TY - THES A1 - Flegler, Vanessa Judith T1 - Application of electron cryomicroscopy for structural and functional studies on the mechanosensitive channels of small conductance T1 - Kryoelektronenmikroskopie zur strukturellen und funktionellen Untersuchung der mechanosensitiven Kanäle kleiner Leitfähigkeit N2 - Bacteria thrive and survive in many different environments, and as a result, they have developed robust mechanisms to adapt rapidly to alterations in their surroundings. The protection against osmotic forces is provided by mechanosensitive channels: their primary function is to maintain the integrity of the cell upon a hypoosmotic shock. The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) is not only the smallest common structural unit of a diverse family that allows for a tailored response in osmoregulation; it is also the most intensively studied homologue. Mechanosensitive channels directly sense elevated membrane tension levels generated by increased pressure within the cell and open transiently. Escherichia coli has six paralogues that differ in their gating properties and the number of additional transmembrane (TM) helices. These TM helices, termed sensor paddles, are essential for sensing, as they directly contact the surrounding membrane; however, the role of the additional TM helices is still unclear. Furthermore, lipids occupy hydrophobic pockets far away from the membrane plane. A recent gating model for MscS states that increased membrane tension triggers the expulsion of lipids out of those pockets, modulating different conformational states of MscS. This model focuses on bound lipids, but it is still unclear to what extent the direct interaction with the membrane influences sensing and how relevant it is for the larger paralogues. In the herein described work, structural studies on two larger paralogues, the medium-sized channel YnaI and the large channel YbiO were realised using electron cryomicroscopy (cryo-EM). Lipids were identified in YnaI in the pockets in a similar position and orientation as in MscS, suggesting a conserved sensing mechanism. Moreover, the copolymer diisobutylene/maleic acid (DIBMA) allowed the extraction of artificially activated YnaI from plasma membranes, leading to an open-like form of this channel. This novel conformation indicated that the pore helices bend at a GGxGG motif during gating, which is unique among the Escherichia coli paralogues, concomitant with a structural reorganisation of the sensor paddles. Thus, despite a high similarity of their closed states, the gating mechanisms of MscS and YnaI are surprisingly different. Furthermore, the comparison of MscS, YnaI, and YbiO accentuates variations and similarities between the differently sized family members, implying fine-tuning of channel properties in the pore regions and the cytosolic lateral entry sides into the channel. Structural analyses of MscS reconstituted into different systems showed the advantages and disadvantages of certain polymers and detergents. The novel DIBMA copolymer and the more conventional amphiphilic polymers, so-called Amphipols, perturb contacting transmembrane helices or lead to their denaturation. Due to this observation, the obtained structures of YnaI must also be cautiously considered. The structures obtained in detergents resulted in unaffected channels; however, the applicability of detergents for MscS-like channels is limited by the increased required sample concentration. The role of lipids for gating MscS in the absence of a membrane was examined by deliberately removing coordinated lipid molecules from MscS using different amounts and kinds of detergent. The effects on the channel were inspected by cryo-EM. These experiments showed that closed MscS adopts the open conformation when it is enough delipidated by incubation with the detergent n-dodecyl-β-D-maltoside, and adding lipids to the open channel reverses this process. The results agree with the state-of-the-art model that the amount of lipid molecules in the pockets and grooves is responsible for the conformational state of MscS. Furthermore, incubation with the detergent lauryl maltose neopentyl glycol, which has stabilising and delipidating characteristics, resulted in a high-resolution structure of open MscS exhibiting an intricate network of ligands. Based on this structure, an updated gating model is proposed, which states that upon opening, lipids from the pockets migrate into the cytosolic membrane leaflet, while lipids from the periplasmic leaflet enter the grooves that arise between the sensor paddles. N2 - Bakterien gedeihen und überleben in vielen unterschiedlichen Umgebungen. Daher haben sie robuste Mechanismen entwickelt, um sich rasch an Veränderungen in ihrer Umgebung anzupassen. Den Schutz vor osmotischen Kräften gewährleisten mechanosensitive Kanäle: Ihre Hauptfunktion besteht darin, die Unversehrtheit der Zelle bei einem hypoosmotischen Schock zu erhalten. Der mechanosensitive Kanal geringer Leitfähigkeit (mechanosensitive channel of small conductance, MscS) stellt nicht nur die kleinste gemeinsame Struktureinheit einer Familie von Kanälen dar, die eine maßgeschneiderte Antwort auf hypoosmotischen Stress ermöglicht; er ist auch das intensivste untersuchte Familienmitglied. Mechanosensitive Kanäle registrieren erhöhte Membranspannungen, die durch steigenden Druck innerhalb der Zelle entstehen, und öffnen vorübergehend. In Escherichia coli gibt es sechs paraloge Kanäle, die sich in ihren Öffnungs-Eigenschaften und der Anzahl zusätzlicher transmembranen Helices unterscheiden. Diese Helices, die als sensor paddles bezeichnet werden, sind für das Erfassen ansteigender Membranspannung unerlässlich, da sie direkt mit der umgebenden Membran