TY - THES A1 - Amatobi, Kelechi Michael T1 - Circadian clocks determine transport and membrane lipid oscillation in \(Drosophila\) hemolymph in complex interactions between nutrient-type, photic conditions and feeding behaviour T1 - Die innere Uhr bestimmt den Transport und die Membranlipid-Oszillation in der \(Drosophila\) Hämolymphe in komplexen Interaktionen zwischen Nährstofftyp, photischen Bedingungen und Fressverhalten N2 - The interaction between circadian clocks and metabolism is of increasing interest, since clock dysfunction often correlates with metabolic pathologies. Many research articles have been published analysing the impact of factors such as circadian clock, light, feeding time and diet-type on energy homeostasis in various tissues/organs of organisms with most of the findings done in mammals. Little is known about the impact of circadian clock and the above-mentioned factors on circulating lipids, especially the transport form of lipids - diacylglycerol (DG) and membrane lipids such as phosphatidylethanolamine (PE) and phosphatidylcholine (PC) in the Drosophila hemolymph. The fruit fly Drosophila is a prime model organism in circadian, behaviour and metabolism research. To study the role of circadian clock and behaviour in metabolism, we performed an extensive comparative hemolymph lipid (diacylglycerol: DG, phosphatidylethanolamine: PE, phosphatidylcholine: PC) analysis using ultra performance liquid chromatography coupled to time-of-flight mass spectrometry (UPLC-MS) between wild-type flies (WTCS) and clock disrupted mutants (per01). In addition, clock controlled food intake– feeding behaviour was investigated. Time-dependent variation of transport (DG) and membrane lipids (PE and PC) were not rhythmic in WTCS under constant darkness and in per01 under LD, suggesting an impact of light and clock genes on daily lipid oscillations. Day-time and night-time restriction of food led to comparable lipid profiles, suggesting that lipid oscillations are not exclusively entrained by feeding but rather are endogenously regulated. Ultradian oscillations in lipid levels in WTCS under LD were masked by digested fatty acids since lipid levels peaked more robustly at the beginning and end of light phase when flies were fed a lipid- and protein-free diet. These results suggest that metabolite (DG, PE and PC) oscillation is influenced by complex interactions between nutrient-type, photic conditions, circadian clock and feeding time. In conclusion, the results of this thesis suggest that circadian clocks determine transport and membrane lipid oscillation in Drosophila hemolymph in complex interactions between nutrient-type, photic conditions and feeding behaviour. N2 - Die Interaktion zwischen Innerer Uhr und Metabolismus ist von zunehmendem Interesse, weil Störungen der Inneren Uhr oft mit metabolischen Störungen assoziiert sind. Zahlreiche Untersuchungen zum Einfluss verschiedener Faktoren, u.a. der Inneren Uhr, Lichtregime, Zeitpunkt der Nahrungsaufnahme und Art der Diät, auf die Energiehomöostase in verschiedenen Geweben und Organen wurden vor allem in Säugetieren durchgeführt. Der Einfluss der Inneren Uhr und der oben genannten weiteren Faktoren auf zirkulierende Lipide in der Hämolymphe von Drosophila, insbesondere auf die Transportform Diacylglycerol (DG) und Membranlipide (wie z.B. Phosphatidylethanolamin (PE) und Phospathidylcholine (PC)), ist jedoch kaum untersucht. Die Taufliege Drosophila dient dabei als hervorragendes Modell in der circadianen Verhaltens- und Metabolismusforschung. Um die Rolle der Inneren Uhr und circadianen Verhaltens auf den Metabolismus zu untersuchen, haben wir eine extensive und vergleichende Lipidanalyse (DG, PE, PC) in der Hämolymphe von Wildtyp-Fliegen (WTCS) und Uhrmutanten (per01) mittels Ultrahochleistungs-Flüssigkeits-chromatographie gekoppelt mit Flugzeit-Massenspektrometrie (UPLC-MS) durchgeführt. Gleichzeitig wurde auch die circadian gesteuerte Nahrungsaufnahme untersucht. Die zeitabhängigen Schwankungen der Transport-(DG) und Membranlipide (PE, PC) unterlagen keiner tageszeitlichen Rhythmik in konstanter Dunkelheit in Wildtypfliegen, und unter Licht-Dunkelwechsel (LD) in per01 Mutanten. Dies weist auf einen Einfluss der Inneren Uhr und des Lichts auf tägliche Lipidschwankungen hin. Restriktion der Futtergabe auf entweder Tag oder Nacht ergab ähnliche Lipidprofile, was darauf hinweist, daß Schwankungen in den Lipidkonzentrationen nicht ausschliesslich durch die Nahrungsaufnahme, sondern auch endogen geregelt werden. Ultradiane Oszillationen in der Lipidkonzentration in WTCS unter LD-Bedingungen wurden durch mit der Nahrung aufgenommene Fettsäuren maskiert, zeigten sich aber deutlicher zu Beginn und Ende der Lichtphase wenn die Fliegen auf einer Lipid- und Protein-freien Diät gehalten wurden. Diese Ergebnisse weisen darauf hin, daß Oszillationen in Lipiden (DG, PE und PC) in der Hämolymphe durch eine komplexe Interaktion zwischen Diättyp, Lichtregime, Innerer Uhr und Zeitpunkt der Nahrungsaufnahme bestimmt wird. Zusammengenommen zeigen die Resultate dieser Arbeit, dass die Innere Uhr in komplexer Interaktion mit Diättyp, Lichtregime und Freßverhalten das zeitliche Profil von Transport- und Membranlipiden in der Drosophila-Hämolymphe bestimmt. KW - Pharmaceutische Biologie KW - DG diacyglycerol KW - PE Phosphoethanolamine Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-244462 ER - TY - THES A1 - Lesch, Veronika T1 - Self-Aware Optimization of Cyber-Physical Systems in Intelligent Transportation and Logistics Systems T1 - Self-Aware Optimierung von Cyber-Physischen Systemen in Intelligenten Transport- und Logistiksystemen N2 - In today's world, circumstances, processes, and requirements for systems in general-in this thesis a special focus is given to the context of Cyber-Physical Systems (CPS)-are becoming increasingly complex and dynamic. In order to operate properly in such dynamic environments, systems must adapt to dynamic changes, which has led to the research area of Self-Adaptive Systems (SAS). These systems can deal with changes in their environment and the system itself. In our daily lives, we come into contact with many different self-adaptive systems that are designed to support and improve our way of life. In this work we focus on the two domains Intelligent Transportation Systems (ITS) and logistics as both domains provide complex and adaptable use cases to prototypical apply the contributions of this thesis. However, the contributions are not limited to these areas and can be generalized also to other domains such as the general area of CPS and Internet of Things including smart grids or even intelligent computer networks. In ITS, real-time traffic control is an example adaptive system that monitors the environment, analyzes observations, and plans and executes adaptation actions. Another example is platooning, which is the ability of vehicles to drive with close inter-vehicle distances. This technology enables an increase in road throughput and safety, which directly addresses the increased infrastructure needs due to increased traffic on the roads. In logistics, the Vehicle Routing Problem (VRP) deals with the planning of road freight transport tours. To cope with the ever-increasing transport volume due to the rise of just-in-time production and online shopping, efficient and correct route planning for transports is important. Further, warehouses play a central role in any company's supply chain and contribute to the logistical success. The processes of storage assignment and order picking are the two main tasks in mezzanine warehouses highly affected by a dynamic environment. Usually, optimization algorithms are applied to find solutions in reasonable computation time. SASes can help address these dynamics by allowing systems to deal with changing demands and constraints. For the application of SASes in the two areas ITS and logistics, the definition of adaptation planning strategies is the key success factor. A wide range of adaptation planning strategies for different domains can be found in the literature, and the operator must select the most promising strategy for the problem at hand. However, the No-Free-Lunch theorem states that the performance of one strategy is not necessarily transferable to other problems. Accordingly, the algorithm selection problem, first defined in 1976, aims to find the best performing algorithm for the current problem. Since then, this problem has been explored more and more, and the machine learning community, for example, considers it a learning problem. The ideas surrounding the algorithm selection problem have been applied in various use cases, but little research has been done to generalize the approaches. Moreover, especially in the field of SASes, the selection of the most appropriate strategy depends on the current situation of the system. Techniques for identifying the situation of a system can be found in the literature, such as the use of rules or clustering techniques. This knowledge can then be used to improve the algorithm selection, or in the scope of this thesis, to improve the selection of adaptation planning strategies. In addition, knowledge about the current situation and the performance of strategies in similar previously observed situations provides another opportunity for improvements. This ongoing learning and reasoning about the system and its environment is found in the research area Self-Aware Computing (SeAC). In this thesis, we explore common characteristics of adaptation planning strategies in the domain of ITS and logistics presenting a self-aware optimization framework for adaptation planning strategies. We consider platooning coordination strategies from ITS and optimization techniques from logistics as adaptation planning strategies that can be exchanged during operation to better reflect the current situation. Further, we propose to integrate fairness and uncertainty handling mechanisms directly into the adaptation planning strategies. We then examine the complex structure of the logistics use cases VRP and mezzanine warehouses and identify their systems-of-systems structure. We propose a two-stage approach for vertical or nested systems and propose to consider the impact of intertwining horizontal or coexisting systems. More specifically, we summarize the six main contributions of this thesis as follows: First, we analyze specific characteristics of adaptation planning strategies with a particular focus on ITS and logistics. We use platooning and route planning in highly dynamic environments as representatives of ITS and we use the rich Vehicle Routing Problem (rVRP) and mezzanine warehouses as representatives of the logistics domain. Using these case studies, we derive the need for situation-aware optimization of adaptation planning strategies and argue that fairness is an important consideration when applying these strategies in ITS. In logistics, we discuss that these complex systems can be considered as systems-of-systems and this structure affects each subsystem. Hence, we argue that the consideration of these characteristics is a crucial factor for the success of the system. Second, we design a self-aware optimization framework for adaptation planning strategies. The optimization framework is abstracted into a third layer above the application and its adaptation planning system, which allows the concept to be applied to a diverse set of use cases. Further, the Domain Data Model (DDM) used to configure the framework enables the operator to easily apply it by defining the available adaptation planning strategies, parameters to be optimized, and performance measures. The framework consists of four components: (i) Coordination, (ii) Situation Detection, (iii) Strategy Selection, and (iv) Parameter Optimization. While the coordination component receives observations and triggers the other components, the situation detection applies rules or clustering techniques to identify the current situation. The strategy selection uses this knowledge to select the most promising strategy for the current situation, and the parameter optimization applies optimization algorithms to tune the parameters of the strategy. Moreover, we apply the concepts of the SeAC domain and integrate learning and reasoning processes to enable ongoing advancement of the framework. We evaluate our framework using the platooning use case and consider platooning coordination strategies as the adaptation planning strategies to be selected and optimized. Our evaluation shows that the framework is able to select the most appropriate adaptation strategy and learn the situational behavior of the system. Third, we argue that fairness aspects, previously identified as an important characteristic of adaptation planning strategies, are best addressed directly as part of the strategies. Hence, focusing on platooning as an example use case, we propose a set of fairness mechanisms to balance positive and negative effects of platooning among all participants in a platoon. We design six vehicle sequence rotation mechanisms that continuously change the leader position among all participants, as this is the position with the least positive effects. We analyze these strategies on roads of different sizes and with different traffic volumes, and show that these mechanisms should also be chosen wisely. Fourth, we address the uncertainty characteristic of adaptation planning strategies and propose a methodology to account for uncertainty and also address it directly as part of the adaptation planning strategies. We address the use case of fueling planning along a route associated with highly dynamic fuel prices and develop six utility functions that account for different aspects of route planning. Further, we incorporate uncertainty measures for dynamic fuel prices by adding penalties for longer travel times or greater distance to the next gas station. Through this approach, we are able to reduce the uncertainty at planning time and obtain a more robust route planning. Fifth, we analyze optimization of nested systems-of-systems for the use case rVRP. Before proposing an approach to deal with the complex structure of the problem, we analyze important constraints and objectives that need to be considered when formulating a real-world rVRP. Then, we propose a two-stage workflow to optimize both systems individually, flexibly, and interchangeably. We apply Genetic Algorithms and Ant Colony Optimization (ACO) to both nested systems and compare the performance of our workflow with state-of-the-art optimization algorithms for this use case. In our