TY - THES A1 - Krenz, Bastian T1 - The immune-evasive potential of MYC in pancreatic ductal adenocarcinoma T1 - Das immunevasive Potential von MYC im Pankreaskarzinom N2 - Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is predominantly driven by mutations in KRAS and TP53. However, PDAC tumors display deregulated levels of MYC and are a paradigm example for MYC-driven and -addicted tumors. For many years MYC was described as a transcription factor that regulates a pleiotropic number of genes to drive proliferation. Recent work sheds a different light on MYC biology. First, changes in gene expression that come along with the activation of MYC are mild and MYC seems to act more as a factor that reduces stress and increases resilience towards challenges during transcription. Second, MYC is a strong driver of immune evasion in different entities. In this study we depleted MYC in murine PDAC cells and revealed the immune dependent regression of tumors in an orthotope transplant model, as well as the activation of the innate immune system using global expression analysis, immunoblotting and fCLIP. These experiments revealed that endogenous double-stranded RNA is binding as a viral mimicry to Toll-like receptor 3, causing activation of TBK1 and downstream activation of a proimmunogenic transcription program. The regression of tumors upon depletion of MYC is dependent on this pathway since the knockout of TBK1 prevents regression of tumors after depletion of MYC. We can summarize this study in three main findings: First, the dominant and most important function of MYC in tumors is not to drive proliferation but to promote immune evasion and prevent immune-dependent regression of tumors. Second, cells monitor defects or delay in splicing and RNA processing and activate the immune system to clear cells that face problems with co-transcriptional processing. Third, MYC suppresses the activation of the cell-intrinsic innate immune system and shields highly proliferating cells from the recognition by the immune system. To translate this into a therapeutically approach, we replaced the shRNA mediated depletion of MYC by treatment with cardiac glycosides. Upon treatment with cardiac glycosides tumor cells reduce uptake of nutrients, causing a downregulation of MYC translation, inhibition of proliferation, glycolysis and lactate secretion. Lactate is a major reason for immune evasion in solid tumors since it dampens, amongst others, cytotoxic T cells and promotes regulatory T cells. Treatment of mice with cardiac glycosides causes a complete and immune-dependent remission of PDAC tumors in vivo, pointing out that cardiac glycosides have strong proimmunogenic, anti-cancer effects. More detailed analyses will be needed to dissect the full mechanism how cardiac glycosides act on MYC translation and immune evasion in PDAC tumors. N2 - Pankreaskarzinome entwickeln sich in den meisten Fällen durch die Mutation von KRAS und TP53. Nichtsdestotrotz weisen Pankreaskarzinome sehr hohe, deregulierte Level des MYC Proteins auf und sind exemplarisch für Tumore, deren Wachstum abhängig von MYC ist. Für lange Zeit wurde MYC als Transkriptionsfaktor beschrieben, der vor allem Gene aktiviert, die für die Proliferation von Zellen notwendig sind. Die jüngste Forschung wirft jedoch ein anderes Bild auf die Biologie von MYC. Zum einen sind die transkriptionellen Veränderung nach Aktivierung von MYC mild und vieles deutet darauf hin, dass die Funktion von MYC zum einen in der Reduktion von transkriptionellem Stress liegt. Zum anderen verhindert MYC die Erkennung von Tumorzellen durch das Immunsystem. In dieser Studie wurde MYC in murinen Pankreaskarzinomzellen depletiert und die immunabhängige Regression der Tumore in einem orthotopen Transplantationsmodel untersucht. Die Aktivierung der zell-intrinsischen Immunantwort wurde mittels globaler Expressionsanalyse, Immunoblots und fCLIP Experimenten untersucht. Diese Experimente haben gezeigt, dass endogene doppel-strängige RNAs als virales Mimikry an Toll-like Rezeptor 3 binden, worauf TBK1 phosphoryliert und ein pro-immunogenes Transkriptionsprogram aktiviert wird. Die Deletion von TBK1 konnte beweisen werden, dass die Regression der Tumore von diesem Signalweg abhängig ist. Die Ergebnisse der Studie lassen sich in drei zentrale Erkenntnisse zusammenfassen: Erstens ist die prä-dominante Funktion von MYC in Tumoren in vivo nicht die Proliferation der Zellen zu fördern, sondern zu verhindern, dass der Tumor vom Immunsystem erkannt und bekämpft wird. Zweitens überwachen Zellen das richtige Prozessieren von RNA und aktivieren bei Bedarf das Immunsystem um defekte Zellen zu entfernen. Drittens unterdrückt MYC die Aktivierung dieses zell-intrinsischen Signalweges und schirmt den Tumor dadurch vom Immunsystem ab. Um diese Ergebnisse in einen translationalen Ansatz zu überführen, haben wir die shRNA vermittelte Depletion von MYC durch die Behandlung mit Herzglykosiden ersetzt, die die Aufnahme von Nährstoffen reduzieren, Proliferation einschränken, die Translation des MYC Proteins stoppen und Glykolyse und Laktatsekretion herunterfahren. Laktat hat starke immunsuppressive Eigenschaften in soliden Tumoren, da es zytotoxische T Zellen erschöpft und regulatorische T Zellen aktiviert. Die Behandlung von Mäusen mit Herzglykosiden führte in Abhängigkeit vom Immunsystem zur kompletten Remission der Tumore, auch wenn noch weitere Forschung notwendig ist, um die exakten Zusammenhänge besser zu verstehen. KW - immune evasion KW - pancreatic cancer KW - innate immunity KW - TLR3 KW - Bauchspeicheldrüsenkrebs KW - Myc Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-325903 ER - TY - THES A1 - Häbich, Hannes Jan T1 - Die kardialen Auswirkungen einer SPRED2-Defizienz im Mausmodell T1 - The cardiac effects of a SPRED2 deficiency in the mouse model N2 - SPRED 2 wirkt inhibitorisch auf den Ras/ERK-MAPK-Signalweg. Im Knockout Mausmodell zeigen sich einige schwerwiegende phänotypische Eigenschaften, unter anderem zeigen sich ein genereller Minderwuchs, veränderte hormonelle Regelkreise, neurologische Auffälligkeiten, eine deutlich verringerte Lebenserwartung, sowie kardiale Veränderungen. Besonders schwerwiegende SPRED 2 KO typische Ausprägungen im Herzen sind hierbei eine myokardiale Fibrosierung, eine myokardiale Hypertrophie und Herzrhythmusstörungen. In dieser Arbeit wurden insbesondere kardiale Veränderungen auf Zell- und Proteinebene untersucht. Zur Proteinanalyse der Kardiomyozyten wurden Western Blots und eine Schnittbildgebung angefertigt. Für eine funktionelle Untersuchung wurden isolierte vitale Kardiomyozyten mittels Fluoreszenzfarbstoffen untersucht und unter elektrischer Stimulation beobachtet. Desweiteren wurden isolierte Mitochondrien auf ihren Stoffwechsel und eventuelle Defekte hin analysiert. Hierbei konnte gezeigt werden, dass junge SPRED2 KO Mäuse keine wesentlichen hämodynamischen Einschränkungen aufweisen und eine gute Kompensationsfähigkeit gegenüber einer Nachlaststeigerung aufweisen. Auch gezeigt werden konnte, dass Veränderungen im Rahmen der Zellkontraktion beim Kalziumhaushalt und Membranpotential existieren und im Zusammenhang mit einer verminderten Expression von SERCA und CaV1.2 stehen. Bei der Untersuchung von Mitochondrien konnten keine wesentlichen Defizite der mitochondrialen Funktion der SPRED 2 KO Mäuse gefunden werden. In diesem Zusammenhang ist die bekannte Störung der Autophagie am ehesten Ursache für eine gesteigerte Fibrosierung, sowie der gesteigerten Apoptose der Kardiomyozyten. In Folge dessen könnten die oben beschriebenen Veränderungen des Kalziumhaushaltes der Kardiomyozyten stehen und letztendlich über maligne Herzrhythmusstörungen zum vorzeitigen Versterben führen. N2 - SPRED 2 has an inhibitory effect on the Ras/ERK-MAPK signaling pathway. In the knockout mouse model, some severe phenotypic features are shown, among others a general short stature, altered hormonal regulatory circuits, neurological abnormalities, a significantly reduced life expectancy, and cardiac changes. Especially severe SPRED 2 KO typical manifestations in the heart are myocardial fibrosis, myocardial hypertrophy and cardiac arrhythmias. In this work, cardiac changes at the cellular and protein levels were studied in particular. For protein analysis of the cardiomyocytes, Western blots and cross-sectional imaging were performed. For a functional study, isolated vital cardiomyocytes were examined by fluorescent dyes and observed under electrical stimulation. Furthermore, isolated mitochondria were analyzed for metabolism and possible defects. It was shown that young SPRED2 KO mice do not exhibit significant hemodynamic limitations and show a good ability to compensate for the increase in afterload. Moreover, it was shown that alterations in cell contraction exist in calcium balance and membrane potential and are associated with decreased expression of SERCA and CaV1.2. When mitochondria were examined, no significant deficits in mitochondrial function were found in SPRED 2 KO mice. In this context, the known disruption of autophagy is most likely the cause of increased fibrosis, as well as increased apoptosis of cardiomyocytes. As a consequence, the above calcium balance of the cardiomyocytes ultimately lead to premature death via malignant cardiac arrhythmias. KW - Spred-Proteine KW - Herzinsuffizienz KW - TAC KW - Noonan-Syndrom KW - Maus KW - Herz Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-346286 ER - TY - THES A1 - Zimniak, Melissa Maria T1 - Der Serotonin-Wiederaufnahmehemmer Fluoxetin inhibiert die SARS-CoV-2-Replikation T1 - The serotonin reuptake inhibitor Fluoxetine inhibits SARS-CoV-2 replication N2 - Die COVID-19 Pandemie ist die bisher verheerendste Pandemie des 21. Jahrhunderts. Durch die Einführung neuer mRNA-basierter Impfstoffe sowie der hohen Rate natürlicher Infektionen konnte die weltweite SARS-CoV-2-Immunität gesteigert werden. Trotz aller Erfolge zur Eindämmung der Pandemie kann eine Infektion auch heute noch zu schweren Verläufen und Tod führen. Eine adäquate COVID-19-Therapie ist folglich auf potente Virostatika angewiesen. Eine durch Umgehung zeitaufwändiger klinischer Studien schnell verfügbare Alternative zu neu entwickelten Arzneimitteln ist die Anwendung etablierter Medikamente. Wir isolierten und charakterisierten ein von einem Patienten stammendes SARS-CoV-2-Virus. Dieses Virusisolat wurde bisher in elf Publikationen verwendet. Mittels quantitativer Echtzeit-Polymerasekettenreaktion untersuchten wir eine Substanzbibliothek mit mehr als 300 neuen und bereits zugelassenen Wirkstoffen auf ihre Wirksamkeit gegen SARS-CoV-2. Dabei konnten wir zeigen, dass der selektive Serotonin-Wiederaufnahmehemmer Fluoxetin die SARS-CoV-2-Replikation ab einer Dosis von 0,8 μg/ml signifikant inhibiert, einer bei der Behandlung von Depressionen häufig angewandten Dosierung. Der EC50-Wert lag bei 387 ng/ml. Die Behandlung mit Fluoxetin resultierte in einer reduzierten Zahl an Virusprotein-produzierenden Zellen, was darauf hindeutet, dass es die virale Reinfektion und/oder Proteinexpression inhibiert. Fluoxetin ist ein racemisches Gemisch, wobei das (S)-Enantiomer der potentere Serotonin-Wiederaufnahmehemmer ist. Wir konnten zeigen, dass beide Enantiomere einen vergleichbaren antiviralen Effekt gegen SARS-CoV-2 aufweisen, wodurch das (R)-Enantiomer bei virologischer Indikation gegebenenfalls präferiert werden sollte. Fluoxetin hat keinen Einfluss auf die Replikation des Tollwut-Virus und des Humanen Respiratorischen Synzytial-Virus, was auf eine Virusspezifität hindeutet. Weitere aus der Bibliothek stammende signifikante Inhibitoren der SARS-CoV-2-Replikation sind die am Institut für Organische Chemie Würzburg entwickelten Substanzen AKS 232 und AKS 128. Neben der medikamentösen Therapie ist die akkurate Bestimmung neutralisierender Antikörper gegen SARS-CoV-2 zur Quantifizierung des bestehenden (Re-) Infektionsschutzes sowie zur Planung zukünftiger Impfstrategien von großer Bedeutung. Im Rahmen dieser Arbeit entwickelten wir unter Verwendung der quantitativen Echtzeit-Polymerasekettenreaktion erfolgreich ein zuverlässiges Testverfahren zur Detektion neutralisierender anti-SARS-CoV-2 Antikörper. N2 - The COVID-19 pandemic is the most fatal pandemic of the 21st century. The introduction of new mRNA-based vaccines and the high rate of natural infections have increased global SARS-CoV-2 immunity. Despite the successes in containing the pandemic, infection can still lead to severe courses and death. COVID-19 treatment is therefore dependent on potent antivirals. The development of new antivirals is a prolonged process. By bypassing time-consuming clinical trials, repurposing established medication offers a quickly available alternative to newly developed drugs. We isolated and characterized a patient-derived SARS-CoV-2 virus. This virus isolate has been used in 11 publications so far. Using quantitative real-time polymerase chain reaction, we investigated a compound library with more than 300 new and already approved substances against SARS-CoV-2. We showed that the selective serotonin reuptake inhibitor Fluoxetine significantly inhibits SARS-CoV-2 replication at a concentration of 0.8 µg/ml, a dosage frequently used in the treatment of depression. The EC50 was determined with 387 ng/ml. Treatment with Fluoxetine resulted in a decrease in viral protein-expressing cells, indicating that it inhibits viral reinfection and/or protein expression. Fluoxetine is a racemate with the (S)-enantiomer being the dominant serotonin reuptake inhibitor. We have shown that both stereoisomers have a comparable antiviral effect against SARS-CoV-2, suggesting the (R)-enantiomer might be the preferred option for virological indications. Fluoxetine suppressed neither Rabies virus nor human Respiratory Syncytial Virus replication, indicating it is virus specific. Other significant inhibitors of SARS-CoV-2 replication originating in the compound library are AKS 232 and AKS 128, developed with the Institute of Organic Chemistry Würzburg. In addition to drug therapy, the accurate determination of neutralising antibodies against SARS-CoV-2 is of great importance for quantifying the existing (re)infection protection and for planning future vaccination strategies. In this work, we successfully developed a reliable test procedure for the detection of neutralising anti-SARS-CoV-2 antibodies using the quantitative real-time polymerase chain reaction. KW - Fluoxetin KW - SARS-CoV-2 KW - COVID-19 KW - Antivirale Substanzen KW - Selektiver Serotonin Wiederaufnahmehemmer / SSRI KW - Virusreplikation Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-347190 ER - TY - THES A1 - Liedl, Eva-Kristina T1 - Auswirkung der hochenergetischen, fokussierten extrakorporalen Stoßwellentherapie (ESWT) auf Knochenheilungsstörungen an Unterarm und Hand T1 - High-energy, focused extracorporeal shock wave therapy (ESWT) for bone healing disorders of the forearm and the hand N2 - Die ESWT ist eine nichtoperative Option, kann aber auch ergänzend zur operativen Therapie zur Behandlung von verzögerter (Knochen-)Heilung (VH) und Pseudarthrosen (PA) eingesetzt werden. Ihre Wertigkeit sowie beeinflussende Faktoren wurden an der oberen Extremität bisher nicht ausreichend quantifiziert. Sechzig Patienten wurden retrospektiv nach Anwendung einer ESWT hinsichtlich Ausheilungsrate und Konsolidierungszeit untersucht. Bei 70 % der Patienten kam es zur Ausheilung. Das Durchschnittsalter der Geheilten und Nichtgeheilten unterschied sich nicht signifikant. Das Rauchverhalten und die Zeit zwischen Trauma/OP und ESWT war bei Geheilten und Nichtgeheilten ohne signifikanten Unterschied. Die Ausheilungsrate war am höchsten an Mittelhandknochen/Finger/Daumen (91 %), gefolgt von Unterarmschaft (88 %), Epi-/Metaphyse des Unterarms (67 %) und zuletzt Handwurzelknochen (59 %). Nach konservativer Vorbehandlung heilten 55 %, bei > 2 Voroperationen 67 %, ohne Vorbehandlung 73 % und nach 1 Voroperation 75 %. Die weitere Analyse hinsichtlich der operativen Vorversorgung ergab nach alleiniger ORIF 85 %, ohne Voroperation 64 % und nach ORIF mit Knochenanfrischung/-transplantation 57 % Heilungsrate. Bei intraoperativer ESWT kombiniert mit Knochendebridement/-transplantation + ORIF heilten 67 %, kombiniert mit einer alleinigen ORIF 86 %. Bei alleiniger ESWT oder mit nur minimalen Maßnahmen konsolidierten 70 %. Die ESWT ist in jedem Stadium der Knochenheilungsstörung gleich wirksam. Die Prinzipien von Stabilität und Auffüllung bei vorhandenen Knochendefekten müssen auch bei der Anwendung der ESWT berücksichtigt werden, dann wirkt die ESWT alleinig oder kombiniert mit einer Operation gleichermaßen. Der negative Einfluss von Knochendefekten/-resorption ist auch mit ESWT noch nachweisbar. Ebenso ist die Behandlung des Kahnbeins problematischer als übrige Lokalisationen. Eine vorangegangene Operation stellt keinen negativen Faktor dar, auch wenn Fremdmaterial einliegt. N2 - ESWT is a nonoperative option, but can also be used in addition to surgical therapy for the treatment of delayed bone healing (DBH) and non-union (NU). Their value as well as influencing factors of the upper extremity have not been adequately quantified so far. Sixty patients were retrospectively studied after application of ESWT with regard to healing rate and consolidation time. In 70 % of the patients, healing occurred. The median age of healed and non-healed did not differ significantly. Smoking behavior and the time between trauma/surgery and ESWT was in healed and in nonhealed without significant difference. The healing rate was highest at metacarpal/finger/thumb (91 %), followed by forearm shaft (88 %), epiphysis/metaphysis of the forearm (67 %), and lastly carpal bones (59 %). After conservative pre-treatment 55 % healed, with > 2 previous surgeries 67 % healed, without any pre-treatment 73 % healed, and after 1 previous surgery, 75 % healed. Further analysis of surgical pre-treatment showed 85 % healing after ORIF alone, 64 % without previous operation, and 57 % healing after ORIF with bone grafting/debridement. Intraoperative ESWT combined with bone debridement/transplantation + ORIF resulted in 67 % healing, and combined with ORIF alone resulted in 86 % healing. ESWT alone or with only minimal measures 70% consolidated. ESWT is equally effective at any stage of bone healing disorder. The principles of stability and filling of bone defects must also be taken into account when using ESWT, then ESWT alone or combined with surgery is equally effective. The negative influence of bone defects/resorption is still detectable even with ESWT. Furthermore, treatment of the scaphoid is more problematic than other localizations. Previous surgery is not a negative factor, even with osteosynthesis material in situ. KW - Pseudarthrose KW - Hochenergetische, fokussierte extrakorporale Stoßwellentherapie KW - ESWT KW - verzögerte Heilung KW - obere Extremität KW - High energy, focused extracorporeal shock wave therapy KW - non-union KW - delayed bone healing KW - upper extremity Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-346839 ER - TY - THES A1 - Roesch, Friederike Susanne Caroline T1 - Analyse der Druckbelastung der Hand beim Gebrauch von Gehstützen mit unterschiedlicher Be- und Entlastung T1 - Load analysis of hands while using crutches with varying leg's weight bearing N2 - Aufgrund der Beeinträchtigung eines oder beider Beine sind viele Menschen zur selbstständigen Fortbewegung im Alltag auf ein Hilfsmittel angewiesen. Gehstützen sind das aufgrund hoher Nutzerfreundlichkeit am häufigsten eingesetzte Hilfsmittel bei kurz oder langandauernder Funktionseinschränkung. Die im Vergleich zum normalen Gang erhöhte Belastung der oberen Extremitäten kann in schwerwiegenden Komplikationen wie Thrombosen, Gewebe- und Nervenschäden resultieren. Um diese möglichst gering zu halten, wurden im Laufe der Zeit verschiedene Gehstützenmodelle entwickelt. Ziel der durchgeführten Studie war es, die Belastung der Hände bei verschiedenen hier zu Lande häufig genutzten Gehstützenmodellen und verschiedenen Entlastungen zu erfassen und diese miteinander zu vergleichen. Hierfür zogen wir 26 gesunde Probanden heran, die mit ergonomischen UAG, Arthritis-Gehstützen und anatomischen UAG eine definierte Strecke in festgesetzter, für alle gleicher Reihenfolge liefen. Die zwischen der Hand und dem Gehstützengriff angebrachten Sensormatten erfassten im ersten Studienteil die auf die komplette Hand einwirkende Last und im zweiten Studienteil die Belastung der radialen und ulnaren Hohlhandhälfte separat. Sensorsohlen erfassten zeitgleich die Bodenreaktionskraft. Die Studie zeigte, dass die mit bis zu 70% des Körpergewichts (KG) beim Gehen mit UAG stark belastete Hand mit Arthritis-Gehstützen deutlich entlastet werden kann. Die Belastung konnte auf 16% verringert werden. Eine schwierigere Handhabe muss jedoch in Kauf genommen werden. Bei Beschwerden der Hand, besonders im ulnaren Bereich, sollten anatomische UAG gegenüber ergonomischen UAG bevorzugt werden. Die Belastung der ulnaren Handfläche lag hiermit mit 17% des KG deutlich unter der Belastung mit ergonomischen UAG mit 23% des KG. Die Belastung der radialen Hälfte unterschied sich nicht. Da die Belastung der Hand mit steigender Beinentlastung stieg, sollte die Entlastung möglichst gering und zeitlich kurzgehalten werden. N2 - Due to impairment of one or both legs many people depend on assistive devices for independent mobility in their daily lives. Among these, crutches are the most commonly used aids due to their high userfriendliness in cases of short-term or prolonged functional limitations. The increased load on the upper extremities compared to normal walking can lead to serious complications such as thrombosis, tissue, and nerve damage. To minimize these risks, various crutch models have been developed. The study aimed to define the load on hands using various commonly used types of crutches while walking with different loads on the left leg. 26 healthy participants walked a defined distance in a predetermined, uniform sequence using crutches with ergonomic (eUAG) handles and anatomic handles (aUAG) and arthritis crutches. Sensor mats between hand and handles continuously measured the load transmitted, while sensor soles in the shoes recorded the