in Kontakt stehen; die Rolle der zusätzlichen transmembranen Helices ist jedoch noch nicht geklärt. Außerdem sitzen Lipide in hydrophoben Taschen weit entfernt von der Membran. Ei kürzlich vorgeschlagenes Öffnungs-Modell für MscS besagt, dass eine erhöhte Membranspannung zum Ausstoß der Lipide aus diesen Taschen führt, wodurch verschiedene Konformationszustände von MscS moduliert werden. Dieses Modell konzentriert sich auf die Rolle der Lipide, aber es ist noch immer unklar, inwieweit die direkte Wechselwirkung mit der Membran das Wahrnehmen der Membranspannung beeinflusst und welche Bedeutung sie für die größeren paralogen Kanäle hat. In der vorliegenden Arbeit wurden Strukturstudien an zwei größeren paralogen Kanälen, dem mittelgroßen Kanal YnaI und dem großen Kanal YbiO, mittels Kryoelektronenmikroskopie (Kryo-EM) durchgeführt. In YnaI wurden Lipide in den Taschen in ähnlicher Position und Ausrichtung wie in MscS gefunden, was auf einen konservierten Mechanismus zur Wahrnehmung der Membranspannung schließen lässt. Darüber hinaus ermöglichte das Copolymer Diisobutylen/Maleinsäure (DIBMA) die Isolation von artifiziell aktiviertem YnaI aus Plasmamembranen, was zur Struktur einer anscheinend offenen Form dieses Kanals führte. Diese neuartige Konformation deutet darauf hin, dass sich die Porenhelices während des Öffnens im Bereich eines GGxGG-Motiv biegen, das unter den paralogen Kanälen von Escherichia coli einzigartig ist und mit einer strukturellen Reorganisation der sensor paddles einhergeht. Trotz der großen Ähnlichkeit ihrer geschlossenen Zustände sind die Öffnungs-Mechanismen von MscS und YnaI also überraschend unterschiedlich. Darüber hinaus zeigte der Vergleich von MscS, YnaI und YbiO Unterschiede und Gemeinsamkeiten zwischen den unterschiedlich großen Familienmitgliedern. Diese Erkenntnissse deuten auf eine Feinabstimmung der Kanaleigenschaften im Bereich der Pore und an den zytosolischen seitlichen Eingängen der Kanäle hin. Strukturanalysen von MscS, in verschiedene Systeme rekonstituiert, zeigten die Vor- und Nachteile von ausgewählten Polymeren und Detergenzien. Das neuartige DIBMA-Copolymer und herkömmlichere amphiphile Polymere, die sogenannten Amphipole, stören die kontaktierenden transmembranen Helices oder führen zu deren Denaturierung. Im Zuge dieser Beobachtung müssen auch die erhaltenen Strukturen von YnaI vorsichtig betrachtet werden. Die in Detergenzien erhaltenen Strukturen zeigen unbeeinträchtigte Kanäle; die Anwendbarkeit von Detergenzien für MscS-ähnliche Kanäle wird jedoch durch die erhöhte erforderliche Proteinkonzentration eingeschränkt. Die Rolle der Lipide für das Öffnen von MscS wurde in Abwesenheit einer Membran untersucht, indem koordinierte Lipidmoleküle mit verschiedenen Mengen und Arten von Detergenzien bewusst von MscS entfernt wurden. Die Auswirkungen auf den Kanal wurden mittels Kryo-EM untersucht. Dabei zeigte sich, dass die geschlossene Form von MscS in die offene Konformation übergeht, wenn es durch Inkubation mit dem Detergenz n-Dodecyl-β-D-Maltosid ausreichend delipidiert wird, und dass die Zugabe von Lipiden zum offenen Kanal diesen Prozess wieder umkehrt. Die Ergebnisse stimmen mit dem Öffnungs-Modell überein, das besagt, dass die Menge der Lipidmoleküle in den Taschen und Furchen für den Konformationszustand von MscS verantwortlich ist. Darüber hinaus führte die Inkubation mit dem Detergenz Laurylmaltose-neopentylglykol, das sowohl stabilisierende als auch delipidierende Eigenschaften hat, zu einer hochaufgelösten Struktur des offenen MscS, die ein ausgeprägtes Netzwerk von Liganden zeigt. Auf der Grundlage dieser Struktur wird ein aktualisiertes Öffnungs-Modell vorgeschlagen, das besagt, dass bei der Öffnung Lipide aus den Taschen in die zytosolische Lipidschicht der Membran wandern, während Lipide aus der periplasmatischen Lipidschicht in die Furchen gelangen, die zwischen den sensor paddles entstehen. KW - mechanosensitive channels KW - electron cryomicroscopy KW - MscS KW - YnaI KW - protein-lipid interactions KW - delipidation KW - mechanosensing KW - electron microscopy Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-268979 ER - TY - THES A1 - Geissinger, Ulrike T1 - Vaccinia Virus-mediated MR Imaging of Tumors in Mice: Overexpression of Iron-binding Proteins in Colonized Xenografts T1 - Vaccinia Virus-vermittelte MR Bildgebung von Tumoren in Maeusen: Ueberexpression von Eisen-bindenden Proteinen in kolonisierten Heterotransplantaten N2 - Vaccinia virus plays an important role in human medicine and molecular biology ever since the 18th century after E. Jenner discovered its value as a vaccination virus against smallpox. After the successful eradication of smallpox, vaccinia virus, apart from its use as a vaccine carrier, is today mainly used as a viral vector in molecular biology and increasingly in cancer therapy. The capability to specifically target and destroy cancer cells makes it a perfect agent for oncolytic virotherapy. Furthermore, the virus can easily be modified by inserting genes encoding therapeutic or diagnostic proteins to be expressed within the tumor. The emphasis in this study was the diagnosis of tumors using different vaccinia virus strains. Viruses with metal-accumulating capabilities for tumor detection via MRI technology were generated and tested for their usefulness in cell culture and in vivo. The virus strains GLV-1h131, GLV-1h132, and GLV-1h133 carry the gene encoding the two subunits of the iron storage protein ferritin under the control of three different promoters. GLV-1h110, GLV-1h111, and GLV-1h112 encode the bacterial iron storage protein bacterioferritin, whereas GLV-1h113 encodes the codon-optimized version of bacterioferritin for more efficient expression