TY - JOUR A1 - Fricke, Ute A1 - Redlich, Sarah A1 - Zhang, Jie A1 - Benjamin, Caryl S. A1 - Englmeier, Jana A1 - Ganuza, Cristina A1 - Haensel, Maria A1 - Riebl, Rebekka A1 - Rojas‐Botero, Sandra A1 - Tobisch, Cynthia A1 - Uhler, Johannes A1 - Uphus, Lars A1 - Steffan‐Dewenter, Ingolf T1 - Earlier flowering of winter oilseed rape compensates for higher pest pressure in warmer climates JF - Journal of Applied Ecology N2 - Global warming can increase insect pest pressure by enhancing reproductive rates. Whether this translates into yield losses depends on phenological synchronisation of pests with their host plants and natural enemies. Simultaneously, landscape composition may mitigate climate effects by shaping the resource availability for pests and their antagonists. Here, we study the combined effects of temperature and landscape composition on pest abundances, larval parasitism, crop damage and yield, while also considering crop phenology, to identify strategies for sustainable management of oilseed rape (OSR) pests under warming climates. In all, 29 winter OSR crop fields were investigated in different climates (defined by multi‐annual mean temperature, MAT) and landscape contexts in Bavaria, Germany. We measured abundances of adult pollen beetles and stem weevil larvae, pollen beetle larval parasitism, bud loss, stem damage and seed yield, and calculated the flowering date from growth stage observations. Landscape parameters (proportion of non‐crop and OSR area, change in OSR area relative to the previous year) were calculated at six spatial scales (0.6–5 km). Pollen beetle abundance increased with MAT but to different degrees depending on the landscape context, that is, increased less strongly when OSR proportions were high (1‐km scale), interannually constant (5‐km scale) or both. In contrast, stem weevil abundance and stem damage did not respond to landscape composition nor MAT. Pollen beetle larval parasitism was overall low, but occasionally exceeded 30% under both low and high MAT and with reduced OSR area (0.6‐km scale). Despite high pollen beetle abundance in warm climates, yields were high when OSR flowered early. Thereby, higher temperatures favoured early flowering. Only among late‐flowering OSR crop fields yield was higher in cooler than warmer climates. Bud loss responded analogously. Landscape composition did not substantially affect bud loss and yield. Synthesis and applications: Earlier flowering of winter OSR compensates for higher pollen beetle abundance in warmer climates, while interannual continuity of OSR area prevents high pollen beetle abundance in the first place. Thus, regional coordination of crop rotation and crop management promoting early flowering may contribute to sustainable pest management in OSR under current and future climatic conditions. KW - canola KW - climate‐smart pest management KW - crop rotation KW - global warming KW - oilseed rape KW - pollen beetle KW - seed yield KW - stem weevil Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-312562 VL - 60 IS - 2 SP - 365 EP - 375 ER - TY - JOUR A1 - Graus, Dorothea A1 - Li, Kunkun A1 - Rathje, Jan M. A1 - Ding, Meiqi A1 - Krischke, Markus A1 - Müller, Martin J. A1 - Cuin, Tracey Ann A1 - Al‐Rasheid, Khaled A. S. A1 - Scherzer, Sönke A1 - Marten, Irene A1 - Konrad, Kai R. A1 - Hedrich, Rainer T1 - Tobacco leaf tissue rapidly detoxifies direct salt loads without activation of calcium and SOS signaling JF - New Phytologist N2 - Salt stress is a major abiotic stress, responsible for declining agricultural productivity. Roots are regarded as hubs for salt detoxification, however, leaf salt concentrations may exceed those of roots. How mature leaves manage acute sodium chloride (NaCl) stress is mostly unknown. To analyze the mechanisms for NaCl redistribution in leaves, salt was infiltrated into intact tobacco leaves. It initiated pronounced osmotically‐driven leaf movements. Leaf downward movement caused by hydro‐passive turgor loss reached a maximum within 2 h. Salt‐driven cellular water release was accompanied by a transient change in membrane depolarization but not an increase in cytosolic calcium ion (Ca\(^{2+}\)) level. Nonetheless, only half an hour later, the leaves had completely regained turgor. This recovery phase was characterized by an increase in mesophyll cell plasma membrane hydrogen ion (H\(^{+}\)) pumping, a salt uptake‐dependent cytosolic alkalization, and a return of the apoplast osmolality to pre‐stress levels. Although, transcript numbers of abscisic acid‐ and Salt Overly Sensitive pathway elements remained unchanged, salt adaptation depended on the vacuolar H\(^{+}\)/Na\(^{+}\)‐exchanger NHX1. Altogether, tobacco leaves can detoxify sodium ions (Na\(^{+}\)) rapidly even under massive salt loads, based on pre‐established posttranslational settings and NHX1 cation/H+ antiport activity. Unlike roots, signaling and processing of salt stress in tobacco leaves does not depend on Ca\(^{2+}\) signaling. KW - calcium signaling KW - cytosolic pH KW - leaf response KW - NaCl transport KW - NHX1 KW - osmotic effects KW - Salt Overly Sensitive pathway KW - salt stress Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-312152 VL - 237 IS - 1 SP - 217 EP - 231 ER - TY - INPR A1 - Dandekar, Thomas T1 - A modified inflation cosmology relying on qubit-crystallization: rare qubit interactions trigger qubit ensemble growth and crystallization into “real” bit-ensembles and emergent time N2 - In a modified inflation scenario we replace the “big bang” by a condensation event in an eternal all-compassing big ocean of free