TY - THES A1 - Kortmann, Mareike T1 - Biodiversity and recreation – Optimizing tourism and forest management in forests affected by bark beetles T1 - Biodiversität und Erholungsfunktionen – Optimierung von Tourismus- und Waldmanagement in Borkenkäferwäldern N2 - Forests are multi-functional system, which have to fulfil different objectives at the same time. The main functions include the production of wood, storage of carbon, the promotion of biological diversity and the provision of recreational space. Yet, global forests are affected by large and intense natural disturbances, like bark beetle infestations. While natural disturbances threaten wood production and are perceived as ‘catastrophe’ diminishing recreational value, biodiversity can benefit from the disturbance-induced changes in forest structures. This trade-off poses a dilemma to managers of bark beetle affected stands, particularly in protected areas designated to both nature conservation and recreation. Forest landscapes need a sustainable management concept aligning these different objectives. In order to support this goal with scientific knowledge, the aim of this work is to analyse ecological and social effects along a gradient of different disturbance severities. In this context, I studied the effects of a disturbance severity gradient on the diversity of different taxonomic groups including vascular plants, mosses, lichens, fungi, arthropods and birds in five national parks in Central Europe. To analyse the recreational value of the landscape I conducted visitor surveys in the same study areas in which the biodiversity surveys were performed. To analyse possible psychological or demographic effects on preferences for certain disturbance intensities, an additional online survey was carried out. N2 - Wälder müssen unterschiedliche Zielsetzungen zur gleichen Zeit erfüllen. Zu den wichtigsten Zielsetzungen zählen Produktion von Holz, Speicherung von CO2, die Förderung der biologischen Vielfalt und die Bereitstellung von Erholungsgebieten. Wälder sind jedoch global von intensiven natürlichen Störungen wie Borkenkäferbefall betroffen. Während natürliche Störungen die Holzproduktion bedrohen und von der Bevölkerung als „Katastrophe“ wahrgenommen werden, die den Erholungswert verringert, kann die biologische Vielfalt von den störungsbedingten Veränderungen der Waldstrukturen profitieren. Dieser Kompromiss stellt die Manager der von Borkenkäfern betroffenen Bestände vor ein Dilemma, insbesondere in Schutzgebieten, die sowohl dem Naturschutz als auch der Erholung gewidmet sind, und fordert ein nachhaltiges Bewirtschaftungskonzept, das diese unterschiedlichen Ziele in Einklang bringt. Um diese Vorhaben durch wissenschaftliche Erkenntnisse zu unterstützen, ist das Ziel dieser Arbeit, ökologische und soziale Effekte entlang eines Gradienten verschiedener Störungsintensitätsgrade zu analysieren. In diesem Zusammenhang wurden die Auswirkungen verschiedener Störungsintensitäten auf die Biodiversität verschiedener taxonomischer Gruppen, einschließlich Gefäßpflanzen, Moosen, Flechten, Pilzen, Arthropoden und Vögeln untersucht. Außerdem Befragungen von Nationalpark Besuchern durchgeführt, um den Erholungswert der Landschaft zu analysieren. Um mögliche psychologische oder demografische Auswirkungen auf Präferenzen für bestimmte Störungsintensitäten zu analysieren, wurde zudem eine Online-Umfrage durchgeführt. KW - Borkenkäfer KW - Nationalpark KW - Biodiversität KW - natural disturbance KW - nature conservation KW - national park KW - biodiversity KW - recreation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-240317 ER - TY - THES A1 - Kuhlemann, Alexander T1 - Bioorthogonal labeling of neuronal proteins using super-resolution fluorescence microscopy T1 - Bioorthogonale Markierung von neuronalen Proteinen mittels hochauflösender Fluoreszenzmikroskopie N2 - The synaptic cleft is of central importance for synaptic transmission, neuronal plasticity and memory and thus well studied in neurobiology. To target proteins of interest with high specificity and strong signal to noise conventional immunohistochemistry relies on the use of fluorescently labeled antibodies. However, investigations on synaptic receptors remain challenging due to the defined size of the synaptic cleft of ~20 nm between opposing pre- and postsynaptic membranes. At this limited space, antibodies bear unwanted side effects such as crosslinking, accessibility issues and a considerable linkage error between fluorophore and target of ~10 nm. With recent single molecule localization microscopy (SMLM) methods enabling localization precisions of a few nanometers, the demand for labeling approaches with minimal linkage error and reliable recognition of the target molecules rises. Within the scope of this work, different labeling techniques for super-resolution fluorescence microscopy were utilized allowing site-specific labeling of a single amino acid in synaptic proteins like kainate receptors (KARs), transmembrane α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid receptor regulatory proteins (TARPs), γ-aminobutyric acid type A receptors (GABA-ARs) and neuroligin 2 (NL2). The method exploits the incorporation of unnatural amino acids (uAAs) in the protein of interest using genetic code expansion (GCE) via amber suppression technology and subsequent labeling with tetrazine functionalized fluorophores. Implementing this technique, hard-to-target proteins such as KARs, TARPs and GABA-ARs could be labeled successfully, which could only be imaged insufficiently with conventional labeling approaches. Furthermore, functional studies involving electrophysiological characterization, as well as FRAP and FRET experiments validated that incorporation of uAAs maintains the native character of the targeted proteins. Next, the method was transferred into primary hippocampal neurons and in combination with super-resolution microscopy it was possible to resolve the nanoscale organization of γ2 and γ8 TARPs. Cluster analysis of dSTORM localization data verified synaptic accumulation of γ2, while γ8 was homogenously distributed along the neuron. Additionally, GCE and bioorthogonal labeling allowed visualization of clickable GABA-A receptors located at postsynaptic compartments in dissociated hippocampal neurons. Moreover, saturation experiments and FRET imaging of clickable multimeric receptors revealed successful binding of multiple tetrazine functionalized fluorophores to uAA-modified dimeric GABA-AR α2 subunits in close proximity (~5 nm). Further utilization of tetrazine-dyes via super-resolution microscopy methods such as dSTORM and click-ExM will provide insights to subunit arrangement in receptors in the future. This work investigated the nanoscale organization of synaptic proteins with minimal linkage error enabling new insights into receptor assembly, trafficking and recycling, as well as protein-protein interactions at synapses. Ultimately, bioorthogonal labeling can help to understand pathologies such as the limbic encephalitis associated with GABA-AR autoantibodies and is already in application for cancer therapies. N2 - Der synaptische Spalt ist von zentraler Bedeutung für die synaptische Reizweiterleitung, neuronale Plastizität und Gedächtnis und dadurch neurobiologisch sehr gut charakterisiert. Um Zielproteine mit hoher Spezifität und einem guten Signal-zu-Rauschen Verhältnis zu adressieren, wird konventionell auf Immunhistochemie mittels Fluoreszenzfarbstoff-markierter Antikörper zurückgegriffen. Untersuchungen synaptischer Rezeptoren bleiben dabei jedoch aufgrund der limitierten Zugänglichkeit des synaptischen Spalts mit einem Abstand von ~20 nm zwischen gegenüberliegenden pre- und postsynaptischen Membranen herausfordernd. Speziell in einem räumlich begrenzten Umfeld können bei der Verwendung von Antikörpern unerwünschte Artefakte auftreten, die durch Kreuzverlinkung, eine verminderte Zugänglichkeit und einen erheblichen Markierungsabstand zwischen Fluorophor und Probe von ~10 nm entstehen. Aktuelle Verfahren der Einzelmolekül-Lokalisations-Mikroskopie (SMLM), die eine Lokalisationsgenauigkeit von wenigen Nanometern ermöglichen, erhöhen die Nachfrage an Markierungsstrategien mit minimalem Markierungsabstand und zuverlässiger Erkennung der Zielstruktur. Im Rahmen dieser Arbeit wurden daher verschiedene Markierungsmethoden für die hochauflösende Fluoreszenz-Mikroskopie erprobt. Dies ermöglichte die ortsspezifische Markierung einer einzigen Aminosäure in synaptischen Proteinen wie Kainat-Rezeptoren (KARs), Transmembran-α-Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazol-Propionsäure-Rezeptor regulierenden Proteinen (TARPs), γ-Aminobuttersäure-Typ-A-Rezeptoren (GABA-ARs) oder Neuroligin 2 (NL2). Die angewandte Methodik nutzt den Einbau von unnatürlichen Aminosäuren (uAAs) in das Zielprotein mittels Erweiterung des genetischen Codes (GCE) durch Unterdrückung des Amber-Stop-Codons. Durch Anwendung dieser Strategie gelang es, schwer adressierbare Proteine wie KARs, TARPs und GABA-ARs, welche zuvor mittels konventioneller Markierungsversuche nur unzureichend abgebildet werden konnten, erfolgreich zu markieren. Funktionelle Studien wie elektrophysiologische Charakterisierungen, aber auch FRAP und FRET Experimente zeigten, dass dabei der native Zustand der Zielproteine auch nach dem Einbau von uAAs erhalten bleibt. Schließlich wurde die Methode in primäre hippocampale Neuronen überführt und in Kombination mit hochauflösender Mikroskopie konnte die Organisation von γ2 und γ8 TARPs im Nanobereich aufgelöst werden. Eine Cluster-Analyse von dSTORM Lokalisationsdaten bestätigte die Anreicherung von γ2 in Synapsen, während γ8 homogen entlang des Neurons verteilt vorliegt. Die Erweiterung des genetischen Codes in Kombination mit bioorthogonaler Markierung erlaubte zusätzlich die Visualisierung von clickbaren GABA-A Rezeptoren in Postsynapsen von dissoziierten hippocampalen Neuronen. Außerdem zeigten Saturierungs-Experimente und FRET-Bildgebung die erfolgreiche Bindung von mehreren Tetrazin-gekoppelten Fluorophoren an uAA-modifizierten, dimerischen GABA-AR α2-Untereinheiten in geringem Abstand (~5 nm). Auf der Basis dieser Resultate werden zukünftig hochauflösende mikroskopische Verfahren, wie dSTORM und click-ExM, in Kombination mit Tetrazin-Farbstoffen die Visualisierung von multimerischen Rezeptoren ermöglichen. Im Rahmen dieser Arbeit konnte die Organisation von synaptischen Proteinen mit minimalem Markierungsabstand im Nanobereich untersucht werden und dadurch neue Einsichten in Rezeptor-Zusammenbau, -Bewegungen und -Wiederverwertung, aber auch Protein-Protein Interaktionen in Synapsen gewonnen werden. Die Weiterentwicklung bioorthogonaler Markierungsstrategien kann in Zukunft dazu beitragen Krankheiten, wie die Limbische Enzephalitis, welche mit GABA-AR Autoantikörpern in Verbindung steht, besser zu verstehen und findet zudem bereits heute Anwendung in Krebstherapien. KW - microscopy KW - bioorthogonal labeling KW - super-resolution fluorescence microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-243731 ER - TY - THES A1 - Bötzl, Fabian Alexander T1 - The influence of crop management and adjacent agri-environmental scheme type on natural pest control in differently structured landscapes T1 - Der Effekt von Feldkultur und angrenzenden Agrarumweltmaßnahmen auf natürliche Schädlingskontrolle in unterschiedlich strukturierten Landschaften N2 - Summary Chapters I & II: General Introduction & General Methods Agriculture is confronted with a rampant loss of biodiversity potentially eroding ecosystem service potentials and adding up to other stressors like climate change or the consequences of land-use change and intensive management. To counter this ‘biodiversity crisis’, agri-environment schemes (AES) have been introduced as part of ecological intensification efforts. These AES combine special management regimes with the establishment of tailored habitats to create refuges for biodiversity in agricultural landscapes and thus ensure biodiversity mediated ecosystem services such as pest control. However, little is known about how well different AES habitats fulfil this purpose and whether they benefit ecosystem services in adjacent crop fields. Here I investigated how effective different AES habitats are for restoring biodiversity in different agricultural landscapes (Chapter V) and whether they benefit natural pest control in adjacent oilseed rape (Chapter VI) and winter cereal fields (Chapter VII). I recorded biodiversity and pest control potentials using a variety of different methods (Chapters II, V, VI & VII). Moreover, I validated the methodology I used to assess predator assemblages and predation rates (Chapters III & IV). Chapter III: How to record ground dwelling predators? Testing methodology is critical as it ensures scientific standards and trustworthy results. Pitfall traps are widely used to record ground dwelling predators, but little is known about how different trap types affect catches. I compared different types of pitfall traps that had been used in previous studies in respect to resulting carabid beetle assemblages. While barrier traps collected more species and deliver more complete species inventories, conventional simple pitfall traps provide reliable results with comparatively little handling effort. Placing several simple pitfall traps in the field can compensate the difference while still saving handling effort.   Chapter IV: How to record predation rates? A plethora of methods has been proposed and used for recording predation rates, but these have rarely been validated before use. I assessed whether a novel approach to record predation, the use of sentinel prey cards with glued on aphids, delivers realistic results. I compared different sampling efforts and showed that obtained predation rates were similar and could be linked to predator (carabid beetle) densities and body-sizes (a proxy often used for food intake rates). Thus, the method delivers reliable and meaningful predation rates. Chapter V: Do AES habitats benefit multi-taxa biodiversity? The main goal of AES is the conservation of biodiversity in agricultural landscapes. I investigated how effectively AES habitats with different temporal continuity fulfil this goal in differently structured landscapes. The different AES habitats investigated had variable effects on local biodiversity. Temporal continuity of AES habitats was the most important predictor with older, more temporally continuous habitats harbouring higher overall biodiversity and different species assemblages in most taxonomic groups than younger AES habitats. Results however varied among taxonomic groups and natural enemies were equally supported by younger habitats. Semi-natural habitats in the surrounding landscape and AES habitat size were of minor importance for local biodiversity and had limited effects. This stresses that newly established AES habitats alone cannot restore farmland biodiversity. Both AES habitats as well as more continuous semi-natural habitats synergistically increase overall biodiversity in agricultural landscapes. Chapter VI: The effects of AES habitats on predators in adjacent oilseed rape fields Apart from biodiversity conservation, ensuring ecosystem service delivery in agricultural landscapes is a crucial goal of AES. I therefore investigated the effects of adjacent AES habitats on ground dwelling predator assemblages in oilseed rape fields. I found clear distance decay effects from the field edges into the field centres on both richness and densities of ground dwelling predators. Direct effects of adjacent AES habitats on assemblages in oilseed rape fields however were limited and only visible in functional traits of carabid beetle assemblages. Adjacent AES habitats doubled the proportion of predatory carabid beetles indicating a beneficial role for pest control. My results show that pest control potentials are largest close to the field edges and beneficial effects are comparably short ranged. Chapter VII: The effects of AES habitats on pest control in adjacent cereal fields Whether distance functions and potential effects of AES habitats are universal across crops is unknown. Therefore, I assessed distance functions of predators, pests, predation rates and yields after crop rotation in winter cereals using the same study design as in the previous year. Resulting distance functions were not uniform and differed from those found in oilseed rape in the previous year, indicating that the interactions between certain adjacent habitats vary with habitat and crop types. Distance functions of cereal-leaf beetles (important cereal pests) and parasitoid wasps were moreover modulated by semi-natural habitat proportion in the surrounding landscapes. Field edges buffered assemblage changes in carabid beetle assemblages over crop rotation confirming their important function as refuges for natural enemies. My results emphasize the beneficial role of field edges for pest control potentials. These findings back the calls for smaller field sizes and more diverse, more heterogeneously structured agricultural landscapes. Chapter VIII: General Discussion Countering biodiversity loss and ensuring ecosystem service provision in agricultural landscapes is intricate and requires strategic planning and restructuring of these landscapes. I showed that agricultural landscapes could benefit maximally from (i) a mixture of AES habitats and semi-natural habitats to support high levels of overall biodiversity and from (ii) smaller continuously managed agricultural areas (i.e. smaller field sizes or the insertion of AES elements within large fields) to maximize natural pest control potentials in crop fields. I propose a mosaic of younger AES habitats and semi-natural habitats to support ecosystem service providers and increase edge density for ecosystem service spillover into adjacent crops. The optimal extent and density of this network as well as the location in which AES and semi-natural habitats interact most beneficially with adjacent crops need further investigation. My results provide a further step towards more sustainable agricultural landscapes that simultaneously allow biodiversity to persist and maintain agricultural production under the framework of ecological intensification. N2 - Zusammenfassung Kapitel I & II: Allgemeine Einleitung & Allgemeine Methodik Die Landwirtschaft sieht sich einem gravierenden Verlust an biologischer Vielfalt gegenüber, der möglicherweise Ökosystemdienstleistungen erodiert und zusätzlich zu anderen Stressoren wirkt, wie etwa dem globalen Klimawandel oder den Folgen veränderter Landnutzung und intensiven Managements. Um dieser ‚Biodiversitätskrise‘ entgegen zu wirken wurden im Rahmen der ökologischen Intensivierung Agrarumweltmaßnahmen (AES) eingeführt. Diese AES verbinden spezielle Managementregime mit der Schaffung designter Habitate, die als Refugien für Biodiversität in Agrarlandschaften deinen und dadurch Ökosystemdienstleistungen, die auf Biodiversität beruhen, wie natürliche Schädlingskontrolle, sicherstellen sollen. Wie gut verschiedene AES jedoch diese Ziele erfüllen und ob Ökosystemdienstleistungen in angrenzenden Feldern tatsächlich davon profitieren, ist weitgehend unbekannt. In meiner Doktorarbeit untersuche ich wie effektiv verschiedene AES Habitate darin sind, Biodiversität in unterschiedlichen Agrarlandschaften wieder her zu stellen (Kapitel V) und ob diese natürliche Schädlingskontrolle in angrenzenden Rapsfeldern (Kapitel VI) und Wintergetreidefeldern (Kapitel VII) von diesen Habitaten profitiert. Biodiversität und Potentiale natürlicher Schädlingskontrolle wurden mit diversen unterschiedlichen Methoden erfasst (Kapitel II, V, VI & VII). Zusätzlich habe ich Methoden, die ich zur Erfassung von Räubergesellschaften und Prädationsraten verwendet habe, validiert (Kapitel III & IV). Kapitel III: Wie erfasst man bodenaktive Räuber? Das Testen von Methoden ist essenziell, da es wissenschaftliche Standards und vertrauenswürdige Ergebnisse sicherstellt. Bodenfallen werden häufig verwendet, um bodenaktive Prädatoren zu erfassen, aber wie verschiedene Bodenfallentypen das Fangergebnis beeinflussen ist weitgehend unbekannt. Ich habe verschiedene, in früheren Studien verwendete, Bodenfallentypen hinsichtlich der resultierenden Laufkäfergesellschaften verglichen. Während Fallen mit Leitschienen die meisten Arten fingen und dadurch die vollständigsten Artenlisten ergaben, lieferten einfache Bodenfallen verlässliche Ergebnisse bei vergleichsweise geringem Aufwand. Das Platzieren einiger einfacher Bodenfallen kann bei immer noch geringerem Aufwand die Unterschiede kompensieren. Kapitel IV: Wie erfasst man Prädationsraten? Eine Fülle verschiedener Methoden zur Erfassung von Prädationsraten wurde vorgeschlagen und verwendet, jedoch wurden diese meist nicht validiert, bevor sie verwendet wurden. Ich habe getestet ob eine neuartige Methode zur Erfassung von Prädationsraten, die Verwendung von Prädationskarten mit aufgeklebten Blattläusen, realistische Resultate liefert. Dazu wurden verschiedene Karten mit unterschiedlichem Aufwand getestet. Die resultierenden Prädationsraten waren vergleichbar und durch Räuber- (Laufkäfer-) Dichten sowie deren mittlere Körpergröße (ein oft genutzter Indikator für Nahrungsaufnahmeraten) erklärt werden konnten. Daher liefert diese Methode verlässliche und sinnvolle Prädationsraten. Kapitel V: Profitiert multi-Taxa Biodiversität von AES? Das Hauptziel von AES ist der Erhalt der Biodiversität in Agrarlandschaften. Ich habe untersucht, wie effektiv AES Habitate mit verschiedener zeitlicher Kontinuität dieses Ziel in unterschiedlich strukturierten Landschaften erfüllen. Die verschiedenen AES Habitate hatten variierende Effekte auf die lokale Biodiversität. Zeitliche Kontinuität der AES Habitate war der wichtigste Einfluss da ältere, kontinuierlichere Habitate eine höhere Gesamtbiodiversität und in den meisten taxonomischen Gruppen andere Artengemeinschaften beherbergten als jüngere AES Habitate. Die Ergebnisse variierten jedoch zwischen den taxonomischen Gruppen und natürliche Feinde von Agrarschädlingen wurden auch durch jüngere AES Habitate gleichwertig unterstützt. Halbnatürliche Habitate in der Landschaft sowie die Größe des AES Habitats waren von geringerer Bedeutung für die lokale Biodiversität und hatten lediglich begrenzte Effekte. Diese Ergebnisse betonen, dass neu angelegte AES Habitate allein die Biodiversität in der Agrarlandschaft nicht wiederherstellen können. AES Habitate wirken synergistisch zusammen mit kontinuierlicheren halbnatürlichen Habitaten und sichern mit diesen ein Maximum an biologischer Vielfalt in Agrarlandschaften Kapitel VI: Die Effekte von AES Habitaten auf Räuber in angrenzenden Rapsfeldern Neben dem Erhalt der Artenvielfalt ist das Sicherstellen von Ökosystemdienstleistungen in Agrarlandschaften ein essenzielles Ziel von AES. Ich untersuchte daher die Effekte angrenzender AES Habitate auf bodenaktive Prädatoren in Rapsfeldern. Für die Artenvielfalt als auch für die Dichten von bodenaktiven Prädatoren zeigten sich klare Distanzfunktionen von den Feldrändern abnehmend zur Feldmitte. Direkte Effekte angrenzender AES auf die Räubergesellschaften in Rapsfeldern waren hingegen limitiert und nur auf der Ebene der funktionellen Merkmale von Laufkäfergesellschaften festzustellen. Angrenzende AES Habitate verdoppelten den Anteil räuberischer Laufkäfer in den Gesellschaften, was auf einen positiven Effekt auf natürliche Schädlingsbekämpfung schließen lässt. Meine Ergebnisse deuten darauf hin, dass Potentiale natürlicher Schädlingsbekämpfung nahe den Feldrändern am größten sind und nicht relativ weit ins Feld hinein reichen. Kapitel VII: Die Effekte von AES Habitaten auf natürliche Schädlingskontrolle in angrenzenden Getreidefeldern Es ist allerdings noch gänzlich unbekannt, ob Distanzfunktionen und potenzielle Effekte angrenzender AES Habitate universell auf andere Feldfrüchte übertragbar sind. Ich habe daher im gleichen Studiendesign wie im vorangegangenen Jahr Distanzfunktionen von natürlichen Feinden, Schädlingen, Prädationsraten und Erträgen nach dem Fruchtwechsel in Wintergetreide erfasst. Die gefundenen Distanzfunktionen waren verschieden und unterschieden sich von den im Vorjahr im Raps erfassten Distanzfunktionen, was darauf schließen lässt, dass die Interaktion zwischen verschiedenen Feldfrüchten und Nachbarhabitaten variieren. Distanzfunktionen von Getreidehähnchen (wichtigen Getreideschädlingen) und parasitoiden Wespen waren zusätzlich durch den Anteil halbnatürlicher Habitate in der Landschaft moduliert. Feldränder pufferten die Veränderungen in Laufkäfergesellschaften über den Fruchtwechsel ab, was deren wichtige Funktion als Refugialhabitate für natürliche Schädlingsbekämpfer verdeutlicht. Meine Ergebnisse betonen die Rolle von Feldrändern für die natürliche Schädlingsbekämpfung. Die Ergebnisse stärken die Forderung nach kleineren Feldgrößen und diverseren, heterogener strukturierten Agrarlandschaften. Kapitel VIII: Allgemeine Diskussion Der Kampf gegen den Verlust der biologischen Vielfalt und das Sicherstellen von Ökosystemdienstleistungen in Agrarlandschaften ist komplex und erfordert ein strategisches Planen und eine Transformation dieser Landschaften. Ich habe gezeigt, dass Agrarlandschaften von (i) einer Mischung aus AES Habitaten und halbnatürlichen Habitaten, die zusammen ein große Artenvielfalt unterstützen, und von (ii) einer geringeren kontinuierlich bewirtschafteten Agrarfläche (d.h. kleineren Feldgrößen oder dem Einfügen von AES Habitaten in bestehende große Felder) um natürliche Schädlingskontrolle zu maximieren, profitieren würden. Ich schlage vor ein Mosaik aus jüngeren AES Habitaten und halbnatürlichen Habitaten zu schaffen, um Ökosystemdienstleister zu unterstützen und das Netzwerk an Feldrändern zu vergrößern wodurch Ökosystemdienstleistungen in angrenzenden Feldkulturen maximiert werden könnten. Um die optimale Ausdehnung und Dichte dieses Netzwerks wie auch die optimale Platzierung, in der AES und halbnatürliche Habitate die größtmöglichen Effekte auf angrenzende Feldkulturen haben, zu klären, bedarf es weiterer Forschung. Meine Ergebnisse liefern einen weiteren Schritt hin zu nachhaltigeren Agrarlandschaften die im Rahmen der ökologischen Intensivierung gleichzeitig sowohl ein Fortbestehen der Biodiversität als auch landwirtschaftliche Produktion erlauben. KW - Ökologie KW - Ecology KW - Natural pest control KW - Biodiversity conservation KW - Ecosystem services KW - Carabid beetles Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-241400 ER - TY - THES A1 - Vellmer, Tim T1 - New insights into the histone variant H2A.Z incorporation pathway in \(Trypanosoma\) \(brucei\) T1 - Neue Erkenntnisse zum Einbau der Histonvariante H2A.Z in \(Trypanosoma\) \(brucei\) N2 - The histone variant H2A.Z is a key player in transcription regulation in eukaryotes. Histone acetylations by the NuA4/TIP60 complex are required to enable proper incorporation of the histone variant and to promote the recruitment of other complexes and proteins required for transcription initiation. The second key player in H2A.Z-mediated transcription is the chromatin remodelling complex SWR1, which replaces the canonical histone H2A with its variant. By the time this project started little was known about H2A.Z in the unicellular parasite Trypanosoma brucei. Like in other eukaryotes H2A.Z was exclusively found in the transcription start