in human cells. GLV-1h22 contains the transferrin receptor gene, which plays an important role in iron uptake, and GLV-1h114 and GLV-1h115 contain the murine transferrin receptor gene. For possibly better iron uptake the virus strains GLV-1h154, GLV-1h155, GLV-1h156, and GLV-1h157 were generated, each with a version of a ferritin gene and a transferrin receptor gene. GLV-1h154 carries the genes that encode bacterioferritin and human transferrin receptor, GLV-1h155 the human ferritin H-chain gene and the human transferrin receptor gene. GLV-1h156 and GLV-1h157 infected cells both express the mouse transferrin receptor and bacterioferritin or human ferritin H-chain, respectively. The virus strains GLV-1h186 and GLV-1h187 were generated to contain a mutated form of the ferritin light chain, which was shown to result in iron overload and the wildtype light chain gene, respectively. The gene encoding the Divalent Metal Transporter 1, which is a major protein in the uptake of iron, was inserted in the virus strain GLV-1h102. The virus strain GLV-1h184 contains the magA gene of the magnetotactic bacterium Magnetospirillum magnetotacticum, which produces magnetic nanoparticles for orientation in the earth’s magnetic field. Initially the infection and replication capability of all the virus strains were analyzed and compared to that of the parental virus strain GLV-1h68, revealing that all the viruses were able to infect cells of the human cancer cell lines A549 and GI-101A. All constructs exhibited a course of infection comparable to that of GLV-1h68. Next, to investigate the expression of the foreign proteins in GI-101A and A549 cells with protein analytical methods, SDS-gelelectrophoresis, Western blots and ELISAs were performed. The proteins, which were expressed under the control of the strong promoters, could be detected using these methods. To be able to successfully detect the protein expression of MagA and DMT1, which were expressed under the control of the weak promoter, the more sensitive method RT-PCR was used to at least confirm the transcription of the inserted genes. The determination of the iron content in infected GI-101A and A549 cells showed that infection with all used virus strains led to iron accumulation in comparison to uninfected cells, even infection with the parental virus strain GLV-1h68. The synthetic phytochelatin EC20 was also shown to enhance the accumulation of different heavy metals in bacterial cultures. In vivo experiments with A549 tumor-bearing athymic nude mice revealed that 24 days post infection virus particles were found mainly in the tumor. The virus-mediated expression of recombinant proteins in the tumors was detected successfully by Western blot. Iron accumulation in tumor lysates was investigated by using the ferrozine assay and led to the result that GLV-1h68-infected tumors had the highest iron content. Histological stainings confirmed the finding that iron accumulation was not a direct result of the insertion of genes encoding iron-accumulating proteins in the virus genome. Furthermore virus-injected tumorous mice were analyzed using MRI technology. Two different measurements were performed, the first scan being done with a seven Tesla small animal scanner seven days post infection whereas the second scan was performed using a three Tesla human scanner 21 days after virus injection. Tumors of mice injected with the virus strains GLV-1h113 and GLV-1h184 were shown to exhibit shortened T2 and T2* relaxation times, which indicates enhanced iron accumulation. In conclusion, the experiments in this study suggest that the bacterioferritin-encoding virus strain GLV-1h113 and the magA-encoding virus strain GLV-1h184 are promising candidates to be used for cancer imaging after further analyzation and optimization. N2 - Das Vaccinia Virus spielt in der Humanmedizin und Molekularbiologie eine wichtige Rolle seit E. Jenner im 18. Jahrhundert seinen Nutzen als Impfvirus entdeckt hat. Nach der erfolgreichen Ausrottung der Pocken, wird das Vaccinia Virus heutzutage neben der Anwendung als Impfstoffträger hauptsächlich als viraler Vektor in der Molekularbiologie und in zunehmendem Maße in der Krebstherapie verwendet. Die Fähigkeit Krebszellen gezielt zu zerstören, macht es zu einem perfekten Wirkstoff für die onkolytische Virotherapie. Des Weiteren kann das Virus durch das Inserieren von Genen, die für therapeutische oder diagnostische Proteine kodieren, und im Tumor exprimiert werden, modifiziert werden. Der Schwerpunkt dieser Arbeit war die Tumordiagnose mit Hilfe verschiedener Vaccinia Virusstämme. Viren mit der Fähigkeit, Metalle anzureichern wurden zur Tumordetektion mittels Kernspintomographie hergestellt und auf ihre Nutzbarkeit in Zellkultur und in vivo getestet. Die Virusstämme GLV-1h132, GLV-1h132 und GLV-1h133 tragen das Gen, welches für die zwei Untereinheiten des Eisenspeicherproteins Ferritin kodieren unter der Kontrolle von drei verschiedenen Promotoren. GLV-1h110, GLV-1h111, und GLV-1h112 tragen das Gen, welches für das bakterielle Eisenspeicherprotein Bacterioferritin kodiert, wohingegen das inserierte Gen in GLV-1h113 für die codon-optimierte Version dieses Proteins kodiert, die eine effizientere Expression in humanen Zellen ermöglichen soll. GLV-1h22 beinhaltet das Transferrin-Rezeptor-Gen, welches eine wichtige Rolle in der Eisenaufnahme spielt, und GLV-1h114 und GLV-1h115 beinhalten das murine Transferrin-Rezeptor-Gen. Für eine möglicherweise bessere Eisenaufnahme wurden die Virusstämme GLV-1h154, GLV-1h155, GLV-1h156 und GLV-1h157 mit je einer Version eines Ferritin-Gens und eines Transferrin-Rezeptor-Gens generiert. GLV-1h154 trägt die Gene, die für Bacterioferritin und den humanen Transferrin Rezeptor