ground reaction forces simultaneously. The load on the palm and separately the radial and ulnar halves of the palm were analyzed. The study revealed that the hand heavily burdened with up to 70% of body weight while using UAG and can be significantly relieved by using arthritis crutches (16%). However, this comes with a more difficult handling. In cases of hand discomfort, especially at the ulnar half ot the palm, anatomical UAG should be preferred over ergonomic UAG. The load on the ulnar palm was significantly lower with anatomical UAG at 17% of body weight compared to the load with ergonomic UAG (23%). The radial half of the palm had a similar load to bear with both types of handles. Leg relief should be kept as small and as short as possible, because load to bear by the hand increased with greater leg relief. KW - Gehhilfe KW - Druckbelastung KW - Hand Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-347143 ER - TY - JOUR A1 - Reynolds, David L. A1 - Hofmeister, Brigitte T. A1 - Cliffe, Laura A1 - Siegel, T. Nicolai A1 - Andersson, Britta A. A1 - Beverley, Stephen M. A1 - Schmitz, Robert J. A1 - Sabatini, Robert T1 - Base J represses genes at the end of polycistronic gene clusters in Leishmania major by promoting RNAP II termination JF - Molecular Microbiology N2 - The genomes of kinetoplastids are organized into polycistronic gene clusters that are flanked by the modified DNA base J. Previous work has established a role of base J in promoting RNA polymerase II termination in Leishmania spp. where the loss of J leads to termination defects and transcription into adjacent gene clusters. It remains unclear whether these termination defects affect gene expression and whether read through transcription is detrimental to cell growth, thus explaining the essential nature of J. We now demonstrate that reduction of base J at specific sites within polycistronic gene clusters in L. major leads to read through transcription and increased expression of downstream genes in the cluster. Interestingly, subsequent transcription into the opposing polycistronic gene cluster does not lead to downregulation of sense mRNAs. These findings indicate a conserved role for J regulating transcription termination and expression of genes within polycistronic gene clusters in trypanosomatids. In contrast to the expectations often attributed to opposing transcription, the essential nature of J in Leishmania spp. is related to its role in gene repression rather than preventing transcriptional interference resulting from read through and dual strand transcription. KW - Trypanosoma-brucei KW - Transcription initiation KW - Messenger RNA KW - DNA KW - Genome KW - Cruzi KW - Hydroxymethyluracil KW - Expression KW - Parasite KW - Glucosyltransferase Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-187727 VL - 101 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Lange, Bastian A1 - Pauli, Paul T1 - Social anxiety changes the way we move—A social approach-avoidance task in a virtual reality CAVE system JF - PLoS ONE N2 - Investigating approach-avoidance behavior regarding affective stimuli is important in broadening the understanding of one of the most common psychiatric disorders, social anxiety disorder. Many studies in this field rely on approach-avoidance tasks, which mainly assess hand movements, or interpersonal distance measures, which return inconsistent results and lack ecological validity. Therefore, the present study introduces a virtual reality task, looking at avoidance parameters (movement time and speed, distance to social stimulus, gaze behavior) during whole-body movements. These complex movements represent the most ecologically valid form of approach and avoidance behavior. These are at the core of complex and natural social behavior. With this newly developed task, the present study examined whether high socially anxious individuals differ in avoidance behavior when bypassing another person, here virtual humans with neutral and angry facial expressions. Results showed that virtual bystanders displaying angry facial expressions were generally avoided by all participants. In addition, high socially anxious participants generally displayed enhanced avoidance behavior towards virtual people, but no specifically exaggerated avoidance behavior towards virtual people with a negative facial expression. The newly developed virtual reality task proved to be an ecological valid tool for research on complex approach-avoidance behavior in social situations. The first results revealed that whole body approach-avoidance behavior relative to passive bystanders is modulated by their emotional facial expressions and that social anxiety generally amplifies such avoidance. KW - emotions KW - face KW - behavior KW - social anxiety disorder KW - anxiolytics KW - analysis of variance KW - virtual reality KW - questionnaires Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-200528 VL - 14 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Nickerson, David A1 - Atalag, Koray A1 - de Bono, Bernard A1 - Geiger, Jörg A1 - Goble, Carole A1 - Hollmann, Susanne A1 - Lonien, Joachim A1 - Müller, Wolfgang A1 - Regierer, Babette A1 - Stanford, Natalie J. A1 - Golebiewski, Martin A1 - Hunter, Peter T1 - The Human Physiome: how standards, software and innovative service infrastructures are providing the building blocks to make it achievable JF - Interface Focus N2 - Reconstructing and understanding the Human Physiome virtually is a complex mathematical problem, and a highly demanding computational challenge. Mathematical models spanning from the molecular level through to whole populations of individuals must be integrated, then personalized. This requires interoperability with multiple disparate and geographically separated data sources, and myriad computational software tools. Extracting and producing knowledge from such sources, even when the databases and software are readily available, is a challenging task. Despite the difficulties, researchers must frequently perform these tasks so that available knowledge can be continually integrated into the common framework required to realize the Human Physiome. Software and infrastructures that support the communities that generate these, together with their underlying standards to format, describe and interlink the corresponding data and computer models, are pivotal to the Human Physiome being realized. They provide the foundations for integrating, exchanging and re-using data and models efficiently, and correctly, while also supporting the dissemination of growing knowledge in these forms. In this paper, we explore the standards, software tooling, repositories and infrastructures that support this work, and detail what makes them vital to realizing the Human Physiome. KW - Human Physiome KW - standards KW - repositories KW - service infrastructure KW - reproducible science KW - managing big data Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-189584 VL - 6 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Meier, Doreen A1 - Kruse, Janis A1 - Buttlar, Jann A1 - Friedrich, Michael A1 - Zenk, Fides A1 - Boesler, Benjamin A1 - Forstner, Konrad U. A1 - Hammann, Christian A1 - Nellen, Wolfgang T1 - Analysis of the Microprocessor in Dictyostelium: The Role of RbdB, a dsRNA Binding Protein JF - PLoS Genetics N2 - We identified the dsRNA binding protein RbdB as an essential component in miRNA processing in Dictyostelium discoideum. RbdB is a nuclear protein that accumulates, together with Dicer B, in nucleolar foci reminiscent of plant dicing bodies. Disruption of rbdB results in loss of miRNAs and accumulation of primary miRNAs. The phenotype can be rescued by ectopic expression of RbdB thus allowing for a detailed analysis of domain function. The lack of cytoplasmic dsRBD proteins involved in miRNA processing, suggests that both processing steps take place in the nucleus thus resembling the plant pathway. However, we also find features e.g. in the domain structure of Dicer which suggest similarities to animals. Reduction of miRNAs in the rbdB- strain and their increase in the Argonaute A knock out allowed the definition of new miRNAs one of which appears to belong to a new non-canonical class. KW - microprocessor KW - Dictyostelium discoideum KW - dsRNA binding protein KW - RbdB Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166687 VL - 12 IS - 6 ER - TY - THES A1 - Pitsch, Maximilian Jonathan T1 - Zyklisches Adenosinmonophosphat (cAMP) als Äquivalent akkumulierter neuronaler Evidenz T1 - Cyclic adenosine monophosphate (cAMP) as an equivalent of accumulated neuronal evidence N2 - Die vier Crz-Neurone des ventralen Nervensystems von Drosophila melanogaster sammeln Evidenz, wann im Rahmen eines Paarungsakts zirka 6 Minuten vergangen sind. Diese Entscheidung ist für die männliche Fliege von Bedeutung, da das Männchen vor Ablauf dieser ~6 Minuten, welche den Zeitpunkt der Ejakulation darstellen, eher das eigene Leben opfern würde, als dass es die Paarung beenden würde. Nach Ablauf der ~6 Minuten fällt die Motivation des Männchens dagegen dramatisch ab. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde zunächst mittels optogenetischer neuronaler Inhibitionsprotokolle sowie Verhaltensanalysen das Phänomen der Evidenz-akkumulation in den Crz-Neuronen genauer charakterisiert. Dabei zeigte sich, dass die akkumulierte Evidenz auch während einer elektrischen Inhibition der Crz-Neurone persistierte. Dieses Ergebnis warf die Hypothese auf, dass das Äquivalent der akkumulierten Evidenz in den Crz-Neuronen biochemischer Natur sein könnte. Es wurde daraufhin ein Hochdurchsatzscreening-Verfahren entwickelt, mittels dessen 1388 genetische Manipulationen der Crz-Neurone durchgeführt und auf eine Änderung der Evidenzakkumulation getestet wurden. Nur ~30 genetische Manipulationen zeigten eine veränderte Evidenzakkumulation, wobei die meisten dieser Manipulationen den cAMP-Signalweg betrafen. Mittels der optogenetischen Photoadenylatzyklase bPAC, einer Reihe weiterer genetischer Manipulationen des cAMP-Signalwegs sowie der ex vivo Kalzium-Bildgebung und Fluoreszenzlebensdauer-Mikroskopie konnte bestätigt werden, dass cAMP das Äquivalent der in den Crz-Neuronen spannungsabhängig akkumulierten Evidenz darstellt, wobei die Kombination dieser Methoden nahelegte, dass der Schwellenwert der Evidenzakkumulation durch die cAMP-Bindungsaffinität der regulatorischen PKA-Untereinheiten festgelegt sein könnte. Mittels genetischer Mosaikexperimente sowie bildgebenden Verfahren konnte darüber hinaus gezeigt werden, dass innerhalb des Crz-Netzwerks eine positive Rückkopplungsschleife aus rekurrenter Aktivität sowie der cAMP-Akkumulation besteht, welche, sobald die cAMP-Spiegel den Schwellenwert erreichen, zu einem netzwerkweit synchronisierten massiven Kalziumeinstrom führt, was die Abgabe des Crz-Signals an nachgeschaltete Netzwerke triggert. Dieses Phänomen könnte ein Analogon des Aktionspotenzials auf Netzwerkebene sowie auf Intervallzeitskalen darstellen und wurde als „Eruption“ bezeichnet. Genetische, optogenetische sowie Bildgebungsexperimente konnten zeigen, dass die CaMKII derartige Eruptionen durch Niedrighalten der cAMP-Spiegel unterdrückt, was den Zeitmessmechanismus des ersten beschriebenen Intervallzeitmessers CaMKII offenlegt. N2 - The four Crz neurons of the ventral nervous system of Drosophila melanogaster collect evidence about when approximately 6 minutes have elapsed during a mating act. This decision is of importance for the male fly as the male would rather sacrifice his own life than terminate mating before the expiration of these ~6 minutes, which represent the time of ejaculation. After these ~6 minutes, however, the male's motivation drops dramatically. In this dissertation, optogenetic neuronal inhibition protocols as well as behavioral analyses were used to characterize the phenomenon of evidence accumulation in the Crz neurons in more detail. This showed that the accumulated evidence persisted during electrical inhibition of the Crz neurons. This result raised the hypothesis that the equivalent of accumulated evidence in the Crz neurons might be biochemical in nature. A high-throughput-screening-assay was developed using which 1388 genetic manipulations of the Crz neurons were performed and tested for a change in evidence accumulation. Only ~30 genetic manipulations showed altered evidence accumulation, with most of these manipulations involving the cAMP pathway. Using the optogenetic photoadenylyl cyclase bPAC, a number of other genetic manipulations of the cAMP pathway, as well as ex vivo calcium imaging and fluorescence lifetime microscopy techniques, it was confirmed that cAMP represents the equivalent of accumulated evidence in the Crz neurons, and the combination of these methods suggested that the evidence accumulation threshold may be set by the cAMP-binding affinity of regulatory PKA subunits. Using genetic mosaic experiments as well as imaging techniques, it was further shown that within the Crz network there is a positive feedback loop between the recurrent activity as well as the cAMP accumulation, which, once cAMP levels reach the threshold, leads to a network-wide synchronized massive calcium influx, triggering the delivery of the Crz signal to downstream networks. This phenomenon could represent an analog of the action potential at the network level as well as at interval time scales and has been termed an "eruption." Genetic, optogenetic as well as imaging experiments could show that CaMKII suppresses such eruptions by keeping cAMP levels low, revealing the timing mechanism of CaMKII, the first described interval timer. KW - Evidenz KW - Drosophila KW - Biologische Uhr KW - cAMP KW - Intervallzeitmessung Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-351292 ER - TY - THES A1 - Albrecht, Christina T1 - Kardiorestriktiver Knockout desmosomaler Proteine führt zu einer Beeinträchtigung der elektromechanischen Kopplung ohne mitochondriale Dysfunktion bei arrhythmogener Kardiomyopathie T1 - Cardiorestrictive knockout of desmosomal proteins causes impaired electromechanical coupling without mitochondrial dysfunction in arrhythmogenic cardiomyopathy N2 - Arrhythmogene Kardiomyopathie (ACM) ist eine genetische Herzerkrankung, die durch Herzinsuffizienz, ventrikuläre Arrhythmien und plötzlichen Herztod gekennzeichnet ist. Mutationen in desmosomalen Proteinen der Zelladhäsion, wie Plakophilin 2 (PKP2) und Plakoglobin (PG), sind die häufigste Ursache der familiären ACM. Wie gestörte Zelladhäsion zum ACM-Phänotyp führt, ist jedoch nur teilweise geklärt. Potentielle Mechanismen sind eine gestörte Kalzium-(Ca2+)-Homöostase, mitochondrialer oxidativer Stress und metabolische Störungen. Ziel dieser Studie ist es, die mitochondriale Energetik und die Ca2+ -Homöostase in kardio-restriktiven PKP2-Knockout-Mäusen (KO) im Alter von 4, 8 und 12 Wochen sowie in PG-Knockout- Mäusen im Alter von 6 Wochen zu untersuchen. Vier Wochen alte PKP2-KO-Mäuse zeigten frühe Anzeichen von ACM, während alle anderen Altersgruppen typische Kennzeichen von ACM rekapitulierten. Kontraktilität, die damit verbundenen Ca2+ - Transienten, der Redoxstatus und das mitochondriale Membranpotenzial (ΔΨm) isolierter Kardiomyozyten wurden mit einem IonOptix-System bei elektrischer und β- adrenerger Stimulation untersucht. Alle desmosomalen KO-Kardiomyozyten zeigten eine verringerte diastolische Sarkomerlänge, was auf eine diastolische Dysfunktion hinwies. In allen PKP2 KO Kardiomyozyten lag außerdem ein erhöhter intrazellulärer Ca2+ -Spiegel vor, während in den PG KO-Kardiomyozyten das intrazellulärer Ca2+ unverändert war. PKP2 KO- und PG KO-Kardiomyozyten wiesen keine Ca2+ - Sensibilisierung der Myofilamente auf. Zur weiteren Bewertung der mitochondrialen Funktion wurde eine hochauflösende Respirometrie in isolierten Herzmitochondrien bei gleichzeitiger Überwachung von ΔΨm in PKP2 KO und PG KO Mäusen durchgeführt, welche in allen Versuchs- und Kontrollgruppen vergleichbar war. Im Verlauf der Versuche blieb der Redoxstatus stabil und es konnte kein Exzess reaktiver Sauerstoffspezies (ROS) festgestellt werden. Daraus konnte gefolgert werden, dass weder PKP2 KO noch PG KO-Mäuse eine beeinträchtigte mitochondriale Atmung aufwiesen. Diese Studie zeigt, dass isolierte PKP2 KO- oder PG KO-Kardiomyozyten EC-Kopplungsdefekte ohne mitochondriale Dysfunktion aufwiesen. Eine mitochondriale Dysfunktion konnte als treibender Faktor für die Progression des ACM- Phänotyps in den vorgestellten Mausmodellen ausgeschlossen werden. Weitere Studien sind erforderlich, um die mitochondriale Funktion im Zusammenhang mit ACM zu entschlüsseln. N2 - Arrhythmogenic Cardiomyopathy (ACM) is a genetic heart disease characterized by cardiac failure, ventricular arrhythmias, and sudden cardiac death. Mutations in desmosomal cell adhesion proteins, such as plakophilin 2 (PKP2) and Plakoglobin (PG), are the most common cause of familial ACM. However, how disturbed cell adhesion leads to the ACM phenotype is only partially understood. Hypotheses include that disturbed cell adhesion and impaired calcium (Ca2+) homeostasis impact mitochondrial function as a source of oxidative stress, ultimately causing electrical instability and metabolic dysfunction. The goal of this study is to investigate mitochondrial energetics and Ca2+ homeostasis in cardio-restricted PKP2 knockout (KO) mice at the age of 4, 8 and 12 weeks and PG knockout mice at the age of 6 weeks, mimicking early to advanced disease states. Four-week-old PKP2 KO mice showed early signs of ACM while all other age groups recapitulated hallmarks of ACM: systolic dysfunction, right ventricular dilation, and cardiac fibrosis. Contractility associated Ca2+ transients, redox state, and mitochondrial membrane potential (ΔΨm) of isolated cardiomyocytes upon electrical and β-adrenergic stimulation were investigated with an IonOptix system. All age groups of PKP2 KO cardiomyocytes had decreased diastolic sarcomere length, indicating diastolic dysfunction, and elevated intracellular Ca2+ levels. 6-week-old PG KO cardiomyocytes showed a diastolic dysfunction in the same manner, while Ca2+ levels did not differ. In addition, no Ca2+ sensitization of myofilaments was detected in PKP2 KO or PG KO mice. To further assess mitochondrial function, high-resolution respirometry was performed with simultaneous monitoring of ΔΨm in isolated cardiac mitochondria from PKP2 KO and PG KO mice. For all groups and controls, addition of ADP increased O2 consumption and dissipated ΔΨm to a similar extent, implying that neither PKP2 KO nor PG KO mice exhibit impaired mitochondrial respiration. During the experiments, the redox status remained stable, and no excess of reactive oxygen species (ROS) was detected. This study demonstrates that isolated PKP2 or PG KO cardiomyocytes exhibit EC-coupling defects without mitochondrial dysfunction. Mitochondrial dysfunction can be excluded as the driving factor of ACM phenotype progression in the mouse models presented in this study. Further studies are needed to unravel ACM-related mitochondrial biology. KW - Herzmuskelkrankheit KW - Desmosom Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-348472 ER - TY - RPRT ED - Nieswandt, Bernhard T1 - Platelets – Molecular, cellular and systemic functions in health and disease T1 - Thrombozyten – molekulare, zelluläre und systemische Funktionen unter physiologischen und pathologischen Bedingungen (SFB/TR240 - Abschlussbericht BT - Final Report (2018/2 - 2023/1) N2 - Besides their central role in haemostasis and thrombosis, platelets are increasingly recognised as versatile effector cells in inflammation, the innate and adaptive immune response, extracellular matrix reorganisation and fibrosis, maintenance of barrier and organ integrity, and host response to pathogens. These platelet functions, referred to as thrombo-inflammation and immunothrombosis, have gained major attention in the COVID-19 pandemic, where patients develop an inflammatory disease state with severe and life-threatening thromboembolic complications. In the CRC/TR 240, a highly interdisciplinary team of basic, translational and clinical scientists explored these emerging roles of platelets with the aim to develop novel treatment concepts for cardiovascular disorders and beyond. We have i) unravelled mechanisms leading to life-threatening thromboembolic complica-tions following vaccination against SARS-CoV-2 with adenoviral vector-based vaccines, ii) identified unrecognised functions of platelet receptors and their regulation, offering new potential targets for pharmacological intervention and iii) developed new methodology to study the biology of megakar-yocytes (MKs), the precursor cells of platelets in the bone marrow, which lay the foundation for the modulation of platelet biogenesis and function. The projects of the CRC/TR 240 built on the unique expertise of our research network and focussed on the following complementary fields: (A) Cell bi-ology of megakaryocytes and platelets and (B) Platelets as regulators and effectors in disease. To achieve this aim, we followed a comprehensive approach starting out from in vitro systems and animal models to clinical research with large prospective patient cohorts and data-/biobanking. Despite the comparably short funding period the CRC/TR 240 discovered basic new mechanisms of platelet biogenesis, signal transduction and effector function and identified potential MK/platelet-specific molecular targets for diagnosis and therapy of thrombotic, haemorrhagic and thrombo-inflammatory disease states. N2 - Thrombozyten sind von zentraler Bedeutung für die Hämostase, aber auch bei der Entstehung akuter thrombotischer Erkrankungen wie Herzinfarkt oder Schlaganfall. Darüber hinaus sind Thrombozyten aber auch vielseitige Effektorzellen von Entzündungsprozessen, der angeborenen Immunität, bei zellulären Abwehrmechanismen sowie bei der Aufrechterhaltung der Gefäß- und Organintegrität. Diese neuen, als Thrombo-Inflammation und Immunothrombose bezeichneten Funktionen haben im Rahmen der COVID-19 Pandemie große Aufmerksamkeit erlangt, da betroffene Patienten systemische Entzündungszustände in Verbindung mit thromboembolischen Komplikationen aufweisen, die oft auch tödlich verlaufen. Im SFB/TR 240 arbeitete ein interdisziplinäres