TY - JOUR A1 - Voulgari-Kokota, Anna A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Keller, Alexander T1 - Susceptibility of Red Mason Bee Larvae to Bacterial Threats Due to Microbiome Exchange with Imported Pollen Provisions JF - Insects N2 - Solitary bees are subject to a variety of pressures that cause severe population declines. Currently, habitat loss, temperature shifts, agrochemical exposure, and new parasites are identified as major threats. However, knowledge about detrimental bacteria is scarce, although they may disturb natural microbiomes, disturb nest environments, or harm the larvae directly. To address this gap, we investigated 12 Osmia bicornis nests with deceased larvae and 31 nests with healthy larvae from the same localities in a 16S ribosomal RNA (rRNA) gene metabarcoding study. We sampled larvae, pollen provisions, and nest material and then contrasted bacterial community composition and diversity in healthy and deceased nests. Microbiomes of pollen provisions and larvae showed similarities for healthy larvae, whilst this was not the case for deceased individuals. We identified three bacterial taxa assigned to Paenibacillus sp. (closely related to P. pabuli/amylolyticus/xylanexedens), Sporosarcina sp., and Bacillus sp. as indicative for bacterial communities of deceased larvae, as well as Lactobacillus for corresponding pollen provisions. Furthermore, we performed a provisioning experiment, where we fed larvae with untreated and sterilized pollens, as well as sterilized pollens inoculated with a Bacillus sp. isolate from a deceased larva. Untreated larval microbiomes were consistent with that of the pollen provided. Sterilized pollen alone did not lead to acute mortality, while no microbiome was recoverable from the larvae. In the inoculation treatment, we observed that larval microbiomes were dominated by the seeded bacterium, which resulted in enhanced mortality. These results support that larval microbiomes are strongly determined by the pollen provisions. Further, they underline the need for further investigation of the impact of detrimental bacterial acquired via pollens and potential buffering by a diverse pollen provision microbiome in solitary bees. KW - Osmia bicornis KW - solitary bee KW - bacterial transmission KW - microbiome KW - pollen provisions KW - pathogen KW - secondary invader KW - Paenibacillus KW - Bacillus KW - Sporosarcina Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-207948 SN - 2075-4450 VL - 11 IS - 6 ER - TY - THES A1 - Keller, Sabrina Irene T1 - Erreger und antibiotische Therapie bei Kindern und Jugendlichen mit Pleuraempyemen und parapneumonischen Ergüssen in Deutschland T1 - Pathogens and antibiotic therapy of children and youth with pleural empyema and parapneumonic effusion in Germany N2 - In der Dissertation wurden die Daten von 645 Kindern und Jugendlichen in Deutschland mit Pleuraempyemen oder parapneumonischen Ergüssen (PE/PPE) analysiert, welche im Zeitraum von Oktober 2010 bis Juni 2013 in deutschen Kinderkliniken stationär aufgenommen wurden. Schwerpunkte der Arbeit waren die Erfassung und Analyse der vorkommenden Erreger, der Pneumokokkenserotypen und des Pneumokokkenimpfstatus, sowie der antibiotischen Therapie 203 von 645 Kindern und Jugendlichen mit PE/PPE wiesen einen positiven Erregernachweis in der Blutkultur, der Pleurapunktatkultur und/oder der Pleurapunktat-PCR auf. Der häufigste vorkommende Erreger war mit 55% S. pneumoniae. S. pyogenes stellte mit 15% den zweithäufigsten Erreger dar. S. epidermidis machte 4% und S. aureus 3% der nachgewiesenen Erreger aus. Bei allen drei Nachweismethoden (Blutkultur, Pleurapunktatkultur und Pleurapunktat-PCR) war einzeln betrachtet S. pneumoniae jeweils der häufigste nachgewiesene Erreger. Beim Vergleich von Patienten mit positivem Erregernachweis in Blutkultur, Pleurapunktatkultur oder Pleurapunktat-PCR mit Patienten ohne Erregernachweis, zeigten die Patienten mit positivem Erregernachweis eine längere Krankenhausaufenthaltsdauer (19 vs. 16 Tagen im Median, p-value <0,001), eine höhere Komplikationsrate (80% vs. 57%, p-value <0,001)) sowie eine häufigere Eröffnung des Pleuraraumes (94% vs. 71%, p-value<0,001). Es kam bei Patienten mit positivem