kodieren, GLV-1h155 trägt die Gene für die humane Ferritin H-Untereinheit und den humanen Transferrin Rezeptor. Zellen, die mit GLV-1h156 und GLV-1h157 infiziert wurden, exprimierten den Maus-Transferrin-Rezeptor und Bacterioferritin beziehungsweise die humane Ferritin-H-Untereinheit. Die Virusstämme GLV-1h186 und GLV-1h187 wurden mit einer mutierten Form der leichten Untereinheit von Ferritin, für die eine Überladung mit Eisen gezeigt wurde, beziehungsweise mit der leichten Untereinheit des wildtypischen Gens ausgestattet. Das Gen, das für den Divalenten Metal Transporter 1 kodiert, welches ein bedeutendes Protein für die Aufnahme von Eisen darstellt, wurde in den Virusstamm GLV-1h102 inseriert. Der Virusstamm GLV-1h184 trägt das magA Gen des magnetotaktischen Bakteriums Magnetospirillum magnetotacticum, welches magnetische Nanopartikel zur Orientierung im Erdmagnetfeld produziert. Zunächst wurde die Infektions- und Replikationsfähigkeit aller Viren analysiert und mit der des Ausgangsstammes GLV-1h68 verglichen, was zeigte, dass alle Viren in der Lage waren humane Krebszellen der Zelllinien GI-101A und A549 zu infizieren. Alle Konstrukte zeigten einen vergleichbaren Infektionsverlauf zu GLV-1h68. Als nächstes, um die Expression der fremden Proteine in GI-101A und A549 Zellen zu untersuchen, wurden SDS-Gelelektrophorese, Western Blots und ELISAs durchgeführt. Die Proteine, welche unter der Kontrolle von starken Promotoren exprimiert wurden, konnten mit diesen Methoden detektiert werden. Um die Expression von MagA und DMT1 zu detektieren, welche unter der Kontrolle des schwachen Promotors exprimiert wurden, wurde die sensitivere Methode RT-PCR angewendet, mit der zumindest die Transkription der Gene nachgewiesen werden konnte. Die Bestimmung des Eisengehaltes in infizierten GI-101A und A549 Zellen zeigte, dass die Infektion mit allen Viren im Vergleich zu uninfizierten Zellen zu einer Eisenanreicherung führte, sogar die Infektion mit dem Ausgangsstamm GLV-1h68. Für das synthetische Phytochelatin EC20 wurde auch eine Anhäufung von verschiedenen Schwermetallen in Bakterienkulturen gezeigt. In vivo Experimente mit A549 tumor-tragenden athymischen Nacktmäusen ergaben, dass Viruspartikel 24 Tage nach der Infektion hauptsächlich im Tumor gefunden wurden. Die von den Viren vermittelte Expression der rekombinanten Proteine in den Tumoren wurde erfolgreich mit Hilfe von Western Blots detektiert. Die Eisenansammlung in Tumorlysaten wurde mit dem Ferrozine Assay untersucht und führte zu dem Ergebnis, dass Tumore, die mit GLV-1h68 infiziert wurden, den höchsten Eisengehalt vorwiesen. Histologische Färbungen bestätigten die Erkenntnis, dass die Eisenansammlung nicht ein direktes Resultat der Insertion von eisenansammelnden Genen in das Virusgenom war. Darüberhinaus wurden tumortragende Mäuse, denen Virus injiziert wurde, mittels Kernspintomographie analysiert. Zwei verschiedene Messungen wurden durchgeführt, wobei die erste Messung sieben Tage nach Virusinjektion mit einem sieben Tesla Kleintier-Scanner durchgeführt wurde und die zweite Messung mit einem humanen drei Tesla Scanner 21 Tage nach Virusinjektion. Tumore von Mäusen, die mit den Virusstämmen GLV-1h113 und GLV-1h184 injiziert wurden, zeigten verkürzte T2- und T2*-Relaxationszeiten, was auf eine verbesserte Eisenakkumulation hinweist. Zusammenfassend deuten die Experimente dieser Studie darauf hin, dass der Virusstamm GLV-1h113, welcher für Bacterioferritin kodiert, und der Virusstamm GLV-1h184, welcher für MagA kodiert, nach weiterer Untersuchung und Optimierung vielversprechende Kandidaten für die Krebs Bildgebung sind. KW - Vaccinia-Virus KW - NMR-Tomographie KW - Tumor KW - Krebsbildgebung KW - Tumordetektion KW - Vaccinia Virus KW - Tumor detection KW - MRI Y1 - 2010 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-48099 ER - TY - JOUR A1 - Gentschev, Ivaylo A1 - Adelfinger, Marion A1 - Josupeit, Rafael A1 - Rudolph, Stephan A1 - Ehrig, Klaas A1 - Donat, Ulrike A1 - Weibel, Stephanie A1 - Chen, Nanhai G. A1 - Yu, Yong A. A1 - Zhang, Qian A1 - Heisig, Martin A1 - Thamm, Douglas A1 - Stritzker, Jochen A1 - MacNeill, Amy A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Preclinical Evaluation of Oncolytic Vaccinia Virus for Therapy of Canine Soft Tissue Sarcoma JF - PLoS One N2 - Virotherapy using oncolytic vaccinia virus (VACV) strains is one promising new strategy for canine cancer therapy. In this study we describe the establishment of an in vivo model of canine soft tissue sarcoma (CSTS) using the new isolated cell line STSA-1 and the analysis of the virus-mediated oncolytic and immunological effects of two different Lister VACV LIVP1.1.1 and GLV-1h68 strains against CSTS. Cell culture data demonstrated that both tested VACV strains efficiently infected and destroyed cells of the canine soft tissue sarcoma line STSA-1. In addition, in our new canine sarcoma tumor xenograft mouse model, systemic administration of LIVP1.1.1 or GLV-1h68 viruses led to significant inhibition of tumor growth compared to control mice. Furthermore, LIVP1.1.1 mediated therapy resulted in almost complete tumor regression and resulted in long-term survival of sarcoma-bearing mice. The replication of the tested VACV strains in tumor tissues led to strong oncolytic effects accompanied by an intense intratumoral infiltration of host immune cells, mainly neutrophils. These findings suggest that the direct viral oncolysis of tumor cells and the virus-dependent activation of tumor-associated host immune cells could be crucial parts of anti-tumor mechanism in STSA-1 xenografts. In summary, the data showed that both tested vaccinia virus strains and especially LIVP1.1.1 have great potential for effective treatment of CSTS. KW - breast-tumors KW - animal-model KW - nude-mice KW - cell-line KW - in-vitro KW - glv-1h68 KW - cancer KW - virotherapy KW - dogs KW - neutrophils Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-129998 VL - 7 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Gentschev, Ivaylo A1 - Müller, Meike A1 - Adelfinger, Marion A1 - Weibel, Stephanie A1 - Grummt, Friedrich A1 - Zimmermann, Martina A1 - Bitzer, Michael A1 - Heisig, Martin A1 - Zhang, Qian A1 - Yu, Yong A. A1 - Chen, Nanhai G. A1 - Stritzker, Jochen A1 - Lauer, Ulrich M. A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Efficient Colonization and Therapy of Human Hepatocellular Carcinoma (HCC) Using the Oncolytic Vaccinia Virus Strain GLV-1h68 JF - PLOS ONE N2 - Virotherapy using oncolytic vaccinia virus strains is one of the most promising new strategies for cancer therapy. In this study, we analyzed for the first time the therapeutic efficacy of the oncolytic vaccinia virus GLV-1h68 in two human hepatocellular carcinoma cell lines HuH7 and PLC/PRF/5 (PLC) in cell culture and in tumor xenograft models. By viral proliferation assays and cell survival tests, we demonstrated that GLV-1h68 efficiently colonized, replicated in, and did lyse these cancer cells in culture. Experiments with HuH7 and PLC xenografts have revealed that a single intravenous injection (i.v.) of mice with GLV-1h68 resulted in a significant reduction of primary tumor sizes compared to uninjected controls. In addition, replication of GLV-1h68 in tumor cells led to strong inflammatory and oncolytic effects resulting in intense infiltration of MHC class II-positive cells like neutrophils, macrophages, B cells and dendritic cells and in up-regulation of 13 pro-inflammatory cytokines. Furthermore, GLV-1h68 infection of PLC tumors inhibited the formation of hemorrhagic structures which occur naturally in PLC tumors. Interestingly, we found a strongly reduced vascular density in infected PLC tumors only, but not in the non-hemorrhagic HuH7 tumor model. These data demonstrate that the GLV-1h68 vaccinia virus may have an enormous potential for treatment of human hepatocellular carcinoma in man. KW - Breast-tumors KW - Nude-mice KW - In-vivo KW - Cancer KW - Inhibitor KW - Tissue KW - Agent KW - COX-2 Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-135319 VL - 6 IS - 7 ER - TY - JOUR A1 - Gentschev, Ivaylo A1 - Patil, Sadeep S. A1 - Petrov, Ivan A1 - Cappello, Joseph A1 - Adelfinger, Marion A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Oncolytic Virotherapy of Canine and Feline Cancer JF - Viruses N2 - Cancer is the leading cause of disease-related death in companion animals such as dogs and cats. Despite recent progress in the diagnosis and treatment of advanced canine and feline cancer, overall patient treatment outcome has not been substantially improved. Virotherapy using oncolytic viruses is one promising new strategy for cancer therapy. Oncolytic viruses (OVs) preferentially infect and lyse cancer cells, without causing excessive damage to surrounding healthy tissue, and initiate tumor-specific immunity. The current review describes the use of different oncolytic viruses for cancer therapy and their application to canine and feline cancer. KW - oncolytic virus KW - oncolysis KW - cancer KW - canine and feline cancer therapy Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-119753 VL - 6 IS - 5 ER - TY - JOUR A1 - Gerova, Milan A1 - Wicke, Laura A1 - Chihara, Kotaro A1 - Schneider, Cornelius A1 - Lavigne, Rob A1 - Vogel, Jörg T1 - A grad-seq view of RNA and protein complexes in Pseudomonas aeruginosa under standard and bacteriophage predation conditions JF - mbio N2 - The Gram-negative rod-shaped bacterium Pseudomonas aeruginosa is not only a major cause of nosocomial infections but also serves as a model species of bacterial RNA biology. While its transcriptome architecture and posttranscriptional regulation through the RNA-binding proteins Hfq, RsmA, and RsmN have been studied in detail, global information about stable RNA-protein complexes in this human pathogen is currently lacking. Here, we implement gradient profiling by sequencing (Grad-seq) in exponentially growing P. aeruginosa cells to comprehensively predict RNA and protein complexes, based on glycerol gradient sedimentation profiles of >73% of all transcripts and ∼40% of all proteins. As to benchmarking, our global profiles readily reported complexes of stable RNAs of P. aeruginosa, including 6S RNA with RNA polymerase and associated product RNAs (pRNAs). We observe specific clusters of noncoding RNAs, which correlate with Hfq and RsmA/N, and provide a first hint that P. aeruginosa expresses a ProQ-like FinO domain-containing RNA-binding protein. To understand how biological stress may perturb cellular RNA/protein complexes, we performed Grad-seq after infection by the bacteriophage ΦKZ. This model phage, which has a well-defined transcription profile during host takeover, displayed efficient translational utilization of phage mRNAs and tRNAs, as evident from their increased cosedimentation with ribosomal subunits. Additionally, Grad-seq experimentally determines previously overlooked phage-encoded noncoding RNAs. Taken together, the Pseudomonas protein and RNA complex data provided here will pave the way to a better understanding of RNA-protein interactions during viral predation of the bacterial cell. IMPORTANCE Stable complexes by cellular proteins and RNA molecules lie at the heart of gene regulation and physiology in any bacterium of interest. It is therefore crucial to globally determine these complexes in order to identify and characterize new molecular players and regulation mechanisms. Pseudomonads harbor some of the largest genomes