Team von grundlagenorientierten, translationalen und klinischen Wissenschaftlern zusammen an der Erforschung dieser neuartigen Thrombozytenfunktionen mit dem Ziel, neue verbesserte Therapiemöglichkeiten für kardiovaskuläre, aber auch andere Erkrankungen zu entwickeln. Während der Förderphase haben wir i) die Mechanismen aufgeklärt, die in seltenen Fällen nach Impfung mit Adenovirus-basierten Vakzinen gegen Sars-CoV-2 zu lebensbedrohlichen thromboembolischen Komplikationen führten, ii) neue Funktionen und Regulationsmechanismen thrombozytärer Rezeptoren identifiziert, die Grundlage zur therapeutischen Intervention sein könnten und iii) neue Technologien entwickelt, die vertiefte Studien zur Biologie der Megakaryozyten, den Vorläuferzellen der Thrombozyten im Knochenmark, ermöglichen und den Weg zu einer gezielten Beeinflussung der Thrombozytenbiogenese und –funktion ebnen könnten. Die Projekte des TR 240 konzentrierten sich auf die folgenden komplementären Forschungsgebiete: (A) Zellbiologie der Megakaryozyten und Thrombozyten mit dem Ziel eines verbesserten Verständnisses der grundlegenden Funktionen beider Zelltypen und (B) Thrombozyten als Modulatoren und Effektoren bei Erkrankungen. Um dieses Ziel zu erreichen, wurde ein sehr umfassender Ansatz verfolgt, der sich von in vitro Systemen über Tiermodelle bis hin zur klinischen Forschung mit Biobanken und großen, prospektiven Patientenkohorten erstreckte. Der SFB/TR 240 konnte in der vergleichsweisen kurzen Zeit seiner Förderung grundlegend neue Erkenntnisse zu den Mechanismen der Thrombozytenbiogenese, Thrombozyten-Signaltransduktion und -Effektorfunktionen erarbeiten und neue MK/Thrombozyten-spezifische Angriffspunkte für Diag-nose und Therapie thrombotischer, hämorrhagischer und thrombo-inflammatorischer Erkrankungen identifizieren. KW - Thrombozyt KW - platelets KW - thrombo-inflammation KW - haemostasis KW - stroke KW - megakaryocytes KW - Sonderforschungsbereich Transregio 240 KW - Bericht KW - Collaborative Research Center KW - Experimental Biomedicine Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-359636 ER - TY - JOUR A1 - Zapp, Angela Alexandra A1 - Fischer, Eva Caroline A1 - Deuschle, Michael T1 - The effect of agomelatine and melatonin on sleep-related eating: a case report JF - Journal of Medical Case Reports N2 - Background: Sleep-related eating may occur in the context of mental illness, sleep disorders, or psychopharmacological treatment. Frequently, sleep-related eating leads to severe weight gain and, so far, there are no treatment options for the condition. Case presentation: We report the case of a 54-year-old white woman with depression, panic disorder, and sleep apnea under treatment with various antidepressants who developed severe sleep-related eating. Her sleep-related eating completely vanished after addition of agomelatine, it reoccurred after cessation of agomelatine, and vanished again after her re-exposure to another melatonergic drug, extended melatonin. Conclusions: This case suggests that melatonergic drugs lead to relief from sleep-related eating, even when the condition occurs in the context of physical and mental disorders as well as psychopharmacological treatment. KW - sleep-related eating KW - agomelatine KW - melatonin KW - weight loss KW - parasomn Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-157805 VL - 11 IS - 275 ER - TY - JOUR A1 - Homberger, Christina A1 - Hayward, Regan J. A1 - Barquist, Lars A1 - Vogel, Jörg T1 - Improved bacterial single-cell RNA-seq through automated MATQ-seq and Cas9-based removal of rRNA reads JF - mBio N2 - Bulk RNA sequencing technologies have provided invaluable insights into host and bacterial gene expression and associated regulatory networks. Nevertheless, the majority of these approaches report average expression across cell populations, hiding the true underlying expression patterns that are often heterogeneous in nature. Due to technical advances, single-cell transcriptomics in bacteria has recently become reality, allowing exploration of these heterogeneous populations, which are often the result of environmental changes and stressors. In this work, we have improved our previously published bacterial single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) protocol that is based on multiple annealing and deoxycytidine (dC) tailing-based quantitative scRNA-seq (MATQ-seq), achieving a higher throughput through the integration of automation. We also selected a more efficient reverse transcriptase, which led to reduced cell loss and higher workflow robustness. Moreover, we successfully implemented a Cas9-based rRNA depletion protocol into the MATQ-seq workflow. Applying our improved protocol on a large set of single Salmonella cells sampled over different growth conditions revealed improved gene coverage and a higher gene detection limit compared to our original protocol and allowed us to detect the expression of small regulatory RNAs, such as GcvB or CsrB at a single-cell level. In addition, we confirmed previously described phenotypic heterogeneity in Salmonella in regard to expression of pathogenicity-associated genes. Overall, the low percentage of cell loss and high gene detection limit makes the improved MATQ-seq protocol particularly well suited for studies with limited input material, such as analysis of small bacterial populations in host niches or intracellular bacteria. IMPORTANCE: Gene expression heterogeneity among isogenic bacteria is linked to clinically relevant scenarios, like biofilm formation and antibiotic tolerance. The recent development of bacterial single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) enables the study of cell-to-cell variability in bacterial populations and the mechanisms underlying these phenomena. Here, we report a scRNA-seq workflow based on MATQ-seq with increased robustness, reduced cell loss, and improved transcript capture rate and gene coverage. Use of a more efficient reverse transcriptase and the integration of an rRNA depletion step, which can be adapted to other bacterial single-cell workflows, was instrumental for these improvements. Applying the protocol to the foodborne pathogen Salmonella, we confirmed transcriptional heterogeneity across and within different growth phases and demonstrated that our workflow captures small regulatory RNAs at a single-cell level. Due to low cell loss and high transcript capture rates, this protocol is uniquely suited for experimental settings in which the starting material is limited, such as infected tissues. KW - MATQ-seq KW - single-cell RNA-seq KW - Salmonella enterica KW - rRNA depletion KW - gene expression heterogeneity KW - DASH KW - Cas9 Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-350059 VL - 14 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Kuon, Jonas A1 - Blasi, Miriam A1 - Unsöld, Laura A1 - Vogt, Jeannette A1 - Mehnert, Anja A1 - Alt-Epping, Bernd A1 - Oorschot, Birgitt van A1 - Sistermanns, Jochen A1 - Ahlborn, Miriam A1 - Ritterbusch, Ulrike A1 - Stevens, Susanne A1 - Kahl, Christoph A1 - Ruellan, Anne A1 - Matthias, Kathrin A1 - Kubin, Thomas A1 - Stahlhut, Kerstin A1 - Heider, Andrea A1 - Lordick, Florian A1 - Thomas, Michael T1 - Impact of molecular alterations on quality of life and prognostic understanding over time in patients with incurable lung cancer: a multicenter, longitudinal, prospective cohort study JF - Supportive Care in Cancer N2 - Purpose The purpose of this study is to investigate changes over time in quality of life (QoL) in incurable lung cancer patients and the impact of determinants like molecular alterations (MA). Methods In a prospective, longitudinal, multicentric study, we assessed QoL, symptom burden, psychological distress, unmet needs, and prognostic understanding of patients diagnosed with incurable lung cancer at the time of the diagnosis (T0) and after 3 (T1), 6 (T2) and 12 months (T3) using validated questionnaires like FACT-L, National Comprehensive Cancer Network (NCCN) Distress Thermometer (DT), PHQ-4, SCNS-SF-34, and SEIQoL. Results Two hundred seventeen patients were enrolled, 22 (10%) with reported MA. QoL scores improved over time, with a significant trend for DT, PHQ-4, and SCNS-SF-34. Significant determinants for stable or improving scores over time were survival > 6 months, performance status at the time of diagnosis, and presence of MA. Patients with MA showed better QoL scores (FACT-L at T1 104.4 vs 86.3; at T2 107.5 vs 90.0; at T3 100.9 vs 92.8) and lower psychological distress (NCCN DT at T1 3.3 vs 5; at T2 2.7 vs 4.5; at T3 3.7 vs 4.5; PHQ-4 at T1 2.3 vs 4.1; at T2 1.7 vs 3.6; at T3 2.2 vs 3.6), but also a worsening of the scores at 1 year and a higher percentage of inaccurate prognostic understanding (27 vs 17%) compared to patients without MA. Conclusion Patients with tumors harboring MA are at risk of QoL deterioration during the course of the disease. Physicians should adapt their communication strategies in order to maintain or improve QoL. KW - lung cancer KW - quality of life KW - molecular alterations KW - prognostic awareness Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-308211 SN - 0941-4355 SN - 1433-7339 VL - 30 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Reynolds, David A1 - Hofmeister, Brigitte T. A1 - Cliffe, Laura A1 - Alabady, Magdy A1 - Siegel, T. Nicolai A1 - Schmitz, Robert J. A1 - Sabatini, Robert T1 - Histone H3 Variant Regulates RNA Polymerase II Transcription Termination and Dual Strand Transcription of siRNA Loci in Trypanosoma brucei JF - PLoS Genetics N2 - Base J, β-D-glucosyl-hydroxymethyluracil, is a chromatin modification of thymine in the nuclear DNA of flagellated protozoa of the order Kinetoplastida. In Trypanosoma brucei, J is enriched, along with histone H3 variant (H3.V), at sites involved in RNA Polymerase (RNAP) II termination and telomeric sites involved in regulating variant surface glycoprotein gene (VSG) transcription by RNAP I. Reduction of J in T. brucei indicated a role of J in the regulation of RNAP II termination, where the loss of J at specific sites within polycistronic gene clusters led to read-through transcription and increased expression of downstream genes. We now demonstrate that the loss of H3.V leads to similar defects in RNAP II termination within gene clusters and increased expression of downstream genes. Gene derepression is intensified upon the subsequent loss of J in the H3.V knockout. mRNA-seq indicates gene derepression includes VSG genes within the silent RNAP I transcribed telomeric gene clusters, suggesting an important role for H3.V in telomeric gene repression and antigenic variation. Furthermore, the loss of H3.V at regions of overlapping transcription at the end of convergent gene clusters leads to increased nascent RNA and siRNA production. Our results suggest base J and H3.V can act independently as well as synergistically to regulate transcription termination and expression of coding and non-coding RNAs in T. brucei, depending on chromatin context (and transcribing polymerase). As such these studies provide the first direct evidence for histone H3.V negatively influencing transcription elongation to promote termination. KW - RNA polymerase KW - Trypanosoma brucei KW - histone H3 Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166738 VL - 12 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Verma, Nidhi A1 - Rai, Amit Kumar A1 - Kaushik, Vibha A1 - Brünnert, Daniela A1 - Chahar, Kirti Raj A1 - Pandey, Janmejay A1 - Goyal, Pankaj T1 - Identification of gefitinib off-targets using a structure-based systems biology approach; their validation with reverse docking and retrospective data mining JF - Scientific Reports N2 - Gefitinib, an EGFR tyrosine kinase inhibitor, is used as FDA approved drug in breast cancer and non-small cell lung cancer treatment. However, this drug has certain side effects and complications for which the underlying molecular mechanisms are not well understood. By systems biology based in silico analysis, we identified off-targets of gefitinib that might explain side effects of this drugs. The crystal structure of EGFR-gefitinib complex was used for binding pocket similarity searches on a druggable proteome database (Sc-PDB) by using IsoMIF Finder. The top 128 hits of putative off-targets were validated by reverse docking approach. The results showed that identified off-targets have efficient binding with gefitinib. The identified human specific off-targets were confirmed and further analyzed for their links with biological process and clinical disease pathways using retrospective studies and literature mining, respectively. Noticeably, many of the identified off-targets in this study were reported in previous high-throughput screenings. Interestingly, the present study reveals that gefitinib may have positive effects in reducing brain and bone metastasis, and may be useful in defining novel gefitinib based treatment regime. We propose that a system wide approach could be useful during new drug development and to minimize side effect of the prospective drug. KW - gefitinib KW - side effects KW - drug KW - off-targets Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-167621 VL - 6 IS - 33949 ER - TY - JOUR A1 - Wente, Sarah A1 - Schröder, Simone A1 - Buckard, Johannes A1 - Büttel, Hans-Martin A1 - von Deimling, Florian A1 - Diener, Wilfried A1 - Häussler, Martin A1 - Hübschle, Susanne A1 - Kinder, Silvia A1 - Kurlemann, Gerhard A1 - Kretzschmar, Christoph A1 - Lingen, Michael A1 - Maroske, Wiebke A1 - Mundt, Dirk A1 - Sánchez-Albisua, Iciar A1 - Seeger, Jürgen A1 - Toelle, Sandra P. A1 - Boltshauser, Eugen A1 - Brockmann, Knut T1 - Nosological delineation of congenital ocular motor apraxia type Cogan: an observational study JF - Orphanet Journal of Rare Diseases N2 - Background The nosological assignment of congenital ocular motor apraxia type Cogan (COMA) is still controversial. While regarded as a distinct entity by some authorities including the Online Mendelian Inheritance in Man catalog of genetic disorders, others consider COMA merely a clinical symptom. Methods We performed a retrospective multicenter data collection study with re-evaluation of clinical and neuroimaging data of 21 previously unreported patients (8 female, 13 male, ages ranging from 2 to 24 years) diagnosed as having COMA. Results Ocular motor apraxia (OMA) was recognized during the first year of life and confined to horizontal pursuit in all patients. OMA attenuated over the years in most cases, regressed completely in two siblings, and persisted unimproved in one individual. Accompanying clinical features included early onset ataxia in most patients and cognitive impairment with learning disability (n = 6) or intellectual disability (n = 4). Re-evaluation of MRI data sets revealed a hitherto unrecognized molar tooth sign diagnostic for Joubert syndrome in 11 patients, neuroimaging features of Poretti-Boltshauser syndrome in one case and cerebral malformation suspicious of a tubulinopathy in another subject. In the remainder, MRI showed vermian hypo-/dysplasia in 4 and no abnormalities in another 4 patients. There was a strong trend to more severe cognitive impairment in patients with Joubert syndrome compared to those with inconclusive MRI, but otherwise no significant difference in clinical phenotypes between these two groups. Conclusions Systematical renewed analysis of neuroimaging data resulted in a diagnostic reappraisal in the majority of patients with early-onset OMA in the cohort reported here. This finding poses a further challenge to the notion of COMA constituting a separate entity and underlines the need for an expert assessment of neuroimaging in children with COMA, especially if they show cognitive impairment. KW - congenital ocular motor apraxia KW - molar tooth sign KW - Joubert syndrome Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166534 VL - 11 IS - 104 ER - TY - JOUR A1 - Weidner, Christopher A1 - Rousseau, Morten A1 - Plauth, Annabell A1 - Wowro, Sylvia J. A1 - Fischer, Cornelius A1 - Abdel-Aziz, Heba A1 - Sauer, Sascha T1 - Iberis amara Extract Induces Intracellular Formation of Reactive Oxygen Species and Inhibits Colon Cancer JF - PLoS ONE N2 - Massively increasing global incidences of colorectal cancer require efficient treatment and prevention strategies. Here, we report unexpected anticancerogenic effects of hydroethanolic Iberis amara extract (IAE), which is known as a widely used phytomedical product for treating gastrointestinal complaints. IAE significantly inhibited the proliferation of HT-29 and T84 colon carcinoma cells with an inhibitory concentration (IC\(_{50}\)) of 6 and 9 μg/ml, respectively, and further generated inhibitory effects in PC-3 prostate and MCF7 breast cancer cells. Inhibition of proliferation in HT-29 cells was associated with a G2/M phase cell cycle arrest including reduced expression of various regulatory marker proteins. Notably, in HT-29 cells IAE further induced apoptosis by intracellular formation of reactive oxygen species (ROS). Consistent with predictions derived from our in vitro experiments, bidaily oral gavage of 50 mg/kg of IAE over 4 weeks resulted in significant inhibition of tumor growth in a mouse HT-29 tumor xenograft model. Taken together, Iberis amara extracts could become useful alternatives for preventing and treating the progression of colon cancer. KW - iberis amara extract KW - colorectal cancer KW - treatment KW - prevention Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-167044 VL - 11 IS - 4 ER - TY - JOUR A1 - Telorac, Jonas A1 - Prykhozhij, Sergey V. A1 - Schöne, Stefanie A1 - Meierhofer, David A1 - Sauer, Sascha A1 - Thomas-Chollier, Morgane A1 - Meijsing, Sebastiaan H. T1 - Identification and characterization of DNA sequences that prevent glucocorticoid receptor binding to nearby response elements JF - Nucleic Acids Research N2 - Out of the myriad of potential DNA binding sites of the glucocorticoid receptor (GR) found in the human genome, only a cell-type specific minority is actually bound, indicating that the presence of a recognition sequence alone is insufficient to specify where GR binds. Cooperative interactions with other transcription factors (TFs) are known to contribute to binding specificity. Here, we reasoned that sequence signals preventing GR recruitment to certain loci provide an alternative means to confer specificity. Motif analyses uncovered candidate Negative Regulatory Sequences (NRSs) that interfere with genomic GR binding. Subsequent functional analyses demonstrated that NRSs indeed prevent GR binding to nearby response elements. We show that NRS activity is conserved across species, found in most tissues and that they also interfere with the genomic binding of other TFs. Interestingly, the effects of NRSs appear not to be a simple consequence of changes in chromatin accessibility. Instead, we find that NRSs interact with proteins found at sub-nuclear structures called paraspeckles and that these proteins might mediate the repressive effects of NRSs. Together, our studies suggest that the joint influence of positive and negative sequence signals partition the genome into regions where GR can bind and those where it cannot. KW - DNA sequencing KW - glucocorticoid receptor KW - DNA binding KW - transcription factors Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166330 VL - 44 IS - 13 ER - TY - JOUR A1 - Lenders, Malte A1 - Weidemann, Frank A1 - Kurschat, Christine A1 - Canaan-Kühl, Sima A1 - Duning, Thomas A1 - Stypmann, Jörg A1 - Schmitz, Boris A1 - Reiermann, Stefanie A1 - Krämer, Johannes A1 - Blaschke, Daniela A1 - Wanner, Christoph A1 - Brand, Stefan-Martin A1 - Brand, Eva T1 - Alpha-Galactosidase A p.A143T, a non-Fabry disease-causing variant JF - Orphanet Journal of Rare Diseases N2 - Background Fabry disease (FD) is an X-linked multisystemic disorder with a heterogeneous phenotype. Especially atypical or late-onset type 2 phenotypes present a therapeutical dilemma. Methods To determine the clinical impact of the alpha-Galactosidase A (GLA) p.A143T/ c.427G > A variation, we retrospectively analyzed 25 p.A143T patients in comparison to 58 FD patients with other missense mutations. Results p.A143T patients suffering from stroke/ transient ischemic attacks had slightly decreased residual GLA activities, and/or increased lyso-Gb3 levels, suspecting FD. However, most male p.A143T patients presented with significant residual GLA activity (~50 % of reference), which was associated with normal lyso-Gb3 levels. Additionally, p.A143T patients showed less severe FD-typical symptoms and absent FD-typical renal and cardiac involvement in comparison to FD patients with other missense mutations. Two tested female p.A143T patients with stroke/TIA did not show skewed X chromosome inactivation. No accumulation of neurologic events in family members of p.A143T patients with stroke/transient ischemic attacks was observed. Conclusions We conclude that GLA p.A143T seems to be most likely a neutral variant or a possible modifier instead of a disease-causing mutation. Therefore, we suggest that p.A143T patients with stroke/transient ischemic attacks of unknown etiology should be further evaluated, since the diagnosis of FD is not probable and subsequent ERT or chaperone treatment should not be an unreflected option. KW - Fabry disease KW - genotype KW - lyso-Gb3 KW - variant of unknown significance KW - GLA mutation KW - late-onset KW - stroke Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166559 VL - 11 IS - 54 ER - TY - THES A1 - Knoll, Tanja T1 - Untersuchungen zum Einfluss von Kinesiotaping in der ersten postoperativen Phase nach Implantation einer Knieendoprothese T1 - The effectiveness of Kinesio Taping after total knee replacement in early postoperative rehabilitation period N2 - Die Haupt- Fragestellung der Arbeit war: Welchen Einfluss hat Kinesiotape in der ersten postoperativen Phase? Dazu wurde versucht eine Vergleichbarkeit der Gruppen herzustellen, indem Einflussfaktoren wie Alter, körperliche Voraussetzungen, Geschlecht, PT Behandlung und Schmerzmittelbedarf verglichen wurden. Durch die Unterscheidung der Gruppen anhand von: Beweglichkeit des Kniegelenkes, Änderung d. Beweglichkeit, Umfangmessung des Kniegelenks, sowie des Oberschenkels und