TY  - JOUR
A1  - Kramer, Susanne
A1  - Piper, Sophie
A1  - Estevez, Antonio
A1  - Carrington, Mark
T1  - Polycistronic trypanosome mRNAs are a target for the exosome
JF  - Molecular and Biochemical Parasitology
N2  - Eukaryotic cells have several mRNA quality control checkpoints to avoid the production of aberrant proteins. Intron-containing mRNAs are actively degraded by the nuclear exosome, prevented from nuclear exit and, if these systems fail, degraded by the cytoplasmic NMD machinery. Trypanosomes have only two introns. However, they process mRNA5 from long polycistronic precursors by trans-splicing and polycistronic mRNA molecules frequently arise from any missed splice site. Here, we show that RNAi depletion of the trypanosome exosome, but not of the cytoplasmic 5'-3' exoribonuclease XRNA or the NMD helicase UPF1, causes accumulation of oligocistronic mRNA5. We have also revisited the localization of the trypanosome exosome by expressing eYFP-fusion proteins of the exosome subunits RRP44 and RRP6. Both proteins are significantly enriched in the nucleus. Together with published data, our data suggest a major nuclear function of the trypanosome exosome in rRNA, snoRNA and mRNA quality control.
KW  - Trypanosoma brucei
KW  - Exosome
KW  - NMD
KW  - Polycistronic mRNA
KW  - trans-splicing
KW  - Trypanosomes
Y1  - 2016
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-191350
VL  - 205
IS  - 1-2
ER  - 
TY  - THES
A1  - Cicova, Zdenka
T1  - Characterization of a novel putative factor involved in host adaptation in Trypanosoma brucei
T1  - Charakterisierung einer neuen Komponente für die Wirtsanpassung in Trypanosoma brucei
N2  - Trypanosomes  are  masters  of  adaptation  to  different  host  environments
during their complex life cycle. Large-scale proteomic approaches provide information on changes at 
the cellular level in a systematic way. However, a detailed work on single components is necessary 
to understand the adaptation mechanisms on a molecular level. Here we have performed a detailed 
characterization of a bloodstream form (BSF) stage-specific putative flagellar host adaptation 
factor (Tb927.11.2400) identified previously in a SILAC-based comparative proteome study. 
Tb927.11.2400 shares 38% amino acid identity with TbFlabarin (Tb927.11.2410), a procyclic form 
(PCF) stage specific flagellar BAR domain protein. We named Tb927.11.2400 TbFlabarin like 
(TbFlabarinL) and demonstrate that it is a result of a gene duplication event, which occurred in 
African trypanosomes. TbFlabarinL is not essential for growth of the parasites under cell culture 
conditions and it is dispensable for developmental differentiation from BSF to the PCF in vitro. We 
generated a TbFlabarinL-specific antibody and showed that it localizes in the flagellum. The 
co-immunoprecipitation experiment together  with a biochemical cell fractionation indicated a dual 
association of TbFlabarinL with the flagellar
membrane and the components of the paraflagellar rod.
N2  - Trypansomen zeigen sich im Laufe ihres komplexen Lebeszyklus als Meister der Adaption an verschiedene Umweltbedingungen ihrer Wirte. Umfangreiche proteomische Analysen geben systematisch Auskunft über Änderungen auf zellulärer Ebene. Detailierte Arbeit an einzelnen 
Komponenten ist jedoch nötig, um die Adaptionsmechanismen auf molekularer Ebene zu verstehen. Wir haben im Rahmen dieser Arbeit eine detaillierte Charakterisierung eines stadienspezifischen mutmaßlich flagellaren Wirtsadaptionsfaktors der Blutstromform (BSF) durchgeführt (Tb927.11.2400), der zuvor in einer SILAC-basierten vergleichenden Proteomstudie idendifiziert wurde. Tb927.11.2400 teilt 38% der mit TbFlabarin (Tb927.11.2410), eines stadienspezifischen flagellaren BAR- domänen Proteins der prozyklischen Form (PCF). Wir haben Tb927.11.2400 TbFlabarin like (TbFlabarinL) 
genannt und zeigen, dass es das Ergebnis eines Genduplikations-Ereignisses darstellt, das in 
afrikanischen Trypanosomen aufgetreten ist. TbFlabarinL ist nicht essentiell für das Wachstum der Parasiten unter Zellkultur-Bedingungen und entbehrlich für den Differenzierungprozess von BSF zu PCF in vitro. Wir haben einen TbFlabarinL-spezifischen Antikörper entwickelt und zeigen, dass er in der Flagelle lokalisiert. Das Co-immunoprezipitations-Experiment deutet zusammen mit einer 
biochemischen Zellfraktionierung darauf hin, dass TbFlabarinL    mit    der    flagellaren 
Membran    und    Komponenten    der
paraflagellaren Stab binär assoziiert ist.
KW  - Trypanosoma brucei
KW  - Wirt
KW  - Anpassung
KW  - stage specific regulation
KW  - Geißel <Biologie>
KW  - flagellum
KW  - Flabarin
Y1  - 2016
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-142462
ER  -