known in bacteria, encoding ∼5,500 different proteins. Here, we provide a first glimpse on which proteins and cellular transcripts form stable complexes in the human pathogen Pseudomonas aeruginosa. We additionally performed this analysis with bacteria subjected to the important and frequently encountered biological stress of a bacteriophage infection. We identified several molecules with established roles in a variety of cellular pathways, which were affected by the phage and can now be explored for their role during phage infection. Most importantly, we observed strong colocalization of phage transcripts and host ribosomes, indicating the existence of specialized translation mechanisms during phage infection. All data are publicly available in an interactive and easy to use browser. KW - Grad-seq KW - Pseudomonas KW - UKZ KW - bacteriophage KW - infection KW - Pseudomonas aeruginosa KW - RNA-binding proteins KW - noncoding RNA KW - phage Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259054 VL - 12 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Gimple, Olaf T1 - Substratbindung und Katalyse in RNase P RNA vom cyanobakteriellen Typ T1 - Substrate recognition and catalysis of RNase P RNA of the cyanobacterial type N2 - Ribonuklease P (RNase P) ist eine essentielle Endonuklease, welche die 5'-Flanke von pre-tRNAs entfernt. Die RNase P RNA des Cyanobakteriums Prochlorococcus marinus ist in vitro katalytisch aktiv und bevorzugt in heterologen Prozessierungssystemen Substrate mit vollständigem 3’-CCA-Ende. Diese Substratspezifität widerspricht den Erwartungen, da tRNAs in P. marinus nicht mit dem CCA-Ende codiert sind und die RNase P RNA auch nicht das GGU-Bindungsmotiv für diese CCA-Enden aufweist. Um die Substratspezifität und Aufbau des Ribozym-Substrat-Komplex von P. marinus RNase P RNA im homologen System untersuchen zu können, wurden Transkriptionsklone für P. marinus pre- und mat-tRNAArgCCU konstruiert, mit denen nach entsprechender Restriktionshydrolyse Transkripte mit stufenweise verkürzten 3’-CCA-Ende synthetisiert werden können. Durch enzymkinetische Untersuchungen der Prozessierung durch P. marinus RNase P RNA wurde unter steady-state-Bedingungen für pre-tRNACCA eine Michaelis-Menten Konstante von 6,92 µM ermittelt. Die Entfernung von A76 und C75 des 3’-CCA-Endes führt zu einer Erhöhung der KM (7,13 µM bzw. 19,68µM). Diese Substrate werden folglich weniger stark gebunden, was sich auch in der freien Bindungsenthalpie von 0,02 und 0,65 kcal/mol ausdrückt. Die Entfernung des vollständigen 3’-CCA-Endes führt zu einer erheblichen Erniedrigung der KM (0,83µM) und zu einer energetisch begünstigten, stärkeren Substratbindung (–1,31 kcal/mol). P. marinus RNase RNase P RNA zeigt folglich bei der in vitro Prozessierung im homologen System unter steady-state-Bedingungen eine Substratspezifität für das Substrat mit deletiertem 3’-CCA-Ende. Durch die Methode des Crosslinking, die in dieser Arbeit etabliert und optimiert wurde, können RNA-Protein und RNA-RNA Interaktionen nachgewiesen werden. Mit ihr wurde die Bindung von Substrat und Produkt im Komplex mit der RNase P RNA untersucht. Durch interne Modifizierung der P. marinus RNase P RNA-Komponente mit dem photosensiblen Nukleotidanalogon s4U wurden Kontaktstellen in 5’-Flanke, Acceptor-Stamm, D-Stamm, D-Schleife, Anticodon-Schleife und in der variablen Schleife der P. marinus pre-tRNAArg identifiziert. Diese lokalisierten Kontaktstellen stehen denen in der 5’-Flanke, dem Acceptor-Stamm und der 3’-Flanke, wie sie für den Ribozym-Substrat-Komplex mit E. coli RNase P RNA identifiziert wurden, gegenüber. In P. marinus RNase P RNA werden folglich alternative Kontaktstellen zur Substratbindung benutzt. Mit Hilfe der hier überexprimierten E. coli Nukleotidyltransferase, konnte pre- und mat-tRNAArg durch eine neue Synthesestrategie am 3’-CCA-Ende mit dem Crosslink-Reagenz Azidophenacyl (APA) modifiziert werden. Durch die Positionierung von APA am 5’-Terminus von pre- und mat-tRNAArg wurden weitere modifizierte tRNAs synthetisiert. Durch Crosslink-Experimente im homologen P. marinus System mit diesen modifizierten pre- und mat-tRNAArg-Varianten wurden die selben Regionen des katalytischen Zentrums (J18/2, Region P15/P16, J5/15) der RNase P RNA identifiziert, wie sie von E. coli und B. subtilis RNase P RNA bekannt sind. Dies bedeutet, dass die 5’-Flanke, die Prozessierungsstelle und das 3’-CCA-Ende der tRNAs auf einer vergleichbaren Oberfläche positioniert werden wie in anderen Ribozymen. Durch die fehlende Fixierung des 3’-CCA-Endes über Basenpaarungen mit dem GGU-Bindungsmotiv werden die tRNAs in P. marinus RNase P RNA weniger starr an das Ribozym gebunden und das 3’-CCA-Ende besitzt eine flexiblere Positionierung im Komplex mit dem Ribozym. Die Existenz unterschiedlicher Crosslink-Muster in P6, P18, J5/15 und J3/4 zeigt, dass pre-tRNAs und reife tRNAs durch verschiedene Modi an das P. marinus Ribozym gebunden werden. Die Identifizierung von vernetzten Nukleotiden in P15, J15/16, P16 und J16/15, die mit vergleichbaren modifizierten tRNAs in E. coli RNase P RNA nicht gefunden wurden, belegen, dass in P. marinus RNase P RNA ein anderer Produkt-Bindungs-Modus existiert als in E. coli. Erstmals konnten in dieser Arbeit auch zu erwartende Interaktionen mit dem katalytischen Zentrum identifiziert werden, die in bisherigen Crosslink-Experimenten in E. coli und B. subtilis RNase P RNA nicht oder nur geringfügig auftraten. Um die erhaltenen Ergebnisse besser veranschaulichen zu können, wurde mit dem Programm ERNA 3D ein Raumstrukturmodell für P. marinus RNase P RNA und tRNAArg erstellt. Die RNase P RNA der Cyanellen von Cyanophora paradoxa, ist in vitro katalytisch inaktiv. Um zu klären, ob die fehlende Ribozym-Aktivität