Schmerzentwicklung sollten Rückschlüsse auf das Kinesiotape gezogen werden Insg. wurden 50 Patienten/tinnen über 45J. nach Implantat. einer Knie TEP in die randomisierte Studie einbezogen Schmerzintensität, Bewegungsumfang und die Umfangmessung des Kniegelenks sowie des Oberschenkels stellten die wichtigsten Vergleichsparameter dar und zeigten deutlich bessere Ergebnisse in der Gruppe 2 mit Tapeanlage im Vergleich zur Kontrollgruppe 1 ohne Tape Beweglichkeit und Kniegelenksumfang zeigten sogar signifikante Unterschiede Die Verteilung der Probanden in den beiden Gruppen hinsichtlich physischer Voraussetzung, Geschlecht und Alter war sehr ausgeglichen gelungen Mögliche Einflussfaktoren wie Schmerzmedikation, physiotherapeutische Maßnahmen und die Anwendung der Bewegungsschiene waren weitestgehend vergleichbar Daraus lassen sich deutliche Rückschlüsse auf die Wirkung des Kinesiotapes ableiten. N2 - The aim of this paper was to evaluate the effectiveness of Kinesio Taping in reducing postoperative pain, improved knee range of motion recovery and edema after total knee replacement operation in early postoperative rehabilitation period. Fifty patients were included, who underwent total knee replacement surgery. Using randomization, participants were divided into Kinesiotape group and control group. Both groups received same rehabilitation program after surgery, except Kinesiotape group also received Kinesiotape applications during 10 days after surgery. Postoperative pain, restoration of the operated knee flexion and edema were evaluated. The chosen level of significance was P<0.05. Groups were homogenous to sex, age, comorbidities, preoperative knee flexion impairment, preoperative pain intensity. In both groups postoperative pain decreased during rehabilitation period. Postoperative edema was less intense and subsided more quickly in Kinesiotape group. The difference between the groups was significant. A significant result showed as well the improvement of knee flexion in early postoperative rehabilitation period. KW - Kinesiotape Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-156524 ER - TY - THES A1 - Hünger, Beate Franziska T1 - Untersuchung zur indikationsgerechten PPI-Empfehlung in Entlassungsbriefen einer gastroenterologischen Fachabteilung T1 - Examination of indication-appropriate PPI recommendation in discharge letters of a gastroenterological department N2 - Die vorliegende Arbeit überprüft die Entlassungsbriefe des ersten Halbjahres 2011 der Medizinischen Klinik II des Klinikums Aschaffenburg – Alzenau. Ziel der Arbeit ist es zu erfassen, wie viele Patienten mit einer PPI-Medikation aus der stationären Behandlung entlassen wurden und in wie vielen Fällen diese Behandlung indikations-, zeit- und dosisgerecht war. Es sollte damit auch überprüft werden, ob in Entlassungsbriefen einer gastroenterologischen Fachabteilung ein höheres Bewusstsein für eine leitlinienkonforme PPI-Empfehlung vorliegt. N2 - This thesis examines the discharge letters of the first semester 2011 of the Medical Clinic II of the Aschaffenburg - Alzenau Hospital. The aim of this study is to record how many patients with PPI medication were discharged from inpatient treatment and in how many cases this treatment was appropriate for indication, time and dose. It should also be used to check whether discharge letters from a gastroenterological department are more aware of a guideline-compliant PPI recommendation. KW - Entlassung KW - PPI Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-157268 ER - TY - THES A1 - Mika-Gospodorz, Bozena T1 - Development and application of bioinformatics tools for analysis of dual RNA-seq experiments T1 - Entwicklung und Anwendung von Bioinformatikwerkzeugen für die Analyse von dualen RNA-seq Experimenten N2 - Dual RNA-seq captures both host and pathogen transcriptomes at the site of infection, facilitating an exploration of processes that play an essential role in pathogenesis and the host defense. This work presents an application of this technique to explore processes occurring during the infection of the human endothelial cells with two clinical isolates of Orientia tsutsugamushi (Ot) — the causative agent of scrub typhus. Combining comparative genomics, transcriptomics, and proteomics, we investigated the transcriptional architecture of Ot and identified non-coding RNAs, operon structures, and widespread antisense transcription, that may have a role in regulation of repetitive genes that are abundant in the Ot genome. In addition, the comparative analysis of bacterial and eukaryotic transcriptomes allowed us to investigate factors that drive the difference in virulence between Karp and UT176 and the host response to these two Ot strains. The host and pathogen transcriptional profiles in each dual RNA-seq study are obtained in‑silico by adopting tools developed for RNA-seq data analysis. The Dualrnaseq pipeline presented in the second part of this work is the first publicly available, highly reproducible, scalable, and user‑friendly workflow developed for processing dual RNA‑seq data of any eukaryotic and bacterial organisms with a reference genome and annotation. It provides three mapping and quantification strategies: (i) alignment-based mapping of reads onto the chimeric genome with STAR followed by counting of uniquely mapped reads with HTSeq; (ii) a fast transcriptome quantification method handling multi‑mapped reads (Salmon with Selective Alignment); (iii) and Salmon alignment-based mode which uses a STAR‑derived alignment combined with Salmon quantification. Performing an initial benchmark analysis of the employed methods we provided recommendations ensuring accurate estimation of host and pathogen transcript expression. N2 - Duale RNA-seq erfasst sowohl das Transkriptom des Wirts als auch das des Erregers am Ort der Infektion und ermöglicht so die Erforschung von Prozessen, die eine wesentliche Rolle bei der Pathogenese und der Abwehr des Wirts spielen. In dieser Arbeit wird eine Anwendung dieser Technik zur Untersuchung von Prozessen vorgestellt, die während der Infektion menschlicher Endothelzellen mit zwei klinischen Isolaten von Orientia tsutsugamushi (Ot) - dem Erreger von Scrub-Typhus - ablaufen. Durch die Kombination von vergleichender Genomik, Transkriptomik und Proteomik untersuchten wir die Transkriptionsarchitektur von Ot und identifizierten nicht-kodierende RNAs, Operon-Strukturen und weit verbreitete Antisense-Transkription, die möglicherweise eine Rolle bei der Regulierung repetitiver Gene spielen, die im Ot-Genom reichlich vorhanden sind. Darüber hinaus ermöglichte uns die vergleichende Analyse der bakteriellen und eukaryotischen Transkriptome die Untersuchung der Faktoren, die für die unterschiedliche Virulenz von Karp und UT176 und die Reaktion des Wirts auf diese beiden Ot-Stämme verantwortlich sind. Die Wirts- und Erreger-Transkriptionsprofile in jeder dualen RNA-seq-Studie werden in-silico mit Hilfe von Tools erstellt, die für die RNA-seq-Datenanalyse entwickelt wurden. Die im zweiten Teil dieser Arbeit vorgestellte Dualrnaseq-Pipeline ist der erste öffentlich verfügbare, hochgradig reproduzierbare, skalierbare und benutzerfreundliche Arbeitsablauf, der für die Verarbeitung dualer RNA-seq-Daten beliebiger eukaryotischer und bakterieller Organismen mit einem Referenzgenom und einer Annotation entwickelt wurde. Er bietet drei Mapping- und Quantifizierungsstrategien: (i) Alignment-basiertes Mapping von Reads auf das chimäre Genom mit STAR, gefolgt von der Zählung eindeutig gemappter Reads mit HTSeq; (ii) eine schnelle Transkriptom-Quantifizierungsmethode, die mit mehrfach gemappten Reads arbeitet (Salmon mit selektivem Alignment); (iii) und einen Salmon-Alignment-basierten Modus. In einer ersten Benchmark-Analyse der verwendeten Methoden haben wir Empfehlungen ausgesprochen, die eine genaue Schätzung der Expression von Wirts- und Pathogentranskripten gewährleisten. KW - Transkriptomanalyse KW - Dual RNA-seq data analysis KW - Orientia tsutsugamushi Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-281264 ER - TY - THES A1 - Appeltshauser, Luise Theresia T1 - Detektion und Charakterisierung von Autoantikörpern gegen paranodale Proteine bei Patienten mit inflammatorischer Polyneuropathie T1 - Detection and characterization of auto-antibodies against paranodal proteins in patients with inflammatory polyneuropathy N2 - Kürzlich wurden bei immunvermittelten Neuropathien Autoantikörper gegen Proteine des paranodalen axoglialen Komplexes beschrieben. Deren Charakteristika, Prävalenzen, pathophysiologische Relevanz sowie Bedeutung für Diagnostik und Therapie sind jedoch noch nicht abschließend erforscht. In dieser Studie wurden daher Seren und Plasmapheresematerial (PE-Material) von 150 Patienten mit inflammatorischen Neuropathien, nämlich 105 mit chronisch inflammatorischer demyelinisierender Polyneuropathie (CIDP), 21 mit Guillain- Barré-Syndrom (GBS) und 24 mit multifokaler motorischer Neuropathie (MMN), welche etablierte diagnostische Kriterien der jeweiligen Krankheit erfüllen, sowie 74 Kontrollen mittels immunhistochemischen Färbungen an murinen Zupfnervenpräparaten und/oder ELISA (Enzyme-linked Immunosorbent Assay) auf Autoantikörper gegen die paranodalen Proteine Caspr, Contactin-1 und Neurofascin- 155 untersucht. Bei positivem Ergebnis wurde deren Spezifität mittels immunhistochemischen Färbungen an transfizierten HEK (Human embryonic kidney)- 293-Zellen und Präinkubationsversuchen bestätigt. Es wurden die IgG-Subklassen und die Antikörpertiter bestimmt und das Komplementbindungsverhalten unter Zugabe von intravenösen Immunglobulinen (IVIG) mit zellbasierten und ELISA-basierten Methoden analysiert. Klinische Merkmale und das Therapieansprechen Antikörper-positiver Patienten wurden ermittelt und mit den experimentellen Ergebnissen in Zusammenhang gesetzt. IgG-Autoantikörper gegen Contactin-1 konnten bei vier Patienten mit CIDP nachgewiesen werden, IgG-Autoantikörper gegen Caspr bei einem Patienten mit CIDP und einer Patientin mit GBS. Es konnten keine weiteren Autoantikörper bei CIDP-Patienten, GBS-Patienten, MMN-Patienten oder bei den Kontrollen detektiert werden. Die Prävalenz von Autoantikörpern gegen axogliale paranodale Proteine liegt somit in dieser Studie bei jeweils 4,76% bei CIDP und GBS und 0% bei MMN. Die Antikörper gehörten bei Patienten in der akuten Erkrankungsphase (zwei der CIDP-Patienten mit Anti-Contactin-1-Autoantikörpern und eine GBS-Patientin mit Anti-Caspr-Autoantikörpern) hauptsächlich den Subklassen IgG1 und IgG3 an, bei Patienten in der chronischen Phase (zwei der CIDP-Patienten mit Anti-Contactin-1-Autoantikörpern, ein CIDP-Patient mit Anti-Caspr-Autoantikörpern) überwog die Subklasse IgG4. Experimentell kam es zur Komplementbindung und -aktivierung abhängig vom Gehalt der Subklassen IgG1-3, nicht aber IgG4; diese konnte durch die Zugabe von IVIG dosisabhängig gemindert werden. Alle Autoantikörper-positiven CIDP-Patienten zeigten einen GBS-artigen Beginn mit einer schweren motorischen Beteiligung. Anti-Contactin-1-positive Patienten kennzeichnete klinisch zusätzlich das Vorkommen einer Ataxie und eines Tremors, Anti-Caspr-positive Patienten das Vorkommen starker neuropathischer Schmerzen. Elektrophysiologisch standen neben Hinweisen auf eine Leitungsstörung Zeichen einer axonalen Schädigung im Vordergrund. Als histopathologisches Korrelat lagen eine nodale Architekturstörung und ein Axonverlust vor. Die Patienten zeigten nur in der Anfangsphase der Erkrankung ein Ansprechen auf IVIG. Bei drei CIDP-Patienten mit IgG4-Autoantikörpern (zwei Patienten mit Anti-Contactin-1-Antikörpern und ein Patient mit Anti-Caspr-Antikörpern) wurde eine Therapie mit Rituximab durchgeführt. Diese führte zu einer Titerreduktion und zur zeitgleichen klinischen und elektrophysiologischen Befundbesserung bei zwei Patienten. Die in dieser Arbeit angewandten Screeningmethoden führten zum erfolgreichen Nachweis von Autoantikörpern gegen paranodale axogliale Proteine. Die Patienten mit positivem Autoantikörpernachweis definieren eine kleine Untergruppe mit ähnlichen klinischen Merkmalen im Kollektiv der Patienten mit inflammatorischen Polyneuropathien. Histopathologische Merkmale sowie das Therapieansprechen auf antikörperdepletierende Therapie sprechen in Kombination mit den Ergebnissen weiterer Studien zu paranodalen Autoantikörpern für eine pathogenetische Relevanz der Autoantikörper. Mit einem charakteristischen, am Schnürring ansetzenden Pathomechanismus könnten Neuropathien mit Nachweis von paranodalen Autoantikörpern der kürzlich eingeführten Entität der Nodo-Paranodopathien angehören. Die Komplementaktivierung und das Therapieansprechen der Patienten auf IVIG stehen möglicherweise in Zusammenhang mit der prädominanten IgG-Subklasse. Diese könnte auch in Bezug auf die Chronifizierung eine Rolle spielen. Der Nachweis von Autoantikörpern gegen paranodale Proteine hat wohlmöglich in Zukunft direkte Konsequenzen auf das diagnostische und therapeutische Prozedere bei Patienten mit CIDP und GBS; weitere klinische und experimentelle Daten aus größeren, prospektiven Studien sind jedoch zum weiteren Verständnis und zur Charakterisierung dieser Entität notwendig. N2 - Autoantibodies against proteins of the paranodal axoglial complex have been described in recent studies on immune-mediated neuropathies. Nevertheless, their characteristics, prevalences, pathophysiological relevance and impact on diagnostics and therapy have not been fully investigated. Therefore, sera and plasmapheresis material (PE-material) of 150 patients with inflammatory neuropathy, including 105 patients with chronic inflammatory demyelinating polyneuropathy (CIDP), 21 patients with Guillain-Barré-Syndrome (GBS) and 24 patients with multifocal motor neuropathy (MMN), fulfilling established diagnostic criteria for the respective disease, as well as 74 controls were screened for autoantibodies against the paranodal proteins caspr, contactin-1 and neurofascin-155 via immunohistochemic staining of murine teased fiber preparations and/or ELISA (Enzyme-linked Immunosorbent Assay). In the event of a positive result, their specificity was confirmed via immunohistochemic staining on transfected HEK (human embryonic kidney)-293-cells and preincubation experiments. IgG subclasses and antibody titers in human material were analysed and complement binding to the autoantibodies, also under the influence of therapeutic immunoglobulins (IVIG), was investigated in cell based assays and ELISA based assays. Clinical features and therapy response in antibody-positive patients were evaluated and compared to the experimental results. IgG-autoantibodies against contactin-1 were found in four patients with CIDP, IgG-autoantibodies against caspr were found in one patient with CIDP and one with GBS. No further autoantibodies were detected neither in patients with CIDP, GBS and MMN nor in the controls. The prevalences of autoantibodies against axoglial paranodal proteins in this study therefore are at 4,76% in CIDP and GBS and 0% in MMN. In the acute phase of the disease, autoantibodies of the IgG1 and IgG3 subclass could be detected (in two CIDP patients with anti-contactin-1 antibodies and one GBS patient with anti-caspr antibodies), whereas patients in the chronic phase of the disease showed IgG4-autoantibodies (two CIDP patients with anti-contactin-1 antibodies and one CIDP patient with anti-caspr antibodies). Complement binding and activation in vitro depended on the amount of the IgG subclasses IgG1-IgG3, but not IgG4. Complement binding could be reduced by IVIG dose-dependently. All CIDP-patients with autoantibodies showed a GBSlike onset with severe motor involvement. Additional features of anti-contactin-1 positive neuropathy were ataxia and tremor, of anti-caspr positive disease neuropathic pain. Electrophysiological studies revealed signs of conduction failure accompanied by striking signs of axonal damage. As a histopathologic correlate, a disruption of the nodal architecture and axonal loss were found. Patients only responded well to IVIG in the beginning of the disease. Three patients with autoantibodies of the IgG4 subclass (two patients with anti-contactin-1 and one patient with anti-caspr) were treated with rituximab, leading to a titer reduction accompanied by clinical and electrophysiological improvement in two patients. The screening methods used in this study are suitable for the detection of autoantibodies against paranodal proteins. Antibody-positive patients define a small subgroup of patients with inflammatory polyneuropathy that is characterized by distinct clinical features. Histopathological findings and therapy response to antibody- depleting treatment in this study as well as findings of further studies argue in favour of a pathogenetic relevance of the autoantibodies. Neuropathies associated with paranodal autoantibodies could belong to the new entity of nodo-paranodopathies, sharing a characteristic pathomechanism with the node of Ranvier being the site of attack. Complement binding and activation as well as response to IVIG could be related to the predominant IgG subclass of the autoantibodies. It could also influence the course and chronification of the disease. Therefore, detection of autoantibodies against paranodal proteins might have a direct impact on diagnostic and therapeutic strategies in patients with CIDP and GBS in the future. Nevertheless, further clinical and experimental data, including data from bigger and prospective studies are needed to understand and fully characterize this novel entity. KW - Polyneuropathie KW - Guillain-Barré-Syndrom KW - Autoantikörper KW - Ranvier-Schnürring KW - Immunglobulin G KW - CIDP KW - Nodo-Paranodopathie KW - Contactin-1 KW - Caspr-1 KW - ELISA KW - Rituximab KW - MMN KW - IgG-Subklasse KW - intravenöse Immunglobuline Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-169457 ER - TY - JOUR A1 - Conrad, Thomas A1 - Albrecht, Anne-Susann A1 - Rodrigues de Melo Costa, Veronica A1 - Sauer, Sascha A1 - Meierhofer, David A1 - Andersson Ørom, Ulf T1 - Serial interactome capture of the human cell nucleus JF - Nature Communications N2 - Novel RNA-guided cellular functions are paralleled by an increasing number of RNA-binding proteins (RBPs). Here we present ‘serial RNA interactome capture’ (serIC), a multiple purification procedure of ultraviolet-crosslinked poly(A)–RNA–protein complexes that enables global RBP detection with high specificity. We apply serIC to the nuclei of proliferating K562 cells to obtain the first human nuclear RNA interactome. The domain composition of the 382 identified nuclear RBPs markedly differs from previous IC experiments, including few factors without known RNA-binding domains that are in good agreement with computationally predicted RNA binding. serIC extends the number of DNA–RNA-binding proteins (DRBPs), and reveals a network of RBPs involved in p53 signalling and double-strand break repair. serIC is an effective tool to couple global RBP capture with additional selection or labelling steps for specific detection of highly purified RBPs. KW - human cell nucleus KW - serial RNA interactome capture KW - RNA-binding proteins Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166172 VL - 7 IS - 11212 ER - TY - JOUR A1 - Heiling, Sven A1 - Knutti, Nadine A1 - Scherr, Franziska A1 - Geiger, Jörg A1 - Weikert, Juliane A1 - Rose, Michael A1 - Jahns, Roland A1 - Ceglarek, Uta A1 - Scherag, André A1 - Kiehntopf, Michael T1 - Metabolite ratios as quality indicators for pre-analytical variation in serum and EDTA plasma JF - Metabolites N2 - In clinical diagnostics and research, blood samples are one of the most frequently used materials. Nevertheless, exploring the chemical composition of human plasma and serum is challenging due to the highly dynamic influence of pre-analytical variation. A prominent example is the variability in pre-centrifugation delay (time-to-centrifugation; TTC). Quality indicators (QI) reflecting sample TTC are of utmost importance in assessing sample history and resulting sample quality, which is essential for accurate diagnostics and conclusive, reproducible research. In the present study, we subjected human blood to varying TTCs at room temperature prior to processing for plasma or serum preparation. Potential sample QIs were identified by Ultra high pressure liquid chromatography tandem mass spectrometry (UHPLC-MS/MS) based metabolite profiling in samples from healthy volunteers (n = 10). Selected QIs were validated by a targeted MS/MS approach in two independent sets of samples from patients (n = 40 and n = 70). In serum, the hypoxanthine/guanosine (HG) and hypoxanthine/inosine (HI) ratios demonstrated high diagnostic performance (Sensitivity/Specificity > 80%) for the discrimination of samples with a TTC > 1 h. We identified several eicosanoids, such as 12-HETE, 15-(S)-HETE, 8-(S)-HETE, 12-oxo-HETE, (±)13-HODE and 12-(S)-HEPE as QIs for a pre-centrifugation delay > 2 h. 12-HETE, 12-oxo-HETE, 8-(S)-HETE, and 12-(S)-HEPE, and the HI- and HG-ratios could be validated in patient samples. KW - quality indicators KW - biomarker KW - hypoxanthine KW - inosine KW - guanosine KW - eicosanoids KW - time-to-centrifugation KW - pre-analytical variation Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-246261 SN - 2218-1989 VL - 11 IS - 9 ER - TY - THES A1 - Endres, Theresa T1 - PAF1 complex and MYC couple transcription elongation with double-strand break repair T1 - Koordination von Transkriptionselongation und Doppelstrangbruchreparatur durch den PAF1 Komplex und MYC N2 - The oncogene MYC is deregulated and overexpressed in a high variety of human cancers and is considered an important driver in tumorigenesis. The MYC protein binds to virtually all active promoters of genes which are also bound by the RNA Polymerase II (RNAPII). This results in the assumption that MYC is a transcription factor regulating gene expression. The effects of gene expression are weak and often differ depending on the tumor entities or MYC levels. These observations could argue that the oncogene MYC has additional functions independent of altering gene expression. In relation to this, the high diversity of interaction partners might be important. One of them is the RNAPII associated Factor I complex (PAF1c). In this study, direct interaction between PAF1c and MYC was confirmed in an in-vitro pulldown assay. ChIP sequencing analyses revealed that knockdown of PAF1c components resulted in reduced MYC occupancy at active promoters. Depletion or activation as well as overexpression of MYC led to reduced or enhanced global occupancy of PAF1c in the body of active genes, arguing that MYC and PAF1c bind cooperatively to chromatin. Upon PAF1c knockdown cell proliferation was reduced and additionally resulted in an attenuation of activation or repression of MYC-regulated genes. Interestingly, knockdown of PAF1c components caused an accumulation in S-phase of cells bearing oncogenic MYC levels. Remarkably, enhanced DNA damage, measured by elevated gH2AX and pKAP1 protein levels, was observed in those cells and this DNA damage occurs specifically during DNA synthesis. Strikingly, MYC is involved in double strand break repair in a PAF1c-dependent manner at oncogenic MYC levels. Collectively the data show that the transfer of PAF1c from MYC onto the RNAPII couples the transcriptional elongation with double strand break repair to maintain the genomic integrity in MYC-driven tumor cells. N2 - Das Onkogen MYC ist in einer Vielzahl verschiedener Krebsarten dereguliert und überexprimiert und deshalb ein wichtiger Faktor in der Tumorgenese. Zwei zentrale Beobachten sind: Erstens, das MYC Protein bindet grundsätzlich an allen zugänglichen Promotoren von Genen, die ebenfalls von der RNA Polymerase II gebunden sind. Das resultiert in der Annahme, dass MYC als ein Transktiptionfaktor klassifiziert werden kann, der Genexpression reguliert. Zweitens, die Effekte auf die Genregulation sind schwach und oftmal abhängig von der Tumorart als auch von der unterschiedlichen MYC Proteinmenge. Diese Beobachtungen lassen die Schlussfolgerung zu, dass MYC eine zusätzliche Funktion neben der des Transktiptionfaktors haben könnte. Darauf bezogen könnte die große Anzahl an Interaktionspartnern eine entscheidende Rolle spielen. Einer dieser Interaktionspartner ist der RNA Polymerase II assoziierte Faktor I Complex (PAF1c). In dieser Arbeit konnte die direkte Interaktion zwischen PAF1c und MYC mittels in-vitro Pulldown Assays bestätigt werden. ChIP-Sequenzierungen illustrierten, dass der Knockdown verschiedener Untereinheiten des PAF1c zur einer verminderten Bindung von MYC an aktiven Promotoren führt. Andererseits zeigte die Depletion oder Aktivierung sowie Überexpression des MYC Proteins entweder eine reduzierte oder aber eine gesteigerte PAF1c Bindung im Genkörper aktiver Gene. Folglich wird angenommen, dass MYC und PAF1c kooperativ an das Chromatin binden. Unabhängig von den MYC Proteinmengen, führte der Knockdown von PAF1c Untereinheiten zu einer reduzierten Proliferation von Zellen. Zusätzlich resultierte in RNA Sequenzierexperimenten, dass der PAF1c Knockdown zu einer abgeschwächten Aktivierung oder Repression von MYC regulierten Genen führt. Interessanterweise führte der Knockdown von PAF1c Untereinheiten zu einer Ansammlung in der S-Phase des Zellzyklus für viele Zellen, die onkogene MYC Proteinmengen aufweisten. Auffallend dabei war, dass diese Zellen erhöhten DNA Schaden, gemessen an erhöhten Proteinmengen von γH2AX und pKAP1, aufwiesen. Dieser DNA Schaden ereignete sich spezifisch während der DNA Synthese. Bemerkenswert ist, dass MYC, vor allem bei onkogenen MYC Proteinmengen, in die Doppelstrangbruchreparatur involviert ist und das dies in Zusammenarbeit mit PAF1c erfolgt. Zusammenfassend zeigen die Daten, dass der Transfer des PAF1c von MYC auf die RNAPII die transkriptionelle Elongation mit der Doppelstrangbruchreparatur vereint um die genomische Integrität in MYC getriebenen Tumoren zu gewährleisten. KW - MYC KW - PAF1c KW - double-strand break repair Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-249557 ER - TY - THES A1 - Sharifi, Marzieh T1 - Structural plasticity of active zones in mouse hippocampal mossy fiber synapses T1 - Strukturelle Plastizität aktiver Zonen in Maus hippocampalen Moosfasersynapsen N2 - Chemical synapses are a physically and functionally varied type of cell-cell contact specialized in conducting communication between neurons. They are the smallest "computational" unit of the brain and are often classified as electrical and chemical, and they can be distinguished based on their transmission mechanism. These categories could be further broken into many kinds, each having a specific structure-function repertoire that is hypothesized to provide neural networks with distinct computational capabilities. Heterogeneity refers to the variety of structures and functions present in a particular category of synapses. Contributing factors for this heterogeneity may be the synaptic vesicles, the active zone (AZ), the synaptic cleft, the postsynaptic density, and the glial processes associated with the synaptic contacts. Each of these five structural modules has its own set of functions, and their combination determines the spectrum of functional heterogeneity at mammalian excitatory synapses. This work focused on the changes in AZ protein expression after chemical induction of plasticity with forskolin in synaptic contacts of the hippocampal mossy fibers. With the nanoscopic resolution provided by dSTORM, along with the multicolor SIM imaging capabilities, changes in expression of key presynaptic AZ components were analyzed. Using SIM imaging along with a standardized stimulation protocol in acute brain slices from male 16-week old Thy1-mEGFP (Lsi1) mice, the changes of the key AZ proteins Bassoon, Munc 13-1 and Tomosyn were investigated 30 min after stimulation with forskolin (50 μM for 30 min). Forskolin induced changes in these proteins largely in small synaptic contacts whereas no clear changes were detected in large mossy fiber boutons. However, due to the high variability it cannot be ruled out that forskolin may differentially modify AZ protein composition depending on experimental circumstances such as age and gender of mice or the time point and duration of forskolin stimulation. The dSTORM data demonstrated feasibility to perform single molecule 3D imaging of hippocampal presynaptic AZs and allowed quantitative mapping of molecular changes in AZ proteins after induction of plasticity. The findings suggest high heterogeneity in mossy fiber synaptic contacts that may have an impact on the function of neural networks. These imaging approaches may now be used to identify potential differences in functional molecular rearrangements of synaptic proteins in healthy and diseased brain (e.g. after induction of traumatic brain injury). N2 - Chemische Synapsen sind eine physikalisch und funktionell vielfältige Art von Zell-Zell-Kontakten, die auf die Kommunikation zwischen Neuronen spezialisiert sind. Sie sind die kleinste " computational " Einheit des Gehirns und werden oft als elektrisch und chemisch klassifiziert, und sie können auf der Grundlage ihres Übertragungsmechanismus unterschieden werden. Diese Kategorien lassen sich weiter in viele Arten unterteilen, die jeweils ein spezifisches Struktur-Funktions-Repertoire aufweisen, von dem angenommen wird, dass es neuronale Netze mit unterschiedlichen Berechnungsfähigkeiten ausstattet. Heterogenität bezieht sich auf die Vielfalt der Strukturen und Funktionen, die in einer bestimmten Kategorie von Synapsen vorhanden sind. Die wichtigsten Gründe für diese Heterogenität sind molekulare und strukturelle Unterschiede in synaptischen Vesikel, der aktiven Zone (AZ), synaptischem Spalt, postsynaptischer Dichte und der mit der Synapse verbundenen glialen Prozesse. Jedes dieser fünf strukturellen Module hat seine eigenen Funktionen, und ihre Kombination bestimmt das Spektrum der funktionellen Heterogenität an exzitatorischen Synapsen von Säugetieren. Diese Arbeit konzentrierte sich auf Änderungen der AZ Proteine nach chemischer Induktion von Plastizität an hippocampalen Moosfasersynapsen mittels superhochauflösende Fluoreszenzmikroskopie. Mit der nanoskopischen Auflösung von dSTORM und der Mehrfarben-SIM-Bildgebung könnten Proteine in der präsynaptischen AZ abgebildet werden. Mithilfe der SIM-Bildgebung wurden Veränderungen in der Expression von AZ-Proteine Bassoon, Munc 13-1 und Tomosyn nach der Induktion von Plastizität mit Forskolin an akuten Hirnschnitten von 16-Wochen alten männlichen Thy1-mEGFP (Lsi1) Mäusen analysiert. Forskolin reduzierte die Expression von Bassoon, Munc-13-1 und Tomosyn hauptsächlich in kleinen Moosfasersynapsen. Aufgrund der hohen Variabilität kann jedoch nicht ausgeschlossen werden, dass Forskolin die Expression der AZ-Proteine abhängig von den experimentellen Bedingungen, wie z.B. dem Alter oder dem Geschlecht der Mäuse oder der Zeitpunkt und der Dauer der Forskolin-Stimulation unterschiedlich verändern könnte. Die dSTORM-Daten zeigten, dass es möglich ist, eine Einzelmolekül-3D-Bildgebung präsynaptischer aktiver Zonen in Hippocampus durchzuführen. Die Methode ermöglichte eine quantitative Analyse der molekularen Veränderungen in AZ-Proteinen nach Induktion von Plastizität. Die Ergebnisse deuten auf eine große Heterogenität der Moosfasersynapsen, die einen Einfluss auf die Funktion neuronaler Netzwerke haben könnte. Diese bildgebenden Verfahren können nun eingesetzt werden, um potenzielle Unterschiede in den funktionellen molekularen Änderungen synaptischer Proteine im gesunden und pathologischen Gehirn (z. B. nach einer traumatischen Schädelverletzung) zu untersuchen. KW - Chemische Synapsen KW - active zone Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-275433 ER - TY - JOUR A1 - Appel, Mirjam A1 - Scholz, Claus-Jürgen A1 - Kocabey, Samet A1 - Savage, Sinead A1 - König, Christian A1 - Yarali, Ayse T1 - Independent natural genetic variation of punishment- versus relief-memory JF - Biology Letters N2 - A painful event establishes two opponent memories: cues that are associated with pain onset are remembered negatively, whereas cues that coincide with the relief at pain offset acquire positive valence. Such punishment-versus relief-memories are conserved across species, including humans, and the balance between them is critical for adaptive behaviour with respect to pain and trauma. In the fruit fly, Drosophila melanogaster as a study case, we found that both punishment-and relief-memories display natural variation across wild-derived inbred strains, but they do not covary, suggesting a considerable level of dissociation in their genetic effectors. This provokes the question whether there may be heritable inter-individual differences in the balance between these opponent memories in man, with potential psycho-clinical implications. KW - associative memory KW - Drosophila melanogaster KW - natural genetic variation KW - opponent processes KW - punishment KW - fruit-flies KW - relief KW - reward KW - rats Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-186554 VL - 12 IS - 12 ER - TY - JOUR A1 - Hofmann, Ulf Krister A1 - Keller, Ramona Luise A1 - Walter, Christian A1 - Mittag, Falk T1 - Predictability of the effects of facet joint infiltration in the degenerate lumbar spine when assessing MRI scans JF - Journal of Orthopaedic Surgery and Research N2 - Background Imaging results are frequently considered as hallmarks of disease by spine surgeons to plan their future treatment strategy. Numerous classification systems have been proposed to quantify or grade lumbar magnetic resonance imaging (MRI) scans and thus objectify imaging findings. The clinical impact of the measured parameters remains, however, unclear. To evaluate the pathological significance of imaging findings in patients with multisegmental degenerative findings, clinicians can perform image-guided local infiltrations to target defined areas such as the facet joints. The aim of the present retrospective study was to evaluate the correlation of MRI facet joint degeneration and spinal stenosis measurements with improvement obtained by image-guided intraarticular facet joint infiltration. Methods Fifty MRI scans of patients with chronic lumbar back pain were graded radiologically using a wide range of classification and measurement systems. The reported effect of facet joint injections at the site was recorded, and a comparative analysis performed. Results When we allocated patients according to their reported pain relief, 27 showed no improvement (0–30%), 16 reported good improvement (31–75%) and 7 reported excellent improvement (> 75%). MRI features assessed in this study did, however, not show any relevant correlation with reported pain after facet joint infiltration: Values for Kendall’s tau ranged from \(\tau\) = − 0.190 for neuroforaminal stenosis grading as suggested by Lee, to \(\tau\) = 0.133 for posterior disc height as proposed by Hasegawa. Conclusion Despite the trend in evidence-based medicine to provide medical algorithms, our findings underline the continuing need for individualised spine care that, along with imaging techniques or targeted infiltrations, includes diagnostic dimensions such as good patient history and clinical examination to formulate a diagnosis. Trial registration ClinicalTrials.gov, NCT03308149, retrospectively registered October 2017 KW - medicine KW - lumbar spinal stenosis KW - lumbar degenerative disease KW - MRI KW - facet joint degeneration KW - facet joint injection Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-173027 VL - 12 ER - TY - JOUR A1 - Cui, Huanhuan A1 - Schlesinger, Jenny A1 - Schoenhals, Sophia A1 - Tonjes, Martje A1 - Dunkel, Ilona A1 - Meierhofer, David A1 - Cano, Elena A1 - Schulz, Kerstin A1 - Berger, Michael F. A1 - Haack, Timm A1 - Abdelilah-Seyfried, Salim A1 - Bulyk, Martha L. A1 - Sauer, Sascha A1 - Sperling, Silke R. T1 - Phosphorylation of the chromatin remodeling factor DPF3a induces cardiac hypertrophy through releasing HEY repressors from DNA JF - Nucleic Acids Research N2 - DPF3 (BAF45c) is a member of the BAF chromatin remodeling complex. Two isoforms have been described, namely DPF3a and DPF3b. The latter binds to acetylated and methylated lysine residues of histones. Here, we elaborate on the role of DPF3a and describe a novel pathway of cardiac gene transcription leading to pathological cardiac hypertrophy. Upon hypertrophic stimuli, casein kinase 2 phosphorylates DPF3a at serine 348. This initiates the interaction of DPF3a with the transcriptional repressors HEY, followed by the release of HEY from the DNA. Moreover, BRG1 is bound by DPF3a, and is thus recruited to HEY genomic targets upon interaction of the two components. Consequently, the transcription of downstream targets such as NPPA and GATA4 is initiated and pathological cardiac hypertrophy is established. In human, DPF3a is significantly up-regulated in hypertrophic hearts of patients with hypertrophic cardiomyopathy or aortic stenosis. Taken together, we show that activation of DPF3a upon hypertrophic stimuli switches cardiac fetal gene expression from being silenced by HEY to being activated by BRG1. Thus, we present a novel pathway for pathological cardiac hypertrophy, whose inhibition is a long-term therapeutic goal for the treatment of the course of heart failure. KW - phosphorylation KW - DPF3a KW - HEY repressors KW - DNA KW - cardiac hypertrophy Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-166391 VL - 44 IS - 6 ER - TY - JOUR A1 - Michaux, Charlotte A1 - Hansen, Elisabeth E. A1 - Jenniches, Laura A1 - Gerovac, Milan A1 - Barquist, Lars A1 - Vogel, Jörg T1 - Single-Nucleotide RNA Maps for the Two Major Nosocomial Pathogens Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium JF - Frontiers in Cellular and Infection Microbiology N2 - Enterococcus faecalis and faecium are two major representative clinical strains of the Enterococcus genus and are sadly notorious to be part of the top agents responsible for nosocomial infections. Despite their critical implication in worldwide public healthcare, essential and available resources such as deep transcriptome annotations remain poor, which also limits our understanding of post-transcriptional control small regulatory RNA (sRNA) functions in these bacteria. Here, using the dRNA-seq technique in combination with ANNOgesic analysis, we successfully mapped and annotated transcription start sites (TSS) of both E. faecalis V583 and E. faecium AUS0004 at single nucleotide resolution. Analyzing bacteria in late exponential phase, we capture ~40% (E. faecalis) and 43% (E. faecium) of the annotated protein-coding genes, determine 5′ and 3′ UTR (untranslated region) length, and detect instances of leaderless mRNAs. The transcriptome maps revealed sRNA candidates in both bacteria, some found in previous studies and new ones. Expression of candidate sRNAs is being confirmed under biologically relevant environmental conditions. This comprehensive global TSS mapping atlas provides a valuable resource for RNA biology and gene expression analysis in the Enterococci. It can be accessed online at www.helmholtz-hiri.de/en/datasets/enterococcus through an instance of the genomic viewer JBrowse. KW - transcription start sites KW - RNA-seq KW - sRNA atlas KW - Gram-positive bacteria KW - post-transcriptional regulation Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-217947 SN - 2235-2988 VL - 10 ER - TY - THES A1 - Göb [née Klaus], Vanessa Aline Domenica T1 - Pathomechanisms underlying ischemic stroke T1 - Pathomechanismen des ischämischen Schlaganfalles N2 - Every year, stroke affects over 100 million people worldwide and the number of cases continues to grow. Ischemic stroke is the most prevalent form of stroke and rapid restoration of blood flow is the primary therapeutic aim. However, recanalization might fail or reperfusion itself induces detrimental processes leading to infarct progression. Previous studies identified platelets and immune cells as drivers of this so-called ischemia/reperfusion (I/R) injury, establishing the concept of ischemic stroke as thrombo-inflammatory disease. Reduced cerebral blood flow despite recanalization promoted the hypothesis that thrombus formation within the cerebral microcirculation induces further tissue damage. The results presented in this thesis refute this: using complementary methodologies, it was shown that infarct growth precedes the occurrence of thrombi excluding them as I/R injury-underlying cause. Blood brain barrier disruption is one of the hallmarks of ischemic stroke pathology and was confirmed as early event during reperfusion injury in the second part of this study. Abolished platelet α-granule release protects mice from vascular leakage in the early reperfusion phase resulting in smaller infarcts. Using in vitro assays, platelet α-granule-derived PDGF-AB was identified as one factor contributing to blood-brain barrier disruption. In vivo visualization of platelet activation would provide important insights in the spatio-temporal context of platelet activation in stroke pathology. As platelet signaling results in elevated intracellular Ca2+ levels, this is an ideal readout. To overcome the limitations of chemical calcium indicators, a mouse line expressing an endogenous calcium reporter specifically in platelets and megakaryocytes was generated. Presence of the reporter did not interfere with platelet function, consequently these mice were characterized in in vivo and ex vivo models. Upon ischemic stroke, neutrophils are among the first cells that are recruited to the brain. Since for neutrophils both, beneficial and detrimental effects are described, their role was investigated within this thesis. Neither neutrophil depletion nor absence of NADPH-dependent ROS production (Ncf-/- mice) affected stroke outcome. In contrast, abolished NET-formation in Pad4-/- mice resulted in reduced infarct sizes, revealing detrimental effects of NETosis in the context of ischemic stroke, which might become a potential therapeutic target. Cerebral venous (sinus) thrombosis, CV(S)T is a rare type of stroke with mainly idiopathic onset. Whereas for arterial thrombosis a critical contribution of platelets is known and widely accepted, for venous thrombosis this is less clear but considered more and more. In the last part of this thesis, it was shown that fab-fragments of the anti-CLEC-2 antibody INU1 trigger pathological platelet activation in vivo, resulting in foudroyant CVT accompanied by heavy neurological symptoms. Using this novel animal model for CVT, cooperative signaling of the two platelet receptors CLEC-2 and GPIIb/IIIa was revealed as major trigger of CVT and potential target for treatment. N2 - Jährlich sind weltweit über 100 Millionen Menschen von einem Schlaganfall betroffen, wobei die Zahl der Fälle weiter zunimmt. Der ischämische Schlaganfall ist die häufigste Form des Schlaganfalls, und die sofortige Wiederherstellung des Blutflusses ist das oberste Therapie¬ziel. Allerdings kommt es vor, dass die Rekanalisierung des betroffenen Gefäßes fehlschlägt oder die Reperfusion selbst zu schädlichen Prozessen führt, die das Fortschreiten des Infarkts begünstigen. In vorangegangen Studien wurden Thrombozyten und Immunzellen als treibende Kräfte dieser so genannten Ischämie/Reperfusion (I/R)-Schädigung identifiziert und der ischämische Schlaganfall als thrombo-inflammatorische Erkrankung definiert. Eine verminderte zerebrale Durchblutung trotz Rekanalisation führte zu der Hypothese, dass die Bildung von Thromben in der zerebralen Mikrozirkulation zu weiteren Gewebeschäden führt. Die hier vorgestellten Ergebnisse widerlegen dies: Mit Hilfe komplementärer Methoden konnte gezeigt werden, dass das Infarktwachstum dem Auftreten von Thromben vorausgeht, was diese als Ursache für die I/R-Verletzung ausschließt. Die Störung der Blut-Hirn-Schranke ist eines der charakteristischen Kennzeichen der Pathologie des ischämischen Schlaganfalls und wurde im zweiten Teil dieser Studie als frühes Ereignis während des Reperfusionsschadens bestätigt. Mit Hilfe transgener Mäuse konnte gezeigt werden, dass die Ausschüttung von α-Granula aus Thrombozyten in der frühen Reperfusionsphase an Störungen der Blut-Hirn-Schranke beteiligt ist und somit zum Infarktwachstum beiträgt. In in-vitro-Versuchen konnte gezeigt werden, dass PDGF-AB, ein Bestandteil der α-Granula, an Prozessen, die für die Beeinträchtigung der Blut-Hirn-Schranke verantwortlich sind, beteiligt