory proteins (IRPs) 1 und 2 kontrollieren die Eisen-Homeostase in Säugetieren posttranslational durch die Bindung an Iron-responsive elements (IREs). IREs sind konservierte RNA stem-loop Strukturen in den 5' oder 3' untranslatierten Bereichen von Genen, die im Eisenmetabolismus involviert sind (z.B. FTH1, FTL und TFRC). In dieser Arbeit wurden biochemische und bioinformatische Methoden mit Microarray-Experimenten kombiniert, um neue mRNAs mit IREs zu identifizieren. Genexpressionsstudien verbessern unser Verständnis über die komplexen Zusammenhänge in genregulatorischen Netzwerken. Das komplexe Design von Microarrays, deren Produktion und Manipulation sind dabei die limitierenden Faktoren bezüglich der Datenqualität. Die Verwendung von angepassten DNA Microarrays verbessert häufig die Datenqualität, falls entsprechende Analysemöglichkeiten für diese Arrays existieren. Methoden Um unser Verständnis von eisenregulierten Netzwerken zu verbessern, wurde im Rahmen dieses Projektes die Auswirkung einer Behandlung mit Eisen bzw. von Knockout Mutation unter verschiedenen Bedingungen mittels bioinformatischer Methoden untersucht. Hierfür nutzen wir Expressionsdaten aus Microarray-Experimenten. Durch die Verknüpfung von biochemischen, bioinformatischen und Microarray Ansätzen können neue Proteine mit IREs identifiziert werden. IRP/IRE messenger Ribonucleoproteine wurden immunpräzipitiert. Die Zusammensetzung der enthaltenen mRNAs wurde mittels einem IronChip Microarray analysiert: Für diesen Chip wurden bioinformatisch Gene vorhergesagt, die IRE-like Motive aufweisen. Der Chip wurde mit solchen Oligonucleotiden beschichtet und durch Hybridisierung überprüft, ob die präzipitierten mRNA sich hieran binden. Die Analyse der erhaltenen Daten erfordert ein spezialisiertes Werkzeug um von allen Vorteilen der angepassten Microarrays zu profitieren. Ein neuer Entscheidungsbaum-basierter Algorithmus wurde in Perl im IronChip Evaluation Package (ICEP) implementiert. Ergebnisse Aus großen Sequenz-Datenbanken wurden IRE-like Motive identifiziert. Dazu kombiniert der Algorithmus, insbesondere RNA-Primärsequenz und RNA-Strukturdaten. Solche Datenbankanalysen tendieren dazu, eine große Anzahl falsch positiver Treffer zu generieren. Daher wurden zusätzliche Bedingungen formuliert, um die Suche zu verfeinern und die Anzahl an falsch positiven Treffer zu reduzieren. Die angepassten Suchkriterien ergaben 15 IRE-like Motive. In einem weiteren Ansatz verwendeten wir eine Liste von 230 IRE-like Sequenzen aus UTR-Datenbanken. Daraus wurden 6 Sequenzen ausgewählt, die auch im unteren Teil stabil sind (untere Helix über 6 bp stabil). Die korrespondierenden Expressed Sequence Tags (ESTs) wurden auf die humane oder murine Version des IronChips aufgetragen. Die Microarray Ergebnisse wurden mit dem ICEP Programm ausgewertet. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Immunpräzipitation mit anschließender Microarrayanalyse ein nützlicher Ansatz ist, um bioinformatisch vorhergesagte IRE-Gene zu identifizieren. Darüber hinaus ermöglicht uns dieser Ansatz die Detektion neuer mRNAs, die IREs enthalten, wie das von uns gefundene Gen CDC14A (Sanchez et al., 2006). ICEP ist ein optimiertes Programmpaket aus Perl Programmen (Vainshtein et al., BMC Bioinformatics, 2010). Es ermöglicht die einfache Auswertung von Microarray Daten mit dem Fokus auf selbst entwickelten Microarray Designs. ICEP diente für die statistische und bioinformatische Analyse von selbst entwickelten IronChips, kann aber auch leicht an die Analyse von oligonucleotidbasierten oder cDNA Microarrays adaptiert werden. ICEP nutzt einen Entscheidungsbaum-basierten Algorithmus um die Qualität zu bewerten und führt eine robuste Analyse basierend auf Chipeigenschaften, wie mehrfachen Wiederholungen, Signal/Rausch Verhältnis, Hintergrund und Negativkontrollen durch. KW - Microarray KW - Genexpression KW - Bioinformatik KW - geneexpression KW - microarrays KW - IronChip KW - ICEP Y1 - 2010 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-51967 ER - TY - THES A1 - Jovcic, Alexander T1 - Applications of aerobic and anaerobic bacteria in the fields of biological degradation of contaminants and biological wastewater treatment T1 - Applikation von aeroben und anaeroben Bakterien in den Bereichen biologischer Schadstoffabbau und biologische Abwasserreinigung N2 - In the work here presented four distinctly different problems were investigated. The first problem was an investigation into the degradation of Dichloroethylene (DCE) and 1,1-bis (p-Chlorophenyl)-2-dichloroethylene (DDE) utilising pure bacterial cultures. The second investigation dealt with the degradation of DDE and polychlorinated Biphenyl’s (PCB’s) utilising anaerobic sediments and soils from New Zealand. The third investigation worked on the Granulation of anaerobic River-sediments in Upflow Anaerobic Sludge Blanket (UASB) Reactors. The last investigation describes the commissioning of an industrial aerobic Wastewater Treatment Plant and the Implementation of biological Nitrogen- and Phosphate removal in this Wastewater Treatment Plant. Since the chemical Structure of DCE and DDE have certain similarities, Bacteria that were capable of degrading DCE, were tested here, whether they would also be able to degrade DDE utilising a co-metabolic pathway. In the experiments the aerobic bacteria Methylosinus trichosporium and Mycobacterium vaccae and the anaerobic bacteria Acetobacterium woodii and Clostridium butyricum were used. Approximately 60% of the added DCE was degraded by M. vaccae, while M. trichosporium degraded approximately 50%. A. woodii and C. butyricum degraded 40% and 30% respectively of the added DCE. Further experiments with these cultures and DDE lead to a microbial degradation of DDE to an extent of 34.6% for M. vaccae, 14.1% for C. butyricum, 2.2% for A. woodii and 10.5% for M. trichosporium. Additional experiments, utilising [14C]-DDE, showed that the DDE had not been degraded but were attached to the bacterial cells. The second investigation utilised anaerobic soils and sediments from New Zealand to study the anaerobic co-metabolic degradation of DDE and PCB’s. The soils and sediments originated from the River Waikato, from Wastewater Ponds in Kinleith, Marine-Sediments from Mapua, and a variety of soils comtaminated with Pentachlorophenyl (PCP). The cultures from these soils and sediments were raised on a variety of Carbon- and Energy-sources. Beside DDE, Aroclor 1260, and a mix of four pure PCB-Congeneres (one Tetra-, one Hexa, one Hepta- and one Deca-Chlorobiphenyl) were used to test for the reductive dechlorination. The cultivation process of the baceria lasted six months. Samples of the cultures were taken after zero, three and six months. These samples were tested for the increase of cell-protein, the degradation of carbon- and energy-sources, and the removal of the added polychlorinated chemicals. The organochlorines were analysed using reversed phase HPLC and FID-GC. When a change in the Chromatogram was detected the respective cultures were further analysed using ECD-GC and GC-MS. The results showed that the culutres grew under these conditions, but no degradation of DDE and the PCB-Mix could be detected, and only small changes in the composition/chromatograms of Aroclor 1260 were found. The third investigation worked on the Granulation of River-Sediments in UASB-Reactors. Sediments from the River Waikato in New Zealand and the River Saale in Germany were used. In both cases the Granulation process was successful, which was demonstrated by microscopic comparisons of the Sediments and the resulting Granules. The two main bacterial cultures detected were Methanosarcina- and Methanothrix-like cultures. The main carbon- and energy-source was Lactic Acid, which was used at a concentration of 21,8 g COD/L. The Granulation-Process was a combination of using high a COD-Concentration combined with a low Volumetric Loading-Rate. Comparisons of the specific degradation-rates of a variety of carbon- and energy-sources between the Sediments and the Granules, showed no increased degradation rates in regard to the same cell-mass, but the increased bio-mass in the Granules allowed for higher degradation-rates within the UASB-reactors. The fourth investigation describes the commissioning of an industrial Wastewater Treatment Plant for a Dairy-Site in Edendale, Southland, New Zealand. This Plant consists of a DAF-Unit (Dissolved Air Flotation), two Extended Aeration Lagoons with Activated Sludge and two Clarifiers, one for the Activated Sludge and the second for the dosing of Aluminium-Sulphate and the removal of Phosphat-Sulphate. Biological processes for the removal of carbon- and energy-sources were optimised and biological processes for the reduction of Nitrogen- and Phosphate-Concentrations within the wastewater were implemented and optimised. Bilogical removal rates for COD of 95% and above, for Nitrogen of 85-92% and Phosphate of 64-83% were achieved. N2 - In der hier vorgelegten Arbeit wurden vier distinkt verschiedene Probleme untersucht. Das erste Problem war die Untersuchung in den Abbau von Dichloroethylene (DCE) und 1,1-bis (p-chlorophenyl)-2-dichloroethylene (DDE) mithilfe von reinen bakteriellen Kulturen. Die zweite Untersuchung beschaeftigte sich mit dem Abbau von DDE und polychlorinierten Biphenylen (PCB’s) mithilfe von anaeroben Sedimenten und Erden aus New Zealand. Die dritte Untersuchung behandelt die Granulation von anaeroben Fluss-sedimenten in Upflow Anaerobic Sludge Blanket (UASB) Reaktoren. Die letzte Untersuchung behandelt das Anfahren einer industriellen aeroben Abwasser-anlage und die Implementierung von biologischem Stickstoff- und Phosphat-abbau in dieser Abwasser-anlage. Da die chemische Struktur von DCE und DDE gewisse Aehnlichkeiten besitzt, wurden hier wurden Bakterien untersucht, die in der Lage sind DCE abzubauen, ob diese DDE in einer cometabolischen Reaktion abbauen koennen. In den Experimenten wurden die aeroben Bakterien Methylosinus trichosporium und Mycobacterium vaccae und die anaeroben Bakterien