TY - JOUR A1 - de Paz, Víctor A1 - Asís, Josep D. A1 - Holzschuh, Andrea A1 - Baños-Picón, Laura T1 - Effects of traditional orchard abandonment and landscape context on the beneficial arthropod community in a Mediterranean agroecosystem JF - Insects N2 - Agricultural abandonment is one of the main land-use changes in Europe, and its consequences on biodiversity are context- and taxa-dependent. While several studies have worked on this topic, few have focused on traditional orchards, especially in different landscapes and under a Mediterranean climate. In this context, we aimed to determine the effects of almond orchard abandonment on the communities of three groups of beneficial arthropods and the role of the landscape context in modulating these effects. Between February and September 2019, four samplings were carried out in twelve almond orchards (three abandoned and three traditional (active orchards under traditional agricultural management) located in simple landscapes as well as three abandoned and three traditional in complex landscapes). Abandoned and traditional almond orchards harbor different arthropod communities and diversity metrics that are strongly conditioned by seasonality. Abandoned orchards can favor pollinators and natural enemies, providing alternative resources in simple landscapes. However, the role that abandoned orchards play in simple landscapes disappears as the percentage of semi-natural habitats in the landscape increases. Our results show that landscape simplification, through the loss of semi-natural habitats, has negative consequences on arthropod biodiversity, even in traditional farming landscapes with small fields and high crop diversity. KW - abandonment KW - traditional almond orchard KW - spider KW - parasitoid KW - bee KW - landscape complexity Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-311190 SN - 2075-4450 VL - 14 IS - 3 ER - TY - JOUR A1 - Wersebeckmann, Vera A1 - Biegerl, Carolin A1 - Leyer, Ilona A1 - Mody, Karsten T1 - Orthopteran diversity in steep slope vineyards: the role of vineyard type and vegetation management JF - Insects N2 - The abandonment of traditional agricultural practices and subsequent succession are major threats to many open-adapted species and species-rich ecosystems. Viticulture on steep slopes has recently suffered from strong declines due to insufficient profitability, thus increasing the area of fallow land considerably. Changing cultivation systems from vertically oriented to modern vineyard terraces offers an opportunity to maintain management economically viable and thus reduces further abandonment. Hillside parallel terraces favor mechanization, and their embankments offer large undisturbed areas that could provide valuable habitats. We investigated the effects of vineyard abandonment, different vineyard management types (vertically oriented vs. terraced), and local parameters on Orthoptera diversity in 45 study sites along the Upper Middle Rhine Valley in Germany. Our results show that woody structures and vineyard abandonment reduced Orthoptera diversity at the local and landscape scale due to decreased habitat quality, especially for open-adapted species. In contrast, open inter-rows of actively managed vineyard types supported heat-adapted Caelifera species. On terrace embankments, extensive management and taller vegetation benefited Ensifera species, while short and mulched vegetation in vertically oriented vineyards favored the dominance of one single Caelifera species. Our results highlight the significance of maintaining viticultural management on steep slopes for the preservation of both open-adapted Orthoptera species and the cultural landscape. KW - abandonment KW - alternating management KW - biodiversity conservation KW - grasshopper KW - insect conservation KW - succession KW - traditional land use KW - vineyard terrace Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-304891 SN - 2075-4450 VL - 14 IS - 1 ER - TY - JOUR A1 - Dong, Meng A1 - Böpple, Kathrin A1 - Thiel, Julia A1 - Winkler, Bernd A1 - Liang, Chunguang A1 - Schueler, Julia A1 - Davies, Emma J. A1 - Barry, Simon T. A1 - Metsalu, Tauno A1 - Mürdter, Thomas E. A1 - Sauer, Georg A1 - Ott, German A1 - Schwab, Matthias A1 - Aulitzky, Walter E. T1 - Perfusion air culture of precision-cut tumor slices: an ex vivo system to evaluate individual drug response under controlled culture conditions JF - Cells N2 - Precision-cut tumor slices (PCTS) maintain tissue heterogeneity concerning different cell types and preserve the tumor microenvironment (TME). Typically, PCTS are cultured statically on a filter support at an air–liquid interface, which gives rise to intra-slice gradients during culture. To overcome this problem, we developed a perfusion air culture (PAC) system that can provide a continuous and controlled oxygen medium, and drug supply. This makes it an adaptable ex vivo system for evaluating drug responses in a tissue-specific microenvironment. PCTS from mouse xenografts (MCF-7, H1437) and primary human ovarian tumors (primary OV) cultured in the PAC system maintained the morphology, proliferation, and TME for more than 7 days, and no intra-slice gradients were observed. Cultured PCTS were analyzed for DNA damage, apoptosis, and transcriptional biomarkers for the cellular stress response. For the