ist. Die Sichtbarmachung von aktivierten Thrombozyten in vivo, würde wichtige Erkenntnisse über den räumlichen und zeitlichen Kontext der Aktivierung von Thrombozyten im Verlauf des Schlaganfalls liefern. Da alle aktivierenden Signalwege zum Anstieg des intrazellulären Kalziumspiegels führen, ist Kalzium ein idealer Indikator der Thrombozytenaktivierung. Um die Grenzen chemischer Kalziumindikatoren zu überwinden, wurde eine transgene Mauslinie erzeugt, welche einen endogenen Kalziumreporter speziell in Thrombozyten und Megakaryozyten exprimiert. Die Anwesenheit des Reporters hatte keine Auswirkung auf die Funktionalität der Thrombozyten und die Mäuse wurden in vivo sowie ex vivo in verschiedenen Experimenten charakterisiert. In der Folge eines ischämischen Schlaganfalles gehören Neutrophile zu den am frühesten ins Gehirn einwandernden Zellen. Dabei werden Neutrophilen sowohl günstige als auch schädliche Wirkungen auf den Verlauf des ischämischen Schlaganfalls zugeschrieben. Aus diesem Grund wurde ihre Rolle in dieser Arbeit näher untersucht. Weder die Abwesenheit von Neutrophilen noch das Fehlen der NADPH-abhängigen Produktion von reaktiven Sauerstoffspezies (Ncf1-/- Mäuse) beeinflussen den Ausgang eines Schlaganfalls. Im Gegensatz dazu, führte die Verhinderung der NET-Bildung (NET = neutrophil extracellular traps) in Pad4-/- Mäusen zu verringerten Infarktgrößen, was auf eine schädliche Wirkung der NETose im Zusammenhang des Schlaganfalls hinweist und somit ein therapeutisches Angriffsziel darstellen könnte. Sinusvenenthrombosen sind eine seltene Form des Schlaganfalls, die meist ohne bekannte Ursache auftreten. Während für die arterielle Thrombose ein kritischer Beitrag der Thrombozyten bekannt und weithin akzeptiert ist, ist dies für venöse Thrombosen weniger klar, wird aber immer mehr in Betracht gezogen. Im letzten Teil dieser Arbeit wurde gezeigt, dass Fab-Fragmente des anti-CLEC-2-Antikörpers INU1 in vivo eine pathologische Aktivierung von Thrombozyten auslösen, die zu einer fulminanten Sinusvenenthrombose mit schweren neurologischen Symptomen führt. Mit Hilfe dieses neuartigen Tiermodells wurde die zusammenwirkende Signalübertragung der beiden Thrombozytenrezeptoren CLEC-2 und GPIIb/IIIa als Hauptauslöser der Sinusvenenthrombose und damit potenzielles Ziel für eine Behandlung identifiziert. KW - Schlaganfall KW - Thrombozyt KW - Maus KW - Blut-Hirn-Schranke KW - Sinusthrombose KW - thrombo-inflammation KW - ischemic stroke KW - blood brain barrier KW - CVT KW - platelets Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-286727 ER - TY - THES A1 - Scheiner, Christin T1 - Vulnerability in adolescence: prevalence, pandemic impact and prevention T1 - Vulnerabilität im Jugendalter: Prävalenzen, Einfluss der Pandemie und Prävention N2 - This compilation focuses on adolescent mental disorders and their prevention. It comprises three distinct studies, each contributing to a deeper understanding of this critical topic. This work addresses a critical gap in the understanding of, and approach to, adolescent mental health, and as a result reveals a critically important and urgently needed policy implication for action. The thematic structure of these studies begins with an examination of the epidemiology of child and adolescent mental disorders. Baseline data were collected from N = 877 adolescents with a mean age of 12.43 years (SD = 0.65). Mental health problems, such as depressive symptoms, non-suicidal self-injury, suicidal ideation, symptoms of eating disorders, and gender differences, are thoroughly examined. Results revealed a significant portion of our sample displaying mental health problems as early as the 6th and 7th grades, with girls generally being more affected than boys. The findings underscore the importance of early adolescence in the emergence of mental health problems and thereby emphasize the need for preventive measures. Moving beyond prevalence estimates, the compilation delves into the etiology of these disorders, exploring their potential correlation with a COVID-19 infection. Understanding the early signs and risk factors is crucial for timely support. While numerous studies have investigated potential risk and protective factors during the pandemic, our focus shifts to adolescents’ coping when an infection with the virus was involved (N = 2,154, M = 12.31, SD = 0.67). We hypothesized that students infected or with close family members infected, would exhibit an increased psychopathology and a decreased functioning of protective factors such as self-efficacy or self-esteem. We found no connection between infection and the mental health status within our sample, but protective factors and mental well-being were positively associated. Thus, universal primary prevention appears to be the preferred approach for promoting mental health. Lastly, the compilation introduces LessStress, a noteworthy contribution to more evidence-based prevention programs. This universal approach is designed to reduce stress in schools, accompanied by a cluster-randomized trial to evaluate its effectiveness (estimated sample size N = 1,894). Existing studies have demonstrated the effectiveness of stress prevention, leading us to introduce a short and easy-to-implement prevention program. There is positive evidence for one-lesson interventions in schools for promoting well-being and health behaviors among adolescents. LessStress is designed based on a life skills approach that not only imparts psychoeducational content but also teaches skills relevant to everyday life and directly applicable. Throughout these studies, a common thread emerges: the pressing need to address mental disorders during childhood and adolescence. These formative years play a pivotal role in the development of mental health problems. These formative years play a crucial role in the development of mental health problems. They highlight the importance of epidemiological data collection and analysis based on the latest models to develop prevention interventions that are not only effective but also reach young people on a global level. N2 - Diese Zusammenstellung konzentriert sich auf psychische Störungen bei Jugendlichen und deren Prävention. Sie umfasst drei verschiedene Studien, die jeweils zu einem tieferen Verständnis dieses wichtigen Themas beitragen. Es wird eine kritische Lücke im Verständnis und Umgang mit der psychischen Gesundheit Jugendlicher adressiert und damit ein wichtiger und dringender politischer Handlungsbedarf aufgezeigt. Die thematische Struktur dieser Studien beginnt mit einer Untersuchung der Epidemiologie psychischer Störungen bei Kindern und Jugendlichen. Es wurden Ausgangsdaten von N = 877 Jugendlichen mit einem Durchschnittsalter von 12,43 Jahren (SD = 0,65) erhoben. Psychische Gesundheitsprobleme wie depressive Symptome, nicht-suizidale Selbstverletzungen, Suizidgedanken, Symptome von Essstörungen und geschlechtsspezifische Unterschiede werden eingehend untersucht. Die Ergebnisse zeigen, dass ein erheblicher Teil der Stichprobe bereits in der 6. und 7. Klasse psychische Probleme aufweist, wobei Mädchen stärker betroffen sind als Jungen. Die Ergebnisse unterstreichen die Bedeutung des frühen Jugendalters für die Entstehung psychischer Probleme und verdeutlichen damit die Notwendigkeit von Präventionsmaßnahmen. Die Zusammenstellung geht über Prävalenzschätzungen hinaus und befasst sich mit der Ätiologie dieser Störungen und untersucht ihren möglichen Zusammenhang mit einer COVID-19-Infektion. Während zahlreiche Studien potenzielle Risiko- und Schutzfaktoren während der Pandemie untersucht haben, konzentriert sich unsere Studie auf die Bewältigung von Jugendlichen im Zusammenhang mit einer Infektion mit dem Virus (N = 2.154, M = 12.31, SD = 0,67). Wir stellten die Hypothese auf, dass eine Infektion mit einer erhöhten Psychopathologie und einer verminderten Funktion von Schutzfaktoren einhergeht. Wir fanden keinen Zusammenhang zwischen der Infektion und dem psychischen Gesundheitszustand in unserer Stichprobe, aber Schutzfaktoren und psychisches Wohlbefinden waren positiv assoziiert. Somit scheint die universelle Primärprävention der bevorzugte Ansatz zur Förderung der psychischen Gesundheit zu sein. Schließlich wird in der Zusammenstellung mit LessStress ein entscheidender Beitrag zu evidenzbasierten Präventionsprogrammen vorgestellt. Dieses universelle Konzept zur Stress-reduzierung in Schulen wird von einer cluster-randomisierten Studie zur Bewertung seiner Wirksamkeit begleitet (geschätzte Stichprobengröße N = 1.894). LessStress wurde auf der Grundlage eines Life-Skills-Ansatzes entwickelt, der nicht nur psychoedukative Inhalte vermittelt, sondern auch alltagsrelevante und direkt anwendbare Fähigkeiten lehrt. Aus den drei vorgestellten Studien geht ein roter Faden hervor: die dringende Notwendigkeit, psychische Störungen im Kindes- und Jugendalter anzugehen. Diese prägenden Jahre spielen eine entscheidende Rolle bei der Entwicklung von Problemen der psychischen Gesundheit. Sie machen deutlich, wie wichtig die Sammlung epidemiologischer Daten und deren Analyse auf der Grundlage neuester Modelle für die Entwicklung von Präventionsmaßnahmen ist, die nicht nur wirksam sind, sondern auch junge Menschen auf globaler Ebene erreichen. KW - Jugend KW - Psychische Belastung KW - Resilienz KW - Stress KW - mental health KW - epidemiology KW - depression KW - etiology KW - Depression KW - Psychische Gesundheit KW - Epidemiologie KW - Ätiologie KW - COVID-19 KW - Primärprevention Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-351644 ER - TY - JOUR A1 - Achenbach, Leonard A1 - Klein, Christian A1 - Luig, Patrick A1 - Bloch, Hendrik A1 - Schneider, Dominik A1 - Fehske, Kai T1 - Collision with opponents - but not foul play - dominates injury mechanism in professional men's basketball JF - BMC Sports Science Medicine and Rehabilitation N2 - Background To identify injury patterns and mechanisms in professional men’s basketball by means of video match analysis. Methods In Germany, injuries are registered with the statutory accident insurance for professional athletes (VBG) by clubs or club physicians as part of occupational accident reporting. Moderate and severe injuries (absence of > 7 days) sustained during basketball competition in one of four seasons (2014–2017 and 2018–2019) in the first or second national men’s league in Germany were prospectively analyzed using a newly developed standardized observation form. Season 2017–2018 was excluded because of missing video material. Results Video analysis included 175 (53%) of 329 moderate and severe match injuries. Contact patterns categorized according to the different body sites yielded eight groups of typical injury patterns: one each for the head, shoulders, and ankles, two for the thighs, and three for the knees. Injuries to the head (92%), ankles (76%), shoulders (70%), knees (47%), and thighs (32%) were mainly caused by direct contact. The injury proportion of foul play was 19%. Most injuries (61%) occurred in the central zone below the basket. More injuries occurred during the second (OR 1.8, p = 0.018) and fourth quarter (OR 1.8, p = 0.022) than during the first and third quarter of the match. Conclusion The eight identified injury patterns differed substantially in their mechanisms. Moderate and severe match injuries to the head, shoulders, knees, and ankles were mainly caused by collision with opponents and teammates. Thus, stricter rule enforcement is unlikely to facilitate safer match play. KW - epidemiology KW - mechanism KW - contact KW - non-contact´ KW - injury prevention KW - match load Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-261765 VL - 13 ER - TY - JOUR A1 - Krohn-Molt, Ines A1 - Alawi, Malik A1 - Förstner, Konrad U. A1 - Wiegandt, Alena A1 - Burkhardt, Lia A1 - Indenbirken, Daniela A1 - Thieß, Melanie A1 - Grundhoff, Adam A1 - Kehr, Julia A1 - Tholey, Andreas A1 - Streit, Wolfgang R. T1 - Insights into microalga and bacteria interactions of selected phycosphere biofilms using metagenomic, transcriptomic, and proteomic approaches JF - Frontiers in Microbiology N2 - Microalga are of high relevance for the global carbon cycling and it is well-known that they are associated with a microbiota. However, it remains unclear, if the associated microbiota, often found in phycosphere biofilms, is specific for the microalga strains and which role individual bacterial taxa play. Here we provide experimental evidence that \(Chlorella\) \(saccharophila\), \(Scenedesmus\) \(quadricauda\), and \(Micrasterias\) \(crux-melitensis\), maintained in strain collections, are associated with unique and specific microbial populations. Deep metagenome sequencing, binning approaches, secretome analyses in combination with RNA-Seq data implied fundamental differences in the gene expression profiles of the microbiota associated with the different microalga. Our metatranscriptome analyses indicates that the transcriptionally most active bacteria with respect to key genes commonly involved in plant–microbe interactions in the Chlorella (Trebouxiophyceae) and Scenedesmus (Chlorophyceae) strains belong to the phylum of the α-Proteobacteria. In contrast, in the Micrasterias (Zygnematophyceae) phycosphere biofilm bacteria affiliated with the phylum of the Bacteroidetes showed the highest gene expression rates. We furthermore show that effector molecules known from plant-microbe interactions as inducers for the innate immunity are already of relevance at this evolutionary early plant-microbiome level. KW - microbiology KW - microalga-bacteria interaction KW - phycosphere biofilm KW - metagenomics KW - metatranscriptomics KW - metaproteomics Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-173701 VL - 2017 IS - 8 ER - TY - THES A1 - Tawk [Taouk], Caroline S. T1 - The role of host-stress in the infection by the bacterial pathogen \(Shigella\) \(flexneri\) T1 - Die Rolle von Wirtszellstress in der Infektion mit dem bakteriellen Krankheiserreger \(Shigella\) \(flexneri\) N2 - The human-bacterial pathogen interaction is a complex process that results from a prolonged evolutionary arms race in the struggle for survival. The pathogen employs virulence strategies to achieve host colonization, and the latter counteracts using defense programs. The encounter of both organisms results in drastic physiological changes leading to stress, which is an ancient response accompanying infection. Recent evidence suggests that the stress response in the host converges with the innate immune pathways and influences the outcome of infection. However, the contribution of stress and the exact mechanism(s) of its involvement in host defense remain to be elucidated. Using the model bacterial pathogen Shigella flexneri, and comparing it with the closely related pathogen Salmonella Typhimurium, this study investigated the role of host stress in the outcome of infection. Shigella infection is characterized by a pronounced pro-inflammatory response that causes intense stress in host tissues, particularly the intestinal epithelium, which constitutes the first barrier against Shigella colonization. In this study, inflammatory stress was simulated in epithelial cells by inducing oxidative stress, hypoxia, and cytokine stimulation. Shigella infection of epithelial cells exposed to such stresses was strongly inhibited at the adhesion/binding stage. This resulted from the depletion of sphingolipidrafts in the plasma membrane by the stress-activated sphingomyelinases. Interestingly, Salmonella adhesion was not affected, by virtue of its flagellar motility, which allowed the gathering of bacteria at remaining membrane rafts. Moreover, the intracellular replication of Shigella lead to a similar sphingolipid-raft depletion in the membrane across adjacent cells inhibiting extracellular bacterial invasion. Additionally, this study shows that Shigella infection interferes with the host stress granule-formation in response to stress. Interestingly, infected cells exhibited a nuclear depletion of the global RNA-binding stress-granule associated proteins TIAR and TIA-1 and their accumulation in the cytoplasm. Overall, this work investigated different aspects of the host stress-response in the defense against bacterial infection. The findings shed light on the importance of the host stress-pathways during infection, and improve the understanding of different strategies in host-pathogen interaction. N2 - Die Interaktion von Mensch und bakteriellem Krankheitserreger ist ein komplexer Prozess, der aus dem anhaltenden evolutionären Wettrüsten im Kampf ums Überleben resultiert. Der Erreger setzt Virulenzstrategien zur Kolonisierung des Wirtes ein und dieser nutzt Verteidigungsprogramme um dem entgegenzuwirken. Die Begegnung der beiden Organismen resultiert in drastischen physiologischen Veränderungen, welche zu Stress führen, der eine klassische infektionsbegleitende Reaktion ist. Neuere Untersuchungen deuten darauf hin, dass die Stressantwort des Wirtes mit den Signalwegen der angeborenen Immunantwort konvergiert und im Ergebnis die Infektion beeinflusst. Jedoch bleiben die Bedeutung des Stresses und der exakte Mechanismus wie Stress an der Verteidigung des Wirtes beteiligt ist, noch zu klären. In dieser Studie dienten der bakterielle Krankheitserreger Shigella flexneri und vergleichend dazu der nah verwandte Erreger Salmonella Typhimurium als Modellorganismen, um die Rolle von Wirtszellstress für den Ausgang der Infektion zu untersuchen. Die Infektion mit Shigellen ist durch eine ausgeprägte pro-inflammatorische Reaktion gekennzeichnet. Diese versursacht in den Wirtsgeweben, insbesondere im Darmepithel, einen starken Stress, der die erste Barriere gegen die Besiedelung mit Shigellen darstellt. In der vorliegenden Arbeit wurde entzündlicher Stress in Epithelzellen durch die Induktion von oxidativem Stress, Hypoxie und Zytokinstimulation simuliert. Die Shigelleninfektion von Epithelzellen, die solchen Belastungen ausgesetzt waren, war stark im Adhäsions-/ Bindungsstadium gehemmt. Dies resultierte aus der Verarmung von Sphingolipidflößen in der Plasmamembran durch stressaktivierte Sphingomyelinasen. Interessanterweise wurde die Adhäsion von Salmonellen, aufgrund ihrer Flaggellenvermittelten Beweglichkeit, nicht beeinträchtigt und ermöglichte so die Ansammlung von Bakterien an den verbleibenden Membranflößen. Darüber hinaus führte die intrazelluläre Replikation von Shigellen zu einer ähnlichen Verminderung von Sphingolipidflößen in der Membran benachbarter Zellen, wodurch die extrazelluläre bakterielle Invasion gehemmt wurde. Zusätzlich zeigt diese Studie, dass eine Infektion mit Shigellen mit der Bildung von Stressgranula in der Wirtszelle interferiert. Interessanterweise zeigten infizierte Zellen eine nukleäre Depletion der globalen RNA-bindenden und Stressgranula assoziierten Proteine TIAR und TIA-1 sowie deren Akkumulation im Zytoplasma. Insgesamt untersuchte diese Arbeit verschiedene Aspekte der Stressreaktion der Wirtszelle bei der Verteidigung gegen bakterielle Infektionen. Die Ergebnisse beleuchten die Bedeutung der Stresssignalwege im Wirt während der Infektion und verbessern das Verständnis der verschiedenen Strategien in der Interaktion von Wirt und Krankheitserreger. KW - Shigella flexneri KW - Angeborene Immunität KW - Stress KW - Host-pathogen interaction KW - Innate immunity KW - Bacterial infection KW - Host defense Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-151107 ER - TY - JOUR A1 - Roesch, J. A1 - Panje, C. A1 - Sterzing, F. A1 - Mantel, F. A1 - Nestle, U. A1 - Andratschke, N. A1 - Guckenberger, M. T1 - SBRT for centrally localized NSCLC - What is too central? JF - Radiation Oncology N2 - Purpose Current guidelines recommend stereotactic body radiotherapy (SBRT) for stage I non-small-cell lung cancer (NSCLC) in medically inoperable patients. There are excellent outcome and toxicity data for SBRT of peripheral lung tumors. However, the discussion on SBRT for centrally located tumors is controversial. This study evaluated current clinical practice regarding SBRT of centrally located lung tumors, to identify common fractionation schedules and commonly accepted contraindications for SBRT. Methods A questionnaire consisting of two parts was introduced at the annual meeting of the DEGRO working group on stereotactic radiotherapy, representing centers in Germany and Switzerland. The first part of the questionnaire covered general information about the centers, whereas the second part specifically addressed SBRT of centrally located lung tumors, using case examples of nine primary NSCLC patients. Reconstructions of a contrast enhanced CT, as well as PET-Imaging for each case were demonstrated to the participants. Results Twenty-six centers participated in the meeting. The majority was academic (73%), participated in interdisciplinary thoracic oncology tumorboards (88%) and offered SBRT for lung tumors (96%). Two centers questioned the indication of SBRT for central lung tumors because of lack of evidence. The majority of centers had experience in SBRT for central lung tumors (88%) and half of the centers reported more than ten cases treated during a median period of five years. Most fractionation schedules used PTV encompassing doses of 48–60 Gy in eight fractions with maximum doses of 125–150%. A clear indication for SBRT treatment was seen by more than 85% of centers in three of the nine patients in whom tumors were small and not closer than 2 cm to the main bronchus. Prior pneumonectomy or immediate adjacency to hilar/mediastinal structures were not considered as contraindications for SBRT. In cases where the tumor exceeded 4 cm in diameter or was located closer than 4 cm to the carina 50–80% of centers saw an indication for SBRT. One case, with a 7 cm tumor reaching to the carina would have been treated with SBRT only by one center. Conclusion Within DEGRO working group on stereotactic radiotherapy, SBRT for small (<4 cm) early stage NSCLC is a common indication, if the minimal distance to the main bronchi is at least 2 cm. The controversy on the treatment of larger and more central tumors will hopefully be solved by ongoing prospective clinical trials. KW - SBRT KW - SABR KW - NSCLC KW - central lung KW - pulmonary toxicity Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-167459 