TY - THES A1 - Amatobi, Kelechi Michael T1 - Circadian clocks determine transport and membrane lipid oscillation in \(Drosophila\) hemolymph in complex interactions between nutrient-type, photic conditions and feeding behaviour T1 - Die innere Uhr bestimmt den Transport und die Membranlipid-Oszillation in der \(Drosophila\) Hämolymphe in komplexen Interaktionen zwischen Nährstofftyp, photischen Bedingungen und Fressverhalten N2 - The interaction between circadian clocks and metabolism is of increasing interest, since clock dysfunction often correlates with metabolic pathologies. Many research articles have been published analysing the impact of factors such as circadian clock, light, feeding time and diet-type on energy homeostasis in various tissues/organs of organisms with most of the findings done in mammals. Little is known about the impact of circadian clock and the above-mentioned factors on circulating lipids, especially the transport form of lipids - diacylglycerol (DG) and membrane lipids such as phosphatidylethanolamine (PE) and phosphatidylcholine (PC) in the Drosophila hemolymph. The fruit fly Drosophila is a prime model organism in circadian, behaviour and metabolism research. To study the role of circadian clock and behaviour in metabolism, we performed an extensive comparative hemolymph lipid (diacylglycerol: DG, phosphatidylethanolamine: PE, phosphatidylcholine: PC) analysis using ultra performance liquid chromatography coupled to time-of-flight mass spectrometry (UPLC-MS) between wild-type flies (WTCS) and clock disrupted mutants (per01). In addition, clock controlled food intake– feeding behaviour was investigated. Time-dependent variation of transport (DG) and membrane lipids (PE and PC) were not rhythmic in WTCS under constant darkness and in per01 under LD, suggesting an impact of light and clock genes on daily lipid oscillations. Day-time and night-time restriction of food led to comparable lipid profiles, suggesting that lipid oscillations are not exclusively entrained by feeding but rather are endogenously regulated. Ultradian oscillations in lipid levels in WTCS under LD were masked by digested fatty acids since lipid levels peaked more robustly at the beginning and end of light phase when flies were fed a lipid- and protein-free diet. These results suggest that metabolite (DG, PE and PC) oscillation is influenced by complex interactions between nutrient-type, photic conditions, circadian clock and feeding time. In conclusion, the results of this thesis suggest that circadian clocks determine transport and membrane lipid oscillation in Drosophila hemolymph in complex interactions between nutrient-type, photic conditions and feeding behaviour. N2 - Die Interaktion zwischen Innerer Uhr und Metabolismus ist von zunehmendem Interesse, weil Störungen der Inneren Uhr oft mit metabolischen Störungen assoziiert sind. Zahlreiche Untersuchungen zum Einfluss verschiedener Faktoren, u.a. der Inneren Uhr, Lichtregime, Zeitpunkt der Nahrungsaufnahme und Art der Diät, auf die Energiehomöostase in verschiedenen Geweben und Organen wurden vor allem in Säugetieren durchgeführt. Der Einfluss der Inneren Uhr und der oben genannten weiteren Faktoren auf zirkulierende Lipide in der Hämolymphe von Drosophila, insbesondere auf die Transportform Diacylglycerol (DG) und Membranlipide (wie z.B. Phosphatidylethanolamin (PE) und Phospathidylcholine (PC)), ist jedoch kaum untersucht. Die Taufliege Drosophila dient dabei als hervorragendes Modell in der circadianen Verhaltens- und Metabolismusforschung. Um die Rolle der Inneren Uhr und circadianen Verhaltens auf den Metabolismus zu untersuchen, haben wir eine extensive und vergleichende Lipidanalyse (DG, PE, PC) in der Hämolymphe von Wildtyp-Fliegen (WTCS) und Uhrmutanten (per01) mittels Ultrahochleistungs-Flüssigkeits-chromatographie gekoppelt mit Flugzeit-Massenspektrometrie (UPLC-MS) durchgeführt. Gleichzeitig wurde auch die circadian gesteuerte Nahrungsaufnahme untersucht. Die zeitabhängigen Schwankungen der Transport-(DG) und Membranlipide (PE, PC) unterlagen keiner tageszeitlichen Rhythmik in konstanter Dunkelheit in Wildtypfliegen, und unter Licht-Dunkelwechsel (LD) in per01 Mutanten. Dies weist auf einen Einfluss der Inneren Uhr und des Lichts auf tägliche Lipidschwankungen hin. Restriktion der Futtergabe auf entweder Tag oder Nacht ergab ähnliche Lipidprofile, was darauf hinweist, daß Schwankungen in den Lipidkonzentrationen nicht ausschliesslich durch die Nahrungsaufnahme, sondern auch endogen geregelt werden. Ultradiane Oszillationen in der Lipidkonzentration in WTCS unter LD-Bedingungen wurden durch mit der Nahrung aufgenommene Fettsäuren maskiert, zeigten sich aber deutlicher zu Beginn und Ende der Lichtphase wenn die Fliegen auf einer Lipid- und Protein-freien Diät gehalten wurden. Diese Ergebnisse weisen darauf hin, daß Oszillationen in Lipiden (DG, PE und PC) in der Hämolymphe durch eine komplexe Interaktion zwischen Diättyp, Lichtregime, Innerer Uhr und Zeitpunkt der Nahrungsaufnahme bestimmt wird. Zusammengenommen zeigen die Resultate dieser Arbeit, dass die Innere Uhr in komplexer Interaktion mit Diättyp, Lichtregime und Freßverhalten das zeitliche Profil von Transport- und Membranlipiden in der Drosophila-Hämolymphe bestimmt. KW - Pharmaceutische Biologie KW - DG diacyglycerol KW - PE Phosphoethanolamine Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-244462 ER - TY - THES A1 - Lesch, Veronika T1 - Self-Aware Optimization of Cyber-Physical Systems in Intelligent Transportation and Logistics Systems T1 - Self-Aware Optimierung von Cyber-Physischen Systemen in Intelligenten Transport- und Logistiksystemen N2 - In today's world, circumstances, processes, and requirements for systems in general-in this thesis a special focus is given to the context of Cyber-Physical Systems (CPS)-are becoming increasingly complex and dynamic. In order to operate properly in such dynamic environments, systems must adapt to dynamic changes, which has led to the research area of Self-Adaptive Systems (SAS). These systems can deal with changes in their environment and the system itself. In our daily lives, we come into contact with many different self-adaptive systems that are designed to support and improve our way of life. In this work we focus on the two domains Intelligent Transportation Systems (ITS) and logistics as both domains provide complex and adaptable use cases to prototypical apply the contributions of this thesis. However, the contributions are not limited to these areas and can be generalized also to other domains such as the general area of CPS and Internet of Things including smart grids or even intelligent computer networks. In ITS, real-time traffic control is an example adaptive system that monitors the environment, analyzes observations, and plans and executes adaptation actions. Another example is platooning, which is the ability of vehicles to drive with close inter-vehicle distances. This technology enables an increase in road throughput and safety, which directly addresses the increased infrastructure needs due to increased traffic on the roads. In logistics, the Vehicle Routing Problem (VRP) deals with the planning of road freight transport tours. To cope with the ever-increasing transport volume due to the rise of just-in-time production and online shopping, efficient and correct route planning for transports is important. Further, warehouses play a central role in any company's supply chain and contribute to the logistical success. The processes of storage assignment and order picking are the two main tasks in mezzanine warehouses highly affected by a dynamic environment. Usually, optimization algorithms are applied to find solutions in reasonable computation time. SASes can help address these dynamics by allowing systems to deal with changing demands and constraints. For the application of SASes in the two areas ITS and logistics, the definition of adaptation planning strategies is the key success factor. A wide range of adaptation planning strategies for different domains can be found in the literature, and the operator must select the most promising strategy for the problem at hand. However, the No-Free-Lunch theorem states that the performance of one strategy is not necessarily transferable to other problems. Accordingly, the algorithm selection problem, first defined in 1976, aims to find the best performing algorithm for the current problem. Since then, this problem has been explored more and more, and the machine learning community, for example, considers it a learning problem. The ideas surrounding the algorithm selection problem have been applied in various use cases, but little research has been done to generalize the approaches. Moreover, especially in the field of SASes, the selection of the most appropriate strategy depends on the current situation of the system. Techniques for identifying the situation of a system can be found in the literature, such as the use of rules or clustering techniques. This knowledge can then be used to improve the algorithm selection, or in the scope of this thesis, to improve the selection of adaptation planning strategies. In addition, knowledge about the current situation and the performance of strategies in similar previously observed situations provides another opportunity for improvements. This ongoing learning and reasoning about the system and its environment is found in the research area Self-Aware Computing (SeAC). In this thesis, we explore common characteristics of adaptation planning strategies in the domain of ITS and logistics presenting a self-aware optimization framework for adaptation planning strategies. We consider platooning coordination strategies from ITS and optimization techniques from logistics as adaptation planning strategies that can be exchanged during operation to better reflect the current situation. Further, we propose to integrate fairness and uncertainty handling mechanisms directly into the adaptation planning strategies. We then examine the complex structure of the logistics use cases VRP and mezzanine warehouses and identify their systems-of-systems structure. We propose a two-stage approach for vertical or nested systems and propose to consider the impact of intertwining horizontal or coexisting systems. More specifically, we summarize the six main contributions of this thesis as follows: First, we analyze specific characteristics of adaptation planning strategies with a particular focus on ITS and logistics. We use platooning and route planning in highly dynamic environments as representatives of ITS and we use the rich Vehicle Routing Problem (rVRP) and mezzanine warehouses as representatives of the logistics domain. Using these case studies, we derive the need for situation-aware optimization of adaptation planning strategies and argue that fairness is an important consideration when applying these strategies in ITS. In logistics, we discuss that these complex systems can be considered as systems-of-systems and this structure affects each subsystem. Hence, we argue that the consideration of these characteristics is a crucial factor for the success of the system. Second, we design a self-aware optimization framework for adaptation planning strategies. The optimization framework is abstracted into a third layer above the application and its adaptation planning system, which allows the concept to be applied to a diverse set of use cases. Further, the Domain Data Model (DDM) used to configure the framework enables the operator to easily apply it by defining the available adaptation planning strategies, parameters to be optimized, and performance measures. The framework consists of four components: (i) Coordination, (ii) Situation Detection, (iii) Strategy Selection, and (iv) Parameter Optimization. While the coordination component receives observations and triggers the other components, the situation detection applies rules or clustering techniques to identify the current situation. The strategy selection uses this knowledge to select the most promising strategy for the current situation, and the parameter optimization applies optimization algorithms to tune the parameters of the strategy. Moreover, we apply the concepts of the SeAC domain and integrate learning and reasoning processes to enable ongoing advancement of the framework. We evaluate our framework using the platooning use case and consider platooning coordination strategies as the adaptation planning strategies to be selected and optimized. Our evaluation shows that the framework is able to select the most appropriate adaptation strategy and learn the situational behavior of the system. Third, we argue that fairness aspects, previously identified as an important characteristic of adaptation planning strategies, are best addressed directly as part of the strategies. Hence, focusing on platooning as an example use case, we propose a set of fairness mechanisms to balance positive and negative effects of platooning among all participants in a platoon. We design six vehicle sequence rotation mechanisms that continuously change the leader position among all participants, as this is the position with the least positive effects. We analyze these strategies on roads of different sizes and with different traffic volumes, and show that these mechanisms should also be chosen wisely. Fourth, we address the uncertainty characteristic of adaptation planning strategies and propose a methodology to account for uncertainty and also address it directly as part of the adaptation planning strategies. We address the use case of fueling planning along a route associated with highly dynamic fuel prices and develop six utility functions that account for different aspects of route planning. Further, we incorporate uncertainty measures for dynamic fuel prices by adding penalties for longer travel times or greater distance to the next gas station. Through this approach, we are able to reduce the uncertainty at planning time and obtain a more robust route planning. Fifth, we analyze optimization of nested systems-of-systems for the use case rVRP. Before proposing an approach to deal with the complex structure of the problem, we analyze important constraints and objectives that need to be considered when formulating a real-world rVRP. Then, we propose a two-stage workflow to optimize both systems individually, flexibly, and interchangeably. We apply Genetic Algorithms and Ant Colony Optimization (ACO) to both nested systems and compare the performance of our workflow with state-of-the-art optimization algorithms for this use case. In our evaluation, we show that the proposed two-stage workflow is able to handle the complex structure of the problem and consider all real-world constraints and objectives. Finally, we study coexisting systems-of-systems by optimizing typical processes in mezzanine warehouses. We first define which ergonomic and economic constraints and objectives must be considered when addressing a real-world problem. Then, we analyze the interrelatedness of the storage assignment and order picking problems; we identify opportunities to design optimization approaches that optimize all objectives and aim for a good overall system performance, taking into account the interdependence of both systems. We use the NSGA-II for storage assignment and Ant Colony Optimization (ACO) for order picking and adapt them to the specific requirements of horizontal systems-of-systems. In our evaluation, we compare our approaches to state-of-the-art approaches in mezzanine warehouses and show that our proposed approaches increase the system performance. Our proposed approaches provide important contributions to both academic research and practical applications. To the best of our knowledge, we are the first to design a self-aware optimization framework for adaptation planning strategies that integrates situation-awareness, algorithm selection, parameter tuning, as well as learning and reasoning. Our evaluation of platooning coordination shows promising results for the application of the framework. Moreover, our proposed strategies to compensate for negative effects of platooning represent an important milestone, which could lead to higher acceptance of this technology in society and support its future adoption in the real world. The proposed methodology and utility functions that address uncertainty are an important step to improving the capabilities of SAS in an increasingly turbulent environment. Similarly, our contributions to systems-of-systems optimization are major contributions to the state of logistics and systems-of-systems research. Finally, we select real-world use cases for the application of our approaches and cooperate with industrial partners, which highlights the practical relevance of our contributions. The reduction of manual effort and required expert knowledge in our self-aware optimization framework is a milestone in bridging the gap between academia and practice. One of our partners integrated the two-stage approach to tackling the rVRP into its software system, improving both time to solution and solution quality. In conclusion, the contributions of this thesis have spawned several research projects such as a long-term industrial project on optimizing tours and routes in parcel delivery funded by Bayerisches Verbundforschungsprogramm (BayVFP) – Digitalisierung and further collaborations, opening up many promising avenues for future research. N2 - In der heutigen Welt werden die Umstände, Prozesse und Anforderungen an Systeme im allgemeinen-in dieser Arbeit wird der Fokus besonders auf cyber-physische Systeme (engl. Cyber-Physical Systems (CPS)) gelegt-immer komplexer. Um in solch dynamischen Umgebungen ordnungsgemäß zu funktionieren, müssen sich diese Systeme an Veränderungen anpassen. Diese Herausforderungen führten zu der Entstehung des Forschungsbereichs selbst-adaptiver Systeme (engl. Self-Adaptive Systems (SAS)). Diese Systeme können mit Veränderungen in ihrer Umgebung, als auch in sich selbst umgehen und sich an geänderte Gegebenheiten anpassen. In unserem alltäglichen Leben kommen wir daher zunehmend mit SAS in Berührung, welche unsere Lebensqualität unterstützen und verbessern sollen. In dieser Arbeit konzentrieren wir uns auf die beiden Bereiche Intelligenter Transportsysteme (engl. Intelligent Transportation Systems (ITS)) und Logistik, da beide Bereiche komplexe und anpassbare Anwendungsfälle bieten, um die Beiträge dieser Arbeit prototypisch anzuwenden. Die vorgestellten Beiträge sind jedoch nicht auf diese Bereiche beschränkt und können auch auf andere Bereiche wie den allgemeinen Bereich von cyber-physischen Systemen und dem Internet der Dinge einschließlich intelligenter Stromnetze oder intelligenter Computernetze verallgemeinert werden. Als ein Beispiel für adaptive Systeme in der realen Welt kann die Echtzeit-Verkehrssteuerung genannt werden. Diese Systeme überwachen die Umgebung, analysieren Beobachtungen und planen Anpassungsmaßnahmen um den Verkehrsfluss zu regulieren. Ein weiteres Beispiel ist das sogenannte Platooning, welches die Fähigkeit beschreibt, in Gruppen mit geringen Abständen zwischen den beteiligten Fahrzeugen zu fahren. Das stetig wachsende Verkehrsvolumen auf den Straßen führt automatisch zu einem erhöhten Infrastrukturbedarf, den Behörden derzeit durch Neubau und Erweiterung der existierenden Infrastruktur begegnen. Platooning ist eine vielversprechende Technologie, die durch die Reduzierung der Mindestabstände von Fahrzeugen und Kommunikation zwischen diesen, automatisch zu einer Erhöhung des Verkehrsdurchsatzes sowie der Sicherheit auf der verwendeten Infrastruktur führt. Auch im Bereich der Logistik finden sich diverse Beispiele für SAS, wie zum Beispiel die Tourenplanung (engl. Vehicle Routing Problem (VRP)) welches sich mit der Planung von Touren für den Straßengütervekehr befasst. Zur Bewältigung des ständig steigenden Transportaufkommens aufgrund zunehmender Just-in-Time-Produktion und erhöhter Nachfrage durch Online-Shopping ist eine effiziente und korrekte Routenplanung für Warentransporte besonders wichtig. Üblicherweise werden Optimierungsalgorithmen angewandt, um sinnvolle Lösungen in angemessener Rechenzeit zu finden. Durch die Anwendung von Konzepten der SAS kann die Dynamik des Problems berücksichtigt werden, indem es den Umgang mit sich ändernden Anforderungen, Einschränkungen und spontan eingehenden Aufträgen ermöglicht. Darüber hinaus spielen Lagerhäuser eine zentrale Rolle in der Lieferkette von Unternehmen und tragen maßgeblich zum logistischen Erfolg bei. Fachbodenregallager (engl. mezzanine warehouses) sind laut Expertenschätzung die am häufigsten verwendeten Lager wenn Mitarbeiter die eingelagerten Güter manuell ein- und auslagern (engl. picker-to-part). Die Prozesse der Lagerzuweisung und der Kommissionierung sind die beiden Hauptaufgaben in Fachbodenregallagern, welche ebenfalls häufig mit Optimierungsalgorithmen gelöst werden. Beide Prozesse müssen in einer dynamischen Umgebung ablaufen, für die SAS einen vielversprechenden Lösungsansatz darstellt. Für die Anwendung von SAS in diesen beiden Bereichen ist die Definition von Anpassungsplanungsstrategien (engl. adaptation planning strategies) der Schlüsselfaktor für den Erfolg des Gesamtsystems. In der Literatur finden sich zahlreiche Anpassungsplanungsstrategien für verschiedene Anwendungsbereiche, was dazu führt, dass der Anwender die vielversprechendste Strategie für das jeweilige Problem auswählen muss. Das No-Free-Lunch-Theorem besagt jedoch, dass die Leistung einer Strategie nicht direkt auf andere Probleme übertragbar ist. Dementsprechend zielt das 1976 erstmals definierte Problem der Algorithmenauswahl darauf ab, den leistungsfähigsten Algorithmus für das aktuelle Problem zu finden. Seitdem wurde diese Problemstellung immer weiter erforscht, und wird beispielsweise von der Forschungsgemeinschaft, welche sich mit maschinellem Lernen beschäftigt, als Lernproblem angesehen. In der Literatur lassen sich vielfältige Ideen finden, welche auf die Algorithmentauswahl in verschiedenen Anwendungsfällen abzielen. Jedoch wurde bisher nur wenig Forschung betrieben, um diese Ansätze zu verallgemeinern und auf andere Anwendungsfälle zu übertragen. Darüber hinaus hängt besonders im Bereich der SAS die Auswahl der am besten geeigneten Strategie von der aktuellen Situation des Systems ab. In der Literatur finden sich Techniken zur Identifizierung der Situation eines Systems, z. B. durch Anwendung von Regeln oder Clustering-Techniken. Dieses Wissen kann dann verwendet werden, um die Auswahl der Algorithmen, oder im Rahmen dieser Arbeit, die Auswahl der Anpassungsplanungsstrategien zu verfeinern. Darüber hinaus bietet die Kenntnis über die aktuelle Situation und die Leistung von Anpassungsplanungsstrategien in ähnlichen, zuvor beobachteten Situationen eine weitere Möglichkeit für Verbesserungen. Dieses Lernen und Nachdenken (engl. reasoning) über das System und seine Umgebung ist Kernbestandteil des Forschungsbereichs der sich selbst bewusster Computer Systeme (engl. Self-Aware Computing (SeAC)). In dieser Arbeit untersuchen wir gemeinsame Merkmale von Anpassungsplanungsstrategien in den Anwendungsbereichen ITS sowie Logistik und stellen ein sich seiner selbst bewusstes (engl. self-aware) Rahmenkonzept zur Optimierung dieser Strategien vor. Wir betrachten Platooning-Koordinations-strategien aus dem Bereich ITS und Optimierungstechniken aus der Logistik als Anpassungsplanungsstrategien, die unter Berücksichtigung der aktuellen Situation ausgetauscht und optimiert werden können. Darüber hinaus schlagen wir vor, die Aspekte Fairness und Unsicherheit direkt in solche Strategien zu integrieren. Anschließend untersuchen wir die komplexe Struktur der logistischen Anwendungsfälle VRP und Fachbodenregallager und identifizieren ihre Struktur bestehend aus Systemen von Systemen (engl. System-of-Systems). Wir entwerfen einen zweistufigen Ansatz für vertikale oder verschachtelte Systeme und schlagen vor, die Auswirkungen der Verflechtung horizontaler oder koexistierender Systeme zu berücksichtigen. Im Einzelnen fassen wir die sechs Hauptbeiträge dieser Arbeit wie folgt zusammen: Zu Beginn analysieren wir die spezifischen Merkmale von Anpassungsplanungsstrategien mit besonderem Augenmerk auf ITS und Logistik. Wir verwenden Platooning und Routenplanung in hochdynamischen Umgebungen als Repräsentanten für ITS und rich VRP (rVRP) sowie Fachbodenregallager als Vertreter der Logistikdomäne. Anhand dieser Fallstudien leiten wir die Notwendigkeit einer situationsgerechten Optimierung von Anpassungsplanungsstrategien ab und argumentieren, dass Fairness ein wichtiger Aspekt bei der Anwendung dieser Strategien in ITS ist. Im Bereich der Logistik erörtern wir, dass diese komplexen Systeme als System von Systemen betrachtet werden können und dass diese Struktur die Leistung der einzelnen Teilsysteme beeinflusst. Daher argumentieren wir, dass die Berücksichtigung dieser Merkmale ein entscheidender Faktor für den Erfolg des Gesamtsystems ist. Zweitens entwerfen wir ein sich seiner selbst bewusstes Rahmenwerk zur Optimierung von Anpassungsplanungsstrategien. Wir abstrahieren den Rahmen für die Optimierung der Strategien auf eine dritte Ebene oberhalb des Anwendungsfalls und seinem Anpassungsplanungssystems, was die Übertragung der Konzepte auf eine Vielzahl von Anwendungsfällen ermöglicht. Darüber hinaus schlagen wir ein Domänendatenmodell (engl. Domain Data Model) für die Konfiguration des Rahmenwerks vor, so dass der Anwender durch die Definition von verfügbaren Anpassungsplanungsstrategien, der zu optimierenden Parameter und der Leistungsmaße das Rahmenwerk individuell anwenden kann. Der Rahmen besteht aus vier Komponenten: (i) Koordination, (ii) Situationserkennung, (iii) Strategieauswahl, und (iv) Parameteroptimierung. Während die Koordinationskomponente Beobachtungen empfängt und die anderen Komponenten aufruft, wendet die Situationserkennung Regeln oder Clustering-Techniken an, um die aktuelle Situation zu identifizieren. Die Strategieauswahl nutzt dieses Wissen, um die vielversprechendste Strategie für die aktuelle Situation auszuwählen, und die Parameteroptimierung wiederum wendet Optimierungsalgorithmen an, um die Parameter der Strategie einzustellen. Darüber hinaus wenden wir die Konzepte aus dem Bereich des SeAC an und integrieren Schlussfolgerungs- und Lernprozesse, um eine kontinuierliche Weiterentwicklung des Rahmenwerks zu ermöglichen. Wir evaluieren unser Rahmenwerk anhand des Anwendungsfalls Platooning und wählen dynamisch Platooning-Koordinationsstrategien aus und optimieren deren Parameterbelegung. Unsere Evaluation zeigt, dass das Rahmenwerk in der Lage ist, die am besten geeignete Anpassungsstrategie auszuwählen und das situative Verhalten des Systems zu erlernen. Drittens argumentieren wir, dass der Aspekt Fairness am besten direkt in den Strategien berücksichtigt werden sollte. Daher schlagen wir eine Reihe von Fairness-Mechanismen vor, um positive und negative Auswirkungen des Platooning zwischen allen Teilnehmern eines Platoons auszugleichen. Wir entwerfen sechs Mechanismen zur Rotation der Fahrzeugreihenfolge im Platoon, die die Führungsposition unter allen Teilnehmern kontinuierlich wechseln, da dies die Position mit den geringsten positiven Auswirkungen ist. Wir analysieren diese Strategien auf Straßen unterschiedlicher Größe sowie mit unterschiedlichem Verkehrsaufkommen und zeigen, dass auch diese Mechanismen mit Bedacht gewählt werden sollten. Viertens befassen wir uns mit Unsicherheit und schlagen eine Methodik vor, um Unsicherheit zu berücksichtigen und sie auch direkt in den Anpassungsplanungsstrategien zu behandeln. Wir befassen uns mit der optimierten Auswahl von Tankstellen entlang einer Route, die mit hochdynamischen Treibstoffpreisen einhergeht, und entwickeln sechs Nutzenfunktionen, welche verschiedene Aspekte der Routenplanung berücksichtigen. Darüber hinaus integrieren wir Unsicherheitsmaße für dynamische Kraftstoffpreise, indem wir Strafen für längere Fahrtzeiten oder eine größere Entfernung zur nächsten Tankstelle hinzufügen. Durch diesen Ansatz sind wir in der Lage, die Unsicherheit zum Planungszeitpunkt zu reduzieren und erhalten so eine robustere Routenplanung. Fünftens erforschen wir die Optimierung von verschachtelten System von Systemen für den Anwendungsfall rVRP. Bevor wir einen Ansatz zur Bewältigung der komplexen Struktur des Problems vorschlagen, analysieren wir wichtige Einschränkungen und Ziele, die bei der Erstellung eines realen rVRP berücksichtigt werden sollten. Dann schlagen wir einen zweistufigen Arbeitsablauf (engl. Workflow) vor, mit dem beide Systeme individuell, flexibel und austauschbar optimiert werden können. Wir wenden einen genetischen Algorithmus (engl. Genetic Algorithm (GA)) und einen Ameisenalgorithmus (engl. Ant Colony Optimization (ACO)) auf beide Systeme an und vergleichen die Leistung unseres Arbeitsablaufs mit weit verbreiteten Optimierungsalgorithmen für diesen Anwendungsfall. In unserer Bewertung zeigen wir, dass der vorgeschlagene zweistufige Arbeitsablauf in der Lage ist, die komplexe Struktur der Problemstellung zu bewältigen und alle realitätsnahen Einschränkungen und Ziele zu berücksichtigen. Schließlich untersuchen wir koexistierende Systeme von Systemen, indem wir typische Prozesse in Fachbodenregallager optimieren. Zunächst definieren wir, welche ergonomischen und wirtschaftlichen Randbedingungen sowie Ziele bei der Erstellung eines realen Problems berücksichtigt werden müssen. Dann analysieren wir die Wechselbeziehung zwischen Lagerzuordnungs- und Kommissionierproblemen und zeigen Möglichkeiten auf, Optimierungsansätze zu entwerfen, die alle Ziele optimieren sowie eine gute Gesamtsystemleistung anstreben, während gleichzeitig die gegenseitige Abhängigkeit beider Systeme berücksichtigt wird. Wir verwenden NSGA-II für die Lagerbelegung und ACO für die Kommissionierung und passen beide an die spezifischen Anforderungen horizontaler Systeme von Systemen an. In unserer Evaluierung vergleichen wir unsere Ansätze mit State-of-the-Art-Ansätzen in Fachbodenregallagern und zeigen, dass die von uns vorgeschlagenen Ansätze die Systemleistung erhöhen. Die von uns vorgeschlagenen Ansätze liefern sowohl für die akademische Forschung, als auch für praktische Anwendungen wichtige Beiträge. Wir sind, unseres Wissens nach, die Ersten, die ein sich seiner Selbst bewusstes Rahmenwerk zur Optimierung von Anpassungsplanungsstrategien entwerfen, das Situationsbewusstsein, Algorithmenauswahl, Parameteroptimierung sowie Lernen und Schlussfolgern integriert. Unsere Evaluierung der Platooning-Koordination zeigt vielversprechende Ergebnisse für die Anwendung des Rahmenwerks, da es in der Lage ist, die am besten geeignete Anpassungsplanungsstrategie auszuwählen und situatives Verhalten zu erlernen. Darüber hinaus stellen die von uns vorgeschlagenen Strategien zur Kompensation negativer Auswirkungen des Platooning einen wichtigen Meilenstein für die weitere Forschung im Bereich der Platooning-Koordination dar, was zu einer höheren Akzeptanz in der Gesellschaft und einer wahrscheinlicheren Übernahme der Technologie in der realen Welt führen könnte. Die vorgeschlagene Methodik und die Nutzenfunktionen, die sich mit Unsicherheit befassen, sind ein wichtiger Schritt zur Verbesserung der Fähigkeiten von SAS in einer zunehmend turbulenten Umgebung. In ähnlicher Weise sind unsere Beiträge zur Optimierung von Systemen bestehend aus weiteren Systemen wichtige Beiträge zum Stand der Logistik- und System-of-System-Forschung. Schlussendlich haben wir für die Anwendung unserer Ansätze reale Anwendungsfälle ausgewählt und mit Industriepartnern zusammengearbeitet, was die praktische Relevanz unserer Beiträge unterstreicht. Die Reduzierung des manuellen Aufwands und des erforderlichen Expertenwissens in