Acetobacterium woodii und Clostridium butyricum benutzt. Ungefaehr 60% des hinzugefuegten DCE’s wurde von M. vaccae abgebaut, whaerend M. trichosporium ca 50% abbaute. A. woodii und C. butyricum bauten jeweils 40% und 30% des zugefuegten DCE’s ab. Weiterfuehrenden Experimente mit den obigen Kulturen und zugefuegtem DDE fuehrte zu einem mikrobiologischen Abbau von DDE in den Kulturen von 34.6% fuer M. vaccae, 14.1% fuer C. butyricum, 12.2% fuer A. woodii und 10.5% fuer M. trichosporium. Weitere Experimente, bei denen [14C]-DDE benutzt wurde, ergaben, dass das DDE nicht abgebaut worden war, sondern es stellte sich heraus, dass das DDE an die Bakterienzellen angelagert worden war. Die zweite Untersuchung benutzte anaerobe Erden und Sedimente aus New Zealand um den anaeroben cometabolischen Abbau von DDE und PCB’s zu studieren. Die Erden und Sedimente stammten von dem Fluss Waikato, aus Abwasser-Teichen in Kinleith, Meeresboden-Sedimenten aus Mapua, und verschiedene Erden die mit Pentachlorophenyl (PCP) kontaminiert waren. Die Kulturen aus diesen Erden und Sedimenten wurde mit verschiedenen Kohlenstoff- und Energie-Quellen aufgezogen. Neben DDE wurden Aroclor 1260 und ein Mix aus vier reinen PCB-Congeneren (ein Tetra-, ein Hexa, ein Hepta- und ein Deca-Chlorobiphenyl) fuer die reduktive Dechlorinierung benutzt. Die Aufzucht der Bakteria dauert sechs Monate, Proben wurden am Start der Kultivierung, nach drei und nach sechs Monaten genommen. Diese Proben wurden fuer die Veraenderung des Zellproteins, den Abbau der Kohlenstoof- und Energie-Quellen, und das Verschwinden der zugefuegten polychlorinierten Chemikalien ananlysiert. Die Organochlorine wurden mithilfe von reversed HPLC und dann FID-GC untersucht. Wenn eine Veraenderung in den Chromatogrammen auftrat wurden die entsprechenden Kulturen mithilfe von ECD-GC und GC-MS weitergehend untersucht. Die Resultate zeigten ein wachsen der Kulturen an, aber keinen Abbau von DDE und dem PCB-Mix, und nur geringe Veraenderungen der Komposition von Aroclor 1260. Die dritte Untersuchung befasste sich mit der Granulierung von anaeroben Fluss-sedimenten in UASB Reaktoren. Dafuer wurden Sedimente von dem Waikato in New Zealand und der Saale in Deutschland benutzt. In beiden Faellen war die Granulation erfolgreich, was durch mikroskopische Vergleiche von den Sedimenten und den Granules festgestellt werden konnte. Die zwei hauptsaechlichen Bakterien Kulturen waren Methanosarcina und Methanothrix aehnliche Kulturen. Die Haupt-Kohlenstoff- und Energie-Quelle war Lactic Acid und wurde mit einer Konzentration von 21,8 g COD/L verwendet. Der Granulations-Prozess war eine Kombination von einer hohen COD-Konzentration verbunden mit einer niedrigen volumetrischen Ladungs-Rate. Vergleiche der spezifischen Abbauraten von verschiedenen Kohlenstoff- und Energie-Quellen zwischen den Sedimenten und den Granules, ergab keine erhoehten Abbauraten in Bezug auf die gleiche Zellmasse, aber die erhoehte Biomasse in den Granules sorgt fuer groessere Abbauraten in den UASB Reaktoren. Die vierte Untersuchung befasste sich mit dem Anfahren einer industriellen Abwasser-Anlage fuer eine Molkerei in Edendale, Southland, New Zealand. Diese Anlage besteht aus einer DAF-Unit (Dissolved Air Flotation), zwei Abwasser-Teichen mit aktiver Schlammbehandlung und zwei Klaerbecken, eines fuer die Aktiv-Schlamm-Beseitigung und das zweite fuer die Dosierung von Aluminiumsulphat und die Entfernung von Phosphat-Sulphat. Biologische Verfahren zum Abbau von Kohlenstoff-Verbindugen wurden optimiert und biologische Verfahren zur Verringerung von Stickstoff- und Phospaht-Konzentrationen im Abwasser wurden implementiert und optimiert. Biologische Abbau-Raten fuer COD von ueber 95%, fuer Stickstoff 85-92% und Phosphat 64-83% wurden erreicht. KW - Biologische Abwasserreinigung KW - Bakterien Y1 - 2002 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-6702 ER - TY - THES A1 - Borst, Andreas T1 - Apoptosis & senescence: cell fate determination in inhibitor-treated melanoma cells T1 - Apoptose & Seneszenz: Bestimmung der Zell-spezifischen Reaktion von Melanomzellen auf Inhibitoren N2 - Neoplasms of the skin represent the most frequent tumors worldwide; fortunately, most of them are benign or semi-malignant and well treatable. However, the two most aggressive and deadly forms of malignant skin-neoplasms are melanoma and Merkel cell carcinoma (MCC), being responsible for more than 90% of skin-cancer related deaths. The last decade has yielded enormous progress in melanoma therapy with the advent of targeted therapies, like BRAF or MEK inhibitors, and immune-stimulating therapies, using checkpoint antibodies targeting CTLA- 4, PD-1 or PD-L1. Very recent studies suggest that also MCC patients benefit from a treatment with checkpoint antibodies. Nevertheless, in an advanced metastatic stage, a cure for both of these aggressive malignancies is still hard to achieve: while only a subset of patients experience durable benefit from the immune-based therapies, the widely applicable targeted therapies struggle with development of resistances that inevitably occur in most patients, and finally lead to their death. The four articles included in this thesis addressed current questions concerning therapy and carcinogenesis of melanoma and MCC. Moreover, they are discussed in the light of the up-to-date research regarding targeted and immune-based therapies. In article I we demonstrated that besides apoptosis, MAPK pathway inhibition in BRAF-mutated melanoma cells also induces senescence, a permanent cell cycle arrest. These cells may provide a source for relapse, as even permanently arrested cancer cells can contribute to a pro-tumorigenic milieu. To identify molecular factors determining the differential response, we established M14 melanoma cell line derived single cell clones that either undergo cell death or arrest when treated with BRAF/MEK inhibitors. Using these single cell clones, we demonstrated in article IV that downregulation of the pro-apoptotic BH3-only protein BIK via epigenetic silencing is involved in apoptosis deficiency, which can be overcome by HDAC inhibitors. These observations provide a possible explanation for the lack of a complete and durable response to MAPK inhibitor treatment in melanoma patients, and suggest the application of HDAC inhibitors as a complimentary therapy to MAPK pathway inhibition. Concerning MCC, we scrutinized the interactions between the Merkel cell polyomavirus’ (MCV) T antigens (TA) and the tumor suppressors p53 and Rb in article II and III, respectively. In article III, we demonstrated that the cell cycle master regulator Rb is the crucial target of MCV large T (LT), while it - in contrast to other polyomavirus LTs - exhibits much lower affinity to the related proteins p107 and p130. Knockdown of MCV LT led to proliferation arrest in MCC cells, which can be rescued by knockdown of Rb, but not by knockdown of p107 and p130. Contrary to Rb, restriction of p53 in MCC seems to be independent of the MCV TAs, as we demonstrated in article II. In conclusion, the presented thesis has revealed new molecular details, regarding the response of melanoma cells towards an important treatment modality and the mechanisms of viral carcinogenesis in MCC. N2 - Die häufigsten Tumore weltweit sind Neoplasien der Haut; glücklicherweise sind die meisten dieser benigne oder semi-maligne und gut behandelbar. Die beiden aggressivsten und tödlichsten Formen bösartiger Hauttumoren sind das Melanom und das Merkelzell-Karzinom (MCC), welche verantwortlich für über 90% aller durch Hauttumore verursachten Todesfälle sind. Im letzten Jahrzehnt gab es jedoch erstaunliche Fortschritte in der Therapie des malignen Melanoms, was vor allem durch das Aufkommen der zielgerichteten Therapien wie den BRAF oder MEK Inhibitoren und den immunstimulierenden Therapien, welche Checkpoint-Antikörper gegen CTLA-4, PD-1 oder PD-L1 verwenden, bedingt ist. Neueste Studien legen nahe, dass auch MCC Patienten von diesen Checkpoint-Antikörpern profitieren können. In fortgeschrittenen, metastasierten Stadien ist jedoch für beide Malignitäten eine Heilung immer noch sehr schwer erreichbar: nur eine kleine Gruppe der Patienten erreichen einen dauerhaften Nutzen durch die Immuntherapien, während die breit anwendbaren zielgerichteten Therapien mit der Entwicklung von Resistenzen zu kämpfen haben, welche unausweichlich in den meisten Patienten entstehen und letztendlich zu deren Tod führen. Die vier dieser Dissertation beigefügten Publikationen adressierten aktuelle Fragestellungen bezüglich Therapie und Karzinogenese des Melanoms und des MCCs. Des Weiteren werden diese im Licht des heutigen Forschungsstandes diskutiert, im Besonderen mit Blick auf die zielgerichteten und immunbasierten Therapien. In Publikation I zeigten wir, dass Inhibition des MAPK Signalwegs in BRAF-mutierten Melanom-Zellen neben Apoptose auch zu Seneszenz, einem permanenten Zellzyklusarrest, führen kann. Diese Zellen können der Ursprung der Resistenzbildung sein, da auch permanent arretierte Krebszellen zu einem Tumor-fördernden Milieu beitragen können. Um molekulare Faktoren zu identifizieren, die für diese unterschiedliche Behandlungsreaktion ursächlich sind, haben wir Einzelzellklone aus der M14 Melanom-Zelllinie etabliert, welche entweder mit Zelltod oder Arrest auf die BRAF/MEK Inhibitor Behandlung reagieren. Mit Hilfe dieser Klone zeigten wir in Publikation IV, dass die Herunterregulierung des pro-apoptotischen BH3-only Proteins BIK durch einen epigenetischen Mechanismus zur Apoptose-Resistenz dieser Zellen führt, was durch den Einsatz von HDAC-Inhibitoren umgangen werden kann. Diese Beobachtungen bieten eine mögliche Erklärung für das Ausbleiben eines vollständigen und dauerhaften Ansprechens auf die MAPK-Inhibitor Behandlung der Melanom-Patienten, und legen den Einsatz von HDAC-Inhibitoren als komplementäre Therapieoption nahe. Beim MCC haben wir jeweils die Interaktion zwischen den Merkelzell-Polyomavirus (MCV) T Antigenen (TA) und den Tumor-Suppressoren p53 und Rb in Publikation II und III näher