evaluation, we show that the proposed two-stage workflow is able to handle the complex structure of the problem and consider all real-world constraints and objectives. Finally, we study coexisting systems-of-systems by optimizing typical processes in mezzanine warehouses. We first define which ergonomic and economic constraints and objectives must be considered when addressing a real-world problem. Then, we analyze the interrelatedness of the storage assignment and order picking problems; we identify opportunities to design optimization approaches that optimize all objectives and aim for a good overall system performance, taking into account the interdependence of both systems. We use the NSGA-II for storage assignment and Ant Colony Optimization (ACO) for order picking and adapt them to the specific requirements of horizontal systems-of-systems. In our evaluation, we compare our approaches to state-of-the-art approaches in mezzanine warehouses and show that our proposed approaches increase the system performance. Our proposed approaches provide important contributions to both academic research and practical applications. To the best of our knowledge, we are the first to design a self-aware optimization framework for adaptation planning strategies that integrates situation-awareness, algorithm selection, parameter tuning, as well as learning and reasoning. Our evaluation of platooning coordination shows promising results for the application of the framework. Moreover, our proposed strategies to compensate for negative effects of platooning represent an important milestone, which could lead to higher acceptance of this technology in society and support its future adoption in the real world. The proposed methodology and utility functions that address uncertainty are an important step to improving the capabilities of SAS in an increasingly turbulent environment. Similarly, our contributions to systems-of-systems optimization are major contributions to the state of logistics and systems-of-systems research. Finally, we select real-world use cases for the application of our approaches and cooperate with industrial partners, which highlights the practical relevance of our contributions. The reduction of manual effort and required expert knowledge in our self-aware optimization framework is a milestone in bridging the gap between academia and practice. One of our partners integrated the two-stage approach to tackling the rVRP into its software system, improving both time to solution and solution quality. In conclusion, the contributions of this thesis have spawned several research projects such as a long-term industrial project on optimizing tours and routes in parcel delivery funded by Bayerisches Verbundforschungsprogramm (BayVFP) – Digitalisierung and further collaborations, opening up many promising avenues for future research. N2 - In der heutigen Welt werden die Umstände, Prozesse und Anforderungen an Systeme im allgemeinen-in dieser Arbeit wird der Fokus besonders auf cyber-physische Systeme (engl. Cyber-Physical Systems (CPS)) gelegt-immer komplexer. Um in solch dynamischen Umgebungen ordnungsgemäß zu funktionieren, müssen sich diese Systeme an Veränderungen anpassen. Diese Herausforderungen führten zu der Entstehung des Forschungsbereichs selbst-adaptiver Systeme (engl. Self-Adaptive Systems (SAS)). Diese Systeme können mit Veränderungen in ihrer Umgebung, als auch in sich selbst umgehen und sich an geänderte Gegebenheiten anpassen. In unserem alltäglichen Leben kommen wir daher zunehmend mit SAS in Berührung, welche unsere Lebensqualität unterstützen und verbessern sollen. In dieser Arbeit konzentrieren wir uns auf die beiden Bereiche Intelligenter Transportsysteme (engl. Intelligent Transportation Systems (ITS)) und Logistik, da beide Bereiche komplexe und anpassbare Anwendungsfälle bieten, um die Beiträge dieser Arbeit prototypisch anzuwenden. Die vorgestellten Beiträge sind jedoch nicht auf diese Bereiche beschränkt und können auch auf andere Bereiche wie den allgemeinen Bereich von cyber-physischen Systemen und dem Internet der Dinge einschließlich intelligenter Stromnetze oder intelligenter Computernetze verallgemeinert werden. Als ein Beispiel für adaptive Systeme in der realen Welt kann die Echtzeit-Verkehrssteuerung genannt werden. Diese Systeme überwachen die Umgebung, analysieren Beobachtungen und planen Anpassungsmaßnahmen um den Verkehrsfluss zu regulieren. Ein weiteres Beispiel ist das sogenannte Platooning, welches die Fähigkeit beschreibt, in Gruppen mit geringen Abständen zwischen den beteiligten Fahrzeugen zu fahren. Das stetig wachsende Verkehrsvolumen auf den Straßen führt automatisch zu einem erhöhten Infrastrukturbedarf, den Behörden derzeit durch Neubau und Erweiterung der existierenden Infrastruktur begegnen. Platooning ist eine vielversprechende Technologie, die durch die Reduzierung der Mindestabstände von Fahrzeugen und Kommunikation zwischen diesen, automatisch zu einer Erhöhung des Verkehrsdurchsatzes sowie der Sicherheit auf der verwendeten Infrastruktur führt. Auch im Bereich der Logistik finden sich diverse Beispiele für SAS, wie zum Beispiel die Tourenplanung (engl. Vehicle Routing Problem (VRP)) welches sich mit der Planung von Touren für den Straßengütervekehr befasst. Zur Bewältigung des ständig steigenden Transportaufkommens aufgrund zunehmender Just-in-Time-Produktion und erhöhter Nachfrage durch Online-Shopping ist eine effiziente und korrekte Routenplanung für Warentransporte besonders wichtig. Üblicherweise werden Optimierungsalgorithmen angewandt, um sinnvolle Lösungen in angemessener Rechenzeit zu finden. Durch die Anwendung von Konzepten der SAS kann die Dynamik des Problems berücksichtigt werden, indem es den Umgang mit sich ändernden Anforderungen, Einschränkungen und spontan eingehenden Aufträgen ermöglicht. Darüber hinaus spielen Lagerhäuser eine zentrale Rolle in der Lieferkette von Unternehmen und tragen maßgeblich zum logistischen Erfolg bei. Fachbodenregallager (engl. mezzanine warehouses) sind laut Expertenschätzung die am häufigsten verwendeten Lager wenn Mitarbeiter die eingelagerten Güter manuell ein- und auslagern (engl. picker-to-part). Die Prozesse der Lagerzuweisung und der Kommissionierung sind die beiden Hauptaufgaben in Fachbodenregallagern, welche ebenfalls häufig mit Optimierungsalgorithmen gelöst werden. Beide Prozesse müssen in einer dynamischen Umgebung ablaufen, für die SAS einen vielversprechenden Lösungsansatz darstellt. Für die Anwendung von SAS in diesen beiden Bereichen ist die Definition von Anpassungsplanungsstrategien (engl. adaptation planning strategies) der Schlüsselfaktor für den Erfolg des Gesamtsystems. In der Literatur finden sich zahlreiche Anpassungsplanungsstrategien für verschiedene Anwendungsbereiche, was dazu führt, dass der Anwender die vielversprechendste Strategie für das jeweilige Problem auswählen muss. Das No-Free-Lunch-Theorem besagt jedoch, dass die Leistung einer Strategie nicht direkt auf andere Probleme übertragbar ist. Dementsprechend zielt das 1976 erstmals definierte Problem der Algorithmenauswahl darauf ab, den leistungsfähigsten Algorithmus für das aktuelle Problem zu finden. Seitdem wurde diese Problemstellung immer weiter erforscht, und wird beispielsweise von der Forschungsgemeinschaft, welche sich mit maschinellem Lernen beschäftigt, als Lernproblem angesehen. In der Literatur lassen sich vielfältige Ideen finden, welche auf die Algorithmentauswahl in verschiedenen Anwendungsfällen abzielen. Jedoch wurde bisher nur wenig Forschung betrieben, um diese Ansätze zu verallgemeinern und auf andere Anwendungsfälle zu übertragen. Darüber hinaus hängt besonders im Bereich der SAS die Auswahl der am besten geeigneten Strategie von der aktuellen Situation des Systems ab. In der Literatur finden sich Techniken zur Identifizierung der Situation eines Systems, z. B. durch Anwendung von Regeln oder Clustering-Techniken. Dieses Wissen kann dann verwendet werden, um die Auswahl der Algorithmen, oder im Rahmen dieser Arbeit, die Auswahl der Anpassungsplanungsstrategien zu verfeinern. Darüber hinaus bietet die Kenntnis über die aktuelle Situation und die Leistung von Anpassungsplanungsstrategien in ähnlichen, zuvor beobachteten Situationen eine weitere Möglichkeit für Verbesserungen. Dieses Lernen und Nachdenken (engl. reasoning) über das System und seine Umgebung ist Kernbestandteil des Forschungsbereichs der sich selbst bewusster Computer Systeme (engl. Self-Aware Computing (SeAC)). In dieser Arbeit untersuchen wir gemeinsame Merkmale von Anpassungsplanungsstrategien in den Anwendungsbereichen ITS sowie Logistik und stellen ein sich seiner selbst bewusstes (engl. self-aware) Rahmenkonzept zur Optimierung dieser Strategien vor. Wir betrachten Platooning-Koordinations-strategien aus dem Bereich ITS und Optimierungstechniken aus der Logistik als Anpassungsplanungsstrategien, die unter Berücksichtigung der aktuellen Situation ausgetauscht und optimiert werden können. Darüber hinaus schlagen wir vor, die Aspekte Fairness und Unsicherheit direkt in solche Strategien zu integrieren. Anschließend untersuchen wir die komplexe Struktur der logistischen Anwendungsfälle VRP und Fachbodenregallager und identifizieren ihre Struktur bestehend aus Systemen von Systemen (engl. System-of-Systems). Wir entwerfen einen zweistufigen Ansatz für vertikale oder verschachtelte Systeme und schlagen vor, die Auswirkungen der Verflechtung horizontaler oder koexistierender Systeme zu berücksichtigen. Im Einzelnen fassen wir die sechs Hauptbeiträge dieser Arbeit wie folgt zusammen: Zu Beginn analysieren wir die spezifischen Merkmale von Anpassungsplanungsstrategien mit besonderem Augenmerk auf ITS und Logistik. Wir verwenden Platooning und Routenplanung in hochdynamischen Umgebungen als Repräsentanten für ITS und rich VRP (rVRP) sowie Fachbodenregallager als Vertreter der Logistikdomäne. Anhand dieser Fallstudien leiten wir die Notwendigkeit einer situationsgerechten Optimierung von Anpassungsplanungsstrategien ab und argumentieren, dass Fairness ein wichtiger Aspekt bei der Anwendung dieser Strategien in ITS ist. Im Bereich der Logistik erörtern wir, dass diese komplexen Systeme als System von Systemen betrachtet werden können und dass diese Struktur die Leistung der einzelnen Teilsysteme beeinflusst. Daher argumentieren wir, dass die Berücksichtigung dieser Merkmale ein entscheidender Faktor für den Erfolg des Gesamtsystems ist. Zweitens entwerfen wir ein sich seiner selbst bewusstes Rahmenwerk zur Optimierung von Anpassungsplanungsstrategien. Wir abstrahieren den Rahmen für die Optimierung der Strategien auf eine dritte Ebene oberhalb des Anwendungsfalls und seinem Anpassungsplanungssystems, was die Übertragung der Konzepte auf eine Vielzahl von Anwendungsfällen ermöglicht. Darüber hinaus schlagen wir ein Domänendatenmodell (engl. Domain Data Model) für die Konfiguration des Rahmenwerks vor, so dass der Anwender durch die Definition von verfügbaren Anpassungsplanungsstrategien, der zu optimierenden Parameter und der Leistungsmaße das Rahmenwerk individuell anwenden kann. Der Rahmen besteht aus vier Komponenten: (i) Koordination, (ii) Situationserkennung, (iii) Strategieauswahl, und (iv) Parameteroptimierung. Während die Koordinationskomponente Beobachtungen empfängt und die anderen Komponenten aufruft, wendet die Situationserkennung Regeln oder Clustering-Techniken an, um die aktuelle Situation zu identifizieren. Die Strategieauswahl nutzt dieses Wissen, um die vielversprechendste Strategie für die aktuelle Situation auszuwählen, und die Parameteroptimierung wiederum wendet Optimierungsalgorithmen an, um die Parameter der Strategie einzustellen. Darüber hinaus wenden wir die Konzepte aus dem Bereich des SeAC an und integrieren Schlussfolgerungs- und Lernprozesse, um eine kontinuierliche Weiterentwicklung des Rahmenwerks zu ermöglichen. Wir evaluieren unser Rahmenwerk anhand des Anwendungsfalls Platooning und wählen dynamisch Platooning-Koordinationsstrategien aus und optimieren deren Parameterbelegung. Unsere Evaluation zeigt, dass das Rahmenwerk in der Lage ist, die am besten geeignete Anpassungsstrategie auszuwählen und das situative Verhalten des Systems zu erlernen. Drittens argumentieren wir, dass der Aspekt Fairness am besten direkt in den Strategien berücksichtigt werden sollte. Daher schlagen wir eine Reihe von Fairness-Mechanismen vor, um positive und negative Auswirkungen des Platooning zwischen allen Teilnehmern eines Platoons auszugleichen. Wir entwerfen sechs Mechanismen zur Rotation der Fahrzeugreihenfolge im Platoon, die die Führungsposition unter allen Teilnehmern kontinuierlich wechseln, da dies die Position mit den geringsten positiven Auswirkungen ist. Wir analysieren diese Strategien auf Straßen unterschiedlicher Größe sowie mit unterschiedlichem Verkehrsaufkommen und zeigen, dass auch diese Mechanismen mit Bedacht gewählt werden sollten. Viertens befassen wir uns mit Unsicherheit und schlagen eine Methodik vor, um Unsicherheit zu berücksichtigen und sie auch direkt in den Anpassungsplanungsstrategien zu behandeln. Wir befassen uns mit der optimierten Auswahl von Tankstellen entlang einer Route, die mit hochdynamischen Treibstoffpreisen einhergeht, und entwickeln sechs Nutzenfunktionen, welche verschiedene Aspekte der Routenplanung berücksichtigen. Darüber hinaus integrieren wir Unsicherheitsmaße für dynamische Kraftstoffpreise, indem wir Strafen für längere Fahrtzeiten oder eine größere Entfernung zur nächsten Tankstelle hinzufügen. Durch diesen Ansatz sind wir in der Lage, die Unsicherheit zum Planungszeitpunkt zu reduzieren und erhalten so eine robustere Routenplanung. Fünftens erforschen wir die Optimierung von verschachtelten System von Systemen für den Anwendungsfall rVRP. Bevor wir einen Ansatz zur Bewältigung der komplexen Struktur des Problems vorschlagen, analysieren wir wichtige Einschränkungen und Ziele, die bei der Erstellung eines realen rVRP berücksichtigt werden sollten. Dann schlagen wir einen zweistufigen Arbeitsablauf (engl. Workflow) vor, mit dem beide Systeme individuell, flexibel und austauschbar optimiert werden können. Wir wenden einen genetischen Algorithmus (engl. Genetic Algorithm (GA)) und einen Ameisenalgorithmus (engl. Ant Colony Optimization (ACO)) auf beide Systeme an und vergleichen die Leistung unseres Arbeitsablaufs mit weit verbreiteten Optimierungsalgorithmen für diesen Anwendungsfall. In unserer Bewertung zeigen wir, dass der vorgeschlagene zweistufige Arbeitsablauf in der Lage ist, die komplexe Struktur der Problemstellung zu bewältigen und alle realitätsnahen Einschränkungen und Ziele zu berücksichtigen. Schließlich