TY - THES A1 - Geiger, Markus T1 - The Geology of the southern Warmbad Basin Margin - Tephrostratigraphy, Age, Fossil Record and Sedimentary Environment of Carboniferous-Permian Glacigenic Deposits of the Dwyka Group, Zwartbas, southern Namibia N2 - At Zwartbas, about 10 km west of Vioolsdrif, southern Namibia, the Dwyka succession is composed of tillites and distal fossiliferous dropstone-bearing glacio-marine shales. The completely exposed Dwyka succession is interbedded with thin bentonites, altered distal pyroclastic deposits, which were derived from the magmatic arc at the southern rim of Gondwana. Dropstone-bearing and dropstonefree sequences intercalate with four diamictites, of which the two lowest were certainly recognised as tillites. Four events of deglaciation were proven at Zwartbas and thus consist with correlative deposits in southern Africa. Numerous fossilised fishes, trace fossils, and plant fragments appear frequently within the lower half of the Dwyka succession whereas trace fossils were principally found in the complete succession. Although the environmental determination is quite problematic, the fossil assemblage rather implies proximal, shallow water conditions with temporary restricted oxygenation. The hinterland was covered with considerable vegetation, which points to a moderate climate. Water salinity determinations based on shale geochemistry rectify contrary palaeontological results and point to rather brackish or non-marine conditions in comparison to present-day salinites. Geochemical analyses of the bentonites relate the pyroclastic deposits with acid to intermediate source magmas, as they are known from the magmatic arc in present-day Patagonia. Tectono-magmatic comparisons furthermore emphasise a syn-collision or volcanic-arc situation of the magma source. However, significant cyclicity in the production of the pyroclastic deposits was not observed. Radiometric age determinations of two tuff beds clearly date the onset of glacial activity into the Late Carboniferous. KW - Namibia KW - Karbon KW - Permokarbon KW - Vereisung KW - Tuff KW - Oranje KW - Fossil KW - Geochemie KW - Schwermineral KW - Diamiktit KW - Tillit KW - Tonstein KW - Dwyka KW - Carboniferous KW - Permian KW - Glaciation KW - Geochemistry KW - Petrography Y1 - 2000 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-46251 ER - TY - THES A1 - Geiger, Markus T1 - An Explanation of the Geological Map 1:10000 of the Namibian borderland along the Orange River at Zwartbas - Warmbad District - Karas Region - Namibia N2 - The locality of Zwartbas is situated at the border of Namibia and South Africa about 15 km west of Noordoewer. The mapped area is confined by the Tandjieskoppe Mountains in the north and the Orange River in the south. Outcropping rocks are predominantly sediments of the Nama Group and of the Karoo Supergroup. During the compilation of this paper doubts arose about the correct classification of the Nama rocks as it is found in literature. Since no certain clues were found to revise the classification of the Nama rocks, the original classification remains still valid. Thus the Kuibis and Schwarzrand Subgroup constitute the Nama succession and date it to Vendian age. A glacial unconformity represents a hiatus for about 260 Ma. This is covered by sediments of the Karoo Supergroup. Late Carboniferous and early Permian glacial deposits of diamictitic shale of the Dwyka and shales of the Ecca Group overlie the unconformity. The shales of the Dwyka Group contain fossiliferous units and volcanic ash-layers. A sill of the Jurassic Tandjiesberg Dolerite Complex (also Karoo Supergroup) intruded rocks at the Dwyka-Ecca-boundary. Finally fluvial and aeolian deposits and calcretes of the Cretaceous to Tertiary Kalahari Group and recent depositionary events cover the older rocks