TY - THES A1 - Schickhardt, Irene T1 - A Process Model for Selecting the Most Appropriate Production Site : an Application-oriented Approach for OEMs based on a Literature Analysis T1 - Ein Prozessmodell für die Wahl des geeignetsten Produktionsstandorts N2 - The global selection of production sites is a very complex task of great strategic importance for Original Equipment Manufacturers (OEMs), not only to ensure their sustained competitiveness, but also due to the sizeable long-term investment associated with a production site. With this in mind, this work develops a process model with which OEMs can select the most appropriate production site for their specific production activity in practice. Based on a literature analysis, the process model is developed by determining all necessary preparation, by defining the properties of the selection process model, providing all necessary instructions for choosing and evaluating location factors, and by laying out the procedure of the selection process model. Moreover, the selection process model includes a discussion of location factors which are possibly relevant for OEMs when selecting a production site. This discussion contains a description and, if relevant, a macroeconomic analysis of each location factor, an explanation of their relevance for constructing and operating a production site, additional information for choosing relevant location factors, and information and instructions on evaluating them in the selection process model. To be successfully applicable, the selection process model is developed based on the assumption that the production site must not be selected in isolation, but as part of the global production network and supply chain of the OEM and, additionally, to advance the OEM’s related strategic goals. Furthermore, the selection process model is developed on the premise that a purely quantitative model cannot realistically solve an OEM’s complex selection of a production site, that the realistic analysis of the conditions at potential production sites requires evaluating the changes of these conditions over the planning horizon of the production site and that the future development of many of these conditions can only be assessed with uncertainty. N2 - Die globale Standortwahl ist eine sehr komplexe Aufgabe von immenser strategischer Bedeutung für Automobilhersteller (OEMs). Die strategische Bedeutung rührt nicht nur daher, dass die Standortwahl wichtig für die Wettbewerbsfähigkeit von OEMs ist, sondern auch von der großen langfristigen Investition, die ein Produktionsstandort erfordert. In der vorliegenden Arbeit wird ein Prozessmodell entwickelt, mit dessen Hilfe OEMs in der Praxis einen für ihre Produktionsaktivität geeigneten Standort finden können. Das Prozessmodell wird auf Basis einer Literaturanalyse entwickelt: erstens werden vorbereitende Maßnahmen bestimmt, zweitens werden die Eigenschaften des Prozessmodells definiert und alle notwendigen Anleitungen für die Auswahl und Auswertung von Standortfaktoren dargestellt und drittens wird der Ablauf des Prozessmodells entworfen. Das Prozessmodell beinhaltet darüber hinaus eine Diskussion der Standortfaktoren, die für die Produktionsstandortsuche eines OEM relevant sein können. Diese Diskussion setzt sich aus der Beschreibung jedes Standortfaktors, einer makroökonomischen Analyse – soweit relevant –, einer Erklärung der Bedeutung des Standortfaktors für den Bau und Betrieb der Produktionsstätte sowie zusätzlichen Informationen für die Auswahl und Auswertung der Standortfaktoren zusammen. Damit der Auswahlprozess erfolgreich angewandt werden kann, wurde er unter der Annahme entwickelt, dass ein Produktionsstandort nicht isoliert gewählt werden kann, sondern als Teil des globalen Produktionsnetzwerkes und Supply Chain des OEM sowie unter Berücksichtigung der strategischen Ziele des OEM. Darüber hinaus wurde angenommen, dass ein rein quantitatives Modell die komplexe Produktionsstandortwahl eines OEM nicht lösen kann und die realistische Analyse der Bedingungen an potenziellen Standorten eine dynamische Analyse für den Planungshorizont des Produktionsstandortes erfordert und die zukünftige Entwicklung dieser Bedingungen nur mit Ungewissheit bewertet werden kann. KW - Produktionsstandort KW - Standortfaktor KW - Produktionsstandort KW - Standortfaktor KW - Location Factors KW - Production Site Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276652 ER - TY - THES A1 - Kaiser, Dustin T1 - Non-standard computational approaches applied to molecular systems T1 - Unkonventionelle Berechnungsansätze für molekulare Systeme N2 - In this thesis, several contributions to the understanding and modeling of chemical phenomena using computational approaches are presented. These investigations are characterized by the usage of non-standard computational modeling techniques, which is necessitated by the complex nature of the electronic structure or atomic fluctuations of the target molecules. Multiple biradical-type molecules and their spectroscopic properties were modeled. In the course of the investigation, it is found that especially the impact of correct molecular geometries on the computationally predicted absorption properties may be critical. In order to find the correct minimum geometries, Multi-Reference methods may have to be invoked. The impact of geometry relaxation on the excitonic properties of Perylene Bisimide dimers were investigated. Oftentimes, these geometry factors are neglected in Organic Semiconductor modeling as an approximation. This present investigation suggests that this approximation is not always valid, as certain regimes are identified where geometrical parameters have critical impact on the localization and energetic properties of excitons. The mechanism of the Triazolinedione (TAD) tyrosine bioconjugation reaction is investigated using quantum-chemical methods. By comparison of different conceivable mechanisms and their energetic ordering, the TAD tyrosine bioconjugation is found to proceed by means of a base-mediated electrophilic aromatic substitution reaction. The kth nearest neighbor entropy estimation protocol is investigated. This estimator promises accurate entropy estimates even for flexible molecules with multiple structural minima. Our granular investigation of formal and practical properties of the estimator suggests that the uneven variance of a molecule’s vibrational modes is the cause of the observed slow convergence of the estimator. A rescaling procedure to reestablish fast convergence is suggested and benchmarks are performed. N2 - Im Rahmen dieser Arbeit wurden Berechnungsansätze für die Modellierung mit Standardverfahren näherungsweise berechenbarer molekularer und spektroskopischer Probleme diskutiert. Zunächst wurden die spektroskopischen Eigenschaften der biradikalischen Moleküle Methylbismut, Diphenylacetylen, Pentadiynylidin (sowie dessen methylsubstituierte Derivate) und Diphenylpropynyliden untersucht. Diese Forschungsvorhaben wurden in Zusammenarbeit mit experimentell arbeitenden physi kalischen und synthetischen Chemikern durchgeführt. Der Vergleich von sowohl spek troskopisch als auch durch theoretische Rechnungen erlagter Erkenntnisse erlaubt eine genaue Charakterisierung der physiko-chemischen Eigenschaften der Moleküle. Mit Hilfe von computergestützter Modellierung wurden die Ionisierungsenergien und die Absorptionsspektren der Ionisierung in der Franck-Condon-Approximation berechnet. Für Methylbismut wurden skalar-relativistische und Pseudopotenzial-basierte Ansätze zur Berechnung verwendet. Durch Analyse der angeregten elektronischen Zustände und ihrer geometrieabhängigen energetischen Eigenschaften, konnte das transiente Absorptionsspektrum von Diphenylpropynyliden genau charakterisiert und rational isiert werden. ... KW - Quantenchemie KW - Theoretische Chemie KW - Entropie KW - Computational Chemistry KW - Quantum Chemistry Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276641 ER - TY - THES A1 - Karikari, Akua Afriyie T1 - Alpha Synuclein Specific T Lymphocytes Promote Neurodegeneration in the A53T-α-synuclein Parkinson's Disease Mouse Model T1 - Alpha Synuclein-spezifische T Lymphocytes verursachen Neurodegeneration im A53T-α-synuclein Parkinson-Krankheitsmodell N2 - Parkinson’s disease (PD), which is the most common motor neurodegenerative disorder has attracted a tremendous amount of research advancement amid the challenges of the lack of an appropriate model that summate all the features of the human disease. Nevertheless, an aspect of the disease that is yet to be fully elucidated is the role of the immune system particularly the adaptive arm in the pathogenesis of PD. The focus of this study therefore was to characterize the contribution of lymphocytes in PD using the AAV1/2-A53T-α-synuclein mouse model of the disease that encodes for human mutated A53T-α-synuclein. This model was suitable for this research because it reflects more faithfully the molecular pathology underlying the human disease by exhibition of insoluble α-synuclein containing Lewy-like protein aggregates as compared to the more classical toxin models used in PD research. The outcome of this study showed that stereotaxic delivery of pathogenic α-synuclein via a viral vector into the substantia nigra engender the invasion of activated CD4+ and CD8+ T lymphocytes in the brain. The invasion of activated T cells in the brain especially in the substantia nigra then results in enhanced microglial activation and the disintegration of dopaminergic neurons. In addition, it was also discovered that CD4+ T cells augmented dopaminergic cell death to a greater extent than CD8+ T cells although; axonal degeneration occurred relatively independent from T cells contribution. The ex vivo and in vitro, experiments also indicated that the T cells were not only activated but they were specific to the mutated human α-synuclein antigen. As a result, they demonstrated selectivity in inducing more cell death to primary hippocampal neurons transduced with AAV1/2-A53T-α-synuclein vector than neurons with empty viral vector infection. The mechanism of T cell induced neuronal cell loss could not be attributed to the presence of cytokines neither was it mediated through MHC I and II. On the whole, this research has established that the presence of pathogenic α-synuclein in the substantia nigra has the potential to trigger immune responses that involve the transmigration of adaptive immune cells into the brain. The infiltration of the T cells consequently has a detrimental effect on the survival of dopaminergic neurons and the progression of the disease N2 - Der M. Parkinson (PD) ist die am häufigsten auftretende motorische neurodegenerative Erkrankung weltweit. Trotz des Fehlens eines geeigneten Tiermodells, das alle Merkmale der menschlichen Krankheit widerspiegelt, kann die Parkinsonforschung in letzter Zeit einen enormen Fortschritt verzeichnen. Dennoch ist ein Aspekt der Krankheit, der noch nicht vollständig geklärt wurde, die Rolle von Immunzellen, insbesondere des adaptiven Arms in der Pathogenese der PD. Der Fokus dieser Studie lag daher auf der Charakterisierung des Beitrags von T-Zellen in der PD unter Verwendung des humanen mutierten AAV1/2-A53T-α- Synuclein-Mausmodells der Parkinsonkrankheit. Dieses Modell war für die vorliegende Arbeit optimal geeignet, da es die molekulare Pathologie der menschlichen Krankheit im Gegensatz zu den klassischen Toxinmodellen in der PD-Forschung besser widerspiegelt. Das Ergebnis dieser Studie zeigte, dass die stereotaktische Injektion von pathogenem α-synuclein über einen viralen Vektor in die Substantia nigra die Infiltration aktivierter CD4+ - und CD8+ T-Lymphozyten im Gehirn hervorruft. Die Einwanderung aktivierter T-Zellen im Gehirn, insbesondere in der Substantia nigra, führte begleitet durch eine verstärkte Mikroglia- Aktivierung zum Verlust dopaminerger Neurone. Darüber hinaus wurde beobachtet, dass CD4+ T-Zellen den Untergang von dopaminergen Neuronen in einem größeren Ausmaß als CD8+ T-Zellen verursachten. Interessanterweise trat die axonale Degeneration dopaminerger Fasern im Striatum relativ unabhängig von den T-Zellen auf. Durch ex vivo und in vitro Experimente konnte nachgewiesen werden, dass die T-Zellen nicht nur aktiviert waren, sondern auch antigenspezifisch gegen das mutierte humane α-Synuclein-Antigen reagierten. Als Ergebnis zeigten sie Selektivität bei der Herbeiführung eines höheren Zelltods für Dabei zeigten AAV1/2-A53T-α-Synuclein-Vektor transduzierte primäre Hippocampus-Neurone einen verstärkten Zelltod durch Inkubation mit T-Zellen aus dem Gehirn von AAV1/2-A53T- α-Synuclein-Vektor injizierten Mäusen als Neurone nach Injektion mit leerem AAV. Der Mechanismus des durch T-Zellen induzierten neuronalen Zellverlusts konnte nicht auf das Vorhandensein von Zytokinen zurückgeführt werden. Insgesamt konnte diese Arbeit zeigen, dass das Vorhandensein von pathogenem α-synuclein in der Substantia nigra in dem AAV1/2- A53T-α-synuclein Mausmodell des PD das Potenzial hat, Immunreaktionen auszulösen, welche die Transmigration adaptiver Immunzellen in das Gehirn und einen konsekutiven Verlust dopaminerger Neurone verursachen. KW - Parkinson-Krankheit KW - α-synuclein KW - T cell specificity KW - Parkinson's disease Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-183080 ER - TY - THES A1 - Münstermann, Marcel T1 - The roles of the anaphylatoxin receptors during invasive disease as well as mucosal colonization caused by \(Neisseria\) \(meningitidis\) T1 - Die Rolle der Anaphylatoxinrezeptoren während invasiver Infektion sowie mukosaler Kolonisation verursacht durch \(Neisseria\) \(meningitidis\) N2 - The human specific gram-negative bacterium Neisseria meningitidis (Nme, meningococci) is a common colonizer of the upper respiratory tract. Upon becoming invasive, Nme can cause meningitis and life-threatening sepsis. The most important immune defense mechanism in invasive meningococcal disease (IMD) is the complement mediated killing of bacteria. The complement cascade is activated through different pathogen associated patterns and finally leads to the lysis of the bacteria by the membrane attack complex. In addition to the direct bacterial killing, the complement system is also an important player in different inflammatory processes. A hallmark of IMD is an overreaction of the immune system and the release of the potent anaphylatoxins C3a and C5a by the complement system is an important factor hereby. There are three anaphylatoxin receptors (ATRs), the C3aR, the C5aR1 and the C5aR2, capable of detecting these anaphylatoxins. It has already been shown that blocking the ATR C5aR1 strongly benefitted the outcome of IMD in a murine sepsis model. However, the roles of ATRs C3aR and C5aR2 in IMD are still unclear. This work aims to analyze the role of these ATRs in meningococcal sepsis and to identify possible underlying mechanisms. Furthermore, a possible involvement of the complement system, the ATRs and the type II CRISPR/Cas system on nasopharyngeal colonization is analyzed. In vivo depletion experiments showed that without neutrophils or monocytes/macrophages the complement system alone was not able to clear a low dose Nme infection, which highlights the importance of cellular components in IMD. Analyzing the role of the ATRs in knock-out mice with high dose Nme infections, revealed that the lack of C5aR2, like the lack of C5aR1, was beneficial for the outcome of meningococcal induced sepsis. In contrast, the lack of C3aR in knock-out mice was detrimental. The positive outcome associated with the C5aRs could be reproduced by using an antagonist against both C5aRs or an antagonist specifically against C5aR1 in WT mice. These findings are giving hope to future therapeutic applications. Next, a possible contribution of neutrophils to this positive outcome was analyzed. Absence of C5aR1 led to a decrease of degranulation by neutrophils in a murine whole blood model, while the other ATRs showed no effect. Neutrophil analysis in human whole blood, on the other hand, revealed a reduced oxidative burst and IL-8 secretion upon inhibition of all three ATRs. A functional difference between the C5aRs and the C3aR in neutrophils was observed in phagocytosis, which was reduced upon C3aR inhibition, but was unaltered with C5aR1 or C5aR2 inhibition. Possible underlying mechanisms in the phosphorylation of ERK1/2 were analyzed in bone marrow derived macrophages isolated from ATR knock-out mice. The later phosphorylation of ERK1/2 in macrophages without C5aR1 or C5aR2 expression might explain, why blocking the C5aRs is beneficial for the outcome of IMD in mice. In contrast to these findings, the colonization of the nasopharynx in huCEACAM 1 expressing mice by Nme did not seem to depend on the Complement system factors C3 and C5 nor the ATRs. Additionally, no difference in the colonization could be observed in this model using Nme mutants lacking different parts of the type 2 CRISPR/Cas system. Conclusively, this work highlights the importance of the complement system, the ATRs and the cellular components in IMD. Contrariwise, these factors did not play a role in the analyzed nasopharyngeal infection model. The beneficial effects of C5aR1 and C5aR2 lack/inhibition in IMD might have medicinal applications, which could support the standard therapies of IMD in the future. N2 - Das human spezifische pathogene Gram-negative Bakterium Neisseria meningitidis (Nme, Meningokokken) ist ein Kommensale angesiedelt im Nasopharynx. Bei invasiver Erkrankung können Nme Meningitis oder eine lebensbedrohliche Sepsis verursachen. Die wichtigste Verteidigung des Immunsystems in invasiver Meningokokken-Erkrankung (IMD) ist die Abtötung von Bakterien durch das Komplementsystem. Die Komplementkaskade wird durch verschiedene pathogenassoziierte Muster in Gang gesetzt und resultiert in dem Aufbau des Membranangriffskomplex, welcher die Bakterien schließlich lysiert. Darüber hinaus spielt das Komplementsystem auch eine wichtige Rolle in verschiedenen inflammatorischen Prozessen im Körper. Ein charakteristisches Merkmal von IMD ist eine übermäßige Reaktion des Immunsystems und dabei ist die Freisetzung der Anaphylatoxine C3a und C5a, durch das Komplementsystem, ein wichtiger Faktor. Es gibt drei Anaphylatoxin Rezeptoren (ATR), den C3aR, den C5aR1 und den C5aR2, welche die jeweiligen Anaphylatoxine erkennen. In murinen Modellen wurde bereits gezeigt, dass die Inhibition des C5aR1 einen positiven Einfluss auf den Verlauf von IMD hat. Im Kontrast dazu sind die Rollen der ATRs C3aR und C5aR2 in IMD weiter unklar. Diese Arbeit hat als Ziel, die Rolle der ATRs in Meningokokken induzierter Sepsis zu untersuchen und mögliche zugrundeliegende Mechanismen zu finden. Des Weiteren soll ein möglicher Einfluss des Komplementsystems, der ATRs und des Typ II CRISPR/Cas Systems auf die Kolonisation durch Nme im Nasopharynx untersuchen werden. In vivo Depletions-Versuche zeigten, dass ohne Neutrophile oder Monozyten/Makrophagen das Komplementsystem allein nicht in der Lage war eine Nme-Infektion mit einer niedrigen Infektionsdosis zu beseitigen. Dies zeigt die Wichtigkeit von Immunzellen neben dem Komplementsystem in IMD. Experimente mit hohen Nme-Dosen in ATR knock-out Mäusen zeigten, dass die fehlende Expression von C5aR2, wie die von C5aR1, sich positiv auf den Ausgang von IMD auswirkte. Im Gegensatz dazu, verschlimmerte das Fehlen des C3aR Rezeptors den Ausgang der IMD. Die positive Wirkung in den C5aR knock-out Mäusen, konnte auch mit der Gabe von einem gegen beide C5aRs oder einem spezifisch gegen C5aR1 gerichteten Antagonisten in WT Mäusen beobachtet werden. Diese Ergebnisse geben Hoffnung auf eine mögliche zukünftige therapeutische Applikation. Als nächstes wurde eine mögliche Beteiligung von Neutrophilen an dem positiven Ausgang von IMD in Abhängigkeit von den ATRs untersucht. Eine fehlende C5aR1 Expression führte zu einer verminderten Degranulation durch Neutrophile in dem verwendeten murinen Vollblutmodel, wohingegen die fehlende Expression der anderen ATRs keinen Effekt zeigte. Im Gegensatz dazu, zeigten Versuche mit humanem Vollblut einen verminderten Oxidativen Burst sowie eine verminderte Ausschüttung von IL-8 bei der Blockade von allen drei ATRs. Ein Unterschied zwischen den C5aRs und dem C3aR zeigte sich hingegen in der Phagozytose, welche mit C3aR Inhibierung reduziert war, aber unverändert nach der Inhibierung von C5aR1 oder C5aR2 blieb. Mögliche zugrundeliegende Mechanismen in der Phosphorylation von ERK1/2 wurden anschließend in Knochenmark-gereiften Makrophagen von ATR knock-out Mäusen untersucht. Ohne C5aR1 oder C5aR2 Expression wurde eine verzögerte Phosphorylierung von ERK1/2 in den Makrophagen beobachtet, was erklären könnte warum die Blockade von C5aRs den Ausgang von Meningokokken induzierter Sepsis in Mäusen positiv beeinflusst. Im Gegensatz zu diesen Ergebnissen wurde die Kolonisation des Nasopharynx durch Nme in huCEACAM-1 exprimierenden Mäusen, weder durch die Komplementfaktoren C3 und C5 noch durch die ATRs beeinflusst. Zusätzlich konnte auch kein Unterschied in der Besiedelung des Nasopharynx durch Nme-Mutanten, die verschiedene Mutationen des Typ 2 CRISPR/Cas Systems besaßen, beobachtet werden. Diese Arbeit zeigt die Wichtigkeit des Komplementsystems, der ATRs und der Immunzellen in IMD. Zusätzlich zeigt diese Arbeit, dass das Komplementsystem und die ATRs jedoch keine Auswirkungen auf die Kolonisation des Nasopharynx in Mäusen haben. Die äußerst positive Auswirkung auf IMD, wenn C5aR1 und C5aR2 nicht gebildet oder blockiert werden, könnte medizinisch von Bedeutung sein und eventuell in der Zukunft die Standarttherapie bei IMD unterstützen. KW - Anaphylatoxine KW - Komplement C3a KW - Komplement C5a KW - Neisseria meningitidis KW - Komplement KW - anaphylatoxin receptors KW - invasive meningococcal diseases KW - Anaphylatoxinrezeptoren Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269759 ER - TY - JOUR A1 - Kollikowski, Alexander M. A1 - Pham, Mirko A1 - März, Alexander G. A1 - Papp, Lena A1 - Nieswandt, Bernhard A1 - Stoll, Guido A1 - Schuhmann, Michael K. T1 - Platelet Activation and Chemokine Release Are Related to Local Neutrophil-Dominant Inflammation During Hyperacute Human Stroke JF - Translational Stroke Research N2 - Experimental evidence has emerged that local platelet activation contributes to inflammation and infarct formation in acute ischemic stroke (AIS) which awaits confirmation in human studies. We conducted a prospective observational study on 258 consecutive patients undergoing mechanical thrombectomy (MT) due to large-vessel-occlusion stroke of the anterior circulation (08/2018-05/2020). Intraprocedural microcatheter aspiration of 1 ml of local (occlusion condition) and systemic arterial blood samples (self-control) was performed according to a prespecified protocol. The samples were analyzed for differential leukocyte counts, platelet counts, and plasma levels of the platelet-derived neutrophil-activating chemokine C-X-C-motif ligand (CXCL) 4 (PF-4), the neutrophil attractant CXCL7 (NAP-2), and myeloperoxidase (MPO). The clinical-biological relevance of these variables was corroborated by specific associations with molecular-cellular, structural-radiological, hemodynamic, and clinical-functional parameters. Seventy consecutive patients fulfilling all predefined criteria entered analysis. Mean local CXCL4 (+ 39%: 571 vs 410 ng/ml, P = .0095) and CXCL7 (+ 9%: 693 vs 636 ng/ml, P = .013) concentrations were higher compared with self-controls. Local platelet counts were lower (- 10%: 347,582 vs 383,284/µl, P = .0052), whereas neutrophil counts were elevated (+ 10%: 6022 vs 5485/µl, P = 0.0027). Correlation analyses revealed associations between local platelet and neutrophil counts (r = 0.27, P = .034), and between CXCL7 and MPO (r = 0.24, P = .048). Local CXCL4 was associated with the angiographic degree of reperfusion following recanalization (r =  - 0.2523, P = .0479). Functional outcome at discharge correlated with local MPO concentrations (r = 0.3832, P = .0014) and platelet counts (r = 0.288, P = .0181). This study provides human evidence of cerebral platelet activation and platelet-neutrophil interactions during AIS and points to the relevance of per-ischemic thrombo-inflammatory mechanisms to impaired reperfusion and worse functional outcome following recanalization. KW - chemokines KW - CXCL4 KW - PF4 KW - CXCL7 KW - NAP-2 KW - ischemic stroke Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270194 SN - 1868-601X VL - 13 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Lauth, Hans-Joachim A1 - Suda, Martha T1 - Editorial JF - Zeitschrift für Vergleichende Politikwissenschaft N2 - No abstract available. KW - editorial board KW - recapitulation KW - anniversary Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270121 SN - 1865-2654 VL - 15 IS - 4 ER - TY - THES A1 - Wilde, Martina T1 - Landslide susceptibility assessment in the Chiconquiaco Mountain Range area, Veracruz (Mexico) T1 - Bewertung der Rutschungssuszeptibilität in der Chiconquiaco Gebirgsregion, Veracruz (Mexiko) N2 - In Mexico, numerous landslides occur each year and Veracruz represents the state with the third highest number of events. Especially the Chiconquiaco Mountain Range, located in the central part of Veracruz, is highly affected by landslides and no detailed information on the spatial distribution of existing landslides or future occurrences is available. This leaves the local population exposed to an unknown threat and unable to react appropriately to this hazard or to consider the potential landslide occurrence in future planning processes. Thus, the overall objective of the present study is to provide a comprehensive assessment of the landslide situation in the Chiconquiaco Mountain Range area. Here, the combination of a site-specific and a regional approach enables to investigate the causes, triggers, and process types as well as to model the landslide susceptibility for the entire study area. For the site-specific approach, the focus lies on characterizing the Capulín landslide, which represents one of the largest mass movements in the area. In this context, the task is to develop a multi-methodological concept, which concentrates on cost-effective, flexible and non-invasive methods. This approach shows that the applied methods complement each other very well and their combination allows for a detailed characterization of the landslide. The analyses revealed that the Capulín landslide is a complex mass movement type. It comprises rotational movement in the upper parts and translational movement in the lower areas, as well as flow processes at the flank and foot area and therefore, is classified as a compound slide-flow according to Cruden and Varnes (1996). Furthermore, the investigations show that the Capulín landslide represents a reactivation of a former process. This is an important new information, especially with regard to the other landslides identified in the study area. Both the road reconstructed after the landslide, which runs through the landslide mass, and the stream causing erosion processes at the foot of the landslide severely affect the stability of the landslide, making it highly susceptible to future reactivation processes. This is particularly important as the landslide is located only few hundred meters from the village El Capulín and an extension of the landslide area could cause severe damage. The next step in the landslide assessment consists of integrating the data obtained in the site-specific approach into the regional analysis. Here, the