qubits in our modified cosmology. Interactions of qubits in the qubit ocean are rare. If they happen, they provide a nucleus for a new universe as the qubits become decoherent and freeze-out into defined bit ensembles. Second, we replace inflation by a crystallization event triggered by the nucleus of interacting qubits to which rapidly more and more qubits attach (like in everyday crystal growth) – the crystal unit cell guarantees same symmetries everywhere. Hence, the textbook inflation scenario to explain the same laws of nature in our domain is replaced by the crystal unit cell of the crystal formed. We give here only the perspective or outline of this modified inflation theory, as the detailed mathematical physics behind this has still to be formulated and described. Interacting qubits solidify, quantum entropy decreases (but increases in the ocean around). The interacting qubits form a rapidly growing domain where the n**m states become separated ensemble states, rising long-range forces stop ultimately further growth. After that very early events, standard cosmology with the hot fireball model takes over. Our theory agrees well with lack of inflation traces in cosmic background measurements, but more importantly can explain well by such a type of cosmological crystallization instead of inflation the early creation of large-scale structure of voids and filaments, supercluster formation, galaxy formation, and the dominance of matter: no annihilation of antimatter necessary, rather the unit cell of our crystal universe has a matter handedness avoiding anti-matter. We prove a triggering of qubit interactions can only be 1,2,4 or 8-dimensional (agrees with E8 symmetry of our universe). Repulsive forces at ultrashort distances result from quantization, long-range forces limit crystal growth. Crystals come and go in the qubit ocean. This selects for the ability to lay seeds for new crystals, for self-organization and life-friendliness. The phase space of the crystal agrees with the standard model of the basic four forces for n quanta. It includes all possible ensemble combinations of their quantum states m, a total of n**m states. Neighbor states reach according to transition possibilities (S-matrix) with emergent time from entropic ensemble gradients. However, this means that in our four dimensions there is only one bit overlap to neighbor states left (almost solid, only below h dash liquidity left). However, the E8 symmetry of heterotic string theory has six rolled-up, small dimensions which help to keep the qubit crystal together and will never expand. Finally, we give first energy estimates for free qubits vs bound qubits, misplacements in the qubit crystal and entropy increase during qubit decoherence / crystal formation. Scalar fields for color interaction and gravity derive from the permeating qubit-interaction field in the crystal. Hence, vacuum energy gets low inside the qubit crystal. Condensed mathematics may advantageously help to model free (many states denote the same qubit) and bound qubits in phase space. KW - qubit KW - cosmology KW - decoherence KW - crystallization KW - emergent time Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-321777 ER - TY - JOUR A1 - Diebold, Mathias A1 - Schönemann, Lars A1 - Eilers, Martin A1 - Sotriffer, Christoph A1 - Schindelin, Hermann T1 - Crystal structure of a covalently linked Aurora-A-MYCN complex JF - Acta Crystallographica N2 - Formation of the Aurora-A–MYCN complex increases levels of the oncogenic transcription factor MYCN in neuroblastoma cells by abrogating its degradation through the ubiquitin proteasome system. While some small-molecule inhibitors of Aurora-A were shown to destabilize MYCN, clinical trials have not been satisfactory to date. MYCN itself is considered to be `undruggable' due to its large intrinsically disordered regions. Targeting the Aurora-A–MYCN complex rather than Aurora-A or MYCN alone will open new possibilities for drug development and screening campaigns. To overcome the challenges that a ternary system composed of Aurora-A, MYCN and a small molecule entails, a covalently cross-linked construct of the Aurora-A–MYCN complex was designed, expressed and characterized, thus enabling screening and design campaigns to identify selective binders. KW - MYCNv KW - neuroblastoma cell KW - proteasome system Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-318855 VL - D79 SP - 1 EP - 9 ER - TY - THES A1 - Petrov, Ivan T1 - Combinational therapy of tumors in syngeneic mouse tumor models with oncolytic Vaccinia virus strains expressing IL-2 and INF-g. Human adipose tissue-derived stem cell mediated delivery of oncolytic Vaccinia virus T1 - Kombinationstherapie von Tumoren in syngenen Maus-Tumormodellen mit onkolytischen Vaccinia-Virenstämmen, die IL-2 und INF-g exprimieren. Übertragung von onkolytischen Vaccinia-Viren durch menschliche Fettstammzellen N2 - Cancer is one of the leading causes of death worldwide, with currently assessed chances to develop at least one cancer in a lifetime for about 20%. High cases rates and mortality require the development of new anticancer therapies and treatment strategies. Another important concern is toxicity normally associated with conventional therapy methods, such as chemo- and radiotherapy. Among many proposed antitumoral agents, oncolytic viruses are still one of the promising and fast-developing fields of research with almost a hundred studies published data on over 3000 patients since the beginning of the new millennia. Among all oncolytic viruses, the Vaccinia virus is arguably one of the