TY  - THES
A1  - Ankenbrand, Markus Johannes
T1  - Squeezing more information out of biological data - development and application of bioinformatic tools for ecology, evolution and genomics
T1  - Mehr aus biologischen Daten herausholen - Entwicklung und Anwendung bioinformatischer Programme für Ökologie, Evolution und Genomik
N2  - New experimental methods have drastically accelerated the pace and quantity at which biological data is generated. High-throughput DNA sequencing is one of the pivotal new technologies. It offers a number of novel applications in various fields of biology, including ecology, evolution, and genomics. However, together with those opportunities many new challenges arise. Specialized algorithms and software are required to cope with the amount of data, often requiring substantial training in bioinformatic methods. Another way to make those data accessible to non-bioinformaticians is the development of programs with intuitive user interfaces.

In my thesis I developed analyses and programs to tackle current problems with high-throughput data in biology. In the field of ecology this covers the establishment of the bioinformatic workflow for pollen DNA meta-barcoding. Furthermore, I developed an application that facilitates the analysis of ecological communities in the context of their traits. Information from multiple public databases have been aggregated and can now be mapped automatically to existing community tables for interactive inspection. In evolution the new data are used to reconstruct phylogenetic trees from multiple genes. I developed the tool bcgTree to automate this process for bacteria. Many plant genomes have been sequenced in current years. Sequencing reads of those projects also contain data from the chloroplasts. The tool chloroExtractor supports the targeted extraction and analysis of the chloroplast genome. To compare the structure of multiple genomes specialized software is required for calculation and visualization of the relationships. I developed AliTV to address this. In contrast to existing programs for this task it allows interactive adjustments of produced graphics. Thus, facilitating the discovery of biologically relevant information. Another application I developed helps to analyze transcriptomes even if no reference genome is present. This is achieved by aggregating the different pieces of information, like functional annotation and expression level, for each transcript in a web platform. Scientists can then search, filter, subset, and visualize the transcriptome.

Together the methods and tools expedite insights into biological systems that were not possible before.
N2  - Neue experimentelle Methoden haben die Geschwindigkeit und Masse, in der biologische Daten generiert werden, in den letzten Jahren enorm gesteigert. Eine zentrale neue Technologie ist die Hochdurchsatzsequenzierung von DNA. Diese Technik eröffnet eine ganze Reihe Anwendungsmöglichkeiten in vielen Bereichen der Biologie, einschließlich der Ökologie, Evolution und Genomik. Neben den neuen Möglichkeiten treten jedoch auch neue Herausforderungen auf. So bedarf es spezialisierter Algorithmen und Computerprogramme, um mit der Masse an Daten umgehen zu können. Diese erfordern in der Regel ein fundiertes Training in bioinformatischen Methoden. Ein Weg, die Daten auch Wissenschaftlern ohne diesen Hintergrund zugänglich zu machen ist die Entwicklung von Programmen, die sich intuitiv bedienen lassen.

In meiner Doktorarbeit habe ich Analysen und Programme entwickelt, um einige aktuelle Probleme mit Hochdurchsatzdaten in der Biologie zu lösen. Im Bereich der Ökologie umfasst das die Etablierung der bioinformatischen Methode, um Pollen DNA Metabarcoding durchzuführen. Darüberhinaus habe ich eine Anwendung entwickelt, die es ermöglicht Artgemeinschaften im Kontext ihrer Eigenschaften zu erforschen. Dazu wurden Informationen aus diversen öffentlichen Datenbanken zusammen getragen. Diese können nun automatisch auf bestehende Projekte übertragen und interaktiv analysiert werden. Im Bereich der Evolution ermöglichen die neuen Daten phylogenetische Berechnungen mit multiplen Genen durchzuführen. Um dies für Bakterien zu automatisieren habe ich das Programm bcgTree entwickelt. In den letzten Jahren wurden viele pflanzliche Genome sequenziert. Die Sequenzdaten des pflanzlichen Genoms enthalten auch die des Chloroplasten. Das Programm chloroExtractor unterstützt die gezielte Analyse des Chloroplasten Genoms. Um jedoch die Struktur mehrerer Genome miteinander vergleichen zu können, wird spezielle Software benötigt, die den Vergleich berechnen und visuell darstellen kann. Daher habe ich das Programm AliTV entwickelt. Im Gegensatz zu bestehenden Programmen erlaubt AliTV interaktive Anpassungen der erzeugten Grafik. Das erleichtert es die relevanten Informationen zu finden.
Ein weiteres von mir entwickeltes Programm hilft dabei Transkriptom Daten zu analysieren, auch wenn kein Referenzgenom vorliegt. Dazu werden Informationen zu jedem Transkript, z.B. Funktion und Expressionslevel, in einer Webanwendung aggregiert. Forscher können diese durchsuchen, filtern und graphisch darstellen.