Erregernachweis ebenso häufiger zu einer Intensivpflichtigkeit (74% vs. 51%, p-value<0,001), sowie zu gesicherten oder möglichen Krankheitsfolgen (25% vs. 15%, p-value 0,004). Vergleicht man, bei Patienten mit positivem Erregernachweis, die unterschiedlichen Erreger (S. pneumoniae, S. pyogenes, S. epidermidis, S. aureus, „andere Erreger“) hinsichtlich der klinischen Charakteristika, so zeigen sich keine wesentlichen Unterschiede bezüglich des klinischen Verlaufes, sowie der Akut- und Langzeit-Komplikationen. Die Serotypen des am häufigsten aufgetretenen Erregers S. pneumoniae wurden molekularbiologisch identifiziert. Insgesamt konnte bei 36% der Patienten mit S. pneumoniae der Pneumokokkenserotyp nachgewiesen werden. Der häufigste Serotyp war Serotyp 1, der zweithäufigste Serotyp 3. Diese beiden Serotypen sind nicht im Pneumokokken-Konjugatimpfstoff PCV-7, jedoch im Pneumokokken-Konjugatimpfstoff PCV-13 enthalten. Es wurde nur ein Serotyp (35F) nachgewiesen, welcher in keinem der derzeit zugelassenen polyvalenten Konjugatimpfstoffen enthalten ist. Bei der Betrachtung des Pneumokokkenimpfstatus der Kinder und Jugendlichen mit PE/PPE zeigte sich, dass 60% der Patienten (294 von 490 Patienten mit bekanntem Pneumokokkenimpfstatus) mit mindestens einer Dosis Pneumokokkenimpfstoff geimpft worden waren. Der am häufigsten verwendete Impfstoff war der Pneumokokken-Konjugatimpfstoff PCV-7, der zweithäufigste der Pneumokokken-Konjugatimpfstoff PCV-13. Bei 6 der geimpften Patienten wurde ein Pneumokokkenserotyp nachgewiesen, welcher in dem mindestens einmal geimpften Pneumokokkenimpfstoff enthalten war. Dabei wurde bei 2 von den 6 Patienten mit Durchbruchsinfektion der Serotyp 3 nachgewiesen. Die verwendeten Antibiotika bei den Kindern und Jugendlichen mit PE/PPE wurden genauer analysiert. 35% der Patienten erhielten eine vorstationäre Antibiotikatherapie. Am häufigsten wurden dabei Cephalosporine eingesetzt. Patienten, welche vorstationär Antibiotika erhalten haben, hatten eine kürzere Krankenhausaufenthaltsdauer (16 vs. 18 Tage im Median, p-value 0,026), eine geringere Wahrscheinlichkeit für eine Intensivpflichtigkeit (51% vs. 62%, p-value 0,009), jedoch eine längere Dauer der vorstationären Erkrankung (7 vs. 4 Tage im Median, p-value <0,001) bei jeweils gleicher Gesamtdauer des Pleuraergusses (14 Tage im Median). Außerdem war die Nachweiswahrscheinlichkeit eines Erregers in Blutkultur, Pleurapunktatkultur und/oder Pleurapunktat-PCR bei Patienten mit vorstationärer Antibiotikagabe geringer (26% vs. 35%, p-value 0,024) und es gab Unterschiede in der Erregerverteilung zwischen Patienten mit und ohne vorstationärer Antibiotikagabe. So machte S. pneumoniae bei Patienten mit vorstationärer Antibiotikagabe 41% der Erreger aus, bei Patienten ohne vorstationäre Antibiotikagabe 61%. Bei Patienten mit vorstationärer Antibiotikagabe zeigte sich dafür ein höherer Anteil von 37% der Gruppe der „anderen Erreger“ (welche nicht zu den vier häufigsten Erregern S. pneumoniae, S. pyogenes, S. epidermidis und S. aureus gehören), als bei Patienten ohne vorstationäre Antibiotikatherapie. Bei Patienten ohne vorstationäre Antibiotikagabe machten die „anderen Erreger“ lediglich 16% der Erreger aus. Stationär erhielten 99% der Patienten eine intravenöse Therapie und 45% der Patienten orale Antibiotika. Am häufigsten wurden intravenös Cephalosporine der 2. Generation, wie beispielsweise Cefuroxim, verabreicht. Oral wurden stationär am häufigsten Makrolide, zum Beispiel Erythromycin oder Clarithromycin, eingesetzt. Der relativ häufige Einsatz von Makroliden (59% der stationär eingesetzten oralen Antibiotika sowie 26% der vorstationären Antibiotika) ist bei nicht optimaler Wirksamkeit und hoher Resistenzrate von S. pneumoniae gegenüber Makroliden bei Kindern (Imöhl et al. 2010) kritisch zu betrachten. Bei parapneumonischen Ergüssen, bzw. Pleuraempyemen, handelt es sich um eine schwere Erkrankung im Kindes- und Jugendalter, deren häufigster Erreger S. pneumoniae ist. Die zwischen Oktober 2010 und Juni 2013 gefundenen Pneumokokkenserotypen waren größtenteils nicht in dem, zwischen 2006 und 2009 überwiegend verwendeten, 7-valenten Pneumokokkenkonjugatimpfstoff enthalten, während Pneumokokkenserotypen, welche