VL - 11 IS - 157 ER - TY - JOUR A1 - Ye, Liqing A1 - Ambi, Uddhav B. A1 - Olguin-Nava, Marco A1 - Gribling-Burrer, Anne-Sophie A1 - Ahmad, Shazeb A1 - Bohn, Patrick A1 - Weber, Melanie M. A1 - Smyth, Redmond P. T1 - RNA structures and their role in selective genome packaging JF - Viruses N2 - To generate infectious viral particles, viruses must specifically select their genomic RNA from milieu that contains a complex mixture of cellular or non-genomic viral RNAs. In this review, we focus on the role of viral encoded RNA structures in genome packaging. We first discuss how packaging signals are constructed from local and long-range base pairings within viral genomes, as well as inter-molecular interactions between viral and host RNAs. Then, how genome packaging is regulated by the biophysical properties of RNA. Finally, we examine the impact of RNA packaging signals on viral evolution. KW - RNA virus KW - RNA KW - RNA structure KW - genome packaging KW - viral assembly KW - evolution Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-246101 SN - 1999-4915 VL - 13 IS - 9 ER - TY - THES A1 - Saleh, Ahmed T1 - The emerging role of stress speckle tracking in viability world T1 - Die aufkommende Rolle des Belastungs-Speckletrackings in der Vitalitätswelt N2 - Introduction: Speckle-tracking echocardiography has recently emerged as a quantitative ultrasound technique for accurately evaluating myocardial function by analyzing the motion of speckles identified. Speckle-tracking obtained under stress may offer an opportunity to improve the detection of dynamic regional abnormalities and myocardial viability. Objective: To evaluate stress speckle tracking as tool to detect myocardial viability in comparison to cardiac MRI in post-STEMI patients. Methods: 49 patients were prospectively enrolled in our 18-month’s study. Dobutamin stress echocardiography was performed 4 days post-infarction accompanied with automated functional imaging (Speckle tracking) analysis of left ventricle during rest and then during low dose stress. All patients underwent a follow up stress echocardiography at 6 weeks with speckle tracking analysis. Cardiac MRI took place concomitantly at 4 days post-infarction and 6 weeks. We carried out an assessment of re-admission with acute coronary syndrome (ACS) after one year of enrollment. Results: Investigating strain rate obtained with stress speckle tracking after revascularization predicted the extent of myocardial scar, determined by contrast-enhanced magnetic resonance imaging. A good correlation was found between the global strain and total infarct size (R 0.75, p< 0.001). Furthermore, a clear inverse relationship was found between the segmental strain and the transmural extent of infarction in each segment. (R -0.69, p<0.01). Meanwhile it provided 81.82% sensitivity and 82.6% specificity to detect transmural from non-transmural infarction at a cut-off value of -10.15. Global stress strain rate showed 80% sensitivity and 77.5% specificity at a cut-off value of -9.1 to predict hospital re-admission with ACS. A cut-off value of -8.4 had shown a 69.23% sensitivity and 73.5% specificity to predict the re-admission related to other cardiac symptoms. Conclusion: Strain rate obtained from speckle tracking during stress is a novel method of detecting myocardial viability after STEMI .Moreover it carries a promising role in post-myocardial infarction risk stratification with a reasonable prediction of reversible cardiac-related hospital re-admission. N2 - Das Strainrate unter Belastung ist eine effektive Methode zum Nachweis der Myokardviabilität nach STEMI. Darüber hinaus spielt es eine vielversprechende Rolle bei der Risikostratifizierung nach Myokardinfarkt mit einer vernünftigen Vorhersage einer reversiblen kardialen Krankenhaus-Wiederaufnahme. KW - strain rate KW - Speckle tracking KW - viability KW - echocardiography Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-223447 N1 - Dieses Dokument wurde aus Datenschutzgründen - ohne inhaltliche Änderungen - erneut veröffentlicht. Die ursprüngliche Veröffentlichung war am 15.05.2019 ER - TY - JOUR A1 - Volckmar, Anna-Lena A1 - Han, Chung Ting A1 - Pütter, Carolin A1 - Haas, Stefan A1 - Vogel, Carla I. G. A1 - Knoll, Nadja A1 - Struve, Christoph A1 - Göbel, Maria A1 - Haas, Katharina A1 - Herrfurth, Nikolas A1 - Jarick, Ivonne A1 - Grallert, Harald A1 - Schürmann, Annette A1 - Al-Hasani, Hadi A1 - Hebebrand, Johannes A1 - Sauer, Sascha A1 - Hinney, Anke T1 - Analysis of Genes Involved in Body Weight Regulation by Targeted Re-Sequencing JF - PLoS ONE N2 - Introduction Genes involved in body weight regulation that were previously investigated in genome-wide association studies (GWAS) and in animal models were target-enriched followed by massive parallel next generation sequencing. Methods We enriched and re-sequenced continuous genomic regions comprising FTO, MC4R, TMEM18, SDCCAG8, TKNS, MSRA and TBC1D1 in a screening sample of 196 extremely obese children and adolescents with age and sex specific body mass index (BMI) ≥ 99th percentile and 176 lean adults (BMI ≤ 15th percentile). 22 variants were confirmed by Sanger sequencing. Genotyping was performed in up to 705 independent obesity trios (extremely obese child and both parents), 243 extremely obese cases and 261 lean adults. Results and Conclusion We detected 20 different non-synonymous variants, one frame shift and one nonsense mutation in the 7 continuous genomic regions in study groups of different weight extremes. For SNP Arg695Cys (rs58983546) in TBC1D1 we detected nominal association with obesity (pTDT = 0.03 in 705 trios). Eleven of the variants were rare, thus were only detected heterozygously in up to ten individual(s) of the complete screening sample of 372 individuals. Two of them (in FTO and MSRA) were found in lean individuals, nine in extremely obese. In silico analyses of the 11 variants did not reveal functional implications for the mutations. Concordant with our hypothesis we detected a rare variant that potentially leads to loss of FTO function in a lean individual. For TBC1D1, in contrary to our hypothesis, the loss of function variant (Arg443Stop) was found in an obese individual. Functional in vitro studies are warranted. KW - body weight regulation KW - genes KW - targeted re-sequencing Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-167274 VL - 11 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Slotta, Anja Maria T1 - The Role of Protein Kinase D 1 in the regulation of murine adipose tissue function under physiological and pathophysiological conditions T1 - Die Bedeutung von Protein Kinase D 1 in der Funktion von murinem Fettgewebe unter physiologischen und pathophysiologischen Bedingungen N2 - Adipocytes are specialized cells found in vertebrates to ensure survival in terms of adaption to food deficit and abundance. However, their dysfunction accounts for the pathophysiology of metabolic diseases such as T2DM. Preliminary data generated by Mona Löffler suggested that PKD1 is involved in adipocyte function. Here, I show that PKD1 expression and activity is linked to lipid metabolism of murine adipocytes. PKD1 gene expression and activity was reduced in murine white adipose tissue upon fasting, a physiological condition which induces lipolysis. Isoproterenol-stimulated lipolysis in adipose tissue and 3T3-L1 adipocytes reduced PKD1 gene expression. Silencing ATGL in adipocytes inhibited isoproterenol-stimulated lipolysis, however, the β-adrenergic stimulation of ATGL-silenced adipocytes lowered PKD1 expression levels as well. Adipose tissue of obese mice exhibited high PKD1 RNA levels but paradoxically lower protein levels of phosphorylated PKD1-Ser916. However, HFD generated a second PKD1 protein product of low molecular weight in mouse adipose tissue. Furthermore, constitutively active PKD1 predominantly displayed nuclear localization in 3T3-L1 adipocytes containing many fat vacuoles. However, adipocytes overexpressing non-functional PKD1 contained fewer lipid droplets and PKD1-KD was distributed in cytoplasm. Most importantly, deficiency of PKD1 in mouse adipose tissue caused expression of genes involved in adaptive thermogenesis such as UCP-1 and thus generated brown-like phenotype adipocytes. Thus, PKD1 is implicated in adipose tissue function and presents an interesting target for therapeutic approaches in the prevention of obesity and associated diseases. N2 - Adipozyten sind spezialisierte Zellen der Wirbeltiere, die das Überleben durch Anpassung an Nahrungsmangel und Nahrungsüberfluss gewährleisten. Eine Dysfunktion von Adipozyten bedingt jedoch die Pathophysiologie von Stoffwechselerkrankungen wie dem T2DM. Vorläufige Ergebnisse von Mona Löfflers Versuchen zeigten, dass PKD1 in der Funktion von Adipozyten involviert ist. Innerhalb dieser Arbeit konnte dargestellt werden, dass die Expression und Aktivität von PKD1 in murinen Adipozyten an den Lipidmetabolismus gekoppelt ist. Beim Hungern von murinem weißen Fettgewebe, einem physiologischen Zustand, der Lipolyse induziert, war die Genexpression von PKD1 reduziert. Isoproterenol-stimulierte Lipolyse führte ebenfalls zu verminderter Expression von PKD1 in murinen weißen Fettgewebe und 3T3-L1 Adipozyten. In ATGL-silenced Adipozyten war die Isoproterenol-stimulierte Lipolyse zwar inhibiert, allerdings wurde die Genexpression von PKD1 durch die β-adrenerge Stimulation ebenfalls vermindert. Fettgewebe von adipösen Mäusen hingegen wiesen hohe PKD1 RNA Level sowie einen niedrigen Proteingehalt der phosphorylierten Form PKD1-Ser916 auf. Fettreiche Ernährung von Mäusen generierte in Fettgewebe jedoch ein weiteres Produkt von PKD1 mit niedrigem Molekulargewicht im Western Blot. Des Weiteren wurde dargestellt, dass konstitutiv aktives PKD1 in 3T3-L1 Adipozyten vorwiegend nuklear lokalisiert war und diese Adipozyten einen hohen Gehalt von Fettvakuolen aufwiesen. Adipozyten, die funktionsloses PKD1 exprimierten, enthielten wenige Lipidtropfen und PKD1-KD war im Cytoplasma verteilt. Vor allem zeigte diese Arbeit, dass die Deletion von PKD1 spezifisch in murinem Fettgewebe die Expression von Genen wie UCP-1 verursachte, die eine Rolle in adaptiver Thermogenese spielen, und dadurch einen brown-like Phänotypen generierte. Zusammenfassend ist PKD1 in die Funktionen von Adipozyten verwickelt und stellt ein attraktives Ziel für therapeutische Ansätze in der Prävention von Übergewicht und damit assoziierten Erkrankungen dar. KW - adipocyte KW - murine KW - pkd KW - Protein Kinase D KW - adipose KW - Protein Kinase D 1 KW - PKD1 Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-179112 ER - TY - THES A1 - Schrader, Lisa T1 - Überleben, funktionelle Kapazität und pulmonale Hypertonie bei Sarkoidose unter besonderer Berücksichtigung von Atempumpe und Lungenkreislauf T1 - Survival, functional capacity and pulmonary hypertension in sarcoidosis with particular regard to pulmonary circulation and respiratory pump N2 - In der vorliegenden Studie wurden Häufigkeit, Charakteristika und Einflussfaktoren von Überleben, funktioneller Kapazität, Atempumpenstörung und pulmonaler Hypertonie bei Sarkoidose analysiert. Insgesamt wurden die Daten von 182 mitteleuropäischen Patienten mit gesicherter Sarkoidose retrospektiv erfasst und der Überlebensstatus erhoben. Von 127 Patienten lagen die kompletten Ergebnisse der Diagnostik in der Missionsärztlichen Klinik Würzburg vor. Mit den Daten aller dieser Patienten wurden Überlebensanalysen, Prädiktionsanalysen und Korrelationsanalysen durchgeführt. Damit war die Studie eine der umfangreichsten, die sich mit mitteleuropäischen Sarkoidosepatienten und ihrem Krankheitsverlauf retrospektiv auseinandersetzte. Von allen 179 im Follow-up erfassten Patienten sind 19 (11 männlich) im mittleren Alter von 68 Jahren verstorben (10%). Eine pulmonale Hypertonie wurde in 6 Fällen mittels Rechtsherzkatheter wenige Monate bis 3 Jahre vor dem Tod diagnostiziert und 7 verstorbene Patienten erfüllten die echokardiographischen Kriterien einer pulmonalen Hypertonie. Die Prävalenz der SAPH war insgesamt 10% (12 Patienten mit mPAP 39±10 mmHg), der echokardiographische Verdacht auf pulmonale Hypertonie bestand bei 22 (PASP > 36 mmHg) bzw. 15 (TRVmax > 2,8 m/s) Patienten. Funktionell relevant waren Rechtsherzfunktion (RA, TAPSE, NT-proBNP), Hämodynamik (PASP, TRVmax, mPAP), Ventilation (FEV1, VC) und Transferfaktor (r bzw. ß > 0,4 bzw. < -0,4, p < 0.05). Mortalitätsprädiktoren waren u.a. eine Gehstrecke < 338 m und eine V’O2peak ≤ 63,5 %/Soll (AUC > 0,8, p < 0.05). Bei 13 von 17 mit Mundverschlussdruckmessung untersuchten Patienten wurde eine Atempumpenstörung diagnostiziert. 7 der 13 Patienten hatten eine invasiv-diagnostizierte SAPH. Die 13 Patienten zeigten eine erhöhte Atempumpenlast (P0.1 0,56[0,38-0,66] kPa) und 12 der 13 Patienten auch eine erhöhte respiratorische Kapazität (P0.1/PImax 12,0[7,5-19,5]%) und Atemfrequenz (BF 23[19-24]/min). Die Atemmuskelkraft war nur bei einer Patientin pathologisch gemäß den Grenzwerten von Koch et al. Die Atempumpenlast bzw. die respiratorische Kapazität hing stark vom pulmonalarteriellen Druck ab (mPAP, PVR, PASP, TRVmax korrelierten sehr gut mit P0.1 bzw. P0.1/PImax). SAPH-Patienten und Patienten ohne pulmonale Hypertonie zeigten signifikante Unterschiede in Bezug auf Atemmuskelkraft und Atempumpenlast. Die echokardiographischen Lungenhochdruck-Parameter hatten starke prädiktive Eigenschaften (100% Sensitivität, Spezifität) bezüglich der Entwicklung einer Atempumpenstörung (PASP ≥ 40 mmHg, TRVmax ≥ 2,9 m/s). Innerhalb des Lungenhochdruck-Kollektivs war der Zusammenhang zwischen Atempumpenlast und Parametern der pulmonalen Hypertonie und der Einfluss auf funktionelle Kapazität und Ventilation zudem wesentlich stärker (r > 0,8 bzw. < -0,8, p < 0.05). Die Prävalenz der SAPH ist hoch, das Auftreten mit eingeschränktem Überleben und funktioneller sowie Atempumpeneinschränkung assoziiert. Der Verlauf der Sarkoidose wird von dem Auftreten einer pulmonale Hypertonie, einer Atemlasterhöhung und einer Einschränkung der funktionellen Kapazität beeinflusst. Die bisher gefundenen Daten sollten an größeren Populationen bestätigt oder korrigiert werden. Sarkoidose-Mortalitäts- sowie SAPH-Prädiktoren könnten im klinischen Alltag in Form von Therapiekontroll- und Screeningparametern von Nutzen sein und das Management der Sarkoidosepatienten erleichtern. N2 - The present study analyzed the frequency, characteristics and drivers of survival, functional capacity, respiratory pump disorder and pulmonary hypertension in sarcoidosis. Overall, data from 182 Central European patients with confirmed sarcoidosis were retrospectively recorded and the survival status was recorded. Of 127 patients, the complete results of the diagnosis were available at the Missionsärztliche Klinik Würzburg. Of the 179 follow-up patients, 19 (11 males) died (10%). Pulmonary hypertension was diagnosed in 6 cases with right heart catheter before death. The prevalence of SAPH was 10% overall (12 patients with mPAP 39 ± 10 mmHg). Functionally relevant were right heart function (RA, TAPSE, NT-proBNP), hemodynamic parameters (PASP, TRVmax, mPAP), ventilation (FEV1, VC) and lung diffusion (r and / or β> 0.4 or <-0.4, p < 0.05). Mortality predictors were a walking distance <338 m and a V'O2peak ≤ 63.5% (AUC> 0.8, p <0.05). In 13 out of 17 patients examined by mouth pressure measurement, a respiratory pump disorder was diagnosed. Seven of the 13 patients had an invasive-diagnosed SAPH. The 13 patients showed an increased respiratory pump load (P0.1 0.56 [0.38-0.66] kPa). Respiratory muscle strength was pathological in only one patient according to Koch et al. Respiratory pump load depended heavily on pulmonary artery pressure (mPAP, PVR, PASP, TRVmax correlated well with P0.1 and P0.1 / PImax). SAPH patients and patients without pulmonary hypertension showed significant differences in respiratory muscle strength and respiratory pump load. The echocardiographic pulmonary hypertension parameters had strong predictive properties (100% sensitivity, specificity) with respect to the development of respiratory pump disorder (PASP ≥ 40 mmHg, TRVmax ≥ 2.9 m / s). Within the pulmonary hypertension collective, the relationship between respiratory pump load and parameters of pulmonary hypertension and the influence on functional capacity and ventilation was also significantly greater (r> 0.8 and <-0.8, p <0.05). The prevalence of SAPH is high, the occurrence is associated with limited survival and functional restriction as well as respiratory pump disorder. The disease runs of sarcoidosis is influenced by the occurrence of pulmonary hypertension, increased respiratory load and a restriction of functional capacity. The data found so far should be confirmed or corrected on larger populations. KW - Pulmonale Hypertonie KW - Sarkoidose KW - Atempumpe Sarkoidose KW - respiratory pump Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-176682 ER - TY - THES A1 - Herrmann, Johannes Bernd T1 - Rolle des Komplement C5a-Rezeptors 1 in der Pathophysiologie der Meningokokken-Sepsis T1 - Role of complement C5a-Receptor 1 in Pathophysiology of Meningococcal Sepsis N2 - Das bekapselte, Gram-negative, diplokokkenförmige Bakterium Neisseria meningitidis (Nme) ist ein asymptomatischer Kommensale des oberen Nasenrachenraums im Men-schen. Gerade bei Kindern ist es dem humanspezifischen Pathogen in seltenen Fällen möglich, in den Blutstrom einzuwandern und lebensbedrohliche Krankheitsbilder wie Meningoenzephalitis und Sepsis auszulösen, welche als „Invasive Meningokokkener-krankung“ (IMD) zusammengefasst werden. Jährlich ereignen sich weltweit bis zu 1,2 Mio Fälle von IMD, welche aufgrund des fulminanten Verlaufs und der hohen Letalität gefürchtet sind. In der Bekämpfung der Nme-Sepsis ist das humane Komplementsystem von entscheidender Bedeutung. Vor diesem Hintergrund ist die protektive Rolle des lytischen (Membranangriffskomplex MAK) und opsonisierenden Arms (Opsonine iC3b und C1q) der Komplementkaskade gut dokumentiert. Dagegen ist der Beitrag des in-flammatorischen Arms (Anaphylatoxine C3a und C5a) in der Nme-Sepsis bisher unklar. Aus diesem Grunde wurde mit dieser Arbeit die Rolle des inflammatorischen Arms an-hand des Komplement C5a-Rezeptors 1 (C5aR1) in der Pathophysiologie der Nme-Sepsis am Mausmodell untersucht. Nach Etablierung des murinen, intraperitonealen In-fektionsmodells konnte ein schädlicher Effekt des C5aR1 in der Nme-Sepsis beobachtet werden. Aus der Abwesenheit des C5aR1 resultierte eine höhere Überlebensrate, ein besserer klinischer Zustand, eine niedrigere Bakteriämie und niedrigere Konzentrationen der pro-inflammatorischen Mediatoren IL-6, CXCL-1 und TNF-α. Im Hinblick auf den zellulären Pathomechanismus sprechen Ergebnisse dieser Arbeit dafür, dass der C5aR1 primär eine gesteigerte Freisetzung inflammatorischer Mediatoren durch verschiedene Zellpopulationen triggert (Zytokinsturm), wodurch sekundär Zellparalyse, steigende Bakteriämie und höhere Letalität bedingt sind. Durch Depletionsversuche und Immun-fluoreszenzfärbungen konnte, unabhängig vom C5aR1, eine allgemein protektive Rolle von neutrophilen Granulozyten und Monozyten/Makrophagen in der Nme-Sepsis beo-bachtet werden. Darüber hinaus präsentierte sich der zyklische C5aR1-Antagonist PMX205 als erfolgsversprechende Therapieoption, um Parameter einer murinen Nme-Sepsis zu verbessern. Weitere Untersuchungen sind nötig, um die Wirksamkeit dieser Substanz in der humanen Nme-Sepsis zu erforschen. Zudem könnte das murine, intrape-ritoneale Infektionsmodell zur Klärung der Rolle des C5aR2 in der Nme-Sepsis genutzt werden. N2 - The encapsulated, Gram-negative diplococcus Neisseria meningitidis (Nme) is an asymp-tomatic commensal in the human upper respiratory tract. In rare cases and especially in children, this human-specific pathogen is able to invade into the blood stream and cause life-threatening disorders like meningoencephalitis and septicemia, which are subsumed as „invasive meningococcal disease“ (IMD). The estimated number of cases is about 1.2 mio per year worldwide. IMD is greatly feared because of its fulminant progression and its high lethality. It is very well known, that the human complement system holds an essential role to fight meningococcal sepsis. In this context, the protective effects of the lytic (membrane attack complex MAC) and opsonizing branches (opsonines iC3b and C1q) are well established. On the contrary, very little is known about the contribution of the inflammatory branch (anaphylatoxines C3a and C5a) in meningococcal sepsis. Therefore, this work focused on the role of the C5a-Receptor 1 (C5aR1) in pathophysi-ology of meningococcal sepsis in a murine model. After having established the para-mount role of complement in murine intraperitoneal infection model, we could observe a detrimental effect of C5aR1 in Meningococcal sepsis. The absence of C5aR1 resulted in a higher overall survival, ameliorated clinical status, lower bacteremia and lower levels of the proinflammatory mediators IL-6, CXCL-1, TNF-α. Particularly with regard to results about the cellular pathomechanism, the C5aR1 seems to cause an increased re-lease of proinflammatory mediators (cytokine storm) exerted by various cell populations. As a consequence, cellular paralysis, increasing bacterial burden and higher lethality rate seems to occur. In reference to depletion experiments and immunofluorescence stain-ings, we could observe protective overall effects of neutrophils and mono-cytes/macrophages, uncorrelated to C5aR1 presence. Ultimately, the cyclic C5aR1-antagonist PMX205 appeared to be a promising option to improve parameters in murine meningococcal sepsis. Further experiments are required to examine the potential of this compound in human meningococcal sepsis. Moreover, the murine, intraperitoneal infec-tion model could be used to clarify the role of C5aR2 in meningococcal sepsis. KW - Komplement C5a KW - Neisseria meningitidis KW - Meningokokken-Sepsis KW - Komplement C5a Rezeptor 1 KW - C5aR1-Antagonist Y1 - 2019 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-184533 ER - TY - THES A1 - Reger, Angela T1 - Über das Druck- und Kraftverteilungsmuster an der Hand beim Zylindergriff nach verschiedenen Versteifungsoperationen T1 - Grip force and load