sites of the polycistronic transcription units where it keeps the chromatin in an open conformation to enable RNA-polymerase II-mediated transcription. Previous studies showed the variant colocalizing with an acetylation of lysine on histone H4 and a methylation of lysine 4 on histone H3. Data indicated that HAT2 is linked to H2A.Z since it is required for acetylation of lyinse 10 on histone H4. A SWR1-like complex and a complex homologous to the NuA4/TIP60 could not be identified yet. This study aimed at identifying a SWR1-like remodelling complex in T. brucei and at identifying a protein complex orthologous to NuA4/TIP60 as well as at answering the question whether HAT2 is part of this complex or not. To this end, I performed multiple mass spectrometry-coupled co-Immunoprecipitation assays with potential subunits of a SWR1 complex, HAT2 and a putative homolog of a NuA4/TIP60 subunit. In the course of these experiments, I was able to identify the TbSWR1 complex. Subsequent cell fractionation and chromatin immunoprecipitation-coupled sequencing analysis experiments confirmed, that this complex is responsible for the incorporation of the histone variant H2A.Z in T. brucei. In addition to this chromatin remodelling complex, I was also able to identify two histone acetyltransferase complexes assembled around HAT1 and HAT2. In the course of my study data were published by the research group of Nicolai Siegel that identified the histone acetyltransferase HAT2 as being responsible for histone H4 acetylation, in preparation to promote H2A.Z incorporation. The data also indicated that HAT1 is responsible for acetylation of H2A.Z. According to the literature, this acetylation is required for proper transcription initiation. Experimental data generated in this study indicated, that H2A.Z and therefore TbSWR1 is involved in the DNA double strand break response of T. brucei. The identification of the specific complex composition of all three complexes provided some hints about how they could interact with each other in the course of transcription regulation and the DNA double strand break response. A proximity labelling approach performed with one of the subunits of the TbSWR1 complex identified multiple transcription factors, PTM writers and proteins potentially involved in chromatin maintenance. Overall, this work will provide some interesting insights about the composition of the complexes involved in H2A.Z incorporation in T. brucei. Furthermore, it is providing valuable information to set up experiments that could shed some light on RNA-polymerase II-mediated transcription and chromatin remodelling in T. brucei in particular and Kinetoplastids in general. N2 - Die Histonvariante H2A.Z ist ein Schlüsselelement bei der Transkriptionsregulation in Eukaryoten. Histonacetylierungen die vom NuA4/Tip60 Komplex prozessiert werden, sind für den korrekten Einbau der Variante unerlässlich. Darüber hinaus erlauben diese posttranslationellen Modifikationen die Rekrutierung weiterer Proteine und Komplexe die für die Transkription notwendig sind. Ein weiteres Schlüsselelement der mittels H2A.Z regulierten Transkription ist der Komplex zur Umstrukturierung des Chromatins SWR1, welcher das kanonische Histon H2A gegen seine Variante austauscht. Zu Beginn dieses Projektes war der Wissenstand bezüglich der Histonvariante H2A.Z in dem einzelligen Parasiten Trypanosoma brucei limitiert. Wie in anderen eukaryotischen Organismen wurde die Variante ausschließlich an den Startpunkten der polyzistronischen Transkriptionseinheiten gefunden, an denen es für die Öffnung des Chromatins verantwortlich ist und so die Transkription mittels RNAPolymerase II ermöglicht. Vorangegangene Studien konnten zeigen, dass die Variante mit einer Acetylierung des Lysins 10 im Histon H4 und einer Methylierung des Lysins 4 im Histon H3 co-lokalisiert. Einige Daten lieferten den Hinwies, dass die Histon-Acetyltransferase HAT2 mit H2A.Z in Zusammenhang steht, da diese die Acetylierung des Lysins 10 im Hinston H4 prozessiert. Komplexe die in ihrer Funktion dem SWR1 oder dem NuA4/TIP60 Komplex entsprechen, konnten bisher noch nicht gefunden werden. Die vorliegende Arbeit zielt darauf ab Komplexe zu identifizieren, die in ihrer Funktion dem SWR1 sowie dem NuA4/TIP60 Komplex entsprechen. Zudem soll die Frage geklärt werden ob HAT2 Teil eines möglichen NuA4/TIP60 Komplexes ist. In diesem Zusammenhang habe ich mehrere Massenspektrometrie gekoppelte Co-Immunopräzipitationen mit potenziellen Untereinheiten eines SWR1 Komplexes sowie HAT2 und einem Protein welches otholog zu einer NuA4/TIP60 Untereinheit ist, durchgeführt. Im Verlauf dieser Experimente konnte der SWR1 Komplex in T. brucei (TbSWR1) identifiziert werden. Anschließende Zellfraktionierungen sowie Chromatin Immunopräzipitationen gekoppelte Sequenzanalysen konnten bestätigen, dass der identifizierte Komplex für den Einbau der Histonvariante H2A.Z zuständig ist. Darüber hinaus konnten neben diesem Komplex noch zwei weitere Komplexe identifiziert werden, die jeweils die Histonacetyltransferasen HAT1 und HAT2 als Kernkomponenten enthalten. Im Verlauf meiner Arbeit wurden von der Arbeitsgruppe von Nicolai Siegel Daten publiziert die zeigten, dass die Histonacetyltransferase HAT2, in Vorbereitung auf den Einbau von H2A.Z, für die Acetylierung des Histons H4 verantwortlich ist. Im Gegenzug ist HAT1 für die Acetylierung von H2A.Z notwendig, welche wiederum für die korrekte Initiation der Transkription benötigt wird. Damit entspricht die Funktion der Acetylierung von H2A.Z in T. brucei der in der Literatur beschriebenen Funktion. Experimentelle Daten die im Verlauf dieser Arbeit generiert wurden, lieferten einen Hinweis darauf, dass H2A.Z auch an der Reparatur von DNS Doppelstrangbrüchen beteiligt ist. Die Aufschlüsselung der spezifischen Zusammensetzung aller drei Komplexe gab einige Hinweise darauf, wie sie sowohl während der Transkriptionsregulation als auch der Reparatur von DNS Doppelstrangbrüchen miteinander interagieren. Im Zuge einer molekularen Umgebungskartierung, die mit einer der Untereinheiten des TbSWR1 Komplexes durchgeführt wurde, konnten mehrere Transkriptionsfaktoren und Enzyme zur Histonmodifizierung identifiziert werden. Dabei wurden auch einige Proteine identifiziert, welche möglicherweise mit der Umformung des Chromatins in Zusammenhang stehen. Abschließend ist festzuhalten, dass diese Arbeit einige äußerst interessante Einsichten über die Zusammensetzung der Komplexe, die am H2A.Z Einbau in T. brucei beteiligt sind, liefern konnte. Darüber hinaus stellt sie einige wertvolle Informationen zur Verfügung. Diese könnten zur gezielten Planung von Experimenten genutzt werden, um mehr über RNA-Polymerase II vermittelte Transkription und Chromatin Umstrukturierung in T. brucei im speziellen und in Kinetoplastiden im Allgemeinen zu erfahren. KW - Chromatinremodelling KW - Histone KW - Transkription KW - Chromatinremodeling KW - Histones KW - Variants KW - Complexes Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-257960 ER - TY - THES A1 - Lasway, Julius Vincent T1 - Impact of human land use on bee diversity and plant-pollinator interactions in Tanzania savannah ecosystems T1 - Auswirkungen der Landnutzung durch den Menschen auf die Bienendiversität und die Wechselwirkungen zwischen Pflanze und Bestäuber in den Savannenökosystemen Tansanias N2 - One of the pronounced global challenges facing ecologists is how to feed the current growing human population while sustaining biodiversity and ecosystem services. To shed light on this, I investigated the impact of human land use on bee diversity and plant-pollinator interactions in Tanzania Savannah ecosystems. The thesis comprises the following chapters: Chapter I: General Introduction This chapter provides the background information including the study objectives and hypotheses. It highlights the ecological importance of bees and the main threats facing bee pollinators with a focus on two land-use practices namely livestock grazing and agriculture. It also highlights the diversity and global distribution of bees. It further introduces the tropical savannah ecosystem, its climate, and vegetation characteristics and explains spectacular megafauna species of the system that form centers of wildlife tourism and inadequacy knowledge on pollinators diversity of the system. Finally, this chapter describes the study methodology including, the description of the study area, study design, and data collection. Chapter II: Positive effects of low livestock grazing intensity on East African bee assemblages mediated by increases in floral resources The impact of livestock grazing intensity on bee assemblage has been subjected to research over decades. Moreover, most of these studies have been conducted in temperate Europe and America leaving the huge tropical savannah of East Africa less studied. Using sweep netting and pan traps, a total of 183 species (from 2,691 individuals) representing 55 genera and five families were collected from 24 study sites representing three levels of livestock grazing intensity in savannah ecosystem of northern Tanzania. Results have shown that moderate livestock grazing slightly increased bee species richness. However, high livestock grazing intensity led to a strong decline. Besides, results revealed a unimodal distribution pattern of bee species richness and mean annual temperature. It was also found that the effect of livestock grazing and environmental temperature on bee species richness was mediated by a positive effect of moderate grazing on floral resource richness. The study, therefore, reveals that bee communities of the African savannah zone may benefit from low levels of livestock grazing as this favors the growth of flowering plant species. A high level of livestock grazing intensity will cause significant species losses, an effect that may increase with climatic warming. Chapter III: Agricultural intensification with seasonal fallow land promotes high bee diversity in Afrotropical drylands This study investigated the impact of local agriculture intensification on bee diversity in the Afro tropical drylands of northern Tanzania. Using sweep netting and pan traps, a total of 219 species (from 3,428 individuals) representing 58 genera and six families were collected from 24 study sites (distributed from 702 to 1708 m. asl) representing three levels of agriculture intensity spanning an extensive gradient of mean annual temperature. Results showed that bee species richness increased with agricultural intensity and with increasing temperature. However, the effects of agriculture intensity and temperature on bee species richness were mediated by the positive effects of agriculture and temperature on floral resource richness used by bee pollinators. Moreover, results showed that variation of bee body sizes increases with agricultural intensification, “that effect”, however, diminished in environments with higher temperatures. This study reveals that bee assemblages in Afrotropical drylands benefit from agriculture intensification in the way it is currently practiced. Further intensification, including year-round irrigated crop monocultures and extensive use of agrochemicals, is likely to exert a negative impact on bee diversity and pollination services, as reported in temperate regions. Moreover, several bee species were restricted to natural savannah habitats. Therefore, to conserve bee communities in Afro tropical drylands and guarantee pollination services, a mixture of savannah and agriculture, with long periods of fallow land should be maintained. Chapter IV: Impact of land use intensification and local features on plants and pollinators in Sub-Saharan smallholder farms For the first time in the region, this study explores the impact of land-use intensification on plants and pollinators in Sub-Saharan smallholder farms. The study complemented field surveys of bees with a modern DNA metabarcoding approach to characterize the foraged plants and thus built networks describing plant-pollinator interactions at the individual insect level. This information was coupled with quantitative traits of landscape composition and floral availability surrounding each farm. The study found that pollinator richness decreased with increasing impervious and agricultural cover in the landscape, whereas the flower density at each farm correlated with pollinator richness. The intensification of agricultural land use and urbanization correlated with a higher foraging niche overlap among pollinators due to the convergence of individuals' flower-visiting strategies. Furthermore, within farms, the higher availability of floral resources drove lower niche overlap among individuals, greater abundance of flower visitors shaped higher generalization at the networks level (H2I), possibly due to increased competition. These mechanistic understandings leading to individuals’ foraging niche overlap and generalism at the network level, could imply stability of interactions and the pollination ecosystem service. The integrative survey proved that plant-pollinator systems are largely affected by land use intensification and by local factors in smallholder farms of Sub-Saharan Africa. Thus, policies promoting nature-based solutions, among which the introduction of more pollinator-friendly practices by smallholder farmers, could be effective in mitigating the intensification of both urban and rural landscapes in this region, as well as in similar Sub-Saharan contexts. Chapter V: A synopsis of the Bee occurrence data of northern Tanzania This study represents a synopsis of the bee occurrence data of northern Tanzania obtained from a survey in the Kilimanjaro, Arusha, and Manyara regions. Bees were sampled using two standardized methods, sweep netting and colored pan traps. The study summed up 953 species occurrences of 45 species belonging to 20 genera and four families (Halictidae, Apidae, Megachilidae, and andrenidae) A. This study serves as the baseline information in understanding the diversity and distribution of bees in the northern parts of the country. Understanding the richness and distribution of bees is a critical step in devising robust conservation and monitoring strategies for their populations since limited taxonomic information of the existing and unidentified bee species makes their conservation haphazard. Chapter VI: General discussion In general, findings obtained in these studies suggest that livestock grazing and agriculture intensification affects bee assemblages and floral resources used by bee pollinators. Results have shown that moderate livestock grazing intensity may be important in preserving bee diversity. However, high level of livestock grazing intensity may result in a strong decline in bee species richness and abundance. Moreover, findings indicate that agriculture intensification with seasonal fallow lands supports high floral resource richness promoting high bee diversity in Afrotropical drylands. Nonetheless, natural savannahs were found to contain unique bee species. Therefore, agriculture intensification with seasonal fallow should go in hand with conserving remnant savannah in the landscapes to increase bee diversity and ensure pollination services. Likewise, findings suggest that increasing urbanization and agriculture cover at the landscape level reduce plant and pollinator biodiversity with negative impacts on their complex interactions with plants. Conversely, local scale availability of floral resources has shown the positive effects in buffering pollinators decline and mitigating all detrimental effects induced by land-use intensification. Moreover, findings suggest that the impact of human land use (livestock grazing and agriculture) do not act in isolation but synergistically interacts with climatic factors such as mean annual temperature, MAT. The impact of MAT on bee species richness in grazing gradient showed to be more detrimental than in agriculture habitats. This could probably be explained by the remaining vegetation cover following anthropogenic disturbance. Meaning that the remaining vegetation cover in the agricultural gradient probably absorbs the solar radiations hence reducing detrimental effect of mean annual temperature on bee species richness. This one is not the case in grazing gradient since the impact of livestock grazing is severe, leaving the bare land with no vegetation cover. Finally, our findings conclude that understanding the interplay of multiple anthropogenic activities and their interaction with MAT as a consequence of ongoing climate change is necessary for mitigating their potential consequences on bee assemblages and the provision of ecosystem services. Morever, future increases in livestock grazing and agriculture intensification (including year-round crop irrigated monocultures and excessive use of agrochemicals) may lead to undesirable consequences such as species loss and impair provision of pollination services. N2 - Eine der größten globalen Herausforderungen für Ökologen ist die Beantwortung der Frage, wie die wachsende menschliche Bevölkerung ernährt und gleichzeitig die biologische Vielfalt und die Ökosystemleistungen erhalten werden können. Um dies zu beleuchten, habe ich die Auswirkungen der menschlichen Landnutzung auf die Bienenvielfalt und die Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Bestäubern in den Ökosystemen der Tansania-Savanne untersucht. Die Arbeit umfasst die folgenden Kapitel: Kapitel I: Allgemeine Einführung Dieses Kapitel enthält die Hintergrundinformationen, einschließlich der Studienziele und Hypothesen. Es hebt die ökologische Bedeutung von Bienen und die Hauptbedrohungen für Bienenbestäuber hervor, wobei der Schwerpunkt auf zwei Landnutzungspraktiken liegt, nämlich Viehbeweidung und Landwirtschaft. Außerdem werden die Vielfalt und die globale Verbreitung der Bienen herausgearbeitet. Des Weiteren werden das Ökosystem der tropischen Savanne, sein Klima und seine Vegetationscharakteristika vorgestellt und die spektakulären Megafauna-Arten des Systems erläutert, die Zentren des Wildtiertourismus bilden, sowie die unzureichenden Kenntnisse über die Vielfalt der Bestäuber in diesem System. Schließlich wird in diesem Kapitel die Methodik der Studie beschrieben, einschließlich der Beschreibung des Untersuchungsgebiets, des Studiendesigns und der Datenerhebung. Kapitel II: Positive Auswirkungen einer geringen Beweidungsintensität auf ostafrikanische Bienengemeinschaften, vermittelt durch eine Zunahme der floralen Ressourcen Die Auswirkungen der Weideintensität auf die Bienenbestände sind seit Jahrzehnten Gegenstand von empirischen Untersuchungen. Die meisten dieser Studien wurden jedoch in den gemäßigten Breiten Europas und Amerikas durchgeführt, während die riesigen tropischen Savannen Ostafrikas weniger untersucht wurden. Mit Hilfe von Wurfnetzen und Schwenkfallen wurden insgesamt 183 Arten (von 2.691 Individuen) aus 55 Gattungen und fünf Familien an 24 Untersuchungsstandorten, die drei Stufen der Viehweideintensität im Savannen-Ökosystem im Norden Tansanias repräsentieren, gesammelt. Die Ergebnisse zeigen, dass eine mäßige Beweidung mit Weidevieh den Artenreichtum der Bienen leicht erhöht. Eine hohe Beweidungsintensität führte jedoch zu einem starken Rückgang. Außerdem zeigten die Ergebnisse ein unimodales Verteilungsmuster des Bienenartenreichtums und der mittleren Jahrestemperatur. Es wurde auch festgestellt, dass die Auswirkungen von Viehbeweidung und Umwelttemperatur auf den Bienenartenreichtum durch eine positive Auswirkung von mäßiger Beweidung auf den Reichtum an floralen Ressourcen vermittelt wurden. Die Studie zeigt daher, dass Bienengemeinschaften in der afrikanischen Savanne von einer geringen Beweidung durch Vieh profitieren können, da dies das Wachstum blühender Pflanzenarten fördert. Eine hohe Beweidungsintensität führt zu erheblichen Artenverlusten, die sich infolge der Klimaerwärmung noch verstärken können. Kapitel III: Intensivierung der Landwirtschaft mit saisonalem Brachland fördert hohe Bienenvielfalt in afrotropischen Trockengebieten In dieser Studie wurden die Auswirkungen der Intensivierung der lokalen Landwirtschaft auf die Bienenvielfalt in den afrotropischen Trockengebieten im Norden Tansanias untersucht. An 24 Untersuchungsstandorten (zwischen 702 und 1.708 m ü.N.N.), die drei Intensitätsstufen der Landwirtschaft repräsentieren und einen weiten Gradienten der Jahresmitteltemperatur abdecken, wurden 219 Arten (von 3.428 Individuen) gesammelt, die 58 Gattungen und sechs Familien repräsentieren. Die Ergebnisse zeigten, dass der Artenreichtum der Bienen mit der Intensität der Landwirtschaft und mit steigender Temperatur zunahm. Die Auswirkungen der Intensität der Landwirtschaft und der Temperatur auf den Artenreichtum der Bienen wurden jedoch durch die positiven Auswirkungen der Landwirtschaft und der Temperatur auf den Reichtum der von den Bienenbestäubern genutzten Blütenressourcen vermittelt. Außerdem zeigten die Ergebnisse, dass die Variation der Körpergröße der Bienen mit der Intensivierung der Landwirtschaft zunimmt, diese jedoch in Umgebungen mit höheren Temperaturen abnimmt. Diese Studie zeigt, dass die Bienengemeinschaften in afrotropischen Trockengebieten von der Intensivierung der Landwirtschaft, wie sie derzeit praktiziert wird, profitieren. Eine weitere Intensivierung, einschließlich ganzjährig bewässerter Monokulturen und intensiver Einsatz von Agrochemikalien, wird sich wahrscheinlich negativ auf die Bienenvielfalt und die Bestäubungsleistung auswirken, wie dies auch in den gemäßigten Regionen beobachtet wurde. Außerdem war das Vorkommen einiger Bienenarten auf natürliche Savannenlebensräume beschränkt. Um die Bienengemeinschaften in afrotropischen Trockengebieten zu erhalten und die Bestäubungsleistungen zu gewährleisten, sollte daher eine Mischung aus Savanne und Landwirtschaft mit Langzeitig-Brachflächen beibehalten werden. Kapitel IV: Auswirkungen der Intensivierung der Landnutzung und lokaler Gegebenheiten auf Pflanzen und Bestäuber in kleinbäuerlichen Betrieben südlich der Sahara In dieser Studie werden zum ersten Mal in der Region die Auswirkungen der Intensivierung der Landnutzung auf Pflanzen und Bestäuber in kleinbäuerlichen Betrieben südlich der Sahara untersucht. Hierbei wurden Felduntersuchungen von Bienen um einen modernen DNA-Metabarcoding-Ansatz ergänzt, um die beflogenen Pflanzen zu charakterisieren und so Netzwerke aufzudecken, die die Interaktionen zwischen Pflanzen und Bestäubern auf der Ebene einzelner Insekten beschreiben. Diese Informationen wurden mit quantitativen Merkmalen der Landschaftszusammensetzung und der Blütenverfügbarkeit in der Umgebung der einzelnen landwirtschaftlichen Betriebe verknüpft. Die Studie ergab, dass der Reichtum an Bestäubern mit zunehmendem Landschaftsanteil an undurchlässiger und landwirtschaftlicher Fläche abnahm, während die Blütendichte mit dem Reichtum an Bestäubern korrelierte. Die Intensivierung der landwirtschaftlichen Nutzung und die Urbanisierung korrelierten mit einer stärkeren Überlappung der Nischen für die Nahrungssuche von Bestäubern, was auf die Konvergenz der Strategien der Individuen bei der Suche nach Blüten zurückzuführen ist. Darüber hinaus führte innerhalb der landwirtschaftlichen Betriebe die höhere Verfügbarkeit von Blütenressourcen zu einer geringeren Nischenüberschneidung zwischen den Individuen, während eine größere Anzahl von Blütenbesuchern zu einer stärkeren Generalisierung auf der Ebene der Netzwerke führte (H2I), was möglicherweise auf einen erhöhten Wettbewerb zurückzuführen ist. Diese mechanistischen Erkenntnisse, die zur Überlappung der Nischen der Individuen bei der Nahrungssuche und zum Generalismus auf der Netzwerkebene führen, könnten die Stabilität der Interaktionen und der Ökosystemdienstleistung Bestäubung implizieren. Die integrative Untersuchung hat gezeigt, dass die Bestäubersysteme in den kleinbäuerlichen Betrieben Afrikas südlich der Sahara weitgehend von der Intensivierung der Landnutzung und von lokalen Faktoren beeinflusst werden. Daher könnten politische Maßnahmen zur Förderung naturbasierter Lösungen, zu denen auch die Einführung bestäuberfreundlicher Praktiken durch Kleinbauern gehört, die Intensivierung sowohl städtischer als auch ländlicher Landschaften in dieser Region wie auch in ähnlichen Kontexten südlich der Sahara wirksam abmildern. Kapitel V: Ein Überblick über die Daten zum Bienenvorkommen im Norden Tansanias Diese Studie gibt einen Überblick über die Daten zum Bienenvorkommen im Norden Tansanias, die im Rahmen einer Erhebung in den Regionen Kilimanjaro, Arusha und Manyara gewonnen wurden. Die Bienen wurden mit zwei standardisierten Methoden erfasst: mit Keschern und Farbschalen. Im Rahmen der Studie wurden 953 Individuen aus 45 Arten aus 20 Gattungen und vier Familien (Halictidae, Apidae, Megachilidae und Andrenidae) nachgewiesen. Diese Studie dient als Grundlage für das Verständnis der Vielfalt und Verbreitung von Bienen in den nördlichen Teilen des Landes. Das Verständnis des Reichtums und der Verbreitung von Bienen ist ein entscheidender Schritt bei der Entwicklung robuster Erhaltungs- und Überwachungsstrategien für deren Populationen, da die begrenzten taxonomischen Informationen über die vorhandenen und nicht identifizierten Bienenarten deren Erhaltung ungewiss erscheinen lassen. Kapitel VI: Allgemeine Diskussion Im Allgemeinen deuten die Ergebnisse dieser Studien darauf hin, dass die Beweidung mit Vieh und die Intensivierung der Landwirtschaft Auswirkungen auf die Bienenbestände und die von Bienenbestäubern genutzten Blütenressourcen haben. Die Ergebnisse haben gezeigt, dass eine mäßige Beweidungsintensität für die Erhaltung der Bienenvielfalt von Bedeutung sein kann. Eine hohe Beweidungsintensität kann jedoch zu einem starken Rückgang des Artenreichtums und der Abundanz von Bienen führen. Außerdem deuten die Ergebnisse darauf hin, dass die Intensivierung der Landwirtschaft mit saisonalem Brachland einen hohen Reichtum an floralen Ressourcen aufweist, der eine hohe Bienenvielfalt in afrotropischen Trockengebieten fördert. Nichtsdestotrotz zeigte sich, dass natürliche Savannen eine einzigartige Artenzusammensetzung aufweisen. Daher sollte die Intensivierung der Landwirtschaft mit saisonalem Brachland mit der Erhaltung von Savannenresten in den Landschaften einhergehen, um die Bienenvielfalt zu erhöhen und die Bestäubungsleistung sicherzustellen. Ebenso deuten die Ergebnisse darauf hin, dass die zunehmende Urbanisierung und landwirtschaftliche Nutzung auf Landschaftsebene die biologische Vielfalt von Pflanzen und Bestäubern verringert, was sich negativ auf ihre komplexen Interaktionen mit Pflanzen auswirkt. Umgekehrt hat sich die Verfügbarkeit von Blütenressourcen auf lokaler Ebene als positiv erwiesen, da sie den Rückgang der Bestäuber abpuffert und alle durch die Intensivierung der Flächennutzung verursachten negativen Auswirkungen abmildert. Darüber hinaus deuten die Ergebnisse darauf hin, dass die Auswirkungen der menschlichen Landnutzung (Viehbeweidung und Landwirtschaft) nicht isoliert wirken, sondern synergetisch mit Klimafaktoren wie der mittleren Jahrestemperatur (MAT) zusammenwirken. Die Auswirkung von MAT auf den Artenreichtum der Bienen in Weidegebieten erwies sich als nachteiliger als in landwirtschaftlich genutzten Lebensräumen. Dies könnte wahrscheinlich durch die verbleibende Vegetationsdeckung nach einer anthropogenen Störung erklärt werden. Das bedeutet, dass