primary OV slices, cisplatin treatment induced a diverse increase in the cleavage of caspase-3 and PD-L1 expression, indicating a heterogeneous response to drug treatment between patients. Immune cells were preserved throughout the culturing period, indicating that immune therapy can be analyzed. The novel PAC system is suitable for assessing individual drug responses and can thus be used as a preclinical model to predict in vivo therapy responses. KW - precision-cut tumor slices KW - perfusion culture KW - tumor microenvironment KW - ovarian tumor KW - individual drug responses KW - mouse xenografts KW - preclinical model KW - personalized medicine Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-311030 SN - 2073-4409 VL - 12 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Cerezo-Echevarria, Argiñe A1 - Kehl, Alexandra A1 - Beitzinger, Christoph A1 - Müller, Tobias A1 - Klopfleisch, Robert A1 - Aupperle-Lellbach, Heike T1 - Evaluating the histologic grade of digital squamous cell carcinomas in dogs and copy number variation of KIT Ligand — a correlation study JF - Veterinary Sciences N2 - Dark-haired dogs are predisposed to the development of digital squamous cell carcinoma (DSCC). This may potentially suggest an underlying genetic predisposition not yet completely elucidated. Some authors have suggested a potential correlation between the number of copies KIT Ligand (KITLG) and the predisposition of dogs to DSCC, containing a higher number of copies in those affected by the neoplasm. In this study, the aim was to evaluate a potential correlation between the number of copies of the KITLG and the histological grade of malignancy in dogs with DSCC. For this, 72 paraffin-embedded DSCCs with paired whole blood samples of 70 different dogs were included and grouped according to their haircoat color as follow: Group 0/unknown haircoat color (n = 11); Group 1.a/black non-Schnauzers (n = 15); group 1.b/black Schnauzers (n = 33); group 1.c/black and tan dogs (n = 7); group 2/tan animals (n = 4). The DSCCs were histologically graded. Additionally, KITLG Copy Number Variation (CNV) was determined by ddPCR. A significant correlation was observed between KITLG copy number and the histological grade and score value. This finding may suggest a possible factor for the development of canine DSCC, thus potentially having an impact on personalized veterinary oncological strategies and breeding programs. KW - canine KW - cancer KW - toe KW - grading KW - haircoat KW - color KW - genetics KW - gene Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-304824 SN - 2306-7381 VL - 10 IS - 2 ER - TY - THES A1 - Reuter, Christian Steffen T1 - Development of a tissue-engineered primary human skin infection model to study the pathogenesis of tsetse fly-transmitted African trypanosomes in mammalian skin T1 - Entwicklung eines primären humanen Hautinfektionsmodells basierend auf Gewebezüchtung zur Erforschung der Pathogenese von Tsetsefliegen-übertragenen Afrikanischen Trypanosomen in der Säugetierhaut N2 - Many arthropods such as mosquitoes, ticks, bugs, and flies are vectors for the transmission of pathogenic parasites, bacteria, and viruses. Among these, the unicellular parasite Trypanosoma brucei (T. brucei) causes human and animal African trypanosomiases and is transmitted to the vertebrate host by the tsetse fly. In the fly, the parasite goes through a complex developmental cycle in the alimentary tract and salivary glands ending with the cellular differentiation into the metacyclic life cycle stage. An infection in the mammalian host begins when the fly takes a bloodmeal, thereby depositing the metacyclic form into the dermal skin layer. Within the dermis, the cell cycle-arrested metacyclic forms are activated, re-enter the cell cycle, and differentiate into proliferative trypanosomes, prior to dissemination throughout the host. Although T. brucei has been studied for decades, very little is known about the early events in the skin prior to systemic dissemination. The precise timing and the mechanisms controlling differentiation of the parasite in the skin continue to be elusive, as does the characterization of the proliferative skin-residing trypanosomes. Understanding the first steps of an infection is crucial for developing novel strategies to prevent disease establishment and its progression. A major shortcoming in the study of human African trypanosomiasis is the lack of suitable infection models that authentically mimic disease progression. In addition, the production of infectious metacyclic parasites requires tsetse flies, which are challenging to keep. Thus, although animal models - typically murine - have produced many insights into the pathogenicity of trypanosomes in the mammalian host, they were usually infected by needle injection into the peritoneal cavity or tail vein, bypassing the skin as the first entry point. Furthermore, animal models are not always predictive for the infection outcome in human patients. In addition, the relatively small number of metacyclic parasites deposited by the tsetse flies makes them difficult to trace, isolate, and study in animal hosts. The focus of this thesis was to develop and validate a reconstructed human skin equivalent as an infection model to study the development of naturally-transmitted metacyclic parasites of