unserem selbstlernenden Rahmenwerk ist ein Meilenstein in der Überbrückung der Kluft zwischen Wissenschaft und Praxis. Einer unserer Partner hat den zweistufigen Ansatz zur Bewältigung des rVRP bereits in sein Softwaresystem integriert, was sowohl die Zeit zur Lösungsfindung als auch die Lösungsqualität verbessert. Zusammenfassend führten die Beiträge dieser Arbeit zu weiteren Forschungsprojekten, zum Beispiel einem Industrie-Projekt zur Optimierung von Paketzustellungen gefördert vom Bayerischer Verbundforschungsprogramm (BayVFP) - Digitalisierung, sowie weiteren Kooperationen, die vielversprechende Perspektiven für die künftige Forschung eröffnen. KW - Mehrkriterielle Optimierung KW - Cyber-physisches System KW - Transportsystem KW - Logistik KW - Platooning KW - Self-Aware Computing KW - Vehicle Routing Problem KW - Intelligent Transportation Systems Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-272285 ER - TY - THES A1 - Panzer, Sabine T1 - Spotlight on Fungal Rhodopsins: A Microscopic and Electrophysiological Study T1 - Pilzliche Rhodopsine im Rampenlicht: eine Mikroskopische und Elektrophysiologische Studie N2 - Microbial rhodopsins are abundant membrane proteins often capable of ion transport and are found in all three domains of life. Thus, many fungi, especially phyto-associated or phyto-pathogenic ones, contain these green-light-sensing photoreceptors. Proteins that perceive other wavelengths are often well characterized in terms of their impact on fungal biology whereas little is known about the function of fungal rhodopsins. In this work, five fungal rhodopsins, UmOps1 and UmOps2 from the corn smut Ustilago maydis as well as ApOps1, ApOps2 and ApOps3 from the black yeast Aureobasidium pullulans, were characterized electrophysiologically using mammalian expression systems and the patch-clamp technique to explore their ion transport properties. The latter three were modified using a membrane trafficking cassette, termed “2.0” that consists of the lucy rho motif, two Kir2.1 Golgi apparatus trafficking signals and a Kir2.1 endoplasmic reticulum export signal, what resulted in better plasma membrane localization. Rhodopsin mutants were created to identify amino acid residues that are key players in the ion transport process. Current enhancement in the presence of weak organic acids, that was already described before for the fungal rhodopsin CarO from Fusarium fujikuroi (García-Martínez et al., 2015; Adam et al., 2018), was investigated for the U. maydis rhodopsins as well as for ApOps2 by supplementing acetate in the patch-clamp electrolyte solutions. All five rhodopsins were found to be proton pumps unidirectionally transporting protons out of the cytosol upon green-light exposure with every rhodopsin exhibiting special features or unique characteristics in terms of the photocurrents. To name just a few, UmOps1, for example, showed a striking pH-dependency with massive enhancement of pump currents in the presence of extracellular acidic pH. Moreover, especially ApOps2 and ApOps3 showed very high current densities, however, the ones of ApOps3 were impaired when exchanging intracellular sodium to cesium. Concerning the mutations, it was found, that the electron releasing group in UmOps1 seems to be involved in the striking pH effect and that the mutation of the proton donor site resulted in almost unfunctional proteins. Moreover, a conserved arginine inside ApOps2 was mutated to turn the proton pump into a channel. Regarding the effect of weak organic acids, acetate was able to induce enhanced pump currents in UmOps1 and ApOps2, but not in UmOps2. Due to the capability of current production upon light illumination, microbial rhodopsins are used in the research field of optogenetics that aims to control neuronal activity by light. ApOps2 was used to test its functionality in differentiated NG108-15 cells addressing the question whether it is a promising candidate that can be used as an optogenetic tool. Indeed, this rhodopsin could be functionally expressed in this experimental system. Furthermore, microscopic studies were done to elucidate the localization of selected rhodopsins in fungal cells. Therefore, conventional (confocal laser scanning or structured illumination microscopy) as well as novel super-resolution techniques (expansion or correlated light and electron microscopy) were used. This was done on U. maydis sporidia, the yeast-like form of this fungus, via eGFP-tagged UmOps1 or UmOps2 expressing strains. Moreover, CarO-eYFP expressing F. fujikuroi was imaged microscopically to confirm the plasma membrane and tonoplast localization (García-Martínez et al., 2015) with the help of counterstaining experiments. UmOps1 was found to reside in the plasma membrane, UmOps2 localized to the tonoplast and CarO was indeed found in both of these localizations. This work gains further insight into rhodopsin functions and paves the way for further research in terms of the biological role of rhodopsins in fungal life cycles. N2 - Mikrobielle Rhodopsine sind häufig vorkommende Membranproteine, welche oft fähig sind, Ionen zu transportieren. Sie kommen in allen drei Domänen vor. So weisen auch Pilze – vor allem pflanzenassoziierte oder pflanzenpathogene – diese Grünlichtrezeptoren auf. Proteine, die andere Wellenlängen empfangen können, sind bereits häufig gut in Bezug auf ihren Einfluss auf die Pilzbiologie untersucht, wohingegen nur wenig über die Funktion der pilzlichen Rhodopsine bekannt ist. Hier wurden fünf Rhodopsine, UmOps1 und UmOps2 des Maisbeulenbrandes Ustilago maydis, sowie ApOps1, ApOps2 und ApOps3 des schwarzen Hefepilzes Aureobasidium pullulans bezüglich ihrer Ionentransport-Eigenschaften mit Hilfe von Säugerzelllinien und der Patch-Clamp Technik untersucht. Die drei letzteren wurden mit der „2.0“-Modifikation ausgestattet, bestehend aus dem lucy rho Motif, zwei Kir2.1 Golgiapparat Transfer- und einem Kir2.1 Endoplasmatischen Retikulum-Export-Signal, was zu einer besseren Plasmamembran-Lokalisierung der Proteine führte. Es wurden weiterhin Rhodopsin-Mutanten hergestellt um Aminosäuren zu identifizieren, welche im Ionentransport Schlüsselfunktionen einnehmen. Des Weiteren wurde der Effekt von schwachen organischen Säuren auf den Ionentransport der U. maydis Rhodopsine und auf ApOps2 mittels Supplementation der Patch-Clamp-Elektrolyten mit Acetat untersucht. Dieser Effekt wurde bereits früher für CarO aus Fusarium fujikuroi nachgewiesen (García-Martínez et al., 2015; Adam et al., 2018) und bezeichnet eine Erhöhung der lichtinduzierten Ströme durch die extrazelluläre Anwesenheit schwacher organischer Säuren. Alle fünf untersuchten Rhodopsine wurden als Grünlicht getriebene Pump-Rhodopsine identifiziert, welche Protonen unidirektional aus dem Zytosol transportieren. Hierbei zeigten die lichtinduzierten Ströme jedes Rhodopsins spezielle Eigenschaften und Merkmale. Unter anderem zeigte UmOps1 eine unerwartete pH-Abhängigkeit indem die Pumpströme bei extrazellulärem sauren pH massiv erhöht wurden. Des Weiteren zeigten sowohl ApOps2 als auch ApOps3 sehr hohe Stromdichten, wobei jedoch die von ApOps3 rapide abnahm, sobald intrazelluläres Natrium durch Caesium ersetzt wurde. Bezüglich der Rhodopsin- Mutanten konnte gezeigt werden, dass die Proton-Releasing-Group von UmOps1 wahrscheinlich in die erstaunliche pH-Abhängigkeit involviert ist und dass die Mutation des Proton-Donors zu meist nicht funktionalen Proteinen führt. Ein konserviertes Arginin in ApOps2 wurde mutiert um das Pump-Rhodopsin in einen Kanal umzuwandeln. Der Schwache-Organische-Säure-Effekt konnte für UmOps1 und ApOps2, nicht aber für UmOps2 nachgewiesen werden. Wegen ihrer Ionentransport-Eigenschaften werden mikrobielle Rhodopsine in der Optogenetik eingesetzt um neuronale Zellen mittels Lichts zu steuern. Hier wurde ApOps2 benutzt um dessen Funktionalität in ausdifferenzierten NG108-15 Zellen zu testen und ob dieses Rhodopsin ein vielversprechender Kandidat für optogenetische Anwendungen wäre. In der Tat gelang es, ApOps2 funktional in diesem Testsystem zu exprimieren. Des Weiteren wurde die Lokalisation von UmOps1 und UmOps2 in Sporidien (hefeähnliche Form von U. maydis) mittels eGFP-Label untersucht, sowie die Plasmamembran- und Tonoplast-Lokalisierung von CarO-eYFP in F. fujikuroi (García- Martínez et al., 2015) mittels Gegenfärbungen bestätigt. Hierfür wurden konventionelle (konfokale Laserraster-, sowie strukturierte Beleuchtungsmikroskopie) und auch neuartige hochaufgelöste Mikroskopie-Methoden (Expansions- und korrelative Licht- und Elektronenmikroskopie) verwendet. Es konnten hier weitere Einblicke in die Funktionen pilzlicher Rhodopsine gewonnen werden, welche den Weg für weitere Forschung in Bezug auf den Einfluss dieser Proteine auf das Leben der Pilze ebnen. KW - Opsin KW - Microscopy KW - Patch-clamp KW - Ustilago maydis KW - Aureobasidium pullulans KW - Expansion Microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-271859 ER - TY - THES A1 - Hahn, Lukas T1 - Novel Thermoresponsive Hydrogels Based on Poly(2-oxazoline)s and Poly(2-oxazine)s and their Application in Biofabrication T1 - Neuartige Thermoresponsive Hydrogele Basierend auf Poly(2-oxazoline) und Poly(2-oxazine) und die Anwendung in der Biofabrikation N2 - In this work, the influence of aromatic structures on drug encapsulation, self-assembly and hydrogel formation was investigated. The physically crosslinked gelling systems were characterized and optimized for the use in biofabrication and applied in initial (bio)printing experiments. Chapter I: The cytocompatible (first in vitro and in vivo studies) amphiphile PMeOx-b-PBzOx-b- PMeOx (A-PBzOx-A) was used for the solubilization of PTX, schizandrin A (SchA), curcumin (CUR), niraparib and HS-173. Chapter II: Compared to the polymers A-PPheOx-A, A-PBzOx-A and A-PBzOzi-A, only the polymer A-PPheOzi-A showed a reversible temperature- and concentration-dependent inverse thermogelation, which is accompanied by a morphology change from long wormlike micelles in the gel to small spherical micelles in solution. The worm formation results from novel interactions between the hydrophilic and hydrophobic aromatic polymer blocks. Changes in the hydrophilic block significantly alter the gel system. Rheological properties can be optimized by concentration and temperature, which is why the hydrogel was used to significantly improve the printability and stability of Alg in a blend system. Chapter III: By extending the side chain of the aromatic hydrophobic block, the inverse thermogelling polymer A-poly(2-phenethyl-2-oxazoline)-A (A-PPhenEtOx-A) is obtained. Rapid gelation upon cooling is achieved by inter-correlating spherical micelles. Based on ideal rheological properties, first cytocompatible bioprinting experiments were performed in combination with Alg. The polymers A- poly(2-benzhydryl-2-oxazoline)-A (A-PBhOx-A) and A-poly(2-benzhydryl-2-oxazine) (A-PBhOzi-A) are characterized by two aromatic benzyl units per hydrophobic repeating unit. Only the polymer A- PBhOzi-A exhibited inverse thermogelling behavior. Merging micelles could be observed by electron microscopy. The system was rheologically characterized and discussed with respect to an application in 3D printing. Chapter IV: The thermogelling POx/POzi system, in particular the block copolymer PMeOx-b- PnPrOzi, was used in different applications in the field of biofabrication. The introduction of maleimide and furan units along the hydrophilic polymer part ensured additional stabilization by Diels-Alder crosslinking after the printing process. N2 - In dieser Arbeit wurde der Einfluss von aromatischen Strukturen auf die Wirkstoffeinkapselung, der Selbstassemblierung und die Hydrogelbildung untersucht. Die physikalisch vernetzten Gele wurden für den Einsatz in der Biofabrikation charakterisiert und optimiert und fanden ersten (Bio)druckversuchen Anwendung. Kapitel I: Das zytokompatible (erste in vitro und in vivo Studien) Amphiphil PMeOx-b-PBzOx-b- PMeOx (A-PBzOx-A) eignet sich hervorragend für die Solubilisierung von PTX, Schizandrin A (SchA), Curcumin (CUR), Niraparib und HS-173. Kapitel II: Ausschließlich das Polymer A-PPheOzi-A zeigt im Vergleich zu den Polymeren A-PPheOx- A, A-PBzOx-A und A-PBzOzi-A eine reversible temperatur- und konzentrationsabhängige inverse Thermogelierung, welche durch eine Morphologie-Änderung von langen wurmartigen Mizellen im Gel zu kleinen sphärischen Mizellen in Lösung begleitet wird. Die Wurmbildung entsteht durch neuartige Wechselwirkungen zwischen den hydrophilen Polymerblöcken und den hydrophoben aromatischen Polymerblöcken. Veränderungen der hydrophilen Blöcke verändert signifikant das Gelsystem. Die rheologischen Eigenschaften können durch Konzentration und Temperatur optimiert werden, weshalb in einem Blendsystem die Druckbarkeit und Stabilität von Alginat signifikant verbessert wurde. Kapitel III: Durch Verlängerung der Seitenkette des aromatischen hydrophoben Blocks erhält man das inverse thermogelierende Polymer A-Poly(2-phenethyl-2-oxazolin)-A (A-PPhenEtOx-A). Die schnelle Gelierung bei Abkühlung wird durch miteinander korrelierende sphärische Mizellen erzielt. Auf Grundlage idealer rheologischer Eigenschaften, konnten erste zytokompatible Biodruckversuche in Kombination mit Alginat durchgeführt werden. Die Polymere A-Poly(2-benzhydryl-2-oxazolin)-A (A- PBhOx-A) und A-Poly(2-benzhydryl-2-oxazine) (A-PBhOzi-A) sind durch zwei aromatische Benzyl- Einheiten pro hydrophober Wiederholungseinheit charakterisiert. Nur das Polymer A-PBhOzi-A zeigt inverses thermogelierendes Verhalten. Durch Elektronenmikroskopie konnten verschmelzende Mizellen beobachtet werden. Das System wurde hinsichtlich einer Anwendung im Bereich des 3D- Drucks rheologisch charakterisiert und diskutiert. Kapitel IV: Das thermogelliernde POx/POzi System, insbesondere das Blockcopolymer PMeOx-b- PnPrOzi, wurde in weiterführenden Studien im Bereich der Biofabrikation genutzt. Durch die Einführung von Maleimide- und Furan-Einheiten entlang des hydrophilen Polymerteil konnte eine zusätzliche Stabilisierung durch Diels-Alder-Vernetzung nach dem Druckprozess realisiert werden. KW - Polymer Science KW - Poly(2-oxazoline)s KW - Bioinks KW - Hydrogels Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-271299 ER - TY - THES A1 - Prieto García, Cristian T1 - USP28 regulates Squamous cell oncogenesis and DNA repair via ΔNp63 deubiquitination T1 - USP28 reguliert Plattenepithelzell-Onkogenese und DNA-Reparatur über ΔNp63-Deubiquitinierung N2 - ∆Np63 is a master regulator of squamous cell identity and regulates several signaling pathways that crucially contribute to the development of squamous cell carcinoma (SCC) tumors. Its contribution to coordinating the expression of genes involved in oncogenesis, epithelial identity, DNA repair, and genome stability has been extensively studied and characterized. For SCC, the expression of ∆Np63 is an essential requirement to maintain the malignant phenotype. Additionally, ∆Np63 functionally contributes to the development of cancer resistance toward therapies inducing DNA damage. SCC patients are currently treated with the same conventional Cisplatin therapy as they would have been treated 30 years ago. In contrast to patients with other tumor entities, the survival of SCC patients is limited, and the efficacy of the current therapies is rather low. Considering the rising incidences of these tumor entities, the development of novel SCC therapies is urgently required. Targeting ∆Np63, the transcription factor, is a potential alternative to improve the therapeutic response and clinical outcomes of SCC patients. However, ∆Np63 is considered “undruggable.” As is commonly observed in transcription factors, ∆Np63 does not provide any suitable domains for the binding of small molecule inhibitors. ∆Np63 regulates a plethora of different pathways and cellular processes, making it difficult to counteract its function by targeting downstream effectors. As ∆Np63 is strongly regulated by the ubiquitin–proteasome system (UPS), the development of deubiquitinating enzyme inhibitors has emerged as a promising therapeutic strategy to target ∆Np63 in SCC treatment. This work involved identifying the first deubiquitinating enzyme that regulates ∆Np63 protein stability. Stateof-the-art SCC models were used to prove that USP28 deubiquitinates ∆Np63, regulates its protein stability, and affects squamous transcriptional profiles in vivo and ex vivo. Accordingly, SCC depends on USP28 to maintain essential levels of ∆Np63 protein abundance in tumor formation and maintenance. For the first time, ∆Np63, the transcription factor, was targeted in vivo using a small molecule inhibitor targeting the activity of USP28. The pharmacological inhibition of USP28 was sufficient to hinder the growth of SCC tumors in preclinical mouse models. Finally, this work demonstrated that the combination of Cisplatin with USP28 inhibitors as a novel therapeutic alternative could expand the limited available portfolio of SCC therapeutics. Collectively, the data presented within this dissertation demonstrates that the inhibition of USP28 in SCC decreases ∆Np63 protein abundance, thus downregulating the Fanconi anemia (FA) pathway and recombinational DNA repair. Accordingly, USP28 inhibition reduces the DNA damage response, thereby sensitizing SCC tumors to DNA damage therapies, such as Cisplatin. N2 - ∆Np63 ist ein Hauptregulator der Plattenepithelzellidentität und reguliert mehrere Signalwege, die entscheidend zur Entstehung von Plattenepithelkarzinomen (SCC) beitragen. Sein Beitrag zur Koordination der Expression von Genen, die an der Onkogenese, der epithelialen Identität, der DNA-Reparatur und der Genomstabilität beteiligt sind, wurde umfassend untersucht und charakterisiert. Für SCC ist die Expression von ∆Np63 eine wesentliche Voraussetzung, um den malignen Phänotyp zu erhalten. Darüber hinaus trägt ∆Np63 funktionell zur Entwicklung einer Krebsresistenz gegenüber Therapien bei, die DNA-Schäden induzieren. SCC-Patienten werden derzeit mit der gleichen konventionellen Cisplatin-Therapie behandelt, wie sie vor 30 Jahren behandelt worden wären. Im Gegensatz zu Patienten mit anderen Tumorentitäten ist das Überleben von SCC-Patienten begrenzt und die Wirksamkeit der aktuellen Therapien eher gering. Angesichts der steigenden Inzidenz dieser Tumorentitäten ist die Entwicklung neuer Therapien für das Plattenepithelkarzinom dringend erforderlich. Das Targeting von ∆Np63, dem Transkriptionsfaktor, ist eine potenzielle Alternative zur Verbesserung des therapeutischen Ansprechens und der klinischen Ergebnisse von SCC-Patienten. ∆Np63 gilt jedoch als „nicht medikamentös“. Wie bei Transkriptionsfaktoren häufig beobachtet, bietet ∆Np63 keine geeigneten Domänen für die Bindung von niedermolekularen Inhibitoren. ∆Np63 reguliert eine Vielzahl von verschiedenen Signalwegen und zellulären Prozessen, was es schwierig macht, seiner Funktion entgegenzuwirken, indem es nachgeschaltete Effektoren angreift. Da ∆Np63 stark durch das Ubiquitin-Proteasom-System (UPS) reguliert wird, hat sich die Entwicklung von deubiquitinierenden Enzyminhibitoren als vielversprechende therapeutische Strategie erwiesen, um ∆Np63 bei der Behandlung von Plattenepithelkarzinomen zu bekämpfen. Diese Arbeit beinhaltete die Identifizierung des ersten deubiquitinierenden Enzyms, das die Stabilität des ∆Np63-Proteins reguliert. Hochmoderne SCC-Modelle wurden verwendet, um zu beweisen, dass USP28 ∆Np63 deubiquitiniert, seine Proteinstabilität reguliert und Plattenepithel-Transkriptionsprofile in vivo und ex vivo beeinflusst. Dementsprechend hängt SCC von USP28 ab, um wesentliche Mengen des Np63-Proteinüberflusses bei der Tumorbildung und -erhaltung aufrechtzuerhalten. Zum ersten Mal wurde ∆Np63, der Transkriptionsfaktor, in vivo mit einem niedermolekularen Inhibitor gezielt, der auf die Aktivität von USP28 abzielt. Die pharmakologische Hemmung von USP28 war ausreichend, um das Wachstum von SCC-Tumoren in präklinischen Mausmodellen zu verhindern. Schließlich zeigte diese Arbeit, dass die Kombination von Cisplatin mit USP28-Inhibitoren als neuartige therapeutische Alternative das begrenzt verfügbare Portfolio an SCC-Therapeutika erweitern könnte. Zusammengefasst zeigen die in dieser Dissertation präsentierten Daten, dass die Hemmung von USP28 in SCC die Np63-Proteinhäufigkeit verringert, wodurch der Fanconi-Anämie (FA)-Signalweg und die rekombinatorische DNA-Reparatur herunterreguliert werden. Dementsprechend reduziert die Hemmung von USP28 die Reaktion auf DNA-Schäden und sensibilisiert dadurch SCC- Tumoren für DNA-Schädigungstherapien wie Cisplatin. KW - USP28 KW - Squamous cell carcinoma KW - ΔNp63 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270332 ER - TY - THES A1 - Chen, Mengjia T1 - Right Ventricular Dysfunction contributes to Left Ventricular Thrombus Formation in Patients post Anterior Myocardial Infarction T1 - Rechtsventrikuläre Dysfunktion trägt zur linksventrikulären Thrombusbildung bei Patienten nach dem akuten Vorderwandinfarkt bei N2 - Our current data demonstrate that besides the known risk factors, including apical aneurysm, reduced left ventricular longitudinal systolic function (MAPSE) and advanced diastolic dysfunction, Right ventricular dysfunction as determined by reduced tricuspid annular plane systolic excursion (TAPSE) or right ventricular fractional area change (RV_FAC) is independently associated with left ventricular thrombus formation in acute anterior myocardial infarction patients, especially in the setting of anterior myocardial infarction without the formation of an apical aneurysm. This study suggests that besides left ventricular abnormalities, right ventricular dysfunction likewise contributes LVT formation in patients with acute anterior myocardial infarction. N2 - Unsere aktuellen Daten zeigen, dass neben den bekannten Risikofaktoren, einschließlich des apikalen Aneurysmas, der verminderten linksventrikulären longitudinalen systolischen Funktion (MAPSE) und der fortgeschrittenen diastolischen Dysfunktion, die durch reduzierte TAPSE oder RV_FAC bestimmte rechtsventrikuläre Dysfunktion unabhängig mit der Thrombusbildung in linkem Ventrikel bei Patienten nach dem akuten Vorderwandinfarkt, insbesondere bei denen ohne apikales Aneurysma assoziert ist. Diese Studie legt nahe, dass neben linksventrikulärer Dysfunktion die rechtsventrikuläre Dysfunktion ebenfalls zur linksventrikulären Thombusbildung bei Patienten mit akutem anteriorem Myokardinfarkt beiträgt. KW - Thrombus KW - Workshop Neue Aspekte zur Linksventrikulären Dysfunktion (1992 : Erbach, Rheingau) KW - Herzinfarkt KW - Vorderwandinfarkt KW - left ventricular thrombus KW - linksventrikulärer Thrombus KW - myocardial infarction KW - Myokardinfarkt KW - Rechtsventrikuläre Thrombusbildung KW - Right ventricular dysfunction Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-204149 ER - TY - THES A1 - Vyalkova, Anna T1 - Efficacy of approved Smallpox Vaccines in Human and Canine Cancer Therapy: Adipose - tissue derived Stem Cells (ADSC) take up VACV and serve as a protective vehicle for virus delivery to tumors T1 - Wirksamkeit zugelassener Pockenimpfstoffe in der Krebstherapie bei Menschen und Hunden: Aus Gewebe gewonnene Stammzellen (ADSC) nehmen VACV auf und dienen als schützendes Vehikel für den Viruseintrag in Tumore N2 - Cancer is one of the major causes of mortality in developed countries. In 2020, there were more than 19.3 million new cases of tumor malignancies worldwide, with more than 10 million deaths. The high rates of cancer cases and mortality necessitate extensive research and the development of novel cancer treatments and antitumor agents. In most cases, conventional treatment strategies for tumor therapy are based on chemotherapeutic treatment, which is supplemented with radiotherapy and/or surgical resection of solid tumors [1]. The use of chemotherapy for the treatment of cancer has significant side effects, the most dangerous of which is toxicity [2] [3]. Modern methods of treating tumors focus on specific drug delivery to the tumor site, actively targeting the tumor cells, as well as the reduction of side effects. One of the most promising current approaches is based on oncolytic viruses. Antitumor properties of viruses were documented at the beginning of the 20th century when some cancer patients recovered after acute viral infections, particularly influenza [4]. Vaccinia virus (VACV) is a member of the Poxviridae family, has natural antitumor properties, and provides a good basis for generating efficient recombinant oncolytic strains. Furthermore, VACV has never been shown to integrate into the host genome [5]. VACV is likely one of the safest and well-studied viruses due to extensive research being done in molecular biology and pathophysiology to investigate its potential as a vaccine for smallpox eradication programs. It has been administered to over 200 million people worldwide. VACV antitumor therapeutic effectiveness has been established in xenograft models with a variety of tumor types for human and canine cancers. Furthermore, recombinant oncolytic VACVs expressing genes encoding light-emitting proteins are a big improvement in a treatment strategy that combines tumor-specific therapies and diagnostics. Oncolytic virus treatments are effective in xenograft cancer models in mice, however, the significant improvements found in mice do not always translate to human cancer patients. These therapies should be tested in dogs with spontaneous cancer not only to offer well translatable information regarding the possible efficiency of viral therapy for human cancers but also to improve the health of our household pets as well. Spontaneous canine tumors are starting to be regarded as an essential model of human cancers that can reproduce the tumor microenvironment and immune response of cancer patients [6]. Just as data obtained in dog experiments can improve cancer therapy for human patients, these findings can also be used to improve treatment protocols in canine patients. Hundreds of studies and dozens of reviews have been published regarding the antitumor effects of various recombinants of VACV, but information on the anticancer features of initial, genetically-unmodified “naïve” VACV is still limited. In the first studies, we compared different wild-type, non-modified strains of VACV and tested their oncolytic properties on a panel of various cancer cells derived from different organs. In addition, we also tested a protection system based on the “Trojan horse” concept - using a combination of human Adipose tissue-derived Stem Cells (hADSC) and three different wild-type single plaque purified Vaccinia virus strains: W1, L1, and T1. We showed that all tested human cell lines (FaDu, MDA MB 231, HNT-13, HNT-35, and PC-3) are permissive to L0, W0, T0, L1, W1, and L1 infection. Furthermore, we tested the cytotoxicity of VACV in different cancer cell lines (A549, PC-3, MDA-MB 231, FaDu, HNT-13, HNT-25, and HNT-35). All strains lysed the cells, which was most visible at 96 hpi. We also showed that all tested strains could efficiently infect and multiply in hADSC at a high level. In our in vivo study, we tested the therapeutic efficacy of the wild-type Vaccinia viruses L1, W1, and T1 alone or in combination with hADSC. Wild-type VACV strains were tested for their oncolytic efficiency in human lung adenocarcinoma (A549) in a xenograft model. Treatment of A549 tumors with different doses of L1 and W1 as well as with a L1/ADSC or W1/ADSC combination led to significant tumor regression compared to the PBS control. Additionally, the treatment with L1 and W1 and the combination of L1/ADSC and W1/ADSC was well tolerated by the animals. In the case of the wild-type Tian Tan strain, results were not obtained due to the high cytotoxicity of this strain. Therefore, it should be attenuated for further studies. In the second part of the current study, we investigated the oncolytic effect of C1-opt1, W1 opt1, and L3-opt1 strains based on the wild-type Copenhagen, Wyeth, and Lister vaccines with additional expression of turboFP635. Replication and cytotoxicity assays demonstrated that all 3 viruses were able to infect, replicate in and kill canine tumor cell lines STSA-1 and CT1258 in a virus dose- and time- dependent fashion. Cytotoxicity and replication assays were also performed on cultured canine Adipose-derived Mesenchymal Stem Cells (cAdMSC). The results showed that the cells were lysed much slower than the tumor cells. It suggests that these cells can harbour the virus for a long-term period, allowing the virus to spread into the body and there is enough time to reach the primary tumor or metastases before the cell carrier is destroyed. The viral replication in cAdMSC in our study was lower than in canine cancer cells (STSA-1 and CT1258) at the same MOI. After being studied in cell culture, C1 opt1 and their combination with cAdMSC (C1-opt1/cAdMSC) were used in canine STSA 1 tumor bearing nude mice. We tested the oncolytic effect of the C1-opt1 virus alone and in combination with cAdMSC in the canine STSA-1 xenograft mouse model. Altogether, our findings have shown that both C1-opt1 and cAdMSC/C1-opt1 significantly reduced tumor size or eliminated the tumor. There was no significant difference between C1-opt1 alone and cAdMSC/C1-opt1. The virus particles were mostly found within the tumor after 24 dpi, some amount of virus particles were found in the lungs of mice injected with a combination of cAdMSC/C1-opt1 but not in the group injected with virus alone (cAdMSC might get stuck in the lungs and cause virus propagation there). Taken together, this study provided a proof-of-concept that hADSC/cAdMSC can be used as a carrier system for the “Trojan horse” concept. However, it should be confirmed in another experimental model system, such as canine patients. Moreover, these findings suggest that wild-type, non-modified strains of Vaccinia virus isolates can be considered promising candidates for oncolytic virotherapy, especially in combination with mesenchymal stem cells. N2 - Krebs wird zu einer der Hauptursachen für die Sterblichkeit in den Industrieländern. Im Jahr 2020 gab es weltweit mehr als 193 Millionen neue Fälle von tumormalen Erkrankungen mit mehr als 10 Millionen Todesfällen. Folglich erfordern die hohen Krebsfälle- und Mortalitätsraten umfangreiche Forschung und Entwicklung neuartiger Krebsbehandlungen und Antitumormittel. Konventionelle Behandlungsstrategien zur Tumortherapie basieren in den meisten Fällen auf einer chemotherapeutischen Behandlung, die durch Strahlentherapie und/oder chirurgische Resektion solider Tumoren ergänzt wird [1]. Die Verwendung von Chemotherapie zur Behandlung von Krebs hat erhebliche Nebenwirkungen, insbesondere die gefährlichste Intoxikation [2] [3]. ... KW - ADSC KW - AdMSC KW - Vaccinia virus (VACV) Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-253457 ER - TY - BOOK A1 - Halder, Partho T1 - Identification and characterization of synaptic proteins of Drosophila melanogaster using monoclonal antibodies of the Wuerzburg Hybridoma Library T1 - Identifikation und Charakterisierung von synaptischen Proteinen von Drosophila melanogaster mit Hilfe von monoklonalen Antikörpern der Würzburger Hybridoma-Bibliothek N2 - For a large fraction of the proteins expressed in the human brain only the primary structure is known from the genome project. Proteins conserved in evolution can be studied in genetic models such as Drosophila. In this doctoral thesis monoclonal antibodies (mAbs) from the Wuerzburg Hybridoma library are produced and characterized with the aim to identify the target antigen. The mAb ab52 was found to be an IgM which recognized a cytosolic protein of Mr ~110 kDa on Western blots. The antigen was resolved by two-dimensional gel electrophoresis (2DE) as a single distinct spot. Mass