TY - JOUR A1 - Gross, Henrik A1 - Hennard, Christine A1 - Masouris, Ilias A1 - Cassel, Christian A1 - Barth, Stephanie A1 - Stober-Grässer, Ute A1 - Mamiani, Alfredo A1 - Moritz, Bodo A1 - Ostareck, Dirk A1 - Ostareck-Lederer, Antje A1 - Neuenkirchen, Nils A1 - Fischer, Utz A1 - Deng, Wen A1 - Leonhardt, Heinrich A1 - Noessner, Elfriede A1 - Kremmer, Elisabeth A1 - Grässer, Friedrich A. T1 - Binding of the Heterogeneous Ribonucleoprotein K (hnRNP K) to the Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen 2 (EBNA2) Enhances Viral LMP2A Expression JF - PLoS One N2 - The Epstein-Barr Virus (EBV) -encoded EBNA2 protein, which is essential for the in vitro transformation of B-lymphocytes, interferes with cellular processes by binding to proteins via conserved sequence motifs. Its Arginine-Glycine (RG) repeat element contains either symmetrically or asymmetrically di-methylated arginine residues (SDMA and ADMA, respectively). EBNA2 binds via its SDMA-modified RG-repeat to the survival motor neurons protein (SMN) and via the ADMA-RG-repeat to the NP9 protein of the human endogenous retrovirus K (HERV-K (HML-2) Type 1). The hypothesis of this work was that the methylated RG-repeat mimics an epitope shared with cellular proteins that is used for interaction with target structures. With monoclonal antibodies against the modified RG-repeat, we indeed identified cellular homologues that apparently have the same surface structure as methylated EBNA2. With the SDMA-specific antibodies, we precipitated the Sm protein D3 (SmD3) which, like EBNA2, binds via its SDMA-modified RG-repeat to SMN. With the ADMA-specific antibodies, we precipitated the heterogeneous ribonucleoprotein K (hnRNP K). Specific binding of the ADMA-antibody to hnRNP K was demonstrated using E. coli expressed/ADMA-methylated hnRNP K. In addition, we show that EBNA2 and hnRNP K form a complex in EBV-infected B-cells. Finally, hnRNP K, when co-expressed with EBNA2, strongly enhances viral latent membrane protein 2A (LMP2A) expression by an unknown mechanism as we did not detect a direct association of hnRNP K with DNA-bound EBNA2 in gel shift experiments. Our data support the notion that the methylated surface of EBNA2 mimics the surface structure of cellular proteins to interfere with or co-opt their functional properties. KW - SM proteins KW - protein argentine methyltranserase KW - motor-neuron protein KW - RNA-polymerase-II KW - messenger RNA KW - C-MYC KW - gene expression KW - splicing factor KW - down regulation KW - living cells Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-133707 VL - 7 IS - 8 ER - TY - THES A1 - Götz, Silvia T1 - Zuo1 - ein neues G-Quadruplex-bindendes Protein in \(Saccharomyces\) \(cerevisiae\) T1 - Zuo1 - a novel G-quadruplex binding protein in \(Saccharomyces\) \(cerevisiae\) N2 - G-Quadruplex (G4)-Strukturen sind sehr stabile und polymorphe DNA und RNA Sekundärstrukturen mit einem konservierten Guanin-reichen Sequenzmotiv (G4-Motiv). Sie bestehen aus übereinander gestapelten planaren G-Quartetts, in denen je vier Guanine durch Wasserstoffbrückenbindungen zusammengehalten werden. Da G4-Motive in Eukaryoten an bestimmten Stellen im Genom angereichert vorkommen, wird angenommen, dass die Funktion von G4-Strukturen darin besteht, biologische Prozesse positiv oder negativ zu regulieren. Aufgrund der hohen thermodynamischen Stabilität von G4 Strukturen ist davon auszugehen, dass Proteine in die Faltung, Stabilisierung und Entfaltung dieser Nukleinsäure-Strukturen regulatorisch involviert sind. Bis heute wurden viele Proteine in der Literatur beschrieben, die G4-Strukturen entwinden können. Jedoch konnten bisher nur wenige Proteine identifiziert werden, die in vivo die Faltung fördern oder G4-Strukturen stabilisieren. Durch Yeast One-Hybrid (Y1H)-Screenings habe ich Zuo1 als neues G4 bindendes Protein identifiziert. In vitro Analysen bestätigten diese Interaktion und es stellte sich heraus, dass Zuo1 G4-Strukturen stabilisiert. Übereinstimmend mit den in vitro Daten konnte gezeigt werden, dass Zuo1 signifikant an G4-Motive im Genom von Saccharomyces ceresivisiae bindet. Genomweit überlappen G4-Motive, an die Zuo1 bindet, mit Stellen, an denen die DNA Replikation zum Stillstand kommt und vermehrt DNA Schäden vorkommen. Diese Ergebnisse legen nahe, dass Zuo1 eine Funktion während der DNA Reparatur oder in Zusammenhang