TY - JOUR A1 - Schmuck, R. A1 - Geise, W. A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Life cycle strategies and physiological adjustments of Reedfrog Tadpoles (Amphibia, Anura, Hyperoliidae) in relation to environmental conditions. N2 - The relationship between different degrees of intraspecific crowding of reedfrog tadpoles and their physiological responses to a deterioration of the natal pond water quality was examined under laboratory conditions. Tadpoles that were reared at a lower density metamorphosed significantly earlier than those raised at a higher density. As density increases, the average body length at metamorphosis decreases. However, at low tadpole density, a significantly higher diversity of body size classes among freshly metamorphosed froglets was observed than under more crowded conditions. Mortality increased during metamorphic climax and was inversely correlated with the tadpole density. In ephemeral ponds, an accumulation of nitrogenous wastes from metabolic processes and/or a concentration by evaporation in prolonged rainless periods can pose a considerable chemical stress to reedfrog tadpoles. Hyperolius viridiflavus ommatostictus responded to an increasing ammonia concentration with an activity increase of the ornithine cycle (intensified urea synthesis). hi contrast, Hyperolius marmoratus taeniatus exhibited a strong tolerance against high ammonia levels. A deterioration of the natal pond water quality caused H. v. ommatostictus and H. v. nitidulus tadpoles to adjust to harsher climatic conditions at the time of metamorphosis. This physiological preadjustment enabled the froglets to start feeding and growing immediately after metamorphosis even at low air humidity and rare precipitation events. In contrast, froglets that were raised in daily refreshed water exhibited high mortality rates if subjected to identical conditions. As one possible indicator of the actual climatic conditions prevailing in the surrounding terrestrial habitat, fluctuations in the water ammonia level are discussed. Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-31009 ER - TY - JOUR A1 - Reimer, Georg A1 - Scheer, Ulrich A1 - Peters, Jan-Michael A1 - Tan, Eng M. T1 - Immunolocalization and partial characterization of a nucleolar autoantigen (PM-Scl) associated with polymyositis / scleroderma overlap syndromes. N2 - Precipitating anti-PM-Sel antibodies are present in sera from patients with polymyositis. scleroderma. and polymyositis/scleroderma overlap syndromes. By indirect immunofluorescence microscopy. anti-PM-Scl antibodies stained the nucleolus in cells of different tissues and species. suggesting that the antigen is highly conserved. By electron microscopy, anti-PM-Scl antibodies reacted primarily with the granular component of the nuc1eolus. Drugs that inhibit rRNA synthesis had a marked effect on the expression of PM-Scl antigen. In actinomycin D-treated cells, immunofluorescence staining by anti-PM-Scl was signüicantly reduced with residual staining restricted to the granular regions of nuc1eoli. Treatment with 5,6-dichloro-beta-D- ribofuranosylbenzimidazole (DRB) also selectively reduced nuc1eolar staining. On a molecular level, anti-PM-Sel antibodies precipitated 11 polypeptides with molecular weights (Mr) ranging from 110,000 to 20,000. The Mr 80,000 and 20.000 polypeptides were phosphorylated. Evidence suggests that the PM-Scl antigen complex may be related to a prerlbosomal particle. Y1 - 1986 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33191 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Sommerville, John A1 - Bustin, M. T1 - Injected histone antibodies interfere with transcription of lampbrush chromosome loops in oocytes of Pleurodeles N2 - Antibodies to calf thymus histone H2B were purified by chromatography on DEAE-cellulose and injected into oocyte nuclei of Pleurodeles waltlii. As shown by indirect immunofluorescence these antibodies cross-reacted strongly with corresponding histones associated with lampbrush chromosomes. Shortly after injection the lateral loops of the chromosomes retracted into the chromomeres and by 3 h postinjection the 'lampbrush' appearance was completely lost and the chromosomes appeared in light-microscopic preparations as rod-like structures consisting of 10ngitudina11y coalesced chromomeres. In control oocytes injected with non-immune immunoglobulins or antibodies against a ubiquitous transcript-associated protein no morphological alterations of the lampbrush chromosomes could be observed. Electron microscopic spreads of chromosomes prepared at various times after injection of anti-H2B revealed a progressive loss of transcriptional complexes from the loop axes. Finally, higher-order chromatin configurations, like supranuc1eosomal globules (' superbeads ') or cable-like chromatin strands 50- 60 nm thick predominated, indicating complete transcriptional inactivation of a11 chromosomal regions. The results indicate that H2B antibodies react specifically with his tones associated with the transcribed DNA of lateral loops in their native state. The resulting antigenantibody complexes seem to inhibit progression of the R A polymerases along the template, thus causing the premature release of transcripts, a process analogous to the stripping effect of actinomycin D. The demonstration of histones associated with heavily transcribed regions, which are not compacted into nucleosomes but largely extended, supports the current concept that unfolding of nucleosomes to a110w transcription of the DNA does not involve dissociation of histones. In contrast, amplified ribosomal RNA genes are unaffected by injected HzB antibodies. This does not necessarily indicate absence of his tones from nucleolar chromatin, since we do not know whether it is accessible in vivo to antibodies or whether the histone antigenie determinants are masked by the presence of other proteins. The technique of injecting specific antibodies should be widely applicable when analysing the in vivo distribution of chromosomal components at the electron-microscopic level and when studying complex metabolie processes, like the cleavage and modification of RNA, by selective inhibition of defined enzymic steps. Y1 - 1979 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33166 ER - TY - JOUR A1 - Reimer, Georg A1 - Rose, Kathleen M. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Tan, Eng M. T1 - Autoantibody to RNA polymerase I in scleroderma sera N2 - Autoantibodies to components of the nucleolus are a unique serological feature of patients with scleroderma. There are autoantibodies of several specificities; one type produces a speckled pattern of nucleolar staining in immunofluorescence. In actinomycin D and 5,6-dichloro-{j-D-ribofuranosylbenzimidazoletreated Vero cells, staining was restricted to the fibrillar and not the granular regions. By double immunofluorescence, specific rabbit anti-RNA polymerase I antibodies stained the same fibrillar structures in drug-segregated nucleoli as scleroderma sera. Scleroderma sera immunoprecipitated 13 polypeptides from (35S)methionine-labeled HeLa cell extract with molecular weights ranging from 210,000 to 14,000. Similar polypeptides were precipitated by rabbit anti-RNA polymerase I antibodies, and their common identities were confirmed in immunoabsorption experiments. Microinjection of purified IgG from a patient with speckled nucleolar staining effectively inhibited ribosomal RNA transcription. Autoantibodies to RNA polymerase I were restricted to certain patients with scleroderma and were not found in other autoimmune diseases. Y1 - 1987 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34294 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Merkert, Hilde A1 - Benavente, Ricardo T1 - The nuclear envelope and the organization of the pore complexes N2 - No abstract available Y1 - 1988 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34275 ER - TY - JOUR A1 - Bell, Peter A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Scheer, Ulrich T1 - In vitro assembly of prenucleolar bodies in Xenopus egg extract N2 - Nuclei assembled in Xenopus egg extract from purified DNA or chromatin resemble their natural counterparts in a number of structural and functional features. However, the most obvious structural element of normal interphase nuclei, the nucleolus, is absent from the in vitro reconstituted nuclei. By EM, cytological silver staining, and immunofluorescence microscopy employing antibodies directed against various nucleolar components we show that nuclei assembled in vitro contain numerous distinct aggregates that resemble prenucleolar bodies (PNBs) by several criteria. Formation of these PNB-like structures requires pore complex-mediated nuclear transport of proteins but is independent of the genetic content of the in vitro nuclei as well as transcriptional and translational events. Our data indicate that nuclei assembled in vitro are capable of initiating early steps of nucleologenesis but that the resulting PNBs are unable to fuse with each other, probably due to the absence of a functional nucleolus organizer. With appropriate modifications, this experimental system should be useful to define and analyze conditions promoting the site-specific assembly of PNBs into a coherent nucleolar body. Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34233 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich T1 - Identification of a novel class of tandemly repeated genes transcribed on lampbrush chromosomes of Pleurodeles waltlii N2 - Electron microscope preparations of lampbrush chromosomes from oocytes of Pleurodeles waltl;; have revealed a new class of tandemly repeated genes. These genes are highly active, as judged by the close spacing of nascent transcripts. They occur in clusters of >100 copies and are transcribed in units containing roughly 940 base pairs of DNA that are separated by nontranscribed spacers of an estimated DNA content of 2,410 base pairs. The size and the pattern of arrangement of these transcription units can not be correlated with any of the repetitious genes so far described. Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33153 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Kleinschmidt, Jürgen A. A1 - Spring, Herbert A1 - Krohne, Georg A1 - Grund, Christine A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Stöhr, Michael A1 - Scheer, Ulrich T1 - A nucleolar skeleton of protein filaments demonstrated in amplified nucleoli of Xenopus laevis N2 - The amplified, extrachromosomal nucleoli of Xenopus oocytes contain a meshwork of -4-nm-thick filaments, which are densely coiled into higher-order fibrils of diameter 30-40 nm and are resistant to treatment with high- and low-salt concentrations, nucleases (DNase I, pancreatic RNase, micrococcal nuclease), sulfhydryl agents, and various nonionic detergents. This filamentous "skeleton" has been prepared from manually isolated nuclear contents and nucleoli as weil as from nucleoli isolated by fluorescence-activated particle sorting. The nucleolar skeletons are observed in light and electron microscopy and are characterized by ravels of filaments that are especially densely packed in the nucleolar cortex. DNA as weil as RNA are not constituents of this structure, and precursors to ribosomal RNAs are completely removed from the extraction-resistant filaments by treatment with high-salt buffer or RN ase. Fractions of isolated nucleolar skeletons show specific enrichment of an acidic major protein of 145,000 mol wt and an apparent pi value of -6.15, accompanied in some preparations by various amounts of minor proteins. The demonstration of this skeletal structure in "free" extrachromosomal nucleoli excludes the problem of contaminations by nonnucleolar material such as perinucleolar heterochromatin normally encountered in studies of nucleoli from somatic cells. It is suggested that this insoluble protein filament complex forms a skeleton specific to the nucleolus proper that is different from other extraction-resistant components of the nucleus such as matrix and lamina and is involved in the spatial organization of the nucleolar chromatin and its transcriptional products. In studies of the organization of the interphase nucleus, considerable progress has been made in the elucidation of the arrangement of chromatin components and transcriptional products. However, relatively little is known about the composition and function of another category of nuclear structures, the nonnucleoproteinaceous architectural components that are insoluble in solutions of low and high ionic strength, despite numerous studies dedicated to this problem. Such structures include (a) the nuclear envelope and its pore complexes (I, 15, 18, 23, 37, 41), (b) a peripheral layer of insoluble protein ("lamina"; I, 15, 22, 23, 59), (e) certain skeletal proteins related to the chromosome "scaffold" described by Laemmli and coworkers (see references 2 and 3), and (d) ill-defined tangles of fibrillar structures of the nuclear interior that are collectively described as residual "matrix" (6, 21 ; for reviews, see references THE JOURNAL OF CEll BrOlOGY . VOlUME 90 AUGUST 1981 289-299 © The RockefeIler University Press · 0021 -9525/ 81 / 08/ 0289/ 11 $1 .00 4 and 12). The latter, preparatively Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33130 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Krohne, Georg A1 - Jarasch, Ernst-Dieter T1 - The nuclear envelope and the architecture of the nuclear periphery N2 - No abstract available Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33108 ER - TY - JOUR A1 - Bona, Marion A1 - Scheer, Ulrich A1 - Bautz, Ekkehard K. F. T1 - Antibodies to RNA polymerase II (B) inhibit transcription in lampbrush chromosomes after microinjection into living amphibian oocytes N2 - Antibodies directed against RNA polymerase II (B) from Drosophila melanogaster were obtained from rabbit sera and, as monoclonal immunoglobulins, from mouse hybridomas and shown to cross-react with the amphibian enzyme protein. Localization by indirect immunofluorescence microscopy revealed the association of this enzyme with chromatin of interphase nuclei of amphibian cells and its absence in nucleoli. Purified immunoglobulins were microinjected in to nuclei ofliving vitellogenic oocytes of Ple1lrodeles waltlii and X enopus laevis and their effects on transcriptional processes were monitored by biochemical and light and electron microscopic stud ies. RNA polymerase II antibodies from rabbit sera caused a rapid and almost complete release of nascent transcripts from the chromatin axis of the loops of lampbrush chromosomes, followed by collapse of the loops and their retraction on the main chromosome axis. Monoclonal murine antibodies to the Iarge RNA polymerase II subunits also inhibited transcription in chromosome Ioops but appeared to inhibit initiation rather than elongation events. Activities of class land III RNA polymerases were not significantly affected by injection of antibodies to polymerase II, indicating immunological differences between the three RNA polymerases. The potential value of the in vitro test system described , as a very sensitive assay for detecting proteins involved in transcription in living cells, is discussed. 1 Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33128 ER - TY - JOUR A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Zentgraf, Hanswalter A1 - Franke, Werner W. T1 - Heterogeneity of spacer lengths in circles of amplified ribosomal DNA of two insect species, Dytiscus marginalis and Acheta domesticus N2 - No abstract available Y1 - 1976 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33055 ER - TY - JOUR A1 - Fiala, Brigitte A1 - Grunsky, Harald A1 - Maschwitz, Ulrich A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Diversity of ant-plant interactions: Protective efficacy in Macaranga species with different degrees of ant-association. N2 - The pioneer tree Macaranga in SE Asia has developed manyfold associations with ants. The genus comprises all stages of interaction with ants, from facultative relationships to obligate myrmecophytes. Only myrmecophytic Macaranga offer nesting space for ants and are associated with a specific ant partner. The nonmyrmecophytic species are visited by a variety of different ant species which are attracted by extrafloral nectaries (EFN) and food bodies. Transitional Macaranga species like M. hosei are colonized later in their development due to their stem structure. Before the colonization by their specific Crematogaster partner the young plants are visited by different ant species attracted by EFN. These nectaries are reduced and food body production starts as soon as colonization becomes possible. We demonstrated earlier that obligate ant partners can protect their Macaranga plants against herbivore damage and vine cover. In this study we focused on nonspecific interactions and studied M. tanarius and M. hosei, representing a non-myrmecophyte and a transitional species respectively. In ant exclusion experiments both M. tanarius and M. hosei suffered significantly higher mean leaf damage than controls, 37% versus 6% in M. hosei, 16% versus 7% in M. tanarius. M. tanarius offers both EFN and food bodies so that tests for different effects of these two food rewards could be conducted. Plants with food bodies removed but with EFN remaining had the lowest mean increase of herbivore damage of all experimental groups. Main herbivores on M. hosei were mites and caterpillars. Many M. tanarius plants were infested by a shootborer. Both Macaranga species were visited by various ant species. Crematogaster spp. being the most abundant. We found no evidence for any specific relationships. The results of this study strongly support the hypothesis that non-specific, facultative associations with ants can be advantageous for Macaranga plants. Food bodies appear to have lower attractive value for opportunistic ants than EFN and may require a specific dietary adaptation. This is also indicated by the fact that food body production in the transitional M. hosei does not start before stem structure allows a colonization by the obligate Crematogaster species. M. hosei thus benefits from facultative association with a variety of ants until it produces its first domatia and can be colonized by its obligate mutualist. KW - Ant-plant interactions ; Herbivory Macaranga ; Mutualism ; Myrmecophytes Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32905 ER - TY - JOUR A1 - Fiala, Brigitte A1 - Maschwitz, Ulrich T1 - Studies on the south east asian ant-plant association Crematogaster borneensis / Macaranga: adaptations of the ant partner. N2 - C. borneensis (Myrmicinae) lives in dose association with several myrmecophytic species of the South East Asian pioneer tree genus Macaranga (Euphorbiaceae). The ants are adapted to the plants so dosely that they do not survive away from it. The only food they utilize is provided as food bodies by the plant and honeydew from specific scale insects kept inside the hollow internodes. The anatomy of the digestive tract is also adapted to life on the host plant: the crop is very sm all and can store only minute food quantities. C. borneensis exdusively colonizes certain Macaranga species. Queens as weIl as workers are able to recognize their host plant species, probably by chemical cues. Colony founding queens swarm throughout the year, mostly during darkness. There is strong competition among queens for host plants. Queens do not carry scale insects on their nuptial flight. Worker ants are active day and night. Most of them patrol and collect food bodies on the younger parts of the host plant. An important characteristic is their deaning behaviour, which results in removal of aIl foreign objects. Even though they are rather smalI, workers respond very aggressively to certain kinds of disturbance of the host plant. The ants attack most phytophagous insects and are especially effective in killing and removing smalI, softbodied herbivores (e.g. caterpillars). They do not possess a functional sting, but apply defensive secretion and-once biting an intruder-will not let go. Their effective alarm system results in a mass attack, which provides adequate defence for the colony and the host plant. A comparison with another Crematogaster species further illustrated the special adaptations of C. borneensis to its host plant. N2 - Untersuchungen über die südostasiatische Ameisen·Pflanzen-Vergesellschaftung Cremattogaster borneensis Maoaranga : Anpassungen des Ameisenpartners 213 C. borneensis (Myrmicinae) lebt in enger Gemeinschaft mit myrmekophytischen Arten der südostasiatischen Pionierbaumgattung Macaranga (Euphorbiaceae) . Die Ameise ist so eng an die Pflanze adaptiert, daß sie getrennt von ihr nicht lebensfähig ist. Die Nahrung bezieht C. borneensis in Form von Nährkörperchen ausschließlich von der Pflanze. Im Sproßachseninnern gehaltene spezifische Schildläuse bieten eine weitere Nahrungsquelle. Die Adaptationen erstrecken sich bis auf die Anatomie des Verdauungstraktes : Der Kropf ist sehr klein und kann nur geringe Nahrungsmengen speichern. C. borneensis besiedelt spezifisch nur Macaranga-Pflanzen. Sowohl Königinnen als auch Arbeiterinnen sind in der Lage, die Wirtspflanze zu erkennen, wobei offenbar chemische Reize eine Rolle spielen. Die koloniegründenden Königinnen schwärmen das gesamte Jahr über, das Schwärmen erfolgt überwiegend während der Dunkelheit. Um die besiedlungsfähigen Macaranga-Pflanzen herrscht ein starker Konkurrenzdruck. Die beteiligten Schildlausarten sind spezifisch für die Assoziation. Sie werden nicht von der Königin beim Hochzeitsflug mitgenommen. Die Arbeiterinnen sind tag- und nachtaktiv. Die meisten Tiere halten sich im jüngsten Drittel der Pflanze auf, wo sie patrouillieren und Nährkörperchen sammeln. Mittels eines spezifischen Säuberungsverhaltens entfernen die Arbeiterinnen alle Fremdobjekte von der Pflanze. Trotz ihrer geringen Größe attackieren die Ameisen eine Vielzahl phytophager Insekten und sind dabei besonders effektiv in der Abwehr kleiner, wenig sklerotisierter Tiere wie z.B. Raupen. Sie verfügen zwar nicht ' über einen funktionsfähigen Stachel, setzen aber Wehrsekrete ein und beißen sich hartnäckig fest . Mit Hilfe eines effektiven Alarmierungssystems, das einen Massenangriff ermöglicht, gewährleisten sie eine Verteidigung ihrer Kolonien und damit gleichzeitig ihrer Wirtspflanze. Eine Vergleich mit einer anderen Crematogaster-Art demonstriert die besonderen Adaptationen von C. borneensis an ihre Wirtspflanze. Y1 - 1990 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32689 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Zentgraf, Hanswalter A1 - Sauer, Helmut W. T1 - Different chromatin structures in Physarum polycephalum: a special form of transcriptionally active chromatin devoid of nucleosomal particles N2 - Nonnucleolar chromatin from interphase nuclei of Physarum polycephalum plasmodia occurs in two different structural configurations as seen in electron microscopic spread preparations. While the majority of the chromatin is devoid of nascent ribonucleoprotein (RNP) fibrils and compacted into nucleosomal particles, a minor proportion (10- 20%) is organized differently and reveals a smooth contour. It is this form of smooth chromatin which is rich in transcription units (mean length: 1.36±0.21 11m). Only occasionally are solitary nascent RNP fibrils observed which are associated with beaded strands of chromatin. In transcribed smooth chromatin nucleosomal particles are not only absent from the transcription units but also from their nontranscribed flan king regions, indicating that this special structural aspect is not merely a direct consequence of the transcriptional process. The existence of ca. 10- 20% of Physarum chromatin in the smoothly contoured form is discussed in relation to reports of a preferential digestibility of a similar proportion of Physarum chromatin by DNAse I (Jalouzot et al. , 1980) and to the altered configuration of "peak A" chromatin subunits after micrococcal nuclease digestion (Johnson et al., 1978a, b). Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33148 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Zentgraf, Hanswalter T1 - Nucleosomal and supranucleosomal organization of transcriptionally inactive rDNA circles in Dytiscus oocytes N2 - Oocytes of the water beetle, Dytiscus marginalis, contain large amounts of rDNA most of which is present in the form of rings containing one or several pre-rRNA genes. Electron microscopy of spread preparations of vitellogenic oocytes has shown that the rDNA is extended in chromatin rings with transcribed pre- rRNA genes and is not packed into nucleosomes (Trendelenburg eta!. , 1976). When similar preparations are made from previtellogenic ooytes in which a large proportion of the nuc1eolar chromatin is transcriptionally inactive, a different morphological form of this chromatin is recognized. In contrast to the transcribed chromatin rings the inactive nucleolar chromatin circles show the characteristic beaded configuration, indicative of nucleosomal packing. Nuc1eosomal packing is also indicated by the comparison of the lengths of these chromatin rings with both iso lated rDNA circ1es and transcribed chromatin rings. In addition, these inactive nuc1eofilaments often appear to be compacted into globular higher order structures of diameters from 21 to 34nm, each composed of an aggregate of 6-9 nuc1eosomes. While the estimated reduction of the overall length of rDNA, as seen in our preparations, is, on the average, only 2.2 - 2.4 fold in the nuc1eosomal state it is 10- 13 fold when supranuc1eosomal globules are present. These data show that the extrachromosomal rDNA of these oocytes goes through a cycle of condensation and extensio n, as a function of the specific transcriptional activity, and that the beaded state described here is exc1usively found in the non-transcribed state. Y1 - 1978 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33188 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Krohne, Georg A1 - Franke, Werner W. T1 - Lengths and patterns of transcriptional units in the amplified nucleoli of oocytes of Xenopus laevis N2 - Transcriptionally active chromatin from peripheral amplified nuc1eoli of lampbrush-chromosome stage oocytes of Xenopus laevis was dispersed and spread in various solutions of low salt concentrations (incIuding some with additions of detergents) and examined by electron microscopy. Nucleolar material from oocytes of animals with normal (2-nu) and mutant (I-nu) genetical constitution of nucleolus organizers was compared. Histograms showing the distributions of the lengths of matrix units, apparent spacer intercepts, and the total repeating units of the rDNA containing chromatin axes revealed a significant degree of heterogeneity, with indications of subclasses and predominant repeat unit size c1asses of 3.3 and 3.8 11m length. The correspondence of matrix unit length to the molecular weight of the first stable product of rDNA transcription was studied using gel electrophoresis of labelIed pre-rRNA under non-denaturing and denaturing conditions. Evaluations of individual strands of nucleolar chromatin furt her demonstrated the existence of both (i) strands with obviously homogeneous repeating units and (ii) strands with intra-axial heterogeneity of rDNA subunits. " Preludecomplexes ", i.e. groups of transcriptional complexes in apparent spacer intercepts, were not infrequently noted. The data are compared with the measurements of lengths of repeating units in fragments of rDNA obtained by digestion with EcoRI endonuclease as described by Morrow et al. (1974) and Wellauer et al. (1974, 1976a, b). The results are discussed in relation to problems of variations in the modes of arrangement of the pre-rRNA genes, the state of packing of rDNA during transcription, and possible mechanisms of the amplification process. Y1 - 1977 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33069 ER - TY - JOUR A1 - Zentgraf, H. A1 - Müller, U. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, W. W. T1 - Evidence for the existence of globular units in the supranucleosomal organization of chromatin N2 - No abstract available Y1 - 1981 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34123 ER - TY - JOUR A1 - Fiala, Brigitte A1 - Maschwitz, Ulrich T1 - Domatia as most important adaptations in the evolution of myrmecophytes in the paleotropical tree genus Macaranga (Euphorbiacae) N2 - The paleotropical tree genus Macaranga (Euphorbiaceae) comprises all stages of interaction with ants, from facultative associations to obligate myrmecophytes. In SE.-Asia food availability does not seem to be the limiting factor for the development of a close relationship since all species provide food for ants in form of extrafloral nectar and/or food bodies. Only myrmecophytic Macaranga species offer nesting space for ants (domatia) inside intern odes which become hollow due to degeneration of the pith. Non-myrmecophytic species have a solid stem with a compact and wet pith and many resin ducts. The stem interior of some transitional species remains solid, but the soft pith can be excavated. The role of different ant-attracting attributes for the development of obligate ant-plant interactions is discussed. In the genus Macaranga, the provision of nesting space seems to be the most important factor for the evolution of obligate myrmecophytism. KW - Angiosperms ; Ant-plant interactions ; domatia ; Flora of Malaysia Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32935 ER - TY - JOUR A1 - Krohne, Georg A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich T1 - The major polypeptides of the nuclear pore complex N2 - Nuclear envelopes of maturing oocytes of various amphibia contain an unusually high number of pore complexes in very close packing. Consequently, nuclear envelopes , which can be manually isolated in great purity, provide a remarkable enrichment of nuclear pore complex material, relative to membranous and other interporous structures. When the polypeptides of nuclear envelopes isolated from oocytes of Xenopl/s la evis and Triturus alpestris are examined by gel electrophoresis, visualized either by staining with Coomassie blue or by radiotluorography after in vitro reaction with [3H]dansyl chloride , a characteristic pattern is obtained (10 major and 15 minor bands). This polypeptide pattern is radically different from that of the nuclear contents isolated from the same cell. Extraction of the nuclear envelope with high salt concentrations and moderateIy ac tive detergents such as Triton X- 100 results in the removal of membrane material but leaves most of the non-membranous structure of the pore complexes. The dry weight of the pore complex (about 0.2 femtograms) remains essentially unchanged during such extractions as measured by quantitative electron microscopy . The extracted preparations which are highly enriched in nuclear pore complex material contain only two major polypeptide components with apparent molecular weights of 150000 and 73000. Components of such an electrophoretic mobility are not present as major bands , if at all , in nuclear contents extracted in the same way. lt is concluded that these two polypeptides are the major constituent protein(s) of the oocyte nuclear pore complex and are specific for this structure. When nuclear envelopes are isolated from rat liver and extracted with high salt buffers and Triton X- 100 similar bands are predominant, but two additional major components of molecular weights of 78000 and 66000 are also recognized. When the rat liver nuclear membranes are further subfractionated material enriched in the 66000 molecular weight component can be separated from the membrane material, indicating that this is relatively loosely associated material , probably a part of the nuclear matrix . The results suggest that the nuclear pore complex is not only a characteristic ubiquitous structure but also contains similar, if not identical , skeletal proteins that are remarkably re sistant to drastic changes of ionic strength as weil as to treatments with detergents and thiol reagents. Y1 - 1978 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33078 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Sommerville, John T1 - Sizes of chromosome loops and hnRNA molecules in oocytes of amphibia of different genome sizes N2 - The lengths of lampbrush chromosome loops and their tran scription units show a positive correlation with genome size in oocytes of amphibia with different C values. However, there is no such correlation with contour lengths of hnRNA molecu les isolated from these oocytes. These results indi cate th at more ON A sequences are transcribed in amphibia of higher C value , but that processing of RNA transc ripts occurs while they are still attached to the chromosomes as nascent ribonucleoprotein fibrils. Y1 - 1982 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33094 ER - TY - JOUR A1 - Rungger, M. A1 - Crippa, M. A1 - Trendelenburg, M. F. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. T1 - Visualization of rDNA spacer transcription in Xenopus oocytes treated with fluorouridine N2 - Under the intluence of 5-tluoro-uridine, the ultrastructure of the rDNA transcription units in Xenopus oocytes is altered. Whereas part of the matrix units maintains anormal aspect or shows various degrees of inhibition, in a strong proportion of the transcription units the alternating pattern of matrix units and fibril-free spacer regions is no longer recognized. Transcriptional complexes are found along the entire DNP axis, including the regions of the spacers. These observations support biochemical data on transcription in rDNA spacer region. Y1 - 1978 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33082 ER - TY - JOUR A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Schulz, Barbara A1 - Scheer, Ulrich A1 - Peters, Reiner T1 - Inhibition of nuclear accumulation of karyophilic proteins in living cells by microinjection of the lectin wheat germ agglutinin N2 - No abstract available Y1 - 1988 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34288 ER - TY - CHAP A1 - Scheer, Ulrich A1 - Trendelenburg, M. F. A1 - Franke, Werner W. T1 - Regulation of transcription of ribosomal RNA genes during amphibian oogenesis N2 - No abstract available Y1 - 1976 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33700 ER - TY - CHAP A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Biochemical and structural aspects of nucleocytoplasmic transfer of ribonucleoproteins at the nuclear envelope level: facts and theses N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33766 ER - TY - CHAP A1 - Trendelenburg, M. F. A1 - Franke, Werner W. A1 - Spring, H. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Ultrastructure of transcription in the nucleoli of the green algae Acetabularia major and A. mediterranea N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33779 ER - TY - CHAP A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Pathways of nucleocytoplasmic translocation of ribonucleoproteins N2 - No abstract available Y1 - 1974 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33832 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Lanfranchi, Gerolamo A1 - Rose, Kathleen M. A1 - Franke, Werner W. A1 - Ringertz, Nils R. T1 - Migration of rat RNA polymerase I into chick erythrocyte nuclei undergoing reactivation in chick-rat heterokaryons N2 - Transcriptionally inactive chick erythrocyte nudei were reactivated by Sendai virusinduced fusion of erythrocytes with rat L6j1 myoblasts. We used antibodies to trace the appearance of a specific protein engaged in transcription of a defined dass of genes, those coding for rRNA, during reactivation. Using immunofluorescence microscopy, we found increasing amounts of rat RNA polymerase I to appear, during a certain period of time after fusion, in the reforming nudeoli of the chick nudei. Amounts of rat RNA polymerase I sufficient to be detected by immunofluorescence microscopy had accumulated in the newly developed chick nudeoli 72- 190 h after fusion was initiated. This time interval coincides with the time when chick rRNA synthesis can first be detected. The results raise the possibility that during these stages of the reactivation process chick rRNA genes are transcribed by heterologous RNA polymerase I moleeules of rat origin. Y1 - 1983 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33232 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Hügle, Barbara A1 - Hazan, Rachel A1 - Rose, Kathleen M. T1 - Drug-induced dispersal of transcribed rRNA genes and transcriptional products: Immunolocalization and silver staining of different nucleolar components in rat cells treated with 5,6-dichloro-1-Beta-D-ribofuranosylbenzimidazole N2 - Upon incubation of cultured rat cells with the adenosine analogue 5,6-dichloro-l-β- D-ribofuranosylbenzimidazole (DRB), nucleoli reversibly dissociate into their substructures, disperse throughout the nuclear interior, and form nucleolar "necklaces". We have used this experimental system, which does not inhibit transcription of the rRNA genes, to study by immunocytochemistry the distribution of active rRNA genes and their transcriptional products during nucleolar dispersal and recovery to normal morphology. Antibodies to RNA polymerase I allow detection of template-engaged polymerase, and monoclonal antibodies to a ribosomal protein (S 1) of the small ribosomal subunit permit localization of nucleolar preribosomal particles. The results show that, under the action of DRB transcribed rRNA, genes spread throughout the nucleoplasm and finally appear in the form of several rows, each containing several (up to 30) granules positive for RNA polymerase land argyrophilic proteins. Nucleolar material containing preribosomal particles also appears in granular structures spread over the nucleoplasm but its distribution is distinct from that of rRNA gene-containing granules. We conclude that, although transcriptional units and preribosomal particles are both redistributed in response to DRB, these entities retain their individuality as functionally defined subunits. We further propose that each RNA polymerase-positive granular unit represents a single transcription unit and that each continuous array of granules ("string of nucleolar beads") reflects the linear distribution of rRNA genes along a nucleolar organizer region. Based on the total number of polymerase I-positive granules we estimate that a minimum of 60 rRNA genes are active during interphase of DRB-treated rat cells. Y1 - 1984 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33216 ER - TY - JOUR A1 - Zentgraf, Hanswalter A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Spring, Herbert A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. A1 - Müller, Ulrike A1 - Drury, Kenneth C. A1 - Rungger, Duri T1 - Mitochondrial DNA arranged into chromatin-like structures after injection into amphibian oocyte nuclei N2 - Purified mitochondrial DNA (mitDNA) from ovaries ofXenopus lae vis was injected into the nuclei (germinal vesicles) of large viteUogenic oocytes of the same organism and examined by electron microscopy ofthe spread nuclear contents. Normally located nuclei of untreated oocytes as weil as peripherally translocated nuclei of centrifuged oocytes were used. In addition, oocyte nuclei isolated and incubated under liquid paraffin oil were injected with DNA. The integrity oftranscriptional structures of endogenous chromosomal (Iampbrush chromosomes) and extrachromosomal (nucleoli) genes of the injected nuclei was demonstrated. Microinjected mitDN A was identified as circles of chromatin exhibiting polynucleosome-like organization and a me an contour length of 2.6 J.Lm, corresponding to a compaction ratio of the mitDN A of about 2 : I. This DNA packing ratio is similar to that observed after preparation of various kinds of native chromatin in low salt buffers. The chromatin circles formed from injected mitDNA only very rarely exhibited lateral fibrils suggestive of transcriptional activity. These results suggest that purified mitDNA can be transformed to normally structured chromatin when exposed to oocyte nuclear contents but is rarely , if at all , transcribed in this form and in this environment. Y1 - 1979 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33174 ER - TY - CHAP A1 - Scheer, Ulrich A1 - Rose, Kathleen M. T1 - Localization of RNA polymerase I in interphase cells and mitotic chromosomes by light and electron microscopic immunocytochemistry N2 - Rabbit antibodies to RNA polymerase I from a rat hepatoma have been used to localize the enzyme in a variety of cells at the light and electron microscopic level. In interphase cells the immunofluorescence pattern indicated that polymerase I is contained exclusively within the nucleolus. That this fluorescence, which appeared punctated rather than uniform, represented transcriptional complexes of RNA polymerase I and rRNA genes was suggested by the observation that it was enhanced in regenerating liver and in a hepatoma and was markedly diminished in cells treated with actinomycin D. Electron microscopic immunolocalization using gold-coupled second antibodies showed that transcribed rRNA genes are located in, and probably confined to, the fibrillar centers of the nucleolus. In contrast, the surrounding dense fibrillar component, previously thought to be the site of nascent prerRNA, did not contain detectable amounts of polymerase I. During mitosis, polymerase I molecules were detected by immunofluorescence microscopy at the chromosomal nucleolus organizer region, indicating that a considerable quantity of the enzyme remains bound to the rRNA genes. From this we conclude that rRNA genes loaded with polymerase I molecules are transmitted from one cell generation to the next one and that factors other than the polymerase itself are involved in the modulation of transcription of DNA containing rRNA genes during the cell cycle. KW - nucleolus KW - nucleolus organizer KW - fibrillar centers KW - rRNA genes KW - anti-RNA polymerase I antibodies Y1 - 1984 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33223 ER - TY - RPRT A1 - Gessler, Manfred A1 - Simola, Kalle O. A1 - Bruns, Gail A. P. T1 - Cloning of breakpoints of a chromosome translocation identifies the AN2 locus N2 - Chromosome translocations involving llpl3 have been associated with familial aniridia in two kindreds highlighting the chromosomal localization of the AN2 locus. This locus is also part of the WAGR complex (Wilros tumor, aniridia, genitourinary abnormalities, and mental retardation). In one kindred, the translocation is associated with a deletion, and probes for this region were used to identify and clone the breakpoints of the translocation in the second kindred. Comparison of phage restriction maps exclude the presence of any sizable deletion in this case. Sequences at the chromosome 11 breakpoint are conserved in multiple species, suggesting that the translocation falls within the AN2 gene. Y1 - 1989 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30177 ER - TY - JOUR A1 - Vortkamp, Andrea A1 - Gessler, Manfred A1 - Paslier, D. Le A1 - Elaswarapu, R. A1 - Smith, S. A1 - Grzeschik, Karl-Heinz T1 - Isolation of a yeast artificial chromosome contig spanning the Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GCPS) gene region N2 - Disruption of the zinc finger gene GLI3 has been shown to be the cause of Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GCPS), at least in some GCPS translocation patients. To characterize this genomic region on human chromosome 7p13, we have isolated a VAC contig of more than 1000 kb including the GLI3 gene. In this contig the gene itself spans at least 200-250 kb. A CpG island is located in the vicinity of the 5' region of the known GLI3 cDNA, implying a potential promoter region. Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30182 ER - TY - JOUR A1 - Maschwitz, U. A1 - Fiala, Brigitte A1 - Dolling, W. R. T1 - New trophobiotic symbioses of ants with South East Asian bugs N2 - A trophobiotic relationship between two species of phloem-feeding plataspid bugs and an ant, Meranoplus mucronatus, was discovered on tree trunks in Malaysia. Similar relationships were found between coreid bugs and Crematogaster sp. and Anoplolepis longipes, on bamboo in the same area. The ants recruit to groups of the bugs and feed on the liquid, sugar-rich faeces of the larvae, stimulating release of the honeydew by tactile signals. They protect all stages of the bugs from disturbance by biting and by the use of defensive secretions. Phloem-feeding bugs in the families Plataspidae and Coreidae need long sty lets to pierce the thick bark of their host tree. The different methods of accommodating the resting stylets in these two families are described. The plataspids are described as Tropidotylus servus sp. novo and T. minister sp. novo A coreid previously reported in association with M. mucronatus in Malaya is described as Hygia cliens sp. novo The coreids on bamboo were determined as Cloresmus spp. and Notobitus affinis. KW - Ants KW - Coreidae KW - Heteroptera KW - Malaya KW - New Species KW - Plataspidae KW - Trophobiosis Y1 - 1987 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34030 ER - TY - JOUR A1 - Moreno-Diaz de la Espina, Susana A1 - Franke, Werner W. A1 - Krohne, Georg A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Grund, Christine A1 - Scheer, Ulrich T1 - Medusoid fibril bodies: a novel type of nuclear filament of diameter 8 to 12 nm with periodic ultrastructure demonstrated in oocytes of Xenopus laevis N2 - No abstract available Y1 - 1982 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34116 ER - TY - JOUR A1 - Hadjiolova, Krassimira A1 - Rose, Kathleen M. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Immunolocalization of nucleolar proteins after D-galactosamine-induced inhibition of transcription in rat hepatocytes N2 - No abstract available Y1 - 1986 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33205 ER - TY - JOUR A1 - Maschwitz, Ulrich A1 - Fiala, Brigitte A1 - Moog, J. A1 - Saw, L. G. T1 - Two new myrmecophytic associations from the Malay Peninsula: ants of the genus Cladomyrma as partners of Saraca thaipingensis and Crypteronia griffithii N2 - In Peninsular Malaysia the trees Saraca thaipingensis (Caesalpiniaceae) and Crypteronia griffithii (Crypteroniaceae) are inhabited by ants. In the vicinity ofGombak, near Kuala Lumpur, the hollow internodes of young Saraca thaipingensis plants are colonized mainly by two Cladomyrma species. In larger trees a Crematogaster sp. is also found. Crypteronia griffithii is inhabited by a third species of Cladomyrma. None of these species is conspecific with any of the three Cladomyrma taxa so far described. The colonies are founded by single mated queens, which have a conspicuous, sphecid wasp-like behaviour when searching for host plants and nest sites. They chew holes into the plant intern odes and hollow them out to provide nest sites. Coccids and pseudococcids are cultivated within the internodes. The homopterans are not carried by queens on their nuptial flights. They apparently find their way by themselves into the cavities or are perhaps carried there by the worker ants. The Cladomyrma ants on Crypteronia are not aggressive, in contrast to those on Saraca thaipingensis. The relationship of Crypteronia with ants seems to be obligatory, whereas Saraca was only partly colonized by Cladomyrma. The interaction of Saraca with Crematogaster sp. is loose and facultative, since the Crematogaster sp. also lives on other tree species. Our studies have now revealed four Cladomyrma spp. which are regularly associated with plants. The genus therefore seems to have an entirely myrmecophytic way of life. KW - Myrmecophytism ; Malaysia ; trophobionts ; colony foundation ; Cladomyrma Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32992 ER - TY - THES A1 - Kunz, Britta K. T1 - Frugivory and Seed Dispersal: Ecological Interactions between Baboons, Plants, and Dung Beetles in the Savanna-Forest Mosaic of West Africa T1 - Frugivorie und Samenausbreitung: Ökologische Interaktionen zwischen Pavianen, Pflanzen und Dungkäfern im Savannen-Wald-Mosaik Westafrikas N2 - Das Guinea-Savanne-Wald-Mosaik Westafrikas weist einen hohen Reichtum an Pflanzenarten auf, deren Samen durch Frugivore ausgebreitet werden. Afrikanische Savannen beherbergen zudem die artenreichste Dungkäferfauna weltweit. Dennoch wurden Interaktionen zwischen Fruchtpflanzen, Primaten und Dungkäfern in Savannenökosysteme bisher kaum erforscht. Meine Untersuchungen am Anubispavian (Papio anubis Lesson 1827, Cercopithecinae) im Comoé Nationalpark (CNP), im NO der Elfenbeinküste, zeigten, dass sich westafrikanische Pavianpopulationen in verschiedener Hinsicht von Populationen in Ostafrika unterscheiden. Paviane werden zumeist vornehmlich als Prädatoren der Samen ihrer Nahrungspflanzen angesehen. Im Savannen-Wald-Mosaik Westafrikas ernähren sie sich jedoch überwiegend frugivor und sind bedeutende Samenausbreiter einer Vielzahl von Gehölzpflanzenarten mit unterschiedlichen Fruchttypen und Samengrößen. Sie breiten intakte Samen von mind. 22% der regionalen Gehölzpflanzenarten aus. Ihr "Ausbreitungspotential" bzgl. Samenzahl und Samengröße ist mit dem der großen Menschenaffen vergleichbar. Der Anteil der Baumarten im Nahrungsspektrum der Paviane ist signifikant höher als es aufgrund des Anteils im regionalen Artenpool der Gehölzpflanzen zu erwarten wäre. Fruchtarten, die von Pavianen gefressen wurden, waren signifikant größer als nicht konsumierte Arten. Von verschiedenen morphologischen Fruchtmerkmalen eignen sich Fruchttyp und Farbe am besten, um vorherzusagen, ob die Früchte einer Art Nahrungsbestandteil der Paviane im CNP sind. Fruchttyp und Samengröße wiederum sind am besten geeignet, um auf die Art der Nutzung (Samenausbreitung bzw. -prädation) zu schließen. Die Samengröße einer Pflanze ist ein wichtiges Fitnessmerkmal, das verschiedene Abschnitte von der Fruchtentwicklung bis zur Etablierung des Keimlings beeinflussen kann. Sie weist bei vielen Pflanzenarten erhebliche intraspezifische Schwankungen auf. Primaten könnten aus unterschiedlichen Gründen Früchte mit bestimmter Samengröße auswählen, zum Beispiel um unverdaulichen Ballast zu reduzieren oder um den Fruchtfleischgewinn pro Frucht zu optimieren. Bei acht von zehn untersuchten Pflanzenarten, die sich in Fruchttyp, Samenzahl und Samengröße unterscheiden, erwiesen sich die Paviane als selektiv in Bezug auf die Samengröße. Für die intraspezifische Fruchtauswahl der Paviane scheint unter anderem das je nach Frucht- und Samenform unterschiedlich variierende Verhältnis von Fruchtfleisch zu Samen eine Rolle zu spielen. Als Habitatgeneralisten (mit einer Präferenz für Waldhabitate), die relativ große Gebiete durchstreifen, scheinen Paviane besonders wichtig für den genetischen Austausch der Pflanzen zwischen entfernten Waldinseln. Da die meisten Gehölzpflanzenarten im Savannen-Wald-Mosaik des CNP mittelgroße bis große Früchte und Samen haben, kommt den Pavianen eine herausragende Rolle bei der Samenausbreitung und natürlichen Regeneration dieses Ökosystems zu. Die Bedeutung der Paviane für die Samenausbreitung von Pflanzenarten mit kleinen Früchten sollte jedoch nicht unterschätzt werden. Meine Untersuchungen an typischen "vogelausgebreiteten" Baumarten, von denen Vögel fast ausschließlich unreife Früchte fraßen, weisen darauf hin, dass eine qualitative und quantitative Beurteilung verschiedener Frugivorengruppen allein aufgrund der Fruchtsyndrome nicht immer zuverlässig ist. Anubispaviane breiten in der Regel mehrere Pflanzensamen in einzelnen Fäzes aus was üblicherweise als ungünstig für die Pflanze angesehen wird. Die Samen aller Pflanzenarten, die in Pavianfäzes im CNP während Zeiten saisonal hoher Dungkäferaktivität zu finden waren, können jedoch potentiell von Dungkäfern ausgebreitet werden. Die Dungkäfer-Aktivität im Untersuchungsgebiet an Pavianfäzes war hoch, es wurden 99 Arten aus 26 Gattungen nachgewiesen. Sowohl die Wahrscheinlichkeit sekundärer Samenausbreitung durch Dungkäfer als auch das sekundäre räumliche Ausbreitungsmuster hängen von der Struktur und Zusammensetzung der Dungkäfergemeinschaft am Ort der primären Ausbreitung ab. Die Dungkäfergemeinschaft wiederum scheint stark von der Vegetation beeinflusst zu sein. Im Savannen-Wald-Mosaik Westafrikas erwartete ich daher deutliche Unterschiede in der sekundären Ausbreitung zwischen Samen, die von Pavianen in die Savanne bzw. in den Wald ausgebreitet werden. Experimente ergaben, dass Samen, die von Pavianen in die Savanne ausgebreitet werden, eine höhere Wahrscheinlichkeit haben (a) überhaupt sekundär durch Dungkäfer ausgebreitet zu werden, (b) horizontal von Telekopriden vom Ort der primären Ausbreitung wegbewegt zu werden, (c) relativ schnell aus den Fäzes entfernt zu werden und (d) über relativ größere Distanzen ausgebreitet zu werden als Samen im Wald. Generell sollten Savannenpflanzen und Habitatgeneralisten unter den Pflanzenarten, deren Samen von Pavianen in die Savanne ausgebreitet werden, am ehesten von sekundärer Ausbreitung durch Dungkäfer profitieren. N2 - The Guinea savanna-forest mosaic of West Africa is particularly rich in animal-dispersed plants. African savannas harbour the richest dung beetle community worldwide. The role of primates and dung beetles in natural plant regeneration and biodiversity maintenance in this ecosystem, however, is still poorly understood. The present study on olive baboons (Papio anubis Lesson 1827, Cercopithecinae) at Comoé National Park (CNP), north-eastern Ivory Coast, revealed that western olive baboon populations differ in several ways from their eastern conspecifics. Baboons are commonly regarded as predators of the seeds of their food plants. In the savanna-forest mosaic of West Africa, however, they are highly frugivorous and are important seed dispersers of a high number of woody plant species that differ in fruit type and seed size. They disperse intact seeds of at least 22% of the woody plant species of the regional plant pool. Their "seed dispersal potential", regarding seed number and seed sizes, is comparable to that of the much larger great apes. Relative to the availability in the regional pool of woody plant species, baboons preferred trees to shrubs and lianas as fruit sources and especially included larger fruit into their diet. Among several morphological fruit traits investigated, fruit type and fruit colour best described whether baboons included a species into their diet, whereas fruit type and seed size best predicted whether baboons predated upon the seeds of a food plant species. Seed size is an important plant fitness trait that can influence several steps between fruiting and the establishment of a plant´s offspring. Seed size can vary considerably within and among individuals of the same species. Primates may select for certain seed sizes within a species for a number of reasons, e.g. to decrease indigestible seed load or to increase pulp intake per fruit. Within eight out of ten plant species investigated, which differed in fruit type, seed number and seed size, olive baboons were selective in fruit choice regarding seed size. Seed size selection by olive baboons seems to be influenced, among other traits, by the amount of pulp rewarded per fruit relative to seed load, which varies with fruit and seed shape. Being a habitat generalist (with a preference for forest habitats) and able to move comparatively long distances, the olive baboon might be especially important for the biodiversity maintenance of distant forest islands. Because most woody plant species at the study site had medium-sized to large fruits and seeds, olive baboons may be crucial for seed dispersal and plant recruitment in this ecosystem. Their importance for seed dispersal of plants with small fruits should not, however, be underrated. Observation of frugivores at a typical "bird-dispersed" tree species showed that classification of seed dispersers on the basis of fruit syndromes alone can be misleading. Olive baboons disperse seeds in their faeces in a clumped manner, which generally is regarded disadvantageous for plants. Yet, seeds from all plant species being naturally present in baboon dung during seasonal peaks of dung beetle activity apparently can be scattered locally by dung beetles. Dung beetle activity at baboon faeces deposited in the two habitats was high, totalling 99 species from 26 genera. The probability and pattern of secondary seed dispersal by dung beetles depend on the structure and composition of the dung beetle community, which, in turn, seems to be strongly determined by vegetation type. I thus expected pronounced differences in secondary seed dispersal by dung beetles between seeds deposited by baboons in the savanna and in the forest. Experiments indicated that compared to seeds dispersed by baboons into the forest, seeds that end up in the savanna generally have a higher probability of (a) being removed by dung beetles, (b) being horizontally scattered by telecoprids, (c) being rapidly removed from the place of primary deposition and (d) being secondarily dispersed over larger distances. In general, savanna plants and plant habitat generalists the seeds of which baboons disperse into the savanna should profit most from secondary seed dispersal by dung beetles. KW - Anubispavian KW - Meerkatzenartige KW - Samenverbreitung KW - Primaten KW - Käfer KW - Afrika KW - Pflanzenökologie KW - Tierökologie KW - Öko-Ethologie KW - Nahrung KW - Frucht KW - Streifgebiet KW - Samenkeimung KW - Blatthornkäfer KW - Savanne KW - Elfenbeinküste KW - Parc National de KW - Gruppengröße KW - sekundäre Samenausbreitung KW - Dungkkäfer KW - Fruchtmerkmale KW - Samenprädation KW - Olive baboons KW - seed dispersal KW - seed predation KW - frugivory KW - dung beetles Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-37519 ER - TY - THES A1 - Pfrommer, Albrecht T1 - Seed dispersal ecology of Leonia cymosa (Violaceae) in the rain forest of Eastern Ecuador T1 - Ökologie der Ausbreitung der Samen von Leonia cymosa (Violaceae) im Regenwald von Ost-Ekuador N2 - Leonia cymosa (Violaceae) ist ein Baum der unteren Waldschicht im Amazonischen Regenwald. Meine Probenflächen befanden sich in der „Reserva Faunistica Cuyabeno“ im nord-östlichen Ecuador: Meine Untersuchung hatte das Ziel, die Variation von Baummerkmalen zu beschreiben und zu klären, ob und wie die Fruchtentnahme aus den einzelnen Bäumen durch Fruchtfresser mit den Baummerkmalen zusammenhängt. Die mittlere Höhe einer fruchttragenden L. cymosa war 6,6 m (Min. 2 m, Max. 12,6 m). Der Median der Individuendichte lag bei 11,8 Bäumen pro Hektar. Die Bäume wuchsen überwiegend in Gruppen, die aus Bäumen verschiedener Höhe bestanden. L. cymosa blühte zwei Mal im Jahr, sowohl im späten Februar bis März, als auch im Oktober. Die daraus jeweils folgenden Fruchtsaisons erstreckten sich auf die Monate August/September und März bis Mai. Das Fruchtfleisch von L. cymosa enthielt die Zucker Fruktose, Glucose und Saccharose, Proteine, aber keine Lipide. Es gab es signifikante Unterschiede zwischen Bäumen bei allen untersuchten Nährstoffbestandteilen. Die saisonale Produktivität der überwachten Bäume lag im Median bei 45 (1999, n= 57) bzw. bei 36 (2000, n=92) reifen Früchten. Das maximale Fruchtangebot eines Baumes zum Zeitpunkt einer Fruchtzählung lag bei 324 reifen Früchten Schwarzrückentamarine (Saguinus nigricollis, Callitrichidae) und Totenkopfäffchen (Saimiri sciureus, Cebidae), sowie möglicherweise eine unidentifizierte nachtaktive Tierart, konsumierten die Früchte von L. cymosa in meinem Untersuchungsgebiet. Früchte, die von den Bäumen auf den Boden herabgefallen waren, wurden von Grünen Zwergagutis (Myoprocta pratti, Dasyproctidae) gefressen. Schwarzrückentamarine und Totenkopfäffchen unterschieden sich stark in ihrer Effektivität als Samenausbreiter. Schwarzrückentamarine waren zuverlässige Ausbreiter, Totenkopfäffchen nicht. Jede meiner Studienflächen war Teil des Kern-Wohngebietes von jeweils einer Gruppe von Schwarzrückentamarinen, und fiel in das Streifgebiet einer Gruppe von Totenkopfäffchen. In einer Stichprobe von 6 Bäumen vergleichbarer und hoher saisonaler Fruchtproduktion war die Gesamtanzahl an reifen Früchten eines jeweiligen Baums, die durch den zuverlässigen Samenausbreiter S. nigricollis im Verlauf einer Fruchtsaison geerntet wurden, mit keinem der gemessenen Nährstoffbestandteile des Fruchtfleischs signifikant korreliert. Der zuverlässige Samenausbreiter von L. cymosa scheint keinen Selektionsdruck auf den Nährstoffgehalt der Früchte von L. cymosa auszuüben. Die saisonale Fruchtproduktion eines L. cymosa -Baums war die hauptsächliche Vorhersagevariable für alle Aspekte der Fruchtentnahme durch den effektiven Samenausbreiter, Saguinus nigricollis, sowie auch durch den Nicht-Samenausbreiter, Saimiri sciureus. Bäume mit größerer saisonaler Fruchtproduktion hatten eine höhere Wahrscheinlichkeit der Fruchtentnahme durch den Samenausbreiter als Bäume mit kleinerer saisonaler Fruchtproduktion. Von Bäumen mit größerer saisonaler Fruchtproduktion ernteten die Samenausbreiter ebenfalls mehr Früchte. Diese Bäume hatten also einen größeren Ausbreitungserfolg. Der prozentuale Anteil der vom Samenausbreiter entnommenen Früchte an der gesamten saisonalen Fruchtproduktion eines Baums sank jedoch mit wachsender Fruchtproduktion. Im Gegensatz dazu stieg der prozentuale Anteil der vom Nicht-Samenausbreiter abgeernteten Früchte an der gesamten saisonalen Fruchtproduktion mit größer werdender saisonaler Fruchtproduktion. Ebenso stieg die Wahrscheinlichkeit der Fruchtentnahme durch den Nicht-Samenausbreiter und die Anzahl der von ihm geernteten Früchte mit größer werdender saisonaler Fruchtproduktion. Die beobachteten Unterschiede zwischen Samenausbreiter und Nicht-Samenausbreiter sind auf Unterschiede in der jeweiligen Nahrungsaufnahmekapazität, der Gruppengröße und des Fouragierverhaltens zurückzuführen. Tamarine ernteten mit geringerer Wahrscheinlichkeit L. cymosa Bäume, die nicht oder nur wenig von umgebender Vegetation gedeckt waren. Dies reflektiert wahrscheinlich ein Verhalten der Tamarine zur Vermeidung von Angriffen von Wald-Raubvögeln. Bei hoher Dichte von L. cymosa-Früchten in der Nachbarschaft einzelner Bäume verringerte sich der Anteil der Früchte an der saisonalen Fruchtproduktion, die von Tamarinen geerntet wurden. Dies spricht für Konkurrenz von Bäumen um Samenausbreiter. Meine Studie hat Selektionsdrücke der Samenausbreiter auf die saisonale Fruchtproduktion von L. cymosa aufgedeckt. Meine Ergebnisse bestätigen die Vorhersagen der „fruit crop size-Hypothese“. Meine Ergebnisse zeigen ebenfalls, dass es auch Faktoren außerhalb der Kontrolle eine Baumindividuums gibt, die die Fruchtentnahme von L. cymosa Bäumen beeinflussen. Selektion durch Samenausbreiter könnte durch Nachbarschaftsbedingungen begrenzt. N2 - Leonia cymosa (Violaceae) is a small tree from the under story of the Amazonian rain forest. I investigated the seed dispersal ecology of L. cymosa in plots of old growth terra firme forest located within the Cuyabeno Faunistic Reserve in north-eastern Ecuador. This species offered good conditions to examine the variation of traits of individual trees and the way they are linked with fruit removal from each tree. With this study I aimed to address the question whether frugivores exert selection pressures on fruits and the fruiting regime of fleshy fruited plants. The mean height of a fruiting L. cymosa was 6.6 m (range: 2 - 12.6 m). The median tree density was 11.8 trees per hectare. Trees grew in clusters consisting of different numbers of trees of different heights. L. cymosa flowered two times a year, in late February to March and in October. The respective fruiting seasons occurred in August/September and between March and May. The fruit pulp of L. cymosa contained the sugars fructose, glucose, and sucrose, the total soluble sugar being the first important nutritional compound of the fruit pulp. The second important compound was proteins. No lipids were found in the fruit pulp. The variation of nutritional quality of the fruits was high within trees. Nonetheless, significant differences were found among trees in all nutrient constituents studied. The maximum of ripe fruits produced per season by a single tree was 427. Median productivity of the trees was 45 ripe fruits throughout the fruiting season in 1999 (n=57) and 36 ripe fruits in 2000 (n=92). The maximum standing crop of fruits in a tree was 324 fruits (counted in 2000). Black mantle tamarins, Saguinus nigricollis (Callitrichidae), and squirrel monkeys, Saimiri sciureus (Cebidae), and possibly an unknown nocturnal frugivore consumed the fruits of L. cymosa at my study site. Green-rumped acouchis (Myoprocta pratti, Dasyproctidae) consumed fallen fruits and seeds underneath the trees. Black mantle tamarins and squirrel monkeys differed widely in their effectiveness as seed dispersers. Black mantle tamarins swallowed the seeds together with the fruit pulp and defecated intact seeds far away from the mother tree. Squirrel monkeys opened the fruits to suck and gnaw on the fruit pulp, and then dropped seeds to the forest floor below the tree crowns. Each of my study plots fell into the core home range of one group each of S. nigricollis and S. sciureus. Thus, the frugivore assemblage is small and disperser availability is limited for the individual tree of L. cymosa. In a sample of 6 trees of comparable and high fruit crop size, the total of ripe fruits removed from a tree throughout the whole fruiting season by the reliable seed disperser S. nigricollis was neither significantly correlated with the content of any of the nutrients measured in the fruit pulp (fructose, glucose, sucrose, total protein; pulp does not contain lipids), nor with total metabolisable energy, seed to pulp weight ratio, or water content of the fruit pulp. Feeding preferences for single sugars determined by other laboratory studies were not confirmed by this field study. The reliable seed disperser S. nigricollis does not seem to exert selective pressure on the nutrient content of the fruits of L. cymosa. Seasonal fruit crop size was the main predictor of all aspects of fruit removal by the effective disperser of L. cymosa, Saguinus nigricollis, as well as by the non-disperser, Saimiri sciureus. Trees with larger seasonal fruit crop size had a higher probability to have fruits removed by the disperser than those with small seasonal fruit crop sizes. They also had a higher number of fruits removed by the seed disperser. However, the proportion of fruits removed by the disperser decreased with increasing seasonal fruit crop size. In contrast, probability of fruit removal, the number of fruits removed, and the proportion of fruits removed by the non-disperser increased with increasing seasonal fruit crop sizes. The observed differences between disperser and non-disperser are due to differences in feeding capacity, group size and foraging behavior. Tamarins were less likely to harvest Leonia trees that were not or less completely covered by surrounding vegetation. This probably reflects a behavior to avoid predation by forest raptors. At high con-specific fruit abundance in the neighborhood, the proportion of fruits removed by tamarins was reduced. This suggests competition of trees for the disperser. My study revealed selection of the disperser on seasonal fruit crop size of L. cymosa. My results are consistent with the “fruit crop size hypothesis”. FCSH appears to constitute a valid framework also in the monkey-dispersed L. cymosa. My findings also show that factors beyond the tree’s control influenced fruit removal from Leonia trees. Disperser-mediated selection may be constrained (yet not impeded) by neighborhood conditions. KW - Samenverbreitung KW - Ökologie KW - Regenwald KW - Tamarin KW - Totenkopfäffchen KW - Frucht KW - Fruchtgehalt KW - Fruchtansatz KW - Unterholz KW - Fruchtqualität KW - Fruchtentnahme KW - Generalisierte Lineare Modelle KW - Fruchtproduktion KW - Fruchtentnahme KW - fruit removal KW - tamarins KW - squirrel monkeys KW - understorey tree KW - fruit crop size Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-37129 ER - TY - THES A1 - Menzel, Florian T1 - Mechanisms and adaptive significance of interspecific associations between tropical ant species T1 - Mechanismen und adaptive Bedeutung interspezifischer Assoziationen zwischen tropischen Ameisenarten N2 - Aggression between ants from different colonies or species is ubiquitous. Exceptions to this rule exist in the form of supercolonies (within a species) and interspecific associations (between species). Probably the most intimate interspecific association is the parabiosis, where two ant species live together in a common nest. They keep their brood separate but jointly use trails and often share food resources. Parabioses are restricted to few species pairings and occur in South American and Southeast Asian rainforests. While the South American parabioses have been studied, albeit poorly, almost nothing is known about their Southeast Asian counterparts. My PhD project focuses on Southeast Asian parabioses between the myrmicine Crematogaster modiglianii Emery 1900 and the considerably larger formicine Camponotus rufifemur Emery 1900. The two species frequently nest together in hollow trees in the tropical lowland rainforest of Borneo. The basic question of my PhD project is why these two species live together. I investigated both proximate and ultimate aspects of this question. For comparative purposes, I included studies on a trail-sharing association in the same habitat. On the proximate level, I investigated which mechanisms facilitate tolerance towards hetero-spe¬ci¬fic nestmates. Ants generally discriminate nestmates from non-nestmates via cuticular hydro¬carbons that function as colony recognition cues. I studied the specificity of nestmate recognition within and between the two parabiotic species. Using gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS), I analyzed the cuticular substances in both ant species to find potential differences to non-parabiotic species, and to estimate the substance overlap among the two species. A high substance overlap would e.g. suggest that interspecific tolerance is caused by chemical mimicry. Finally, bioassays were conducted to evaluate the function of different cuticular compounds. Interspecific tolerance in the two parabiotic species was species-specific but not colony-specific. Ca. rufifemur tolerated all Cr. modiglianii individuals, even those from foreign colonies, but strongly attacked workers of other Crematogaster species. Cr. modiglianii, in turn, tolerated Ca. rufifemur workers of certain foreign colonies but attacked those of others. Chemical analyses revealed two sympatric, chemically distinct Ca. rufifemur varieties (‘red’ and ‘black’) with almost no hydrocarbon overlap. Cr. modiglianii only tolerated foreign Ca. rufifemur workers if they belonged to the same chemical variety as their own Ca. rufifemur partner. It also attacked other, non-parabiotic Camponotus species. Thus, reciprocal interspecific tolerance was restricted to the species Cr. modiglianii and Ca. rufifemur. Ca. rufifemur frequently tolerated conspecific non-nestmates of the same chemical variety. Minor workers were more often tolerated than majors, possibly because they possess two to three times lower hydrocarbon quantities per body surface than majors. In contrast, Cr. modiglianii nearly always attacked conspecific non-nestmates. Both species possessed hydrocarbons with considerably higher chain lengths than congeneric, non-parabiotic ant species. Long-chain hydrocarbons are less volatile than shorter ones and thus harder to perceive. They may thus considerably facilitate interspecific tolerance. Moreover, up to 98% of the cuticular hydrocarbons in Ca. rufifemur were methylbranched alkenes, which are highly unusual among insect cuticular hydrocarbons. Cr. modiglianii and Ca. rufifemur had almost no hydrocarbons in common, refuting chemical mimicry as a possible cause of interspecific tolerance. The only hydrocarbons common to both species were two methylbranched alkenes, which constituted 89% of the ‘red’ Ca. rufifemur hydrocarbon profile and also occurred in those Cr. modiglianii colonies that lived together with this Ca. rufifemur variety. Cr. modiglianii presumably acquired these two compounds from its red Ca. rufifemur partner. Cr. modiglianii was significantly less aggressive towards foreign Cr. modiglianii workers that were associated with the same Ca. rufifemur variety than to those associated with the respective other one. Hence, this species seemed to use recognition cues acquired from its parabiotic partner. Apart from hydrocarbons, both species possessed a set of hitherto unknown substances on their cuticle. The quantitative composition of the unknown compounds varied between parabiotic nests but was similar among the two species of a nest. They are probably produced in the Dufour glanf of Cr. modiglianii and transferred to their Ca. rufifemur partner. Possible transfer mechanisms include interspecific trophallaxis and ‘mounting behaviour’, where Cr. modiglianii climbed onto Ca. rufifemur workers without being displaced. Although the composition of the unknown compounds greatly varied between nests, they did not function as nestmate recognition cues since both species used hydrocarbons for nestmate recognition. However, the unknown compounds significantly reduced aggression in Ca. rufifemur. The ultimate, i.e. ecological and evolutionary aspects of my PhD research deal with potential costs and benefits that Cr. modiglianii and Ca. rufifemur may derive from the parabiotic association, their interactions with other species, and population genetic analyses. Additional studies on a trail-sharing association between three other ant species deal with two possible mechanisms that may cause or facilitate trail-sharing. Whether parabioses are parasitic, commensalistic, or mutualistic, is largely unknown and depends on the costs and benefits each party derives from the association. I therefore investigated food competition (as one of the most probable costs), differentiation of foraging niches (which can reduce competition), and several potential benefits of the parabiotic way of life. Besides, I studied interactions between the ant species and the hemiepiphyte Poikilospermum cordifolium. The foraging niches of the two species differed regarding foraging range, daily activity pattern, and food preferences. None of the two species aggressively displaced its partner species from baits. Thus, interference competition for food seemed to be low or absent. For both ant species, a number of benefits from the parabiotic lifestyle seem possible. They include interspecific trail-following, joint nest defence, provision of nest space by the partner species, food exchange via trophallaxis, and mutual brood care. If an ant species follows another species’ pheromone trails, it can reach food resources found by the other species. As shown by artificial extract trails, Ca. rufifemur workers indeed followed trails of Cr. modiglianii but not vice versa. Thus, Ca. rufifemur benefited from Cr. modiglianii’s knowledge on food sources (informational parasitism). In turn, Cr. modiglianii seemed to profit from nest defence by Ca. rufifemur. Ca. rufifemur majors are substantially larger than Cr. modiglianii workers. Although Cr. modiglianii often effectively defended the nest as well, it seemed likely that this species derived a benefit from its partner’s defensive abilities. In neotropical parabioses (ant-gardens), mutualistic epiphytes play an important role in providing nest space. The neotropical Camponotus benefits its Crematogaster partner by planting epiphyte seeds, for which Crematogaster is too small. Similarly, the Bornean parabioses often were inhabited by the hemiepiphyte Poikilospermum cordifolium (Barg.