focus lies on transferring the generated data to the entire study area. The developed methodological concept yields applicable results, which is supported by different validation approaches. The susceptibility modeling as well as the landslide inventory reveal that the highest probability of landslides occurrence is related to the areas with moderate slopes covered by slope deposits. These slope deposits comprise material from old mass movements and erosion processes and are highly susceptible to landslides. The results give new insights into the landslide situation in the Chiconquiaco Mountain Range area, since previously landslide occurrence was related to steep slopes of basalt and andesite. The susceptibility map is a contribution to a better assessment of the landslide situation in the study area and simultaneously proves that it is crucial to include specific characteristics of the respective area into the modeling process, otherwise it is possible that the local conditions will not be represented correctly. N2 - In Mexico ereignen sich jedes Jahr zahlreiche Rutschungen und Veracruz ist der Bundesstaat mit der dritthöchsten Anzahl von solchen Ereignissen. Besonders das Chiconquiaco Gebirge, welches im zentralen Bereich von Veracruz liegt, ist stark von Rutschungen betroffen und trotzdem sind keine detaillierten Informationen zur räumlichen Verbreitung existierender Rutschungen oder zu deren erwarteten, zukünftigen Auftreten verfügbar. Dadurch ist die lokale Bevölkerung mit einer nicht einschätzbaren Bedrohungslage konfrontiert und kann weder auf diese angemessen reagieren noch das potentielle Auftreten von Rutschungen in künftigen Planungsprozessen berücksichtigen. Das übergeordnete Ziel der vorliegenden Arbeit besteht daher darin, eine umfassende Beurteilung der Rutschungssituation im Chiconquiaco Gebirge zu erstellen. Hierbei ermöglicht die Kombination eines standortspezifischen und eines regionalen Ansatzes sowohl die Untersuchung der Ursachen, Auslöser und Prozesstypen, als auch die Modellierung der Rutschanfälligkeit für das gesamte Untersuchungsgebiet. Bei dem standortspezifischen Ansatz liegt der Schwerpunkt auf der Charakterisierung der Capulín Rutschung, bei der es sich um eine der größten Massenbewegungen in dieser Region handelt. In diesem Rahmen besteht die Aufgabe darin, ein multi-methodologisches Konzept zu entwickeln, welches sich hauptsächlich auf kostengünstige, flexible und nicht-invasive Methoden konzentriert. Dieser Ansatz zeigt, dass sich die verwendeten Methoden sehr gut ergänzen und ihre Kombination eine detaillierte Charakterisierung der Rutschung ermöglicht. Die Ergebnisse legen dar, dass die Capulín Rutschung eine komplexe Massenbewegung ist. So umfasst sie Rotationsbewegungen im oberen und Translationsbewegungen im unteren Bereich, sowie Fließprozesse an der Flanke und im Fußbereich und kann daher nach Cruden und Varnes (1996) als Kombination aus Gleit- und Fließprozessen (compound slide-flow) klassifiziert werden. Des Weiteren zeigen die Ergebnisse, dass es sich bei der Capulín Rutschung um eine Reaktivierung einer älteren Rutschung handelt. Das ist eine wichtige neue Erkenntnis besonders im Hinblick auf die anderen Rutschungen, die im Untersuchungsgebiet festgestellt wurden. Sowohl die nach der Rutschung wieder aufgebaute Straße, die durch die Rutschmasse verläuft, als auch der Fluss, der Erosionsprozesse am Fuß der Rutschung verursacht, beeinträchtigen die Stabilität der Capulín Rutschung maßgeblich, was sie sehr anfällig für zukünftige Reaktivierungsprozesse macht. Dies ist besonders wichtig, da die Rutschung nur wenige hundert Meter von dem Ort El Capulín entfernt ist und eine Erweiterung des Rutschgebietes erhebliche Schäden verursachen könnte. Im Anschluss werden die durch den lokalen Ansatz erhaltenen Daten in die regionale Analyse integriert. Der Fokus bei diesem Vorgehen liegt dabei auf der Übertragung der generierten Daten auf das gesamte Untersuchungsgebiet. Das hier entwickelte methodische Konzept erzielt verwertbare Ergebnisse, was durch verschiedene Validierungsansätze bekräftigt werden kann. Sowohl die Suszeptibilitätsmodellierung als auch das Rutschungsinventar zeigen, dass die höchste Wahrscheinlichkeit für das Auftreten von Rutschungen vor allem in den Gebieten mit moderater Hangneigung liegt, welche mit Hangschutt bedeckt sind. Diese Hangablagerungen bestehen aus Material von alten Massenbewegungen und Erosionsprozessen und zeigen eine hohe Anfälligkeit für Rutschungen. Die Ergebnisse liefern neue Erkenntnisse über die Rutschungssituation im Chiconquiaco Gebirge, da vorher das Auftreten von Rutschungen mit den steilen Hängen aus Basalt und Andesit in Verbindung gebracht wurde. Auf Grundlage der generierten Suszeptibilitätskarte ist eine bessere Bewertung der Rutschungssituation im Untersuchungsgebiet möglich. Weiterhin zeigt sie, dass es von entscheidender Bedeutung ist, spezifische Eigenschaften der jeweiligen Untersuchungsgebiete in die Modellierung miteinzubeziehen, da sonst die Gefahr besteht, dass die örtlichen Gegebenheiten fehlerhaft eingeschätzt werden. KW - Naturgefahren KW - Landslide susceptibility modeling KW - Geomorphologie KW - Rutschungen KW - Modellierung KW - Veracruz KW - Mexiko KW - UAV KW - Digital Elevation Model KW - Hangstabilitätsmodellierung Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-276085 ER - TY - JOUR A1 - Fall, Mouhammed Moustapha A1 - Minlend, Ignace Aristide A1 - Ratzkin, Jesse T1 - Foliation of an Asymptotically Flat End by Critical Capacitors JF - The Journal of Geometric Analysis N2 - We construct a foliation of an asymptotically flat end of a Riemannian manifold by hypersurfaces which are critical points of a natural functional arising in potential theory. These hypersurfaces are perturbations of large coordinate spheres, and they admit solutions of a certain over-determined boundary value problem involving the Laplace–Beltrami operator. In a key step we must invert the Dirichlet-to-Neumann operator, highlighting the nonlocal nature of our problem. KW - asymptotically flat ends KW - foliation KW - over-determined problem Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269997 SN - 1559-002X VL - 32 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Plieger, Tanja A1 - Wolf, Matthias T1 - 18S and ITS2 rDNA sequence-structure phylogeny of Prototheca (Chlorophyta, Trebouxiophyceae) JF - Biologia N2 - Protothecosis is an infectious disease caused by organisms currently classified within the green algal genus Prototheca. The disease can manifest as cutaneous lesions, olecranon bursitis or disseminated or systemic infections in both immunocompetent and immunosuppressed patients. Concerning diagnostics, taxonomic validity is important. Prototheca, closely related to the Chlorella species complex, is known to be polyphyletic, branching with Auxenochlorella and Helicosporidium. The phylogeny of Prototheca was discussed and revisited several times in the last decade; new species have been described. Phylogenetic analyses were performed using ribosomal DNA (rDNA) and partial mitochondrial cytochrome b (cytb) sequence data. In this work we use Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) as well as 18S rDNA data. However, for the first time, we reconstruct phylogenetic relationships of Prototheca using primary sequence and RNA secondary structure information simultaneously, a concept shown to increase robustness and accuracy of phylogenetic tree estimation. Using encoded sequence-structure data, Neighbor-Joining, Maximum-Parsimony and Maximum-Likelihood methods yielded well-supported trees in agreement with other trees calculated on rDNA; but differ in several aspects from trees using cytb as a phylogenetic marker. ITS2 secondary structures of Prototheca sequences are in agreement with the well-known common core structure of eukaryotes but show unusual differences in their helix lengths. An elongation of the fourth helix of some species seems to have occurred independently in the course of evolution. KW - secondary structure KW - 18S KW - ITS2 KW - phylogeny KW - prototheca Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269897 SN - 1336-9563 VL - 77 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Summa, Michela A1 - Klein, Martin A1 - Schmidt, Philipp T1 - Introduction: Double Intentionality JF - Topoi N2 - No abstract available. KW - double intentionality KW - intentional directions KW - experiences Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269865 SN - 1572-8749 VL - 41 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Schierbaum, Sonja T1 - The Double Intentionality of Moral Intentional Actions: Scotus and Ockham on Interior and Exterior Acts JF - Topoi N2 - Any account of intentional action has to deal with the problem of how such actions are individuated. Medieval accounts, however, crucially differ from contemporary ones in at least three respects: (i) for medieval authors, individuation is not a matter of description, as it is according to contemporary, ‘Anscombian’ views; rather, it is a metaphysical matter. (ii) Medieval authors discuss intentional action on the basis of faculty psychology, whereas contemporary accounts are not committed to this kind of psychology. Connected to the use of faculty psychology is (iii) the distinction between interior and exterior acts. Roughly, interior acts are mental as opposed to physical acts, whereas exterior acts are acts of physical powers, such as of moving one’s body. Of course, contemporary accounts are not committed to this distinction between two ontologically different kinds of acts. Rather, they might be committed to views consistent with physicalist approaches to the mind. The main interpretative task in this paper is to clarify how Scotus and Ockham explain moral intentional action in terms of the role and involvement of these kinds of acts respectively. I argue that Scotus’s account is close to contemporary, ‘Anscombian’ accounts, whereas Ockham’s account is incompatible with them. KW - double intentionality KW - intentional action KW - Ockham KW - Scotus KW - interior and exterior acts Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269857 SN - 1572-8749 VL - 41 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Braun, Alexandra A1 - Evdokimov, Dimitar A1 - Frank, Johanna A1 - Pauli, Paul A1 - Wabel, Thomas A1 - Üçeyler, Nurcan A1 - Sommer, Claudia T1 - Relevance of Religiosity for Coping Strategies and Disability in Patients with Fibromyalgia Syndrome JF - Journal of Religion and Health N2 - Coping strategies are essential for the outcome of chronic pain. This study evaluated religiosity in a cohort of patients with fibromyalgia syndrome (FMS), its effect on pain and other symptoms, on coping and FMS-related disability. A total of 102 FMS patients were recruited who filled in questionnaires, a subgroup of 42 patients participated in a face-to-face interview, and data were evaluated by correlation and regression analyses. Few patients were traditionally religious, but the majority believed in a higher existence and described their spirituality as "transcendence conviction". The coping strategy "praying-hoping" and the ASP dimension "religious orientation" (r = 0.5, P < 0.05) showed a significant relationship independent of the grade of religiosity (P < 0.05). A high grade of belief in a higher existence was negatively associated with the choice of ignoring as coping strategy (r = - 0.4, P < 0.05). Mood and affect-related variables had the highest impact on disability (b = 0.5, P < 0.05). In this cohort, the grade of religiosity played a role in the choice of coping strategies, but had no effects on health and mood outcome. KW - Fibromyalgia syndrome KW - religiosity KW - coping KW - disability Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269135 SN - 1573-6571 VL - 61 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Lesch, Veronika A1 - König, Maximilian A1 - Kounev, Samuel A1 - Stein, Anthony A1 - Krupitzer, Christian T1 - Tackling the rich vehicle routing problem with nature-inspired algorithms JF - Applied Intelligence N2 - In the last decades, the classical Vehicle Routing Problem (VRP), i.e., assigning a set of orders to vehicles and planning their routes has been intensively researched. As only the assignment of order to vehicles and their routes is already an NP-complete problem, the application of these algorithms in practice often fails to take into account the constraints and restrictions that apply in real-world applications, the so called rich VRP (rVRP) and are limited to single aspects. In this work, we incorporate the main relevant real-world constraints and requirements. We propose a two-stage strategy and a Timeline algorithm for time windows and pause times, and apply a Genetic Algorithm (GA) and Ant Colony Optimization (ACO) individually to the problem to find optimal solutions. Our evaluation of eight different problem instances against four state-of-the-art algorithms shows that our approach handles all given constraints in a reasonable time. KW - logistics KW - rich vehicle routing problem KW - ant-colony optimization KW - genetic algorithm KW - real-world application Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268942 SN - 1573-7497 VL - 52 ER - TY - JOUR A1 - Gram, Maximilian A1 - Gensler, Daniel A1 - Winter, Patrick A1 - Seethaler, Michael A1 - Arias-Loza, Paula Anahi A1 - Oberberger, Johannes A1 - Jakob, Peter Michael A1 - Nordbeck, Peter T1 - Fast myocardial T\(_{1P}\) mapping in mice using k-space weighted image contrast and a Bloch simulation-optimized radial sampling pattern JF - Magnetic Resonance Materials in Physics, Biology and Medicine N2 - Purpose T\(_{1P}\) dispersion quantification can potentially be used as a cardiac magnetic resonance index for sensitive detection of myocardial fibrosis without the need of contrast agents. However, dispersion quantification is still a major challenge, because T\(_{1P}\) mapping for different spin lock amplitudes is a very time consuming process. This study aims to develop a fast and accurate T\(_{1P}\) mapping sequence, which paves the way to cardiac T1ρ dispersion quantification within the limited measurement time of an in vivo study in small animals. Methods A radial spin lock sequence was developed using a Bloch simulation-optimized sampling pattern and a view-sharing method for image reconstruction. For validation, phantom measurements with a conventional sampling pattern and a gold standard sequence were compared to examine T\(_{1P}\) quantification accuracy. The in vivo validation of T\(_{1P}\) mapping was performed in N = 10 mice and in a reproduction study in a single animal, in which ten maps were acquired in direct succession. Finally, the feasibility of myocardial dispersion quantification was tested in one animal. Results The Bloch simulation-based sampling shows considerably higher image quality as well as improved T\(_{1P}\) quantification accuracy (+ 56%) and precision (+ 49%) compared to conventional sampling. Compared to the gold standard sequence, a mean deviation of - 0.46 ± 1.84% was observed. The in vivo measurements proved high reproducibility of myocardial T\(_{1P}\) mapping. The mean T\(_{1P}\) in the left ventricle was 39.5 ± 1.2 ms for different animals and the maximum deviation was 2.1% in the successive measurements. The myocardial T\(_{1P}\) dispersion slope, which was measured for the first time in one animal, could be determined to be 4.76 ± 0.23 ms/kHz. Conclusion This new and fast T\(_{1P}\) quantification technique enables high-resolution myocardial T\(_{1P}\) mapping and even dispersion quantification within the limited time of an in vivo study and could, therefore, be a reliable tool for improved tissue characterization. KW - TT\(_{1rho}\) mapping KW - small animal KW - KWIC KW - radial KW - cardiac KW - mice KW - spin lock KW - T\(_{1P}\) dispersion KW - T\(_{1P}\) mapping Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268903 SN - 1352-8661 VL - 35 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Krug, Ralf A1 - Ortmann, C. A1 - Reich, S. A1 - Hahn, B. A1 - Krastl, G. A1 - Soliman, S. T1 - Tooth discoloration induced by apical plugs with hydraulic calcium silicate-based cements in teeth with open apices-a 2-year in vitro study JF - Clinical Oral Investigations N2 - Objectives To assess tooth discoloration induced by different hydraulic calcium silicate-based cements (HCSCs), including effects of blood and placement method. Materials and methods Eighty bovine teeth cut to a length of 18 mm (crown 8 mm, root 10 mm) were randomly assigned to 10 groups (n = 8), receiving orthograde apical plug treatment (APT). Apical plugs were 4 mm in length and made of ProRoot MTA (Dentsply), Medcem MTA (Medcem), TotalFill BC RRM Fast Set Putty (Brasseler), or Medcem Medical Portland Cement (Medcem) plus bismuth oxide (Bi2O3) with and without bovine blood. Further, orthograde (with or without preoperative adhesive coronal dentin sealing) and retrograde APT were compared. Teeth were obturated with gutta-percha and sealer, sealed with composite and stored in distilled water. Tooth color was measured on apical plug, gutta-percha/sealer, and crown surface before treatment versus 24 h, 1, 3, 6, 12, and 24 months after treatment by spectrophotometry. Color difference (ΔE) values were calculated and analyzed by Shapiro-Wilk test, ANOVA with post hoc tests, Friedman test, t test, and post hoc tests with Bonferroni correction (α = .05). Results Tooth discoloration occurred in all groups with no significant differences between HCSCs (p > .05). After 24 months, color changes were prominent on roots but insignificant on crowns. Blood contamination induced a significantly decreased luminescence (p < .05). Blood had a stronger impact on tooth color than Bi2O3. No relevant effects of retrograde placement (p > .05) or preoperative dentin sealing (p > .05) were detected. Conclusions Apical plugs of the tested HCSCs cause discoloration of bovine roots, but not discoloration of bovine tooth crowns within a 24-month period. Clinical relevance APT should be performed carefully while avoiding direct contact with the coronal dentin, and in that case no aesthetic impairments occur. KW - dentin sealing KW - mineral trioxide aggregate KW - Portland cement KW - tooth discoloration KW - spectrophotometer KW - blood contamination Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268856 SN - 1436-3771 VL - 26 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Kittel-Schneider, Sarah A1 - Davidova, Petra A1 - Kalok, Miriam A1 - Essel, Corina A1 - Ahmed, Fadia Ben A1 - Kingeter, Yasmina A1 - Matentzoglu, Maria A1 - Leutritz, Anna A1 - Kersken, Katharina A1 - Koreny, Carolin A1 - Weber, Heike A1 - Kollert, Leoniee A1 - McNeill, Rihannon V. A1 - Reif, Andreas A1 - Bahlmann, Franz A1 - Trautmann-Villalba, Patricia T1 - A pilot study of multilevel analysis of BDNF in paternal and maternal perinatal depression JF - Archives of Women's Mental Health N2 - Depression in the perinatal period is common in mothers worldwide. Emerging research indicates that fathers are also at risk of developing perinatal depression. However, knowledge regarding biological risk factors and pathophysiological mechanisms of perinatal depression is still scarce, particularly in fathers. It has been suggested that the neurotrophin BDNF may play a role in maternal perinatal depression; however, there is currently no data regarding paternal perinatal depression. For this pilot study, 81 expecting parents were recruited and assessed at several time points. We screened for depression using EPDS and MADRS, investigated several psychosocial variables, and took blood samples for BDNF val66met genotyping, epigenetic, and protein analysis. Between pregnancy and 12 months postpartum (pp), we found that 3.7 to 15.7% of fathers screened positive for depression, and 9.6 to 24% of mothers, with at least a twofold increased prevalence in both parents using MADRS compared with EPDS. We also identified several psychosocial factors associated with perinatal depression in both parents. The data revealed a trend that lower BDNF levels correlated with maternal depressive symptoms at 3 months pp. In the fathers, no significant correlations between BDNF and perinatal depression were found. Pregnant women demonstrated lower BDNF methylation and BDNF protein expression compared with men; however, these were found to increase postpartum. Lastly, we identified correlations between depressive symptoms and psychosocial/neurobiological factors. The data suggest that BDNF may play a role in maternal perinatal depression, but not paternal. KW - gene KW - paternal KW - maternal KW - postnatal depression KW - BDNF Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268849 SN - 1435-1102 VL - 25 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Strunz, Jonas T1 - Quantum point contacts in HgTe quantum wells T1 - Quantenpunktkontakte in HgTe-Quantentrögen N2 - Quantenpunktkontakte (englisch: quantum point contacts, QPCs) sind eindimensionale Engstellen in einem ansonsten zweidimensionalen Elektronen- oder Lochsystem. Seit der erstmaligen Realisierung in GaAs-basierten zweidimensionalen Elektronengasen sind QPCs sukzessive zu einem Grundbestandteil mesoskopischer Physik geworden und erfahren in einer Vielzahl von Experimenten Anwendung. Jedoch ist es bis zur Anfertigung der vorliegenden Arbeit nicht gelungen, QPCs in der neuen Materialklasse der zweidimensionalen topologischen Isolatoren zu realisieren. In diesen Materialien tritt der sogenannte Quanten-Spin-Hall-Effekt (QSH-Effekt) auf, welcher sich durch die Ausbildung von leitfähigen, eindimensionalen sowie gleichermaßen spinpolarisierten Zuständen an der Bauteilkante auszeichnet, während die restlichen Bereiche der Probe isolierend sind. Ein in einem zweidimensionalen topologischen Isolator realisierter QPC kann demgemäß dafür benutzt werden, die sich stets an der Bauteilkante befindlichen QSH-Randkanäle einander räumlich anzunähern, was beispielsweise die Untersuchung potentieller Wechselwirkungseffekte zwischen ebenjenen Randkanälen ermöglicht. Die vorliegende Arbeit beschreibt die erstmalig erfolgreich durchgeführte Implementierung einer QPC-Technologie in einem QSH-System. Überdies werden die neuartigen Bauteile experimentell charakterisiert sowie analysiert. Nach einer in Kapitel 1 erfolgten Einleitung der Arbeit beschäftigt sich das nachfolgende Kapitel 2 zunächst mit der besonderen Bandstruktur von HgTe. In diesem Kontext wird die Ausbildung der QSH-Phase für HgTe-Quantentröge mit einer invertierten Bandstruktur erläutert, welche für deren Auftreten eine Mindesttrogdicke von d_QW > d_c = 6.3 nm aufweisen müssen. Im Anschluss wird das Konzept eines QPCs allgemein eingeführt sowie das zugehörige Transportverhalten analytisch beschrieben. Überdies werden die Einschränkungen und Randbedingungen diskutiert, welche bei der Realisierung eines QPCs in einem QSH-System Berücksichtigung finden müssen. Darauf folgt die Präsentation des eigens zur QPC-Herstellung entwickelten Lithographieprozesses, welcher auf einer mehrstufigen Anwendung eines für HgTe-Quantentrogstrukturen geeigneten nasschemischen Ätzverfahrens beruht. Die im Nachgang diskutierten Transportmessungen exemplarischer Proben zeigen die erwartete Leitwertquantisierung in Schritten von ΔG ≈ 2e^2/h im Bereich des Leitungsbandes -- sowohl für eine topologische als auch für eine triviale (d_QW < d_c) QPC-Probe. Mit dem Erreichen der Bandlücke saturiert der Leitwert für den topologischen QPC um G_QSH ≈ 2e^2/h, wohingegen ebenjener für den Fall des trivialen Bauteils auf G ≈ 0 abfällt. Darüber hinaus belegen durchgeführte Messungen des differentiellen Leitwertes einer invertierten QPC-Probe in Abhängigkeit einer Biasspannung die stabile Koexistenz von topologischen und trivialen Transportmoden. Gegenstand von Kapitel 3 ist die Beschreibung der Ausbildung eines QSH-Interferometers in QPCs mit geringer Weite, welche unter Verwendung von Quantentrögen mit einer Trogdicke von d_QW = 7 nm hergestellt werden. Die Diskussion von Bandstrukturrechnungen legt dar, dass die räumliche Ausdehnung der Randkanäle von der jeweiligen Position der Fermi-Energie im Bereich der Bandlücke abhängt. Hieraus resultiert eine Transportsituation, in welcher -- unter bestimmten Voraussetzungen -- Reservoir-Elektronen mit randomisiertem Spin an beide QSH-Randkanäle mit gleicher Wahrscheinlichkeit koppeln, was in der Ausbildung eines QSH-Rings resultiert. Diese Ringbildung wird im Rahmen eines durch Plausibilitätsüberprüfung getesteten Modells erklärt und spezifiziert. Danach erfolgt eine theoretische Einführung von drei relevanten Quantenphasen, deren Akkumulation in der Folge für mehrere geeignete QPC-Proben nachgewiesen wird. Es handelt sich hierbei um die Aharonov-Bohm-Phase, um die dynamische Aharonov-Casher-Phase sowie um eine Spin-Bahn-Berry-Phase mit einem Wert von π. Diese experimentellen Ergebnisse stehen darüber hinaus im Einklang mit analytischen Modellbetrachtungen. Das anschließende Kapitel 4 stellt den letzten Teil der Arbeit dar und beschäftigt sich mit der Beobachtung einer anomalen Leitwertsignatur, welche für QPC-Proben basierend auf einer Quantentrogdicke von d_QW = 10.5 nm auftritt. Diese Proben zeigen neben der durch die QSH-Phase bedingten Leitwertquantisierung von G_QSH ≈ 2e^2/h ein weiteres Leitwertplateau mit einem Wert von G ≈ e^2/h = 0.5 x G_QSH. Diese sogenannte 0.5-Anomalie ist nur für ein kleines Intervall von QPC-Weiten beobachtbar und wird mit zunehmender Bauteilweite abgeschwächt. Weiterführende Untersuchungen in Abhängigkeit der Temperatur sowie einer angelegten Biasspannung deuten darüber hinaus darauf hin, dass das Auftreten der 0.5-Anomalie mit einem modifizierten topologischen Zustand einhergeht. Überdies wird eine zusätzliche sowie vervollständigende Charakterisierung dieses Transportregimes durch die Realisierung eines neuartigen Bauteilkonzeptes möglich, welches einen QPC in eine standardisierte Hall-Bar-Geometrie integriert. Das Ergebnis der experimentellen Analyse einer solchen Probe verknüpft das Auftreten der 0.5-Anomalie mit der Rückstreuung eines QSH-Randkanals. Demgemäß wird aus Sicht des Einteilchenbildes geschlussfolgert, dass im Kontext der 0.5-Anomalie lediglich ein Randkanal transmittiert wird. Zudem werden zwei theoretische Modelle basierend auf Elektron-Elektron-Wechselwirkungen diskutiert, welche beide jeweils als ursächlicher Mechanismus für das Auftreten der 0.5-Anomalie in Frage kommen. Abschließend ist zu deduzieren, dass die Implementierung einer QPC-Technologie in einem QSH-System eine bedeutende Entwicklung im Bereich der Erforschung von zweidimensionalen topologischen Isolatoren darstellt, welche eine Vielzahl zukünftiger Experimente ermöglicht. So existieren beispielsweise theoretische Vorhersagen, dass QPCs in einem QSH-System die Detektion von Majorana- sowie Para-Fermionen ermöglichen. Überdies ist die nachgewiesene Ausbildung eines QSH-Interferometers in geeigneten QPC-Proben eine Beobachtung von großer Folgewirkung. So ermöglicht die beobachtete dynamische Aharonov-Casher-Phase im QSH-Regime die kontrollierbare Modulation des topologischen Leitwertes, was die konzeptionelle Grundlage eines topologischen Transistors darstellt. Eine weitere Anwendungsmöglichkeit wird durch die Widerstandsfähigkeit geometrischer Phasen gegenüber Dephasierung eröffnet, wodurch die nachgewiesene Spin-Bahn-Berry-Phase mit einem Wert von π im Kontext potentieller Quantencomputerkonzepte von Interesse ist. Darüber hinaus ist die Transmission von nur einem QSH-Randkanal im Zuge des