untersuchen wir koexistierende Systeme von Systemen, indem wir typische Prozesse in Fachbodenregallager optimieren. Zunächst definieren wir, welche ergonomischen und wirtschaftlichen Randbedingungen sowie Ziele bei der Erstellung eines realen Problems berücksichtigt werden müssen. Dann analysieren wir die Wechselbeziehung zwischen Lagerzuordnungs- und Kommissionierproblemen und zeigen Möglichkeiten auf, Optimierungsansätze zu entwerfen, die alle Ziele optimieren sowie eine gute Gesamtsystemleistung anstreben, während gleichzeitig die gegenseitige Abhängigkeit beider Systeme berücksichtigt wird. Wir verwenden NSGA-II für die Lagerbelegung und ACO für die Kommissionierung und passen beide an die spezifischen Anforderungen horizontaler Systeme von Systemen an. In unserer Evaluierung vergleichen wir unsere Ansätze mit State-of-the-Art-Ansätzen in Fachbodenregallagern und zeigen, dass die von uns vorgeschlagenen Ansätze die Systemleistung erhöhen. Die von uns vorgeschlagenen Ansätze liefern sowohl für die akademische Forschung, als auch für praktische Anwendungen wichtige Beiträge. Wir sind, unseres Wissens nach, die Ersten, die ein sich seiner Selbst bewusstes Rahmenwerk zur Optimierung von Anpassungsplanungsstrategien entwerfen, das Situationsbewusstsein, Algorithmenauswahl, Parameteroptimierung sowie Lernen und Schlussfolgern integriert. Unsere Evaluierung der Platooning-Koordination zeigt vielversprechende Ergebnisse für die Anwendung des Rahmenwerks, da es in der Lage ist, die am besten geeignete Anpassungsplanungsstrategie auszuwählen und situatives Verhalten zu erlernen. Darüber hinaus stellen die von uns vorgeschlagenen Strategien zur Kompensation negativer Auswirkungen des Platooning einen wichtigen Meilenstein für die weitere Forschung im Bereich der Platooning-Koordination dar, was zu einer höheren Akzeptanz in der Gesellschaft und einer wahrscheinlicheren Übernahme der Technologie in der realen Welt führen könnte. Die vorgeschlagene Methodik und die Nutzenfunktionen, die sich mit Unsicherheit befassen, sind ein wichtiger Schritt zur Verbesserung der Fähigkeiten von SAS in einer zunehmend turbulenten Umgebung. In ähnlicher Weise sind unsere Beiträge zur Optimierung von Systemen bestehend aus weiteren Systemen wichtige Beiträge zum Stand der Logistik- und System-of-System-Forschung. Schlussendlich haben wir für die Anwendung unserer Ansätze reale Anwendungsfälle ausgewählt und mit Industriepartnern zusammengearbeitet, was die praktische Relevanz unserer Beiträge unterstreicht. Die Reduzierung des manuellen Aufwands und des erforderlichen Expertenwissens in unserem selbstlernenden Rahmenwerk ist ein Meilenstein in der Überbrückung der Kluft zwischen Wissenschaft und Praxis. Einer unserer Partner hat den zweistufigen Ansatz zur Bewältigung des rVRP bereits in sein Softwaresystem integriert, was sowohl die Zeit zur Lösungsfindung als auch die Lösungsqualität verbessert. Zusammenfassend führten die Beiträge dieser Arbeit zu weiteren Forschungsprojekten, zum Beispiel einem Industrie-Projekt zur Optimierung von Paketzustellungen gefördert vom Bayerischer Verbundforschungsprogramm (BayVFP) - Digitalisierung, sowie weiteren Kooperationen, die vielversprechende Perspektiven für die künftige Forschung eröffnen. KW - Mehrkriterielle Optimierung KW - Cyber-physisches System KW - Transportsystem KW - Logistik KW - Platooning KW - Self-Aware Computing KW - Vehicle Routing Problem KW - Intelligent Transportation Systems Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272285 ER - TY - THES A1 - Panzer, Sabine T1 - Spotlight on Fungal Rhodopsins: A Microscopic and Electrophysiological Study T1 - Pilzliche Rhodopsine im Rampenlicht: eine Mikroskopische und Elektrophysiologische Studie N2 - Microbial rhodopsins are abundant membrane proteins often capable of ion transport and are found in all three domains of life. Thus, many fungi, especially phyto-associated or phyto-pathogenic ones, contain these green-light-sensing photoreceptors. Proteins that perceive other wavelengths are often well characterized in terms of their impact on fungal biology whereas little is known about the function of fungal rhodopsins. In this work, five fungal rhodopsins, UmOps1 and UmOps2 from the corn smut Ustilago maydis as well as ApOps1, ApOps2 and ApOps3 from the black yeast Aureobasidium pullulans, were characterized electrophysiologically using mammalian expression systems and the patch-clamp technique to explore their ion transport properties. The latter three were modified using a membrane trafficking cassette, termed “2.0” that consists of the lucy rho motif, two Kir2.1 Golgi apparatus trafficking signals and a Kir2.1 endoplasmic reticulum export signal, what resulted in better plasma membrane localization. Rhodopsin mutants were created to identify amino acid residues that are key players in the ion transport process. Current enhancement in the presence of weak organic acids, that was already described before for the fungal rhodopsin CarO from Fusarium fujikuroi (García-Martínez et al., 2015; Adam et al., 2018), was investigated for the U. maydis rhodopsins as well as for ApOps2 by supplementing acetate in the patch-clamp electrolyte solutions. All five rhodopsins were found to be proton pumps unidirectionally transporting protons out of the cytosol upon green-light exposure with every rhodopsin exhibiting special features or unique characteristics in terms of the photocurrents. To name just a few, UmOps1, for example, showed a striking pH-dependency with massive enhancement of pump currents in the presence of extracellular acidic pH. Moreover, especially ApOps2 and ApOps3 showed very high current densities, however, the ones of ApOps3 were impaired when exchanging intracellular sodium to cesium. Concerning the mutations, it was found, that the electron releasing group in UmOps1 seems to be involved in the striking pH effect and that the mutation of the proton donor site resulted in almost unfunctional proteins. Moreover, a conserved arginine inside ApOps2 was mutated to turn the proton pump into a channel. Regarding the effect of weak organic acids, acetate was able to induce enhanced pump currents in UmOps1 and ApOps2, but not in UmOps2. Due to the capability of current production upon light illumination, microbial rhodopsins are used in the research field of optogenetics that aims to control neuronal activity by light. ApOps2 was used to test its functionality in differentiated NG108-15 cells addressing the question whether it is a promising candidate that can be used as an optogenetic tool. Indeed, this rhodopsin could be functionally expressed in this experimental system. Furthermore, microscopic studies were done to elucidate the localization of selected rhodopsins in fungal cells. Therefore, conventional (confocal laser scanning or structured illumination microscopy) as well as novel super-resolution techniques (expansion or correlated light and electron microscopy) were used. This was done on U. maydis sporidia, the yeast-like form of this fungus, via eGFP-tagged UmOps1 or UmOps2 expressing strains. Moreover, CarO-eYFP expressing F. fujikuroi was imaged microscopically to confirm the plasma membrane and tonoplast localization (García-Martínez et al., 2015) with the help of counterstaining experiments. UmOps1 was found to reside in the plasma membrane, UmOps2 localized to the tonoplast and CarO was indeed found in both of these localizations. This work gains further insight into rhodopsin functions and paves the way for further research in terms of the biological role of rhodopsins in fungal life cycles. N2 - Mikrobielle Rhodopsine sind häufig vorkommende Membranproteine, welche oft fähig sind, Ionen zu transportieren. Sie kommen in allen drei Domänen vor. So weisen auch Pilze – vor allem pflanzenassoziierte oder pflanzenpathogene – diese Grünlichtrezeptoren auf. Proteine, die andere Wellenlängen empfangen können, sind bereits häufig gut in Bezug auf ihren Einfluss auf die Pilzbiologie untersucht, wohingegen nur wenig über die Funktion der pilzlichen Rhodopsine bekannt ist. Hier wurden fünf Rhodopsine, UmOps1 und UmOps2 des Maisbeulenbrandes Ustilago maydis, sowie ApOps1, ApOps2 und ApOps3 des schwarzen Hefepilzes Aureobasidium pullulans bezüglich ihrer Ionentransport-Eigenschaften mit Hilfe von Säugerzelllinien und der Patch-Clamp Technik untersucht. Die drei letzteren wurden mit der „2.0“-Modifikation ausgestattet, bestehend aus dem lucy rho Motif, zwei Kir2.1 Golgiapparat Transfer- und einem Kir2.1 Endoplasmatischen Retikulum-Export-Signal, was zu einer besseren Plasmamembran-Lokalisierung der Proteine führte. Es wurden weiterhin Rhodopsin-Mutanten hergestellt um Aminosäuren zu identifizieren, welche im Ionentransport Schlüsselfunktionen einnehmen. Des Weiteren wurde der Effekt von schwachen organischen Säuren auf den Ionentransport der U. maydis Rhodopsine und auf ApOps2 mittels Supplementation der Patch-Clamp-Elektrolyten mit Acetat untersucht. Dieser Effekt wurde bereits früher für CarO aus Fusarium fujikuroi nachgewiesen (García-Martínez et al., 2015; Adam et al., 2018) und bezeichnet eine Erhöhung der lichtinduzierten Ströme durch die extrazelluläre Anwesenheit schwacher organischer Säuren. Alle fünf untersuchten Rhodopsine wurden als Grünlicht getriebene Pump-Rhodopsine identifiziert, welche Protonen unidirektional aus dem Zytosol transportieren. Hierbei zeigten die lichtinduzierten Ströme jedes Rhodopsins spezielle Eigenschaften und Merkmale. Unter anderem zeigte UmOps1 eine unerwartete pH-Abhängigkeit indem die Pumpströme bei extrazellulärem sauren pH massiv erhöht wurden. Des Weiteren zeigten sowohl ApOps2 als auch ApOps3 sehr hohe Stromdichten, wobei jedoch die von ApOps3 rapide abnahm, sobald intrazelluläres Natrium durch Caesium ersetzt wurde. Bezüglich der Rhodopsin- Mutanten konnte gezeigt werden, dass die Proton-Releasing-Group von UmOps1 wahrscheinlich in die erstaunliche pH-Abhängigkeit involviert ist und dass die Mutation des Proton-Donors zu meist nicht funktionalen Proteinen führt. Ein konserviertes Arginin in ApOps2 wurde mutiert um das Pump-Rhodopsin in einen Kanal umzuwandeln. Der Schwache-Organische-Säure-Effekt konnte für UmOps1 und ApOps2, nicht aber für UmOps2 nachgewiesen werden. Wegen ihrer Ionentransport-Eigenschaften werden mikrobielle Rhodopsine in der Optogenetik eingesetzt um neuronale Zellen mittels Lichts zu steuern. Hier wurde ApOps2 benutzt um dessen Funktionalität in ausdifferenzierten NG108-15 Zellen zu testen und ob dieses Rhodopsin ein vielversprechender Kandidat für optogenetische Anwendungen wäre. In der Tat gelang es, ApOps2 funktional in diesem Testsystem zu exprimieren. Des Weiteren wurde die Lokalisation von UmOps1 und UmOps2 in Sporidien (hefeähnliche Form von U. maydis) mittels eGFP-Label untersucht, sowie die Plasmamembran- und Tonoplast-Lokalisierung von CarO-eYFP in F. fujikuroi (García- Martínez et al., 2015) mittels Gegenfärbungen bestätigt. Hierfür wurden konventionelle (konfokale Laserraster-, sowie strukturierte Beleuchtungsmikroskopie) und auch neuartige hochaufgelöste Mikroskopie-Methoden (Expansions- und korrelative Licht- und Elektronenmikroskopie) verwendet. Es konnten hier weitere Einblicke in die Funktionen pilzlicher Rhodopsine gewonnen werden, welche den Weg für weitere Forschung in Bezug auf den Einfluss dieser Proteine auf das Leben der Pilze ebnen. KW - Opsin KW - Microscopy KW - Patch-clamp KW - Ustilago maydis KW - Aureobasidium pullulans KW - Expansion Microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-271859 ER - TY - THES A1 - Hahn, Lukas T1 - Novel Thermoresponsive Hydrogels Based on Poly(2-oxazoline)s and Poly(2-oxazine)s and their Application in Biofabrication T1 - Neuartige Thermoresponsive Hydrogele Basierend auf Poly(2-oxazoline) und Poly(2-oxazine) und die Anwendung in der Biofabrikation N2 - In this work, the influence of aromatic structures on drug encapsulation, self-assembly and hydrogel formation was investigated. The physically crosslinked gelling systems were characterized and optimized for the use in biofabrication and applied in initial (bio)printing experiments. Chapter I: The cytocompatible (first in vitro and in vivo studies) amphiphile PMeOx-b-PBzOx-b- PMeOx (A-PBzOx-A) was used for the solubilization of PTX, schizandrin A (SchA), curcumin (CUR), niraparib and HS-173. Chapter II: Compared to the polymers A-PPheOx-A, A-PBzOx-A and A-PBzOzi-A, only the polymer A-PPheOzi-A showed a reversible temperature- and concentration-dependent inverse thermogelation, which is accompanied by a morphology change from long wormlike micelles in the gel to small spherical micelles in solution. The worm formation results from novel interactions between the hydrophilic and hydrophobic aromatic polymer blocks. Changes in the hydrophilic block significantly alter the gel system. Rheological properties can be optimized by concentration and temperature, which is why the hydrogel was used to significantly improve the printability and stability of Alg in a blend system. Chapter III: By extending the side chain of the aromatic hydrophobic block, the inverse thermogelling polymer A-poly(2-phenethyl-2-oxazoline)-A (A-PPhenEtOx-A) is obtained. Rapid gelation upon cooling is achieved by inter-correlating spherical micelles. Based on ideal rheological properties, first cytocompatible bioprinting experiments were performed in combination with Alg. The polymers A- poly(2-benzhydryl-2-oxazoline)-A (A-PBhOx-A) and A-poly(2-benzhydryl-2-oxazine) (A-PBhOzi-A) are characterized by two aromatic benzyl units per hydrophobic repeating unit. Only the polymer A- PBhOzi-A exhibited inverse thermogelling behavior. Merging micelles could be observed by electron microscopy. The system was rheologically characterized and discussed with respect to an application in 3D printing. Chapter IV: The thermogelling POx/POzi system, in particular the block copolymer PMeOx-b- PnPrOzi, was used in different applications in the field of biofabrication. The introduction of maleimide and furan units along the hydrophilic polymer part ensured additional stabilization by Diels-Alder crosslinking after the printing process. N2 - In dieser Arbeit wurde der Einfluss von aromatischen Strukturen auf die Wirkstoffeinkapselung, der Selbstassemblierung und die Hydrogelbildung untersucht. Die physikalisch vernetzten Gele wurden für den Einsatz in der Biofabrikation charakterisiert und optimiert und fanden ersten (Bio)druckversuchen Anwendung. Kapitel I: Das zytokompatible (erste in vitro und in vivo Studien) Amphiphil PMeOx-b-PBzOx-b- PMeOx (A-PBzOx-A) eignet sich hervorragend für die Solubilisierung von