-Petr.) Merr (Cecropiaceae). P. cordifolium seedlings, saplings and sometimes larger indivi¬duals abundantly grew at the entrances of parabiotic nests. However, P. cordifolium provides no additional nest space and, apart from nutritive elaiosomes, perianths, and extrafloral nectar probably plays a less important role for the ants than the neotropical epiphytes. In conclusion, the parabiosis is probably beneficial to both species. The main benefits seem to be nest defence (for Cr. modiglianii) and interspecific trail-following (for Ca. rufifemur). However, Ca. rufifemur seems to be more dependent on its partner than vice versa. For both parabiotic species, I analyzed mitochondrial DNA of ants from different regions in Borneo. My data suggest that there are four genetically and chemically distinct, but closely related varieties of Camponotus rufifemur. In contrast, Crematogaster modiglianii showed high genetic differentiation between distant populations but was not differentiated into genetic or chemical varieties. This argues against variety-specific cocladogenesis between Cr. modiglianii and Ca. rufifemur, although a less specific coevolution of the two species is highly likely. In Bornean rainforests, trail-sharing associations of Polyrhachis (Polyrhachis) ypsilon Emery 1887 and Camponotus (Colobopsis) saundersi Emery 1889 are common and often include further species such as Dolichoderus cuspidatus Smith 1857. I investigated a trail-sharing association between these three species and studied two mechanisms that may cause or facilitate these associations: interspecific trail-following, i.e. workers following another species’ pheromone trail, and differential inter¬specific aggression. In trail-following assays, D. cuspidatus regularly followed extract trails of the other two species, thus probably parasitizing on their information on food sources. In contrast, only few P. ypsilon and Ca. saundersi workers followed hetero¬speci¬fic extract trails. Hence, the association between P. ypsilon and Ca. saundersi cannot be ex¬plained by foragers following heterospecific trails. In this case, trail-sharing may originate from few scout ants that do follow heterospecific pheromone trails and then lay their own trails. Interspecific aggression among P. ypsilon, Ca. saundersi and D. cuspidatus was strongly asymmetric, Ca. saundersi being submissive to the other two species. All three species discriminated between heterospecific workers from the same and a distant trail-sharing site. Thus, it seems likely that the species of a given trail-sharing site habituate to one another. Differential tolerance by dominant ant species may be mediated by selective habituation towards submissive species, and thereby influence the assembly of trail-sharing associations. N2 - Aggression zwischen Ameisen verschiedener Kolonien oder Arten ist allgegenwärtig. Ausnahmen von dieser Regel bilden Superkolonien (innerhalb einer Art) sowie inter-spezifische Assoziationen (zwischen Arten). Wohl die engste dieser Assoziationen ist die Parabiose, bei der zwei Ameisenarten in einem gemeinsamen Nest leben. Sie halten ihre Brut getrennt, nutzen jedoch gemeinsam Pfade und oftmals auch Nahrungsressourcen. Parabiosen sind auf Assoziationen einiger weniger Artkombinationen beschränkt und kommen nur in südamerikanischen und südostasiatischen Regenwäldern vor. Während jedoch die südamerikanischen Parabiosen bereits untersucht wurden – wenn auch spärlich –, ist fast nichts über ihre südostasiatischen Pendants bekannt. Der Schwerpunkt meiner Doktorarbeit liegt auf südostasiatischen Parabiosen zwischen der myrmicinen Ameise Crematogaster modiglianii Emery 1900 und der deutlich größeren Formicine Camponotus rufifemur Emery 1900. Die beiden Arten nisten häufig gemeinsam in hohlen Bäumen im tropischen Tieflandregenwald Borneos. Die grundlegende Frage meiner Doktorarbeit ist, warum diese beiden Arten zusammenleben. Ich untersuchte sowohl proximate als auch ultimate Aspekte dieser Frage. Zu Vergleichszwecken führte ich Studien über eine trail sharing-Assoziation im selben Lebensraum durch. Auf proximater Ebene untersuchte ich, welche Mechanismen die Toleranz heterospezifischer Nestgenossinnen fördern. Im allgemeinen können Ameisen Nestgenossinnen von fremden Artgenossen mit Hilfe kutikulärer Kohlenwasserstoffen unterscheiden, die als Kolonie-Erkennungssignale dienen. Ich untersuchte Kolonieerkennung innerhalb und zwischen den beiden parabiotischen Arten. Mittels Gaschromatographie-Massenspektrometrie (GC-MS) analysierte ich daneben die kutikulären Substanzen beider Ameisenarten, um etwaige Unterschiede zu verwandten, nichtparabiotischen Arten zu finden, und um abzuschätzen, wie stark die Substanzen beider Arten sich überschneiden. Eine starke Überschneidung würde z.B. dafür sprechen, daß inter¬spezifische Toleranz durch chemische Mimikry verursacht wird. Außerdem untersuchte ich anhand von Biotests die Funktion zweier verschiedener kutikulärer Substanzklassen. Die interspezifische Toleranz zwischen den beiden parabiotischen Arten war artspezifisch, aber nicht koloniespezifisch. Ca. rufifemur tolerierte alle Cr. modiglianii-Arbeiterinnen, auch von fremden Kolonien, attackierte aber Arbeiterinnen anderer Crematogaster-Arten. Cr. modiglianii dagegen duldete Ca. rufifemur-Arbeiterinnen von bestimmten fremden Kolonien, attackierte jedoch diejenigen bestimmter anderer Kolonien. Wie chemische Analysen ergaben, kommt Ca. rufifemur in zwei sympatrischen, chemisch verschiedenen Morphen (‚rote’ und ‚schwarze’ Morphe) vor, die praktisch keine Kohlenwasserstoffe gemeinsam haben. Cr. modiglianii duldete nur diejenigen Ca. rufifemur-Arbeiterinnen, die zur gleichen Morphe gehörten wie ihr eigener Partner. Cr. modiglianii attackierte auch weitere, nichtparabiotische Camponotus-Arten. Gegenseitige interspezifische Toleranz war also auf die Arten Cr. modiglianii und Ca. rufifemur beschränkt. Ca. rufifemur duldete häufig koloniefremde Artgenossen derselben Morphe. Die kleineren Arbeiterinnenkasten wurden eher geduldet als große Arbeiterinnen (Soldaten), möglicher¬weise weil sie 2-3-fach kleinere Kohlenwasserstoffmengen pro Körperoberfläche besitzen als letztere. Im Gegensatz dazu attackierte Cr. modiglianii fast stets koloniefremde Artgenossen. Die Kohlenwasserstoffe beider Arten waren deutlich langkettiger als bei nichtparabiotischen Arten der gleichen Gattungen. Langkettige Kohlenwasserstoffe sind aufgrund ihrer geringeren Flüchtigkeit schwerer wahrzunehmen als kürzerkettige und fördern deshalb vermutlich interspezifische Toleranz. Auffällig war weiterhin, daß die kutikulären Kohlenwasserstoffe bei Ca. rufifemur zu bis zu 98% aus Methylalkenen bestanden, die als kutikuläre Substanzen bei Insekten höchst ungewöhnlich sind. Cr. modiglianii und Ca. rufifemur besaßen fast keine gemeinsamen Kohlenwasserstoffe, es lag also keine chemische Mimikry vor. Die einzigen gemeinsamen Kohlenwasserstoffe in größeren Mengen waren zwei Methylalkene, die bei der roten Ca. rufifemur-Morphe ca. 89% des Kohlenwasserstoffprofils ausmachten und auch bei den Cr. modiglianii-Kolonien vorkam, die mit dieser Morphe zusammenlebten. Vermutlich übernahmen diese Cr. modiglianii-Kolonien die beiden Substanzen von ihren roten Ca. rufifemur-Partnern. Cr. modiglianii-Arbeiterinnen waren signifikant weniger aggressiv gegenüber fremden Artgenossinnen, wenn diese mit derselben Ca. rufifemur-Morphe assoziiert waren wie sie selbst. Diese Art schien demnach die Kohlenwasserstoffe, die sie von ihrem Parabiosepartner übernommen hatte, als Erkennungssignale zu nutzen. Neben den Kohlenwasserstoffen kam auf der Kutikula beider Ameisenarten eine Reihe bisher unbekannter Stoffe vor. Die quantita¬tive Zusammen¬setzung dieser Substanzen variierte zwischen parabiotischen Nestern, ähnelte sich aber jeweils zwischen den beiden Arten eines Nests. Sie werden wahrscheinlich in der Dufourdrüse von Cr. modiglianii produziert und auf den Ca. rufifemur-Partner übertragen werden. Als mögliche Übertragungsmechanismen kommen interspezifische Trophallaxis sowie ‚Besteigeverhalten’ in Betracht, bei dem Cr. modiglianii auf Ca. rufifemur-Arbeiterinnen klettert, ohne von diesen vertrieben zu werden. Obwohl die Zusammensetzung der unbekannten Substanzen stark zwischen parabiotischen Nestern variierte, dienten sie – im Gegensatz zu den Kohlenwasserstoffen – nicht der Kolonieerkennung. Sie reduzierten jedoch signifikant die Aggressivität von Ca. rufifemur. Die ultimaten, also ökologischen und evolutionären Aspekte meiner Doktorarbeit beschäftigen sich mit potentiellen Kosten und Nutzen, die Cr. modiglianii und Ca. rufifemur aus ihrer parabiotischen Lebensweise ziehen könnten, mit ihren Interaktionen zu weiteren Arten sowie populationsgenetischen Analysen. Meine Untersuchungen zu einer trail sharing-Assoziation zwischen drei anderen Ameisenarten beschäftigen sich mit zwei Mechanismen, die trail sharing verursachen oder fördern könnten. Ob Parabiosen parasitisch, kommensalistisch oder mutualistisch sind, ist weitgehend unbekannt und hängt von den Kosten und Nutzen ab, die beiden Partnern durch die Parabiose entstehen. Ich untersuchte deshalb Nahrungskonkurrenz (als eine der wahrscheinlichsten Kosten), Nischendifferenzierung in bezug auf die Nahrungssuche (was die Konkurrenz verringern könnte), sowie mehrere etwaige Nutzen aus der parabiotischen Lebensweise. Darüber hinaus untersuchte ich Interaktionen zwischen den Ameisen und dem Hemiepiphyten Poikilospermum cordifolium. Die Nischen der beiden Arten in bezug auf Fouragierdistanz vom Nest, tageszeitliche Aktivitätsspanne und Nahrungspräferenzen. Keine der beiden Arten vertrieb die Partnerart gewaltsam von Ködern, so daß keine direkte Konkurrenz erkennbar war. Für beide Ameisenarten sind eine Reihe von Vorteilen aus der parabiotischen Lebensweise denkbar. Darunter fallen interspezifisches Spurfolgeverhalten, gemeinsame Nestverteidigung, Bereitstellung von Nistraum durch die Partnerart, Nahrungsaustausch mittels Trophallaxis und gegenseitige Brutfürsorge. Wenn eine Ameisenart der Pheromonspur einer anderen Art folgt, erreicht sie Nahrungsressourcen, die die andere Art gefunden hat. Wie durch künstliche Pheromonspuren gezeigt wurde, folgte Ca. rufifemur tatsächlich Spuren von Cr. modiglianii, jedoch nicht umgekehrt. Ca. rufifemur profitierte damit vom Wissen ihrer Partnerart über Nahrungsressourcen (informationaler Parasitismus). Cr. modiglianii wiederum schien von der Nestverteidigung durch Ca. rufifemur zu profitieren. Ca. rufifemur-Soldaten sind deutlich größer als Cr. modiglianii-Arbeiterinnen. Obwohl Cr. modiglianii oft ebenfalls effektiv das Nest verteidigte, erscheint es wahrscheinlich, daß diese Art einen Nutzen aus der Nestverteidigung durch Ca. rufifemur zieht. In neotropische Parabiosen (Ameisengärten) spielen mutualistische Epiphyten durch die Bereitstellung von Nistraum eine große Rolle. Die neotropische Camponotus-Art nützt ihrem Crematogaster-Partner, indem sie Epiphytensamen pflanzt, wozu Crematogaster zu klein ist. Die Parabiosen Borneos waren ebenfall oft von dem Hemiepiphyten Poikilospermum cordifolium (Barg.-Petr.) Merr (Cecropiaceae) besiedelt. Keimlinge und größere Individuen von P. cordifolium wuchsen häufig an parabiotischen Nesteingängen. P. cordifolium bietet jedoch keinen Nistraum und ist daher, abgesehen von der Bereitstellung nahrhafter Elaiosomen, Perianthe und extrafloralem Nektar, für die Ameisen von geringerer Bedeutung als die Epiphyten der Neotropen. Als Fazit erscheint die Parabiose für beide Ameisenarten vorteilhaft. Die wichtigsten Vorteile sind Nestverteidigung (für Cr. modiglianii) und interspezifisches Spurfolgen (für Ca. rufifemur). Allerdings scheint Ca. rufifemur stärker von seinem Partner abzuhängig zu sein als umgekehrt. Von beiden parabiotischen Arten analysierte ich mitochondriale DNA aus verschiedenen Regionen Borneos. Nach meinen Ergebnissen existieren vermutlich vier genetisch und chemisch verschiedene, aber nah miteinander verwandte Camponotus rufifemur-Morphen. Im Gegensatz dazu zeigte Crematogaster modiglianii hohe genetische Differenzierung zwischen entfernten Populationen, aber keine weitere Differenzierung in genetische oder chemische Morphen. Dieses Ergebnis spricht gegen eine morphen-spezifische Cocladogenese zwischen Cr. modiglianii und Ca. rufifemur, obwohl eine weniger spezifische Coevolution der beiden Arten sehr wahrscheinlich ist. In den Regenwäldern Borneos sind trail sharing-Assoziationen zwischen Polyrhachis (Polyrhachis) ypsilon Emery 1887 und Camponotus (Colobopsis) saundersi Emery 1889 weit verbreitet und schließen oft weitere Arten wie Dolichoderus cuspidatus Smith 1857 ein. Ich untersuchte eine trail sharing-Assoziation zwischen diesen drei Arten und erforschte zwei Mechanismen, die eine solche Assoziation eventuell fördern könnten: interspezifisches Spur-folgeverhalten und differentielle interspezifische Aggression. In Spurfolge¬versuchen folgte D. cuspidatus regelmäßig künstlichen Extraktpfaden der anderen beiden Arten. Auf diese Weise parasitierte D. cuspidatus wahrscheinlich auf deren Informationen über Nahrungsressourcen. Im Gegensatz dazu folgten nur wenige Arbeiterinnen von P. ypsilon und Ca. saundersi heterospezifischen Extraktpfaden. Die Assoziation zwischen P. ypsilon und Ca. saundersi kann folglich nicht dadurch erklärt werden, daß fouragierende Arbeiterinnen heterospezifischen Pheromonspuren folgen. In diesem Fall könnte trail sharing möglicherweise darauf beruhen, daß einige wenige scouts heterospezifischen Spuren folgen und anschließend ihre eigene Spur legen. Die interspezifische Aggression zwischen P. ypsilon, Ca. saundersi und D. cuspidatus war stark asymmetrisch, denn Ca. saundersi war gegenüber den anderen beiden Arten stark submissiv. Alle drei Arten unterschieden heterospezifische Arbeiterinnen von ihrem eigenen und einem fremden Standort. Es erscheint daher wahrscheinlich, daß die Arten eines trail sharing-Standorts sich aneinander gewöhnen. Differentielle Toleranz durch dominante Ameisenarten könnte zustande kommen, indem sich diese selektiv an bestimmte submissive Arten gewöhnen, sie dulden und auf diese Weise die Zusammensetzung von trail sharing-Assoziationen beeinflussen. KW - Ameisen KW - Mutualismus KW - Insekten KW - Symbiose KW - Borneo KW - Chemische Kommunikation KW - Interspezifische Assoziation KW - Kohlenwasserstoffe KW - Pheromone KW - Kolonieerkennung KW - Formicidae KW - Parabiose KW - Spurpheromone KW - interspecific association KW - hydrocarbons KW - pheromone KW - nestmate recognition KW - Formicidae KW - parabiosis KW - trail-sharing KW - trail pheromone Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-37251 ER - TY - THES A1 - Barth, Enrico T1 - Study of the properties of channel-forming proteins of the cell walls of different Corynebacteriae T1 - Untersuchung der Eigenschaften kanalbildender Proteine aus den Zellwänden verschiedener Corynebacteriae N2 - Die Gattung Corynebacterium gehört, neben Mycobacterium, Nocardia, Rhodococcus und weiteren nahverwandten Gattungen, dem unverwechselbaren, gattungsübergreifenden Taxon Mycolata an. Viele Spezies aus dieser heterogenen Gruppe Mycolsäure-haltiger Actinomyceten sind entweder aufgrund ihrer medizinischen oder ihrer biotechnologischen Bedeutung bekannt. Beispielsweise zählen Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Corynebacterium diphtheriae und Nocardia farcinica, welche weltweit Verursacher besonders gefährlicher bakterieller Infektionskrankheiten sind, zu dieser ungewöhnlichen Gruppe Gram-positiver Bakterien. Ebenso bedeutsam sind einige apathogene Mycolata-Arten, die industrielle Anwendung finden. Corynebacterium glutamicum und Corynebacterium efficiens sind leistungsfähige Bakterien, die zum Beispiel in der Produktion des Geschmacksverstärkers Glutamat und des Tierfuttermittelzusatzes Lysin eingesetzt werden, während verschiedene Rhodococcus Spezies Anwendung bei der Herstellung von Acrylsäuren finden. Die Zellwand der Mycolata zeigt, verglichen mit der klassischer Gram-positiver Bakterien, eine außergewöhnliche Zusammensetzung und Struktur auf. Abgesehen von einem Arabinogalactan-Peptidoglycan-Komplex enthält die Zellwand der meisten Actinomyceten einen hohen Anteil an Mycolsäuren. Diese langkettigen, verzweigten Fettsäuren formen eine, mit der äußeren Membran Gram-negativer Bakterien vergleichbare, stark undurchlässige, hydrophobe äußere Hülle, welche die Grundlage der außergewöhnlichen Medikamentenresistenz bei den Mycolata bildet. Wie die äußere Membran Gram-negativer Bakterien enthält die Zellwand der Mycolata porenformende Proteine, die den Durchlass hydrophiler Substanzen gestatten. Indem sie eine Verbindung zwischen dem Zellinneren und der Umwelt, in der das Bakterium lebt, schaffen und einen kontrollierten Austausch zwischen beiden ermöglichen, tragen die Kanalproteine entscheidend zur Funktion der bakteriellen Zellhülle bei. Das Ziel dieser Arbeit war das Wissen über Zellwandkanäle in Corynebakterien zu erweitern. Deshalb untersuchten wir PorA und PorH Proteine, die basierend auf früheren Studien Zellwandkanälen in C. glutamicum, C. efficiens und Corynebacterium callunae zugeordnet werden, um ungeklärten Fragen nachzugehen und um Wissen über deren Struktur zu erlangen. Ferner inspizierten wir Zellwände pathogener Corynebakterien, genauer gesagt von Corynebacterium diphtheriae und Corynebacterium jeikeium, um herauszufinden, ob diese Spezies wie ihre harmlosen Verwandten Kanalproteine besitzen. In dieser Arbeit wiesen wir mit C. diphtheriae und C. jeikeium in zwei weiteren Corynebacterium-Arten offene, mit Wasser gefüllte Zellwandkanäle nach. Des Weiteren stellten wir fest, dass sich die Zellwandkanäle von C. glutamicum, C. efficiens und C. diphtheriae aus zwei Proteinen zusammensetzen, einem zugehörig zu der Gruppe der PorH Proteine und einem weiteren aus der Gruppe der PorA Proteine. Diese heteromere Struktur von Zellwandkanälen bei Corynebakterien stellt ein Novum für Zellwandkanäle bei den Mycolata dar. Indessen besteht der Zellwandkanal von C. jeikeium aus nur einem Protein, CjPorA, angeordnet zu einem Oligomer. Obgleich das Molekulargewicht dieses Proteins (4 kDa) mit dem von PorH und PorA Proteinen vergleichbar ist (5-7 kDa), weißt seine Primärsequenz keine eindeutige Homologie zu diesen auf. Dennoch deutet vieles auf eine Verwandtschaft zwischen CjPorA und PorH/PorA Proteinen hin, da das Gen jk0268, welches für CjPorA kodiert, sich in einer Region des C. jeikeium Chromosoms befindet, die der Genomregion entspricht in welcher die porH/porA Gene der anderen Corynebakterien lokalisiert sind. Dies lässt vermuten, dass jk0268 (welches für den homomeren Zellwandkanal in C. jeikeium kodiert) und die porH/porA Gene von C. glutamicum, C. efficiens und C. diphtheriae (die einen heteromeren Zellwandkanal kodieren) wahrscheinlich Nachkommen eines gemeinsamen Vorläufergens sind. Phylogenetische Analysen der Gattung Corynebacterium unterstützen diese Annahme. Desweitern legen sie nahe, dass die hier untersuchten Zellwandkanäle innerhalb dieser Gattung wahrscheinlich weit verbreitet sind. Ein umfassendes Wissen über Zellwandkanäle, denen beim Transport gelöster Stoffe über die äußere Membran in Corynebakterien und anderen Mitgliedern der Mycolata eine entscheidende Rolle zukommt, könnte von großem wirtschaftlichem und medizinischem Nutzen sein. N2 - The genus Corynebacterium belongs, together with Mycobacterium, Nocardia, Rhodococcus and further closely related genera, to the distinctive suprageneric taxon mycolata. Many species within this diverse group of mycolic acid containing actinomycetes are known either because of their medical or biotechnological relevance. For instance, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Corynebacterium diphtheriae and Nocardia farcinica, causer of most dangerous bacterial infectious diseases world-wide, are among this exceptional group of Gram-positive bacteria. Likewise of importance are some harmless mycolata species which find use in industrial settings. Corynebacterium glutamicum and Corynebacterium efficiens are, e.g., potent producers of the flavour enhancer glutamate and the animal feed additive lysine, while several Rhodococcus species are applied in the production of acrylic acids. The cell wall of mycolata species, compared with that of Gram-positive bacteria, exhibits an unusual composition and organization. Besides an arabinogalactan-peptidoglycan complex, the cell walls of most actinomycetes contain large amounts of mycolic acids. Comparable to the outer membrane of Gram-negative bacteria, these long-chained branched fatty acids form a highly impermeable hydrophobic outer layer which provides the basis of the exceptional drug resistance of mycolata species. Like the outer membrane of Gram-negative bacteria, the cell wall of mycolata contains channel-forming proteins that allow the passage of hydrophilic solutes. By permitting and controlling the exchange and communication between the interior of the cell and the environment in which the bacterium lives, the channels play an important role for the function of the bacterial cell envelope. This thesis aimed to extend our knowledge about cell wall channels in corynebacteria. For this purpose, we examined PorA and PorH proteins that have been associated by previous studies with cell wall pores in C. glutamicum, C. efficiens and Corynebacterium callunae in order to resolve unanswered questions and to gain structural knowledge. We also investigated cell walls of pathogenic corynebacteria, in particular of Corynebacterium diphtheriae and Corynebacterium jeikeium, to investigate if these species possessed channels as is the case with their harmless relatives. In this work we provided evidence for the existence of large and water-filled cell wall channels in C. diphtheriae and C. jeikeium. Moreover, we demonstrated that the major cell wall channels of C. glutamicum, C. efficiens and C. diphtheriae