TY - THES A1 - Nair, Radhika Karal T1 - Structural and biochemical characterization of USP28 inhibition by small molecule inhibitors T1 - Strukturelle und biochemische Charakterisierung der Hemmung von USP28 durch niedermolekulare Inhibitoren N2 - Ubiquitination is an important post-translational modification that maintains cellular homeostasis by regulating various biological processes. Deubiquitinases (DUBs) are enzymes that reverse the ubiquitination process by catalyzing the removal of ubiquitin from a substrate. Abnormal expression or function of DUBs is often associated with the onset and progression of various diseases, including cancer. Ubiquitin specific proteases (USPs), which constitute the largest family of DUBs in humans, have become the center of interest as potential targets in cancer therapy as many of them display increased activity or are overexpressed in a range of malignant tumors or the tumor microenvironment. Two related members of the USP family, USP28 and USP25, share high sequence identities but play diverse biological roles. USP28 regulates cell proliferation, oncogenesis, DNA damage repair and apoptosis, whereas USP25 is involved in the anti-viral response, innate immunity and ER-associated degradation in addition to carcinogenesis. USP28 and USP25 also exhibit different oligomeric states – while USP28 is a constitutively active dimer, USP25 assumes an auto-inhibited tetrameric structure. The catalytic domains of both USP28 and USP25 comprise the canonical, globular USP-domain but contain an additional, extended insertion site called USP25/28 catalytic domain inserted domain (UCID) that mediates oligomerization of the proteins. Disruption of the USP25 tetramer leads to the formation of an activated dimeric protein. However, it is still not clear what triggers its activation. Due to their role in maintaining and stabilizing numerous oncoproteins, USP28 and USP25 have emerged as interesting candidates for anti-cancer therapy. Recent advances in small-molecular inhibitor development have led to the discovery of relatively potent inhibitors of USP28 and USP25. This thesis focuses on the structural elucidation of USP28 and the biochemical characterization of USP28/USP25, both in complex with representatives of three out of the eight compound classes reported as USP28/USP25-specific inhibitors. The crystal structures of USP28 in complex with the AZ compounds, Vismodegib and FT206 reveal that all three inhibitor classes bind into the same allosteric pocket distant from the catalytic center, located between the palm and the thumb subdomains (the S1-site). Intriguingly, this binding pocket is identical to the UCID-tip binding interface in the USP25 tetramer, rendering the protein in a locked, inactive conformation. Formation of the binding pocket in USP28 requires a shift in the helix α5, which induces conformational changes and local distortion of the binding channel that typically accommodates the C-terminal tail of Ubiquitin, thus preventing catalysis and abrogating USP28 activity. The key residues of the USP28-inhibitor binding pocket are highly conserved in USP25. Mutagenesis studies of these residues accompanied by biochemical and biophysical assays confirm the proposed mechanism of inhibition and similar binding to USP25. This work provides valuable insights into the inhibition mechanism of the small molecule compounds specifically for the DUBs USP28 and USP25. The USP28-inhibitor complex structures offer a framework to develop more specific and potent inhibitors. N2 - Ubiquitinierung ist eine wichtige posttranslationale Modifikation, die die zelluläre Homöostase aufrechterhält, indem sie verschiedene biologische Prozesse reguliert. Deubiquitinasen (DUBs) sind Enzyme, die den Ubiquitinierungsprozess umkehren, indem sie die Entfernung von Ubiquitin von einem Substrat katalysieren. Eine abnorme Expression oder Funktion von DUBs wird häufig mit dem Auftreten und Fortschreiten verschiedener Krankheiten, einschließlich Krebs, in Verbindung gebracht. Ubiquitin-spezifische Proteasen (USPs), die im Menschen die größte Familie der DUBs bilden, sind als potenzielle Ziele in der Krebstherapie von besonderem Interesse, da viele von ihnen in bösartigen Tumoren oder deren Mikroumgebung abnormal aktiv oder überexprimiert sind. Die zwei eng verwandten Mitglieder der USP-Familie, USP28 und USP25, weisen eine hohe Sequenzidentität auf, sind aber an unterschiedlichen biologischen Prozessen beteiligt. USP28 reguliert die Zellproliferation, die Onkogenese, die Reparatur von DNA-Schäden und die Apoptose, während USP25 eine Rolle bei der antiviralen Reaktion, der angeborenen Immunität, dem ER-assoziierten Abbau und der Carcinogenese spielt. USP28 und USP25 weisen auch unterschiedliche oligomere Zustände auf. Während USP28 ein konstitutiv aktives Dimer bildet, tritt USP25 als auto-inhibiertes Tetramer auf. Strukturell bestehen die katalytischen Domänen sowohl von USP28 als auch von USP25 aus der kanonischen globulären USP-Domäne enthalten jedoch eine zusätzliche Insertion, die als „USP25/28 catalytic domain inserted domain (UCID)“ bezeichnet wird und die Oligomerisierung der Proteine vermittelt. Die Dissoziation des USP25 Tetramers in Dimere führt zu einem aktivierten USP25-Protein. Es ist jedoch immer noch nicht klar, was seine Aktivierung auslöst. Aufgrund ihrer Rolle bei der Aufrechterhaltung und Stabilisierung zahlreicher Onkoproteine haben sich USP28 und USP25 als interessante Kandidaten für die Entwicklung von Medikamenten in der Krebstherapie erwiesen. Jüngste Fortschritte in der Entwicklung von niedermolekularen Inhibitoren haben zur Entdeckung von relativ potenten Inhibitoren von USP28 und USP25 geführt. Diese Arbeit konzentriert sich auf die Strukturaufklärung von USP28 und die biochemische Charakterisierung von USP28/USP25, beide im Komplex mit Vertretern von drei der acht Verbindungsklassen, die als USP28/USP25-spezifische Inhibitoren bekannt sind. Die Kristallstrukturen von USP28 im Komplex mit den AZ-Verbindungen, Vismodegib und FT206 zeigen, dass alle Inhibitoren in einer ähnlichen Region an USP28 binden - einer allosterischen Tasche, die in der Nähe des katalytischen Zentrums liegt und sich zwischen der Handflächen- und der Daumen-Subdomäne befindet. Diese Bindungstasche ist identisch mit der Position, an der der „UCID-tip“ im USP25-Tetramer bindet und das Protein in eine verschränkte, inaktive Konformation versetzt. Die Bildung der Bindungstasche in USP28 erfordert eine Verschiebung der α5-Helix, die zu Konformationsänderungen und einer lokalen Verzerrung des Bindungskanalsführt, der normalerweise den C-terminus des Ubiquitin-Moleküls bindet und so die Katalyse verhindert und die Aktivität von USP28 hemmt. Die Schlüsselreste der USP28-Inhibitor-Bindungstasche sind in USP25 hoch konserviert. Mutagenese-Studien dieser Aminosäuren, begleitet von biochemischen und biophysikalischen Analysen, bestätigen den vorgeschlagenen Mechanismus der Hemmung und eine ähnliche Bindung der Inhibitoren an USP25. Diese Arbeit liefert wertvolle Einblicke in den Hemmungsmechanismus der Kleinmolekülverbindungen, die spezifisch für die DUBs USP28 und USP25 entwickelt worden sind. Die Strukturen der USP28-Inhibitor-Komplexe bieten eine Grundlage für die zukünftige Entwicklung spezifischerer und wirksamerer Inhibitoren. KW - USP KW - Inhibition KW - enzyme KW - crystallography KW - Unique Selling Proposition KW - Inhibition KW - Enzym KW - Kristallographie Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-281742 ER - TY - THES A1 - Göttler [geb. Lang], Anna T1 - Auswirkung der bariatrischen Operation auf die Aktivität des autonomen Nervensystems im kardialen und peripheren Kompartiment T1 - Effect of bariatric surgery on autonomic nervous system activity in the cardiac and peripheral compartment of the body N2 - Die vorliegende Arbeit thematisiert die Aktivität des autonomen Nervensystems im Vergleich vor versus nach bariatrischer Operation bei ProbandInnen mit morbider Adipositas. Wir untersuchten, ob die Operation und der damit einhergehende Gewichtsverlust drei Monate nach dem bariatrischen Eingriff zu einer Veränderung der Aktivität des autonomen Nervensystems im thorakalen und im motorischen/peripheren Kompartiment führt. Als Parameter dienen für das thorakale Kompartiment die Herzfrequenzvariabilität und für das periphere/motorische Kompartiment vaskuläre (lnRHI und AI) und sudomotorische (Schweißvolumen, Antwortlatenz) Parameter. Unsere Ergebnisse im thorakalen Kompartiment zeigen einen Anstieg der Herzfrequenzvariabilität 3 Monate nach bariatrischer Operation. Wir schließen uns daher der Hypothese an, die mit morbider Adipositas assoziierte Erhöhung der sympathischen Aktivität im thorakalen Kompartiment könne durch bariatrische Operationen reversibel sein. Im peripheren/motorischen Kompartiment können wir keine eindeutige Veränderung der Aktivität des autonomen Nervensystems vor versus nach bariatrischer Operation beobachten. Andere Studien konnten hierzu deutlichere Ergebnisse erheben, die ebenfalls eine erhöhte sympathische Aktivität im motorischen Kompartiment zeigten, welche nach bariatrischer Operation reversibel war. Insgesamt können wir die These einer autonomen Imbalance bei Adipositas sowie einer Verringerung der sympathischen Aktivität im thorakalen Kompartiment nach bariatrischer Operation unterstützen. Die Veränderungen im autonomen Nervensystem leisten möglicherweise einen Beitrag zur Verbesserung der kardiovaskulären Gesundheit und der metabolischen Situation nach der bariatrischen Operation. N2 - The present work addresses the activity of the autonomic nervous system comparing before versus after bariatric surgery in subjects with morbid obesity. We investigated whether surgery and associated weight loss led to changes in autonomic nervous system activity in the thoracic and motoric/peripheral compartment three months after bariatric surgery. Heart rate variability serves as parameter for the thoracic compartment, vascular (lnRHI and AI) and sudomotor (sweat volume, response latency) parameters for the peripheral/motoric compartment. Our results in the thoracic compartment show an increase in heart rate variability 3 months after bariatric surgery. We therefore agree with the hypothesis that the increase in sympathetic activity in the thoracic compartment associated with morbid obesity could be reversible by bariatric surgery. In the peripheral/motoric compartment, we did not observe any clear change in autonomic nervous system activity comparing before versus after bariatric surgery. Other studies were able to obtain clearer results showing increased sympathetic activity in the motoric compartment in subjects with morbid obesity that was reversible after bariatric surgery. Overall, we can support the hypothesis of an autonomic imbalance in obesity and a reduction in sympathetic activity in the thoracic compartment after bariatric surgery. The changes in the autonomic nervous system may contribute to improving cardiovascular health and metabolic status after bariatric surgery. KW - Vegetatives Nervensystem KW - Gefäßwiderstand KW - Herzfrequenzvariabilität KW - quantitativer sudomotorischer Axonreflextest KW - endotheliale Funktion KW - Adipositas KW - autonomes Nervensystem KW - Frequenzbereich KW - Zeitbereich KW - bariatrische KW - Fettsucht Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-369328 ER - TY - THES A1 - Kanmegne Tamga, Dan Emmanuel T1 - Modelling Carbon Sequestration of Agroforestry Systems in West Africa using Remote Sensing T1 - Modellierung der Kohlenstoffbindung von agroforstwirtschaftlichen Systemen in Westafrika mittels Fernerkundung N2 - The production of commodities such as cocoa, rubber, oil palm and cashew, is the main driver of deforestation in West Africa (WA). The practiced production systems correspond to a land managment approach referred to as agroforestry systems (AFS), which consist of managing trees and crops on the same unit of land.Because of the ubiquity of trees, AFS reported as viable solution for climate mitigation; the carbon sequestrated by the trees could be estimated with remote sensing (RS) data and methods and reported as emission reduction efforts. However, the diversity in AFS in relation to their composition, structure and spatial distribution makes it challenging for an accurate monitoring of carbon stocks using RS. Therefore, the aim of this research is to propose a RS-based approach for the estimation of carbon sequestration in AFS across the climatic regions of WA. The main objectives were to (i) provide an accurate classification map of AFS by modelling the spatial distribution of the classification error; (ii) estimate the carbon stock of AFS in the main climatic regions of WA using RS data; (iii) evaluate the dynamic of carbon stocks within AFS across WA. Three regions of interest (ROI) were defined in Cote d'Ivoire and Burkina Faso, one in each climatic region of WA namely the Guineo-Congolian, Guinean and Sudanian, and three field campaigns were carried out for data collection. The collected data consisted of reference points for image classification, biometric tree measurements (diameter, height, species) for biomass estimation. A total of 261 samples were collected in 12 AFS across WA. For the RS data, yearly composite images from Sentinel-1 and -2 (S1 and S2), ALOS-PALSAR and GEDI data were used. A supervised classification using random forest (RF) was implemented and the classification error was assessed using the Shannon entropy generated from the class probabilities. For carbon estimation, different RS data, machine learning algorithms and carbon reference sources were compared for the prediction of the aboveground biomass in AFS. The assessment of the carbon dynamic was carried between 2017 and 2021. An average carbon map was genrated and use as reference for the comparison of annual carbon estimations, using the standard deviation as threshold. As far as the results are concerned, the classification accuracy was higher than 0.9 in all the ROIs, and AFS were mainly represented by rubber (38.9%), cocoa (36.4%), palm (10.8%) in the ROI-1, mango (15.2%) and cashew (13.4%) in ROI-2, shea tree (55.7%) and African locust bean (28.1%) in ROI-3. However, evidence of misclassification was found in cocoa, mango, and shea butter. The assessment of the classification error suggested that the error level was higher in the ROI-3 and ROI-1. The error generated from the entropy was able to reduced the level of misclassification by 63% with 11% of loss of information. Moreover, the approach was able to accuretely detect encroachement in protected areas. On carbon estimation, the highest prediction accuracy (R²>0.8) was obtained for a RF model using the combination of S1 and S2 and AGB derived from field measurements. Predictions from GEDI could only be used as reference in the ROI-1 but resulted in a prediction error was higher in cashew, mango, rubber and cocoa plantations, and the carbon stock level was higher in African locust bean (43.9 t/ha), shea butter (15 t/ha), cashew (13.8 t/ha), mango (12.8 t/ha), cocoa (7.51 t/ha) and rubber (7.33 t/ha). The analysis showed that carbon stock is determined mainly by the diameter (R²=0.45) and height (R²=0.13) of trees. It was found that crop plantations had the lowest biodiversity level, and no significant relationship was found between the considered biodiversity indices and carbon stock levels. The assessment of the spatial distribution of carbon sources and sinks showed that cashew plantations are carbon emitters due to firewood collection, while cocoa plantations showed the highest potential for carbon sequestration. The study revealed that Sentinel data could be used to support a RS-based approach for modelling carbon sequestration in AFS. Entropy could be used to map crop plantations and to monitor encroachment in protected areas. Moreover, field measurements with appropriate allometric models could ensure an accurate estimation of carbon stocks in AFS. Even though AFS in the Sudanian region had the highest carbon stocks level, there is a high potential to increase the carbon level in cocoa plantations by integrating and/or maintaining forest trees. N2 - Die Produktion von Rohstoffen wie Kakao, Kautschuk, Ölpalmen und Cashew ist die Hauptursache fur die Entwaldung in Westafrika (WA). Die verwendeten Produktionssyteme entsprechen einem Landbewirtschaftungskonzept, welches als Agroforstsysteme (AFS) bezeichnet wird und darin besteht, Baume und Nutzpflanzen auf der gleichen Landeinheit zu bewirtschaften. Aufgrund der kohlenstoffbindung durch Baumen sind AFS als praktikable Losung fur den Klimaschutz anerkannt, die Vielfalt der AFS in Bezug auf ihre Zusammensetzung, Struktur un raumliche Verteilung erschwert jedoch eine genaue Schatzung der Kohlenstoffvorrate. Hier konnen Daten und Methoden der satellitenbasierten Erdbeobachtung ansetzten. Ziel dieser Forschungsarbeit ist es daher, einen fernerkundungs-basierten Ansatz fur die Schatzung der Kohlenstoffbindung in AFS in den Klimaregionen von WA vorzuschlagen. Die Hauptziele waren (i) die Erstellung einer genauen Klassifizierungskarte von AFS durch Modellierung der raumlichen verteilung des Klassifizierungsfehlers; (ii) die Shatzung des Kohlenstoffbestands von AFS in den wichtigsten Klimaregionen von WA unter Verwendung von Fernerkundungs-daten (RS); (iii) die Bewertung der raumlichen Verteilung von Kohlenstoffquellen und -senken innerhalb von AFS in ganz WA. Fur jede Klimaregion in West Afrika wurden drei Regionen von Interesse (ROI) festgelegt, namlich die guineisch-kongolesische (ROI 1), die guineische (ROI 2) und die sudanesische Region (ROI 3) in Côte d'Ivoire und Burkina Faso, und es wurden drei Feldkampagnen zur Datenerhebung durchgefuhrt. Die gesammelten Daten bestanden aus Referenzpunkten fur die Bildklassifizierung und biometrischen Messungen (Durchmesser, Hohe, Artname) zur Schatzung der Biomasse. Insgesamt wurden 261 Proben in 12 AFS in ganz WA gesammelt. Fur die RS-Daten wurden jahrliche Komposite von Sentinel-1 und -2 (s1 und S3), ALOS-PALSAR und GEDI-Daten verwendet. Es wurde eine uberwachte Klassifizierung mit Random Forest (RF) algorithmus durch gefuhrt, und der Klassifizierungsfehler wurde anhand der aus den Klassenwahrscheinlichkeiten generierten Shannon-Entropie bewertet. Fur die Kohlenstoffschatzung wurden verschiedene RS-Daten, Algorithmen fur maschinelles Lernen und Kohlenstoff-Referenzquellen fur die Vorhesage des Kohlenstoffs in AFS verglichen. Die Bewertung der raumlichen Verteilung von Kohlenstoffsenken und -quellen basierte auf der Bewertung von Anomalien in der Kohlenstoffdynamik zwischen 2017 und 2021. Es wurde eine Karte zum durchschnittliche gebundenen Kohkenstoff erstellt, und die jahrliche Differenz wurde verwendet, um Kohlenstoffsenken und -quellen zu identifizieren. Die Klassifizierungsgenauigkeit war in allen ROI hoher als 0.9, in der Region dominierten Kautschuk (38.9%), Kakao (36.4%), Palme (10.8%) in ROI-1, Mango (15.2%) und Cashew (13.4%) in ROI-2, Sheabaum (55.7%) und Johannisbrot (28.1%) in ROI-3. Hinweise auf eine Fehlklassifizierung wurden vor allem bei Kakao, Mango un Sheabutter gefunden. Die Bewertung des Klassifizierungsfehlers ergab, dass das Fehlerniveau in ROI-3 und ROI-1 hoher war. Der aus der Entropie generiete Fehler konnte das Ausmass der Fehlklassifizierung reduzieren, ohne die gut klassifizierten Pixel zu beeintrachtigen. Ausserdem war der Ansatz in der Lage, Eingriffe in Schutzgebiete zuverlassig un akkurat zu erkennen. Was die Kohlenstoffschatzung betrifft, so wrude die hochste Vorhersagegenauigkeit (R²> 0.8)bei der Kombination von S1 und S2 mit Random Forest und AGB aus Feldmessungen erzielt. Vorhersagen von GEDI konnten nur als Referenz in der ROI verwendet werden, fuhrten aber zu einem Vorhersagefehler bei Cashew-, Mango-, Kautschuk- und Kakaoplantagen hoher war und der Kohlenstoffbestand bei Johannisbrot (43.9t/ha), Sheabutter (15 t/ha), Cashew (13.8 t/ha), Mango (12.8t/ha), Kakao (7.51 t/ha) und Kautschuk (7.33 t/ha) hoher war. Die Analyse zeigte, dass der Kohlenstoffbestand hauptsachlich durch den Durchmesser (R²=0.45) und die Hohe (R²=0.13) der Baume beeinflusst wird. Zudem wurde festgestellt, dass Plantagenkulturen die geringste Biodiversitat aufweisen, und es wurde kein signifikanter Zusammenhang zwischen Biodiversitatsindizes und Kohlenstoffvorraten festgestellt. Die Bewertung der raumlichen Verteilung von Kohlenstoffquellen und -senken zeigte, dass Cashew ein Kohlenstoffemittent ist, da in dieser Region Brennholz gesammelt wird, wahrend Kakaoplantagen wichtige Kohlenstoffsenken sind. Die Studie ergab zudem, dass Sentinel-Daten zur Unterstutzung eines RS-basierten Ansatzes fur die Modellierung der Kohlenstoffbindung in AFS verwendet werden konnten. Die Entropie konnte zur Kartierung von Anbauplantagen und zur uberwachen von Schutzgebiete verwendet werden. Daruber hinaus gewahrleisten feldmessungen mit geeigneten allometrischen Modellen eine genaue Schatzung der Kohlenstoffvorrate in AFS. Die AFS in der sudanesischen Region weisen die hochsten Kohlenstoffvorrate auf, aber es besteht die Moglichkeit, den Kohlenstoffgehalt in Kakaoplantagen durch die Integration und/oder Erhaltung von Waldbaumen zu erhoehen. KW - Sequestrierung KW - Fernerkundung KW - Westafrika KW - carbon sequestration KW - agroforestry systems KW - remote sensing KW - West Africa Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-369269 ER - TY - THES A1 - Morabbian, Jasamin T1 - Etablierung von Stammzell-Sphäroiden mit inkorporierten Biokeramik-Partikeln zur Förderung der osteogenen Differenzierung T1 - Establishment of stem cell spheroids with incorporated bioceramic particles for the promotion of osteogenic differentiation N2 - In der vorliegenden Dissertationsarbeit wurden Sphäroide aus mesenchymalen Stammzellen aus dem Fettgewebe oder dem Knochenmark mittels der Micromold-Methode hergestellt. Den Sphäroiden wurden entweder Calciumphosphat- oder Calcium-Magnesium-Phosphat-Partikel hinzugefügt. Zum einen sollte überprüft werden, ob die Zugabe von Partikeln die osteogene Differenzierung der Sphäroide fördert und somit zur weiteren Entwicklung von körpereigenem Knochenersatzmaterial in der regenerativen Medizin beiträgt. Zum anderen sollte festgestellt werden, ob eine der beiden Biokeramiken hinsichtlich der osteogenen Differenzierung überlegen ist. N2 - In this dissertation, spheroids were produced from mesenchymal stem cells from adipose tissue or bone marrow using the micromold method. Either calcium phosphate or calcium magnesium phosphate particles were added to the spheroids. On the one hand, it was to be examined whether the addition of particles promotes the osteogenic differentiation of the spheroids and thus contributes to the further development of endogenous bone replacement material in regenerative medicine. Secondly, to determine whether one of the two bioceramics is superior in terms of osteogenic differentiation. KW - Stammzelle KW - Calciumphosphat KW - Spheroid KW - Knochenzement KW - Knochenersatzmaterial KW - Calcium-Magnesium-Phosphat Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-369256 ER - TY - THES A1 - Merscher, Alma-Sophia T1 - To Fear or not to Fear: Unraveling the (Oculo)motor and Autonomic Components of Defensive States in Humans T1 - Vor Furcht Erstarren: Charakterisierung der (Okulo)motorischen und Autonomen Komponenten Menschlicher Defensivreaktionen