TY  - JOUR
A1  - Gröbner, Susanne N.
A1  - Worst, Barbara C.
A1  - Weischenfeldt, Joachim
A1  - Buchhalter, Ivo
A1  - Kleinheinz, Kortine
A1  - Rudneva, Vasilisa A.
A1  - Johann, Pascal D.
A1  - Balasubramanian, Gnana Prakash
A1  - Segura-Wang, Maia
A1  - Brabetz, Sebastian
A1  - Bender, Sebastian
A1  - Hutter, Barbara
A1  - Sturm, Dominik
A1  - Pfaff, Elke
A1  - Hübschmann, Daniel
A1  - Zipprich, Gideon
A1  - Heinold, Michael
A1  - Eils, Jürgen
A1  - Lawerenz, Christian
A1  - Erkek, Serap
A1  - Lambo, Sander
A1  - Waszak, Sebastian
A1  - Blattmann, Claudia
A1  - Borkhardt, Arndt
A1  - Kuhlen, Michaela
A1  - Eggert, Angelika
A1  - Fulda, Simone
A1  - Gessler, Manfred
A1  - Wegert, Jenny
A1  - Kappler, Roland
A1  - Baumhoer, Daniel
A1  - Stefan, Burdach
A1  - Kirschner-Schwabe, Renate
A1  - Kontny, Udo
A1  - Kulozik, Andreas E.
A1  - Lohmann, Dietmar
A1  - Hettmer, Simone
A1  - Eckert, Cornelia
A1  - Bielack, Stefan
A1  - Nathrath, Michaela
A1  - Niemeyer, Charlotte
A1  - Richter, Günther H.
A1  - Schulte, Johannes
A1  - Siebert, Reiner
A1  - Westermann, Frank
A1  - Molenaar, Jan J.
A1  - Vassal, Gilles
A1  - Witt, Hendrik
A1  - Burkhardt, Birgit
A1  - Kratz, Christian P.
A1  - Witt, Olaf
A1  - van Tilburg, Cornelis M.
A1  - Kramm, Christof M.
A1  - Fleischhack, Gudrun
A1  - Dirksen, Uta
A1  - Rutkowski, Stefan
A1  - Frühwald, Michael
A1  - Hoff, Katja von
A1  - Wolf, Stephan
A1  - Klingebeil, Thomas
A1  - Koscielniak, Ewa
A1  - Landgraf, Pablo
A1  - Koster, Jan
A1  - Resnick, Adam C.
A1  - Zhang, Jinghui
A1  - Liu, Yanling
A1  - Zhou, Xin
A1  - Waanders, Angela J.
A1  - Zwijnenburg, Danny A.
A1  - Raman, Pichai
A1  - Brors, Benedikt
A1  - Weber, Ursula D.
A1  - Northcott, Paul A.
A1  - Pajtler, Kristian W.
A1  - Kool, Marcel
A1  - Piro, Rosario M.
A1  - Korbel, Jan O.
A1  - Schlesner, Matthias
A1  - Eils, Roland
A1  - Jones, David T. W.
A1  - Lichter, Peter
A1  - Chavez, Lukas
A1  - Zapatka, Marc
A1  - Pfister, Stefan M.
T1  - The landscape of genomic alterations across childhood cancers
JF  - Nature
N2  - Pan-cancer analyses that examine commonalities and differences among various cancer types have emerged as a powerful way to obtain novel insights into cancer biology. Here we present a comprehensive analysis of genetic alterations in a pan-cancer cohort including 961 tumours from children, adolescents, and young adults, comprising 24 distinct molecular types of cancer. Using a standardized workflow, we identified marked differences in terms of mutation frequency and significantly mutated genes in comparison to previously analysed adult cancers. Genetic alterations in 149 putative cancer driver genes separate the tumours into two classes: small mutation and structural/copy-number variant (correlating with germline variants). Structural variants, hyperdiploidy, and chromothripsis are linked to TP53 mutation status and mutational signatures. Our data suggest that 7–8% of the children in this cohort carry an unambiguous predisposing germline variant and that nearly 50% of paediatric neoplasms harbour a potentially druggable event, which is highly relevant for the design of future clinical trials.