T. brucei in mammalian skin. The first part of this work describes the development and characterization of a primary human skin equivalent with improved mechanical properties. To achieve this, a computer-assisted compression system was designed and established. This system allowed the improvement of the mechanical stability of twelve collagen-based dermal equivalents in parallel through plastic compression, as evaluated by rheology. The improved dermal equivalents provided the basis for the generation of the skin equivalents and reduced their contraction and weight loss during tissue formation, achieving a high degree of standardization and reproducibility. The skin equivalents were characterized using immunohistochemical and histological techniques and recapitulated key anatomical, cellular, and functional aspects of native human skin. Furthermore, their cellular heterogeneity was examined using single-cell RNA sequencing - an approach which led to the identification of a remarkable repertoire of extracellular matrix-associated genes expressed by different cell subpopulations in the artificial skin. In addition, experimental conditions were established to allow tsetse flies to naturally infect the skin equivalents with trypanosomes. In the second part of the project, the development of the trypanosomes in the artificial skin was investigated in detail. This included the establishment of methods to successfully isolate skin-dwelling trypanosomes to determine their protein synthesis rate, cell cycle and metabolic status, morphology, and transcriptome. Microscopy techniques to study trypanosome motility and migration in the skin were also optimized. Upon deposition in the artificial skin by feeding tsetse, the metacyclic parasites were rapidly activated and established a proliferative population within one day. This process was accompanied by: (I) reactivation of protein synthesis; (II) re-entry into the cell cycle; (III) change in morphology; (IV) increased motility. Furthermore, these observations were linked to potentially underlying developmental mechanisms by applying single-cell parasite RNA sequencing at five different timepoints post-infection. After the initial proliferative phase, the tsetse-transmitted trypanosomes appeared to enter a reversible quiescence program in the skin. These quiescent skin-residing trypanosomes were characterized by very slow replication, a strongly reduced metabolism, and a transcriptome markedly different from that of the deposited metacyclic forms and the early proliferative trypanosomes. By mimicking the migration from the skin to the bloodstream, the quiescent phenotype could be reversed and the parasites returned to an active proliferating state. Given that previous work has identified the skin as an anatomical reservoir for T. brucei during disease, it is reasonable to assume that the quiescence program is an authentic facet of the parasite's behavior in an infected host. In summary, this work demonstrates that primary human skin equivalents offer a new and promising way to study vector-borne parasites under close-to-natural conditions as an alternative to animal experimentation. By choosing the natural transmission route - the bite of an infected tsetse fly - the early events of trypanosome infection have been detailed with unprecedented resolution. In addition, the evidence here for a quiescent, skin-residing trypanosome population may explain the persistence of T. brucei in the skin of aparasitemic and asymptomatic individuals. This could play an important role in maintaining an infection over long time periods. N2 - Zahlreiche Arthropoden wie Stechmücken, Zecken, Wanzen und Fliegen sind Überträger für krankheitserregende Parasiten, Bakterien und Viren. Hierzu gehört der einzellige Parasit Trypanosoma brucei (T. brucei), welcher durch Tsetsefliegen übertragen wird und die Afrikanische Trypanosomiasis bei Menschen und Tieren verursacht. Der Entwicklungszyklus des Parasiten in der Fliege ist komplex und endet in der Speicheldrüse mit der Differenzierung in das metazyklische Lebensstadium. Diese metazyklischen Formen werden durch den Biss der blutsaugenden Tsetsefliege in die dermale Hautschicht des Säugetierwirts injiziert. Die zellzyklusarretierten metazyklischen Formen werden in der Dermis aktiviert und der Widereintritt in den Zellzyklus sowie die Differenzierung zu proliferativen Trypanosomen eingeleitet. Anschließend breitet sich der Parasit systemisch im Säugetierwirt aus. Obwohl T. brucei bereits seit Jahrzehnten erforscht wird, ist nur sehr wenig über das frühe Infektionsgeschehen in der Haut bekannt. Der genaue Zeitpunkt und die Mechanismen, die der Differenzierung des Parasiten in der Haut zugrunde liegen, sind unbekannt. Ebenso wurden die proliferativen Trypanosomen in der Haut bisher nur unzureichend charakterisiert. Das Verständnis über die ersten Schritte einer Infektion ist jedoch von entscheidender Bedeutung für die Entwicklung von neuen Strategien, die die Krankheitsentstehung und deren Fortschreiten verhindern sollen. Ein großes Hindernis bei der Erforschung der humanen Afrikanischen Trypanosomiasis ist der Mangel an geeigneten Infektionsmodellen, die den Krankheitsverlauf authentisch nachbilden. Außerdem werden für die Erzeugung der infektiösen metazyklischen Parasiten Tsetsefliegen benötigt, die aufwändig zu züchten sind. Tiermodelle haben es ermöglicht - hauptsächlich Mäuse -, viele Erkenntnisse über die Pathogenese von Trypanosomen im Säugetierwirt zu erlangen. Allerdings wurden diese überwiegend durch Nadelinjektion in den Bauchraum oder die Kaudalvene infiziert, wodurch die Haut als erste Eintrittspforte umgangen wurde. Darüber hinaus lassen Tiermodelle nicht immer Rückschlüsse auf den Infektionsverlauf beim Menschen zu. Zusätzlich erschwert die geringe Anzahl von metazyklischen Parasiten, die von Tsetsefliegen injiziert werden, die Isolation, Nachweis und Untersuchung im tierischen Wirt. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es, ein rekonstruiertes menschliches Hautäquivalent zu entwickeln und als Infektionsmodell zu validieren, um die Entwicklung von natürlich übertragenen metazyklischen Parasiten von T. brucei in der Säugetierhaut zu untersuchen. Der erste Teil dieser Arbeit beschreibt die Entwicklung und Charakterisierung eines primären menschlichen Hautäquivalents mit verbesserten mechanischen Eigenschaften. Zu diesem Zweck wurde ein computergesteuertes Kompressionssystem entworfen und hergestellt. Dieses System ermöglichte die gleichzeitige Verbesserung der mechanischen Stabilität von zwölf kollagenbasierten dermalen Äquivalenten durch plastische Kompression, die mittels Rheologie evaluiert wurden. Die verbesserten dermalen Äquivalente dienten als Fundament für die Erzeugung der Hautäquivalente und reduzierten deren Kontraktion und Gewichtsverlust während der Gewebebildung. Dadurch wurde ein hohes Maß an Standardisierung und Reproduzierbarkeit erreicht. Die Hautäquivalente wurden durch immunhistochemische und histologische Techniken charakterisiert und bildeten wichtige anatomische, zelluläre und funktionelle Aspekte der nativen menschlichen Haut nach. Des Weiteren wurde die zelluläre Heterogenität durch Einzelzell-RNA-Sequenzierung untersucht. Mit dieser Technik wurde ein umfangreiches Spektrum an extrazellulären Matrix-assoziierten Genen identifiziert, die von verschiedenen Zellsubpopulationen in der künstlichen Haut exprimiert werden. Zusätzlich wurden experimentelle Bedingungen etabliert, damit Tsetsefliegen eingesetzt werden konnten, um die Hautäquivalente auf natürlichem Weg mit Trypanosomen zu infizieren. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurde die Entwicklung der Trypanosomen in der künstlichen Haut im Detail untersucht. Dies umfasste die Etablierung von Methoden zur erfolgreichen Isolierung der Trypanosomen aus der Haut, um deren Proteinsyntheserate, Zellzyklus- und Stoffwechselstatus, sowie Morphologie und Transkriptom zu bestimmen. Zusätzlich wurden Mikroskopietechniken zur Untersuchung der Trypanosomenmotilität und migration in der Haut optimiert. Nach der Injektion in die künstliche Haut durch Tsetsefliegen wurden die metazyklischen Parasiten schnell aktiviert und etablierten innerhalb eines Tages eine proliferative Population. Dieser Entwicklungsprozess wurde begleitet von (I) einer Reaktivierung der Proteinsynthese, (II) einem Wiedereintritt in den Zellzyklus, (III) einer Veränderung der Morphologie und (IV) einer erhöhten Motilität. Des Weiteren wurden diese Beobachtungen mit potentiell zugrundeliegenden entwicklungsbiologischen Mechanismen in Verbindung gebracht, indem eine Einzelzell RNA-Sequenzierung der Trypanosomen zu fünf verschiedenen Zeitpunkten nach der Infektion durchgeführt wurde. Nach der ersten proliferativen Phase traten die Tsetse-übertragenen Trypanosomen in der Haut in ein reversibles Ruhestadium ein. Diese ruhenden Trypanosomen waren durch eine sehr langsame Zellteilung, einen stark reduzierten Stoffwechsel und ein Transkriptom gekennzeichnet, dass sich deutlich von dem der injizierten metazyklischen Formen und der ersten proliferativen Trypanosomen unterschied. Durch Nachahmung der Migration von der Haut in den Blutkreislauf konnte dieser Phänotyp reaktiviert werden und die Parasiten kehrten in einen aktiven, proliferierenden Zustand zurück. Unter Berücksichtigung, dass vorangegangene Forschungsarbeiten die Haut als anatomisches Reservoir für T. brucei während des Krankheitsverlaufs identifiziert haben, ist anzunehmen, dass das Ruheprogramm eine authentische Facette im Verhalten des Parasiten in einem infizierten Wirt darstellt. Zusammenfassend zeigt diese Arbeit, das primäre menschliche Hautäquivalente eine neue und vielversprechende Möglichkeit bieten, vektorübertragene Parasiten unter naturnahen Bedingungen als Alternative zu Tierversuchen zu untersuchen. Durch die Verwendung des natürlichen Infektionsweges - dem Biss einer infizierten Tsetsefliege -, konnten die frühen Prozesse einer Trypanosomen-Infektion mit noch nie dagewesener Detailtiefe nachvollzogen werden. Des Weiteren könnte der hier erbrachte Nachweis einer ruhenden, hautresidenten Trypanosomen-Population die Persistenz von T. brucei in der Haut von aparasitämischen und asymptomatischen Personen erklären. Dies könnte eine wichtige Rolle bei der Aufrechterhaltung einer Infektion über lange Zeiträume spielen. KW - Trypanosoma brucei KW - Tissue Engineering KW - Trypanosomiasis KW - 3D-Zellkultur KW - Transkriptomanalyse KW - developmental differentiation KW - skin equivalent KW - artificial human skin KW - single-cell RNA sequencing KW - quiescence Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-251147 