N2 - Defensive behaviors in response to threats are key factors in maintaining mental and physical health, but their phenomenology remains poorly understood. Prior work reported an inhibition of oculomotor activity in response to avoidable threat in humans that reminded of freezing behaviors in rodents. This notion of a homology between defensive responding in rodents and humans was seconded by concomitant heart rate decrease and skin conductance increase. However, several aspects of this presumed defense state remained ambiguous. For example, it was unclear whether the observed oculomotor inhibition would 1) robustly occur during preparation for threat-avoidance irrespective of task demands, 2) reflect a threat-specific defensive state, 3) be related to an inhibition of somatomotor activity as both motion metrics have been discussed as indicators for freezing behaviors in humans, and 4) manifest in unconstrained settings. We thus embarked on a series of experiments to unravel the robustness, threat-specificity, and validity of previously observed (oculo)motor and autonomic dynamics upon avoidable threat in humans. We provided robust evidence for reduced gaze dispersion, significantly predicting the speed of subsequent motor reactions across a wide range of stimulus contexts. Along this gaze pattern, we found reductions in body movement and showed that the temporal profiles between gaze and body activity were positively related within individuals, suggesting that both metrics reflect the same construct. A simultaneous activation of the parasympathetic (i.e., heart rate deceleration) and sympathetic (i.e., increased skin conductance and pupil dilation) nervous system was present in both defensive and appetitive contexts, suggesting that these autonomic dynamics are not only sensitive to threat but reflecting a more general action-preparatory mechanism. We further gathered evidence for two previously proposed defensive states involving a decrease of (oculo)motor activity in a naturalistic, unconstrained virtual reality environment. Specifically, we observed a state consisting of a cessation of ongoing behaviors and orienting upon relatively distal, ambiguous threat (Attentive Immobility) while an entire immobilization and presumed allocation of attention to the threat stimulus became apparent upon approaching potential threat (Immobility under Attack). Taken together, we provided evidence for specific oculomotor and autonomic dynamics upon increasing levels of threat that may inspire future translational work in rodents and humans on shared mechanisms of threat processing, ultimately supporting the development of novel therapeutic approaches. N2 - Angemessen auf Gefahren zu reagieren, ist überlebensnotwendig, wissenschaftlich jedoch wenig verstanden. Eine frühere Studie wies auf, dass ProbandInnen ihre Augen weniger bewegten, wenn sie mit einer Bedrohung konfrontiert waren, der sie mit einer schnellen Bewegung entkommen konnten. Dieses eingeschränkte Blickbewegungsmuster wurde von einer Herzraten-Dezeleration und einem Anstieg der Hautleitfähigkeit begleitet und wies damit Ähnlichkeiten mit bestimmten Erstarrungsreaktionen auf Bedrohungen (Freezing) bei Nagetieren auf. Es blieb jedoch unklar, ob die eingeschränkten Augenbewegungen 1. robust und unabhängig von spezifischen Aufgabenstellungen als Reaktion auf eine vermeidbare Bedrohung auftreten, 2. eine bedrohungsspezifische Komponente eines Defensivzustands darstellen, 3. von einer körperlichen Bewegungsreduktion begleitet und 4. im freien Raum auftreten würden. Wir haben daher untersucht, ob dieses eingeschränkte Blickbewegungsmuster sowie seine autonomen Begleiterscheinungen robust, bedrohungsspezifisch und valide sind. In unseren Studien traten verringerte Augenbewegungen robust und bedrohungsspezifisch als Reaktion auf vermeidbare Bedrohungen auf und sagten schnellere Reaktionszeiten vorher. Die eingeschränkten Augenbewegungen wurden von verringerten Körperbewegungen begleitet, deren zeitliche Verläufe miteinander korrelierten. Dies könnte auf ein zugrundeliegendes gemeinsames Konstrukt hinweisen. Wir beobachteten außerdem eine Herzraten-Dezeleration sowie erhöhte Hautleitfähigkeit und Pupillendilation in bedrohlichen und appetitiven Kontexten, was darauf hindeutet, dass diese autonomen Dynamiken nicht nur durch Bedrohungen, sondern auch allgemein handlungsvorbereitend ausgelöst werden können. Zuletzt konnten wir in einer frei explorierbaren, virtuellen Umgebung Hinweise auf zwei Defensivzustände liefern, deren Unterscheidung zuvor postuliert, jedoch noch nicht weitreichend belegt war. Bei relativ weit entfernter und ambivalenter Gefahr hielten die ProbandInnen inne und drehten sich, vermutlich zur Orientierung, zum potentiellen Ort der Bedrohung hin (Attentive Immobility). Wenn sich die Bedrohung jedoch näherte, verringerten sich sowohl Körper- als auch Augenbewegungen, als würden die ProbandInnen ihre Aufmerksamkeit auf die Bedrohung ausrichten (Immobility under Attack). Zusammenfassend lieferten unsere Erhebungen damit Belege für spezifische (okulo)motorische und autonome Dynamiken bei steigender Bedrohung, die zukünftige translationale Forschungen über Homologien von Defensivzuständen zwischen Nagetieren und Menschen inspirieren und damit womöglich die Entwicklung neuer therapeutischer Verfahren unterstützen können. KW - Furcht KW - Fear Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-327913 ER - TY - THES A1 - Laqua, Caroline T1 - Association of myocardial tissue characteristics and functional outcome in biopsy-verified myocarditis assessed by cardiac magnetic resonance imaging T1 - Zusammenhänge zwischen geweblichen Eigenschaften des Myokards und funktionellem Outcome bei biopsie-verifizierter Myokarditis im Kardio-MRT N2 - The relation between LV function and cardiac MRI tissue characteristics in separate myocardial segments and their change over time has yet to be explored in myocarditis. Thus, our research aimed to investigate possible associations between global and regional myocardial T1 and T2 times and peak strain in patients with suspected myocarditis. From 2012 to 2015, 129 patients with clinically suspected myocarditis of the prospective, observational MyoRacer-Trial underwent systematic biventricular EMB at baseline and cardiac MRI at baseline and after three months as a follow-up. We divided the LV myocardium into 17 segments and estimated the segmental myocardial strain using FT. We registered T1 and T2 maps to the cine sequences and transferred the segmentations used for FT to ensure conformity of the myocardial segments. Multi-level multivariable linear mixed effects regression was applied to investigate the relation of segmental myocardial strain to relaxation times and their respective change from baseline to follow-up. We found a significant improvement in myocardial peak strain from baseline to follow-up (p < 0.001; all p-values given for likelihood ratio tests) and significant associations between higher T1 and T2 times and lower segmental myocardial peak strain (p ranging from < 0.001 to 0.049). E.g., regression coefficient (Reg. coef.) for segmental radial peak strain in short axis view (SRPS_SAX) and T1 time: -1.9, 95% CI (-2.6;-1.2) %/100 ms, p < 0.001. A decrease in T1 and T2 times from baseline to follow-up was also significantly related to a recovery of segmental peak strains (p ranging from < 0.001 to 0.050). E.g., Reg. coef. for SRPS_SAX per ΔT1: -1.8, 95% CI (-2.5;-1.0) %/100 ms, p < 0.001. Moreover, the higher the baseline T1 time, the more substantial the functional recovery from baseline to follow-up (p ranging from 0.004 to 0.042, e.g., for SRPS_SAX: Reg. coef. 1.3, 95% CI (0.4;2.1) %/100 ms, p 0.004). We did not find an effect modification by the presence of myocarditis in the EMB (p > 0.1). Our cross-sectional and longitudinal analyses provide evidence of dose-dependent correlations between T1 and T2 relaxation times and myocardial peak strain in patients with clinical presentation of myocarditis, regardless of the EMB result. Thus, assessing strain values and mapping relaxation times helps estimate the functional prognosis in patients with clinically suspected myocarditis. N2 - Die Zusammenhänge zwischen der kardialen linksventrikulären (LV) Funktion und magnetresonanztomographisch erhebbaren Parametern des Myokards sowie deren jeweiligen Entwicklungen im zeitlichen Verlauf einer Myokarditis sind bisher nicht umfassend untersucht. Daher beschäftigt sich die vorliegende Arbeit mit der Erforschung des Verhältnisses von globalen und regionalen peak strain-Werten und T1 und T2 Zeiten des LV Myokards in der Magnetresonanztomographie (MRT) bei Patienten mit Verdacht auf Myokarditis. Die MyoRacer-Studie ist eine prospektive Beobachtungsstudie, die von 2012 bis 2015 am Herzzentrum des Universitätsklinikums Leipzig durchgeführt wurde. Dabei wurden 129 Patienten mit klinischem Verdacht auf Myokarditis mittels biventrikulärer Myokardbiopsie sowie kardialer MRT untersucht. Drei Monate nach der Erstuntersuchung (EU) erfolgte eine MRT-Folgeuntersuchung (FU). Für unsere Analysen unterteilten wir das LV Myokard standardmäßig in 17 Segmente, um mithilfe der Technik des feature trackings den segmentalen peak strain zu evaluieren. Weiterhin registrierten wir T1 und T2 maps gegen cine-Sequenzen der MRT und übertrugen die Segmentierungen aus den cine-Sequenzen zwecks Übereinstimmung in die MRT maps. Anschließend analysierten wir die Zusammenhänge zwischen segmentalem strain und T1 und T2 Zeiten und deren jeweiligen Veränderungen im zeitlichen Verlauf mithilfe eines hierarchischen, multivariablen, gemischten linearen Regressionsmodells. Unsere Ergebnisse zeigen eine signifikante Verbesserung der peak strain-Werte von der EU zur FU (p < 0.001; alle p-Werte für likelihood ratio tests angegeben) sowie eine signifikante Assoziation von erhöhten T1 und T2 Zeiten mit verminderten segmentalen peak strain-Werten (p zwischen < 0.001 und 0.049). Weiterhin war ein Abfall der T1 und T2 Zeiten von der EU zur FU signifikant mit einer Erholung der segmentalen peak strain-Werte verknüpft (p zwischen < 0.001 und 0.050). Je höher die T1 Zeiten bei der EU ausfielen, desto stärker erholte bzw. verbesserte sich der peak strain von der EU zur FU (p zwischen 0.004 und 0.042). Eine Effektmodifikation durch den bioptischen Nachweis einer Myokarditis war nicht zu beobachten (p > 0.1). Unsere Quer- und Längsschnittanalysen belegen dosisabhängige Zusammenhänge zwischen T1 und T2 Zeiten und myokardialen peak strain-Werten bei Patienten mit dem klinischen Bild einer Myokarditis, unabhängig vom Ergebnis der Myokardbiopsie. Daher ist die Bestimmung von T1 und T2 Zeiten und myokardialem strain mittels kardialer MRT zur Abschätzung der funktionellen Prognose bei Patienten mit klinischem Verdacht auf Myokarditis hilfreich. KW - Myokarditis KW - Kernspintomografie KW - T1-Zeit KW - T2-Zeit KW - strain KW - t1 time KW - t2 time KW - myocarditis KW - MRI Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363903 ER - TY - THES A1 - Hahn, Sarah T1 - Investigating non-canonical, 5' UTR-dependent translation of MYC and its impact on colorectal cancer development T1 - Untersuchung der nicht-kanonischen, 5' UTR-abhängigen Translation von MYC und ihres Einflusses auf die Entwicklung von Darmkrebs N2 - Colorectal cancer (CRC) is the second most common tumour disease in Germany, with the sequential accumulation of certain mutations playing a decisive role in the transition from adenoma to carcinoma. In particular, deregulation of the Wnt signalling pathway and the associated deregulated expression of the MYC oncoprotein play a crucial role. Targeting MYC thus represents an important therapeutic approach in the treatment of tumours. Since direct inhibition of MYC is challenging, various approaches have been pursued to date to target MYC indirectly. The MYC 5' UTR contains an internal ribosomal entry site (IRES), which has a particular role in the initiation of MYC translation, especially in multiple myeloma. As basis for this work, it was hypothesised on the basis of previous data that translation of MYC potentially occurs via its IRES in CRC as well. Based on this, two IRES inhibitors were tested for their potential to regulate MYC expression in CRC cells. In addition, alternative, 5’ UTR-dependent translation of MYC and interacting factors were investigated. EIF3D was identified as a MYC 5' UTR binding protein which has the potential to regulate MYC expression in CRC. The results of this work suggest that there is a link between eIF3D and MYC expression/translation, rendering eIF3D a potential therapeutic target for MYC-driven CRCs. N2 - Das kolorektale Karzinom (KRK) ist die zweithäufigste Tumorerkrankung in Deutschland, wobei die sequenzielle Akkumulation bestimmter Mutationen eine entscheidende Rolle beim Übergang vom Adenom zum Karzinom spielt. Insbesondere die Deregulation des Wnt-Signalweges und die damit verbundene deregulierte Expression des MYC-Onkoproteins spielen eine entscheidende Rolle. MYC ist ein zentraler Vermittler von Zellfunktionen und reguliert als Transkriptionsfaktor die Expression fast aller Gene sowie verschiedener RNA-Spezies. Selbst kleine Veränderungen der zellulären MYC-Konzentration können das Proliferationsverhalten beeinflussen und die Entstehung und das Fortschreiten von Tumoren fördern. Die gezielte Beeinflussung von MYC stellt daher einen wichtigen therapeutischen Ansatz für die Behandlung von Tumoren dar. Da eine direkte Hemmung von MYC aufgrund seiner Struktur herausfordernd ist, wurden bisher verschiedene Ansätze verfolgt, um MYC indirekt zu beeinflussen, etwa über seinen Interaktionspartner MAX oder auf Ebene der Stabilität, Transkription oder Translation. In unserer eigenen Forschungsgruppe lag der Schwerpunkt in den letzten Jahren speziell auf der Translation von MYC im KRK. Es konnte gezeigt werden, dass die Hemmung der kanonischen cap-abhängigen Translation nicht wie erwartet zu einer Verringerung der zellulären MYC-Level führt, was auf einen alternativen Mechanismus der MYC-Translation hindeutet, der unabhängig vom eIF4F-Komplex abläuft. Die 5'-UTR von MYC enthält eine interne ribosomale Eintrittsstelle (IRES), die eine besondere Rolle bei der Initiierung der MYC-Translation spielt, insbesondere im Multiplen Myelom. Als Grundlage für diese Arbeit wurde daher die Hypothese aufgestellt, dass die Translation von MYC im KRK möglicherweise ebenfalls über die IRES erfolgt. Auf dieser Grundlage wurden zunächst zwei publizierte IRES-Inhibitoren auf ihr Potenzial zur Regulierung der MYC-Expression in KRK-Zellen getestet. J007-IRES hatte keine Auswirkungen auf die MYC-Proteinmenge, und Cymarin scheint weitaus globalere Auswirkungen zu haben, die nicht ausschließlich auf die Verringerung der MYC-Proteinmenge zurückzuführen sind. Daher wurde weiter untersucht, inwieweit die alternative Translation von MYC generell von der 5'-UTR und damit interagierenden Faktoren abhängig ist. EIF3D wurde als MYC-5'-UTR-Bindungsprotein identifiziert, dessen Knockdown zu reduzierten MYC-Leveln, einem Proliferationsdefizit sowie einer Verringerung der globalen Proteinsynthese in KRK-Zellen führte. Darüber hinaus führte die Depletion von EIF3D zu ähnlichen Veränderungen im zellulären Genexpressionsmuster wie die Depletion von MYC, wobei viele tumorassoziierte Signalwege betroffen waren. Mittels eCLIP-seq wurde die Bindung von eIF3D an die MYC mRNA nachgewiesen, der genaue Mechanismus einer möglicherweise durch eIF3D vermittelten Translation von MYC muss jedoch weiter untersucht werden. Die Ergebnisse dieser Arbeit deuten darauf hin, dass eine Verbindung zwischen eIF3D und der MYC-Expression/Translation besteht, wodurch eIF3D zu einem potenziellen therapeutischen Ziel für MYC-getriebene KRKs wird. KW - Myc KW - Translation KW - Colorectal cancer KW - 5' UTR Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-364202 ER - TY - JOUR A1 - Allert, Stefanie A1 - Förster, Toni M. A1 - Svensson, Carl-Magnus A1 - Richardson, Jonathan P. A1 - Pawlik, Tony A1 - Hebecker, Betty A1 - Rudolphi, Sven A1 - Juraschitz, Marc A1 - Schaller, Martin A1 - Blagojevic, Mariana A1 - Morschhäuser, Joachim A1 - Figge, Marc Thilo A1 - Jacobsen, Ilse D. A1 - Naglik, Julian R. A1 - Kasper, Lydia A1 - Mogavero, Selene A1 - Hube, Bernhard T1 - \(Candida\) \(albicans\)-Induced Epithelial Damage Mediates Translocation through Intestinal Barriers JF - mBio N2 - Life-threatening systemic infections often occur due to the translocation of pathogens across the gut barrier and into the bloodstream. While the microbial and host mechanisms permitting bacterial gut translocation are well characterized, these mechanisms are still unclear for fungal pathogens such as Candida albicans, a leading cause of nosocomial fungal bloodstream infections. In this study, we dissected the cellular mechanisms of translocation of C. albicans across intestinal epithelia in vitro and identified fungal genes associated with this process. We show that fungal translocation is a dynamic process initiated by invasion and followed by cellular damage and loss of epithelial integrity. A screen of >2,000 C. albicans deletion mutants identified genes required for cellular damage of and translocation across enterocytes. Correlation analysis suggests that hypha formation, barrier damage above a minimum threshold level, and a decreased epithelial integrity are required for efficient fungal translocation. Translocation occurs predominantly via a transcellular route, which is associated with fungus-induced necrotic epithelial damage, but not apoptotic cell death. The cytolytic peptide toxin of C. albicans, candidalysin, was found to be essential for damage of enterocytes and was a key factor in subsequent fungal translocation, suggesting that transcellular translocation of C. albicans through intestinal layers is mediated by candidalysin. However, fungal invasion and low-level translocation can also occur via non-transcellular routes in a candidalysin-independent manner. This is the first study showing translocation of a human-pathogenic fungus across the intestinal barrier being mediated by a peptide toxin. IMPORTANCE Candida albicans, usually a harmless fungus colonizing human mucosae, can cause lethal bloodstream infections when it manages to translocate across the intestinal epithelium. This can result from antibiotic treatment, immune dysfunction, or intestinal damage (e.g., during surgery). However, fungal processes may also contribute. In this study, we investigated the translocation process of C. albicans using in vitro cell culture models. Translocation occurs as a stepwise process starting with invasion, followed by epithelial damage and loss of epithelial integrity. The ability to secrete candidalysin, a peptide toxin deriving from the hyphal protein Ece1, is key: C. albicans hyphae, secreting candidalysin, take advantage of a necrotic weakened epithelium to translocate through the intestinal layer. KW - Candida albicans KW - candidalysin KW - host cell damage KW - host cell invasion KW - intestinal barrier KW - necrosis KW - translocation Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-221084 VL - 9 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Ghosh, Sujal A1 - Hönscheid, Andrea A1 - Dückers, Gregor A1 - Ginzel, Sebastian A1 - Gohlke, Holger A1 - Gombert, Michael A1 - Kempkes, Bettina A1 - Klapper, Wolfram A1 - Kuhlen, Michaela A1 - Laws, Hans-Jürgen A1 - Linka, René Martin A1 - Meisel, Roland A1 - Mielke, Christian A1 - Niehues, Tim A1 - Schindler, Detlev A1 - Schneider, Dominik A1 - Schuster, Friedhelm R. A1 - Speckmann, Carsten A1 - Borkhardt, Arndt T1 - Human RAD52 - a novel player in DNA repair in cancer and immunodeficiency JF - Haematologica N2 - No abstract available. KW - human medicine KW - DNA-Repair KW - cancer KW - immunodeficiency KW - RAD52 Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-180862 VL - 102 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - He, Tao A1 - Wu, Yanfei A1 - D'Avino, Gabriele A1 - Schmidt, Elliot A1 - Stolte, Matthias A1 - Cornil, Jérôme A1 - Beljonne, David A1 - Ruden, P. Paul A1 - Würthner, Frank A1 - Frisbie, C. Daniel T1 - Crystal step edges can trap electrons on the surfaces of n-type organic semiconductors JF - Nature Communications N2 - Understanding relationships between microstructure and electrical transport is an important goal for the materials science of organic semiconductors. Combining high-resolution surface potential mapping by scanning Kelvin probe microscopy (SKPM) with systematic field effect transport measurements, we show that step edges can trap electrons on the surfaces of single crystal organic semiconductors. n-type organic semiconductor crystals exhibiting positive step edge surface potentials display threshold voltages that increase and carrier mobilities that decrease with increasing step density, characteristic of trapping, whereas crystals that do not have positive step edge surface potentials do not have strongly step density dependent transport. A device model and microelectrostatics calculations suggest that trapping can be intrinsic to step edges for crystals of molecules with polar substituents. The results provide a unique example of a specific microstructure–charge trapping relationship and highlight the utility of surface potential imaging in combination with transport measurements as a productive strategy for uncovering microscopic structure–property relationships in organic semiconductors. KW - electronic and spintronic devices KW - electronic devices KW - scanning probe microscopy Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227957 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - He, Jiangang A1 - Di Sante, Domenico A1 - Li, Ronghan A1 - Chen, Xing-Qiu A1 - Rondinelli, James M. A1 - Franchini, Cesare T1 - Tunable metal-insulator transition, Rashba effect and Weyl Fermions in a relativistic charge-ordered ferroelectric oxide JF - Nature Communications N2 - Controllable metal–insulator transitions (MIT), Rashba–Dresselhaus (RD) spin splitting, and Weyl semimetals are promising schemes for realizing processing devices. Complex oxides are a desirable materials platform for such devices, as they host delicate and tunable charge, spin, orbital, and lattice degrees of freedoms. Here, using first-principles calculations and symmetry analysis, we identify an electric-field tunable MIT, RD effect, and Weyl semimetal in a known, charge-ordered, and polar relativistic oxide Ag2BiO3 at room temperature. Remarkably, a centrosymmetric BiO6 octahedral-breathing distortion induces a sizable spontaneous ferroelectric polarization through Bi3+/Bi5+ charge disproportionation, which stabilizes simultaneously the insulating phase. The continuous attenuation of the Bi3+/Bi5+ disproportionation obtained by applying an external electric field reduces the band gap and RD spin splitting and drives the phase transition from a ferroelectric RD insulator to a paraelectric Dirac semimetal, through a topological Weyl semimetal intermediate state. These findings suggest that Ag2BiO3 is a promising material for spin-orbitonic applications. KW - electronic properties and materials KW - ferroelectrics and multiferroics KW - topological matter Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227946 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Hauer, Nadine N. A1 - Popp, Bernt A1 - Taher, Leila A1 - Vogl, Carina A1 - Dhandapany, Perundurai S. A1 - Büttner, Christian A1 - Uebe, Steffen A1 - Sticht, Heinrich A1 - Ferrazzi, Fulvia A1 - Ekici, Arif B. A1 - De Luca, Alessandro A1 - Klinger, Patrizia A1 - Kraus, Cornelia A1 - Zweier, Christiane A1 - Wiesener, Antje A1 - Abou Jamra, Rami A1 - Kunstmann, Erdmute A1 - Rauch, Anita A1 - Wieczorek, Dagmar A1 - Jung, Anna-Marie A1 - Rohrer, Tilman R. A1 - Zenker, Martin A1 - Doerr, Helmuth-Guenther A1 - Reis, André A1 - Thiel, Christian T. T1 - Evolutionary conserved networks of human height identify multiple Mendelian causes of short stature JF - European Journal of Human Genetics N2 - Height is a heritable and highly heterogeneous trait. Short stature affects 3% of the population and in most cases is genetic in origin. After excluding known causes, 67% of affected individuals remain without diagnosis. To identify novel candidate genes for short stature, we performed exome sequencing in 254 unrelated families with short stature of unknown cause and identified variants in 63 candidate genes in 92 (36%) independent families. Based on systematic characterization of variants and functional analysis including expression in chondrocytes, we classified 13 genes as strong candidates. Whereas variants in at least two families were detected for all 13 candidates, two genes had variants in 6 (UBR4) and 8 (LAMA5) families, respectively. To facilitate their characterization, we established a clustered network of 1025 known growth and short stature genes, which yielded 29 significantly enriched clusters, including skeletal system development, appendage development, metabolic processes, and ciliopathy. Eleven of the candidate genes mapped to 21 of these clusters, including CPZ, EDEM3, FBRS, IFT81, KCND1, PLXNA3, RASA3, SLC7A8, UBR4, USP45, and ZFHX3. Fifty additional growth-related candidates we identified await confirmation in other affected families. Our study identifies Mendelian forms of growth retardation as an important component of idiopathic short stature. KW - disease genetics KW - DNA sequencing KW - genetic counselling Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227899 VL - 27 ER - TY - JOUR A1 - Harnoš, Jakub A1 - Cañizal, Maria Consuelo Alonso A1 - Jurásek, Miroslav A1 - Kumar, Jitender A1 - Holler, Cornelia A1 - Schambony, Alexandra A1 - Hanáková, Kateřina A1 - Bernatík, Ondřej A1 - Zdráhal, Zbynêk A1 - Gömöryová, Kristína A1 - Gybeľ, Tomáš A1 - Radaszkiewicz, Tomasz Witold A1 - Kravec, Marek A1 - Trantírek, Lukáš A1 - Ryneš, Jan A1 - Dave, Zankruti A1 - Fernández-Llamazares, Ana Iris A1 - Vácha, Robert A1 - Tripsianes, Konstantinos A1 - Hoffmann, Carsten A1 - Bryja, Vítězslav T1 - Dishevelled-3 conformation dynamics analyzed by FRET-based biosensors reveals a key role of casein kinase 1 JF - Nature Communications N2 - Dishevelled (DVL) is the key component of the Wnt signaling pathway. Currently, DVL conformational dynamics under native conditions is unknown. To overcome this limitation, we develop the Fluorescein Arsenical Hairpin Binder- (FlAsH-) based FRET in vivo approach to study DVL conformation in living cells. Using this single-cell FRET approach, we demonstrate that (i) Wnt ligands induce open DVL conformation, (ii) DVL variants that are predominantly open, show more even subcellular localization and more efficient membrane recruitment by Frizzled (FZD) and (iii) Casein kinase 1 ɛ (CK1ɛ) has a key regulatory function in DVL conformational dynamics. In silico modeling and in vitro biophysical methods explain how CK1ɛ-specific phosphorylation events control DVL conformations via modulation of the PDZ domain and its interaction with DVL C-terminus. In summary, our study describes an experimental tool for DVL conformational sampling in living cells and elucidates the essential regulatory role of CK1ɛ in DVL conformational dynamics. KW - biological techniques KW - cell signalling KW - phosphorylation Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227837 VL - 10 ER - TY - JOUR A1 - Gröbner, Susanne N. A1 - Worst, Barbara C. A1 - Weischenfeldt, Joachim A1 - Buchhalter, Ivo A1 - Kleinheinz, Kortine A1 - Rudneva, Vasilisa A. A1 - Johann, Pascal D. A1 - Balasubramanian, Gnana Prakash A1 - Segura-Wang, Maia A1 - Brabetz, Sebastian A1 - Bender, Sebastian A1 - Hutter, Barbara A1 - Sturm, Dominik A1 - Pfaff, Elke A1 - Hübschmann, Daniel A1 - Zipprich, Gideon A1 - Heinold, Michael A1 - Eils, Jürgen A1 - Lawerenz, Christian A1 - Erkek, Serap A1 - Lambo, Sander A1 - Waszak, Sebastian A1 - Blattmann, Claudia A1 - Borkhardt, Arndt A1 - Kuhlen, Michaela A1 - Eggert, Angelika A1 - Fulda, Simone A1 - Gessler, Manfred A1 - Wegert, Jenny A1 - Kappler, Roland A1 - Baumhoer, Daniel A1 - Stefan, Burdach A1 - Kirschner-Schwabe, Renate A1 - Kontny, Udo A1 - Kulozik, Andreas E. A1 - Lohmann, Dietmar A1 - Hettmer, Simone A1 - Eckert, Cornelia A1 - Bielack, Stefan A1 - Nathrath, Michaela A1 - Niemeyer, Charlotte A1 - Richter, Günther H. A1 - Schulte, Johannes A1 - Siebert, Reiner A1 - Westermann, Frank A1 - Molenaar, Jan J. A1 - Vassal, Gilles A1 - Witt, Hendrik A1 - Burkhardt, Birgit A1 - Kratz, Christian P. A1 - Witt, Olaf A1 - van Tilburg, Cornelis M. A1 - Kramm, Christof M. A1 - Fleischhack, Gudrun A1 - Dirksen, Uta A1 - Rutkowski, Stefan A1 - Frühwald, Michael A1 - Hoff, Katja von A1 - Wolf, Stephan A1 - Klingebeil, Thomas A1 - Koscielniak, Ewa A1 - Landgraf, Pablo A1 - Koster, Jan A1 - Resnick, Adam C. A1 - Zhang, Jinghui A1 - Liu, Yanling A1 - Zhou, Xin A1 - Waanders, Angela J. A1 - Zwijnenburg, Danny A. A1 - Raman, Pichai A1 - Brors, Benedikt A1 - Weber, Ursula D. A1 - Northcott, Paul A. A1 - Pajtler, Kristian W. A1 - Kool, Marcel A1 - Piro, Rosario M. A1 - Korbel, Jan O. A1 - Schlesner, Matthias A1 - Eils, Roland A1 - Jones, David T. W. A1 - Lichter, Peter A1 - Chavez, Lukas A1 - Zapatka, Marc A1 - Pfister, Stefan M. T1 - The landscape of genomic alterations across childhood cancers JF - Nature N2 - Pan-cancer analyses that examine commonalities and differences among various cancer types have emerged as a powerful way to obtain novel insights into cancer biology. Here we present a comprehensive analysis of genetic alterations in a pan-cancer cohort including 961 tumours from children, adolescents, and young adults, comprising 24 distinct molecular types of cancer. Using a standardized workflow, we identified marked differences in terms of mutation frequency and significantly mutated genes in comparison to previously analysed adult cancers. Genetic alterations in 149 putative cancer driver genes separate the tumours into two classes: small mutation and structural/copy-number variant (correlating with germline variants). Structural variants, hyperdiploidy, and chromothripsis are linked to TP53 mutation status and mutational signatures. Our data suggest that 7–8% of the children in this cohort carry an unambiguous predisposing germline variant and that nearly 50% of paediatric neoplasms harbour a potentially druggable event, which is highly relevant for the design of future clinical trials. KW - cancer genomics KW - oncogenesis KW - paediatric cancer KW - predictive markers KW - translational research Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-229579 VL - 555 ER - TY - JOUR A1 - Gottschalk, Michael G. A1 - Richter, Jan A1 - Ziegler, Christiane A1 - Schiele, Miriam A. A1 - Mann, Julia A1 - Geiger, Maximilian J. A1 - Schartner, Christoph A1 - Homola, György A. A1 - Alpers, Georg W. A1 - Büchel, Christian A1 - Fehm, Lydia A1 - Fydrich, Thomas A1 - Gerlach, Alexander L. A1 - Gloster, Andrew T. A1 - Helbig-Lang, Sylvia A1 - Kalisch, Raffael A1 - Kircher, Tilo A1 - Lang, Thomas A1 - Lonsdorf, Tina B. A1 - Pané-Farré, Christiane A. A1 - Ströhle, Andreas A1 - Weber, Heike A1 - Zwanzger, Peter A1 - Arolt, Volker A1 - Romanos, Marcel A1 - Wittchen, Hans-Ulrich A1 - Hamm, Alfons A1 - Pauli, Paul A1 - Reif, Andreas A1 - Deckert, Jürgen A1 - Neufang, Susanne A1 - Höfler, Michael A1 - Domschke, Katharina T1 - Orexin in the anxiety spectrum: association of a HCRTR1 polymorphism with panic disorder/agoraphobia, CBT treatment response and fear-related intermediate phenotypes JF - Translational Psychiatry N2 - Preclinical studies point to a pivotal role of the orexin 1 (OX1) receptor in arousal and fear learning and therefore suggest the HCRTR1 gene as a prime candidate in panic disorder (PD) with/without agoraphobia (AG), PD/AG treatment response, and PD/AG-related intermediate phenotypes. Here, a multilevel approach was applied to test the non-synonymous HCRTR1 C/T Ile408Val gene variant (rs2271933) for association with PD/AG in two independent case-control samples (total n = 613 cases, 1839 healthy subjects), as an outcome predictor of a six-weeks exposure-based cognitive behavioral therapy (CBT) in PD/AG patients (n = 189), as well as with respect to agoraphobic cognitions (ACQ) (n = 483 patients, n = 2382 healthy subjects), fMRI alerting network activation in healthy subjects (n = 94), and a behavioral avoidance task in PD/AG pre- and post-CBT (n = 271). The HCRTR1 rs2271933 T allele was associated with PD/AG in both samples independently, and in their meta-analysis (p = 4.2 × 10−7), particularly in the female subsample (p = 9.8 × 10−9). T allele carriers displayed a significantly poorer CBT outcome (e.g., Hamilton anxiety rating scale: p = 7.5 × 10−4). The T allele count was linked to higher ACQ sores in PD/AG and healthy subjects, decreased inferior frontal gyrus and increased locus coeruleus activation in the alerting network. Finally, the T allele count was associated with increased pre-CBT exposure avoidance and autonomic arousal as well as decreased post-CBT improvement. In sum, the present results provide converging evidence for an involvement of HCRTR1 gene variation in the etiology of PD/AG and PD/AG-related traits as well as treatment response to CBT, supporting future therapeutic approaches targeting the orexin-related arousal system. KW - human behaviour KW - molecular neuroscience KW - personalized medicine KW - predictive markers KW - psychiatric disorders Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227479 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Gotru, Sanjeev Kiran A1 - van Geffen, Johanna P. A1 - Nagy, Magdolna A1 - Mammadova-Bach, Elmina A1 - Eilenberger, Julia A1 - Volz, Julia A1 - Manukjan, Georgi A1 - Schulze, Harald A1 - Wagner, Leonard A1 - Eber, Stefan A1 - Schambeck, Christian A1 - Deppermann, Carsten A1 - Brouns, Sanne A1 - Nurden, Paquita A1 - Greinacher, Andreas A1 - Sachs, Ulrich A1 - Nieswandt, Bernhard A1 - Hermanns, Heike M. A1 - Heemskerk, Johan W. M. A1 - Braun, Attila T1 - Defective Zn2+ homeostasis in mouse and human platelets with α- and δ-storage pool diseases JF - Scientific Reports N2 - Zinc (Zn2+) can modulate platelet and coagulation activation pathways, including fibrin formation. Here, we studied the (patho)physiological consequences of abnormal platelet Zn2+ storage and release. To visualize Zn2+ storage in human and mouse platelets, the Zn2+ specific fluorescent dye FluoZin3 was used. In resting platelets, the dye transiently accumulated into distinct cytosolic puncta, which were lost upon platelet activation. Platelets isolated from Unc13d−/− mice, characterized by combined defects of α/δ granular release, showed a markedly impaired Zn2+ release upon activation. Platelets from Nbeal2−/− mice mimicking Gray platelet syndrome (GPS), characterized by primarily loss of the α-granule content, had strongly reduced Zn2+ levels, which was also confirmed in primary megakaryocytes. In human platelets isolated from patients with GPS, Hermansky-Pudlak Syndrome (HPS) and Storage Pool Disease (SPD) altered Zn2+ homeostasis was detected. In turbidity and flow based assays, platelet-dependent fibrin formation was impaired in both Nbeal2−/− and Unc13d−/− mice, and the impairment could be partially restored by extracellular Zn2+. Altogether, we conclude that the release of ionic Zn2+ store from secretory granules upon platelet activation contributes to the procoagulant role of Zn2+ in platelet-dependent fibrin formation. KW - coagulation system KW - metals Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-227455 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Gore, Lia A1 - Locatelli, Franco A1 - Zugmaier, Gerhard A1 - Handgretinger, Rupert A1 - O'Brien, Maureen M. A1 - Bader, Peter A1 - Bhojwani, Deepa A1 - Schlegel, Paul-Gerhardt A1 - Tuglus, Catherine A. A1 - Stackelberg, Arend von T1 - Survival after blinatumomab treatment in pediatric patients with relapsed/refractory B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia JF - Blood Cancer Journal N2 - no abstract available KW - acute lymphocytic leukaemia KW - immunotherapy Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-230726 VL - 8 ER - TY - JOUR A1 - Gilder, Stuart A. A1 - Wack, Michael A1 - Kaub, Leon A1 - Roud, Sophie C. A1 - Petersen, Nikolai A1 - Heinsen, Helmut A1 - Hillenbrand, Peter A1 - Milz, Stefan A1 - Schmitz, Chistoph T1 - Distribution of magnetic remanence carriers in the human brain JF - Scientific Reports N2 - That the human brain contains magnetite is well established; however, its spatial distribution in the brain has remained unknown. We present room temperature, remanent magnetization measurements on 822 specimens from seven dissected whole human brains in order to systematically map concentrations of magnetic remanence carriers. Median saturation remanent magnetizations from the cerebellum were approximately twice as high as those from the cerebral cortex in all seven cases (statistically significantly distinct, p = 0.016). Brain stems were over two times higher in magnetization on average than the cerebral cortex. The ventral (lowermost) horizontal layer of the cerebral cortex was consistently more magnetic than the average cerebral cortex in each of the seven studied cases. Although exceptions existed, the reproducible magnetization patterns lead us to conclude that magnetite is preferentially partitioned in the human brain, specifically in the cerebellum and brain stem. KW - brain KW - neurophysiology Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-233035 VL - 8 ER - TY - JOUR A1 - Giampaolo, Sabrina A1 - Wójcik, Gabriela A1 - Klein-Hessling, Stefan A1 - Serfling, Edgar A1 - Patra, Amiya K. T1 - B cell development is critically dependent on NFATc1 activity JF - Cellular & Molecular Immunology N2 - B cell development in bone marrow is a precisely regulated complex process. Through successive stages of differentiation, which are regulated by a multitude of signaling pathways and an array of lineage-specific transcription factors, the common lymphoid progenitors ultimately give rise to mature B cells. Similar to early thymocyte development in the thymus, early B cell development in bone marrow is critically dependent on IL-7 signaling. During this IL-7-dependent stage of differentiation, several transcription factors, such as E2A, EBF1, and Pax5, among others, play indispensable roles in B lineage specification and maintenance. Although recent studies have implicated several other transcription factors in B cell development, the role of NFATc1 in early B cell developmental stages is not known. Here, using multiple gene-manipulated mouse models and applying various experimental methods, we show that NFATc1 activity is vital for early B cell differentiation. Lack of NFATc1 activity in pro-B cells suppresses EBF1 expression, impairs immunoglobulin gene rearrangement, and thereby preBCR formation, resulting in defective B cell development. Overall, deficiency in NFATc1 activity arrested the pro-B cell transition to the pre-B cell stage, leading to severe B cell lymphopenia. Our findings suggest that, along with other transcription factors, NFATc1 is a critical component of the signaling mechanism that facilitates early B cell differentiation. KW - differentiation KW - EBF1 KW - NFATc1 KW - pro-B KW - pre-B Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-233006 VL - 16 ER - TY - JOUR A1 - Franchini, Paolo A1 - Jones, Julia C. A1 - Xiong, Peiwen A1 - Kneitz, Susanne A1 - Gompert, Zachariah A1 - Warren, Wesley C. A1 - Walter, Ronald B. A1 - Meyer, Axel A1 - Schartl, Manfred T1 - Long-term experimental hybridisation results in the evolution of a new sex chromosome in swordtail fish JF - Nature Communications N2 - The remarkable diversity of sex determination mechanisms known in fish may be fuelled by exceptionally high rates of sex chromosome turnovers or transitions. However, the evolutionary causes and genomic mechanisms underlying this variation and instability are yet to be understood. Here we report on an over 30-year evolutionary experiment in which we tested the genomic consequences of hybridisation and selection between two Xiphophorus fish species with different sex chromosome systems. We find that introgression and imposing selection for pigmentation phenotypes results in the retention of an unexpectedly large maternally derived genomic region. During the hybridisation process, the sex-determining region of the X chromosome from one parental species was translocated to an autosome in the hybrids leading to the evolution of a new sex chromosome. Our results highlight the complexity of factors contributing to patterns observed in hybrid genomes, and we experimentally demonstrate that hybridisation can catalyze rapid evolution of a new sex chromosome. KW - evolutionary genetics KW - experimental evolution KW - genome evolution Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-228396 VL - 9 ER - TY - THES A1 - Bredemeyer, Cynthia Natascha T1 - Akademisierung und Professionalisierung der Zahnheilkunde, insbesondere der Zahnchirurgie, in Würzburg und Unterfranken im 19. Jahrhundert T1 - The dental surgical instrument collection of the Juliusspital in Würzburg: The professionalization of dentistry, especially the dental surgery in 19th century Würzburg and Franconia / Bavaria N2 - Die Arbeit befasst sich mit der Akademisierung und Professionalisierung der Zahnheilkunde, insbesondere der Zahnchirurgie, in Würzburg und Unterfranken im 19. Jahrhundert. Dies wurde insbesondere anhand des zahnchirurgischen Teils der Lehrchirurgischen Instrumentensammlung der Universität Würzburg bzw. des Juliusspitals erforscht. Der zahnchirurgische Teil der Instrumentensammlung war bisher noch nicht erforscht worden und besteht aktuell aus 34+1 Instrumenten, die für diese Arbeit komplett katalogisiert wurden. Für die Entwicklung der Instrumente im Verlauf des 19. Jahrhunderts wurde die Provenienz der Teilsammlung ergründet und diese in den Kontext der Akademisierungsbewegung des 19. Jahrhunderts eingeordnet. Die Forschung wurde anhand der tatsächlich in der Praxis tätigen und nach und nach akademisch ausgebildeten Personen nachvollzogen. Hierzu wurden neben den Instrumenten als Quelle die Adressbücher der Stadt Würzburg und die Matrikel-, Personal- und Vorlesungsverzeichnisse der Universität Würzburg des gesamten 19. Jahrhunderts systematisch durchgearbeitet. Außerdem wurden Lehrbücher aus dem nichtakademischen zahnchirurigischen Bereich (Bader) mit denen aus dem sich beginnenden akademischen Bereich analysiert. Anhand dieser Forschungsarbeit konnte dargelegt werden, dass die Zahnchirurgie sich analog zur Chiurgie aus dem handwerklichen Bereich abgekoppelt und nach und nach auf verschiedenen Stufen akademisiert hat. Die Zahnchirurgie hat sich "von unten nach oben" durch das Bestreben nichtakademisch ausgebildeter Menschen akademisiert. N2 - The thesis deals with the academization and professionalization of dentistry, especially dental surgery, in Würzburg and lower Franconia in the 19th century. This was researched in particular on the basis of the dental surgical part of the surgical instrument collection of the University of Würzburg and the Juliusspital. The dental surgical part of the instrument collection had not yet been researched and currently consists of 34+1 instruments, which were completely catalogued for this work. For the development of the instruments over the course of the 19th century, the provenance of the partial collection was investigated and placed in the context of the academization movement of the 19th century. The research was traced on the basis of the people who actually worked in the field and were gradually trained academically. In addition to the instruments as sources, the address books of the city of Würzburg and the matriculation, personnel and lecture directories of the University of Würzburg for the entire 19th century were systematically analyzed. In addition, textbooks from the non-academic dental surgery field (so called "Bader") were analyzed with those from the emerging academic field. On the basis of this research, it was possible to demonstrate that dental surgery, like surgery, separated itself from the craft sector and gradually became academicized at various stages. Dental surgery has developed and academized "from bottom up" due to efforts of non-academic trained people. KW - Zahnchirurgie KW - Akademisierung KW - Professionalisierung KW - Instrument KW - Lehrchirurgische Sammlung KW - Juliusspital Würzburg KW - 19. Jahrhundert Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363878 ER - TY - THES A1 - Heimberger, Kevin T1 - Regulation pathways of c-MYC under glutamine-starving conditions in colon carcinoma cells T1 - Regulierungsmechanismen von c-MYC in Darmkrebszellen unter Glutaminmangelbedingungen N2 - Colon carcinomas (CRC) are statistically among the most fatal cancer types and hence one of the top reasons for premature mortality in the developed world. CRC cells are characterized by high proliferation rates caused by deregulation of gene transcription of proto-oncogenes and general chromosomal instability. On macroscopic level, CRC cells show a strongly altered nutrient and energy metabolism. This work presents research to understand general links between the metabolism and transcription alteration. Mainly focussing on glutamine dependency, shown in colon carcinoma cells and expression pathways of the pro-proliferation protein c-MYC. Previous studies showed that a depletion of glutamine in the cultivation medium of colon carcinoma cell lines caused a proliferation arrest and a strong decrease of overall c-MYC levels. Re-addition of glutamine quickly replenished c-MYC levels through an unknown mechanism. Several proteins altering this regulation mechanism were identified and proposed as possible starting point for further in detail studies to unveil the precise biochemical pathway controlling c-MYC translation repression and reactivation in a rapid manner. On a transcriptional level the formation of RNA:DNA hybrids, so called R-loops, was observed under glutamine depleted conditions. The introduction and overexpression of RNaseH1, a R-loop degrading enzyme, in combination with an ectopically expressed c-MYC variant, independent of cellular regulation mechanisms by deleting the regulatory 3’-UTR of the c-MYC gene, lead to a high rate of apoptotic cells in culture. Expression of a functionally inactive variant of RNaseH1 abolished this effect. This indicates a regulatory function of R-loops formed during glutamine starvation in the presence of c-MYC protein in a cell. Degradation of R-loops and high c-MYC levels in this stress condition had no imminent effect on the cell cycle progression is CRC cells but disturbed the nucleotide metabolism. Nucleotide triphosphates