occasionally. N2 - Die Lokalität Zwartbas liegt an der namibisch-südafrikanischen Grenze, etwa 15 km westlich von Noordoewer. Das Kartiergebiet wird durch die Tandjiesberge im Norden und den Oranje Fluß im Süden begrenzt. Die anstehenden Gesteine bestehen hauptsächlich aus Sedimenten der Nama Gruppe und der Karoo Supergruppe. Während der Erarbeitung dieser Abhandlung entstanden Zweifel an der Klassifikation der Nama Gesteine, so wie sie in der Literatur zu finden ist. Da keine sicheren Hinweise zur Revision der Klassifikation der Nama Gesteine gefunden wurden, bleibt die ursprünglich Klassifikation jedoch gültig. Die Kuibis und Schwarzrand Untergruppe bilden also die Nama Abfolge und datieren sie ins Vendian. Eine glaziale Diskontinuität repräsentiert einen Hiatus von etwa 260 Mio Jahren. Sie wird überlagert von Sedimenten der Karoo Supergruppe. Spät-karbone und früh-permische glaziale Ablagerungen von diamiktitischen Tonsteinen der Dwyka Gruppe und Tonsteine der Ecca Gruppe liegen über dieser Diskontinuität. Die Sedimente der Dwyka Gruppe sind fossilführend und enthalten Tufflagen. Ein Sill des jurassischen Tandjiesberg Dolerit Komplex (auch Karoo Supergruppe) intrudierte in die Gesteine an der Dwyka-Ecca Grenze. Schließlich bedecken lokal fluviatile und äolische Ablagerungen und Kalkkrusten der kretazischen und tertiären Kalahari Gruppe und jüngerer Ablagerungsereignisse die älteren Gesteine. KW - Namibia KW - Karbon KW - Permokarbon KW - Vereisung KW - Tuff KW - Oranje KW - Fossil KW - Geochemie KW - Schwermineral KW - Diamiktit KW - Tillit KW - Tonstein KW - Präkambrium KW - Geologische Kartierung KW - Nama KW - Karoo KW - Dwyka KW - Mapping KW - glaciation Y1 - 1999 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-46269 ER - TY - THES A1 - Orth, Barbara T1 - Identification of an atypical peptide binding mode of the BTB domain of the transcription factor MIZ1 with a HUWE1-derived peptide T1 - Identifikation eines neuen Bindungsmodus zwischen der BTB-Domäne des Transkriptionsfaktors MIZ1 und eines Peptids aus der HECT-E3-Ligase HUWE1 N2 - Ubiquitination is a posttranslational modification with immense impact on a wide range of cellular processes, including proteasomal degradation, membrane dynamics, transcription, translation, cell cycle, apoptosis, DNA repair and immunity. These diverse functions stem from the various ubiquitin chain types, topologies, and attachment sites on substrate proteins. Substrate recruitment and modification on lysine, serine or threonine residues is catalyzed by ubiquitin ligases (E3s). An important E3 that decides about the fate of numerous substrates is the HECT-type ubiquitin ligase HUWE1. Depending on the substrate, HUWE1 is involved in different processes, such as cell proliferation and differentiation, DNA repair, and transcription. One of the transcription factors that is ubiquitinated by HUWE1 is the MYC interacting zinc finger protein 1 (MIZ1). MIZ1 is a BTB/POZ (Bric-à-brac, Tramtrack and Broad-Complex/Pox virus and zinc finger) zinc finger (ZF) protein that binds to DNA through its 13 C2H2-type zinc fingers and either activates or represses the transcription of target genes, including genes involved in cell cycle arrest, such as P21CIP1 (CDKN1A). The precise functions of MIZ1 depend on its interactions with the MYC-MAX heterodimer, but also its heterodimerization with other BTB-ZF proteins, such as BCL6 or NAC1. How MIZ1 interacts with HUWE1 has not been studied and, as a consequence, it has not been possible to rationally develop tools to manipulate this interaction with specificity in order to better understand the effects of the interaction on the transcriptional function of MIZ1 on target genes or processes downstream. One aspect of my research, therefore, aimed at characterizing the MIZ1-HUWE1 interaction at a structural level. I