ER - TY - JOUR A1 - Dhillon, Maninder Singh A1 - Kübert-Flock, Carina A1 - Dahms, Thorsten A1 - Rummler, Thomas A1 - Arnault, Joel A1 - Steffan-Dewenter, Ingolf A1 - Ullmann, Tobias T1 - Evaluation of MODIS, Landsat 8 and Sentinel-2 data for accurate crop yield predictions: a case study using STARFM NDVI in Bavaria, Germany JF - Remote Sensing N2 - The increasing availability and variety of global satellite products and the rapid development of new algorithms has provided great potential to generate a new level of data with different spatial, temporal, and spectral resolutions. However, the ability of these synthetic spatiotemporal datasets to accurately map and monitor our planet on a field or regional scale remains underexplored. This study aimed to support future research efforts in estimating crop yields by identifying the optimal spatial (10 m, 30 m, or 250 m) and temporal (8 or 16 days) resolutions on a regional scale. The current study explored and discussed the suitability of four different synthetic (Landsat (L)-MOD13Q1 (30 m, 8 and 16 days) and Sentinel-2 (S)-MOD13Q1 (10 m, 8 and 16 days)) and two real (MOD13Q1 (250 m, 8 and 16 days)) NDVI products combined separately to two widely used crop growth models (CGMs) (World Food Studies (WOFOST), and the semi-empiric Light Use Efficiency approach (LUE)) for winter wheat (WW) and oil seed rape (OSR) yield forecasts in Bavaria (70,550 km\(^2\)) for the year 2019. For WW and OSR, the synthetic products’ high spatial and temporal resolution resulted in higher yield accuracies using LUE and WOFOST. The observations of high temporal resolution (8-day) products of both S-MOD13Q1 and L-MOD13Q1 played a significant role in accurately measuring the yield of WW and OSR. For example, L- and S-MOD13Q1 resulted in an R\(^2\) = 0.82 and 0.85, RMSE = 5.46 and 5.01 dt/ha for WW, R\(^2\) = 0.89 and 0.82, and RMSE = 2.23 and 2.11 dt/ha for OSR using the LUE model, respectively. Similarly, for the 8- and 16-day products, the simple LUE model (R\(^2\) = 0.77 and relative RMSE (RRMSE) = 8.17%) required fewer input parameters to simulate crop yield and was highly accurate, reliable, and more precise than the complex WOFOST model (R\(^2\) = 0.66 and RRMSE = 11.35%) with higher input parameters. Conclusively, both S-MOD13Q1 and L-MOD13Q1, in combination with LUE, were more prominent for predicting crop yields on a regional scale than the 16-day products; however, L-MOD13Q1 was advantageous for generating and exploring the long-term yield time series due to the availability of Landsat data since 1982, with a maximum resolution of 30 m. In addition, this study recommended the further use of its findings for implementing and validating the long-term crop yield time series in different regions of the world. KW - MODIS KW - Sentinel-2 KW - Landsat 8 KW - sustainable agriculture KW - decision-making KW - winter wheat KW - oil seed rape KW - resolution Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-311132 SN - 2072-4292 VL - 15 IS - 7 ER - TY - THES A1 - Gotthard, Hannes T1 - Targeting Colorectal Cancer Stem Cells with Hemibodies T1 - Eliminierung von Krebsstammzellen des kolorektalen Karzinoms mithilfe von Hemibodies N2 - The cancer stem cell hypothesis is a cancer development model which elicited great interest in the last decades stating that cancer heterogeneity arises from a stem cell through asymmetrical division. The Cancer Stem Cell subset is described as the only population to be tumorigenic and having the potential to renew. Conventional therapy often fails to eradicate CSC resulting in tumor relapse. Consequently, it is of great inter-est to eliminate this subset of cells to provide the best patient outcome. In the last years several approaches to target CSC were developed, one of them being immunotherapeu-tic targeting with antibodies. Since markers associated with CSC are also expressed on normal stem cells or healthy adjacent tissue in colorectal cancer, dual targeting strate-gies are preferred over targeting only a single antigen. Subsequently, the idea of dual targeting two CSC markers in parallel by a newly developed split T cell-engaging anti-body format termed as Hemibodies emerged. In a preliminary single cell RNA sequenc-ing analysis of colorectal cancer cells CD133, CD24, CD166 and CEA were identified as suitable targets for the combinatorial targeting strategy. Therefore, this study focused on trispecific and trivalent Hemibodies comprising a split binding moiety against CD3 and a binding moiety against either CD133, CD24, CD166 or CEA to overcome the occurrence of resistance and to efficiently eradicate all tumor cells including the CSC compartment. The study showed that the Hemibody combinations CD133xCD24, CD133xCD166 and CD133xCEA are able to eliminate double positive CHO cells with high efficacy while having a high specificity indicated by no killing of single antigen positive cells. A thera-peutic window ranging between one to two log levels could be achieved for all combina-tions mentioned above. The combinations CD133xCD24 and CD133xCD166 further-more proved its efficacy and specificity on established colorectal cancer cell lines. Be-sides the evaluation of specificity and efficacy the already introduced 1st generation of Hemibodies could be improved into a 2nd generation Hemibody format with