were strongly reduced in comparison to starving cells without R-loop degradation and proliferating cells. This study proposes a model of a terminal cycle of transcription termination, unregulated initiation and elongation of transcription leading to a depletion of energy resources of cells. This could finally lead to high apoptosis of the cells. Sequencing experiments to determine a coinciding of termination sites and R-loop formation sides failed so far but show a starting point for further studies in this essential survival mechanism involving R-loop formation and c-MYC downregulation. N2 - Darmkrebs gehört statistisch zu den Krebsarten mit den höchsten Sterblichkeitsraten und zählen somit zu den häufigsten Todesursachen der entwickelten Länder. Darmkrebszellen zeichnen sich durch chromosomale Instabilität und hohe Proliferationsraten aus, die durch eine Deregulierung der Expression verschiedener Proto-Onkogene zustande kommen. Generell besitzen diese Krebszellen einen stark veränderten Nährstoff- und Energiestoffwechsel im Vergleich zu gesunden somatischen Zellen. Diese Arbeit strebt ein besseres Verständnis der Verbindung zwischen dem Metabolismus und der Gen-Expression an. Das Hauptaugenmerk liegt hierbei auf dem Mechanismus der Expression des proliferationsfördernden Proteins c-MYC und der Abhängigkeit von Glutamin, die Darmkrebszellen charakterisiert. Frühere Studien haben gezeigt, dass der Entzug von Glutamin aus dem Kulturmedium von Darmkrebszelllinien eine Arretierung des Zellzyklus bewirkt sowie die Konzentration des Proteins c-MYC reduziert. Erneute Zugabe von Glutamin zum Medium stellt die MYC-Konzentration schnell wieder her. Die Hintergründe dieses Mechanismus sind bislang aber kaum verstanden. Einige Proteine wurden hier als potenzielle Kandidaten identifiziert, die einen Einfluss auf den biochemischen Prozess haben könnten, der die schnelle Wiederaufnahme der c-MYC Translation gewährleistet. Auf Translationsebene wurden RNA:DNA-Hybriden, sogenannte R-loops, gefunden, die sich unter anderem unter Glutamin-Mangelbedingungen im Genom bilden können. Ein gezielter Abbau dieser R-loops mithilfe des Enzyms RNaseH1, in Kombination mit der ektopischen Expression einer c-MYC-Variante, die unempfindlich gegenüber der zelleigenen Regulationsmechanismen ist, führte zu einer erhöhten Anzahl an apoptotischen Zellen in Kultur. Exprimiert man eine funktionell inaktive Variante der RNaseH1, statt der funktionellen, so kann dieser Apoptose-fördernde Prozess nicht beobachtet werden. Dies bestärkt die Hypothese, dass die R-loops, die sich während eines Glutamin-Mangels und hoher c-MYC-Konzentration bilden, eine regulatorische Funktion innehaben. Als Ursache für die Apoptose konnte ein Effekt der veränderten Expression auf das Fortschreiten des Zellzyklus ausgeschlossen werden. Jedoch zeigte sich eine Veränderung im Nukleotid-Metabolismus. Betroffene Zellen zeigten deutlich reduzierte Nuklotidtriphosphat-Konzentrationen im Vergleich zu Zellen unter Glutaminmangelbedingungen ohne R-loop-Abbau. In dieser Arbeit wurde ein Modell entwickelt, das einen sich selbst negativ verstärkenden Zyklus vorschlägt, der die Zellen zur Apoptose führt. Transkriptionstermination und eine unkontrollierte Initiation der Transkription im Wechsel führt zu einem Verbrauch der lebensnotwendigen Energieressourcen der Zellen. Sequenzierungsexperimente zur Lokalisierung der R-loops und Terminationsstellen sind bislang fehlgeschlagen, bieten jedoch Ansätze für künftige Forschung. KW - Myc KW - cMYC regulation KW - Colorectal Cancer KW - Glutamine KW - Translation regulation Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363316 ER - TY - THES A1 - Beudert, Matthias T1 - Bioinspired Modification and Functionalization of Hydrogels for Applications in Biomedicine T1 - Biologisch-inspirierte Modifizierung und Funktionalisierung von Hydrogelen für Anwendungen in der Biomedizin N2 - Over the years, hydrogels have been developed and used for a huge variety of different applications ranging from drug delivery devices to medical products. In this thesis, a poly(2-methyl-2-oxazoline) (POx) / poly(2-n-propyl-2-oxazine) (POzi) bioink was modified and analyzed for the use in biofabrication and targeted drug delivery. In addition, the protein fibrinogen (Fbg) was genetically modified for an increased stability towards plasmin degradation for its use as wound sealant. In Chapter 1, a thermogelling, printable POx/POzi-based hydrogel was modified with furan and maleimide moieties in the hydrophilic polymer backbone facilitating post-printing maturation of the constructs via Diels-Alder chemistry. The modification enabled long-term stability of the hydrogel scaffolds in aqueous solutions which is necessary for applications in biofabrication or tissue engineering. Furthermore, we incorporated RGD-peptides into the hydrogel which led to cell adhesion and elongated morphology of fibroblast cells seeded on top of the scaffolds. Additional printing experiments demonstrate that the presented POx/POzi system is a promising platform for the use as a bioink in biofabrication. Chapter 2 highlights the versatility of the POx/POzi hydrogels by adapting the system to a use in targeted drug delivery. We used a bioinspired approach for a bioorthogonal conjugation of insulin-like growth factor I (IGF-I) to the polymer using an omega-chain-end dibenzocyclooctyne (DBCO) modification and a matrix metalloprotease-sensitive peptide linker. This approach enabled a bioresponsive release of IGF-I from hydrogels as well as spatial control over the protein distribution in 3D printed constructs which makes the system a candidate for the use in personalized medicine. Chapter 3 gives a general overview over the necessity of wound sealants and the current generations of fibrin sealants on the market including advantages and challenges. Furthermore, it highlights trends and potential new strategies to tackle current problems and broadens the toolbox for future generations of fibrin sealants. Chapter 4 applies the concepts of recombinant protein expression and molecular engineering to a novel generation of fibrin sealants. In a proof-of-concept study, we developed a new recombinant fibrinogen (rFbg) expression protocol and a Fbg mutant that is less susceptible to plasmin degradation. Targeted lysine of plasmin cleavage sites in Fbg were exchanged with alanine or histidine in different parts of the molecule. The protein was recombinantly produced and restricted plasmin digest was analyzed using high resolution mass spectrometry. In addition to that, we developed a novel time resolved screening protocol for the detection of new potential plasmin cleavage sites for further amino acid exchanges in the fibrin sealant. N2 - Hydrogele wurden im Laufe der Jahre für eine Vielzahl von Anwendungen, von der Verabreichung von Medikamenten bis hin zu medizinischen Produkten, entwickelt und eingesetzt. In dieser Arbeit wurde eine Poly(2-methyl-2-oxazolin) POx) / Poly(2-n-propyl-2- oxazin) (POzi) Biotinte modifiziert und für den Einsatz in der Biofabrikation und für die gezielte Verabreichung von Medikamenten analysiert. Außerdem wurde das Protein Fibrinogen (Fbg) gentechnisch verändert, um seine Stabilität gegenüber dem Plasminabbau in seiner Funktion als Wundkleber zu erhöhen In Kapitel 1 wurde ein thermogelierendes, druckbares Hydrogel auf POx/POzi-Basis mit Furan- und Maleimid-Funktionen im hydrophilen Polymerrückgrat modifiziert, was die Reifung der Konstrukte nach dem Druck durch Diels-Alder-Chemie bewirkt. Die Modifizierung ermöglichte eine langfristige Stabilität der Hydrogele in wässrigen Lösungen, was für Anwendungen im Bereich der Biofabrikation oder im Tissue Engineering erforderlich ist. Darüber hinaus haben wir RGD-Peptide in das Hydrogel integriert, was zur Zelladhäsion und einer verlängerten Morphologie von Fibroblasten, die auf den Gelen ausgesät wurden, führte. Weitere Druckexperimente zeigen außerdem, dass das POx/POzi-System eine vielversprechende Plattform für den Einsatz als Biotinte in der Biofabrikation ist. Kapitel 2 unterstreicht die Vielseitigkeit der POx/POzi-Hydrogele, indem das System für die gezielte Abgabe von Medikamenten angepasst wird. Wir verwendeten einen von der Natur inspirierten Ansatz für eine biorthogonale Konjugation vom Insuline-like Growth Factor I (IGF- I) an das Polymer unter Verwendung einer Dibenzocyclooctin-Modifikation des Polymers am Ende der Omega-Kette und eines Matrix-Metalloproteasen-empfindlichen Peptid-Linkers. Dieser Ansatz ermöglichte eine bioresponsive Freisetzung von IGF-I aus Hydrogelen sowie eine räumliche Kontrolle über die Proteinverteilung in 3D-gedruckten Konstrukten, was das System zu einem Kandidaten für den Einsatz in der personalisierten Medizin macht. Kapitel 3 gibt einen allgemeinen Überblick über die Notwendigkeit von Wundversiegelungsmitteln und die derzeit auf dem Markt befindlichen Generationen von Fibrinklebern einschließlich der Vorteile und Herausforderungen. Darüber hinaus werden Trends und potenzielle neue Strategien zur Lösung aktueller Probleme und zur Erweiterung der Toolbox für künftige Generationen von Fibrinklebern aufgezeigt. In Kapitel 4 werden die Konzepte der rekombinanten Proteinexpression und des Molecular Engineering auf eine neue Generation von Fibrin Wundklebern angewandt. In einer Proof-of- Concept-Studie haben wir ein neues rekombinantes Fbg Expressionsprotokoll und eine Fbg Mutante entwickelt, die weniger anfällig für einen Abbau durch Plasmin ist. Gezielte Lysine in Plasmin-Schnittstellen in Fbg wurde entweder durch Alanin oder Histidin in unterschiedlichen Teilen des Moleküls ausgetauscht. Das Protein wurde rekombinant hergestellt und eine verminderte Schnittrate wurde mittels hochauflösender Massenspektrometrie gezeigt. Zusätzlich haben wir ein neues zeitaufgelöstes Screening-Protokoll entwickelt, mit dem sich neue potenzielle Plasmin-Spaltstellen für weitere Aminosäurenaustausche in Fibrin-Klebern auflösen lassen. KW - Hydrogel KW - Targeted drug delivery KW - 3 D bioprinting KW - Hydrogels KW - Modification KW - Bioinks KW - Fibrinogen KW - Drug Delivery Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-322887 ER - TY - THES A1 - Endres, Erik T1 - Kovalente Inhibitoren: Modellierung und Design T1 - Covalent Inhibitors: Modeling and Design N2 - Kovalente Inhibition stellt einen effektiven Weg dar, die Verweildauer des Liganden innerhalb einer Bindetasche zu erhöhen. In dieser Arbeit wurden theoretische Methoden angewendet, um die Reaktivität und den nichtkovalenten Zustand vor der Reaktion zu modellieren. Im Rahmen einer Fallstudie zu Cathepsin K wurden nichtkovalente Modelle von kovalenten Inhibitoren generiert. Für verschiedene Komplexe aus Cathepsin K und einem kovalent gebundenem Liganden wurde der Zustand vor der Reaktion modelliert und dessen Stabilität im Rahmen einer klassischen MD-Simulation überprüft. Die Stabilität des Warheads in der Bindetasche hing hauptsächlich vom gewählten Protonierungszustand der katalytischen Aminosäuren ab. Für eine Reihe von Inhibitoren der ChlaDUB1 wurde ein Protokoll aus quantenmechanischen Rechnungen genutzt, um die Reaktivität verschiedener Warheads abzuschätzen. Die erhaltenen Aktivierungsenergien korrelierten mit experimentell bestimmten Raten zur Inaktivierung des Enzyms. Im Rahmen eines Wirkstoffdesign-Projektes zur Deubiquitinase USP28 wurden von unpublizierten Kristallstrukturen ausgehend erste Docking-Experimente durchgeführt. Es konnte gezeigt werden, dass ein literaturbekannter Inhibitor von USP28 mit einem Warhead so modifiziert werden kann, dass die reaktive Einheit in direkter Nachbarschaft zu einem Cystein positioniert wird. Für diese Warheads wurden ebenfalls quantenmechanische Rechnungen zur Bestimmung der Aktivierungsenergie durchgeführt. Um besser nachvollziehen zu können, warum bei einem Photoswitch-Inhibitor der Butyrylcholin-Esterase der cis-Zustand des Moleküls besser inhibiert als der trans-Zustand, wurde eine Docking-Studie des Zustandes vor der Reaktion durchgeführt. Es konnte ein qualitatives Modell aufgestellt werden, das zeigt, dass der trans-Zustand aufgrund seiner längeren Form mit wichtigen Aminosäuren am Eingang der Bindungstasche kollidiert. N2 - Covalent inhibition is an effective way to increase the residence time of a ligand within the active site. In this work theoretical methods were used to model the reactivity and the noncovalent pre-reaction state. Noncovalent models of covalent inhibitors were generated as part of a case study of Cathepsin K. Several complexes of Cathepsin K and a covalently bound ligand were modeled in their state before the reaction, and their stability was assessed by classical molecular dynamics simulations. In most cases the warhead was positioned in close proximity to the catalytic unit, remaining there for up to several hundred nanoseconds. This stable positioning was largely dependent on the protonation state of the catalytic amino acids. To estimate the reactivity of a series of ChlaDUB1 inhibitors, a protocol of quantum mechanical calculations was adapted. The obtained activation energies correlated with experimentally obtained rate constants of enzyme inactivation. Using unpublished crystal structures, first design steps for the inhibition of the deubiquitinase USP28 were performed. Docking studies showed that modification of a literature-known inhibitor of USP28 with a warhead allowed to place this reactive unit close to a cysteine. Activation energies were also obtained for these structures via quantum mechanical calculations. To better rationalize the differences in inhibition between the cis- and trans-state of a photoswitch inhibitor of butyrylcholine esterase, a docking study of the noncovalent state was performed. The different ring conformers and stereochemical properties of the photoswitch were critical for a sensible model of the ligand. A qualitative model could be obtained which explains that the cis-isomer is more active than the trans-isomer due to a steric clash of the latter with amino acids at the entrance of the pocket. KW - Molekulardynamik KW - Docking KW - Inhibitor KW - Computational chemistry KW - Arzneimitteldesign KW - Cathepsin KW - Deubiquitinasen KW - Kovalente Inhibitoren Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-359330 ER - TY - THES A1 - Zhao, Suting T1 - Symmetry Resolution of Entanglement in Holography T1 - Symmetrieaufgelöste Verschränkung in Holographie N2 - This thesis investigates the charged moments and the symmetry-resolved entanglement entropy in the context of the AdS3/CFT2 duality. In the first part, I focus on the holographic U(1) Chern-Simons-Einstein gravity, a toy model of AdS3/CFT2 with U(1) Kac-Moody symmetry. I start with the vacuum background with a single entangling interval. I show that, apart from a partition function in the grand canonical ensemble, the charged moments can also be interpreted as the two-point function of vertex operators on the replica surface. For the holographic description, I propose a duality between the bulk U(1) Wilson line and the boundary vertex operators. I verify this duality by deriving the effective action for the Chern-Simons fields and comparing the result with the vertex correlator. In the twist field approach, I show that the charged moments are given by the correlation function of the charged twist operators and the additional background operators. To solve the correlation functions involved, I prove the factorization of the U(1) extended conformal block into a U(1) block and a Virasoro block. The general expression for the U(1) block is derived by directly summing over the current descendant states, and the result shows that it takes an identical form as the vertex correlators. This leads to the conclusion that the disjoint Wilson lines compute the neutral U(1) block. The final result for the symmetry-resolved entanglement entropy shows that it is always charge-independent in this model. In the second part, I study charged moments in higher spin holography, where the boundary theory is a CFT with W3 symmetry. I define the notion of the higher spin charged moments by introducing a spin-3 modular charge operator. Restricting to the vacuum background with a single entangling interval, I employ the grand canonical ensemble interpretation and calculate the charged moments via the known higher spin black hole solution. On the CFT side, I perform a perturbative expansion for the higher spin charged moments in terms of the connected correlation functions of the spin-3 modular charge operators. Using the recursion relation for the correlation functions of the W3 currents, I evaluate the charged moments up to the quartic order of the chemical potential. The final expression matches with the holographic result. My results both for U(1) Chern-Simons Einstein gravity and W3 higher spin gravity constitute novel checks of the AdS3/CFT2 correspondence. N2 - Diese Arbeit untersucht die Symmetrie-aufgelöste Verschränkungsentropie im Kontext der AdS3/CFT2-Dualität. Im ersten Teil konzentriere ich mich auf die holographische U(1) Chern-Simons-Einstein- Gravitations-Theorie, welches ein Spielzeugmodell für AdS3/CFT2 mit U(1) Kac-Moody-Symmetrie ist. Ich beginne mit dem Vakuumhintergrund mit einem einzigen Verschränkungsintervall. Ich zeige, dass neben einer Partitionsfunktion im großen kanonischen Ensemble die geladenen Momente auch als Zweipunktfunktion von Vertex-Operatoren auf der Replikationsoberfläche interpretiert werden können. Für deren holographische Beschreibung wähle ich eine Dualität zwischen der Bulk U(1) Wilson-Linie und den Randvertexoperatoren. Diese Dualität verifiziere ich, indem ich die effektive Wirkung für die Chern-Simons-Felder herleite und das Ergebnis mit dem Vertex-Korrelator vergleiche. Im Twist-Field-Ansatz zeige ich, dass die geladenen Momente durch die Korrelationsfunktion der geladenen Twist-Operatoren und der zusätzlichen Hintergrundoperatoren gegeben sind. Um die beteiligten Korrelationsfunktionen zu lösen, beweise ich die Faktorisierung des U(1) erweiterten konformen Blocks in einen U(1)-Block und einen Virasoro- Block. Der allgemeine Ausdruck für den U(1) Block wird direkt durch die Summierung über alle Absteigerzustände hergeleitet. Das erzielte Ergebnis hat tatsächlich die gleiche Form wie die Vertex-Korrelatoren hat. Dies führt zur Schlussfolgerung, dass die getrennten Wilson-Linien den neutralen U(1) Block berechnen. Das Endergebnis für die Symmetrieaufgelöste Verschränkungsentropie zeigt, dass sie in diesem Modell immer ladungsunabhängig ist. Im zweiten Teil untersuche ich geladene Momente in der Holographie höherer Spins, wobei die Randtheorie eine CFT mit W3 Symmetrie ist. Ich definiere das Konzept der geladenen Momente höheren Spins, indem ich einen Spin-3-modularen Ladungsoperator einführe.Wenn ich mich auf den Vakuum-Hintergrund mit einem einzelnen Verschränkungsintervall beschränke, nutze ich die Interpretation des großkanonischen Ensembles und berechne die geladenen Momente mithilfe der bekannten Lösung für das schwarze Loch höheren Spins. Auf der CFT-Seite führe ich eine perturbative Expansion für die höheren spingeladenen Momente in Bezug auf die verbundenen Korrelationsfunktionen der modularen Spin-3-Ladungsoperatoren durch. Unter Verwendung der Rekursionsrelationen für die Korrelationsfunktionen der W3-Ströme werte ich die geladenen Momente bis zur quartischen Ordnung des chemischen Potenzials aus. Das endgültige Ergebnis stimmt mit dem holographischen Ergebnis überein. Meine Ergebnisse für U(1) Chern-Simons-Einstein-Gravitation und W3 höhere Spingravitation stellen neuartige Überprüfungen des AdS3/CFT2 dar Korrespondenz. KW - AdS-CFT-Korrespondenz KW - Gauge/Gravity Duality KW - Symmetry Resolution KW - Quantum Information Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363854 ER - TY - THES A1 - Dietrich, Oliver T1 - Integrating single-cell multi-omics to decipher host-pathogen interactions T1 - Integration von Genomik Daten einzelner Zellen zur Entschlüsselung von Wirt-Pathogen Interaktionen N2 - Interactions between host and pathogen determine the development, progression and outcomes of disease. Medicine benefits from better descriptions of these interactions through increased precision of prevention, diagnosis and treatment of diseases. Single-cell genomics is a disruptive technology revolutionizing science by increasing the resolution with which we study diseases. Cell type specific changes in abundance or gene expression are now routinely investigated in diseases. Meanwhile, detecting cellular phenotypes across diseases can connect scientific fields and fuel discovery. Insights acquired through systematic analysis of high resolution data will soon be translated into clinical practice and improve decision making. Therefore, the continued use of single-cell technologies and their application towards clinical samples will improve molecular interpretation, patient stratification, and the prediction of outcomes. In the past years, I was fortunate to participate in interdisciplinary research groups bridging biology, clinical research and data science. I was able to contribute to diverse projects through computational analysis and biological interpretation of sequencing data. Together, we were able to discover cellular phenotypes that influence disease progression and outcomes as well as the response to treatment. Here, I will present four studies that I have conducted in my PhD. First, we performed a case study of relapse from cell-based immunotherapy in Multiple Myeloma. We identified genomic deletion of the epitope as mechanism of immune escape and implicate heterozygosity or monosomy of the genomic locus at baseline as a potential risk factor. Second, we investigated the pathomechanisms of severe COVID-19 at the earliest stage of the COVID- 19 pandemic in Germany in March 2020. We discovered that profibrotic macrophages and lung fibrosis can be caused by SARS-CoV-2 infection. Third, we used a mouse model of chronic infection with Staphylococcus aureus that causes Osteomyelitis similar to the human disease. We were able to identify dysregulated immunometabolism associated with the generation of myeloid-derived suppressor cells (MDSC). Fourth, we investigated Salmonella infection of the human small intestine in an in vitro model and describe features of pathogen invasion and host response. Overall, I have been able to successfully employ single-cell sequencing to discover important aspects of diseases ranging from development to treatment and outcome. I analyzed samples from the clinics, human donors, mouse models and organoid models to investigate different aspects of diseases and managed to integrate data across sample types, technologies and diseases. Based on successful studies, we increased our efforts to combine data from multiple sources to build comprehensive references for the integration of large collections of clinical samples. Our findings exemplify how single-cell sequencing can improve clinical research and highlights the potential of mechanistic discoveries to drive precision medicine. N2 - Interaktionen zwischen Wirt und Pathogen bestimmen die Entwicklung und den Verlauf von Erkrankungen als auch deren Ausgang. Die Medizin zieht Nutzen aus genaueren Beschreibungen von Krankheiten durch höhere Präzision von Prävention, Diagnose und Behandlung. Genomische Messungen in einzelnen Zellen werden durch innovative