determined a crystal structure of the MIZ1-BTB-domain in complex with a peptide, referred to as ASC, derived from a C terminal region of HUWE1, previously named ‘activation segment’. The binding mode observed in this crystal structure could be validated by binding and activity assays in vitro and by cell-based co-IP experiments in the context of N-terminally truncated HUWE1 constructs. I was not able to provide unambiguous evidence for the identified binding mode in the context of full-length HUWE1, indicating that MIZ1 recognition by HUWE1 requires yet unknown regions in the cell. While the structural details of the MIZ1-HUWE1 interaction remains to be elucidated in the context of the full-length proteins, the binding mode between MIZ1BTB and ASC revealed an interesting, atypical structural feature of the BTB domain of MIZ1 that, to my knowledge, has not been described for other BTB-ZF proteins: The B3 region in MIZ1BTB is conformationally malleable, which allows for a HUWE1-ASC-peptide-mediated β-sheet extension of the upper B1/B2-strands, resulting in a mixed, 3 stranded β-sheet. Such β-sheet extension does not appear to occur in other homo- or heterodimeric BTB-ZF proteins, including MIZ1-heterodimers, since these proteins typically possess a pre-formed B3-strand in at least one subunit. Instead, BCL6 co repressor-derived peptides (SMRT and BCOR) were found to extend the lower β-sheet in BCL6BTB by binding to an adjacent ‘lateral groove’. This interaction follows a 1:1 stoichiometry, whereas the MIZ1BTB-ASC-complex shows a 2:1 stoichiometry. The crystal structure of the MIZ1BTB-ASC-complex I determined, along with comparative binding studies of ASC with monomeric, homodimeric, and heterodimeric MIZ1BTB variants, respectively, suggests that ASC selects for MIZ1BTB homodimers. The structural data I generated may serve as an entry point for the prediction of additional interaction partners of MIZ1 that also have the ability to extend the upper β-sheet of MIZ1BTB. If successful, such interaction partners and structures thereof might aid the design of peptidomimetics or small-molecule inhibitors of MIZ1 signaling. Proof-of-principle for such a structure-guided approach targeting BTB domains has been provided by small-molecule inhibitors of BCL6BTB co-repressors interactions. If a similar approach led to molecules that interfere with specific interactions of MIZ1, they would provide intriguing probes to study MIZ1 biology and may eventually allow for the development of MIZ1-directed cancer therapeutics. N2 - Ubiquitinierung ist eine posttranslationale Modifikation mit weitreichendem Einfluss auf eine Vielzahl von zellulären Prozessen, wie proteasomale Degradation, Membrandynamik, Transkription, Translation, Zellzyklus, Apoptose, DNA-Reparatur und Immunität. Grundlage für diese Diversität ist die Möglichkeit, dass Substrate an unterschiedlichen Stellen mit verschiedenen Ubiquitin-Kettentypen modifiziert werden können. Die Substratrekrutierung und -modifikation an Lysin-, Serin oder Threonin Resten wird durch Ubiquitin-Ligasen (E3s) katalysiert. Eine wichtige Ubiquitin-Ligase, die zahlreiche Substrate reguliert, ist die HECT-Ligase HUWE1. Abhängig vom Substrat ist HUWE1 an verschiedenen Prozessen, wie der Zellproliferation und -differenzierung, DNA-Reparatur, aber auch Transkription beteiligt. Ein Transkriptionsfaktor, der von HUWE1 ubiquitiniert wird, ist MIZ1 (MYC interacting zinc finger protein 1). MIZ1 ist ein BTB/POZ (Bric-à-brac, Tramtrack and Broad-Complex/Pox Virus and Zinc finger) Zinkfinger(ZF)-Protein, das über seine 13 C2H2 Zinkfinger an DNA bindet und so die Transkription von verschiedenen Zielgenen aktivieren oder reprimieren kann. MIZ1-Zielgene sind unter anderem am Zellzyklusarrest beteiligt, wie z.B. das Gen P21CIP1 (CDKN1A). Die biologischen Funktionen von MIZ1 werden