safest, with an extremely long and prominent history of use, since it was the one and only vaccine used in the Smallpox Eradication Program in the 1970s. Interestingly enough, it was the first oncolytic virus proven to have tumor tropism in vitro and in vivo in laboratory settings, and this year we can celebrate an unofficial 100th anniversary since the publication of the fact. While being highly immunogenic, Vaccinia virus DNA replication takes place in the cytoplasm of the infected cell, and virus genes never integrate into the host genome. Another advantage of using Vaccinia as an oncolytic agent is its high genome capacity, which allows inserting up to 25 kbps of exogenous genes, thus allowing to additionally arm the virus against the tumor. Oncolytic virus action consists of two major parts: direct oncolysis and immune activation against the tumor, with the latter being the key to successful treatment. To this moment, preclinical research data are mostly generated in immunocompromised xenograft models, which have hurdles to be properly translated for clinical use. In the first part of the current study, fourteen different recombinant Vaccinia virus strains were tested in two different murine tumor cell lines and corresponding immunocompetent animal models. We found, that Copenhagen backbone Vaccinia viruses while being extremely effective in cell culture, do not show significant oncolytic efficacy in animals. In contrast, several of the LIVP backbone viruses tested (specifically, IL-2 expressing ones) have little replication ability when compared to the Copenhagen strain, but are able to significantly delay tumor growth and prolong survival of the treated animals. We have also noted cytokine related toxicity of the animals to be mouse strain specific. We have also tested the virus with the highest therapeutic benefit in combination with romidepsin and cyclophosphamide. While the combination with histone deacetylase inhibitor romidepsin did not result in therapeutic benefit in our settings, the addition of cyclophosphamide significantly improved the efficacy of the treatment, at the same time reducing cytokine-associated toxicity of the IL-2 expressing virus. In the second part of the work, we analyzed the ability of adipose-derived mesenchymal stem cells to serve as a carrier for the oncolytic Vaccinia virus. We showed for the first time that the cells can be infected with the virus and can generate virus progeny. They are also able to survive for a substantially long time and, when injected into the bloodstream of tumor-bearing animals, produce the virus that is colonizing the tumor. Analysis of the systemic distribution of the cells after injection revealed that infected and uninfected cells are not distributed in the same manner, possibly suggesting that infected cells are getting recognized and cleared by an impaired immune system of athymic mice faster than non-infected cells. Despite this, injection of virus-loaded adipose-derived mesenchymal stem cells to human A549 tumor-bearing xenograft mice resulted in rapid tumor regression and reduced virus-related side effects of the treatment when compared to injection of the naked virus. In conclusion, we have tested two different approaches to augmenting oncolytic Vaccinia virus therapy. First, the combination of recombinant Vaccinia virus expressing IL-2 and cyclophosphamide showed promising results in a syngeneic mouse model, despite the low permissivity of murine cells to the virus. Second, we loaded the oncolytic Vaccinia virus into mesenchymal stem cells and have proven that they can potentially serve as a vehicle for the virus. N2 - Krebs ist eine der häufigsten Todesursachen weltweit, wobei die Wahrscheinlichkeit, im Laufe des Lebens an mindestens einer Krebsart zu erkranken, derzeit auf etwa 20 % geschätzt wird. Die hohen Fallzahlen und die hohe Sterblichkeit erfordern die Entwicklung neuer Krebstherapien und Behandlungsstrategien. Ein weiteres wichtiges Problem ist die Toxizität, die normalerweise mit konventionellen Behandlungsmethoden, wie Chemo- und Strahlentherapie, einhergeht. Unter den vielen vorgeschlagenen antitumoralen Wirkstoffen sind onkolytische Viren nach wie vor eines der vielversprechendsten und sich schnell entwickelnden Forschungsgebiete mit fast hundert veröffentlichten Studien an über 3000 Patienten seit Beginn des neuen Jahrtausends. Unter allen onkolytischen Viren ist das Vaccinia Virus wohl eines der Sichersten und hat eine extrem lange und prominente Anwendungsgeschichte, da es der einzige Impfstoff war, der im Pockenausrottungsprogramm in den 1970er Jahren verwendet wurde. Interessanterweise war es das erste onkolytische Virus, dessen Tumortropismus in vitro und in vivo im Labor nachgewiesen wurde. In diesem Jahr (2022) können wir das inoffizielle 100-jährige Jubiläum seit der Veröffentlichung dieser Tatsache feiern. Obwohl Vaccinia hoch immunogen ist, findet die Replikation im Zytoplasma der infizierten Zelle statt, und die Virusgene werden niemals in das menschliche Genom integriert. Ein weiterer Vorteil der Verwendung von Vaccinia als onkolytisches Agens ist seine hohe Genomkapazität, die es ermöglicht, bis zu 25 kbit/s an exogenen Genen einzufügen, wodurch das Virus zusätzlich gegen den Tumor aufgerüstet werden kann. Die Wirkung des onkolytischen Virus besteht aus zwei Hauptbestandteilen: der direkten Onkolyse und die Aktivierung des Immunsystems gegen den Tumor, wobei letztere der Schlüssel zum Behandlungserfolg ist. Bislang wurden präklinische Forschungsdaten meist in immungeschwächten Xenotransplantationsmodellen