increased half-life, stability and production yield. In future experiments the applicability of above-mentioned Hemibodies will be proven on patient-derived micro tumors to also include variables like tumor microenvironment and infiltration. N2 - In den letzten Jahrzenten wurde neben der klonalen Evolution ein weiteres Modell zur Krebsentstehung und dessen Heterogenität entwickelt: die Krebsstammzellhypothe-se. Diese Hypothese besagt, dass die Heterogenität eines Tumors durch asymmetri-sche Teilung von sogenannten Krebsstammzellen entsteht. Nur diese sind tumorigen und in der Lage Metastasen zu bilden. Außerdem werden Krebsstammzellen als re-sistent gegen konventionelle Therapien beschrieben, weshalb es nach einer anfängli-chen Tumorregression oft zu einem Rezidiv durch erneutes Auswachsen von zurück-bleibenden Krebsstammzellen kommt. Deshalb ist es von großem Interesse genau diese Population abzutöten, um eine erfolgreiche Therapie zu gewährleisten. In den letzten Jahren wurden zahlreiche Medikationen entwickelt, um Krebsstammzellen ge-zielt anzugreifen. Ein vielversprechender Ansatz ist hierbei die immuntherapeutische Adressierung mittels Antikörpern gegen Krebsstammzellmarkern. Einzelne Marker sind allerdings auch auf normalen Stammzellen und gesundem Gewebe exprimiert, weshalb Therapien, die auf mindestens zwei verschiedene Oberflächenproteine ab-zielen, erfolgsversprechender sind. In dieser Arbeit wurde ein neues T-Zell rekrutie-rendes Antikörperformat entwickelt, sogenannte Hemibodies. Hierbei handelt es sich um ein trispezifisches und trivalentes Format, bestehend aus jeweils zwei Fragmen-ten. Jedes Fragment besteht aus einer Bindedomäne gegen ein Krebsstammzellmar-ker und einer geteilten Bindedomäne gegen CD3. Durch Bindung beider Fragmente an einen Stammzellmarker kommt es zur Komplementierung der geteilten anti-CD3 Domäne und zur T-Zellrekrutierung. Der erste Teil der Arbeit befasst sich mit der bioin-formatischen Analyse von Einzelzell-RNA-Daten des kolorektalen Karzinoms (KRK) zur Identifizierung von potentiellen Krebsstammzellmarkern. Dabei konnten die Ober-flächenproteine CD24, CD133, CD166 und CEA und besonders deren Kombination als geeignete Zielstrukturen identifiziert werden. Die gegen oben genannte Antigene gerichteten Hemibodies zeigten in den Kombinationen CD133xCD24, CD133xCD166 und CD133xCEA auf doppelt positiven CHO-Zellen eine hohe Effektivität. Außerdem konnte die Spezifität durch ein Ausbleiben von Zelltod auf einzel-positiven CHO Zellen bewiesen werden. Die Kombinationen CD133xCD24 und CD133xCD166 konnten Effektivität und Spezifität auch auf etablierten Krebszellen zeigen. Die oben genann-ten Kombinationen waren in einem therapeutischen Fenster von ein bis zwei Logstu-fen funktional. Neben der Testung verschiedener Hemibody-Kombinationen konnten die bereits publizierten Hemibodies der ersten Generation in ein neues Format der zweiten Generation weiterentwickelt werden. Das neue Format zeigte eine verbesser-te Halbwertszeit, Stabilität und Produzierbarkeit. In zukünftigen Experimenten werden die in der Thesis benutzten Hemibodies auf Mikrotumoren getestet, um weitere Vari-ablen, die die Effektivität und Spezifität beeinflussen zu ermitteln. KW - Monoklonaler bispezifischer Antikörper KW - Antikörper KW - T-Lymphozyt KW - Immunreaktion KW - Dickdarmkrebs KW - Hemibody KW - Hemibodies KW - Colorectal Cancer KW - trispecific KW - T-cell engager KW - dual targeting KW - Bispecific T-cell engager KW - stem cells KW - Kolorektales Karzinom Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-303090 ER - TY - THES A1 - Meiser, Elisabeth T1 - Single-molecule dynamics at a bottleneck: a systematic study of the narrow escape problem in a disc T1 - Einzelmoleküldynamik an einem Engpass: Eine systematische Untersuchung des Narrow Escape Problems in einer Scheibe N2 - Diffusion facilitates numerous reactions within the biological context of a cell. It is remarkable how the cost-efficient random process of Brownian motion promotes fast reactions. From the narrow escape theory, it is possible to determine the mean first passage time of such processes based on their reaction space and diffusion coefficient. The narrow escape theory of Brownian particles is characterized by a confining domain with reflective boundaries and a small reaction site. In this thesis, the mean first passage time was systematically tested in a disc as a function of the escape opening size in vitro and in silico. For the in vitro experiments, a model system of patterned supported-lipid bilayers (SLB) was established. Such a model is prepared by a combined colloid metalization approach, where a gold scaffold on glass facilitates assembly of SLB patches of distinct sizes through vesicle fusion. The model setup was evaluated and found to match all necessary requirements to test the nar- row escape problem in vitro. In particular, the reflectivity of the boundaries, the unhindered, free diffusion of the tracer lipids, and the distinct area were assessed. Observed results of the mean first passage time agreed with the theory of the narrow escape problem. There was excellent agreement in both absolute values and across a range of small escape opening sizes. Additionally, I developed a straightforward method, a correction factor, to calculate the mean first passage time from