dieser RNase P RNA auf eine fehlerhafte Substratbindung zurückzuführen ist, sollten Crosslink-Experimente mit den modifizierten P. marinus tRNAArg durchgeführt werden. Es konnte gezeigt werden, dass 5’- und 3’-modifizierte pre-tRNAs in C. paradoxa in einem anderen Modus gebunden werden, als durch die katalytisch aktive P. marinus RNase P RNA. N2 - Ribonuclease P (RNase P) is the essential endonuclease responsible for the removal of the 5’-flank of precursor tRNAs. The RNase P RNA from the cyanobacterium Prochlorococcus marinus shows in vitro catalytic activity and specificity for heterologous substrates containing the complete 3’-CCA end. This preference is in contrast to the fact that the P. marinus RNase P RNA does not possess the binding motif for the CCA terminus, which is not encoded in tRNA genes in this organism. To analyse the substrate specificity and architecture of the ribozyme-substrate-complex of P. marinus RNase P RNA in a homologous system, transcription clones for P. marinus pre- and mat-tRNAArg were generated to obtain different transcripts with stepwise shortened 3’-CCA ends. In the kinetic analysis of P. marinus RNase P RNA, the Michaelis constant (KM) for pre-tRNACCA was 6,92 µM, as determined under steady-state conditions. The subsequent deletion of A76 and C75 from the 3’-CCA end results in an increase of KM (7,13 µM and 19,69 µM, respectively). These substrates are bound less strongly, which is expressed in loss of binding energy (0,02 and 0,65 kcal/mol, respectively).The removal of the complete CCA end results in an considerable decrease of KM (0,83 µM) and an energetically favoured and stronger binding of substrate (–1,31 kcal/mol). In conclusion, in the homologous in vitro system, P. marinus RNase P RNA has a preference for substrate lacking the 3’-CCA end. The method of Crosslinking, which was established and optimised in this work, is generally used to determine RNA-protein and RNA-RNA interactions. This method was used to examine the binding of substrate and product in the complex composed with RNase P RNA. P. marinus RNase P RNA was internally modified with the photoinducible nucleotide analogue s4U. With this modified RNA, interactions of the 5’-flank, acceptor stem, D-stem and loop, anticodon loop and variable loop of pre-tRNAArg with RNase P RNA were detected. These contacts are in contrast to signals in the 5’-flank, acceptor stem and 3’-flank which have been identified in the ribozyme-substrate-complexes of E. coli RNase P RNA. Thus, in P. marinus RNase P RNA, alternative interactions are used for substrate binding. Using purified recombinant E. coli Nucleotidyltransferase, pre- and mat-tRNAArg were modified at the 3’-CCA end by a new strategy using the crosslink-reagent azidophenacyl (APA). Additional modified tRNAs were obtained by positioning the APA-reagent at the 5’-end. In the homologous P. marinus system, crosslinking experiments with the modified tRNAs identified the same regions of the catalytic centre (J18/2, region P15/P16, J5/15) which have been established in E. coli and B. subtilis RNase P RNA. This observation indicates that 5’-flank, cleavage site and 3’-CCA end are positioned on a similar surface, as in the other ribozymes. Due to the missing interaction between the GGU motif and the CCA end, tRNAs are bound less rigid to the ribozyme in P. marinus and the 3’-CCA end is more flexible in the complex. Different crosslink patterns in P6, P18, J5/15 and J3/4 indicate that pre-tRNAs and mat-tRNAs are bound in a different mode by P. marinus RNase P RNA. The identification of crosslinked nucleotides in P15, J15/16, P16 and J16/15 which are not observed with analogous modified tRNAs in E. coli RNase P RNA, show that a different mode of product binding exists in P. marinus RNase P RNA. For the first time, interactions within the catalytic centre could be identified which had been anticipated, but were only weakly detectable in the E. coli and B. subtilis RNase P RNAs. The crosslinks in P4, J3/4 and P3 are a distinctive feature, which is supported by mutational studies, phosphorothioate interference and NAIM analysis. To obtain a good visualization of the crosslinking results, a 3D-model of P. marinus RNase P RNA and tRNAArg was created with the program ERNA-3D. RNase P RNA from the cyanelles of Cyanophora paradoxa does not show catalytic activity in vitro. To establish whether the lack of substrate binding ability is the reason for the missing ribozyme activity, crosslinking experiments with the modified P. marinus tRNAArg were done. 5’- and 3’- modified pre-tRNAArg are bound by cyanelle RNase P RNA in a different mode than by the catalytically active P. marinus RNase P RNA. KW - Prochlorococcus marinus KW - Endoribonuklease P KW - Ribozym KW - RNase P KW - Ribozym KW - Substratbindung KW - RNase P KW - ribozyme KW - substrate binding Y1 - 2004 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-11283 ER - TY - JOUR A1 - Goncharova, Elena P. A1 - Ruzhenkova, Julia S. A1 - Petrov, Ivan S. A1 - Shchelkunov, Sergey N. A1 - Zenkova, Marina A. T1 - Oncolytic virus efficiency inhibited growth of tumour cells with multiple drug resistant phenotype in vivo and in vitro JF - Journal of Translational Medicine N2 - Background Tumour resistance to a wide range of drugs (multiple drug resistant, MDR) acquired after intensive chemotherapy is considered to be the main obstacle of the curative treatment of cancer patients. Recent work has shown that oncolytic viruses demonstrated prominent potential for effective treatment of diverse cancers. Here, we evaluated whether genetically modified vaccinia virus (LIVP-GFP) may be effective in treatment of cancers displaying MDR phenotype. Methods LIVP-GFP replication, transgene