gewonnen, die sich nur schwer für den klinischen Einsatz eignen. Im ersten Teil der aktuellen Studie wurden vierzehn verschiedene rekombinante Vaccinia-Virusstämme in zwei verschiedenen murinen Tumorzelllinien und in entsprechenden immunkompetenten Tiermodellen getestet. Wir fanden heraus, dass Kopenhagener Backbone-Vaccinia-Viren zwar in der Zellkultur äußerst wirksam sind, im Tiermodell jedoch keine signifikante onkolytische Wirksamkeit zeigen. Im Gegensatz dazu haben mehrere der getesteten LIVP-Backbone-Viren (insbesondere die IL-2 exprimierenden) im Vergleich zum Kopenhagener Stamm nur eine geringe Replikationsfähigkeit, sind aber in der Lage, das Tumorwachstum deutlich zu verzögern und das Überleben der behandelten Tiere zu verlängern. Wir haben auch festgestellt, dass die Zytokin-bedingte Toxizität der Tiere mausstammspezifisch ist. Wir haben auch das Virus mit dem höchsten therapeutischen Nutzen in Kombination mit Romidepsin und Cyclophosphamid getestet. Während die Kombination mit dem Histon-Deacetylase-Inhibitor Romidepsin in unseren Versuchsreihen keinen therapeutischen Nutzen erbrachte, verbesserte die Zugabe von Cyclophosphamid die Wirksamkeit der Behandlung erheblich und verringerte gleichzeitig die zytokinbedingte Toxizität des IL-2-exprimierenden Virus. Im zweiten Teil der Arbeit analysierten wir die Fähigkeit von aus Fettgewebe gewonnenen mesenchymalen Stammzellen, als Träger für das onkolytische Vaccinia-Virus zu dienen. Wir konnten zum ersten Mal zeigen, dass die Zellen mit dem Virus infiziert werden können und Virusnachkommen erzeugen können. Sie sind auch in der Lage, sehr lange zu überleben und, wenn sie in den Blutkreislauf von Tieren mit Tumoren injiziert werden, das Virus zu produzieren, das den Tumor besiedelt. Die Analyse der systemischen Verteilung der Zellen nach der Injektion ergab, dass infizierte und nicht infizierte Zellen nicht auf die gleiche Weise verteilt werden, was möglicherweise darauf hindeutet, dass infizierte Zellen von einem beeinträchtigten Immunsystem der athymischen Mäuse schneller erkannt und beseitigt werden, als nicht infizierte Zellen. Trotzdem führte die Injektion von virusbeladenen mesenchymalen Stammzellen aus Fettgewebe in A549-Tumor-tragende Xenograft-Mäuse zu einer schnellen Tumorregression und zu geringeren virusbedingten Nebenwirkungen der Behandlung, als bei der Injektion des nackten Virus. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass wir zwei verschiedene Ansätze zur Verstärkung der onkolytischen Vaccinia-Virus-Therapie getestet haben. Erstens zeigte die Kombination aus rekombinantem Vaccinia-Virus, das IL-2 exprimiert, und Cyclophosphamid in einem syngenen Mausmodell vielversprechende Ergebnisse, trotz der geringen Permissivität der Mäusezellen für das Virus. Zweitens haben wir onkolytische Vaccinia-Viren in mesenchymale Stammzellen eingebracht und nachgewiesen, dass diese als Vehikel für das Virus dienen können. KW - Vaccinia-virus KW - Vaccinia KW - ADSCs KW - Cancer Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-273550 ER - TY - JOUR A1 - Kaltdorf, Martin A1 - Breitenbach, Tim A1 - Karl, Stefan A1 - Fuchs, Maximilian A1 - Kessie, David Komla A1 - Psota, Eric A1 - Prelog, Martina A1 - Sarukhanyan, Edita A1 - Ebert, Regina A1 - Jakob, Franz A1 - Dandekar, Gudrun A1 - Naseem, Muhammad A1 - Liang, Chunguang A1 - Dandekar, Thomas T1 - Software JimenaE allows efficient dynamic simulations of Boolean networks, centrality and system state analysis JF - Scientific Reports N2 - The signal modelling framework JimenaE simulates dynamically Boolean networks. In contrast to SQUAD, there is systematic and not just heuristic calculation of all system states. These specific features are not present in CellNetAnalyzer and BoolNet. JimenaE is an expert extension of Jimena, with new optimized code, network conversion into different formats, rapid convergence both for system state calculation as well as for all three network centralities. It allows higher accuracy in determining network states and allows to dissect networks and identification of network control type and amount for each protein with high accuracy. Biological examples demonstrate this: (i) High plasticity of mesenchymal stromal cells for differentiation into chondrocytes, osteoblasts and adipocytes and differentiation-specific network control focusses on wnt-, TGF-beta and PPAR-gamma signaling. JimenaE allows to study individual proteins, removal or adding interactions (or autocrine loops) and accurately quantifies effects as well as number of system states. (ii) Dynamical modelling of cell–cell interactions of plant Arapidopsis thaliana against Pseudomonas syringae DC3000: We analyze for the first time the pathogen perspective and its interaction with the host. We next provide a detailed analysis on how plant hormonal regulation stimulates specific proteins and who and which protein has which type and amount of network control including a detailed heatmap of the A.thaliana response distinguishing between two states of the immune response. (iii) In an immune response network of dendritic cells confronted with Aspergillus fumigatus, JimenaE calculates now accurately the specific values for centralities and protein-specific network control including chemokine and pattern recognition receptors. KW - cellular signalling networks KW - computer modelling Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-313303 VL - 13 ER - TY - THES A1 - Nguyen, Tu Anh Thi T1 - Neural coding of different visual cues in the monarch butterfly sun compass T1 - Neuronale Kodierung verschiedener visueller Signale im