consist of two distinctive polypeptides; one of whom belongs to the class of PorH proteins and the other to the class of PorA proteins. This heteromeric structure of channels of corynebacteria represents a novelty for channels of the mycolata. In contrast, the C. jeikeium channel is solely constituted by a single protein, CjPorA, arranged as an oligomer. Although the molecular mass of this protein (4kDa) is comparable to those of PorH and PorA proteins (5-7 kDa), it shares no distinctive homology in its primary sequence with them. However, there is evidence for relationship between CjPorA and PorH/PorA proteins because the gene jk0268, coding for CjPorA, is localized in a chromosomal region of C. jeikeium that corresponds to the genomic region containing the porH/porA genes in the other corynebacteria. This suggests that jk0268 (coding for the homomeric cell wall channel in C. jeikeium) and the porH/porA genes of C. glutamicum, C. efficiens and C. diphtheriae (coding for heteromeric cell wall channels) are presumably descendants of a common ancestor gene. This assumption gets support from data on phylogenetic analysis of the genus Corynebacterium. Moreover, these data suggest that the here investigated cell wall channels are presumably widespread within this genus. A profound knowledge of cell wall channels, building the main passage of solutes through the outer mycolate membrane in corynebacteria and other members of the mycolata, can be of great economical and medical value. KW - Zellwand KW - Corynebacterium KW - Corynebacterium callunae KW - Corynebacterium diphtheriae KW - Corynebacterium efficiens KW - Corynebacterium glutamicum KW - Porin KW - Corynebacterium jeikeium KW - C. jeikeium KW - C. glutamicum KW - C. efficiens KW - C. callunae KW - C. diphtheriae KW - Mykolsäuren KW - Lipid Bilayer Membran KW - Corynebacterium jeikeium KW - C. jeikeium KW - C. glutamicum KW - C. efficiens KW - C. callunae KW - C. diphtheriae KW - Mycolic acid KW - Lipid Bilayer Membrane KW - porin Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-36325 ER - TY - THES A1 - Michels, Birgit T1 - Towards localizing the Synapsin-dependent olfactory memory trace in the brain of larval Drosophila T1 - Lokalisierung einer Synapsinabhängigen Duft-Gedächtnisspur im Gehirn von Drosophila Larven N2 - Animals need to adapt and modify their behaviour according to a changing environment. In particular, the ability to learn about rewarding or punishing events is crucial for survival. One key process that underlies such learning are modifications of the synaptic connection between nerve cells. This Thesis is concerned with the genetic determinants of such plasticity, and with the site of these modifications along the sensory-to-motor loops in Drosophila olfactory learning. I contributed to the development and detailed parametric description of an olfactory associative learning paradigm in larval fruit flies (Chapter I.1.). The robustness of this learning assay, together with a set of transgenic Drosophila strains established during this Thesis, enabled me to study the role for Synapsin, a presynaptic phosphoprotein likely involved in synaptic plasticity, in this form of learning (Chapter I.2.), and to investigate the cellular site of the corresponding Synapsin-dependent memory trace (Chapter I.3.). These data provide the first comprehensive account to-date of the neurogenetic bases of learning in larval Drosophila. The role for Synapsin was also analyzed with regard to pain-relief learning in adult fruit flies (Chapter II.1.); that is, if an odour precedes an electric shock during training, flies subsequently avoid that odour (‘punishment learning’), whereas presentation of the odour upon the cessation of shock subsequently leads to approach towards the odour (‘relief larning’). Such pain-relief learning was also the central topic of a study concerning the white gene (Chapter II.2.), which as we report does affect pain-relief as well as punishment learning in adult flies, but leaves larval odour-food learning unaffected. These studies regarding pain-relief learning provide the very first hints, in any experimental system, concerning the genetic determinants of this form of learning. N2 - Tiere müssen sich den wechselnden Umweltbedingungen anpassen und ihr Verhalten dementsprechend ändern. Insbesondere ist die Fähigkeit bestrafende und belohnende Ereignisse zu lernen wesentlich für das Überleben. Ein Schlüssel-Prozess, der solchem Lernen unterliegt, sind Veränderungen in der synaptischen Verbindung zwischen Nervenzellen. Diese Arbeit beschäftigt sich mit den genetischen Bestimmungsgrößen solcher Plastizität und mit dem Ort an, dem diese Veränderungen entlang der sensorisch-motorischen Nervenbahn des olfaktorischen Lernens in Drosophila stattfinden. Ich habe an der Planung und der Festlegung der Parameter eines olfaktorischen assoziativen Lernparadigmas von Drosophila Larven mitgewirkt (Kapitel I.1.). Die Robustheit dieses Lernparadigmas, zusammen mit einer Anzahl an genetisch veränderten Drosophila Stämmen, die ich während dieser Arbeit entwickelt habe, ermöglichte es mir, die Rolle des Synapsins zu untersuchen. Synapsin ist ein präsynaptisches Phosphoprotein und wahrscheinlich an synaptischer Plastizität beteiligt, welche bei dieser Art von Lernen eine Rolle spielt (Kapitel I.2.). Außerdem ermöglichte es mir den zellulären Ort der Synapsinabhängigen Gedächtnisspur zu untersuchen (Kapitel I.3.) Diese Daten liefern den ersten umfassenden Wissensstand über neuro-genetische Grundlagen des larvalen Lernens. Die Rolle des Synapsin wurde auch im „Erleichterungslernen“ in adulten Fliegen analysiert (Kapitel II.1.). Wenn während des Trainings ein Duft einem elektrischem Schock vorausgeht, vermeiden Fliegen danach diesen Duft („Beschtrafungslernen“), wohingegen die Verabreichung des Duftes nach dem Ende des Schocks anschließend zu einer Annäherung in Richtung Duft führt („Erleichterungslernen“). Solches „Erleichterungslernen“ war auch der Schwerpunkt einer Reihe von Experimenten, die sich mit dem „White“-Gen beschäftigten (Kapitel II.2.). Wie gezeigt beeinflusst dieses Gen sowohl das „Erleichterungs“- als auch das „Bestrafungs“- Lernen in adulten Fliegen; jedoch hat es keine Auswirkungen auf das Duft-Futter-Lernen in Larven. Diese Experimente, die sich mit „Erleichterungslernen“ beschäftigen, liefern die neuesten Hinweise in Systemen, die sich mit den genetischen Bestimmungsgrößen dieser Form von Lernen beschäftigen. KW - Taufliege KW - olfaktorisches Lernen KW - Synapsin KW - Larve KW - drosophila larva KW - olfactory learning KW - Synapsin Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-36338 ER - TY - THES A1 - Braasch, Ingo T1 - Evolution by genome duplication: insights from vertebrate neural crest signaling and pigmentation pathways in teleost fishes T1 - Evolution durch Genomverdoppelung: Erkenntnisse aus Analysen der Signalwege in der Neuralleiste der Vertebraten und in den Pigmentzellen im Fisch N2 - Gene and genome duplications are major mechanisms of eukaryotic genome evolution. Three rounds of genome duplication have occurred in the vertebrate lineage, two rounds (1R, 2R) during early vertebrate evolution and a third round, the fish-specific genome duplication (FSGD), in ray-finned fishes at the base of the teleost lineage. Whole genome duplications (WGDs) are considered to facilitate speciation processes and to provide the genetic raw material for major evolutionary transitions and increases in morphological complexity. In the present study, I have used comparative genomic approaches combining molecular phylogenetic reconstructions, synteny analyses as well as gene function studies (expression analyses and knockdown experiments) to investigate the evolutionary consequences and significance of the three vertebrate WGDs. First, the evolutionary history of the endothelin signaling system consisting of endothelin ligands and receptors was reconstructed. The endothelin system is a key component for the development of a major vertebrate innovation, the neural crest. This analysis shows that the endothelin system emerged in an ancestor of the vertebrate lineage and that its members in extant vertebrate genomes are derived from the vertebrate WGDs. Each round of WGD was followed by co-evolution of the expanding endothelin ligand and receptor repertoires. This supports the importance of genome duplications for the origin and diversification of the neural crest, but also underlines a major role for the co-option of new genes into the neural crest regulatory network. Next, I have studied the impact of the FSGD on the evolution of teleost pigment cell development and differentiation. The investigation of 128 genes showed that pigmentation genes have been preferentially retained in duplicate after the FSGD so that extant teleost genomes contain around 30% more putative pigmentation genes than tetrapods. Large parts of pigment cell regulatory pathways are present in duplicate being potentially involved in teleost pigmentary innovations. There are also important differences in the retention of duplicated pigmentation genes among divergent teleost lineages. Functional studies of pigment synthesis enzymes in zebrafish and medaka, particularly of the tyrosinase family, revealed lineage-specific functional evolution of duplicated pigmentation genes in teleosts, but also pointed to anciently conserved gene functions in vertebrates. These results suggest that the FSGD has facilitated the evolution of the teleost pigmentary system, which is the most complex and diverse among vertebrates. In conclusion, the present study supports a major role of WGDs for phenotypic evolution and biodiversity in vertebrates, particularly in fish. N2 - Gen- und Genomverdopplungen sind wichtige Mechanismen der Genomevolution in Eukaryonten. Im Verlauf der Evolution der Wirbeltiere gab es drei wichtige Genomduplikationen. Zwei Genomverdopplungen (1R, 2R) fanden während der sehr frühen Vertebratenevolution statt. In der Linie der Fische kam es an der Basis der Teleostier zu einer weiteren, fischspezifischen Genomduplikation (FSGD). Man nimmt an, dass Genomduplizierungen Artbildungsprozesse begünstigen und dass sie zusätzliches genetisches Material für wichtige evolutionäre Übergänge und für die Steigerung morphologischer Komplexität erzeugen. In der vorliegenden Arbeit wurden Methoden der vergleichenden und funktionellen Genomik gewählt, um die Auswirkungen und die Bedeutung der drei Genomverdopplungen bei Vertebraten zu untersuchen. Dazu wurden molekularphylogenetische Stammbaumanalysen und Synteniedaten mit Genexpressionsstudien und Knockdown-Experimenten kombiniert. Zunächst wurde die Evolution des Endothelin-Signalsystems rekonstruiert. Dieses besteht aus Endothelin-Liganden und -Rezeptoren und hat eine Schlüsselrolle in die Entwicklung der Neuralleiste. Die Neuralleiste und die von ihr abgeleiteten Zelltypen sind wirbeltierspezifische Innovationen. Die Analyse zeigt, dass das Endothelin-System in einem gemeinsamen Vorfahren der Vertebraten entstanden ist. Die in den Genomen rezenter Vertebraten vorkommenden Komponenten des Endothelin-Systems sind durch die drei Genomverdoppelungen entstanden. Nach jeder der Duplizierungen kam es zur Ko-Evolution der Liganden- und Rezeptorenfamilien. Die Evolution des Endothelin-System unterstreicht daher die Bedeutung der Genomduplizierungen für den Ursprung und die Diversifizierung der Neuralleiste. Sie weist aber auch auf eine wichtige Rolle für die Integrierung neuer Gene in das regulatorische Netzwerk der Neuralleiste hin. Im Weiteren wurde der Einfluss der FSGD auf die Evolution der Pigmentzellentwicklung und differenzierung in Teleostiern untersucht. Die evolutionäre Analyse von 128 Genen zeigte, dass Pigmentierungsgene nach der FSGD bevorzugt in zwei Kopien erhalten geblieben sind. Daher besitzen rezente Teleostier im Vergleich zu Landwirbeltieren zusätzlich ca. 30% mehr Gene mit potentiellen Funktionen für die Pigmentierung. Große Teile der regulatorischen Signalwege in den Pigmentzellen liegen daher als zwei Kopien vor. Diese waren möglicherweise an der Evolution von Innovationen in der Körperfärbung von Teleostiern beteiligt. In der vorliegenden Arbeit wurden auch wichtige Unterschiede zwischen verschiedenen Fischgruppen im Erhalt duplizierter Pigmentierungsgene gefunden. Funktionelle Studien bei Zebrafish und bei Medaka an Enzymen der Pigmentsynthese, insbesondere der Tyrosinase-Familie, gaben Hinweise darauf, dass die funktionelle Evolution duplizierter Pigmentierungsgene in Fischen linienspezifisch verlaufen kann. Die Studien ergaben außerdem, dass bestimmte Funktionen der Pigmentsyntheseenzyme innerhalb der Vertebraten konserviert sind. Die Evolution des Pigmentierungssystems der Fische, welches das vielfältigste und komplexeste innerhalb der Wirbeltiere ist, wurde somit maßgeblich durch die FSGD beeinflusst. Zusammenfassend weisen die Ergebnisse der vorliegenden Arbeit darauf hin, dass die Verdopplung ganzer Genome ein wichtiger Mechanismus der phänotypische Evolution bei Vertebraten ist und damit in besonderem Maße zur ihrer Biodiversität beiträgt. KW - Molekulare Evolution KW - Fische KW - Entwicklungsbiologie KW - Evolutionsbiologie KW - Genanalyse KW - Pigmentierung KW - Melanin KW - Vertebrat KW - Neuralleiste KW - Gen-/Genomverdoppelung KW - gene/genome duplication KW - fish KW - vertebrate KW - neural crest KW - pigmentation Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-35702 ER - TY - JOUR A1 - Argos, P. A1 - Dandekar, Thomas T1 - Delineating the main chain topology of four-helix bundle proteins using the genetic algorithm and knowledge based on the amino acid sequence alone N2 - No abstract available KW - Proteine KW - Strukturanalyse KW - Abstandsmessung Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33807 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Olbers' Paradox (peer-reviewed scientific correspondence) N2 - No abstract available Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-31672 ER - TY - INPR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Why are nature´s constants so fine-tuned? The case for an escalating complex universe N2 - Why is our universe so fine-tuned? In this preprint we discuss that this is not a strange accident but that fine-tuned universes can be considered to be exceedingly large if one counts the number of observable different states (i.e. one aspect of the more general preprint http://www.opus-bayern.de/uni-wuerzburg/volltexte/2009/3353/). Looking at parameter variation for the same set of physical laws simple and complex processes (including life) and worlds in a multiverse are compared in simple examples. Next the anthropocentric principle is extended as many conditions which are generally interpreted anthropocentric only ensure a large space of different system states. In particular, the observed over-tuning beyond the level for our existence is explainable by these system considerations. More formally, the state space for different systems becomes measurable and comparable looking at their output behaviour. We show that highly interacting processes are more complex then Chaitin complexity, the latter denotes processes not compressible by shorter descriptions (Kolomogorov complexity). The complexity considerations help to better study and compare different processes (programs, living cells, environments and worlds) including dynamic behaviour and can be used for model selection in theoretical physics. Moreover, the large size (in terms of different states) of a world allowing complex processes including life can in a model calculation be determined applying discrete histories from quantum spin-loop theory. Nevertheless there remains a lot to be done - hopefully the preprint stimulates further efforts in this area. N2 - Dieses Preprint vertieft einen Aspekt des preprints http://www.opus-bayern.de/uni-wuerzburg/volltexte/2009/3353/, nämlich die Balance zwischen den Konstanten für unsere Naturgesetze. Die Frage nach einer solchen Balance entsteht nur, wenn man sich ein Multiversum mit vielen Alternativen Universen mit anderen Gewichten für die Naturkonstanten vorstellt und dann feststellt, dass diese gerade in unserem Universum optimal für Leben und überhaupt für komplexe, selbst organisierende Strukturen eingestellt sind (sogenanntes fine-tuning). Dies wird häufig mit dem anthropozentrischen Prinzip erklärt. Dies erklärt aber beispielsweise nicht, warum denn dieses fine-tuning noch deutlich feiner und genauer eingestellt ist, als für die Existenz eines Beobachters nötig ist. Wir zeigen dagegen, dass unser Universum besonders komplex ist und einen sehr großen Zustandsraum hat und Bedingungen, die eine hohe Komplexität erlauben, auch einen Beobachter und komplexe Prozesse wie Leben ermöglichen. Allgemein nimmt ein besonders komplexer Zustandsraum den Löwenanteil aller Alternativen ein. Unsere Komplexitätsbetrachtung kann auf verschiedenste Prozesse (Welten, Umwelten, lebende Zellen, Computerprogramme) angewandt werden, hilft bei der Modellauswahl in der theoretischen Physik (Beispiele werden gezeigt) und kann auch direkt ausgerechnet werden, dies wird für eine Modellrechnung zur Quantenschleifentheorie durchgeführt. Dennoch bleibt hier noch viel weitere Arbeit zu leisten, das Preprint kann hier nur einen Anstoß liefern. KW - Natur KW - Naturgesetz KW - Beobachter KW - Kolmogorov-Komplexität KW - Berechnungskomplexität KW - Fundamentalkonstante KW - Nature constants KW - complexity KW - observer KW - fine-tuning KW - multiverse Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-34488 ER - TY - JOUR A1 - Kleinschmidt, Jürgen A. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Bustin, Michael A1 - Franke, Werner W. T1 - High mobility group proteins of amphibian oocytes: a large storage pool of a soluble high mobility group-1-like protein and involvement in transcriptional events N2 - No abstract available Y1 - 1983 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33250 ER - TY - INPR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Some general system properties of a living observer and the environment he explores N2 - In a nice assay published in Nature in 1993 the physicist Richard God III started from a human observer and made a number of witty conclusions about our future prospects giving estimates for the existence of the Berlin Wall, the human race and all the rest of the universe. In the same spirit, we derive implications for "the meaning of life, the universe and all the rest" from few principles. Adams´ absurd answer "42" tells the lesson "garbage in / garbage out" - or suggests that the question is non calculable. We show that experience of "meaning" and to decide fundamental questions which can not be decided by formal systems imply central properties of life: Ever higher levels of internal representation of the world and an escalating tendency to become more complex. An observer, "collecting observations" and three measures for complexity are examined. A theory on living systems is derived focussing on their internal representation of information. Living systems are more complex than Kolmogorov complexity ("life is NOT simple") and overcome decision limits (Gödel theorem) for formal systems as illustrated for cell cycle. Only a world with very fine tuned environments allows life. Such a world is itself rather complex and hence excessive large in its space of different states – a living observer has thus a high probability to reside in a complex and fine tuned universe. N2 - Dieser Aufsatz ist ein Preprint und Discussion Paper und versucht - ähnlich wie ein hervorragendes Beispiel eines Physikers, Richard God III (1993 in Nature veröffentlicht) mit einfachen Grundannahmen sehr generelle Prinzipien für uns abzuleiten. In meinem Aufsatz sind das insbesondere Prinzipien für Beobachten, für die Existenz eines Beobachters und sogar für die Existenz unserer komplexen Welt, die Fortentwicklung von Leben, die Entstehung von Bedeutung und das menschliche Entscheiden von Grundlagenfragen. Aufs erste kann so ein weitgehendes Anliegen nicht wirklich vollständig und akkurat gelingen, der Aufsatz möchte deshalb auch nur eine amüsante Spekulation sein, exakte (und bescheidenere) Teilaussagen werden aber später dann auch nach peer Review veröffentlicht werden. KW - Komplex KW - Entscheidung KW - Natürliche Auslese KW - Evolution KW - Bedeutung KW - Komplexität KW - Gödel KW - Entscheidungen KW - complexity KW - decision KW - evolution KW - selection KW - meaning Y1 - 2007 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-33537 ER - TY - JOUR A1 - Grafe, T. Ulmar A1 - Schmuck, Richard A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Reproductive energetics of the African Reed Frogs, Hyperolius viridiflavus and Hyperolius marmoratus N2 - No abstract available Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-31187 ER - TY - JOUR A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Biologische Vielfalt und ökologische Stabilität N2 - No abstract available Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-31157 ER - TY - JOUR A1 - Kobelt, Frank A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Adaptations of the reed frog Hyperolius viridiflavus to its arid environment. I. The skin of Hyperolius viridiflavus nitidulus in wet and dry season conditions. N2 - Hyperolius viridiflavus nitidulus inhabits parts of the seasonally very hot and dry West African savanna. During the long lasting dry season, the small frog is sitting unhidden on mostly dry plants and has to deal with high solar radiation load (SRL), evaporative water loss (EWL) and small energy reserves. It seems to be very badly equipped to survive such harsh climatic conditions (unfavorable surface to volume ratio, very limited capacity to störe energy and water). Therefore, it must have developed extraordinary efficient mechanisms to solve the mentioned Problems. Some of these mechanisms are to be looked for within the skin of the animal (e.g. protection against fast desiccation, deleterious effects of UV radiation and over-heating). The morphology of the wet season skin is, in most aspects, that of a "normal" anuran skin. It differs in the Organization of the processes of the melanophores and in the arrangement of the chromatophores in the Stratum spongiosum, forming no "Dermal Chromatophore Unit". During the adaptation to dry season conditions the number of iridophores in dorsal and ventral skin is increased 4-6 times compared to wet season skin. This increase is accompanied by a very conspicuous change of the wet season color pattern. Now, at air temperatures below 35° C the color becomes brownish white or grey and changes to a brilliant white at air temperatures near and over 40° C. Thus, in dry season State the frog retains its ability for rapid color change. In wet season State the platelets of the iridophores are irregularly distributed. In dry season State many platelets become arranged almost parallel to the surface. These purine crystals probably act as quarter-wave-length interference reflectors, reducing SRL by reflecting a considerable amount of the radiated energy input. EWL is as low as that of much larger xeric reptilians. The impermeability of the skin seems to be the result of several mechanisms (ground substance, iridophores, lipids, mucus) supplementing each other. The light red skin at the pelvic region and inner sides of the limbs is specialized for rapid uptake of water allowing the frog to replenish the unavoidable EWL by using single drops of dew or rain, available for only very short periods. Y1 - 1986 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30551 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Franke, Werner W. T1 - Regulation of transcription of genes of ribosomal RNA during amphibian oogenesis: a biochemical and morphological study N2 - Natural changes in the transcription of rRNA genes were studied in nucleoli from three oogenic stages of the newt Triturus alpestris with electron microscope, autoradiographic, and biochemical techniques. From determinations of the uridine triphosphate pool sizes and [3H]uridine uptake, phosphorylation, and incorporation into 28S and 18S rRNAs in vivo it was estimated that the rate of rRNA synthesis was about 0.01% in previtellogenic oocytes and 13% in mature oocytes when compared to midvitellogenesis. Spread preparations of nucleoli showed significant morphological changes in the transcriptional complexes. The total number of lateral fibrils, i.e., ribonucleoproteins containing