Auftretens der 0.5-Anomalie äquivalent zu 100 % Spinpolarisierung, was einen Faktor essentieller Relevanz für die Realisierung spintronischer Anwendungen darstellt. Demgemäß beinhaltet die vorliegende Arbeit den experimentellen Nachweis von drei unterschiedlichen Effekten, von welchen jedem einzelnen eine fundamentale Rolle im Rahmen der Entwicklung neuer Generationen logischer Bauelemente zukommen kann -- ermöglicht durch die Realisierung von QPCs in topologischen HgTe-Quantentrögen. N2 - Quantum point contacts (QPCs) are one-dimensional constrictions in an otherwise extended two-dimensional electron or hole system. Since their first realization in GaAs based two-dimensional electron gases, QPCs have become basic building blocks of mesoscopic physics and are used in manifold experimental contexts. A so far unrealized goal however is the implementation of QPCs in the new material class of two-dimensional topological insulators, which host the emergence of the so-called quantum spin Hall (QSH) effect. The latter is characterized by the formation of conducting one-dimensional spin-polarized states at the device edges, while the bulk is insulating. Consequently, an implemented QPC technology can be utilized to bring the QSH edge channels in close spatial proximity, thus for example enabling the study of interaction effects between the edge states. The thesis at hand describes the technological realization as well as the subsequent experimental characterization and analysis of QPCs in a QSH system for the first time. After an introduction is given in Chapter 1, the subsequent Chapter 2 starts with discussing the peculiar band structure of HgTe. The emergence of the QSH phase for HgTe quantum wells with an inverted band structure is explained. For the band inversion to occur, the quantum wells have to exhibit a well thickness d_QW above a critical value (d_QW > d_c = 6.3 nm). Subsequently, the concept of QPCs is explicated and the corresponding transport behaviour is analytically described. Following the discussion of relevant constraints when realizing a QPC technology in a QSH system, a newly developed lithography process utilizing a multi-step wet etching technique for fabricating QPC devices based on HgTe quantum wells is presented. Transport measurements of exemplary devices show the expected conductance quantization in steps of ΔG ≈ 2e^2/h within the conduction band for a topological as well as for a trivial (d_QW < d_c) QPC. For the topological case, the residual conductance within the bulk band gap saturates at G_QSH ≈ 2e^2/h due to presence of the QSH state, while it drops to G ≈ 0 for the trivial device. Moreover, bias voltage dependent measurements of the differential conductance of an inverted sample provide explicit proof of the unperturbed coexistence of topological and trivial transport modes. In a next step, Chapter 3 describes the emergence of a QSH interferometer state in narrow QPC devices with a quantum well thickness of d_QW = 7 nm. Presented band structure calculations reveal that the spatial extension of the QSH edge states depends on the position of the Fermi energy within the bulk band gap. As a consequence, reservoir electrons with randomized spin couple to both edge channels with the same probability under certain conditions, thus causing the formation of a QSH ring. A straightforward model capturing and specifying the occurrence of such a QSH interferometer is provided as well as substantiated by two experimental plausibility checks. After relevant quantum phases are theoretically introduced, the discussion of the obtained data reveals the accumulation of an Aharonov-Bohm phase, of a dynamical Aharonov-Casher phase as well as of a spin-orbit Berry phase of π in appropriate QPC devices. These results are consistent with analytic model considerations. The last part of this thesis, Chapter 4, covers the observation of an unexpected conductance pattern for QPC samples fabricated from quantum wells with d_QW = 10.5 nm. In these devices, an anomalous plateau at G ≈ e^2/h = 0.5 x G_QSH emerges in addition to the QSH phase entailed residual conductance of G_QSH ≈ 2e^2/h. This so-called 0.5 anomaly occurs only for a specific interval of QPC width values, while it starts to get lost for too large sample widths. Furthermore, presented temperature and bias voltage dependent measurements insinuate that the emergence of the 0.5 anomaly is related to a gapped topological state. Additional characterization of this peculiar transport regime is provided by the realization of a novel device concept, which integrates a QPC within a standard Hall bar geometry. The results of the experimental analysis of such a sample link the occurrence of the 0.5 anomaly to a backscattered QSH channel. Thus, following a single particle perspective argumentation, it is reasoned that only one edge channel is transmitted in the context of the 0.5 anomaly. Two theoretic models possibly explaining the emergence of the 0.5 anomaly -- based on electron-electron interactions -- are discussed. To conclude, the implementation of a working QPC technology in a QSH system represents a paramount development in the context of researching two-dimensional topological insulators and enables a multitude of future experiments. QPC devices realized in a QSH system are for example envisaged to allow for the detection of Majorana fermions and parafermions. Furthermore, the reported formation of a QSH interferometer state in appropriate QPC devices is of high interest. The observed dynamical Aharonov-Casher phase in the QSH regime enables a controllable modulation of the topological conductance, thus providing the conceptual basis for a topological transistor. Moreover, due to the resilience of geometric phases against dephasing, the presence of a spin-orbit Berry phase of π represents a promising perspective with regard to possible quantum computation concepts. Besides that, the transmission of only one QSH edge channel due to the emergence of the 0.5 anomaly is equivalent to 100 % spin polarization, which is an essential ingredient for realizing spintronic applications. Hence, the thesis at hand covers the experimental detection of three effects of fundamental importance in the context of developing new generations of logic devices -- based on QPCs fabricated from topological HgTe quantum wells. KW - Topologischer Isolator KW - Quecksilbertellurid KW - Elektronentransport KW - HgTe KW - topological insulator KW - quantum point contact KW - quantum interference Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-274594 ER - TY - THES A1 - Becht, Alexander Ulrich T1 - New applications for spectroscopic and chemometric studies of drugs T1 - Neue Anwendungen für spektroskopische und chemometrische Untersuchungen von Arzneimitteln N2 - Spectroscopic methods were established decades ago in a wide variety of fields. This also applies to the pharmaceutical field, although they initially were mostly used for identity testing or structure elucidation only. Technical developments, such as miniaturization (NMR benchtop devices), Fourier transformations (for NMR, MIR spectroscopy) or the combination with chemometric evaluation (e.g., in Process Analytical Technology, PAT), have further increased their importance and opened up new applications. The aim of this work was to investigate further new approaches and to find new applications for already established methods and to show their benefits. By means of MIR, NIR and NMR data and their chemometric evaluation (principal component analysis, PCA; hierarchical cluster analysis, HCA; linear discriminant analysis, LDA), possibilities were presented to successfully determine the manufacturer or the pharmaceutical company of various paracetamol preparations. In the course of this, various similarities and correlations between the preparations of individual companies could also be identified. For this purpose, a suitable sample preparation was developed for each spectroscopic method, and suitable measurement parameters in order to obtain reproducible spectra for the chemometric evaluation were determined. Furthermore, the results of the two unsupervised methods (HCA, PCA) were compared with each other. The HCA was able to confirm those of the PCA for the very most part. Additionally, through these methods it was possible to characterize many of the preparations based on clusters formed by comparable tablet compositions. In order to be able to measure unmortared, whole tablets using the NIR spectrometer, an attachment was developed and manufactured using 3D printing. Its functionality was demonstrated by measuring and analyzing the tablets of two different batches of nine paracetamol preparations. The batches were clearly distinguished on the basis of a PCA and a significant difference was also demonstrated by means of statistical tests. For NMR spectroscopy, a method was developed to obtain optimized "fingerprint" spectra of drug formulations. For this purpose, a 1D DOSY measurement was elaborated, in which the signals of the active ingredient could be filtered out by the appropriate choice of measurement parameters. The chemometric evaluation can thus focus on the remaining signals of the excipients, on the basis of which the preparations of the same API can be distinguished. Especially in the case of formulations that consist largely of active ingredient, data pre processing of the spectra can thus be simplified and greater importance can be assigned to the originally very small excipient signals. A quantitative 1H NMR method was developed for the comparison of a high field spectrometer (400 MHz) with a benchtop spectrometer (80 MHz) for two finished drugs. It was shown that it is possible to obtain comparable results with both instruments, but that the influence of the excipients on the signals and the lower resolution of the benchtop instrument must be taken into account. Therefore, it was not possible to obtain comparable results without further optimization of the method for one of the active ingredients. In the investigation of various reactions between APIs and excipients using DOSY, its usefulness as a screening method in stability testing was demonstrated. For this purpose, three different APIs and excipients were stressed together and the reaction mixtures were subsequently measured using DOSY. Based on the translational diffusion coefficient, the reaction products could be identified and distinguished from the active ingredients and the excipients used. The importance of thoughtful processing could also be demonstrated. If all peak heights are selected when evaluating signals split by direct spin spin coupling, this allows the detection of hidden signals as long as not all signals have the same diffusion coefficient. The selective selection of individual peak heights in the case of split signals also enables the evaluation of signals that overlap slightly. However, the limitations of this method were also shown when two signals overlap too much and differ too little in their diffusion coefficients. Hence, it has been successfully demonstrated in the various projects that the new chemometric approaches, as well as the new applications of already established methods, enable in depth findings and thus have a clear added value. N2 - Spektroskopische Methoden haben sich schon vor Jahrzehnten in den verschiedensten Bereichen etabliert. Dies betrifft auch den pharmazeutischen Bereich, auch wenn sie hier zunächst meist nur zur Identitätsprüfung oder Strukturaufklärung verwendet wurden. Durch technische Weiterentwicklungen, wie Miniaturisierungen (NMR benchtop Geräte), Fourier Transformationen (NMR, MIR) oder die Kombination mit einer chemometrischen Auswertung (z. B. bei Process Analytical Technology, PAT), haben sie weiter an Bedeutung gewonnen, und es wurden neue Einsatzbereiche erschlossen. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es, weitere neue Ansätze zu untersuchen und neue Anwendungen für bereits etablierte Methoden zu finden und deren Mehrwert aufzuzeigen. Es wurden Möglichkeiten aufgezeigt mittels MIR , NIR und NMR Daten und deren chemometrischen Auswertungen (Hauptkomponentenanalyse, PCA; hierarchische Clusteranalyse, HCA; lineare Diskriminanzanalyse, LDA) erfolgreich den Hersteller bzw. das pharmazeutische Unternehmen verschiedener Paracetamol Präparate zu bestimmen. In diesem Zuge konnten Ähnlichkeiten zwischen Präparaten unterschiedlicher Firmen identifiziert werden. Um dies zu erreichen, wurde für jede spektroskopische Methode eine geeignete Probenvorbereitung entwickelt sowie geeignete Messparameter festgelegt, um reproduzierbare Spektren für die chemometrische Auswertung zu erhalten. Weiterhin wurden die Ergebnisse der zwei unüberwachten Methoden (HCA, PCA) miteinander verglichen, wobei die HCA die der PCA zum allergrößten Teil bestätigen konnte. Zudem war es möglich durch diese Methoden viele der Präparate anhand von Clustern zu charakterisieren, die durch vergleichbare Tablettenzusammensetzungen gebildet wurden. Um mit Hilfe des NIR Spektrometers intakte Tabletten vermessen zu können, wurde ein Aufsatz entwickelt und mittels 3D Druck hergestellt. Dessen Funktionalität wurde überprüft, indem Tabletten aus je zwei unterschiedlichen Chargen von neun Paracetamol Präparaten vermessen und analysiert wurden. Dabei konnten die Batches anhand einer PCA eindeutig unterschieden und zudem mittels statistischer Tests ein signifikanter Unterschied nachgewiesen werden. Für die NMR Spektroskopie wurde eine Methode entwickelt, um optimierte „Fingerprint“ Spektren von Arzneimittelformulierungen zu erhalten. Dazu wurde eine 1D DOSY Messmethode erarbeitet, bei der durch die passende Wahl der Messparameter die Signale des Wirkstoffes herausgefiltert werden konnten. Die chemometrische Auswertung konnte sich somit auf die Signale der Hilfsstoffe beschränken, anhand derer die Präparate unterschieden werden können. Vor allem bei Formulierungen, die zum größten Teil aus Wirkstoff bestehen, kann so eine Datenvorverarbeitung der Spektren vereinfacht und den ursprünglich sehr kleinen Hilfsstoffsignalen eine größere Bedeutung beigemessen werden. Für den Vergleich eines Hochfeld Spektrometers (400 MHz) mit einem „benchtop“ Spektrometer (80 MHz) wurde für zwei Fertigarzneimittel eine quantitative 1H NMR Methode entwickelt. Es konnte gezeigt werden, dass es möglich ist, mit beiden Geräten vergleichbare Ergebnisse zu erzielen. Dabei ist jedoch der Einfluss der Hilfsstoffe auf die Signale sowie die geringere Auflösung des „benchtop“ Gerätes zu berücksichtigen. Aus diesen Gründen war es ohne eine weitere Optimierung der Methode für einen der Wirkstoffe nicht möglich vergleichbare Ergebnisse mit beiden Geräten zu erzielen. Bei der Untersuchung verschiedener Reaktionen zwischen Wirk- und Hilfsstoffen mittels DOSY konnte dessen Nutzen als Screening Methode bei Stabilitätstests gezeigt werden. Für diesen Zweck wurden drei verschiedene Wirk- und Hilfsstoffe gemeinsam gestresst und die Reaktionsgemische anschließend mittels DOSY vermessen. Anhand des translationalen Diffusionskoeffizienten konnten die Reaktionsprodukte identifiziert und von den eingesetzten Wirk- und Hilfsstoffen unterschieden werden. Ebenso konnte die Bedeutung einer sorgfältigen Prozessierung demonstriert werden. Werden bei der Auswertung von Signalen, die durch direkte Spin Spin Kopplung aufgespalten wurden, alle Peakhöhen ausgewählt, erlaubt dies die Detektion von versteckten Signalen, falls nicht alle Signale den gleichen Diffusionskoeffizienten besitzen. Die selektive Auswahl einzelner Peakhöhen bei aufgespaltenen Signalen ermöglicht zudem die Auswertung von leicht überlappenden Signalen. Es wurden jedoch auch die Grenzen dieser Methode aufgezeigt: wenn zwei Signale zu stark überlappen und sich dabei in ihrem Diffusionskoeffizienten zu wenig unterscheiden. Somit konnte in den verschiedenen Projekten erfolgreich gezeigt werden, dass die neuen chemometrischen Ansätze, sowie die neuen Anwendungen bereits etablierter Methoden vertiefte Erkenntnisse ermöglichen und somit einen deutlichen Mehrwert besitzen. KW - Instrumentelle Analytik KW - NMR-Spektroskopie KW - MIR-Spektroskopie KW - NIR-Spektroskopie KW - Chemometrie KW - Paracetamol KW - Acetaminophen Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-275342 ER - TY - JOUR A1 - Schmalzl, Jonas A1 - Graf, Annika A1 - Gilbert, Fabian A1 - Kimmeyer, Michael A1 - Gerhardt, Christian A1 - Lehmann, Lars-Johannes T1 - Locked fracture dislocations of the proximal humerus: postoperative results and a proposed modification of the classification JF - European Journal of Orthopaedic Surgery & Traumatology N2 - Background Locked dislocations of the glenohumeral joint are disabling and often painful conditions and the treatment is challenging. This study evaluates the functional outcome and the different prosthetic treatment options for chronic locked dislocations of the glenohumeral joint and a subclassification is proposed. Methods In this single-center retrospective case series, all patients with a chronic locked dislocation treated surgically during a four-year period were analyzed. Constant score (CS), Quick Disabilities of Shoulder and Hand Score (DASH), patient satisfaction (subjective shoulder value (SSV)), revision rate and glenoid notching were analyzed. Results 26 patients presented a chronic locked dislocation of the glenohumeral joint. 16 patients (62%) with a mean age of 75 [61-83] years were available for follow-up at 24 ± 18 months. CS improved significantly from 10 ± 6 points to 58 ± 21 points (p < 0.0001). At the final follow-up, the mean DASH was 27 ± 23 and the mean SSV was 58 ± 23 points. The complication rate was 19% and the revision rate was 6%; implant survival was 94%. Scapular notching occurred in 2 (13%) cases (all grade 1). Conclusion With good preoperative planning and by using the adequate surgical technique, good clinical short-term results with a low revision rate can be achieved. The authors suggest extending the Boileau classification for fracture sequelae type 2 and recommend using a modified classification to facilitate the choice of treatment as the suggested classification system includes locked posterior and anterior dislocations with and without glenoid bone loss. KW - glenoid bonegrafting KW - fracture sequelae shoulder KW - shoulder arthroplasty KW - locked shoulder dislocation KW - bone defect KW - pectoralis major transfer Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268454 SN - 1432-1068 VL - 32 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Schmalzl, Jonas A1 - Fenwick, Annabel A1 - Reichel, Thomas A1 - Schmitz, Benedikt A1 - Jordan, Martin A1 - Meffert, Rainer A1 - Plumhoff, Piet A1 - Boehm, Dirk A1 - Gilbert, Fabian T1 - Anterior deltoid muscle tension quantified with shear wave ultrasound elastography correlates with pain level after reverse shoulder arthroplasty JF - European Journal of Orthopaedic Surgery & Traumatology N2 - Introduction Reverse shoulder arthroplasty (RSA) leads to medialization and distalization of the centre of rotation of the shoulder joint resulting in lengthening of the deltoid muscle. Shear wave ultrasound elastography (SWE) is a reliable method for quantifying tissue stiffness. The purpose of this study was to analyse if deltoid muscle tension after RSA correlates with the patients' pain level. We hypothesized that higher deltoid muscle tension would be associated with increased pain. Material and methods Eighteen patients treated with RSA were included. Constant score (CS) and pain level on the visual analogue scale (VAS) were analysed and SWE was performed on both shoulders. All three regions of the deltoid muscle were examined in resting position and under standardized isometric loading. Results Average patient age was 76 (range 64-84) years and average follow-up was 15 months (range 4-48). The average CS was 66 points (range 35-89) and the average pain level on the VAS was 1.8 (range 0.5-4.7). SWE revealed statistically significant higher muscle tension in the anterior and middle deltoid muscle region in patients after RSA compared to the contralateral non-operated side. There was a statistically significant correlation between pain level and anterior deltoid muscle tension. Conclusion SWE revealed increased tension in the anterior and middle portion of the deltoid muscle after RSA in a clinical setting. Increased tension of the anterior deltoid muscle portion significantly correlated with an increased pain level. SWE is a powerful, cost-effective, quick, dynamic, non-invasive, and radiation-free imaging technique to evaluate tissue elasticity in the shoulder with a wide range of applications. KW - pain KW - shear wave elastography KW - strain elastography KW - shoulder KW - deltoid muscle KW - reverse shoulder arthroplasty Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268441 SN - 1432-1068 VL - 32 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Sharifi, Marzieh T1 - Structural plasticity of active zones in mouse hippocampal mossy fiber synapses T1 - Strukturelle Plastizität aktiver Zonen in Maus hippocampalen Moosfasersynapsen N2 - Chemical synapses are a physically and functionally varied type of cell-cell contact specialized in conducting communication between neurons. They are the smallest "computational" unit of the brain and are often classified as electrical and chemical, and they can be distinguished based on their transmission mechanism. These categories could be further broken into many kinds, each having a specific structure-function repertoire that is hypothesized to provide neural networks with distinct computational capabilities. Heterogeneity refers to the variety of structures and functions present in a particular category of synapses. Contributing factors for this heterogeneity may be the synaptic vesicles, the active zone (AZ), the synaptic cleft, the postsynaptic density, and the glial processes associated with the synaptic contacts. Each of these five structural modules has its own set of functions, and their combination determines the spectrum of functional heterogeneity at mammalian excitatory synapses. This work focused on the changes in AZ protein expression after chemical induction of plasticity with forskolin in synaptic contacts of the hippocampal mossy fibers. With the nanoscopic resolution provided by dSTORM, along with the multicolor SIM imaging capabilities, changes in expression of key presynaptic AZ components were analyzed. Using SIM imaging along with a standardized stimulation protocol in acute brain slices from male 16-week old Thy1-mEGFP (Lsi1) mice, the changes of the key AZ proteins Bassoon, Munc 13-1 and Tomosyn were investigated 30 min after stimulation with forskolin (50 μM for 30 min). Forskolin induced changes in these proteins largely in small synaptic contacts whereas no clear changes were detected in large mossy fiber boutons. However, due to the high variability it cannot be ruled out that forskolin may differentially modify AZ protein composition depending on experimental circumstances such as age and gender of mice or the time point and duration of forskolin stimulation. The dSTORM data demonstrated feasibility to perform single molecule 3D imaging of hippocampal presynaptic AZs and allowed quantitative mapping of molecular changes in AZ proteins after induction of plasticity. The findings suggest high heterogeneity in mossy fiber synaptic contacts that may have an impact on the function of neural networks. These imaging approaches may now be used to identify potential differences in functional molecular rearrangements of synaptic proteins in healthy and diseased brain (e.g. after induction of traumatic brain injury). N2 - Chemische Synapsen sind eine physikalisch und funktionell vielfältige Art von Zell-Zell-Kontakten, die auf die Kommunikation zwischen Neuronen spezialisiert sind. Sie sind die kleinste " computational " Einheit des Gehirns und werden oft als elektrisch und chemisch klassifiziert, und sie können auf der Grundlage ihres Übertragungsmechanismus unterschieden werden. Diese Kategorien lassen sich weiter in viele Arten unterteilen, die jeweils ein spezifisches Struktur-Funktions-Repertoire aufweisen, von dem angenommen wird, dass es neuronale Netze mit unterschiedlichen Berechnungsfähigkeiten ausstattet. Heterogenität bezieht sich auf die Vielfalt der Strukturen und Funktionen, die in einer bestimmten Kategorie von Synapsen vorhanden sind. Die wichtigsten Gründe für diese Heterogenität sind molekulare und strukturelle Unterschiede in synaptischen Vesikel, der aktiven Zone (AZ), synaptischem Spalt, postsynaptischer Dichte und der mit der Synapse verbundenen glialen Prozesse. Jedes dieser fünf strukturellen Module hat seine eigenen Funktionen, und ihre Kombination bestimmt das Spektrum der funktionellen Heterogenität an exzitatorischen Synapsen von Säugetieren. Diese Arbeit konzentrierte sich auf Änderungen der AZ Proteine nach chemischer Induktion von Plastizität an hippocampalen Moosfasersynapsen mittels superhochauflösende Fluoreszenzmikroskopie. Mit der nanoskopischen Auflösung von dSTORM und der Mehrfarben-SIM-Bildgebung könnten Proteine in der präsynaptischen AZ abgebildet werden. Mithilfe der SIM-Bildgebung wurden Veränderungen in der Expression von AZ-Proteine Bassoon, Munc 13-1 und Tomosyn nach der Induktion von Plastizität mit Forskolin an akuten Hirnschnitten von 16-Wochen alten männlichen Thy1-mEGFP (Lsi1) Mäusen analysiert. Forskolin reduzierte die Expression von Bassoon, Munc-13-1 und Tomosyn hauptsächlich in kleinen Moosfasersynapsen. Aufgrund der hohen Variabilität kann jedoch nicht ausgeschlossen werden, dass Forskolin die Expression der AZ-Proteine abhängig von den experimentellen Bedingungen, wie z.B. dem Alter oder dem Geschlecht der Mäuse oder der Zeitpunkt und der Dauer der Forskolin-Stimulation unterschiedlich verändern könnte. Die dSTORM-Daten zeigten, dass es möglich ist, eine Einzelmolekül-3D-Bildgebung präsynaptischer aktiver Zonen in Hippocampus durchzuführen. Die Methode ermöglichte eine quantitative Analyse der molekularen Veränderungen in AZ-Proteinen nach Induktion von Plastizität. Die Ergebnisse deuten auf eine große Heterogenität der Moosfasersynapsen, die einen Einfluss auf die Funktion neuronaler Netzwerke haben könnte. Diese bildgebenden Verfahren können nun eingesetzt werden, um potenzielle Unterschiede in den funktionellen molekularen Änderungen synaptischer Proteine im gesunden und pathologischen Gehirn (z. B. nach einer traumatischen Schädelverletzung) zu untersuchen. KW - Chemische Synapsen KW - active zone Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-275433 ER - TY - THES A1 - Wencker, Freya Dorothea Ruth T1 - The methionine biosynthesis operon in \(Staphylococcus\) \(aureus\): Role of concerted RNA decay in transcript stability and T-box riboswitch turnover T1 - Das Methioninbiosynthese-Operon in \(Staphylococcus\) \(aureus\): Der Einfluss von koordiniertem RNA Abbau auf Transkriptstabilität und T-Box-Riboswitch-Prozessierung N2 - Methionine is the first amino acid of every newly synthesised protein. In combination with its role as precursor for the vital methyl-group donor S-adenosylmethionine, methionine is essential for every living cell. The opportunistic human pathogen Staphylococcus aureus is capable of synthesising methionine de novo, when it becomes scarce in the environment. All genes required for the de novo biosynthesis are encoded by the metICFE-mdh operon, except for metX. Expression is controlled by a hierarchical network with a methionyl-tRNA-specific T-box riboswitch (MET-TBRS) as centrepiece, that is