Sonnenkompass des Monarchfalters N2 - Monarch butterflies are famous for their annual long-distance migration. Decreasing temperatures and reduced daylight induce the migratory state in the autumn generation of monarch butterflies. Not only are they in a reproductive diapause, they also produce fat deposits to be prepared for the upcoming journey: Driven by their instinct to migrate, they depart from their eclosion grounds in the northern regions of the North American continent and start their southern journey to their hibernation spots in Central Mexico. The butterflies cover a distance of up to 4000 km across the United States. In the next spring, the same butterflies invert their preferred heading direction due to seasonal changes and start their northward spring migration. The spring migration is continued by three consecutive butterfly generations, until the animals repopulate the northern regions in North America as non-migratory monarch butterflies. The monarch butterflies’ migratory state is genetically and epigenetically regulated, including the directed flight behavior. Therefore, the insect’s internal compass system does not only have to encode the butterflies preferred, but also its current heading direction. However, the butterfly’s internal heading representation has to be matched to external cues, to avoid departing from its initial flight path and increasing its risk of missing its desired destination. During the migratory flight, visual cues provide the butterflies with reliable orientation information. The butterflies refer to the sun as their main orientation cue. In addition to the sun, the butterflies likely use the polarization pattern of the sky for orientation. The sky compass signals are processed within a region in the brain, termed the central complex (CX). Previous research on the CX neural circuitry of the monarch butterflies demonstrated that tangential central complex neurons (TL) carry the visual input information into the CX and respond to a simulated sun and polarized light. However, whether these cells process additional visual cues like the panoramic skyline is still unknown. Furthermore, little is known about how the migratory state affects visual cue processing. In addition to this, most experiments studying the monarch butterfly CX focused on how neurons process single visual cues. However, how combined visual stimuli are processed in the CX is still unknown. This thesis is investigating the following questions: 1) How does the migratory state affect visual cue processing in the TL cells within the monarch butterfly brain? 2) How are multiple visual cues integrated in the TL cells? 3) How is compass information modulated in the CX? To study these questions, TL neurons from both animal groups (migratory and non-migratory) were electrophysiologically characterized using intracellular recordings while presenting different simulated celestial cues and visual sceneries. I showed that the TL neurons of migratory butterflies are more narrowly tuned to the sun, possibly helping them in keeping a directed flight course during migration. Furthermore, I found that TL cells encode a panoramic skyline, suggesting that the CX network combines celestial and terrestrial information. Experiments with combined celestial stimuli revealed that the TL cells combine both cue information linearly. However, if exposing the animals to a simulated visual scenery containing a panoramic skyline and a simulated sun, the single visual cues are weighted differently. These results indicate that the CX’s input region can flexibly adapt to different visual cue conditions. Furthermore, I characterize a previously unknown neuron in the monarch butterfly CX which responds to celestial stimuli and connects the CX with other brain neuropiles. How this cell type affects heading direction encoding has yet to be determined. N2 - Monarchfalter sind berühmt für ihre jährlichen Migrationsflüge. Sinkende Temperaturen und die verkürzte Tageslichtbestrahlung induzieren die Migration in einer Herbstgeneration der Monarchfalter. Sie sind nicht nur in reproduktiver Diapause, sondern produzieren Fettreserven für die bevorstehende Reise: Getrieben von ihrem Migrationsinstinkt verlassen sie ihre Schlüpfstätten in den nördlichen Regionen des Nordamerikanischen Kontinents und starten ihre südliche Wanderung zu ihren Überwinterunsgstätten in Zentralmexiko. Dabei legen die Schmetterlinge Strecken von bis zu 4000 km durch die Vereinigten Staaten zurück. Im nächsten Frühling kehren die gleichen Schmetterlinge ihre Vorzugsrichtung durch die jahreszeitlich bedingten Veränderungen um und die Tiere bewegen sich nordwärts. Die Frühlingsgeneration wird insgesamt über drei Schmetterlingsgeneration durchgeführt, bis die Tiere die nördlichen Regionen in Nordamerika wieder als nicht-migrierende Monarchfalter besiedeln. Der Migrationsstatus der Monarchfalter ist genetisch und epigenetisch reguliert, was auch das gerichtete Flugverhalten einschließt. Demnach muss das interne Kompasssystem der Falter nicht nur die bevorzugte, sondern auch die aktuelle Flugrichtung prozessieren. Die interne Repräsentation der Flugrichtung des Falters muss jedoch mit der Umwelt abgeglichen werden, ansonsten droht das Tier von der ursprünglichen Flugrichtung abzuweichen und erhöht das Risiko den Wunschort nicht zu erreichen. Während des Migrationsfluges bieten visuelle Signale verlässliche Orientierungsinformationen. Dabei ist die Sonne ihre Hauptorientierungsreferenz. Zusätzlich zur Sonne nutzen die Schmetterlinge vermutlich noch das Polarisationsmuster des Himmels zur Orientierung. Diese Himmelskompasssignale werden im Gehirn in einer Gehirnregion, den Zentralkomplex, integriert. Vergangene Forschungsprojekte am Zentralkomplex haben gezeigt, dass tangentiale Zentralkomplex-Neurone (TL) die visuellen Signale in den Zentralkomplex leiten und auf eine simulierte Sonne und polarisiertes Licht sensitiv sind. Ob diese Zellen noch weitere visuelle Signale verarbeiten, wie zum Beispiel den Horizont eines Panoramas, ist nicht bekannt. Auch ist der Einfluss des Migrationsstatus auf die visuelle Signalverarbeitung im Zentralkomplex bisher unerforscht. Des Weiteren haben die meisten Experimente am Zentralkomplex des Monarchfalters den Fokus auf die Verarbeitung einzelner simulierter visueller Reize gelegt. Wie aber Kombinationen aus Stimuli im Zentralkomplex verarbeitet werden, ist nicht bekannt.   