PTX, Schizandrin A (SchA), Curcumin (CUR), Niraparib und HS-173. Kapitel II: Ausschließlich das Polymer A-PPheOzi-A zeigt im Vergleich zu den Polymeren A-PPheOx- A, A-PBzOx-A und A-PBzOzi-A eine reversible temperatur- und konzentrationsabhängige inverse Thermogelierung, welche durch eine Morphologie-Änderung von langen wurmartigen Mizellen im Gel zu kleinen sphärischen Mizellen in Lösung begleitet wird. Die Wurmbildung entsteht durch neuartige Wechselwirkungen zwischen den hydrophilen Polymerblöcken und den hydrophoben aromatischen Polymerblöcken. Veränderungen der hydrophilen Blöcke verändert signifikant das Gelsystem. Die rheologischen Eigenschaften können durch Konzentration und Temperatur optimiert werden, weshalb in einem Blendsystem die Druckbarkeit und Stabilität von Alginat signifikant verbessert wurde. Kapitel III: Durch Verlängerung der Seitenkette des aromatischen hydrophoben Blocks erhält man das inverse thermogelierende Polymer A-Poly(2-phenethyl-2-oxazolin)-A (A-PPhenEtOx-A). Die schnelle Gelierung bei Abkühlung wird durch miteinander korrelierende sphärische Mizellen erzielt. Auf Grundlage idealer rheologischer Eigenschaften, konnten erste zytokompatible Biodruckversuche in Kombination mit Alginat durchgeführt werden. Die Polymere A-Poly(2-benzhydryl-2-oxazolin)-A (A- PBhOx-A) und A-Poly(2-benzhydryl-2-oxazine) (A-PBhOzi-A) sind durch zwei aromatische Benzyl- Einheiten pro hydrophober Wiederholungseinheit charakterisiert. Nur das Polymer A-PBhOzi-A zeigt inverses thermogelierendes Verhalten. Durch Elektronenmikroskopie konnten verschmelzende Mizellen beobachtet werden. Das System wurde hinsichtlich einer Anwendung im Bereich des 3D- Drucks rheologisch charakterisiert und diskutiert. Kapitel IV: Das thermogelliernde POx/POzi System, insbesondere das Blockcopolymer PMeOx-b- PnPrOzi, wurde in weiterführenden Studien im Bereich der Biofabrikation genutzt. Durch die Einführung von Maleimide- und Furan-Einheiten entlang des hydrophilen Polymerteil konnte eine zusätzliche Stabilisierung durch Diels-Alder-Vernetzung nach dem Druckprozess realisiert werden. KW - Polymer Science KW - Poly(2-oxazoline)s KW - Bioinks KW - Hydrogels Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-271299 ER - TY - THES A1 - Prieto García, Cristian T1 - USP28 regulates Squamous cell oncogenesis and DNA repair via ΔNp63 deubiquitination T1 - USP28 reguliert Plattenepithelzell-Onkogenese und DNA-Reparatur über ΔNp63-Deubiquitinierung N2 - ∆Np63 is a master regulator of squamous cell identity and regulates several signaling pathways that crucially contribute to the development of squamous cell carcinoma (SCC) tumors. Its contribution to coordinating the expression of genes involved in oncogenesis, epithelial identity, DNA repair, and genome stability has been extensively studied and characterized. For SCC, the expression of ∆Np63 is an essential requirement to maintain the malignant phenotype. Additionally, ∆Np63 functionally contributes to the development of cancer resistance toward therapies inducing DNA damage. SCC patients are currently treated with the same conventional Cisplatin therapy as they would have been treated 30 years ago. In contrast to patients with other tumor entities, the survival of SCC patients is limited, and the efficacy of the current therapies is rather low. Considering the rising incidences of these tumor entities, the development of novel SCC therapies is urgently required. Targeting ∆Np63, the transcription factor, is a potential alternative to improve the therapeutic response and clinical outcomes of SCC patients. However, ∆Np63 is considered “undruggable.” As is commonly observed in transcription factors, ∆Np63 does not provide any suitable domains for the binding of small molecule inhibitors. ∆Np63 regulates a plethora of different pathways and cellular processes, making it difficult to counteract its function by targeting downstream effectors. As ∆Np63 is strongly regulated by the ubiquitin–proteasome system (UPS), the development of deubiquitinating enzyme inhibitors has emerged as a promising therapeutic strategy to target ∆Np63 in SCC treatment. This work involved identifying the first deubiquitinating enzyme that regulates ∆Np63 protein stability. Stateof-the-art SCC models were used to prove that USP28 deubiquitinates ∆Np63, regulates its protein stability, and affects squamous transcriptional profiles in vivo and ex vivo. Accordingly, SCC depends on USP28 to maintain essential levels of ∆Np63 protein abundance in tumor formation and maintenance. For the first time, ∆Np63, the transcription factor, was targeted in vivo using a small molecule inhibitor targeting the activity of USP28. The pharmacological inhibition of USP28 was sufficient to hinder the growth of SCC tumors in preclinical mouse models. Finally, this work demonstrated that the combination of Cisplatin with USP28 inhibitors as a novel therapeutic alternative could expand the limited available portfolio of SCC therapeutics. Collectively, the data presented within this dissertation demonstrates that the inhibition of USP28 in SCC decreases ∆Np63 protein abundance, thus downregulating the Fanconi anemia (FA) pathway and recombinational DNA repair. Accordingly, USP28 inhibition reduces the DNA damage response, thereby sensitizing SCC tumors to DNA damage therapies, such as Cisplatin. N2 - ∆Np63 ist ein Hauptregulator der Plattenepithelzellidentität und reguliert mehrere Signalwege, die entscheidend zur Entstehung von Plattenepithelkarzinomen (SCC) beitragen. Sein Beitrag zur Koordination der Expression von Genen, die an der Onkogenese, der epithelialen Identität, der DNA-Reparatur und der Genomstabilität beteiligt sind, wurde umfassend untersucht und charakterisiert. Für SCC ist die Expression von ∆Np63 eine wesentliche Voraussetzung, um den malignen Phänotyp zu erhalten. Darüber hinaus trägt ∆Np63 funktionell zur Entwicklung einer Krebsresistenz gegenüber Therapien bei, die DNA-Schäden induzieren. SCC-Patienten werden derzeit mit der gleichen konventionellen Cisplatin-Therapie behandelt, wie sie vor 30 Jahren behandelt worden wären. Im Gegensatz zu Patienten mit anderen Tumorentitäten ist das Überleben von SCC-Patienten begrenzt und die Wirksamkeit der aktuellen Therapien eher gering. Angesichts der steigenden Inzidenz dieser Tumorentitäten ist die Entwicklung neuer Therapien für das Plattenepithelkarzinom dringend erforderlich. Das Targeting von ∆Np63, dem Transkriptionsfaktor, ist eine potenzielle Alternative zur Verbesserung des therapeutischen Ansprechens und der klinischen Ergebnisse von SCC-Patienten. ∆Np63 gilt jedoch als „nicht medikamentös“. Wie bei Transkriptionsfaktoren häufig beobachtet, bietet ∆Np63 keine geeigneten Domänen für die Bindung von niedermolekularen Inhibitoren. ∆Np63 reguliert eine Vielzahl von verschiedenen Signalwegen und zellulären Prozessen, was es schwierig macht, seiner Funktion entgegenzuwirken, indem es nachgeschaltete Effektoren angreift. Da ∆Np63 stark durch das Ubiquitin-Proteasom-System (UPS) reguliert wird, hat sich die Entwicklung von deubiquitinierenden Enzyminhibitoren als vielversprechende therapeutische Strategie erwiesen, um ∆Np63 bei der Behandlung von Plattenepithelkarzinomen zu bekämpfen. Diese Arbeit beinhaltete die Identifizierung des ersten deubiquitinierenden Enzyms, das die Stabilität des ∆Np63-Proteins reguliert. Hochmoderne SCC-Modelle wurden verwendet, um zu beweisen, dass USP28 ∆Np63 deubiquitiniert, seine Proteinstabilität reguliert und Plattenepithel-Transkriptionsprofile in vivo und ex vivo beeinflusst. Dementsprechend hängt SCC von USP28 ab, um wesentliche Mengen des Np63-Proteinüberflusses bei der Tumorbildung und -erhaltung aufrechtzuerhalten. Zum ersten Mal wurde ∆Np63, der Transkriptionsfaktor, in vivo mit einem niedermolekularen Inhibitor gezielt, der auf die Aktivität von USP28 abzielt. Die pharmakologische Hemmung von USP28 war ausreichend, um das Wachstum von SCC-Tumoren in präklinischen Mausmodellen zu verhindern. Schließlich zeigte diese Arbeit, dass die Kombination von Cisplatin mit USP28-Inhibitoren als neuartige therapeutische Alternative das begrenzt verfügbare Portfolio an SCC-Therapeutika erweitern könnte. Zusammengefasst zeigen die in dieser Dissertation präsentierten Daten, dass die Hemmung von USP28 in SCC die Np63-Proteinhäufigkeit verringert, wodurch der Fanconi-Anämie (FA)-Signalweg und die rekombinatorische DNA-Reparatur herunterreguliert werden. Dementsprechend reduziert die Hemmung von USP28 die Reaktion auf DNA-Schäden und sensibilisiert dadurch SCC- Tumoren für DNA-Schädigungstherapien wie Cisplatin. KW - USP28 KW - Squamous cell carcinoma KW - ΔNp63 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270332 ER - TY - THES A1 - Chen, Mengjia T1 - Right Ventricular Dysfunction contributes to Left Ventricular Thrombus Formation in Patients post Anterior Myocardial Infarction T1 - Rechtsventrikuläre Dysfunktion trägt zur linksventrikulären Thrombusbildung bei Patienten nach dem akuten Vorderwandinfarkt bei N2 - Our current data demonstrate that besides the known risk factors, including apical aneurysm, reduced left ventricular longitudinal systolic function (MAPSE) and advanced diastolic dysfunction, Right ventricular dysfunction as determined by reduced tricuspid annular plane systolic excursion (TAPSE) or right ventricular fractional area change (RV_FAC) is independently associated with left ventricular thrombus formation in acute anterior myocardial infarction patients, especially in the setting of anterior myocardial infarction without the formation of an apical aneurysm. This study suggests that besides left ventricular abnormalities, right ventricular dysfunction likewise contributes LVT formation in patients with acute anterior myocardial infarction. N2 - Unsere aktuellen Daten zeigen, dass neben den bekannten Risikofaktoren, einschließlich des apikalen Aneurysmas, der verminderten linksventrikulären longitudinalen systolischen Funktion (MAPSE) und der fortgeschrittenen diastolischen Dysfunktion, die durch reduzierte TAPSE oder RV_FAC bestimmte rechtsventrikuläre Dysfunktion unabhängig mit der Thrombusbildung in linkem Ventrikel bei Patienten nach dem akuten Vorderwandinfarkt, insbesondere bei denen ohne apikales Aneurysma assoziert ist. Diese Studie legt nahe, dass neben linksventrikulärer Dysfunktion die rechtsventrikuläre Dysfunktion ebenfalls zur linksventrikulären Thombusbildung bei Patienten mit akutem anteriorem Myokardinfarkt beiträgt. KW - Thrombus KW - Workshop Neue Aspekte zur Linksventrikulären Dysfunktion (1992 : Erbach, Rheingau) KW - Herzinfarkt KW - Vorderwandinfarkt KW - left ventricular thrombus KW - linksventrikulärer Thrombus KW - myocardial infarction KW - Myokardinfarkt KW - Rechtsventrikuläre Thrombusbildung KW - Right ventricular dysfunction Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204149 ER - TY - THES A1 - Vyalkova, Anna T1 - Efficacy of approved Smallpox Vaccines in Human and Canine Cancer Therapy: Adipose - tissue derived Stem Cells (ADSC) take up VACV and serve as a protective vehicle for virus delivery to tumors T1 - Wirksamkeit zugelassener Pockenimpfstoffe in der Krebstherapie bei Menschen und Hunden: Aus Gewebe gewonnene Stammzellen (ADSC) nehmen VACV auf und dienen als schützendes Vehikel für den Viruseintrag in Tumore N2 - Cancer is one of the major causes of mortality in developed countries. In 2020, there were more than 19.3 million new cases of tumor malignancies worldwide, with more than 10 million deaths. The high rates of cancer cases and mortality necessitate extensive research and the development of novel cancer treatments and antitumor agents. In most cases, conventional treatment strategies for tumor therapy are based on chemotherapeutic treatment, which is supplemented with radiotherapy and/or surgical resection of solid tumors [1]. The use of chemotherapy for the treatment of cancer has significant side effects, the most dangerous of which is toxicity [2] [3]. Modern methods of treating tumors focus on specific drug delivery to the tumor site, actively targeting the tumor cells, as well as the reduction of side effects. One of the most promising current approaches is based on oncolytic viruses. Antitumor properties of viruses were documented at the beginning of the 20th century when some cancer patients recovered after acute viral infections, particularly influenza [4]. Vaccinia virus (VACV) is a member of the Poxviridae family, has natural antitumor properties, and provides a good basis for generating efficient recombinant oncolytic strains. Furthermore, VACV has never been shown to integrate into the host genome [5]. VACV is likely one of the safest and well-studied viruses due to extensive research being done in molecular biology and pathophysiology to investigate its potential as a vaccine for smallpox eradication programs. It has been administered to over 200 million people worldwide. VACV antitumor therapeutic effectiveness has been established in xenograft models with a variety of tumor types for human and canine cancers. Furthermore, recombinant oncolytic VACVs expressing genes encoding light-emitting proteins are a big improvement in a treatment strategy that combines tumor-specific therapies and diagnostics. Oncolytic virus treatments are effective in xenograft cancer models in mice, however, the significant improvements found in mice do not always translate to human cancer patients. These therapies should be tested in dogs with spontaneous cancer not only to offer well translatable information regarding the possible efficiency of viral therapy for human cancers but also to improve the health of our household pets as well. Spontaneous canine tumors are starting to be regarded as an essential model of human cancers that can reproduce the tumor microenvironment and immune response of cancer patients [6]. Just as data obtained in dog experiments can improve cancer therapy for human patients, these findings can also be used to improve treatment protocols in canine patients. Hundreds of studies and dozens of reviews have been published regarding the antitumor effects of various recombinants of VACV, but information on the anticancer features of initial, genetically-unmodified “naïve” VACV is still limited. In the first studies, we compared different wild-type, non-modified strains of VACV and tested their oncolytic properties on a panel of various cancer cells derived from different organs. In addition, we also tested a protection system based on the “Trojan horse” concept - using a combination of human Adipose tissue-derived Stem Cells (hADSC) and three different wild-type single plaque purified