also referred to as met leader (RNA). T-box riboswitches (TBRS) are regulatory RNA elements located in the 5’-untranslated region (5’-UTR) of genes. The effector molecule of T-box riboswitches is uncharged cognate tRNA. The prevailing mechanism of action is premature termination of transcription of the nascent RNA in the absence of the effector (i.e. uncharged cognate tRNA) due to formation of a hairpin structure, the Terminator stem. In presence of the effector, a transient stabilisation of the alternative structure, the Antiterminator, enables transcription of the downstream genes (‘read-through’). Albeit, after the read-through the thermodynamically more stable Terminator eventually forms. The Terminator and the Antiterminator are two mutually exclusive structures. Previous work of the research group showed that in staphylococci the MET-TBRS ensures strictly methionine-dependent control of met operon expression. Uncharged methionyl-tRNA that activates the system is only present in sufficient amounts under methionine-deprived conditions. In contrast to other bacterial TBRS, the staphylococcal MET-TBRS has some characteristic features regarding its length and predicted secondary structure whose relevance for the function are yet unkown. Aim of the present thesis was to experimentally determine the structure of the met leader RNA and to investigate the stability of the met operon-specific transcripts in the context of methionine biosynthesis control. Furthermore, the yet unknown function of the mdh gene within the met operon was to be determined. In the context of this thesis, the secondary structure of the met leader was determined employing in-line probing. The structural analysis revealed the presence of almost all highly conserved T-box riboswitch structural characteristics. Furthermore, three additional stems, absent in all T-box riboswitches analysed to date, could be identified. Particularly remarkable is the above average length of the Terminator stem which renders it a potential target of the double-strand-specific endoribonuclease III (RNase III). The RNase III-dependent cleavage of the met leader could be experimentally verified by the use of suitable mutants. Moreover, the exact cleavage site within the Terminator was determined. The unusual immediate separation of the met leader from the met operon mRNA via the RNase III cleavage within the Terminator stem induces the rapid degradation of the met leader RNA and, most likely, that of the 5’-region of the met mRNA. The met mRNA is degraded from its 5’-end by the exoribonuclease RNase J. The stability of the met mRNA was found to vary over the length of the transcript with an instable 5’-end (metI and metC) and a longer half-life towards the 3’-end (metE and mdh). The varying transcript stability is reflected by differences in the available cellular protein levels. The obtained data suggest that programmed mRNA degradation is another level of regulation in the complex network of staphylococcal de novo methionine biosynthesis control. In addition, the MET-TBRS was studied with regard to a future use as a drug target for novel antimicrobial agents. To this end, effects of a dysregulated methionine biosynthesis on bacterial growth and survival were investigated in met leader mutants that either caused permanent transcription of the met operon (‘ON’) or prevented operon transcription (‘OFF’), irrespective of the methionine status in the cell. Methionine deprivation turned out to be a strong selection pressure, as ‘OFF’ mutants acquired adaptive mutations within the met leader to restore met operon expression that subsequently re-enabled growth. The second part of the thesis was dedicated to the characterisation of the Mdh protein that is encoded by the last gene of the met operon and whose function is unknown yet. At first, co-transcription and -expression with the met operon could be demonstrated. Next, the Mdh protein was overexpressed and purified and the crystal structure of Mdh was solved to high resolution by the Kisker research group (Rudolf-Virchow-Zentrum Würzburg). Analysis of the structure revealed the amino acid residues crucial for catalytic activity, and zinc was identified as a co-factor of Mdh. Also, Mdh was shown to exist as a dimer. However, identification of the Mdh substrate was, in the context of this thesis, (still) unsuccessful. Nevertheless, interactions of Mdh with enzymes of the met operon could be demonstrated by employing the bacterial two-hybrid system. This fact and the high conservation of mdh/Mdh on nucleotide and amino acid level among numerous staphylococcal species suggests an important role of Mdh within the methionine metabolism that should be a worthwhile subject of future research. N2 - Methionin ist die erste Aminosäure in jedem neu gebildeten Protein. Zusammen mit seiner Funktion als Vorläufermolekül für die Synthese des essenziellen Methylgruppendonors S-Adenosylmethionin ist Methionin damit für jede lebende Zelle unverzichtbar. Staphylococcus aureus, ein opportunistisches Humanpathogen, ist in der Lage, Methionin de novo zu synthetisieren, wenn es nicht in ausreichender Menge in der Umgebung vorhanden ist. Mit Ausnahme von MetX sind alle für die Methioninsynthese benötigten Enzyme im metICFE-mdh-Operon kodiert. Die Expression des Operons wird durch ein komplexes hierarchisches Netzwerk reguliert, dessen zentrales Steuerelement ein Methionyl-tRNA-spezifischer T-Box-Riboswitch (MET-TBRS) ist, der auch als met-leader (RNA) bezeichnet wird. T-Box Riboswitches (TBRS) sind regulatorische RNA-Elemente, die in der untranslatierten Region am 5'-Ende (5'-UTR) ihrer zu kontrollierenden Gene liegen. Sie nutzen unbeladene tRNAs als Effektormoleküle. Die Funktionsweise der meisten TBRS beruht auf dem vorzeitigen Abbruch der Transkription der naszierenden mRNA, der durch die Ausbildung einer Haarnadelstruktur (Terminator) im Transkript herbeigeführt wird, wenn das Effektormolekül (i.e. unbeladene tRNA) fehlt. Sobald passende unbeladene tRNA verfügbar ist und bindet, wird eine alternative Struktur, der Antiterminator, kurzzeitig stabilisiert, der die Transkription und damit ein "Durchlesen" in die stromabwärtsliegenden Gene ermöglicht. Terminator und Antiterminator sind zwei sich gegenseitig ausschließende Strukturen, wobei der Terminator die thermodynamisch deutlich stabilere Struktur des TBRS ist, die sich dementsprechend auch in den vollständigen Transkripten erneut ausbildet. Bisherige Vorarbeiten der Arbeitsgruppe zeigten, dass in Staphylokokken der MET-TBRS die Kontrolle der Methioninsynthese in strikter Abhängigkeit von Methionin gewährleistet. Unbeladene Methionyl-tRNA, die nur unter Methioninmangelbedingungen in ausreichenden Konzentrationen vorliegt, aktiviert das System. Im Unterschied zu anderen bakteriellen TBRS weist der Staphylokokken-MET-TBRS (met-leader) hinsichtlich seiner Länge und vorhergesagten Struktur einige Besonderheiten auf, deren Bedeutung für die Funktion bislang unklar sind. Ziel der vorliegenden Arbeit war es daher, die Struktur der met-leader-RNA experimentell zu bestimmen und die Stabilität met-Operon-spezifischer Transkripte im Kontext der Methioninbiosynthesekontrolle zu untersuchen. Ebenso sollte die bisher unbekannte Funktion des mdh-Genes im Operon aufgeklärt werden. Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurde die Sekundärstruktur der met-leader-RNA mit Hilfe des so genannten In-line Probings bestimmt. Die Sekundärstruktur weist neben fast allen hochkonservierten Strukturmerkmalen eines T-Box-Riboswitches auch drei zusätzliche Haarnadelstrukturen auf, die bisher in keinem anderen T-Box-Riboswitch gefunden wurden. Besonders auffällig ist die überdurchschnittliche Länge des met-leader-Terminators, der dadurch zur potentiellen Zielstruktur für die Doppelstrang-spezifische Endoribonuklease RNase III wird. Mittels geeigneter Mutanten konnte die RNase III-abhängige Prozessierung der met-leader-RNA experimentell bewiesen werden. Ebenso wurde die exakte Schnittstelle im Terminator bestimmt. Die ungewöhnliche Prozessierung des Terminators durch die RNase III spaltet die met-leader-RNA von der met-mRNA ab, was den raschen weiteren Abbau der met-leader-RNA und sehr wahrscheinlich auch den der met-mRNA einleitet. So wird die met-mRNA durch die Exoribonuklease RNase J vom 5'-Ende her abgebaut, wobei die Stabilität bezogen auf die Gesamtheit des Moleküls stark variiert: Das 5'-Ende mit den Genen metI und metC wird äußerst schnell degradiert, während das 3'-Ende mit metE und mdh deutlich stabiler ist. Die variierende mRNA-Stabilität spiegelt sich auch in Unterschieden hinsichtlich der verfügbaren zellulären Proteinmengen wider. Die Daten legen daher nahe, dass programmierte mRNA-Degradation eine weitere Ebene im komplexen Kontrollnetzwerk darstellt, durch die in Staphylokokken die Methioninbiosynthese sehr exakt den jeweiligen Bedürfnissen angepasst wird. Des Weiteren wurde der MET-TBRS im Hinblick auf eine zukünftige Nutzung als Angriffspunkt für neue antibakterielle Wirkstoffe untersucht. Dazu wurden die Auswirkungen einer dysregulierten Methioninbiosynthese auf das bakterielle Wachstum und Überleben mit Hilfe von met-leader-Mutanten analysiert, die entweder zu einer permanenten Aktivierung („ON“) oder Deaktivierung („OFF“) der met-Operon-Transkription, unabhängig vom Methioninstatus in der Zelle, führten. Es zeigte sich, dass Methioninmangel einen starken Selektionsdruck darstellt, da die „OFF“-Mutanten in der Lage waren, durch den Erwerb von adaptiven Mutationen innerhalb der met-leader-Sequenz, das met-Operon erneut zu aktivieren und wieder zu wachsen. Der zweite Teil dieser Arbeit widmete sich der Charakterisierung des Mdh-Proteins, das im letzten Gen des met-Operons kodiert ist und dessen Funktion derzeit gänzlich unbekannt ist. Zunächst konnte die Kotranskription und -expression von mdh mit dem met-Operon gezeigt werden. In Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe Kisker (Rudolf-Virchow-Zentrum Würzburg) wurden anhand von Kristallstrukturanalysen die Aminosäuren identifiziert, die entscheidend für die katalytische Aktivität des Mdh-Enzyms sind, wobei Zink als ein Kofaktor fungiert. Ebenso zeigte sich, dass Mdh als Dimer vorliegt. Allerdings ist die Identifizierung des Mdh-Substrates im Rahmen dieser Arbeit (noch) nicht gelungen. Mittels eines bakteriellen Zwei-Hybridsystems wurde jedoch nachgewiesen, dass Mdh mit den anderen Enzymen des met-Operons interagiert. Dies und die hohe Konservierung von mdh/Mdh auf Nukleotid- und Aminosäureebene in verschiedenen Staphylokokkenarten legt eine wichtige Funktion von Mdh im Methioninstoffwechsel nahe, die lohnenswerter Gegendstand weiterer Untersuchungen sein sollte. KW - Staphylococcus aureus KW - RNA Abbau KW - Methioninbiosynthese KW - MET-T-box riboswitch KW - riboswitch KW - methionine biosynthesis KW - RNA decay Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-207124 ER - TY - JOUR A1 - Dashkovskiy, Sergey A1 - Slynko, Vitalii T1 - Stability conditions for impulsive dynamical systems JF - Mathematics of Control, Signals, and Systems N2 - In this work, we consider impulsive dynamical systems evolving on an infinite-dimensional space and subjected to external perturbations. We look for stability conditions that guarantee the input-to-state stability for such systems. Our new dwell-time conditions allow the situation, where both continuous and discrete dynamics can be unstable simultaneously. Lyapunov like methods are developed for this purpose. Illustrative finite and infinite dimensional examples are provided to demonstrate the application of the main results. These examples cannot be treated by any other published approach and demonstrate the effectiveness of our results. KW - lyapunov methods KW - stability KW - robustness KW - impulsive systems KW - infinite-dimensional systems KW - nonlinear systems KW - input-to-state stability Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268390 SN - 1435-568X VL - 34 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Klemz, Boris A1 - Rote, Günter T1 - Linear-Time Algorithms for Maximum-Weight Induced Matchings and Minimum Chain Covers in Convex Bipartite Graphs JF - Algorithmica N2 - A bipartite graph G=(U,V,E) is convex if the vertices in V can be linearly ordered such that for each vertex u∈U, the neighbors of u are consecutive in the ordering of V. An induced matching H of G is a matching for which no edge of E connects endpoints of two different edges of H. We show that in a convex bipartite graph with n vertices and m weighted edges, an induced matching of maximum total weight can be computed in O(n+m) time. An unweighted convex bipartite graph has a representation of size O(n) that records for each vertex u∈U the first and last neighbor in the ordering of V. Given such a compact representation, we compute an induced matching of maximum cardinality in O(n) time. In convex bipartite graphs, maximum-cardinality induced matchings are dual to minimum chain covers. A chain cover is a covering of the edge set by chain subgraphs, that is, subgraphs that do not contain induced matchings of more than one edge. Given a compact representation, we compute a representation of a minimum chain cover in O(n) time. If no compact representation is given, the cover can be computed in O(n+m) time. All of our algorithms achieve optimal linear running time for the respective problem and model, and they improve and generalize the previous results in several ways: The best algorithms for the unweighted problem versions had a running time of O(n\(^{2}\)) (Brandstädt et al. in Theor. Comput. Sci. 381(1–3):260–265, 2007. https://doi.org/10.1016/j.tcs.2007.04.006). The weighted case has not been considered before. KW - dynamic programming KW - graph algorithm KW - induced matching KW - chain cover KW - convex bipartite graph KW - certifying algorithm Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267876 SN - 1432-0541 VL - 84 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Bahena, Paulina A1 - Daftarian, Narsis A1 - Maroofian, Reza A1 - Linares, Paola A1 - Villalobos, Daniel A1 - Mirrahimi, Mehraban A1 - Rad, Aboulfazl A1 - Doll, Julia A1 - Hofrichter, Michaela A. H. A1 - Koparir, Asuman A1 - Röder, Tabea A1 - Han, Seungbin A1 - Sabbaghi, Hamideh A1 - Ahmadieh, Hamid A1 - Behboudi, Hassan A1 - Villanueva-Mendoza, Cristina A1 - Cortés-Gonzalez, Vianney A1 - Zamora-Ortiz, Rocio A1 - Kohl, Susanne A1 - Kuehlewein, Laura A1 - Darvish, Hossein A1 - Alehabib, Elham A1 - La Arenas-Sordo, Maria de Luz A1 - Suri, Fatemeh A1 - Vona, Barbara A1 - Haaf, Thomas T1 - Unraveling the genetic complexities of combined retinal dystrophy and hearing impairment JF - Human Genetics N2 - Usher syndrome, the most prevalent cause of combined hereditary vision and hearing impairment, is clinically and genetically heterogeneous. Moreover, several conditions with phenotypes overlapping Usher syndrome have been described. This makes the molecular diagnosis of hereditary deaf-blindness challenging. Here, we performed exome sequencing and analysis on 7 Mexican and 52 Iranian probands with combined retinal degeneration and hearing impairment (without intellectual disability). Clinical assessment involved ophthalmological examination and hearing loss questionnaire. Usher syndrome, most frequently due to biallelic variants in MYO7A (USH1B in 16 probands), USH2A (17 probands), and ADGRV1 (USH2C in 7 probands), was diagnosed in 44 of 59 (75%) unrelated probands. Almost half of the identified variants were novel. Nine of 59 (15%) probands displayed other genetic entities with dual sensory impairment, including Alström syndrome (3 patients), cone-rod dystrophy and hearing loss 1 (2 probands), and Heimler syndrome (1 patient). Unexpected findings included one proband each with Scheie syndrome, coenzyme Q10 deficiency, and pseudoxanthoma elasticum. In four probands, including three Usher cases, dual sensory impairment was either modified/aggravated or caused by variants in distinct genes associated with retinal degeneration and/or hearing loss. The overall diagnostic yield of whole exome analysis in our deaf-blind cohort was 92%. Two (3%) probands were partially solved and only 3 (5%) remained without any molecular diagnosis. In many cases, the molecular diagnosis is important to guide genetic counseling, to support prognostic outcomes and decisions with currently available and evolving treatment modalities. KW - Usher syndrome KW - hearing impairment KW - combined retinal dystrophy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267750 SN - 1432-1203 VL - 141 IS - 3-4 ER - TY - JOUR A1 - Wong, Alex H. K. A1 - Pittig, Andre T1 - A dimensional measure of safety behavior: A non-dichotomous assessment of costly avoidance in human fear conditioning JF - Psychological Research N2 - Safety behavior prevents the occurrence of threat, thus it is typically considered adaptive. However, safety behavior in anxiety-related disorders is often costly, and persists even the situation does not entail realistic threat. Individuals can engage in safety behavior to varying extents, however, these behaviors are typically measured dichotomously (i.e., to execute or not). To better understand the nuances of safety behavior, this study developed a dimensional measure of safety behavior that had a negative linear relationship with the admission of an aversive outcome. In two experiments, a Reward group receiving fixed or individually calibrated incentives competing with safety behavior showed reduced safety behavior than a Control group receiving no incentives. This allowed extinction learning to a previously learnt warning signal in the Reward group (i.e., updating the belief that this stimulus no longer signals threat). Despite the Reward group exhibited extinction learning, both groups showed a similar increase in fear to the warning signal once safety behavior was no longer available. This null group difference was due to some participants in the Reward group not incentivized enough to disengage from safety behavior. Dimensional assessment revealed a dissociation between low fear but substantial safety behavior to a safety signal in the Control group. This suggests that low-cost safety behavior does not accurately reflect the fear-driven processes, but also other non-fear-driven processes, such as cost (i.e., engage in safety behavior merely because it bears little to no cost). Pinpointing both processes is important for furthering the understanding of safety behavior. KW - safety behavior KW - anxiety KW - threat Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267688 SN - 1430-2772 VL - 86 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Kirmse, Knut T1 - Non-linear GABA\(_{A}\) receptors promote synaptic inhibition in developing neurons JF - Pflügers Archiv - European Journal of Physiology N2 - No abstract available. KW - synaptic inhibition KW - neurons KW - GABA\(_{A}\) receptors Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267674 SN - 1432-2013 VL - 474 IS - 2 ER - TY - THES A1 - von Rüden, Martin Frederik T1 - The Venus flytrap - Role of oxylipins in trap performance of Dionaea muscipula T1 - Die Venus Fliegenfalle – Die Rolle von Oxilipinen im Fallenverhalten von Dionaea muscipula N2 - A part of the plant kingdom consists of a variety of carnivorous plants. Some trap their prey using sticky leaves, others have pitfall traps where prey cannot escape once it has fallen inside. A rare trap type is the snap-trap: it appears only twice in the plant kingdom, in the genera Aldrovanda and Dionaea. Even Charles Darwin himself described Dionaea muscipula, the Venus flytrap, with the following words “This plant, commonly called Venus' fly-trap, from the rapidity and force of its movements, is one of the most wonderful in the world”. For a long time now, the mechanisms of Dionaea’s prey recognition, capture and utilization are of interest for scientists and have been studied intensively. Dionaea presents itself with traps wide-open, ready to catch insects upon contact. For this, the insect has to touch the trigger hairs of the opened trap twice within about 20-30 seconds. Once the prey is trapped, the trap lobes close tight, forming a hermetically sealed “green stomach”. Until lately, there was only limited knowledge about the molecular and hormonal mechanisms which lead to prey capture and excretion of digestive fluids. It is known that the digestion process is very water-consuming; therefore, the interplay of digestion-inducing and digestion inhibiting substances was to be analyzed in this work, to elucidate the fine-tuning of the digestive pathway. Special attention was given to the impact of phytohormones on mRNA transcript levels of digestion-related proteins after various stimuli as well as their effect on Dionaea’s physiological responses. Jasmonic acid (JA) and its isoleucine-conjugated form, JA-Ile, are an important signal in the jasmonate pathway. In the majority of non-carnivorous plants, jasmonates are critical for the defense against herbivory and pathogens. In Dionaea, this defense mechanism has been restructured towards offensive prey catching. One question in this work was how the frequency of trigger hair bendings is related to the formation of jasmonates and the induction of the digestion process. Upon contact of a prey with the trigger hairs in the inside of the trap, the trap closes and jasmonates are produced biosynthetically. JA-Ile interacts with the COI1- receptor, thereby activating the digestion pathway which leads to the secretion of digestive fluid and production of transporters needed to take up prey-derived nutrients. In this work it could be shown that the number of trigger hair bendings is positively correlated with the level and duration of transcriptional induction of several digestive enzymes/hydrolases. Abscisic acid (ABA) acts, along with many other functions, as the plant “drought stress hormone”. It is synthesized either by roots as the primary sensor for water shortage or by guard cells in the leaves. ABA affects a network of several thousand genes whose regulation prepares the plant for drought and initiates protective measurements. It was known from previous work that the application of ABA for 48 hours increased the required amount of trigger hair bendings to achieve trap closure. As the digestion process is very water-intensive, the question arose how exactly the interplay between the jasmonate- and the ABA-pathway is organized, and if ABA could stop the running digestion process once it had been activated. In the present work it could be shown that the application of ABA on intact traps prior to mechanically stimulating the trigger hairs (mechanostimulation) already significantly reduced the transcription of digestive enzymes for an incubation time as short as 4 h, showing that already short-term exposure to ABA counteracts the effects of jasmonates when it comes to initiating the digestion process, but does not inhibit trap closure. Incubation for 24 and 48 hours with 100 μM active ABA had no effect on trap reopening, only very high levels of 200 μM of active ABA inhibited trap reopening but also led to tissue necrosis. As the application of ABA could reduce the transcription of digestive hydrolases, it is likely that Dionaea can stop the digestion process, if corresponding external stimuli are received. Another factor, which only emerged later, was the effect of the wounding-induced systemic jasmonate burst. As efficient as ABA was in inhibiting marker hydrolase expression after mechanostimulation in intact plants, the application of ABA on truncated traps was not able to inhibit mechanostimulation-induced marker hydrolase expression. One reason might be that the ABA-signal is perceived in the roots, and therefore truncated traps were not able to react to it. Another reason might be that the wounding desensitized the tissue for the ABAsignal. Further research is required at this point. Inhibitors of the jasmonate pathway were also used to assess their effect on the regulation of Dionaea´s hunting cycle. Coronatine-O-methyloxime proved to be a potent inhibitor of mechanostimulation-induced expression of digestive enzymes, thus confirming the key regulatory role of jasmonates for Dionaea´s prey consumption mechanism. In a parallel project, the generation of in vitro cultures from sterilized seeds and single plant parts proved successful, which may be important for stock-keeping of future transgenic lines. Protoplasts were generated from leaf blade tissue and transiently transformed, expressing the reporter protein YFP after 24 h of incubation. In the future this might be the starting point for the generation of transgenic lines or the functional testing of DNA constructs. N2 - Ein Teil des Pflanzenreiches besteht aus einer Vielfalt fleischfressender Pflanzen. Einige fangen ihre Beute mit klebrigen Blättern, andere haben Grubenfallen, aus denen die Beute nicht mehr entkommen kann, wenn sie erst einmal hineingefallen ist. Ein seltener Fallentyp ist die Klappfalle: Sie kommt im Pflanzenreich nur zweimal vor, in den Gattungen Aldrovanda und Dionaea. Charles Darwin selbst beschrieb Dionaea muscipula, die Venusfliegenfalle, als "eine der schönsten Pflanzen der Welt". Die Mechanismen der Erkennung, des Fangs und der Nutzbarmachung von Beutetieren durch Dionaea sind seit langem von Interesse für die Wissenschaft und wurden intensiv untersucht. Dionaea hat weit geöffnete Fallen, die bei Kontakt Insekten fangen können. Dazu muss das Insekt innerhalb von ca. 20-30 Sekunden zweimal die Triggerhaare der geöffneten Falle berühren. Sobald die Beute gefangen ist, schließen sich die Fallenhälften fest und bilden einen hermetisch verschlossenen sogenannten „grünen Magen“. Bis vor einigen Jahren gab es nur wenige Informationen über die molekularen und hormonellen Mechanismen, die zu Beutefang und Sekretion von Verdauungsflüssigkeiten führen. Es ist bekannt, dass der Verdauungsprozess sehr viel Wasser verbraucht; daher sollte in dieser Arbeit das Zusammenspiel von verdauungsauslösenden und verdauungshemmenden Substanzen untersucht werden, um die Feinabstimmung des Verdauungsweges aufzuklären. Ein besonderes Augenmerk wurde auf den Einfluss von Phytohormonen auf die mRNATranskriptzahlen von Verdauungsproteinen nach verschiedenen Stimuli sowie auf deren Auswirkungen auf die physiologischen Reaktionen von Dionaea gelegt. Jasmonsäure (JA) und ihre mit Isoleucin konjugierte Form, JA-Ile, sind ein wichtiges Signal in pflanzlichen Signaltransduktionsprozessen. In der Mehrzahl der nicht-karnivoren Pflanzen sind Jasmonate entscheidend für die Abwehr von Herbivoren und Pathogenen. In Dionaea wurde dieser Abwehrmechanismus für den offensiven Beutefang umstrukturiert. Eine Frage in dieser Arbeit war also, wie die Häufigkeit der Triggerhaarberührungen mit der Bildung von Jasmonaten und dem Verdauungsvorgang miteinander in Verbindung steht. Beim Kontakt von Beute mit den Triggerhaaren im Inneren der Falle schließt sich diese, und es werden durch Biosynthese Jasmonate gebildet. JA-Ile interagiert mit dem COI1-Rezeptor und aktiviert so den Verdauungsweg, der zur Sekretion von Verdauungsflüssigkeit und zur Produktion von Transportern führt, welche zur Aufnahme von aus Beute gewonnenen Nährstoffen benötigt werden. In dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass die Anzahl der Triggerhaarberührungen positiv mit der Höhe und der Dauer der Transkriptionsinduktion mehrerer Verdauungsenzyme bzw. Verdauungshydrolasen korreliert. Abscisinsäure (ABA) fungiert neben vielen anderen Funktionen als pflanzliches „Trockenstresshormon“. Es