Diese Dissertation beschäftigt sich mit folgenden Fragen: 1) Wie beeinflusst der Migrationsstatus die visuelle Reizverarbeitung in TL-Zellen im Monarchfaltergehirn? 2) Wie werden mehrere visuelle Reize in TL-Zellen miteinander kombiniert? 3) Wie wird Kompassinformation im Zentralkomplex moduliert? In diesem Zusammenhang wurden TL-Neurone aus beiden Gruppen (migrierende und nichtmigrierende Monarchfalter) elektrophysiologisch mittels intrazellulärer Aufnahmen charakterisiert, während den Tieren unterschiedliche simulierte Himmelkompasssignale und visuelle Szenerien präsentiert wurden. Hierbei konnte ich zeigen dass die TL-Neuronen in migrierenden Tieren ein engeres Tuning zur Sonne aufwiesen, was den Tieren helfen könnte, eine gerichtete Flugrichtung zu halten. Außerdem antworten die TL-Neurone auf ein Panorama, womit der Zentralkomplex in der Lage wäre, Himmelskompasssignale mit terrestrischer Information zu kombinieren. In Experimenten mit zwei kombinierten simulierten Himmelskompasssignalen konnte ich zeigen, dass die TL-Zellen beide Signalinformationen linear miteinander verrechnen. Wenn die TL-Zellen jedoch mit einer visuellen Szenerie stimuliert werden, welche eine simulierte Sonne und ein Panorama beinhaltet, werden die einzelnen visuellen Signale unterschiedlich gewichtet. Die Ergebnisse sind ein Hinweis darauf, dass die Eingangsregion im Zentralkomplex sich flexibel an die visuellen Signalbedingungen anpassen können. Außerdem habe ich ein bis dahin unbekanntes Neuron während meiner Studien charakterisieren können, welches auf simulierte Himmelskompasssignale antwortet und den Zentralkomplex mit anderen Neuropilen im Gehirn verbindet. Wie dieser Neuronentyp Einfluss auf die Kodierung der Flugrichtung nimmt, muss in der Zukunft weiter erforscht werden. KW - Monarchfalter KW - Danaus plexippus KW - Gehirn KW - Orientierung KW - Visuelle Wahrnehmung KW - monarch butterfly KW - brain KW - orientation KW - visual perception KW - central complex Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-303807 ER - TY - THES A1 - Solvie, Daniel Alexander T1 - Molecular Mechanisms of MYC as Stress Resilience Factor T1 - Molekulare Mechanismen von MYC als Stressresistenzfaktor N2 - Cancer is one of the leading causes of death worldwide. The underlying tumorigenesis is driven by the accumulation of alterations in the genome, eventually disabling tumor suppressors and activating proto-oncogenes. The MYC family of proto-oncogenes shows a strong deregulation in the majority of tumor entities. However, the exact mechanisms that contribute to MYC-driven oncogenesis remain largely unknown. Over the past decades, the influence of the MYC protein on transcription became increasingly apparent and was thoroughly investigated. Additionally, in recent years several publications provided evidence for so far unreported functions of MYC that are independent of a mere regulation of target genes. These findings suggest an additional role of MYC in the maintenance of genomic stability and this role is strengthened by key findings presented in this thesis. In the first part, I present data revealing a pathway that allows MYC to couple transcription elongation and DNA double-strand break repair, preventing genomic instability of MYC-driven tumor cells. This pathway is driven by a rapid transfer of the PAF1 complex from MYC onto RNAPII, a process that is mediated by HUWE1. The transfer controls MYC-dependent transcription elongation and, simultaneously, the remodeling of chromatin structure by ubiquitylation of histone H2B. These regions of open chromatin favor not only elongation but also DNA double-strand break repair. In the second part, I analyze the ability of MYC proteins to form multimeric structures in response to perturbation of transcription and replication. The process of multimerization is also referred to as phase transition. The observed multimeric structures are located proximal to stalled replication forks and recruit factors of the DNA-damage response and transcription termination machinery. Further, I identified the HUWE1-dependent ubiquitylation of MYC as an essential step in this phase transition. Cells lacking the ability to form multimers display genomic instability and ultimately undergo apoptosis in response to replication stress. Both mechanisms present MYC as a stress resilience factor under conditions that are characterized by a high level of transcriptional and replicational stress. This increased resilience ensures oncogenic proliferation. Therefore, targeting MYC’s ability to limit genomic instability by uncoupling transcription elongation and DNA repair or disrupting its ability to multimerize presents a therapeutic window in MYC-dependent tumors. N2 - Tumorerkrankungen sind eine der häufigsten