TY - JOUR A1 - Caliskan, Aylin A1 - Crouch, Samantha A. W. A1 - Giddins, Sara A1 - Dandekar, Thomas A1 - Dangwal, Seema T1 - Progeria and aging — Omics based comparative analysis JF - Biomedicines N2 - Since ancient times aging has also been regarded as a disease, and humankind has always strived to extend the natural lifespan. Analyzing the genes involved in aging and disease allows for finding important indicators and biological markers for pathologies and possible therapeutic targets. An example of the use of omics technologies is the research regarding aging and the rare and fatal premature aging syndrome progeria (Hutchinson-Gilford progeria syndrome, HGPS). In our study, we focused on the in silico analysis of differentially expressed genes (DEGs) in progeria and aging, using a publicly available RNA-Seq dataset (GEO dataset GSE113957) and a variety of bioinformatics tools. Despite the GSE113957 RNA-Seq dataset being well-known and frequently analyzed, the RNA-Seq data shared by Fleischer et al. is far from exhausted and reusing and repurposing the data still reveals new insights. By analyzing the literature citing the use of the dataset and subsequently conducting a comparative analysis comparing the RNA-Seq data analyses of different subsets of the dataset (healthy children, nonagenarians and progeria patients), we identified several genes involved in both natural aging and progeria (KRT8, KRT18, ACKR4, CCL2, UCP2, ADAMTS15, ACTN4P1, WNT16, IGFBP2). Further analyzing these genes and the pathways involved indicated their possible roles in aging, suggesting the need for further in vitro and in vivo research. In this paper, we (1) compare “normal aging” (nonagenarians vs. healthy children) and progeria (HGPS patients vs. healthy children), (2) enlist genes possibly involved in both the natural aging process and progeria, including the first mention of IGFBP2 in progeria, (3) predict miRNAs and interactomes for WNT16 (hsa-mir-181a-5p), UCP2 (hsa-mir-26a-5p and hsa-mir-124-3p), and IGFBP2 (hsa-mir-124-3p, hsa-mir-126-3p, and hsa-mir-27b-3p), (4) demonstrate the compatibility of well-established R packages for RNA-Seq analysis for researchers interested but not yet familiar with this kind of analysis, and (5) present comparative proteomics analyses to show an association between our RNA-Seq data analyses and corresponding changes in protein expression. KW - progeria KW - aging KW - omics KW - RNA sequencing KW - bioinformatics KW - sun exposure KW - HGPS KW - IGFBP2 KW - ACKR4 KW - WNT Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-289868 SN - 2227-9059 VL - 10 IS - 10 ER - TY - THES A1 - Kiel, Tilman T1 - Untersuchungen zum Kernproteinimport in Progeriezellen und neue Möglichkeiten der Quantifizierung nukleärer Transportprozesse T1 - Nuclear transport in progeria cells and new possibilities to quantify nuclear transport N2 - Untersuchungen zum Kerntransport in Progeriezellen und neue Möglichkeiten der Quantifizierung nukleärer Transportprozesse N2 - Nuclear transport in progeria cells and new possibilities to quantify nuclear transport KW - Kerntransport KW - Progerie KW - Lamine KW - Kerntransport KW - Progerie KW - Lamine KW - nuclear transport KW - progeria KW - Lamin Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-83798 ER - TY - THES A1 - Busch, Albert Franz Jakob T1 - Prälamin A und Progerie – verursachende Mutanten im Kontext nukleärer Transportprozesse, der Kernlaminaintegrität und CaaX – Prozessierung T1 - Prelamin A und truncated mutations in nuclear export, lamina integrity and CaaX processing N2 - Zur Charakterisierung nukleärer Proteinexportvorgänge wurde in dieser Arbeit zum ersten Mal ein System heterodimerisierender Fusionsproteine auf Basis des kommerziell verfügbaren ARGENT™ Regulated Heterodimerization Kit 2.0 von ARIAD verwendet. Die Expressionsvektoren wurden so verändert, dass ein CRM1 – vermittelter Proteinexport über die Zellkernhülle mittels Fluoreszenzmikroskopie in HeLa – Zellen und humanen Fibroblasten live oder nach Fixation dargestellt werden konnte. Der Export folgte in HeLa – zellen einer exponentiellen Kinetik, FN/C – Bestimmungen zwischen Wildtyp – und RD (Restriktive Dermopathie) – Fibroblasten ergaben keinen Unterschied im Proteinexport. Eine Inhibition der initialen CaaX - Prozessierung von trunkiertem Prälamin A (head/rod) durch Mevinolin ergab keine signifikante Akkumulationsveränderung des trunkierten Prälamins im Zellkern. Ergänzende subzelluläre Lokalisationsstudien unter Zuhilfenahme ausgewählter CaaX – Mutanten, um die gezeigte Unabhängigkeit der CaaX – Prozessierung zu verifizieren, stehen noch aus. FRAP – Untersuchungen in HeLa – Zellen zeigten für die episomal exprimierten trunkierten Fusionsproteine DsRed – Prälamin A Δ50 und DsRed – Prälamin A Δ90 keinen Unterschied in der lateralen Mobilität. Gegenüber dem Wildtyp – DsRed – Prälamin A ist die Beweglichkeit jedoch signifikant reduziert. Bei der Applikation von thermischem Stress (37°C – 51°C) auf Prälamin A, Prälamin A Δ50 oder Prälamin A Δ90 exprimierende HeLa – Zellen, konnte keine Veränderung hinsichtlich der subzellulären Verteilung des zusätzlich koexprimierten Markerproteins GFP – ß – Galaktosidase im Sinne nukleären Schrankenstörung festgestellt werden. Somit scheint die Kernhülle trotz der zu Zellkerndysmorphien und KPK – Fehllokalisationen führenden Prälamin A – Mutanten hinsichtlich ihrer Schrankenfunktion intakt zu bleiben. N2 - Lamin A and truncated forms were investigated adressing nuclear export, caax processing and laminar integrity. Nuclear export processes were investigated in vivo and in vivo via a modified heterdimerization assay. No difference was seen in human fibroblasts from wildtype and restrictive dermopathy patients concerning crm1-mediated nuclear export truncated prelamin A showed no enhanced nuclear localisation after inhibition of farnesylsynthesis. HGPS- and RD lamin A showed significantly decreased lateral mobility after 30 seconds in FRAP experiments. Applying heat stress to HeLa-cells showed no increased influx of the marker protein gfp-ß-galactosidase after 60 minutes. KW - Progeria infantilum KW - Progerie KW - Restriktive Dermopathie KW - Lamin A KW - Kerntransport KW - nuclear export KW - lamin A KW - progeria KW - restrictive dermopathy Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-71662 ER -