spectrometric analysis of this spot revealed EPS-15 (epidermal growth factor receptor pathway substrate clone 15) to be a strong candidate. Another mAb from the library, aa2, was already found to recognize EPS-15, and comparison of the signal of both mAbs on Western blots of 1D and 2D electrophoretic separations revealed similar patterns, hence indicating that both antigens could represent the same protein. Finally absence of the wild-type signal in homozygous Eps15 mutants in a Western blot with ab52 confirmed the ab52 antigen to be EPS-15. Thus both the mAbs aa2 and ab52 recognize the Drosophila homologue of EPS-15. The mAb aa2, being an IgG, is more suitable for applications like immunoprecipitation (IP). It has already been submitted to the Developmental Studies Hybridoma Bank (DSHB) to be easily available for the entire research community. The mAb na21 was also found to be an IgM. It recognizes a membrane associated antigen of Mr ~10 kDa on Western blots. Due to the membrane associated nature of the protein, it was not possible to resolve it by 2DE and due to the IgM nature of the mAb it was not possible to enrich the antigen by IP. Preliminary attempts to biochemically purify the endogenously expressed protein from the tissue, gave 99 promising results but could not be completed due to lack of time. Thus biochemical purification of the protein seems possible in order to facilitate its identification by mass spectrometry. Several other mAbs were studied for their staining pattern on cryosections and whole mounts of Drosophila brains. However, many of these mAbs stained very few structures in the brain, which indicated that only a very limited amount of protein would be available as starting material. Because these antibodies did not produce signals on Western blots, which made it impossible to enrich the antigens by electrophoretic methods, we did not attempt their purification. However, the specific localization of these proteins makes them highly interesting and calls for their further characterization, as they may play a highly specialized role in the development and/or function of the neural circuits they are present in. The purification and identification of such low expression proteins would need novel methods of enrichment of the stained structures. N2 - Für einen Großteil der Proteine, die im menschlichen Gehirn exprimiert werden, ist lediglich die Primärstruktur aus dem Genomprojekt bekannt. Proteine, die in der Evolution konserviert wurden, können in genetischen Modellsystemen wie Drosophila untersucht werden. In dieser Doktorarbeit werden monoklonale Antikörper (mAk) aus der Würzburger Hybridoma Bibliothek produziert und charakterisiert, mit dem Ziel, die erkannten Proteine zu identifizieren. Der mAk ab52 wurde als IgM typisiert, das auf Western Blots ein zytosolisches Protein von Mr ~110 kDa erkennt. Das Antigen wurde durch zwei-dimensionale Gelelektrophorese (2DE) als einzelner Fleck aufgelöst. Massenspektrometrische Analyse dieses Flecks identifizierte dass EPS-15 (epidermal growth factor receptor pathway substrate clone 15) als viel versprechenden Kandidaten. Da für einen anderen mAk aus der Bibliothek, aa2, bereits bekannt war, dass er EPS-15 erkennt, wurden die Western-Blot-Signale der beiden Antikörper nach 1D und 2D Trennungen von Kopfhomogenat verglichen. Die Ähnlichkeit der beiden Muster deuteten darauf hin, dass beide Antigene dasselbe Protein erkennen. Das Fehlen des Wildtyp-Signals in homozygoten Eps15 Mutanten in einem Western Blot mit mAk ab52 bestätigten schließlich, dass EPS-15 das Antigen zu mAk ab52 darstellt. Demnach erkennen beide mAk, aa2 und ab52, das Drosophila Homolog zu EPS- 15. Da mAk aa2 ein IgG ist, dürfte er für Anwendungen wie Immunpräzipitation (IP) besser geeignet sein. Er wurde daher bereits bei der Developmental Studies Hybridoma Bank (DSHB) eingereicht, um ihn der ganzen Forschergemeinde leicht zugänglich zu machen. Der mAk na21 wurde ebenfalls als IgM typisiert. Er erkennt ein Membran assoziiertes Antigen von Mr ~10 kDa auf Western Blots. Aufgrund der Membranassoziierung des Proteins war es nicht möglich, es in 2DE aufzulösen und 101 da es sich um ein IgM handelt, war eine Anreicherung des Antigens mittels IP nicht erfolgreich. Vorversuche zur biochemischen Reinigung des endogenen Proteins aus Gewebe waren Erfolg versprechend, konnten aber aus Zeitmangel nicht abgeschlossen werden. Daher erscheint eine biochemische Reinigung des Proteins für eine Identifikation durch Massenspektrometrie möglich. Eine Reihe weiterer mAk wurden hinsichtlich ihrer Färbemuster auf Gefrierschnitten und in Ganzpräparaten von Drosophila Gehirnen untersucht. Allerdings färbten viele dieser mAk sehr wenige Strukturen im Gehirn, so dass nur eine sehr begrenzte Menge an Protein als Startmaterial verfügbar wäre. Da diese Antikörper keine Signale auf Western Blots produzierten und daher eine Anreicherung des Antigens durch elektrophoretische Methoden ausschlossen, wurde keine Reinigung versucht. Andererseits macht die spezifische Lokalisation dieser Proteine sie hoch interessant für eine weitere Charakterisierung, da sie eine besonders spezialisierte Rolle in der Entwicklung oder für die Funktion von neuralen Schaltkreisen, in denen sie vorkommen, spielen könnten. Die Reinigung und Identifikation solcher Proteine mit niedrigem Expressionsniveau würde neue Methoden der Anreicherung der gefärbten Strukturen erfordern. KW - synaptic proteins KW - Taufliege KW - Synapse KW - Proteine KW - Monoklonaler Antikörper KW - synaptische Proteine KW - monoklonale Antikörper KW - Drosophila melanogaster KW - monoclonal antibodies Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-270205 N1 - ursprüngliche Originalausgabe der Dissertation erschienen am 19.01.2012 unter: https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bvb:20-opus-67325 ER - TY - THES A1 - Brych, Mareike Kimberly T1 - How movements and cognition interact: An investigation of spontaneous blinks T1 - Wie Bewegung und Kognition interagieren: Eine Untersuchung spontaner Lidschläge N2 - During natural behavior, cognitive processes constantly coincide with body movements such as head or eye movements or blinks. However, during experimental investigations of cognitive processes, movements are often highly restricted which is rather unnatural. In order to improve our understanding of natural behavior, this thesis investigates the interaction between cognition and movements by focusing on spontaneous blinks, which naturally interact with other body movements. Spontaneous blinks are inevitably connected to vision as they shut out incoming visual information. Both sensory-based and cognitive factors, for example, stimulus occurrence and evaluation, were reported to influence blink behavior. Our first study investigated if such influences are comparable for visual and non-visual input. The chosen experimental design allowed dissociating sensory-driven and cognitive influences, which then could be compared between the visual and auditory domain. Our results show that blinks are more strongly modulated during passive observation of visual input compared to auditory input. This modulation is however enhanced for both input modalities by an increased attentional demand. In addition, the cognitively defined meaning of a stimulus changes blink latency independent of the sensory domain. Overall, our findings show that spontaneous blinks and cognitive processes are linked beyond vision. Moreover, the underlying cognitive processes that influence blinks are largely the same across different sensory input indicating that blinks are profoundly integrated into our system. When investigating natural behavior, it is important to consider that movements rarely occur in isolation, but are executed side by side. As these movements interact and have a link to cognitive processes, the complexity of our system increases. In order to take this complexity into account, the second part of the experimental research focused on movement interactions, more specifically on the interactions between blinks, pupil size and speaking. Our results reveal that speech-related motor activity increases blink rate and pupil size as well as modulates blink timing. This is in line with previous research that described a relation between different body and eye movements. Importantly, each bodily-induced change in eye movements affects visual information intake. Therefore, different movements can be tightly linked to perceptual processes through complex interactions. Altogether, the work of this thesis provides rich evidence that movements and cognitive processes are deeply intertwined. Therefore, movements should be seen as an integral part of our system. Taking the relevance of movements and their interactions into account during experimental investigations is necessary in order to reveal a more realistic and complete picture of human natural behavior. N2 - Während unseres natürlichen Verhaltens werden kognitive Prozesse und Körperbewegungen wie Kopf- oder Augenbewegungen oder Lidschläge parallel ausgeführt. Allerdings werden Bewegungen in experimentellen Untersuchungen zu kognitiven Prozessen meist stark eingeschränkt, was unnatürlich ist. Um natürliches Verhalten besser zu verstehen, wird in dieser Dissertation die Interaktion zwischen Kognition und Bewegung untersucht. Der Fokus liegt auf spontanen Lidschlägen, die auch mit anderen Körperbewegungen auf natürliche Weise interagieren. Das Blinzeln ist unweigerlich mit dem Sehen verbunden, da bei jedem Lidschluss die Informationsaufnahme unterbrochen wird. Frühere Forschungsergebnisse zeigten, dass sowohl sensorische als auch kognitive Faktoren, wie beispielsweise Reizpräsentation und -evaluation, das Blinzeln beeinflussen können. Die erste Studie dieser Dissertation untersuchte, ob dieselben Einflüsse auf das Blinzeln wirken, wenn auch nicht-visuelle Informationen präsentiert werden. Das gewählte Versuchsdesign erlaubte rein sensorische von kognitiven Einflüssen auf das Blinzeln zu trennen. Diese Einflüsse konnten wiederum zwischen visuellem und auditivem Input verglichen werden. Unsere Ergebnisse zeigen, dass das Blinzeln stärker bei visuellem als bei auditivem Input angepasst wird, wenn dieser nur passiv verfolgt wird. Sobald allerdings Aufmerksamkeit auf den Input gerichtet wird, wird diese Anpassung an den sensorischen Input in beiden Modalitäten auf ähnliche Weise verstärkt. Zusätzlich wird der Zeitpunkt des Blinzelns durch die kognitive Bewertung der Reize verzögert - unabhängig davon, ob ein Reiz visuell oder auditiv präsentiert wird. Insgesamt legen unsere Experimente dar, dass das spontane Blinzeln und kognitive Prozesse über das Sehen hinaus miteinander verknüpft sind. Die zu Grunde liegenden kognitiven Prozesse, die das Blinzeln beeinflussen, sind sogar weitgehend dieselben bei unterschiedlichem sensorischen Input. Das Blinzeln scheint demnach tiefgreifend in unser System integriert zu sein. Ein weiterer wichtiger Aspekt natürlichen Verhaltens ist die gleichzeitige Ausübung mehrerer Bewegungen. Da diese Bewegungen miteinander interagieren und eine Verbindung zu kognitiven Prozessen besteht, erhöht sich die Komplexität unseres Systems. Im zweiten Teil der experimentellen Untersuchungen wurden daher Bewegungsinteraktionen in den Vordergrund gestellt. Die präsentierten Studien haben insbesondere den Einfluss verschiedener Bewegungsaspekte des Sprechens auf unser spontanes Blinzeln bzw. auf die Pupillengröße untersucht. Unsere Ergebnisse zeigen, dass sprechbezogene Bewegungen sowohl die Anzahl der Lidschlüsse als auch die Pupillengröße erhöhen, sowie den Zeitpunkt der Lidschlüsse beeinflussen. Auch andere Forscher fanden solche Zusammenhänge zwischen verschiedenen Körper- und Augenbewegungen. Da jede vom Körper verursachte Veränderung der Augenbewegung zudem unsere visuelle Reizaufnahme verändert, kann man schlussfolgern, dass verschiedene Bewegungen und deren komplexe Interaktionen eng mit unserer Wahrnehmung verbunden sind. Alles in allem liefert diese Arbeit weitreichende Beweise, wie stark Bewegungen und kognitive Prozesse miteinander verwoben sind. Daher sollten Bewegungen als wesentlicher Teil unseres Systems angesehen werden. Wir müssen daher die Bedeutung von Bewegungen und deren Interaktionen in experimentelle Forschung einbeziehen, um ein realistischeres und kompletteres Bild unseres natürlichen Verhaltens zu enthüllen. KW - Kognition KW - Lidschlag KW - Augenbewegung KW - spontaneous blinks KW - movement interaction KW - Wahrnehmung KW - Aufmerksamkeit Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267376 ER - TY - JOUR A1 - Henneges, Carsten A1 - Morbach, Caroline A1 - Sahiti, Floran A1 - Scholz, Nina A1 - Frantz, Stefan A1 - Ertl, Georg A1 - Angermann, Christiane E. A1 - Störk, Stefan T1 - Sex-specific bimodal clustering of left ventricular ejection fraction in patients with acute heart failure JF - ESH Heart Failure N2 - Aims There is an ongoing discussion whether the categorization of patients with heart failure according to left ventricular ejection fraction (LVEF) is scientifically justified and clinically relevant. Major efforts are directed towards the identification of appropriate cut-off values to correctly allocate heart failure-specific pharmacotherapy. Alternatively, an LVEF continuum without definite subgroups is discussed. This study aimed to evaluate the natural distribution of LVEF in patients presenting with acutely decompensated heart failure and to identify potential subgroups of LVEF in male and female patients. Methods and results We identified 470 patients (mean age 75 ± 11 years, n = 137 female) hospitalized for acute heart failure in whom LVEF could be quantified by Simpson's method in an in-hospital echocardiogram. Non-parametric modelling revealed a bimodal shape of the LVEF distribution. Parametric modelling identified two clusters suggesting two LVEF peaks with mean (variance) of 61% (9%) and 31% (10%), respectively. Sub-differentiation by sex revealed a sex-specific bimodal clustering of LVEF. The respective threshold differentiating between ‘high’ and ‘low’ LVEF was 45% in men and 52% in women. Conclusions In patients presenting with acute heart failure, LVEF clustered in two subgroups and exhibited profound sex-specific distributional differences. These findings might enrich the scientific process to identify distinct subgroups of heart failure patients, which might each benefit from respectively tailored (pharmaco)therapies. KW - heart failure KW - left ventricular ejection fraction KW - sex differences Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265839 VL - 9 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Streng, Andrea A1 - Prifert, Christiane A1 - Weissbrich, Benedikt A1 - Sauerbrei, Andreas A1 - Krumbholz, Andi A1 - Schmid-Ott, Ruprecht A1 - Liese, Johannes G. T1 - Similar severity of influenza primary and re-infections in pre-school children requiring outpatient treatment due to febrile acute respiratory illness: prospective, multicentre surveillance study (2013-2015) JF - BMC Infectious Diseases N2 - Background Influenza virus infections in immunologically naïve children (primary infection) may be more severe than in children with re-infections who are already immunologically primed. We compared frequency and severity of influenza virus primary and re-infections in pre-school children requiring outpatient treatment. Methods Influenza-unvaccinated children 1–5 years of age presenting at pediatric practices with febrile acute respiratory infection < 48 h after symptom onset were enrolled in a prospective, cross-sectional, multicenter surveillance study (2013–2015). Influenza types/subtypes were PCR-confirmed from oropharyngeal swabs. Influenza type/subtype-specific IgG antibodies serving as surrogate markers for immunological priming were determined using ELISA/hemagglutination inhibition assays. The acute influenza disease was defined as primary infection/re-infection by the absence/presence of influenza type-specific immunoglobulin G (IgG) and, in a second approach, by the absence/presence of subtype-specific IgG. Socio-demographic and clinical data were also recorded. Results Of 217 influenza infections, 178 were due to influenza A (87 [49%] primary infections, 91 [51%] re-infections) and 39 were due to influenza B (38 [97%] primary infections, one [3%] re-infection). Children with “influenza A primary infections” showed fever with respiratory symptoms for a shorter period than children with “influenza A re-infections” (median 3 vs. 4 days; age-adjusted p = 0.03); other disease characteristics were similar. If primary infections and re-infections were defined based on influenza A subtypes, 122 (87%) primary infections (78 “A(H3N2) primary infections”, 44 “A(H1N1)pdm09 primary infections”) and 18 (13%) re-infections could be classified (14 “A(H3N2) re-infections” and 4 “A(H1N1)pdm09 re-infections”). Per subtype, primary infections and re-infections were of similar disease severity. Children with re-infections defined on the subtype level usually had non-protective IgG titers against the subtype of their acute infection (16 of 18; 89%). Some patients infected by one of the influenza A subtypes showed protective IgG titers (≥ 1:40) against the other influenza A subtype (32/140; 23%). Conclusions Pre-school children with acute influenza A primary infections and re-infections presented with similar frequency in pediatric practices. Contrary to expectation, severity of acute “influenza A primary infections” and “influenza A re-infections” were similar. Most “influenza A re-infections” defined on the type level turned out to be primary infections when defined based on the subtype. On the subtype level, re-infections were rare and of similar disease severity as primary infections of the same subtype. Subtype level re-infections were usually associated with low IgG levels for the specific subtype of the acute infection, suggesting only short-time humoral immunity induced by previous infection by this subtype. Overall, the results indicated recurring influenza virus infections in this age group and no or only limited heterosubtypic antibody-mediated cross-protection. KW - influenza KW - children KW - disease severity KW - IgG KW - immunology Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265841 VL - 22 ER - TY - JOUR A1 - Saulin, Anne A1 - Horn, Ulrike A1 - Lotze, Martin A1 - Kaiser, Jochen A1 - Hein, Grit T1 - The neural computation of human prosocial choices in complex motivational states JF - NeuroImage N2 - Motives motivate human behavior. Most behaviors are driven by more than one motive, yet it is unclear how different motives interact and how such motive combinations affect the neural computation of the behaviors they drive. To answer this question, we induced two prosocial motives simultaneously (multi-motive condition) and separately (single motive conditions). After the different motive inductions, participants performed the same choice task in which they allocated points in favor of the other person (prosocial choice) or in favor of themselves (egoistic choice). We used fMRI to assess prosocial choice-related brain responses and drift diffusion modeling to specify how motive combinations affect individual components of the choice process. Our results showed that the combination of the two motives in the multi-motive condition increased participants' choice biases prior to the behavior itself. On the neural level, these changes in initial prosocial bias were associated with neural responses in the bilateral dorsal striatum. In contrast, the efficiency of the prosocial decision process was comparable between the multi-motive and the single-motive conditions. These findings provide insights into the computation of prosocial choices in complex motivational states, the motivational setting that drives most human behaviors . KW - motivation KW - social decision-making KW - hierarchical drift-diffusion modeling KW - fMRI KW - social neuroscience Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265852 VL - 247 ER - TY - JOUR A1 - Kunzmann, Steffen A1 - Hütten, Matthias A1 - Ottensmeier, Barbara A1 - Kramer, Boris W. A1 - Fehrholz, Markus T1 - A20 is increased in fetal lung in a sheep LPS model of chorioamnionitis JF - Oxidative Medicine and Cellular Longevity N2 - Chorioamnionitis is associated with an increased risk of preterm birth and aggravates adverse outcomes such as BPD. Development of BPD is associated with chronic inflammatory reactions and oxidative stress in the airways which may be antenatally initiated by chorioamnionitis. A20 is an immunomodulatory protein involved in the negative feedback regulation of inflammatory reactions and is a possible regulator protein in oxidative stress reactions. The influence of chorioamnionitis on A20 gene regulation in the fetal lung is unknown. We characterized the influence of LPS and proinflammatory cytokines on A20 expression in human lung endothelial (HPMEC-ST1.6R) and epithelial (A549) cells in vitro by real-time PCR and/or western blotting and used a sheep model of LPS-induced chorioamnionitis for in vivo studies. To study the functional role of A20, endogenous A20 was overexpressed in HPMEC-ST1.6R and A549 cells. LPS induced proinflammatory cytokines in HPMEC-ST1.6R and A549 cells. Both LPS and/or proinflammatory cytokines elevated A20 at transcriptional and translational levels. Intra-amniotic LPS transiently increased IL-1β, IL-6, IL-8, and TNF-α mRNA levels in fetal lamb lungs, associated with an increase in A20 mRNA and protein levels. Overexpression of A20 reduced proinflammatory cytokines in vitro. Repeated LPS exposure induced LPS tolerance for proinflammatory cytokines and A20 in vitro and in vivo. Antenatal inflammation induced a transient increase in proinflammatory cytokines in the preterm fetal lung. The expression of proinflammatory cytokines increased expression of A20. Elevated A20 may have a protective role by downregulating chorioamnionitis-triggered fetal lung inflammation. A20 may be a novel target for pharmacological interventions to prevent chorioamnionitis-induced airway inflammation and lung damage, which can result in BPD later in life. KW - Chorioamnionitis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265869 VL - 2022 ER - TY - JOUR A1 - Buerger, Arne A1 - Emser, Theresa A1 - Seidel, Alexandra A1 - Scheiner, Christin A1 - von Schoenfeld, Cornelia A1 - Ruecker, Viktoria A1 - Heuschmann, Peter U. A1 - Romanos, Marcel T1 - DUDE - a universal prevention program for non-suicidal self-injurious behavior in adolescence based on effective emotion regulation: study protocol of a cluster-randomized controlled trial JF - Trials N2 - Background Non-suicidal self-injury (NSSI) has become a substantial public health problem. NSSI is a high-risk marker for the development and persistence of mental health problems, shows high rates of morbidity and mortality, and causes substantial health care costs. Thus, there is an urgent need for action to develop universal prevention programs for NSSI before adolescents begin to show this dangerous behavior. Currently, however, universal prevention programs are lacking. Methods The main objective of the present study is to evaluate a newly developed universal prevention program (“DUDE – Du und deine Emotionen / You and your emotions”), based on a skills-based approach in schools, in 3200 young adolescents (age 11–14 years). The effectiveness of DUDE will be investigated in a cluster-randomized controlled trial (RCT) in schools (N = 16). All groups will receive a minimal intervention called “Stress-free through the school day” as a mental health literacy program to prevent burnout in school. The treatment group (N = 1600; 8 schools) will additionally undergo the universal prevention program DUDE and will be divided into treatment group 1 (DUDE conducted by trained clinical psychologists; N = 800; 4 schools) and treatment group 2 (DUDE conducted by trained teachers; N = 800; 4 schools). The active control group (N = 1600; 8 schools) will only receive the mental health literacy prevention. Besides baseline assessment (T0), measurements will occur at the end of the treatment (T1) and at 6- (T2) and 12-month (T3) follow-up evaluations. The main outcome is the occurrence of NSSI within the last 6 months assessed by a short version of the Deliberate Self-Harm Inventory (DSHI-9) at the 1-year follow-up (primary endpoint; T3). Secondary outcomes are emotion regulation, suicidality, health-related quality of life, self-esteem, and comorbid psychopathology and willingness to change. Discussion DUDE is tailored to diminish the incidence of NSSI and to prevent its possible long-term consequences (e.g., suicidality) in adolescents. It is easy to access in the school environment. Furthermore, DUDE is a comprehensive approach to improve mental health via improved emotion regulation. KW - universal prevention KW - NSSI KW - self-injury KW - emotion regulation KW - RCT KW - school-based prevention KW - adolescence Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265874 VL - 23 ER - TY - JOUR A1 - Bellut, Maximilian A1 - Papp, Lena A1 - Bieber, Michael A1 - Kraft, Peter A1 - Stoll, Guido A1 - Schuhmann, Michael K. T1 - NLPR3 inflammasome inhibition alleviates hypoxic endothelial cell death in-vitro and protects blood-brain barrier integrity in murine stroke JF - Cell Death & Disease N2 - In ischemic stroke (IS) impairment of the blood-brain barrier (BBB) has an important role in the secondary deterioration of neurological function. BBB disruption is associated with ischemia-induced inflammation, brain edema formation, and hemorrhagic infarct transformation, but the underlying mechanisms are incompletely understood. Dysfunction of endothelial cells (EC) may play a central role in this process. Although neuronal NLR-family pyrin domain-containing protein 3 (NLRP3) inflammasome upregulation is an established trigger of inflammation in IS, the contribution of its expression in EC is unclear. We here used brain EC, exposed them to oxygen and glucose deprivation (OGD) in vitro, and analyzed their survival depending on inflammasome inhibition with the NLRP3-specific drug MCC950. During OGD, EC death could significantly be reduced when targeting NLRP3, concomitant with diminished endothelial NLRP3 expression. Furthermore, MCC950 led to reduced levels of Caspase 1 (p20) and activated Gasdermin D as markers for pyroptosis. Moreover, inflammasome inhibition reduced the secretion of pro-inflammatory chemokines, cytokines, and matrix metalloproteinase-9 (MMP9) in EC. In a translational approach, IS was induced in C57Bl/6 mice by 60 mins transient middle cerebral artery occlusion and 23 hours of reperfusion. Stroke volume, functional outcome, the BBB integrity, and-in good agreement with the in vitro results-MMP9 secretion as well as EC survival improved significantly in MCC950-treated mice. In conclusion, our results establish the NLRP3 inflammasome as a critical pathogenic effector of stroke-induced BBB disruption by activating inflammatory signaling cascades and pyroptosis in brain EC. KW - inflammasome KW - preclinical research KW - stroke Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265693 VL - 13 ER - TY - THES A1 - Flegler, Vanessa Judith T1 - Application of electron cryomicroscopy for structural and functional studies on the mechanosensitive channels of small conductance T1 - Kryoelektronenmikroskopie zur strukturellen und funktionellen Untersuchung der mechanosensitiven Kanäle kleiner Leitfähigkeit N2 - Bacteria thrive and survive in many different environments, and as a result, they have developed robust mechanisms to adapt rapidly to alterations in their surroundings. The protection against osmotic forces is provided by mechanosensitive channels: their primary function is to maintain the integrity of the cell upon a hypoosmotic shock. The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is not only the smallest common structural unit of a diverse family that allows for a tailored response in osmoregulation; it is also the most intensively studied homologue. Mechanosensitive channels directly sense elevated membrane tension levels generated by increased pressure within the cell and open transiently. Escherichia coli has six paralogues that differ in their gating properties and the number of additional transmembrane (TM) helices. These TM helices, termed sensor paddles, are essential for sensing, as they directly contact the surrounding membrane; however, the role of the additional TM helices is still unclear. Furthermore, lipids occupy hydrophobic pockets far away from the membrane plane. A recent gating model for MscS states that increased membrane tension triggers the expulsion of lipids out of those pockets, modulating different conformational states of MscS. This model focuses on bound lipids, but it is still unclear to what extent the direct interaction with the membrane influences sensing and how relevant it is for the larger paralogues. In the herein described work, structural studies on two larger paralogues, the medium-sized channel YnaI and the large channel YbiO were realised using electron cryomicroscopy (cryo-EM). Lipids were identified in YnaI in the pockets in a similar position and orientation as in MscS, suggesting a conserved sensing mechanism. Moreover, the copolymer diisobutylene/maleic acid (DIBMA) allowed the extraction of artificially activated YnaI from plasma membranes, leading to an open-like form of this channel. This novel conformation indicated that the pore helices bend at a GGxGG motif during gating, which is unique among the Escherichia coli paralogues, concomitant with a structural reorganisation of the sensor paddles. Thus, despite a high similarity of their closed states, the gating mechanisms of MscS and YnaI are surprisingly different. Furthermore, the comparison of MscS, YnaI, and YbiO accentuates variations and similarities between the differently sized family members, implying fine-tuning of channel properties in the pore regions and the cytosolic lateral entry sides into the channel. Structural analyses of MscS reconstituted into different systems showed the advantages and disadvantages of certain polymers and detergents. The novel DIBMA copolymer and the more conventional amphiphilic polymers, so-called Amphipols, perturb contacting transmembrane helices or lead to their denaturation. Due to this observation, the obtained structures of YnaI must also be cautiously considered. The structures obtained in detergents resulted in unaffected channels; however, the applicability of detergents for MscS-like channels is limited by the increased required sample concentration. The role of lipids for gating MscS in the absence of a membrane was examined by deliberately removing coordinated lipid molecules from MscS using different amounts and kinds of detergent. The effects on the channel were inspected by cryo-EM. These experiments showed that closed MscS adopts the open conformation when it is enough delipidated by incubation with the detergent n-dodecyl-β-D-maltoside, and adding lipids to the open channel reverses this process. The results agree with the state-of-the-art model that the amount of lipid molecules in the pockets and grooves is responsible for the conformational state of MscS. Furthermore, incubation with the detergent lauryl maltose neopentyl glycol, which has stabilising and delipidating characteristics, resulted in a high-resolution structure of open MscS exhibiting an intricate network of ligands. Based on this structure, an updated gating model is proposed, which states that upon opening, lipids from the pockets migrate into the cytosolic membrane leaflet, while lipids from the periplasmic leaflet enter the grooves that arise between the sensor paddles. N2 - Bakterien gedeihen und überleben in vielen