betrachtet. In Publikation III haben wir gezeigt, dass das zentrale, Zellzyklus-regulierende Protein Rb das vorrangige Ziel des MCV large T Antigens (LT) ist, während es - im Gegensatz zu anderen Polyomavirus-LTs - viel weniger Affinität zu den verwandten Proteinen p107 und p 130 aufweist. Der Knockdown des MCV LT führte zu Proliferationsarrest in MCC Zellen, welcher durch Knockdown von Rb aufgehoben werden konnte, nicht jedoch durch Knockdown von p107 und p130. Die Restriktion von p53 scheint im Gegensatz zu Rb im MCC unabhängig von den MCV TAs zu sein, wie wir in Publikation II gezeigt haben. Zusammenfassend gibt diese Dissertation Aufschluss über neue molekulare Zusammenhänge bezüglich der Reaktion von Melanom-Zellen gegenüber einer wichtigen Behandlungsmöglichkeit und den Mechanismen der viralen Karzinogenese des MCC. KW - Melanom KW - Apoptosis KW - MAP-Kinase KW - Senescence KW - BRAF inhibition Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-155085 ER - TY - JOUR A1 - Boetzl, Fabian A. A1 - Konle, Antonia A1 - Krauss, Jochen T1 - Aphid cards – useful model for assessing predation rates or bias prone nonsense? JF - Journal of Applied Entomology N2 - Predation on pest organisms is an essential ecosystem function supporting yields in modern agriculture. However, assessing predation rates is intricate, and they can rarely be linked directly to predator densities or functions. We tested whether sentinel prey aphid cards are useful tools to assess predation rates in the field. Therefore, we looked at aphid cards of different sizes on the ground level as well as within the vegetation. Additionally, by trapping ground‐dwelling predators, we examined whether obtained predation rates could be linked to predator densities and traits. Predation rates recorded with aphid cards were independent of aphid card size. However, predation rates on the ground level were three times higher than within the vegetation. We found both predatory carabid activity densities as well as community weighted mean body size to be good predictors for predation rates. Predation rates obtained from aphid cards are stable over card type and related to predator assemblages. Aphid cards, therefore, are a useful, efficient method for rapidly assessing the ecosystem function predation. Their use might especially be recommended for assessments on the ground level and when time and resource limitations rule out more elaborate sentinel prey methods using exclosures with living prey animals. KW - carabid beetles KW - ecosystem service KW - ground-dwelling predators KW - methods KW - natural pest control KW - sentinel prey Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204798 VL - 144 IS - 1-2 ER - TY - THES A1 - Ernst, Raffael T1 - Anuran communities on the cutting edge : Analysing patterns and processes in anthropogenically altered tropical forests - Studies from the Guiana Shield and West Africa T1 - Anurengemeinschaften auf Messers Schneide: Muster und Prozesse in anthropogen veränderten tropischen Wäldern - Studien vom Guiana Schild und Westafrika N2 - Summary Timber harvesting is currently the most common commercial utilisation activity in tropical forests. Assessing the effects of logging on different aspects of biodiversity and general ecosystem properties is hence of prime importance if the few remaining areas of intact tropical forest are to be protected effectively and efficiently. Tropical amphibian communities are an appropriate model system for studies on the impacts of human-induced environmental changes on the dynamics of complex biological systems. This thesis elaborates on patterns of diversity changes in tropical forest amphibian communities facing habitat alterations associated with selective logging in two globally important eco-regions (Côte d’Ivoire, Upper Guinea, West Africa and Guyana, the Guiana Shield, northern South America). The thesis is organised along two main themes. After a general introduction, a section on general methodology and an introduction to the model systems studied, the first theme moves from general patterns to underlying processes. A second theme running through both chapters carries from undisturbed systems to disturbed systems. A final section integrates findings and addresses implications for conservation management of anthropogenically altered tropical forests. Several case studies at the species- population and community level are being presented and data on the direct and indirect impacts of anthropogenic habitat alteration on respective organizational levels are provided. A key statement that is stressed on throughout the studies is the fact that common measures of diversity, such as species richness and species-diversity only inadequately reflect processes of diversity change following anthropogenic disturbance. They also fail to describe actual impacts on the dynamics of complex biological systems. It is argued that commonly used measures produce an incoherent and insufficient picture of diversity patterns and the underlying processes that shape these patterns. Thus, an understanding of higher levels of diversity, such as β-diversity and functional diversity (and hence compositional patterns) appears to be the key to effectively mitigating the impacts of human-induced disturbance on amphibian communities. It is shown that the predictability of amphibian community composition depends on the respective level of anthropogenic disturbance imposed on a particular habitat. Hence, human activities that lead to changes in the structure of a forest, such as logging, not only alter simple system descriptors, such as the number of species in a given community, but rather alter the dynamics of the entire system. In this context, functional diversity is shown to be an important aspect underlying the actual mechanism that leads to the observed change of predictability patterns. Functional differences between species, rather than number of species per se appear to be the decisive factor in sustaining desirable ecosystem states and thus in maintaining important ecosystem services. Because biological diversity appears to play a substantial role in ecosystem resilience required to safeguard essential ecosystem functions in the face of environmental change, the thesis calls for a critical revision of common diversity assessments approaches. The studies advocate the reconsideration of the uncritical use of widespread measures and descriptors of biodiversity on grounds of inconsistent patterns found throughout numerous studies, including those presented herein. N2 - Zusammenfassung Forst- und Holzwirtschaft gehört derzeit zu einer der wichtigsten kommerziellen Nutzungsformen tropischer Wälder. Der Analyse und Untersuchung von direkten und indirekten Auswirkungen von Holzeinschlag auf verschiedene Aspekte biologischer Vielfalt und genereller Ökosystemeigenschaften muß daher eine zentrale Bedeutung eingeräumt werden. Dies trifft im besonderen Maße zu, wenn die verbleibenden noch intakten Regenwaldflächen effizient und auch langfristig effektiv geschützt werden sollen. Tropische Amphibiengemeinschaften haben sich bei der Untersuchung von Auswirkungen anthropogen induzierter Habitatveränderungen auf die Dynamik komplexer biologischer Systeme als geeignetes Modellsystem erwiesen. Die hier vorliegende Arbeit befasst sich mit den Mustern der Diversität und deren Änderung in tropischen Waldamphibiengemeinschaften unter dem Einfluss anthropogener Habitatveränderungen (selektiver Holzeinschlag) in zwei geographisch distinkten Ökoregionen von globaler Bedeutung (Côte d’Ivoire, Oberguinea, West Afrika und Guyana, Guiana Schild, nördliches Südamerika). Die thematische Gliederung der Arbeit folgt zwei unterschiedlichen Organisationssträngen. Der erste Strang leitet, nach einer allgemeinen Einführung und einem Abschnitt zur Methodik und Einführung in die untersuchten Modellsysteme, über, von den generellen Mustern zu den zugrunde liegenden Prozessen. Ein zweiter führt von ungestörten Systemen zu Systemen unter Störungseinfluss. Ein abschließender Abschnitt befasst sich mit den Implikationen für Naturschutzmanagement von anthropogen veränderten tropischen Wäldern. In einer Reihe von Fallstudien auf Art-, Populations- und Gemeinschaftsniveau werden die direkten und indirekten Einflüsse anthropogener Habitatänderungen auf die jeweilige Organisationsebene erörtert. Grundtenor aller vorgestellten Untersuchungen ist die Tatsache, dass herkömmliche Diversitätsmaße, wie etwa Artenreichtum und Artendiversität die in Zusammenhang mit anthropogenen Störungen auftretenden Veränderungen von Diversitätsmustern nur unzureichend erklären. Diese Maße erscheinen ebenfalls ungeeignet für die Beschreibung des Einflusses auf die Dynamik komplexer biologischer Systeme. Herkömmlich verwendete Diversitätsindizes generieren ein inkohärentes und unzureichendes Bild tatsächlicher Diversitätsmuster und der zugrunde liegenden Prozesse, die diese Muster formen. Das Verständnis höherer Ebenen der Diversität, wie etwa β-Diversität oder funktionale Diversität (und somit Muster der Artzusammensetzung) erscheint essentiell für die Minimierung des Einflusses von anthropogen induzierten Störungen auf Amphibiengemeinschaften und könnte somit zu einer effektiven Schadensbegrenzung beitragen. In den vorgestellten Untersuchungen konnte gezeigt werden, dass die Vorhersagbarkeit der Zusammensetzung einer gegebenen Amphibiengemeinschaft unmittelbar vom Störungsgrad des jeweiligen Systems abhängt. Menschliche Aktivitäten, die zu strukturellen Änderungen von Waldssystemen führen, wie etwa kommerzieller Holzeinschlag, führen nicht nur zu Änderungen einfacher Systemdeskriptoren, wie der Anzahl der Arten innerhalb einer Gemeinschaft, vielmehr beeinflussen sie die Dynamik des Gesamtsystems. In diesem Zusammenhang erwiesen sich funktionale Diversitätskomponenten als äußerst wichtige determinierende Faktoren für die beobachteten Vorhersagbarkeitsmuster und deren Veränderung. Funktionale Unterschiede und nicht Artenzahl per se scheinen demnach für den Erhalt zu bevorzugender Ökossystemzustände