die verbleibende Vegetationsdeckung im landwirtschaftlichen Gradienten wahrscheinlich die Sonneneinstrahlung absorbiert und damit die nachteiligen Auswirkungen der mittleren Jahrestemperatur auf den Artenreichtum der Bienen verringert. Dies ist im Weidegradienten nicht der Fall, da die Auswirkungen der Beweidung durch das Weidevieh schwerwiegend sind und kahles Land ohne nennenswerte Vegetationsbedeckung zurücklassen. Unsere Ergebnisse lassen den Schluss zu, dass ein Verständnis des Zusammenspiels verschiedener anthropogener Aktivitäten und ihrer Interaktion mit MAT als Folge des fortschreitenden Klimawandels notwendig ist, um die potenziellen Folgen für die Bienenbestände und die Bereitstellung von Ökosystemleistungen zu mildern. Darüber hinaus können die künftige Zunahme der Viehbeweidung und die Intensivierung der Landwirtschaft (einschließlich ganzjährig bewässerter Monokulturen und übermäßiger Einsatz von Agrochemikalien) zu unerwünschten Folgen wie dem Verlust von Arten und Bestäubungsleistungen führen. KW - Human land use KW - Plant-pollinator interactions KW - Tanzania KW - Savannah ecosystems KW - Livestock grazing KW - Agriculture intensification KW - Bee assemblages KW - Bee abundance KW - Bee species richness Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-257726 ER - TY - JOUR A1 - Bahena, Paulina A1 - Daftarian, Narsis A1 - Maroofian, Reza A1 - Linares, Paola A1 - Villalobos, Daniel A1 - Mirrahimi, Mehraban A1 - Rad, Aboulfazl A1 - Doll, Julia A1 - Hofrichter, Michaela A. H. A1 - Koparir, Asuman A1 - Röder, Tabea A1 - Han, Seungbin A1 - Sabbaghi, Hamideh A1 - Ahmadieh, Hamid A1 - Behboudi, Hassan A1 - Villanueva-Mendoza, Cristina A1 - Cortés-Gonzalez, Vianney A1 - Zamora-Ortiz, Rocio A1 - Kohl, Susanne A1 - Kuehlewein, Laura A1 - Darvish, Hossein A1 - Alehabib, Elham A1 - La Arenas-Sordo, Maria de Luz A1 - Suri, Fatemeh A1 - Vona, Barbara A1 - Haaf, Thomas T1 - Unraveling the genetic complexities of combined retinal dystrophy and hearing impairment JF - Human Genetics N2 - Usher syndrome, the most prevalent cause of combined hereditary vision and hearing impairment, is clinically and genetically heterogeneous. Moreover, several conditions with phenotypes overlapping Usher syndrome have been described. This makes the molecular diagnosis of hereditary deaf-blindness challenging. Here, we performed exome sequencing and analysis on 7 Mexican and 52 Iranian probands with combined retinal degeneration and hearing impairment (without intellectual disability). Clinical assessment involved ophthalmological examination and hearing loss questionnaire. Usher syndrome, most frequently due to biallelic variants in MYO7A (USH1B in 16 probands), USH2A (17 probands), and ADGRV1 (USH2C in 7 probands), was diagnosed in 44 of 59 (75%) unrelated probands. Almost half of the identified variants were novel. Nine of 59 (15%) probands displayed other genetic entities with dual sensory impairment, including Alström syndrome (3 patients), cone-rod dystrophy and hearing loss 1 (2 probands), and Heimler syndrome (1 patient). Unexpected findings included one proband each with Scheie syndrome, coenzyme Q10 deficiency, and pseudoxanthoma elasticum. In four probands, including three Usher cases, dual sensory impairment was either modified/aggravated or caused by variants in distinct genes associated with retinal degeneration and/or hearing loss. The overall diagnostic yield of whole exome analysis in our deaf-blind cohort was 92%. Two (3%) probands were partially solved and only 3 (5%) remained without any molecular diagnosis. In many cases, the molecular diagnosis is important to guide genetic counseling, to support prognostic outcomes and decisions with currently available and evolving treatment modalities. KW - Usher syndrome KW - hearing impairment KW - combined retinal dystrophy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267750 SN - 1432-1203 VL - 141 IS - 3-4 ER - TY - JOUR A1 - Lichter, Katharina A1 - Paul, Mila Marie A1 - Pauli, Martin A1 - Schoch, Susanne A1 - Kollmannsberger, Philip A1 - Stigloher, Christian A1 - Heckmann, Manfred A1 - Sirén, Anna-Leena T1 - Ultrastructural analysis of wild-type and RIM1α knockout active zones in a large cortical synapse JF - Cell Reports N2 - Rab3A-interacting molecule (RIM) is crucial for fast Ca\(^{2+}\)-triggered synaptic vesicle (SV) release in presynaptic active zones (AZs). We investigated hippocampal giant mossy fiber bouton (MFB) AZ architecture in 3D using electron tomography of rapid cryo-immobilized acute brain slices in RIM1α\(^{−/−}\) and wild-type mice. In RIM1α\(^{−/−}\), AZs are larger with increased synaptic cleft widths and a 3-fold reduced number of tightly docked SVs (0–2 nm). The distance of tightly docked SVs to the AZ center is increased from 110 to 195 nm, and the width of their electron-dense material between outer SV membrane and AZ membrane is reduced. Furthermore, the SV pool in RIM1α\(^{−/−}\) is more heterogeneous. Thus, RIM1α, besides its role in tight SV docking, is crucial for synaptic architecture and vesicle pool organization in MFBs. KW - active zone KW - acute brain slices KW - CA3 KW - electron tomography KW - high-pressure freezing KW - hippocampal mossy fiber bouton KW - RIM1α KW - SV pool KW - synaptic ultrastructure KW - presynaptic Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-300913 VL - 40 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Jeanclos, Elisabeth A1 - Schlötzer, Jan A1 - Hadamek, Kerstin A1 - Yuan-Chen, Natalia A1 - Alwahsh, Mohammad A1 - Hollmann, Robert A1 - Fratz, Stefanie A1 - Yesilyurt-Gerhards, Dilan A1 - Frankenbach, Tina A1 - Engelmann, Daria A1 - Keller, Angelika A1 - Kaestner, Alexandra A1 - Schmitz, Werner A1 - Neuenschwander, Martin A1 - Hergenröder, Roland A1 - Sotriffer, Christoph A1 - von Kries, Jens Peter A1 - Schindelin, Hermann A1 - Gohla, Antje T1 - Glycolytic flux control by drugging phosphoglycolate phosphatase JF - Nature Communications N2 - Targeting the intrinsic metabolism of immune or tumor cells is a therapeutic strategy in autoimmunity, chronic inflammation or cancer. Metabolite repair enzymes may represent an alternative target class for selective metabolic inhibition, but pharmacological tools to test this concept are needed. Here, we demonstrate that phosphoglycolate phosphatase (PGP), a prototypical metabolite repair enzyme in glycolysis, is a pharmacologically actionable target. Using a combination of small molecule screening, protein crystallography, molecular dynamics simulations and NMR metabolomics, we discover and analyze a compound (CP1) that inhibits PGP with high selectivity and submicromolar potency. CP1 locks the phosphatase in a catalytically inactive conformation, dampens glycolytic flux, and phenocopies effects of cellular PGP-deficiency. This study provides key insights into effective and precise PGP targeting, at the same time validating an allosteric approach to control glycolysis that could advance discoveries of innovative therapeutic candidates. KW - phosphoglycolate phosphatase KW - glycolytic flux control KW - intrinsic metabolism Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-300928 VL - 13 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Kaya-Zeeb, Sinan A1 - Engelmayer, Lorenz A1 - Straßburger, Mara A1 - Bayer, Jasmin A1 - Bähre, Heike A1 - Seifert, Roland A1 - Scherf-Clavel, Oliver A1 - Thamm, Markus T1 - Octopamine drives honeybee thermogenesis JF - eLife N2 - In times of environmental change species have two options to survive: they either relocate to a new habitat or they adapt to the altered environment. Adaptation requires physiological plasticity and provides a selection benefit. In this regard, the Western honeybee (Apis mellifera) protrudes with its thermoregulatory capabilities, which enables a nearly worldwide distribution. Especially in the cold, shivering thermogenesis enables foraging as well as proper brood development and thus survival. In this study, we present octopamine signaling as a neurochemical prerequisite for honeybee thermogenesis: we were able to induce hypothermia by depleting octopamine in the flight muscles. Additionally, we could restore the ability to increase body temperature by administering octopamine. Thus, we conclude that octopamine signaling in the flight muscles is necessary for thermogenesis. Moreover, we show that these effects are mediated by β octopamine receptors. The significance of our results is highlighted by the fact the respective receptor genes underlie enormous selective pressure due to adaptation to cold climates. Finally, octopamine signaling in the service of thermogenesis might be a key strategy to survive in a changing environment. KW - honeybee KW - octopamine KW - thermogenesis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-301327 VL - 11 ER - TY - JOUR A1 - Reinhard, Nils A1 - Bertolini, Enrico A1 - Saito, Aika A1 - Sekiguchi, Manabu A1 - Yoshii, Taishi A1 - Rieger, Dirk A1 - Helfrich‐Förster, Charlotte T1 - The lateral posterior clock neurons of Drosophila melanogaster express three neuropeptides and have multiple connections within the circadian clock network and beyond JF - Journal of Comparative Neurology N2 - Drosophila’s lateral posterior neurons (LPNs) belong to a small group of circadian clock neurons that is so far not characterized in detail. Thanks to a new highly specific split‐Gal4 line, here we describe LPNs’ morphology in fine detail, their synaptic connections, daily bimodal expression of neuropeptides, and propose a putative role of this cluster in controlling daily activity and sleep patterns. We found that the three LPNs are heterogeneous. Two of the neurons with similar morphology arborize in the superior medial and lateral protocerebrum and most likely promote sleep. One unique, possibly wakefulness‐promoting, neuron with wider arborizations extends from the superior lateral protocerebrum toward the anterior optic tubercle. Both LPN types exhibit manifold connections with the other circadian clock neurons, especially with those that control the flies’ morning and evening activity (M‐ and E‐neurons, respectively). In addition, they form synaptic connections with neurons of the mushroom bodies, the fan‐shaped body, and with many additional still unidentified neurons. We found that both LPN types rhythmically express three neuropeptides, Allostatin A, Allostatin C, and Diuretic Hormone 31 with maxima in the morning and the evening. The three LPN neuropeptides may, furthermore, signal to the insect hormonal center in the pars intercerebralis and contribute to rhythmic modulation of metabolism, feeding, and reproduction. We discuss our findings in the light of anatomical details gained by the recently published hemibrain of a single female fly on the electron microscopic level and of previous functional studies concerning the LPN. KW - activity KW - circadian clock neurons KW - insect brain KW - neuropeptides KW - sleep KW - trans‐Tango Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276456 VL - 530 IS - 9 SP - 1507 EP - 1529 ER - TY - JOUR A1 - Lasway, Julius V. A1 - Peters, Marcell K. A1 - Njovu, Henry K. A1 - Eardley, Connal A1 - Pauly, Alain A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf T1 - Agricultural intensification with seasonal fallow land promotes high bee diversity in Afrotropical drylands JF - Journal of Applied Ecology N2 - The exponential increase in the human population in tandem with increased food demand has caused agriculture to be the global‐dominant form of land use. Afrotropical drylands are currently facing the loss of natural savannah habitats and agricultural intensification with largely unknown consequences for bees. Here we investigate the effects of agricultural intensification on bee assemblages in the Afrotropical drylands of northern Tanzania. We disentangled the direct effects of agricultural intensification and temperature on bee richness from indirect effects mediated by changes in floral resources. We collected data from 24 study sites representing three levels of management intensity (natural savannah, moderate intensive and highly intensive agriculture) spanning an extensive gradient of mean annual temperature (MAT) in northern Tanzania. We used ordinary linear models and path analysis to test the effects of agricultural intensity and MAT on bee species richness, bee species composition and body‐size variation of bee communities. We found that bee species richness increased with agricultural intensity and with increasing temperature. The effects of agricultural intensity and temperature on bee species richness were mediated by the positive effects of agriculture and temperature on the richness of floral resources used by bees. During the off‐growing season, agricultural land was characterized by an extensive period of fallow land holding a very high density of flowering plants with unique bee species composition. The increase in bee diversity in agricultural habitats paralleled an increasing variation of bee body sizes with agricultural intensification that, however, diminished in environments with higher temperatures. Synthesis and applications. Our study reveals that bee assemblages in Afrotropical drylands benefit from agricultural intensification in the way it is currently practiced. However, further land‐use intensification, including year‐round irrigated crop monocultures and excessive use of agrochemicals, is likely to exert a negative impact on bee diversity and pollination services, as reported in temperate regions. Moreover, several bee species were restricted to natural savannah habitats. To conserve bee communities and guarantee pollination services in the region, a mixture of savannah and agriculture, with long periods of fallow land should be maintained. KW - bee abundance KW - bee body size KW - bee species richness KW - forage resources KW - inter‐tegular distance KW - mean annual temperature KW - northern Tanzania KW - species community composition Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-311877 VL - 59 IS - 12 SP - 3014 EP - 3026 ER - TY - JOUR A1 - Sponsler, Douglas B. A1 - Requier, Fabrice A1 - Kallnik, Katharina A1 - Classen, Alice A1 - Maihoff, Fabienne A1 - Sieger, Johanna A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf T1 - Contrasting patterns of richness, abundance, and turnover in mountain bumble bees and their floral hosts JF - Ecology N2 - Environmental gradients generate and maintain biodiversity on Earth. Mountain slopes are among the most pronounced terrestrial environmental gradients, and the elevational structure of species and their interactions can provide unique insight into the processes that govern community assembly and function in mountain ecosystems. We recorded bumble bee–flower interactions over 3 years along a 1400‐m elevational gradient in the German Alps. Using nonlinear modeling techniques, we analyzed elevational patterns at the levels of abundance, species richness, species β‐diversity, and interaction β‐diversity. Though floral richness exhibited a midelevation peak, bumble bee richness increased with elevation before leveling off at the highest sites, demonstrating the exceptional adaptation of these bees to cold temperatures and short growing seasons. In terms of abundance, though, bumble bees exhibited divergent species‐level responses to elevation, with a clear separation between species preferring low versus high elevations. Overall interaction β‐diversity was mainly caused by strong turnover in the floral community, which exhibited a well‐defined threshold of β‐diversity rate at the tree line ecotone. Interaction β‐diversity increased sharply at the upper extreme of the elevation gradient (1800–2000 m), an interval over which we also saw steep decline in floral richness and abundance. Turnover of bumble bees along the elevation gradient was modest, with the highest rate of β‐diversity occurring over the interval from low‐ to mid‐elevation sites. The contrast between the relative robustness bumble bee communities and sensitivity of plant communities to the elevational gradient in our study suggests that the strongest effects of climate change on mountain bumble bees may be indirect effects mediated by the responses of their floral hosts, though bumble bee species that specialize in high‐elevation habitats may also experience significant direct effects of warming. KW - alpine plants KW - climate KW - elevation gradient KW - mountain ecology KW - pollination network Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-287199 VL - 103 IS - 7 ER - TY - JOUR A1 - Gebert, Friederike A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf A1 - Kronbach, Patrick A1 - Peters, Marcell K. T1 - The role of diversity, body size and climate in dung removal: A correlative and experimental approach JF - Journal of Animal Ecology N2 - The mechanisms by which climatic changes influence ecosystem functions, that is, by a direct climatic control of ecosystem processes or by modifying richness and trait compositions of species communities, remain unresolved. This study is a contribution to this discourse by elucidating the linkages between climate, land use, biodiversity, body size and ecosystem functions. We disentangled direct climatic from biodiversity‐mediated effects by using dung removal by dung beetles as a model system and by combining correlative field data and exclosure experiments along an extensive elevational gradient on Mt. Kilimanjaro, Tanzania. Dung removal declined with increasing elevation, being associated with a strong reduction in the richness and body size traits of dung beetle communities. Climate influenced dung removal rates by modifying biodiversity rather than by direct effects. The biodiversity–ecosystem effect was driven by a change in the mean body size of dung beetles. Dung removal rates were strongly reduced when large dung beetles were experimentally excluded. This study underscores that climate influences ecosystem functions mainly by modifying biodiversity and underpins the important role of body size for dung removal. KW - altitudinal gradients KW - biodiversity–ecosystem functioning relationship KW - body size KW - diversity gradients KW - ecosystem services KW - land use KW - Scarabaeidae KW - temperature Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-293907 VL - 91 IS - 11 SP - 2181 EP - 2191 ER - TY - JOUR A1 - Kortmann, Mareike A1 - Roth, Nicolas A1 - Buse, Jörn A1 - Hilszczański, Jacek A1 - Jaworski, Tomasz A1 - Morinière, Jérôme A1 - Seidl, Rupert A1 - Thorn, Simon A1 - Müller, Jörg C. T1 - Arthropod dark taxa provide new insights into diversity responses to bark beetle infestations JF - Ecological Applications N2 - Natural disturbances are increasing around the globe, also impacting protected areas. Although previous studies have indicated that natural disturbances result in mainly positive effects on biodiversity, these analyses mostly focused on a few well established taxonomic groups, and thus uncertainty remains regarding the comprehensive impact of natural disturbances on biodiversity. Using Malaise traps and meta‐barcoding, we studied a broad range of arthropod taxa, including dark and cryptic taxa, along a gradient of bark beetle disturbance severities in five European national parks. We identified order‐level community thresholds of disturbance severity and classified barcode index numbers (BINs; a cluster system for DNA sequences, where each cluster corresponds to a species) as negative or positive disturbance indicators. Negative indicator BINs decreased above thresholds of low to medium disturbance severity (20%–30% of trees killed), whereas positive indicator BINs benefited from high disturbance severity (76%–98%). BINs allocated to a species name contained nearly as many positive as negative disturbance indicators, but dark and cryptic taxa, particularly Diptera and Hymenoptera in our data, contained higher numbers of negative disturbance indicator BINs. Analyses of changes in the richness of BINs showed variable responses of arthropods to disturbance severity at lower taxonomic levels, whereas no significant signal was detected at the order level due to the compensatory responses of the underlying taxa. We conclude that the analyses of dark taxa can offer new insights into biodiversity responses to disturbances. Our results suggest considerable potential for forest management to foster arthropod diversity, for example by maintaining both closed‐canopy forests (>70% cover) and open forests (<30% cover) on the landscape. KW - arthropods KW - biodiversity KW - conservation KW - metabarcoding KW - national park KW - natural disturbance KW - threshold indicator taxa analysis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276392 VL - 32 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Uhler, Johannes A1 - Haase, Peter A1 - Hoffmann, Lara A1 - Hothorn, Torsten A1 - Schmidl, Jürgen A1 - Stoll, Stefan A1 - Welti, Ellen A. R. A1 - Buse, Jörn A1 - Müller, Jörg T1 - A comparison of different Malaise trap types JF - Insect Conservation and Diversity N2 - Recent reports on insect decline have highlighted the need for long‐term data on insect communities towards identifying their trends and drivers. With the launch of many new insect monitoring schemes to investigate insect communities over large spatial and temporal scales, Malaise traps have become one of the most important tools due to the broad spectrum of species collected and reduced capture bias through passive sampling of insects day and night. However, Malaise traps can vary in size, shape, and colour, and it is unknown how these differences affect biomass, species richness, and composition of trap catch, making it difficult to compare results between studies. We compared five Malaise trap types (three variations of the Townes and two variations of the Bartak Malaise trap) to determine their effects on biomass and species richness as identified by metabarcoding. Insect biomass varied by 20%–55%, not strictly following trap size but varying with trap type. Total species richness was 20%–38% higher in the three Townes trap models compared to the Bartak traps. Bartak traps captured lower richness of highly mobile taxa but increased richness of ground‐dwelling taxa. The white roofed Townes trap captured a higher richness of pollinators. We find that biomass, total richness, and taxa group specific richness are all sensitive to Malaise trap type. Trap type should be carefully considered and aligned to match monitoring and research questions. Additionally, our estimates of trap type effects can be used to adjust results to facilitate comparisons across studies. KW - Bartak KW - biodiversity KW - insect communities KW - insect monitoring KW - Malaise trap KW - Townes KW - trap selectivity Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-293694 VL - 15 IS - 6 SP - 666 EP - 672 ER - TY - JOUR A1 - Kohl, Patrick L. A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf T1 - Nectar robbing rather than pollinator availability constrains reproduction of a bee‐flowered plant at high elevations JF - Ecosphere N2 - Abiotic factors are generally assumed to determine whether species can exist at the extreme ends of environmental gradients, for example, at high elevations, whereas the role of biotic interactions is less clear. On temperate mountains, insect‐pollinated plant species with bilaterally symmetrical flowers exhibit a parallel elevational decline in species richness and abundance with bees. This suggests that the lack of mutualistic interaction partners sets the elevational range limits of plants via a reduction in reproductive success. We used the bee‐pollinated mountain plant Clinopodium alpinum (Lamiaceae), which blooms along a continuous 1000‐m elevational gradient and has bilaterally symmetrical flowers, as a model to test the predicted parallel elevational decline in flower visitation and seed production. Although the community of flower visitors changed with elevation, the flower visitation rate by the most frequent visitors, bumble bees (33.8% of legitimate visits), and the overall rate of flower visitation by potential pollinators did not vary significantly with elevation. However, we discovered that nectar robbing by bumble bees and nectar theft by ants, two interactions with potentially negative effects on flowers, sharply increased with elevation. Seed set depended on pollinators across elevations and followed a weak hump‐shaped pattern, peaking at mid‐elevations and decreasing by about 20% toward both elevational range edges. Considering the mid‐ and high elevations, elevational variation in seed production could not be explained by legitimate bee visitation rates but was inversely correlated with the frequency of nectar robbing. Our observations challenge the hypothesis that a decrease in the availability of pollinators limits seed production of bee‐flowered plants at high elevations but suggest that an increase in negative interactions (nectar robbing and larceny) constrains reproductive success. KW - altitudinal gradients KW - bee pollination KW - chalcidoid wasps KW - climatic gradients KW - elevational diversity patterns KW - floral larceny KW - fly pollination KW - mountain ecosystems KW - plant–pollinator interactions KW - range limits KW - zygomorphy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-287141 VL - 13 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Jones, Jeffrey J. A1 - Huang, Shouguang A1 - Hedrich, Rainer A1 - Geilfus, Christoph‐Martin A1 - Roelfsema, M. Rob G. T1 - The green light gap: a window of opportunity for optogenetic control of stomatal movement JF - New Phytologist N2 - Green plants are equipped with photoreceptors that are capable of sensing radiation in the ultraviolet‐to‐blue and the red‐to‐far‐red parts of the light spectrum. However, plant cells are not particularly sensitive to green light (GL), and light which lies within this part of the spectrum does not efficiently trigger the opening of stomatal pores. Here, we discuss the current knowledge of stomatal responses to light, which are either provoked via photosynthetically active radiation or by specific blue light (BL) signaling pathways. The limited impact of GL on stomatal movements provides a unique option to use this light quality to control optogenetic tools. Recently, several of these tools have been optimized for use in plant biological research, either to control gene expression, or to provoke ion fluxes. Initial studies with the BL‐activated potassium channel BLINK1 showed that this tool can speed up stomatal movements. Moreover, the GL‐sensitive anion channel GtACR1 can induce stomatal closure, even at conditions that provoke stomatal opening in wild‐type plants. Given that crop plants in controlled‐environment agriculture and horticulture are often cultivated with artificial light sources (i.e. a combination of blue and red light from light‐emitting diodes), GL signals can be used as a remote‐control signal that controls stomatal transpiration and water consumption. KW - anion channel KW - channelrhodopsin KW - Chl KW - guard cell KW - ion channel KW - light‐gated KW - membrane potential KW - phototropin Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-293724 VL - 236 IS - 4 SP - 1237 EP - 1244 ER - TY - JOUR A1 - Wech, Tobias A1 - Ankenbrand, Markus Johannes A1 - Bley, Thorsten Alexander A1 - Heidenreich, Julius Frederik T1 - A data-driven semantic segmentation model for direct cardiac