the nascent rRNA precursor, were drastically decreased in stages of reduced synthetic activity. This indicates that rRNA synthesis is regulated primarily at the level of transcription. The resulting patterns of fibril coverage of the nucleolar chromatin axes revealed a marked heterogeneity. On the same nucleolar axis occurred matrix units that were completely devoid of lateral fibrils, matrix units that were almost fully covered with lateral fibrils, and various forms of matrix units with a range of lateral fibril densities intermediate between the two extremes. Granular particles that were tentatively identified as RNA polymerase molecules were not restricted to the transcription l complexes. They were observed, although less regularly and separated by greater distances, in untranscribed spacer regions as well as in untranscribed gene intercepts. The results show that the pattern of transcriptional control of rRNA genes differs widely in different genes, even in the same genetic unit. Y1 - 1976 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32814 ER - TY - JOUR A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Loos, Karin A1 - Merkert, Hilde A1 - Scheer, Ulrich T1 - Spontaneous assembly of pore complex-containing membranes ("Annulate lamellae") in Xenopus egg extract in the absence of chromatin N2 - No abstract available Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32797 ER - TY - JOUR A1 - Wilken, Norbert A1 - Kossner, Ursula A1 - Senécal, Jean-Luc A1 - Scheer, Ulrich A1 - Dabauvalle, Marie-Christine T1 - Nup180, a novel nuclear pore complex protein localizing to the cytoplasmic ring and associated fibrils N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32049 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich T1 - The ultrastructure of the nuclear envelope of amphibian oocytes: a reinvestigation. III. Actinomycin D-induced decrease in central granules within the pores. N2 - No abstract available Y1 - 1970 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32110 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Fritsch, Hansjörg T1 - Intranuclear and cytoplasmic annulate lamellae in plant cells N2 - No abstract available Y1 - 1972 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32148 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Kartenbeck, Jürgen A1 - Zentgraf, Hanswalter A1 - Scheer, Ulrich A1 - Falk, Heinz T1 - Membrane-to-membrane cross-bridges. A means to orientation and interaction of membrane faces N2 - No abstract available Y1 - 1971 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32122 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. A1 - Trendelenburg, Michael F. T1 - Effects of actinomycin D on the association of newly formed ribonucleoproteins with the cistrons of ribosomal RNA in Triturus oocytes N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32383 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Spring, Herbert A1 - Scheer, Ulrich A1 - Zerban, Heide T1 - Growth of the nuclear envelope in the vegetative phase of the green alga Acetabularia. Evidence for assembly from membrane components synthesized in the cytoplasm. N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32403 ER - TY - THES A1 - Li, Naixin T1 - Dorso-ventral Differentiation and Specification of the Mesencephalon in Early Chick Embryos T1 - Die dorsoventrale Differenzierung und Spezifikation des frühen embryonalen Hühnermittelhirn N2 - The chick midbrain is subdivided into functionally distinct ventral and dorsal domains, tegmentum and optic tectum. In the mature tectum, neurons are organized in layers, while they form discrete nuclei in the tegmentum. An interesting characteristic of the embryonic brain is the development of a large optic tectum, of which the growth becomes obvious at embryonic day 3 (E3). Dorsoventral (DV) specification of the early midbrain should thus play a crucial role for the organization of the neuronal circuitry in optic tectum and tegmentum. In the first part of my thesis, I investigated regional commitment and establishment of cellular differences along the midbrain DV axis. I examined the commitment of gene expression patterns in isolated ventral and dorsal tissue in vivo and in vitro, and studied their cell mixing properties. Explant cultures, and grafting of dorsal midbrain into a ventral environment or vice versa, revealed a gradual increase in the autonomy of region-specific gene regulation between, which was accompanied by a gradual increase in differential adhesive properties from E2 to E3, once the DV axis polarity was fixed. These events happened at a time-point when the majority of midbrain cells are not yet differentiated. Long-term transplantation (6 - 9 days) using quail cells from ventral midbrain as grafts showed the same result. Hence, the results suggest that progressive specification of the midbrain DV axis is accompanied by progressively reduced cell mixing between dorsal and ventral precursors, leading to a partial regionalization of midbrain tissue into autonomous units of precursor cell populations. In the second part I investigated the genes that might be involved in regulating the growth of the tectum. In particular, I focused on the role of Pax7 transcription factor, a paired domain protein. The results suggested that Pax7 was involved in regulating the medial-lateral extension of the tectum. Over expression of Pax7 in dorsal midbrain led to an enlarged tectum accompanied by a raise in cell division, while Pax7 knockdown by shrank caused a reduction in tectum. The overall pattern of neuronal differentiation was not disturbed by an up or down regulation of Pax7. Pax7 also positively regulated Pax3, another pair-ruled gene expressed dorsally. These results suggest that Pax7 very likely together with Pax3 could facilitate or maintain neural cell proliferation in the midbrain at early stages and that a regulation of the size in that region does not influence the neuronal patterning of the developmental field. I further checked the expression and function of a GFPase Rab 23, that was suggested to be involved in the DV patterning in mouse neural tube as a negative regulator of Shh signaling. Overexpression of Rab23 indicated that it facilitated the expression of Pax7 and Pax3 in the neural tube and suppressed ventral genes like Nkx6.1 cell autonomously, however, it did not disturb neuronal patterning. Interestingly, a thorough expression study of Rab 23 during chick early development revealed that Rab23 is already expressed very early and asymmetrically during gastrulation, suggesting a possible role of Rab23 on the left-right determination of Hensen’s node. In combination with the result that Rab23 is expressed in the notochord early in development, I assume that both Rab23 and Shh exist in all neural progenitor cells initially, and when their expression patterns separate gradually the neural cells adopt a ventral or dorsal fate according to their location along the dorsoventral axis. The avian embryo is a classic system used widely to investigate questions of vertebrate development. The easy and cheap accessibility of the embryo for in ovo or ex ovo experiments all around the year make it an ideal animal model to work with. The only recently developed method of over expressing genes in specific cells or regions in the chick embryo by electroporation enabled me to study different ways of gene suppression using this way of gene transfection. Thus, I compared the effect of long-hairpin and short hairpin dsRNA in different vectors and antisense morpholino oligonucleotides. The results revealed that all hairpin dsRNA constructs did reduce gene and protein expression often accompanied by morphological changes. Most efficiently were shRNAi constructs cloned into a siRNA-specific vector – pSilencer 1.0-U6. Gene silencing was already well observed 36 hours after transfection. In comparison antisense morpholino oligonucleotides did not show such big gene reduction as the shRNA in pSilencer. Taken together, this methodical research proposes that the shRNA in the pSilencer vector was a good and effective tool to reduce gene and protein expression locally. N2 - Das Mittelhirn des Huhns wird in funktionel unterschiedliche, ventrale und dorsale Regionen eingeteilt, nämlich das Tegmentum ventral und das optisches Tectum dorsal. Im vollentwickelten Tectum bilden Nervenzellen Schichten, während das Tegmentum aus unterschiedlichen Nuclei besteht. Ein charakteristisches Merkmal des embryonalen Gehirns ist die Entwicklung eines großen optischen Techtums, die am dritten embryonalen Tag (E3) sehr deutlich zu beobachten ist. Diese unterschiedliche funktionelle und morphologische Entwicklung des Mittelhirns deutet daraufhin, das die dorsoventrale Spezifikation des frühen Mittelhirns für der Organisation neuronaler Netzwerke im optischen Tectum und Tegmentum eine kritische Rolle spielt. Im ersten Teil dieser Doktorarbeit wurde die regionale Bestimmung und Bildung zellulärer Unterschiede entlang der DV Achse des Mittelhirns untersucht. Dafür bestimmte ich den Zeitpunkt, an dem spezifische ventrale und dorsale Genexpressionsmuster festgelegt werden in isoliertem ventralen und dorsalen Gewebe in vivo and in vitro. Desweiteren untersuchte ich die Entwicklung unterschiedlicher adhäsiver Eigenschaften von ventralen und dorsalen Zellen in vitro. Explantatkulturen und Transplantationen von dorsalem Mittelhirn in eine ventrale Umgebung oder vice versa liessen eine schrittweise Zunahme der Autonomie der region-spezifischen Genregulation erkennen. Dies wurde von einer schrittweisen Zunahme des differentialen Adhäsionsverhaltens von ventralen und dorsalen Mittelhirnzellen von E2 zu E3 begleitet, der Zeitspanne, in der die Polarität der DV Achse festgelegt wurde. Diese Entwicklungsprozesse fanden u einem Zeitpunkt statt, an dem die meisten Zellen des Mittelhirns noch nicht differenziert hatten. Transplantationen,. von ventralen Mittelhirnzellen der Wachtel ins dorsale Hühnertecctum, die erst nach mehreren Tagen (6 - 9 Tage) untersucht wurden, zeigten das gleiche Ergebnis. Diese Ergebnisse lassen schliessen, dass eine partielle Regionalisierung des Mittelhirns in autonome Einheiten von Vorläuferzellen der dorsoventralen Achse stattfindet. Dies erlaubt den Zellen eine Positionsidentität zu bewahren – unhabhängig von der wachsenden Distanz zu Signalzentren. Im zweiten Teil meiner Arbeit untersuchte ich Gene, die das Wachstum und die spezifische Entwicklung des Tectums regulieren könnten. Die Arbeit konzentrierte sich speziell auf die Rolle von Pax7, ein Mitglied der sogenannten ‚pair-ruled’ Familie von Transkriptionsfaktoren, und auf die Rolle von Rab23, einer GTPase, die den Shh-Signalweg im dorsalen Neuralrohr inhibiert. Dieser Versuch zeigte, dass Pax7 an der Regulation der medio-lateral Ausdehnung des Tectums beteiligt ist. Überexpression von Pax7 im dorsalen Mittelhirn führte zu einer Vergrößerung des Tectums, die von einer Zunahme der Zellteilung begleitet wurde, während Knockdown von Pax7 eine Größereduktion des Tectums verursachte. Das neuronale Differenzierungsmuster im generellen wurde nicht von der Überexpression oder Repression von Pax7 gestört. Pax7 induzierte ausserdem Pax3, ein Mitglied derselben Familie, das ebenfalls dorsal exprimiert wird und unterdrückte ventrale Gene wie Nkx6.1. Diese Ergebnisse lassen vermuten, dass Pax7, sehr wahrscheinlich zusammen mit Pax3, die neural Zellproliferation im Mittelhirn in frühen Entwicklungsstadien fördert oder auf einem konstanten Level hält und dass die Muster der neuronalen Entwicklung nicht durch der Regulation der Größe dieser Region beeinflusst wird. Außerdem förderte Rab 23, das sehr wahrscheinlich ein negativer Regulator von Shh ist, die Expression von Pax7 und Pax3 im ventralen Mittelhirn und unterdrückte ventrale Gene wie Nkx6.1. Die Überexpression von Rab 23 beeinflusste auch nicht das neuronale Differenzierungsmusterung. Interessanterweise zeigte eine genaue Analyse der Expression von Rab 23 während der frühen Entwicklungsstadien des Huhns, dass Rab 23 bereits sehr früh und asymmetrisch während der Gastrulation exprimiert wurde. Dies deutet auf eine mögliche Rolle von Rab 23 für die links-rechts Determination des Hensen´s node an. Betrachtet man diese Ergebnisse zusammen, dann könnte man zu fogender Schlussfolgerung kommen, nämlich, dass sowohl Rab 23 als auch Shh früh in allen neural Progenitorzellen existieren, und dass die neuralen Zellen jeweils nach ihrer Lage entlang der dorsoventral Achse ein ventrales oder dorsales Schicksal annehmen, wenn das sich die Expressionsmuster von Rab 23 und Shh allmänlich trennen. Der Vogelembryo ist ein klassisches und häufig benutztes System, um die Entwicklung der Vertebraten zu untersuchen. Die einfache und preiswerte Zugänglichkeit des Embryos für in ovo oder ex ovo Experiment das ganze Jahr über machen ihn zu einem idealen Tiermodell. Die in den letzten Jahren entwickelte Methode der Elektroporation eines Embryos zum Gentransfer in die Zellen, ermöglichte es mir unterschiedliche Weisen der Genunterdrückung in embryonalem Gewebe zu testen und zu vergleichen.Ich verglich in dieser Untersuchung die Wirkung von langen und kurzen Haarnadel-RNAs (hairpin RNA) in verschieden Vektoren mit der Wirkung von Antisense-morpholino-Oligonucleotiden verglichen. Die Ergebnisse zeigten, dass alle Haarnadel-dsRNA-Konstruktionen die Gen- und Proteinexpression reduzierten, wobei es häufig zu einer morphologischen Veränderung kam. Die kurze shRNAi-Konstruktionen, die in einen siRNA-spezifischen Vektor – pSilencer 1.0-U6 - geklont wurden war, zeigte sich dabei am effizientesten.. Die Herunterregulierung der Gene wurde bereits 36 Stunden nach der Transfektion beobachtet. Im Gegensatz dazu, zeigten die Antisense-Morpholino-Oligonucleotiden keine solche starke Reduktion wie das shRNA in pSilencer. Zusammenfassend zeigt diese methodische Untersuchung, dass die shRNA im pSilencer-Vektor ein gutes und effektives Werkzeug ist, um Gen- und Proteinexpression örtlich zu reduzieren. KW - Differenzierung KW - Embryo KW - Genexpression KW - Mittelhirn KW - Spezifikation KW - Dorso-ventral Patterning KW - Mesencephalon KW - Morpholino KW - Neuronal Proliferation KW - Pax3 KW - Pax7 KW - Rab23 KW - Shh KW - siRNA KW - Transplantation Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32950 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Spring, Herbert T1 - Classification of loops of lampbrush chromosomes according to the arrangement of transcriptional complexes N2 - The arrangement of transcriptional units in the loops of lampbrush chromosomes from oocyte nuclei of urodele amphibia and from primary nuclei of the green alga Acetabularia have been studied in the electron microscope using spread preparations. Loops with different patterns of arrangement of matrix units (i.e. to a first approximation, transcriptional units) can be distinguished: (i) loops consisting of one active transcriptional unit; (ii) loops containing one active transcriptional unit plus additional fibril-free, i.e. apparently untranscribed, intercepts that may include 'spacer' regions; (iii) loops containing two or more transcriptional units arranged in identical or changing polarities, with or without interspersed apparent spacer regions. Morphological details of the transcriptional complexes are described. The observations are not compatible with the concept that one loop reflects one and only one transcriptional unit but, rather, lead to a classification of loop types according to the arrangement of their transcriptional units. We propose that the lampbrush chromosome loop can represent a unit for the coordinate transcription of either one gene or a set of several (different) genes. Y1 - 1976 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32822 ER - TY - THES A1 - Le, Thu Ha T1 - Protein dynamics in responder and non-responder solid tumor xenografts during oncolytic viral therapy N2 - VACV GLV-1h68 was reported as a diagnostic/therapeutic vector which enters, replicates in, and reveals the locations of tumors in mice. Furthermore, the effect on tumor colonization, on tumor growth, regression and eradication by VACV GLV-1h68 without the need of any known genes with anti-tumoral activities was determined. To investigate differential protein expression between infected tumor cells and corresponding tumors, as well as between infected tumor cells, between infected tumors, proteomics is particularly used, possibly contributing to the understanding oncolytic ability on the protein level of VACV GLV-1h68. The given effects of VACV GLV-1h68 infection on cellular protein expression support tumor cell killing. In this study, differential protein expression was analyzed at different time points with two-dimensional gel electrophoresis (2DE) followed by MALDI-TOF/TOF identification. Comparative analysis of multiple 2-DE gels revealed that the majority of protein expression changes appeared at 48 hours post infection in cell cultivation and at 42 days post infection in tumors. Mass spectrometry identified 68, 75, 159 altered cellular proteins in the GI-101A, HT-29, PC-3 infected cells, respectively, including 30, 23, 49 up-regulated proteins and 38, 52, 110 down-regulated proteins 12 to 48 hours after infection. For xenografts, mass spectrometry identified 270, 101, 91 altered cellular proteins in the infected GI-101A, HT-29, PC-3 tumors, respectively, including 89, 70, 40 up-regulated proteins and 181, 31, 51 down-regulated proteins 7 to 42 days after infection. In general, in the cell lines, the proteins found to be differentially regulated are most often associated with metabolic processes, in particular with primary energy metabolism (glucose catabolism, TCA and lactate production). VAVC GLV 1h68 infection results in hijacking of the host translation apparatus, alteration of cytoskeleton networks, induce ubiqitin proteasome pathway (UPP) disorders. Particularly in tumors, the responses cover a much broader panel of cellular processes, including signalling (e.g., cell death), transport (in particular of iron ions) and migration. A common pathway to be up-regulated in both tumors and cell lines is the "unfolded protein response". Notably, VACV GLV-1h68 affected the anti-apoptosis pathways in GI-101A and PC-3 cancer cells but not in HT-29 xenografts. For example, GI-101A xenografts in mice appear 12 proteins associated with anti-apoptosis function. They were found down-regulated, including tumor protein-translationally-controlled (H-TPT1), rho-GDP-dissociation inhibitor alpha (H-GDIa), ywhaq protein (M-1433T), H-PRDX4, serine/threonine-protein phosphatase-2A-catalytic subunit beta isoform PP2A (M-Ppp2cb), eukaryotic translation initiation factor 2-subunit 1 alpha-35kDa (H-eIF2), H-actinin-α1 (ACTN1 ), Annexin A1 (H-A1), annexin A5 (H-A5), Mouse albumin 1 (M-Alb1), dimethylarginine dimethylaminohydrolase 2 (H-DDAH2). In PC-3 xenografts, anti-apoptosis expression is lesser than those in GI-101A cells, however 3 anti-apoptosis associated proteins were down-regulated such as ARP3 actin-related protein-3-homolog (H-ARP3), Human FLNA protein, Rho GDP dissociation inhibitor (GDI) alpha (H-GDIa). In contrast, in HT-29 xenografts, there are several anti-apoptosis-associated proteins that show even to be up-regulated; they mostly belong to peroxiredoxin proteins. Lesson from HT-29 had been given what various means the HT-29 cells use to escape their apoptosis fate. This suggests that VAVC GLV1h68 infection may induce unbalance of unfolded protein response (UPR) but tending to anti-apoptosis-mediated proteins and promote the destructive elements of UPR, including caspase-12 cleavage and apoptosis. Taken together in this thesis research I have tried to compare protein profiles obtained from responder cell line and from regressing solid tumors colonized by VAVC GLV-1h68 with that of non-responding tumors. I also compared these data with PC-3 prostate cell line and tumor data on intermediate responder which alter mouse protein profiling in tumors similarly to the highly efficacious GI-101A breast tumor cell line. From these comparisons I have deduced exciting protein pattern signature characteristic for a responder or distinctly different from non-responder system. Combining these few crucial genes involved with the transcriptional test data obtained by fellow graduate student at NIH a novel national designed VACV GLV-1h68 strains with enhanced efficacy in many today non-responder cancer cell lines will be available to be tested into ongoing clinical trials. N2 - Es ist bekannt, dass sich VACV GLV-1h68 sowohl als diagnostischer als auch therapeutischer Vektor eignet, der sich in Tumoren ansiedelt, darin repliziert und dass mit dessen Hilfe die Lokalisation von Tumoren bestimmen werden kann. Weiterhin konnte bereits gezeigt werden, dass der Effekt von GLV-1h68 auf die Tumor-Kolonisierung, das Tumorwachstum, die -regression und -vernichtung zustande kommt, ohne dass irgendwelche bekannten Gene mit anti-tumoraler Aktivität dazu notwedig wären. Um die differentielle Proteinexpression vergleichend sowohl zwischen uninfizierten und infizierten Tumorzellen als auch zwischen den korrespondierenden uninfizierten und infizierten Tumoren zu untersuchen, wurden proteomische Methoden angewandt. Ziel dieser Arbeit war es, mehr über die onkolytische Fähigkeit von GLV-1h68 auf Proteinebene zu erfahren. Die dargestellten Effekte der VACV GLV-1h68 Infektion auf die zelluläre Proteinexpression legen eine selektive Vernichtung von Tumorzellen nahe. In dieser Arbeit wurde die differentielle zelluläre Proteinexpression zu verschiedenen Zeitpunkten nach Infektion mit Hilfe der zweidimensionalen Gelelektrophorese (2-DE) gefolgt von MALDI-TOF/TOF-Identifikation der Proteine analysiert. Die vergleichende Analyse mehrerer 2-DE Gele zeigte, dass sich das Proteinexpressionsmuster bei Zellen aus in vitro Kulturen 48 hpi dramatisch verändert. Bei Zellen aus solidem Tumorgewebe erfolgen 42 Tage nach Infektion ebenfalls derartige dramatische Veränderungen. Mittels Massenspektroskopie wurden in GI-101A-Zellen 68, in HT-29-Zellen 75 und in PC-3-Zellen 159 alteriert exprimierte zelluläre Proteine nach VACV-Infektion beobachtet. Davon werden 30, 23 bzw. 49 hochreguliert und 38, 52 bzw. 110 niederreguliert. Diese „up“- bzw. „down“-Regulation erfolgte zwischen 12 und 48 h nach Virusinfektion. In Virus-besiedelten Xenograft-Tumoren wurden mittels Massenspektroskopie in GI-101A-, HAT-29- bzw. PC-3-Tumoren 270, 101 bzw. 91 alteriert exprimierte Proteine festgestellt. Von diesen wurden zwischen 7 und 42 Tagen nach Infektion 89, 70 bzw. 40 „up“-reguliert und 181, 31 bzw. 51 „down“-reguliert. Interessanterweise sind die in den Zelllinien differentiell regulierten Proteine meist mit metabolischen Prozessen, besonders mit dem primären Energiemetabolismus wie Glucose-Katabolismus, Zitronensäurezyklus und der Milchsäure-Produktion assoziiert. Eine VACV GLV-1h68-Infektion generall führt zur Umfunktionierung des Wirts-Translationsapparates zur Synthese von Virusproteinen, zur Umgestaltung des Zytoskeletts und zur Derangierung des Ubiquitin-anhängigen Proteasom-Abauweges. Insbesondere in Virus-infizierten Tumor-Xenograften ist eine weitere Palette von zellulären Prozessen alteriert. Dies umfasst die Signaltransduktion (einschließlich derjenigen, die zum Zelltod führen), Transportprozesse (hier ist vor allem der Eisentransport betroffen) und die Zellmigration. Ein gemeinsamer Signalweg, der sowohl in Zelllinien als auch in den Tumoren hochreguliert ist, ist die „unfolded protein response (UPR)“. Bemerkenswerterweise beeinflusst die VACV GLV-1h68-Infektion die anti-apoptotischen Signalwege in GI-101A und PC-3-Zellen, deren korrespondierende Tumoren nach Virusinfektion eine Regression aufweisen (regressive Tumoren), nicht jedoch in HT-29-Xenograften, die nach Infektion nicht mit Regression reagieren (nicht-regressive Tumoren). So werden z.B. in Virus-infizierten GI-101A-Xenograften 12 Proteine mit Anti-Apoptose-Funktion vermindert exprimiert, darunter tumor protein-translationally-controlled (H-TPT1), rho-GDP-dissociation inhibitor alpha (H-GDIa), ywhaq protein (M-1433T), H-PRDX4, serin/theronin-protein phosphatase-2A-catalytic subunit beta isoform PP2A (M-Ppp2cb), eukaryotic translation initiation factor 2-subunit alpha-35kDA (H-eIF2), H-actinin-α1 (ACTN1), annexn A1 (H-A1), annexin A5 (H-A5), mouse albumin 1 (M-Alb1), dimethylarginine dimethylaminohydrolase 2 (H-DDAH2). In PC-3-Xenograften werden lediglich drei anti-apoptotisch aktive Proteine, ARP3 actin-related