ausschlaggebend zu sein. Der Erhalt dieser funktionalen Merkmalsdiversität trägt unmittelbar zum Erhalt wichtiger ökosystemarer Leistungen bei. Da anzunehmen ist, dass biologischer Diversität eine maßgebliche Rolle in Bezug auf die Belastbarkeit und Elastizität von Ökosystemen zukommt (essentielle Eigenschaften, die das langfristige Funktionieren von Ökosystemen unter Störungseinfluss gewährleisten), unterstreichen die Ergebnisse der hier vorliegenden Arbeit die Notwendigkeit einer kritischen Revision traditioneller Ansätze der Diversitätserfassung. KW - Tropischer Regenwald KW - Westafrika KW - Lurche KW - Ökologie KW - anthropogene Störungen KW - Amphibiengemeinschaften KW - Vorhersagbarkeitsmuster KW - Naturschutz KW - Afro- Neotropen KW - anthropogenic disturbance KW - amphibian communities KW - predictabilitiy patterns KW - conservation KW - Afro- Neotropics Y1 - 2006 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-18373 ER - TY - JOUR A1 - Otto, Christoph A1 - Hahlbrock, Theresa A1 - Eich, Kilian A1 - Karaaslan, Ferdi A1 - Jürgens, Constantin A1 - Germer, Christoph-Thomas A1 - Wiegering, Armin A1 - Kämmerer, Ulrike T1 - Antiproliferative and antimetabolic effects behind the anticancer property of fermented wheat germ extract JF - BMC Complementary and Alternative Medicine N2 - Background Fermented wheat germ extract (FWGE) sold under the trade name Avemar exhibits anticancer activity in vitro and in vivo. Its mechanisms of action are divided into antiproliferative and antimetabolic effects. Its influcence on cancer cell metabolism needs further investigation. One objective of this study, therefore, was to further elucidate the antimetabolic action of FWGE. The anticancer compound 2,6-dimethoxy-1,4-benzoquinone (DMBQ) is the major bioactive compound in FWGE and is probably responsible for its anticancer activity. The second objective of this study was to compare the antiproliferative properties in vitro of FWGE and the DMBQ compound. Methods The IC\(_{50}\) values of FWGE were determined for nine human cancer cell lines after 24 h of culture. The DMBQ compound was used at a concentration of 24 μmol/l, which is equal to the molar concentration of DMBQ in FWGE. Cell viability, cell cycle, cellular redox state, glucose consumption, lactic acid production, cellular ATP levels, and the NADH/NAD\(^+\) ratio were measured. Results The mean IC\(_{50}\) value of FWGE for the nine human cancer cell lines tested was 10 mg/ml. Both FWGE (10 mg/ml) and the DMBQ compound (24 μmol/l) induced massive cell damage within 24 h after starting treatment, with changes in the cellular redox state secondary to formation of intracellular reactive oxygen species. Unlike the DMBQ compound, which was only cytotoxic, FWGE exhibited cytostatic and growth delay effects in addition to cytotoxicity. Both cytostatic and growth delay effects were linked to impaired glucose utilization which influenced the cell cycle, cellular ATP levels, and the NADH/NAD\(^+\) ratio. The growth delay effect in response to FWGE treatment led to induction of autophagy. Conclusions FWGE and the DMBQ compound both induced oxidative stress-promoted cytotoxicity. In addition, FWGE exhibited cytostatic and growth delay effects associated with impaired glucose utilization which led to autophagy, a possible previously unknown mechanism behind the influence of FWGE on cancer cell metabolism. KW - cytostatic KW - FWGE KW - benzoquinone KW - cancer cells KW - reactive oxygen species KW - autophagy KW - cytotoxicity Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-146013 VL - 16 IS - 160 ER - TY - THES A1 - Zimmermann, Henriette T1 - Antigenic variation and stumpy development in \(Trypanosoma\) \(brucei\) T1 - Antigene Variation und Stumpy Entwicklung in \(Trypanosoma\) \(brucei\) N2 - The eukaryotic parasite Trypanosoma brucei has evolved sophisticated strategies to persist within its mammalian host. Trypanosomes evade the hosts' immune system by antigenic variation of their surface coat, consisting of variant surface glycoproteins (VSGs). Out of a repertoire of thousands of VSG genes, only one is expressed at any given time from one of the 15 telomeric expression sites (ES). The VSG is stochastically exchanged either by a transcriptional switch of the active ES (in situ switch) or by a recombinational exchange of the VSG within the active ES. However, for infections to persist, the parasite burden has to be limited. The slender (sl) bloodstream form secretes the stumpy induction factor (SIF), which accumulates with rising parasitemia. SIF induces the irreversible developmental transition from the proliferative sl to the cell cycle-arrested but fly-infective stumpy (st) stage once a concentration threshold is reached. Thus, antigenic variation and st development ensure persistent infections and transmissibility. A previous study in monomorphic cells indicated that the attenuation of the active ES could be relevant for the development of trypanosomes. The present thesis investigated this hypothesis using the inducible overexpression of an ectopic VSG in pleomorphic trypanosomes, which possess full developmental competence. These studies revealed a surprising phenotypic plasticity: while the endogenous VSG was always down-regulated upon induction, the ESactivity determined whether the VSG overexpressors arrested in growth or kept proliferating. Full ES-attenuation induced the differentiation of bona fide st parasites independent of the cell density and thus represents the sole natural SIF-independent differentiation trigger to date. A milder decrease of the ES-activity did not induce phenotypic changes, but appeared to prime the parasites for SIF-induced differentiation. These results demonstrate that antigenic variation and development are linked and indicated that the ES and the VSG are independently regulated. Therefore, I investigated in the second part of my thesis how ES-attenuation and VSG-silencing can be mediated. Integration of reporters with a functional or defective VSG 3'UTR into different genomic loci showed that the maintenance of the active state of the ES depends on a conserved motif within the VSG 3'UTR. In situ switching was only triggered when the telomere-proximal motif was partially deleted, suggesting that it serves as a DNA-binding motif for a telomere-associated protein. The VSG levels seem to be additionally regulated in trans based on the VSG 3'UTR independent of the genomic context, which was reinforced by the regulation of a constitutively expressed reporter with VSG 3' UTR upon ectopic VSG overexpression. N2 - Der eukaryotische Parasit Trypanosoma brucei hat komplexe Strategien entwickelt, um in seinem Säugetierwirt zu überleben. Die Grundlage der Immunevasion ist die antigene Variation des Oberflächenmantels, der aus dem variablen Oberflächenglykoprotein (VSG) besteht. Von mehreren tausend VSG-Genen wird zu jedem Zeitpunkt nur ein einziges aus einer der 15 telomerischen Expressionsstellen (ES) exprimiert. Das VSG kann entweder durch einen transkriptionellen Wechsel der aktiven ES (in situ Wechsel) oder durch einen rekombinatorischen Wechsel des VSG-Gens innerhalb der aktiven ES stochastisch ausgetauscht werden. Damit jedoch eine langanhaltende Infektion des Wirts möglich wird, muss gleichzeitig der Parasitenbefall begrenzt werden. Mit ansteigender Parasitämie akkumuliert der 'stumpy induction factor' (SIF), welcher von der 'slender' (sl) Blutstromform sekretiert wird. Sobald ein Schwellenwert in der SIF-Konzentration erreicht ist, wird die irreversible Differenzierung der proliferativen sl in die zellzyklusarretierte 'stumpy'(st) Form eingeleitet, welche infektiös für den Fliegenvektor ist. Somit stellen antigene Variation und st- Differenzierung das Persistieren der Infektion und die Übertragung des Parasiten sicher. Eine frühere Arbeit mit monomorphen Zellen deutete darauf hin, dass die Attenuierung der aktiven ES eine Rolle für die Differenzierung der Trypanosomen spielen könnte. Diese Hypothese wurde in der vorliegenden Dissertation untersucht, indem in pleomorphen Zellen mit vollständiger Entwicklungskompetenz ein ektopisches VSG induzierbar überexprimiert wurde. Diese Studien offenbarten eine erstaunliche phänotypische Plastizität: während das endogene VSG nach Induktion runter reguliert wurde, arretierten die VSG-Überexpressoren in Abhängigkeit von der ES-Aktivität entweder im Wachstum oder teilten sich weiter. Die vollständige ES-Attenuierung löste die Differenzierung zu echten st Zellen unabhängig von der Zelldichte aus und ist somit der bisher einzige natürliche SIF-unabhängige Differenzierungsauslöser. Eine mildere Abnahme der ES-Aktivität verursachte keinen Phänotyp, scheint aber die Zellen auf die SIF-induzierte Differenzierung vorzubereiten. Diese Ergebnisse zeigen, dass antigene Variation und Differenzierung verbunden sind und deuteten an, dass die ES und das VSG unabhängig voneinander reguliert werden. Daher habe ich im zweiten Teil meiner Dissertation untersucht, wie ES-Attenuierung und VSG-Stilllegung vermittelt werden können. Die Integration eines Reporters mit funktioneller oder defekter VSG 3'UTR an verschiedenen Orten im Genom zeigte, dass die Aufrechterhaltung der ES-Aktivität von einem konservierten Motiv in der VSG 3'UTR abhängig ist. Ein in situ Wechsel wurde nur ausgelöst, wenn Teile des Telomer-proximalen Motiv deletiert wurden, was nahelegt, dass das Motiv auf DNA-Ebene von einem Telomerbindeprotein erkannt wird. Die VSG-Level scheinen unabhängig vom genomischen Kontext zusätzlich in trans basierend auf der VSG 3'UTR reguliert zu werden, was durch die Regulation eines konstitutiv exprimierten Reporters mit VSG 3'UTR nach VSG-Überexpression bekräftigt wurde. KW - Trypanosoma brucei KW - Genexpression KW - Entwicklung KW - Parasit KW - VSG KW - antigenic variation KW - monoallelic expression KW - stumpy development KW - differentiation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-146902 ER - TY - JOUR A1 - Bona, Marion A1 - Scheer, Ulrich A1 - Bautz, Ekkehard K. F. T1 - Antibodies to RNA polymerase II (B) inhibit