functional analysis based on undersampled radial MR cine series JF - Magnetic Resonance in Medicine N2 - Purpose Image acquisition and subsequent manual analysis of cardiac cine MRI is time-consuming. The purpose of this study was to train and evaluate a 3D artificial neural network for semantic segmentation of radially undersampled cardiac MRI to accelerate both scan time and postprocessing. Methods A database of Cartesian short-axis MR images of the heart (148,500 images, 484 examinations) was assembled from an openly accessible database and radial undersampling was simulated. A 3D U-Net architecture was pretrained for segmentation of undersampled spatiotemporal cine MRI. Transfer learning was then performed using samples from a second database, comprising 108 non-Cartesian radial cine series of the midventricular myocardium to optimize the performance for authentic data. The performance was evaluated for different levels of undersampling by the Dice similarity coefficient (DSC) with respect to reference labels, as well as by deriving ventricular volumes and myocardial masses. Results Without transfer learning, the pretrained model performed moderately on true radial data [maximum number of projections tested, P = 196; DSC = 0.87 (left ventricle), DSC = 0.76 (myocardium), and DSC =0.64 (right ventricle)]. After transfer learning with authentic data, the predictions achieved human level even for high undersampling rates (P = 33, DSC = 0.95, 0.87, and 0.93) without significant difference compared with segmentations derived from fully sampled data. Conclusion A 3D U-Net architecture can be used for semantic segmentation of radially undersampled cine acquisitions, achieving a performance comparable with human experts in fully sampled data. This approach can jointly accelerate time-consuming cine image acquisition and cumbersome manual image analysis. KW - undersampling KW - cardiovascular magnetic resonance (CMR) KW - deep learning KW - radial KW - semantic segmentation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-257616 VL - 87 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Fleischmann, Pauline N. A1 - Grob, Robin A1 - Rössler, Wolfgang T1 - Magnetosensation during re-learning walks in desert ants (Cataglyphis nodus) JF - Journal of Comparative Physiology A N2 - At the beginning of their foraging careers, Cataglyphis desert ants calibrate their compass systems and learn the visual panorama surrounding the nest entrance. For that, they perform well-structured initial learning walks. During rotational body movements (pirouettes), naïve ants (novices) gaze back to the nest entrance to memorize their way back to the nest. To align their gaze directions, they rely on the geomagnetic field as a compass cue. In contrast, experienced ants (foragers) use celestial compass cues for path integration during food search. If the panorama at the nest entrance is changed, foragers perform re-learning walks prior to heading out on new foraging excursions. Here, we show that initial learning walks and re-learning walks are structurally different. During re-learning walks, foragers circle around the nest entrance before leaving the nest area to search for food. During pirouettes, they do not gaze back to the nest entrance. In addition, foragers do not use the magnetic field as a compass cue to align their gaze directions during re-learning walk pirouettes. Nevertheless, magnetic alterations during re-learning walks under manipulated panoramic conditions induce changes in nest-directed views indicating that foragers are still magnetosensitive in a cue conflict situation. KW - path integration KW - landmark panorama KW - learning and memory KW - magnetic compass KW - navigation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266556 SN - 1432-1351 VL - 208 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Schilcher, Felix A1 - Hilsmann, Lioba A1 - Ankenbrand, Markus J. A1 - Krischke, Markus A1 - Mueller, Martin J. A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Scheiner, Ricarda T1 - Honeybees are buffered against undernourishment during larval stages JF - Frontiers in Insect Science N2 - The negative impact of juvenile undernourishment on adult behavior has been well reported for vertebrates, but relatively little is known about invertebrates. In honeybees, nutrition has long been known to affect task performance and timing of behavioral transitions. Whether and how a dietary restriction during larval development affects the task performance of adult honeybees is largely unknown. We raised honeybees in-vitro, varying the amount of a standardized diet (150 µl, 160 µl, 180 µl in total). Emerging adults were marked and inserted into established colonies. Behavioral performance of nurse bees and foragers was investigated and physiological factors known to be involved in the regulation of social organization were quantified. Surprisingly, adult honeybees raised under different feeding regimes did not differ in any of the behaviors observed. No differences were observed in physiological parameters apart from weight. Honeybees were lighter when undernourished (150 µl), while they were heavier under the overfed treatment (180 µl) compared to the control group raised under a normal diet (160 µl). These data suggest that dietary restrictions during larval development do not affect task performance or physiology in this social insect despite producing clear effects on adult weight. We speculate that possible effects of larval undernourishment might be compensated during the early period of adult life. KW - nutrition KW - juvenile hormone KW - nurse bees KW - foragers KW - triglycerides KW - undernourishment KW - task allocation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-304646 SN - 2673-8600 VL - 2 ER - TY - JOUR A1 - Pietro-Garcia, Christian A1 - Hartmann, Oliver A1 - Reissland, Michaela A1 - Fischer, Thomas A1 - Maier, Carina R. A1 - Rosenfeldt, Mathias A1 - Schülein-Völk, Christina A1 - Klann, Kevin A1 - Kalb, Reinhard A1 - Dikic, Ivan A1 - Münch, Christian A1 - Diefenbacher, Markus E. T1 - Inhibition of USP28 overcomes Cisplatin-resistance of squamous tumors by suppression of the Fanconi anemia pathway JF - Cell Death and Differentiation N2 - Squamous cell carcinomas (SCC) frequently have an exceptionally high mutational burden. As consequence, they rapidly develop resistance to platinum-based chemotherapy and overall survival is limited. Novel therapeutic strategies are therefore urgently required. SCC express ∆Np63, which regulates the Fanconi Anemia (FA) DNA-damage response in cancer cells, thereby contributing to chemotherapy-resistance. Here we report that the deubiquitylase USP28 is recruited to sites of DNA damage in cisplatin-treated cells. ATR phosphorylates USP28 and increases its enzymatic activity. This phosphorylation event is required to positively regulate the DNA damage repair in SCC by stabilizing ∆Np63. Knock-down or inhibition of USP28 by a specific inhibitor weakens the ability of SCC to cope with DNA damage during platin-based chemotherapy. Hence, our study presents a novel mechanism by which ∆Np63 expressing SCC can be targeted to overcome chemotherapy resistance. Limited treatment options and low response rates to chemotherapy are particularly common in patients with squamous cancer. The SCC specific transcription factor ∆Np63 enhances the expression of Fanconi Anemia genes, thereby contributing to recombinational DNA repair and Cisplatin resistance. Targeting the USP28-∆Np63 axis in SCC tones down this DNA damage response pathways, thereby sensitizing SCC cells to cisplatin treatment. KW - USP28 KW - Cisplatin KW - squamous tumors Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-273014 SN - 1476-5403 VL - 29 IS - 3 ER - TY - THES A1 - Vogel, Cassandra Ezra T1 - The effects of land-use and agroecological practices on biodiversity and ecosystem services in tropical smallholder farms T1 - Die Effekte von Landnutzung und Agroökologie auf Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen in der tropischen Subsistenzlandwirtschaft N2 - Biodiversity is in rapid decline worldwide. These declines are more pronounced in areas that are currently biodiversity rich, but economically poor – essentially describing many tropical regions in the Global South where landscapes are dominated by smallholder agriculture. Agriculture is an important driver of biodiversity decline, through habitat destruction and unsustainable practices. Ironically, agriculture itself is dependent on a range of ecosystem services, such as pollination and pest control, provided by biodiversity. Biodiversity on fields and the delivery of ecosystem services to crops is often closely tied to the composition of the surrounding landscape – complex landscapes with a higher proportion of (semi-)natural habitats tend to support a high abundances and biodiversity of pollinators and natural enemies that are beneficial to crop production. However, past landscape scale studies have focused primarily on industrialized agricultural landscapes in the Global North, and context dependent differences between regions and agricultural systems are understudied. Smallholder agriculture supports 2 billion people worldwide and contributes to over half the world’s food supply. Yet smallholders, particularly in sub-Saharan Africa, are underrepresented in research investigating the consequences of landscape change and agricultural practices. Where research in smallholder agriculture is conducted, the focus is often on commodity crops, such as cacao, and less on crops that are directly consumed by smallholder households, though the loss of services to these crops could potentially impact the most vulnerable farmers the hardest. Agroecology – a holistic and nature-based approach to agriculture, provides an alternative to unsustainable input-intensive agriculture. Agroecology has been found to benefit smallholders through improved agronomical and food-security outcomes. Co-benefits of agroecological practices with biodiversity and ecosystem services are assumed, but not often empirically tested. In addition, the local and landscape effects on biodiversity and ecosystem services are more commonly studied in isolation, but their potentially interactive effects are so far little explored. Our study region in northern Malawi exemplifies many challenges experienced by smallholder farmers throughout sub-Saharan Africa and more generally in the Global South. Malawi is located in a global biodiversity hotspot, but biodiversity is threatened by rapid habitat loss and a push for input-intensive agriculture by government and other stakeholders. In contrast, agroecology has been effectively promoted and implemented in the study region. We investigated how land-use differences and the agroecological practices affects biodiversity and ecosystem services of multiple taxa in a maize-bean intercropping system (Chapter 2), and pollination of pumpkin (Chapter 3) and pigeon pea (Chapter 4). Additionally, the effects of local and landscape scale shrub- to farmland habitat conversion was investigated on butterfly communities, as well as the potential for agroecology to mitigate these effects (Chapter 5). N2 - Die globale Biodiversität nimmt rapide ab. Dieser Biodiversitätsverlust ist in Regionen die reich an Biodiversität aber wirtschaftlich arm sind besonders stark ausgeprägt, insbesondere in vielen tropischen Regionen, die durch Subsistenzlandwirtschaft geprägt sind. Durch die Zerstörung natürlicher Lebensräume und nicht nachhaltige Land Nutzung ist Landwirtschaft eine der Hauptursachen dieses Biodiversitätsrückgangs. Dabei ist gerade landwirtschaftliche Produktion abhängig von Biodiversität, da Biodiversität Ökosystemdienstleistungen wie Bestäubung und natürliche Schädlingskontrolle bereitstellt. Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen auf Feldern werden stark durch die umliegende Landschaft beeinflusst - komplexe Landschaften mit einen großen Anteil (halb-)natürlicher haben in der Regel höhere Abudanzen und eine größere Biodiversität von Bestäubern und natürlichen Feinden die vorteilhaft für die landwirtschaftliche Produktion sind. Forschung auf Landschaftebene hat bisher jedoch vorrangig auf die industrialisierte Landwirtschaft in z.B. Europa oder die USA fokussiert und kontextabhängige Unterschiede zwischen Regionen und landwirtschaftlichen Systemen sind nicht ausreichend studiert..Weltweit sind etwa 2 Milliarden Menschen von Subsistenzlandwirtschaft abhängig. Jedoch sind diese Kleinbauern, in der Forschung über die Konsequenzen von Landnutzung und landwirtschaftlichen Managements auf Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen unterrepräsentiert, insbesondere Kleinbauern aus Subsahara-Afrika. Die wenigen verfügbaren Studien legend den Fokus oft auf wirtschaftlich wichtige Kulturpflanzen, wie etwa Kakao, und selten auf Kulturpflanzen, die für Ernährungssicherheit der Kleinbauern wichtig sind, obwohl der Verlust der Ökosystemdienstleistungen diese möglicherweise am härtesten trifft. Agroökologie ist eine nachhaltigere Form des landwirtschaftlichen Managements als die konventionelle Landwirtschaft, und will den Einsatz von Agrochemie zu reduzieren und eine holistische Landwirtschaft fördern. Agroökologie steigert die Ernährungssicherheit von Kleinbauern, insbesondere wenn die Bauern viele verschiedene agroökologische Verfahren nutzen. Vorteile der Agroökologie für Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen werden oft vermutet, wurden bislang jedoch selten empirisch getestet. Zusätzlich wurden Effekte auf Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen vorrangig getrennt zwischen der lokalen und der Landschaftsebene betrachtet, was das Erkennen potentieller Interaktionen erschwert. Unsere Studienregion in Nord Malawi spiegelt die viele Herausforderungen der afrikanischen Zusammenfassung Subsistenzlandwirtschaft wider. Malawi liegt in einem Biodiversitäts-Hotspot, jedoch ist diese Biodiversität durch einen schnellen Rückgang natürlicher Lebensräume und durch die Intensivierung der Landwirtschaft stark gefährdet. Dem gegenüber stehen erfolgreicher Ausbau und Umsetzung von Agroökologie in der Region. Das gab mir die Möglichkeit, die Effekte von Landnutzung und Agroökologie auf Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen in Malawi zu untersuchen. Dafür habe ich in Mais und Bohnen in Einzel- und Mischkultur 7 taxonomische Gruppen die verschiedene Ökosystemdienstleistungen erbringen erfasst (Kapitel 2) sowie Bestäuber und Bestäubung auf Kürbis (Kapitel 3) und Straucherbsen studiert (Kapitel 4). Zusätzlich habe ich an Schmetterlingen die Effekte von Lebensraumverlust auf der lokalen und auf Landschaftsebene studiert, und untersucht, ob Agroökologie potenziell negative Effekte mindern kann (Kapitel 5). KW - biodiversity KW - ecosystem services KW - landscape ecology KW - smallholder agriculture KW - pollination KW - pest control KW - agroecology KW - tropical ecology Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-290661 ER - TY - JOUR A1 - Maihoff, Fabienne A1 - Bohlke, Kyte A1 - Brockmann, Axel A1 - Schmitt, Thomas T1 - Increased complexity of worker CHC profiles in Apis dorsata correlates with nesting ecology JF - PLoS ONE N2 - Cuticular hydrocarbons (CHC) are known to serve as discrimination cues and will trigger defence behaviour in a plethora of eusocial insects. However, little is known how about nestmate recognition ability selects for CHC diversification. In this study we investigate differences in CHC composition of four major honey bee species with respect to the differences in their nesting behavior. In contrast to A. mellifera, A. cerana and A. florea, the giant honey bee A. dorsata prefers to build their nests in aggregations with very small spatial distances between nests, which increases the probability of intrusions. Thus, A. dorsata exhibits a particularly challenging nesting behavior which we hypothesize should be accompanied with an improved nestmate recognition system. Comparative analyses of the worker CHC profiles indicate that A. dorsata workers exhibit a unique and more complex CHC profile than the other three honey bee species. This increased complexity is likely based on a developmental process that retains the capability to synthesize methyl-branched hydrocarbons as adults. Furthermore, two sets of behavioral experiments provide evidence that A. dorsata shows an improved nestmate discrimination ability compared to the phylogenetically ancestral A. florea, which is also open-nesting but does not form nest aggregations. The results of our study suggest that ecological traits like nesting in aggregation might be able to drive CHC profile diversification even in closely related insect species. KW - Apis dorsata KW - cuticular hydrocarbons KW - nesting Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-301353 VL - 17 IS - 7 ER - TY - JOUR A1 - Reinhard, Sebastian A1 - Helmerich, Dominic A. A1 - Boras, Dominik A1 - Sauer, Markus A1 - Kollmannsberger, Philip T1 - ReCSAI: recursive compressed sensing artificial intelligence for confocal lifetime localization microscopy JF - BMC Bioinformatics N2 - Background Localization-based super-resolution microscopy resolves macromolecular structures down to a few nanometers by computationally reconstructing fluorescent emitter coordinates from diffraction-limited spots. The most commonly used algorithms are based on fitting parametric models of the point spread function (PSF) to a measured photon distribution. These algorithms make assumptions about the symmetry of the PSF and thus, do not work well with irregular, non-linear PSFs that occur for example in confocal lifetime imaging, where a laser is scanned across the sample. An alternative method for reconstructing sparse emitter sets from noisy, diffraction-limited images is compressed sensing, but due to its high computational cost it has not yet been widely adopted. Deep neural network fitters have recently emerged as a new competitive method for localization microscopy. They can learn to fit arbitrary PSFs, but require extensive simulated training data and do not generalize well. A method to efficiently fit the irregular PSFs from confocal lifetime localization microscopy combining the advantages of deep learning and compressed sensing would greatly improve the acquisition speed and throughput of this method. Results Here we introduce ReCSAI, a compressed sensing neural network to reconstruct localizations for confocal dSTORM, together with a simulation tool to generate training data. We implemented and compared different artificial network architectures, aiming to combine the advantages of compressed sensing and deep learning. We found that a U-Net with a recursive structure inspired by iterative compressed sensing showed the best results on realistic simulated datasets with noise, as well as on real experimentally measured confocal lifetime scanning data. Adding a trainable wavelet denoising layer as prior step further improved the reconstruction quality. Conclusions Our deep learning approach can reach a similar reconstruction accuracy for confocal dSTORM as frame binning with traditional fitting without requiring the acquisition of multiple frames. In addition, our work offers generic insights on the reconstruction of sparse measurements from noisy experimental data by combining compressed sensing and deep learning. We provide the trained networks, the code for network training and inference as well as the simulation tool as python code and Jupyter notebooks for easy reproducibility. KW - compressed sensing KW - AI KW - SMLM KW - FLIMbee KW - dSTORM Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-299768 VL - 23 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Widder, Anna A1 - Kelm, Matthias A1 - Reibetanz, Joachim A1 - Wiegering, Armin A1 - Matthes, Niels A1 - Germer, Christoph-Thomas A1 - Seyfried, Florian A1 - Flemming, Sven T1 - Robotic-assisted versus laparoscopic left hemicolectomy — postoperative inflammation status, short-term outcome and cost effectiveness JF - International Journal of Environmental Research and Public Health N2 - Robotic-assisted colon surgery may contain advantages over the laparoscopic approach, but clear evidence is sparse. This study aimed to analyze postoperative inflammation status, short-term outcome and cost-effectiveness of robotic-assisted versus laparoscopic left hemicolectomy. All consecutive patients who received minimal-invasive left hemicolectomy at the Department of Surgery I at the University Hospital of Wuerzburg in 2021 were prospectively included. Importantly, no patient selection for either procedure was carried out. The robotic-assisted versus laparoscopic approaches were compared head to head for postoperative short-term outcomes as well as cost-effectiveness. A total of 61 patients were included, with 26 patients having received a robotic-assisted approach. Baseline characteristics did not differ among the groups. Patients receiving a robotic-assisted approach had a significantly decreased length of hospital stay as well as lower rates of complications in comparison to patients who received laparoscopic surgery (n = 35). In addition, C-reactive protein as a marker of systemic stress response was significantly reduced postoperatively in patients who were operated on in a robotic-assisted manner. Consequently, robotic-assisted surgery could be performed in a cost-effective manner. Thus, robotic-assisted left hemicolectomy represents a safe and cost-effective procedure and might improve patient outcomes in comparison to laparoscopic surgery. KW - robotic surgery KW - colon resection KW - postoperative inflammation KW - cost-effectiveness KW - left hemicolectomy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-286203 SN - 1660-4601 VL - 19 IS - 17 ER - TY - JOUR A1 - Dannhäuser, Sven A1 - Mrestani, Achmed A1 - Gundelach, Florian A1 - Pauli, Martin A1 - Komma, Fabian A1 - Kollmannsberger, Philip A1 - Sauer, Markus A1 - Heckmann, Manfred A1 - Paul, Mila M. T1 - Endogenous tagging of Unc-13 reveals nanoscale reorganization at active zones during presynaptic homeostatic potentiation JF - Frontiers in Cellular Neuroscience N2 - Introduction Neurotransmitter release at presynaptic active zones (AZs) requires concerted protein interactions within a dense 3D nano-hemisphere. Among the complex protein meshwork the (M)unc-13 family member Unc-13 of Drosophila melanogaster is essential for docking of synaptic vesicles and transmitter release. Methods We employ minos-mediated integration cassette (MiMIC)-based gene editing using GFSTF (EGFP-FlAsH-StrepII-TEV-3xFlag) to endogenously tag all annotated Drosophila Unc-13 isoforms enabling visualization of endogenous Unc-13 expression within the central and peripheral nervous system. Results and discussion Electrophysiological characterization using two-electrode voltage clamp (TEVC) reveals that evoked and spontaneous synaptic transmission remain unaffected in unc-13\(^{GFSTF}\) 3rd instar larvae and acute presynaptic homeostatic potentiation (PHP) can be induced at control levels. Furthermore, multi-color structured-illumination shows precise co-localization of Unc-13\(^{GFSTF}\), Bruchpilot, and GluRIIA-receptor subunits within the synaptic mesoscale. Localization microscopy in combination with HDBSCAN algorithms detect Unc-13\(^{GFSTF}\) subclusters that move toward the AZ center during PHP with unaltered Unc-13\(^{GFSTF}\) protein levels. KW - active zone KW - Unc-13 KW - MiMIC KW - presynaptic homeostasis KW - nanoarchitecture KW - localization microscopy KW - STORM KW - HDBSCAN Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-299440 SN - 1662-5102 VL - 16 ER - TY - JOUR A1 - Bazihizina, Nadia A1 - Böhm, Jennifer A1 - Messerer, Maxim A1 - Stigloher, Christian A1 - Müller, Heike M. A1 - Cuin, Tracey Ann A1 - Maierhofer, Tobias A1 - Cabot, Joan A1 - Mayer, Klaus F. X. A1 - Fella, Christian A1 - Huang, Shouguang A1 - Al‐Rasheid, Khaled A. S. A1 - Alquraishi, Saleh A1 - Breadmore, Michael A1 - Mancuso, Stefano A1 - Shabala, Sergey A1 - Ache, Peter A1 - Zhang, Heng A1 - Zhu, Jian‐Kang A1 - Hedrich, Rainer A1 - Scherzer, Sönke T1 - Stalk cell polar ion transport provide for bladder‐based salinity tolerance in Chenopodium quinoa JF - New Phytologist N2 - Chenopodium quinoa uses epidermal bladder cells (EBCs) to sequester excess salt. Each EBC complex consists of a leaf epidermal cell, a stalk cell, and the bladder. Under salt stress, sodium (Na\(^{+}\)), chloride (Cl\(^{−}\)), potassium (K\(^{+}\)) and various metabolites are shuttled from the leaf lamina to the bladders. Stalk cells operate as both a selectivity filter and a flux controller. In line with the nature of a transfer cell, advanced transmission electron tomography, electrophysiology, and fluorescent tracer flux studies revealed the stalk cell’s polar organization and bladder‐directed solute flow. RNA sequencing and cluster analysis revealed the gene expression profiles of the stalk cells. Among the stalk cell enriched genes, ion channels and carriers as well as sugar transporters were most pronounced. Based on their electrophysiological fingerprint and thermodynamic considerations, a model for stalk cell transcellular transport was derived. KW - halophyte KW - polar ion transport KW - quinoa KW - salt tolerance KW - stalk cell Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-287222 VL - 235 IS - 5 SP - 1822 EP - 1835 ER - TY - RPRT A1 - Müller, Jörg A1 - Scherer-Lorenzen, Michael A1 - Ammer, Christian A1 - Eisenhauer, Nico A1 - Seidel, Dominik A1 - Schuldt, Bernhard A1 - Biedermann, Peter A1 - Schmitt, Thomas A1 - Künzer, Claudia A1 - Wegmann, Martin A1 - Cesarz, Simone A1 - Peters, Marcell A1 - Feldhaar, Heike A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Claßen, Alice A1 - Bässler, Claus A1 - von Oheimb, Goddert A1 - Fichtner, Andreas A1 - Thorn, Simon A1 - Weisser, Wolfgang T1 - BETA-FOR: Erhöhung der strukturellen Diversität zwischen Waldbeständen zur Erhöhung der Multidiversität und Multifunktionalität in Produktionswäldern. Antragstext für die DFG Forschungsgruppe FOR 5375 T1 - BETA-FOR: Enhancing the structural diversity between patches for improving multidiversity and multifunctionality in production forests. Proposal for DFG Research Unit FOR 5375 BT - β\(_4\) : Proposal for the 1st phase (2022-2026) of the DFG Research Unit FOR 5375/1 (DFG Forschergruppe FOR 5375/1 – BETA-FOR), Fabrikschleichach, October 2021 N2 - Der in jüngster Zeit beobachtete kontinuierliche Verlust der β-Diversität in Ökosystemen deutet auf homogene Gemeinschaften auf Landschaftsebene hin, was hauptsächlich auf die steigende Landnutzungsintensität zurückgeführt wird. Biologische Vielfalt ist mit zahlreichen Funktionen und der Stabilität von Ökosystemen verknüpft. Es ist daher zu erwarten, dass eine abnehmende β-Diversität auch die Multifunktionalität verringert. Wir kombinieren hier Fachwissen aus der Forstwissenschaft, der Ökologie, der Fernerkundung, der chemischen Ökologie und der Statistik in einem gemeinschaftlichen und experimentellen β-Diversitätsdesign, um einerseits die Auswirkungen der Homogenisierung zu bewerten und andererseits Konzepte zu entwickeln, um negative Auswirkungen durch Homogenisierung in Wäldern rückgängig zu machen. Konkret werden wir uns mit der Frage beschäftigen, ob die Verbesserung der strukturellen β-Komplexität (ESBC) in Wäldern durch Waldbau oder natürliche Störungen die Biodiversität