Todesursachen weltweit. Für die Entstehung und Entwicklung eines Tumors sind Veränderungen im Genom verantwortlich, wobei Proto-Onkogene aktiviert und Tumorsuppressorgene inaktiviert werden. Die MYC-Familie der Proto-Onkogene ist in der Mehrzahl der menschlichen Tumorerkrankungen stark dereguliert. Der genaue Mechanismus, der in MYC-getriebenen Tumoren eine Rolle spielt, ist aber weiterhin ungeklärt. In den letzten Jahrzehnten wurde die Funktion von MYC als Transkriptionsfaktor in den Vordergrund gestellt. Veröffentlichungen der letzten Jahre deuten zusätzlich auf mehrere, bisher unbekannte Funktionen hin, die unabhängig von einer bloßen Regulation von Zielgenen sind und auf eine zusätzliche Rolle bei der Erhaltung der genomischen Stabilität hinweisen. Diese Rolle wird durch wesentliche Ergebnisse dieser Doktorarbeit gestärkt. In dem ersten Teil der Doktorarbeit präsentiere ich einen Pathway, der es MYC ermöglicht, transkriptionelle Elongation und Doppelstrangbruch-Reparatur zu koppeln, wodurch genomische Instabilität in MYC-gesteuerten Tumorzellen limitiert wird. Dieser Pathway wird durch einen schnellen Transfer des PAF1-Komplexes von MYC auf die RNAPII angetrieben, bei dem HUWE1 eine essenzielle Rolle einnimmt. Der Transfer steuert die MYC-abhängige transkriptionelle Elongation und gleichzeitig die Öffnung der Chromatinstruktur. Dies geschieht durch Ubiquitylierung des Histons H2B zugunsten von sowohl transkriptioneller Elongation als auch der DNA-Doppelstrangbruchreparatur. In dem zweiten Teil der Doktorarbeit analysiere ich die Fähigkeit von MYC-Proteinen, als Reaktion auf eine Störung der Transkription und/oder Replikation multimere Strukturen bilden zu können. Diese Fähigkeit wird auch als Phasentrennung bezeichnet. Die multimere Strukturen befinden sich in der Nähe von blockierten Replikationsgabeln und rekrutieren Faktoren der DNA-Schadensreaktion und der Transkriptionsterminationsmaschinerie. Die HUWE1-abhängige Ubiquitylierung von MYC habe ich als wesentlichen Schritt der Phasentrennung identifiziert. Zellen ohne die Fähigkeit zur Bildung von Multimeren zeigen als Reaktion auf Replikationsstress exzessive genomische Instabilität und letztendlich Apoptose auf. Beide Mechanismen machen MYC zu einem Faktor, der genomische Instabilität als Resultat von unphysiologischem Transkriptions- und Replikationsstress limitiert und damit die onkogene Zellteilung gewährleistet. Eine gezielte Beeinflussung der aufgeführten Mechanismen, durch welche MYC die genomische Instabilität limitiert, kann bei MYC-abhängigen Tumoren von großem therapeutischem Nutzen sein. KW - MYC KW - Krebsforschung KW - DNS-Schädigung KW - DNS-Reparatur KW - Oncogenes Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-305398 ER - TY - THES A1 - Sauerwein, Till T1 - Implementation and application of bioinformatical software for the analysis of dual RNA sequencing data of host and pathogen during infection T1 - Implementierung und Anwendung bioinformatischer Software für die Analyse von dual RNA-Sequenzierdaten von Wirt und Erreger während Infektion N2 - Since the advent of high-throughput sequencing technologies in the mid-2010s, RNA se- quencing (RNA-seq) has been established as the method of choice for studying gene expression. In comparison to microarray-based methods, which have mainly been used to study gene expression before the rise of RNA-seq, RNA-seq is able to profile the entire transcriptome of an organism without the need to predefine genes of interest. Today, a wide variety of RNA-seq methods and protocols exist, including dual RNA sequenc- ing (dual RNA-seq) and multi RNA sequencing (multi RNA-seq). Dual RNA-seq and multi RNA-seq simultaneously investigate the transcriptomes of two or more species, re- spectively. Therefore, the total RNA of all interacting species is sequenced together and only separated in silico. Compared to conventional RNA-seq, which can only investi- gate one species at a time, dual RNA-seq and multi RNA-seq analyses can connect the transcriptome changes of the species being investigated and thus give a clearer picture of the interspecies interactions. Dual RNA-seq and multi RNA-seq have been applied to a variety of host-pathogen, mutualistic and commensal interaction systems. We applied dual RNA-seq to a host-pathogen system of human mast cells and Staphylo- coccus aureus (S. aureus). S. aureus, a commensal gram-positive bacterium, can become an opportunistic pathogen and infect skin lesions of atopic dermatitis (AD) patients. Among the first immune cells S. aureus encounters are mast cells, which have previously been shown to be able to kill the bacteria by discharging antimicrobial products and re- leasing extracellular traps made of protein and deoxyribonucleic acid (DNA). However, S. aureus is known to evade the host’s immune response by internalizing within mast cells. Our dual RNA-seq analysis of different infection settings revealed that mast cells and S. aureus need physical contact to influence each other’s gene expression. We could show that S. aureus cells internalizing within mast cells undergo profound transcriptome changes to adjust their metabolism to survive in the intracellular niche. On the host side, we found out that infected mast cells elicit a type-I interferon (IFN-I) response in an autocrine manner and in a paracrine manner to non-infected bystander-cells. Our study provides the first evidence that mast cells are capable to produce IFN-I upon infection with a bacterial pathogen. N2 - Seit dem Aufkommen von Hochdurchsatz-Sequenziertechnologien Mitte der 2010er Jahre hat sich