Vaccinia virus strains: W1, L1, and T1. We showed that all tested human cell lines (FaDu, MDA MB 231, HNT-13, HNT-35, and PC-3) are permissive to L0, W0, T0, L1, W1, and L1 infection. Furthermore, we tested the cytotoxicity of VACV in different cancer cell lines (A549, PC-3, MDA-MB 231, FaDu, HNT-13, HNT-25, and HNT-35). All strains lysed the cells, which was most visible at 96 hpi. We also showed that all tested strains could efficiently infect and multiply in hADSC at a high level. In our in vivo study, we tested the therapeutic efficacy of the wild-type Vaccinia viruses L1, W1, and T1 alone or in combination with hADSC. Wild-type VACV strains were tested for their oncolytic efficiency in human lung adenocarcinoma (A549) in a xenograft model. Treatment of A549 tumors with different doses of L1 and W1 as well as with a L1/ADSC or W1/ADSC combination led to significant tumor regression compared to the PBS control. Additionally, the treatment with L1 and W1 and the combination of L1/ADSC and W1/ADSC was well tolerated by the animals. In the case of the wild-type Tian Tan strain, results were not obtained due to the high cytotoxicity of this strain. Therefore, it should be attenuated for further studies. In the second part of the current study, we investigated the oncolytic effect of C1-opt1, W1 opt1, and L3-opt1 strains based on the wild-type Copenhagen, Wyeth, and Lister vaccines with additional expression of turboFP635. Replication and cytotoxicity assays demonstrated that all 3 viruses were able to infect, replicate in and kill canine tumor cell lines STSA-1 and CT1258 in a virus dose- and time- dependent fashion. Cytotoxicity and replication assays were also performed on cultured canine Adipose-derived Mesenchymal Stem Cells (cAdMSC). The results showed that the cells were lysed much slower than the tumor cells. It suggests that these cells can harbour the virus for a long-term period, allowing the virus to spread into the body and there is enough time to reach the primary tumor or metastases before the cell carrier is destroyed. The viral replication in cAdMSC in our study was lower than in canine cancer cells (STSA-1 and CT1258) at the same MOI. After being studied in cell culture, C1 opt1 and their combination with cAdMSC (C1-opt1/cAdMSC) were used in canine STSA 1 tumor bearing nude mice. We tested the oncolytic effect of the C1-opt1 virus alone and in combination with cAdMSC in the canine STSA-1 xenograft mouse model. Altogether, our findings have shown that both C1-opt1 and cAdMSC/C1-opt1 significantly reduced tumor size or eliminated the tumor. There was no significant difference between C1-opt1 alone and cAdMSC/C1-opt1. The virus particles were mostly found within the tumor after 24 dpi, some amount of virus particles were found in the lungs of mice injected with a combination of cAdMSC/C1-opt1 but not in the group injected with virus alone (cAdMSC might get stuck in the lungs and cause virus propagation there). Taken together, this study provided a proof-of-concept that hADSC/cAdMSC can be used as a carrier system for the “Trojan horse” concept. However, it should be confirmed in another experimental model system, such as canine patients. Moreover, these findings suggest that wild-type, non-modified strains of Vaccinia virus isolates can be considered promising candidates for oncolytic virotherapy, especially in combination with mesenchymal stem cells. N2 - Krebs wird zu einer der Hauptursachen für die Sterblichkeit in den Industrieländern. Im Jahr 2020 gab es weltweit mehr als 193 Millionen neue Fälle von tumormalen Erkrankungen mit mehr als 10 Millionen Todesfällen. Folglich erfordern die hohen Krebsfälle- und Mortalitätsraten umfangreiche Forschung und Entwicklung neuartiger Krebsbehandlungen und Antitumormittel. Konventionelle Behandlungsstrategien zur Tumortherapie basieren in den meisten Fällen auf einer chemotherapeutischen Behandlung, die durch Strahlentherapie und/oder chirurgische Resektion solider Tumoren ergänzt wird [1]. Die Verwendung von Chemotherapie zur Behandlung von Krebs hat erhebliche Nebenwirkungen, insbesondere die gefährlichste Intoxikation [2] [3]. ... KW - ADSC KW - AdMSC KW - Vaccinia virus (VACV) Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-253457 ER - TY - BOOK A1 - Halder, Partho T1 - Identification and characterization of synaptic proteins of Drosophila melanogaster using monoclonal antibodies of the Wuerzburg Hybridoma Library T1 - Identifikation und Charakterisierung von synaptischen Proteinen von Drosophila melanogaster mit Hilfe von monoklonalen Antikörpern der Würzburger Hybridoma-Bibliothek N2 - For a large fraction of the proteins expressed in the human brain only the primary structure is known from the genome project. Proteins conserved in evolution can be studied in genetic models such as Drosophila. In this doctoral thesis monoclonal antibodies (mAbs) from the Wuerzburg Hybridoma library are produced and characterized with the aim to identify the target antigen. The mAb ab52 was found to be an IgM which recognized a cytosolic protein of Mr ~110 kDa on Western blots. The antigen was resolved by two-dimensional gel electrophoresis (2DE) as a single distinct spot. Mass spectrometric analysis of this spot revealed EPS-15 (epidermal growth factor receptor pathway substrate clone 15) to be a strong candidate. Another mAb from the library, aa2, was already found to recognize EPS-15, and comparison of the signal of both mAbs on Western blots of 1D and 2D electrophoretic separations revealed similar patterns, hence indicating that both antigens could represent the same protein. Finally absence of the wild-type signal in homozygous Eps15 mutants in a Western blot with ab52 confirmed the ab52 antigen to be EPS-15. Thus both the mAbs aa2 and ab52 recognize the Drosophila homologue of EPS-15. The mAb aa2, being an IgG, is more suitable for applications like immunoprecipitation (IP). It has already been submitted to the Developmental Studies Hybridoma Bank (DSHB) to be easily available for the entire research community. The mAb na21 was also found to be an IgM. It recognizes a membrane associated antigen of Mr ~10 kDa on Western blots. Due to the membrane associated nature of the protein, it was not possible to resolve it by 2DE and due to the IgM nature of the mAb it was not possible to enrich the antigen by IP. Preliminary attempts to biochemically purify the endogenously expressed protein from the tissue, gave 99 promising results but could not be completed due to lack of time. Thus biochemical purification of the protein seems possible in order to facilitate its identification by mass spectrometry. Several other mAbs were studied for their staining pattern on cryosections and whole mounts of Drosophila brains. However, many of these mAbs stained very few structures in the brain, which indicated that only a very limited amount of protein would be available as starting material. Because these antibodies did not produce signals on Western blots, which made it impossible to enrich the antigens by electrophoretic methods, we did not attempt their purification. However, the specific localization of these proteins makes them highly interesting and calls for their further characterization, as they may play a highly specialized role in the development and/or function of the neural circuits they are present in. The purification and identification of such low expression proteins would need novel methods of enrichment of the stained structures. N2 - Für einen Großteil der Proteine, die im menschlichen Gehirn exprimiert werden, ist lediglich die Primärstruktur aus dem Genomprojekt bekannt. Proteine, die in der Evolution konserviert wurden, können in genetischen Modellsystemen wie Drosophila untersucht werden. In dieser Doktorarbeit werden monoklonale Antikörper (mAk) aus der Würzburger Hybridoma Bibliothek produziert und charakterisiert, mit dem Ziel, die erkannten Proteine zu identifizieren. Der mAk ab52 wurde als IgM typisiert, das auf Western Blots ein zytosolisches Protein von Mr ~110 kDa erkennt. Das Antigen wurde durch zwei-dimensionale Gelelektrophorese (2DE) als einzelner Fleck aufgelöst. Massenspektrometrische Analyse dieses Flecks identifizierte dass EPS-15 (epidermal growth factor receptor pathway substrate clone 15) als viel versprechenden Kandidaten. Da für einen anderen mAk aus der Bibliothek, aa2, bereits bekannt war, dass er EPS-15 erkennt, wurden die Western-Blot-Signale der beiden Antikörper nach 1D und 2D Trennungen von Kopfhomogenat verglichen. Die Ähnlichkeit der beiden Muster deuteten darauf hin, dass beide Antigene dasselbe Protein erkennen. Das Fehlen des Wildtyp-Signals in homozygoten Eps15 Mutanten in einem Western Blot mit mAk ab52 bestätigten schließlich, dass EPS-15 das Antigen zu mAk ab52 darstellt. Demnach erkennen beide mAk, aa2 und ab52, das Drosophila Homolog zu EPS- 15. Da mAk aa2 ein IgG ist, dürfte er für Anwendungen wie Immunpräzipitation (IP) besser geeignet sein. Er wurde daher bereits bei der Developmental Studies Hybridoma Bank (DSHB) eingereicht, um ihn der ganzen Forschergemeinde leicht zugänglich zu machen. Der mAk na21 wurde ebenfalls als IgM typisiert. Er erkennt ein Membran assoziiertes Antigen von Mr ~10 kDa auf Western Blots. Aufgrund der Membranassoziierung des Proteins war es nicht möglich, es in 2DE aufzulösen und 101 da es sich um ein IgM handelt, war eine Anreicherung des Antigens mittels IP nicht erfolgreich. Vorversuche zur biochemischen Reinigung des endogenen Proteins aus Gewebe waren Erfolg versprechend, konnten aber aus Zeitmangel nicht abgeschlossen werden. Daher erscheint eine biochemische Reinigung des Proteins für eine Identifikation durch Massenspektrometrie möglich. Eine Reihe weiterer mAk wurden hinsichtlich ihrer Färbemuster auf Gefrierschnitten und in Ganzpräparaten von Drosophila Gehirnen untersucht. Allerdings färbten viele dieser mAk sehr wenige Strukturen im Gehirn, so dass nur eine sehr begrenzte Menge an Protein als Startmaterial verfügbar wäre. Da diese Antikörper keine Signale auf Western Blots produzierten und daher eine Anreicherung des Antigens durch elektrophoretische Methoden ausschlossen, wurde keine Reinigung versucht. Andererseits macht die spezifische Lokalisation dieser Proteine sie hoch interessant für eine weitere Charakterisierung, da sie eine besonders spezialisierte Rolle in der Entwicklung oder für die Funktion von neuralen Schaltkreisen, in denen sie vorkommen, spielen könnten. Die Reinigung und Identifikation solcher Proteine mit niedrigem Expressionsniveau würde neue Methoden der Anreicherung der gefärbten Strukturen erfordern. KW - synaptic proteins KW - Taufliege KW - Synapse KW - Proteine KW - Monoklonaler Antikörper KW - synaptische Proteine KW - monoklonale Antikörper KW - Drosophila melanogaster KW - monoclonal antibodies Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270205 N1 - ursprüngliche Originalausgabe der Dissertation erschienen am 19.01.2012 unter: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bvb:20-opus-67325 ER - TY - THES A1 - Brych, Mareike Kimberly T1 - How movements and cognition interact: An investigation of spontaneous blinks T1 - Wie Bewegung und Kognition interagieren: Eine Untersuchung spontaner Lidschläge N2 - During natural behavior, cognitive processes constantly coincide with body movements such as head or eye movements or blinks. However, during experimental investigations of cognitive processes, movements are often highly restricted which is rather unnatural. In order to improve our understanding of natural behavior, this thesis investigates the interaction between cognition and movements by focusing on spontaneous blinks, which naturally interact with other body movements. Spontaneous blinks are inevitably connected to vision as they shut out incoming visual information. Both sensory-based and cognitive factors, for example, stimulus occurrence and evaluation, were reported to influence blink behavior. Our first study investigated if such influences are comparable for visual and non-visual input. The chosen experimental design allowed dissociating sensory-driven and cognitive influences, which then could be compared between the visual and auditory domain. Our results show that blinks are more strongly modulated during passive observation of visual input compared to auditory input. This modulation is however enhanced for both input modalities by an increased attentional demand. In addition, the cognitively defined meaning of a stimulus changes blink latency independent of the sensory domain. Overall, our findings show that spontaneous blinks and cognitive processes are linked beyond vision. Moreover, the underlying cognitive processes that influence blinks are largely the same across different sensory input indicating that blinks are profoundly integrated into our system. When investigating natural behavior, it is important to consider that movements rarely occur in isolation, but are executed side by side. As these movements interact and have a link to cognitive processes, the complexity of our system increases. In order to take this complexity into account, the second part of the experimental research focused on movement interactions, more specifically on the interactions between blinks, pupil size and speaking. Our results reveal that speech-related motor activity increases blink rate and pupil size as well as modulates blink timing. This is in line with previous research that described a relation between different body and eye movements. Importantly, each bodily-induced change in eye movements affects visual information intake. Therefore, different movements can be tightly linked to perceptual processes through complex interactions. Altogether, the work of this thesis provides rich evidence that movements and cognitive processes are deeply intertwined. Therefore, movements should be seen as an integral part of our system. Taking the relevance of movements and their interactions into account during experimental investigations is necessary in order to reveal a more realistic and complete picture of human natural behavior. N2 - Während unseres natürlichen Verhaltens werden kognitive Prozesse und Körperbewegungen wie Kopf- oder Augenbewegungen oder Lidschläge parallel ausgeführt. Allerdings werden Bewegungen in experimentellen Untersuchungen zu kognitiven Prozessen meist stark eingeschränkt, was unnatürlich ist. Um natürliches Verhalten besser zu verstehen, wird in dieser Dissertation die Interaktion zwischen Kognition und Bewegung untersucht. Der Fokus liegt auf spontanen Lidschlägen, die auch mit anderen Körperbewegungen auf natürliche Weise