mit dem Vorankommen der DNA Replikationsgabel hat, indem G4-Strukturen stabilisiert werden. Diese Hypothese wird außerdem durch genetische Experimente gestützt, wonach in Abwesenheit von Zuo1 die Genominstabilität zunimmt. Aufgrund dieser Daten war es möglich ein Model zu entwickeln, bei dem Zuo1 während der S-Phase G4-Strukturen bindet und stabilisiert wodurch die DNA Replikation blockiert wird. Diese Interaktion findet neben Stellen schadhafter DNA statt und unterstützt somit DNA Reparatur-Prozesse wie beispielsweise die Nukleotidexzisionsreparatur. Als weiteres potentielles G4-bindendes Protein wurde Slx9 in Y1H-Screenings identifiziert. In vitro Experimente zeigten zwar, dass Slx9 mit höherer Affinität an G4-Strukturen bindet im Vergleich zu anderen getesteten DNA Konformationen, jedoch wurde in S. cerevisiae genomweit keine signifikante Bindung an G4-Motive festgestellt. N2 - G-quadruplex (G4) structures are stable and polymorphic DNA and RNA secondary structures with a conserved Guanine-rich sequence motif (G4 motif). They consist of stacked planar G quartets that are held together by hydrogen bondings between four guanines. Because G4 motifs are enriched at specific sites in eukaryotic genomes, G4 structures are suggested to act as functional tools in the cell to regulate biological processes in a positive or negative manner. Considering the high thermodynamic stability of G4 structures it has been suggested that proteins regulate the formation, stabilization, and unfolding of this nucleic acid based structure. Up to now many proteins that unwind G4 structures have been described in the literature. But so far only a few proteins were identified that support the formation or stabilize G4 structures in vivo. Using yeast one-hybrid screenings, I identified Zuo1 as a novel G4-binding protein. In vitro studies confirmed this interaction and revealed that Zuo1 stabilizes G4 structures. In agreement with in vitro data I could show that Zuo1 binds significantly to G4 motifs in the S. cerevisiae genome. Genome-wide G4 motifs which are bound by Zuo1 overlap sites where DNA replication stalls and DNA damage is elevated. These results suggest that Zuo1 functions during the control of DNA repair or DNA replication fork progression by stabilization of G4 structures. This hypothesis is further supported by genetic assays showing that in the absence of Zuo1 genome instability is increased. On the basis of these data we propose a model in which Zuo1 binds and stabilizes G4 structures during S phase and by this block DNA replication. This interaction takes place near DNA damage sites and supports DNA repair processes such as nucleotide excision repair. Additionally, Slx9 was identified in Y1H screenings as a potential G4-binding protein. In vitro analyses showed that Slx9 interacts with higher affinity with G4 structures compared to other tested DNA conformations. However, no significant overlap with G4 motifs could be observed genome-wide in S. cerevisiae. KW - Saccharomyces cerevisiae KW - DNS-Bindungsproteine KW - DNS-Reparatur KW - DNA secondary structure KW - DNA Sekundärstruktur KW - Sekundärstruktur KW - Bäckerhefe Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-152158 ER - TY - THES A1 - Haake, Markus T1 - Stat6-vermittelte Genregulation in eukaryontischen Zellen T1 - Stat6 mediated gene regulation in eucariotic cells N2 - Der Transkriptionsfaktor Stat6 vermittelt zentrale Wirkungen von IL-4 und IL-13, die in der Pathologie atopischer Erkrankungen eine Rolle spielen. Seine Spezifität für diese beiden allergieassoziierten Cytokine ist eine wesentliche Motivation ihn näher zu untersuchen. In dieser Arbeit sollte mehr über die Funktion von Stat6 herausgefunden werden. Außerdem wurden Möglichkeiten untersucht dieses Verhalten zu beinflussen. Einen Schwerpunkt der Arbeit bildete die Regulation des Eotaxin-1-Promotors. Eotaxin-1 ist einer der stärksten Rekrutierungsfaktoren für Eosinophile, die eine zentrale Rolle bei der Immunpathologie allergischer Erkrankungen spielen. Mit Hilfe der Daten konnte eine neue Hypothese zur Regulation des Eotaxin-1-Promotors entwickelt werden. Zum Vergleich wurde mit der Untersuchung des Promotors eines weiteren Chemokins, des MCP-4, begonnen. In Zusammenarbeit mit Dr. Sascha Stolzenberger wurde ein Weg untersucht den Stat6-Signalweg zu hemmen. Dabei wurden mit Hilfe