incomplete experimental traces. By re-scaling the mean first passage time to the fraction of particles that escaped, I was able to overcome the lifetime limitations of fluorescent probes. Previously inaccessible measurements of the mean first passage time relying on fluorescent probes will be made possible through this approach. The in vitro experiments were complemented with various in silico experiments. The latter were based on random walk simulations in discs, mimicking the in vitro situation with its uncertainties. The lifetime of single particles was either set sufficiently long to allow all particles to escape, or was adjusted to meet the lifetime limitations observed in the in vitro experiments. A comparison of the mean first passage time from lifetime-unlimited particles to the corrected, lifetime-limited particles did support the use of the correction factor. In agreement with the narrow escape theory, it was experimentally found that the mean first passage time is independent of the start point of the particle within the domain. This is when the particle adheres to a minimum distance to the escape site. In general, the presented random walk simulations do accurately represent the in vitro experiments in this study. The required hardware for the establishment of an astigmatism-based 3D system was installed in the existing microscope. The first attempts to analyze the obtained 3D imaging data gave insight into the potential of the method to investigate molecule dynamics in living trypanosome cells. The full functionality will be realized with the ongoing improvement of image analysis outside of this thesis. N2 - Diffusion erleichtert zahlreiche Reaktionen im biologischen Kontext einer Zelle. Es ist bemerkenswert, wie der kosteneffiziente Zufallsprozess der Brownschen Bewegung schnelle Reaktionen fördert. Mit Hilfe der Narrow Escape Theorie kann die mittlere erste Durchgangszeit (mean first passage time) solcher Prozesse auf der Grundlage ihres Reaktionsraums und des Diffusionskoeffizienten bestimmt werden. Die Narrow Escape Theorie von Brownschen Teilchen wird durch einen begrenzten Bereich mit reflektierenden Grenzen und einen kleinen Reaktionsraum gekennzeichnet. In dieser Arbeit wurde die mittlere erste Durchgangszeit in einer Scheibe systematisch als Funktion der Größe der Fluchtöffnung in vitro und in silico untersucht. Fur die in vitro-Experimente wurde ein Modellsystem aus strukturierten, Glas gestützten Lipiddoppelschichten (SLB) erstellt. Dieses Modell wurde durch einen kombinierten Kolloid-Metallisierungsansatz hergestellt, bei dem eine strukturierte Goldschicht auf Glas die Bildung von SLB-Scheiben unterschiedlicher Größe durch die Vesikelfusion ermöglicht. Es wurde festgestellt, dass das Modell alle Anforderungen erfüllt, um das Narrow escape problem in vitro zu testen. Insbesondere wurde das Reflexionsvermögen der Grenzen, die ungehinderte, freie Diffusion der Lipide und die Präzision der Fläche bewertet. Die beobachteten Ergebnisse der mittleren ersten Durchgangszeit stimmen mit der NEP-Theorie ̈uberein. Es besteht eine hervorragende ̈Ubereinstimmung sowohl bei den absoluten Werten als auch systematisch ̈uber einen Bereich von kleinen Fluchtöffnungsgrößen. Außerdem zeige ich eine einfache Methode, einen Korrekturfaktor, zur Berechnung der mittleren ersten Durchgangszeit aus unvollstandigen Lipid Trajektorien des Experimentes. Indem ich die mittlere erste Durchgangszeit auf den Anteil der entkommenen Par- tikel skalierte, konnte ich die Einschränkungen der Lebensdauer von fluoreszenten Farbstoffen ausgleichen. Mit dieser Technik werden bisher unzugängliche Messungen der mittleren ersten Durchgangszeit auf der Grundlage von fluoreszenten Farbstoffen möglich. In einem umfassenden Ansatz wurden die in vitro-Experimente durch verschiedene in silico-Experimente ergänzt. Letztere basierten auf Random- Walk-Simulationen in Scheiben, die die in vitro-Situation mit ihren Unsicherheiten nachahmten. Die Lebensdauer einzelner Partikel wurde entweder so lang angesetzt, dass alle Partikel entkommen konnten, oder sie wurde so angepasst, dass sie den in den in vitro-Experimenten beobachteten Lebensdauerbeschränkungen entsprach. Ein Vergleich der mittleren ersten Durchgangszeit von unsterblichen Partikeln mit den korrigierten, lebensdauerbegrenzten Partikeln hat die Verwendung des Korrekturfaktors bestätigt. In ̈Ubereinstimmung mit der Narrow Escape Theorie wurde experimentell festgestellt, dass die mittlere erste Durchgangszeit unabhängig vom Startpunkt des Teilchens innerhalb der Domäne ist. Dies ist dann der Fall, wenn das Teilchen einen Mindestabstand zur Austrittsstelle einhält. Im Allgemeinen bilden die vorgestellten Random-Walk-Simulationen die in dieser Studie durchgeführten Experimente genau ab. Die erforderliche Hardware für die Einrichtung eines auf Astigmatismus basierenden 3D-Systems wurde in ein vorhandenes Mikroskop eingebaut. Erste Versuche, die gewonnenen 3D-Bilddaten zu analysieren, gaben einen Einblick in das Potenzial der Methode zur Untersuchung der Moleküldynamik im lebenden Trypanosom. Die volle Funktionalität wird mit der laufenden Verbesserung der Bildanalyse außerhalb dieser Arbeit realisiert werden. Ein Teil der Ergebnisse und Methoden dieser Dissertation wurde zur Veröffentlichung unter dem Titel ’Experiments in micro-patterned