interagieren. Das Blinzeln ist unweigerlich mit dem Sehen verbunden, da bei jedem Lidschluss die Informationsaufnahme unterbrochen wird. Frühere Forschungsergebnisse zeigten, dass sowohl sensorische als auch kognitive Faktoren, wie beispielsweise Reizpräsentation und -evaluation, das Blinzeln beeinflussen können. Die erste Studie dieser Dissertation untersuchte, ob dieselben Einflüsse auf das Blinzeln wirken, wenn auch nicht-visuelle Informationen präsentiert werden. Das gewählte Versuchsdesign erlaubte rein sensorische von kognitiven Einflüssen auf das Blinzeln zu trennen. Diese Einflüsse konnten wiederum zwischen visuellem und auditivem Input verglichen werden. Unsere Ergebnisse zeigen, dass das Blinzeln stärker bei visuellem als bei auditivem Input angepasst wird, wenn dieser nur passiv verfolgt wird. Sobald allerdings Aufmerksamkeit auf den Input gerichtet wird, wird diese Anpassung an den sensorischen Input in beiden Modalitäten auf ähnliche Weise verstärkt. Zusätzlich wird der Zeitpunkt des Blinzelns durch die kognitive Bewertung der Reize verzögert - unabhängig davon, ob ein Reiz visuell oder auditiv präsentiert wird. Insgesamt legen unsere Experimente dar, dass das spontane Blinzeln und kognitive Prozesse über das Sehen hinaus miteinander verknüpft sind. Die zu Grunde liegenden kognitiven Prozesse, die das Blinzeln beeinflussen, sind sogar weitgehend dieselben bei unterschiedlichem sensorischen Input. Das Blinzeln scheint demnach tiefgreifend in unser System integriert zu sein. Ein weiterer wichtiger Aspekt natürlichen Verhaltens ist die gleichzeitige Ausübung mehrerer Bewegungen. Da diese Bewegungen miteinander interagieren und eine Verbindung zu kognitiven Prozessen besteht, erhöht sich die Komplexität unseres Systems. Im zweiten Teil der experimentellen Untersuchungen wurden daher Bewegungsinteraktionen in den Vordergrund gestellt. Die präsentierten Studien haben insbesondere den Einfluss verschiedener Bewegungsaspekte des Sprechens auf unser spontanes Blinzeln bzw. auf die Pupillengröße untersucht. Unsere Ergebnisse zeigen, dass sprechbezogene Bewegungen sowohl die Anzahl der Lidschlüsse als auch die Pupillengröße erhöhen, sowie den Zeitpunkt der Lidschlüsse beeinflussen. Auch andere Forscher fanden solche Zusammenhänge zwischen verschiedenen Körper- und Augenbewegungen. Da jede vom Körper verursachte Veränderung der Augenbewegung zudem unsere visuelle Reizaufnahme verändert, kann man schlussfolgern, dass verschiedene Bewegungen und deren komplexe Interaktionen eng mit unserer Wahrnehmung verbunden sind. Alles in allem liefert diese Arbeit weitreichende Beweise, wie stark Bewegungen und kognitive Prozesse miteinander verwoben sind. Daher sollten Bewegungen als wesentlicher Teil unseres Systems angesehen werden. Wir müssen daher die Bedeutung von Bewegungen und deren Interaktionen in experimentelle Forschung einbeziehen, um ein realistischeres und kompletteres Bild unseres natürlichen Verhaltens zu enthüllen. KW - Kognition KW - Lidschlag KW - Augenbewegung KW - spontaneous blinks KW - movement interaction KW - Wahrnehmung KW - Aufmerksamkeit Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267376 ER - TY - JOUR A1 - Henneges, Carsten A1 - Morbach, Caroline A1 - Sahiti, Floran A1 - Scholz, Nina A1 - Frantz, Stefan A1 - Ertl, Georg A1 - Angermann, Christiane E. A1 - Störk, Stefan T1 - Sex-specific bimodal clustering of left ventricular ejection fraction in patients with acute heart failure JF - ESH Heart Failure N2 - Aims There is an ongoing discussion whether the categorization of patients with heart failure according to left ventricular ejection fraction (LVEF) is scientifically justified and clinically relevant. Major efforts are directed towards the identification of appropriate cut-off values to correctly allocate heart failure-specific pharmacotherapy. Alternatively, an LVEF continuum without definite subgroups is discussed. This study aimed to evaluate the natural distribution of LVEF in patients presenting with acutely decompensated heart failure and to identify potential subgroups of LVEF in male and female patients. Methods and results We identified 470 patients (mean age 75 ± 11 years, n = 137 female) hospitalized for acute heart failure in whom LVEF could be quantified by Simpson's method in an in-hospital echocardiogram. Non-parametric modelling revealed a bimodal shape of the LVEF distribution. Parametric modelling identified two clusters suggesting two LVEF peaks with mean (variance) of 61% (9%) and 31% (10%), respectively. Sub-differentiation by sex revealed a sex-specific bimodal clustering of LVEF. The respective threshold differentiating between ‘high’ and ‘low’ LVEF was 45% in men and 52% in women. Conclusions In patients presenting with acute heart failure, LVEF clustered in two subgroups and exhibited profound sex-specific distributional differences. These findings might enrich the scientific process to identify distinct subgroups of heart failure patients, which might each benefit from respectively tailored (pharmaco)therapies. KW - heart failure KW - left ventricular ejection fraction KW - sex differences Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265839 VL - 9 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Streng, Andrea A1 - Prifert, Christiane A1 - Weissbrich, Benedikt A1 - Sauerbrei, Andreas A1 - Krumbholz, Andi A1 - Schmid-Ott, Ruprecht A1 - Liese, Johannes G. T1 - Similar severity of influenza primary and re-infections in pre-school children requiring outpatient treatment due to febrile acute respiratory illness: prospective, multicentre surveillance study (2013-2015) JF - BMC Infectious Diseases N2 - Background Influenza virus infections in immunologically naïve children (primary infection) may be more severe than in children with re-infections who are already immunologically primed. We compared frequency and severity of influenza virus primary and re-infections in pre-school children requiring outpatient treatment. Methods Influenza-unvaccinated children 1–5 years of age presenting at pediatric practices with febrile acute respiratory infection < 48 h after symptom onset were enrolled in a prospective, cross-sectional, multicenter surveillance study (2013–2015). Influenza types/subtypes were PCR-confirmed from oropharyngeal swabs. Influenza type/subtype-specific IgG antibodies serving as surrogate markers for immunological priming were determined using ELISA/hemagglutination inhibition assays. The acute influenza disease was defined as primary infection/re-infection by the absence/presence of influenza type-specific immunoglobulin G (IgG) and, in a second approach, by the absence/presence of subtype-specific IgG. Socio-demographic and clinical data were also recorded. Results Of 217 influenza infections, 178 were due to influenza A (87 [49%] primary infections, 91 [51%] re-infections) and 39 were due to influenza B (38 [97%] primary infections, one [3%] re-infection). Children with “influenza A primary infections” showed fever with respiratory symptoms for a shorter period than children with “influenza A re-infections” (median 3 vs. 4 days; age-adjusted p = 0.03); other disease characteristics were similar. If primary infections and re-infections were defined based on influenza A subtypes, 122 (87%) primary infections (78 “A(H3N2) primary infections”, 44 “A(H1N1)pdm09 primary infections”) and 18 (13%) re-infections could be classified (14 “A(H3N2) re-infections” and 4 “A(H1N1)pdm09 re-infections”). Per subtype, primary infections and re-infections were of similar disease severity. Children with re-infections defined on the subtype level usually had non-protective IgG titers against the subtype of their acute infection (16 of 18; 89%). Some patients infected by one of the influenza A subtypes showed protective IgG titers (≥ 1:40) against the other influenza A subtype (32/140; 23%). Conclusions Pre-school children with acute influenza A primary infections and re-infections presented with similar frequency in pediatric practices. Contrary to expectation, severity of acute “influenza A primary infections” and “influenza A re-infections” were similar. Most “influenza A re-infections” defined on the type level turned out to be primary infections when defined based on the subtype. On the subtype level, re-infections were rare and of similar disease severity as primary infections of the same subtype. Subtype level re-infections were usually associated with low IgG levels for the specific subtype of the acute infection, suggesting only short-time humoral immunity induced by previous infection by this subtype. Overall, the results indicated recurring influenza virus infections in this age group and no or only limited heterosubtypic antibody-mediated cross-protection. KW - influenza KW - children KW - disease severity KW - IgG KW - immunology Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265841 VL - 22 ER - TY - JOUR A1 - Saulin, Anne A1 - Horn, Ulrike A1 - Lotze, Martin A1 - Kaiser, Jochen A1 - Hein, Grit T1 - The neural computation of human prosocial choices in complex motivational states JF - NeuroImage N2 - Motives motivate human behavior. Most behaviors are driven by more than one motive, yet it is unclear how different motives interact and how such motive combinations affect the neural computation of the behaviors they drive. To answer this question, we induced two prosocial motives simultaneously (multi-motive condition) and separately (single motive conditions). After the different motive inductions, participants performed the same choice task in which they allocated points in favor of the other person (prosocial choice) or in favor of themselves (egoistic choice). We used fMRI to assess prosocial choice-related brain responses and drift diffusion modeling to specify how motive combinations affect individual components of the choice process. Our results showed that the combination of the two motives in the multi-motive condition increased participants' choice biases prior to the behavior itself. On the neural level, these changes in initial prosocial bias were associated with neural responses in the bilateral dorsal striatum. In contrast, the efficiency of the prosocial decision process was comparable between the multi-motive and the single-motive conditions. These findings provide insights into the computation of prosocial choices in complex motivational states, the motivational setting that drives most human behaviors . KW - motivation KW - social decision-making KW - hierarchical drift-diffusion modeling KW - fMRI KW - social neuroscience Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265852 VL - 247 ER - TY - JOUR A1 - Kunzmann, Steffen A1 - Hütten, Matthias A1 - Ottensmeier, Barbara A1 - Kramer, Boris W. A1 - Fehrholz, Markus T1 - A20 is increased in fetal lung in a sheep LPS model of chorioamnionitis JF - Oxidative Medicine and Cellular Longevity N2 - Chorioamnionitis is associated with an increased risk of preterm birth and aggravates adverse outcomes such as BPD. Development of BPD is associated with chronic inflammatory reactions and oxidative stress in the airways which may be antenatally initiated by chorioamnionitis. A20 is an immunomodulatory protein involved in the negative feedback regulation of inflammatory reactions and is a possible regulator protein in oxidative stress reactions. The influence of chorioamnionitis on A20 gene regulation in the fetal lung is unknown. We characterized the influence of LPS and proinflammatory cytokines on A20 expression in human lung endothelial (HPMEC-ST1.6R) and epithelial (A549) cells in vitro by real-time PCR and/or western blotting and used a sheep model of LPS-induced chorioamnionitis for in vivo studies. To study the functional role of A20, endogenous A20 was overexpressed in HPMEC-ST1.6R and A549 cells. LPS induced proinflammatory cytokines in HPMEC-ST1.6R and A549 cells. Both LPS and/or proinflammatory cytokines elevated A20 at transcriptional and translational levels. Intra-amniotic LPS transiently increased IL-1β, IL-6, IL-8, and TNF-α mRNA levels in fetal lamb lungs, associated with an increase in A20 mRNA and protein levels. Overexpression of A20 reduced proinflammatory cytokines in vitro. Repeated LPS exposure induced LPS tolerance for proinflammatory cytokines and A20 in vitro and in vivo. Antenatal inflammation induced a transient increase in proinflammatory cytokines in the preterm fetal lung. The expression of proinflammatory cytokines increased expression of A20. Elevated A20 may have a protective role by downregulating chorioamnionitis-triggered fetal lung inflammation. A20 may be a novel target for pharmacological interventions to prevent chorioamnionitis-induced airway inflammation and lung damage, which can result in BPD later in life. KW - Chorioamnionitis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265869 VL - 2022 ER - TY - JOUR A1 - Buerger, Arne A1 - Emser, Theresa A1 - Seidel, Alexandra A1 - Scheiner, Christin A1 - von Schoenfeld, Cornelia A1 - Ruecker, Viktoria A1 - Heuschmann, Peter U. A1 - Romanos, Marcel T1 - DUDE - a universal prevention program for non-suicidal self-injurious behavior in adolescence based on effective emotion regulation: study protocol of a cluster-randomized controlled trial JF - Trials N2 - Background Non-suicidal self-injury (NSSI) has become a substantial public health problem. NSSI is a high-risk marker for the development and persistence of mental health problems, shows high rates of morbidity and mortality, and causes substantial health care costs. Thus, there is an urgent need for action to develop universal prevention programs for NSSI before adolescents begin to show this dangerous behavior. Currently, however, universal prevention programs are lacking. Methods The main objective of the present study is to evaluate a newly developed universal prevention program (“DUDE – Du und deine Emotionen / You and your emotions”), based on a skills-based approach in schools, in 3200 young adolescents (age 11–14 years). The effectiveness of DUDE will be investigated in a cluster-randomized controlled trial (RCT) in schools (N = 16). All groups will receive a minimal intervention called “Stress-free through the school day” as a mental health literacy program to prevent burnout in school. The treatment group (N = 1600; 8 schools) will additionally undergo the universal prevention program DUDE and will be divided into treatment group 1 (DUDE conducted by trained clinical psychologists; N = 800; 4 schools) and treatment group 2 (DUDE conducted by trained teachers; N = 800; 4 schools). The active control group (N = 1600; 8 schools) will only receive the mental health