und Multifunktionalität in ehemals homogenen Produktionswäldern erhöhen kann. Unser Ansatz wird mögliche Mechanismen hinter den beobachteten Homogenisierungs-Diversitäts-Beziehungen identifizieren und zeigen, wie sich diese auf die Multifunktionalität auswirken. An elf Standorten in ganz Deutschland haben wir dazu zwei Waldbestände als zwei kleine "Waldlandschaften" ausgewählt. In einem dieser beiden Bestände haben wir ESBC (Enhancement of Structural Beta Complexity)-Behandlungen durchgeführt. Im zweiten, dem Kontrollbestand, werden wir die gleich Anzahl 50x50m Parzellen ohne ESBC einrichten. Auf allen Parzellen werden wir 18 taxonomische Artengruppen aller trophischer Ebenen und 21 Ökosystemfunktionen, einschließlich der wichtigsten Funktionen in Wäldern der gemäßigten Zonen, messen. Der statistische Rahmen wird eine umfassende Analyse der Biodiversität ermöglichen, indem verschiedenen Aspekte (taxonomische, funktionelle und phylogenetische Vielfalt) auf verschiedenen Skalenebenen (α-, β-, γ-Diversität) quantifiziert werden. Um die Gesamtdiversität zu kombinieren, werden wir das Konzept der Multidiversität auf die 18 Taxa anwenden. Wir werden neue Ansätze zur Quantifizierung und Aufteilung der Multifunktionalität auf α- und β-Skalen verwenden und entwickeln. Durch die experimentelle Beschreibung des Zusammenhangs zwischen β-Diversität und Multifunktionalität in einer Reallandschaft wird unsere Forschung einen neuen Weg einschlagen. Darüber hinaus werden wir dazu beitragen, verbesserte Leitlinien für waldbauliche Konzepte und für das Management natürlicher Störungen zu entwickeln, um Homogenisierungseffekte der Vergangenheit umzukehren. N2 - The recently observed consistent loss of β-diversity across ecosystems indicates increasingly homogeneous communities in patches of landscapes, mainly caused by increasing land-use intensity. Biodiversity is related to numerous ecosystem functions and stability. Therefore, decreasing β-diversity is also expected to reduce multifunctionality. To assess the impact of homogenization and to develop guidelines to reverse its potentially negative effects, we combine expertise from forest science, ecology, remote sensing, chemical ecology and statistics in a collaborative and experimental β-diversity approach. Specifically, we will address the question whether the Enhancement of Structural Beta Complexity (ESBC) in forests by silviculture or natural disturbances will increase biodiversity and multifunctionality in formerly homogeneously structured production forests. Our approach will identify potential mechanisms behind observed homogenization-diversity-relationships and show how these translate into effects on multifunctionality. At eleven forest sites throughout Germany, we selected two districts as two types of small ‘forest landscapes’. In one of these two districts, we established ESBC treatments (nine differently treated 50x50 m patches with a focus on canopy cover and deadwood features). In the second, the control district, we will establish nine patches without ESBC. By a comprehensive sampling, we will monitor 18 taxonomic groups and measure 21 ecosystem functions, including key functions in temperate forests, on all patches. The statistical framework will allow a comprehensive biodiversity assessment by quantifying the different aspects of multitrophic biodiversity (taxonomical, functional and phylogenetic diversity) on different levels of biodiversity (α-, β-, γ-diversity). To combine overall diversity, we will apply the concept of multidiversity across the 18 taxa. We will use and develop new approaches for quantification and partitioning of multifunctionality at α- and β- scales. Overall, our study will herald a new research avenue, namely by experimentally describing the link between β-diversity and multifunctionality. Furthermore, we will help to develop guidelines for improved silvicultural concepts and concepts for management of natural disturbances in temperate forests reversing past homogenization effects. KW - Waldökosystem KW - Biodiversität KW - BETA-Multifunktionalität KW - beta-multifunctionality KW - BETA-Diversität KW - beta diversity KW - Forschungsstation Fabrikschleichach Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-290849 ER - TY - JOUR A1 - Diers, Johannes A1 - Baum, Philip A1 - Lehmann, Kai A1 - Uttinger, Konstatin A1 - Baumann, Nikolas A1 - Pietryga, Sebastian A1 - Hankir, Mohammed A1 - Matthes, Niels A1 - Lock, Johann F. A1 - Germer, Christoph-Thomas A1 - Wiegering, Armin T1 - Disproportionately high failure to rescue rates after resection for colorectal cancer in the geriatric patient population - A nationwide study JF - Cancer Medicine N2 - Background Colorectal cancer incidence increases with patient age. The aim of this study was to assess, at the nationwide level, in-hospital mortality, and failure to rescue in geriatric patients (≥ 80 years old) with colorectal cancer arising from postoperative complications. Methods All patients receiving surgery for colorectal cancer in Germany between 2012 and 2018 were identified in a nationwide database. Association between age and in-hospital mortality following surgery and failure to rescue, defined as death after complication, were determined in univariate and multivariate analyses. Results Three lakh twenty-eight thousands two hundred and ninety patients with colorectal cancer were included of whom 77,287 were 80 years or older. With increasing age, a significant relative increase in right hemicolectomy was observed. In general, these patients had more comorbid conditions and higher frailty. In-hospital mortality following colorectal cancer surgery was 4.9% but geriatric patients displayed a significantly higher postoperative in-hospital mortality of 10.6%. The overall postoperative complication rate as well as failure to rescue increased with age. In contrast, surgical site infection (SSI) and anastomotic leakage (AL) did not increase in geriatric patients, whereas the associated mortality increased disproportionately (13.3% for SSI and 29.9% mortality for patients with AI, both p < 0.001). Logistic regression analysis adjusting for confounders showed that geriatric patients had almost five-times higher odds for death after surgery than the baseline age group below 60 (OR 4.86; 95%CI [4.45–5.53], p < 0.001). Conclusion Geriatric patients have higher mortality after colorectal cancer surgery. This may be partly due to higher frailty and disproportionately higher rates of failure to rescue arising from postoperative complications. KW - colorectal cancer KW - geriatric KW - octogenerians KW - surgery Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-312858 VL - 11 IS - 22 ER - TY - JOUR A1 - Uttinger, Konstantin L. A1 - Riedmeier, Maria A1 - Reibetanz, Joachim A1 - Meyer, Thomas A1 - Germer, Christoph Thomas A1 - Fassnacht, Martin A1 - Wiegering, Armin A1 - Wiegering, Verena T1 - Adrenalectomies in children and adolescents in Germany – a diagnose related groups based analysis from 2009-2017 JF - Frontiers in Endocrinology N2 - Background Adrenalectomies are rare procedures especially in childhood. So far, no large cohort study on this topic has been published with data on to age distribution, operative procedures, hospital volume and operative outcome. Methods This is a retrospective analysis of anonymized nationwide hospital billing data (DRG data, 2009-2017). All adrenal surgeries (defined by OPS codes) of patients between the age 0 and 21 years in Germany were included. Results A total of 523 patient records were identified. The mean age was 8.6 ± 7.7 years and 262 patients were female (50.1%). The majority of patients were between 0 and 5 years old (52% overall), while 11.1% were between 6 and 11 and 38.8% older than 12 years. The most common diagnoses were malignant neoplasms of the adrenal gland (56%, mostly neuroblastoma) with the majority being younger than 5 years. Benign neoplasms in the adrenal gland (D350) account for 29% of all cases with the majority of affected patients being 12 years or older. 15% were not defined regarding tumor behavior. Overall complication rate was 27% with a clear higher complication rate in resection for malignant neoplasia of the adrenal gland. Bleeding occurrence and transfusions are the main complications, followed by the necessary of relaparotomy. There was an uneven patient distribution between hospital tertiles (low volume, medium and high volume tertile). While 164 patients received surgery in 85 different “low volume” hospitals (0.2 cases per hospital per year), 205 patients received surgery in 8 different “high volume” hospitals (2.8 cases per hospital per year; p<0.001). Patients in high volume centers were significant younger, had more extended resections and more often malignant neoplasia. In multivariable analysis younger age, extended resections and open procedures were independent predictors for occurrence of postoperative complications. Conclusion Overall complication rate of adrenalectomies in the pediatric population in Germany is low, demonstrating good therapeutic quality. Our analysis revealed a very uneven distribution of patient volume among hospitals. KW - pediatric KW - neuroblastoma – diagnosis KW - therapy KW - adrenocortical adenocarcinoma KW - outcome KW - volume KW - adrenalectomia Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-282280 SN - 1664-2392 VL - 13 ER - TY - JOUR A1 - Diers, Johannes A1 - Acar, Laura A1 - Wagner, Johanna C. A1 - Baum, Philip A1 - Hankir, Mohammed A1 - Flemming, Sven A1 - Kastner, Carolin A1 - Germer, Christoph-Thomas A1 - L’hoest, Helmut A1 - Marschall, Ursula A1 - Lock, Johan Friso A1 - Wiegering, Armin T1 - Cancer diagnosis is one quarter lower than the expected cancer incidence in the first year of COVID-19 pandemic in Germany: A retrospective register-based cohort study JF - Cancer Communications N2 - No abstract available. KW - cancer diagnosis KW - COVID-19 pandemic KW - Germany Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-312862 VL - 42 IS - 7 ER - TY - THES A1 - Fricke, Ute T1 - Herbivory, predation and pest control in the context of climate and land use T1 - Herbivorie, Prädation und Schädlingskontrolle im Kontext von Klima und Landnutzung N2 - Chapter 1 – General introduction Anthropogenic land-use and climate change are the major drivers of the global biodiversity loss. Yet, biodiversity is essential for human well-being, as we depend on the availability of potable water, sufficient food and further benefits obtained from nature. Each species makes a somewhat unique contribution to these ecosystem services. Furthermore, species tolerate environmental stressors, such as climate change, differently. Thus, biodiversity is both the "engine" and the "insurance" for human well-being in a changing climate. Here, I investigate the effects of temperature and land use on herbivory (Chapter 2), predation (Chapter 3) and pest control (Chapter 4), and at the same time identify features of habitats (e.g. plant richness, proximity to different habitat types) and landscapes (e.g. landscape diversity, proportion of oilseed rape area) as potential management targets in an adaptation strategy to climate change. Finally, I discuss the similarities and differences between factors influencing herbivory, predation and pest control, while placing the observations in the context of climate change as a multifaceted phenomenon, and highlighting starting points for sustainable insect pest management (Chapter 5). Chapter 2 – Plant richness, land use and temperature differently shape invertebrate leaf-chewing herbivory on major plant functional groups Invertebrate herbivores are temperature-sensitive. Rising temperatures increase their metabolic rates and thus their demand for carbon-rich relative to protein-rich resources, which can lead to changes in the diets of generalist herbivores. Here, we quantified leaf-area loss to chewing invertebrates among three plant functional groups (legumes, non-leguminous forbs and grasses), which largely differ in C:N (carbon:nitrogen) ratio. This reseach was conducted along spatial temperature and land-use gradients in open herbaceous vegetation adjacent to different habitat types (forest, grassland, arable field, settlement). Herbivory largely differed among plant functional groups and was higher on legumes than forbs and grasses, except in open areas in forests. There, herbivory was similar among plant functional groups and on legumes lower than in grasslands. Also the presence of many plant families lowered herbivory on legumes. This suggests that open areas in forests and diverse vegetation provide certain protection against leaf damage to some plant families (e.g. legumes). This could be used as part of a conservation strategy for protected species. Overall, the effects of the dominant habitat type in the vicinity and diverse vegetation outweighed those of temperature and large-scale land use (e.g. grassland proportion, landscape diversity) on herbivory of legumes, forbs and grasses at the present time. Chapter 3 – Landscape diversity and local temperature, but not climate, affect arthropod predation among habitat types Herbivorous insects underlie top-down regulation by arthropod predators. Thereby, predation rates depend on predator community composition and behaviour, which is shaped by temperature, plant richness and land use. How the interaction of these factors affects the regulatory performance of predators was unknown. Therefore, we assessed arthropod predation rates on artificial caterpillars along temperature, and land-use gradients. On plots with low local mean temperature (≤ 7°C) often not a single caterpillar was attacked, which may be due to the temperature-dependent inactivity of arthropods. However, multi-annual mean temperature, plant richness and the dominant habitat type in the vicinity did not substantially affect arthropod predation rates. Highest arthropod predation rates were observed in diverse landscapes (2-km scale) independently of the locally dominanting habitat type. As landscape diversity, but not multi-annual mean temperature, affected arthropod predation rates, the diversification of landscapes may also support top-down regulation of herbivores independent of moderate increases of multi-annual mean temperature in the near future. Chapter 4 – Pest control and yield of winter oilseed rape depend on spatiotemporal crop-cover dynamics and flowering onset: implications for global warming Winter oilseed rape is an important oilseed crop in Europe, yet its seed yield is diminished through pests such as the pollen beetle and stem weevils. Damage from pollen beetles depends on pest abundances, but also on the timing of infestation relative to crop development as the bud stage is particularly vulnerable. The development of both oilseed rape and pollen beetles is temperature-dependent, while temperature effects on pest abundances are yet unknown, which brings opportunities and dangers to oilseed rape cropping under increased temperatures. We obtained measures of winter oilseed rape (flowering time, seed yield) and two of its major pests (pollen beetle, stem weevils) for the first time along both land-use and temperature gradients. Infestation with stem weevils was not influenced by any temperature or land-use aspect considered, and natural pest regulation of pollen beetles in terms of parasitism rates of pollen beetle larvae was low (< 30%), except on three out of 29 plots. Nonetheless, we could identify conditions favouring low pollen beetle abundances per plant and high seed yields. Low pollen beetle densities were favoured by a constant oilseed rape area relative to the preceding year (5-km scale), whereas a strong reduction in area (> 40%) caused high pest densities (concentration effect). This occurred more frequently in warmer regions, due to drought around sowing, which contributed to increased pollen beetle numbers in those regions. Yet, in warmer regions, oilseed rape flowered early, which possibly led to partial escape from pollen beetle infestation in the most vulnerable bud stage. This is also suggested by higher seed yields of early flowering oilseed rape fields, but not per se at higher temperatures. Thus, early flowering (e.g. cultivar selection) and the interannual coordination of oilseed rape area offer opportunities for environmental-friendly pollen beetle management. Chapter 5 – General discussion Anthropogenic land-use and climate change are major threats to biodiversity, and consequently to ecosystem functions, although I could show that ecosystem functions such as herbivory and predation barely responded to temperature along a spatial gradient at present time. Yet, it is important to keep several points in mind: (i) The high rate of climate warming likely reduces the time that species will have to adapt to temperature in the future; (ii) Beyond mean temperatures, many aspects of climate will change; (iii) The compensation of biodiversity loss through functional redundancy in arthropod communities may be depleted at some point; (iv) Measures of ecosystem functions are limited by methodological filters, so that changes may be captured incompletely. Although much uncertainty of the effects of climate and land-use change on ecosystem functions remains, actions to halt biodiversity loss and to interfere with natural processes in an environmentally friendly way, e.g. reduction of herbivory on crops, are urgently needed. With this thesis, I contribute options to the environment-friendly regulation of herbivory, which are at least to some extent climate resilient, and at the same time make a contribution to halt biodiversity loss. Yet, more research and a transformation process is needed to make human action more sustainable. In terms of crop protection, this means that the most common method of treating pests with fast-acting pesticides is not necessarily the most sustainable. To realize sustainable strategies, collective efforts will be needed targeted at crop damage prevention through reducing pest populations and densities in the medium to long term. The sooner we transform human action from environmentally damaging to biodiversity promoting, the higher is our insurance asset that secures human well-being under a changing climate. N2 - Kapitel 1 – Allgemeine Einleitung Intensive Landnutzung und Klimawandel sind die Hauptursachen des globalen Rückgangs der biologischen Vielfalt. Diese ist jedoch wichtig für das menschliche Wohlergehen, da wir von der Verfügbarkeit von trinkbarem Wasser, Nahrungsmitteln und weiteren Leistungen der Natur abhängig sind. Dazu leistet jede Art einen gewissermaßen einzigartigen Beitrag. Darüber hinaus kommen verschiedene Arten unterschiedlich gut mit umweltbedingten Stressfaktoren wie z.B. dem Klimawandel aus. Dadurch ist die biologische Vielfalt sowohl der "Motor" als auch die "Versicherung" für das menschliche Wohlergehen in einem sich verändernden Klima. Hier untersuche ich die Auswirkungen von Temperatur und Landnutzung auf Pflanzenfraß („Herbivorie“, Kapitel 2), Räuber-Beute-Beziehungen („Prädation“, Kapitel 3) und die Regulation von Schädlingen im Raps (Kapitel 4), und betrachte gleichzeitig Merkmale von Lebensräumen (z.B. Reichtum an Pflanzenarten und -familien, Nähe zu unterschiedlichen Lebensraumtypen) und Landschaften (z.B. Vielfältigkeit der Landschaft, Anteil der Rapsanbaufläche) als mögliche Ansatzpunkte für Anpassungsstrategien an den Klimawandel. Abschließend erörtere ich die Gemeinsamkeiten und Unterschiede der Faktoren, die Herbivorie, Prädation und Schädlingskontrolle beeinflussen, ordne diese in den Kontext des Klimawandels als vielseitiges Phänomen ein, und betone mögliche Ansatzpunkte für den nachhaltigen Pflanzenschutz (Kapitel 5). Kapitel 2 – Pflanzenreichtum, Landnutzung und Temperatur beeinflussen die Schädigung verschiedener funktioneller Pflanzengruppen durch blattfressende Wirbellose unterschiedlich Wirbellose Pflanzenfresser (z.B. Grashüpfer) sind temperaturempfindlich. Steigende Temperaturen erhöhen ihre Stoffwechselrate und damit ihren Bedarf an kohlenstoffreichen im Vergleich zu proteinreichen Ressourcen, was zu einer Ernährungsumstellung von pflanzenfressenden Generalisten führen kann. Hier erfassten wir die Blattschädigung durch kauende Wirbellose an drei funktionellen Pflanzengruppen (Leguminosen, andere krautige Pflanzen, Gräser), welche sich in ihrem C:N (Kohlenstoff:Stickstoff) Verhältnis unterscheiden. Die Erfassung führten wir entlang von räumlichen Temperatur- und Landnutzungsgradienten in offener krautiger Vegetation angrenzend an verschiedene Lebensraumtypen (Forst, Grünland, Ackerfläche, Siedlung) durch. Die Blattschädigung verschiedener funktioneller Pflanzengruppen variierte stark und war an Leguminosen höher als an krautigen Pflanzen oder Gräsern, außer auf Offenflächen im Forst. Dort waren die Blattschädigungen der funktionellen Pflanzengruppen ähnlich und die Schädigung an Leguminosen niedriger als im Grünland. Auch das Vorhandensein vieler Pflanzenfamilien verringerte die Blattschädigung an Leguminosen. Dies legt nahe, dass Offenflächen im Forst und vielfältige Vegetation einen gewissen Schutz gegen Blattschädigung an manchen Pflanzenfamilien (z.B. Leguminoses) bieten. Dies könnte im Rahmen des Artenschutzes einen Beitrag zum Erhalt geschützter Arten leisten. Insgesamt überwogen die Auswirkungen des vorherrschenden Lebensraumtyps in der näheren Umgebung und vielfältiger Vegetation zum jetzigen Zeitpunkt den Einfluss von Temperatur und großräumiger Landnutzung (z.B. Grünlandanteil, Vielfältigkeit der Landschaft) auf die Blattschädigung an Leguminosen, krautigen Pflanzen und Gräsern. Kapitel 3 – Vielfältige Landschaften und die lokale Temperatur, jedoch nicht das Klima, beeinflussen die Prädationsleistung von Gliederfüßern in verschiedenen Lebensräumen Pflanzenfressende Insekten unterliegen der Top-Down-Regulation durch räuberisch-lebende Gliederfüßer. Der Beitrag, den diese zur Top-Down-Regulation leisten hängt jedoch unter anderem von der Zusammensetzung ihrer Artengemeinschaft und von ihrem Verhalten ab. Beides wird durch Temperatur, Pflanzenreichtum und Landnutzung beeinflusst. Wie sich das Zusammenspiel dieser Faktoren auf die Regulationsleistung von Räubern auswirkt war bis dato unbekannt. Deshalb untersuchten wir die Attackierung von räuberischen Gliederfüßern auf Beuteattrappen (Knetraupen) entlang von Temperatur- und Landnutzungsgradienten. Auf Studienflächen mit niedriger lokaler Mitteltemperatur (≤ 7°C) wurde oft keine einzige Knetraupe attackiert, was sich möglicherweise auf die temperatureabhängige Inaktivität von Gliederfüßern zurückführen lässt. Die Durchschnittstemperatur im mehrjährigen Mittel, das Pflanzenreichtum und der vorherrschende Lebensraumtyp hingegen zeigten keinen substanziellen Einfluss auf die Attackierung der Knetraupen durch räuberische Gliederfüßer. Am höchsten waren die Attackierungsraten in vielfältigen Landschaften (2-km Skala) unabhängig vom lokal vorherrschenden Lebensraumtyp. Da vielfältige Landschaften, nicht jedoch die Durchschnittstemperatur im mehrjährigen Mittel, die Attackierungsraten beeinflussten, können Maßnahmen zur Diversifizierung von Landschaften möglicherweise unabhängig von moderat steigenden mehrjährigen Mitteltemperaturen in naher Zukunft die Top-Down-Regulation von Pflanzenfressern begünstigen. Kapitel 4 – Schädlingskontrolle und Ertrag im Winterraps sind von der räumlich-zeitlichen Dynamik der Rapsanbaufläche sowie vom Blühzeitpunkt abhängig: Implikationen für die globale Erwärmung Winterraps ist eine wichtige Ölpflanze in Europa, doch die Erträge werden insbesondere durch Schädlinge wie Rapsglanzkäfer und Stängelrüssler gemindert. Die Schädigung durch den Rapsglanzkäfer ist abhängig vom Schädlingsaufkommen, aber auch vom Befallszeitpunkt in Bezug zum Entwicklungsstadium des Winterraps, wobei das Knospenstadium besonders empfindlich ist. Die Entwicklung von Raps und Rapsglanzkäfer ist temperaturabhängig, wohingegen Temperatureffekte auf Schädlingsabundanzen unbekannt sind, sodass höhere Temperaturen sowohl Chancen als auch Gefahren mitsichbringen. Wir führten Messungen an Winterrapspflanzen (Blühzeitpunkt, Samenertrag) und zwei seiner Hauptschädlinge (Rapsglanzkäfer, Stängelrüssler) erstmalig entlang von Landnutzungs- und Temperaturgradienten durch. Der Befall mit Stängelrüsslern wurde nicht von den untersuchten Temperatur- und Landschaftsparametern beeinflusst und die natürliche Schädlingskontrolle von Rapsglanzkäferlarven in Bezug auf Parasitierungsraten war mit Ausnahme von drei von 29 Standorten gering (< 30%). Nichtsdestotrotz konnten wir Bedingungen identifizieren, die niedrige Befallszahlen mit Rapsglanzkäfern und hohe Samenerträge begünstigen. Geringe Rapsglanzkäferdichten wurden durch eine konstante Rapsanbaufläche relativ zum Vorjahr (5-km Skala) begünstigt, wohingegen eine starke Reduktion in der Anbaufläche (> 40%) zu hohem Befall führte (Konzentrationseffekt). Aufgrund von Trockenheit in warmen Regionen rund um den Saattermin trat dies häufiger in warmen Regionen auf, was zu einem stärkeren Befall mit Rapsglanzkäfern in diesen Regionen beitrug. In wärmeren Regionen kam der Raps jedoch auch früher zur Blüte, was es ihm vermutlich ermöglichte, dem Rapsglanzkäferbefall im empfindlichsten Knospenstadium einigermaßen zu entgehen. Dies zeigte sich auch daran, dass eine frühe Blüte, nicht jedoch höhere Temperaturen, zu höheren Erträgen führte. Eine frühe Blüte (z.B. durch Sortenwahl) und die jahresübergreifende Koordination der Rapsanbaufläche bieten Möglichkeiten für die umweltfreundliche Schädlingskontrolle von Rapsglanzkäfern. Kapitel 5 – Allgemeine Diskussion Der durch den Menschen verursachte Landnutzungs- und Klimawandel stellt eine große Gefahr für die biologische Vielfalt und damit auch für die Funktionalität von Ökosystemen dar, obwohl ich zeigen konnte, dass natürliche Abläufe wie Pflanzenfraß und Räuber-Beute-Beziehungen kaum auf Temperaturunterschiede entlang eines räumlichen Gradients reagierten. Dennoch ist es wichtig mehrere Punkte zu beachten: (i) Die Rate, mit der sich die Erde erwärmt, wird Arten in Zukunft weniger Zeit lassen sich an die herschende Temperatur anzupassen; (ii) Neben der Erderwärmung werden sich viele weitere Aspekte des Klimas verändern; (iii) Die Aufrechterhaltung von natürlichen Abläufen unter Artenverlust durch funktionale Redundanz könnte irgendwann erschöpft sein; (iv) Die Messung natürlicher Abläufe ist durch methodische Filter limitiert, sodass Änderungen unter Umständen unvollständig abgebildet werden. Obwohl Ungewissheiten bezüglich der Auswirkungen des Landnutzungs- und Klimawandels auf natürliche Abläufe bestehen bleiben, werden dringlich Maßnahmen benötigt, die zum Erhalt der biologischen Vielfalt beitragen und die es ermöglichen umweltfreundlich in natürliche Abläufe einzugreifen wie z.B. die Abmilderung von Pflanzenfraß an Kulturpflanzen. Mit dieser Doktorarbeit, zeige ich Ansatzpunkte für Maßnahmen zur umweltfreundlichen Regulation von Pflanzenfraß auf, die zumindest zu einem gewissen Grad Klima-resilient sind und zugleich einen Beitrag zur Eindämmung des Artensterbens leisten. Um das menschliche Handeln nachhaltiger zu machen, bedarf es neben weiterer Forschung eines Transformationsprozesses. Für den Pflanzenschutz bedeutet dies, dass die gängigste Methode der Schädlingsbekämpfung mit schnell wirkenden Pestiziden nicht unbedingt die nachhaltigste ist. Um nachhaltige Strategien zu realisieren werden gemeinschaftliche Bemühungen nötig sein, die sich der Vorbeugung von Schäden an Kulturpflanzen durch die mittel- bis langfristigen Reduktion von Schädlingspopulationen und -dichten widmen. Je früher wir das menschliche Handeln von umweltschädigend zu biodiversitätsfördernd umwandeln, desto größer ist unser “Versicherungswert”, der das menschliche Wohlergehen in einem sich änderndem Klima gewährleistet. KW - Ökologie KW - Schädlingsbekämpfung KW - Landnutzung KW - Klimaänderung KW - Prädation KW - Pest management KW - Predation KW - Herbivory KW - land use KW - climate Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-287328 ER - TY - JOUR A1 - Bencurova, Elena A1 - Shityakov, Sergey A1 - Schaack, Dominik A1 - Kaltdorf, Martin A1 - Sarukhanyan, Edita A1 - Hilgarth, Alexander A1 - Rath, Christin A1 - Montenegro, Sergio A1 - Roth, Günter A1 - Lopez, Daniel A1 - Dandekar, Thomas T1 - Nanocellulose composites as smart devices with chassis, light-directed DNA Storage, engineered electronic properties, and chip integration JF - Frontiers in Bioengineering and Biotechnology N2 - The rapid development of green and sustainable materials opens up new possibilities in the field of applied research. Such materials include nanocellulose composites that can integrate many components into composites and provide a good chassis for smart devices. In our study, we evaluate four approaches for turning a nanocellulose composite into an information storage or processing device: 1) nanocellulose can be a suitable carrier material and protect information stored in DNA. 2) Nucleotide-processing enzymes (polymerase and exonuclease) can be controlled by light after fusing them with light-gating domains; nucleotide substrate specificity can be changed by mutation or pH change (read-in and read-out of the information). 