KW  - cancer genomics
KW  - oncogenesis
KW  - paediatric cancer
KW  - predictive markers
KW  - translational research
Y1  - 2018
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-229579
VL  - 555
ER  - 
TY  - JOUR
A1  - Drube, Sebastian
A1  - Weber, Franziska
A1  - Loschinski, Romy
A1  - Beyer, Mandy
A1  - Rothe, Mandy
A1  - Rabenhorst, Anja
A1  - Göpfert, Christiane
A1  - Meininger, Isabel
A1  - Diamanti, Michaela A.
A1  - Stegner, David
A1  - Häfner, Norman
A1  - Böttcher, Martin
A1  - Reinecke, Kirstin
A1  - Herdegen, Thomas
A1  - Greten, Florian R.
A1  - Nieswandt, Bernhard
A1  - Hartmann, Karin
A1  - Krämer, Oliver H.
A1  - Kamradt, Thomas
T1  - Subthreshold IKK activation modulates the effector functions of primary mast cells and allows specific targeting of transformed mast cells
JF  - Oncotarget
N2  - Mast cell differentiation and proliferation depends on IL-3. IL-3 induces the activation of MAP-kinases and STATs and consequently induces proliferation and survival. Dysregulation of IL-3 signaling pathways also contribute to inflammation and tumorigenesis. We show here that IL-3 induces a SFK- and Ca2\(^{+}\)-dependent activation of the inhibitor of κB kinases 2 (IKK2) which results in mast cell proliferation and survival but does not induce IκBα-degradation and NFκB activation. Therefore we propose the term "subthreshold IKK activation". This subthreshold IKK activation also primes mast cells for enhanced responsiveness to IL-33R signaling. Consequently, co-stimulation with IL-3 and IL-33 increases IKK activation and massively enhances cytokine production induced by IL-33. We further reveal that in neoplastic mast cells expressing constitutively active Ras, subthreshold IKK activation is associated with uncontrolled proliferation. Consequently, pharmacological IKK inhibition reduces tumor growth selectively by inducing apoptosis in vivo. Together, subthreshold IKK activation is crucial to mediate the full IL-33-induced effector functions in primary mast cells and to mediate uncontrolled proliferation of neoplastic mast cells. Thus, IKK2 is a new molecularly defined target structure.
KW  - mast cells
KW  - subthreshold IKK activation
KW  - mitogenic signaling
KW  - NFκB-activation
Y1  - 2015
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-143681
VL  - 6
IS  - 7
ER  - 
TY  - THES
A1  - Weber, Sebastian
T1  - Simulation of self-assembled nanopatterns in binary alloys on the fcc(111) surface
T1  - Simulation von selbstgebildeten Nanostrukturen in binären Legierungen auf der fcc(111) Oberfläche
N2  - In this PhD thesis, we study the heteroepitaxial crystal growth by means of Monte Carlo simulations. Of particular interest in this work is the influence of the lattice mismatch of the adsorbates relative to the substrate on surface structures. In the framework of an off-lattice model, we consider one monolayer of adsorbate and investigate the emerging nanopatterns in equilibrium and their formation during growth. In chapter 1, a brief introduction is given, which describes the role of computer simulations in the field of the physics of condensed matter. Chapter 2 is devoted to some technical basics of experimental methods of molecular beam epitaxy and the theoretical description. Before a model for the simulation can be designed, it is necessary to make some considerations of the single processes which occur during epitaxial growth. For that purpose we look at an experimental setup and extract the main microscopic processes. Afterwards a brief overview of different theoretical concepts describing that physical procedures is given. In chapter 3, the model used in the simulations is presented. The aim is to investigate the growth of an fcc crystal in the [111] direction. In order to keep the simulation times within a feasible limit a simple pair potential, the Lennard-Jones potential, with continuous particle positions is used, which are necessary to describe effects resulting from the atomic mismatch in the crystal. Furthermore the detailed algorithm is introduced which is based on the idea to calculate the barrier of each diffusion event and to use the barriers in a rejection-free method. Chapter 4 is attended to the simulation of equilibrium. The influence of different parameters on the emerging structures in the first monolayer upon the surface, which is completely covered with two adsorbate materials, is studied. Especially the competition between binding energy and strain leads to very interesting pattern formations like islands or stripes. In chapter 5 the results of growth simulations are presented. At first, we introduce a model in order to realize off-lattice Kinetic Monte Carlo simulations. Since the costs in simulation time are enormous, some simplifications in the calculation of diffusion barriers are necessary and therefore the previous model is supplemented with some elements from the so-called ball and spring model. The next point is devoted to the calculation of energy barriers followed by the presentation of the growth simulations. Binary systems with only one sort of adsorbate are investigated as well as ternary systems with two different adsorbates. Finally, a comparison to the equilibrium simulations is drawn. Chapter 6 contains some concluding remarks and gives an outlook to possible further investigations.