unterschiedlichen Umgebungen. Daher haben sie robuste Mechanismen entwickelt, um sich rasch an Veränderungen in ihrer Umgebung anzupassen. Den Schutz vor osmotischen Kräften gewährleisten mechanosensitive Kanäle: Ihre Hauptfunktion besteht darin, die Unversehrtheit der Zelle bei einem hypoosmotischen Schock zu erhalten. Der mechanosensitive Kanal geringer Leitfähigkeit (mechanosensitive channel of small conductance, MscS) stellt nicht nur die kleinste gemeinsame Struktureinheit einer Familie von Kanälen dar, die eine maßgeschneiderte Antwort auf hypoosmotischen Stress ermöglicht; er ist auch das intensivste untersuchte Familienmitglied. Mechanosensitive Kanäle registrieren erhöhte Membranspannungen, die durch steigenden Druck innerhalb der Zelle entstehen, und öffnen vorübergehend. In Escherichia coli gibt es sechs paraloge Kanäle, die sich in ihren Öffnungs-Eigenschaften und der Anzahl zusätzlicher transmembranen Helices unterscheiden. Diese Helices, die als sensor paddles bezeichnet werden, sind für das Erfassen ansteigender Membranspannung unerlässlich, da sie direkt mit der umgebenden Membran in Kontakt stehen; die Rolle der zusätzlichen transmembranen Helices ist jedoch noch nicht geklärt. Außerdem sitzen Lipide in hydrophoben Taschen weit entfernt von der Membran. Ei kürzlich vorgeschlagenes Öffnungs-Modell für MscS besagt, dass eine erhöhte Membranspannung zum Ausstoß der Lipide aus diesen Taschen führt, wodurch verschiedene Konformationszustände von MscS moduliert werden. Dieses Modell konzentriert sich auf die Rolle der Lipide, aber es ist noch immer unklar, inwieweit die direkte Wechselwirkung mit der Membran das Wahrnehmen der Membranspannung beeinflusst und welche Bedeutung sie für die größeren paralogen Kanäle hat. In der vorliegenden Arbeit wurden Strukturstudien an zwei größeren paralogen Kanälen, dem mittelgroßen Kanal YnaI und dem großen Kanal YbiO, mittels Kryoelektronenmikroskopie (Kryo-EM) durchgeführt. In YnaI wurden Lipide in den Taschen in ähnlicher Position und Ausrichtung wie in MscS gefunden, was auf einen konservierten Mechanismus zur Wahrnehmung der Membranspannung schließen lässt. Darüber hinaus ermöglichte das Copolymer Diisobutylen/Maleinsäure (DIBMA) die Isolation von artifiziell aktiviertem YnaI aus Plasmamembranen, was zur Struktur einer anscheinend offenen Form dieses Kanals führte. Diese neuartige Konformation deutet darauf hin, dass sich die Porenhelices während des Öffnens im Bereich eines GGxGG-Motiv biegen, das unter den paralogen Kanälen von Escherichia coli einzigartig ist und mit einer strukturellen Reorganisation der sensor paddles einhergeht. Trotz der großen Ähnlichkeit ihrer geschlossenen Zustände sind die Öffnungs-Mechanismen von MscS und YnaI also überraschend unterschiedlich. Darüber hinaus zeigte der Vergleich von MscS, YnaI und YbiO Unterschiede und Gemeinsamkeiten zwischen den unterschiedlich großen Familienmitgliedern. Diese Erkenntnissse deuten auf eine Feinabstimmung der Kanaleigenschaften im Bereich der Pore und an den zytosolischen seitlichen Eingängen der Kanäle hin. Strukturanalysen von MscS, in verschiedene Systeme rekonstituiert, zeigten die Vor- und Nachteile von ausgewählten Polymeren und Detergenzien. Das neuartige DIBMA-Copolymer und herkömmlichere amphiphile Polymere, die sogenannten Amphipole, stören die kontaktierenden transmembranen Helices oder führen zu deren Denaturierung. Im Zuge dieser Beobachtung müssen auch die erhaltenen Strukturen von YnaI vorsichtig betrachtet werden. Die in Detergenzien erhaltenen Strukturen zeigen unbeeinträchtigte Kanäle; die Anwendbarkeit von Detergenzien für MscS-ähnliche Kanäle wird jedoch durch die erhöhte erforderliche Proteinkonzentration eingeschränkt. Die Rolle der Lipide für das Öffnen von MscS wurde in Abwesenheit einer Membran untersucht, indem koordinierte Lipidmoleküle mit verschiedenen Mengen und Arten von Detergenzien bewusst von MscS entfernt wurden. Die Auswirkungen auf den Kanal wurden mittels Kryo-EM untersucht. Dabei zeigte sich, dass die geschlossene Form von MscS in die offene Konformation übergeht, wenn es durch Inkubation mit dem Detergenz n-Dodecyl-β-D-Maltosid ausreichend delipidiert wird, und dass die Zugabe von Lipiden zum offenen Kanal diesen Prozess wieder umkehrt. Die Ergebnisse stimmen mit dem Öffnungs-Modell überein, das besagt, dass die Menge der Lipidmoleküle in den Taschen und Furchen für den Konformationszustand von MscS verantwortlich ist. Darüber hinaus führte die Inkubation mit dem Detergenz Laurylmaltose-neopentylglykol, das sowohl stabilisierende als auch delipidierende Eigenschaften hat, zu einer hochaufgelösten Struktur des offenen MscS, die ein ausgeprägtes Netzwerk von Liganden zeigt. Auf der Grundlage dieser Struktur wird ein aktualisiertes Öffnungs-Modell vorgeschlagen, das besagt, dass bei der Öffnung Lipide aus den Taschen in die zytosolische Lipidschicht der Membran wandern, während Lipide aus der periplasmatischen Lipidschicht in die Furchen gelangen, die zwischen den sensor paddles entstehen. KW - mechanosensitive channels KW - electron cryomicroscopy KW - MscS KW - YnaI KW - protein-lipid interactions KW - delipidation KW - mechanosensing KW - electron microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268979 ER - TY - JOUR A1 - Achenbach, Leonard A1 - Le Hanneur, Malo A1 - Camenzind, Roland S. A1 - Bouyer, Michael A1 - Pottecher, Pierre A1 - Lafosse, Thibault T1 - Systematic bifocal decompression for isolated long thoracic nerve paresis: A case series of 12 patients JF - Interdisciplinary Neurosurgery N2 - To date, no consensus exists regarding the best surgical management of isolated, micro-traumatic long thoracic nerve (LTN) paresis. Our hypothesis was that a combined decompression of the LTN at two potential locations for entrapment would be effective in the management of dynamic LTN paresis. We report on twelve patients with isolated LTN parersis, with tenderness at two entrapment sites, who underwent bifocal LTN decompression after undergoing unsuccessful conservative treatment for at least 6 months; all patients had preoperative electrodiagnostic studies that confirmed the paresis and ruled out peripheral neuritis. Clinical and electrical improvements were observed in eight patients (67%) regarding shoulder flexion, shoulder abduction, and Quick-DASH scores. Four patients (33%) did not improve after surgery. The results corroborate our hypothesis that a bifocal LTN decompression can be an effective and reliable therapeutic option in more than half of a very selective patient population suffering from serratus anterior muscle deficiency. KW - entrapment, traction KW - serratus anterior KW - scapular winging KW - scapula alata KW - dyskinesia KW - peripheral nerve KW - nerve compression KW - micro-traumatic KW - neurolysis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265085 VL - 27 ER - TY - JOUR A1 - Goettler, David A1 - Niekler, Patricia A1 - Liese, Johannes G. A1 - Streng, Andrea T1 - Epidemiology and direct healthcare costs of Influenza-associated hospitalizations - nationwide inpatient data (Germany 2010-2019) JF - BMC Public Health N2 - Introduction Detailed and up-to-date data on the epidemiology and healthcare costs of Influenza are fundamental for public health decision-making. We analyzed inpatient data on Influenza-associated hospitalizations (IAH), selected complications and risk factors, and their related direct costs for Germany during ten consecutive years. Methods We conducted a retrospective cost-of-illness study on patients with laboratory-confirmed IAH (ICD-10-GM code J09/J10 as primary diagnosis) by ICD-10-GM-based remote data query using the Hospital Statistics database of the German Federal Statistical Office. Clinical data and associated direct costs of hospital treatment are presented stratified by demographic and clinical variables. Results Between January 2010 to December 2019, 156,097 persons were hospitalized due to laboratory-confirmed Influenza (J09/J10 primary diagnosis). The annual cumulative incidence was low in 2010, 2012 and 2014 (1.3 to 3.1 hospitalizations per 100,000 persons) and high in 2013 and 2015-2019 (12.6 to 60.3). Overall direct per patient hospitalization costs were mean (SD) 3521 EUR (± 8896) and median (IQR) 1805 EUR (1502; 2694), with the highest mean costs in 2010 (mean 8965 EUR ± 26,538) and the lowest costs in 2012 (mean 2588 EUR ± 6153). Mean costs were highest in 60-69 year olds, and in 50-59, 70-79 and 40-49 year olds; they were lowest in 10-19 year olds. Increased costs were associated with conditions such as diabetes (frequency 15.0%; 3.45-fold increase compared to those without diabetes), adiposity (3.3%; 2.09-fold increase) or immune disorders (5.6%; 1.88-fold increase) and with Influenza-associated complications such as Influenza pneumonia (24.3%; 1.95-fold), bacterial pneumonia (6.3%; 3.86-fold), ARDS (1.2%; 10.90-fold increase) or sepsis (2.3%; 8.30-fold). Estimated overall costs reported for the 10-year period were 549.6 Million euros (95% CI 542.7-556.4 million euros). Conclusion We found that the economic burden of IAH in Germany is substantial, even when considering solely laboratory-confirmed IAH reported as primary diagnosis. The highest costs were found in the elderly, patients with certain underlying risk factors and patients who required advanced life support treatment, and median and mean costs showed considerable variations between single years. Furthermore, there was a relevant burden of disease in middle-aged adults, who are not covered by the current vaccination recommendations in Germany. KW - burden KW - influenza KW - epidemiology KW - healthcare costs KW - hospitalization KW - ICD-10 KW - Germany Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265888 VL - 22 ER - TY - THES A1 - Trujillo Viera, Jonathan T1 - Protein kinase D2 drives chylomicron-mediate lipid transport in the intestine and promotes obesity T1 - Die Proteinkinase D2 treibt den Chylomicron-vermittelten Lipidtransport im Darm an und fördert Fettleibigkeit N2 - Obesity and associated metabolic syndrome are growing concerns in modern society due to the negative consequences for human health and well-being. Cardiovascular diseases and type 2 diabetes are only some of the pathologies associated to overweight. Among the main causes are decreased physical activity and food availability and composition. Diets with high content of fat are energy-dense and their overconsumption leads to an energy imbalance, which ultimately promotes energy storage as fat and obesity. Aberrant activation of signalling cascades and hormonal imbalances are characteristic of this disease and members of the Protein Kinase D (PKD) family have been found to be involved in several mechanisms mediating metabolic homeostasis. Therefore, we aimed to investigate the role of Protein Kinase D2 (PKD2) in the regulation of metabolism. Our investigation initiated with a mice model for global PKD2 inactivation, which allowed us to prove a direct involvement of this kinase in lipids homeostasis and obesity. Inactivation of PKD2 protected the mice from high-fat diet-induced obesity and improved their response to glucose, insulin and lipids. Furthermore, the results indicated that, even though there were no changes in energy intake or expenditure, inactivation of PKD2 limited the absorption of fat from the intestine and promoted energy excretion in feces. These results were verified in a mice model for specific deletion of intestinal PKD2. These mice not only displayed an improved metabolic fitness but also a healthier gut microbiome profile. In addition, we made use of a small-molecule inhibitor of PKD in order to prove that local inhibition of PKD2 in the intestine was sufficient to inhibit lipid absorption. The usage of the inhibitor not only protected the mice from obesity but also was efficient in avoiding additional body-weight gain after obesity was pre-established in mice. Mechanistically, we determined that PKD2 regulates lipids uptake in enterocytes by phosphorylation of Apolipoprotein A4 (APOA4) and regulation of chylomicron-mediated triglyceride absorption. PKD2 deletion or inactivation increased abundance of APOA4 and decreased the size of chylomicrons and therefore lipids absorption from the diet. Moreover, intestinal activation of PKD2 in human obese patients correlated with higher levels of triglycerides in circulation and a detrimental blood profile. In conclusion, we demonstrated that PKD2 is a key regulator of dietary fat absorption in murine and human context, and its inhibition might contribute to the treatment of obesity. N2 - Fettleibigkeit und das damit verbundene metabolische Syndrom stellt in der modernen Gesellschaft aufgrund der negativen Folgen für die menschliche Gesundheit und das Wohlbefinden ein zunehmendes Problem dar. Herz-Kreislauf-Erkrankungen und Typ- 2-Diabetes sind nur einige der mit Übergewicht verbundenen Pathologien. Zu den Hauptursachen zählen eine verminderte körperliche Aktivität sowie die Verfügbarkeit und Zusammensetzung von Nahrungsmitteln. Diäten mit hohem Fettgehalt haben eine hohe Energiedichte und ihr übermäßiger Konsum führt zu einem Energieungleichgewicht, das letztendlich die Energiespeicherung als Fett und Fettleibigkeit fördert. Aberrante Aktivierung von Signalkaskaden und hormonelle Ungleichgewichte sind charakteristisch für diese Krankheit, und es wurde festgestellt, dass Mitglieder der Protein Kinase D (PKD) -Familie an mehreren Mechanismen der metabolischen Homöostase beteiligt sind. Daher zielten wir darauf ab die Rolle der Proteinkinase D2 (PKD2) bei der Regulation des Stoffwechsels zu untersuchen. Unsere Untersuchung begann mit einem Mäusemodell für die globale PKD2- Inaktivierung, welches es uns ermöglichte, eine direkte Beteiligung dieser Kinase an der Lipidhomöostase und Fettleibigkeit nachzuweisen. Die Inaktivierung von PKD2 schützte die Mäuse vor fettreicher diätbedingter Fettleibigkeit und verbesserte ihre Reaktion auf Glukose, Insulin und Lipide. Darüber hinaus zeigten die Ergebnisse, dass die Inaktivierung von PKD2 die Absorption von Fett über den Darm begrenzte und die Energieausscheidung im Kot förderte, obwohl sich die Energieaufnahme oder der Energieverbrauch nicht änderten. Diese Ergebnisse wurden in einem Mäusemodell mit spezifischer Deletion von intestinaler PKD2 verifiziert. Diese Mäuse zeigten nicht nur eine verbesserte metabolische Fitness, sondern auch ein gesünderes Darmmikrobiomprofil. Zusätzlich verwendeten wir einen niedermolekularen PKD- Inhibitor, um zu beweisen, dass die lokale Hemmung von PKD2 im Darm ausreicht, um die Lipidabsorption zu hemmen. Die Verwendung des Inhibitors schützte die Mäuse nicht nur vor Fettleibigkeit, sondern verhinderte auch wirksam eine zusätzliche Gewichtszunahme, nachdem bei Mäusen bereits Fettleibigkeit festgestellt worden war. Mechanistisch haben wir festgestellt, dass PKD2 die Lipidaufnahme in Enterozyten durch Phosphorylierung von Apolipoprotein A4 (APOA4) und Regulation der Chylomicron-vermittelten Triglyceridabsorption reguliert. Die Deletion oder Inaktivierung von PKD2 erhöhte die Häufigkeit von APOA4 und verringerte die Größe der Chylomikronen und damit die Lipidabsorption aus der Nahrung. Darüber hinaus korrelierte die intestinale Aktivierung von PKD2 bei adipösen Patienten mit höheren Triglyceridspiegeln im Kreislauf und einem schädlichen Blutprofil. Zusammenfassend haben wir gezeigt, dass PKD2 ein Schlüsselregulator für die Aufnahme von Nahrungsfett im murinen und menschlichen Kontext ist und seine Hemmung zur Behandlung von Fettleibigkeit beitragen könnte KW - Chylomicrons KW - Übergewicht KW - Proteinkinase D KW - Darm KW - Protein Kinase D2 KW - Chylomicron KW - Obesity Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265095 ER - TY - THES A1 - Matera, Gianluca T1 - Global mapping of RNA-RNA interactions in \(Salmonella\) via RIL-seq T1 - Globale Analyse der RNA-RNA-Interaktionen in \(Salmonella\) mittels RIL-seq N2 - RNA represents one of the most abundant macromolecules in both eukaryotic and prokaryotic cells. Since the discovery that RNA could play important gene regulatory functions in the physiology of a cell, small regulatory RNAs (sRNAs) have been at the center of molecular biology studies. Functional sRNAs can be independently transcribed or derived from processing of mRNAs and other non-coding regions and they often associate with RNA-binding proteins (RBPs). Ever since the two major bacterial RBPs, Hfq and ProQ, were identified, the way we approach the identification and characterization of sRNAs has drastically changed. Initially, a single sRNA was annotated and its function studied with the use of low-throughput biochemical techniques. However, the development of RNA-seq techniques over the last decades allowed for a broader identification of sRNAs and their functions. The process of studying a sRNA mainly focuses on the characterization of its interacting RNA partner(s) and the consequences of this binding. By using RNA interaction by ligation and sequencing (RIL-seq), the present thesis aimed at a high-throughput mapping of the Hfq-mediated RNA-RNA network in the major human pathogen Salmonella enterica. RIL-seq was at first performed in early stationary phase growing bacteria, which enabled the identification of ~1,800 unique interactions. In- depth analysis of such complex network was performed with the aid of a newly implemented RIL-seq browser. The interactome revealed known and new interactions involving sRNAs and genes part of the envelope regulon. A deeper investigation led to the identification of a new RNA sponge of the MicF sRNA, namely OppX, involved in establishing a cross-talk between the permeability at the outer membrane and the transport capacity at the periplasm and the inner membrane. Additionally, RIL-seq was applied to Salmonella enterica grown in SPI-2 medium, a condition that mimicks the intracellular lifestyle of this pathogen, and finally extended to in vivo conditions during macrophage infection. Collectively, the results obtained in the present thesis helped unveiling the complexity of such RNA networks. This work set the basis for the discovery of new mechanisms of RNA-based regulation, for the identification of a new physiological role of RNA sponges and finally provided the first resource of RNA interactions during infection conditions in a major human pathogen. N2 - RNA ist eines der am häufigsten vorkommenden Makromoleküle sowohl in eukaryontischen als auch in prokaryontischen Zellen. Seit der Entdeckung, dass RNA wichtige genregulatorische Funktionen in der Physiologie einer Zelle spielen könnte, stehen kleine regulatorische RNAs (sRNAs) im Mittelpunkt molekularbiologischer Studien. Funktionelle sRNAs können alleinstehend von nicht-codierenden oder codierenden Bereichen des Genoms transkribiert werden, aber sie können auch durch die Prozessierung einer mRNA entstehen. Des Weiteren sind sRNAs häufig mit RNA- bindenden Proteinen (RBPs) assoziiert. Seitdem die beiden wichtigsten bakteriellen RBPs, Hfq und ProQ, identifiziert wurden, hat sich die Art und Weise, wie wir an die Identifizierung und Charakterisierung von sRNAs herangehen, drastisch verändert. Ursprünglich wurden sRNAs annotiert und anschließend für einzelne sRNAs die Funktion mit biochemischen Techniken untersucht. Die Entwicklung von RNA-seq-Techniken in den letzten Jahrzehnten ermöglichte nun jedoch eine globale Identifizierung von sRNAs und ihren Funktionen. Der Prozess der Untersuchung einer sRNA konzentriert sich hauptsächlich auf die Charakterisierung ihrer interagierenden RNA-Partner und die Folgen dieser Bindung. Mit Hilfe der RNA-Interaktion durch Ligation und Sequenzierung (RIL-seq) wurde in der vorliegenden Arbeit eine Hochdurchsatzkartierung des Hfq-vermittelten RNA-RNA-Netzwerks in dem wichtigen humanen Krankheitserreger Salmonella enterica durchgeführt. RIL-seq wurde zunächst in Bakterien in der frühen stationären Wachstumsphase durchgeführt, was die Identifizierung von ~1.800 einzigartigen Interaktionen ermöglichte. Mit Hilfe eines neu implementierten RIL-seq-Browsers wurde daraufhin eine eingehende Analyse dieses komplexen Netzwerks durchgeführt. Das Interaktom enthüllte bekannte und neue Interaktionen zwischen sRNAs und mRNAs, die Teil des Zellwand-Regulons sind. Eine tiefergehende Untersuchung führte zur Identifizierung eines neuen RNA-Schwammes, OppX, welcher mit der sRNA MicF bindet und so die Herstellung eines Cross-Talks zwischen der Permeabilität an der äußeren Membran und der Transportkapazität am Periplasma und der inneren Membran ermöglicht. Darüber hinaus wurde RIL-seq für Salmonella enterica angewandt, welche in SPI-2-Medium gewachsen waren, wobei diese Bedingung, die den intrazellulären Lebensstil dieses Erregers nachahmt. Durch die Infektion von Makrophagen mit dem Bakterium, wurde das RIL-seq Protokoll des Weiteren unter in vivo Bedingungen getestet. Insgesamt trugen die in dieser Arbeit erzielten Ergebnisse dazu bei, die Komplexität solcher RNA- Netzwerke zu enthüllen. Diese Arbeit bildete die Grundlage für die Entdeckung neuer Mechanismen der RNA-basierten Regulierung als auch für die Identifizierung einer neuen physiologischen Rolle von RNA- Schwämmen und lieferte letztendlich die erste Untersuchung für RNA- Interaktionen unter Infektionsbedingungen in einem wichtigen menschlichen Krankheitserreger. KW - Small RNA KW - RNA KW - infection biology KW - Salmonella KW - MicF Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268776 ER - TY - THES A1 - Slyschak, Anna T1 - Fear conditioning, its generalization and extinction in children and adolescents under consideration of trait anxiety and anxiety sensitivity T1 - Furchtkonditionierung, ihre Generalisierung und Extinktion bei Kindern und Jugendlichen unter Berücksichtigung von Ängstlichkeit und Angstsensitivität N2 - The propounded thesis investigated fear learning including fear conditioning, its generalization as well as its extinction in 133 healthy children and adolescents aged 8 to 17 years. The main goal was to analyze these processes also in the course of childhood and adolescence due to far less research in this age span compared to adults. Of note, childhood is the typical period for the onset of anxiety disorders. To achieve this, an aversive discriminative fear conditioning, generalization and extinction paradigm, which based on the “screaming lady paradigm” from Lau et al. (2008) and was adapted by Schiele & Reinhard et al. (2016), was applied. All probands traversed the pre-acquisition (4 x CS-, 4 x CS+, no US), the acquisition (12 x CS-, 12 x CS+, reinforcement rate: 83%), the generalization (12 x CS-, 12 x GS4, 12 x GS3, 12 x GS2, 12 x GS1, 12 x CS+, reinforcement rate: 50%) and the extinction (18 x CS-, 18 x CS+, no US). The generalization stimuli, i.e. GS1-GS4, were built out of CS- and CS+ in different mixtures on a percentage basis in steps of 20% from CS- to CS+. Pictures of faces of two actresses with a neutral expression were used for the discriminative conditioning, whereby the CS+ was paired with a 95-dB loud female scream at the same time together with a fearful facial expression (US). CS- and GS1-GS4 were never followed by the US. Subjective ratings (arousal, valence and US expectancy) were collected and further the psychophysiological measure of the skin conductance response (SCR). The hypotheses were 1) that underage probands show a negative correlation between age and overgeneralization and 2) that anxiety is positively correlated with overgeneralization in the same sample. ANOVAs with repeated measures were conducted for all four dependent variables with phase (pre-acquisition phase, 1. + 2. acquisition phase, 1. + 2. generalization phase, 1. - 3. extinction phase) and stimulus type (CS-, CS+, GS1-GS4) as within-subject factors. For the analyses of the modulatory effects of age and anxiety in additional separate ANCOVAs were conducted including a) age, b) the STAIC score for trait anxiety and c) the CASI score for anxiety sensitivity as covariates. Sex was always included as covariate of no interest. On the one hand, findings indicated that the general extent of the reactions (arousal, valence and US expectancy ratings and the SCR) decreased with growing age, i.e. the older the probands the lower their reactions towards the stimuli regardless of the type of dependent variable. On the other hand, ratings of US expectancy, i.e. the likelihood that a stimulus is followed by a US (here: female scream coupled with a fearful facial expression), showed better discrimination skills the older the probands were, resulting in a smaller overgeneralization within older probands. It must be emphasized very clearly that no causality can be derived. Thus, it was only an association revealed between 15 age and generalization of conditioned fear, which is negative. Furthermore, no obvious impact of trait anxiety could be detected on the different processes of fear learning. Especially, no overgeneralization was expressed by the probands linked to higher trait anxiety. In contrast to trait anxiety, for anxiety sensitivity there was an association between its extent and the level of fear reactions. This could be described best with a kind of parallel shifts: the higher the anxiety sensitivity, the stronger the fear reactions. Likewise, for anxiety sensitivity no overgeneralization due to a stronger extent of anxiety sensitivity could be observed. Longitudinal follow-up examinations and, furthermore, neurobiological investigations are needed for replication purposes and purposes of gaining more supporting or opposing insights, but also for the profound exploration of the impact of hormonal changes during puberty and of the maturation processes of different brain structures. Finally, the question whether enhanced generalization of conditioned fear facilitates the development of anxiety disorders or vice versa remains unsolved yet. N2 - Die vorgelegte Doktorarbeit untersuchte Furchtlernen, wobei Furchtkonditionierung, ihre Generalisierung als auch ihre Extinktion bei 133 gesunden Kindern und Jugendlichen zwischen 8 und 17 Jahren betrachtet wurden. Das Hauptziel war es diese Prozesse auch im Laufe der Kindheit und Jugend zu analysieren, weil es sehr viel weniger Forschung für diese Altersspanne gibt im Vergleich zu Erwachsenen. Zu beachten ist, dass die Kindheit den typischen Zeitpunkt für den Beginn von Angsterkrankungen darstellt. Um dieses Ziel zu erreichen, wurde ein aversives Furchtkonditionierungs, -generalisierungs- und -extinktions-Paradigma verwendet, das auf dem „screaming lady paradigm“ von Lau et al. (2008) basiert und von Schiele und Reinhard et al. (2016) angepasst worden ist. Alle Probanden durchliefen die Prä-Akquisition (4 x CS-, 4 x CS+, kein US), die Akquisition (12 x CS-, 12 x CS+, Verstärkungsrate: 83%), die Generalisierung (12 x CS-, 12 x GS4, 12 x GS3, 12 x GS2, 12 x GS1, 12 x CS+, Verstärkungsrate: 50%) und die Extinktion (18 x CS-, 18 x CS+, kein US). Die Generalisierungsstimuli, d.h. GS1-GS4, wurden in unterschiedlichem Verhältnis aus CS- und CS+ auf einer Prozentbasis von 20%-Schritten zusammengesetzt (von CS- in Richtung CS+). Bilder von Gesichtern von zwei Schauspielerinnen mit einem neutralen Ausdruck wurden für die diskriminative Konditionierung verwendet, wobei CS+ mit einem 95-dB lauten weiblichen Schrei und gleichzeitig einem furchterfüllten Gesichtsausdruck verbunden worden ist (US). Auf CS- und GS1-GS4 folgte niemals US. Die subjektiven Ratings (Arousal, Valenz und die US expectancy) wurden erfasst und weiterhin auch die psychophysiologische Messung der Hautleitfähigkeit (SCR). Die Hypothesen lauteten, 1) dass minderjährige Probanden eine negative Korrelation zwischen Alter und Übergeneralisierung zeigen, und, 2) dass Ängstlichkeit positiv mit Übergeneralisierung in der selben Stichprobe korreliert ist. ANOVAs mit Messwiederholung wurden für alle vier abhängigen Variablen durchgeführt mit Phase (Prä-Akquisitionsphase, 1. + 2. Akquisitionsphase, 1. + 2. Generalisierungsphase, 1. – 3. Extinktionsphase) und Stimulustyp (CS-, CS+, GS1-GS4) als Inner-Subjektfaktoren. Für die Analysen zur modulierenden Wirkung von Alter und Ängstlichkeit wurden zusätzlich separate ANCOVAs durchgeführt mit a) dem Alter, b) dem STAIC-Score für die Trait Anxiety und c) dem CASI-Score für die Angstsensitivität als Kovariaten. Das Geschlecht wurde immer als Kovariate ohne Bedeutung, d.h. nur zur statistischen Kontrolle, eingeschlossen. Auf der einen Seite deuten die Ergebnisse darauf hin, dass das allgemeine Ausmaß der Reaktionen (Arousal, Valenz und US expectancy Ratings und die Hautleitfähigkeit (SCR)) mit steigendem Alter abnehmen, d.h. umso älter die Probanden sind, um so geringer sind ihre Reaktionen auf die 17 Stimuli ganz unabhängig von der Art der abhängigen Variable. Auf der anderen Seite zeigen die Ratings der US expectancy, d.h. der Wahrscheinlichkeit, das auf einen Stimulus ein US (hier: weiblicher Schrei verbunden mit einem furchterfüllten Gesichtsausdruck) folgt, bessere Diskriminations-/Unterscheidungsfähigkeiten umso älter die Probanden waren, was wiederum eine geringere Übergeneralisierung bei den älteren Probanden zur Folge hatte. Es muss sehr klar und deutlich betont werden, dass kein kausaler Zusammenhang abgeleitet werden kann bzw. darf. Somit wurde nur ein Zusammenhang zwischen dem Alter und der Generalisierung konditionierter Furcht entdeckt, der negativ ist. Weiterhin konnte kein offensichtlicher Einfluss von Trait Anxiety auf die unterschiedlichen Prozesse des Furchtlernens gefunden werden. Insbesondere wurde keine Übergeneralisierung bei den Probanden mit höherer Trait Anxiety ausgedrückt. Im Gegensatz zur Trait Anxiety gab es für die Angstsensitivität eine Verbindung zwischen ihrem Ausmaß und dem Level der Furchtreaktionen. Dies könnte am besten mit Hilfe von einer Art von Parallelverschiebungen beschrieben warden: je höher die Angstsensitivität, desto stärker die Furchtreaktionen. Gleichermaßen konnte auch für die Angstsensitivität keine Übergeneralisierung aufgrund eines stärkeren Ausmaßes an Angstsensitivität beobachtet werden. Längsschnittliche Folgeuntersuchungen und weiterhin auch neurobiologische Untersuchungen werden für Replikationszwecke und weitere Zwecke gebraucht, um unterstützende oder gegensätzliche Erkenntnisse zu gewinnen, aber auch für die gründliche Exploration des Einflusses hormoneller Veränderungen während der Pubertät und von Reifungsprozessen verschiedener Gehirnstrukturen. Abschließend bleibt die Frage, ob die erhöhte Generalisierung konditionierter Furcht die Entwicklung von Angststörungen begünstigt oder vice versa, immer noch ungelöst. KW - Furcht KW - Konditionierung KW - Kind KW - fear generalization KW - children KW - adolescents KW - fear conditioning KW - fear extinction KW - Jugend KW - Furchtkonditionierung KW - Kinder KW - Jugendliche Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267806 ER - TY - THES A1 - Sagwe, Rose Nyakemiso T1 - Pollinator diversity, pollination deficits, and pollination efficiency in avocado (\(Persea\) \(americana\)) production across different landscapes in Murang’a county, Kenya T1 - Bestäuberdiversität, Bestäubungsdefizite und Bestäubungseffizienz in der Avocado (\(Persea\) \(americana\))-Produktion in verschiedenen Landschaften im Landkreis Murang’a, Kenia N2 - Avocado (Persea americana Mill.) is a major horticultural crop that relies on insect mediated pollination. In avocado production, a knowledge gap exists as to the importance of insect pollination, especially in East African smallholder farms. Although it is evident that pollination improves the yield of avocado fruits, it is still unclear if pollination has benefits on fruit quality and the nutritional profile, particularly oils. Prior studies have shown that honey bees increase avocado’s fruit set and yield. However, an avocado flower is being visited by various