distribution of the hand while gripping cylindrical objects after wrist or finger joint fusions N2 - Es wurde untersucht, wie sich eine Versteifungsoperation am Handgelenk (Voll- /Teilversteifung) bzw. an den Fingern (Endgelenk, Mittelgelenk) auf die Griffkraft und das Kraftverteilungsmuster in der Hand beim Greifen zylindrischer Objekte auswirkt. Aufgrund der Ein- und Ausschlusskriterien konnten 44 Patienten untersucht werden, davon 12 Patienten nach Vollversteifung eines Handgelenkes, 12 nach Teilversteifung eines Handgelenkes sowie jeweils 10 Patienten nach Versteifung eines End- bzw. Mittelgelenkes eines einzelnen Fingers. Die Messungen wurden mittels Manugraphie an 3 verschiedenen Zylindergrößen durchgeführt. Das Messsystem misst die Maximalkraft und generiert für jeden Patienten elektronische Handabdrücke, die bezüglich der Kraftverteilung innerhalb der Hand ausgewertet wurden. Bei den Patienten nach Handgelenksversteifungen wurde die gemessene Maximalkraft mit der gesunden Gegenseite verglichen und mittels Wilcoxon-Test statistisch ausgewertet. Die Werte nach Vollversteifung wurden mit denen nach Teilversteifung mithilfe des Mann-Whitney-Tests verglichen. Bei den Patienten nach Fingergelenksversteifung erfolgte aufgrund der geringen Patientenzahlen die statistische Auswertung rein deskriptiv. Sowohl durch eine Voll- als auch eine Teilversteifung des Handgelenkes reduziert sich die Griffkraft signifikant. Das Kraftverteilungsmuster innerhalb der Hand bleibt nach beiden Eingriffen unverändert. Am Zeigefinger konnte nach Versteifung des Endgelenkes und auch des Mittelgelenkes ein Aussparen des gesamten Strahls und somit eine Minderung der Hand-Gesamtkraft beobachtet werden. Aufgrund der geringen Patientenzahlen (DIP: n=2, PIP: n=4) kann hier jedoch keine allgemein gültige Aussage getroffen werden. Nach einer Endgelenksversteifung am Mittelfinger reduziert sich die Kraft des betroffenen Strahls, hinsichtlich der Gesamtkraft wird dies durch eine Adaptation des benachbarten Zeigefingers, geringer auch des Kleinfingers weitgehend ausgeglichen. Nach Versteifung eines Fingermittelgelenkes ist die Kraft des betroffenen Fingers fast immer abgeschwächt, vor allem durch die Kraftminderung im Mittel- und Endglied. Auch hier wird die Gesamtkraft jedoch häufig durch eine vermehrte Kraft der übrigen Finger ausgeglichen, teilweise übersteigt diese sogar die Kraft der gesunden Gegenseite. N2 - It was examined how a wrist-fusion (total wrist fusion or midcarpal fusion) or a fusion of a single finger joint (DIP-joint, PIP-joint) affects the grip force and the load distribution pattern in the hand when gripping cylindrical objects. On the basis of the inclusion and exclusion criteria, 44 patients could be examined, including 12 patients after total wrist fusion, 12 after midcarpal fusion and 10 patients after fusion of a DIP-joint or a PIP-joint of a single finger. The measurements were carried out on 3 different cylinder sizes by means of manugraphy. The measuring system measures the maximum force and generates electronic handprints for each patient, which have been evaluated with regard to the force distribution within the hand. In the patients after wrist-fusion, the measured maximum force was compared with the healthy opposite side and statistically evaluated using the Wilcoxon test. The values after total wrist-fusion were compared with those after midcarpal fusion using the Mann-Whitney test. In the patients after finger joint fusion, the statistical evaluation was carried out purely descriptively due to the small number of patients. The grip strength is significantly reduced by both total and midcarpal wrist fusion. The load distribution pattern within the hand remains unchanged after both interventions. On the index finger, after fusion of the DIP-joint and also the PIP-joint, the entire finger was spared and the overall hand strength reduced. Due to the small number of patients (DIP: n = 2, PIP: n = 4), however, no generally valid statement can be made here. After DIP-joint fusion on the middle finger, the strength of the affected finger is reduced; in terms of the total grip force, this is largely compensated for by an adaptation of the neighboring index finger, less so of the little finger. After fusion of a PIP-joint the strength of the affected finger is almost always weakened, especially due to the reduction in strength in the middle and distal phalanx. Here too, the total grip-force is often balanced by an increased strength of the other fingers, sometimes even exceeding the strength of the healthy opposite side. KW - Greifen KW - Arthrodese KW - Handgelenk KW - Fingergelenk KW - Griffkraft KW - Kraftverteilung KW - Handgelenksversteifung KW - Fingergelenksversteifung KW - Zylindergriff KW - grip force KW - load distribution KW - wrist fusion KW - finger joint fusion KW - cylinder gripping Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-199651 ER - TY - THES A1 - Fink, Severin Lion Julian T1 - Entwicklung eines Sleeping Beauty Transposon Systems zum simultanen und induzierbaren shRNA-Knock-down verschiedener Zielstrukturen in Zelllinien des Multiplen Myeloms T1 - Development of a system for multi-targeted inducible shRNA-knock-downs with the Sleeping Beauty transposon system and establishment in Multiple Myeloma cell lines N2 - Das Multiple Myelom (MM) ist ungeachtet neuer medikamentöser Therapien weiterhin eine für die allermeisten Patienten unheilbare Erkrankung. Aktuelle Whole-Genome-Sequenzierungen konnten die Annahme, dass hierfür die genetische Heterogenität des MM verantwortlich ist, bestätigen. Um dieses onkogene Signalnetzwerk auf effiziente Weise zu untersuchen, wurde ein induzierbares Knock-down-System basierend auf der weitverbreiteten RNA-Interferenz und dem neuen, innovativen Sleeping Beauty Transposon System (SBTS) entwickelt. Die Etablierung des SBTS im MM zeigte, dass die CMV-Promotor-vermittelte EGFP-Expression über 231 Tage stabil ist. Die Verwendung des SBTS ermöglicht es, Zellen bei niedrigster biologischer Schutzstufe (S1) stabil zu transfizieren. Am Beispiel des MAPK-Signalweges konnten stabile shRNA-vermittelte Knock-downs in verschiedenen MM-Zelllinien erfolgreich durchgeführt werden. Um ein induzierbares Tet-On-System zur shRNA-Expression zu erstellen, wurden zum einen dem verwendeten H1-Promotor zwei TetO-Sequenzen hinzugefügt. Zum anderen wurde durch die Verwendung eines zweiten, neu konstruierten SBTS Vektors mit anderer Selektionsresistenz in den verwendeten Zellen das Tet-Repressor-Protein (TetR) stabil exprimiert. Die notwendige Expression von TetR konnte nur mittels CAG-Promotors erreicht werden. Am Beispiel von ERK2 konnte gezeigt werden, dass es durch die stabile Transfektion und die Induktion des Knock-downs mit Doxycyclin möglich ist, den Knock-down Effekt zu erzielen. Das etablierte Plasmid-basierte System stellt somit ein versatiles, einfach anwendbares, kostengünstiges und zeitsparendes Werkzeug dar, induzierbare Knock-downs durch RNA-Interferenz für einzelne oder mehrere Proteine gleichzeitig zu erzielen. Es ist davon auszugehen, dass die Anwendung aufgrund der Verwendung etablierter Techniken und der leichten Modifizierbarkeit nicht nur auf das MM begrenzt sein wird. N2 - Multiple Myeloma (MM) is regardless of new drug therapies still an incurable disease for the majority of patients. Large-scale whole-genome-sequencing studies strongly support the assumption that the reason for this is the large genetic heterogeneity of MM. To gain knowledge about the complex oncogenetic signalling efficiently, in this work, a system for inducible knock-downs based on the wide-spread RNA-interference and the new innovative Sleeping Beauty Transposon System (SBTS) was developed. The successful establishment of the SBTS in MM revealed that EGFP-expression by a CMV-promotor is stable for at least 231 days without any further selection by antibiotics. The use of SBTS makes it possible to transfect cells stably at the lowest biological safety level (S1). Utilizing the MAPK-signal path as an example it was possible to successfully demonstrate shRNA-provided knock-downs for up to four targets at once in several different MM-cell lines. To create an inducible Tet-on-system for shRNA-Expression, two TetO-sequences were added to the used H1-Promotor. Furthermore, the required Tet-repressor-protein (TetR) was expressed by another newly constructed SBTS vector, which contains another selection resistance. After trying different approaches, it was possible to express the necessary amount of TetR by using the CAG-Promotor, which was verified by Western Blot. Using ERK2 as a sample target, it was possible to show that with stable transfection and induction of the knock-down with doxycycline it is possible to measure knock-down results without the toxic side effects of the electroporation necessary for transfection. The established plasmid-based system serves as an easily applicable, cost-efficient and time-saving tool for inducible knock-downs by RNAi for single or multiple proteins. Due to the fact that yet established techniques were used and thanks to the simplicity of the customization it is assumed that the application is not only limited to MM. KW - RNS-Interferenz KW - Plasmozytom KW - Transposon KW - Multiples Myelom KW - shRNA KW - Sleeping Beauty Transposon System Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-249796 ER - TY - THES A1 - Schwab, Bernhard T1 - Zirkulierende microRNAs beim komplexen regionalen Schmerzsyndron T1 - Circulating microRNAs in complex regional pain syndrome N2 - CRPS ist eine anhaltende Schmerzerkrankung, die nach Verletzungen auftritt und mit einer variierenden Kombination von Symptomen aus den Bereichen Sensorik, Vasomotorik, Sudomotorik/Ödemen und Motorik verbunden ist. Die Physiologie des Krankheitsbildes ist nicht abschließend geklärt, allerdings wird eine komplexe Interaktion mehrerer Pathomechanismen als Ursache angenommen. Deshalb stellt das CRPS sowohl eine diagnostische als auch eine therapeutische Herausforderung dar. miRNAs sind kurze, einsträngige und nicht-codierende RNAs, die durch Inhibierung der Translation und Degradierung von mRNAs an der posttranskriptionellen Regulation der Genexpression beteiligt sind. Sie werden auch von den Zellen durch Exosomen, Mikrovesikel, Lipoproteine und Apoptose freigesetzt, sodass sie in unterschiedlichen Körperflüssigkeiten nachgewiesen werden können. Bei vielen Erkrankungen kann eine Dysregulation der miRNA-Expression festgestellt werden, weshalb großes Interesse daran besteht, sie als Biomarker oder für therapeutische Ansätze nutzbar zu machen. Die miRNAs miR-183, -21, -29b, -144, - 223 wurden bereits im Zusammenhang mit entzündlichen und neuropathischen Prozessen und der Dysruption von Immunobarrieren beschrieben. In dieser Arbeit wurde untersucht, ob bei der Expression dieser miRNAs im Blut von CRPS-Patienten, Patienten mit einem komplikationslosen posttraumatischen Heilungsverlauf und von Kontrollen ohne ein vorangegangenes Trauma Unterschiede bestehen. Die Messungen erfolgten im Plasma, in Leukozyten und Exosomen, um dadurch auch die Regulation in den einzelnen Blutkomponenten vergleichen zu können. Tatsächlich fanden sich unterschiedliche miRNA-Expressionsprofile bei den verschiedenen Biomaterialien. Außerdem konnte bei einzelnen miRNAs ein Einfluss von Alter und Geschlecht auf die Expression nachgewiesen werden. Diese Beeinflussung war darüber hinaus auch abhängig vom untersuchten Biomaterial und vor allem bei den Exosomen besonders ausgeprägt. In den Exosomen ergab sich eine signifikante Hochregulation von miR-223-5p bei den FK im Vergleich mit den CRPS-Patienten. Bei der Zusammenfassung der Daten von CRPS und FK fand sich außerdem eine negative Korrelation zwischen der miR-223-5p-Expression und dem CSS, sodass ein erhöhtes Expressionsniveau mit einer milderen Krankheitsausbildung verbunden war. Hinsichtlich der traumanaiven Kontrollen war das Expressionsniveau der CRPS-Patienten hingegen unverändert. Diese Ergebnisse weisen darauf hin, dass beim CRPS im Vergleich mit einem regelrechten Heilungsverlauf eine insuffiziente beziehungsweise ausbleibende posttraumatische Anpassung des miRNA-Spektrums vorliegt. Diese posttraumatische Regulation stellt eventuell eine wichtige Voraussetzung für den Ablauf eines komplikationslosen Heilungsprozesses dar. Für miR-223-5p wurde bereits mehrfach eine antiinflammatorische Wirkung durch die Regulation von proinflammatorischen Rezeptoren und die Beeinflussung der Differenzierung von Makrophagen beschrieben. Eine verminderte Expression könnte somit zu einer Disposition für überschießende Entzündungsreaktionen führen und dadurch zur Entwicklung von CRPS beitragen. Diese Ergebnisse weisen auf die Beteiligung zirkulierender und vor allem exosomaler miRNAs bei der Pathophysiologie des CRPS hin. Zur weiterführenden Abklärung der pathophysiologischen Relevanz von miR-223-5p sind jedoch zusätzliche Untersuchungen erforderlich. Dabei bleibt es zu prüfen, ob eine verminderte miR-223-5p-Expression mit verstärkten Entzündungsmarkern und einer verstärkten proinflammatorischen Differenzierung von Makrophagen verbunden ist. Eine Abklärung der Herkunft der Exosomen könnte dabei helfen, zwischen einer lokalen und einer systemischen Reaktion zu unterscheiden. Die Beantwortung dieser Fragen könnte zu einem besseren Verständnis beitragen, warum manche Patienten nach einem Extremitätentrauma ein CRPS entwickeln und keinen normalen Heilungsverlauf erfahren. N2 - CRPS is a lasting pain condition, which appears after an injury and manifests as a varying combination of sensoric, vasomotoric, sudomotoric/edema and motoric symptoms. The physiology of CRPS is not fully understood since there is a complex interaction of several possible underlying pathomechanisms. Therefore, CRPS presents a diagnostic as well as a therapeutic challenge. miRNAs are short, single-stranded, non-coding RNAs, which are involved in the posttranscriptional regulation of gene expression by inhibiting the trans- lation and causing the degradation of mRNA. They can be exported by the cells using exosomes, microvesicels, lipoproteins und apoptosis. Extracellular miRNAs can be found in several in different body fluids. Dysregulation of miRNA-expression has been found in several diseases, causing in an interest to utilize them as biomarkers or for therapeutic applications. The miRNAs miR-183, -21, -29b, -144 and -223 have been described in inflammatory und neuropathic processes as well as disruption of immunobarriers. This work investigated, if there is a difference in the expression of these miRNAs in the blood of CRPS patients, patients with a normal posttraumatic recovery und controls without trauma. miRNAs were measured in plasma, leukocytes and exosomes to additionally compare these blood components ... KW - miR-223-5p KW - Complex Regional Pain Syndrome KW - CRPS KW - microRNA Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-266959 ER - TY - THES A1 - Krüger, Sören T1 - Unterschiedliche Einflüsse von Komplement auf Reaktionen neutrophiler Granulozyten auf die Infektion mit \(Neisseria\) \(meningitidis\) T1 - Differential influences of complement on neutrophil responses to \(Neisseria\) \(meningitidis\) infection N2 - The gram-negative diplococcus Neisseria meningitidis (Nme) is a frequent human-specific, commensal bacterium of the upper respiratory tract. Under certain conditions especially in infants, meningococci can translocate into the bloodstream and cause invasive meningococcal disease (IMD) manifesting as meningitis or sepsis or a combination of both. IMD is feared for its rapid progression and high fatality rate if it remains untreated. IMD affects up to one million people annually causing substantial morbidity and mortality worldwide. It is well-established that the complement system is an important protective factor in meningococcal disease through opsonization of bacteria with C3b and the lytic activity of the membrane attack complex although the inflammatory C5a/C5aR1 axis can aggravate IMD. The role of neutrophil granulocytes in meningococcal infection is less clear despite their abundant recruitment throughout the course of disease. This study aimed to characterize neutrophil responses to Nme in vitro and the influence of complement on these responses. In infection assays with whole blood and isolated PMNs, effective binding, internalization and killing of Nme by neutrophils was demonstrated. A significant complement-dependence of neutrophil phagocytosis and oxidative burst was observed. The opsonizing and lytic pathway of the complement cascade were found to be most relevant for these responses since blockade of C3 using inhibitor Compstatin Cp20 reduced phagocytosis and oxidative burst significantly more than the blockade of the inflammatory branch with C5aR1-antagonist PMX53. Opsonization with specific antibodies could not replicate the effect of complement activation indicating that engagement of neutrophil complement receptors, particularly complement receptor 3, is involved. Other neutrophil effector functions such as degranulation and IL-8 release were activated in a complement-independent manner implying activation by other inflammatory signals. Considering existing evidence on the overall protective effect of PMNs, further studies investigating the contribution of each neutrophil effector function to infection survival in vivo are required. Ideally, this should be studied in a murine meningitis or sepsis model in the context of complement activation. N2 - Der Gram-negative Diplokokkus Neisseria meningitidis (Nme) ist ein weit verbreitetes, human-spezifisches, kommensales Bakterium des oberen Respirationstraktes. Unter bestimmten Bedingungen, insbesondere bei Kleinkindern, können Meningokokken in die Blutbahn translozieren und eine invasive Meningokokkenerkrankung (IMD) auslösen, die sich als Meningitis, Sepsis oder eine Kombination beider Krankheitsbilder manifestiert. IMD werden aufgrund ihrer raschen Progression und ohne Behandlung hohen Letalität gefürchtet. IMD betreffen jährlich bis zu einer Million Menschen weltweit mit substanzieller Morbidität und Mortalität. Es ist bekannt, dass das Komplement-system bei IMD als protektiver Faktor durch die Opsonisierung von Nme mit C3b und Lyse mittels Membranangriffskomplex wirkt, obwohl die inflammatorische C5a/C5aR1-Achse die Erkrankung aggravieren kann. Die Rolle neutrophiler Granulozyten (PMNs) bei IMD bleibt hingegen kontrovers, obwohl eine starke Rekrutierung dieser Zellen stattfindet. Diese Studie charakterisiert die Reaktionen neutrophiler Granulozyten auf Nme in vitro und deren Modulation durch Komplement. In Infektionsassays mit Vollblut und isolierten PMNs konnte die Bindung, Internalisierung und Elimination von Nme durch PMNs demonstriert werden. Oxidativer burst und Phagozytose zeigten dabei eine ausgeprägte Abhängigkeit von Komplement. Die opsonisierende und lytische Wirkung von Komplement erwiesen sich dabei als relevant für diese Funktionen, da die Blockade von C3 durch den Inhibitor Compstatin Cp20 Phagozytose und oxidativen Burst signifikant stärker reduzierte als die Blockade der Inflammation durch C5a mittels C5aR1-Antagonist PMX53. Die Opsonisierung mit spezifischen Antikörpern konnte den Effekt der Komplementaktivierung nicht replizieren, was auf eine Signalvermittlung durch Komplementrezeptoren insbesondere CR3 hindeutet. Andere Effektorfunktionen wie Degranulation und IL-8 Freisetzung waren komplementunabhängig, was auf deren Initiierung durch andere inflammatorische Signale hindeutet. In Anbetracht bestehender Evidenz für einen insgesamt protektiven Effekt von PMN sind weitere Studien nötig, die den Effekt der einzelnen Effektorfunktionen auf das Outcome in vivo untersuchen. Besonders geeignet wäre dafür ein murines Sepsis oder Meningitis-Modell. KW - Neisseria meningitidis KW - Neutrophiler Granulozyt KW - Komplement KW - Complement system KW - Neutrophil granulocyte Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-249697 ER - TY - THES A1 - Cenik, Eren T1 - Merkmale der submaximalen Kraftmessung mit dem Manugraphy-System T1 - Characteristics of submaximal force measurement with the Manugraphy system N2 - Die Kraftverteilung einer gesunden Hand unterscheidet sich bei submaximaler Testleistung signifikant vom dem einer maximalen Leistung. Die meisten statistischen Auffälligkeiten werden hierbei beim großen Zylinder nachgewiesen und die wenigsten beim Verwenden des kleinsten Zylinders. Überraschenderweise sind Abweichungen im Kraftverteilungsmuster größer, wenn die rechte anstatt der linken Hand eine submaximale Kraftleistung erbringt. Die Kraftverteilung zwischen den Händen ist sehr ähnlich, wenn diese maximale Kraft ausüben. Aus diesem Grund kann oder muss eine gesunde Gegenseite zum Vergleich herangezogen werden, um einen Unterschied in der Kraftverteilung zu erkennen. Die Kraftverteilung zwischen Individuen variiert sehr stark. Es existiert kein universelles submaximales Kraftverteilungsmuster, sondern ein individuelles Muster. Daher ist es nicht möglich, einen Simulanten anhand eines typischen Betrugsmusters zu identifizieren. N2 - The force distribution of a healthy hand at submaximal test power differs significantly from that at maximal power. Most statistical anomalies are detected when using the large cylinder and the fewest when using the smallest cylinder. Surprisingly, deviations in the force distribution pattern are greater when the right rather than the left hand performs a submaximal force output. The force distribution between the hands is very similar when they exert maximum force. For this reason, a healthy opposite hand can or must be used for comparison to detect a difference in force distribution. The distribution of force between individuals varies greatly. There is no universal submaximal force distribution pattern, but an individual pattern. Therefore, it is not possible to identify a simulator by a typical cheating pattern. KW - Kraftmessung KW - Manugraphy-System KW - submaximale Kraftmessung KW - Handkraft KW - submaximale Kraftanstrengung KW - vorgetäuschter Kraftverlust KW - Manugraphy-System KW - submaximal force measurement KW - grip force KW - submaximal effort KW - feigned loss of strength Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-254505 ER -