unter anderem durch seine Interaktion mit dem MYC MAX-Heterodimer, aber auch durch Heterodimerisierung mit anderen BTB ZF Proteinen, wie BCL6 oder NAC1, reguliert. Wie MIZ1 mit der HUWE1-Ligase interagiert, wurde bislang strukturell noch nicht untersucht, weshalb noch nicht gezielt kleine Moleküle zur Manipulation der Interaktion entwickelt werden konnten, um Einfluss auf die transkriptionellen Funktionen von MIZ1 oder seiner Zielgene zu nehmen. Meine Untersuchungen zielten daher unter anderem darauf ab, die MIZ1-HUWE1-Interaktion auf struktureller Ebene zu charakterisieren. Ich konnte eine Kristallstruktur der MIZ1-BTB-Domäne in Komplex mit dem HUWE1-Peptid ASC lösen, dessen Sequenz in der C-terminalen Region von HUWE1 zu finden ist und zuvor als „activation segment“ definiert wurde. Der in dieser Kristallstruktur beobachtete Bindungsmodus konnte durch Bindungs- und Aktivitätsassays in vitro und durch co-IP-Experimente in zellbasierten Assays validiert werden, jedoch nur im Zusammenhang mit N-terminal verkürzten HUWE1 Konstrukten. Es war mir nicht möglich, diesen Bindungsmodus im Kontext des HUWE1-Proteins voller Länge nachzuweisen, was darauf hindeutet, dass bei der MIZ1-Erkennung durch HUWE1 in der Zelle andere Regionen beteiligt sein könnten. Während die strukturellen Details der MIZ1-HUWE1-Interaktion im Kontext der Proteine voller Länge noch aufgeklärt werden müssen, zeigte der Bindungsmodus zwischen MIZ1BTB und ASC ein atpyisches Strukturmerkmal der BTB-Domäne von MIZ1, das meines Wissens bislang in keinem anderen BTB-ZF-Protein beschrieben wurde: Die B3-Region in MIZ1BTB zeigt eine untypische konformationelle Flexibilität, die es erlaubt, dass das HUWE1-ASC-Peptid die B1/B2-Stränge im oberen Segment von MIZ1BTB zu einem 3-strängigen β-Faltblatt erweitert. Eine solche β-Faltblatt-Erweiterung scheint in anderen homo- oder heterodimeren BTB-ZF-Proteinen, einschließlich MIZ1-Heterodimeren, nicht aufzutreten, da diese Proteine typischerweise bereits einen B3-Strang in mindestens einer Untereinheit aufweisen. Stattdessen konnte beobachtet werden, dass Peptidliganden, wie sie von den BCL6 Co-Repressoren SMRT und BCOR abgeleitet wurden, ein β-Faltblatt im unteren Segment von BCL6BTB erweitern, indem sie in der sogenannten „lateral groove“ binden, die in unmittelbarer Nähe des betreffenden β-Faltblattes lokalisiert ist. Während die Interaktion von BCL6BTB mit Co-Repressor-Peptiden eine 1:1 Stöchiometrie zeigt, beobachtete ich für den MIZ1BTB-ASC-Komplex eine 2:1 Stöchiometrie. Die Kristallstruktur des MIZ1BTB-ASC-Komplexes, zusammen mit Bindungsassays, die die Interaktion zwischen ASC und monomerem, homodimerem bzw. heterodimerem MIZ1BTB untersuchten, deuten darauf hin, dass ASC spezifisch mit MIZ1BTB-Homodimeren interagiert. Daher könnten die von mir gewonnenen Strukturinformationen dazu dienen, weitere MIZ1-Bindungspartner vorherzusagen. Falls erfolgreich, könnten die neu identifizierten Interaktionspartner und zugehörige Strukturen dazu genutzt werden, Peptidomimetika und niedermolekulare Inhibitoren zu entwickeln, die spezifische Interaktionen von MIZ1 und die zugehörigen zellulären Prozesse stören und somit als Werkzeuge zum besseren Verständnis der MIZ1 Biologie dienen könnten. Vorbild dabei können zahlreiche niedermolekulare Verbindungen sein, die zur Störung der Co-Repressor-Peptid-Bindung an BCL6BTB entwickelt wurden. Wenn es auf ähnliche Weise gelänge, spezifischen Einfluss auf die transkriptionelle Funktion von MIZ1 zu nehmen, so könnte dies von hohem therapeutischen Nutzen in der Bekämpfung verschiedener Krebsarten sein. KW - Ubiquitin KW - Ubiquitin-Protein-Ligase KW - Ubiquitinierung KW - Transkriptionsfaktor KW - Zink-Finger-Proteine KW - HUWE1 KW - MIZ1 KW - BTB domain KW - binding mode KW - peptide Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-250447 ER -