wird entweder von Wurzeln als primärem Sensor für Wassermangel oder von Schließzellen in den Blättern synthetisiert. ABA beeinflusst ein Netzwerk von mehreren tausend Genen, deren Regulation die Pflanze auf Dürre vorbereitet und entsprechende Schutzmaßnahmen einleitet. Aus früheren Arbeiten war bekannt, dass die 48-stündige Inkubation einer Dionaea-Falle mit ABA die erforderliche Anzahl an Triggerhaarberührungen erhöhte, die für einen Fallenschluss notwendig sind. In der vorliegenden Arbeit konnte gezeigt werden, dass das Aufbringen von ABA auf intakte Fallen vor der mechanischen Stimulierung der Triggerhaare (Mechanostimulation) die Expression von Verdauungsenzymen bereits bei einer Inkubationszeit von nur 4 Stunden signifikant reduzierte. Das zeigte eindeutig, dass die kurzzeitige Einwirkung von ABA bereits die Effekte von Jasmonaten blockiert, wenn es um den Beginn des Verdauungsprozesses geht, aber keinen Einfluss auf den Fallenschluss hat. Eine Inkubation für 24 und 48 Stunden mit 100 μM aktiver ABA hatte keine Auswirkung auf das Wiederöffnen der Falle, nur sehr hohe Konzentrationen von 200 μM aktiver ABA hemmten das Wiederöffnen der Falle, führten aber auch zu Gewebenekrose. Da ABA die Transkription der Verdauungsenzyme reduzieren konnte, ist es wahrscheinlich, dass Dionaea den Verdauungsvorgang stoppen kann, wenn entsprechende externe Signale empfangen werden. Ein weiterer Einflussfaktor, welcher erst später erkannt wurde, war die Auswirkung des verwundungsbedingten, sprunghaften systemischen Anstiegs der Jasmonatkonzentration auf die Wirkung von extern aufgegebenen Phytohormonen. So wirksam ABA bei der Hemmung der Markerhydrolasen-Expression nach Mechanostimulation in intakten Pflanzen war, so konnte diese Inhibition nach Anwendung von ABA auf abgeschnittenen Fallen nicht mehr beobachtet werden. Ein Grund könnte sein, dass das ABA-Signal in den Wurzeln wahrgenommen wird und daher abgeschnittene Fallen nicht darauf reagieren konnten. Ein anderer Grund könnte sein, dass die Verwundung das Gewebe für das ABA-Signal desensibilisiert hat. An dieser Stelle besteht weiterer Forschungsbedarf. Ebenfalls wurden Inhibitoren des Jasmonat-Weges verwendet, um ihre Wirkung auf die Regulation des Beutefangzyklus von Dionaea zu untersuchen. Coronatine-O-methyloxim erwies sich als wirksamer Inhibitor der durch Mechanostimulation induzierten Expression von Verdauungsenzymen und bestätigte damit die zentrale regulatorische Rolle von Jasmonaten für den Beutefangmechanismus von Dionaea. Ein parallel laufendes Projekt war die Erzeugung von in vitro-Kulturen aus sterilisiertem Saatgut und einzelnen Pflanzenteilen, das sich als sehr erfolgreich erwies, was für die Erzeugung zukünftiger transgener Linien wichtig sein kann. Ebenfalls wurden Protoplasten aus Blattgewebe erzeugt, diese wurden transient transformiert und exprimierten YFP nach einer Inkubationszeit von 24 Stunden. In Zukunft könnte dies der Ausgangspunkt für die Generierung transgener Linien sein und der Funktionsüberprüfung von DNA-Konstrukten sein. KW - Venusfliegenfalle KW - Protoplast KW - Abscisinsäure KW - Jasmonsäure KW - Antibiotikum KW - Dionaea KW - Herbicid KW - Celaflor Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-273854 ER - TY - THES A1 - Riegler, David T1 - Emergent phenomena in strongly correlated electron systems: Auxiliary particle approach to the many-body problem T1 - Emergente Phänomene in stark korrelierten Elektronensystemen: Hilfsteilchenansatz für das Vielteilchenproblem N2 - Emergent phenomena in condensed matter physics like, e.g., magnetism, superconductivity, or non-trivial topology often come along with a surprise and exert great fascination to researchers up to this day. Within this thesis, we are concerned with the analysis of associated types of order that arise due to strong electronic interactions and focus on the high-\(T_c\) cuprates and Kondo systems as two prime candidates. The underlying many-body problem cannot be solved analytically and has given rise to the development of various approximation techniques to tackle the problem. In concrete terms, we apply the auxiliary particle approach to investigate tight-binding Hamiltonians subject to a Hubbard interaction term to account for the screened Coulomb repulsion. Thereby, we adopt the so-called Kotliar-Ruckenstein slave-boson representation that reduces the problem to non-interacting quasiparticles within a mean-field approximation. Part I provides a pedagogical review of the theory and generalizes the established formalism to encompass Gaussian fluctuations around magnetic ground states as a crucial step to obtaining novel results. Part II addresses the two-dimensional one-band Hubbard model, which is known to approximately describe the physics of the high-\(T_c\) cuprates that feature high-temperature superconductivity and various other exotic quantum phases that are not yet fully understood. First, we provide a comprehensive slave-boson analysis of the model, including the discussion of incommensurate magnetic phases, collective modes, and a comparison to other theoretical methods that shows that our results can be massively improved through the newly implemented fluctuation corrections. Afterward, we focus on the underdoped regime and find an intertwining of spin and charge order signaled by divergences of the static charge susceptibility within the antiferromagnetic domain. There is experimental evidence for such inhomogeneous phases in various cuprate materials, which has recently aroused interest because such correlations are believed to impact the formation of Cooper pairs. Our analysis identifies two distinct charge-ordering vectors, one of which can be attributed to a Fermi-surface nesting effect and quantitatively fits experimental data in \(\mathrm{Nd}_{2-\mathrm{x}}\mathrm{Ce}_\mathrm{x}\mathrm{CuO}_4\) (NCCO), an electron-doped cuprate compound. The other resembles the so-called Yamada relation implying the formation of periodic, double-occupied domain walls with a crossover to phase separation for small dopings. Part III investigates Kondo systems by analyzing the periodic Anderson model and its generalizations. First, we consider Kondo metals and detect weakly magnetized ferromagnetic order in qualitative agreement with experimental observations, which hinders the formation of heavy fermions. Nevertheless, we suggest two different parameter regimes that could host a possible Kondo regime in the context of one or two conduction bands. The part is concluded with the study of topological order in Kondo insulators based on a three-dimensional model with centrosymmetric spin-orbit coupling. Thereby, we classify topologically distinct phases through appropriate \(\mathbb{Z}_2\) invariants and consider paramagnetic and antiferromagnetic mean-field ground states. Our model parameters are chosen to specifically describe samarium hexaboride (\(\mbox{SmB}_6\)), which is widely believed to be a topological Kondo insulator, and we identify topologically protected surface states in agreement with experimental evidence in that material. Moreover, our theory predicts the emergence of an antiferromagnetic topological insulator featuring one-dimensional hinge-states as the signature of higher-order topology in the strong coupling regime. While the nature of the true ground state is still under debate, corresponding long-range magnetic order has been observed in pressurized or alloyed \(\mbox{SmB}_6\), and recent experimental findings point towards non-trivial topology under these circumstances. The ability to understand and control topological systems brings forth promising applications in the context of spintronics and quantum computing. N2 - Emergente Phänomene in der Physik der kondensierten Materie, wie z. B. Magnetismus, Supraleitung oder nicht-triviale Topologie gehen oft mit Überraschungen einher und faszinieren Wissenschaftler bis heute. Innerhalb dieser Arbeit befassen wir uns mit der Analyse damit assoziierter Art von Ordnung, die durch starke elektronische Wechselwirkungen entsteht und konzentrieren uns auf die Kuprat-Hochtemperatursupraleiter und Kondo-Systeme als zwei prominente Kandidaten. Das zugrunde liegende Vielteilchenproblem kann nicht analytisch gelöst werden und hat zur Entwicklung vielfältiger Näherungsverfahren geführt, um das Problem anzugehen. Konkret wenden wir den Hilfsteilchenansatz an, um tight-binding Hamiltonoperatoren zu untersuchen, die einen Hubbard-Wechselwirkungsterm aufweisen, um die abgeschirmte Coulomb-Abstoßung zu berücksichtigen. Dabei benutzen wir die sogenannte Kotliar-Ruckenstein-Slave-Boson-Darstellung, die das Problem im Rahmen einer Molekularfeldnäherung auf nicht-wechselwirkende Quasiteilchen zurückführt. Teil I beinhaltet eine pädagogisch aufgearbeitete Zusammenfassung der Theorie und verallgemeinert durch die Berücksichtigung Gaußscher Fluktuationen um magnetische Grundzustände den etablierten Formalismus, was sich als entscheidender Schritt herausstellt, um neuartige Ergebnisse erzielen zu können. Teil II befasst sich mit dem zweidimensionalen Einband-Hubbard-Modell, von dem bekannt ist, dass es näherungsweise die Physik der Kuprat-Hochtemperatursupraleiter beschreibt, welche Hochtemperatursupraleitung und verschiedene andere exotische Quantenphasen aufweisen, die noch nicht vollständig verstanden sind. Zunächst machen wir eine ausführliche Slave-Boson-Analyse des Modells, einschließlich der Diskussion inkommensurabler magnetischer Phasen, kollektiver Moden und eines Vergleichs mit anderen theoretischen Methoden, der zeigt, dass unsere Ergebnisse durch die neu implementierten Fluktuationskorrekturen massiv verbessert werden können. Danach konzentrieren wir uns auf den unterdotierten Bereich und finden eine Verflechtung von Spin- und Ladungsordnung, die durch Divergenzen der statischen Ladungssuszeptibilität innerhalb der antiferromagnetischen Domäne signalisiert wird. Es gibt experimentelle Hinweise auf derartige inhomogene Phasen in verschiedenen Kuprat-Materialien, was in letzter Zeit vermehrt Interesse geweckt hat, da angenommen wird, dass entsprechende Korrelationen die Bildung von Cooper-Paaren beeinflussen. Unsere Analyse identifiziert zwei unterschiedliche Ladungsordnungsvektoren, von denen einer einem Fermi-Flächeneffekt zugeschrieben werden kann und quantitativ zu experimentellen Daten von \(\mathrm{Nd}_{2-\mathrm{x}}\mathrm{Ce}_\mathrm{x}\mathrm{CuO}_4\) (NCCO), einer elektronendotierten Kupratverbindung, passt. Der andere erinnert an die sogenannte Yamada-Beziehung und impliziert die Bildung von periodischen, doppelt besetzten Domänenwänden und einem Übergang zu Phasenseperation für kleine Dotierungen. Teil III untersucht Kondo-Systeme durch Analyse des periodischen Anderson-Modells und seiner Verallgemeinerungen. Zunächst betrachten wir Kondo-Metalle und finden schwach magnetisierte ferromagnetische Ordnung in qualitativer Übereinstimmung mit experimentellen Beobachtungen, welche die Bildung von schweren Fermionen hemmt. Dennoch identifizieren wir zwei verschiedene Parameterbereiche, die ein mögliches Kondo-Regime im Kontext von einem oder zwei Leitungsbändern beherbergen könnten. Der Teil wird mit der Untersuchung topologischer Ordnung in Kondo-Isolatoren basierend auf einem dreidimensionalen Modell mit zentrosymmetrischer Spin-Bahn-Kopplung abgeschlossen. Dabei klassifizieren wir topologisch unterscheidbare Phasen durch geeignete \(\mathbb{Z}_2\)-Invarianten und betrachten paramagnetische und antiferromagnetische Molekularfeld-Grundzustände. Unsere Modellparameter wurden gewählt, um insbesondere Samariumhexaborid (\(\mbox{SmB}_6\)) zu beschreiben, von dem allgemein angenommen wird, dass es sich um einen topologischen Kondo-Isolator handelt, und wir identifizieren topologisch geschützte Oberflächenzustände in Übereinstimmung mit experimentellen Befunden in diesem Material. Darüber hinaus sagt unsere Theorie die Emergenz eines antiferromagnetischen topologischen Isolators mit eindimensionalen Randzuständen als Merkmal von Topologie höherer Ordnung im Parameterbereich starker Korrelationen voraus. Während das Wesen des korrekten Grundzustands noch umstritten ist, wurde eine entsprechende langreichweitige magnetische Ordnung in unter Druck stehendem oder legiertem \(\mbox{SmB}_6\) beobachtet und kürzliche experimentelle Befunde weisen unter diesen Umständen auf nicht-triviale Topologie hin. Die Fähigkeit, topologische Systeme zu verstehen und zu kontrollieren, bringt vielversprechende Anwendungen im Kontext von Spintronik und Quantencomputing hervor. KW - Elektronenkorrelation KW - Mean-Field-Theorie KW - Hochtemperatursupraleiter KW - Kondo-System KW - Topologischer Isolator KW - Slave-boson method KW - Hubbard model KW - Cuprate superconductor KW - Heavy fermion KW - Topological Kondo insulators Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-274737 ER - TY - JOUR A1 - Tütüncü, Serdar A1 - Olma, Manuel A1 - Kunze, Claudia A1 - Dietzel, Joanna A1 - Schurig, Johannes A1 - Fiessler, Cornelia A1 - Malsch, Carolin A1 - Haas, Tobias Eberhard A1 - Dimitrijeski, Boris A1 - Doehner, Wolfram A1 - Hagemann, Georg A1 - Hamilton, Frank A1 - Honermann, Martin A1 - Jungehulsing, Gerhard Jan A1 - Kauert, Andreas A1 - Koennecke, Hans-Christian A1 - Mackert, Bruno-Marcel A1 - Nabavi, Darius A1 - Nolte, Christian H. A1 - Reis, Joschua Mirko A1 - Schmehl, Ingo A1 - Sparenberg, Paul A1 - Stingele, Robert A1 - Völzke, Enrico A1 - Waldschmidt, Carolin A1 - Zeise-Wehry, Daniel A1 - Heuschmann, Peter U. A1 - Endress, Matthias A1 - Haeusler, Karl Georg T1 - Off-label-dosing of non-vitamin K-dependent oral antagonists in AF patients before and after stroke: results of the prospective multicenter Berlin Atrial Fibrillation Registry JF - Journal of Neurology N2 - Aims We aimed to analyze prevalence and predictors of NOAC off-label under-dosing in AF patients before and after the index stroke. Methods The post hoc analysis included 1080 patients of the investigator-initiated, multicenter prospective Berlin Atrial Fibrillation Registry, designed to analyze medical stroke prevention in AF patients after acute ischemic stroke. Results At stroke onset, an off-label daily dose was prescribed in 61 (25.5%) of 239 NOAC patients with known AF and CHA2DS2-VASc score ≥ 1, of which 52 (21.8%) patients were under-dosed. Under-dosing was associated with age ≥ 80 years in patients on rivaroxaban [OR 2.90, 95% CI 1.05-7.9, P = 0.04; n = 29] or apixaban [OR 3.24, 95% CI 1.04-10.1, P = 0.04; n = 22]. At hospital discharge after the index stroke, NOAC off-label dose on admission was continued in 30 (49.2%) of 61 patients. Overall, 79 (13.7%) of 708 patients prescribed a NOAC at hospital discharge received an off-label dose, of whom 75 (10.6%) patients were under-dosed. Rivaroxaban under-dosing at discharge was associated with age ≥ 80 years [OR 3.49, 95% CI 1.24-9.84, P = 0.02; n = 19]; apixaban under-dosing with body weight ≤ 60 kg [OR 0.06, 95% CI 0.01-0.47, P < 0.01; n = 56], CHA2DS2-VASc score [OR per point 1.47, 95% CI 1.08-2.00, P = 0.01], and HAS-BLED score [OR per point 1.91, 95% CI 1.28-2.84, P < 0.01]. Conclusion At stroke onset, off-label dosing was present in one out of four, and under-dosing in one out of five NOAC patients. Under-dosing of rivaroxaban or apixaban was related to old age. In-hospital treatment after stroke reduced off-label NOAC dosing, but one out of ten NOAC patients was under-dosed at discharge. KW - NOAC KW - ischemic stroke KW - atrial fibrillation KW - under-dosing Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266969 SN - 1432-1459 VL - 269 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Kraus, Fabian A1 - Hackenberg, Stephan A1 - Shehata-Dieler, Wafaa A1 - Hagen, Rudolf T1 - High-sensitivity FEES\(^{®}\) with the professional image enhancement technology "PIET" JF - European Archives of Oto-Rhino-Laryngology N2 - Purpose Flexible endoscopic evaluation of swallowing (FEES\(^{®}\)) is a standard diagnostic tool in dysphagia. The combination of FEES® and narrow band light (narrow band imaging; NBI) provides a more precise and detailed investigation method. So far, this technique could only be performed with the NBI illumination. The new version of the "professional image enhancement technique" (PIET) provides another image enhancing system. This study investigates the eligibility of PIET in the FEES\(^{®}\) procedure. Methods Both techniques, NBI and PIET, were compared using a target system. Furthermore, the image enhancement during FEES\(^{®}\) was performed and recorded with the two systems during daily routine. Results Performing an image enhancement during FEES\(^{®}\) is possible with both systems PIET and NBI. On the target system, the contrast of the PIET showed a brighter and a more detailed picture. In dysphagia patients, no difference between PIET and NBI was detected. Conclusion PIET proved to be non-inferior to NBI during image enhancement FEES\(^{®}\). So far, image enhancement FEES\(^{®}\) was exclusively connected to NBI. With the PIET system, an alternative endoscopy technology is available for certain indications. KW - aspiration KW - high-sensitivity FEES KW - narrow band imaging (NBI) KW - professional image enhancement technique (PIET) KW - dysphagia Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266822 SN - 1434-4726 VL - 279 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Gehrke, Thomas A1 - Scherzad, Agmal A1 - Hagen, Rudolf A1 - Hackenberg, Stephan T1 - Deep neck infections with and without mediastinal involvement: treatment and outcome in 218 patients JF - European Archives of Oto-Rhino-Laryngology N2 - Purpose Infections of the deep neck, although becoming scarcer due to the widespread use of antibiotics, still represent a dangerous and possibly deadly disease, especially when descending into the mediastinum. Due to the different specialities involved in the treatment and the heterogenous presentation of the disease, therapeutic standard is still controversial. This study analyzes treatment and outcome in these patients based on a large retrospective review and proposes a therapeutic algorithm. Methods The cases of 218 adult patients treated with deep neck abscesses over a 10-year period at a tertiary university hospital were analyzed retrospectively. Clinical, radiological, microbiological and laboratory findings were compared between patients with and without mediastinal involvement. Results Forty-five patients (20.64%) presented with abscess formation descending into the mediastinum. Those patients had significantly (all items p < 0.0001) higher rates of surgical interventions (4.27 vs. 1.11) and tracheotomies (82% vs. 3.4%), higher markers of inflammation (CRP 26.09 vs. 10.41 mg/dl), required more CT-scans (3.58 vs. 0.85), longer hospitalization (39.78 vs 9.79 days) and more frequently needed a change in antibiotic therapy (44.44% vs. 6.40%). Multi-resistant pathogens were found in 6.67% vs. 1.16%. Overall mortality rate was low with 1.83%. Conclusion Despite of the high percentage of mediastinal involvement in the present patient collective, the proposed therapeutic algorithm resulted in a low mortality rate. Frequent CT-scans, regular planned surgical revisions with local drainage and lavage, as well as an early tracheotomy seem to be most beneficial regarding the outcome. KW - tracheotomy KW - deep neck infection KW - mediastinitis KW - surgical drainage KW - microbiology Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266814 SN - 1434-4726 VL - 279 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Müller-Graff, Franz-Tassilo A1 - Ilgen, Lukas A1 - Schendzielorz, Philipp A1 - Voelker, Johannes A1 - Taeger, Johannes A1 - Kurz, Anja A1 - Hagen, Rudolf A1 - Neun, Tilmann A1 - Rak, Kristen T1 - Implementation of secondary reconstructions of flat-panel volume computed tomography (fpVCT) and otological planning software for anatomically based cochlear implantation JF - European Archives of Oto-Rhino-Laryngology N2 - Purpose For further improvements in cochlear implantation, the measurement of the cochlear duct length (CDL) and the determination of the electrode contact position (ECP) are increasingly in the focus of clinical research. Usually, these items were investigated by multislice computed tomography (MSCT). The determination of ECP was only possible by research programs so far. Flat-panel volume computed tomography (fpVCT) and its secondary reconstructions (fpVCT\(_{SECO}\)) allow for high spatial resolution for the visualization of the temporal bone structures. Using a newly developed surgical planning software that enables the evaluation of CDL and the determination of postoperative ECP, this study aimed to investigate the combination of fpVCT and otological planning software to improve the implementation of an anatomically based cochlear implantation. Methods Cochlear measurements were performed utilizing surgical planning software in imaging data (MSCT, fpVCT and fpVCT\(_{SECO}\)) of patients with and without implanted electrodes. Results Measurement of the CDL by the use of an otological planning software was highly reliable using fpVCT\(_{SECO}\) with a lower variance between the respective measurements compared to MSCT. The determination of the inter-electrode-distance (IED) between the ECP was improved in fpVCT\(_{SECO}\) compared to MSCT. Conclusion The combination of fpVCT\(_{SECO}\) and otological planning software permits a simplified and more reliable analysis of the cochlea in the pre- and postoperative setting. The combination of both systems will enable further progress in the development of an anatomically based cochlear implantation. KW - interelectrode-distance KW - Cochlear duct length KW - Cochlear planning software KW - fpVCT KW - secondary reconstruction KW - MSCT Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266798 SN - 1434-4726 VL - 279 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Rajeswaran, Ranjith A1 - Tavora-Vieira, Dayse A1 - Mertens, Griet A1 - Dillon, Margaret A1 - Narayan, Saranya A1 - Kameswaran, Mohan A1 - Kurz, Anja T1 - Audiological practice and COVID-19: recommendations that audiological centers can use to maintain the safety and quality of service-expert opinion JF - European Archives of Oto-Rhino-Laryngology N2 - Purpose Audiology is an essential service for some patient groups and some interventions. This article sets forth experience-based recommendations for how audiological centers can continue to safely and effectively function during COVID-19. Methods The recommendations are the result of panel discussion and are based on the clinical experience of the panelists/authors. Results The recommendations cover which patient groups and which interventions should be treated when and whether this can be performed in the clinic or remotely; how to maintain the safety of workplace via optimizing patient flow within the clinic and the sanitation of rooms and equipment; and overcoming communication challenges that COVID-19 intensifies. Conclusion For essential audiological services to continue under COVID-19, safety measures must be implemented and maintained, and treatment and communication strategies must be adapted to offset communication difficulties due to personal protective equipment (PPE) and social distancing and to bolster patient confidence. In short, it is vital that staff feel safe, that patients either feel the clinic is safe enough to visit or that remote treatment may be an option, and that clinics and patients have a broad agreement on the urgency of any needed service. We hope that these recommendations help clinics effectively accomplish these goals. KW - remote care/telehealth KW - COVID-19 KW - audiological services KW - cochlear implant KW - hearing aid KW - triage Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266774 SN - 1434-4726 VL - 279 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Kiesel, Matthias A1 - Beyers, Inga A1 - Kalisz, Adam A1 - Wöckel, Achim A1 - Herbert, Saskia-Laureen A1 - Curtaz, Carolin A1 - Diessner, Joachim A1 - Joukhadar, Ralf A1 - Wulff, Christine T1 - Introducing a novel model for simulating large loop excision of the transformation zone (LLETZ) using 3D printing technique JF - Archives of Gynecology and Obstetrics N2 - Purpose Electrosurgery is the gold-standard procedure for the treatment of cervical dysplasia. The quality of the outcome depends on the accuracy of performance, which underlines the role of adequate training of surgeons, especially, as this procedure is often performed by novice surgeons. According to our knowledge, medical simulation has up until now lacked a model, which focuses on realistically simulating the treatment of cervical dysplasia with the concerning anatomy. Methods and Result In our work, we present a model created using 3D printing for holistically simulating diagnostic, as well as surgical interventions of the cervix, as realistically as possible. Conclusion This novel simulator is compared to an existing model and both are evaluated. By doing so, we aim to provide novice gynecologists with standardized and high-quality simulation models for practicing to improve their proficiency. KW - fused deposition modeling (FDM) KW - 3D printing KW - virtual KW - gynecology KW - dysplasia KW - large loop excision of the transformation zone (LLETZ) Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266739 SN - 1432-0711 VL - 305 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Güder, Gülmisal A1 - Wilkesmann, Joana A1 - Scholz, Nina A1 - Leppich, Robert A1 - Düking, Peter A1 - Sperlich, Billy A1 - Rost, Christian A1 - Frantz, Stefan A1 - Morbach, Caroline A1 - Sahiti, Floran A1 - Stefenelli, Ulrich A1 - Breunig, Margret A1 - Störk, Stefan T1 - Establishing a cardiac training group for patients with heart failure: the "HIP-in-Würzburg" study JF - Clinical Research in Cardiology N2 - Background Exercise training in heart failure (HF) is recommended but not routinely offered, because of logistic and safety-related reasons. In 2020, the German Society for Prevention&Rehabilitation and the German Society for Cardiology requested establishing dedicated ""HF training groups."" Here, we aimed to implement and evaluate the feasibility and safety of one of the first HF training groups in Germany. Methods Twelve patients (three women) with symptomatic HF (NYHA class II/III) and an ejection fraction ≤ 45% participated and were offered weekly, physician-supervised exercise training for 1 year. Patients received a wrist-worn pedometer (M430 Polar) and underwent the following assessments at baseline and after 4, 8 and 12 months: cardiopulmonary exercise test, 6-min walk test, echocardiography (blinded reading), and quality of life assessment (Kansas City Cardiomyopathy Questionnaire, KCCQ). Results All patients (median age [quartiles] 64 [49; 64] years) completed the study and participated in 76% of the offered 36 training sessions. The pedometer was worn ≥ 1000 min per day over 86% of the time. No cardiovascular events occurred during training. Across 12 months, NT-proBNP dropped from 986 pg/ml [455; 1937] to 483 pg/ml [247; 2322], and LVEF increased from 36% [29;41] to 41% [32;46]%, (p for trend = 0.01). We observed no changes in exercise capacity except for a subtle increase in peak VO2% predicted, from 66.5 [49; 77] to 67 [52; 78]; p for trend = 0.03. The physical function and social limitation domains of the KCCQ improved from 60 [54; 82] to 71 [58; 95, and from 63 [39; 83] to 78 [64; 92]; p for trend = 0.04 and = 0.01, respectively. Positive trends were further seen for the clinical and overall summary scores. Conclusion This pilot study showed that the implementation of a supervised HF-exercise program is feasible, safe, and has the potential to improve both quality of life and surrogate markers of HF severity. This first exercise experiment should facilitate the design of risk-adopted training programs for patients with HF. KW - m exercise training KW - heart failure KW - cardiac training group KW - heart failure training group Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266678 SN - 1861-0692 VL - 111 ER - TY - THES A1 - Bötzl, Fabian Alexander T1 - The influence of crop management and adjacent agri-environmental scheme type on natural pest control in differently structured landscapes T1 - Der Effekt von Feldkultur und angrenzenden Agrarumweltmaßnahmen auf natürliche Schädlingskontrolle in unterschiedlich strukturierten Landschaften N2 - Summary Chapters I & II: General Introduction & General Methods Agriculture is confronted with a rampant loss of biodiversity potentially eroding ecosystem service potentials and adding up to other stressors like climate change or the consequences of land-use change and intensive management. To counter this ‘biodiversity crisis’, agri-environment schemes (AES) have been introduced as part of ecological intensification efforts. These AES combine special management regimes with the establishment of tailored habitats to create refuges for biodiversity in agricultural landscapes and thus ensure biodiversity mediated ecosystem services such as pest control. However, little is known about how well different AES habitats fulfil this purpose and whether they benefit ecosystem services in adjacent crop fields. Here I investigated how effective different AES habitats are for restoring biodiversity in different agricultural landscapes (Chapter V) and whether they benefit natural pest control in adjacent oilseed rape (Chapter VI) and winter cereal fields (Chapter VII). I recorded biodiversity and pest control potentials using a variety of different methods (Chapters II, V, VI & VII). Moreover, I validated the methodology I used to assess predator assemblages and predation rates (Chapters III & IV). Chapter III: How to record ground dwelling predators? Testing methodology is critical as it ensures scientific standards and trustworthy results. Pitfall traps are widely used to record ground dwelling predators, but little is known about how different trap types affect catches. I compared different types of pitfall traps that had been used in previous studies in respect to resulting carabid beetle assemblages. While barrier traps collected more species and deliver more complete species inventories, conventional simple pitfall traps provide reliable results with comparatively little handling effort. Placing several simple pitfall traps in the field can compensate the difference while still saving handling effort.   