expression and cytopathic effects were analysed in human cervical carcinomas KB-3-1 (MDR−), KB-8-5 (MDR+) and in murine melanoma B-16 (MDR−), murine lymphosarcomas RLS and RLS-40 (MDR+). To investigate the efficacy of this therapy in vivo, we treated immunocompetent mice bearing murine lymphosarcoma RLS-40 (MDR+) (6- to 8-week-old female CBA mice; n = 10/group) or melanoma B-16 (MDR−) (6- to 8-week-old female C57Bl mice; n = 6/group) with LIVP-GFP (5 × 107 PFU of virus in 0.1 mL of IMDM immediately and 4 days after tumour implantation). Results We demonstrated that LIVP-GFP replication was effective in human cervical carcinomas KB-3-1 (MDR−) and KB-8-5 (MDR+) and in murine melanoma B-16 (MDR−), whereas active viral production was not detected in murine lymphosarcomas RLS and RLS-40 (MDR+). Additionally, it was found that in tumour models in immunocompetent mice under the optimized regimen intratumoural injections of LIVP-GFP significantly inhibited melanoma B16 (33 % of mice were with complete response after 90 days) and RLS-40 tumour growth (fourfold increase in tumour doubling time) as well as metastasis. Conclusion The anti-tumour activity of LIVP-GFP is a result of direct oncolysis of tumour cells in case of melanoma B-16 because the virus effectively replicates and destroys these cells, and virus-mediated activation of the host immune system followed by immunologically mediated destruction of of tumour cells in case of lymphosarcoma RLS-40. Thus, the recombinant vaccinia virus LIVP-GFP is able to inhibit the growth of malignant cells with the MDR phenotype and tumour metastasis when administered in the early stages of tumour development. KW - Multiple drug resistance KW - Vaccinia virus KW - Cancer KW - Human and murine cancer cells KW - Melanoma B16 KW - Oncolytic action KW - Virotherapy KW - Interleukin IL-6 KW - Immunotherapy Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-165714 VL - 14 IS - 241 ER - TY - JOUR A1 - Gowda, Madhu A1 - Godder, Kamar A1 - Kmieciak, Maciej A1 - Worschech, Andrea A1 - Ascierto, Maria-Libera A1 - Wang, Ena A1 - Francesco M., Marincola A1 - Manjili, Masoud H. T1 - Distinct signatures of the immune responses in low risk versus high risk neuroblastoma JF - Journal of Translational Medicine N2 - Background: Over 90% of low risk (LR) neuroblastoma patients survive whereas less than 30% of high risk (HR) patients are long term survivors. Age (children younger than 18 months old) is associated with LR disease. Considering that adaptive immune system is well developed in older children, and that T cells were shown to be involved in tumor escape and progression of cancers, we sought to determine whether HR patients may tend to show a signature of adaptive immune responses compared to LR patients who tend to have diminished T-cell responses but an intact innate immune response. Methods: We performed microarray analysis of RNA extracted from the tumor specimens of HR and LR patients. Flow cytometry was performed to determine the cellular constituents in the blood while multiplex cytokine array was used to detect the cytokine profile in patients' sera. A HR tumor cell line, SK-N-SH, was also used for detecting the response to IL-1 beta, a cytokines which is involved in the innate immune responses. Results: Distinct patterns of gene expression were detected in HR and LR patients indicating an active T-cell response and a diminished adaptive immune response, respectively. A diminished adaptive immune response in LR patients was evident by higher levels of IL-10 in the sera. In addition, HR patients had lower levels of circulating myeloid derived suppressor cells (MDSC) compared with a control LR patient. LR patients showed slightly higher levels of cytokines of the innate immune responses. Treatment of the HR tumor line with IL-1b induced expression of cytokines of the innate immune responses. Conclusions: This data suggests that adaptive immune responses may play an important role in the progression of HR disease whereas innate immune responses may be active in LR patients. KW - Neural precursor cells KW - Retinoic acid KW - Ifn-gamma KW - Progenitor cells KW - Breast-cancer KW - T-lymphocytes KW - IN-VIVO KW - Differentiation KW - Pathway KW - Activation KW - Neuroblastoma KW - innate immunity KW - adaptive immunity KW - prognostic biomarkers Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-135147 VL - 9 IS - 170 ER - TY - JOUR A1 - Grimm, Clemens A1 - Pelz, Jann-Patrick A1 - Schneider, Cornelius A1 - Schäffler, Katrin A1 - Fischer, Utz T1 - Crystal Structure of a Variant PAM2 Motif of LARP4B Bound to the MLLE Domain of PABPC1 JF - Biomolecules N2 - Eukaryotic cells determine the protein output of their genetic program by regulating mRNA transcription, localization, translation and turnover rates. This regulation is accomplished by an ensemble of RNA-binding proteins (RBPs) that bind to any given mRNA, thus forming mRNPs. Poly(A) binding proteins (PABPs) are prominent members of virtually all mRNPs that possess poly(A) tails. They serve as multifunctional scaffolds, allowing the recruitment of diverse factors containing a poly(A)-interacting motif (PAM) into mRNPs. We present the crystal structure of the variant PAM motif (termed PAM2w) in the N-terminal part of the positive translation factor LARP4B, which binds to the MLLE domain of the poly(A) binding protein C1 cytoplasmic 1 (PABPC1). The structural analysis, along with mutational studies in vitro and in vivo, uncovered a new mode of interaction between PAM2 motifs and MLLE domains. KW - PAM2w KW - PAM2 KW - PABC1 KW - MLLE domain KW - PABP KW - Poly(A) binding protein Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-207800 SN - 2218-273X VL - 10 IS - 6 ER -