Zusammen eröffnen die entwickelten Methoden und Programme die Möglichkeit, Erkenntnisse über biologische Systeme zu erlangen, die bislang nicht möglich waren.
KW  - bioinformatics
KW  - research software
KW  - ecology
KW  - evolution
KW  - genomics
Y1  - 2018
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-156344
ER  - 
TY  - JOUR
A1  - Drenckhahn, Detlev
A1  - Drenckhahn, Helga
T1  - Trifolium micranthum Viv. an Nordseedeichen von Schleswig-Holstein – Charakterisierung der Pflanzen und ihrer Habitate, Status in Deutschland und Nachbargebieten
T1  - Trifolium micranthum Viv. at the North Sea dikes of Schleswig-Holstein – characterization of plants and their habitats, status in Germany and neighbouring countries
JF  - Forum Geobotanicum
N2  - In der vorliegenden Arbeit wird ein neues Teilareal von T. micranthum mit zahlreichen Vorkommen an den Nordseedeichen von Schleswig-Holstein zwischen der Elbeästuar und der Insel Nordstrand mit Schwerpunkt auf der Halbinsel Eiderstedt mitgeteilt, das geographisch zwischen dem Vorkommen in den Niederlanden und dem Ostsee-Areal in Dänemark vermittelt. Es handelt sich um die einzigen weitgehend naturnahen Wuchsorte der Art in Deutschland. Die anderen beiden aktuellen deutschen Vorkommen befinden sich auf Friedhöfen in Nordrhein-Westfalen. T. micranthum wächst bevorzugt an den steilen und artenreicheren Innenböschungen der Seedeiche, deren Vegetation durch intensive Schafbeweidung und Trittspuren kurz und lückig gehalten wird. Die Beweidung bewirkt eine signifikante Größenreduktion (Miniaturisierung) verschiedener Pflanzenteile. Widersprüchliche Angaben zu bestimmungskritischen Merkmalen werden durch morphometrische Untersuchungen überprüft. Unter anderem beträgt die Länge der Blütenstiele 0,6–1,1 mm (im Mittel 0,8 mm) und die Blüten mit Kelch sind deutlich unter 3 mm lang (im Mittel 2,4 mm). Die Zahl der Blüten der Infloreszenz beträgt (1)2–6(8). Eine graphische Darstellung soll bei Artbestimmung und Auffinden neuer Wuchsorte behilflich sein.
N2  - A new distribution area with numerous growth sites of Trifolium micranthum has been discovered at the sea dikes of the North Sea coast of Schleswig-Holstein in Germany between the estuary of river Elbe and the island of Nordstrand with main occurrence on the peninsula Eiderstedt. Geographically this area links the Dutch population with the West Baltic population in Denmark and is the only semi natural growth site of this tiny clover in Germany. The other current growth sites in Germany are located on cemeteries in Nordrhein-Westfalen. T. micranthum prefers the steep inner slopes of sea dikes (30% gradient) with their higher diversity of vegetation and open ground sites created by grazing and tracks of sheep. Grazing creates significant reduction of the size of various parts of the clover (miniaturization). The paper also provides morphometric data on distinguishing features that are controversially treated in the literature, e.g. the length of pedicels with 0.6–1.1 mm (mean 0.8 mm), flower size (corolla with calyx) below 3 mm (mean 2.4 mm) and number of flowers per inflorescence of (1)2–6(8). A drawing of T. micranthum is provided that may help to discover new growth sites.
KW  - Trifolium micranthum
KW  - distribution range
KW  - Klee
KW  - anatomy
KW  - ecology
KW  - Trifolium dubium
Y1  - 2018
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-159163
UR  - http://www.forum-geobotanicum.net/articles/vol_8-2018/drenckhahn_trifolium/drenckhahn-drenckhahn_Trifolium_micranthum.pdf
SN  - 1867-9315
VL  - 8
ER  -