RNA-Sequenzierung (RNA-seq) als Methode der Wahl für die Untersuchung von Genexpression etabliert. Im Vergleich zu Microarray-basierten Methoden, die vor dem Aufkommen von RNA-seq hauptsächlich zur Untersuchung der Genexpression verwendet wurden, kann mit RNA-seq das gesamte Transkriptom eines Organismus charakterisiert werden, ohne dass die Gene von Interesse vorab definiert werden müssen. Heute gibt es ei- ne Vielzahl von RNA-seq-Methoden und Protokollen, darunter Dual RNA-seq und Multi RNA-seq. Dual RNA-seq und Multi RNA-seq untersuchen gleichzeitig die Transkriptome von zwei bzw. mehreren Arten. Dazu wird die gesamte RNA aller interagierenden Arten gemeinsam sequenziert und nur in silico aufgetrennt. Im Vergleich zur herkömmlichen RNA-seq, bei der jeweils nur eine Spezies untersucht wird, können Dual RNA-seq- und Multi RNA-seq-Analysen die Transkriptomveränderungen der untersuchten Spezies mit- einander in Verbindung bringen und so ein klareres Bild der Wechselwirkungen zwischen den Spezies vermitteln. Dual RNA-seq und Multi RNA-seq wurden bereits auf eine Viel- zahl von Wirt-Pathogen-, mutualistischen und kommensalen Interaktionssystemen ange- wendet. Wir haben Dual RNA-seq auf ein Wirt-Pathogen-System aus menschlichen Mastzellen und S. aureus angewendet. S. aureus, ein kommensales grampositives Bakterium, kann zu ei- nem opportunistischen Erreger werden und Hautläsionen von Patienten mit atopischer Dermatitis (AD) infizieren. Zu den ersten Immunzellen, auf die S. aureus trifft, gehören Mastzellen, die nachweislich in der Lage sind, das Bakterium abzutöten, indem sie antimi- krobielle Produkte abgeben und extrazelluläre Fallen aus Proteinen und DNA freisetzen. Es ist jedoch bekannt, dass S. aureus die Immunantwort des Wirts umgehen kann, indem es in die Mastzellen internalisiert wird. Unsere Dual RNA-seq-Analyse verschiedener In- fektionssituationen ergab, dass Mastzellen und S. aureus physischen Kontakt benötigen, um ihre Genexpression gegenseitig zu beeinflussen. Wir konnten zeigen, dass S. aureus Zellen, die von Mastzellen internalisiert werden, tiefgreifende Transkriptomveränderungen durchlaufen, um ihren Stoffwechsel für das ̈Uberleben in der intrazellulären Nische an- zupassen. Auf Seite des Wirts fanden wir heraus, dass infizierte Mastzellen eine IFN-I (Interferon Typ I)-Antwort auf autokrine und auf parakrine Weise auf nicht-infizierte, in der Nähe befindliche Zellen auslösen. Unsere Studie liefert den ersten Beweis dafür, dass Mastzellen bei einer Infektion mit einem bakteriellen Erreger in der Lage sind, IFN-I zu produzieren. Um die bioinformatische Analyse von Dual RNA-seq und Multi RNA-seq zu erleichtern, haben wir ein umfangreiches Update des bereits existierenden RNA-seq-Analysepro- gramms READemption veröffentlicht. Die neue Version READemption 2 ermöglicht es den Nutzern, Dual RNA-seq- und Multi RNA-seq-Daten einer beliebigen Anzahl von Spe- zies auf bequeme Weise zu analysieren, während es weiterhin möglich ist, herkömmliche RNA-seq-Projekte zu analysieren, die nur eine Spezies untersuchen. Bei der Entwicklung wurde Wert darauf gelegt, die Qualität der Software durch die Einhaltung bewährter Verfahren für die Entwicklung wissenschaftlicher Software hoch zu halten. KW - Biologie KW - biology Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-303075 ER - TY - JOUR A1 - Thiele, Jonas A. A1 - Richter, Aylin A1 - Hilger, Kirsten T1 - Multimodal brain signal complexity predicts human intelligence JF - eNeuro N2 - Spontaneous brain activity builds the foundation for human cognitive processing during external demands. Neuroimaging studies based on functional magnetic resonance imaging (fMRI) identified specific characteristics of spontaneous (intrinsic) brain dynamics to be associated with individual differences in general cognitive ability, i.e., intelligence. However, fMRI research is inherently limited by low temporal resolution, thus, preventing conclusions about neural fluctuations within the range of milliseconds. Here, we used resting-state electroencephalographical (EEG) recordings from 144 healthy adults to test whether individual differences in intelligence (Raven’s Advanced Progressive Matrices scores) can be predicted from the complexity of temporally highly resolved intrinsic brain signals. We compared different operationalizations of brain signal complexity (multiscale entropy, Shannon entropy, Fuzzy entropy, and specific characteristics of microstates) regarding their relation to intelligence. The results indicate that associations between brain signal complexity measures and intelligence are of small effect sizes (r ∼ 0.20) and vary across different spatial and temporal scales. Specifically, higher intelligence scores were associated with lower complexity in local aspects of neural processing, and less activity in task-negative brain regions belonging to the default-mode network. Finally, we combined multiple measures of brain signal complexity to show that individual intelligence scores can be significantly predicted with a multimodal model within the sample (10-fold cross-validation) as well as in an independent sample (external replication, N = 57). In sum, our results highlight the temporal and spatial dependency of associations between intelligence and intrinsic brain dynamics, proposing multimodal approaches as promising means for future neuroscientific research on complex human traits. KW - brain signal complexity KW - cognitive ability KW - EEG KW - intelligence KW - microstates KW - resting-state Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-312949 VL - 10 IS - 2 ER -