literacy prevention. Besides baseline assessment (T0), measurements will occur at the end of the treatment (T1) and at 6- (T2) and 12-month (T3) follow-up evaluations. The main outcome is the occurrence of NSSI within the last 6 months assessed by a short version of the Deliberate Self-Harm Inventory (DSHI-9) at the 1-year follow-up (primary endpoint; T3). Secondary outcomes are emotion regulation, suicidality, health-related quality of life, self-esteem, and comorbid psychopathology and willingness to change. Discussion DUDE is tailored to diminish the incidence of NSSI and to prevent its possible long-term consequences (e.g., suicidality) in adolescents. It is easy to access in the school environment. Furthermore, DUDE is a comprehensive approach to improve mental health via improved emotion regulation. KW - universal prevention KW - NSSI KW - self-injury KW - emotion regulation KW - RCT KW - school-based prevention KW - adolescence Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265874 VL - 23 ER - TY - JOUR A1 - Bellut, Maximilian A1 - Papp, Lena A1 - Bieber, Michael A1 - Kraft, Peter A1 - Stoll, Guido A1 - Schuhmann, Michael K. T1 - NLPR3 inflammasome inhibition alleviates hypoxic endothelial cell death in-vitro and protects blood-brain barrier integrity in murine stroke JF - Cell Death & Disease N2 - In ischemic stroke (IS) impairment of the blood-brain barrier (BBB) has an important role in the secondary deterioration of neurological function. BBB disruption is associated with ischemia-induced inflammation, brain edema formation, and hemorrhagic infarct transformation, but the underlying mechanisms are incompletely understood. Dysfunction of endothelial cells (EC) may play a central role in this process. Although neuronal NLR-family pyrin domain-containing protein 3 (NLRP3) inflammasome upregulation is an established trigger of inflammation in IS, the contribution of its expression in EC is unclear. We here used brain EC, exposed them to oxygen and glucose deprivation (OGD) in vitro, and analyzed their survival depending on inflammasome inhibition with the NLRP3-specific drug MCC950. During OGD, EC death could significantly be reduced when targeting NLRP3, concomitant with diminished endothelial NLRP3 expression. Furthermore, MCC950 led to reduced levels of Caspase 1 (p20) and activated Gasdermin D as markers for pyroptosis. Moreover, inflammasome inhibition reduced the secretion of pro-inflammatory chemokines, cytokines, and matrix metalloproteinase-9 (MMP9) in EC. In a translational approach, IS was induced in C57Bl/6 mice by 60 mins transient middle cerebral artery occlusion and 23 hours of reperfusion. Stroke volume, functional outcome, the BBB integrity, and-in good agreement with the in vitro results-MMP9 secretion as well as EC survival improved significantly in MCC950-treated mice. In conclusion, our results establish the NLRP3 inflammasome as a critical pathogenic effector of stroke-induced BBB disruption by activating inflammatory signaling cascades and pyroptosis in brain EC. KW - inflammasome KW - preclinical research KW - stroke Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265693 VL - 13 ER - TY - THES A1 - Flegler, Vanessa Judith T1 - Application of electron cryomicroscopy for structural and functional studies on the mechanosensitive channels of small conductance T1 - Kryoelektronenmikroskopie zur strukturellen und funktionellen Untersuchung der mechanosensitiven Kanäle kleiner Leitfähigkeit N2 - Bacteria thrive and survive in many different environments, and as a result, they have developed robust mechanisms to adapt rapidly to alterations in their surroundings. The protection against osmotic forces is provided by mechanosensitive channels: their primary function is to maintain the integrity of the cell upon a hypoosmotic shock. The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is not only the smallest common structural unit of a diverse family that allows for a tailored response in osmoregulation; it is also the most intensively studied homologue. Mechanosensitive channels directly sense elevated membrane tension levels generated by increased pressure within the cell and open transiently. Escherichia coli has six paralogues that differ in their gating properties and the number of additional transmembrane (TM) helices. These TM helices, termed sensor paddles, are essential for sensing, as they directly contact the surrounding membrane; however, the role of the additional TM helices is still unclear. Furthermore, lipids occupy hydrophobic pockets far away from the membrane plane. A recent gating model for MscS states that increased membrane tension triggers the expulsion of lipids out of those pockets, modulating different conformational states of MscS. This model focuses on bound lipids, but it is still unclear to what extent the direct interaction with the membrane influences sensing and how relevant it is for the larger paralogues. In the herein described work, structural studies on two larger paralogues, the medium-sized channel YnaI and the large channel YbiO were realised using electron cryomicroscopy (cryo-EM). Lipids were identified in YnaI in the pockets in a similar position and orientation as in MscS, suggesting a conserved sensing mechanism. Moreover, the copolymer diisobutylene/maleic acid (DIBMA) allowed the extraction of artificially activated YnaI from plasma membranes, leading to an open-like form of this channel. This novel conformation indicated that the pore helices bend at a GGxGG motif during gating, which is unique among the Escherichia coli paralogues, concomitant with a structural reorganisation of the sensor paddles. Thus, despite a high similarity of their closed states, the gating mechanisms of MscS and YnaI are surprisingly different. Furthermore, the comparison of MscS, YnaI, and YbiO accentuates variations and similarities between the differently sized family members, implying fine-tuning of channel properties in the pore regions and the cytosolic lateral entry sides into the channel. Structural analyses of MscS reconstituted into different systems showed the advantages and disadvantages of certain polymers and detergents. The novel DIBMA copolymer and the more conventional amphiphilic polymers, so-called Amphipols, perturb contacting transmembrane helices or lead to their denaturation. Due to this observation, the obtained structures of YnaI must also be cautiously considered. The structures obtained in detergents resulted in unaffected channels; however, the applicability of detergents for MscS-like channels is limited by the increased required sample concentration. The role of lipids for gating MscS in the absence of a membrane was examined by deliberately removing coordinated lipid molecules from MscS using different amounts and kinds of detergent. The effects on the channel were inspected by cryo-EM. These experiments showed that closed MscS adopts the open conformation when it is enough delipidated by incubation with the detergent n-dodecyl-β-D-maltoside, and adding lipids to the open channel reverses this process. The results agree with the state-of-the-art model that the amount of lipid molecules in the pockets and grooves is responsible for the conformational state of MscS. Furthermore, incubation with the detergent lauryl maltose neopentyl glycol, which has stabilising and delipidating characteristics, resulted in a high-resolution structure of open MscS exhibiting an intricate network of ligands. Based on this structure, an updated gating model is proposed, which states that upon opening, lipids from the pockets migrate into the cytosolic membrane leaflet, while lipids from the periplasmic leaflet enter the grooves that arise between the sensor paddles. N2 - Bakterien gedeihen und überleben in vielen unterschiedlichen Umgebungen. Daher haben sie robuste Mechanismen entwickelt, um sich rasch an Veränderungen in ihrer Umgebung anzupassen. Den Schutz vor osmotischen Kräften gewährleisten mechanosensitive Kanäle: Ihre Hauptfunktion besteht darin, die Unversehrtheit der Zelle bei einem hypoosmotischen Schock zu erhalten. Der mechanosensitive Kanal geringer Leitfähigkeit (mechanosensitive channel of small conductance, MscS) stellt nicht nur die kleinste gemeinsame Struktureinheit einer Familie von Kanälen dar, die eine maßgeschneiderte Antwort auf hypoosmotischen Stress ermöglicht; er ist auch das intensivste untersuchte Familienmitglied. Mechanosensitive Kanäle registrieren erhöhte Membranspannungen, die durch steigenden Druck innerhalb der Zelle entstehen, und öffnen vorübergehend. In Escherichia coli gibt es sechs paraloge Kanäle, die sich in ihren Öffnungs-Eigenschaften und der Anzahl zusätzlicher transmembranen Helices unterscheiden. Diese Helices, die als sensor paddles bezeichnet werden, sind für das Erfassen ansteigender Membranspannung unerlässlich, da sie direkt mit der umgebenden Membran in Kontakt stehen; die Rolle der zusätzlichen transmembranen Helices ist jedoch noch nicht geklärt. Außerdem sitzen Lipide in hydrophoben Taschen weit entfernt von der Membran. Ei kürzlich vorgeschlagenes Öffnungs-Modell für MscS besagt, dass eine erhöhte Membranspannung zum Ausstoß der Lipide aus diesen Taschen führt, wodurch verschiedene Konformationszustände von MscS moduliert werden. Dieses Modell konzentriert sich auf die Rolle der Lipide, aber es ist noch immer unklar, inwieweit die direkte Wechselwirkung mit der Membran das Wahrnehmen der Membranspannung beeinflusst und welche Bedeutung sie für die größeren paralogen Kanäle hat. In der vorliegenden Arbeit wurden Strukturstudien an zwei größeren paralogen Kanälen, dem mittelgroßen Kanal YnaI und dem großen Kanal YbiO, mittels Kryoelektronenmikroskopie (Kryo-EM) durchgeführt. In YnaI wurden Lipide in den Taschen in ähnlicher Position und Ausrichtung wie in MscS gefunden, was auf einen konservierten Mechanismus zur Wahrnehmung der Membranspannung schließen lässt. Darüber hinaus ermöglichte das Copolymer Diisobutylen/Maleinsäure (DIBMA) die Isolation von artifiziell aktiviertem YnaI aus Plasmamembranen, was zur Struktur einer anscheinend offenen Form dieses Kanals führte. Diese neuartige Konformation deutet darauf hin, dass sich die Porenhelices während des Öffnens im Bereich eines GGxGG-Motiv biegen, das unter den paralogen Kanälen von Escherichia coli einzigartig ist und mit einer strukturellen Reorganisation der sensor paddles einhergeht. Trotz der großen Ähnlichkeit ihrer geschlossenen Zustände sind die Öffnungs-Mechanismen von MscS und YnaI also überraschend unterschiedlich. Darüber hinaus zeigte der Vergleich von MscS, YnaI und YbiO Unterschiede und Gemeinsamkeiten zwischen den unterschiedlich großen Familienmitgliedern. Diese Erkenntnissse deuten auf eine Feinabstimmung der Kanaleigenschaften im Bereich der Pore und an den zytosolischen seitlichen Eingängen der Kanäle hin. Strukturanalysen von MscS, in verschiedene Systeme rekonstituiert, zeigten die Vor- und Nachteile von ausgewählten Polymeren und Detergenzien. Das neuartige DIBMA-Copolymer und herkömmlichere amphiphile Polymere, die sogenannten Amphipole, stören die kontaktierenden transmembranen Helices oder führen zu deren Denaturierung. Im Zuge dieser Beobachtung müssen auch die erhaltenen Strukturen von YnaI vorsichtig betrachtet werden. Die in Detergenzien erhaltenen Strukturen zeigen unbeeinträchtigte Kanäle; die Anwendbarkeit von Detergenzien für MscS-ähnliche Kanäle wird jedoch durch die erhöhte erforderliche Proteinkonzentration eingeschränkt. Die Rolle der Lipide für das Öffnen von MscS wurde in Abwesenheit einer Membran untersucht, indem koordinierte Lipidmoleküle mit verschiedenen Mengen und Arten von Detergenzien bewusst von MscS entfernt wurden. Die Auswirkungen auf den Kanal wurden mittels Kryo-EM untersucht. Dabei zeigte sich, dass die geschlossene Form von MscS in die offene Konformation übergeht, wenn es durch Inkubation mit dem Detergenz n-Dodecyl-β-D-Maltosid ausreichend delipidiert wird, und dass die Zugabe von Lipiden zum offenen Kanal diesen Prozess wieder umkehrt. Die Ergebnisse stimmen mit dem Öffnungs-Modell überein, das besagt, dass die Menge der Lipidmoleküle in den Taschen und Furchen für den Konformationszustand von MscS verantwortlich ist. Darüber hinaus führte die Inkubation mit dem Detergenz Laurylmaltose-neopentylglykol, das sowohl stabilisierende als auch delipidierende Eigenschaften hat, zu einer hochaufgelösten Struktur des offenen MscS, die ein ausgeprägtes Netzwerk von Liganden zeigt. Auf der Grundlage dieser Struktur wird ein aktualisiertes Öffnungs-Modell vorgeschlagen, das besagt, dass bei der Öffnung Lipide aus den Taschen in die zytosolische Lipidschicht der Membran wandern, während Lipide aus der periplasmatischen Lipidschicht in die Furchen gelangen, die zwischen den sensor paddles entstehen. KW - mechanosensitive channels KW - electron cryomicroscopy KW - MscS KW - YnaI KW - protein-lipid interactions KW - delipidation KW - mechanosensing KW - electron microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268979 ER - TY - JOUR A1 - Achenbach, Leonard A1 - Le Hanneur, Malo A1 - Camenzind, Roland S. A1 - Bouyer, Michael A1 - Pottecher, Pierre A1 - Lafosse, Thibault T1 - Systematic bifocal decompression for isolated long thoracic nerve paresis: A case series of 12 patients JF - Interdisciplinary Neurosurgery N2 - To date, no consensus exists regarding the best surgical management of isolated, micro-traumatic long thoracic nerve (LTN) paresis. Our hypothesis was that a combined decompression of the LTN at two potential locations for entrapment would be effective in the management of dynamic LTN paresis. We report on twelve patients with isolated LTN parersis, with tenderness at two entrapment sites, who underwent bifocal LTN decompression after undergoing unsuccessful conservative treatment for at least 6 months; all patients had preoperative electrodiagnostic studies that confirmed the paresis and ruled out peripheral neuritis. Clinical and electrical improvements were observed in eight patients (67%) regarding shoulder flexion, shoulder abduction, and Quick-DASH scores. Four patients (33%) did not improve after surgery. The results corroborate our hypothesis that a bifocal LTN decompression can be an effective and reliable therapeutic option in more than half of a very selective patient population suffering from serratus anterior muscle deficiency. KW - entrapment, traction KW - serratus anterior KW - scapular winging KW - scapula alata KW - dyskinesia KW - peripheral nerve KW - nerve compression KW - micro-traumatic KW - neurolysis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265085 VL - 