protein-3-homolog (H-ARP3), human FLNA protein und rho GDP dissociation inhibitor (GDI) alpha (H-GDIa), niederreguliert. Im Gegensatz dazu werden in den nicht-regressiven HT-29-Tumoren anti-apoptotische Proteine sogar verstärkt exprimiert. Diese gehören vor allem zu den Peroxiredoxin-Proteinen. Diese Erkenntnisse geben Hinweise darauf, mit welchen Mechanismen HT-29-Tumorzellen der Apoptose entgehen. Die Vaccinia-Virus-Infektion scheint vor allem die UPR und Anti-Apoptose-Proteine zu beeinflussen. Weitere Untersuchungen sind in Zukunft nötig, um im Detail herauszufinden, wie die VACV-Infektion die UPR in Tumorzellen induziert und ob einige Elemente der UPR möglicherweise neue Ansätze zu einer verbesserten Tumortherapie darstellen könnten. KW - oncolytic viral therapy KW - proteome analysis Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32016 ER - TY - JOUR A1 - Derksen, J. A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. T1 - Spread chromosomal nucleoli of Chironomus salivary glands N2 - No abstract available Y1 - 1973 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32209 ER - TY - JOUR A1 - Zentgraf, Hanswalter A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. T1 - Characterization and localization of the RNA synthesized in mature avian erythrocytes N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32410 ER - TY - JOUR A1 - Spring, Herbert A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. A1 - Trendelenburg, Michael F. T1 - Lampbrush type chromosomes in the primary nucleus of the green alga Acetabularia mediterranea N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32370 ER - TY - JOUR A1 - Eckert, W. A. A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Nucleocytoplasmic translocation of RNA in Tetrahymena pyriformis and its inhibition by actinomycin D and cycloheximide N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32399 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. T1 - Annulate lamellae in plant cells: formation during microsporogenesis and pollen development in Canna generalis Bailey N2 - The occurrence of stacked annulate tamellae is documented for a plant cell system, namely for pollen mother cells and developing pollen grains of Canna generalis. Their structural subarchiteeture and relationship to endoplasmie reticulum (ER) and nuclear envelope cisternae is described in detail. The results demonstrate structural homology between plant and animal annulate lamellae and are compatible with, though do not prove, the view that annulate lamcllar cisternae may originate as a degenerative form of endoplasmic retieulum. Y1 - 1972 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32160 ER - TY - CHAP A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Spring, Herbert A1 - Scheer, Ulrich A1 - Franke, Werner W. T1 - Morphology of nucleolar cistrons in a plant cell, Acetabularia mediterranea N2 - The structural organization of transcriptionally active DNA that contains cistrons for precursor molecules of ribosomal RNA is described in positively stained spread preparations from nuclei and nucleoli isolated from the green alga, Acetabularia mediterranea Lmx. These nuclei contain large aggregates of nucleolar subunits in which fibril-covered regions, the putative active cistrons for precursors of ribosomal RNA, alternate with fibril-free intercepts, the "spacers". The length distribution of the different intercepts of this DNA is given, and the pattern is compared with those shown in animal cell systems. The data are discussed in relation to problems of transcription and of amplification of ribosomal RNA genes. KW - ribosomal RNA genes; electron microscopy; spread preparations Y1 - 1974 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32213 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich T1 - The rifamycin derivative AF/013 is cytolytic N2 - No abstract available Y1 - 1975 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32429 ER - TY - JOUR A1 - Dabauvalle, Marie-Christine A1 - Loos, Karin A1 - Scheer, Ulrich T1 - Identification of a soluble precursor complex essential for nuclear pore assembly in vitro N2 - No abstract available Y1 - 1990 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32801 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Franke, Werner W. T1 - Transcription of ribosomal RNA cistrons: Correlation of morphological and biochemical data N2 - Electron microscopic spread preparations of oocyte nucleoli (lampbrush stage) of various amphibians are quantitatively evaluated and the length distributions of repeat-, matrix-, and spacer-units along the rRNA cistron containing axes are given. The correlation of the matrix unit data with the gel electrophoretic pattern of labelled nuclear RNA from the same oocytes is examined. The mean value of the matrix unit corresponds fairly well to a 2.6 million D peak of pre-rRNA but the distribution of both matrix units and labelled pre-rRNAs shows an asymmetrical heterogeneity indicating the existence of some larger primary transcription products of rDNA. Novel structural aspects are described in the spacer regions which suggest that transcription does also take place in DNP regions between the matrix units. A special "prelude piece" coding for approx. 0.5 million D of RNA is frequently visualized in the spacer segments at the beginning of a matrix unit. Possible artifacts resulting from the preparation, the relative congruence between the data obtained using both methods, and the functional meaning of the findings are discussed against the background of current concepts of structural organization and transcription products of nucleolar DNA. Y1 - 1973 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32195 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Trendelenburg, Michael F. A1 - Scheer, Ulrich T1 - Natural segregation of nucleolar components in the course of plant cell differentiation N2 - Segregation of the nucleolar components is described in the differentiated nucleus of the generative cell in the growing Clivia and Lilium pollen tubes. This finding of a natural nucleolar segregation is discussed against the background of current views of the correlations of nucleolar morphology and transcriptional activity. Y1 - 1973 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32182 ER - TY - JOUR A1 - Franke, Werner W. A1 - Scheer, Ulrich T1 - The ultrastructure of the nuclear envelope of amphibian oocytes: a reinvestigation. II. The immature oocyte and dynamic aspects N2 - No abstract available Y1 - 1970 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32102 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Thiry, Marc A1 - Goessens, Guy T1 - Structure, function and assembly of the nucleolus N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32057 ER - TY - JOUR A1 - Geise, W. A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Adaptations of the reed frog Hyperbolius viridiflavus to its arid environment. IV. Ecological significance of water economy with comments on thermoregulation and energy allocation N2 - No abstract available Y1 - 1988 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30570 ER - TY - JOUR A1 - Kobelt, F. A1 - Linsenmair, Karl Eduard T1 - Adaptations of the reed frog Hyperolius viridiflavus (Hyperoliidae) to its arid environment. VI. The iridophores in the skin as radiation reflectors N2 - No abstract available Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30563 ER - TY - THES A1 - Fink, Kristin T1 - Toxins in Renal Disease and Dialysis Therapy : Genotoxic Potential and Mechanisms T1 - Toxine in Nierenerkrankung und Dialyse Therapie : Genotoxisches Potential und Mechanismus N2 - In patients suffering from end-stage renal disease who are treated by hemodialysis genomic damage as well as cancer incidence is elevated. One possible cause for the increased genomic damage could be the accumulation of genotoxic substances in the blood of patients. Two possible sources for those toxins have to be considered. The first possibility is that substances from dialysers, the blood tubing system or even contaminated dialysis solutions may leach into the blood of the patients during dialysis. Secondly, the loss of renal filtration leads to an accumulation of substances which are normally excreted by the kidney. If those substances possess toxic potential, they are called uremic toxins. Several of these uremic toxins are potentially genotoxic. Within this thesis several exemplary uremic toxins have been tested for genotoxic effects (homocysteine, homocysteine-thiolactone,leptine, advanced glycated end-products). Additionally, it was analysed whether substances are leaching from dialysers or blood tubing and whether they cause effects in in vitrotoxicity testing. The focus of chemical analytisis was on bisphenol A (BPA), the main component of plastics used in dialysers and dialyser membranes. N2 - Patienten, die an terminaler Niereninsuffizienz leiden und mittels Hämodialyse behandelt werden, weisen einen erhöhten Genomschaden auf. Dieser könnte ursächlich für die erhöhte Krebsinzidenz dieser Patientengruppe sein. Eine der möglichen Ursachen für den erhöhten Genomschaden stellt die Akkumulation genotoxischer Substanzen im Blut der Patienten dar. Diese Substanzen können prinzipiell aus zwei unterschiedlichen Quellen stammen. Erstens besteht die Möglichkeit, dass während der Dialyse Substanzen aus den Dialysatoren, dem Blutschlauchsystem oder gar aus verunreinigtem Dialysat in das Blut der Patienten übertreten. Zweitens führt der Verlust der Nierenfunktion zu einer stark verminderten Exkretion harnpflichtiger Substanzen. Diese Substanzen akkumulieren im Blut und bilden, sofern sie ein toxisches Potential besitzen, die Gruppe der so genannten urämischen Toxine. Einige dieser urämischen Toxine sind potentiell auch genotoxisch. Im Rahmen der vorliegenden Dissertation wurden exemplarische Vertreter der urämischen Toxine auf ihre genotoxische Wirkung hin untersucht (Homocstein, Homocystein-Thiolacton, Leptin, Advanced Glycation End-Products). Außerdem wurde analysiert, ob Substanzen aus Dialysatormembranen oder dem Blutschlauchsystem austreten und in in vitro-Toxizitätstests Effekte zeigen. Der Fokus der Analytik lag hierbei auf dem Nachweis von Bisphenol A, dem Hauptbestandteil verschiedener Kunststoffe die für Dialysatoren und Dialysatormembranen verwendet werden. KW - Bisphenol A KW - Homocystein KW - Extrakorporale Dialyse KW - Genomschaden KW - Urämische Toxine KW - bisphenol a KW - homocysteine KW - dialysis KW - genomic damage KW - uremic toxins Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-31082 ER - TY - JOUR A1 - Scheer, Ulrich A1 - Weisenberger, Dieter T1 - The nucleolus N2 - No abstract available Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-32037 ER - TY - THES A1 - Zube, Christina T1 - Neuronal representation and processing of chemosensory communication signals in the ant brain N2 - Ants heavily rely on olfaction for communication and orientation and ant societies are characterized by caste- and sex-specific division of labor. Olfaction plays a key role in mediating caste-specific behaviours. I investigated whether caste- and sex-specific differences in odor driven behavior are reflected in specific differences and/or adaptations in the ant olfactory system. In particular, I asked the question whether in the carpenter ant, Camponotus floridanus, the olfactory pathway exhibits structural and/or functional adaptations to processing of pheromonal and general odors. To analyze neuroanatomical specializations, the central olfactory pathway in the brain of large (major) workers, small (minor) workers, virgin queens, and males of the carpenter ant C. floridanus was investigated using fluorescent tracing, immunocytochemistry, confocal microscopy and 3D-analyzes. For physiological analyzes of processing of pheromonal and non-pheromonal odors in the first odor processing neuropil , the antennal lobe (AL), calcium imaging of olfactory projection neurons (PNs) was applied. Although different in total glomerular volumes, the numbers of olfactory glomeruli in the ALs were similar across the female worker caste and in virgin queens. Here the AL contains up to ~460 olfactory glomeruli organized in 7 distinct clusters innervated via 7 antennal sensory tracts. The AL is divided into two hemispheres regarding innervations of glomeruli by PNs with axons leaving via a dual output pathway. This pathway consists of the medial (m) and lateral (l) antenno-cerebral tract (ACT) and connects the AL with the higher integration areas in the mushroom bodies (MB) and the lateral horn (LH). M- and l-ACT PNs differ in their target areas in the MB calyx and the LH. Three additional ACTs (mediolateral - ml) project to the lateral protocerebrum only. Males had ~45% fewer glomeruli compared to females and one of the seven sensory tracts was absent. Despite a substantially smaller number of glomeruli, males possess a dual PN output pathway to the MBs. In contrast to females, however, only a small number of glomeruli were innervated by projection neurons of the m-ACT. Whereas all glomeruli in males were densely innervated by serotonergic processes, glomeruli innervated by sensory tract six lacked serotonergic innervations in the female castes. It appears that differences in general glomerular organization are subtle among the female castes, but sex-specific differences in the number, connectivity and neuromodulatory innervations of glomeruli are substantial and likely to promote differences in olfactory behavior. Calcium imaging experiments to monitor pheromonal and non-pheromonal processing in the ant AL revealed that odor responses were reproducible and comparable across individuals. Calcium responses to both odor groups were very sensitive (10-11 dilution), and patterns from both groups were partly overlapping indicating that processing of both odor classes is not spatially segregated within the AL. Intensity response patterns to the pheromone components tested (trail pheromone: nerolic acid; alarm pheromone: n-undecane), in most cases, remained invariant over a wide range of intensities (7-8 log units), whereas patterns in response to general odors (heptanal, octanol) varied across intensities. Durations of calcium responses to stimulation with the trail pheromone component nerolic acid increased with increasing odor concentration indicating that odor quality is maintained by a stable pattern (concentration invariance) and intensity is mainly encoded in the response durations of calcium activities. For n-undecane and both general odors increasing response dynamics were only monitored in very few cases. In summary, this is the first detailed structure-function analyses within the ant’s central olfactory system. The results contribute to a better understanding of important aspects of odor processing and olfactory adaptations in an insect’s central olfactory system. Furthermore, this study serves as an excellent basis for future anatomical and/or physiological experiments. N2 - Für Ameisen spielt die olfaktorische Kommunikation und Orientierung eine zentrale Rolle hinsichtlich der Organisation des Ameisenstaates. Ob sich kasten- und geschlechtsspezifische Verhaltensunterschiede auf neuronaler Ebene und besonders im olfaktorischen System der Ameise widerspiegeln ist die zentrale Frage meiner Arbeit. Im Speziellen stellte ich die Frage, ob sich in der olfaktorischen Bahn der Rossameise Camponotus floridanus strukturelle oder funktionelle Anpassungen an die Verarbeitung von Pheromonen und generellen Düften aufzeigen lassen. Zur Analyse hinsichtlich neuroanatomischer Spezialisierungen wurde die olfaktorische Bahn im Gehirn von großen und kleinen Arbeiterinnen, Jungköniginnen und Männchen der Rossameise C. floridanus mittels Fluoreszenzmassenfärbungen, Immunzytochemie, konfokaler Laserscanningmikroskopie und 3D-Auswertung untersucht. Um die Verarbeitung von Pheromonen und generellen Düften im primären olfaktorischen Neuropil, dem Antennallobus (AL), auf physiologischer Ebene zu charakterisieren wurden olfaktorische Projektionsneurone mittels Calcium Imaging untersucht. Obwohl sich das glomeruläre Gesamtvolumen der ALs zwischen Arbeiterinnenkasten und Jungköniginnen unterscheidet, lag die Gesamtzahl der Glomeruli im AL in einem ähnlichen Bereich. Der AL besteht in allen drei weiblichen Kasten aus bis zu 460 Glomeruli, die in sieben Clustern angeordnet sind und von sieben sensorischen Eingangstrakten innerviert werden. Der AL unterteilt sich in zwei Hemispheren, deren entsprechende Glomeruli von Projektionsneuronen innverviert werden, die vom AL über die Nervenbahn des “dual output pathway” in höhere Hirnregionen projizieren. Diese Nervenbahn besteht aus dem medialen (m) und lateralen (l) Antennocerebraltrakt (ACT) und verbindet den AL mit höheren Integrationszentren wie den Pilzkörpern (MB) und dem lateralen Horn (LH). M- und l-ACT unterscheiden sich in ihren Zielregionen im MB Calyx und dem LH. Drei weitere ACTs (mediolateral – ml) projizieren ausschließlich ins laterale Protocerebrum. Männchen besitzen ca. 45% weniger Glomeruli im Vergleich zur Weibchenkaste. Ihnen fehlt weiterhin einer der sieben sensorischen Eingangstrakte vollständig. Trotz der wesentlich geringeren Anzahl an Glomeruli, besitzen auch Männchen den “dual output pathway”. Im Gegensatz zu den Weibchen ist allerdings nur eine geringe Anzahl an Glomeruli durch m-ACT Projektionsneurone innerviert. Ein weiterer Unterschied im AL von Männchen und Weibchen findet sich in den Glomeruli des sensorische Trakts Nummer sechs, die bei Weibchen keinerlei serotonerge Innervierung aufweisen während beim Männchen der gesamte AL dichte serotonerge Verzweigungen besitzt. Es zeigt sich somit, dass die kastenspezifischen Unterschiede in der allgmeinen glomerulären Organisation des AL innerhalb der Weibchenkaste nur sehr fein sind. Im Gegensatz dazu sind die geschlechtsspezifischen Unterschiede in Anzahl, Konnektivität und neuromodulatorischer Innervierung von Glomeruli zwischen Weibchen- und Männchen wesentlich ausgeprägter was Unterschiede in olfaktorisch geprägten Verhaltensweisen begünstigen könnte. Die Calcium Imaging Experimente zur Untersuchung der Verarbeitung von Pheromonen und generellen Düften im AL der Ameise zeigten, dass Duftantworten reproduzierbar und zwischen Individuen vergleichbar waren. Die Sensitivität des Calcium Signals lag für beide Duftgruppen in einem sehr niedrigen Bereich (Verdünnung 10-11). Die Antortmuster beider Duftgruppen überlappten zum Teil, was die Annahme zuläßt, dass die Verarbeitung von Pheromonen und generellen Düften keiner räumlichen Trennung innerhalb des AL unterliegt. Die Intensität der Antwortmuster auf die Pheromonkomponenten (Spurpheromon: Nerolsäure; Alarmpheromon: n-Undecan) blieben in den meisten Fällen über einen weiten Konzentrationsbereich konstant (7-8 log Einheiten). Die Dauer der Calciumantwort nach Stimulation mit Nerolsäure verlängerte sich mit steigender Duftkonzentration. Dies läßt für das Spurpheromon den Schluß zu, dass die Duftqualität in einem konstanten Duftmuster (Konzentrationsinvarianz) repräsentiert und die Duftintensität über die Dauer des Calciumsignals abgebildet wird. Da die Antwortmuster auf generelle Düfte (Heptanal, Octanol) dagegen sehr viel stärker innerhalb des getesteten Konzentrationsbereichs varrieren ließ sich für n-Undecan und die beiden generellen Düfte eine solche Dynamik nur in einigen wenigen Fällen beobachtet. Zusammenfassend ist diese Studie die erste strukturelle und funktionelle Studie des olfaktorischen Systems der Ameise. Die Ergebnisse tragen zu einem besseren Verständnis der neuronalen Adaptationen und Mechanismen hinsichtlich Duftverarbeitung im zentralen Nervensystem von Insekten bei. Außerdem liefert diese Studie eine wichtige Grundlage für zukünftige neuroanatomische und –physiologische Untersuchungen auf dem Gebiet der Neurobiologie der Insekten. KW - Gehirn KW - Neuroethologie KW - Neuroanatomie KW - Geruchswahrnehmung KW - Neuronale Plastizität KW - Insekten KW - Antennallobus KW - Glomeruli KW - olfaktorische Bahn KW - Camponotus floridanus KW - Dufverarbeitung KW - antennal lobe KW - glomeruli KW - olfactory pathway KW - Campontous floridanus KW - odor processing Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30383 ER - TY - THES A1 - Gros, Andreas T1 - Interactions in the evolution of dispersal distance and emigration probability T1 - Wechselwirkungen bei der Evolution von Ausbreitungsdistanz und Auswanderwahrscheinlichkeit N2 - Chapter 1 - Evolution of local adaptations in dispersal strategies The optimal probability and distance of dispersal largely depend on the risk to end up in unsuitable habitat. This risk is highest close to the habitat’s edge and consequently, optimal dispersal probability and distance should decline towards the habitat’s border. This selection should lead to the emergence of spatial gradients in dispersal strategies. However, gene flow caused by dispersal itself is counteracting local adaptation. Using an individual based model I investigate the evolution of local adaptations of dispersal probability and distance within a single, circular, habitat patch. I compare evolved dispersal probabilities and distances for six different dispersal kernels (two negative exponential kernels, two skewed kernels, nearest neighbour dispersal and global dispersal) in patches of different size. For all kernels a positive correlation between patch size and dispersal probability emerges. However, a minimum patch size is necessary to allow for local adaptation of dispersal strategies within patches. Beyond this minimum patch area the difference in mean dispersal distance between center and edge increases linearly with patch radius, but the intensity of local adaptation depends on the dispersal kernel. Except for global and nearest neighbour dispersal, the evolved spatial pattern are qualitatively similar for both, mean dispersal probability and distance. I conclude, that inspite of the gene-flow originating from dispersal local adaptation of dispersal strategies is possible if a habitat is of sufficient size. This presumably holds for any realistic type of dispersal kernel. Chapter 2 - How dispersal propensity and distance depend on the capability to assess population density We analyze the simultaneous evolution of emigration probability and dispersal distance for species with different abilities to assess habitat quality (population density) and which suffer from distance dependent dispersal costs. Using an individual-based model I simulate dispersal as a multistep (patch to patch) process in a world consisting of habitat patches surrounded by lethal matrix. Our simulations show that natal dispersal is strongly driven by kin-competition but that consecutive dispersal steps are mostly determined by the chance to immigrate into patches with lower population density. Consequently, individuals following an informed strategy where emigration probability depends on local population density disperse over larger distances than individuals performing density-independent emigration; this especially holds when variation in environmental conditions is spatially correlated. However, already moderate distance-dependent dispersal costs prevent the evolution of long-distance dispersal irrespectively of the chosen dispersal strategy. Chapter 3 - Evolution of sex-biased dispersal: the role of sex-specific dispersal costs, demographic stochasticity, and inbreeding Inbreeding avoidance and asymmetric competition over resources have both been identified as factors favouring the evolution of sex- biased dispersal. It has also been recognized that sex-specific costs of dispersal would promote selection for sexspecific dispersal, but there is little quantitative information on this aspect. In this paper I explore (i) the quantitative relationship between cost-asymmetry and a bias in dispersal, (ii) the influence of demographic stochasticity on this effect, and (iii) how inbreeding and cost-asymmetry interact in their effect on sex-specific dispersal. I adjust an existing analytical model to account for sex-specific costs of dispersal. Based on numerical calculations I predict a severe bias in dispersal already for small differences in dispersal costs. I corroborate these predictions in individualbased simulations, but show that demographic stochasticity generally leads to more balanced dispersal. In combination with inbreeding, cost asymmetries will usually determine which of the two sexes becomes the more