im seit 2009 überwiegend verwendeten 13-valenten Pneumokokkenkonjugatimpfstoff enthalten sind, vorherrschten. Damit besteht aktuell eine gute Möglichkeit der Impfprävention gegenüber dieser schweren Komplikation der ambulant erworbenen Pneumonie. Die Wirksamkeit gegenüber dem prinzipiell durch den 13-valenten Impfstoff erfassten Pneumokokken-Serotyp 3, bei dem in der vorliegenden Erhebung 2 Durchbruchsinfektionen beobachtet wurden, erscheint jedoch möglicherweise als nicht ausreichend. In dem hier betrachteten Zeitraum von Oktober 2010 bis Juni 2013 kam es nicht zu einer Zunahme der Krankenhausaufnahmen aufgrund von PE/PPE bei Kindern und Jugendlichen. Dies steht im Gegensatz zu Studien aus anderen Ländern, welche auf einen Anstieg der Pleuraempyeminzidenz bei Kindern hinweisen (Hendrickson et al. 2008; Byington et al. 2006; Sakran et al. 2014). Eine weitere Surveillance der Inzidenz und verursachenden Erreger von parapneumonischen Ergüssen und Pleuraempyemen im Kindesalter ist daher, insbesondere bezüglich eines möglichen Serotypenreplacements oder einer Erregerverschiebung, notwendig und damit auch für die Impfprävention von hoher Bedeutung. N2 - 645 children and youth with pleural empyema or parapneumonic effusion in Germany were included. Pathogens and antibiotic therapie were analysed. The most common pathogen was S. pneumoniae. The most common pneumococcal serotype was serotype 1. KW - Pleuraempyem KW - Kinder KW - Deutschland KW - Pleuraerguss KW - Antibiotikatherapie KW - Pleuraempyem KW - Kinder KW - Deutschland KW - Erreger KW - pleural empyema KW - children KW - germany KW - pathogen Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-157344 ER - TY - JOUR A1 - Sass, Andrea M. A1 - Van Acker, Heleen A1 - Förstner, Konrad U. A1 - Van Nieuwerburgh, Filip A1 - Deforce, Dieter A1 - Vogel, Jörg A1 - Coenye, Tom T1 - Genome-wide transcription start site profiling in biofilm-grown Burkholderia cenocepacia J2315 JF - BMC Genomics N2 - Background: Burkholderia cenocepacia is a soil-dwelling Gram-negative Betaproteobacterium with an important role as opportunistic pathogen in humans. Infections with B. cenocepacia are very difficult to treat due to their high intrinsic resistance to most antibiotics. Biofilm formation further adds to their antibiotic resistance. B. cenocepacia harbours a large, multi-replicon genome with a high GC-content, the reference genome of strain J2315 includes 7374 annotated genes. This study aims to annotate transcription start sites and identify novel transcripts on a whole genome scale. Methods: RNA extracted from B. cenocepacia J2315 biofilms was analysed by differential RNA-sequencing and the resulting dataset compared to data derived from conventional, global RNA-sequencing. Transcription start sites were annotated and further analysed according to their position relative to annotated genes. Results: Four thousand ten transcription start sites were mapped over the whole B. cenocepacia genome and the primary transcription start site of 2089 genes expressed in B. cenocepacia biofilms were defined. For 64 genes a start codon alternative to the annotated one was proposed. Substantial antisense transcription for 105 genes and two novel protein coding sequences were identified. The distribution of internal transcription start sites can be used to identify genomic islands in B. cenocepacia. A potassium pump strongly induced only under biofilm conditions was found and 15 non-coding small RNAs highly expressed in biofilms were discovered. Conclusions: Mapping transcription start sites across the B. cenocepacia genome added relevant information to the J2315 annotation. Genes and novel regulatory RNAs putatively involved in B. cenocepacia biofilm formation were identified. These findings will help in understanding regulation of B. cenocepacia biofilm formation. KW - persistence KW - genomic islands KW - pathogen KW - identification KW - bacteria KW - small RNAs KW - translation initiation KW - cepedia complex KW - global gene expression KW - SEQ KW - resistance KW - burkholderia cenocepacia KW - biofilms KW - dRNA-Seq KW - transcription start site KW - antisense RNA Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-139748 VL - 16 IS - 775 ER -