Chapter IV: How to record predation rates? A plethora of methods has been proposed and used for recording predation rates, but these have rarely been validated before use. I assessed whether a novel approach to record predation, the use of sentinel prey cards with glued on aphids, delivers realistic results. I compared different sampling efforts and showed that obtained predation rates were similar and could be linked to predator (carabid beetle) densities and body-sizes (a proxy often used for food intake rates). Thus, the method delivers reliable and meaningful predation rates. Chapter V: Do AES habitats benefit multi-taxa biodiversity? The main goal of AES is the conservation of biodiversity in agricultural landscapes. I investigated how effectively AES habitats with different temporal continuity fulfil this goal in differently structured landscapes. The different AES habitats investigated had variable effects on local biodiversity. Temporal continuity of AES habitats was the most important predictor with older, more temporally continuous habitats harbouring higher overall biodiversity and different species assemblages in most taxonomic groups than younger AES habitats. Results however varied among taxonomic groups and natural enemies were equally supported by younger habitats. Semi-natural habitats in the surrounding landscape and AES habitat size were of minor importance for local biodiversity and had limited effects. This stresses that newly established AES habitats alone cannot restore farmland biodiversity. Both AES habitats as well as more continuous semi-natural habitats synergistically increase overall biodiversity in agricultural landscapes. Chapter VI: The effects of AES habitats on predators in adjacent oilseed rape fields Apart from biodiversity conservation, ensuring ecosystem service delivery in agricultural landscapes is a crucial goal of AES. I therefore investigated the effects of adjacent AES habitats on ground dwelling predator assemblages in oilseed rape fields. I found clear distance decay effects from the field edges into the field centres on both richness and densities of ground dwelling predators. Direct effects of adjacent AES habitats on assemblages in oilseed rape fields however were limited and only visible in functional traits of carabid beetle assemblages. Adjacent AES habitats doubled the proportion of predatory carabid beetles indicating a beneficial role for pest control. My results show that pest control potentials are largest close to the field edges and beneficial effects are comparably short ranged. Chapter VII: The effects of AES habitats on pest control in adjacent cereal fields Whether distance functions and potential effects of AES habitats are universal across crops is unknown. Therefore, I assessed distance functions of predators, pests, predation rates and yields after crop rotation in winter cereals using the same study design as in the previous year. Resulting distance functions were not uniform and differed from those found in oilseed rape in the previous year, indicating that the interactions between certain adjacent habitats vary with habitat and crop types. Distance functions of cereal-leaf beetles (important cereal pests) and parasitoid wasps were moreover modulated by semi-natural habitat proportion in the surrounding landscapes. Field edges buffered assemblage changes in carabid beetle assemblages over crop rotation confirming their important function as refuges for natural enemies. My results emphasize the beneficial role of field edges for pest control potentials. These findings back the calls for smaller field sizes and more diverse, more heterogeneously structured agricultural landscapes. Chapter VIII: General Discussion Countering biodiversity loss and ensuring ecosystem service provision in agricultural landscapes is intricate and requires strategic planning and restructuring of these landscapes. I showed that agricultural landscapes could benefit maximally from (i) a mixture of AES habitats and semi-natural habitats to support high levels of overall biodiversity and from (ii) smaller continuously managed agricultural areas (i.e. smaller field sizes or the insertion of AES elements within large fields) to maximize natural pest control potentials in crop fields. I propose a mosaic of younger AES habitats and semi-natural habitats to support ecosystem service providers and increase edge density for ecosystem service spillover into adjacent crops. The optimal extent and density of this network as well as the location in which AES and semi-natural habitats interact most beneficially with adjacent crops need further investigation. My results provide a further step towards more sustainable agricultural landscapes that simultaneously allow biodiversity to persist and maintain agricultural production under the framework of ecological intensification. N2 - Zusammenfassung Kapitel I & II: Allgemeine Einleitung & Allgemeine Methodik Die Landwirtschaft sieht sich einem gravierenden Verlust an biologischer Vielfalt gegenüber, der möglicherweise Ökosystemdienstleistungen erodiert und zusätzlich zu anderen Stressoren wirkt, wie etwa dem globalen Klimawandel oder den Folgen veränderter Landnutzung und intensiven Managements. Um dieser ‚Biodiversitätskrise‘ entgegen zu wirken wurden im Rahmen der ökologischen Intensivierung Agrarumweltmaßnahmen (AES) eingeführt. Diese AES verbinden spezielle Managementregime mit der Schaffung designter Habitate, die als Refugien für Biodiversität in Agrarlandschaften deinen und dadurch Ökosystemdienstleistungen, die auf Biodiversität beruhen, wie natürliche Schädlingskontrolle, sicherstellen sollen. Wie gut verschiedene AES jedoch diese Ziele erfüllen und ob Ökosystemdienstleistungen in angrenzenden Feldern tatsächlich davon profitieren, ist weitgehend unbekannt. In meiner Doktorarbeit untersuche ich wie effektiv verschiedene AES Habitate darin sind, Biodiversität in unterschiedlichen Agrarlandschaften wieder her zu stellen (Kapitel V) und ob diese natürliche Schädlingskontrolle in angrenzenden Rapsfeldern (Kapitel VI) und Wintergetreidefeldern (Kapitel VII) von diesen Habitaten profitiert. Biodiversität und Potentiale natürlicher Schädlingskontrolle wurden mit diversen unterschiedlichen Methoden erfasst (Kapitel II, V, VI & VII). Zusätzlich habe ich Methoden, die ich zur Erfassung von Räubergesellschaften und Prädationsraten verwendet habe, validiert (Kapitel III & IV). Kapitel III: Wie erfasst man bodenaktive Räuber? Das Testen von Methoden ist essenziell, da es wissenschaftliche Standards und vertrauenswürdige Ergebnisse sicherstellt. Bodenfallen werden häufig verwendet, um bodenaktive Prädatoren zu erfassen, aber wie verschiedene Bodenfallentypen das Fangergebnis beeinflussen ist weitgehend unbekannt. Ich habe verschiedene, in früheren Studien verwendete, Bodenfallentypen hinsichtlich der resultierenden Laufkäfergesellschaften verglichen. Während Fallen mit Leitschienen die meisten Arten fingen und dadurch die vollständigsten Artenlisten ergaben, lieferten einfache Bodenfallen verlässliche Ergebnisse bei vergleichsweise geringem Aufwand. Das Platzieren einiger einfacher Bodenfallen kann bei immer noch geringerem Aufwand die Unterschiede kompensieren. Kapitel IV: Wie erfasst man Prädationsraten? Eine Fülle verschiedener Methoden zur Erfassung von Prädationsraten wurde vorgeschlagen und verwendet, jedoch wurden diese meist nicht validiert, bevor sie verwendet wurden. Ich habe getestet ob eine neuartige Methode zur Erfassung von Prädationsraten, die Verwendung von Prädationskarten mit aufgeklebten Blattläusen, realistische Resultate liefert. Dazu wurden verschiedene Karten mit unterschiedlichem Aufwand getestet. Die resultierenden Prädationsraten waren vergleichbar und durch Räuber- (Laufkäfer-) Dichten sowie deren mittlere Körpergröße (ein oft genutzter Indikator für Nahrungsaufnahmeraten) erklärt werden konnten. Daher liefert diese Methode verlässliche und sinnvolle Prädationsraten. Kapitel V: Profitiert multi-Taxa Biodiversität von AES? Das Hauptziel von AES ist der Erhalt der Biodiversität in Agrarlandschaften. Ich habe untersucht, wie effektiv AES Habitate mit verschiedener zeitlicher Kontinuität dieses Ziel in unterschiedlich strukturierten Landschaften erfüllen. Die verschiedenen AES Habitate hatten variierende Effekte auf die lokale Biodiversität. Zeitliche Kontinuität der AES Habitate war der wichtigste Einfluss da ältere, kontinuierlichere Habitate eine höhere Gesamtbiodiversität und in den meisten taxonomischen Gruppen andere Artengemeinschaften beherbergten als jüngere AES Habitate. Die Ergebnisse variierten jedoch zwischen den taxonomischen Gruppen und natürliche Feinde von Agrarschädlingen wurden auch durch jüngere AES Habitate gleichwertig unterstützt. Halbnatürliche Habitate in der Landschaft sowie die Größe des AES Habitats waren von geringerer Bedeutung für die lokale Biodiversität und hatten lediglich begrenzte Effekte. Diese Ergebnisse betonen, dass neu angelegte AES Habitate allein die Biodiversität in der Agrarlandschaft nicht wiederherstellen können. AES Habitate wirken synergistisch zusammen mit kontinuierlicheren halbnatürlichen Habitaten und sichern mit diesen ein Maximum an biologischer Vielfalt in Agrarlandschaften Kapitel VI: Die Effekte von AES Habitaten auf Räuber in angrenzenden Rapsfeldern Neben dem Erhalt der Artenvielfalt ist das Sicherstellen von Ökosystemdienstleistungen in Agrarlandschaften ein essenzielles Ziel von AES. Ich untersuchte daher die Effekte angrenzender AES Habitate auf bodenaktive Prädatoren in Rapsfeldern. Für die Artenvielfalt als auch für die Dichten von bodenaktiven Prädatoren zeigten sich klare Distanzfunktionen von den Feldrändern abnehmend zur Feldmitte. Direkte Effekte angrenzender AES auf die Räubergesellschaften in Rapsfeldern waren hingegen limitiert und nur auf der Ebene der funktionellen Merkmale von Laufkäfergesellschaften festzustellen. Angrenzende AES Habitate verdoppelten den Anteil räuberischer Laufkäfer in den Gesellschaften, was auf einen positiven Effekt auf natürliche Schädlingsbekämpfung schließen lässt. Meine Ergebnisse deuten darauf hin, dass Potentiale natürlicher Schädlingsbekämpfung nahe den Feldrändern am größten sind und nicht relativ weit ins Feld hinein reichen. Kapitel VII: Die Effekte von AES Habitaten auf natürliche Schädlingskontrolle in angrenzenden Getreidefeldern Es ist allerdings noch gänzlich unbekannt, ob Distanzfunktionen und potenzielle Effekte angrenzender AES Habitate universell auf andere Feldfrüchte übertragbar sind. Ich habe daher im gleichen Studiendesign wie im vorangegangenen Jahr Distanzfunktionen von natürlichen Feinden, Schädlingen, Prädationsraten und Erträgen nach dem Fruchtwechsel in Wintergetreide erfasst. Die gefundenen Distanzfunktionen waren verschieden und unterschieden sich von den im Vorjahr im Raps erfassten Distanzfunktionen, was darauf schließen lässt, dass die Interaktion zwischen verschiedenen Feldfrüchten und Nachbarhabitaten variieren. Distanzfunktionen von Getreidehähnchen (wichtigen Getreideschädlingen) und parasitoiden Wespen waren zusätzlich durch den Anteil halbnatürlicher Habitate in der Landschaft moduliert. Feldränder pufferten die Veränderungen in Laufkäfergesellschaften über den Fruchtwechsel ab, was deren wichtige Funktion als Refugialhabitate für natürliche Schädlingsbekämpfer verdeutlicht. Meine Ergebnisse betonen die Rolle von Feldrändern für die natürliche Schädlingsbekämpfung. Die Ergebnisse stärken die Forderung nach kleineren Feldgrößen und diverseren, heterogener strukturierten Agrarlandschaften. Kapitel VIII: Allgemeine Diskussion Der Kampf gegen den Verlust der biologischen Vielfalt und das Sicherstellen von Ökosystemdienstleistungen in Agrarlandschaften ist komplex und erfordert ein strategisches Planen und eine Transformation dieser Landschaften. Ich habe gezeigt, dass Agrarlandschaften von (i) einer Mischung aus AES Habitaten und halbnatürlichen Habitaten, die zusammen ein große Artenvielfalt unterstützen, und von (ii) einer geringeren kontinuierlich bewirtschafteten Agrarfläche (d.h. kleineren Feldgrößen oder dem Einfügen von AES Habitaten in bestehende große Felder) um natürliche Schädlingskontrolle zu maximieren, profitieren würden. Ich schlage vor ein Mosaik aus jüngeren AES Habitaten und halbnatürlichen Habitaten zu schaffen, um Ökosystemdienstleister zu unterstützen und das Netzwerk an Feldrändern zu vergrößern wodurch Ökosystemdienstleistungen in angrenzenden Feldkulturen maximiert werden könnten. Um die optimale Ausdehnung und Dichte dieses Netzwerks wie auch die optimale Platzierung, in der AES und halbnatürliche Habitate die größtmöglichen Effekte auf angrenzende Feldkulturen haben, zu klären, bedarf es weiterer Forschung. Meine Ergebnisse liefern einen weiteren Schritt hin zu nachhaltigeren Agrarlandschaften die im Rahmen der ökologischen Intensivierung gleichzeitig sowohl ein Fortbestehen der Biodiversität als auch landwirtschaftliche Produktion erlauben. KW - Ökologie KW - Ecology KW - Natural pest control KW - Biodiversity conservation KW - Ecosystem services KW - Carabid beetles Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-241400 ER - TY - THES A1 - Wohlfart, Jonas T1 - Analysis of Drug Impurities by Means of Chromatographic Methods: Targeted and Untargeted Approaches T1 - Analytik von Verunreinigungen in Arzneimitteln mittels chromatographischer Methoden: Gerichtete und ungerichtete Ansätze N2 - The presented works aimed on the analysis of new impurities in APIs and medicinal products. Different subtypes of LC were coupled to suitable detection methods, i.e. UV and various MS techniques, depending on the chemical natures of the analytes and the analytical task. Unexpected impurities in medicinal products and APIs caused several scandals in the past, concomitant with fatalities or severe side effects in human and veterinary patients. The detection of nitrosamines in sartans led to the discovery of nitrosamines in various other drugs, of which the antibiotic rifampicin was analyzed in this work. An examination of the synthesis of rifampicin revealed a high potential for the formation of 4-methyl-1-nitrosopiperazine (MeNP). An LC-MS/HRMS method suitable for the quantification of MeNP was applied in the analysis of drugs collected from Brazil, Comoros, India, Nepal, and Tanzania, where a single dose of rifampicin is used in the post-exposure prophylaxis of leprosy. All batches were contaminated with MeNP, ranging from 0.7-5.1 ppm. However, application of rifampicin containing up to 5 ppm MeNP was recommended by the regulatory authorities for the post-exposure prophylaxis of leprosy. In the 1990s the aminoglycoside antibiotic gentamicin attracted attention after causing fatalities in the USA, but the causative agent was never identified unequivocally. The related substance sisomicin was recognized as a lead impurity by the Holzgrabe lab at the University of Würzburg: sisomicin was accompanied by a variety of other impurities and batches containing sisomicin had caused the fatalities. In 2016, anaphylactic reactions were reported after application of gentamicin. A contamination of the medicinal products with histamine, an impurity of the raw material fish peptone used upon the production, could be identified as the cause of the adverse effects. Batches of gentamicin sulfate, which had been stored at the University of Würzburg since the earlier investigations, were analyzed regarding their contamination with histamine to determine whether the biogenic amine was responsible for the 1990s fatalities as well. Furthermore, a correlation with the lead impurity sisomicin was checked. Histamine could be detected in all analyzed batches, but at a lower level than in the batches responsible for the anaphylactic reactions. Moreover, there is no correlation of histamine with the lead impurity sisomicin. Hence, the causative agent for the 1990s fatalities was not histamine and remains unknown. Another source of impurities is the reaction of APIs with excipients, e.g. the esterification of naproxen with PEG 600 in soft gel capsules. The influence of the formulation’s composition on this reaction was investigated by means of LC-UV. Therefore, the impurity naproxen-PEG-ester (NPEG) was synthesized and used for the development of a method suitable for the analysis of soft gel capsule formulations. Different formulations were stressed for 7 d at 60 °C and the relative amount of NPEG was determined. The formation of NPEG was influenced by the concentrations of water and lactic acid, the pH, and the drug load of the formulation, which can easily be explained by the chemistry behind esterification reactions. Keeping in mind the huge variety of sources of impurities, it might be impossible to predict all potential impurities of a drug substance/product. Targeted and untargeted approaches were combined in the impurity profiling of bisoprolol fumarate. Eight versions of an LC-HRMS method were developed to enable the detection of a maximum number of impurities: an acidic and a basic buffered LC was coupled to MS detection applying ESI and APCI, both in positive in negative mode. MS and MS/MS data were acquired simultaneously by information dependent acquisition. In the targeted approach, potential impurities were derived from a reaction matrix based on the synthesis route of the API, while the untargeted part was based on general unknown comparative screening to identify additional signals. 18 and 17 impurities were detected in the targeted and the untargeted approach, respectively. The molecular formulae were assessed based on the exact mass and the isotope pattern. Theoretical fragment spectra generated by in silico fragmentation were matched with experimental data to estimate the plausibility of proposed/elucidated structures. Moreover, the detected impurities were quantified with respect to an internal standard. N2 - In den vorgestellten Projekten wurden neue Verunreinigungen in Arzneistoffen und Arzneimitteln untersucht. Verschiedene flüssigchromatographische Methoden wurden mit geeigneten Detektionsverfahren gekoppelt. UV-Detektion und verschiedene massenspektrometrische Techniken wurden in Abhängigkeit der chemischen Eigenschaften der Analyten und der analytischen Herausforderung ausgewählt. Eine Kontamination von Wirkstoffen bzw. humanen und veterinären Arzneimittel mit unerwarteten Verunreinigungen löste mehrere Skandale aus, die mit Todesfällen oder ernsthaften Nebenwirkungen einhergingen. Die Identifikation von Nitrosamin-Verunreinigungen in Sartanen führte zur Entdeckung von Nitrosaminen in verschiedenen anderen Wirkstoffen, z.B. im Antibiotikum Rifampicin, das in dieser Arbeit untersucht wurde. Eine Betrachtung der Rifampicin-Synthese offenbarte ein hohes Potenzial der Bildung von 4-Methyl-1-nitrosopiperazin (MeNP). Arzneimittel aus Brasilien, Indien, Nepal, Tansania und von den Komoren wurden mittels LC-MS/HRMS bezüglich ihres MeNP-Gehaltes analysiert. Alle untersuchten Chargen waren mit MeNP im Bereich von 0.7-5.1 ppm belastet. Rifampicin wird in den genannten Ländern unter anderem als Einzeldosis zur Postexpositionsprophylaxe von Lepra eingesetzt. Für diese Indikation empfehlen die Zulassungsbehörden die Verwendung von Rifampicin mit bis zu 5 ppm MeNP. Das Aminoglycosid-Antibiotikum Gentamicin löste in den 1990er Jahren Todesfälle in den USA aus. Die verantwortliche Verunreinigung wurde nie eindeutig aufgeklärt, doch die verwandte Substanz Sisomicin wurde durch den Arbeitskreis Holzgrabe an der Universität Würzburg als Leitverunreinigung identifiziert: Sisomicin ging mit einer Vielzahl von weiteren Verunreinigungen einher und Sisomicin-reiche Chargen hatten die Todesfälle ausgelöst. 2016 traten anaphylaktische Reaktionen nach Gentamicin-Anwendung auf. Histamin war als Verunreinigung von Fischpepton, einem Ausgangsmaterial der Produktion, in den Wirkstoff gelangt. Um zu überprüfen, ob Histamin auch für die Todesfälle in den 1990er Jahren verantwortlich war, wurden seit den früheren Untersuchungen gelagerte Gentamicin-Chargen bezüglich ihrer Verunreinigung mit Histamin untersucht. Außerdem wurde überprüft, ob es einen Zusammenhang mit dem Sisomicin-Gehalt gibt. In allen untersuchten Proben wurde Histamin gefunden, allerdings in einer geringeren Konzentration als in Chargen, die anaphylaktische Reaktionen ausgelöst hatten. Des Weiteren konnte kein Zusammenhang mit der Leitverunreinigung Sisomicin erkannt werden. Der Auslöser der Todesfälle in den 1990er Jahren war somit nicht Histamin, sondern bleibt weiterhin unbekannt. Ein weiterer Ursprung von Verunreinigungen ist die Reaktion des Wirkstoffs mit Hilfsstoff(en), z.B. die Veresterung von Naproxen mit PEG in Weichkapseln. Der Einfluss von Veränderungen der Formulierung auf diese Reaktion wurde mittels LC-UV untersucht. Die Verunreinigung Naproxen-PEG-Ester (NPEG) wurde synthetisiert und zur Entwicklung einer Methode zur Analyse von Weichkapsel-Formulierungen verwendet. Verschiedene Formulierungen wurden für 7 Tage bei 60 °C gestresst und deren relative Gehalte an NPEG bestimmt. Dabei war die Bildung von NPEG von der Wasser- und der Milchsäure-Konzentration, dem pH und dem Wirkstoffgehalt der Formulierung abhängig. Sämtliche Einflüsse konnten durch die Art der Reaktion (Veresterung) erklärt werden. Vor dem Hintergrund der vielfältigen Quellen für Verunreinigungen erscheint es unmöglich, alle potenziellen Verunreinigungen eines Wirkstoffs/Arzneimittels vorherzusagen. Gerichtete und ungerichtete Ansätze wurden daher für die Erstellung eines Verunreinigungsprofils von Bisoprololfumarat kombiniert. Um eine möglichst große Anzahl von möglichen Substanzen zu detektieren, wurden 8 LC-MS/HRMS-Methoden entwickelt: je eine saure und eine basische mobile Phase der LC wurde mit massenspektrometrischer Detektion mittels ESI und APCI, jeweils im positiv- und negativ-Modus kombiniert. MS- und MS/MS-Daten wurden simultan durch information dependent acquisition aufgenommen. Für den gerichteten Ansatz wurde eine Reaktionsmatrix auf Basis der Synthese des Wirkstoffs angefertigt und ausgehend davon potenzielle Verunreinigungen abgeleitet. Im ungerichteten Ansatz wurden mittels general unknown comparative screening zusätzliche Signale identifiziert. Der gerichtete Ansatz zeigte die Anwesenheit von 18, der ungerichtete von 17 Verunreinigungen. Summenformeln wurden anhand der exakten Masse und des Isotopenmusters der Signale bewertet. Die Plausibilität von Strukturformeln wurde mittels In-silico-Fragmentierung abgeschätzt, wobei experimentelle und theoretische Fragmentspektren in Einklang gebracht wurden. Außerdem wurden alle detektierten Verunreinigungen mittels eines externen Standards quantifiziert. KW - LC-MS KW - Gentamicin KW - Naproxen KW - Bisoprolol KW - Rifampicin KW - Impurity Profiling Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-273878 ER - TY - THES A1 - Gottscholl, Andreas Paul T1 - Optical Accessible Spin Defects in Hexagonal Boron Nitride: Identification, Control and Application of the Negatively Charged Boron Vacancy VB- T1 - Optisch zugängliche Spin-Defekte in hexagonalem Bornitrid: Identifizierung, Kontrolle und Anwendung der negativ geladenen Bor-Fehlstelle VB- N2 - In this work, a bridge was built between the so-far separate fields of spin defects and 2D systems: for the first time, an optically addressable spin defect (VB-) in a van der Waals material (hexagonal boron nitride) was identified and exploited. The results of this thesis are divided into three topics as follows: 1.) Identification of VB-: In the scope of this chapter, the defect ,the negatively charged boron vacancy VB-, is identified and characterized. An initialization and readout of the spin state can be demonstrated optically at room temperature and its spin Hamiltonian contributions can be quantified. 