insect species. Therefore, determining pollination efficiency will allow a comparison of the relative importance of the different insect species to optimize crop pollination for increased fruit set and crop yield and pollinator conservation. This study was conducted in a leading smallholder avocado production region in Kenya, first I assessed the dependence of avocado fruit set on insect pollination and whether current smallholder production systems suffer from a deficit in pollination services. Furthermore, I assessed if supplementation with colonies of the Western honey bee (Apis mellifera L.) to farms mitigated potential pollination deficits. The results revealed a very high reliance of avocado on insect pollinators, with a significantly lower fruit set observed for self- and wind-pollinated (17.4%) or self-pollinated flowers (6.4%) in comparison with insect-pollinated flowers (89.5%). I found a significant pollination deficit across farms, with hand-pollinated flowers on average producing 20.7% more fruits than non-treated open flowers prior to fruit abortion. This pollination deficit could be compensated by the supplementation of farms with A. mellifera colonies. These findings suggest that pollination is limiting fruit set in avocado and that A. mellifera supplementation on farms is a potential option to increase fruit yield. Secondly, I investigated the contribution of insect pollination to fruit and seed weight, oil, protein, carbohydrate, and phytochemicals contents (flavonoids and phenolics), and whether supplementation with pollinators (honey bee) could improve these fruit parameters was assessed. This was through pollinator-manipulative pollination treatments: hand, open, pollinator exclusion experiments. The results showed that avocado fruit weight was significantly higher in open and hand-pollinated than pollinator exclusion treatments, indicating that flower visitors/pollinators contribute to avocado yields and enhance marketability. Furthermore, insect pollination resulted in heavier seeds and higher oil contents, indicating that insect pollination is beneficial for the fruit’s high seed yield and quantity of oil. Honey bee supplementation also enhanced the avocado fruit weight by 18% more than in control farms and slightly increased the avocado oil content (3.6%). Contrarily, insect pollination did not influence other assayed fruit quality parameters (protein, carbohydrates, and phytochemicals). These results indicate that insect pollinators are essential for optimizing avocado yields, nutritional quality (oils), and thus marketability, underscoring the value of beehive supplementation to achieve high-quality avocado fruits and improved food security. Thirdly, pollinator efficiency based on pollen deposition after single visits by different pollinator species in avocado flowers was tested, and their frequency was recorded. The estimated pollination efficiency was highest in honey bees (Apis mellifera), followed by the hoverfly species (Phytomia incisa). These two species had the highest pollen deposition and more pollen grains on their bodies. In addition, honey bees were the most frequent avocado flower visitors, followed by flies. The findings from this study highlight the higher pollination efficiency of honey bees and Phytomia incisa. Hence, management practices supporting these species will promote increased avocado fruit yield. Additionally, these results imply that managed honey bees can be maintained to improve avocado pollination, particularly in areas lacking sufficient wild pollinators. N2 - Kapitel I - Allgemeine Einführung Der Rückgang der Bestäuberpopulationen stellt eine erhebliche Bedrohung für die Lebensmittel- und Ernährungssicherheit und die Erhaltung der biologischen Vielfalt dar. Die Interaktionsnetze zwischen Pflanzen und Bestäubern leisten einen wichtigen Beitrag zur globalen biologischen Vielfalt, zur Funktion des Ökosystems, zu den Ökosystemleistungen für Nutzpflanzen und schließlich zur menschlichen Ernährung. Darüber hinaus ist eine nachhaltige Landwirtschaft ohne angemessene Bewirtschaftungspraktiken nicht zu erreichen. Die enorme Nachfrage nach Nahrungsmitteln, insbesondere in den afrikanischen Ländern südlich der Sahara, hat zu einer nicht nachhaltigen Intensivierung der Pflanzenproduktion mit schädlichen Praktiken geführt, die sich negativ auf die Ökosystemleistungen auswirken. Daher ist es notwendig, die Auswirkungen der Bestäubung auf den Ertrag, die Qualität und die Marktfähigkeit von Nutzpflanzen zu verstehen und die Bestäubungsdefizite von Nutzpflanzen zu bewerten. Darüber hinaus ist es notwendig, die Bestäubungsleistung verschiedener Bestäuberarten bestimmter Kulturpflanzen zu untersuchen, um die besten Bewirtschaftungspraktiken zur Unterstützung der Ökosystemleistung zu ermitteln und die Bestäubung von Kulturpflanzen zu optimieren. In dieser Studie wurde die Avocado (Persea americana Mill.) als Modellpflanze verwendet, um die Bedeutung der Bestäubung durch Insekten zu bewerten. Die Studie wurde im Bezirk Murang'a in Kenia durchgeführt, der als ein Gebiet mit hohem Potenzial für die Avocado-Produktion gilt. In dieser Arbeit liegt der Schwerpunkt auf: 1.) Bestäubungsdefiziten in kleinbäuerlichen Avocadobetrieben und der Bewertung des Einsatzes von Honigbienen, um die Bestäubungsdefizite in Avocadoproduktionssystemen in Kenia zu verringern (Kapitel 2), 2.) den Auswirkungen der Insektenbestäubung auf das Fruchtgewicht, die Qualität und die Marktfähigkeit von Avocadofrüchten (Kapitel 3), 3.) der Charakterisierung der Bestäubungseffizienz von Avocadoblüten-Insektenbesuchern (Kapitel 4), und 4.) der allgemeinen Diskussion und Schlussfolgerung (Kapitel 5). Kapitel 2: Bestäuberergänzung mildert Bestäubungsdefizite in kleinbäuerlichen Avocado (Persea americana Mill.) Produktionssystemen in Kenia. Die Umstellung vom traditionellen Getreideanbau auf den Anbau von hochwertigen Nutzpflanzen wie Obst und Gemüse in Afrika südlich der Sahara bringt Herausforderungen mit sich, wenn es darum geht, hohe Erträge in Bezug auf Qualität und Quantität zu erhalten und zu verbessern. Zu diesen Herausforderungen gehört die unzureichende Bestäubungsleistung aufgrund des Rückgangs der Bestäuberpopulationen und -vielfalt, der auf den Verlust von Lebensräumen, Landnutzungsänderungen, Monokulturen und den wahllosen Einsatz von Agrarchemikalien zurückzuführen ist. Daher besteht ein Bedarf an angemessenen Bestäubungsleistungen, um eine nachhaltige Lebensmittel- und Ernährungssicherheit zu gewährleisten. Die Avocado ist eine der wichtigsten Exportfrüchte Kenias, die ein Fünftel der gesamten Gartenbauexporte des Landes ausmacht und somit zum Wirtschaftswachstum des Landes beiträgt. Es gibt jedoch nur wenige Informationen über die Bestäubung durch Insekten im Avocadoanbau, insbesondere in den afrikanischen Ländern südlich der Sahara. In dieser Studie wurde der normierte differenzierte Vegetationsindex (Normalized Difference Vegetation Index (NDVI)) verwendet, um Landschaften anhand der Vegetationsproduktivität in niedrig, mittel und hoch zu klassifizieren. Die Abhängigkeit des Fruchtansatzes der Avocado von der Insektenbestäubung und Bestäubungsdefiziten wurde durch manipulative Bestäubungsexperimente (Selbst- und Windbestäubung, Selbstbestäubung, Insektenbestäubung und Handbestäubung) untersucht. Die Wirkung einer zusätzlichen Bestäubung durch die Westliche Honigbiene (Apis mellifera L.) zur Behebung von Bestäubungsdefiziten wurde untersucht. Avocado war in hohem Maße von der Bestäubung durch Insekten abhängig (89,5 %), und als die kleinbäuerlichen Betriebe durch Honigbienen ergänzt wurden, wurde ein Anstieg des Fruchtansatzes um 20,7 % verzeichnet, was auf Bestäubungsdefizite hinweist. Die Beibehaltung der Früchte wurde zwei Monate nach dem Fruchtansatz überwacht, und der Fruchtabfall war in den Betrieben mit Honigbienen weniger ausgeprägt. Die Auswirkungen von Landschaftsvariablen (NDVI-Klasse, Landschaftsvielfalt, nahe gelegene landwirtschaftliche Lebensräume und Betriebsgröße) auf Bestäubungsdefizite (Fruchtansatz) und Fruchterhaltungsraten wurden ebenfalls untersucht. Die Landschaftsvariablen hatten keinen signifikanten Einfluss auf den Fruchtansatz. Mit Ausnahme der Anzahl der Avocadobäume pro Betrieb wirkte sich keine der Landschaftsvariablen auf die Fruchterhaltung aus. Die Anzahl der Avocadobäume ist negativ korreliert mit dem Prozentsatz der Fruchterhaltung. Die Ergebnisse zeigen, dass die Avocado für den Fruchtansatz in hohem Maße von Insektenbestäubern abhängig ist und dass die Ergänzung der Betriebe mit A. mellifera das Bestäubungsdefizit ausgleicht, was zu einer Steigerung des Avocado-Fruchtertrags führt. Kapitel 3: Insektenbestäubung steigert Fruchtgewicht, Qualität und Marktfähigkeit von Avocado (Persea americana) Der Beitrag von Insektenbestäubern zur landwirtschaftlichen Produktion ist weitgehend unbekannt, insbesondere im Hinblick auf die menschliche Ernährung, vor allem in Afrika südlich der Sahara. Die meisten Landwirte verbessern ihre Ernteerträge durch Düngung, künstliche Bewässerung und Pestizide sowie durch die Abholzung von Wäldern für die landwirtschaftliche Expansion, ohne den potenziellen Beitrag der Insektenbestäubung zur Verbesserung der Ernteerträge und -qualität zu erkennen. Die Avocadoproduktion hat in den letzten Jahren aufgrund der hohen Nachfrage und des Bewusstseins für die hohe Nährstoffdichte der Avocado, insbesondere für einfach ungesättigte Öle und andere Nährstoffe wie Proteine, Ballaststoffe, wichtige Antioxidantien, Vitamine und Mineralien, einen erheblichen Anstieg erfahren. Obwohl es offensichtlich ist, dass die Bestäubung den Ertrag von Avocadofrüchten verbessert, ist noch unklar, ob die Bestäubung Vorteile für die Fruchtqualität und das Nährstoffprofil, insbesondere für die Öle, hat. In dieser Studie wurde der Beitrag der Insektenbestäubung zum Frucht- und Samengewicht, zum Öl-, Protein- und Kohlenhydratgehalt sowie zum Gehalt an sekundären Pflanzenstoffen (Flavonoide und Phenole) quantifiziert, und es wurde untersucht, ob eine Ergänzung mit Bestäubern (Honigbienen) diese Fruchtparameter verbessern könnte. Dies geschah mit Hilfe von manipulativen Bestäuberexperimenten: Handbestäubung, offene Bestäubung, Bestäuberausschlussversuche. Die Ergebnisse zeigten, dass das Gewicht der Avocadofrüchte bei offener und manueller Bestäubung signifikant höher war als beim Ausschluss von Bestäubern, was darauf hindeutet, dass Blütenbesucher/Bestäuber zu den Avocadoerträgen beitragen und die Marktfähigkeit verbessern. Darüber hinaus führte die Bestäubung durch Insekten zu schwereren Samen und einem höheren Ölgehalt, was darauf hindeutet, dass die Bestäubung durch Insekten für den hohen Samenertrag und den Ölgehalt der Frucht von Vorteil ist. Der Einsatz von Honigbienen steigerte auch das Gewicht der Avocadofrüchte um 18% im Vergleich zu den Kontrollbetrieben und erhöhte den Ölgehalt der Avocados leicht (3,6%). Im Gegensatz dazu hatte die Insektenbestäubung keinen Einfluss auf andere untersuchte Qualitätsparameter der Früchte (Eiweiße, Kohlenhydrate und sekundäre Pflanzenstoffe). Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass Insektenbestäuber für die Optimierung der Avocadoerträge, der Nährstoffqualität (Öle) und damit der Marktfähigkeit von entscheidender Bedeutung sind, was den Wert der Ergänzung von Bienenstöcken zur Erzielung hochwertiger Avocadofrüchte und einer verbesserten Ernährungssicherheit unterstreicht. Kapitel 4: Charakterisierung der Bestäubungseffizienz von Blütenbesuchern der Avocado (Persea americana) durch Insekten Nicht alle Blütenbesucher sind echte Bestäuber, denn einige Besucher sind Räuber oder Diebe von Pollen oder Nektar und verlassen die Pflanze, ohne sie zu bestäuben. Frühere Studien haben gezeigt, dass Honigbienen den Fruchtansatz und den Ertrag von Avocados erhöhen. Eine Avocadoblüte wird jedoch von verschiedenen Insektenarten besucht. Die Bestimmung der Bestäubungseffizienz ermöglicht daher einen Vergleich der relativen Bedeutung der verschiedenen Insektenarten, um die Bestäubung der Pflanzen zu optimieren und so den Fruchtansatz und den Ernteertrag zu steigern und die Bestäuber zu schützen. Die Bestäubungseffizienz von Avocadoblütenbesuchern wurde bisher nur selten dokumentiert, und diese Studie ist eine der ersten, die über die Bestäubungseffizienz von Avocadoblütenbesuchern in Afrika südlich der Sahara berichtet. In der vorliegenden Studie wurde die Bestäubungseffizienz auf der Grundlage der Pollenübertragung nach einzelnen Besuchen verschiedener Bestäuberarten in Avocadoblüten getestet und deren Häufigkeit erfasst. Die geschätzte Bestäubungseffizienz war bei Honigbienen (Apis mellifera) am höchsten, gefolgt von einer Schwebfliegenart (Phytomia incisa). Diese beiden Arten hatten den höchsten Polleneintrag und mehr Pollenkörner auf ihren Körpern. Darüber hinaus waren Honigbienen die häufigsten Besucher der Avocadoblüten, gefolgt von Fliegen. Die Ergebnisse dieser Studie unterstreichen die höhere Bestäubungseffizienz von Honigbienen und Phytomia incisa. Daher werden Bewirtschaftungsmethoden, die diese Arten unterstützen, den Ertrag von Avocadofrüchten steigern. Darüber hinaus deuten diese Ergebnisse darauf hin, dass die Bewirtschaftung von Honigbienen zur Verbesserung der Avocadobestäubung beibehalten werden kann, insbesondere in Gebieten, in denen es nicht genügend Wildbestäuber gibt. Kapitel 5 - Allgemeine Diskussion In dieser Studie wurde die Bedeutung der Insektenbestäubung für die Steigerung des Ertrags und der Qualität von Avocadofrüchten untersucht und die Bestäubungseffizienz von Avocado-Insektenblütenbesuchern bewertet. Die Studie hat gezeigt, dass die Insektenbestäubung, die in den meisten Fällen unterschätzt wird, eine entscheidende und wirtschaftlich wichtige Determinante für den Ertrag, die Qualität und die Marktfähigkeit der Früchte ist. Die Erkenntnisse aus dieser Studie können genutzt werden, um die Avocado-Produktion in kleinbäuerlichen Betrieben durch die Einführung von Honigbienenvölkern zu steigern. Folglich sollten unsere umfassenden Erkenntnisse auf eine breite Palette von Kulturpflanzen übertragbar sein, um deren Erträge und die Fruchtqualität zu verbessern. Es ist bemerkenswert, dass die Landwirte von der Integration der Diversität an Wildinsektenarten mit Honigbienen profitieren werden. Dies könnte durch die Anpflanzung einer Vielzahl von Pflanzen in der Nähe der Avocadoplantagen erreicht werden, um einheimische Bestäubergemeinschaften zu unterstützen und die Abhängigkeit der Avocadobestäubung von Honigbienen allein zu verringern. Dies würde die Kosten für die Bewirtschaftung der Bienenvölker senken, insbesondere für die arme Landbevölkerung in Afrika südlich der Sahara, und die Widerstandsfähigkeit des Systems erhöhen. KW - Pollination services KW - pollination Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269202 ER - TY - THES A1 - Oliveira Alves Pereira, Ana Rita T1 - Modelling of Mesenchymal Stromal Cells Interactions within the Skeletal Niche T1 - Modellierung der Interaktionen von Mesenchymalen Stromazellen in der skelettalen Nische N2 - Mesenchymal stem/stromal cells (MSCs) are a rare subpopulation of cells first identified in bone marrow with the potential to proliferate in plastic-adherent colonies and to generate de novo bone marrow stroma and its environment upon serial transplantation to heterotopic anatomical sites. Given their multipotency and self renewal competence, MSCs are prime prospective candidates for most modern musculoskeletal-tissue engineering and regenerative medicine approaches. Still, their envisioned therapeutic use is being questioned with concerns regarding their definition, characterization and integrative functions in vivo. It is well established that microenvironmental cues such as the extracellular matrix (ECM)-chemistry, the mechanical environment and local cellular and/or paracrine interactions critically control MSCs behavior. Yet, most of the scientific knowledge regarding the biology and therapeutic effect of MSCs originates from mechanistic in vitro studies where microenvironmental cues are hardly addressed. Therefore, manifestable changes in cell proliferation behavior and multilineage differentiation potential might be triggered that eventually compromise the translation of results to clinics. This thesis aims to address the complexity of MSCs interactions within the skeletal niche microenvironment in order to provide alternative methods to bypass the current MSCs in vitro culture limitations. Firstly, the influence of ECM-chemistry on MSCs behavior in vitro was explored by means of decellularized human bone models here established. Basal or osteogenic tailored cell-derived decellularized 2D matrices (dECM), proved to be suitable culture substrates for MSCs expansion by providing close-to-native cell-ECM interactions. Moreover, quantified morphological shape changes suggested a material osteo supportive potential, further functionally validated by observable spontaneous mineralization of MSCs. Aiming to identify novel intrinsic ECM regulatory features specific to the skeletal niche, 3D decellularized human trabecular bone scaffolds (dBone) were additionally developed and comprehensively characterized. Remarkably, the MSCs cultured on dBone scaffolds exhibit upregulation of genes associated with stemness as well as niche-related protein expression advocating for the conservation of the naïve MSCs phenotype. vi On the other hand, the effect of biomimetic mineralization on MSCs osteogenic lineage differentiation potential was further addressed by hydroxyapatite functionalization of type-I collagen in presence of magnesium. Mineralized scaffolds exhibited higher cell viability and a clear trend of osteogenic genes upregulation comparing with non-mineralized scaffolds. Lastly, in order to mimic the complexity of the native MSCs environment, a dynamic culture system was applied to the 3D decellularized bone constructs, previously studied in single static conditions. Mechanical stimuli generated by (1) continuous perfusion of cell culture medium at 1.7 mL/min and (2) compressive stress from 10% uniaxial load at 1 Hz, resulted in an improved cell repopulation within the scaffold and boosting of de novo ECM production. The stress-induced gene expression pattern suggested early MSCs commitment towards the osteogenic lineage mediated by integrin matrix adhesion, therefore further corroborating the recapitulation of a reliable in vitro bone niche model in dBone scaffolds. To conclude, the here developed in vitro models provide a progressive increased biomimicking complexity through which significant insights regarding MSC interactions with microenvironmental features in the skeletal niche can be obtained, thus surely paving the way for a better understanding of the role of MSCs in bone homeostasis and regeneration. N2 - Mesenchymale Stamm-/Stromazellen (MSZ) sind eine seltene Subpopulation von Zellen, die erstmals im Knochenmark identifiziert wurden und die das Potenzial haben, sich in plastikadhärenten Kolonien zu vermehren und bei serieller Transplantation an heterotopen anatomischen Stellen de novo das Knochenmarkstroma und seine Umgebung zu bilden. Aufgrund ihrer Multipotenz und ihrer Fähigkeit zur Selbsterneuerung sind MSZ erstklassige Kandidaten für moderne Ansätze des muskuloskelettalem Gewebe-Engineering und der regenerativen Medizin. Dennoch wird ihr therapeutischer Einsatz aufgrund von Bedenken hinsichtlich ihrer Definition, Charakterisierung und in vivo Integration in Frage gestellt. Es ist hinlänglich bekannt, dass die Mikroumgebung wie die Komposition der extrazellulären Matrix (EZM), die mechanische Umgebung und die lokalen zellulären und/oder parakrinen Interaktionen das Verhalten der MSZ entscheidend beeinflussen. Die meisten wissenschaftlichen Erkenntnisse über die Biologie und die therapeutische Wirkung von MSZ stammen jedoch aus mechanistischen In-vitro-Studien, in denen Faktoren aus der naiven Mikroumgebung von MSZ kaum berücksichtigt wurden. Dies kann zu offensichtlichen Veränderungen des Zellproliferationsverhaltens und des Differenzierungspotenzials der Zellen führen, was die Übertragung der Ergebnisse in die klinische Praxis beeinträchtigt. Diese Arbeit zielt darauf ab, die Komplexität der Interaktionen von MSZ in der Mikroumgebung der skelettalen Nische zu untersuchen, um Methoden zur Umgehung der derzeitigen Limitationen bei der In-vitro-Kultur von MSZ zu etablieren. Zunächst wurde der Einfluss der EZM auf das Verhalten von MSZ in vitro mit Hilfe von dezellularisierten menschlichen Knochenmodellen untersucht. Basale oder dezellularisierte 2D-Matrizen (dECM) osteogen differenzierter Zellen erwiesen sich als geeignete Zellkultursubstrate für die MSZ-Expansion, da sie nahezu native Zell-EZM-Interaktionen ermöglichen. Darüber hinaus deutet die quantifizierten morphologischen Formveränderungen in MSZ auf ein osteoinduktives Potenzial des Materials hin, was durch eine beobachtete spontane Mineralisierung der MSZ funktionell bestätigt wurde. Mit dem Ziel, neue intrinsische EZM-Faktoren zu identifizieren, die für die skelettale Nische spezifisch sind, wurden zusätzlich dezellularisierte 3D-Gerüste aus menschlichem trabekulärem Knochen (dBone) entwickelt und umfassend charakterisiert. Bemerkenswerterweise zeigen die auf dBone-Gerüsten kultivierten MSZ eine Hochregulierung von typischen Stammzell-assoziierten Genen, sowie die Expression von charakteristischen Nischenproteinen, was für die Erhaltung des Phänotyps naiver MSZ spricht. Andererseits wurde die Auswirkung einer biomimetischen Mineralisierung auf das osteogene Potenzial von MSZ durch Hydroxyapatit-Funktionalisierung von Typ-I-Kollagen Trägermaterialien in Gegenwart von Magnesium untersucht. Mineralisierte Gerüste zeigten eine höhere Zellviabilität und einen klaren Trend zur Hochregulierung osteogener Gene im Vergleich zu nicht-mineralisierten Gerüsten. Um die Komplexität der nativen MSZ-Umgebung zu imitieren, wurde schließlich ein dynamisches Kultursystem auf die dezellularisierten 3D-Knochenkonstrukte angewandt, die zuvor unter statischen Bedingungen untersucht worden waren. Mechanische Stimuli, die durch (1) kontinuierliche Perfusion des Zellkulturmediums bei 1,7 ml/min und (2) Druckbelastung durch eine einachsige Last von 10 % bei 1 Hz erzeugt wurden, führten nachweislich zu einer verbesserten Zellrepopulation innerhalb des Gerüsts und zu einer Steigerung der de novo EZM-Produktion. Das stressinduzierte Genexpressionsmuster deutet darauf hin, dass es schon früh durch Integrin-Matrix-Adhäsion zu einer Festlegung der MSZ auf die osteogene Linie kommt, was die Rekapitulation eines Zuverlässigen in vitro-Knochennischenmodells in dBone-Konstrukten weiter bestätigt. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die hier entwickelten in vitro-Modelle eine zunehmende Komplexität der zellulären Mikroumgebung darstellen, durch die wichtige Erkenntnisse über die Interaktionen von MSZ mit der Mikroumgebung in der Knochennische gewonnen werden können, was sicherlich den Weg für ein besseres Verständnis der Rolle von MSZ in der Knochenhomöostase und -regeneration ebnet. KW - Stem Cells KW - In vitro models KW - Bone regeneration Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266603 ER - TY - THES A1 - Vafadarnejad, Ehsan T1 - Implementation and application of bioinformatics methods to analyze and visualize single-cell RNA-sequencing data T1 - Implementierung und Anwendung von bioinformatischen Methoden zur Analyse und Visualisierung von Einzelzell-Sequenzierungsdaten N2 - RNA sequencing (RNA-seq) has become a transformative method to profile genome-wide gene expression and whole transcriptome analysis over the last decade. In recent years, with the development of new technologies, it has become possible to study gene expression at single-cell level. This new advances in single-cell RNA-sequencing has revolutionized the way scientists study biological processes. Single-cell RNA-sequencing has been used in different areas to better understand the underlying mechanisms of biological processes. In particular, single-RNA-sequencing is a suitable method to study infectious diseases. Infection is composed of heterogeneous mechanisms on either the host or pathogen side and the best way to understand the heterogeneity of these mechanisms and how they interact with each other is to study infectious diseases at the single-cell level. Studying infection processes at the single-cell level can reveal not only the heterogeneity but also the dynamics of infection and the interplay between the host and pathogen at the molecular level. In this thesis, we implemented and applied different single-cell RNA-seq technologies to better understand infectious diseases. In the present work, we conducted four independent but related research works to shed light on different aspects of infection biology: ● We took advantage of this novel technology to study the consequences of RSV infection on primary human epithelial cells. The primary human epithelial cells were collected from six donors and cultured in air liquid interface (ALI) cell culture inoculated with respiratory syncytial virus (RSV). In this project, we discovered ciliated cells as the susceptible cell types in RSV infection. We applied viral load as an indicator of infection progression and used it to reconstruct the dynamics of host response to RSV infection. Reconstruction of the dynamics of infection revealed many host genes and pathways that were suppressed or induced as a result of RSV infection. Pathways related to innate immune response and interferon response were suppressed during the progression of infection and on the other hand pathways like protein targeting to endoplasmic reticulum and apoptosis were induced. ● We developed a new method which is capable of sequencing the transcriptome of a bacterium at the single-cell level and potentially can help us to characterize the bacterial heterogeneity during the course of infection. In this research project, bacteria were cultured in three different culture conditions namely Late stationary phase, Anaerobic shock and NaCl shock and we used a poly(A)-independent single-cell RNA-sequencing protocol to sequence bacteria at the single-cell level. In this work, we report the faithful capture of growth-dependent gene expression patterns in individual Salmonella and Pseudomonas bacteria. The results of our analysis showed that not only we could capture transcripts across different RNA classes but also our method is capable of discerning the transcriptome of bacteria across different culture conditions. ● We used single-cell RNA-sequencing technology to characterize the immune cells landscape over the course of atherosclerosis. Atherosclerosis is considered a cardiac disease which is highly related to infections and previous infections with bacteria or viruses is considered as a risk factor for atherosclerosis. We performed single-cell RNA sequencing of aortic CD45+ cells extracted from healthy and atherosclerotic aorta of mice. We managed to find certain cell populations which were specifically present in atherosclerotic mice. One of the atheroschelorotic populations was previously undescribed TREM2high macrophages showing enrichment in Trem2 gene expression. This population of macrophages seemed to be involved in functions like lipid metabolism and catabolism and lesion calcification. This work revealed the phenotypic heterogeneity and immune cells landscape of different immune cell populations at different stages of atherosclerosis. Our work paves the way to better describe the relation between different infectious diseases and cardiovascular diseases. ● We developed a web-based platform called Infection Atlas to browse and visualize single-cell RNA-sequencing data. Infection Atlas platform provides a user-friendly interface to study different aspects of infectious diseases at the single-cell level and can potentially promote targeted approaches to intervene in infectious diseases. This platform which is available at infection-atlas.org in the short term provides a user-friendly interface to browse and visualize different aspects of infectious diseases and in the long-term is expected to be a comprehensive atlas of infection in human and mouse across different tissues and different pathogens. Overall, in this thesis we provide a framework to study infectious diseases at the single cell level with providing novel data analysis methods and this thesis paves the way for future studies to study host-pathogen encounters at the single-cell level. N2 - RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) ist in den letzten zehn Jahren zu einer revolutionären Technik für genomweite Genexpressionsanalysen, sowie für Gesamt-Transkriptom-Analysen geworden. In den letzten Jahren ist es mit der Entwicklung neuer Technologien möglich geworden die Genexpression auf Einzelzell-Niveau zu untersuchen. Diese Fortschritte in der Einzelzell-RNA- Sequenzierung haben die Art wie Wissenschaftler biologische Prozesse betrachten von Grund auf verändert. Einzelzell-Sequenzierung wird in unterschiedlichen Bereichen angewendet, um die grundlegenden Mechanismen biologischer Prozesse besser zu verstehen. Besonders Einzelzell-Sequenzierung ist eine geeignete Methode, um Infektionskrankheiten zu untersuchen. Infektionen sind durch heterogene Mechanismen auf Wirts- und Erreger Seite gekennzeichnet. Der beste Weg die Heterogenität dieser Mechanismen zu verstehen und wie sie interagieren ist die Analyse von Infektionskrankheiten auf Einzelzell-Niveau. Untersuchungen von Infektionsprozessen auf Einzelzell-Ebene können nicht nur die Heterogenität, sondern auch die Dynamik einer Infektion und das Wechselspiel zwischen Wirt und Pathogen auf molekularer Stufe aufzeigen. In dieser Dissertation wurden unterschiedliche Einzelzell-RNA-Sequenzierung Technologien implementiert und angewandt um ein besseres Verständnis von Infektionskrankheiten zu erlangen. In der vorliegenden Arbeit haben wir vier unabhängige, aber verwandte Forschungsarbeiten durchgeführt, um unterschiedliche Aspekte von Infektionsbiologie näher zu betrachten. ● Wir nutzten die Vorteile dieser neuen Technologie, um die Konsequenzen einer RSV Infektion bei primären humanen Epithelzellen zu untersuchen. Die primären humanen Epithelzellen stammten von sechs Spendern und wurden in Luft-Flüssigkeits-Grenzflächen (ALI) Zellkultur mit dem Respiratorischen Syncytial-Virus (kurz RS-Virus) infiziert. In diesem Projekt konnten wir ciliierte Zellen als anfällige Zelltypen einer RSV Infektion zeigen. Wir haben die Viruslast als Indikator für den Fortschritt der Infektion herangezogen, als auch für die Rekonstruktion der Wirtsantwort Dynamik gegenüber einer RSV Infektion. Die Rekonstruktion der Infektionsdynamik zeigte viele Wirtsgene und Signalwege, die durch die RSV Infektion unterdrückt oder induziert wurden. Signalwege, die mit der angeborenen Immunantwort und der Interferonantwort assoziiert waren, wurden durch die fortschreitende Infektion unterdrückt und andererseits waren Signalwege, wie die Zielsteuerung von Proteinen zum endoplasmatischen Retikulum und Apoptose induziert. ● Wir haben eine neue Methode entwickelt, die es ermöglicht das Transkriptom eines Bakteriums auf Einzelzell-Niveau zu sequenzieren und potenziell helfen könnte die bakterielle Heterogenität während des Verlaufs einer Infektion zu charakterisieren. In diesem Forschungsprojekt wurden Bakterien unter folgenden drei unterschiedlichen Konditionen angezogen: Späte stationäre Phase, anaerober Schock und Natriumchlorid Schock. Anschließend wendeten wir ein poly(A) unabhängiges Einzelzell-RNA Sequenzier-Protokoll an, um Bakterien auf Einzelzell-Niveau zu sequenzieren. In dieser Arbeit berichten wir die von wachstumsabhängigen Genexpressionsmustern in einzelnen Salmonellen und Pseudomonaden. Das Ergebnis unserer Analyse zeigte, dass