3) Semiconductors and electronic capabilities can be achieved: we show that nanocellulose is rendered electronic by iodine treatment replacing silicon including microstructures. Nanocellulose semiconductor properties are measured, and the resulting potential including single-electron transistors (SET) and their properties are modeled. Electric current can also be transported by DNA through G-quadruplex DNA molecules; these as well as classical silicon semiconductors can easily be integrated into the nanocellulose composite. 4) To elaborate upon miniaturization and integration for a smart nanocellulose chip device, we demonstrate pH-sensitive dyes in nanocellulose, nanopore creation, and kinase micropatterning on bacterial membranes as well as digital PCR micro-wells. Future application potential includes nano-3D printing and fast molecular processors (e.g., SETs) integrated with DNA storage and conventional electronics. This would also lead to environment-friendly nanocellulose chips for information processing as well as smart nanocellulose composites for biomedical applications and nano-factories. KW - nanocellulose KW - DNA storage KW - light-gated proteins KW - single-electron transistors KW - protein chip Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-283033 SN - 2296-4185 VL - 10 ER - TY - RPRT A1 - Groß, Lennart T1 - Advices derived from troubleshooting a sensor-based adaptive optics direct stochastic optical reconstruction microscope T1 - Hinweise aus der Fehleranalyse eines Mikroskops mit direkter stochastischer optischer Rekonstruktion und sensorgestützter adaptiver Optik N2 - One rarely finds practical guidelines for the implementation of complex optical setups. Here, we aim to provide technical details on the decision making of building and revising a custom sensor-based adaptive optics (AO) direct stochastic optical reconstruction microscope (dSTORM) to provide practical assistance in setting up or troubleshooting similar devices. The foundation of this report is an instrument constructed as part of a master's thesis in 2021, which was built for deep tissue imaging. The setup is presented in the following way: (1) An optical and mechanical overview of the system at the beginning of this internship is given. (2) The optical components are described in detail in the order at which the light passes through, highlighting their working principle and implementation in the system. The optical component include (2A) a focus on even sample illumination, (2B) restoring telecentricity when working with commercial microscope bodies, (2C) the AO elements, namely the deformable mirror (DM) and the wavefront sensor, and their integration, and (2D) the separation of wavefront and image capture using fluorescent beads and a dichroic mirror. After addressing the limitations of the existing setup, modification options are derived. The modifications include the implementation of adjustment only light paths to improve system stability and revise the degrees of freedom of the components and changes in lens choices to meet the specifications of the AO components. Last, the capabilities of the modified setup are presented and discussed: (1) First, we enable epifluorescence imaging of bead samples through 180 µm unstained murine hippocampal tissue with wavefront error correction of ~ 90 %. Point spread function, wavefront shape and Zernike decomposition of bead samples are presented. (2) Second, we move from epifluorescent to dSTORM imaging of tubulin stained primary mouse hippocampal cells, which are imaged through up to 180 µm of unstained murine hippocampal tissue. We show that full width at half maximum (FWHM) of prominent features can be reduced in size by nearly a magnitude from uncorrected epiflourescence images to dSTORM images corrected by the adaptive optics. We present dSTORM localization count and FWHM of prominent features as as a function of imaging depth. N2 - Praktische Leitlinien für die Implementierung komplexer optischer Systeme sind selten zu finden. Hier wollen wir technische Details zur Entscheidungsfindung beim Bau und der Überarbeitung eines maßgefertigten Mikroskops mit sensorgestützter adaptiver Optik (AO) und direkter stochastischer optischer Rekonstruktion (dSTORM) bereitstellen, um praktische Hilfestellung bei der Einrichtung oder Fehlerbehebung ähnlicher Geräte zu geben. Grundlage dieses Berichts ist ein Instrument, das im Rahmen einer Masterarbeit im Jahr 2021 für die Abbildung von tiefem Gewebe gebaut wurde. Der Aufbau wird wie folgt dargestellt: (1) Es wird ein optischer und mechanischer Überblick über das System zu Beginn dieses Praktikums gegeben. (2) Die optischen Komponenten werden in der Reihenfolge, in der das Licht sie durchläuft, detailliert beschrieben und ihre Funktionsweise und Umsetzung im System hervorgehoben. Zu den optischen Komponenten gehören (2A) ein Fokus auf gleichmäßige Probenausleuchtung, (2B) die Wiederherstellung der Telezentrizität bei der Arbeit mit handelsüblichen Mikroskopkörpern, (2C) die AO-Elemente, nämlich der deformierbare Spiegel (DM) und der Wellenfrontsensor, und deren Integration, sowie (2D) die Trennung von Wellenfront- und Bilderfassung mittels fluoreszierender Beads und einem dichroitischen Spiegel. Nachdem die Einschränkungen des bestehenden Aufbaus angesprochen wurden, werden Modifikationsmöglichkeiten abgeleitet. Die Modifikationen umfassen die Implementierung von Justage-Lichtpfaden, um die Systemstabilität zu verbessern und die Freiheitsgrade der Komponenten zu überarbeiten, sowie Änderungen bei der Auswahl der Linsen, um die Spezifikationen der AO-Komponenten zu erfüllen. Abschließend werden die Ergebnisse des modifizierten Aufbaus vorgestellt und diskutiert: (1) Zunächst ermöglichen wir die Epifluoreszenz-Abbildung von Bead-Proben durch 180 µm ungefärbtes Hippocampus-Gewebe der Maus mit einer Wellenfront-Fehlerkorrektur von ~ 90 %. Es werden Punktspreizungsfunktion, Wellenfrontform und Zernike-Zerlegung von Bead-Proben vorgestellt. (2) Zweitens gehen wir von der Epifluoreszenz zur dSTORM-Bildgebung von Tubulin-gefärbten primären Hippocampuszellen der Maus über, die durch bis zu 180 µm ungefärbtes Hippocampusgewebe der Maus abgebildet werden. Wir zeigen, dass die Halbwertsbreite (Full Width at Half Maximum, FWHM) auffälliger Merkmale von unkorrigierten Epifloureszenz-Bildern zu dSTORM-Bildern, die durch die adaptive Optik korrigiert wurden, um fast eine Größenordnung reduziert werden kann. Wir präsentieren die Anzahl der dSTORM-Lokalisierungen und die FWHM auffälliger Merkmale als Funktion der Abbildungstiefe. KW - Einzelmolekülmikroskopie KW - Adaptive Optik KW - Adaptive Optics KW - Single Molecule Localization Microscopy KW - dSTORM Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-289951 ER - TY - THES A1 - Anwar, Ammarah T1 - Natural variation of gene regulatory networks in \(Arabidopsis\) \(thaliana\) T1 - Natürliche Variation genregulatorischer Netzwerke in \(Arabidopsis\) \(thaliana\) N2 - Understanding the causal relationship between genotype and phenotype is a major objective in biology. The main interest is in understanding trait architecture and identifying loci contributing to the respective traits. Genome-wide association mapping (GWAS) is one tool to elucidate these relationships and has been successfully used in many different species. However, most studies concentrate on marginal marker effects and ignore epistatic and gene-environment interactions. These interactions are problematic to account for, but are likely to make major contributions to many phenotypes that are not regulated by independent genetic effects, but by more sophisticated gene-regulatory networks. Further complication arises from the fact that these networks vary in different natural accessions. However, understanding the differences of gene regulatory networks and gene-gene interactions is crucial to conceive trait architecture and predict phenotypes. The basic subject of this study – using data from the Arabidopsis 1001 Genomes Project – is the analysis of pre-mature stop codons. These have been incurred in nearly one-third of the ~ 30k genes. A gene-gene interaction network of the co-occurrence of stop codons has been built and the over and under representation of different pairs has been statistically analyzed. To further classify the significant over and under- represented gene-gene interactions in terms of molecular function of the encoded proteins, gene ontology terms (GO-SLIM) have been applied. Furthermore, co- expression analysis specifies gene clusters that co-occur over different genetic and phenotypic backgrounds. To link these patterns to evolutionary constrains, spatial location of the respective alleles have been analyzed as well. The latter shows clear patterns for certain gene pairs that indicate differential selection. N2 - Das Verständnis des kausalen Zusammenhangs zwischen Genotyp und Phänotyp ist ein wichtiges Ziel in der Biologie. Das Hauptinteresse liegt darin, die Merkmalsarchitektur zu verstehen und Loci zu identifizieren, die zu den jeweiligen Merkmalen beitragen. Genome-wide association mapping (GWAS) ist ein Werkzeug, um diese Zusammenhänge aufzuklären und wurde erfolgreich in vielen verschiedenen Arten eingesetzt. Die meisten Studien konzentrieren sich jedoch auf marginale Markereffekte und ignorieren epistatische und Gen-Umwelt-Interaktionen. Diese Wechselwirkungen sind problematisch zu erklären, werden aber wahrscheinlich einen wichtigen Beitrag zu vielen Phänotypen leisten, die nicht durch unabhängige genetische Effekte, sondern durch ausgefeiltere genregulatorische Netzwerke reguliert werden. Eine weitere Komplikation ergibt sich aus der Tatsache, dass sich diese Netzwerke in verschiedenen natürlichen Akzessionen unterscheiden. Das Verständnis der Unterschiede zwischen genregulatorischen Netzwerken und Gen-Gen- Interaktionen ist jedoch entscheidend, um die Merkmalsarchitektur zu konzipieren und Phänotypen vorherzusagen. Das grundlegende Thema dieser Studie – unter Verwendung von Daten aus dem Arabidopsis 1001 Genomes Project – ist die Analyse von vorzeitigen Stop-Codons. Diese sind in fast einem Drittel der ~ 30k-Gene aufgetreten. Ein Gen-Gen- Interaktionsnetzwerk des gleichzeitigen Auftretens von Stop-Codons wurde aufgebaut und die Über- und Unterrepräsentation verschiedener Paare wurde statistisch analysiert. Um die signifikante über- und unterrepräsentierte Gen-Gen-Interaktion in Bezug auf den biologischen Prozess der kodierten Proteine weiter zu klassifizieren, wurden genonkologische Begriffe (GO-SLIM) verwendet. Darüber hinaus spezifiziert die Koexpressionsanalyse Gencluster, die über verschiedene genetische und phänotypische Hintergründe hinweg gleichzeitig auftreten. Um diese Muster mit evolutionären Einschränkungen in Verbindung zu bringen, wurde auch die räumliche Lage der jeweiligen Allele analysiert. Letzteres zeigt klare Muster für bestimmte Genepaare, die auf eine differentielle Selektion hinweisen. KW - Arabidopsis thaliana KW - Co-occurrence matrix KW - co-expression coefficient KW - gene expression networks KW - non-sense mutations KW - phenotype KW - local adaptation KW - variations in genome KW - Ackerschmalwand Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-291549 ER - TY - INPR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Qubit transition into defined Bits: A fresh perspective for cosmology and unifying theories N2 - In this view point we do not change cosmology after the hot fireball starts (hence agrees well with observation), but the changed start suggested and resulting later implications lead to an even better fit with current observations (voids, supercluster and galaxy formation; matter and no antimatter) than the standard model with big bang and inflation: In an eternal ocean of qubits, a cluster of qubits crystallizes to defined bits. The universe does not jump into existence (“big bang”) but rather you have an eternal ocean of qubits in free super-position of all their quantum states (of any dimension, force field and particle type) as permanent basis. The undefined, boiling vacuum is the real “outside”, once you leave our everyday universe. A set of n Qubits in the ocean are “liquid”, in very undefined state, they have all their m possibilities for quantum states in free superposition. However, under certain conditions the qubits interact, become defined, and freeze out, crystals form and give rise to a defined, real world with all possible time series and world lines. GR holds only within the crystal. In our universe all n**m quantum possibilities are nicely separated and crystallized out to defined bit states: A toy example with 6 qubits each having 2 states illustrates, this is completely sufficient to encode space using 3 bits for x,y and z, 1 bit for particle type and 2 bits for its state. Just by crystallization, space, particles and their properties emerge from the ocean of qubits, and following the arrow of entropy, time emerges, following an arrow of time and expansion from one corner of the toy universe to everywhere else. This perspective provides time as emergent feature considering entropy: crystallization of each world line leads to defined world lines over their whole existence, while entropy ensures direction of time and higher representation of high entropy states considering the whole crystal and all slices of world lines. The crystal perspective is also economic compared to the Everett-type multiverse, each qubit has its m quantum states and n qubits interacting forming a crystal and hence turning into defined bit states has only n**m states and not more states. There is no Everett-type world splitting with every decision but rather individual world trajectories reside in individual world layers of the crystal. Finally, bit-separated crystals come and go in the qubit ocean, selecting for the ability to lay seeds for new crystals. This self-organizing reproduction selects over generations also for life-friendliness. Mathematical treatment introduces quantum action theory as a framework for a general lattice field theory extending quantum chromo dynamics where scalar fields for color interaction and gravity have to be derived from the permeating qubit-interaction field. Vacuum energy should get appropriately low by the binding properties of the qubit crystal. Connections to loop quantum gravity, string theory and emergent gravity are discussed. Standard physics (quantum computing; crystallization, solid state physics) allow validation tests of this perspective and will extend current results. KW - qubit KW - cosmology KW - phase transition KW - unified theories KW - crystallization KW - emergent gravity Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266418 ER - TY - JOUR A1 - Mamontova, Victoria A1 - Trifault, Barbara A1 - Burger, Kaspar T1 - Compartment-specific proximity ligation expands the toolbox to assess the interactome of the long non-coding RNA NEAT1 JF - International Journal of Molecular Sciences N2 - The nuclear paraspeckle assembly transcript 1 (NEAT1) locus encodes two long non-coding (lnc)RNA isoforms that are upregulated in many tumours and dynamically expressed in response to stress. NEAT1 transcripts form ribonucleoprotein complexes with numerous RNA-binding proteins (RBPs) to assemble paraspeckles and modulate the localisation and activity of gene regulatory enzymes as well as a subset of messenger (m)RNA transcripts. The investigation of the dynamic composition of NEAT1-associated proteins and mRNAs is critical to understand the function of NEAT1. Interestingly, a growing number of biochemical and genetic tools to assess NEAT1 interactomes has been reported. Here, we discuss the Hybridisation Proximity (HyPro) labeling technique in the context of NEAT1. HyPro labeling is a recently developed method to detect spatially ordered interactions of RNA-containing nuclear compartments in cultured human cells. After introducing NEAT1 and paraspeckles, we describe the advantages of the HyPro technology in the context of other methods to study RNA interactomes, and review the key findings in mapping NEAT1-associated RNA transcripts and protein binding partners. We further discuss the limitations and potential improvements of HyPro labeling, and conclude by delineating its applicability in paraspeckles-related cancer research. KW - proximity ligation KW - paraspeckles KW - NEAT1 KW - long non-coding RNA KW - cancer Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-284185 SN - 1422-0067 VL - 23 IS - 8 ER - TY - THES A1 - Sagwe, Rose Nyakemiso T1 - Pollinator diversity, pollination deficits, and pollination efficiency in avocado (\(Persea\) \(americana\)) production across different landscapes in Murang’a county, Kenya T1 - Bestäuberdiversität, Bestäubungsdefizite und Bestäubungseffizienz in der Avocado (\(Persea\) \(americana\))-Produktion in verschiedenen Landschaften im Landkreis Murang’a, Kenia N2 - Avocado (Persea americana Mill.) is a major horticultural crop that relies on insect mediated pollination. In avocado production, a knowledge gap exists as to the importance of insect pollination, especially in East African smallholder farms. Although it is evident that pollination improves the yield of avocado fruits, it is still unclear if pollination has benefits on fruit quality and the nutritional profile, particularly oils. Prior studies have shown that honey bees increase avocado’s fruit set and yield. However, an avocado flower is being visited by various insect species. Therefore, determining pollination efficiency will allow a comparison of the relative importance of the different insect species to optimize crop pollination for increased fruit set and crop yield and pollinator conservation. This study was conducted in a leading smallholder avocado production region in Kenya, first I assessed the dependence of avocado fruit set on insect pollination and whether current smallholder production systems suffer from a deficit in pollination services. Furthermore, I assessed if supplementation with colonies of the Western honey bee (Apis mellifera L.) to farms mitigated potential pollination deficits. The results revealed a very high reliance of avocado on insect pollinators, with a significantly lower fruit set observed for self- and wind-pollinated (17.4%) or self-pollinated flowers (6.4%) in comparison with insect-pollinated flowers (89.5%). I found a significant pollination deficit across farms, with hand-pollinated flowers on average producing 20.7% more fruits than non-treated open flowers prior to fruit abortion. This pollination deficit could be compensated by the supplementation of farms with A. mellifera colonies. These findings suggest that pollination is limiting fruit set in avocado and that A. mellifera supplementation on farms is a potential option to increase fruit yield. Secondly, I investigated the contribution of insect pollination to fruit and seed weight, oil, protein, carbohydrate, and phytochemicals contents (flavonoids and phenolics), and whether supplementation with pollinators (honey bee) could improve these fruit parameters was assessed. This was through pollinator-manipulative pollination treatments: hand, open, pollinator exclusion experiments. The results showed that avocado fruit weight was significantly higher in open and hand-pollinated than pollinator exclusion treatments, indicating that flower visitors/pollinators contribute to avocado yields and enhance marketability. Furthermore, insect pollination resulted in heavier seeds and higher oil contents, indicating that insect pollination is beneficial for the fruit’s high seed yield and quantity of oil. Honey bee supplementation also enhanced the avocado fruit weight by 18% more than in control farms and slightly increased the avocado oil content (3.6%). Contrarily, insect pollination did not influence other assayed fruit quality parameters (protein, carbohydrates, and phytochemicals). These results indicate that insect pollinators are essential for optimizing avocado yields, nutritional quality (oils), and thus marketability, underscoring the value of beehive supplementation to achieve high-quality avocado fruits and improved food security. Thirdly, pollinator efficiency based on pollen deposition after single visits by different pollinator species in avocado flowers was tested, and their frequency was recorded. The estimated pollination efficiency was highest in honey bees (Apis mellifera), followed by the hoverfly species (Phytomia incisa). These two species had the highest pollen deposition and more pollen grains on their bodies. In addition, honey bees were the most frequent avocado flower visitors, followed by flies. The findings from this study highlight the higher pollination efficiency of honey bees and Phytomia incisa. Hence, management practices supporting these species will promote increased avocado fruit yield. Additionally, these results imply that managed honey bees can be maintained to improve avocado pollination, particularly in areas lacking sufficient wild pollinators. N2 - Kapitel I - Allgemeine Einführung Der Rückgang der Bestäuberpopulationen stellt eine erhebliche Bedrohung für die Lebensmittel- und Ernährungssicherheit und die Erhaltung der biologischen Vielfalt dar. Die Interaktionsnetze zwischen Pflanzen und Bestäubern leisten einen wichtigen Beitrag zur globalen biologischen Vielfalt, zur Funktion des Ökosystems, zu den Ökosystemleistungen für Nutzpflanzen und schließlich zur menschlichen Ernährung. Darüber hinaus ist eine nachhaltige Landwirtschaft ohne angemessene Bewirtschaftungspraktiken nicht zu erreichen. Die enorme Nachfrage nach Nahrungsmitteln, insbesondere in den afrikanischen Ländern südlich der Sahara, hat zu einer nicht nachhaltigen Intensivierung der Pflanzenproduktion mit schädlichen Praktiken geführt, die sich negativ auf die Ökosystemleistungen auswirken. Daher ist es notwendig, die Auswirkungen der Bestäubung auf den Ertrag, die Qualität und die Marktfähigkeit von Nutzpflanzen zu verstehen und die Bestäubungsdefizite von Nutzpflanzen zu bewerten. Darüber hinaus ist es notwendig, die Bestäubungsleistung verschiedener Bestäuberarten bestimmter Kulturpflanzen zu untersuchen, um die besten Bewirtschaftungspraktiken zur Unterstützung der Ökosystemleistung zu ermitteln und die Bestäubung von Kulturpflanzen zu optimieren. In dieser Studie wurde die Avocado (Persea americana Mill.) als Modellpflanze verwendet, um die Bedeutung der Bestäubung durch Insekten zu bewerten. Die Studie wurde im Bezirk Murang'a in Kenia durchgeführt, der als ein Gebiet mit hohem Potenzial für die Avocado-Produktion gilt. In dieser Arbeit liegt der Schwerpunkt auf: 1.) Bestäubungsdefiziten in kleinbäuerlichen Avocadobetrieben und der Bewertung des Einsatzes von Honigbienen, um die Bestäubungsdefizite in Avocadoproduktionssystemen in Kenia zu verringern (Kapitel 2), 2.) den Auswirkungen der Insektenbestäubung auf das Fruchtgewicht, die Qualität und die Marktfähigkeit von Avocadofrüchten (Kapitel 3), 3.) der Charakterisierung der Bestäubungseffizienz von Avocadoblüten-Insektenbesuchern (Kapitel 4), und 4.) der allgemeinen Diskussion und Schlussfolgerung (Kapitel 5). Kapitel 2: Bestäuberergänzung mildert Bestäubungsdefizite in kleinbäuerlichen Avocado (Persea americana Mill.) Produktionssystemen in Kenia. Die Umstellung vom traditionellen Getreideanbau auf den Anbau von hochwertigen Nutzpflanzen wie Obst und Gemüse in Afrika südlich der Sahara bringt Herausforderungen mit sich, wenn es darum geht, hohe Erträge in Bezug auf Qualität und Quantität zu erhalten und zu verbessern. Zu diesen Herausforderungen gehört die unzureichende Bestäubungsleistung aufgrund des Rückgangs der Bestäuberpopulationen und -vielfalt, der auf den Verlust von Lebensräumen, Landnutzungsänderungen, Monokulturen und den wahllosen Einsatz von Agrarchemikalien zurückzuführen ist. Daher besteht ein Bedarf an angemessenen Bestäubungsleistungen, um eine nachhaltige Lebensmittel- und Ernährungssicherheit zu gewährleisten. Die Avocado ist eine der wichtigsten Exportfrüchte Kenias, die ein Fünftel der gesamten Gartenbauexporte des Landes ausmacht und somit zum Wirtschaftswachstum des Landes beiträgt. Es gibt jedoch nur wenige Informationen über die Bestäubung durch Insekten im Avocadoanbau, insbesondere in den afrikanischen Ländern südlich der Sahara. In dieser Studie wurde der normierte differenzierte Vegetationsindex (Normalized Difference Vegetation Index (NDVI)) verwendet, um Landschaften anhand der Vegetationsproduktivität in niedrig, mittel und hoch zu klassifizieren. Die Abhängigkeit des Fruchtansatzes der Avocado von der Insektenbestäubung und Bestäubungsdefiziten wurde durch manipulative Bestäubungsexperimente (Selbst- und Windbestäubung, Selbstbestäubung, Insektenbestäubung und Handbestäubung) untersucht. Die Wirkung einer zusätzlichen Bestäubung durch die Westliche Honigbiene (Apis mellifera L.) zur Behebung von Bestäubungsdefiziten wurde untersucht. Avocado war in hohem Maße von der Bestäubung durch Insekten abhängig (89,5 %), und als die kleinbäuerlichen Betriebe durch Honigbienen ergänzt wurden, wurde ein Anstieg des Fruchtansatzes um 20,7 % verzeichnet, was auf Bestäubungsdefizite hinweist. Die Beibehaltung der Früchte wurde zwei Monate nach dem Fruchtansatz überwacht, und der Fruchtabfall war in den Betrieben mit Honigbienen weniger ausgeprägt. Die Auswirkungen von Landschaftsvariablen (NDVI-Klasse, Landschaftsvielfalt, nahe gelegene landwirtschaftliche Lebensräume und Betriebsgröße) auf Bestäubungsdefizite (Fruchtansatz) und Fruchterhaltungsraten wurden ebenfalls untersucht. Die Landschaftsvariablen hatten keinen signifikanten Einfluss auf den Fruchtansatz. Mit Ausnahme der Anzahl der Avocadobäume pro Betrieb wirkte sich keine der Landschaftsvariablen auf die Fruchterhaltung aus. Die Anzahl der Avocadobäume ist negativ korreliert mit dem Prozentsatz der Fruchterhaltung. Die Ergebnisse zeigen, dass die Avocado für den Fruchtansatz in hohem Maße von Insektenbestäubern abhängig ist und dass die Ergänzung der Betriebe mit A. mellifera das Bestäubungsdefizit ausgleicht, was zu einer Steigerung des Avocado-Fruchtertrags führt. Kapitel 3: Insektenbestäubung steigert Fruchtgewicht, Qualität und Marktfähigkeit von Avocado (Persea americana) Der Beitrag von Insektenbestäubern zur landwirtschaftlichen Produktion ist weitgehend unbekannt, insbesondere im Hinblick auf die menschliche Ernährung, vor allem in Afrika südlich der Sahara. Die meisten Landwirte verbessern ihre Ernteerträge durch Düngung, künstliche Bewässerung und Pestizide sowie durch die Abholzung von Wäldern für die landwirtschaftliche Expansion, ohne den potenziellen Beitrag der Insektenbestäubung zur Verbesserung der Ernteerträge und -qualität zu erkennen. Die Avocadoproduktion hat in den letzten Jahren aufgrund der hohen Nachfrage und des Bewusstseins für die hohe Nährstoffdichte der Avocado, insbesondere für einfach ungesättigte Öle und andere Nährstoffe wie Proteine, Ballaststoffe, wichtige Antioxidantien, Vitamine und Mineralien, einen erheblichen Anstieg erfahren. Obwohl es offensichtlich ist, dass die Bestäubung den Ertrag von Avocadofrüchten verbessert, ist noch unklar, ob die Bestäubung Vorteile für die Fruchtqualität und das Nährstoffprofil, insbesondere für die Öle, hat. In dieser Studie wurde der Beitrag der Insektenbestäubung zum Frucht- und Samengewicht, zum Öl-, Protein- und Kohlenhydratgehalt sowie zum Gehalt an sekundären Pflanzenstoffen (Flavonoide und Phenole) quantifiziert, und es wurde untersucht, ob eine Ergänzung mit Bestäubern (Honigbienen) diese Fruchtparameter verbessern könnte. Dies geschah mit Hilfe von manipulativen Bestäuberexperimenten: Handbestäubung, offene Bestäubung, Bestäuberausschlussversuche. Die Ergebnisse zeigten, dass das Gewicht der Avocadofrüchte bei offener und manueller Bestäubung signifikant höher war als beim Ausschluss von Bestäubern, was darauf hindeutet, dass Blütenbesucher/Bestäuber zu den Avocadoerträgen beitragen und die Marktfähigkeit verbessern. Darüber hinaus führte die Bestäubung durch Insekten zu schwereren Samen und einem höheren Ölgehalt, was darauf hindeutet, dass die Bestäubung durch Insekten für den hohen Samenertrag und den Ölgehalt der Frucht von Vorteil ist. Der Einsatz von Honigbienen steigerte auch das Gewicht der Avocadofrüchte um 18% im Vergleich zu den Kontrollbetrieben und erhöhte den Ölgehalt der Avocados leicht (3,6%). Im Gegensatz dazu hatte die Insektenbestäubung keinen Einfluss auf andere untersuchte Qualitätsparameter der Früchte (Eiweiße, Kohlenhydrate und sekundäre Pflanzenstoffe). Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass Insektenbestäuber für die Optimierung der Avocadoerträge, der Nährstoffqualität (Öle) und damit der Marktfähigkeit von entscheidender Bedeutung sind, was den Wert der Ergänzung von Bienenstöcken zur Erzielung hochwertiger Avocadofrüchte und einer verbesserten Ernährungssicherheit unterstreicht. Kapitel 4: Charakterisierung der Bestäubungseffizienz von Blütenbesuchern der Avocado (Persea americana) durch Insekten Nicht alle Blütenbesucher sind echte Bestäuber, denn einige Besucher sind Räuber oder Diebe von Pollen oder Nektar und verlassen die Pflanze, ohne sie zu bestäuben. Frühere Studien haben gezeigt, dass Honigbienen den Fruchtansatz und den Ertrag von Avocados erhöhen. Eine Avocadoblüte wird jedoch von verschiedenen Insektenarten besucht. Die Bestimmung der Bestäubungseffizienz ermöglicht daher einen Vergleich der relativen Bedeutung der verschiedenen Insektenarten, um die Bestäubung der Pflanzen zu optimieren und so den Fruchtansatz und den Ernteertrag zu steigern und die Bestäuber zu schützen. Die Bestäubungseffizienz von Avocadoblütenbesuchern wurde bisher nur selten dokumentiert, und diese Studie ist eine der ersten, die über die Bestäubungseffizienz von Avocadoblütenbesuchern in Afrika südlich der Sahara berichtet. In der vorliegenden Studie wurde die Bestäubungseffizienz auf der Grundlage der Pollenübertragung nach einzelnen Besuchen verschiedener Bestäuberarten in Avocadoblüten getestet und deren Häufigkeit erfasst. Die geschätzte Bestäubungseffizienz war bei Honigbienen (Apis mellifera) am höchsten, gefolgt von einer Schwebfliegenart (Phytomia incisa). Diese beiden Arten hatten den höchsten Polleneintrag und mehr Pollenkörner auf ihren Körpern. Darüber hinaus waren Honigbienen die häufigsten Besucher der Avocadoblüten, gefolgt von Fliegen. Die Ergebnisse dieser Studie unterstreichen die höhere Bestäubungseffizienz von Honigbienen und Phytomia incisa. Daher werden Bewirtschaftungsmethoden, die diese Arten unterstützen, den Ertrag von Avocadofrüchten steigern. Darüber hinaus deuten diese Ergebnisse darauf hin, dass die Bewirtschaftung von Honigbienen zur Verbesserung der Avocadobestäubung beibehalten werden kann, insbesondere in Gebieten, in denen es nicht genügend Wildbestäuber gibt. Kapitel 5 - Allgemeine Diskussion In dieser Studie wurde die Bedeutung der Insektenbestäubung für die Steigerung des Ertrags und der Qualität von Avocadofrüchten untersucht und die Bestäubungseffizienz von Avocado-Insektenblütenbesuchern bewertet. Die Studie hat gezeigt, dass die Insektenbestäubung, die in den meisten Fällen unterschätzt wird, eine entscheidende und wirtschaftlich wichtige Determinante für den Ertrag, die Qualität und die Marktfähigkeit der Früchte ist. Die Erkenntnisse aus dieser Studie können genutzt werden, um die Avocado-Produktion in kleinbäuerlichen Betrieben durch die Einführung von Honigbienenvölkern zu steigern. Folglich sollten unsere umfassenden Erkenntnisse auf eine breite Palette von Kulturpflanzen übertragbar sein, um deren Erträge und die Fruchtqualität zu verbessern. Es ist bemerkenswert, dass die Landwirte von der Integration der Diversität an Wildinsektenarten mit Honigbienen profitieren werden. Dies könnte durch die Anpflanzung einer Vielzahl von Pflanzen in der Nähe der Avocadoplantagen erreicht werden, um einheimische Bestäubergemeinschaften zu unterstützen und die Abhängigkeit der Avocadobestäubung von Honigbienen allein zu verringern. Dies würde die Kosten für die Bewirtschaftung der Bienenvölker senken, insbesondere für die arme Landbevölkerung in Afrika südlich der Sahara, und die Widerstandsfähigkeit des Systems erhöhen. KW - Pollination services KW - pollination Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269202 ER - TY - JOUR A1 - Buellesbach, Jan A1 - Diao, Wenwen A1 - Schmitt, Thomas A1 - Beukeboom, Leo W. T1 - Micro‐climate correlations and conserved sexual dimorphism of cuticular hydrocarbons in European populations of the jewel wasp Nasonia vitripennis JF - Ecological Entomology N2 - 1. Protection against desiccation and chemical communication are two fundamental functions of cuticular hydrocarbons (CHCs) in insects. In the parasitoid jewel wasp Nasonia vitripennis (Walker), characterised by a cosmopolitan distribution through largely different environments, CHCs function as universally recognised female sex pheromones. However, CHC uniformity as basis for sexual recognition may conflict with the desiccation protection function, expected to display considerable flexibility through adaptation to different environmental conditions. 2. We compared male and female CHC profiles of N. vitripennis across a wide latitudinal gradient in Europe and correlated their CHC variation with climatic factors associated with desiccation. Additionally, we tested male mate discrimination behaviour between populations to detect potential variations in female sexual attractiveness. 3. Results did not conform to the general expectation that longer, straight‐chain CHCs occur in higher proportions in warmer and drier climates. Instead, unexpected environmental correlations of intermediate chain‐length CHCs (C31) were found exclusively in females, potentially reflecting the different life histories of the sexes in N. vitripennis. 4. Furthermore, we found no indication of population‐specific male mate preference, confirming the stability of female sexual attractiveness, likely conveyed through their CHC profiles. C31 mono‐ and C33 di‐methyl‐branched alkanes were consistently and most strongly associated with sexual dimorphism, suggesting their potential role in encoding the female‐specific sexual signalling function. 5. Our study sheds light on how both adaptive flexibility and conserved sexual attractiveness can potentially be integrated and encoded in CHC profiles of N. vitripennis females across a wide distribution range in Europe. KW - chemical communication KW - climatic factors KW - desiccation resistance KW - sex pheromones KW - sexual dimorphism Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-262770 VL - 47 IS - 1 SP - 38 EP - 51 ER - TY - JOUR A1 - Koster, Stefanie A1 - Gurumurthy, Rajendra Kumar A1 - Kumar, Naveen A1 - Prakash, Pon Ganish A1 - Dhanraj, Jayabhuvaneshwari A1 - Bayer, Sofia A1 - Berger, Hilmar A1 - Kurian, Shilpa Mary A1 - Drabkina, Marina A1 - Mollenkopf, Hans-Joachim A1 - Goosmann, Christian A1 - Brinkmann, Volker A1 - Nagel, Zachary A1 - Mangler, Mandy A1 - Meyer, Thomas F. A1 - Chumduri, Cindrilla T1 - Modelling Chlamydia and HPV co-infection in patient-derived ectocervix organoids reveals distinct cellular reprogramming JF - Nature Communications N2 - Coinfections with pathogenic microbes continually confront cervical mucosa, yet their implications in pathogenesis remain unclear. Lack of in-vitro models recapitulating cervical epithelium has been a bottleneck to study coinfections. Using patient-derived ectocervical organoids, we systematically modeled individual and coinfection dynamics of Human papillomavirus (HPV)16 E6E7 and Chlamydia, associated with carcinogenesis. The ectocervical stem cells were genetically manipulated to introduce E6E7 oncogenes to mimic HPV16 integration. Organoids from these stem cells develop the characteristics of precancerous lesions while retaining the self-renewal capacity and organize into mature stratified epithelium similar to healthy organoids. HPV16 E6E7 interferes with Chlamydia development and induces persistence. Unique transcriptional and post-translational responses induced by Chlamydia and HPV lead to distinct reprogramming of host cell processes. Strikingly, Chlamydia impedes HPV-induced mechanisms that maintain cellular and genome integrity, including mismatch repair in the stem cells. Together, our study employing organoids demonstrates the hazard of multiple infections and the unique cellular microenvironment they create, potentially contributing to neoplastic progression. KW - Chlamydia KW - HPV KW - cellular reprogramming Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-301349 VL - 13 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Gebert, Friederike T1 - Mammals and dung beetles along elevational and land use gradients on Mount Kilimanjaro: diversity, traits and ecosystem services T1 - Säugetiere und Dungkäfer entlang von Höhen- und Landnutzungsgradienten am Kilimandscharo: Diversität, funktionelle Merkmale und Ökosystemdienstleistungen N2 - Despite belonging to the best described patterns in ecology, the mechanisms driving biodiversity along broad-scale climatic gradients, like the latitudinal gradient in diversity, remain poorly understood. Because of their high biodiversity, restricted spatial ranges, the continuous change in abiotic factors with altitude and their worldwide occurrence, mountains constitute ideal study systems to elucidate the predictors of global biodiversity patterns. However, mountain ecosystems are increasingly threatened by human land use and climate change. Since the consequences of such alterations on mountainous biodiversity and related ecosystem services are hardly known, research along elevational gradients is also of utmost importance from a conservation point of view. In addition to classical biodiversity research focusing on taxonomy, the significance of studying functional traits and their prominence in biodiversity ecosystem functioning (BEF) relationships is increasingly acknowledged. In this dissertation, I explore the patterns and drivers of mammal and dung beetle diversity along elevational and land use gradients on Mt. Kilimanjaro, Tanzania. Furthermore, I investigate the predictors of dung decomposition by dung beetles under different extinction scenarios. Mammals are not only charismatic, they also fulfil important roles in ecosystems. They provide important ecosystem services such as seed dispersal and nutrient cycling by turning over high amounts of biomass. In chapter II, I show that mammal diversity and community biomass both exhibited a unimodal distribution with elevation on Mt.Kilimanjaro and were mainly impacted by primary productivity, a measure of the total food abundance, and the protection status of study plots. Due to their large size and endothermy, mammals, in contrast to most arthopods, are theoretically predicted to be limited by food availability. My results are in concordance with this prediction. The significantly higher diversity and biomass in the Kilimanjaro National Park and in other conservation areas underscore the important role of habitat protection is vital for the conservation of large mammal biodiversity on tropical mountains. Dung beetles are dependent on mammals since they rely upon mammalian dung as a food and nesting resource. Dung beetles are also important ecosystem service providers: they play an important role in nutrient cycling, bioturbation, secondary seed dispersal and parasite suppression. In chapter III, I show that dung beetle diversity declined with elevation while dung beetle abundance followed a hump-shaped pattern along the elevational gradient. In contrast to mammals, dung beetle diversity was primarily predicted by temperature. Despite my attempt to accurately quantifiy mammalian dung resources by calculating mammalian defecation rates, I did not find an influence of dung resource availability on dung beetle richness. Instead, higher temperature translated into higher dung beetle diversity. Apart from being important ecosystem service providers, dung beetles are also model organisms for BEF studies since they rely on a resource which can be quantified easily. In chapter IV, I explore dung decomposition by dung beetles along the elevational gradient by means of an exclosure experiment in the presence of the whole dung beetle community, in the absence of large dung beetles and without any dung beetles. I show that dung decomposition was the highest when the dung could be decomposed by the whole dung beetle community, while dung decomposition was significantly reduced in the sole presence of small dung beetles and the lowest in the absence of dung beetles. Furthermore, I demonstrate that the drivers of dung decomposition were depend on the intactness of the dung beetle community. While body size was the most important driver in the presence of the whole dung beetle community, species richness gained in importance when large dung beetles were excluded. In the most perturbed state of the system with no dung beetles present, temperature was the sole driver of dung decomposition. In conclusion, abiotic drivers become more important predictors of ecosystem services the more the study system is disturbed. In this dissertation, I exemplify that the drivers of diversity along broad-scale climatic gradients on Mt. Kilimanjaro depend on the thermoregulatory strategy of organisms. While mammal diversity was mainly impacted by food/energy resources, dung beetle diversity was mainly limited by temperature. I also demonstrate the importance of protected areas for the preservation of large mammal biodiversity. Furthermore, I show that large dung beetles were disproportionately important for dung decomposition as dung decomposition significantly decreased when large dung beetles were excluded. As regards land use, I did not detect an overall effect on dung beetle and mammal diversity nor on dung beetle-mediated dung decomposition. However, for the most specialised mammal trophic guilds and dung beetle functional groups, negative land use effects were already visible. Even though the current moderate levels of land use on Mt. Kilimanjaro can sustain high levels of biodiversity, the pressure of the human population on Mt. Kilimanjaro is increasing and further land use intensification poses a great threat to biodiversity. In synergy wih land use, climate change is jeopardizing current patterns and levels of biodiversity with the potential to displace communities, which may have unpredictable consequences for ecosystem service provisioning in the future. N2 - Gradienten der Biodiversität, wie der Breitengradient der Artenvielfalt, gehören zu den bestbeschriebenen Mustern in der Ökologie. Dennoch bleiben die Mechanismen, die diese Gradienten steuern, unzureichend untersucht. Bergmassive eignen sich aufgrund ihrer hohen Artenvielfalt, ihrer räumlichen Begrenzung, der gleichmäßigen Veränderung abiotischer Faktoren mit der Höhe und ihres weltweiten Auftretens optimal zur Erforschung der Triebkräfte globaler Biodiversitätsmuster. Jedoch werden Gebirgs-Ökosysteme vermehrt durch menschliche Landnutzung und den Klimawandel bedroht. Da der Wissenstand über die Auswirkungen solcher Veränderungen auf die Biodiversität von Bergmassiven und zugehörigen Ökosystemdienstleistungen gering ist, nimmt die Erforschung von Höhengradienten auch aus der Perspektive des Artenschutzes eine besondere Bedeutung ein. In Ergänzung zur traditionellen, auf Taxonomie beruhenden Biodiversitätsforschung, wird die Wichtigkeit der Untersuchung funktioneller Merkmale und deren Bedeutung für Beziehungen zwischen Biodiversität und Ökosystemfunktionen (BEF) zunehmend anerkannt. In meiner Doktorarbeit untersuche ich entlang von Höhen- und Landnutzungsgradienten am Kilmandscharo (Tansania) die Muster und Triebkräfte der Artenvielfalt von Säugetieren und Dungkäfern als auch die Faktoren, die den Dungabbau durch Dungkäfer unter verschiedenen Aussterbe-Szenarien bestimmen. Säugetiere sind nicht nur charismatisch, sie nehmen auch wichtige Rollen in Ökosystemen ein. So erfüllen Säugetiere wichtige Ökosystemdienstleistungen wie die Verbreitung von Samen und sind maßgeblich am Nährstoffkreislauf durch den Umsatz großer Mengen von Biomasse beteiligt. Im zweiten Kapitel dieser Arbeit stelle ich dar, dass die Diversität und Biomasse der Säugetiergemeinschaft am Kilimandscharo eine unimodale Verteilung mit der Höhe aufweist. Dieses Muster wurde vor allem durch die Nettoprimärproduktion, ein Maß für die Nahrungsverfügbarkeit der Säugetiere, und den Schutzstatus der Untersuchungsgebiete bestimmt. Aufgrund ihrer Größe und Endothermie kann man schlussfolgern, dass für Säugetiere, im Unterschied zu den meisten Arthropoden, Nahrungsverfügbarkeit die Triebkraft der Diversität darstellt. Meine Resultate bestätigen diese Vorhersage. Die signifikant höhere Diversität und Biomasse der Säugetiere im Kilmandscharo Nationalpark und in anderen geschützten Gebieten unterstreicht die Wichtigkeit des Habitatschutzes für den Erhalt der Artenvielfalt großer Säugetiere in tropischen Bergmassiven. Dungkäfer stehen in enger Beziehung zu Säugetieren, da sie Säugetierdung als Nahrungs- und Nistmaterial benötigen. Dungkäfer übernehmen ebenfalls wichtige Ökosystemdienstleistungen: Sie spielen eine bedeutende Rolle im Nährstoffkreislauf und tragen entscheidend zur Bioturbation, der sekundären Verbreitung von Samen und der Unterdrückung von Schädlingen bei. Im dritten Kapitel weise ich nach, dass die Artenvielfalt der Dungkäfer mit der Höhe abnimmt, während die Abundanz der Käfer eine eingipfelige Verteilung zeigt. Im Unterschied zu den Säugetieren wurde die Diversität der Dungkäfer vor allem durch die Temperatur gesteuert. Obwohl ich versuchte, die vorhandenen Dungressourcen der Säugetiere möglichst genau durch die Berechung des Kotabsatzes zu quantifizieren, stellte ich keinen Einfluss von Ressourcenverfügbarkeit auf die Dungkäfer-Diversität fest. Stattdessen führte eine höhere Temperatur zu erhöhter Dungkäfer-Diversität. Abgesehen von ihrer Rolle als wichtige Ökosystemdienstleister stellen Dungkäfer auch Modellorganismen für BEF-Studien dar, da sie eine leicht zu quantifizierende Ressource benötigen. Im vierten Kapitel untersuche ich den Dungabbau von Dungkäfern entlang des Höhengradienten mithilfe eines Ausschlussexperiments: in der Gegenwart der gesamten Dungkäfergemeinschaft, unter dem Ausschluss großer Dungkäfer und in der Abwesenheit aller Dungkäfer. Der Dungabbau war am größten, wenn der Abbau durch die gesamte Dungkäfergemeinschaft erfolgen konnte. Waren nur kleine Dungkäfer anwesend, waren die Dungabbauraten deutlich geringer als in der Gegenwart großer Dungkäfer, während sie im Falle des Ausschlusses aller Dungkäfer minimal wurden. Außerdem konnte ich nachweisen, dass die Triebkräfte des Dungabbaus von dem Zustand der Dungkäfergemeinschaft abhingen. Während die mittlere Körpergröße von Dungkäfern der wichtigste Faktor darstellte, wenn die Lebensgemeinschaft vollständig war, erlangte die Artenvielfalt an Bedeutung, wenn große Dungkäfer abwesend waren. Im gestörtesten Zustand des Systems, wo der Dungabbau ohne Dungkäfer erfolgte, war Temperatur der einzige Faktor, der den Dungabbau bestimmte. Abiotische Faktoren nehmen an Wichtigkeit als Triebkräfte von Ökosystemdienstleistungen zu, je mehr das System gestört ist. Zusammenfassend wird in dieser Dissertation gezeigt, dass die Triebkräfte der Artenvielfalt entlang weitreichender klimatischer Gradienten am Kilimandscharo von der thermoregulatorischen Strategie der Organismen abhängen. Während die Diversität von Säugetieren vor allem durch die Nahrungsverfügbarkeit beeinflusst wurde, wurde die Dungkäfer-Diversität vor allem durch die Temperatur gesteuert. Außerdem sind geschützte Flächen für den Erhalt der Artenvielfalt großer Säugetiere unerlässlich. Weiterhin veranschauliche ich die herausragende Bedeutung großer Dungkäfer für den Dungabbau, da letzterer deutlich abnahm, wenn große Dungkäfer ausgeschlossen wurden. Betreffend der Landnutzung war insgesamt kein Einfluss auf die Dungkäfer- oder Säugetier-Diversität oder den Dungabbau durch Dungkäfer feststellbar. Anders sah es auf Ebene der am meisten spezialisierten trophischen Gilden der Säugetiere und funktionellen Gruppen der Dungkäfer aus: Hier waren bereits negative Auswirkungen sichtbar. Obwohl unter dem derzeitigen gemäßigten Ausmaß der Landnutzung am Kilimandscharo eine hohe Artenvielfalt aufrechterhalten werden kann, steigt der Druck durch das Bevölkerungswachstum, und eine zunehmende Intensivierung der Landwirtschaft stellt eine große Bedrohung für die Biodiversität dar. Im Zusammenspiel mit der Landnutzung gefährdet der Klimawandel das Niveau und die Verteilung der Biodiversität, mit dem Potential, Gemeinschaften von Organismen zu verdrängen, was unvorhersagbare Auswirkungen auf die Bereitstellung von Ökosystemdienstleistungen in der Zukunft haben könnte. KW - Kilimandscharo KW - Biodiversität KW - Säugetiere KW - Zersetzer KW - Scarabaeidae KW - Höhengradient KW - Landnutzungsgradient KW - Arten-Energy-Theory KW - Ökologie KW - Diversität KW - elevational gradient KW - land use KW - species-energy-theory KW - ecology KW - ecosystem service Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-191950 ER - TY - JOUR A1 - Hornick, Thomas A1 - Richter, Anett A1 - Harpole, William Stanley A1 - Bastl, Maximilian A1 - Bohlmann, Stephanie A1 - Bonn, Aletta A1 - Bumberger, Jan A1 - Dietrich, Peter A1 - Gemeinholzer, Birgit A1 - Grote, Rüdiger A1 - Heinold, Bernd A1 - Keller, Alexander A1 - Luttkus, Marie L. A1 - Mäder, Patrick A1 - Motivans Švara, Elena A1 - Passonneau, Sarah A1 - Punyasena, Surangi W. A1 - Rakosy, Demetra A1 - Richter, Ronny A1 - Sickel, Wiebke A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf A1 - Theodorou, Panagiotis A1 - Treudler, Regina A1 - Werchan, Barbora A1 - Werchan, Matthias A1 - Wolke, Ralf A1 - Dunker, Susanne T1 - An integrative environmental pollen diversity assessment and its importance for the Sustainable Development Goals JF - Plants, People, Planet N2 - Societal Impact Statement Pollen relates to many aspects of human and environmental health, which protection and improvement are endorsed by the United Nations Sustainable Development Goals. By highlighting these connections in the frame of current challenges in monitoring and research, we discuss the need of more integrative and multidisciplinary pollen research related to societal needs, improving health of humans and our ecosystems for a sustainable future. Summary Pollen is at once intimately part of the reproductive cycle of seed plants and simultaneously highly relevant for the environment (pollinators, vector for nutrients, or organisms), people (food safety and health), and climate (cloud condensation nuclei and climate reconstruction). We provide an interdisciplinary perspective on the many and connected roles of pollen to foster a better integration of the currently disparate fields of pollen research, which would benefit from the sharing of general knowledge, technical advancements, or data processing solutions. We propose a more interdisciplinary and holistic research approach that encompasses total environmental pollen diversity (ePD) (wind and animal and occasionally water distributed pollen) at multiple levels of diversity (genotypic, phenotypic, physiological, chemical, and functional) across space and time. This interdisciplinary approach holds the potential to contribute to pressing human issues, including addressing United Nations Sustainable Development Goals, fostering social and political awareness of these tiny yet important and fascinating particles. KW - aerobiology KW - allergy KW - diversity KW - environmental monitoring KW - food safety KW - paleoecology KW - palynology KW - pollination Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276487 VL - 4 IS - 2 SP - 110 EP - 121 ER - TY - THES A1 - Krones, David T1 - The Role of Acid Sphingomyelinase in \(Staphylococcus\) \(aureus\) Infection of Endothelial Cells T1 - Die Rolle der sauren Sphingomyelinase bei \(Staphylococcus\) \(aureus\) Infektionen von Endothelzellen N2 - Staphylococcus aureus is a human bacterial pathogen responsible for a variety of diseases including bacterial pneumonia and sepsis. Recent studies provided an explanation, how S. aureus and its exotoxins contribute to the degradation of endothelial junction proteins and damage lung tissue [4]. Previous findings were indicating an involvement of acid sphingomyelinase (ASM) activity in cell barrier degradation [5]. In the presented study the impact of singular virulence factors, such as staphylococcal α-toxin, on in vitro cell barrier integrity as well as their ability to elicit an activation of ASM were investigated. Experiments with bacterial supernatants performed on human endothelial cells demonstrated a rapid dissociation after treatment, whereas murine endothelial cells were rather resistant against cell barrier degradation. Furthermore, amongst all tested staphylococcal toxins it was found that only α-toxin had a significant impact on endothelial junction proteins and ASM activity. Ablation of this single toxin was sufficient