transcription in lampbrush chromosomes after microinjection into living amphibian oocytes N2 - Antibodies directed against RNA polymerase II (B) from Drosophila melanogaster were obtained from rabbit sera and, as monoclonal immunoglobulins, from mouse hybridomas and shown to cross-react with the amphibian enzyme protein. Localization by indirect immunofluorescence microscopy revealed the association of this enzyme with chromatin of interphase nuclei of amphibian cells and its absence in nucleoli. Purified immunoglobulins were microinjected in to nuclei ofliving vitellogenic oocytes of Ple1lrodeles waltlii and X enopus laevis and their effects on transcriptional processes were monitored by biochemical and light and electron microscopic stud ies. RNA polymerase II antibodies from rabbit sera caused a rapid and almost complete release of nascent transcripts from the chromatin axis of the loops of lampbrush chromosomes, followed by collapse of the loops and their retraction on the main chromosome axis. Monoclonal murine antibodies to the Iarge RNA polymerase II subunits also inhibited transcription in chromosome Ioops but appeared to inhibit initiation rather than elongation events. Activities of class land III RNA polymerases were not significantly affected by injection of antibodies to polymerase II, indicating immunological differences between the three RNA polymerases. The potential value of the in vitro test system described , as a very sensitive assay for detecting proteins involved in transcription in living cells, is discussed. 1 Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33128 ER - TY - JOUR A1 - Colizzi, Francesca Sara A1 - Beer, Katharina A1 - Cuti, Paolo A1 - Deppisch, Peter A1 - Martínez Torres, David A1 - Yoshii, Taishi A1 - Helfrich-Förster, Charlotte T1 - Antibodies Against the Clock Proteins Period and Cryptochrome Reveal the Neuronal Organization of the Circadian Clock in the Pea Aphid JF - Frontiers in Physiology N2 - Circadian clocks prepare the organism to cyclic environmental changes in light, temperature, or food availability. Here, we characterized the master clock in the brain of a strongly photoperiodic insect, the aphid Acyrthosiphon pisum, immunohistochemically with antibodies against A. pisum Period (PER), Drosophila melanogaster Cryptochrome (CRY1), and crab Pigment-Dispersing Hormone (PDH). The latter antibody detects all so far known PDHs and PDFs (Pigment-Dispersing Factors), which play a dominant role in the circadian system of many arthropods. We found that, under long days, PER and CRY are expressed in a rhythmic manner in three regions of the brain: the dorsal and lateral protocerebrum and the lamina. No staining was detected with anti-PDH, suggesting that aphids lack PDF. All the CRY1-positive cells co-expressed PER and showed daily PER/CRY1 oscillations of high amplitude, while the PER oscillations of the CRY1-negative PER neurons were of considerable lower amplitude. The CRY1 oscillations were highly synchronous in all neurons, suggesting that aphid CRY1, similarly to Drosophila CRY1, is light sensitive and its oscillations are synchronized by light-dark cycles. Nevertheless, in contrast to Drosophila CRY1, aphid CRY1 was not degraded by light, but steadily increased during the day and decreased during the night. PER was always located in the nuclei of the clock neurons, while CRY was predominantly cytoplasmic and revealed the projections of the PER/CRY1-positive neurons. We traced the PER/CRY1-positive neurons through the aphid protocerebrum discovering striking similarities with the circadian clock of D. melanogaster: The CRY1 fibers innervate the dorsal and lateral protocerebrum and putatively connect the different PER-positive neurons with each other. They also run toward the pars intercerebralis, which controls hormone release via the neurohemal organ, the corpora cardiaca. In contrast to Drosophila, the CRY1-positive fibers additionally travel directly toward the corpora cardiaca and the close-by endocrine gland, corpora allata. This suggests a direct link between the circadian clock and the photoperiodic control of hormone release that can be studied in the future. KW - aphids KW - circadian clock KW - cryptochrome KW - period KW - hemiptera KW - insects KW - photoperiodism Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-242909 SN - 1664-042X VL - 12 ER - TY - JOUR A1 - Beier, Hildburg A1 - Gätschenberger, Heike A1 - Azzami, Klara A1 - Tautz, Jürgen T1 - Antibacterial Immune Competence of Honey Bees (Apis mellifera) Is Adapted to Different Life Stages and Environmental Risks JF - PLoS ONE N2 - The development of all honey bee castes proceeds through three different life stages all of which encounter microbial infections to a various extent. We have examined the immune strength of honey bees across all developmental stages with emphasis on the temporal expression of cellular and humoral immune responses upon artificial challenge with viable Escherichia coli bacteria. We employed a broad array of methods to investigate defence strategies of infected individuals: (a) fate of bacteria in the haemocoel; (b) nodule formation and (c) induction of antimicrobial peptides (AMPs). Newly emerged adult worker bees and drones were able to activate efficiently all examined immune reactions. The number of viable bacteria circulating in the haemocoel of infected bees declined rapidly by more than two orders of magnitude within the first 4–6 h post-injection (p.i.), coinciding with the occurrence of melanised nodules. Antimicrobial activity, on the other hand, became detectable only after the initial bacterial clearance. These two temporal patterns of defence reactions very likely represent the constitutive cellular and the induced humoral immune response. A unique feature of honey bees is that a fraction of worker bees survives the winter season in a cluster mostly engaged in thermoregulation. We show here that the overall immune strength of winter bees matches that of young summer bees although nodulation reactions are not initiated at all. As expected, high doses of injected viable E.coli bacteria caused no mortality in larvae or adults of each age. However, drone and worker pupae succumbed to challenge with E.coli even at low doses, accompanied by a premature darkening of the pupal body. In contrast to larvae and adults, we observed no fast clearance of viable bacteria and no induction of AMPs but a rapid proliferation of E.coli bacteria in the haemocoel of bee pupae ultimately leading to their death. KW - escherichia coli infections KW - honey bees KW - bees KW - antimicrobials KW - bacterial pathogens KW - larvae KW - pupae KW - winter Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-96895 ER - TY - JOUR A1 - Becam, Jérôme A1 - Walter, Tim A1 - Burgert, Anne A1 - Schlegel, Jan A1 - Sauer, Markus A1 - Seibel, Jürgen A1 - Schubert-Unkmeir, Alexandra T1 - Antibacterial activity of ceramide and ceramide analogs against pathogenic Neisseria JF - Scientific Reports N2 - Certain fatty acids and sphingoid bases found at mucosal surfaces are known to have antibacterial activity and are thought to play a more direct role in innate immunity against bacterial infections. Herein, we analysed the antibacterial activity of sphingolipids, including the sphingoid base sphingosine as well as short-chain C\(_{6}\) and long-chain C\(_{16}\)-ceramides and azido-functionalized ceramide analogs against pathogenic Neisseriae. Determination of the minimal inhibitory concentration (MIC) and minimal bactericidal concentration (MBC) demonstrated that short-chain ceramides and a ω-azido-functionalized C\(_{6}\)-ceramide were active against Neisseria meningitidis and N. gonorrhoeae, whereas they were inactive against Escherichia coli and Staphylococcus aureus. Kinetic assays showed that killing of N. meningitidis occurred within 2 h with ω–azido-C\(_{6}\)-ceramide at 1 X the MIC. Of note, at a bactericidal concentration, ω–azido-C\(_{6}\)-ceramide had no significant toxic effect on host cells. Moreover, lipid uptake and localization was studied by flow cytometry and confocal laser scanning microscopy (CLSM) and revealed a rapid uptake by bacteria within 5 min. CLSM and super-resolution fluorescence imaging by direct stochastic optical reconstruction microscopy demonstrated homogeneous distribution of ceramide analogs in the bacterial membrane. Taken together, these data demonstrate the potent bactericidal activity of sphingosine and synthetic short-chain ceramide analogs against pathogenic Neisseriae. KW - ceramide analogs KW - Neisseria KW - ceramide Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-159367 VL - 7 ER - TY - JOUR A1 - Doppler, Kathrin A1 - Schuster, Yasmin A1 - Appeltshauser, Luise A1 - Biko, Lydia A1 - Villmann, Carmen A1 - Weishaupt, Andreas A1 - Werner, Christian A1 - Sommer, Claudia T1 - Anti-CNTN1 IgG3 induces acute conduction block and motor deficits in a passive transfer rat model JF - Journal of Neuroinflammation N2 - Background: Autoantibodies against the paranodal protein contactin-1 have recently been described in patients with severe acute-onset autoimmune neuropathies and mainly belong to the IgG4 subclass that does not activate complement. IgG3 anti-contactin-1 autoantibodies are rare, but have been detected during the acute onset of disease in some cases. There is evidence that anti-contactin-1 prevents adhesive interaction, and chronic exposure to anti-contactin-1 IgG4 leads to structural changes at the nodes accompanied by neuropathic symptoms. However, the pathomechanism of acute onset of disease and the pathogenic role of IgG3 anti-contactin-1 is largely unknown. Methods: In the present study, we aimed to model acute autoantibody exposure by intraneural injection of IgG of patients with anti-contacin-1 autoantibodies to Lewis rats. Patient IgG obtained during acute onset of disease (IgG3 predominant) and IgG from the chronic phase of disease (IgG4 predominant) were studied in comparison. Results: Conduction blocks were measured in rats injected with the “acute” IgG more often