wir nicht nur Transkripte unterschiedlicher RNA-Klassen, sondern auch das Transkriptom von Bakterien in unterschiedlichen Wachstumsbedingungen erfassen können. ● Wir haben Einzelzell-RNA Sequenzierungs-Technologien verwendet, um die Immunzellen Zusammensetzung während des Verlaufs der Athereosklerose zu betrachten. Die Atherosklerose wird als Herzkrankheit betrachtet, die eng mit Infektionen in Zusammenhang gebracht wird. Vorherige Infektionen mit Bakterien oder Viren werden als Risikofaktor für Atherosklerose angenommen. Wir haben für aortische CD45 Zellen von der gesunden und atherosklerotischen Aorta von Mäusen Einzelzell-RNA-Sequenzierungen durchgeführt. Hierbei konnten wir bestimmte Zellpopulationen identifizieren, die spezifisch in atherosklerotischen Mäusen vorkommen. Eine der athereosklerotischen Populationen war eine zuvor unbeschriebene TREM2high Makrophagen Population, die eine erhöhte Trem2 Genexpression zeigte. Diese Population von Makrophagen schien in Funktionen wie Lipid Metabolismus, Katabolismus, sowie Kalzifizierung von Verletzungen involviert zu sein. Diese Arbeit hat die phänotypische Heterogenität und das Feld unterschiedlicher Immunzellpopulationen in unterschiedlichen Stadien der Atherosklerose aufgezeigt. Unsere Arbeit bereitet den Weg, um die Beziehung zwischen unterschiedlichen Infektionskrankheiten und kardiovaskulären Krankheiten besser zu beschreiben. ● Wir haben eine webbasierte Plattform namens „Infektionsatlas“ entwickelt, um Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten zu visualisieren und zu durchsuchen. Die „Infektionsatlas“ Plattform stellt eine nutzerfreundliche Oberfläche zur Untersuchung von unterschiedlichen Aspekten von Infektionskrankheiten auf Einzelzell-Niveau bereit und kann möglicherweise zielgerichtete Ansätze voranzutreiben, um Infektionskrankheiten zu verhindern. Diese Plattform, die unter „infection-atlas.org“ verfügbar ist, bietet im Moment eine nutzerfreundliche Oberfläche zum Durchsuchen und Darstellen unterschiedlicher Aspekte von Infektionskrankheiten. Langfristig soll es ein umfangreicher Atlas für Infektionen in Maus und Mesch in unterschiedlichen Geweben und unterschiedlichen Pathogenen. Insgesamt stellen wir in dieser Dissertation einen Rahmen zur Untersuchung von Infektionskrankheiten auf Einzelzell-Ebene mit neuen Methoden für die Datenanalyse zur Verfügung und bereiten den Weg für weitere Studien um Wirts-Pathogen Interaktionen auf Einzellzell-Niveau zu untersuchen. KW - Einzelzellanalyse Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-269258 ER - TY - THES A1 - Fey, Christina T1 - Establishment of an intestinal tissue model for pre-clinical screenings T1 - Etablierung eines Darmgewebemodells für Präklinische Screenings N2 - The small intestine represents a strong barrier separating the lumen from blood circulation thereby playing a major role in the absorption and the transport of pharmacological agents prior to their arrival on the respective target site. In order to gain more knowledge about specialized uptake mechanisms and risk assessment for the patient after oral admission of drugs, intestinal in vitro models demonstrating a close similarity to the in vivo situation are needed. In the past, cell line-based in vitro models composed of Caco-2 cells cultured on synthetic cell carriers represented the “gold standard” in the field of intestinal tissue engineering. Expressive advantages of these models are a reproducible, cost-efficient and standardized model set up, but cell function can be negatively influenced by the low porosity or unwanted molecular adhesion effects of the artificial scaffold material. Natural extracellular matrices (ECM) such as the porcine decellularized small intestinal submucosa (SIS) are used as alternative to overcome some common drawbacks; however, the fabrication of these scaffolds is time- and cost-intensive, less well standardized and the 3Rs (replacement, reduction, refinement) principle is not entirely fulfilled. Nowadays, biopolymer-based scaffolds such as the bacterial nanocellulose (BNC) suggest an interesting option of novel intestinal tissue engineered models, as the BNC shows comparable features to the native ECM regarding fiber arrangement and hydrophilic properties. Furthermore, the BNC is of non-animal origin and the manufacturing process is faster as well as well standardized at low costs. In this context, the first part of this thesis analyzed the BNC as alternative scaffold to derive standardized and functional organ models in vitro. Therefore, Caco-2 cells were cultured on two versions of BNC with respect to their surface topography, the unmodified BNC as rather smooth surface and the surface-structured BNC presenting an aligned fiber arrangement. As controls, Caco-2 in vitro models were set up on PET and SIS matrices. In this study, the BNC-based models demonstrated organ-specific properties comprising typical cellular morphologies, a characteristic tight junction protein expression profile, representative ultrastructural features and the formation of a tight epithelial barrier together with a corresponding transport activity. In summary, these results validated the high quality of the BNC-based Caco-2 models under cost-efficient conditions and their suitability for pre-clinical research purposes. However, the full functional diversity of the human intestine cannot be presented by Caco-2 cells due to their tumorigenic background and their exclusive representation of mature enterocytes. Next to the scaffold used for the setup of in vitro models, the cellular unit mainly drives functional performance, which demonstrates the crucial importance of mimicking the cellular diversity of the small intestine in vitro. In this context, intestinal primary organoids are of high interest, as they show a close similarity to the native epithelium regarding their cellular diversity comprising enterocytes, goblet cells, enteroendocrine cells, paneth cells, transit amplifying cells and stem cells. In general, such primary organoids grow in a 3D Matrigel® based environment and a medium formulation supplemented with a variety of growth factors to maintain stemness, to inhibit differentiation and to stimulate cell migration supporting long term in vitro culture. Intestinal primary spheroid/organoid cultures were set up as Transwell®-like models on both BNC variants, which resulted in a fragmentary cell layer and thereby unfavorable properties of these scaffold materials under the applied circumstances. As the BNC manufacturing process is highly flexible, surface properties could be adapted in future studies to enable a good cell adherence and barrier formation for primary intestinal cells, too. However, the application of these organoid cultures in pre-clinical research represents an enormous challenge, as the in vitro culture is complex and additionally time- and cost-intensive. With regard to the high potential of primary intestinal spheroids/organoids and the necessity of a simplified but predictive model in pre-clinical research purposes, the second part of this thesis addressed the establishment of a primary-derived immortalized intestinal cell line, which enables a standardized and cost-efficient culture (including in 2D), while maintaining the cellular diversity of the organoid in vitro cultures. In this study, immortalization of murine and human intestinal primary organoids was induced by ectopic expression of a 10- (murine) or 12 component (human) pool of genes regulating stemness and the cell cycle, which was performed in cooperation with the InSCREENeX GmbH in a 2D- and 3D-based transduction strategy. In first line, the established cell lines (cell clones) were investigated for their cell culture prerequisites to grow under simplified and cost-efficient conditions. While murine cell clones grew on uncoated plastic in a medium formulation supplemented with EGF, Noggin, Y-27632 and 10% FCS, the human cell clones demonstrated the necessity of a Col I pre coating together with the need for a medium composition commonly used for primary human spheroid/organoid cultures. Furthermore, the preceding analyses resulted in only one human cell clone and three murine cell clones for ongoing characterization. Studies regarding the proliferative properties and the specific gene as well as protein expression profile of the remaining cell clones have shown, that it is likely that transient amplifying cells (TACs) were immortalized instead of the differentiated cell types localized in primary organoids, as 2D, 3D or Transwell®-based cultures resulted in slightly different gene expression profiles and in a dramatically reduced mRNA transcript level for the analyzed marker genes representative for the differentiated cell types of the native epithelium. Further, 3D cultures demonstrated the formation of spheroid-like structures; however without forming organoid-like structures due to prolonged culture, indicating that these cell populations have lost their ability to differentiate into specific intestinal cell types. The Transwell®-based models set up of each clone exhibit organ-specific properties comprising an epithelial-like morphology, a characteristic protein expression profile with an apical mucus-layer covering the villin-1 positive cell layer, thereby representing goblet cells and enterocytes, together with representative tight junction complexes indicating an integer epithelial barrier. The proof of a functional as well as tight epithelial barrier in TEER measurements and in vivo-like transport activities qualified the established cell clones as alternative cell sources for tissue engineered models representing the small intestine to some extent. Additionally, the easy handling and cell expansion under more cost-efficient conditions compared to primary organoid cultures favors the use of these newly generated cell clones in bioavailability studies. Altogether, this work demonstrated new components, structural and cellular, for the establishment of alternative in vitro models of the small intestinal epithelium, which could be used in pre-clinical screenings for reproducible drug delivery studies. N2 - Der Dünndarm bildet eine starke Barriere aus, welche das Lumen vom Blutkreislauf trennt, und dadurch maßgeblich an der Absorption und dem Transport von pharmakologischen Wirkstoffen beteiligt ist, bevor diese ihren Wirkort erreichen. Um ein detaillierteres Wissen über die speziellen Aufnahmemechanismen zu erlangen und zur Risikoabschätzung für den Patienten nach oraler Aufnahme dieser Medikamente, sind intestinale in vitro Modelle erforderlich, die eine große Ähnlichkeit mit der Situation in vivo aufweisen. In der Vergangenheit stellten Caco-2 Zelllinien-basierte in vitro Modelle, die auf synthetischen Trägerstrukturen aufgebaut sind, den „Goldstandard“ auf dem Gebiet der intestinalen Geweberekonstruktion dar. Bedeutende Vorteile dieser Modelle sind der reproduzierbare, kosteneffiziente und standardisierte Modellaufbau, jedoch können die zellulären Funktionen durch die geringe Porosität oder die unerwünschten molekularen Adhäsionseffekte des künstlichen Trägermaterials negativ beeinflusst werden. Um einige häufige Nachteile zu überwinden werden natürliche extrazelluläre Matrizen (ECM) wie die porzine dezellularisierte Dünndarm-submukosa (SIS) verwendet, jedoch ist die Herstellung dieser Trägerstrukturen zeit- und kostenintensiv, weniger gut standardisiert und entspricht nicht ganzheitlich dem 3R-Prinzip (Replace = Vermeiden, Reduce = Verringern, Refine = Verbessern). Heutzutage ermöglichen biopolymer-basierte Trägerstrukturen wie die bakterielle Nanozellulose (BNC) die Entwicklung von neuartigen intestinalen Gewebemodellen, da die BNC eine große Ähnlichkeit hinsichtlich der Faseranordnung und der hydrophilen Eigenschaften mit der nativen ECM aufweist. Darüber hinaus ist die BNC nicht tierischen Ursprungs und der Herstellungsprozess schneller, gut standardisiert als auch kostengünstig. In diesem Zusammenhang wurde im ersten Teil dieser Arbeit nachgewiesen, dass die BNC als alternative Trägerstruktur für standardisierte und funktionelle Organmodelle in vitro geeignet ist. Dafür wurden Caco-2 Zellen auf zwei Varianten der BNC kultiviert, die sich in ihrer Oberflächentopographie unterscheiden, wobei die nicht-modifizierte BNC eine glatte Oberfläche und die oberflächen-strukturierte BNC eine ausgerichtete Faseranordnung aufweist. Als Kontrollen dienten Caco 2 zellbasierte in vitro Modelle, die auf PET- oder SIS Matrizes aufgebaut wurden. In dieser Studie wiesen die BNC-basierten Modelle die wichtigsten organ-spezifischen Eigenschaften auf, darunter eine typische zelluläre Morphologie, ein charakteristisches Expressionsprofil der Tight Junction Proteine, repräsentative ultrastrukturelle Merkmale und die Bildung einer dichten epithelialen Barriere verbunden mit einer entsprechenden Transportaktivität. Zusammenfassend bestätigten diese Ergebnisse die hohe Qualität der BNC-basierten Caco-2 Modelle unter kosteneffizienten Herstellbedingungen und ihre Eignung für präklinische Forschungszwecke. Allerdings kann die volle Funktionsvielfalt des menschlichen Darms durch Caco-2 Zellen aufgrund ihres kanzerogenen Ursprungs und der exklusiven Repräsentanz von Enterozyten nicht abgebildet werden. Neben der Trägerstruktur die für den Aufbau der in vitro Modelle verwendet wird, trägt auch die zelluläre Einheit zur Etablierung von funktionalen Modellen bei, weshalb es von großer Bedeutung ist, die zelluläre Vielfalt des Dünndarms in diesen Modellen in vitro nachzuahmen. In diesem Zusammenhang sind die primären intestinalen Organoide, die sich hauptsächlich aus Enterozyten, Becherzellen, enteroendokrinen Zellen, Paneth Zellen, Vorläuferzellen und Stammzellen zusammensetzen, von großem Interesse, da die zelluläre Komponente eine große Ähnlichkeit zum nativen Epithel aufweist. Derartige primäre Organoide werden üblicherweise in einer 3D-Matrigel® Umgebung und einer speziellen Formulierung des Mediums, die mit einer Vielzahl an Wachstumsfaktoren ergänzt wird, um das Stammzellpotenzial zu erhalten, die Differenzierung zu hemmen, die Zellmigration zu stimulieren und somit eine langfristige in vitro-Kultivierung zu unterstützt. Intestinale primäre Sphäroid-/Organoidkulturen wurden auf beiden BNC Varianten als Transwell®-ähnliche Modelle aufgebaut. Dabei zeigte sich eine fragmentierte Zellschicht was darauf schließen lässt, dass die Matrix unter diesen Bedingungen für den Modellaufbau ungeeignet ist. Da der BNC-Herstellungsprozess sehr flexibel ist, könnten die Oberflächen-eigenschaften in zukünftigen Studien angepasst werden, um so eine gute Zelladhäsion auch für primäre Darmzellen zu ermöglichen. Die Anwendung dieser Organoid-basierten Kulturen stellt jedoch für die präklinische Forschung eine enorme Herausforderung dar, da die Kultivierung komplex und zudem sehr zeit- und kosten-intensiv ist. Im Hinblick auf das hohe Potenzial der primären intestinalen Sphäroide/Organoide und der Notwendigkeit eines vereinfachten aber prädiktiven Modells für präklinische Forschungs-zwecke, befasste sich der zweite Teil der Arbeit mit der Etablierung einer primären immortalisierten intestinalen Zelllinie, die eine standardisierte und kosteneffiziente Kultur ermöglicht, wobei die zelluläre Vielfalt der in vitro Organoid-Kulturen erhalten bleibt. In dieser Studie wurden primäre Organoide aus dem murinen und dem menschlichen Dünndarm durch die ektopische Expression eines 10- (murin) bzw. 12 Komponenten (human) Pools von Genen, welche im Hinblick auf die Regulation der Stammzellen und dem Zellzyklus bekannt sind, in Zusammenarbeit mit der InSCREENeX GmbH in einer 2D- und 3D-basierten Transduktionsstrategie immortalisiert. In erster Linie wurden die etablierten Zelllinien (Zellklone) auf ihren Bedarf an Wachstumsfaktoren für die Kultivierung unter vereinfachten und kosteneffizienten Bedingungen hin untersucht. Während die murinen Zellklone auf unbeschichteten Kunststoff in einer Mediumformulierung mit hEGF, mNoggin, Y-27632 und 10% FCS wuchsen, zeigten die humanen Zellklone eine Notwendigkeit für eine Col I-Vorbeschichtung zusammen mit einer Zusammensetzung des Mediums, wie sie üblicherweise für primäre humane Sphäroide/Organoide verwendet wird. Darüber hinaus führten diese vorangegangenen Analysen dazu, dass nur ein humaner Zellklon und drei murine Zellklone umfänglich charakterisiert wurden. Studien zu proliferativen Eigenschaften und spezifischen Gen- sowie Proteinexpressionsprofilen dieser Klone haben gezeigt, dass vermutlich Vorläuferzellen (TACs) anstelle der differenzierten Zelltypen der primären Organoide immortalisiert wurden, da die Kultivierung in 2D, 3D oder in Transwell®-basierten Modellen zu einem geringfügig veränderten Genexpressionsprofil im Vergleich untereinander und zudem zu einem stark reduzierten mRNA-Transkriptionswert für die analysierten Markergene, welche die differenzierten Zelltypen des nativen Epithels repräsentieren, die Folge war. Weiterhin zeigte die 3D-Kultivierung die Bildung von Sphäroid-ähnlichen Strukturen, jedoch keine Organoid-ähnlichen Strukturen unter verlängerten Kultur-bedingungen, was darauf hinweist, dass diese Zellpopulationen ihre Eigenschaft zur Differenzierung hin zu spezifischen intestinalen Zelltypen eingebüßt haben. Die Transwell®-basierten Modelle, welche für jeden Klon etabliert wurden, weisen zudem Organ-spezifische Eigenschaften auf, wie eine epitheliale Morphologie, ein charakteristisches Protein-expressionsprofil mit einer apikalen Schleimschicht, welche den Villin-1 positiven Zelllayer bedeckt und somit den Nachweis erbringt, dass die entstandenen immortalisierten Zellpopulationen zu einem gewissen Anteil aus Becherzellen und Enterozyten bestehen. Zudem konnten repräsentative Tight-Junction Komplexe, die auf eine dichte epitheliale Barriere hinweisen, in entsprechenden Proteinexpressionsprofilanalysen nachgewiesen werden. Der Nachweis einer sowohl dichten als auch funktionellen epithelialen Barriere konnte weitergehend durch TEER-Messungen und in vivo-ähnliche Transportmechanismen für die etablierten Zellklone qualifiziert werden, wodurch diese Zellen als alternative Zellquelle für in vitro Modelle des Dünndarms verwendet werden können. Darüber hinaus begünstigt die einfache Handhabung und Zellexpansion unter kostengünstigeren Bedingungen im Vergleich zu primären Organoidkulturen den Einsatz dieser neu-generierten Zellklone für Bioverfügbarkeits-Studien. Zusammenfassend zeigte diese Arbeit neue Komponenten, strukturelle und zelluläre, für die Etablierung alternativer in vitro-Modelle des Dünndarmepithels, die in präklinischen Screenings für reproduzierbare Studien hinsichtlich der Medikamententestung verwendet werden können. KW - Dünndarm KW - In vitro KW - Tissue Engineering KW - intestinal in vitro model KW - bacterial nanocellulose KW - primary-cell-derived immortalized cell line KW - in vitro Modelle KW - Bakterielle Nanocellulose KW - Primär-basierte immortalisierte Zelllinie Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-244107 ER - TY - THES A1 - Hofstetter, Julia Eva Ines T1 - MYC shapes the composition of RNA polymerase II through direct recruitment of transcription elongation factors T1 - MYC beeinflusst die Zusammensetzung der RNA-Polymerase II durch die direkte Rekrutierung von Transkriptions-Elongationsfaktoren N2 - The transcription factor MYC is a onco-protein, found to be deregulated in many human cancers. High MYC levels correlate with an aggressive tumor outcome and poor survival rates. Despite MYC being discovered as an oncogene already in the 1970s, how MYC regulates transcription of its target genes, which are involved in cellular growth and proliferation, is not fully understood yet. In this study, the question how MYC influences factors interacting with the RNA polymerase II ensuring productive transcription of its target genes was addressed using quantitative mass spectrometry. By comparing the interactome of RNA polymerase II under varying MYC levels, several potential factors involved in transcriptional elongation were identified. Furthermore, the question which of those factors interact with MYC was answered by employing quantitative mass spectrometry of MYC itself. Thereby, the direct interaction of MYC with the transcription elongation factor SPT5, a subunit of the DRB-sensitivity inducing factor, was discovered and analyzed in greater detail. SPT5 was shown to be recruited to chromatin by MYC. In addition, the interaction site of MYC on SPT5 was narrowed down to its evolutionary conserved NGN-domain, which is the known binding site for SPT4, the earlier characterized second subunit of the DRB-sensitivity inducing factor. This finding suggests a model in which MYC and SPT4 compete for binding the NGN-domain of SPT5. Investigations of the SPT5-interacting region on MYC showed binding of SPT5 to MYC’s N-terminus including MYC-boxes 0, I and II. In order to analyze proteins interacting specifically with the N-terminal region of MYC, a truncated MYC-mutant was used for quantitative mass spectrometric analysis uncovering reduced binding for several proteins including the well-known interactor TRRAP and TRRAP-associated complexes. Summarized, ... N2 - Bei dem Transkriptionsfaktor MYC handelt es sich um ein Onkoprotein, welches in einer Vielzahl der menschlichen Krebserkrankungen in erhöhter Konzentration vorliegt, was wiederum mit einem schweren Krankheitsverlauf einhergeht. Bereits in den 1970iger Jahren wurde das Protein MYC als ein Onkoprotein identifiziert, aber wie es die Transkription seiner großen Bandbreite an Zielgenen, welche für Zellwachstum und -proliferation verantwortlich sind, reguliert, ist bisher noch nicht eindeutig geklärt. In dieser Arbeit wurde die zentrale Frage untersucht, wie MYC die Proteine beeinflusst, die mit der RNA-Polymerase II interagieren, um dadurch eine schnelle und produktive Transkription seiner Zielgene zu ermöglichen. Hierfür wurden mittels der Durchführung massenspektrometrischer Untersuchungen Proteine, die in der An- und Abwesenheit von MYC mit der RNA-Polymerase II interagieren, identifiziert, was eine MYC-bedingte Änderung einiger Elongationsfaktoren im Interaktom der RNA-Polymerase II aufzeigte. Des Weiteren wurden ebenfalls unter Zuhilfenahme massenspektrometrischer Analysen Proteine bestimmt, die mit MYC selbst interagieren. Hierdurch konnte die bisher unbeschriebene, direkte Interaktion zwischen MYC und SPT5, der großen Untereinheit des DRB-sensitivity inducing factors, aufgedeckt und näher analysiert werden. Es konnte gezeigt werden, dass MYC SPT5 zum Chromatin rekrutiert. Weiter konnte nachgewiesen werden, dass MYC mit der evolutionär konservierten NGN-Domäne von SPT5 interagiert, an welche auch SPT4, die zweite Untereinheit des DRB-sensitivity inducing factors, bindet. Dies resultiert in dem Modell, dass MYC mit SPT4 um die Bindestelle auf SPT5 konkurriert und durch dieses ersetzt werden kann. Die Nähere Untersuchung der Bindestelle von SPT5 auf MYC zeigte eine Binderegion im N-terminalen Bereich von MYC auf, der die MYC-Boxen 0, I und II miteinschließt. Um Proteine zu identifiziert, die selektiv mit dem N-terminalen Bereich von MYC interagieren, ... KW - Transkription KW - Myc KW - MYC KW - DSIF KW - Transcription KW - Cancer KW - RNA polymerase II Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-240358 ER - TY - THES A1 - Heinrich, Robert T1 - Multi-species gas detection based on an external-cavity quantum cascade laser spectrometer in the mid-infrared fingerprint region T1 - Multikomponenten Gasdetektion basierend auf einem Externen-Kavitäts-Quantenkaskadenlaser im mittleren Infrarot-Fingerprint-Bereich N2 - Laser spectroscopic gas sensing has been applied for decades for several applications as atmospheric monitoring, industrial combustion gas analysis or fundamental research. The availability of new laser sources in the mid-infrared opens the spectral fingerprint range to the technology where multiple molecules possess their fundamental ro-vibrational absorption features that allow very sensitive detection and accurate discrimination of the species. The increasing maturity of quantum cascade lasers that cover this highly interesting spectral range motivated this research to gain fundamental knowledge about the spectra of hydrocarbon gases in pure composition and in complex mixtures as they occur in the petro-chemical industry. The long-term target of developing accurate and fast hydrocarbon gas analyzers, capable of real-time operation while enabling feedback-loops, would lead to a paradigm change in this industry. This thesis aims to contribute to a higher accuracy and more comprehensive understanding of the sensing of hydrocarbon gas mixtures. This includes the acquisition of yet unavailable high resolution and high accuracy reference spectra of the respective gases, the investigation of their spectral behavior in mixtures due to collisional broadening of their transitions and the verification of the feasibility to quantitatively discriminate the spectra when several overlapping species are simultaneously measured in gas mixtures. To achieve this knowledge a new laboratory environment was planned and built up to allow for the supply of the individual gases and their arbitrary mixing. The main element was the development of a broadly tunable external-cavity quantum cascade laser based spectrometer to record the required spectra. This also included the development of a new measurement method to obtain highly resolved and nearly gap-less spectral coverage as well as a sophisticated signal post-processing that was crucial to achieve the high accuracy of the measurements. The spectroscopic setup was used for a thorough investigation of the spectra of the first seven alkanes as of their mixtures. Measurements were realized that achieved a spectral resolution of 0.001 cm-1 in the range of 6-11 µm while ensuring an accuracy of 0.001 cm-1 of the spectra and attaining a transmission sensitivity of 2.5 x 10-4 for long-time averaging of the acquired spectra. These spectral measurements accomplish a quality that compares to state-of-the art spectral databases and revealed so far undocumented details of several of the investigated gases that have not been measured with this high resolution before at the chosen measurement conditions. The results demonstrate the first laser spectroscopic discrimination of a seven component gas mixture with absolute accuracies below 0.5 vol.% in the mid-infrared provided that a sufficiently broad spectral range is covered in the measurements. Remaining challenges for obtaining improved spectral models of the gases and limitations of the measurement accuracy and technology are discussed. N2 - Laserspektroskopie ist eine seit Jahrezehnten verbreitete Methodik zur Gasmessung. Zu den Anwendungen zählen Atmosphärenuntersuchungen, die Analyse von industriellen Verbrennungsgasen oder Grundlagenforschung der Gasspektren. Die Verfügbarkeit neuer Laserquellen im mittleren Infrarotbereich eröffnet den sogenannten spektralen "Fingerprint-Bereich", in welchem eine Vielzahl von Molekülen ihre spezifischen Rotations- Vibrations-Grundschwingungen haben, und damit sehr genaue Konzentrationsbestimmung und exakte Unterscheidung der Gase ermöglicht. Die zunehmende Reife von Quantenkaskadenlasern motivierte diese Forschungsarbeit, um Grundlagenwissen über pure Kohlenwasserstoffspektren und deren Mischungen, wie sie beispielsweise in der petrochemischen Industrie auftreten, zu erlangen. Das langfristige Ziel der Entwicklung eines hochgenauen und schnellen Analysators für Kohlenwasserstoffgemische, welcher Echtzeit-Messungen und damit direkte Rückkopplungsschleifen ermöglicht, würde zu einem Paradigmenwechsel in der Prozesskontrolle vieler Industriebereiche führen. Diese Doktorarbeit leistet einen Beitrag für ein umfassenderes Verständnis und höhere Genauigkeit der Messung von Kohlenwasserstoffgemischen. Dies beinhaltet die Aufnahme bisher nicht verfügbarer hochaufgelöster und hochgenauer Referenzspektren der untersuchten Gase, die Untersuchung ihres spektralen Verhaltens bei Stoßverbreiterung in Mischungen und der quantitativen Unterscheidbarkeit, wenn Moleküle mit überlappenden Spektren gleichzeitig gemessen werden. Um dieses Wissen zu erlangen, wurde ein neuer Laboraufbau zur Untersuchung einzelner Gase sowie deren Gemische geplant und aufgebaut. Die Hauptkomponente bildet eine weit abstimmbares Externe-Kavität- Quantenkaskadenlaser-Spektrometer. Weitere Teile der Entwicklung waren zudem eine neue Messmethodik, um hochaufgelöste und im untersuchten Spektralbereich nahezu lückenlose Spektren zu erhalten, sowie eine umfangreiche Nachverarbeitung der Messdaten, welche essentiell war, um die hohe Genauigkeit der Messungen zu ermöglichen. Der Spektrometeraufbau wurde zur Untersuchung der Spektren der ersten sieben Alkane und ihrer Mischungen verwendet. Die Messungen erreichen eine spektrale Auslösung von 0.001 cm-1 im Spektralbereich von 6-11 µm und garantieren gleichzeitig eine Genauigkeit von 0.001 cm-1. Eine Sensitivität von 2.5x10-4 konnte durch das Mitteln mehrer Messungen erreicht werden. Die Qualität der Spektren ist damit vergleichbar zu aktuellen Spektren-Datenbanken und zeigt zudem bisher undokumentierte Details in mehreren Spektren der gemessenen Gase auf, welche unter den gewählten Messbedingungen bisher nicht so hochaufgelöst gemessen wurden. Die Ergebnisse demonstrieren die erste laserspektrokopische Unterscheidung eines Siebenkomponentengemisches von Kohlenwasserstoffen im mittleren Infrarotbereich mit einer absoluten Konzentrationsgenauigkeit von unter 0.5 vol.