model membranes support the narrow escape theory’ eingereicht. KW - Freies Molekül KW - Kolloid KW - Bimolekulare Lipidschicht KW - Mikroskopie KW - Brownsche Bewegung KW - Narrow escape problem KW - mean first passage time KW - single-molecule localization microscopy KW - single particle tracking KW - Random-walk simulations Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-319650 ER - TY - JOUR A1 - Maloukh, Lina A1 - Nazzal, Yousef A1 - Kumarappan, Alagappan A1 - Howari, Fares A1 - Ambika, Lakshmi Kesari A1 - Yahmadi, Rihab A1 - Sharma, Manish A1 - Iqbal, Jibran A1 - Al-Taani, Ahmed A. A1 - Salem, Imen Ben A1 - Xavier, Cijo M. A1 - Naseem, Muhamad T1 - Metagenomic analysis of the outdoor dust microbiomes: a case study from Abu Dhabi, UAE JF - Atmosphere N2 - Outdoor dust covers a shattered range of microbial agents from land over transportation, human microbial flora, which includes pathogen and commensals, and airborne from the environment. Dust aerosols are rich in bacterial communities that have a major impact on human health and living environments. In this study, outdoor samples from roadside barricades, safety walls, and fences (18 samples) were collected from Abu Dhabi, UAE and bacterial diversity was assessed through a 16S rRNA amplicon next generation sequencing approach. Clean data from HiSeq produced 1,099,892 total reads pairs for 18 samples. For all samples, taxonomic classifications were assigned to the OTUs (operational taxonomic units) representative sequence using the Ribosomal Database Project database. Analysis such as alpha diversity, beta diversity, differential species analysis, and species relative abundance were performed in the clustering of samples and a functional profile heat map was obtained from the OTUs by using bioinformatics tools. A total of 2814 OTUs were identified from those samples with a coverage of more than 99%. In the phylum, all 18 samples had most of the bacterial groups such as Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes. Twelve samples had Propionibacteria acnes and were mainly found in RD16 and RD3. Major bacteria species such as Propionibacteria acnes, Bacillus persicus, and Staphylococcus captis were found in all samples. Most of the samples had Streptococcus mitis, Staphylococcus capitis. and Nafulsella turpanensis and Enhydrobacter aerosaccus was part of the normal microbes of the skin. Salinimicrobium sp., Bacillus alkalisediminis, and Bacillus persicus are halophilic bacteria found in sediments. The heat map clustered the samples and species in vertical and horizontal classification, which represents the relationship between the samples and bacterial diversity. The heat map for the functional profile had high properties of amino acids, carbohydrate, and cofactor and vitamin metabolisms of all bacterial species from all samples. Taken together, our analyses are very relevant from the perspective of out-door air quality, airborne diseases, and epidemics, with broader implications for health safety and monitoring. KW - dust microbiomes KW - metagenomics KW - microbial diversity KW - pollution KW - GIS Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-304391 SN - 2073-4433 VL - 14 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Moustafa, Moataz A. M. A1 - Fouad, Eman A. A1 - Ibrahim, Emad A1 - Erdei, Anna Laura A1 - Kárpáti, Zsolt A1 - Fónagy, Adrien T1 - The comparative toxicity, biochemical and physiological impacts of chlorantraniliprole and indoxacarb on Mamestra brassicae (Lepidoptera: Noctuidae) JF - Toxics N2 - Background: The cabbage moth, Mamestra brassicae, is a polyphagous pest that attacks several crops. Here, the sublethal and lethal effects of chlorantraniliprole and indoxacarb were investigated on the developmental stages, detoxification enzymes, reproductive activity, calling behavior, peripheral physiology, and pheromone titer of M. brasssicae. Methods: To assess pesticide effects, the second instar larvae were maintained for 24 h on a semi-artificial diet containing insecticides at their LC\(_{10}\), LC\(_{30}\), and LC\(_{50}\) concentrations. Results: M. brassicae was more susceptible to chlorantraniliprole (LC\(_{50}\) = 0.35 mg/L) than indoxacarb (LC\(_{50}\) = 1.71 mg/L). A significantly increased developmental time was observed with both insecticides at all tested concentrations but decreases in pupation rate, pupal weight, and emergence were limited to the LC50 concentration. Reductions in both the total number of eggs laid per female and the egg viability were observed with both insecticides at their LC\(_{30}\) and LC\(_{50}\) concentrations. Both female calling activity and the sex pheromone (Z11-hexadecenyl acetate and hexadecenyl acetate) titer were significantly reduced by chlorantraniliprole in LC\(_{50}\) concentration. Antennal responses of female antennae to benzaldehyde and 3-octanone were significantly weaker than controls after exposure to the indoxocarb LC\(_{50}\) concentration. Significant reductions in the enzymatic activity of glutathione S-transferases, mixed-function oxidases, and carboxylesterases were observed in response to both insecticides. KW - toxicity KW - sublethal effects KW - chlorantraniliprole KW - indoxacarb KW - Mamestra brassicae Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-303931 SN - 2305-6304 VL - 11 IS - 3 ER -