than after injection of “chronic” IgG (83.3% versus 35%) and proved to be reversible within a week after injection. Impaired nerve conduction was accompanied by motor deficits in rats after injection of the “acute” IgG but only minor structural changes of the nodes. Paranodal complement deposition was detected after injection of the “acute IgG”. We did not detect any inflammatory infiltrates, arguing against an inflammatory cascade as cause of damage to the nerve. We also did not observe dispersion of paranodal proteins or sodium channels to the juxtaparanodes as seen in patients after chronic exposure to anti-contactin-1. Conclusions: Our data suggest that anti-contactin-1 IgG3 induces an acute conduction block that is most probably mediated by autoantibody binding and subsequent complement deposition and may account for acute onset of disease in these patients. This supports the notion of anti-contactin-1-associated neuropathy as a paranodopathy with the nodes of Ranvier as the site of pathogenesis. KW - complement deposition KW - paranodopathy KW - anti-contactin-1 KW - CIDP KW - passive transfer KW - autoantibody Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-200476 VL - 16 IS - 73 ER - TY - JOUR A1 - Wohlwend, Michael R. A1 - Craven, Dylan A1 - Weigelt, Patrick A1 - Seebens, Hanno A1 - Winter, Marten A1 - Kreft, Holger A1 - Zurell, Damaris A1 - Sarmento Cabral, Juliano A1 - Essl, Franz A1 - van Kleunen, Mark A1 - Pergl, Jan A1 - Pyšek, Petr A1 - Knight, Tiffany M. T1 - Anthropogenic and environmental drivers shape diversity of naturalized plants across the Pacific JF - Diversity and Distributions N2 - Aim The Pacific exhibits an exceptional number of naturalized plant species, but the drivers of this high diversity and the associated compositional patterns remain largely unknown. Here, we aim to (a) improve our understanding of introduction and establishment processes and (b) evaluate whether this information is sufficient to create scientific conservation tools, such as watchlists. Location Islands in the Pacific Ocean, excluding larger islands such as New Zealand, Japan, the Philippines and Indonesia. Methods We combined information from the most up‐to‐date data sources to quantify naturalized plant species richness and turnover across island groups and investigate the effects of anthropogenic, biogeographic and climate drivers on these patterns. In total, we found 2,672 naturalized plant species across 481 islands and 50 island groups, with a total of 11,074 records. Results Most naturalized species were restricted to few island groups, and most island groups have a low number of naturalized species. Island groups with few naturalized species were characterized by a set of widespread naturalized species. Several plant families that contributed many naturalized species globally also did so in the Pacific, particularly Fabaceae and Poaceae. However, many families were significantly over‐ or under‐represented in the Pacific naturalized flora compared to other regions of the world. Naturalized species richness increased primarily with increased human activity and island altitude/area, whereas similarity between island groups in temperature along with richness differences was most important for beta diversity. Main conclusions The distribution and richness of naturalized species can be explained by a small set of drivers. The Pacific region contains many naturalized plant species also naturalized in other regions in the world, but our results highlight key differences such as a stronger role of anthropogenic drivers in shaping diversity patterns. Our results establish a basis for predicting and preventing future naturalizations in a threatened biodiversity hotspot. KW - anthropogenic drivers KW - beta diversity KW - island biogeography KW - naturalized species KW - Pacific Ocean KW - plant invasion Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-239925 VL - 27 IS - 6 SP - 1120 EP - 1133 ER - TY - JOUR A1 - Stieb, Sara Mae A1 - Kelber, Christina A1 - Wehner, Rüdiger A1 - Rössler, Wolfgang T1 - Antennal-Lobe Organization in Desert Ants of the Genus Cataglyphis JF - Brain, Behavior and Evolution N2 - Desert ants of the genus Cataglyphis possess remarkable visual navigation capabilities. Although Cataglyphis species lack a trail pheromone system, Cataglyphis fortis employs olfactory cues for detecting nest and food sites. To investigate potential adaptations in primary olfactory centers of the brain of C. fortis, we analyzed olfactory glomeruli (odor processing units) in their antennal lobes and compared them to glomeruli in different Cataglyphis species. Using confocal imaging and 3D reconstruction, we analyzed the number, size and spatial arrangement of olfactory glomeruli in C. fortis, C.albicans, C.bicolor, C.rubra, and C.noda. Workers of all Cataglyphis species have smaller numbers of glomeruli (198–249) compared to those previously found in olfactory-guided ants. Analyses in 2 species of Formica – a genus closely related to Cataglyphis – revealed substantially higher numbers of olfactory glomeruli (c. 370), which is likely to reflect the importance of olfaction in these wood ant species. Comparisons between Cataglyphis species revealed 2 special features in C. fortis. First, with c. 198 C. fortis has the lowest number of glomeruli compared to all other species. Second, a conspicuously enlarged glomerulus is located close to the antennal nerve entrance. Males of C. fortis possess a significantly smaller number of glomeruli (c. 150) compared to female workers and queens. A prominent male-specific macroglomerulus likely to be involved in sex pheromone communication occupies a position different from that of the enlarged glomerulus in females. The behavioral significance of the enlarged glomerulus in female workers remains elusive. The fact that C. fortis inhabits microhabitats (salt pans) that are avoided by all other Cataglyphis species suggests that extreme ecological conditions may not only have resulted in adaptations of visual capabilities, but also in specializations of the olfactory system. KW - olfactory glomeruli KW - plasticity KW - ant KW - antennal lobe KW - glomerulus KW - insects KW - interspecific comparison KW - macroglomerulus KW - olfaction Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-196815 SN - 0006-8977 SN - 1421-9743 N1 - This publication is with permission of the rights owner freely accessible due to an Alliance licence and a national licence (funded by the DFG, German Research Foundation) respectively. VL - 77 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Kim, Bo-Mi A1 - Amores, Angel A1 - Kang, Seunghyun A1 - Ahn, Do-Hwan A1 - Kim, Jin-Hyoung A1 - Kim, Il-Chan A1 - Lee, Jun Hyuck A1 - Lee, Sung Gu A1 - Lee, Hyoungseok A1 - Lee, Jungeun A1 - Kim, Han-Woo A1 - Desvignes, Thomas A1 - Batzel, Peter A1 - Sydes, Jason A1 - Titus, Tom A1 - Wilson, Catherine A. A1 - Catchen, Julian M. A1 - Warren, Wesley C. A1 - Schartl, Manfred A1 - Detrich, H. William III A1 - Postlethwait, John H. A1 - Park, Hyun T1 - Antarctic blackfin icefish genome reveals adaptations to extreme environments JF - Nature Ecology & Evolution N2 - Icefishes (suborder Notothenioidei; family Channichthyidae) are the only vertebrates that lack functional haemoglobin genes and red blood cells. Here, we report a high-quality genome assembly and linkage map for the Antarctic blackfin icefish Chaenocephalus aceratus, highlighting evolved genomic features for its unique physiology. Phylogenomic analysis revealed that Antarctic fish of the teleost suborder Notothenioidei, including icefishes, diverged from the stickleback lineage about 77 million years ago and subsequently evolved cold-adapted phenotypes as the Southern Ocean cooled to sub-zero temperatures. Our results show that genes involved in protection from ice damage, including genes encoding antifreeze glycoprotein and zona pellucida proteins, are highly expanded in the icefish genome. Furthermore, genes that encode enzymes that help to control cellular redox state, including members of the sod3 and nqo1 gene families, are expanded, probably as evolutionary adaptations to the relatively high concentration of oxygen dissolved in cold Antarctic waters. In contrast, some crucial regulators of circadian homeostasis (cry and per genes) are absent from the icefish genome, suggesting compromised control of biological rhythms in the polar light environment. The availability of the icefish genome sequence will accelerate our understanding of adaptation to extreme Antarctic environments. KW - animal physiology KW - evolutionary genetics KW - genomics KW - ichthyology Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-325811 VL - 3 ER - TY - JOUR A1 - Müller, T. A1 - Sebald, Walter A1 - Oschkinat, H. T1 - Antagonist design through forced electrostatic mismatch N2 - No abstract available KW - Biochemie Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-62408 ER - TY - CHAP A1 - Fiala, Brigitte A1 - Rabenstein, R. A1 - Maschwitz, Ulrich T1 - Ant-attracting plant-structures: Food bodies of SE Asian Vitaceae N2 - No abstract available KW - Pflanzen Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-55177 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. T1 - Annulate lamellae in plant cells: formation during microsporogenesis and pollen development in Canna generalis Bailey N2 - The occurrence of stacked annulate tamellae is documented for a plant cell system, namely for pollen mother cells and developing pollen grains of Canna generalis. Their structural subarchiteeture and relationship to endoplasmie reticulum (ER) and nuclear envelope cisternae is described in detail. The results demonstrate structural homology between plant and animal annulate lamellae and are compatible with, though do not prove, the view that annulate lamcllar cisternae may originate as a degenerative form of endoplasmic retieulum. Y1 - 1972 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32160 ER - TY - JOUR A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Anemomenotactic orientation in