to protect endothelial cells from cell barrier degradation and activation of ASM was absent. In this process it was verified, that α-toxin induces a recruitment of intracellular ASM, which is accompanied by rapid and oscillating changes in cytoplasmic Ca2+ concentration and an increased exposure of Lysosomal associated membrane protein 1 (LAMP1) on the cell surface. Recruitment of lysosomal ASM is associated, among other aspects, to plasma membrane repair and was previously described to be involved with distinct pathogens as well as other pore forming toxins (PFT). However, with these findings a novel feature for α-toxin has been revealed, indicating that the staphylococcal PFT is able to elicit a similar process to previously described plasma membrane repair mechanisms. Increased exposure and intake of surface membrane markers questioned the involvement of ASM activity in S. aureus internalization by non-professional phagocytes such as endothelial cells. By modifying ASM expression pattern as well as application of inhibitors it was possible to reduce the intracellular bacterial count. Thus, a direct connection between ASM activity and S. aureus infection mechanisms was observed, therefore this study exemplifies how S. aureus is able to exploit the host cell sphingolipid metabolism as well as benefit of it for invasion into non-professional phagocytic cells N2 - Staphylococcus aureus ist ein bakterieller Erreger, der für eine Vielzahl von Erkrankungen des Menschen verantwortlich ist, darunter bakterielle Lungenentzündung und Sepsis. Neuere Studien konnten einen Ansatz dafür liefern, wie S. aureus und seine Exotoxine zur Degradation von endothelialen Verbindungsproteinen beitragen und das Lungengewebe schädigen. Weitere Befunde weisen auf eine Beteiligung der sauren Sphingomyelinase (ASM) bei der Degradation der Zellbarriere hin. In der vorliegenden Studie soll der Einfluss einzelner Virulenzfaktoren, wie z. B. Staphylokokkus α-Toxin, auf die Integrität der Zellbarriere in vitro sowie deren Fähigkeit, eine Aktivierung der ASM hervorzurufen, untersucht werden.Experimente mit bakteriellen Überständen die an humanen Endothelzellen durchgeführt wurden, zeigten eine rasche Dissoziation nach Behandlung, während murine Endothelzellen vorwiegend resistent gegen eine Degradation der Zellbarriere waren. Darüber hinaus wurde unter allen getesteten Staphylokokken-Toxinen festgestellt, dass nur α-Toxin einen signifikanten Einfluss auf endotheliale Verbindungssproteine und ASM-Aktivität hat. Die genetische Ablation des Toxins alleine reichte aus, um Endothelzellen vor einer Degradation der Zellbarriere zu schützen, und die Aktivierung von ASM blieb aus. Dabei konnte nachgewiesen werden, dass α-Toxin eine Rekrutierung von intrazellulärem ASM induziert, die mit schnellen oszillierenden Veränderungen der zytoplasmatischen Ca2+-Konzentration und einer erhöhten Exposition von Lysosome associated membrane protein 1 (LAMP1) an der Zelloberfläche einhergeht. Die Rekrutierung lysosomaler ASM ist u.a. mit der Reparatur von Plasmamembran assoziiert und wurde bereits im Zusammenhang mit verschiedenen Pathogenen sowie anderer porenbildende Toxine (PFT) beschrieben. Mit diesen Befunden konnte jedoch eine neue Eigenschaft für α-Toxin beschrieben werden, die darauf hindeutet, dass das Staphylokokken-PFT einen ähnlichen Prozess auslösen kann wie zuvor beschriebene Plasmamembran-Reparaturmechanismen. Die vermehrte Exposition und Aufnahme von Oberflächenmembranmerkmalen stellte die Beteiligung der ASM-Aktivität an der Internalisierung von S. aureus durch nicht-professionelle Phagozyten wie Endothelzellen in Frage. Durch Modifikation des ASM-Expressionsmusters sowie Applikation von Inhibitoren war es möglich, die intrazelluläre Keimzahl zu reduzieren. Somit konnte ein direkter Zusammenhang zwischen ASM-Aktivität und den Infektionsmechanismen von S. aureus beobachtet werden. Diese Studie verdeutlicht somit, wie S. aureus den Sphingolipid-Stoffwechsel der Wirtszelle ausnutzen und für die Invasion in nicht-professionelle phagozytische Zellen nutzen kann KW - Staphylococcus aureus KW - Endothelzelle KW - Endothelial cells KW - Acid Sphingomyelinase KW - Plasma membrane repair Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-290492 ER - TY - JOUR A1 - Reinhard, Nils A1 - Schubert, Frank K. A1 - Bertolini, Enrico A1 - Hagedorn, Nicolas A1 - Manoli, Giulia A1 - Sekiguchi, Manabu A1 - Yoshii, Taishi A1 - Rieger, Dirk A1 - Helfrich-Förster, Charlotte T1 - The neuronal circuit of the dorsal circadian clock neurons in Drosophila melanogaster JF - Frontiers in Physiology N2 - Drosophila’s dorsal clock neurons (DNs) consist of four clusters (DN1as, DN1ps, DN2s, and DN3s) that largely differ in size. While the DN1as and the DN2s encompass only two neurons, the DN1ps consist of ∼15 neurons, and the DN3s comprise ∼40 neurons per brain hemisphere. In comparison to the well-characterized lateral clock neurons (LNs), the neuroanatomy and function of the DNs are still not clear. Over the past decade, numerous studies have addressed their role in the fly’s circadian system, leading to several sometimes divergent results. Nonetheless, these studies agreed that the DNs are important to fine-tune activity under light and temperature cycles and play essential roles in linking the output from the LNs to downstream neurons that control sleep and metabolism. Here, we used the Flybow system, specific split-GAL4 lines, trans-Tango, and the recently published fly connectome (called hemibrain) to describe the morphology of the DNs in greater detail, including their synaptic connections to other clock and non-clock neurons. We show that some DN groups are largely heterogenous. While certain DNs are strongly connected with the LNs, others are mainly output neurons that signal to circuits downstream of the clock. Among the latter are mushroom body neurons, central complex neurons, tubercle bulb neurons, neurosecretory cells in the pars intercerebralis, and other still unidentified partners. This heterogeneity of the DNs may explain some of the conflicting results previously found about their functionality. Most importantly, we identify two putative novel communication centers of the clock network: one fiber bundle in the superior lateral protocerebrum running toward the anterior optic tubercle and one fiber hub in the posterior lateral protocerebrum. Both are invaded by several DNs and LNs and might play an instrumental role in the clock network. KW - circadian clock KW - dorsal clock neurons KW - trans-tango KW - flybow KW - neuroanatomy KW - hemibrain KW - clock network Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272527 SN - 1664-042X VL - 13 ER - TY - JOUR A1 - Beer, Katharina A1 - Härtel, Stephan A1 - Helfrich-Förster, Charlotte T1 - The pigment-dispersing factor neuronal network systematically grows in developing honey bees JF - The Journal of Comparative Neurology N2 - The neuropeptide pigment-dispersing factor (PDF) plays a prominent role in the circadian clock of many insects including honey bees. In the honey bee brain, PDF is expressed in about 15 clock neurons per hemisphere that lie between the central brain and the optic lobes. As in other insects, the bee PDF neurons form wide arborizations in the brain, but certain differences are evident. For example, they arborize only sparsely in the accessory medulla (AME), which serves as important communication center of the circadian clock in cockroaches and flies. Furthermore, all bee PDF neurons cluster together, which makes it impossible to distinguish individual projections. Here, we investigated the developing bee PDF network and found that the first three PDF neurons arise in the third larval instar and form a dense network of varicose fibers at the base of the developing medulla that strongly resembles the AME of hemimetabolous insects. In addition, they send faint fibers toward the lateral superior protocerebrum. In last larval instar, PDF cells with larger somata appear and send fibers toward the distal medulla and the medial protocerebrum. In the dorsal part of the medulla serpentine layer, a small PDF knot evolves from which PDF fibers extend ventrally. This knot disappears during metamorphosis and the varicose arborizations in the putative AME become fainter. Instead, a new strongly stained PDF fiber hub appears in front of the lobula. Simultaneously, the number of PDF neurons increases and the PDF neuronal network in the brain gets continuously more complex. KW - apis mellifera KW - circadian clock KW - immunohistochemistry KW - larval and pupal development KW - neuroanatomy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-257300 VL - 530 IS - 9 ER - TY - JOUR A1 - Floren, Andreas A1 - Horchler, Peter J. A1 - Müller, Tobias T1 - The impact of the neophyte tree Fraxinus pennsylvanica [Marshall] on beetle diversity under climate change JF - Sustainability N2 - We studied the impact of the neophyte tree Fraxinus pennsylvanica on the diversity of beetles in floodplain forests along the river Elbe in Germany in 2016, 2017 and in 2020, where 80% of all Fraxinus excelsior trees had died following severe droughts. Beetles were collected by insecticidal knock-down from 121 trees (64 F. excelsior and 57 F. pennsylvanica) and identified to 547 species in 15,214 specimens. The trees sampled in 2016 and 2017 showed no signs of drought stress or ash dieback and serve as a reference for the comparison with the 2020 fauna. The data proved that F. excelsior harbours the most diverse beetle community, which differed also significantly in guild composition from F. pennsylvanica. Triggered by extremely dry and long summer seasons, the 2020 ash dieback had profound and forest-wide impacts. Several endangered, red-listed beetle species of Saxonia Anhalt had increased in numbers and became secondary pests on F. excelsior. Diversity decreased whilst numbers of xylobionts increased on all trees, reaching 78% on F. excelsior. Proportions of xylobionts remained constant on F. pennsylvanica. Phytophages were almost absent from all trees, but mycetophages increased on F. pennsylvanica. Our data suggest that as a result of the dieback of F. excelsior the neophyte F. pennsylvanica might become a rescue species for the European Ash fauna, as it provides the second-best habitat. We show how difficult it is to assess the dynamics and the ecological impact of neophytes, especially under conditions similar to those projected by climate change models. The diversity and abundance of canopy arthropods demonstrates their importance in understanding forest functions and maintenance of ecosystem services, illustrating that their consideration is essential for forest adaptation to climate change. KW - forest conversion KW - neophyte trees KW - ash dieback KW - beetle communities KW - ecosystem function Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-262223 SN - 2071-1050 VL - 14 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Beetz, M. Jerome A1 - Hechavarría, Julio C. T1 - Neural processing of naturalistic echolocation signals in bats JF - Frontiers in Neural Circuits N2 - Echolocation behavior, a navigation strategy based on acoustic signals, allows scientists to explore neural processing of behaviorally relevant stimuli. For the purpose of orientation, bats broadcast echolocation calls and extract spatial information from the echoes. Because bats control call emission and thus the availability of spatial information, the behavioral relevance of these signals is undiscussable. While most neurophysiological studies, conducted in the past, used synthesized acoustic stimuli that mimic portions of the echolocation signals, recent progress has been made to understand how naturalistic echolocation signals are encoded in the bat brain. Here, we review how does stimulus history affect neural processing, how spatial information from multiple objects and how echolocation signals embedded in a naturalistic, noisy environment are processed in the bat brain. We end our review by discussing the huge potential that state-of-the-art recording techniques provide to gain a more complete picture on the neuroethology of echolocation behavior. KW - biosonar KW - neural coding KW - naturalistic stimuli KW - bats KW - acoustic stream KW - neuroethology Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-274605 SN - 1662-5110 VL - 16 ER - TY - JOUR A1 - Koderer, Corinna A1 - Schmitz, Werner A1 - Wünsch, Anna Chiara A1 - Balint, Julia A1 - El-Mesery, Mohamed A1 - Volland, Julian Manuel A1 - Hartmann, Stefan A1 - Linz, Christian A1 - Kübler, Alexander Christian A1 - Seher, Axel T1 - Low energy status under methionine restriction is essentially independent of proliferation or cell contact inhibition JF - Cells N2 - Nonlimited proliferation is one of the most striking features of neoplastic cells. The basis of cell division is the sufficient presence of mass (amino acids) and energy (ATP and NADH). A sophisticated intracellular network permanently measures the mass and energy levels. Thus, in vivo restrictions in the form of amino acid, protein, or caloric restrictions strongly affect absolute lifespan and age-associated diseases such as cancer. The induction of permanent low energy metabolism (LEM) is essential in this process. The murine cell line L929 responds to methionine restriction (MetR) for a short time period with LEM at the metabolic level defined by a characteristic fingerprint consisting of the molecules acetoacetate, creatine, spermidine, GSSG, UDP-glucose, pantothenate, and ATP. Here, we used mass spectrometry (LC/MS) to investigate the influence of proliferation and contact inhibition on the energy status of cells. Interestingly, the energy status was essentially independent of proliferation or contact inhibition. LC/MS analyses showed that in full medium, the cells maintain active and energetic metabolism for optional proliferation. In contrast, MetR induced LEM independently of proliferation or contact inhibition. These results are important for cell behaviour under MetR and for the optional application of restrictions in cancer therapy. KW - methionine restriction KW - caloric restriction KW - mass spectrometry KW - LC/MS KW - liquid chromatography/mass spectrometry KW - metabolomics KW - L929 KW - amino acid KW - proliferation KW - contact inhibition Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-262329 SN - 2073-4409 VL - 11 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Nanda, Indrajit A1 - Schories, Susanne A1 - Simeonov, Ivan A1 - Adolfi, Mateus Contar A1 - Du, Kang A1 - Steinlein, Claus A1 - Alsheimer, Manfred A1 - Haaf, Thomas A1 - Schartl, Manfred T1 - Evolution of the degenerated Y-chromosome of the swamp guppy, Micropoecilia picta JF - Cells N2 - The conspicuous colour sexual dimorphism of guppies has made them paradigmatic study objects for sex-linked traits and sex chromosome evolution. Both the X- and Y-chromosomes of the common guppy (Poecilia reticulata) are genetically active and homomorphic, with a large homologous part and a small sex specific region. This feature is considered to emulate the initial stage of sex chromosome evolution. A similar situation has been documented in the related Endler’s and Oropuche guppies (P. wingei, P. obscura) indicating a common origin of the Y in this group. A recent molecular study in the swamp guppy (Micropoecilia. picta) reported a low SNP density on the Y, indicating Y-chromosome deterioration. We performed a series of cytological studies on M. picta to show that the Y-chromosome is quite small compared to the X and has accumulated a high content of heterochromatin. Furthermore, the Y-chromosome stands out in displaying CpG clusters around the centromeric region. These cytological findings evidently illustrate that the Y-chromosome in M. picta is indeed highly degenerated. Immunostaining for SYCP3 and MLH1 in pachytene meiocytes revealed that a substantial part of the Y remains associated with the X. A specific MLH1 hotspot site was persistently marked at the distal end of the associated XY structure. These results unveil a landmark of a recombining pseudoautosomal region on the otherwise strongly degenerated Y chromosome of M. picta. Hormone treatments of females revealed that, unexpectedly, no sexually antagonistic color gene is Y-linked in M. picta. All these differences to the Poecilia group of guppies indicate that the trajectories associated with the evolution of sex chromosomes are not in parallel. KW - sex chromosomes KW - heterochromatin KW - Y chromosome degeneration KW - meiosis KW - synaptonemal complex KW - recombination KW - 5-methylcytosine KW - testosterone KW - sexual antagonistic genes KW - sex linked pigmentation pattern Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267242 SN - 2073-4409 VL - 11 IS - 7 ER - TY - THES A1 - Liu, Ruiqi T1 - Dynamic regulation of the melanocortin 4 receptor system in body weight homeostasis and reproductive maturation in fish T1 - Dynamische Regulation des Melanocortin-4-Rezeptor Systems bei der Körpergewichtshomöostase und der Fortpflanzungsreifung bei Fischen N2 - Puberty is an important period of life with physiological changes to enable animals to reproduce. Xiphophorus fish exhibit polymorphism in body size, puberty timing, and reproductive tactics. These phenotypical polymorphisms are controlled by the Puberty (P) locus. In X. nigrensis and X. multilineatus, the P locus encodes the melanocortin 4 receptor (Mc4r) with high genetic polymorphisms. Mc4r is a member of the melanocortin receptors, belonging to class A G-protein coupled receptors. The Mc4r signaling system consists of Mc4r, the agonist Pomc (precursor of various MSH and of ACTH), the antagonist Agrp and accessory protein Mrap2. In humans, MC4R has a role in energy homeostasis. MC4R and MRAP2 mutations are linked to human obesity but not to puberty. Mc4rs in X. nigrensis and X. multilineatus are present in three allele classes, A, B1 and B2, of which the X-linked A alleles express functional receptors and the male-specific Y-linked B alleles encode defective receptors. Male body sizes are correlated with B allele type and B allele copy numbers. Late-maturing large males carry B alleles in high copy number while early-maturing small males carry B alleles in low copy number or only A alleles. Cell culture co-expression experiments indicated that B alleles may act as dominant negative receptor mutants on A alleles. In this study, the main aim was to biochemically characterize the mechanism of puberty regulation by Mc4r in X. nigrensis and X. multilineatus, whether it is by Mc4r dimerization and/or Mrap2 interaction with Mc4r or other mechanisms. Furthermore, Mc4r in X. hellerii (another swordtail species) and medaka (a model organism phylogenetically close to Xiphophorus) were investigated to understand if the investigated mechanisms are conserved in other species. In medaka, the Mc4r signaling system genes (mc4r, mrap2, pomc, agrp1) are expressed before hatching, with agrp1 being highly upregulated during hatching and first feeding. These genes are mainly expressed in adult brain, and the transcripts of mrap2 co-localize with mc4r indicating a function in modulating Mc4r signaling. Functional comparison between wild-type and mc4r knockout medaka showed that Mc4r knockout does not affect puberty timing but significantly delays hatching due to the retarded embryonic development of knockout medaka. Hence, the Mc4r system in medaka is involved in regulation of growth rather than puberty. In Xiphophorus, expression co-localization of mc4r and mrap2 in X. nigrensis and X. hellerii fish adult brains was characterized by in situ hybridization. In both species, large males exhibit strikingly high expression of mc4r while mrap2 shows similar expression level in the large and small male and female. Differently, X. hellerii has only A-type alleles indicating that the puberty regulation mechanisms evolved independently in Xiphophorus genus. Functional analysis of Mrap2 and Mc4r A/B1/B2 alleles of X. multilineatus showed that increased Mrap2 amounts induce higher cAMP response but EC50 values do not change much upon Mrap2 co-expression with Mc4r (expressing only A allele or A and B1 alleles). A and B1 alleles were expressed higher in large male brains, while B2 alleles were only barely expressed. Mc4r A-B1 cells have lower cAMP production than Mc4r A cells. Together, this indicates a role of Mc4r alleles, but not Mrap2, in puberty onset regulation signaling. Interaction studies by FRET approach evidenced that Mc4r A and B alleles can form heterodimers and homodimers in vitro, but only for a certain fraction of the expressed receptors. Single-molecule colocalization study using super-resolution microscope dSTORM confirmed that only few Mc4r A and B1 receptors co-localized on the membrane. Altogether, the species-specific puberty onset regulation in X. nigrensis and X. multilineatus is linked to the presence of Mc4r B alleles and to some extent to its interaction with A allele gene products. This is reasoned to result in certain levels of cAMP signaling which reaches the dynamic or static threshold to permit late puberty in large males. In summary, puberty onset regulation by dominant negative effect of Mc4r mutant alleles is a special mechanism that is found so far only in X. nigrensis and X. multilineatus. Other Xiphophorus species obviously evolved the same function of the pathway by diverse mechanisms. Mc4r in other fish (medaka) has a role in regulation of growth, reminiscent of its role in energy homeostasis in humans. The results of this study will contribute to better understand the biochemical and physiological functions of the Mc4r system in vertebrates including human. N2 - Die Pubertät ist ein wichtiger Lebensabschnitt mit physiologischen Veränderungen, die die Fortpflanzung von Tieren ermöglichen. Xiphophorus Fische weisen einen Polymorphismus in Bezug auf Körpergröße, Pubertätszeit und Fortpflanzungstaktik auf. Diese phänotypischen Polymorphismen werden durch den Pubertäts (P) Locus gesteuert. In X. nigrensis und X. multilineatus kodiert der P Locus den Melanocortin-4-Rezeptor (Mc4r) mit hohen genetischen Polymorphismen. Mc4r gehört zu den Melanocortin-Rezeptoren, die zur Klasse A der G-Protein-gekoppelten Rezeptoren gehören. Das Mc4r-Signalsystem besteht aus Mc4r, dem Agonisten Pomc (Prohormon der verschiedenen MSH und des ACTH), dem Antagonisten Agrp und dem akzessorischen Protein Mrap2. Beim Menschen spielt MC4R eine Rolle bei der Energiehomöostase. MC4R und MRAP2 Mutationen stehen im Zusammenhang mit menschlicher Fettleibigkeit, jedoch nicht mit der Pubertät. Mc4rs in X. nigrensis und X. multilineatus sind in drei Allelklassen vorhanden, A, B1 und B2, von denen die X-chromosomalen A Allele funktionelle Rezeptoren exprimieren und die spezifischen männlichen Y-chromosomalen B Allele für defekte Rezeptoren kodieren. Die männliche Körpergröße korreliert mit dem B Alleltyp und der Kopienzahl des B Allels. Spätreife große Männchen tragen B Allele in hoher Kopienzahl, während frühreife kleine Männchen B Allele in niedriger Kopienzahl oder nur A Allele tragen. Koexpressions-Experimente in Zellkultur zeigten, dass B Allele als dominant negative Mutanten-Rezeptor auf A Allele wirken können. In dieser Studie war das Hauptziel die biochemische Charakterisierung des Mechanismus der Pubertätsregulation durch Mc4r in X. nigrensis und X. multilineatus. Dabei wurde untersucht, ob die Regulation durch eine Mc4r Dimerisierung und/oder Mrap2 Interaktion mit Mc4r oder durch andere Mechanismen erfolgt. Des Weiteren wurde Mc4r in X. hellerii (einer anderen Schwertträger Art) und Medaka (ein phylogenetisch naheliegender Modellorganismus von Xiphophorus) untersucht, um zu verstehen, ob die untersuchten Mechanismen in anderen Arten konserviert sind. In Medaka werden die Gene des Mc4r Signalsystems (mc4r, mrap2, pomc, agrp1) vor dem Schlüpfen exprimiert, wobei agrp1 während des Schlüpfens und der ersten Fütterung stark hochreguliert wird. Im adulten Medaka werden diese Gene hauptsächlich im Gehirn exprimiert und die Transkripte von mrap2 und mc4r kolokalisieren, was auf eine Funktion bei der Modulation der Mc4r-Signaltransduktion hinweist. Ein funktionaler Vergleich zwischen Wildtyp- und mc4r-Knockout Medaka zeigte, dass der Mc4r-Knockout das Pubertäts-Timing nicht beeinflusst, das Schlüpfen jedoch aufgrund der verzögerten embryonalen Entwicklung von Knockout-Medaka signifikant verzögert. Daher ist das Mc4r System in Medaka eher an der Regulation des Wachstums als an der Pubertät beteiligt. Bei Xiphophorus wurde die Lokalisierung von mc4r und mrap2 in erwachsenen Gehirnen von X. nigrensis und X. hellerii durch in situ Hybridisierung charakterisiert. Bei beiden Spezies zeigen große Männchen eine auffallend hohe Expression von mc4r, während mrap2 bei großen und kleinen Männchen und Weibchen ein ähnliches Expressionsniveau zeigt. Im Gegensatz dazu weist X. hellerii nur Allele vom A-Typ auf, was darauf hinweist, dass sich die Pubertätsregulationsmechanismen in dem Genus Xiphophorus unabhängig voneinander entwickelt haben. Die funktionelle Analyse der Mrap2 und Mc4r A/B1/B2 Allele von X. multilineatus zeigte, dass erhöhte Mrap2-Mengen eine höhere cAMP-Antwort induzieren, die EC50-Werte sich jedoch bei der Mrap2-Coexpression mit Mc4r nicht wesentlich ändern (nur A Allel oder A und B1 Allele). A und B1 Allele wurden in großen männlichen Gehirnen höher exprimiert, während B2 Allele kaum exprimiert wurden. Mc4r A-B1 Zellen haben eine geringere cAMP-Produktion als Mc4r A Zellen. Zusammengenommen deutet dies auf eine Rolle von Mc4r-Allelen, jedoch nicht von Mrap2, bei der Signalgebung zur Regulation des Pubertätsbeginns hin. Interaktionsstudien mit den FRET-Methoden zeigten, dass Mc4r A und B Allele in vitro Heterodimere und Homodimere bilden können, jedoch nur für einen bestimmten Anteil der exprimierten Rezeptoren. Die Einzelmolekül-co-lokalisierungsstudie unter Verwendung von der hochauflösenden Mikroskopiemethode dSTORM bestätigte, dass nur wenige Mc4r A und B1 Rezeptoren auf der Membran co-lokalisiert sind. Insgesamt ist die artspezifische Regulation des Pubertätsbeginns bei X. nigrensis und X. multilineatus auf das Vorhandensein von Mc4r B Allelen und teilweise auf deren Interaktion mit Genprodukten des A Allels zurückzuführen. Dies wird dadurch begründet, dass ein bestimmtes cAMP Niveau (statische oder dynamische Schwelle) erreicht werden muss, um die Pubertät einzuleiten. In großen Männchen wird dieses cAMP Niveau später erreicht und so die Pubertät später eingeleitet. Zusammenfassend ist die Regulation des Pubertätsbeginns durch die dominante negative Wirkung von mutierten Mc4r Allelen ein spezieller Mechanismus, der bisher nur bei X. nigrensis und X. multilineatus zu finden ist. Andere Xiphophorus Arten haben offensichtlich durch andere Mechanismen die gleiche Funktion des Signalwegs entwickelt. In anderen Fischen (Medaka) spielt Mc4r eine Rolle bei der Regulation des Wachstums und erinnert an seine Rolle bei der Energie-Homöostase beim Menschen. Die Ergebnisse dieser Studie werden dazu beitragen, die biochemischen und physiologischen Funktionen des Mc4r-Systems bei Wirbeltieren, einschließlich Menschen, besser zu verstehen. KW - Japankärpfling KW - Mc4r KW - Schwertkärpfling KW - Pubertät KW - Molekularbiologie KW - GPCR KW - Mrap2 KW - Medaka KW - Xiphophorus KW - Puberty KW - Growth Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-206536 ER -