N2  - Diese Doktorarbeit beschäftigt sich mit der Untersuchung von heteroepitaktischem Kristallwachstum mit Hilfe von Monte Carlo Simulationen. Von besonderem Interesse ist hierbei der Einfluss des Gitterunterschieds zwischen den Adsorbatmaterialien und dem Substrat auf die Oberflächenstrukturen. Unter Verwendung eines gitterfreien Modells betrachten wir die erste Monolage des Adsorbats und untersuchen die entstehenden Nanostrukturen sowie deren Entwicklung während des Wachstums. Kapitel 1 gibt dazu eine kurze Einführung, welche die Rolle von Computersimulationen im Gebiet der modernen Festkörperphysik beschreibt. Kapitel 2 widmet sich einigen technischen Grundlagen der Molekularstrahlepitaxie und deren theoretischen Behandlung. Bevor ein Modell für die Simulation erstellt werden kann, ist es notwendig einige Überlegungen über die einzelnen Prozesse anzustellen, welche beim epitaktischen Wachstum in Erscheinung treten. Zu diesem Zweck betrachten wir zunächst den experimentellen Aufbau und entnehmen die wichtigsten mikroskopischen Prozesse. Danach wird ein kurzer Überblick über die verschiedenen theoretischen Konzepte gegeben, die diese physikalischen Vorgänge beschreiben. In Kapitel 3 wird anschließend das in den Simulationen verwendete Modell vorgestellt. Das Ziel dieser Arbeit ist die Untersuchung des Wachstums eines fcc Kristalls in die [111] Richtung. Um die Simulationszeiten in realisierbaren Grenzen zu halten, wird ein einfaches Paar-Potential, das Lennard-Jones Potential, mit kontinuierlichen Koordinaten verwendet, welche notwendig sind, um Effekte zu beschreiben, die ihren Ursprung in der atomaren Fehlanpassung im Kristall besitzen. Außerdem wird der detaillierte Algorithmus erläutert, welcher darauf basiert zunächst die Barriere eines jeden Diffusionsereignisses zu berechnen, um diese Barrieren dann in einem verwerfungsfreien Algorithmus zu verwenden. Kapitel 4 beschäftigt sich mit der Simulation von Gleichgewichtskonfigurationen. Dabei wird der Einfluss verschiedener Parameter auf die entstehenden Strukturen in der ersten Monolage auf dem Substrat untersucht, welches vollständig mit zwei Adsorbatmaterialien bedeckt ist. Besonders die Konkurrenz zwischen Bindungsenergie und Verspannung führt zur Bildung äußerst interessanter Strukturen wie Inseln oder Streifen. Im Anschluss werden in Kapitel 5 die Ergebnisse von Wachstumssimulationen präsentiert. Zu Beginn stellen wir das Modell vor, das den gitterfreien Monte Carlo Simulationen zu Grunde liegt. Da sich der numerische Aufwand in enormen Simulationszeiten niederschlägt, werden einige Vereinfachungen bei der Berechnung der Diffusionsbarrieren notwendig und aus diesem Grund werden dem bis dahin verwendetem Modell einige Elemente des sogenannten Ball and Spring Modells hinzugefügt. Der nächste Abschnitt widmet sich dann den Berechnungen der Energiebarrieren, bevor die Ergebnisse der Wachstumssimulationen vorgestell werden. Dabei werden sowohl binäre Systeme mit nur einer Adsorbatsorte als auch ternäre Systeme mit zwei Adsorbatkomponenten untersucht. Abschließend wird ein Vergleich zu den Ergebnissen der Gleichgewichtssimulationen aus dem Kapitel vorher gezogen. Kapitel 6 beinhaltet schließlich einige zusammenfassende Bemerkungen und bietet einen Ausblick auf mögliche weitere Untersuchungen.
KW  - Kristallwachstum
KW  - Epitaxie
KW  - Monte-Carlo-Simulation
KW  - Kubisch flächenzentriertes Gitter
KW  - Monte Carlo
KW  - Simulation
KW  - Heteroepitaxie
KW  - Verspannung
KW  - Monte Carlo
KW  - Simulation
KW  - Epitaxy
KW  - Strain
Y1  - 2008
U6  - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-27914
ER  -