Technologien ermöglicht, welche die Wissenschaft revolutionieren indem sie die Auflösung erhöhen mit der wir Krankheiten untersuchen können. Inzwischen werden sowohl die Zusammensetzung von Zelltypen als auch Unterschiede in der Genexpression routinemäßig über Krankheiten hinweg untersucht. Der Einsatz von Technologien die einzelne Zellen untersuchen und ihre Anwendung auf klinische Proben wird die molekulare Interpretation, die Stratifizierung von Patienten und die Prognose des Ausgangs von Krankheiten verbessern. In den letzten Jahren konnte ich mich an interdisziplinären Forschungsgruppen beteiligen und die Bereiche der Biologie, klinischer Forschung und Datenwissenschaften kombinieren. Ich war in der Lage zu unterschiedlichen Projekten beizutragen und eine führende Rolle in der Analyse und biologischen Interpretation von Daten aus Sequenzierungen zu übernehmen. Zusammen konnten wir zelluläre Phänotypen entdecken, die Entwicklung und Ausgang von Krankheiten sowie die Antwort auf Therapien beeinflussen. In dieser Arbeit werde ich vier Studien vorstellen, die ich während meiner Promotion durchgeführt habe. Zuerst haben wir einen Fall vom Rezidiv des Multiplen Myeloms nach zellulärer Immuntherapie untersucht. Dabei konnten wir feststellen, dass eine Deletion des genomischen Abschnitts für das immunogene Epitop dafür sorgte, dass die Krebszellen der Immunantwort entkommen konnten. Des weiteren konnten wir nachweisen, dass einige Patienten vor Beginn der Therapie nur eine Kopie des Gens besitzen und dadurch einen potentiellen Risikofaktor für ein Scheitern der Therapie. Zweitens haben wir im März 2020 die ersten Fälle von akutem Lungenversagen in COVID-19 und die Ursachen der Pathologie untersucht. Dabei haben wir festgestellt, das profibrotische Makrophagen und Lungenfibrose durch SARS-CoV-2 ausgelöst werden. Als Drittes haben wir Osteomyelitis in Mäusen untersucht, die von dem Bakterium Staphylococcus aureus ausgelöst wird und der Erkrankung im Menschen ähnlich ist. Wir konnten feststellen, dass deregulierter Metabolismus von Immunzellen der Enstehung von myeloiden Zellen mit T-Zell supprimierender Aktivität (MDSC) zugrunde liegt. Viertens haben wir die Infektion des humanen Dünndarms mit Salmonella in einem Organoidmodell untersucht und konnten Merkmale der Pathogeninvasion und der Wirtsantwort beschreiben. Insgesamt konnte ich die Sequenzierung von RNAs in einzelnen Zellen nutzen um wichtige Aspekte in der Entwicklung, dem Verlauf und dem Ausgang von Erkrankungen zu entdecken. Ich konnte Proben aus der Klinik, von Donoren, Mausmodellen und Organoidmodellen analysieren und die Daten über die Art von Proben, Technologien und Krankheiten hinweg integrieren. Durch unsere erfolgreichen Studien konnten wir uns ambitioniertere Ziele setzen um Daten von verschiedenen Quellen in umfassenden Referenzen zusammenzuführen um große Kollektionen klinischer Proben gemeinsam zu untersuchen. Unsere Ergebnisse demonstrieren wie die Untersuchung einzelner Zellen die klinische Forschung verbessern kann und zeigt das Potential auf wie Entdeckungen in der Biomedizin zur Präzisionsmedizin beitragen können. KW - Einzelzellanalyse KW - Single-cell sequencing KW - Host-Pathogen Interactions Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360138 ER - TY - THES A1 - Papay, Marion T1 - Notwendigkeit der präoperativen Reposition von distalen, nach dorsal dislozierten Radiusfrakturen bei bestehender Operationsindikation im Hinblick auf das Schmerzniveau sowie postoperative Ergebnisse T1 - Necessity of preoperative closed reduction of dorsally displaced distal radius fractures with existing surgical indication with regard to the pain level and postoperative results N2 - Die distale Radiusfraktur gehört zu den häufigsten Frakturen in Deutschland mit einem Inzidenzanstieg im Alter unter Betonung des weiblichen Geschlechts. Dabei zeigt sich ein zunehmender Trend in Richtung operative Versorgung, allen voran die Versorgung mittels winkelstabiler Plattensysteme. Instabile, distale Radiusfrakturen werden dabei vor geplanter operativer Versorgung im Rahmen der Initialbehandlung üblicherweise geschlossen reponiert und im Gipsverband retiniert. Ziel der vorliegenden monozentrischen, prospektiv randomisierten Studie mit zwei Studiengruppen war es herauszufinden, ob sich das Unterlassen der Reposition vor geplanter Operation nachteilig auf das Schmerzniveau in der präoperativen Phase auswirkt und ob sich durch die Dislokation Nachteile in Bezug auf den Nervus medianus im Sinne eines Traktionsschadens sowie bezüglich des klinisch-radiologischen Ausheilungsergebnisses zeigen. Die Studie zeigte, dass das Schmerzempfinden während der präoperativen Gipsbehandlung unabhängig von einer vorherigen Reposition war. Für den primären Endpunkt an Tag 1 nach der Akutbehandlung konnte statistisch signifikante Nichtunterlegenheit der Gruppe ohne Reposition gegenüber der Gruppe mit Reposition nachgewiesen werden. Gleiches galt für Tag 2, sowohl für die absoluten Schmerzniveaus als auch für die Schmerzlinderung. Das Unterlassen der Reposition hatte zudem keine nachteiligen Effekte auf den Nervus medianus. Gleiches zeigte sich für das klinische und radiologische Ausheilungsergebnis. Für die funktionellen DASH- und Krimmer-Scores konnte ein Jahr postoperativ ebenfalls statistisch signifikante Nichtunterlegenheit der Gruppe ohne Reposition nachgewiesen werden. Diese Erkenntnisse bestätigen die in der Literatur vorhandenen Ergebnisse verschiedener Studien dahingehend, dass das Unterlassen der Reposition keine nachteiligen Effekte auf das postoperative Outcome hat. Einige Studien verdeutlichen zudem, dass es nach Reposition, insbesondere bei Vorliegen gewisser Risiko- und Instabilitätsfaktoren, ohnehin zur sekundären Dislokation kommt, sodass die generelle Notwendigkeit der Reposition vor Gipsanlage sowohl vor einer operativen als auch vor einer konservativen Weiterbehandlung angezweifelt werden muss. N2 - The distal radius fracture is one of the most common fractures in Germany, with an increase in incidence with age and an emphasis on the female sex. There is an increasing trend towards surgical treatment, above all treatments using locking plate systems. Prior to planned surgical treatment, unstable, distal radius fractures are usually reduced in a closed manner as part of the initial treatment and are retained in a plaster cast. The aim of the present monocentric, prospective randomized study with two study groups was to find out whether omitting reduction before planned surgery has a negative effect on the pain level in the preoperative phase and whether the dislocation has disadvantages with regard to the median nerve in terms of traction damage and with regard to the clinical and radiological healing result. The study showed that the sensation of pain during preoperative plaster treatment was independent of previous reduction. For the primary endpoint on day 1 after acute treatment, statistically significant non-inferiority of the group without reduction compared to the group with reduction was demonstrated. The same was true for day 2, both for absolute pain levels and pain relief. The omission of the reduction also had no adverse effects on the median nerve. The same was shown for the clinical and radiological healing results. For the functional DASH and Krimmer scores, statistically significant non-inferiority of the group without reduction was also demonstrated one year postoperatively. These findings confirm the results of various studies in the literature to the effect that omitting reduction has no detrimental effects on the postoperative outcome. Some studies also make it clear that secondary dislocation occurs anyway after reduction, especially in the presence of certain risk and instability factors, so that the general necessity of reduction prior to plaster application must be questioned both before surgical and conservative further treatment. KW - distale Radiusfraktur KW - Reposition KW - geschlossene präoperative Reposition KW - präoperatives Schmerzniveau KW - distale instabile Radiusfraktur KW - preoperative closed reduction KW - preoperative pain level KW - unstable distal radius fracture Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363882 N1 - Erstellung der Disseration an folgendem Institut: Abteilung für Orthopädie und Unfallchirurgie Caritas Krankenhaus Bad Mergentheim Lehrkrankenhaus der Universität Würzburg ER - TY - THES A1 - Aroko, Erick Onyango T1 - Trans-regulation of \(Trypanosoma\) \(brucei\) variant surface glycoprotein (VSG) mRNA and structural analysis of a \(Trypanosoma\) \(vivax\) VSG using X-ray crystallography T1 - Trans-regulierung der mRNA des variablen Oberflächenglykoprotein (VSG) von \(Trypanosoma\) \(brucei\) und strukturelle Analyse eines \(Trypanosoma\) \(vivax\) VSG mittels Kristallstrukturanalyse N2 - African trypanosomes are unicellular parasites that cause nagana and sleeping sickness in livestock and man, respectively. The major pathogens for the animal disease include Trypanosoma vivax, T. congolense, and T. brucei brucei, whereas T. b. gambiense and T. b. rhodesiense are responsible for human infections. Given that the bloodstream form (BSF) of African trypanosomes is exclusively extracellular, its cell surface forms a critical boundary with the host environment. The cell surface of the BSF African trypanosomes is covered by a dense coat of immunogenic variant surface glycoproteins (VSGs). This surface protein acts as an impenetrable shield that protects the cells from host immune factors and is also involved in antibody clearance and antigenic variation, which collectively ensure that the parasite stays ahead of the host immune system. Gene expression in T. brucei is markedly different from other eukaryotes: most genes are transcribed as long polycistronic units, processed by trans-splicing a 39-nucleotide mini exon at the 5′ and polyadenylation at the 3′ ends of individual genes to generate the mature mRNA. Therefore, gene expression in T. brucei is regulated post-transcriptionally, mainly by the action of RNA binding proteins (RBPs) and conserved elements in the 3′ untranslated regions (UTR) of transcripts. The expression of VSGs is highly regulated, and only a single VSG gene is expressed at a time from one of the ~15 subtelomeric domains termed bloodstream expression sites (BES). When cells are engineered to simultaneously express two VSGs, the total VSG mRNA do not exceed the wild type amounts. This suggests that a robust VSG mRNA balancing mechanism exists in T. brucei. The present study uses inducible and constitutive expression of ectopic VSG genes to show that the endogenous VSG mRNA is regulated only if the second VSG is properly targeted to the ER. Additionally, the endogenous VSG mRNA response is triggered when high amounts of the GFP reporter with a VSG 3′UTR is targeted to the ER. Further evidence that non-VSG ER import signals can efficiently target VSGs to the ER is presented. This study suggests that a robust trans-regulation of the VSG mRNA is elicited at the ER through a feedback loop to keep the VSG transcripts in check and avoid overshooting the secretory pathway capacity. Further, it was shown that induction of expression of the T. vivax VSG ILDat1.2 in T. brucei causes a dual cell cycle arrest, with concomitant upregulation of the protein associated with differentiation (PAD1) expression. It could be shown that T. vivax VSG ILDat1.2 can only be sufficiently expressed in T. brucei after replacing its native GPI signal peptide with that of a T. brucei VSG. Taken together, these data indicate that inefficient VSG GPI anchoring and expression of low levels of the VSG protein can trigger differentiation from slender BSF to stumpy forms. However, a second T. vivax VSG, ILDat2.1, is not expressed in T. brucei even after similar modifications to its GPI signals. An X-ray crystallography approach was utilized to solve the N-terminal domain (NTD) structure of VSG ILDat1.2. This is first structure of a non-T. brucei VSG, and the first of a surface protein of T. vivax to be solved. VSG ILDat1.2 NTD maintains the three-helical bundle scaffold conserved in T. brucei surface proteins. However, it is likely that there are variations in the architecture of the membrane proximal region of the ILDat1.2 NTD and its CTD from T. brucei VSGs. The tractable T. brucei system is presented as a model that can be used to study surface proteins of related trypanosome species, thus creating avenues for further characterization of trypanosome surface coats. N2 - Afrikanische Trypanosomen sind einzellige Parasiten, die Nagana in Nutzvieh und die Schlafkrankheit im Menschen verursachen. Zu den Hauptverursachern der Tierkrankheit gehören Trypanosoma vivax, T. congolense und T. brucei brucei, während T. b. gambiense und T. b. rhodesiense für Infektionen im Menschen verantwortlich sind. Da die Blutstromform (BSF) der afrikanischen Trypanosomen rein extrazellulär vorkommt, bildet die Zelloberfläche eine kritische Grenzregion mit der Wirtsumgebung. Die Zelloberoberfläche der BSF afrikanischer Trypanosomen ist mit einem dichten Mantel an immunogenen variablen Oberflächenglykoproteinen (variant surface glycoprotein, VSG) umgeben. Dieses Oberflächenprotein dient als Barriere zum Schutz gegen Faktoren des Wirtsimmunsystems und spielt ebenfalls eine Rolle in Antikörper-Clearance und antigener Variation, welche gemeinsam dafür sorgen, dass der Parasit dem Wirtsimmunsystem stets einen Schritt voraus bleibt. Die Genexpression von T. brucei weist dezidierte Unterschiede im Vergleich zu anderen Eukaryoten auf: Die meisten Gene werden als lange polyzystronische Einheiten transkribiert, die durch trans-Splicing eines Miniexons aus 39 Nukleotiden am 5′ und Polyadenylierung am 3′ Ende der individuellen Gene prozessiert wird. Daher wird die Genexpression in T. brucei posttranskriptionell reguliert, zumeist durch RNA Bindeproteine (RBPs) und konservierte Elemente in der 3′ untranslatierten Region (UTR). Die Expression der VSGs ist stark reguliert, so wird zu einer gegebenen Zeit stets nur ein VSG Gen aus einer von ~15 Subtelomerregionen, die Blutstrom Expressionsorte (bloodstream expression sites, BES) genannt werden, exprimiert. Zellen, die gentechnisch manipuliert wurden um zwei VSGs zu exprimieren, produzieren die gleiche Menge an VSG mRNA wie Wildtyp Zellen. Dies deutet auf die Existenz eines robusten Mechanismus zur Regulierung der Gesamt-VSG mRNA Menge in T. brucei hin. Diese Arbeit verwendet induzierbare sowie konstitutive Expression eines ektopischen VSG Gens um zu zeigen, dass die endogene VSG mRNA nur reguliert wird, wenn das zweite VSG zum ER gelangt. Außerdem wird die endogene VSG mRNA Antwort auch ausgelöst, wenn hohe Mengen eines GFP Reporters, der eine VSG 3′UTR enthält, zum ER geleitet wird. Weiterhin, wird gezeigt, dass ER Importsignale anderer Proteine VSGs effizient zum ER dirigieren können. Das Ergebnis dieser Studie deutet darauf hin, dass eine Rückkopplungsschleife am ER eine robuste trans-Regulation der VSG mRNA auslöst, die die VSG Transkripte limitiert und somit eine Überlastung des sekretorischen Wegs verhindert. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass es nach Induktion der Expression des T. vivax VSGs ILDat1.2 in T. brucei zu einem doppelten Zellzyklusarrest mit gleichzeitiger Hochregulation der Expression des protein associated with differentation (PAD1) kam und dass dieses T. vivax VSG nur nach Austausch des GPI Signalpeptids durch das eines T. brucei VSGs effizient exprimiert werden konnte. Zusammengenommen suggerieren diese Daten, dass eine ineffiziente GPI-Verankerung und wenig abundante Expression des VSGs die Differenzierung der sogenannten slender BSF zur sogenannten stumpy Form einleiten kann. Ein zweites T. vivax VSG, ILDat2.1, konnte hingegen auch nach Austausch des GPI Signals nicht in T. brucei exprimiert werden. Mit Hilfe der Röntgenstrukturanalyse wurde die Struktur der N-terminalen Domäne (NTD) des ILDat1.2 VSGs gelöst. Es handelt sich hierbei um die erste Proteinstruktur eines VSGs, welches nicht aus T. brucei stammt und die erste Struktur eines Oberflächenproteins von T. vivax. Das in T. brucei Oberflächenproteinen konservierte drei-Helix Grundgerüst ist auch in der NTD des ILDat1.2 VSGs enthalten. Die Architektur der Membranproximalen Gegend der IlDat1.2 NTD und CTD unterscheiden sich aber vermutlich von der der T. brucei VSGs. Das leicht handhabbare T. brucei System bietet somit ein geeignetes Modell um die Oberflächenproteine anderer afrikanischer Trypanosomen Spezies zu untersuchen und eröffnet neue Wege zur Charakterisierung ihrer Oberflächenmäntel. KW - Trypanosoma vivax KW - Trypanosoma brucei KW - Variant surface glycoprotein KW - messenger RNA KW - Regulation of expression KW - messenger RNA regulation KW - VSG structure Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-241773 ER - TY - THES A1 - Abelein, Christian Karl T1 - „Ich habe mich so daran gewöhnt, daß ich beinahe nie dichte ohne zugleich zu singen!“ – Der Briefwechsel zwischen August Heinrich Hoffmann von Fallersleben (1798–1874) und Hans Michael Schletterer (1824–1893) als Dokument einer konstruktiven Zusammenarbeit zwischen Dichter und Komponist im 19. Jahrhundert. T1 - “I've gotten so used to it that I almost never write poetry without singing at the same time!” - The correspondence between August Heinrich Hoffmann von Fallersleben (1798-1874) and Hans Michael Schletterer (1824-1893) as a document of a constructive collaboration between poets and composer in the 19th century. N2 - Die von Friedhelm Brusniak und Ulrich Konrad betreute und angenommene Dissertation nimmt den Briefwechsel zwischen August Heinrich Hoffmann von Fallersleben und dem jüngeren Augsburger Kapellmeister und Komponisten Hans Michael Schletterer in den Jahren 1862 bis 1873 in den Blick und dokumentiert dabei Hoffmanns Einfluss auf den Entstehungsprozess der Vertonungen seiner Lieder, besonders seiner Kinderlieder. Die Arbeit beleuchtet zudem den Erfahrungsschatz, den sich der ‚Dichter-Sänger‘ Hoffmann von Fallersleben auch durch die Zusammenarbeit mit anderen Musikern seiner Zeit, vorrangig Ludwig Christian Erk (1807–1883) und Ernst Heinrich Leopold Richter (1805–1876), erworben hatte. Darüber hinaus werden in der Korrespondenz Themen des gesellschaftlichen und politischen Lebens, der privaten und beruflichen Situation beider wie auch Hoffmanns Rolle als väterlicher Berater Schletterers berührt. Die Arbeit darf als neuer substantieller Beitrag der Hoffmann-Forschung und der interdisziplinären Liedforschung angesehen werden, der insbesondere der Kinderliedforschung neue Impulse verleiht. N2 - The dissertation, supervised by Friedhelm Brusniak and Ulrich Konrad and accepted, looks at the correspondence between August Heinrich Hoffmann von Fallersleben and the younger Augsburg conductor and composer Hans Michael Schletterer from 1862 to 1873 and documents Hoffmann's influence on the creation process of the settings his songs, especially his children's songs. The work also sheds light on the wealth of experience that the 'poet-singer' Hoffmann von Fallersleben acquired through collaboration with other musicians of his time, primarily Ludwig Christian Erk (1807–1883) and Ernst Heinrich Leopold Richter (1805–1876). . In addition, the correspondence touches on topics of social and political life, the private and professional situation of both, as well as Hoffmann's role as Schletterer's fatherly advisor. The work can be seen as a new, substantial contribution to Hoffmann research and interdisciplinary song research, which gives new impetus to children's song research in particular. KW - Hoffmann von Fallersleben, August Heinrich KW - Schletterer, Hans Michel KW - Hoffmann von Fallersleben Lieder Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363862 ER - TY - THES A1 - Yu, Yanying T1 - Applied machine learning for the analysis of CRISPR-Cas systems T1 - Angewandtes maschinelles Lernen für die Analyse von CRISPR-Cas-Systemen N2 - Among the defense strategies developed in microbes over millions of years, the innate adaptive CRISPR-Cas immune systems have spread across most of bacteria and archaea. The flexibility, simplicity, and specificity of CRISPR-Cas systems have laid the foundation for CRISPR-based genetic tools. Yet, the efficient administration of CRISPR-based tools demands rational designs to maximize the on-target efficiency and off-target specificity. Specifically, the selection of guide RNAs (gRNAs), which play a crucial role in the target recognition of CRISPR-Cas systems, is non-trivial. Despite the fact that the emerging machine learning techniques provide a solution to aid in gRNA design with prediction algorithms, design rules for many CRISPR-Cas systems are ill-defined, hindering their broader applications. CRISPR interference (CRISPRi), an alternative gene silencing technique using a catalytically dead Cas protein to interfere with transcription, is a leading technique in bacteria for functional interrogation, pathway manipulation, and genome-wide screens. Although the application is promising, it also is hindered by under-investigated design rules. Therefore, in this work, I develop a state-of-art predictive machine learning model for guide silencing efficiency in bacteria leveraging the advantages of feature engineering, data integration, interpretable AI, and automated machine learning. I first systematically investigate the influential factors that attribute to the extent of depletion in multiple CRISPRi genome-wide essentiality screens in Escherichia coli and demonstrate the surprising dominant contribution of gene-specific effects, such as gene expression level. These observations allowed me to segregate the confounding gene-specific effects using a mixed-effect random forest (MERF) model to provide a better estimate of guide efficiency, together with the improvement led by integrating multiple screens. The MERF model outperformed existing tools in an independent high-throughput saturating screen. I next interpret the predictive model to extract the design rules for robust gene silencing, such as the preference for cytosine and disfavoring for guanine and thymine within and around the protospacer adjacent motif (PAM) sequence. I further incorporated the MERF model in a web-based tool that is freely accessible at www.ciao.helmholtz-hiri.de. When comparing the MERF model with existing tools, the performance of the alternative gRNA design tool optimized for CRISPRi in eukaryotes when applied to bacteria was far from satisfying, questioning the robustness of prediction algorithms across organisms. In addition, the CRISPR-Cas systems exhibit diverse mechanisms albeit with some similarities. The captured predictive patterns from one dataset thereby are at risk of poor generalization when applied across organisms and CRISPR-Cas techniques. To fill the gap, the machine learning approach I present here for CRISPRi could serve as a blueprint for the effective development of prediction algorithms for specific organisms or CRISPR-Cas systems of interest. The explicit workflow includes three principle steps: 1) accommodating the feature set for the CRISPR-Cas system or technique; 2) optimizing a machine learning model using automated machine learning; 3) explaining the model using interpretable AI. To illustrate the applicability of the workflow and diversity of results when applied across different