beetles and scorpions N2 - Scorpions, living in North African semideserts are - in spite of disrupting experimental interferences - able to maintain a certain direction in their natural environment in the dark on a plane surface. Under comparable laboratory conditions, excluding the possibility of light or gravity orientation, they can orient themselves if a directed air current passes over the "arena." In most cases the scorpions do not run necessarily with or against the wind, but rather maintain constant angles to the air current for anywhere from minutes to many hours. They are running anemomenotactically (ref. 1). Under identical conditions many species of beetles also orient themselves to air currents (refs. 2 to 4). The main problems to be solved in the study of anemomenotactic orientation are: (1) Which physical qualities of the air current have an influence on the anemomenotaxis? (2) With which sense organs do beetles and scorpions perceive wind directions? (3) Which physiological mechanism is the basis of anemomenotactic orientation? (4) What is the biological significance of anemomenotaxis in beetles and scorpions? With respect to these problems, more study has been done on beetles than on scorpions. Therefore, due to lack of space, I shall discuss mainly some of the results obtained in experiments with dung beetles (Geotrupes silvaticus, G. ,Stercorarius, G. armifrons, G. niger, Scarabaeus variolosus) and tenebrionid beetles (Tenebrio molitor, Pimelia grossa, P. tenuicomis, Scaurus dubius). KW - Biologie KW - Skorpion KW - Käfer Y1 - 1972 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-78118 ER - TY - JOUR A1 - Brehm, Klaus A1 - Koziol, Uriel A1 - Krohne, Georg T1 - Anatomy and development of the larval nervous system in Echinococcus multilocularis JF - Frontiers in Zoology N2 - Background The metacestode larva of Echinococcus multilocularis (Cestoda: Taeniidae) develops in the liver of intermediate hosts (typically rodents, or accidentally in humans) as a labyrinth of interconnected cysts that infiltrate the host tissue, causing the disease alveolar echinococcosis. Within the cysts, protoscoleces (the infective stage for the definitive canid host) arise by asexual multiplication. These consist of a scolex similar to that of the adult, invaginated within a small posterior body. Despite the importance of alveolar echinococcosis for human health, relatively little is known about the basic biology, anatomy and development of E. multilocularis larvae, particularly with regard to their nervous system. Results We describe the existence of a subtegumental nerve net in the metacestode cysts, which is immunoreactive for acetylated tubulin-α and contains small populations of nerve cells that are labeled by antibodies raised against several invertebrate neuropeptides. However, no evidence was found for the existence of cholinergic or serotoninergic elements in the cyst wall. Muscle fibers occur without any specific arrangement in the subtegumental layer, and accumulate during the invaginations of the cyst wall that form brood capsules, where protoscoleces develop. The nervous system of the protoscolex develops independently of that of the metacestode cyst, with an antero-posterior developmental gradient. The combination of antibodies against several nervous system markers resulted in a detailed description of the protoscolex nervous system, which is remarkably complex and already similar to that of the adult worm. Conclusions We provide evidence for the first time of the existence of a nervous system in the metacestode cyst wall, which is remarkable given the lack of motility of this larval stage, and the lack of serotoninergic and cholinergic elements. We propose that it could function as a neuroendocrine system, derived from the nervous system present in the bladder tissue of other taeniids. The detailed description of the development and anatomy of the protoscolex neuromuscular system is a necessary first step toward the understanding of the developmental mechanisms operating in these peculiar larval stages. KW - Echinococcus KW - Metacestode KW - Protoscolex KW - Nervous system KW - Neuropeptide KW - Serotonin KW - Acetylated tubulin Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-96504 UR - http://www.frontiersinzoology.com/content/10/1/24 ER - TY - JOUR A1 - Zirkel, J. A1 - Cecil, A. A1 - Schäfer, F. A1 - Rahlfs, S. A1 - Ouedraogo, A. A1 - Xiao, K. A1 - Sawadogo, S. A1 - Coulibaly, B. A1 - Becker, K. A1 - Dandekar, T. T1 - Analyzing Thiol-Dependent Redox Networks in the Presence of Methylene Blue and Other Antimalarial Agents with RT-PCR-Supported in silico Modeling JF - Bioinformatics and Biology Insights N2 - BACKGROUND: In the face of growing resistance in malaria parasites to drugs, pharmacological combination therapies are important. There is accumulating evidence that methylene blue (MB) is an effective drug against malaria. Here we explore the biological effects of both MB alone and in combination therapy using modeling and experimental data. RESULTS: We built a model of the central metabolic pathways in P. falciparum. Metabolic flux modes and their changes under MB were calculated by integrating experimental data (RT-PCR data on mRNAs for redox enzymes) as constraints and results from the YANA software package for metabolic pathway calculations. Several different lines of MB attack on Plasmodium redox defense were identified by analysis of the network effects. Next, chloroquine resistance based on pfmdr/and pfcrt transporters, as well as pyrimethamine/sulfadoxine resistance (by mutations in DHF/DHPS), were modeled in silico. Further modeling shows that MB has a favorable synergism on antimalarial network effects with these commonly used antimalarial drugs. CONCLUSIONS: Theoretical and experimental results support that methylene blue should, because of its resistance-breaking potential, be further tested as a key component in drug combination therapy efforts in holoendemic areas. KW - methylene blue KW - malaria KW - elementary mode analysis KW - drug KW - resistance KW - combination therapy KW - pathway KW - metabolic flux Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-123751 N1 - This is an open access article. Unrestricted non-commercial use is permitted provided the original work is properly cited. VL - 6 ER - TY - JOUR A1 - Liu, Ruiqi A1 - Kinoshita, Masato A1 - Adolfi, Mateus C. A1 - Schartl, Manfred T1 - Analysis of the role of the Mc4r system in development, growth, and puberty of medaka JF - Frontiers in Endocrinology N2 - In mammals the melanocortin 4 receptor (Mc4r) signaling system has been mainly associated with the regulation of appetite and energy homeostasis. In fish of the genus Xiphophorus (platyfish and swordtails) puberty onset is genetically determined by a single locus, which encodes the mc4r. Wild populations of Xiphophorus are polymorphic for early and late-maturing individuals. Copy number variation of different mc4r alleles is responsible for the difference in puberty onset. To answer whether this is a special adaptation of the Mc4r signaling system in the lineage of Xiphophorus or a more widely conserved mechanism in teleosts, we studied the role of Mc4r in reproductive biology of medaka (Oryzias latipes), a close relative to Xiphophorus and a well-established model to study gonadal development. To understand the potential role of Mc4r in medaka, we characterized the major features of the Mc4r signaling system (mc4r, mrap2, pomc, agrp1). In medaka, all these genes are expressed before hatching. In adults, they are mainly expressed in the brain. The transcript of the receptor accessory protein mrap2 co-localizes with mc4r in the hypothalamus in adult brains indicating a conserved function of modulating Mc4r signaling. Comparing growth and puberty between wild-type and mc4r knockout medaka revealed that absence of Mc4r does not change puberty timing but significantly delays hatching. Embryonic development of knockout animals is retarded compared to wild-types. In conclusion, the Mc4r system in medaka is involved in regulation of growth rather than puberty. KW - medaka KW - Mc4r KW - knockout KW - puberty KW - growth Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-201472 VL - 10 ER - TY - THES A1 - Dinev, Dragomir T1 - Analysis of the role of extracellular signal regulated kinase (ERK5) in the differentiation of muscle cells T1 - Analyse der Rolle der extrazellulären signalregulierten Kinase (ERK5) in der Differenzierung von Muskelzellen N2 - The MEK5/ ERK5 kinase module is a relatively new discovered mitogen-activated protein kinase (MAPK) signalling pathway with a poorly defined physiological function. Since ERK5 and its upstream activator MEK5 are abundant in skeletal muscle a function of the cascade during muscle differentiation was examined. ERK5 becomes activated upon induction of differentiation in mouse myoblasts. The selective activation of the pathway results in promoter activation of differentiation-specific genes, such as the cdk-inhibitor p21 gene, the myosin light chain (MLC1A) gene, or an E-box containing promoter element, where myogenic basic-helix-loop-helix proteins such as MyoD or myogenin bind. Moreover, myogenic differentiation is completely blocked, when ERK5 expression is inhibited by antisense RNA. The effect can be detected also on the expression level of myogenic determination and differentiation markers such as p21, MyoD and myogenin. Another new finding is that stable expression of ERK5 in C2C12 leads to differentiation like phenotype and to increased p21 expression levels under growth conditions. These results provide first evidence that the MEK5/ERK5 MAP kinase cascade is critical for early steps of muscle cell differentiation. N2 - MEK5/ ERK5 ist ein erst kürzlich entdeckter MAPK- Signalweg, dessen physiologische Funktion noch wenig verstanden ist. Da ERK5 und der in der Kaskade oberhalb liegende Aktivator MEK5 in Skelettmuskeln hoch expremiert werden, wurde eine Funktion der Kaskade während des Muskel-Differenzierung untersucht. ERK5 wird