2.) Coherent Control of VB-: A coherent control is required for the defect to be utilized for quantum applications, which N2 - Im Rahmen dieser Arbeit konnte zum allerersten Mal ein optisch addressierbarer Spin Defekt in einem Van-der-Waals Material (hexagonales Bornitrid) nachgewiesen wer- den. Hervorzuheben ist hierbei der 2D Charakter des Materials hBN, welches als das Standardmaterial zur Verkapselung anderer 2D Materialien verwendet wird und somit unterschiedlichste Anwendungen des neu entdeckten Spindefektes denkbar macht. ... KW - Bornitrid KW - Boron Nitride Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-274326 ER - TY - THES A1 - Bold, Kevin T1 - Macrocyclic Oligothiophene Bridged Perylene Bisimide Donor−Acceptor Dyads T1 - Makrozyklische Oligothiophen-überbrückte Perylenbisimid Donor-Akzeptor Dioden N2 - A series of donor-acceptor macrocyclic architectures comprising oligothiophene strands that connect the imide positions of a perylene bisimide have been synthesized via a platinum-mediated cross-coupling strategy. The target structures were characterized by steady-state UV/Vis absorption, fluorescence and transient absorption spectroscopy, as well as cyclic and differential pulse voltammetry. Crystal structure analysis of the macrocycles revealed insights into the bridge arrangements. The properties of the macrocyclic bridges were compared to linear oligothiophene reference compounds which itself exhibited an unusual electrochemical effect. N2 - In der vorliegenden Dissertation wurde eine Reihe von Donor-Akzeptor Makrozyklen bestehend aus Oligothiophensträngen, welche die Imid-Positionen eines Perylenbisimids kovalent verbinden, in einer Platin-vermittelten Kreuzkupplungsreaktion synthetisiert. Die Zielstrukturen wurden anschließend mittels UV/Vis-, Fluoreszenz-und transienter Absorptionsspektroskopie, sowie zyklischer- bzw. Differential-Puls-Voltammetry charakterisiert. Ferner gewährten Kristallstrukturen von drei der insgesamt fünf Makrozyklen strukturelle Einblicke in die Oligothiophen-Brückengeometrie. Die photophysikalischen und elektrochemischen Eigenschaften der makrozyklischen Brücken wurden mit solchen linearer Oligothiophen-Referenzsystemen verglichen, welche selber ein ungewöhnliches Phänomen in der Elektrochemie aufwiesen. KW - Perylenbisdicarboximide KW - Makrocyclische Verbindungen KW - Thiophen KW - Farbstoff KW - donor-acceptor dyads KW - macrocycles KW - electron transfer KW - perylene bisimide KW - oligothiophenes Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-271926 ER - TY - THES A1 - Hofmann, Michael T1 - Overcoming Obstacles in the Aqueous Processing of Nickel-rich Layered Oxide Cathode Materials T1 - Überwindung von Hindernissen bei der wässrigen Verarbeitung von nickelreichen Schichtoxid-Kathodenmaterialien N2 - The implementation of a water-based cathode manufacturing process is attractive, given the prospect of improved sustainability of future lithium-ion batteries. However, the sensitivity of many cathode materials to water poses a huge challenge. Within the scope of this work, a correlation between the water sensitivity of cathode materials from the class of layered oxides and their elemental composition was identified. In particular for the cathode material LiNi0.8Co0.15Al0.05O2 (NCA), the processes taking place in aqueous medium were clarified in detail. Based on this knowledge, the surface of NCA particles could be specifically modified, which led to a reduced water sensitivity. As a result, the electrochemical performance of cells with water-based NCA cathodes was significantly improved and a remarkable long-term cycling performance was achieved. The present work contributes to a deeper understanding of the water sensitivity of cathode materials and at the same time presents a promising approach to overcome this obstacle. Consequently, this work advances the successful widespread realization of water-based cathode manufacturing. N2 - Die Nachhaltigkeit zukünftiger Lithium-Ionen-Batterien kann durch die Implementierung eines wasserbasierten Herstellungsverfahrens für Kathoden verbessert werden. Die Wasserempfindlichkeit vieler Kathodenmaterialien stellt hierbei jedoch eine große Herausforderung dar. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein Zusammenhang zwischen der Wasserempfindlichkeit von Kathodenmaterialien der Klasse der Schichtoxide und deren Elementzusammensetzung hergestellt. Insbesondere für das extrem wasserempfindliche Kathodenmaterial LiNi0.8Co0.15Al0.05O2 (NCA) wurden die im wässrigen Medium ablaufenden Prozesse detailliert aufgeklärt. Auf Basis dieser Erkenntnisse konnte die Oberfläche von NCA-Partikeln gezielt modifiziert und damit die Wasserempfindlichkeit reduziert werden. Infolgedessen konnte die elektrochemische Performance von Zellen mit wasserbasierten NCA-Kathoden signifikant verbessert und eine bemerkenswerte Langzeitperformance erzielt werden. Die vorliegende Arbeit trägt somit zu einem tieferen Verständnis der Wasserempfindlichkeit von Kathodenmaterialien bei und liefert zugleich einen vielversprechenden Ansatz, um diese zu minimieren. So wird die erfolgreiche Realisierung der wässrigen Kathodenherstellung vorangetrieben. KW - Elektrochemie KW - Kathode KW - Lithium-Ionen-Akkumulator KW - cathode material KW - aqueous processing KW - lithium-ion battery KW - layered oxides Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-273787 ER - TY - THES A1 - Yang, Shang T1 - Characterization and engineering of photoreceptors with improved properties for optogenetic application T1 - Charakterisierung und Entwicklung von Photorezeptoren mit verbesserten Eigenschaften für die optogenetische Anwendung N2 - Optogenetics became successful in neuroscience with Channelrhodopsin-2 (ChR2), a light-gated cation channel from the green alga Chlamydomonas reinhardtii, as an easy applicable tool. The success of ChR2 inspired the development of various photosensory proteins as powerful actuators for optogenetic manipulation of biological activity. However, the current optogenetic toolbox is still not perfect and further improvements are desirable. In my thesis, I engineered and characterized several different optogenetic tools with new features. (i) Although ChR2 is the most often used optogenetic actuator, its single-channel conductance and its Ca2+ permeability are relatively low. ChR2 variants with increased Ca2+ conductance were described recently but a further increase seemed possible. In addition, the H+ conductance of ChR2 may lead to cellular acidification and unintended pH-related side effects upon prolonged illumination. Through rational design, I developed several improved ChR2 variants with larger photocurrent, higher cation selectivity, and lower H+ conductance. (ii) The light-activated inward chloride pump NpHR is a widely used optogenetic tool for neural silencing. However, pronounced inactivation upon long time illumination constrains its application for long-lasting neural inhibition. I found that the deprotonation of the Schiff base underlies the inactivation of NpHR. Through systematically exploring optimized illumination schemes, I found illumination with blue light alone could profoundly increase the temporal stability of the NpHR-mediated photocurrent. A combination of green and violet light eliminates the inactivation effect, similar to blue light, but leading to a higher photocurrent and therefore better light-induced inhibition. (iii) Photoactivated adenylyl cyclases (PACs) were shown to be useful for light-manipulation of cellular cAMP levels. I developed a convenient in-vitro assay for soluble PACs that allows their reliable characterization. Comparison of different PACs revealed that bPAC from Beggiatoa is the best optogenetic tool for cAMP manipulation, due to its high efficiency and small size. However, a residual activity of bPAC in the dark is unwanted and the cytosolic localization prevents subcellular precise cAMP manipulation. I therefore introduced point mutations into bPAC to reduce its dark activity. Interestingly, I found that membrane targeting of bPAC with different linkers can remarkably alter its activity, in addition to its localization. Taken together, a set of PACs with different activity and subcellular localization were engineered for selection based on the intended usage. The membrane-bound PM-bPAC 2.0 with reduced dark activity is well-tolerated by hippocampal neurons and reliably evokes a transient photocurrent, when co-expression with a CNG channel. (iv) Bidirectional manipulation of cell activity with light of different wavelengths is of great importance in dissecting neural networks in the brain. Selection of optimal tool pairs is the first and most important step for dual-color optogenetics. Through N- and C-terminal modifications, an improved ChR variant (i.e. vf-Chrimson 2.0) was engineered and selected as the red light-controlled actuator for excitation. Detailed comparison of three two-component potassium channels, composed of bPAC and the cAMP-activated potassium channel SthK, revealed the superior properties of SthK-bP. Combining vf-Chrimson 2.0 and improved SthK-bP “SthK(TV418)-bP” could reliably induce depolarization by red light and hyperpolarization by blue light. A residual tiny crosstalk between vf-Chrimson 2.0 and SthK(TV418)-bP, when applying blue light, can be minimized to a negligible level by applying light pulses or simply lowering the blue light intensity. N2 - Die Optogenetik wurde in den Neurowissenschaften mit Channelrhodopsin-2 (ChR2), einem lichtgesteuerten Kationenkanal aus der Grünalge Chlamydomonas reinhardtii, als leicht anwendbares Werkzeug erfolgreich. Der Erfolg von ChR2 inspirierte die Entwicklung verschiedener photosensorischer Proteine als leistungsstarke Aktuatoren für die optogenetische Manipulation der biologischen Aktivität. Die derzeitige optogenetische Toolbox ist jedoch immer noch nicht perfekt und weitere Verbesserungen sind wünschenswert. In meiner Arbeit habe ich verschiedene optogenetische Werkzeuge mit neuen Funktionen entwickelt und charakterisiert. (i) Obwohl ChR2 der am häufigsten verwendete optogenetische Aktuator ist, sind seine Einzelkanal-Leitfähigkeit und seine Ca2 + -Permeabilität relativ gering. Kürzlich wurden ChR2-Varianten mit erhöhter Ca2 + -Leitfähigkeit beschrieben, eine weitere Verbesserung schien jedoch möglich. Darüber hinaus kann die H+-Leitfähigkeit von ChR2 bei längerer Beleuchtung zu einer Ansäuerung der Zellen und zu unbeabsichtigten Nebenwirkungen im Zusammenhang mit dem pH-Wert führen. Durch rationales Design entwickelte ich mehrere verbesserte ChR2-Varianten mit größerem Photostrom, höherer Kationenselektivität und geringerer H+-Leitfähigkeit. (ii) Die lichtaktivierte Chloridpumpe NpHR ist ein weit verbreitetes optogenetisches Werkzeug für die neuronale Inhibierung. Eine ausgeprägte Inaktivierung bei längerer Beleuchtung schränkt jedoch die Anwendung für eine lang anhaltende neuronale Hemmung ein. Ich konnte zeigen, dass die Deprotonierung der Schiffschen Base der Inaktivierung von NpHR zugrunde liegt. Durch die systematische Untersuchung optimierter Beleuchtungsschemata fand ich heraus, dass die Beleuchtung mit blauem Licht allein die zeitliche Stabilität des NpHR-vermittelten Photostroms erheblich verbessern kann. Eine Kombination aus grünem und violettem Licht eliminiert den Inaktivierungseffekt, ähnlich wie blaues Licht, führt jedoch zu einem höheren Photostrom und deswegen effektiverer Licht-induzierter Inhibierung. (iii) Photoaktivierte Adenylylcyclasen (PACs) erwiesen sich als nützlich für die Lichtmanipulation der zellulären cAMP-Spiegel. Ich habe einen praktischen in-vitro-Test für lösliche PACs entwickelt, der deren zuverlässige Charakterisierung ermöglicht. Ein Vergleich verschiedener PACs ergab, dass bPAC von Beggiatoa aufgrund seiner hohen Effizienz und geringen Größe das beste optogenetische Werkzeug für die cAMP-Manipulation ist. Eine Restaktivität von bPAC im Dunkeln ist jedoch unerwünscht und die cytosolische Lokalisierung verhindert eine subzellulär präzise cAMP-Manipulation. Ich habe daher Punktmutationen in bPAC eingeführt, um dessen Dunkelaktivität zu reduzieren. Interessanterweise fanden Ich heraus, dass das Membrantargeting von bPAC mit verschiedenen „Linkern“ zusätzlich zu seiner Lokalisierung seine Aktivität erheblich verändern kann. Zusammengenommen wurde eine Reihe von PACs mit unterschiedlicher Aktivität und subzellulärer Lokalisation für unterschiedliche Anwendungen konstruiert. Das membrangebundene PM-bPAC 2.0 mit reduzierter Dunkelaktivität wird von Hippocampus-Neuronen gut vertragen und erlaubt, bei gleichzeitiger Expression mit einem CNG-Kanal, zuverlässig einen Licht-induzierten Strom auszulösen. (iv) Die bidirektionale Manipulation der Zellaktivität mit Licht unterschiedlicher Wellenlänge ist für die Dissektion neuronaler Netze im Gehirn von großer Bedeutung. Die Auswahl der optimalen Werkzeugpaare ist der erste und wichtigste Schritt für die zweifarbige Optogenetik. Durch N- und C-terminale Modifikationen wurde eine verbesserte ChR-Variante (d. h. Vf-Chrimson 2.0) entwickelt und als Rotlicht-gesteuerter Aktuator zur Anregung ausgewählt. Ein detaillierter Vergleich von drei Zweikomponenten-Kaliumkanälen, bestehend aus bPAC und dem cAMP-aktivierten Kaliumkanal SthK, ergab die überlegenen Eigenschaften von SthK-bP. Die Kombination von vf-Chrimson 2.0 und verbessertem SthK-bP „SthK(TV418)-bP“ konnte zuverlässig eine Depolarisation durch rotes Licht und eine Hyperpolarisation durch blaues Licht induzieren. Ein restliches, kleines Übersprechen zwischen vf-Chrimson 2.0 und SthK(TV418)-bP kann beim Anlegen von blauem Licht durch Anlegen von Lichtimpulsen oder durch einfaches Verringern der Intensität von blauem Licht auf ein vernachlässigbares Maß minimiert werden. KW - Optogenetics KW - ChR2 KW - NpHR KW - PAC KW - Bidirectional manipulation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-205273 ER - TY - THES A1 - Kortmann, Mareike T1 - Biodiversity and recreation – Optimizing tourism and forest management in forests affected by bark beetles T1 - Biodiversität und Erholungsfunktionen – Optimierung von Tourismus- und Waldmanagement in Borkenkäferwäldern N2 - Forests are multi-functional system, which have to fulfil different objectives at the same time. The main functions include the production of wood, storage of carbon, the promotion of biological diversity and the provision of recreational space. Yet, global forests are affected by large and intense natural disturbances, like bark beetle infestations. While natural disturbances threaten wood production and are perceived as ‘catastrophe’ diminishing recreational value, biodiversity can benefit from the disturbance-induced changes in forest structures. This trade-off poses a dilemma to managers of bark beetle affected stands, particularly in protected areas designated to both nature conservation and recreation. Forest landscapes need a sustainable management concept aligning these different objectives. In order to support this goal with scientific knowledge, the aim of this work is to analyse ecological and social effects along a gradient of different disturbance severities. In this context, I studied the effects of a disturbance severity gradient on the diversity of different taxonomic groups including vascular plants, mosses, lichens, fungi, arthropods and birds in five national parks in Central Europe. To analyse the recreational value of the landscape I conducted visitor surveys in the same study areas in which the biodiversity surveys were performed. To analyse possible psychological or demographic effects on preferences for certain disturbance intensities, an additional online survey was carried out. N2 - Wälder müssen unterschiedliche Zielsetzungen zur gleichen Zeit erfüllen. Zu den wichtigsten Zielsetzungen zählen Produktion von Holz, Speicherung von CO2, die Förderung der biologischen Vielfalt und die Bereitstellung von Erholungsgebieten. Wälder sind jedoch global von intensiven natürlichen Störungen wie Borkenkäferbefall betroffen. Während natürliche Störungen die Holzproduktion bedrohen und von der Bevölkerung als „Katastrophe“ wahrgenommen werden, die den Erholungswert verringert, kann die biologische Vielfalt von den störungsbedingten Veränderungen der Waldstrukturen profitieren. Dieser Kompromiss stellt die Manager der von Borkenkäfern betroffenen Bestände vor ein Dilemma, insbesondere in Schutzgebieten, die sowohl dem Naturschutz als auch der Erholung gewidmet sind, und fordert ein nachhaltiges Bewirtschaftungskonzept, das diese unterschiedlichen Ziele in Einklang bringt. Um diese Vorhaben durch wissenschaftliche Erkenntnisse zu unterstützen, ist das Ziel dieser Arbeit, ökologische und soziale Effekte entlang eines Gradienten verschiedener Störungsintensitätsgrade zu analysieren. In diesem Zusammenhang wurden die Auswirkungen verschiedener Störungsintensitäten auf die Biodiversität verschiedener taxonomischer Gruppen, einschließlich Gefäßpflanzen, Moosen, Flechten, Pilzen, Arthropoden und Vögeln untersucht. Außerdem Befragungen von Nationalpark Besuchern durchgeführt, um den Erholungswert der Landschaft zu analysieren. Um mögliche psychologische oder demografische Auswirkungen auf Präferenzen für bestimmte Störungsintensitäten zu analysieren, wurde zudem eine Online-Umfrage durchgeführt. KW - Borkenkäfer KW - Nationalpark KW - Biodiversität KW - natural disturbance KW - nature conservation KW - national park KW - biodiversity KW - recreation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-240317 ER - TY - THES A1 - Grushevskyi, Yevgenii T1 - Activation kinetics of G-protein-coupled receptors T1 - Aktivierungskinetik von G-Protein-gekoppelten Rezeptoren N2 - G-protein-coupled receptors (GPCRs) are key biological switches that transmit both internal and external stimuli into the cell interior. Among the GPCRs, the “light receptor” rhodopsin has been shown to activate with a re-arrangement of the transmembrane helix bundle within ≈1 ms, while all other receptors are thought to become activated in subsecond range at saturating concentrations. Here we investigate activation kinetics of a dimeric GPCR, the metabotropic glutamate receptor-1 (mGluR1), and several class A GPCRs, as muscarinic receptor 3 (M3R), adrenergic (α2aAR and β1R) and opioid (µOR) receptors. We first used UV-light-triggered uncaging of glutamate in intact cells. Sub-millisecond Förster resonance energy transfer recordings between labels at intracellular receptor sites were used to record conformational changes in the mGluR1. At millimolar ligand concentrations the initial rearrangement between the mGluR1 subunits occurs at a speed of τ1≈1-2 ms. These rapid changes were followed by significantly slower conformational changes in the transmembrane domain (τ2≈20 ms). We further characterized novel photoswitchable negative allosteric modulators for mGluR1, which bind to its transmembrane core and block the conformational change as well as the downstream signaling. Effects of the compounds were quantified in pharmacological cell assays in the dark and using UV and green light illumination. We finally develop a framework for image-based kinetic analysis of GPCRs which allowed us to measure activation kinetics of several prototypical class A GPCRs and to discover membrane heterogeneities of GPCR activation. It appears that GPCR activation signal is not only dependent on the amount of activated receptors, but also has some level of correlation with the local density of activated receptors. N2 - G-Protein-gekoppelte Rezeptoren (GPCRs) sind die größte Familie der membranständigen Proteine, welche sowohl interne als auch externe Stimulationen in den intrazellulären Raum weiterleiten und somit in Eukaryonten ein breites Spektrum an physiologischen Prozessen regulieren. Innerhalb der GPCRs konnte für den „Lichtrezeptor“ Rhodopsin gezeigt werden, dass dessen Aktivierung, welche eine räumliche Umorientierung der Transmembrandomänen beinhaltet, innerhalb von einer Millisekunde erfolgt, wohingegen angenommen wurde, dass die meisten anderen dieser Rezeptoren wesentlich langsamer, im Sekundenbereich, aktiviert werden. Die vorliegende Arbeit ist auf die Aktivierungskinetiken eines typisch- dimerischen Rezeptors, nämlich dem metabotrobischen Glutamat- rezeptor 1(mGluR1), sowie einige Klasse-A GPCRs fokussiert, darunter befinden sich sowohl der muskarinische M3-Rezeptor, die adrenergen α2A- und β1-Rezeptoren als auch der μ-opioid Rezeptor. Wir nutzten zunächst durch UV-Licht aktivierbares Glutamat auf intakten Zellen. Hierbei erfolgte, unter Verwendung von Sättigungskonzentrationen, die Umorganisation der mGluR1- Untereinheiten innerhalb von ein bis zwei Millisekunden. Diesen Änderungen folgte eine signifikant langsamere Konformationsänderung von 20 Millisekunden in den Transmembrandomänen. Der zweite Teil dieser Arbeit befasst sich mit der Charakterisierung von neuen, durch Licht schaltbaren, negativen allosterischen Modulatoren des mGluR1-Rezeptors. Für diese konnte gezeigt werden, dass sie unter bestimmten Belichtungsbedingungen im Mittelpunkt der Transmembrandomänen binden und dadurch sowohl die Konformationsänderung des Rezeptors als auch dessen weitere Signaltransduktion verhindern. Zudem entwickelten wir ein Systemumfeld zur bildbasierten Analyse von GPCR-Kinetiken, welches es uns erlaubte die Aktivierungskinetiken einiger exemplarischer Klasse A GPCRs zu messen und heterogene Aktivierungskinetiken von GPCRs auf Zellmembranen zu entdecken. Die Resultate dieser Arbeit legen Nahe, dass Aktivierungs- Signale von GPCRs nicht nur von der Menge der aktivierten Rezeptoren abhängen, sondern zusätzlich auch zu einem gewissen Grad mit der lokalen Dichte von aktivierten Rezeptoren korrelieren. KW - G-Protein gekoppelter Rezeptor KW - G-protein-coupled receptors KW - Molecular Pharmacology KW - Ligand uncaging Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-207215 ER - TY - THES A1 - Liu, Ruiqi T1 - Dynamic regulation of the melanocortin 4 receptor system in body weight homeostasis and reproductive maturation in fish T1 - Dynamische Regulation des Melanocortin-4-Rezeptor Systems bei der Körpergewichtshomöostase und der Fortpflanzungsreifung bei Fischen N2 - Puberty is an important period of life with physiological changes to enable animals to reproduce. Xiphophorus fish exhibit polymorphism in body size, puberty timing, and reproductive tactics. These phenotypical polymorphisms are controlled by the Puberty (P) locus. In X. nigrensis and X. multilineatus, the P locus encodes the melanocortin 4 receptor (Mc4r) with high genetic polymorphisms. Mc4r is a member of the melanocortin receptors, belonging to class A G-protein coupled receptors. The Mc4r signaling system consists of Mc4r, the agonist Pomc (precursor of various MSH and of ACTH), the antagonist Agrp and accessory protein Mrap2. In humans, MC4R has a role in energy homeostasis. MC4R and MRAP2 mutations are linked to human obesity but not to puberty. Mc4rs in X. nigrensis and X. multilineatus are present in three allele classes, A, B1 and B2, of which the X-linked A alleles express functional receptors and the male-specific Y-linked B alleles encode defective receptors. Male body sizes are correlated with B allele type and B allele copy numbers. Late-maturing large males carry B alleles in high copy number while early-maturing small males carry B alleles in low copy number or only A alleles. Cell culture co-expression experiments indicated that B alleles may act as dominant negative receptor mutants on A alleles. In this study, the main aim was to biochemically characterize the mechanism of puberty regulation by Mc4r in X. nigrensis and X. multilineatus, whether it is by Mc4r dimerization and/or Mrap2 interaction with Mc4r or other mechanisms. Furthermore, Mc4r in X. hellerii (another swordtail species) and medaka (a model organism phylogenetically close to Xiphophorus) were investigated to understand if the investigated mechanisms are conserved in other species. In medaka, the Mc4r signaling system genes (mc4r, mrap2, pomc, agrp1) are expressed before hatching, with agrp1 being highly upregulated during hatching and first feeding. These genes are mainly expressed in adult brain, and the transcripts of mrap2 co-localize with mc4r indicating a function in modulating Mc4r signaling. Functional comparison between wild-type and mc4r knockout medaka showed that Mc4r knockout does not affect puberty timing but significantly delays hatching due to the retarded embryonic development of knockout medaka. Hence, the Mc4r system in medaka is involved in regulation of growth rather than puberty. In Xiphophorus, expression co-localization of mc4r and mrap2 in X. nigrensis and X. hellerii fish adult brains was characterized by in situ hybridization. In both species, large males exhibit strikingly high expression of mc4r while mrap2 shows similar expression level in the large and small male and female. Differently, X. hellerii has only A-type alleles indicating that the puberty regulation mechanisms evolved independently in Xiphophorus genus. Functional analysis of Mrap2 and Mc4r A/B1/B2 alleles of X. multilineatus showed that increased Mrap2 amounts induce higher cAMP response but EC50 values do not change much upon Mrap2 co-expression with Mc4r (expressing only A allele or A and B1 alleles). A and B1 alleles were expressed higher in large male brains, while B2 alleles were only barely expressed. Mc4r A-B1 cells have lower cAMP production than Mc4r A cells. Together, this indicates a role of Mc4r alleles, but not Mrap2, in puberty onset regulation signaling. Interaction studies by FRET approach evidenced that Mc4r A and B alleles can form heterodimers and homodimers in vitro, but only for a certain fraction of the expressed receptors. Single-molecule colocalization study using super-resolution microscope dSTORM confirmed that only few Mc4r A and B1 receptors co-localized on the membrane. Altogether, the species-specific puberty onset regulation in X. nigrensis and X. multilineatus is linked to the presence of Mc4r B alleles and to some extent to its interaction with A allele gene products. This is reasoned to result in certain levels of cAMP signaling which reaches the dynamic or static threshold to permit late puberty in large males. In summary, puberty onset regulation by dominant negative effect of Mc4r mutant alleles is a special mechanism that is found so far only in X. nigrensis and X. multilineatus. Other Xiphophorus species obviously evolved the same function of the pathway by diverse mechanisms. Mc4r in other fish (medaka) has a role in regulation of growth, reminiscent of its role in energy homeostasis in humans. The results of this study will contribute to better understand the biochemical and physiological functions of the Mc4r system in vertebrates including human. N2 - Die Pubertät ist ein wichtiger Lebensabschnitt mit physiologischen Veränderungen, die die Fortpflanzung von Tieren ermöglichen. Xiphophorus Fische weisen einen Polymorphismus in Bezug auf Körpergröße, Pubertätszeit und Fortpflanzungstaktik auf. Diese phänotypischen Polymorphismen werden durch den Pubertäts (P) Locus gesteuert. In X. nigrensis und X. multilineatus kodiert der P Locus den Melanocortin-4-Rezeptor (Mc4r) mit hohen genetischen Polymorphismen. Mc4r gehört zu den Melanocortin-Rezeptoren, die zur Klasse A der G-Protein-gekoppelten Rezeptoren gehören. Das Mc4r-Signalsystem besteht aus Mc4r, dem Agonisten Pomc (Prohormon der verschiedenen MSH und des ACTH), dem Antagonisten Agrp und dem akzessorischen Protein Mrap2. Beim Menschen spielt MC4R eine Rolle bei der Energiehomöostase. MC4R und MRAP2 Mutationen stehen im Zusammenhang mit menschlicher Fettleibigkeit, jedoch nicht mit der Pubertät. Mc4rs in X. nigrensis und X. multilineatus sind in drei Allelklassen vorhanden, A, B1 und B2, von denen die X-chromosomalen A Allele funktionelle Rezeptoren exprimieren und die spezifischen männlichen Y-chromosomalen B Allele für defekte Rezeptoren kodieren. Die männliche Körpergröße korreliert mit dem B Alleltyp und der Kopienzahl des B Allels. Spätreife große Männchen tragen B Allele in hoher Kopienzahl, während frühreife kleine Männchen B Allele in niedriger Kopienzahl oder nur A Allele tragen. Koexpressions-Experimente in Zellkultur zeigten, dass B Allele als dominant negative Mutanten-Rezeptor auf A Allele wirken können. In dieser Studie war das Hauptziel die biochemische Charakterisierung des Mechanismus der Pubertätsregulation durch Mc4r in X. nigrensis und X. multilineatus. Dabei wurde untersucht, ob die Regulation durch eine Mc4r