bacteria and CRISPR-Cas systems, I have applied this workflow to analyze three distinct CRISPR-Cas genome-wide screens. From the CRISPR base editor essentiality screen in E. coli, I have determined the PAM preference and sequence context in the editing window for efficient editing, such as A at the 2nd position of PAM, A/TT/TG downstream of PAM, and TC at the 4th to 5th position of gRNAs. From the CRISPR-Cas13a screen in E. coli, in addition to the strong correlation with the guide depletion, the target expression level is the strongest predictor in the model, supporting it as a main determinant of the activation of Cas13-induced immunity and better characterizing the CRISPR-Cas13 system. From the CRISPR-Cas12a screen in Klebsiella pneumoniae, I have extracted the design rules for robust antimicrobial activity across K. pneumoniae strains and provided a predictive algorithm for gRNA design, facilitating CRISPR-Cas12a as an alternative technique to tackle antibiotic resistance. Overall, this thesis presents an accurate prediction algorithm for CRISPRi guide efficiency in bacteria, providing insights into the determinants of efficient silencing and guide designs. The systematic exploration has led to a robust machine learning approach for effective model development in other bacteria and CRISPR-Cas systems. Applying the approach in the analysis of independent CRISPR-Cas screens not only sheds light on the design rules but also the mechanisms of the CRISPR-Cas systems. Together, I demonstrate that applied machine learning paves the way to a deeper understanding and a broader application of CRISPR-Cas systems. N2 - Unter den Verteidigungsstrategien, welche sich über Millionen von Jahren in Mikroben entwickelt haben, hat sich das angeborene adaptive CRISPR-Cas Immunsystem in vielen Bakterien und den meisten Archaeen verbreitet. Flexibilität, Einfachheit und Spezifizität von CRISPR-Cas Systemen bilden die Grundlage für CRISPR-basierten genetischen Werkzeugen. Dennoch verlangt die effiziente Anwendung CRISPR-basierter genetischer Werkzeuge ein rationales Design, um die Effektivität zu maximieren und Spezifizität zu gewährleisten. Speziell die Auswahl an Leit-RNAs, oder auch „guide“ RNAs (gRNAs), welche eine essentielle Rolle in der Ziel-Erkennung des CRISPR-Cas Systems spielen, ist nicht trivial. Trotz aufkommender Techniken des maschinellen Lernens, die mit Hilfe von Vorhersage-Algorithmen eine Unterstützung im gRNA-Design darstellen, sind die Design-Regeln für viele CRISPR-Cas Systeme schlecht definiert und die breite Anwendung dadurch bisher gehindert. CRISPR Interferenz (CRISPRi), eine Methode der Genrepression, nutzt ein katalytisch inaktives Cas-Protein, um die Gen-Transkription zu verhindern und ist eine führende Technik für Gen-Funktionsstudien, der Manipulation von Stoffwechselwegen und genomweiter Screens in Bakterien. Auch wenn viele der Anwendungen vielversprechend sind, ist die Umsetzung aufgrund der wenig untersuchten Design-Regeln schwierig. Daher entwickele ich in dieser Arbeit ein hochmodernes auf maschinellem Lernen basierendes Modell für die Vorhersage der gRNA Genrepressions-Effizienz in Bakterien, wobei die Merkmalskonstruktion, Datenintegration, interpretierbare künstliche Intelligenz (KI) und automatisiertes maschinelles Lernen genutzt wurden. Zuerst untersuche ich systematisch die Einflussfaktoren, welche zum Ausmaß der Depletion in genomweiten CRISPRi-Screens zur Gen-Essentialität in Escherichia coli beitragen und demonstriere den überraschend dominanten Beitrag genspezifischer Effekte, wie z. B. dem Genexpressionslevel. Diese Beobachtungen erlaubten mir die genspezifischen Störvariablen mit einem sogenannten mixed-effect random forest (MERF) Modell zu segregieren, um eine bessere Einschätzung der gRNA Effizienz zu erreichen und durch die Integration zusätzlicher Screen-Daten noch weiter zu verbessern. Das MERF Modell übertraf dabei bereits existierende Werkzeuge in einem unabhängigen Hochdurchsatz Sättigungs-Screen. Als nächstes interpretiere ich die Modell Vorhersage, um Design-Regeln für eine solide Genrepression zu extrahieren, wie z. B. eine Präferenz für Cytosin und eine Abneigung gegenüber Guanin und Thymin innerhalb und der „protospacer adjacent motif“ (PAM) direkt umgebenden Sequenz. Weiterhin integrierte ich das MERF Modell in einem Web-basierten Werkzeug, welches unter www.ciao.helmholtz-hiri.de frei zugänglich ist. Ein Vergleich von existierenden Werkzeugen mit dem MERF Modell zeigt, dass alternative, für CRISPRi in Eukaryoten optimierte, gRNA Design-Werkzeuge schlecht abschneiden, sobald sie in Bakterien angewandt werden. Dies lässt Zweifel an einer robusten Übertragbarkeit dieser Vorhersage-Algorithmen zwischen verschiedenen Organismen. Zusätzlich haben CRISPR-Cas Systeme, trotz einiger genereller Gemeinsamkeiten, höchst diverse Wirkungsmechanismen. Die Vorhersagemuster eines Datensets sind daher schlecht generalisierbar, sobald sie auf andere Organismen oder CRISPR-Cas Techniken angewandt werden. Diese Lücke kann mit dem hier präsentierten Ansatz des maschinellen Lernens für CRISPRi geschlossen werden und als eine Vorlage für die Entwicklung effektiver Vorhersage-Algorithmen für spezifische Organismen oder CRISPR-Cas Systeme dienen. Der explizite Arbeitsablauf beinhaltet drei Hauptschritte: 1) Aufnehmen des Merkmalsets des jeweiligen CRISPR-Cas Systems bzw. der CRISPR-Cas Technik; 2) Optimierung des maschinellen Lernen Modells durch automatisiertes maschinelles Lernen; 3) Erklärung des Modells mit interpretierbarer KI. Um die Anwendbarkeit des Arbeitsablaufs und die Diversität der Ergebnisse, im Zusammenhang mit unterschiedlichen Organismen und CRISPR-Cas Systemen, zu demonstrieren, habe ich diese Arbeitsschritte zur Analyse drei unterschiedlicher genomweiter Screens angewandt. Von dem CRISPR „base editor“ Essentialitäts-Screen in E. coli, konnten die PAM Präferenzen und der Sequenzkontext innerhalb des Editierungsfensters für eine effiziente Editierung abgeleitet werden. Beispielsweise tragen ein A an der zweiten PAM Position, ein A/TT/TG an der PAM direkt nachgeschalten Position und ein TC an der vierten oder fünften gRNA Position zur effizienten Editierung bei. Im CRISPR-Cas13a Screen in E. coli, stellten wir eine starke Korrelation zwischen dem Genexpressionslevel und der gRNA-Depletion fest. Zusätzlich ist das Expressionslevel des Ziel-Gens der stärkste Vorhersagefaktor des Modells, was das Expressionslevel als Hauptdeterminante für die Cas13-induzierte Immunität hervorhebt und die bessere Charakterisierung von CRISPR-Cas13 Systemen ermöglicht. Aus dem CRISPR-Cas12a Screen in Klebsiella pneumoniae, habe ich gRNA Design Regeln für die robuste antimikrobielle Aktivität über unterschiedliche K. pneumoniae Stämme hinweg extrahiert und einen Vorhersage-Algorithmus für das gRNA Design bereitgestellt. Dies ermöglicht die Nutzung von Cas12a als eine alternative Lösung, um Antibiotikaresistenzen zu bekämpfen. Zusammengefasst präsentiert diese Thesis einen akkuraten Vorhersage-Algorithmus für die CRISPRi gRNA Effizienz in Bakterien und gibt Einblicke in die Determinanten für eine effiziente Genrepression und optimales gRNA Design. Die systematische Exploration führte zu einem robusten Ansatz des maschinellen Lernens für effektive Modell Entwicklungen in unterschiedlichen bakteriellen Spezies und CRISPR-Cas Systemen. Durch die Anwendung dieses Ansatzes auf unabhängige CRISPR-Cas Screens, konnte ich nicht nur wichtige Design Regeln ableiten, sondern auch die Mechanismen der jeweiligen CRISPR-Cas Systeme besser erleuchten. Zu guter Letzt demonstriere ich hier, dass angewandtes maschinelles Lernen den Weg zu einem tieferen Verständnis und einer breiteren Anwendung von CRISPR-Cas Systemen ebnen kann. KW - Maschinelles Lernen KW - CRISPR/Cas-Methode KW - Bakterien KW - machine learning KW - CRISPR-Cas KW - guide effiiciency Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-320219 ER - TY - THES A1 - Kuklovsky [former Finke], Valerie T1 - Are some bees smarter than others? An examination of consistent individual differences in the cognitive abilities of honey bees T1 - Sind manche Bienen schlauer als andere? Eine Untersuchung von konsistenten individuellen Unterschieden in den kognitiven Fähigkeiten von Honigbienen N2 - Cognition refers to the ability to of animals to acquire, process, store and use vital information from the environment. Cognitive processes are necessary to predict the future and reduce the uncertainty of the ever-changing environment. Classically, research on animal cognition focuses on decisive cognitive tests to determine the capacity of a species by the testing the ability of a few individuals. This approach views variability between these tested key individuals as unwanted noise and is thus often neglected. However, inter-individual variability provides important insights to behavioral plasticity, cognitive specialization and brain modularity. Honey bees Apis mellifera are a robust and traditional model for the study of learning, memory and cognition due to their impressive capabilities and rich behavioral repertoire. In this thesis I have applied a novel view on the learning abilities of honey bees by looking explicitly at individual differences in a variety of learning tasks. Are some individual bees consistently smarter than some of her sisters? If so, will a smart individual always perform good independent of the time, the context and the cognitive requirements or do bees show distinct isolated ‘cognitive modules’? My thesis presents the first comprehensive investigation of consistent individual differences in the cognitive abilities of honey bees. To speak of an individual as behaving consistently, a crucial step is to test the individual multiple times to examine the repeatability of a behavior. I show that free-flying bees remain consistent in a visual discrimination task for three consecutive days. Successively, I explored individual consistency in cognitive proficiency across tasks involving different sensory modalities, contexts and cognitive requirements. I found that free-flying bees show a cognitive specialization between visual and olfactory learning but remained consistent across a simple discrimination task and a complex concept learning task. I wished to further explore individual consistency with respect to tasks of different cognitive complexity, a question that has never been tackled before in an insect. I thus performed a series of four experiments using either visual or olfactory stimuli and a different training context (free-flying and restrained) and tested bees in a discrimination task, reversal learning and negative patterning. Intriguingly, across all these experiments I evidenced the same results: The bees’ performances were consistent across the discrimination task and reversal learning and negative patterning respectively. No association was evidenced between reversal learning and negative patterning. After establishing the existence of consistent individual differences in the cognitive proficiency of honey bees I wished to determine factors which could underlie these differences. Since genetic components are known to underlie inter-individual variability in learning abilities, I studied the effects of genetics on consistency in cognitive proficiency by contrasting bees originating from either from a hive with a single patriline (low genetic diversity) or with multiple patrilines (high genetic diversity). These two groups of bees showed differences in the patterns of individually correlated performances, indicating a genetic component accounts for consistent cognitive individuality. Another major factor underlying variability in learning performances is the individual responsiveness to sucrose solution and to visual stimuli, as evidenced by many studies on restrained bees showing a positive correlation between responsiveness to task relevant stimuli and learning performances. I thus tested whether these relationships between sucrose/visual responsiveness and learning performances are applicable for free-flying bees. Free-flying bees were again subjected to reversal learning and negative patterning and subsequently tested in the laboratory for their responsiveness to sucrose and to light. There was no evidence of a positive relationship between sucrose/visual responsiveness and neither performances of free-flying bees in an elemental discrimination, reversal learning and negative patterning. These findings indicate that relationships established between responsiveness to task relevant stimuli and learning proficiency established in the laboratory with restrained bees might not hold true for a completely different behavioral context i.e. for free-flying bees in their natural environment. These results show that the honey bee is an excellent insect model to study consistency in cognitive proficiency and to identify the underlying factors. I mainly discuss the results with respect to the question of brain modularity in insects and the adaptive significance of individuality in cognitive abilities for honey bee colonies. I also provide a proposition of research questions which tie in this theme of consistent cognitive proficiency and could provide fruitful areas for future research. N2 - Unter Kognition versteht man die Fähigkeit von Tieren, essenzielle Informationen aus der Umwelt zu erfassen, zu verarbeiten, zu speichern und zu nutzen. Kognitive Prozesse sind notwendig, um die Zukunft vorherzusagen und die Unvorhersehbarkeit der sich ständig verändernden Umwelt zu verringern. Die Forschung der Kognition von Tieren konzentriert sich klassischerweise auf entscheidende kognitive Tests, um die Fähigkeit einer Spezies anhand der Leistungen einiger weniger Individuen zu bestimmen. Bei diesem Ansatz wird die Variabilität zwischen Individuen als unerwünschtes Rauschen betrachtet und daher vernachlässigt. Die interindividuelle Variabilität liefert jedoch wichtige Erkenntnisse über die Plastizität des Verhaltens, die kognitive Spezialisierung und die Modularität des Gehirns. Die Honigbiene Apis mellifera ist aufgrund ihrer eindrucksvollen Fähigkeiten und ihres reichen Verhaltensrepertoires ein robuster und traditioneller Modellorganismus für die Untersuchung von Lernen, Gedächtnis und Kognition. In dieser Arbeit habe ich das Lernverhalten von Honigbienen in einem neuen Blickwinkel betrachtet, indem ich explizit die individuellen Unterschiede bei diversen Lernaufgaben untersucht habe. Zeigen manche Bienen durchweg eine erhöhte Lernleistung im Vergleich zu ihren Schwestern? Wenn ja, erbringt ein Individuum unabhängig von der Zeit, dem Kontext und den kognitiven Anforderungen der Lernaufgaben immer gute Leistungen, oder zeigen Bienen ausgeprägte unabhängige "kognitive Module"? Die vorliegende Doktorarbeit stellt die erste umfassende Untersuchung konsistenter individueller Unterschiede in den kognitiven Fähigkeiten von Honigbienen dar. Um von einem konsistenten Verhalten sprechen zu können, ist es entscheidend das Individuum mehrfach zu testen, um die Wiederholbarkeit eines Verhaltens zu untersuchen. Ich konnte zeigen, dass frei fliegende Bienen bei einer visuellen Unterscheidungsaufgabe an drei aufeinanderfolgenden Tagen eine konsistente Lernleistung zeigen. Im Anschluss untersuchte ich die individuelle Konsistenz der kognitiven Fähigkeiten bei Lernaufgaben mit unterschiedlichen sensorischen Modalitäten, Kontexten und kognitiven Anforderungen. Frei fliegende Bienen zeigten eine kognitive Spezialisierung zwischen visuellem und olfaktorischem Lernen, während sie bei einer einfachen Unterscheidungsaufgabe und einer komplexen Konzeptlernaufgabe konsistent im Lernverhalten blieben. Anschließend wollte ich die individuelle Konsistenz im Lernverhalten bei Aufgaben unterschiedlicher kognitiver Komplexität weiter erforschen, eine Frage, die bisher noch nie bei einem Insekt behandelt wurde. Ich führte dazu eine Reihe von vier Experimenten durch, bei denen entweder visuelle oder olfaktorische Stimuli und ein unterschiedlicher Trainingskontext (frei fliegend oder eingespannt) verwendet wurden. Die Bienen wurden in einer Unterscheidungsaufgabe, einer Umlernaufgabe und in Negative Patterning getestet. Erstaunlicherweise wurden bei diesen Experimenten die gleichen Ergebnisse festgestellt: Die Lernleitung der Bienen in der Unterscheidungsaufgabe zeigte eine positive Korrelation mit der Lernleistung im Umlernen und Negative Patterning. Zwischen dem Umkehrlernen und Negative Patterning konnte jedoch kein Zusammenhang festgestellt werden. Nachdem ich festgestellt hatte, dass es konsistente individuelle Unterschiede in den kognitiven Fähigkeiten von Bienen gibt, wollte ich die Faktoren ermitteln, die diesen Unterschieden zugrunde liegen könnten. Es war bereits bekannt, dass genetische Komponenten der interindividuellen Variabilität im Lernverhalten zugrunde liegen. Deshalb untersuchte ich den Einfluss von genetischer Vielfalt auf die Beständigkeit von kognitiven Fähigkeiten, indem ich Bienen gegenüberstellte, die entweder aus einem Bienenstock mit einer einzigen Patriline (geringe genetische Vielfalt) oder mit mehreren Patrilinen (hohe genetische Vielfalt) stammten. Diese beiden Gruppen von Bienen wiesen Unterschiede in den Mustern der individuellen korrelierten Lernleistungen auf, was darauf hindeutet, dass eine genetische Komponente für kognitive Individualität verantwortlich ist. Ein weiterer wichtiger Faktor, welcher der Variabilität im Lernverhalten zugrunde liegt, ist die individuelle Reaktionsfähigkeit auf Saccharose Lösungen und auf visuelle Stimuli. Dies wurde durch viele Studien an eingespannten Bienen gezeigt, die eine positive Korrelation zwischen der Reaktionsfähigkeit auf aufgabenrelevante Reize und den Lernfähigkeiten feststellten. Ich habe daher untersucht, ob diese Beziehungen zwischen der Reaktionsfähigkeit auf Saccharose und visuellen Stimuli und den Lernleistungen auch für frei fliegende Bienen zutreffen. Die individuellen Lernleistungen im Umlernen und Negative patterning von frei fliegenden Bienen wurden erneut ermittelt und anschließend wurde im Labor die Reaktionsfähigkeit auf Saccharose und Licht getestet. Es gab keine Hinweise auf eine positive Korrelation zwischen der Reaktionsfähigkeit auf Saccharose und Licht und den Lernleistungen von frei fliegenden Bienen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass Beziehungen zwischen der Reaktionsfähigkeit auf aufgabenrelevante Stimuli und der Lernleistung, die im Labor mit eingespannten Bienen festgestellt wurden, möglicherweise nicht für einen anderen Verhaltenskontext gelten, d. h. für frei fliegende Bienen in ihrer natürlichen Umgebung. Diese Ergebnisse zeigen, dass die Honigbiene ein hervorragendes Insektenmodell ist, um die Konsistenz kognitiver Fähigkeiten zu untersuchen und die zugrunde liegenden Faktoren zu ermitteln. Ich diskutiere die Ergebnisse vor allem im Hinblick auf die Frage der Modularität des Gehirns bei Insekten und die adaptive Bedeutung von individuellen konsistenten kognitiven Fähigkeiten für Honigbienenvölker. Ich schlage auch Forschungsfragen vor, die mit individuellen konsistenten kognitiven Fähigkeiten zusammenhängen und wertvolle Bereiche für künftige Forschungen darstellen könnten. KW - Lernen KW - Biene KW - Kognition KW - Individual differences KW - Cognitive consistency KW - Cognitive profile KW - Learning KW - Honeybee KW - Cognition Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-323012 ER - TY - THES A1 - Dalkmann, Theresa T1 - Evaluierung prognostischer und prädiktiver Biomarker beim neoadjuvant vorbehandelten Rektumkarzinom T1 - Evaluation of prognostic and predictive biomarkers for neoadjuvant chemoradiotherapy in locally advanced rectal cancer (LARC) N2 - Fragestellung. Osteopontin (OPN) kann im Blut nachgewiesen werden und wird bei vielen Tumorentitäten exprimiert, wie auch der Tyrosinkinaserezeptor c-Met und sein Ligand, das Zytokin Hepatocyte Growth Factor (HGF). In der vorliegenden Arbeit untersuchten wir die prognostische und prädiktive Wertigkeit der Plasmakonzentrationen von OPN, c-Met und HGF bei Patienten mit lokal fortgeschrittenem Rektumkarzinom (LARC). Methodik. Das Plasma von 63 Patienten mit LARC wurde untersucht. Die Blutentnahmen (EDTA-Plasma) erfolgten vor Therapiebeginn sowie im Verlauf. Die Plasmaspiegel von OPN, c-Met und HGF wurden mittels Enzyme-Linked Immunosorbent Assay analysiert. Die Konzentrationen wurden auf eine Korrelation mit den klinischen Parametern untersucht. Ergebnisse. 68 Patienten wurden neoadjuvant mit einer Radiochemotherapie behandelt, 63 Blutproben wurden untersucht. Initial befanden sich nach UICC 14 Patienten in Stadium II, 47 in Stadium III und 7 in Stadium IV. Das mediane Follow-Up betrug 29,87 Monate. 20 der 68 Patienten (29,4 %) verstarben, 19 entwickelten Fernmetastasen. OPN korrelierte signifikant mit dem Überleben (p=0,001). OPN-Werte korrelierten mit dem pT-Stadium (R:0,445 p=0,018) und dem pUICC-Stadium (R:0,412 p=0,018), sowie mit dem Auftreten von Fernmetastasen (R:0,271 p=0,031). Eine Korrelation zwischen OPN und dem Therapieansprechen konnte gezeigt werden: pathologisch komplette Remission (pCR) (R:0,379 p=0,001), NAR-Score (R:0,373 p=0,015), TRG (R:0,380 p=0,020). Die logistische Regressionsanalyse ergab eine Prädiktivität OPNs für pCR (OR:0,990 p=0,009), NAR-Score (OR:1,008 p=0,007), TRG (OR:0,459 p=0,008). C-Met und HGF korrelierten nicht mit dem Überleben. Für c-Met und HGF ergab sich keine Korrelation zu initialen klinischen Daten und Therapieansprechen. Die logistische Regression ergab keinen prädiktiven Wert. Schlussfolgerung. Die Plasmakonzentration von OPN besitzt prognostische und prädiktive Wertigkeit beim LARC. Die Konzentrationen von c-Met und HGF sind nicht prognostisch für das Überleben oder prädiktiv für das Therapieansprechen. N2 - Purpose. The glycoprotein Osteopontin (OPN), tyrosine kinase receptor c-Met and it´s ligand Hepatocyte Growth Factor (HGF) can be detectet in blood and are known to be overexpressed in many kinds of human cancer. Here we examine their prognostic and predictive value in patients with locally advanced rectal cancer (LARC). Patients and methods. In a monocentric prospective study EDTA-plasma was drawn from patients who received neoadjuvant chemoradiotherapy (CRT) in LARC. Blood samples were taken before CRT and at different timepoints during the follow-up. We used an Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA) to analyse the plasma concentrations of OPN, c-Met and HGF. Results. 68 patients (48 males, 20 females) were included. Blood samples were drawn from 63 patients. Initially, 14 patients had UICC stage II, 47 had UICC stage III and 7 had UICC stage IV. Median follow-up was 29,9 months. 