% je Komponenten. Weitere Herausforderungen zur Verbesserung spektraler Modelle der Gase sowie die Grenzen der Messgenauigkeit und der verwendeten Technologie werden diskutiert. KW - Quantenkaskadenlaser KW - Laserspektroskopie KW - Absorptionsspektroskopie KW - Externer-Kavitäts-Quanten-Kaskaden-Laser KW - Laserabsorptionspektroskopie KW - Gasförmige Kohlenwasserstoffe KW - Gasgemisch KW - MIR-Spektroskopie KW - External-Cavity Quantum Cascade Laser KW - Laser absorption spectroscopy KW - Gaseous Hydrocarbons KW - Gas mixtures KW - MIR spectroscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268640 ER - TY - JOUR A1 - Pereira, Ana Rita A1 - Trivanović, Drenka A1 - Stahlhut, Philipp A1 - Rudert, Maximilian A1 - Groll, Jürgen A1 - Herrmann, Marietta T1 - Preservation of the naïve features of mesenchymal stromal cells in vitro: Comparison of cell- and bone-derived decellularized extracellular matrix JF - Journal of Tissue Engineering N2 - The fate and behavior of bone marrow mesenchymal stem/stromal cells (BM-MSC) is bidirectionally influenced by their microenvironment, the stem cell niche, where a magnitude of biochemical and physical cues communicate in an extremely orchestrated way. It is known that simplified 2D in vitro systems for BM-MSC culture do not represent their naïve physiological environment. Here, we developed four different 2D cell-based decellularized matrices (dECM) and a 3D decellularized human trabecular-bone scaffold (dBone) to evaluate BM-MSC behavior. The obtained cell-derived matrices provided a reliable tool for cell shape-based analyses of typical features associated with osteogenic differentiation at high-throughput level. On the other hand, exploratory proteomics analysis identified native bone-specific proteins selectively expressed in dBone but not in dECM models. Together with its architectural complexity, the physico-chemical properties of dBone triggered the upregulation of stemness associated genes and niche-related protein expression, proving in vitro conservation of the naïve features of BM-MSC. KW - decellularization KW - bone model KW - stem cell niche KW - stemness KW - osteogenesis KW - 3D models Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268835 VL - 13 ER - TY - GEN A1 - Reitemeyer, Malte A1 - Weinmann, Felix T1 - Detection of UAP with a Nano Satellite T1 - Detektion von UAP mit einem Nanosatelliten BT - A feasibility study N2 - Continued reports over the past decades of unknown aerial phenomena (short UAP) have given high relevance to the investigation and research of these. Especially reports by US Navy pilots and official investigations by the US Office of the director of national intelligence have emphasized the value of such efforts. Due to the inherently limited scope of earth based observations, a satellite based instrument for detection of such phenomena may prove especially useful. This paper as such investigates the possible viability of such an instrument on a nano satellite mission. T3 - Research on Unidentified Aerial Phenomena - 1 KW - Satellit KW - UFO KW - Forschungssatellit KW - Kleinsatellit KW - Erderkundungssatellit KW - UAP KW - Nano-Satellite KW - Nanosatellit KW - UAP Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-261391 ER - TY - JOUR A1 - Stratos, Ioannis A1 - Heller, Karl-Dieter A1 - Rudert, Maximilian T1 - German surgeons' technical preferences for performing total hip arthroplasties: a survey from the National Endoprosthesis Society JF - International Orthopaedics N2 - Purpose The goal of our study was to conduct an online survey that highlights patterns of practice during total hip arthroplasty (THA). Methods The survey was conducted in June and August 2020. Three hundred thirteen members of the German Society for Endoprosthesis participated in the survey. Results The anterolateral approach is by far the most popular approach used for primary total hip arthroplasty, followed by the anterior approach during minimally invasive (55% for the anterolateral and 29% for the anterior) and regular surgery (52% for the anterolateral and 20% for the anterior). Two-thirds of the orthopaedic surgeons do not use drainages during THA. Moreover, 80% of the survey participants routinely apply tranexamic acid during surgery. Surgeons who perform minimally invasive surgery for THA use more frequently fast-track-concepts for post-operative rehabilitation. According to the interviewees, the application of fast-track-concepts leads to reduced periods of hospital stay after THA. Conclusion Our data demonstrate that patterns of practice during THA in Germany are in line with the evidence provided by current literature. This study can be seen as a stimulus to conduct similar surveys in other countries in order to promote minimally invasive surgery for THA. KW - tranexamic acid KW - total hip arthroplasty KW - approach KW - fast-track-concepts KW - minimally invasive surgery KW - drain Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266350 VL - 46 IS - 4 ER - TY - INPR A1 - Dandekar, Thomas T1 - Qubit transition into defined Bits: A fresh perspective for cosmology and unifying theories N2 - In this view point we do not change cosmology after the hot fireball starts (hence agrees well with observation), but the changed start suggested and resulting later implications lead to an even better fit with current observations (voids, supercluster and galaxy formation; matter and no antimatter) than the standard model with big bang and inflation: In an eternal ocean of qubits, a cluster of qubits crystallizes to defined bits. The universe does not jump into existence (“big bang”) but rather you have an eternal ocean of qubits in free super-position of all their quantum states (of any dimension, force field and particle type) as permanent basis. The undefined, boiling vacuum is the real “outside”, once you leave our everyday universe. A set of n Qubits in the ocean are “liquid”, in very undefined state, they have all their m possibilities for quantum states in free superposition. However, under certain conditions the qubits interact, become defined, and freeze out, crystals form and give rise to a defined, real world with all possible time series and world lines. GR holds only within the crystal. In our universe all n**m quantum possibilities are nicely separated and crystallized out to defined bit states: A toy example with 6 qubits each having 2 states illustrates, this is completely sufficient to encode space using 3 bits for x,y and z, 1 bit for particle type and 2 bits for its state. Just by crystallization, space, particles and their properties emerge from the ocean of qubits, and following the arrow of entropy, time emerges, following an arrow of time and expansion from one corner of the toy universe to everywhere else. This perspective provides time as emergent feature considering entropy: crystallization of each world line leads to defined world lines over their whole existence, while entropy ensures direction of time and higher representation of high entropy states considering the whole crystal and all slices of world lines. The crystal perspective is also economic compared to the Everett-type multiverse, each qubit has its m quantum states and n qubits interacting forming a crystal and hence turning into defined bit states has only n**m states and not more states. There is no Everett-type world splitting with every decision but rather individual world trajectories reside in individual world layers of the crystal. Finally, bit-separated crystals come and go in the qubit ocean, selecting for the ability to lay seeds for new crystals. This self-organizing reproduction selects over generations also for life-friendliness. Mathematical treatment introduces quantum action theory as a framework for a general lattice field theory extending quantum chromo dynamics where scalar fields for color interaction and gravity have to be derived from the permeating qubit-interaction field. Vacuum energy should get appropriately low by the binding properties of the qubit crystal. Connections to loop quantum gravity, string theory and emergent gravity are discussed. Standard physics (quantum computing; crystallization, solid state physics) allow validation tests of this perspective and will extend current results. KW - qubit KW - cosmology KW - phase transition KW - unified theories KW - crystallization KW - emergent gravity Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266418 ER - TY - JOUR A1 - Helin, Tapio A1 - Kretschmann, Remo T1 - Non-asymptotic error estimates for the Laplace approximation in Bayesian inverse problems JF - Numerische Mathematik N2 - In this paper we study properties of the Laplace approximation of the posterior distribution arising in nonlinear Bayesian inverse problems. Our work is motivated by Schillings et al. (Numer Math 145:915–971, 2020. https://doi.org/10.1007/s00211-020-01131-1), where it is shown that in such a setting the Laplace approximation error in Hellinger distance converges to zero in the order of the noise level. Here, we prove novel error estimates for a given noise level that also quantify the effect due to the nonlinearity of the forward mapping and the dimension of the problem. In particular, we are interested in settings in which a linear forward mapping is perturbed by a small nonlinear mapping. Our results indicate that in this case, the Laplace approximation error is of the size of the perturbation. The paper provides insight into Bayesian inference in nonlinear inverse problems, where linearization of the forward mapping has suitable approximation properties. KW - Bayesian inverse problems KW - Laplace approximation KW - nonlinear inverse problems Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265399 VL - 150 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Giampaolo, Sabrina T1 - Role of the transcription factor NFATc1 during the early stages of thymocyte development T1 - Die Bedeutung des Transkriptionsfaktors NFATc1 für frühe Differenzierungsprozesse der Thymozytenreifung N2 - T lymphocytes (T cells) represent one of the major cell populations of the immune system. Named by the place of their development, the thymus, several types can be distinguished as the αβ T cells, the γδ T cells, the mucosa-associated invariant T cells (MAIT), and the natural killer T (NKT) cells. The αβ lineages of CD4+ THelper and the CD8+ T cytotoxic cells with the T cell receptor (TCR) composed of α- and β-chain are major players of the adaptive immune system. In the thymus, CD4+ and CD8+ single positive (SP) αβ cells represent the ultimate result of positive and negative selection of CD4+CD8+ double positive (DP) thymocytes. The DP population derives from the double negative (DN) thymocytes that develop from bone marrow-derived progenitors through different stages (DN1-DN4) that are characterized by CD25 and CD44 surface expression. NFATc1, a member of the Nuclear Factor of Activated T cells (NFAT) transcription factors family, is critically involved in the differentiation and function of T cells. During thymocyte development, the nuclear expression of NFATc1 reaches the highest level at the DN3 (CD44-CD25+) stage. The hematopoietic cell-specific ablation of NFATc1 activity results in an arrest of thymocyte differentiation at the DN1 (CD44+CD25-) stage. On the other hand, over-expression of a constitutively active version of NFATc1 results in an impaired transition of DN3 cells to the DN4 (CD44-CD25-) stage, suggesting that a certain threshold level of NFATc1 activity is critical at this point. ChIP-seq and RNA-seq analysis allowed us the identification of NFATc1/A target genes involved in lineage development as the Tcra and Tcrb gene loci. Furthermore, we identified multiple NFATc1-regulated genes that are involved in γδ T cell development. In the mouse models, Rag1Cre-Nfatc1fl/fl and Rag1Cre-E2fl/fl, in which the activity of NFATc1 or inducible NFATc1 in the latter is impaired during the early stages of thymocyte development, we observed increased numbers of γδ T cells. These γδ T cells showed an unusual overexpression of CD4, a lack of CD24 expression, and overexpression of the anti-apoptotic gene Bcl2a1a. We hypothesize that during the DN stages NFATc1 plays an important role in regulating crucial steps of αβ thymocyte development and when NFATc1 activity is missing this may disturb αβ development resulting in alternative cell fates like γδ T cells. N2 - T-Lymphozyten (T-Zellen) sind eine wichtige Säule des Immunsystems. Benannt nach dem Ort ihrer Entstehung, dem Thymus, werden sie verschiedenen Linien zugeordnet, den αβ-T-Zellen, den γδ-T-Zellen, den Mukosa assoziierten invarianten T-Zellen (MAIT) und den natürlichen Killer T-Zellen (NKT). Bei den αβ-T-Zellen mit einem T-Zell-Rezeptor (TZR) aus α- und β-Kette unterscheidet man die CD4+ Helfer T- von den CD8+ zytotoxischen T-Zellen. Beide sind zentrale Bestandteile des adaptiven Immunsystems. Einfach positive (SP) CD4+ und CD8+ αβ-T-Zellen gehen aus der positiven und negativen Selektion doppelt-positiver (DP) CD4+CD8+ Zellen hervor. Zuvor durchlaufen sie als doppelt-negative (DN) Thymozyten, die von Vorläufern aus dem Knochenmark abstammen, verschiedene Stadien (DN1-DN4), die durch unterschiedliche Expression der Adhäsionsmoleküle CD25 und CD44 gekennzeichnet sind. Der Transkriptionsfaktor NFATc1, ein Mitglied der Familie Nukleärer Faktoren Aktivierter T-Zellen (NFAT), ist maßgeblich an der Differenzierung und der Funktion von T-Zellen beteiligt. Während der Thymozytenenreifung kann eine zunehmende nukleäre Expression von NFATc1 beobachtet werden, die im DN3-Stadium (CD44-CD25+) den höchsten Wert erreicht. Eine Deletion der NFATc1-Aktivität in frühen Vorläuferzellen führte zu einem Arrest der Thymozytendifferenzierung im DN1-Stadium (CD44+CD25-). Andererseits hemmte die Überexpression einer konstitutiv aktiven Form von NFATc1 den Übergang von DN3-Zellen in das DN4-Stadium (CD44-CD25-), was vermuten lässt, dass ein bestimmter Schwellenwert der NFATc1-Aktivität zu diesem Zeitpunkt von entscheidender Bedeutung ist. Mittels ChIP- und RNA-Sequenzierung gelang es, NFATc1-Zielgene im Thymus zu identifizieren. Hierzu zählten unter anderen die Tcra und Tcrb Gene. Transkriptions-analysen an isolierten DN-Thymozyten offenbarten daneben mehrere NFATc1-regulierte Gene, die an der Entwicklung von γδ-T-Zellen beteiligt sind. In den Mausmodellen, Rag1Cre-Nfatc1fl/fl und Rag1Cre-E2fl/fl, bei denen die Aktivität von NFATc1 bzw. der induzierbaren NFATc1-Aktivität zu frühen Stadien der Thymozytenentwicklung beeinträchtigt ist, stieg die Zahl von γδ-T-Zellen an. Diese γδ-T-Zellen zeigen eine unübliche Überexpression des CD4 Markers, eine fehlende Expression des Oberflächenmarkers CD24 und eine Überexpression des antiapoptotischen Gens Bcl2a1a. Wir vermuten daher, dass NFATc1 an der erfolgreichen Reifung von αβ-T-Zellen direkt beteiligt ist und fehlende NFATc1-Aktivität die Entwicklung alternativer Linien wie von γδ-T-Zellen befördert. KW - Thymocytes KW - t cells KW - NFATc1 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-246394 ER - TY - JOUR A1 - Howell, Stephen M. A1 - Gill, Manpreet A1 - Shelton, Trevor J. A1 - Nedopil, Alexander J. T1 - Reoperations are few and confined to the most valgus phenotypes 4 years after unrestricted calipered kinematically aligned TKA JF - Knee Surgery, Sports Traumatology, Arthroscopy N2 - Purpose The present study determined the postoperative phenotypes after unrestricted calipered kinematically aligned (KA) total knee arthroplasty (TKA), whether any phenotypes were associated with reoperation, implant revision, and lower outcome scores at 4 years, and whether the proportion of TKAs within each phenotype was comparable to those of the nonarthritic contralateral limb. Methods From 1117 consecutive primary TKAs treated by one surgeon with unrestricted calipered KA, an observer identified all patients (N = 198) that otherwise had normal paired femora and tibiae on a long-leg CT scanogram. In both legs, the distal femur–mechanical axis angle (FMA), proximal tibia–mechanical axis angle (TMA), and the hip–knee–ankle angle (HKA) were measured. Each alignment angle was assigned to one of Hirschmann’s five FMA, five TMA, and seven HKA phenotype categories. Results Three TKAs (1.5%) underwent reoperation for anterior knee pain or patellofemoral instability in the subgroup of patients with the more valgus phenotypes. There were no implant revisions for component loosening, wear, or tibiofemoral instability. The median Forgotten Joint Score (FJS) was similar between phenotypes. The median Oxford Knee Score (OKS) was similar between the TMA and HKA phenotypes and greatest in the most varus FMA phenotype. The phenotype proportions after calipered KA TKA were comparable to the contralateral leg. Conclusion Unrestricted calipered KA’s restoration of the wide range of phenotypes did not result in implant revision or poor FJS and OKS scores at a mean follow-up of 4 years. The few reoperated patients had a more valgus setting of the prosthetic trochlea than recommended for mechanical alignment. Designing a femoral component specifically for KA that restores patellofemoral kinematics with all phenotypes, especially the more valgus ones, is a strategy for reducing reoperation risk. KW - phenotype KW - total knee arthroplasty KW - total knee replacement KW - kinematic alignment KW - calipered KW - reoperation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-265291 VL - 30 IS - 3 ER - TY - THES A1 - Geißler, Stefan T1 - Performance Evaluation of Next-Generation Data Plane Architectures and their Components T1 - Leistungsbewertung von Data Plane Architekturen der Nächsten Generation sowie ihrer Einzelkomponenten N2 - In this doctoral thesis we cover the performance evaluation of next generation data plane architectures, comprised of complex software as well as programmable hardware components that allow fine granular configuration. In the scope of the thesis we propose mechanisms to monitor the performance of singular components and model key performance indicators of software based packet processing solutions. We present novel approaches towards network abstraction that allow the integration of heterogeneous data plane technologies into a singular network while maintaining total transparency between control and data plane. Finally, we investigate a full, complex system consisting of multiple software-based solutions and perform a detailed performance analysis. We employ simulative approaches to investigate overload control mechanisms that allow efficient operation under adversary conditions. The contributions of this work build the foundation for future research in the areas of network softwarization and network function virtualization. N2 - Diese Doktorarbeit behandelt die Leistungsbewertung von Data Plane Architekturen der nächsten Generation, die aus komplexen Softwarelösungen sowie programmierbaren Hardwarekomponenten bestehen. Hierbei werden Mechanismen entwickelt, die es ermöglichen, die Leistungsfähigkeit einzelner Komponenten zu messen und zentrale Leistungsindikatoren softwarebasierter Systeme zur Verarbeitung von Datenpaketen zu modellieren. Es werden neuartige Ansätze zur Netzabstraktion entworfen, die eine vollständig transparente Integration heterogener Technologien im selben Netz ermöglichen. Schließlich wird eine umfassende Leistungsbewertung eines komplexen Systems, das aus einer Vielzahl softwarebasierter Netzfunktionen besteht, durchgeführt. Anhand simulativer Modelle werden Überlastkontrollmechanismen entwickelt, die es dem System erlauben auch unter Überlast effizient zu arbeiten. Die Beiträge dieser Arbeit bilden die Grundlage weiterer Forschungen im Bereich der Softwarisierung von Netzen sowie der Virtualisierung von Netzfunktionen. T3 - Würzburger Beiträge zur Leistungsbewertung Verteilter Systeme - 02/21 KW - Leistungsbewertung KW - Simulation KW - Zeitdiskretes System KW - Implementierung KW - performance evaluation KW - simulation KW - discrete-time analysis KW - network softwarization KW - mobile networks Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-260157 SN - 1432-8801 ER - TY - JOUR A1 - Vogt, Marius L. A1 - Kollikowski, Alexander M. A1 - Weidner, Franziska A1 - Strinitz, Marc A1 - Feick, Jörn A1 - Essig, Fabian A1 - Neugebauer, Herrmann A1 - Haeusler, Karl Georg A1 - Pham, Mirko A1 - Maerz, Alexander T1 - Safety and Effectiveness of the New Generation APERIO® Hybrid Stent-retriever Device in Large Vessel Occlusion Stroke JF - Clinical Neuroradiology N2 - Background It is unknown whether technological advancement of stent-retriever devices influences typical observational indicators of safety or effectiveness. Methods Observational retrospective study of APERIO® (AP) vs. new generation APERIO® Hybrid (APH) (Acandis®, Pforzheim, Germany) stent-retriever device (01/2019–09/2020) for mechanical thrombectomy (MT) in large vessel occlusion (LVO) stroke. Primary effectiveness endpoint was successful recanalization eTICI (expanded Thrombolysis In Cerebral Ischemia) ≥ 2b67, primary safety endpoint was occurrence of hemorrhagic complications after MT. Secondary outcome measures were time from groin puncture to first pass and successful reperfusion, and the total number of passes needed to achieve the final recanalization result. Results A total of 298 patients with LVO stroke who were treated by MT matched the inclusion criteria: 148 patients (49.7%) treated with AP vs. 150 patients (50.3%) treated with new generation APH. Successful recanalization was not statistically different between both groups: 75.7% for AP vs. 79.3% for APH; p = 0.450. Postinterventional hemorrhagic complications and particularly subarachnoid hemorrhage as the entity possibly associated with stent-retriever device type was significantly less frequent in the group treated with the APH: 29.7% for AP and 16.0% for APH; p = 0.005; however, rates of symptomatic hemorrhage with clinical deterioration and in domo mortality were not statistically different. Neither the median number of stent-retriever passages needed to achieve final recanalization, time from groin puncture to first pass, time from groin puncture to final recanalization nor the number of cases in which successful recanalization could only be achieved by using a different stent-retriever as bail-out device differed between both groups. Conclusion In the specific example of the APERIO® stent-retriever device, we observed that further technological developments of the new generation device were not associated with disadvantages with respect to typical observational indicators of safety or effectiveness. KW - APERIO Hybrid KW - mechanical thrombectomy KW - stent-retriever device KW - stroke KW - APERIO Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-264817 VL - 32 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Guggenberger, Konstanze V. A1 - Bley, Thorsten A. A1 - Vogt, Marius L. A1 - Urbach, Horst A1 - Meckel, Stephan T1 - High-Resolution Black Blood Vessel Wall Imaging in COVID-19 Encephalopathy-Is it Really Endotheliitis? JF - Clinical Neuroradiology N2 - No abstract available. KW - Covid-19 KW - encephalopathy KW - endotheliitis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-264794 VL - 32 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Ambrožová, Lucie A1 - Finnberg, Sven A1 - Feldmann, Benedikt A1 - Buse, Jörn A1 - Preuss, Henry A1 - Ewald, Jörg A1 - Thorn, Simon T1 - Coppicing and topsoil removal promote diversity of dung‐inhabiting beetles (Coleoptera: Scarabaeidae, Geotrupidae, Staphylinidae) in forests JF - Agricultural and Forest Entomology N2 - Central European forests experience a substantial loss of open-forest organisms due to forest management and increasing nitrogen deposition. However, management strategies, removing different levels of nitrogen, have been rarely evaluated simultaneously. We tested the additive effects of coppicing and topsoil removal on communities of dung-inhabiting beetles compared to closed forests. We sampled 57 021 beetles, using baited pitfall traps exposed on 27 plots. Experimental treatments resulted in significantly different communities by promoting open-habitat species. While alpha diversity did not differ among treatments, gamma diversity of Geotrupidae and Scarabaeidae and beta diversity of Staphylinidae were higher in coppice than in forest. Functional diversity of rove beetles was higher in both, coppice and topsoil-removed plots, compared to control plots. This was likely driven by higher habitat heterogeneity in established forest openings. Five dung beetle species and four rove beetle species benefitted from coppicing, one red-listed dung beetle and two rove beetle species benefitted from topsoil removal. Our results demonstrate that dung-inhabiting beetles related to open forest patches can be promoted by both, coppicing and additional topsoil removal. A mosaic of coppice and bare-soil-rich patches can hence promote landscape-level gamma diversity of dung and rove beetles within forests. KW - nitrogen uptake KW - dung beetle KW - forest management KW - functional diversity KW - insect decline KW - rove beetle Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-258296 VL - 24 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Schossee, Nadine A1 - Veit, Gabriele A1 - Gittel, Julia A1 - Viebahn, Johannes A1 - Niklaus, Marius A1 - Klingler, Philipp A1 - Üçeyler, Nurcan A1 - Klinker, Erdwine A1 - Kobsar, Anna A1 - Boeck, Markus A1 - Koessler, Juergen T1 - Profile of the single-use, multiple-pass protein A adsorber column in immunoadsorption JF - Vox Sanguinis N2 - Background and Objectives Immunoadsorptions (IA) are used to remove autoantibodies from the plasma in autoimmune disorders. In this study, we evaluated the effects of a single-use, recombinant staphylococcal protein A-based immunoadsorber on blood composition of the patient. Materials and Methods In a cohort of patients with myasthenia gravis or stiff-person syndrome, essential parameters of blood cell count, coagulation, clinical chemistry or plasma proteins and immunoglobulins (Ig) were measured before and after IA (n = 11). Results In average, IA reduced the levels of total IgG, IgG1, IgG2 and IgG4 by approximately 60%, the acetylcholine receptor autoantibody levels by more than 70%. IgG3, IgA or IgM were diminished to a lower extent. In contrast to fibrinogen or other coagulation factors, the column markedly removed vitamin K-dependent coagulation factors II, VII, IX and X by approximately 40%–70%. Accordingly, international normalized ratio and activated partial thromboplastin time were increased after IA by 59.1% and 32.7%, respectively. Coagulation tests almost returned to baseline values within 24 h. Blood cell count, electrolytes, total protein or albumin were not essentially affected. No clinical events occurred. Conclusion The single-use, multiple-pass protein A adsorber column is highly efficient to remove IgG1, IgG2 and IgG4 or specific acetylcholine receptor autoantibodies from the plasma. Coagulation parameters should be monitored, since the column has the capacity to largely reduce vitamin K-dependent factors. KW - plasma KW - apheresis technologies KW - apheresis-therapeutic KW - blood processing KW - haemostasis Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259689 VL - 117 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Sponsler, Douglas A1 - Kallnik, Katharina A1 - Requier, Fabrice A1 - Classen, Alice A1 - Maihoff, A. Fabienne A1 - Sieger, Johanna A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf T1 - Floral preferences of mountain bumble bees are constrained by functional traits but flexible through elevation and season JF - Oikos N2 - Patterns of resource use by animals can clarify how ecological communities have assembled in the past, how they currently function and how they are likely to respond to future perturbations. Bumble bees (Hymentoptera: Bombus spp.) and their floral hosts provide a diverse yet tractable system in which to explore resource selection in the context of plant–pollinator networks. Under conditions of resource limitation, the ability of bumble bees species to coexist should depend on dietary niche overlap. In this study, we report patterns and dynamics of floral morphotype preferences in a mountain bumble bee community based on ~13 000 observations of bumble bee floral visits recorded along a 1400 m elevation gradient. We found that bumble bees are highly selective generalists, rarely visiting floral morphotypes at the rates predicted by their relative abundances. Preferences also differed markedly across bumble bee species, and these differences were well-explained by variation in bumble bee tongue length, generating patterns of preference similarity that should be expected to predict competition under conditions of resource limitation. Within species, though, morphotype preferences varied by elevation and season, possibly representing adaptive flexibility in response to the high elevational and seasonal turnover of mountain floral communities. Patterns of resource partitioning among bumble bee communities may determine which species can coexist under the altered distributions of bumble bees and their floral hosts caused by climate and land use change. KW - resource selection KW - coexistence KW - competition KW - foraging KW - niche KW - pollinator Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259653 VL - 2022 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Strunz, Patrick-Pascal A1 - Vuille-Dit-Bille, Raphael N. A1 - Fox, Mark R. A1 - Geier, Andreas A1 - Maggiorini, Marco A1 - Gassmann, Max A1 - Fruehauf, Heiko A1 - Lutz, Thomas A. A1 - Goetze, Oliver T1 - Effect of high altitude on human postprandial \(^{13}\)C-octanoate metabolism, intermediary metabolites, gastrointestinal peptides, and visceral perception JF - Neurogastroenterology and Motility N2 - Objective At high altitude (HA), acute mountain sickness (AMS) is accompanied by neurologic and upper gastrointestinal symptoms (UGS). The primary aim of this study was to test the hypothesis that delayed gastric emptying (GE), assessed by \(^{13}\)C-octanoate breath testing (OBT), causes UGS in AMS. The secondary aim was to assess post-gastric mechanisms of OBT, which could confound results under these conditions, by determination of intermediary metabolites, gastrointestinal peptides, and basal metabolic rate. Methods A prospective trial was performed in 25 healthy participants (15 male) at 4559 m (HA) and at 490 m (Zurich). GE was assessed by OBT (428 kcal solid meal) and UGS by visual analogue scales (VAS). Blood sampling of metabolites (glucose, free fatty acids (FFA), triglycerides (TG), beta-hydroxyl butyrate (BHB), L-lactate) and gastrointestinal peptides (insulin, amylin, PYY, etc.) was performed as well as blood gas analysis and spirometry. Statistical analysis: variance analyses, bivariate correlation, and multilinear regression analysis. Results After 24 h under hypoxic conditions at HA, participants developed AMS (p < 0.001). \(^{13}\)CO\(_{2}\) exhalation kinetics increased (p < 0.05) resulting in reduced estimates of gastric half-emptying times (p < 0.01). However, median resting respiratory quotients and plasma profiles of TG indicated that augmented beta-oxidation was the main predictor of accelerated \(^{13}\)CO\(_{2}\)-generation under these conditions. Conclusion Quantification of \(^{13}\)C-octanoate oxidation by a breath test is sensitive to variation in metabolic (liver) function under hypoxic conditions. \(^{13}\)C-breath testing using short-chain fatty acids is not reliable for measurement of gastric function at HA and should be considered critically in other severe hypoxic conditions, like sepsis or chronic lung disease. KW - acute hypobaric hypoxia KW - beta-oxidation KW - gastric emptying KW - stable isotope breath tests Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259611 VL - 34 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Westphale, Silke A1 - Backhaus, Joy A1 - Koenig, Sarah T1 - Quantifying teaching quality in medical education: The impact of learning gain calculation JF - Medical Education N2 - Background Student performance is a mirror of teaching quality. The pre-/post-test design allows a pragmatic approach to comparing the effects of interventions. However, the calculation of current knowledge gain scores introduces varying degrees of distortion. Here we present a new metric employing a linear weighting coefficient to reduce skewness on outcome interpretation. Methods We compared and contrasted a number of common scores (raw and relative gain scores) with our new method on two datasets, one simulated and the other empirical from a previous intervention study (n = 180) employing a pre-/post-test design. Results The outcomes of the common scores were clearly different, demonstrating a significant dependency on pre-test scores. Only the new metric revealed a linear relationship to the knowledge baseline, was less skewed on the upper or lower extremes, and proved well suited to allow the calculation of negative learning gains. Employing the empirical dataset, the new method also confirmed the interaction effect of teaching formats with specific subgroups of learner characteristics. Conclusion This work introduces a new weighted metric enabling meaningful comparisons between interventions based on a linear transformation. This method will form the basis to intertwine the calculation of test performance closely with the outcome of learning as an important factor reflecting teaching quality and efficacy. Its regular use can improve the transparency of teaching activities and outcomes, contribute to forming rounded judgements of students' acquisition of knowledge and skills and enable valuable feedforward to develop and enhance curricular concepts. KW - medical education KW - teaching quality KW - student performance KW - comparison Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259576 VL - 56 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Geyer, Johannes A1 - Haan, Peter A1 - Lorenz, Svenja A1 - Zwick, Thomas A1 - Bruns, Mona T1 - Role of labor