dispersive. Chapter 4 - Evolution of sex-biased dispersal: the role of sex-specific dispersal costs, demographic stochasticity, and inbreeding Inbreeding depression, asymmetries in costs or benefits, and the mating system have been identified as potential factors underlying the evolution of sex-biased dispersal. We use individual-based simulations to explore how the mating system and demographic stochasticity influence the evolution of sex-specific dispersal in a metapopulation with females competing over breeding sites, and males over mating opportunities. Comparison of simulation results for random mating with those for a harem system (locally, a single male sires all offspring) reveal that even extreme variance in local male reproductive success (extreme male competition) does not induce a male bias in dispersal. The latter evolves if between-patch variance in reproductive success is larger for males than females. This can emerge due to demographic stochasticity if habitat patches are small. More generally, members of a group of individuals experiencing higher spatio-temporal variance in fitness expectations may evolve to disperse with greater probability than others. N2 - Die optimale Dispersal- oder Ausbreitungsstrategie (eine Kombination aus Auswanderwahrscheinlichkeit und Ausbreitungsdistanz) hängt hauptsächlich von dem Risiko ab, in einem für Reproduktion ungeeigneten Habitat zu enden. Dieses Risiko ist am Rand eines Habitats am höchsten, und daher sollten die evolvierenden Ausbreitungsdistanzen und Auswanderwahrscheinlichkeiten zum Rand des Habitats hin abnehmen. Dieser Selektionsdruck sollte zu räumlichen Gradienten in Ausbreitungsstrategien führen. Der Genfluss, der durch Dispersal verursacht wird, wirkt jedoch lokaler Anpassung der Ausbreitungsstrategie an die jeweilige Umgebung entgegen. Mit einem individuenbasierten Modell untersuchen wir die Evolution lokaler Anpassungen von Ausbreitungsstrategien innerhalb eines einzelnen, kreisförmigen Habitats. Ich vergleiche die evolvierenden Auswanderwahrscheinlichkeiten und -distanzen von sechs verschiedenen Ausbreitungsfunktionen (sog. Kernels, welche die Kombination aus Auswanderwahrscheinlichkeit und Ausbreitungsdistanz abbilden: zwei negativ-exponentielle Kernels, zwei schiefe Kernels, ein Kernel, der Ausbreitung nur in die unmittelbare Nachbarschaft der Mutterpflanze erlaubt (nearest-neighbor dispersal), und ein Kernel, der darin besteht, einen zufälligen Zielort auszuwählen (global dispersal)). Die Evolution der Form der Kernels untersuchen wir in Habitatinseln unterschiedlicher Größe. Ich konnte zeigen, dass eine minimale Habitatgröße nötig ist, um lokale Anpassungen der Ausbreitungsstrategien zu ermöglichen. In Habitatinseln, die diese minimale Größe überschreiten, nimmt die Differenz der Ausbreitungsdistanz zwischen Mitte und Rand des Habitats linear zu, wobei jedoch der Betrag der Differenz vom Kernel abhängt. Mit Ausnahme der Kernels “global dispersal” und “nearest-neighbor dispersal” gleichen sich die evolvierenden räumlichen Muster qualitativ für Auswanderwahrscheinlichkeit und Ausbreitungsdistanz der Kernels. Ich schließe daraus, dass trotz des Genflusses, der mit Ausbreitung einhergeht, lokale Anpassungen der Ausbreitungsstrategien möglich sind, wenn die Habitatinsel groß genug ist. Dies gilt wahrscheinlich für jede realistische Ausbreitungsfunktion. Kapitel 2 - Wie hängen Auswanderwahrscheinlichkeit und Ausbreitungsdistanz von der Fähigkeit ab, Populationsdichten zu bestimmen? Ich untersuche die gleichzeitige Evolution von Auswanderwahrscheinlichkeit und Ausbreitungsdistanz für Arten, die die Populationsdichte in ihren Habitaten unterschiedlich gut wahrnehmen können. In diesem System werden die Überlebenswahrscheinlichkeiten für Nachkommen von steigender Populationsdichte negativ beeinflusst. Mit einem individuenbasierten Modell simuliere ich Dispersal als einen schrittweisen Prozess, in dem Individuen von einem Habitat zum nächsten dispergieren können, wobei sie in jedem dieser Schritte mit einer bestimmten Wahrscheinlichkeit sterben. Meine Ergebnisse zeigen, dass die Emigration aus dem Geburtshabitat stark von Verwandtenselektion beeinflusst wird, wohingegen die Tendenz, weitere Dispersalschritte zu unternehmen, zum größten Teil von der Aussicht bestimmt wird, in ein Habitat einzuwandern, das eine geringere Populationsdichte – und damit bessere Bedingungen für das Überleben der Nachkommen – aufweist, als das Geburtshabitat. Hierbei wird deutlich, dass Individuen, die sich abhängig von der lokalen Populationsdichte dazu “entscheiden”, auszuwandern, im Durchschnitt größere Distanzen zurücklegen, als Individuen die unabhängig von der Populationsdichte auswandern. Dies gilt vor allem dann, wenn die Populationsdichten räumlich korreliert sind und damit dicht und weniger dicht besiedelte Habitate geklumpt vorkommen. Jedoch sorgen schon geringe Wahrscheinlichkeiten, während des Dispersal zu sterben, dafür, dass mit keiner Ausbreitungsstrategie Ausbreitungsdistanzen evolvieren, die im Schnitt mehr als zwei Schritte beinhalten. Kapitel 3 - Evolution von geschlechterspezifischen Ausbreitungsstrategien: die Rolle von geschlechtsspezifischer Wandermortalität, demographischer Mortalität und Inzucht-Depression Inzucht-Vermeidung und asymmetrische Ressourcen-Konkurrenz wurden schon als mögliche Auslöser der Evolution von geschlechterspezifischen Ausbreitungsstrate gien identifiziert. Daneben können jedoch auch unterschiedliche Wandermortalitäten die geschlechterspezifischen Ausbreitungsstrategien beeinflussen, insofern als dasjenige Geschlecht mit der höheren Wandermortalität wahrscheinlich philopatrisch wird, das andere hingegen das Dispersal übernimmt. Leider gibt es dazu wenig quantitative Daten. In diesem Kapitel untersuche ich den quantitativen Zusammenhang zwischen der Differenz in Wandermortalität und dem Ungleichgewicht in der Auswanderwahrscheinlichkeit der Geschlechter. Weiterhin untersuche ich den Einfluss von demographischer Stochastizität und wie Inzucht-Depression in Zusammenspiel mit Unterschieden in der Wandermortalität das Ungleichgewicht der Auswanderwahrscheinlichkeit beeinflusst. Dazu habe ich ein existierendes mathematisches Modell so angepasst, dass geschlechtsspezifische Wandermortalitäten betrachtet werden können. Auf dieser numerischen Basis kann ich Unterschiede in der Auswanderwahrscheinlichkeit von Geschlechtern selbst für sehr kleine Differenzen in der Mortalität vorhersagen. Ich bestätige diese Ergebnisse mit individuenbasierten Simulationen und zeige, dass demographische Stochastizität einen ausgleichenden Einfluss auf die Auswanderwahrscheinlichkeiten der beiden Geschlechter hat. Selbst bei gleichzeitig wirkender Inzucht-Depression bestimmen dieMortalitätsunterschiede welches Geschlecht die höhere Auswanderwahrscheinlichkeit entwickelt. Kapitel 4 - Geschlechtsspezifische räumlich-zeitliche Variabilität des reproduktiven Erfolgs fördert die Evolution von geschlechtsspezifischen Ausbreitungsstrategien Inzucht-Depression, asymmetrische Wandermortalität und unterschiedliche Paarungssysteme wurden als mögliche Auslöser für die Evolution von Ausbreitungsstrategien identifiziert, in denen die Auswanderwahrscheinlichkeit eines Geschlechtes die des anderen überwiegt. Wir verwenden individuenbasierte Simulationen, um den Einfluss des Paarungssystems und demographischer Stochastizität auf die Evolution geschlechtsspezifischen Dispersals zu untersuchen. Wir betrachten dabei Meta-Populationen, in denen Weibchen um Brutplätze und Männchen um Paarungen mit erfolgreichen Weibchen konkurrieren. Der Vergleich der Ergebnisse der Paarungssysteme “random-mating” (alle Weibchen wählen zufällig Männchen als Paarungspartner aus) und “harem” (alle Weibchen eines Habitats paaren sich mit demselben Männchen) zeigt, dass ein Unterschied in der Intensität der Konkurrenz um reproduktionsrelevante Ressourcen alleine nicht genügt, um einen Unterschied in den Auswanderwahrscheinlichkeiten der Geschlechter hervorzurufen. Vielmehr kommt es in solchen Fällen zu besagtem Ungleichgewicht, in denen ein Geschlecht eine größere Variabilität der Nachkommenzahl zwischen Habitaten erfährt. Dann evolviert das Geschlecht mit der höheren Varianz der Nachkommenzahl zwischen Habitaten die höhere Auswanderwahrscheinlichkeit. KW - Theoretische Ökologie KW - Ausbreitung KW - Evolution KW - Evolutionsstabile Strategie KW - Ausbreitungsstrategie KW - Auswanderwahrscheinlichkeit KW - Ausbreitungsdistanz KW - dispersal strategy KW - dispersal propensity KW - dispersal distance Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29226 ER - TY - JOUR A1 - Vortkamp, Andrea A1 - Franz, Thomas A1 - Gessler, Manfred A1 - Grzeschik, Karl-Heinz T1 - Deletion of GLI3 supports the homology of the human Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GCPS) and the mouse mutant extra toes (Xt) N2 - No abstract available Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30166 ER - TY - JOUR A1 - Gessler, Manfred A1 - Bruns, Gail A. T1 - Sequence of the WT1 upstream region including the Wit-1 gene N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30193 ER - TY - JOUR A1 - Gessler, Manfred A1 - Poustka, Annemarie A1 - Cavenee, Webster A1 - Neve, Rachael L. A1 - Orkin, Stuart H. A1 - Bruns, Gail A. T1 - Homozygous deletion in Wilms tumours of a zinc-finger gene identified by chromosome jumping N2 - No abstract available Y1 - 1990 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30122 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, P. T1 - Drug assay using antibody mimics made by molecular imprinting N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-30003 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Stripecke, Renata A1 - Gray, Nicola K. A1 - Goossen, Britta A1 - Constable, Anne A1 - Johansson, Hans E. A1 - Hentze, Matthias W. T1 - Identification of a novel iron-responsive element in murine and human erythroid \(\delta\)-aminolevulinic acid synthase mRNA N2 - No abstract available Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29929 ER - TY - CHAP A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, P. T1 - Genetic algorithms as a new tool to study protein stability N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29990 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Tollervey, David T1 - Mutational analysis of Schizosaccharomyces pombe U4 snRNA by plasmid exchange N2 - No abstract available Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29969 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, Patrick T1 - A novel heterodimeric cysteine protease is required for interleukin 1ß processing in monocytes N2 - No abstract available Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29986 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Tollervey, D. T1 - Thirty-three nucleotides of 5' flanking sequence including the TATA box are necessary and sufficient for efficient U2 snRNA transcription in Schizosaccharomycespombe N2 - No abstract available Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29959 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, Patrick T1 - Chaperonin-mediated protein folding at the surface of groEL through a "molten globule" intermediate N2 - No abstract available Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29939 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Schulz, R. T1 - Evidence for the expression of peptides derived from three opioid precursors in NG 108CC15 hybrid cells N2 - No abstract available Y1 - 1987 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29909 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, P. T1 - The GCN4 basic region leucine zipper binds DNA as a dimer of uninterrupted \(\alpha\)-helices: Crystal structure of the protein DNA-complex N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29866 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Tollervey, David T1 - Identification and functional analysis of a novel yeast small nucleolar RNA N2 - No abstract available Y1 - 1993 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29850 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, P. T1 - Three-dimensional structure of the 67k N-terminal Fragment of E.coli DNA Topoisomerase I N2 - No abstract available Y1 - 1994 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29836 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Gramsch, Christian A1 - Houghton, Richard A. A1 - Schultz, Rüdiger T1 - Affinity purification of \(\beta\)-endorphin-like material from NG108CC15 cells by means of the monoclonal \(\beta\)-endorphin antibody 3-E7 N2 - No abstract available Y1 - 1985 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29896 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Tollervey, David T1 - Cloning of Schizosaccharomyces pombe genes encoding the U1,U2,U3 and U4 snRNAs N2 - No abstract available Y1 - 1989 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29919 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Argos, Patrick T1 - Successive action of DnaK, DnaJ and GroEL along the pathway of chaperone-mediated protein folding N2 - No abstract available Y1 - 1992 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29814 ER - TY - JOUR A1 - Schultz, Rüdiger A1 - Metzner, Katharina A1 - Dandekar, Thomas A1 - Gramsch, Christian T1 - Opiates induce long-term increases in prodynorphin derived peptide levels in the guinea-pig myenteric plexus N2 - No abstract available Y1 - 1986 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29809 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas A1 - Sibbald, Peter R. T1 - Trans-splicing of pre-mRNA is predicted to occur in a wide range of organisms including vertebrates N2 - No abstract available Y1 - 1990 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29798 ER - TY - THES A1 - Engelmann, Julia Cathérine T1 - DNA microarrays: applications and novel approaches for analysis and interpretation T1 - DNA Mikroarrays: Anwendungen und neue Ansätze für die Analyse und Interpretation N2 - In der vorliegenden Dissertation wird die Entwicklung eines phylogenetischen DNA Microarrays, die Analyse von mehreren Microarray-Genexpressionsdatensätzen und neue Ansätze für die Datenanalyse und Interpretation der Ergebnisse vorgestellt. Die Entwicklung und Analyse der Daten eines phylogenetischen DNA Microarrays wird in der ersten Publikation dargestellt. Ich konnte zeigen, dass die Spezies-Detektion mit phylogenetischen Microarrays durch die Datenanalyse mit einem linearen Regressionsansatz signifikant verbessert werden kann. Standard-Methoden haben bislang nur Signalintensitäten betrachtet und eine Spezies als an- oder abwesend bezeichnet, wenn die Signalintensität ihres Messpunktes oberhalb eines willkürlich gesetzten Schwellenwertes lag. Dieses Verfahren ist allerdings aufgrund von Kreuz-Hybridisierungen nicht auf sehr nah verwandte Spezies mit hoher Sequenzidentität anwendbar. Durch die Modellierung des Hybridisierungs und Kreuz-Hybridisierungsverhaltens mit einem linearen Regressionsmodell konnte ich zeigen, dass Spezies mit einer Sequenzähnlichkeit von 97% im Markergen immer noch unterschieden werden können. Ein weiterer Vorteil der Modellierung ist, dass auch Mischungen verschiedener Spezies zuverlässig vorhergesagt werden können. Theoretisch sind auch quantitative Vorhersagen mit diesem Modell möglich. Um die großen Datenmengen, die in öffentlichen Microarray-Datenbanken abgelegt sind besser nutzen zu können, bieten sich Meta-Analysen an. In der zweiten Publikation wird eine explorative Meta-Analyse auf Arabidopsis thaliana-Datensätzen vorgestellt. Mit der Analyse verschiedener Datensätze, die den Einfluss von Pflanzenhormonen, Pathogenen oder verschiedenen Mutationen auf die Genexpression untersucht haben, konnten die Datensätze anhand ihrer Genexpressionsprofile in drei große Gruppen eingeordnet werden: Experimente mit Indol-3-Essigsäure (IAA), mit Pathogenen und andere Experimente. Gene, die charakteristisch für die Gruppe der IAA-Datensätze beziehungsweise für die Gruppe der Pathogen-Datensätze sind, wurden näher betrachtet. Diese Gene hatten Funktionen, die bereits mit Pathogenbefall bzw. dem Einfluss von IAA in Verbindung gebracht wurden. Außerdem wurden Hypothesen über die Funktionen von bislang nicht annotierten Genen aufgestellt. In dieser Arbeit werden auch Primäranalysen von einzelnen Arabidopsis thaliana Genexpressions-Datensätzen vorgestellt. In der dritten Publikation wird ein Experiment beschrieben, das durchgeführt wurde um herauszufinden ob Mikrowellen-Strahlung einen Einfluss auf die Genexpression einer Zellkultur hat. Dazu wurden explorative Analysemethoden angewendet. Es wurden geringe aber signifikante Veränderungen in einer sehr kleinen Anzahl von Genen beobachtet, die experimentell bestätigt werden konnten. Die Funktionen der regulierten Gene und eine Meta-Analyse mit öffentlich zugänglichen Datensätzen einer Datenbank deuten darauf hin, dass die pflanzliche Zellkultur die Strahlung als eine Art Energiequelle ähnlich dem Licht wahrnimmt. Des weiteren wird in der vierten Publikation die funktionelle Analyse eines Arabidopsis thaliana Genexpressionsdatensatzes beschrieben. Die Analyse der Genexpressions eines pflanzlichen Tumores zeigte, dass er seinen Stoffwechsel von aerob und auxotroph auf anaerob und heterotroph umstellt. Gene der Photosynthese werden im Tumorgewebe reprimiert, Gene des Aminosäure- und Fettstoffwechsels, der Zellwand und Transportkanäle werden so reguliert, dass Wachstum und Entwicklung des Tumors gefördert werden. In der fünften Publikation in dieser Arbeit wird GEPAT (Genome Expression Pathway Analysis Tool) beschrieben. Es besteht aus einer Internet- Anwendung und einer Datenbank, die das einfache Hochladen von Datensätzen in die Datenbank und viele Möglichkeiten der Datenanalyse und die Integration anderer Datentypen erlaubt. In den folgenden zwei Publikationen (Publikation 6 und Publikation 7) wird GEPAT auf humane Microarray-Datensätze angewendet um Genexpressionsdaten mit weiteren Datentypen zu verknüpfen. Genexpressionsdaten und Daten aus vergleichender Genom-Hybridisierung (CGH) von primären Tumoren von 71 Mantel-Zell-Lymphom (MCL) Patienten ermöglichte die Ermittlung eines Prädiktors, der die Vorhersage der Überlebensdauer von Patienten gegenüber herkömmlichen Methoden verbessert. Die Analyse der CGH Daten zeigte, dass auch diese für die Vorhersage der Überlebensdauer geeignet sind. Für den Datensatz von Patienten mit großzellig diffusem B-Zell-Lymphom DLBCL konnte aus den Genexpressionsdaten ebenfalls ein neuer Prädiktor vorgeschlagen werden. Mit den zwischen lang und kurz überlebenden Patienten differentiell exprimierten Genen der MCL Patienten und mit den Genen, die zwischen den beiden Untergruppen von DLBCL reguliert sind, wurden Interaktionsnetzwerke gebildet. Diese zeigen, dass bei beiden Krebstypen Gene des Zellzyklus und der Proliferation zwischen Patienten mit kurzer und langer Überlebensdauer unterschiedlich reguliert sind. N2 - In this thesis, the development of a phylogenetic DNA microarray, the analysis of several gene expression microarray datasets and new approaches for improved data analysis and interpretation are described. In the first publication, the development and analysis of a phylogenetic microarray is presented. I could show that species detection with phylogenetic DNA microarrays can be significantly improved when the microarray data is analyzed with a linear regression modeling approach. Standard methods have so far relied on pure signal intensities of the array spots and a simple cutoff criterion was applied to call a species present or absent. This procedure is not applicable to very closely related species with high sequence similarity because cross-hybridization of non-target DNA renders species detection impossible based on signal intensities alone. By modeling hybridization and cross-hybridization with linear regression, as I have presented in this thesis, even species with a sequence similarity of 97% in the marker gene can be detected and distinguished from related species. Another advantage of the modeling approach over existing methods is that the model also performs well on mixtures of different species. In principle, also quantitative predictions can be made. To make better use of the large amounts of microarray data stored in public databases, meta-analysis approaches need to be developed. In the second publication, an explorative meta-analysis exemplified on Arabidopsis thaliana gene expression datasets is presented. Integrating datasets studying effects such as the influence of plant hormones, pathogens and different mutations on gene expression levels, clusters of similarly treated datasets could be found. From the clusters of pathogen-treated and indole-3-acetic acid (IAA) treated datasets, representative genes were selected which pointed to functions which had been associated with pathogen attack or IAA effects previously. Additionally, hypotheses about the functions of so far uncharacterized genes could be set up. Thus, this kind of meta-analysis could be used to propose gene functions and their regulation under different conditions. In this work, also primary data analysis of Arabidopsis thaliana datasets is presented. In the third publication, an experiment which was conducted to find out if microwave irradiation has an effect on the gene expression of a plant cell culture is described. During the first steps, the data analysis was carried out blinded and exploratory analysis methods were applied to find out if the irradiation had an effect on gene expression of plant cells. Small but statistically significant changes in a few genes were found and could be experimentally confirmed. From the functions of the regulated genes and a meta-analysis with publicly available microarray data, it could be suspected that the plant cell culture somehow perceived the irradiation as energy, similar to perceiving light rays. The fourth publication describes the functional analysis of another Arabidopsis thaliana gene expression dataset. The gene expression data of the plant tumor dataset pointed to a switch from a mainly aerobic, auxotrophic to an anaerobic and heterotrophic metabolism in the plant tumor. Genes involved in photosynthesis were found to be repressed in tumors; genes of amino acid and lipid metabolism, cell wall and solute transporters were regulated in a way that sustains tumor growth and development. Furthermore, in the fifth publication, GEPAT (Genome Expression Pathway Analysis Tool), a tool for the analysis and integration of microarray data with other data types, is described. It consists of a web application and database which allows comfortable data upload and data analysis. In later chapters of this thesis (publication 6 and publication 7), GEPAT is used to analyze human microarray datasets and to integrate results from gene expression analysis with other datatypes. Gene expression and comparative genomic hybridization data from 71 Mantle Cell Lymphoma (MCL) patients was analyzed and allowed proposing a seven gene predictor which facilitates survival predictions for patients compared to existing predictors. In this study, it was shown that CGH data can be used for survival predictions. For the dataset of Diffuse Large B-cell lymphoma (DLBCL) patients, an improved survival predictor could be found based on the gene expression data. From the genes differentially expressed between long and short surviving MCL patients as well as for regulated genes of DLBCL patients, interaction networks could be set up. They point to differences in regulation for cell cycle and proliferation genes between patients with good and bad prognosis. KW - Microarray KW - Differentielle Genexpression KW - Genexpression KW - Statistische Analyse KW - Cluster-Analyse KW - Datenanalyse KW - Explorative Datenanalyse KW - Non-Hodgkin-Lymphom KW - B-Zell-Lymphom KW - Metabolom KW - Tumorklassifikation KW - Tumor KW - Krebs KW - Schmalwa KW - phylogenetische Arrays KW - Interaktionsnetzwerke KW - lineare Regression KW - DNA microarray KW - gene expression KW - statistical analysis KW - clustering KW - classification KW - interaction networks Y1 - 2008 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29747 ER - TY - JOUR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Yeast U3 localization and correct sequence (snR17a) and promotor activity (snR17b) identified by homology search N2 - No abstract available KW - yeast U3 localization Y1 - 1991 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-29781 ER -