TY - JOUR A1 - Forster, Johannes A1 - Kohlmorgen, Britta A1 - Haas, Julian A1 - Weis, Philipp A1 - Breunig, Lukas A1 - Turnwald, Doris A1 - Mizaikoff, Boris A1 - Schoen, Christoph T1 - A streamlined method for the fast and cost-effective detection of bacterial pathogens from positive blood cultures for the BacT/ALERT blood culture system using the Vitek MS mass spectrometer JF - PLoS ONE N2 - Background and objective Prompt pathogen identification of blood stream infections is essential to provide appropriate antibiotic treatment. Therefore, the objective of this prospective single centre study was to establish an inexpensive, fast and accurate protocol for bacterial species identification with SDS protein-extraction directly from BacT/Alert® blood culture (BC) bottles by VitekMS®. Results Correct species identification was obtained for 198/266 (74.4%, 95%-CI = [68.8%, 79.6%]) of pathogens. The protocol was more successful in identifying 87/96 (91.4%, 95%-CI = [83.8%, 93.2%]) gram-negative bacteria than 110/167 (65.9%, 95%-CI = [58.1%, 73.0%]) gram-positive bacteria. The hands-on time for sample preparation and measurement was about 15 min for up to five samples. This is shorter than for most other protocols using a similar lysis-centrifugation approach for the combination of BacT/Alert® BC bottles and the Vitek® MS mass spectrometer. The estimated costs per sample were approx. 1.80€ which is much cheaper than for commercial kits. Conclusion This optimized protocol allows for accurate identification of bacteria directly from blood culture bottles for laboratories equipped with BacT/Alert® blood culture bottles and VitekMS® mass spectrometer. KW - bacterial pathogens KW - blood stream infections KW - BacT/ALERT Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-300213 VL - 17 IS - 4 ER - TY - THES A1 - Weis, Philipp T1 - Translationale Untersuchung zur Anwendung der durchflusszytometrischen Bestimmung \(Aspergillus\) \(fumigatus\) spezifischer T-Zellen in der Diagnostik von Aspergillosen T1 - Translational study on the application of flow cytometric detection of \(Aspergillus\) \(fumigatus\) specific T-cells in the diagnosis of aspergillosis N2 - Bei Patienten mit invasiver Aspergillose fanden sich gegenüber gesunden Probanden deutlich erhöhte Werte A. fumigatus spezifischer CD154+/CD4+ Zellen. Die Anwendbarkeit dieses Assays im klinischen Routinebetrieb und bei gegenüber A. fumigatus epxonierten Probanden und Patienten sollte in dieser translationalen Arbeit untersucht werden. Für den vorbeschriebenen Assay zur Bestimmung CD154+/CD4+ Zellen aus aufgereinigten PBMCs zeigt diese Arbeit eine signifikant reduzierte Detektionsrate nach Blutprobenlagerung von über 2 Stunden. In der Literatur beschriebene Verfahren zur verlängerten Lagerungszeit von heparinisierten Blutproben mittels vorhergehender Dilution und Agitation ermöglichen keine Verlängerung präanalytischer Lagerungszeiten über 6 Stunden. Die Kryokonservierung frisch aufbereiteter PBMCs bei −20 C vor Bestimmung A. fumigatus spezifischer T-Zellen wird als Versandmöglichkeit in einem multizentrischen Setting gezeigt. Um die klinische Anwendbarkeit zu verbessern, wird ein Vollblutprotokoll zur Detektion A. fumigatus spezifischer CD154+/CD4+ Zellen demonstriert, das die Verwendung von bettseitig mit Vollblut beimpften Blutmonovetten mit vorgelegtem A. fumigatus-Lysat ermöglicht. Die Anwendung des Assays zur Bestimmung A. fumigatus spezifischer T-Zellen wurde bei hämatoonkologischen Patienten vor und drei Monate nach Stammzelltransplantation untersucht. Insbesondere eine reduzierte Zellzahl der gemessenen Lymphozyten ist hier ein limitierender Faktor der erfolgreichen Messung. Aufgrund der generell nied- rigen Erfolgsrate von 20 % bzw. 54 % vor bzw. nach HSCT ist die Anwendbarkeit des Assays in diesem Kollektiv fraglich. Die Erhebung von Expositionsfaktoren gesunder Probanden gegenüber A. fumigatus ermöglicht die Einteilung in eine schwach und stark gegenüber A. fumigatus exponierte Gruppe mit signifikant erhöhtem Anteil A. fumigatus spezifischer CD154+/CD4+ Zellen. Hierzu trägt insbesondere das Vorliegen antigenspezifischer T-Gedächtniszellen als Korrelat einer langfristigen Exposition bei. Retrospektiv fand sich auch nach kurzfris- tiger beruflicher Exposition ein Anstieg CD154+/CD4+ spezifischer T-Zellen. Dies legt eine Verwendung CD154+/CD4+ spezifischer T-Zellen als Biomarker in Bereichen der umweltmedizinischen Abklärung von Schimmelpilzexposition oder der Diagnostik allergischer Erkrankungen nahe. N2 - In patients with invasive aspergillosis, significantly elevated levels of A. fumigatus specific CD154+/CD4+ cells were found compared to healthy subjects. This translational study aimed to investigate the applicability of this assay in clinical routine practice, as well as in subjects and patients exposed to A. fumigatus. For the previously described assay for determining CD154+/CD4+ cells from purified PBMCs, this study demonstrates a significantly reduced detection rate after blood sample storage for more than 2 hours. Methods described in the literature for extending the storage time of heparinized blood samples through prior dilution and agitation do not allow for pre-analytical storage times beyond 6 hours. Cryopreservation of freshly prepared PBMCs at −20°C before determining A. fumigatus-specific T-cells is presented as a shipping option in a multicenter setting. To improve clinical applicability, a whole-blood protocol for the detection of A. fumigatus-specific CD154+/CD4+ cells is demonstrated, enabling the use of blood monovettes preloaded with A. fumigatus lysate for bedside inoculation with whole blood. The application of the assay for determining A. fumigatus specific T-cells was examined in hemato-oncological patients before and three months after stem cell transplantation. A particularly limiting factor for successful measurement in this context is the reduced cell count of measured lymphocytes. Due to the generally low success rate of 20% before and 54% after HSCT, the applicability of the assay in this cohort is questionable. The assessment of A. fumigatus exposure factors in healthy subjects allows for classification into a group with weak and strong A. fumigatus exposure, with a significantly increased proportion of A. fumigatus specific CD154+/CD4+ cells. The presence of antigen-specific memory T-cells, as a correlate of long-term exposure, particularly contributes to this. Retrospectively, an increase in CD154+/CD4+ specific T-cells was also observed after short-term occupational exposure. This suggests that CD154+/CD4+ specific T-cells could be used as biomarkers in environmental medicine assessments of mold exposure or in the diagnosis of allergic diseases. KW - Aspergillus fumigatus KW - Durchflusscytometrie KW - Aspergillose KW - Immunologie KW - T-Zellimmunität KW - CD154 Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-371145 ER -