27 ER - TY - JOUR A1 - Goettler, David A1 - Niekler, Patricia A1 - Liese, Johannes G. A1 - Streng, Andrea T1 - Epidemiology and direct healthcare costs of Influenza-associated hospitalizations - nationwide inpatient data (Germany 2010-2019) JF - BMC Public Health N2 - Introduction Detailed and up-to-date data on the epidemiology and healthcare costs of Influenza are fundamental for public health decision-making. We analyzed inpatient data on Influenza-associated hospitalizations (IAH), selected complications and risk factors, and their related direct costs for Germany during ten consecutive years. Methods We conducted a retrospective cost-of-illness study on patients with laboratory-confirmed IAH (ICD-10-GM code J09/J10 as primary diagnosis) by ICD-10-GM-based remote data query using the Hospital Statistics database of the German Federal Statistical Office. Clinical data and associated direct costs of hospital treatment are presented stratified by demographic and clinical variables. Results Between January 2010 to December 2019, 156,097 persons were hospitalized due to laboratory-confirmed Influenza (J09/J10 primary diagnosis). The annual cumulative incidence was low in 2010, 2012 and 2014 (1.3 to 3.1 hospitalizations per 100,000 persons) and high in 2013 and 2015-2019 (12.6 to 60.3). Overall direct per patient hospitalization costs were mean (SD) 3521 EUR (± 8896) and median (IQR) 1805 EUR (1502; 2694), with the highest mean costs in 2010 (mean 8965 EUR ± 26,538) and the lowest costs in 2012 (mean 2588 EUR ± 6153). Mean costs were highest in 60-69 year olds, and in 50-59, 70-79 and 40-49 year olds; they were lowest in 10-19 year olds. Increased costs were associated with conditions such as diabetes (frequency 15.0%; 3.45-fold increase compared to those without diabetes), adiposity (3.3%; 2.09-fold increase) or immune disorders (5.6%; 1.88-fold increase) and with Influenza-associated complications such as Influenza pneumonia (24.3%; 1.95-fold), bacterial pneumonia (6.3%; 3.86-fold), ARDS (1.2%; 10.90-fold increase) or sepsis (2.3%; 8.30-fold). Estimated overall costs reported for the 10-year period were 549.6 Million euros (95% CI 542.7-556.4 million euros). Conclusion We found that the economic burden of IAH in Germany is substantial, even when considering solely laboratory-confirmed IAH reported as primary diagnosis. The highest costs were found in the elderly, patients with certain underlying risk factors and patients who required advanced life support treatment, and median and mean costs showed considerable variations between single years. Furthermore, there was a relevant burden of disease in middle-aged adults, who are not covered by the current vaccination recommendations in Germany. KW - burden KW - influenza KW - epidemiology KW - healthcare costs KW - hospitalization KW - ICD-10 KW - Germany Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265888 VL - 22 ER - TY - THES A1 - Trujillo Viera, Jonathan T1 - Protein kinase D2 drives chylomicron-mediate lipid transport in the intestine and promotes obesity T1 - Die Proteinkinase D2 treibt den Chylomicron-vermittelten Lipidtransport im Darm an und fördert Fettleibigkeit N2 - Obesity and associated metabolic syndrome are growing concerns in modern society due to the negative consequences for human health and well-being. Cardiovascular diseases and type 2 diabetes are only some of the pathologies associated to overweight. Among the main causes are decreased physical activity and food availability and composition. Diets with high content of fat are energy-dense and their overconsumption leads to an energy imbalance, which ultimately promotes energy storage as fat and obesity. Aberrant activation of signalling cascades and hormonal imbalances are characteristic of this disease and members of the Protein Kinase D (PKD) family have been found to be involved in several mechanisms mediating metabolic homeostasis. Therefore, we aimed to investigate the role of Protein Kinase D2 (PKD2) in the regulation of metabolism. Our investigation initiated with a mice model for global PKD2 inactivation, which allowed us to prove a direct involvement of this kinase in lipids homeostasis and obesity. Inactivation of PKD2 protected the mice from high-fat diet-induced obesity and improved their response to glucose, insulin and lipids. Furthermore, the results indicated that, even though there were no changes in energy intake or expenditure, inactivation of PKD2 limited the absorption of fat from the intestine and promoted energy excretion in feces. These results were verified in a mice model for specific deletion of intestinal PKD2. These mice not only displayed an improved metabolic fitness but also a healthier gut microbiome profile. In addition, we made use of a small-molecule inhibitor of PKD in order to prove that local inhibition of PKD2 in the intestine was sufficient to inhibit lipid absorption. The usage of the inhibitor not only protected the mice from obesity but also was efficient in avoiding additional body-weight gain after obesity was pre-established in mice. Mechanistically, we determined that PKD2 regulates lipids uptake in enterocytes by phosphorylation of Apolipoprotein A4 (APOA4) and regulation of chylomicron-mediated triglyceride absorption. PKD2 deletion or inactivation increased abundance of APOA4 and decreased the size of chylomicrons and therefore lipids absorption from the diet. Moreover, intestinal activation of PKD2 in human obese patients correlated with higher levels of triglycerides in circulation and a detrimental blood profile. In conclusion, we demonstrated that PKD2 is a key regulator of dietary fat absorption in murine and human context, and its inhibition might contribute to the treatment of obesity. N2 - Fettleibigkeit und das damit verbundene metabolische Syndrom stellt in der modernen Gesellschaft aufgrund der negativen Folgen für die menschliche Gesundheit und das Wohlbefinden ein zunehmendes Problem dar. Herz-Kreislauf-Erkrankungen und Typ- 2-Diabetes sind nur einige der mit Übergewicht verbundenen Pathologien. Zu den Hauptursachen zählen eine verminderte körperliche Aktivität sowie die Verfügbarkeit und Zusammensetzung von Nahrungsmitteln. Diäten mit hohem Fettgehalt haben eine hohe Energiedichte und ihr übermäßiger Konsum führt zu einem Energieungleichgewicht, das letztendlich die Energiespeicherung als Fett und Fettleibigkeit fördert. Aberrante Aktivierung von Signalkaskaden und hormonelle Ungleichgewichte sind charakteristisch für diese Krankheit, und es wurde festgestellt, dass Mitglieder der Protein Kinase D (PKD) -Familie an mehreren Mechanismen der metabolischen Homöostase beteiligt sind. Daher zielten wir darauf ab die Rolle der Proteinkinase D2 (PKD2) bei der Regulation des Stoffwechsels zu untersuchen. Unsere Untersuchung begann mit einem Mäusemodell für die globale PKD2- Inaktivierung, welches es uns ermöglichte, eine direkte Beteiligung dieser Kinase an der Lipidhomöostase und Fettleibigkeit nachzuweisen. Die Inaktivierung von PKD2 schützte die Mäuse vor fettreicher diätbedingter Fettleibigkeit und verbesserte ihre Reaktion auf Glukose, Insulin und Lipide. Darüber hinaus zeigten die Ergebnisse, dass die Inaktivierung von PKD2 die Absorption von Fett über den Darm begrenzte und die Energieausscheidung im Kot förderte, obwohl sich die Energieaufnahme oder der Energieverbrauch nicht änderten. Diese Ergebnisse wurden in einem Mäusemodell mit spezifischer Deletion von intestinaler PKD2 verifiziert. Diese Mäuse zeigten nicht nur eine verbesserte metabolische Fitness, sondern auch ein gesünderes Darmmikrobiomprofil. Zusätzlich verwendeten wir einen niedermolekularen PKD- Inhibitor, um zu beweisen, dass die lokale Hemmung von PKD2 im Darm ausreicht, um die Lipidabsorption zu hemmen. Die Verwendung des Inhibitors schützte die Mäuse nicht nur vor Fettleibigkeit, sondern verhinderte auch wirksam eine zusätzliche Gewichtszunahme, nachdem bei Mäusen bereits Fettleibigkeit festgestellt worden war. Mechanistisch haben wir festgestellt, dass PKD2 die Lipidaufnahme in Enterozyten durch Phosphorylierung von Apolipoprotein A4 (APOA4) und Regulation der Chylomicron-vermittelten Triglyceridabsorption reguliert. Die Deletion oder Inaktivierung von PKD2 erhöhte die Häufigkeit von APOA4 und verringerte die Größe der Chylomikronen und damit die Lipidabsorption aus der Nahrung. Darüber hinaus korrelierte die intestinale Aktivierung von PKD2 bei adipösen Patienten mit höheren Triglyceridspiegeln im Kreislauf und einem schädlichen Blutprofil. Zusammenfassend haben wir gezeigt, dass PKD2 ein Schlüsselregulator für die Aufnahme von Nahrungsfett im murinen und menschlichen Kontext ist und seine Hemmung zur Behandlung von Fettleibigkeit beitragen könnte KW - Chylomicrons KW - Übergewicht KW - Proteinkinase D KW - Darm KW - Protein Kinase D2 KW - Chylomicron KW - Obesity Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265095 ER - TY - THES A1 - Matera, Gianluca T1 - Global mapping of RNA-RNA interactions in \(Salmonella\) via RIL-seq T1 - Globale Analyse der RNA-RNA-Interaktionen in \(Salmonella\) mittels RIL-seq N2 - RNA represents one of the most abundant macromolecules in both eukaryotic and prokaryotic cells. Since the discovery that RNA could play important gene regulatory functions in the physiology of a cell, small regulatory RNAs (sRNAs) have been at the center of molecular biology studies. Functional sRNAs can be independently transcribed or derived from processing of mRNAs and other non-coding regions and they often associate with RNA-binding proteins (RBPs). Ever since the two major bacterial RBPs, Hfq and ProQ, were identified, the way we approach the identification and characterization of sRNAs has drastically changed. Initially, a single sRNA was annotated and its function studied with the use of low-throughput biochemical techniques. However, the development of RNA-seq techniques over the last decades allowed for a broader identification of sRNAs and their functions. The process of studying a sRNA mainly focuses on the characterization of its interacting RNA partner(s) and the consequences of this binding. By using RNA interaction by ligation and sequencing (RIL-seq), the present thesis aimed at a high-throughput mapping of the Hfq-mediated RNA-RNA network in the major human pathogen Salmonella enterica. RIL-seq was at first performed in early stationary phase growing bacteria, which enabled the identification of ~1,800 unique interactions. In- depth analysis of such complex network was performed with the aid of a newly implemented RIL-seq browser. The interactome revealed known and new interactions involving sRNAs and genes part of the envelope regulon. A deeper investigation led to the identification of a new RNA sponge of the MicF sRNA, namely OppX, involved in establishing a cross-talk between the permeability at the outer membrane and the transport capacity at the periplasm and the inner membrane. Additionally, RIL-seq was applied to Salmonella enterica grown in SPI-2 medium, a condition that mimicks the intracellular lifestyle of this pathogen, and finally extended to in vivo conditions during macrophage infection. Collectively, the results obtained in the present thesis helped unveiling the complexity of such RNA networks. This work set the basis for the discovery of new mechanisms of RNA-based regulation, for the identification of a new physiological role of RNA sponges and finally provided the first resource of RNA interactions during infection conditions in a major human pathogen. N2 - RNA ist eines der am häufigsten vorkommenden Makromoleküle sowohl in eukaryontischen als auch in prokaryontischen Zellen. Seit der Entdeckung, dass RNA wichtige genregulatorische Funktionen in der Physiologie einer Zelle spielen könnte, stehen kleine regulatorische RNAs (sRNAs) im Mittelpunkt molekularbiologischer Studien. Funktionelle sRNAs können alleinstehend von nicht-codierenden oder codierenden Bereichen des Genoms transkribiert werden, aber sie können auch durch die Prozessierung einer mRNA entstehen. Des Weiteren sind sRNAs häufig mit RNA- bindenden Proteinen (RBPs) assoziiert. Seitdem die beiden wichtigsten bakteriellen RBPs, Hfq und ProQ, identifiziert wurden, hat sich die Art und Weise, wie wir an die Identifizierung und Charakterisierung von sRNAs herangehen, drastisch verändert. Ursprünglich wurden sRNAs annotiert und anschließend für einzelne sRNAs die Funktion mit biochemischen Techniken untersucht. Die Entwicklung von RNA-seq-Techniken in den letzten Jahrzehnten ermöglichte nun jedoch eine globale Identifizierung von sRNAs und ihren Funktionen. Der Prozess der Untersuchung einer sRNA konzentriert sich hauptsächlich auf die Charakterisierung ihrer interagierenden RNA-Partner und die Folgen dieser Bindung. Mit Hilfe der RNA-Interaktion durch Ligation und Sequenzierung (RIL-seq) wurde in der vorliegenden Arbeit eine Hochdurchsatzkartierung des Hfq-vermittelten RNA-RNA-Netzwerks in dem wichtigen humanen Krankheitserreger Salmonella enterica durchgeführt. RIL-seq wurde zunächst in Bakterien in der frühen stationären Wachstumsphase durchgeführt, was die Identifizierung von ~1.800 einzigartigen Interaktionen ermöglichte. Mit Hilfe eines neu implementierten RIL-seq-Browsers wurde daraufhin eine eingehende Analyse dieses komplexen Netzwerks durchgeführt. Das Interaktom enthüllte bekannte und neue Interaktionen zwischen sRNAs und mRNAs, die Teil des Zellwand-Regulons sind. Eine tiefergehende Untersuchung führte zur Identifizierung eines neuen RNA-Schwammes, OppX, welcher mit der sRNA MicF bindet und so die Herstellung eines Cross-Talks zwischen der Permeabilität an der äußeren Membran und der Transportkapazität am Periplasma und der inneren Membran ermöglicht. Darüber hinaus wurde RIL-seq für Salmonella enterica angewandt, welche in SPI-2-Medium gewachsen waren, wobei diese Bedingung, die den intrazellulären Lebensstil dieses Erregers nachahmt. Durch die Infektion von Makrophagen mit dem Bakterium, wurde das RIL-seq Protokoll des Weiteren unter in vivo Bedingungen getestet. Insgesamt trugen die in dieser Arbeit erzielten Ergebnisse dazu bei, die Komplexität solcher RNA- Netzwerke zu enthüllen. Diese Arbeit bildete die Grundlage für die Entdeckung neuer Mechanismen der RNA-basierten Regulierung als auch für die Identifizierung einer neuen physiologischen Rolle von RNA- Schwämmen und lieferte letztendlich die erste Untersuchung für RNA- Interaktionen unter Infektionsbedingungen in einem wichtigen menschlichen Krankheitserreger. KW - Small RNA KW - RNA KW - infection biology KW - Salmonella KW - MicF Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268776 ER -