Dimerisierung und/oder Mrap2 Interaktion mit Mc4r oder durch andere Mechanismen erfolgt. Des Weiteren wurde Mc4r in X. hellerii (einer anderen Schwertträger Art) und Medaka (ein phylogenetisch naheliegender Modellorganismus von Xiphophorus) untersucht, um zu verstehen, ob die untersuchten Mechanismen in anderen Arten konserviert sind. In Medaka werden die Gene des Mc4r Signalsystems (mc4r, mrap2, pomc, agrp1) vor dem Schlüpfen exprimiert, wobei agrp1 während des Schlüpfens und der ersten Fütterung stark hochreguliert wird. Im adulten Medaka werden diese Gene hauptsächlich im Gehirn exprimiert und die Transkripte von mrap2 und mc4r kolokalisieren, was auf eine Funktion bei der Modulation der Mc4r-Signaltransduktion hinweist. Ein funktionaler Vergleich zwischen Wildtyp- und mc4r-Knockout Medaka zeigte, dass der Mc4r-Knockout das Pubertäts-Timing nicht beeinflusst, das Schlüpfen jedoch aufgrund der verzögerten embryonalen Entwicklung von Knockout-Medaka signifikant verzögert. Daher ist das Mc4r System in Medaka eher an der Regulation des Wachstums als an der Pubertät beteiligt. Bei Xiphophorus wurde die Lokalisierung von mc4r und mrap2 in erwachsenen Gehirnen von X. nigrensis und X. hellerii durch in situ Hybridisierung charakterisiert. Bei beiden Spezies zeigen große Männchen eine auffallend hohe Expression von mc4r, während mrap2 bei großen und kleinen Männchen und Weibchen ein ähnliches Expressionsniveau zeigt. Im Gegensatz dazu weist X. hellerii nur Allele vom A-Typ auf, was darauf hinweist, dass sich die Pubertätsregulationsmechanismen in dem Genus Xiphophorus unabhängig voneinander entwickelt haben. Die funktionelle Analyse der Mrap2 und Mc4r A/B1/B2 Allele von X. multilineatus zeigte, dass erhöhte Mrap2-Mengen eine höhere cAMP-Antwort induzieren, die EC50-Werte sich jedoch bei der Mrap2-Coexpression mit Mc4r nicht wesentlich ändern (nur A Allel oder A und B1 Allele). A und B1 Allele wurden in großen männlichen Gehirnen höher exprimiert, während B2 Allele kaum exprimiert wurden. Mc4r A-B1 Zellen haben eine geringere cAMP-Produktion als Mc4r A Zellen. Zusammengenommen deutet dies auf eine Rolle von Mc4r-Allelen, jedoch nicht von Mrap2, bei der Signalgebung zur Regulation des Pubertätsbeginns hin. Interaktionsstudien mit den FRET-Methoden zeigten, dass Mc4r A und B Allele in vitro Heterodimere und Homodimere bilden können, jedoch nur für einen bestimmten Anteil der exprimierten Rezeptoren. Die Einzelmolekül-co-lokalisierungsstudie unter Verwendung von der hochauflösenden Mikroskopiemethode dSTORM bestätigte, dass nur wenige Mc4r A und B1 Rezeptoren auf der Membran co-lokalisiert sind. Insgesamt ist die artspezifische Regulation des Pubertätsbeginns bei X. nigrensis und X. multilineatus auf das Vorhandensein von Mc4r B Allelen und teilweise auf deren Interaktion mit Genprodukten des A Allels zurückzuführen. Dies wird dadurch begründet, dass ein bestimmtes cAMP Niveau (statische oder dynamische Schwelle) erreicht werden muss, um die Pubertät einzuleiten. In großen Männchen wird dieses cAMP Niveau später erreicht und so die Pubertät später eingeleitet. Zusammenfassend ist die Regulation des Pubertätsbeginns durch die dominante negative Wirkung von mutierten Mc4r Allelen ein spezieller Mechanismus, der bisher nur bei X. nigrensis und X. multilineatus zu finden ist. Andere Xiphophorus Arten haben offensichtlich durch andere Mechanismen die gleiche Funktion des Signalwegs entwickelt. In anderen Fischen (Medaka) spielt Mc4r eine Rolle bei der Regulation des Wachstums und erinnert an seine Rolle bei der Energie-Homöostase beim Menschen. Die Ergebnisse dieser Studie werden dazu beitragen, die biochemischen und physiologischen Funktionen des Mc4r-Systems bei Wirbeltieren, einschließlich Menschen, besser zu verstehen. KW - Japankärpfling KW - Mc4r KW - Schwertkärpfling KW - Pubertät KW - Molekularbiologie KW - GPCR KW - Mrap2 KW - Medaka KW - Xiphophorus KW - Puberty KW - Growth Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-206536 ER - TY - THES A1 - Leikeim, Anna T1 - Vascularization Strategies for Full-Thickness Skin Equivalents to Model Melanoma Progression T1 - Vaskularisierungsstrategien für Vollhautäquivalente zur Modellierung der Melanom-Progression N2 - Malignant melanoma (MM) is the most dangerous type of skin cancer with rising incidences worldwide. Melanoma skin models can help to elucidate its causes and formation or to develop new treatment strategies. However, most of the current skin models lack a vasculature, limiting their functionality and applicability. MM relies on the vascular system for its own supply and for its dissemination to distant body sites via lymphatic and blood vessels. Thus, to accurately study MM progression, a functional vasculature is indispensable. To date, there are no vascularized skin models to study melanoma metastasis in vitro, which is why such studies still rely on animal experimentation. In the present thesis, two different approaches for the vascularization of skin models are employed with the aim to establish a vascularized 3D in vitro full-thickness skin equivalent (FTSE) that can serve as a test system for the investigation of the progression of MM. Initially, endothelial cells were incorporated in the dermal part of FTSEs. The optimal seeding density, a spheroid conformation of the cells and the cell culture medium were tested. A high cell density resulted in the formation of lumen-forming shapes distributed in the dermal part of the model. These capillary-like structures were proven to be of endothelial origin by staining for the endothelial cell marker CD31. The established vascularized FTSE (vFTSE) was characterized histologically after 4 weeks of culture, revealing an architecture similar to human skin in vivo with a stratified epidermis, separated from the dermal equivalent by a basement membrane indicated by collagen type IV. However, this random capillary-like network is not functional as it cannot be perfused. Therefore, the second vascularization approach focused on the generation of a perfusable tissue construct. A channel was molded within a collagen hydrogel and seeded with endothelial cells to mimic a central, perfusable vessel. The generation and the perfusion culture of the collagen hydrogel was enabled by the use of two custom-made, 3D printed bioreactors. Histological assessment of the hydrogels revealed the lining of the channel with a monolayer of endothelial cells, expressing the cell specific marker CD31. For the investigation of MM progression in vitro, a 3D melanoma skin equivalent was established. Melanoma cells were incorporated in the epidermal part of FTSEs, representing the native microenvironment of the tumor. Melanoma nests grew at the dermo-epidermal junction within the well stratified epidermis and were characterized by the expression of common melanoma markers. First experiments were conducted showing the feasibility of combining the melanoma model with the vFTSE, resulting in skin models with tumors at the dermo-epidermal junction and lumen-like structures in the dermis. Taken together, the models presented in this thesis provide further steps towards the establishment of a vascularized, perfusable melanoma model to study melanoma progression and metastasis. N2 - Das maligne Melanom (MM) ist die gefährlichste Form von Hautkrebs mit weltweit steigender Inzidenz. Melanom-Hautmodelle können helfen, seine Ursachen und Entstehung aufzuklären oder neue Behandlungsstrategien zu entwickeln. Den meisten bisherigen Hautmodellen fehlt jedoch ein Gefäßsystem, was ihre Funktionalität und Anwendbarkeit einschränkt. Das MM ist auf das Gefäßsystem angewiesen, sowohl für die eigene Versorgung als auch für die Ausbreitung über Lymph- und Blutgefäße zu entfernten Körperstellen. Um die Entwicklung des MM genau zu studieren, ist daher eine funktionelles Gefäßsystem unabdingbar. Bislang gibt es keine vaskularisierten Hautmodelle, um die Melanommetastasierung in vitro zu untersuchen, weshalb solche Studien immer noch auf Tierversuche angewiesen sind. In der vorliegenden Arbeit werden zwei unterschiedliche Ansätze zur Vaskularisierung von Hautmodellen mit dem Ziel verfolgt, ein vaskularisiertes 3D in vitro Vollhautmodell (full-thickness skin equivalent, FTSE) zu etablieren, das als Testsystem zur Untersuchung der Entwicklung des MM dienen kann. Einerseits wurden Endothelzellen in den dermalen Teil von FTSEs integriert. Die optimale Aussaatdichte, eine sphäroidale Konformation der Zellen und das Zellkulturmedium wurden getestet. Eine hohe Zelldichte führte zur Bildung von lumenbildenden Formen, die im dermalen Teil des Modells verteilt waren. Diese kapillarähnlichen Strukturen wurden durch Färbung für den Endothelzellmarker CD31 als endothelialen Ursprungs nachgewiesen. Das etablierte vaskularisierte FTSE (vFTSE) wurde nach 4 Wochen Kultur histologisch charakterisiert und zeigte eine der menschlichen Haut in vivo ähnliche Architektur mit einer geschichteten Epidermis, die vom dermalen Äquivalent durch eine Basalmembran, gezeigt durch Kollagen Typ IV, getrennt ist. Dieses zufällige kapillarartige Netzwerk ist jedoch nicht funktional, da es nicht durchblutet werden kann. Daher konzentrierte sich der zweite Vaskularisierungsansatz auf die Erzeugung eines perfundierbaren Gewebekonstrukts. Ein Kanal wurde in einem Kollagenhydrogel geformt und mit Endothelzellen besiedelt, um ein zentrales, perfundierbares Gefäß zu imitieren. Die Erzeugung und die Perfusionskultur des Kollagenhydrogels wurde durch die Verwendung von zwei speziell angefertigten, 3D-gedruckten Bioreaktoren ermöglicht. Die histologische Beurteilung der Hydrogele zeigte die Auskleidung des Kanals mit einer Einzelschicht von Endothelzellen, die den zellspezifischen Marker CD31 exprimieren. Für die Untersuchung der MM-Progression in vitro wurde ein 3D-Melanom-Hautäquivalent hergestellt. Melanomzellen wurden in den epidermalen Teil von FTSEs integriert, was die native Mikroumgebung des Tumors darstellt. Die Melanomnester wuchsen an der dermo-epidermalen Grenzfläche innerhalb der gut stratifizierten Epidermis und wurden durch die Expression gängiger Melanommarker charakterisiert. Zusätzlich konnte die Kombination des Melanom-Modells mit dem vFTSE gezeigt werden, was zu Hautmodellen mit Tumoren an der dermo-epidermalen Grenzfläche und lumenartigen Strukturen in der Dermis führte. Alles in allem bieten die in dieser Arbeit vorgestellten Modelle weitere Schritte hin zur Entwicklung eines vaskularisierten, perfundierbaren Melanommodell zur Erforschung der Melanomprogression und Metastasierung. KW - Tissue Engineering KW - In-vitro-Kultur KW - Melanom KW - skin model KW - vascularization KW - in vitro-Testsystem KW - perfused hydrogel Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272956 ER - TY - THES A1 - Jürges, Christopher Sebastian T1 - Algorithmic methods for elucidating the transcriptomic landscape of herpesviruses T1 - Algorithmische Methoden zur Aufklärung der transkriptomischen Landschaft von Herpesviren N2 - Transcription describes the process of converting the information contained in DNA into RNA. Although, tremendous progress has been made in recent decades to uncover this complex mechanism, it is still not fully understood. Given the advances and reduction in cost of high-throughput sequencing experiments, more and more data have been generated to help elucidating this complex process. Importantly, these sequencing experiments produce massive amounts of data that are incomprehensible in their raw form for humans. Further, sequencing techniques are not always 100% accurate and are subject to a certain degree of variability and, in special cases, they might introduce technical artifacts. Thus, computational and statistical methods are indispensable to uncover the information buried in these datasets. In this thesis, I worked with multiple high throughput datasets from herpes simplex virus 1 (HSV-1) and human cytomegalovirus (HCMV) infections. During the last decade, it has became clear that a gene might not have a single, but multiple sites at which transcription initiates. These multiple transcription start sites (TiSS) demonstrated to have regulatory effects on the gene itself depending on which TiSS is used. Specialized experimental approaches were developed to help identify TiSS (TiSS-profiling). In order to facilitate the identification of all potential TiSS that are used for cell type- and condition-specific transcription, I developed the tool iTiSS. By using a new general enrichment-based approach to predict TiSS, iTiSS proved to be applicable in integrated studies and made it less prone to false positives compared to other TiSS-calling tools. Another improvement in recent years was made in metabolic labeling experiments such as SLAM-seq. Here, they removed the time consuming and laborious step of physically separating new from old RNA in the samples. This was achieved by inducing specific nucleotide conversions in newly synthesized RNA that are later visible in the data. Consequently, the separation of new and old RNA is now done computationally and, hence, tools are needed that accurately quantify these fold-changes. My second tool that I developed, called GRAND-SLAM proved to be capable to accomplish this task and outperform competing programs. As both of my tools, iTiSS and GRAND-SLAM are not specifically tailored to my own goals, but could also facilitate the research of other groups in this field, I made them publicly available on GitHub. I applied my tools to datasets generated in our lab as well as to publicly available data sets from HSV-1 and HCMV, respectively. For HSV-1, I was able to predict and validate TiSS with nucleotide precision using iTiSS. This has lead to the most comprehensive annotation for HSV-1 to date, which now serves as the fundamental basis of any future transcriptomic research on HSV-1. By combining both my tools, I was further able to uncover parts of the highly complex gene kinetics in HCMV and to resolve the limitations caused by the densely packed genome of HCMV. With the ever-increasing advances in sequencing techniques and their decrease in cost, the amounts of data produced will continue to rise massively in the future. Additionally, more and more specialized omics approaches are appearing, calling for new tools to leverage their full information potential. Consequently, it has become apparent that specialized computational tools such as iTiSS and GRAND-SLAM are needed and will become an essential and indispensable part of the analysis. N2 - Transkription beschreibt den Prozess des Umwandelns von DNA-Information in RNA- Information. Obwohl in den letzten Jahrzehnten enorme Fortschritte bei der Aufdeckung dieses komplexen Mechanismus erzielt wurden, ist dieser Prozess bis heute noch nicht vollends verstanden. Mit den Fortschritten und der Kostensenkung bei den Hochdurchsatzexperimenten wurden immer mehr Daten gewonnen, die zur Aufklärung dieses komplexen Prozesses beitragen. Diese Sequenzierungsexperimente erzeugen allerdings riesige Datenmengen, welche in ihrer Rohform für den Menschen unverständlich sind. Darüber hinaus sind Sequenzierungstechniken nicht immer zu 100% genau und unterliegen einer gewissen Variabilität. In besonderen Fällen können sie sogar technische Artefakte enthalten. Daher sind computergestützte und statistische Methoden unerlässlich, um die in diesen Datensätzen verborgenen Informationen aufzudecken. In dieser Arbeit habe ich mit mehreren Hochdurchsatzdatensätzen von Herpes Simplex Virus 1 (HSV-1) und Humanem Cytomegalovirus (HCMV) gearbeitet. In den letzten Jahrzehnten wurde deutlich, dass ein Gen möglicherweise nicht nur eine einzige, sondern mehrere Transkriptionsstartpunkte (TiSS) besitzt. Diese multiplen TiSS haben nachweislich regulatorische Auswirkungen auf das Gen selbst, je nachdem, welche TiSS verwendet wird. Nachfolgend wurden demnach spezielle experimentelle Ans ̈atze entwickelt, um TiSS zu identifizieren (TiSS-Profiling). Um die Identifizierung aller potenziellen TiSS zu erleichtern, die für die zelltyp- und zustandsspezifische Transkription verwendet werden, habe ich das Programm iTiSS entwickelt. Durch die Verwendung eines neuen, auf allgemeiner Anreicherung basierenden Ansatzes zur Vorhersage von TiSS erwies sich iTiSS in integrier- ten Studien als anwendbar und war im Vergleich zu anderen TiSS-Erkennungsprogrammen weniger anfällig für falsch positive Ergebnisse. Eine weitere Verbesserung in jüngster Zeit wurde bei metabolischen Markierungsexperimenten wie SLAM-seq erzielt. Hier wurde der zeitaufwändige und mühsame Schritt der physischen Trennung von neuer und alter RNA in den Proben entfernt. Dies wurde erreicht, indem spezifische Nukleotidumwandlungen in neu synthetisierter RNA induziert wurden, die später in den Daten sichtbar sind. Da- her wird die Trennung von neuer und alter RNA jetzt per Computer vorgenommen. Dies benötigt daraufhin nun aber neue Programme, welche in der Lage sind diese Werte genau zu quantifizieren. Mein zweites von mir entwickeltes Tool namens GRAND-SLAM hat sich als fähig erwiesen, diese Aufgabe zu erfüllen und übertraf konkurrierende Programme. Da meine beiden Tools, iTiSS und GRAND-SLAM, nicht speziell auf meine eigenen Ziele zugeschnitten sind, sondern auch die Forschung anderer Gruppen in diesem Bereich erleichtern könnten, habe ich sie auf GitHub öffentlich zugänglich gemacht. Ich habe meine Tools auf Datensätze angewandt, die in unserem Labor erzeugt wurden, sowie auf öffentlich verfügbare Datensätze von HSV-1 bzw. HCMV. Fu ̈r HSV-1 konnte ich mit iTiSS TiSS mit Nukleotidpräzision vorhersagen und validieren. Dies hat zu der bisher umfassendsten Annotation für HSV-1 geführt, die nun als grundlegende Basis für jede zukünftige transkriptomische Forschung zu HSV-1 dient. Durch die Kombination meiner beiden Programme konnte ich außerdem Teile der hochkomplexen Genkinetik von HCMV aufdecken und die durch das dicht gepackte Genom von HCMV verursachten Einschränkungen überwinden. Mit den zunehmenden Fortschritten bei den Sequenzierungstechniken und den sinkenden Kosten wird die Menge der produzierten Daten in Zukunft weiter massiv ansteigen. Darüber hinaus gibt es immer mehr spezialisierte ”Omics”-Ansätze, die neue Programme erfordern, um ihr Informationspotenzial vollständig auszuschöpfen. Folglich ist es offensichtlich geworden, dass spezialisierte Computerprogramme wie iTiSS und GRAND-SLAM benötigt werden und zu einem wesentlichen und unverzichtbaren Teil der Analyse werden. KW - Herpesviren KW - Herpesviruses Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272825 ER - TY - RPRT A1 - Meyer, Constantin A1 - Job, Hubert A1 - Laner, Peter A1 - Omizzolo, Andrea A1 - Kollmann, Nadia A1 - Clare, Jasmin A1 - Vesely, Philipp A1 - Riedler, Walter A1 - Plassmann, Guido A1 - Coronado, Oriana A1 - Praper Gulič, Sergeja A1 - Gulič, Andrej A1 - Koblar, Simon A1 - Teofili, Corrado A1 - Rohringer, Verena A1 - Schoßleitner, Richard A1 - Ainz, Gerhard T1 - OpenSpaceAlps Planning Handbook: Perspectives for consistent safeguarding of open spaces in the Alpine region N2 - In the Alpine region, the continuous consumption of open spaces for settlement areas and technical infrastructure and the associated soil sealing can be observed. This leads primarily to the loss of agricultural land. Depending on the extent of development, there is also increased landscape fragmentation, which is associated with the isolation of natural habitats and the restriction of ecological connectivity, as well as other negative consequences. The OpenSpaceAlps project has addressed this issue and, based on cooperative procedures in several pilot regions, has developed approaches and solution strategies for the sustainable safeguarding of open spaces. This handbook supports the activities and decision-making of various stakeholders, first and foremost planners in public planning authorities. Based on an analysis of the challenges and framework conditions in the Alpine region, the handbook presents and compares central "principles" of open space planning. Furthermore, integrated planning strategies for different spatial categories are discussed. KW - Raumordnung KW - spatial planning KW - Alps KW - OpenSpaceAlps KW - open space KW - transnational cooperation KW - Alpen Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270401 N1 - German version available at: https://doi.org/10.25972/OPUS-27307. Italian version available at: https://doi.org/10.25972/OPUS-27704. Slovenian version available at: https://doi.org/10.25972/OPUS-28651. N1 - The OpenSpaceAlps project is co-financed by the European Regional Development Fund through the Interreg Alpine Space programme. ER - TY - INPR A1 - Scheitl, Carolin P. M. A1 - Mieczkowski, Mateusz A1 - Schindelin, Hermann A1 - Höbartner, Claudia T1 - Structure and mechanism of the methyltransferase ribozyme MTR1 T2 - Nature Chemical Biology N2 - RNA-catalysed RNA methylation was recently shown to be part of the catalytic repertoire of ribozymes. The methyltransferase ribozyme MTR1 catalyses the site-specific synthesis of 1-methyladenosine (m\(^1\)A) in RNA, using O\(^6\)-methylguanine (m\(^6\)G) as methyl group donor. Here we report the crystal structure of MTR1 at a resolution of 2.8 Å, which reveals a guanine binding site reminiscent of natural guanine riboswitches. The structure represents the postcatalytic state of a split ribozyme in complex with the m1A-containing RNA product and the demethylated cofactor guanine. The structural data suggest the mechanistic involvement of a protonated cytidine in the methyl transfer reaction. A synergistic effect of two 2'-O-methylated ribose residues in the active site results in accelerated methyl group transfer. Supported by these results, it seems plausible that modified nucleotides may have enhanced early RNA catalysis and that metabolite-binding riboswitches may resemble inactivated ribozymes that have lost their catalytic activity during evolution. KW - Methyltransferase Ribozyme MTR1 KW - Crystal structure of MTR1 KW - RNA-catalyzed RNA methylation KW - X-ray crystallography KW - RNA Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272170 ET - submitted version ER - TY - THES A1 - Runge, Isabel Madeleine T1 - Network Coding for Reliable Data Dissemination in Wireless Sensor Networks T1 - Netzwerkkodierung für zuverlässige Datenverteilung in drahtlosen Sensornetzen N2 - The application of Wireless Sensor Networks (WSNs) with a large number of tiny, cost-efficient, battery-powered sensor nodes that are able to communicate directly with each other poses many challenges. Due to the large number of communicating objects and despite a used CSMA/CA MAC protocol, there may be many signal collisions. In addition, WSNs frequently operate under harsh conditions and nodes are often prone to failure, for example, due to a depleted battery or unreliable components. Thus, nodes or even large parts of the network can fail. These aspects lead to reliable data dissemination and data storage being a key issue. Therefore, these issues are addressed herein while keeping latency low, throughput high, and energy consumption reduced. Furthermore, simplicity as well as robustness to changes in conditions are essential here. In order to achieve these aims, a certain amount of redundancy has to be included. This can be realized, for example, by using network coding. Existing approaches, however, often only perform well under certain conditions or for a specific scenario, have to perform a time-consuming initialization, require complex calculations, or do not provide the possibility of early decoding. Therefore, we developed a network coding procedure called Broadcast Growth Codes (BCGC) for reliable data dissemination, which performs well under a broad range of diverse conditions. These can be a high probability of signal collisions, any degree of nodes' mobility, a large number of nodes, or occurring node failures, for example. BCGC do not require complex initialization and only use simple XOR operations for encoding and decoding. Furthermore, decoding can be started as soon as a first packet/codeword has been received. Evaluations by using an in-house implemented network simulator as well as a real-world testbed showed that BCGC enhance reliability and enable to retrieve data dependably despite an unreliable network. In terms of latency, throughput, and energy consumption, depending on the conditions and the procedure being compared, BCGC can achieve the same performance or even outperform existing procedures significantly while being robust to changes in conditions and allowing low complexity of the nodes as well as early decoding. N2 - Der Einsatz von drahtlosen Sensornetzen (Wireless Sensor Networks, WSNs) mit einer Vielzahl hochintegrierter, kostengünstiger und batteriebetriebener Sensorknoten, die direkt miteinander kommunizieren können, birgt viele Herausforderungen. Aufgrund der großen Anzahl von kommunizierenden Objekten kann es trotz eines verwendeten CSMA/CA MAC Protokolls zu vielen Signalkollisionen kommen. Darüber hinaus arbeiten WSNs häufig unter rauen Bedingungen und die Knoten sind oft anfällig für Ausfälle, z.B. aufgrund aufgebrauchter Energiekapazität oder defekter Komponenten. Infolgedessen können einzelne Knoten oder auch große Teile des Netzes ausfallen. Diese Aspekte führen dazu, dass zuverlässige Datenverteilung und Datenhaltung von entscheidender Bedeutung sind und folglich im Rahmen dieser Arbeit adressiert werden. Gleichzeitig soll die Latenz niedrig, der Durchsatz hoch und der Energieverbrauch möglichst gering gehalten werden. Des Weiteren sind eine geringe Komplexität sowie Robustheit gegenüber veränderten Bedingungen wesentlich. Um diese Ziele zu erreichen, ist ein gewisses Maß an Redundanz nötig. Dies kann beispielsweise durch die Verwendung von Netzwerkkodierung realisiert werden. Bestehende Ansätze liefern jedoch oft nur unter bestimmten Bedingungen oder für ein spezifisches Szenario gute Performanz-Ergebnisse, müssen aufwändig initialisiert werden, benötigen komplexe Berechnungen oder bieten keine Möglichkeit für frühzeitige Dekodierung. Daher haben wir ein als Broadcast Growth Codes (BCGC) bezeichnetes Netzwerkkodierungsverfahren für zuverlässige Datenverteilung entwickelt, welches unter einem breiten Spektrum unterschiedlicher Bedingungen gute Ergebnisse erzielt. Zu diesen Bedingungen gehören zum Beispiel eine hohe Wahrscheinlichkeit von Signalkollisionen, ein beliebiger Grad an Knotenmobilität, eine große Knotenanzahl oder das Auftreten von Knotenausfällen. BCGC benötigen keine komplexe Initialisierung und verwenden nur einfache XOR-Operationen für Kodierung und Dekodierung. Darüber hinaus kann mit der Dekodierung bereits begonnen werden, sobald ein erstes Paket/Codewort empfangen wurde. Evaluationen mit einem eigens implementierten Netzwerksimulator sowie einem realen Testbed haben gezeigt, dass BCGC ermöglichen, Daten trotz eines unzuverlässigen Netzwerks zuverlässig zu erhalten. In Bezug auf Latenz, Durchsatz und Energieverbrauch können BCGC, je nach Bedingungen und verglichenem Verfahren, vergleichbare Ergebnisse wie bestehende Verfahren erzielen oder diese sogar deutlich übertreffen, während sie gleichzeitig robust gegenüber veränderten Bedingungen sind, eine geringe Komplexität der Knoten erlauben sowie eine frühzeitige Dekodierung ermöglichen. KW - Zuverlässigkeit KW - Drahtloses Sensorsystem KW - IoT KW - Industrie 4.0 KW - adaptive network coding KW - Broadcast Growth Codes (BCGC) KW - RLNC KW - wireless sensor network KW - multi-source multi-sink problem KW - IEEE Std 802.15.4 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272245 ER -