20 out of 68 patients died during follow-up (29,4 %), 19 developed metastasis (27,9 %). Patients with OPN median (91,8 % vs. 58,6 %, p = 0,001). Higher OPN-concentrations were correlated with pT (R = 0,445, p = 0,018), postoperative UICC (R = 0,412, p = 0,018) and metastasis (R = 0,271, p = 0,031). Pretherapeutical OPN levels were significantly different depending on the response to CRT: 415,9 ± 62,6 ng/ml in patients with pathological complete response (pCR) vs. 703,3 ± 285,9 ng/ml in patients with pathological incomplete response (pIR), p < 0,001). Logistic regression showed a predictive value of OPN for pCR (OR = 0,990, p = 0,009). Pretherapeutic c-Met and HGF concentrations were not associated with survival rates. There was no correlation between initial c-Met or HGF and clinical characteristics. There was von predictive value for c-Met or HGF. Conclusion. Osteopontin plasma levels might have prognostic and predictive value in LARC. We could not find a prognostic or predictive significance for c-Met or HGF. KW - Biomarker KW - Neoadjuvant vorbehandeltes Rektumkarzinom KW - prognostische und prädiktive Biomarker KW - prognostic and predictive biomarker KW - locally advanced rectal cancer KW - neoadjuvant radiochemotherapy KW - Mastdarmkrebs KW - Rektumkarzinom KW - Neodadjuvant KW - prognostische KW - prädiktive Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363368 ER - TY - JOUR A1 - Schwab, Andrea A1 - Meeuwsen, Annick A1 - Ehlicke, Franziska A1 - Hansmann, Jan A1 - Mulder, Lars A1 - Smits, Anthal A1 - Walles, Heike A1 - Kock, Linda T1 - Ex vivo culture platform for assessment of cartilage repair treatment strategies JF - ALTEX - Alternatives to animal experimentation N2 - There is a great need for valuable ex vivo models that allow for assessment of cartilage repair strategies to reduce the high number of animal experiments. In this paper we present three studies with our novel ex vivo osteochondral culture platform. It consists of two separated media compartments for cartilage and bone, which better represents the in vivo situation and enables supply of factors pecific to the different needs of bone and cartilage. We investigated whether separation of the cartilage and bone compartments and/or culture media results in the maintenance of viability, structural and functional properties of cartilage tissue. Next, we valuated for how long we can preserve cartilage matrix stability of osteochondral explants during long-term culture over 84 days. Finally, we determined the optimal defect size that does not show spontaneous self-healing in this culture system. It was demonstrated that separated compartments for cartilage and bone in combination with tissue-specific medium allow for long-term culture of osteochondral explants while maintaining cartilage viability, atrix tissue content, structure and mechanical properties for at least 56 days. Furthermore, we could create critical size cartilage defects of different sizes in the model. The osteochondral model represents a valuable preclinical ex vivo tool for studying clinically relevant cartilage therapies, such as cartilage biomaterials, for their regenerative potential, for evaluation of drug and cell therapies, or to study mechanisms of cartilage regeneration. It will undoubtedly reduce the number of animals needed for in vivotesting. KW - ex vivo model KW - osteochondral biopsy KW - cartilage repair KW - critical size defect KW - replacement Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-181665 VL - 34 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Djakowski, Paul T1 - Schulische politische Bildung in Deutschland und Polen. Eine kompetenzbasierte komparative Analyse der Leitfächer für politische Bildung anhand von Stundentafeln und Curricula allgemeinbildender staatlicher Schulformen der Primarstufe sowie der Sekundarstufen I und II im Schuljahr 2019/20 T1 - Scholastic political education in Germany and Poland. A competence-based comparative analysis of the key subjects for political education by means of the timetables and curricula of general state school types at primary, lower secondary and upper secondary level in the 2019/20 school year T1 - Szkolna edukacja obywatelska w Niemczech i w Polsce. Analiza porównawcza oparta na kompetencjach kluczowych przedmiotów edukacji obywatelskiej na bazie ramowych planów nauczania oraz podstaw programowych dla szkół państwowych podstawowych i ponadpodstawowych ogólnokształcących w roku szkolnym 2019/20 N2 - Politische Bildung übt nicht nur einen großen Einfluss auf die zukünftige Konstellation des politischen Systems aus, sondern beeinflusst ebenfalls das soziale Miteinander prägend. Damit werden entscheidende Weichen für die Entwicklung der Gesellschaft, der Nation und des Staates gestellt. Im Zuge dieses Prozesses durchläuft jeder junge Bürger einen politischen Bildungsweg an Schulen. Die Vorgaben darüber, wie schulische politische Bildung auszusehen hat und welche Kompetenzen Schüler in diesem Zusammenhang erwerben sollen, geben die Kultus- bzw. Bildungsministerien in Curricula vor, verbindlich für alle Lehrer. Durch eine komparative Analyse der Curricula kann damit eindeutig die staatlich vorgegebene politische, gesellschaftliche und soziale Richtung festgestellt werden, die junge Menschen einschlagen sollen. Welche edukativen Ziele der politischen Bildung werden verfolgt? Was sollen Schüler lernen, um mit diesen Kompetenzen die Zukunft ihres Kollektivs zu gestalten? Wo liegen die Gemeinsamkeiten und Unterschiede zweier Staaten, in unserem Fall Deutschlands und Polens, im Hinblick auf die schulische politische Bildung? Beantwortet werden diese Fragestellungen durch das Anwenden zweier Methoden der qualitativen Sozialforschung, der komparativen Inhaltsanalyse, zum einen der strukturierenden zum anderen der induktiven. Davor erfolgt eine komparativ quantitative Untersuchung, die den Umfang der Unterrichtszeit in den Leitfächern für politische Bildung in allen Bundesländern und in Polen vergleicht, was einer empirischen Totalerhebung der komplex umfangreichen Daten entspricht. Die quantitativen Forschungsergebnisse zeigen deutliche Differenzen zwischen Deutschland und Polen, in einem der beiden Staaten wird signifikant mehr Zeit für politische Bildung im Leitfach dieser Disziplin investiert als im anderen. Anhand der qualitativen Daten ist zu erkennen, dass einerseits eine gemeinsame Grundbasis von Kompetenzen der politischen Bildung zwischen Deutschland und Polen besteht. Anderseits stechen in beiden Ländern eindeutige Unterschiede hervor, deren Ursprung zum einen historische Erfahrungen der Nationen und Staaten abbildet, zum anderen aktuell gegensätzliche politische Interessen untermauert. N2 - Political education not only exerts a major influence on the future constellation of the political system, but also has a formative influence on social interaction. It sets the course for the development of society, the nation and the state. In the course of this process, every young citizen undergoes political education at school. The curricula set out by the ministry of education and cultural affairs are binding for all teachers and specify what political education at school should look like and what skills pupils should acquire in this context. Through a comparative analysis of the curricula, the political, societal and social direction that young people should take can be clearly determined by the state. What are the goals of political education? What should pupils learn in order to use these skills to shape the future of their collective? What are the similarities and differences between two countries, in our case Germany and Poland, with regard to political education in schools? These questions are answered by applying two methods of qualitative social research, comparative content analysis, one structuring and the other inductive. This is preceded by a comparative quantitative study that compares the amount of teaching time in the key subjects for political education in all German federal states and in Poland, which corresponds to a complete empirical survey of the complex and extensive data. The quantitative research results show clear differences between Germany and Poland; in one of the two countries, significantly more time is invested in political education in the key subject of this discipline than in the other state. The qualitative data shows that, on the one hand, there is a common basis of competencies in political education between Germany and Poland. On the other hand, clear differences stand out in both countries, the origin of which reflects the historical experiences of the nations and states and underpins opposing political interests. N2 - Edukacja obywatelska nie tylko wywiera znaczący wpływ na przyszłą konstelację systemu politycznego, ale także ma formacyjne oddziaływanie na interakcje społeczne. Wyznacza ona kierunek rozwoju społeczeństwa, narodu i państwa. W trakcie tego procesu każdy młody obywatel odbywa edukację obywatelską w szkole. Wydane przez ministerstwo edukacji podstawy programowe, które są wiążące dla wszystkich nauczycieli, określają, jak powinna być realizowana edukacja obywatelska w szkole i jakie umiejętności uczniowie powinni nabyć w tym zakresie. Na podstawie analizy porównawczej szkolnych podstaw programowych można jasno określić kierunek oraz postawę polityczną i społeczną, jaką wobec państwa powinni obrać młodzi ludzie. Jakie są cele edukacji obywatelskiej? Czego uczniowie powinni się nauczyć, aby wykorzystać zdobyte kompetencje do kształtowania swojego środowiska? Jakie są podobieństwa i różnice między Niemcami a Polską w odniesieniu do szkolnej edukacji obywatelskiej? Odpowiedzi na te pytania udzielono stosując dwie metody jakościowe w obszarze badań społecznych, to znaczy porównawczą analizę treści strukturyzującej i indukcyjnej. Poprzedza je porównawcze badanie ilościowe, którego celem jest porównanie czasu przeznaczonego na nauczanie przedmiotów istotnych dla edukacji obywatelskiej we wszystkich krajach związkowych w Niemczech oraz w Polsce, co pozwala ostatecznie ukazać model działania edukacji obywatelskiej stworzony na podstawie badań empirycznych i analizy danych zastanych. Badania ilościowe wskazują na istotne różnice między Niemcami a Polską. W Niemczech więcej czasu poświęca się na edukację obywatelską w ramach głównego przedmiotu tej dyscypliny niż w Polsce. Z badań jakościowych wynika, że z jednej strony istnieje wspólna podstawa katalogu kompetencji w edukacji obywatelskiej w Niemczech i Polsce, z drugiej zaś strony w obu krajach uwidaczniają się wyraźne różnice, które odzwierciedlają historyczne doświadczenia narodów i państw oraz leżą u podstaw przeciwstawnych interesów politycznych. KW - Politische Bildung KW - Curriculum KW - Lehrplan KW - Deutschland KW - Polen KW - Schule KW - Wirtschaft KW - Schulanalyse KW - Bildung KW - Bildungsministerium KW - Gymnasium KW - Primarstufe KW - Sekundarstufe I KW - Sekundarstufe II KW - Unterricht KW - Sozialkunde KW - Gesellschaftslehre KW - Politik Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-326799 SN - 978-3-95826-230-0 SN - 978-3-95826-231-7 N1 - Parallel erschienen als Druckausgabe bei Würzburg University Press, ISBN 978-3-95826-230-0, 40,90 Euro. PB - Würzburg University Press CY - Würzburg ER - TY - JOUR A1 - Letunic, Ivica A1 - Khedkar, Supriya A1 - Bork, Peer T1 - SMART: recent updates, new developments and status in 2020 JF - Nucleic Acids Research N2 - SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) is a web resource (https://smart.embl.de) for the identification and annotation of protein domains and the analysis of protein domain architectures. SMART version 9 contains manually curatedmodels formore than 1300 protein domains, with a topical set of 68 new models added since our last update article (1). All the new models are for diverse recombinase families and subfamilies and as a set they provide a comprehensive overview of mobile element recombinases namely transposase, integrase, relaxase, resolvase, cas1 casposase and Xer like cellular recombinase. Further updates include the synchronization of the underlying protein databases with UniProt (2), Ensembl (3) and STRING (4), greatly increasing the total number of annotated domains and other protein features available in architecture analysis mode. Furthermore, SMART's vector-based protein display engine has been extended and updated to use the latest web technologies and the domain architecture analysis components have been optimized to handle the increased number of protein features available. KW - SMART KW - SMART version 9 KW - protein domains KW - protein domain architectures Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363816 VL - 49 IS - D1 ER - TY - JOUR A1 - Gerlich, C. A1 - Andreica, I. A1 - Küffner, R. A1 - Krause, D. A1 - Lakomek, H. J. A1 - Reusch, A. A1 - Braun, J. T1 - Evaluation einer Basisschulung für Patienten mit rheumatoider Arthritis T1 - Evaluation of a basic educational program for patients with rheumatoid arthritis JF - Zeitschrift für Rheumatologie N2 - Hintergrund Ein neues Rahmenkonzept hat die flexible Ableitung und Nutzung von rheumatologischen Schulungsprogrammen für unterschiedliche Versorgungsbereiche ermöglicht. Auf dieser Grundlage wurde eine 5‑stündige Basisschulung für Patienten mit rheumatoider Arthritis (RA) entwickelt, es wurden rheumatologische Fachärzte und Psychologen trainiert, und dann wurde die Wirksamkeit nach dem Wirkmodell der Patientenschulung evaluiert. Methoden Mit dem Studiendesign einer extern randomisierten Wartekontrollgruppenstudie mit 3 Messzeitpunkten wurde geprüft, wie sich die 5‑stündige Basisschulung auf das Erkrankungs- und Behandlungswissen sowie auf die Gesundheitskompetenz von RA-Patienten (n = 249) auswirkt. Weitere Fragen betrafen Einstellungsparameter, Kommunikationskompetenz, Erkrankungsauswirkungen und die Zufriedenheit mit der Schulung. Die Auswertungen erfolgten auf Intention-to-treat-Basis mit Kovarianzanalysen für die Hauptzielgrößen unter Berücksichtigung des Ausgangswertes. Ergebnisse Die Analysen zeigen, dass die Basisschulung RA wirksam ist. Noch 3 Monate nach der Schulung verfügten die Schulungsteilnehmer über mehr Wissen und Gesundheitskompetenz als die Wartekontrollgruppe mit kleinem bis mittelgroßem Effekt (d = 0,37 bzw. 0,38). In den Nebenzielgrößen zeigten sich mit Ausnahme der Krankheitskommunikation keine weiteren Schulungseffekte. Diskussion Die Basisschulung bietet eine gute Grundlage, auf der weitere Interventionen zur Verbesserung von Einstellungs- und Erkrankungsparametern aufbauen können. Sie eignet sich damit als zentraler Baustein für die rheumatologische Versorgung auf verschiedenen Ebenen. N2 - Background A new conceptual framework has enabled the flexible development of rheumatological patient educational programs for different healthcare settings. On this basis, a 5‑h basic training program for patients with rheumatoid arthritis (RA) was developed to be used in specialized centers. Rheumatologists and psychologists were first trained and then the efficacy of the patient training program was evaluated based on the causal model of patient education. Methods The externally randomized waiting control group study with 249 RA patients included 3 measurement points. The impact of the 5‑h basic training on disease and treatment-related knowledge as well as health competence of RA patients was examined. Secondary questions included attitudinal parameters, communication competence, effects on the disease and satisfaction with the educational program. Data were analyzed on an intention to treat basis by means of covariance analyses for the main target variables, adjusted for baseline values. Results The analyses showed that the training program was effective. Even 3 months after training, participants reported more knowledge and health competence than the waiting control group, with small to medium-sized effects (d = 0.37 and 0.38, respectively). With the exception of disease communication, no other effects of training were observed in the secondary objectives. Conclusion The basic training program provides a good foundation to develop further interventions to improve attitudinal and disease parameters. It can serve as a central component for rheumatological healthcare for patients with RA at various levels. KW - Rheumatoide Arthritis KW - Patientenschulung KW - Evaluation KW - Rheumatoid arthritis KW - Patient education KW - Evaluation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-280359 VL - 79 ER - TY - JOUR A1 - Landmann, Eva A1 - Breil, Christina A1 - Huestegge, Lynn A1 - Böckler, Anne T1 - The semantics of gaze in person perception: a novel qualitative-quantitative approach JF - Scientific Reports N2 - Interpreting gaze behavior is essential in evaluating interaction partners, yet the ‘semantics of gaze’ in dynamic interactions are still poorly understood. We aimed to comprehensively investigate effects of gaze behavior patterns in different conversation contexts, using a two-step, qualitative-quantitative procedure. Participants watched video clips of single persons listening to autobiographic narrations by another (invisible) person. The listener’s gaze behavior was manipulated in terms of gaze direction, frequency and direction of gaze shifts, and blink frequency; emotional context was manipulated through the valence of the narration (neutral/negative). In Experiment 1 (qualitative-exploratory), participants freely described which states and traits they attributed to the listener in each condition, allowing us to identify relevant aspects of person perception and to construct distinct rating scales that were implemented in Experiment 2 (quantitative-confirmatory). Results revealed systematic and differential meanings ascribed to the listener’s gaze behavior. For example, rapid blinking and fast gaze shifts were rated more negatively (e.g., restless and unnatural) than slower gaze behavior; downward gaze was evaluated more favorably (e.g., empathetic) than other gaze aversion types, especially in the emotionally negative context. Overall, our study contributes to a more systematic understanding of flexible gaze semantics in social interaction. KW - human behaviour KW - psychology KW - semantics of gaze KW - person perception KW - face perception Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-361413 SN - 2045-2322 VL - 14 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Denk, S. A1 - Schmidt, S. A1 - Schurr, Y. A1 - Schwarz, G. A1 - Schote, F. A1 - Diefenbacher, M. A1 - Armendariz, C. A1 - Dejure, F. A1 - Eilers, M. A1 - Wiegering, Armin T1 - CIP2A regulates MYC translation (via its 5′UTR) in colorectal cancer JF - International Journal of Colorectal Disease N2 - Background Deregulated expression of MYC is a driver of colorectal carcinogenesis, suggesting that decreasing MYC expression may have significant therapeutic value. CIP2A is an oncogenic factor that regulates MYC expression. CIP2A is overexpressed in colorectal cancer (CRC), and its expression levels are an independent marker for long-term outcome of CRC. Previous studies suggested that CIP2A controls MYC protein expression on a post-transcriptional level. Methods To determine the mechanism by which CIP2A regulates MYC in CRC, we dissected MYC translation and stability dependent on CIP2A in CRC cell lines. Results Knockdown of CIP2A reduced MYC protein levels without influencing MYC stability in CRC cell lines. Interfering with proteasomal degradation of MYC by usage of FBXW7-deficient cells or treatment with the proteasome inhibitor MG132 did not rescue the effect of CIP2A depletion on MYC protein levels. Whereas CIP2A knockdown had marginal influence on global protein synthesis, we could demonstrate that, by using different reporter constructs and cells expressing MYC mRNA with or without flanking UTR, CIP2A regulates MYC translation. This interaction is mainly conducted by the MYC 5′UTR. Conclusions Thus, instead of targeting MYC protein stability as reported for other tissue types before, CIP2A specifically regulates MYC mRNA translation in CRC but has only slight effects on global mRNA translation. In conclusion, we propose as novel mechanism that CIP2A regulates MYC on a translational level rather than affecting MYC protein stability in CRC. KW - CIP2A KW - MYC KW - translation KW - colon cancer Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-280092 VL - 36 IS - 5 ER - TY - GEN A1 - Baur, Johannes A1 - Ramser, Michaela A1 - Keller, Nicola A1 - Muysoms, Filip A1 - Dörfer, Jörg A1 - Wiegering, Armin A1 - Eisner, Lukas A1 - Dietz, Ulrich A. T1 - Erratum to: Robotic hernia repair II. English version Robotic primary ventral and incisional hernia repair (rv-TAPP and r-Rives or r-TARUP). Video report and results of a series of 118 patients T2 - Der Chirurg N2 - No abstract available. KW - erratum Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-326357 VL - 92 IS - SUPPL 1 SP - S27 ER - TY - JOUR A1 - Reddersen, Kirsten A1 - Güllmar, André A1 - Tonndorf-Martini, Silke A1 - Sigusch, Bernd W. A1 - Ewald, Andrea A1 - Dauben, Thomas J. A1 - Martin, Karin A1 - Wiegand, Cornelia T1 - Critical parameters in cultivation of experimental biofilms using the example of Pseudomonas fluorescens JF - Journal of Materials Science: Materials in Medicine N2 - Formation and treatment of biofilms present a great challenge for health care and industry. About 80% of human infections are associated with biofilms including biomaterial centered infections, like infections of prosthetic heart valves, central venous catheters, or urinary catheters. Additionally, biofilms can cause food and drinking water contamination. Biofilm research focusses on application of experimental biofilm models to study initial adherence processes, to optimize physico-chemical properties of medical materials for reducing interactions between materials and bacteria, and to investigate biofilm treatment under controlled conditions. Exploring new antimicrobial strategies plays a key role in a variety of scientific disciplines, like medical material research, anti-infectious research, plant engineering, or wastewater treatment. Although a variety of biofilm models exist, there is a lack of standardization for experimental protocols, and designing experimental setups remains a challenge. In this study, a number of experimental parameters critical for material research have been tested that influence formation and stability of an experimental biofilm using the non-pathogenic model strain of Pseudomonas fluorescens. These parameters include experimental time frame, nutrient supply, inoculum concentration, static and dynamic cultivation conditions, material properties, and sample treatment during staining for visualization of the biofilm. It was shown, that all tested parameters critically influence the experimental biofilm formation process. The results obtained in this study shall support material researchers in designing experimental biofilm setups. KW - biomaterials KW - biomedical engineering and bioengineering KW - regenerative medicine/tissue engineering KW - polymer sciences KW - ceramics, glass, composites, natural materials KW - surfaces and interfaces, thin films Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-309911 SN - 0957-4530 SN - 1573-4838 VL - 32 IS - 9 ER - TY - JOUR A1 - Glinz, Jonathan A1 - Šleichrt, Jan A1 - Kytýř, Daniel A1 - Ayalur-Karunakaran, Santhosh A1 - Zabler, Simon A1 - Kastner, Johann A1 - Senck, Sascha T1 - Phase-contrast and dark-field imaging for the inspection of resin-rich areas and fiber orientation in non-crimp vacuum infusion carbon-fiber-reinforced polymers JF - Journal of Materials Science N2 - In this work, we present a multimodal approach to three-dimensionally quantify and visualize fiber orientation and resin-rich areas in carbon-fiber-reinforced polymers manufactured by vacuum infusion. Three complementary image modalities were acquired by Talbot–Lau grating interferometer (TLGI) X-ray microcomputed tomography (XCT). Compared to absorption contrast (AC), TLGI-XCT provides enhanced contrast between polymer matrix and carbon fibers at lower spatial resolutions in the form of differential phase contrast (DPC) and dark-field contrast (DFC). Consequently, relatively thin layers of resin, effectively indiscernible from image noise in AC data, are distinguishable. In addition to the assessment of fiber orientation, the combination of DPC and DFC facilitates the quantification of resin-rich areas, e.g., in gaps between fiber layers or at binder yarn collimation sites. We found that resin-rich areas between fiber layers are predominantly developed in regions characterized by a pronounced curvature. In contrast, in-layer resin-rich areas are mainly caused by the collimation of fibers by binder yarn. Furthermore, void volume around two adjacent 90°-oriented fiber layers is increased by roughly 20% compared to a random distribution over the whole specimen. Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-351581 VL - 56 IS - 16 ER - TY - JOUR A1 - Greefrath, Gilbert A1 - Siller, Hans-Stefan A1 - Klock, Heiner A1 - Wess, Raphael T1 - Pre-service secondary teachers’ pedagogical content knowledge for the teaching of mathematical modelling JF - Educational Studies in Mathematics N2 - The article deals with the pedagogical content knowledge of mathematical modelling as part of the professional competence of pre-service teachers. With the help of a test developed for this purpose from a conceptual model, we examine whether this pedagogical content knowledge can be promoted in its different facets—especially knowledge about modelling tasks and about interventions—by suitable university seminars. For this purpose, the test was administered to three groups in a seminar for the teaching of mathematical modelling: (1) to those respondents who created their own modelling tasks for use with students, (2) to those trained to intervene in mathematical modelling processes, and (3) participating students who are not required to address mathematical modelling. The findings of the study—based on variance analysis—indicate that certain facets (knowledge of modelling tasks, modelling processes, and interventions) have increased significantly in both experimental groups but to varying degrees. By contrast, pre-service teachers in the control group demonstrated no significant change to their level of pedagogical content knowledge. KW - mathematical modelling KW - pedagogical content knowledge KW - professional competence KW - pre-service teacher Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-308259 SN - 0013-1954 SN - 1573-0816 VL - 109 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Hartmann, Oliver T1 - Development of somatic modified mouse models of Non-Small cell lung cancer T1 - Entwicklung von somatisch veränderten Mausmodellen für nichtkleinzelligen Lungenkrebs N2 - In 2020, cancer was the leading cause of death worldwide, accounting for nearly 10 million deaths. Lung cancer was the most common cancer, with 2.21 million cases per year in both sexes. This non-homogeneous disease is further subdivided into small cell lung cancer (SCLC, 15%) and non-small cell lung cancer (NSCLC, 85%). By 2023, the American Cancer Society estimates that NSCLC will account for 13% of all new cancer cases and 21% of all estimated cancer deaths. In recent years, the treatment of patients with NSCLC has improved with the development of new therapeutic interventions and the advent of targeted and personalised therapies. However, these advances have only marginally improved the five-year survival rate, which remains alarmingly low for patients with NSCLC. This observation highlights the importance of having more appropriate experimental and preclinical models to recapitulate, identify and test novel susceptibilities in NSCLC. In recent years, the Trp53fl/fl KRaslsl-G12D/wt mouse model developed by Tuveson, Jacks and Berns has been the main in vivo model used to study NSCLC. This model mimics ADC and SCC to a certain extent. However, it is limited in its ability to reflect the genetic complexity of NSCLC. In this work, we use CRISPR/Cas9 genome editing with targeted mutagenesis and gene deletions to recapitulate the conditional model. By comparing the Trp53fl/fl KRaslsl- G12D/wt with the CRISPR-mediated Trp53mut KRasG12D, we demonstrated that both showed no differences in histopathological features, morphology, and marker expression. Furthermore, next-generation sequencing revealed a very high similarity in their transcriptional profile. Adeno-associated virus-mediated tumour induction and the modular design of the viral vector allow us to introduce additional mutations in a timely manner. CRISPR-mediated mutation of commonly mutated tumour suppressors in NSCLC reliably recapitulated the phenotypes described in patients in the animal model. Lastly, the dual viral approach could induce the formation of lung tumours not only in constitutive Cas9 expressing animals, but also in wildtype animals. Thus, the implementation of CRISPR genome editing can rapidly advance the repertoire of in vivo models for NSCLC research. Furthermore, it can reduce the necessity of extensive breeding. N2 - Krebs war mit fast 10 Millionen Todesfällen weltweit die häufigste Todesursache in 2020. Mit 2,21 Millionen Fällen pro Jahr in beiden Geschlechtern kombiniert war Lungenkrebs die häufigste Unterart. Auszeichnend für dieses Krankheit ist die hohe Komplexität und Heterogenität. Daher wird diese weiter in kleinzelligen Lungenkrebs (SCLC, 15 %) und nicht-kleinzelligen Lungenkrebs (NSCLC, 85 %) unterteilt. Die American Cancer Society schätzt, dass bis 2023 13 % aller neuen Krebsfälle und 21 % aller geschätzten Krebstodesfälle auf das nicht-kleinzellige Lungenkarzinom entfallen werden. In den letzten Jahren hat sich die Behandlung von Patienten mit nicht-kleinzelligem Lungenkarzinom durch die Entwicklung neuer therapeutischer Maßnahmen und das Anwenden personalisierter Therapien verbessert. Allerdings haben diese Fortschritte die Fünfjahresüberlebensrate nur geringfügig verbessert, die für Patienten mit NSCLC nach wie vor alarmierend niedrig ist. Diese macht deutlich, wie wichtig es ist, über geeignetere experimentelle und präklinische Modelle zu verfügen, um neue Therapieansätze beim NSCLC zu rekapitulieren, zu identifizieren und zu testen. In der letzten Dekade war das von Tuveson, Jacks und Berns entwickelte Trp53fl/fl KRaslsl-G12D/wt-Mausmodell das wichtigste In-vivo-Modell zur Untersuchung von NSCLC. Dieses kann grundlegend das Krankheitsbild von NSCLC wiederspiegeln. Es ist jedoch nur begrenzt in der Lage, die genetische Komplexität von NSCLC im vollen Umfang zu refelktieren. In dieser Arbeit verwenden wir CRISPR/Cas9 Genome Editing mit gezielter Mutagenese und Gendeletionen, um das konditionale Modell zu rekapitulieren. Durch den Vergleich des Trp53fl/fl KRaslsl-G12D/wt mit dem CRISPR-vermittelten Trp53mut KRasG12D konnten wir zeigen, dass beide keine Unterschiede in Bezug auf histopathologische Merkmale, Morphologie und Markerexpression aufweisen. Darüber hinaus ergab die Analyse mittels Next Generation Sequencing 8Hochdruchsatz.Sequenzierung) eine sehr große Ähnlichkeit in ihrem Transkriptionsprofil. Die Adeno-assoziierte Virus-vermittelte Tumorinduktion und der modulare Aufbau des viralen Vektors ermöglichen es uns, zusätzliche Mutationen zeitnah einzuführen. Die CRISPR-vermittelte Mutation von häufig mutierten Tumorsuppressoren bei NSCLC rekapitulierte zuverlässig die bei Patienten beschriebenen Phänotypen im Tiermodell. Schließlich konnte der duale virale Ansatz die Bildung von Lungentumoren nicht nur in konstitutiv Cas9 exprimierenden Tieren, sondern auch in Wildtyp-Tieren induzieren. Somit kann die Anwendung von CRISPR-Genome Editing das Repertoire an In-vivo- Modellen für die NSCLC-Forschung rasch erweitern. Darüber hinaus kann es die Notwendigkeit umfangreicher Züchtungen verringern. KW - CRISPR/Cas-Methode KW - in vivo KW - Lung Cancer KW - CRISPR/Cas9 KW - in vivo genome editing KW - Immunohistochemistry KW - Nicht-kleinzelliges Bronchialkarzinom KW - NSCLC KW - Mouse Model KW - CRISPR Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363401 ER - TY - GEN A1 - Kanzow, Christian A1 - Lechner, Theresa T1 - Correction to: Globalized inexact proximal Newton-type methods for nonconvex composite functions T2 - Computational Optimization and Applications N2 - No abstract available. KW - correction Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-348858 VL - 80 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Kanzow, Christian A1 - Lechner, Theresa T1 - Globalized inexact proximal Newton-type methods for nonconvex composite functions JF - Computational Optimization and Applications N2 - Optimization problems with composite functions consist of an objective function which is the sum of a smooth and a (convex) nonsmooth term. This particular structure is exploited by the class of proximal gradient methods and some of their generalizations like proximal Newton and quasi-Newton methods. The current literature on these classes of methods almost exclusively considers the case where also the smooth term is convex. Here we present a globalized proximal Newton-type method which allows the smooth term to be nonconvex. The method is shown to have nice global and local convergence properties, and some numerical results indicate that this method is very promising also from a practical point of view. KW - globalized proximal Newton-type method KW - nonconvex smooth term Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-283715 VL - 78 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Schwenkert, Marc T1 - Zwei Burschenschafter als Bürgermeister im Dritten Reich. Theo Memmel in Würzburg und Paul May in Halle im Vergleich. T1 - Two Burschenschafter as mayors in the Third Reich. Theo Memmel in Würzburg and Paul May in Halle in comparison. N2 - In der Dissertation „Zwei Burschenschafter als Bürgermeister im Dritten Reich. Theo Memmel in Würzburg und Paul May in Halle im Vergleich.“ steht die Untersuchung der Lebenswege der beiden Wahlbeamten Dr. Paul May und Theodor Memmel anhand ihrer Biographien im Fokus. May glitt dank seiner sich stetig erweiternden Fachkenntnisse sowie seiner Anpassungsfähigkeit durchweg in Leistungspositionen problemlos durch vier politische Systeme - vom Kaiserreich bis zur DDR. Seiner bürgerlichen politischen Ausrichtung blieb er hierbei stets treu. Memmel hingegen machte bedingt durch seine an-dere und gravierendere Weltkriegserfahrung einen Prozess vom politisch des-interessierten Front- und Freikorpskämpfer über die Bayerische Volkspartei hin zum überzeugten Nationalsozialisten. Nach dem Untergang des Dritten Reichs stand er vor dem Nichts, sowohl in beruflicher als auch in politischer Hinsicht. In seiner Studentenverbindung fand er jedoch einen Raum, in dem er sich engagieren und Anerkennung finden konnte. Da May und Memmel durch ihre gemeinsame studentische Korporation gleich sozialisiert wurden und sie sich auf unterschiedliche Weise wie ein ro-ter Faden durch ihr Leben zog, erfuhr diese ebenfalls eine Untersuchung. Hierbei ergab sich, dass die Wandlung von der toleranten Progressverbindung Adelphia zur pflichtschlagenden Burschenschaft in der Deutschen Burschen-schaft im Jahr 1933 keinen plötzlichen Bruch darstellte, sondern vielmehr die Folge einer langjährigen Entwicklung war, wobei der Erste Weltkrieg als be-sonders einschneidender Faktor zu bewerten ist. Am letztendlichen Art- und Dachverbandswechsel hatte auch Memmel einen entscheidenden Anteil. Dass nach der Umwandlung der waffenstudentischen Verbindungen in NS-Kameradschaften diese (auch Adelphia) während des Zweiten Weltkriegs teil-weise in Würzburg im Verborgenen wiedererstehen konnten, hing auch mit der Patronage durch Memmel und sein imposantes Netzwerk zusammen. Den dritten Untersuchungskomplex dieser Arbeit bildet die kommunale Entwicklung von Groß- und Gauhauptstädten im Dritten Reich, da sowohl Würzburg als auch Halle eine solche verkörperten. Ein Vergleich mit anderen Städten unter denselben Voraussetzungen lässt darauf schließen: Wer 1933/34 Oberbürgermeister einer Groß- und Gauhauptstadt wurde, verdank-te dies nicht seiner Qualifikation. Die Nationalsozialisten, die dieses Amt er-hielten, bemühten sich noch nicht einmal darum, es zu bekommen. Vielmehr stellten sie einen Kompromiss aus den jeweiligen lokalen Macht- und Interes-senskonstellationen dar. Eine Ausnahme hiervon bilden nur die wenigen Städte, in denen bereits vor 1933 ein NSDAP-Angehöriger als Stadtoberhaupt kandidiert hatte. Der Status der Gauhauptstadt führte für die jeweiligen Oberbürgermeister zu einem ganz besonderen Unterstellungsverhältnis, das sich als zweiseitiges Schwert entpuppte: Einerseits erhielt ihre Kommune spezielle Förderung, andererseits standen sie unter einem hohem Erwar-tungsdruck, der sich vielerorts in einem schlechten Verhältnis von Oberbür-germeister und Gauleiter manifestierte. Das Oberbürgermeisteramt im Drit-ten Reich stellte aus beruflicher Sicht einen doppelten Bruch mit der Zeit vor 1933 dar: Zum einen konnte man ohne die bis dahin üblichen Qualifikationen zum Wahlbeamten einer Großstadt aufsteigen, andererseits bedeutete dies auch gleichzeitig das Karriereende. N2 - The dissertation focuses on the way of life of the two election officials Dr. Paul May and Theodor Memmel by comparing their biographies. Paul May slid through four different political systems from the Kaiserreich till the GDR, thanks to his always growing knowledge and adaptability, whilst always maintaining leading positions. Nevertheless, he always kept his conservative political be-lieves. Memmel on the other hand had a different and more severe experience at the front of World War I. This and the aftermath of the defeat caused him to change in a decade long process from a political disinterested Freikorps partici-pant over the Bayerische Volkspartei to National Socialism. He had nothing left after the downfall of the Third Reich. It was only in his old student fraternity where he could find acceptance and recognition. Since May and Memmel were equally socialised in their fraternity, which ran like a continuous thread through their lives, it is also examined. It became obvious that the change from the tolerant and progressive Adelphia to a fencing Bur-schenschaft within the German Burschenschaft in 1933 was no sudden rupture but a decades long process, mainly caused by World War I. Memmel had a key role in this severe final shift. It was also him, who protected not only his fraterni-ty but also the other fencing student corporations after the forced change to Ka-meradschaften. He built up an impressive local network which enabled them to go on unharmed with their traditional fraternity life despite all regulations. The third big theme in the dissertation is the municipal development of big cities which were at the same time Gauhauptstadt. Würzburg and Halle both had this special status during the Third Reich. A comparison with other similar cities showed: Whoever became 1933/34 mayor of a Gauhauptstadt owed this not his qualifications nor his ambitions. The National Socialists who got this office, were a mere compromise candidate conditioned by the local structure of power and interests. An exception were only those very few, who already had run for an of-fice before 1933. The status of a Gauhauptstadt was a double-edged sword for the mayors and it led to a very special subordination. Their city got a lot of sup-port on the one hand, but on the other hand the Gauleiter had a lot of expecta-tions. Therefore, the relations between them and their Gauhauptstadt mayors were mostly poor. The mayors also lost a lot of decision-making power to their Gauleiter. The mayor’s office was therefore a rupture compared to former times in two ways. First, they were able to get this position without the proper qualifica-tions and second this promotion was also the final step of their career. KW - Geschichte KW - Heimatkunde KW - NS-Kommunalpolitik KW - Studentenverbindung KW - Biografie KW - Würzburg KW - Halle (Saale) KW - Personen der Geschichte (Politiker und historische Persönlichkeiten) Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360966 ER - TY - JOUR A1 - Kosmala, Aleksander A1 - Gruschwitz, Philipp A1 - Veldhoen, Simon A1 - Weng, Andreas Max A1 - Krauss, Bernhard A1 - Bley, Thorsten Alexander A1 - Petritsch, Bernhard T1 - Dual-energy CT angiography in suspected pulmonary embolism: influence of injection protocols on image quality and perfused blood volume JF - The International Journal of Cardiovascular Imaging N2 - Abstract To compare intravenous contrast material (CM) injection protocols for dual-energy CT pulmonary angiography (CTPA) in patients with suspected acute pulmonary embolism with regard to image quality and pulmonary perfused blood volume (PBV) values. A total of 198 studies performed with four CM injection protocols varying in CM volume and iodine delivery rates (IDR) were retrospectively included: (A) 60 ml at 5 ml/s (IDR = 1.75gI/s), (B) 50 ml at 5 ml/s (IDR = 1.75gI/s), (C) 50 ml at 4 ml/s (IDR = 1.40gI/s), (D) 40 ml at 3 ml/s (IDR = 1.05gI/s). Image quality and PBV values at different resolution settings were compared. Pulmonary arterial tract attenuation was highest for protocol A (397 ± 110 HU; p vs. B = 0.13; vs. C = 0.02; vs. D < 0.001). CTPA image quality of protocol A was rated superior compared to protocols B and D by reader 1 (p = 0.01; < 0.001), and superior to protocols B, C and D by reader 2 (p < 0.001; 0.02; < 0.001). Otherwise, there were no significant differences in CTPA quality ratings. Subjective iodine map ratings did not vary significantly between protocols A, B, and C. Both readers rated protocol D inferior to all other protocols (p < 0.05). PBV values did not vary significantly between protocols A and B at resolution settings of 1, 4 and 10 (p = 0.10; 0.10; 0.09), while otherwise PBV values displayed a decreasing trend from protocol A to D (p < 0.05). Higher CM volume and IDR are associated with superior CTPA and iodine map quality and higher absolute PBV values. KW - CT KW - dual-energy CT KW - pulmonary embolism KW - contrast media Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-314739 SN - 1569-5794 SN - 1573-0743 VL - 36 IS - 10 ER - TY - GEN A1 - Kosmala, Aleksander A1 - Gruschwitz, Philipp A1 - Veldhoen, Simon A1 - Weng, Andreas Max A1 - Krauss, Bernhard A1 - Bley, Thorsten Alexander A1 - Petritsch, Bernhard T1 - Correction to: Dual-energy CT angiography in suspected pulmonary embolism: infuence of injection protocols on image quality and perfused blood volume T2 - The International Journal of Cardiovascular Imaging N2 - No abstract available. KW - correction Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-350830 VL - 38 IS - 3 SP - 707 ER - TY - JOUR A1 - Merzenich, Hiltrud A1 - Baaken, Dan A1 - Schmidt, Marcus A1 - Bekes, Inga A1 - Schwentner, Lukas A1 - Janni, Wolfgang A1 - Woeckel, Achim A1 - Bartkowiak, Detlef A1 - Wiegel, Thomas A1 - Blettner, Maria A1 - Wollschläger, Daniel A1 - Schmidberger, Heinz T1 - Cardiac late effects after modern 3D-conformal radiotherapy in breast cancer patients: a retrospective cohort study in Germany (ESCaRa) JF - Breast Cancer Research and Treatment N2 - Purpose Radiotherapy (RT) was identified as a risk factor for long-term cardiac effects in breast cancer patients treated until the 1990s. However, modern techniques reduce radiation exposure of the heart, but some exposure remains unavoidable. In a retrospective cohort study, we investigated cardiac mortality and morbidity of breast cancer survivors treated with recent RT in Germany. Methods A total of 11,982 breast cancer patients treated between 1998 and 2008 were included. A mortality follow-up was conducted until 06/2018. In order to assess cardiac morbidity occurring after breast cancer treatment, a questionnaire was sent out in 2014 and 2019. The effect of breast cancer laterality on cardiac mortality and morbidity was investigated as a proxy for radiation exposure. We used Cox Proportional Hazards regression analysis, taking potential confounders into account. Results After a median follow-up time of 11.1 years, there was no significant association of tumor laterality with cardiac mortality in irradiated patients (hazard ratio (HR) for left-sided versus right-sided tumor 1.09; 95% confidence interval (CI) 0.85–1.41). Furthermore, tumor laterality was not identified as a significant risk factor for cardiac morbidity (HR = 1.05; 95%CI 0.88–1.25). Conclusions Even though RT for left-sided breast cancer on average incurs higher radiation dose to the heart than RT for right-sided tumors, we found no evidence that laterality is a strong risk factor for cardiac disease after contemporary RT. However, larger sample sizes, longer follow-up, detailed information on individual risk factors and heart dose are needed to assess clinically manifest late effects of current cancer therapy. KW - breast cancer KW - 3D-conformal radiotherapy KW - cardiac mortality KW - cardiac morbidity KW - cohort study KW - survival Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-308606 SN - 0167-6806 SN - 1573-7217 VL - 191 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Loos, Jacqueline A1 - Krauss, Jochen A1 - Lyons, Ashley A1 - Föst, Stephanie A1 - Ohlendorf, Constanze A1 - Racky, Severin A1 - Röder, Marina A1 - Hudel, Lennart A1 - Herfert, Volker A1 - Tscharntke, Teja T1 - Local and landscape responses of biodiversity in calcareous grasslands JF - Biodiversity and Conservation N2 - Across Europe, calcareous grasslands become increasingly fragmented and their quality deteriorates through abandonment and land use intensification, both affecting biodiversity. Here, we investigated local and landscape effects on diversity patterns of several taxonomic groups in a landscape of highly fragmented calcareous grassland remnants. We surveyed 31 grassland fragments near Göttingen, Germany, in spring and summer 2017 for vascular plants, butterflies and birds, with sampling effort adapted to fragment area. Through regression modelling, we tested relationships between species richness and fragment size (from 314 to 51,395 m\(^2\)), successional stage, habitat connectivity and the per cent cover of arable land in the landscape at several radii. We detected 283 plant species, 53 butterfly species and 70 bird species. Of these, 59 plant species, 19 butterfly species and 9 bird species were grassland specialists. Larger fragments supported twice the species richness of plants than small ones, and hosted more species of butterflies, but not of birds. Larger grassland fragments contained more grassland specialist plants, but not butterfly or bird specialists. Increasing amounts of arable land in the landscape from 20 to 90% was related to the loss of a third of species of plants, and less so, of butterflies, but not of birds. Per cent cover of arable land negatively correlated to richness of grassland specialist plants and butterflies, but positively to grassland specialist birds. We found no effect by successional stages and habitat connectivity. Our multi-taxa approach highlights the need for conservation management at the local scale, complemented by measures at the landscape scale. KW - abandonment KW - birds KW - butterflies KW - land use intensification KW - nature conservation KW - vascular plants Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-308595 SN - 0960-3115 SN - 1572-9710 VL - 30 IS - 8-9 ER -