demand in the labor market effects of a pension reform JF - Industrial Relations N2 - This paper shows that labor demand plays an important role in the labor market reactions to a pension reform in Germany. Employers with a high share of older worker inflow compared with their younger worker inflow, employers in sectors with few investments in research and development, and employers in sectors with a high share of collective bargaining agreements allow their employees to stay employed longer after the reform. These employers offer their older employees partial retirement instead of forcing them into unemployment before early retirement because the older employees incur low substitution costs and high dismissal costs. KW - pension reform KW - labor demand KW - labor market Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259446 VL - 61 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Tibken, Catharina A1 - Richter, Tobias A1 - Linden, Nicole von der A1 - Schmiedeler, Sandra A1 - Schneider, Wolfgang T1 - The role of metacognitive competences in the development of school achievement among gifted adolescents JF - Child Development N2 - Gifted underachievers perform worse in school than would be expected based on their high intelligence. Possible causes for underachievement are low motivational dispositions (need for cognition) and metacognitive competences. This study tested the interplay of these variables longitudinally with gifted and non-gifted students from Germany (N = 341, 137 females) in Grades 6 (M = 12.02 years at t1) and 8 (M = 14.07 years). Declarative and procedural metacognitive competences were assessed in the domain of reading comprehension. Path analyses showed incremental effects of procedural metacognition over and above intelligence on the development of school achievement in gifted students (β = .139). Moreover, declarative metacognition and need for cognition interactively predicted procedural metacognition (β = .169), which mediated their effect on school achievement. KW - metacognitive competences KW - high intelligence KW - school Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-258376 VL - 93 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Bae, Soyeon A1 - Müller, Jörg A1 - Förster, Bernhard A1 - Hilmers, Torben A1 - Hochrein, Sophia A1 - Jacobs, Martin A1 - Leroy, Benjamin M. L. A1 - Pretzsch, Hans A1 - Weisser, Wolfgang W. A1 - Mitesser, Oliver T1 - Tracking the temporal dynamics of insect defoliation by high‐resolution radar satellite data JF - Methods in Ecology and Evolution N2 - Quantifying tree defoliation by insects over large areas is a major challenge in forest management, but it is essential in ecosystem assessments of disturbance and resistance against herbivory. However, the trajectory from leaf-flush to insect defoliation to refoliation in broadleaf trees is highly variable. Its tracking requires high temporal- and spatial-resolution data, particularly in fragmented forests. In a unique replicated field experiment manipulating gypsy moth Lymantria dispar densities in mixed-oak forests, we examined the utility of publicly accessible satellite-borne radar (Sentinel-1) to track the fine-scale temporal trajectory of defoliation. The ratio of backscatter intensity between two polarizations from radar data of the growing season constituted a canopy development index (CDI) and a normalized CDI (NCDI), which were validated by optical (Sentinel-2) and terrestrial laser scanning (TLS) data as well by intensive caterpillar sampling from canopy fogging. The CDI and NCDI strongly correlated with optical and TLS data (Spearman's ρ = 0.79 and 0.84, respectively). The ΔNCDII\(_{Defoliation(A−C)}\) significantly explained caterpillar abundance (R\(^{2}\) = 0.52). The NCDI at critical timesteps and ΔNCDI related to defoliation and refoliation well discriminated between heavily and lightly defoliated forests. We demonstrate that the high spatial and temporal resolution and the cloud independence of Sentinel-1 radar potentially enable spatially unrestricted measurements of the highly dynamic canopy herbivory. This can help monitor insect pests, improve the prediction of outbreaks and facilitate the monitoring of forest disturbance, one of the high priority Essential Biodiversity Variables, in the near future. KW - Sentinel-1 KW - canopy herbivory KW - defoliation severity KW - gypsy moth KW - insect disturbance KW - intra-annual time-series KW - Lymantria dispar KW - remote sensing Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-258222 VL - 13 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Trappe, Julian A1 - Büdel, Christian A1 - Meister, Julia A1 - Baumhauer, Roland T1 - Combining geophysical and geomorphological data to reconstruct the development of relief of a medieval castle site in the Spessart low mountain range, Germany JF - Earth Surface Processes and Landforms N2 - Within the Spessart low mountain range in central Germany, numerous castle ruins of the 13th century ce exist. Their construction and destruction were often determined by the struggle for political and economic supremacy in the region and for control over the Spessart's natural resources. Wahlmich Castle is located in a relatively uncommon strategic and geomorphological position, characterized by a fairly remote position and atypical rough relief. In order to reconstruct the local relief development and possible human impact, a multi-method approach was applied combining two-dimensional geoelectrical measurements, geomorphological mapping and stratigraphic-sedimentological investigations. This provides new insights into the influence of landscape characteristics on choices of castle locations. The combined geoelectrical, geomorphological and stratigraphic-sedimentological data show that the rough relief is of natural origin and influenced by regional faulting, which triggered sliding and slumping as well as weathering and dissection of the surface deposits. The rough relief and the lithology permitted intensive land use and building activities. However, the location of the castle offered access to and possibly control over important medieval traffic routes and also represented certain ownership claims in the Aschaff River valley. The economic situation combined with rivalry between different elites led to the castle being built in a geomorphological challenging and strategically less valuable location. Focusing on castles located in rare and challenging geomorphological positions may therefore lead to a better understanding of castle siting in the future. KW - faulting KW - sedimentology KW - percussion core probing KW - geophysical prospection KW - geomorphological mapping KW - geoarchaeology Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-257433 VL - 47 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Peters, Annika E. A1 - Knöpper, Konrad A1 - Grafen, Anika A1 - Kastenmüller, Wolfgang T1 - A multifunctional mouse model to study the role of Samd3 JF - European Journal of Immunology N2 - The capacity to develop immunological memory is a hallmark of the adaptive immune system. To investigate the role of Samd3 for cellular immune responses and memory development, we generated a conditional knock-out mouse including a fluorescent reporter and a huDTR cassette for conditional depletion of Samd3-expressing cells. Samd3 expression was observed in NK cells and CD8 T cells, which are known for their specific function against intracellular pathogens like viruses. After acute viral infections, Samd3 expression was enriched within memory precursor cells and the frequency of Samd3-expressing cells increased during the progression into the memory phase. Similarly, during chronic viral infections, Samd3 expression was predominantly detected within precursors of exhausted CD8 T cells that are critical for viral control. At the functional level however, Samd3-deficient CD8 T cells were not compromised in the context of acute infection with Vaccinia virus or chronic infection with Lymphocytic choriomeningitis virus. Taken together, we describe a novel multifunctional mouse model to study the role of Samd3 and Samd3-expressing cells. We found that Samd3 is specifically expressed in NK cells, memory CD8 T cells, and precursor exhausted T cells during viral infections, while the molecular function of this enigmatic gene remains further unresolved. KW - viral infection KW - CD8 T cell KW - mouse model KW - NK cell KW - SAMD3 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-257362 VL - 52 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Gerhard-Hartmann, Elena A1 - Goergen, Helen A1 - Bröckelmann, Paul J. A1 - Mottok, Anja A1 - Steinmüller, Tabea A1 - Grund, Johanna A1 - Zamò, Alberto A1 - Ben-Neriah, Susana A1 - Sasse, Stephanie A1 - Borchmann, Sven A1 - Fuchs, Michael A1 - Borchmann, Peter A1 - Reinke, Sarah A1 - Engert, Andreas A1 - Veldman, Johanna A1 - Diepstra, Arjan A1 - Klapper, Wolfram A1 - Rosenwald, Andreas T1 - 9p24.1 alterations and programmed cell death 1 ligand 1 expression in early stage unfavourable classical Hodgkin lymphoma: an analysis from the German Hodgkin Study Group NIVAHL trial JF - British Journal of Haematology N2 - High programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) protein expression and copy number alterations (CNAs) of the corresponding genomic locus 9p24.1 in Hodgkin- and Reed–Sternberg cells (HRSC) have been shown to be associated with favourable response to anti-PD-1 checkpoint inhibition in relapsed/refractory (r/r) classical Hodgkin lymphoma (cHL). In the present study, we investigated baseline 9p24.1 status as well as PD-L1 and major histocompatibility complex (MHC) class I and II protein expression in 82 biopsies from patients with early stage unfavourable cHL treated with anti-PD-1-based first-line treatment in the German Hodgkin Study Group (GHSG) NIVAHL trial (ClinicalTrials.gov Identifier: NCT03004833). All evaluated specimens showed 9p24.1 CNA in HRSC to some extent, but with high intratumoral heterogeneity and an overall smaller range of alterations than reported in advanced-stage or r/r cHL. All but two cases (97%) showed PD-L1 expression by the tumour cells in variable amounts. While MHC-I was rarely expressed in >50% of HRSC, MHC-II expression in >50% of HRSC was found more frequently. No obvious impact of 9p24.1 CNA or PD-L1 and MHC-I/II expression on early response to the highly effective anti-PD-1-based NIVAHL first-line treatment was observed. Further studies evaluating an expanded panel of potential biomarkers are needed to optimally stratify anti-PD-1 first-line cHL treatment. KW - fluorescence in situ hybridisation KW - major histocompatibility complex KW - immune checkpoint blockade KW - classical Hodgkin lymphoma KW - CD274 Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-258358 VL - 196 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Jarzina, Sebastian Oskar T1 - Assessment of systemic toxicity in vitro using the Adverse Outcome Pathway (AOP) concept: nephrotoxicity due to receptor-mediated endocytosis and lysosomal overload and inhibition of mtDNA polymerase-ɣ as case studies T1 - Bewertung der systemischen Toxizität in vitro unter Verwendung des Adverse Outcome Pathway (AOP)-Konzepts: Nephrotoxizität infolge rezeptorvermittelter Endozytose und lysosomaler Überlastung sowie Hemmung der mtDNA-Polymerase-ɣ als Fallstudien N2 - The US National Research Council (NRC) report "Toxicity Testing in the 21st Century: A Vision and a strategy (Tox21)", published in 2007, calls for a complete paradigm shift in tox-icity testing. A central aspect of the proposed strategy includes the transition from apical end-points in in vivo studies to more mechanistically based in vitro tests. To support and facilitate the transition and paradigm shift in toxicity testing, the Adverse Outcome Pathway (AOP) concept is widely recognized as a pragmatic tool. As case studies, the AOP concept was ap-plied in this work to develop AOPs for proximal tubule injuries initiated by Receptor-mediated endocytosis and lysosomal overload and Inhibition of mtDNA polymerase-. These AOPs were used as a mechanistic basis for the development of in vitro assays for each key event (KE). To experimentally support the developed in vitro assays, proximal tubule cells from rat (NRK-52E) and human (RPTEC/TERT1) were treated with model compounds. To measure the dis-turbance of lysosomal function in the AOP – Receptor-mediated endocytosis and lysosomal overload, polymyxin antibiotics (polymyxin B, colistin, polymyxin B nonapeptide) were used as model compounds. Altered expression of lysosomal associated membrane protein 1/2 (LAMP-1/2) (KE1) and cathepsin D release from lysosomes (KE2) were determined by im-munofluorescence, while cytotoxicity (KE3) was measured using the CellTiter-Glo® cell via-bility assay. Importantly, significant differences in polymyxin uptake and susceptibility be-tween cell lines were observed, underlining the importance of in vitro biokinetics to determine an appropriate in vitro point of departure (PoD) for risk assessment. Compared to the in vivo situation, distinct expression of relevant transporters such as megalin and cubilin on mRNA and protein level in the used cell lines (RPTEC/TERT1 and NRK-52E) could not be con-firmed, making integration of quantitative in vitro to in vivo extrapolations (QIVIVE) neces-sary. Integration of QIVIVE by project partners of the University of Utrecht showed an im-provement in the modelled biokinetic data for polymyxin B. To assess the first key event, (KE1) Depletion of mitochondrial DNA, in the AOP – Inhibition of mtDNA polymerase-, a RT-qPCR method was used to determine the mtDNA copy number in cells treated with mod-el compounds (adefovir, cidofovir, tenofovir, adefovir dipivoxil, tenofovir disoproxil fumarate). Mitochondrial toxicity (KE2) was measured by project partners using the high-content imaging technique and MitoTracker® whereas cytotoxicity (KE3) was determined by CellTiter-Glo® cell viability assay. In contrast to the mechanistic hypothesis underlying the AOP – Inhibition of mtDNA polymerase-, treatment with model compounds for 24 h resulted in an increase rather than a decrease in mtDNA copy number (KE1). Only minor effects on mitochondrial toxicity (KE2) and cytotoxicity (KE3) were observed. Treatment of RPT-EC/TERT1 cells for 14 days showed only a slight decrease in mtDNA copy number after treatment with adefovir dipivoxil and tenofovir disoproxil fumarate, underscoring some of the limitations of short-term in vitro systems. To obtain a first estimation for risk assessment based on in vitro data, potential points of departure (PoD) for each KE were calculated from the obtained in vitro data. The most common PoDs were calculated such as the effect concentra-tion at which 10 % or 20_% effect was measured (EC10, EC20), the highest no observed effect concentration (NOEC), the lowest observed effect concentration (LOEC), the benchmark 10 % (lower / upper) concentrations (BMC10, BMCL10, BMCU10) and a modelled non-toxic con-centration (NtC). These PoDs were then compared with serum and tissue concentrations de-termined from in vivo studies after treatment with therapeutic / supratherapeutic doses of the respective drugs in order to obtain a first estimate of risk based on in vitro data. In addition, AOPs were used to test whether the quantitative key event relationships between key events allow prediction of downstream effects and effects on the adverse outcome (AO) based on measurements of an early key event. Predictions of cytotoxicity from the mathematical rela-tionships showed good concordance with measured cytotoxicity after treatment with colistin and polymyxin b nonapeptide. The work also revealed uncertainties and limitations of the ap-plied strategy, which have a significant impact on the prediction and on a risk assessment based on in vitro results. N2 - Der Bericht des US National Research Council (NRC) „Toxicity Testing in the 21st Century: A Vision and a strategy (Tox21)“, der 2007 veröffentlicht wurde, sieht einen vollständigen Paradigmenwechsel in der Toxizitätsprüfung vor. Ein zentraler Aspekt des Berichts beinhaltet den Übergang von apikal ermittelten Endpunkten für Toxizität in in vivo Studien, zu mehr mechanistisch basierten in vitro Tests. Um den Übergang zu erleichtern und den Paradigmen-wechsel in der Prüfung auf Toxizität zu unterstützen, wird das Adverse Outcome Pathway (AOP) Konzept als pragmatisches Instrument weithin anerkannt. In dieser Arbeit wurde das AOP Konzept angewandt, um neue Ansätze zur Prüfung auf systemische Toxizität zu unter-suchen. Dazu wurden AOPs für proximale Tubulusschäden, die durch lysosomale Überladung und Inhibition der mtDNA Polymerase- initiiert werden, entwickelt. Diese AOPs wurden als mechanistische Grundlage für die Entwicklung von mechanistisch relevanten in vitro Tests für jedes Schlüsselereignis (KE) verwendet. Um die entwickelten in vitro Tests experimentell zu unterstützen, wurden proximale Tubuluszellen aus der Ratte (NRK-52E) und aus dem Men-schen (RPTEC/TERT1) mit Hilfe von Modellsubstanzen behandelt. Zur Messung der Störung der lysosomalen Funktion im AOP – Rezeptor-vermittelte Endozytose und lysosomale Überla-dung wurden Polymyxin-Antibiotika (Polymyxin B, Colistin, Polymyxin B Nonapeptid) als Modellsubstanzen verwendet. Die gestörte Expression des lysosomal assoziierten Membran-proteins 1/2 (LAMP 1/2) (KE1) und die Cathepsin D Freisetzung (KE2) wurden mittels Im-munofluoreszenztechnik bestimmt und die Zytotoxizität (KE3) mittels CellTiter-Glo® Zellvia-bilitätstest gemessen. Zwischen den Zelllinien wurden signifikante Unterschiede in der Auf-nahme von Polymyxinen und der Empfindlichkeit beobachtet, was die Bedeutung der in vitro Biokinetik zur Definition eines geeigneten Ausgangspunktes für die Risikobewertung unter-streicht. Im Vergleich zur in vivo Situation, konnte eine eindeutige Expression von relevanten Trans-portern wie Megalin und Cubilin auf mRNA und Proteinebene in den verwendeten Zelllinien (RPTEC/TERT1 und NRK-52E) nicht gezeigt werden, was eine zusätzliche Integration von quantitativen in vitro zu in vivo Extrapolationen (QIVIVE) unabdingbar macht. Die Integrati-on von QIVIVE durch Projektpartner der Universität Utrecht zeigte eine Verbesserung der modellierten biokinetischen Werte für Polymyxin B. Zur Bestimmung des ersten Schlüsseler-eignisse, (KE1) Depletion von mitochondrialer DNA, im AOP – Hemmung der mitochondria-len DNA Polymerase-, wurde nach Behandlung mit Modellsubstanzen (Adefovir, Cidofovir, Tenofovir, Adefovirdipivoxil, Tenofovirdisoproxil Fumarat) eine RT-qPCR Methode verwen-det, um die mtDNA Kopienzahl zu bestimmen. Die mitochondriale Toxizität (KE2) wurde mittels eines hochauflösenden Bildgebungsverfahrens und MitoTracker® vom Projektpartner des Fraunhofer Institut in Hamburg gemessen, während die Zytotoxizität (KE3) mittels Cel-lTiter-Glo® Zellviabilitätstest ermittelt wurde. Entgegen der mechanistischen Hypothese des AOPs – Hemmung der mitochondrialen DNA Polymerase-, führte eine 24 h Behandlung mit den Modellsubstanzen eher zu einer Erhöhung als zu einer Verringerung der mtDNA-Kopienzahl (KE1). Auch wurden nur geringe Auswirkungen auf die mitochondriale Toxizität (KE2) und Zytotoxizität (KE3) beobachtet. Die Behandlung von RPTEC/TERT1 Zellen über einen Zeitraum von 14 Tagen zeigte eine leichte Abnahme der mtDNA Kopienzahl nach Be-handlung mit Adefovirdipivoxil und Tenofovirdisoproxil Fumarat, was den Bedarf an zeit-aufgelösten Daten und Einschränkungen von kurzfristigen in vitro Systemen unterstreicht. Um eine erste Einschätzung für die Risikobewertung basierend auf in vitro Daten zu erhalten, wurden aus den erhaltenen in vitro Daten für jedes KE mögliche Ausgangspunkte (Points of Departure (PoD)) berechnet. Dazu wurden gängige in vitro PoDs berechnet, wie die Effekt-konzentration, bei der 10 % bzw. 20 % Effekt gemessen wurden (EC10, EC20), die höchste Konzentration ohne Wirkung (no observed effect Konzentration (NOEC)), die niedrigste Konzentration mit beobachteter Wirkung (lowest observed effect Konzentration (LOEC)), die Benchmark 10 % (unterer / obere) Konzentrationen (BMC10, BMCL10, BMCU10) und eine modellierte nicht-toxische Konzentration (NtC). Diese wurden dann mit Serum- bzw. Ge-webskonzentrationen aus in vivo Studien verglichen, die nach Gabe therapeutischer / suprathe-rapeutischer Dosen gemessen wurden. Zusätzlich wurde überprüft, ob es mit Hilfe von quanti-tativen Beziehungen zwischen Schlüsselereignissen möglich ist, basierend auf der Bestimmung früher Schlüsselereignisse nachfolgende Effekte vorherzusagen. Diese Untersuchungen zeig-ten eine gute Korrelation der aus den mathematischen Beziehungen modellierten Daten mit den tatsächlich gemessenen Werten der Zytotoxizität der Modellsubstanzen Colistin und Po-lymyxin B-Nonapeptid. Im Rahmen der Arbeit wurden auch Unsicherheiten und Limitationen der Strategie deutlich, die maßgebliche Auswirkungen auf die Vorhersage und auf die Risiko-bewertung basierend auf in vitro Resultaten haben. KW - Adverse outcome pathway (AOP) KW - Nephrotoxicity KW - In vitro testing KW - QIVIVE KW - Risk Assessment Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-264842 ER - TY - THES A1 - Grüne, Marvin T1 - Solid-state NMR Spectroscopic, X-Ray Diffraction and Quantum Chemical Investigations of the Crystalline Cancer Drug Paclitaxel and Paclitaxel incorporated into Polymer Micelles T1 - Festkörper-NMR-, Röntgendiffraktometrie- und quantenchemische Untersuchungen des kristallinen Krebs-Wirkstoffs Paclitaxel und Paclitaxel eingebettet in Polymermizellen N2 - Paclitaxel (PTX) is one of the leading drugs against breast and ovarian cancer. Due to its low solubility, treatment of the patients with this drug requires a very well-suited combination with a soluble pharmaceutical excipient to increase the bioavailability and reduce the strong side ef-fects. One efficient way to achieve this in the future could be the incorporation of PTX into pol-ymeric micelles composed of poly(2-oxazoline) based triblock copolymers (POL) which ena-bles PTX loadings of up to 50 wt.%. However, structural information at an atomic level and thus the knowledge of interaction sites within these promising but complex PTX-POL formula-tions were not yet available. Such results could support the future development of improved excipients for PTX and suitable excipients for other pharmaceutical drugs. Therefore, a solid-state MAS NMR investigation of these amorphous formulations with different POL-PTX com-positions was performed in this thesis as this gives insights of the local structure at an atomic level in its solid state. NMR in solution showed very broad 13C signals of PTX for this system due to the reduced mobility of the incorporated drug which exclude this as an analytical meth-od. In a first study, crystalline PTX was structurally characterized by solid-state NMR as no com-plete 13C spectrum assignment and no 1H NMR data existed for the solid state. In addition, the asymmetric unit of the PTX crystal structure consists of two molecules (Z'=2) that can only be investigated in its solid state. As crystalline PTX in total has about 100 different 13C and 1H chemical shifts with very small differences due to Z’=2, and furthermore, its unit cell consisting of more than 900 atoms, accompanying GIPAW (CASTEP) calculations were required for NMR signal assignments. These calculations were performed using the first three available purely hydrous and anhydrous PTX structures, which were determined by XRD and published by Vel-la-Zarb et al. in 2013. Within this thesis, is was discovered that two investigated batches of commercially available PTX from the same supplier both contained an identical and so far un-known PTX phase that was elucidated by PXRD as well as solid-state NMR data. One of the two batches consists of an additional phase that was shown to be very similar to a known hy-drated phase published in 2013.[1] By heating the batch with the mixture of the two phases un-der vacuum, it is transformed completely to the new dry phase occurring in both PTX batches. Since the drying conditions to obtain anhydrous PTX in-situ on the PXRD setup described by Vella-Zarb et. al.[1] were much softer than ours, we identify our dry phase as a relaxed version of their published anhydrate structure. The PXRD data of the new anhydrate phase was trans-ferred into a new structural model, which currently undergoes geometry optimization. Based on solid-state NMR data at MAS spinning frequencies up to 100 kHz, a 13C and a partial 1H signal assignment for the new anhydrous structure were achieved. These results provided sufficient structural information for further investigations of the micellar POL-PTX system. In a second study, the applicability and benefit of two-dimensional solid-state 14N-1H HMQC MAS NMR spectra for the characterization of amorphous POL-PTX formulations was investi-gated. The mentioned technique has never been applied to a system of similar complexity be-fore and was chosen because around 84% of the small-molecule drugs contain at least one nitrogen atom. In addition, the number of nitrogen atoms in both POL and PTX is much smaller than the number of carbons or hydrogens, which significantly reduces the spectral complexity. 14N has a natural abundance of 99.6% but leads to quadrupolar broadening due to its nuclear spin quantum number I = 1. While this is usually undesirable due to broadening in the resulting 1D 14N NMR spectra, this effect is explicitly used in the 2D 14N-1H HMQC MAS experiment. The indirect 14N measurement can avoid the broadening while maintaining the advantage of the high natural abundance and making use of the much more dispersed signals due to the additional quadrupolar shifts as compared to 15N. This measurement method could be successfully applied to the complex amorphous POL-PTX mixtures. With increasing PTX loading of the formulations, additional peaks arise as spatial proximities of the amide nitrogens of POL to NH or OH groups of PTX. In addition, the 14N quadrupolar shift of these amide nitrogens decreases with increasing PTX content indicating a more symmetric nitrogen environment. The latter can be explained by a transformation of the trigonal planar coordination of the tertiary amide nitrogen atoms in pure POL towards a more tetrahedral environment upon PTX loading induced by the formation of hydrogen bonds with NH/OH groups of PTX. In the third and last project, the results of the two abovementioned studies were used and ex-tended by solid state 13C and two-dimensional 1H-13C as well as 1H-1H MAS NMR data with the aim to derive a structural model of the POL-PTX formulations at an atomic level. The knowledge of the NMR signal assignments for crystalline PTX was transferred to amorphous PTX (present in the micelles of the formulations). The 13C solid-state NMR signals were evalu-ated concerning changes in chemical shifts and full widths of half maximum (FWHM) for the different PTX loadings. In this way, the required information about possible interaction sites at an atomic level becomes available. Due to the complexity of these systems, such proximities often cannot be assigned to special atoms, but more to groups of atoms, as the individual de-velopments of line widths and line shifts are mutually dependent. An advantageous aspect for this analysis was that pure POL already forms unloaded micelles. The evaluation of the data showed that the terminal phenyl groups of PTX seem to be most involved in the interaction by the establishment of the micelle for lowest drug loading and that they are likely to react to the change in the amount of PTX molecules as well. For the incorporation of PTX in the micelles, the following model could be obtained: For lowest drug loading, PTX is mainly located in the inner part of the micelles. Upon further increasing of the loading, it progressively extends to-ward the micellar shell. This could be well shown by the increasing interactions of the hydro-phobic butyl chain of POL and PTX, proceeding in the direction of the polymer backbone with rising drug load. Furthermore, due to the size of PTX and the hydrodynamic radius of the mi-celles, even at the lowest loading, the PTX molecules partially reach the core-shell interface of the micelle. Upon increasing the drug loading, the surface coverage with PTX clusters increas-es based on the obtained model approach. The latter result is supported by DLS and SANS data of this system. The abovementioned results of the 14N-1H HMQC MAS investigation of the POL-PTX formulations support the outlined model. As an outlook, the currently running geometry optimization and subsequently scheduled calcu-lation of the chemical shieldings of the newly obtained anhydrous PTX crystal structure can further improve the solid-state NMR characterization through determination of further spatial proximities among protons using the existing 2D 1H(DQ)-1H(SQ) solid-state MAS NMR spec-trum at 100 kHz rotor spinning frequency. The 2D 14N-1H HMQC MAS NMR experiments were shown to have great potential as a technique for the analysis of other disordered and amor-phous drug delivery systems as well. The results of this thesis should be subsequently applied to other micellar systems with varying pharmaceutical excipients or active ingredients with the goal of systematically achieving higher drug loadings (e.g., for the investigated PTX, the similar drug docetaxel or even different natural products). Additionally, it is planned to transfer the knowledge to another complex polymer system containing poly(amino acids) which offers hy-drogen bonding donor sites for additional intermolecular interactions. Currently, the POL-PTX system is investigated by further SANS studies that may provide another puzzle piece to the model as complementary measurement method in the future. In addition, the use of MD simu-lations might be considered in the future. This would allow a computerized linking of the differ-ent pieces of information with the aim to determine the most likely model. N2 - Paclitaxel (PTX) ist eines der führenden Medikamente gegen Brust-und Eierstockkrebs. Aufgrund seiner geringen Löslichkeit erfordert die Behandlung der Patienten mit diesem Medikament eine sehr gut geeignete Kombination mit einem löslichen pharmazeutischenHilfsstoff, um die Bioverfügbarkeit zu erhöhen und die starken Nebenwirkungen zu reduzieren. Ein effizienter Weg, dies in Zukunft zu erreichen, könnte der Einbau von PTX in polymere Mizellen sein, die aus Poly(2-oxazolin)-basierten Triblock-Copolymeren (POL) bestehen und PTX-Beladungen von bis zu 50 Gew.-% ermöglichen. Strukturelle Informationen auf atomarer Ebene und damit die Kenntnis von Wechselwirkungeninnerhalb dieser vielversprechenden, aber komplexen PTX-POL-Formulierungen waren jedoch bisher nichtverfügbar. Solche Ergebnisse könnten die zukünftige Entwicklung von verbesserten Hilfsstoffen für PTX und von geeigneten Hilfsstoffen für andere pharmazeutische Wirkstoffe unterstützen. Aus diesem Grund wurdenin der vorliegenden DissertationFestkörper-NMR-Untersuchungen andiesenamorphen Formulierungen mit unterschiedlichen POL-PTX Zusammensetzungen durchgeführt, weil damit Einblickein die lokale Struktur auf atomarer Ebene im festen Zustand erhalten werden können. Aufgrund der verringerten Mobilität des eingebrachten Wirkstoffs in diesem System ergeben NMR-Messungen in Lösung sehr breite 13C-PTX-Signale, was diese Technikals Analysemethode ausschließt. ... KW - Wirkstoff-Träger-System KW - NMR-Spektroskopie KW - Röntgendiffraktometrie KW - Taxol KW - Quantenchemie KW - Solid-State NMR Spectroscopy KW - X-Ray Diffraction KW - Quantum Chemical Calculations KW - Drug Delivery System KW - Taxol KW - Festkörper-NMR KW - quantenchemische Berechnungen Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-237199 ER -