nach einer Induktion der Differenzierung in Maus-Myoblasten aktiviert. Die gezielte Aktivierung dieses Signalwegs führt zur Induzierung von Promotoren differenzierungs-spezifischer Gene, wie z.B. des cdk-Inhibitors p21, der MLC1A, oder eines Promotors, der E-Boxen enthält, woran myogene Basische-Helix- loop- Helix Proteine, wie MyoD oder Myogenin binden können. Darüber hinaus ist die Muskeldifferenzierung völlig blockiert, wenn die Expression von ERK5 mittels antisense-RNA inhibiert wird. Diesen Effekt kann man auch an hand der Menge von exprimierten muskelspezifischen Differenzierungsproteinen, wie p21, MyoD und Myogenin nachweisen. Eine weitere neue Entdeckung ist, daß stabile Expression von ERK5 in C2C12 Zellen zu einem differenzierungsähnlichen Phänotyp und gesteigerter p21 Expression unter Wachstum-bedingungen führt. Diese Ergebnisse geben erste Anhaltspunkte, daß der MEK5/ ERK5 MAP Kinase Signalweg entscheidend für frühe Stadien der Muskeldifferenzierung ist. KW - Muskelzelle KW - Zelldifferenzierung KW - Signaltransduktion KW - Proteinkinasen KW - ERK5 KW - MEK5 KW - MEF2C KW - MyoD KW - Muskeldifferenzierung KW - Kinase KW - ERK5 KW - MEK5 KW - MEF2C KW - MyoD KW - muscle differentiation KW - kinase Y1 - 2001 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-1180481 ER - TY - THES A1 - Fernández-Mora, Eugenia T1 - Analysis of the maturation of Rhodococcus equi-containing vacuoles in macrophages T1 - Analyse der Reifung von Rhodococcus equi-enthaltenden Phagosomen in Makrophagen N2 - Rhodococcus equi is a Gram-positive intracellular pathogen which can cause severe bronchopneumonia in foals. In recent years, the role of this bacterium as human pathogen has been noted, as R.equi infections in humans have increase in frequency. This increase is associated with the rise in immunosupressed individuals, specially AIDS patients, where infection leads to symptoms and pathology similar to those seen in foals with a high mortality rate. Due to its capability to survive and multiply in murine and equine macrophages, R.equi has been classified as a facultative intracellular bacterium. R.equi is found frequently in macrophages in alveolar infiltrate from infected animals. The pathogenicity of R.equi depends on its ability to exist and multiply inside macrophages and has been associated with the presence of virulence plasmids. It has been observed that, inside foal alveolar macrophages, R.equi-containing vacuoles (RCVs) do not mature into phagolysosomes. However, most of the intracellular events during R.equi infection have not been investigated in detail. The aim of this study was to elucidate the intracellular compartmentation of R.equi and the mechanism by which the bacteria avoid destruction in host macrophages. The importance of the virulence-associated plasmids of R.equi for the establishment of RCVs was also evaluated. Furthermore, the intracellular fate of viable and non-viable R.equi was compared in order to study whether viability of R.equi influeciantes the establishment of RCVs. In this study, the RCV was characterized by using a variety of endocytic markers to follow the path of the bacteria trhough murine macropages. Transmission electron microscopy-base analysis showed that R.equi was found equally frequently in phagosomes with loosely or thightly apposed membranes, and RCV often contains numerous membranous vesicles. Laser scanning microscopy of infected macrophages showed that the majority of phagosomes containing R.equi acquired transiently the early endosomal markers Rab5, Ptlns3P, and EEA-1, suggesting initially undisturbed phagosome maturation. Although the RCV acquired some late endosomal markers, such as Rab7, LAMP-1, and Lamp-2, they did not acquired vATPase, did not interact with pre-labeled lysosomes, and failed to acidify. These data clearly suggest that the RCV is a compartment which has left vacuoles that resemble multivesicular body compartments (MVB), which are transport intermediates between early and late endosomes and display internal vesicles very similar to the ones observed within RCVs. Analyisis of several R.equi strains containing either VapA- or VapB-expressing plasmids or neither demonstrated that the possession of the virulence-associated plasmids does not affect phagosome trafficking over a two hour period of infection. The finding that non-viable R.equi was still able to inhibit phagosome maturation (although not to the same extent as viable R.equi did) suggests that heat-insensitive factors, such as cell periphery lipids, may play a major role in inhibition of phagosome maturation, although heat-sensitive factors may also be involved. N2 - Rhodococcus equi ist ein Gram-positives, fakultativ intrazelulläres Bakterium, das unter anderem die Ursache von Bronchopneumonien bei Fohlen ist. Menschen und andere Säugetiere können ebenfalls von Infektionen mit R. equi betroffen sein. In den letzten Jahren ist die Häufigkeit klinischer Infektionen mit R. equi bei Menschen gestiegen. Die wachsende Anzahl an mmunosupprimierten Patienten (hauptsächlich AIDS-Patienten) liegt dieser Zunahme an Infektionen zugrunde. Die Symptomatologie und Pathologie der Infektion mit R. equi ist bei AIDS-Patienten und Fohlen ähnlich. Die Sterblichkeitsrate ist in beiden Fällen hoch. Die Fähigkeit der Rhodokokken, innerhalb von Makrophagen zu überleben und sich zu vermehren, ist mit dem Vorhandensein von Virulenzplasmiden (virulence-associated plasmids) verbunden. Innerhalb des Makrophagen befinden sich die Rhodokokken in einem Phagosom, das nicht mit Lysosomen fusioniert. Die genaue Kompartimentierung der Rhodococcus equi-enthaltenden Phagosomen in Makrophagen war bisher unbekannt und wurde deshalb in der vorliegenden Promotionsarbeit untersucht. Mit Hilfe mehrerer endozytischer Marker wurde das R. equi-enthaltende Kompartiment charakterisiert. Mögliche Unterschiede zwischen der Kompartimentierung von R. equi(+)- und R. equi(-)-enthaltenden Phagosomen ist ebenfalls Thema dieser Promotionsarbeit. Weiterhin wurde die Etablierung des phagosomalen Kompartiments für jeweils lebende und tote Rhodokokken verglichen. Transmissionselektronenmikroskopische Analysen haben gezeigt, dass die Phagosomenmembran Rhodococcus equi-enthaltender Phagosomen sowohl locker als auch eng anliegend sein kann (50%). Darüber hinaus wurden häufig zahlreiche, membranöse Vesikel in R. equi-enthaltenden Phagosomen gefunden. Diese Phagosomen zeigen somit Ähnlichkeiten zu Multivesicular Bodies. Multivesicular Bodies sind intermediäre Kompartimente zwischen frühen und späten Endosomen und zeigen ebenfalls eine Vielzahl von internen Vesikeln. Untersuchungen am konfokalen Lasermikroskop ergaben, dass die Mehrheit der R. equi-enthaltenden Phagosomen die früh endosomalen Marker Rab5, PtIns3P und EEA-1 transient akquirieren. Dieser Befund deutet auf eine ungestörte phagosomale Reifung im frühen Stadium hin. Trotz der beobachteten Akquisition der spät endosomalen Marker Rab7, LAMP-1 und LAMP-2 konnte keine Akquisition der vATPase, keine Interaktion mit vormarkierten Lysosomen und keine Ansäuerung von R.equi-enthaltenden Phagosomen nachgewiesen werden. Diese Ergebnisse weisen darauf hin, dass R. equi-enthaltende Phagosomen das früh endosomale Stadium abschließen, aber einen typisch spät endosomale Zustand nicht erreichen. Die Analyse unterschiedlicher R. equi-Stämme, die entweder vapA- oder vapB-exprimierende Virulenzplasmide enthalten, hat gezeigt, dass die Anwesenheit von Virulenzplasmiden die phagosomale Reifung über eine Infektionsperiode von zwei Stunden nicht beeinflusst. Getötete Rhodokokken waren in der Lage, die phagosomale Reifung zu inhibieren, aber in geringerem Ausmaß als lebende Rhodokokken. Das weist darauf hin, dass hitze-insensitive Faktoren (wie zum Beispiel Lipide der Zellwand) zur Inhibierung der phagosomalen Reifung entscheidend sind, obwohl dazu auch hitze-sensitive Faktoren (wie Proteine) relevant sein können. KW - Rhodococcus equi KW - Makrophage KW - Vakuole KW - Endosome KW - Phagosome KW - Rhodococcus KW - Mycobacterium KW - Reifung KW - endosome KW - phagosome KW - Rhodococcus KW - Mycobacterium KW - maturation Y1 - 2005 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-14049 ER - TY - JOUR A1 - Groh, Claudia A1 - Rössler, Wolfgang T1 - Analysis of Synaptic Microcircuits in the Mushroom Bodies of the Honeybee JF - Insects N2 - Mushroom bodies (MBs) are multisensory integration centers in the insect brain involved in learning and memory formation. In the honeybee, the main sensory input region (calyx) of MBs is comparatively large and receives input from mainly olfactory and visual senses, but also from gustatory/tactile modalities. Behavioral plasticity following differential brood care, changes in sensory exposure or the formation of associative long-term memory (LTM) was shown to be associated with structural plasticity in synaptic microcircuits (microglomeruli) within olfactory and visual compartments of the MB calyx. In the same line, physiological studies have demonstrated that MB-calyx microcircuits change response properties after associative learning. The aim of this review is to provide an update and synthesis of recent research on the plasticity of microcircuits in the MB calyx of the honeybee, specifically looking at the synaptic connectivity between sensory projection neurons (PNs) and MB intrinsic neurons (Kenyon cells). We focus on the honeybee as a favorable experimental insect for studying neuronal mechanisms underlying complex social behavior, but also compare it with other insect species for certain aspects. This review concludes by highlighting open questions and promising routes for future research aimed at understanding the causal relationships between neuronal and behavioral plasticity in this charismatic social insect. KW - mushroom body KW - microglomeruli KW - projection neurons KW - Kenyon cells KW - dendritic specializations KW - structural synaptic plasticity KW - behavioral plasticity KW - vision KW - olfaction Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-200774 SN - 2075-4450 VL - 11 IS - 1 ER -