des Antennapedia-Peptides Stat6-Bindepeptide in die Zelle transportiert, um dort über eine kompetitive Hemmung die Signaltransduktion zu unterbinden. Ergebnis dieser Arbeiten ist ein hochspezifischer, aber nur transient wirkender Stat6 Inhibitor. Die Stat6/DNA-Wechselwirkung wurde mit der Magnetobead-Technik untersucht. Dabei werden Promotorfragmente an Magnetkügelchen gekoppelt und unter Ausnutzung der Magnetisierung an die DNA bindende Proteine isoliert und über SDS-PAGE/Immunoblotanalyse untersucht. Mit dem Verfahren konnte die Stat6-Bindung an acht verschiedene Promotoren nachgewiesen werden. In Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe Pallardy aus Paris wurde die Wechselwirkung von Stat6 mit dem Glucocorticoid-Rezeptor untersucht. Glucocorticoide kontrollieren Entzündungen und Interaktionen des aktivierten Rezeptors mit anderen Proteinen aus der Stat-Familie sind seit längerem bekannt. Wie in dieser Arbeit gezeigt wurde, interagiert Stat6 mit dem Glucocorticoidrezeptor unabhängig von einer Bindung an DNA. Zusätzlich wurde der Mucin-2-Promotor auf Stat6-Regulierung untersucht. Mucine sind wichtige Bestandteile des Schleimes. Verstärkte Schleim-Sekretion ist ein klinisches Symptom asthmatischer Erkrankungen und trägt zur Zerstörung der Lunge bei. Ein potentiell Stat6 reguliertes Fragment aus dem Mucinpromoter wurde mit Hilfe von PCR-Techniken isoliert und in Reportergenvektoren kloniert. N2 - The transcriptionfactor Stat6 mediates central effects of the interleukins (IL)-4 and -13, that play important roles in the pathology of Allergy and Asthma. The specificity of these both Allergy-associated cytokines is a strong motivation to investigate the detailed functions of Stat6 and to search for possibilities to influence the behaviour of this transcriptionfactor. The main focus of this work was the regulation of the Eotaxin-1-promoter. The Eotaxin-1 chemokine is one of the most potent recruiting factors for eosinophils, that play a central role in the immunopathology of allergic diseases. On the basis of these data a new model for the regulation was created. In addition to this the investigation of another chemokine promoter, the MCP-4-promoter, was started. In another part of this work a specific Stat6-binding-peptide to inhibit the IL-4 signaltransduction pathway was established. Using the Antennapedia-carrier-peptide allowed to shuttle Stat6-binding peptides into cells where they prevented Stat6 mediated signalling by competitive inhibition. Thus the Stat6-binding-peptide came out to be a transient Stat6 inhibitor with high specificity. The Stat6/DNA-interaction was investigated by DNA-pull-down assays with magnetobeads. Fragments of different promoters are linked to magnetobeads and by using magnetic forces the DNA binding proteins are isolated. This application was used to show Stat6-binding to 8 different promoters. Another subject of this work was the interaction of Stat6 with the glucocorticoid receptor. It is well known that glucocorticoids control inflammation and that the activated receptor interacts with different proteins of the Stat-family. In collaboration with the group of Marc Pallardy in Paris we were able to show that Stat6 interacts with the glucocorticoid receptor independently of DNA binding. In association with Stat6 the regulation of the Mucin-2-promoter seemed to be an interesting aspect. Mucins are essential components of mucus (slime). Enhanced mucus-secretion is a symptom of asthmatic diseases and contributes to the destruction of the lung. A potentially Stat6 regulated fragment was isolated by PCR-techniques and cloned into reportergene vectors. KW - Interleukin 4 KW - Interleukin 13 KW - Transkriptionsfaktor KW - Allergie KW - Signaltransduktion KW - Interleukin-4 KW - IL-4 KW - Stat6 KW - Allergie KW - Eotaxin KW - Signaltransduktion KW - interleukin-4 KW - IL-4 KW - Stat6 KW - Allergy KW - Eotaxin KW - signaltransduction Y1 - 2001 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-1181580 ER - TY - JOUR A1 - Haddad, Dana A1 - Chen, Chun-Hao A1 - Carlin, Sean A1 - Silberhumer, Gerd A1 - Chen, Nanhai G. A1 - Zhang, Qian A1 - Longo, Valerie A1 - Carpenter, Susanne G. A1 - Mittra, Arjun A1 - Carson, Joshua A1 - Au, Joyce A1 - Gonen, Mithat A1 - Zanzonico, Pat B. A1 - Szalay, Aladar A. A1 - Fong, Yuman T1 - Imaging Characteristics, Tissue Distribution, and Spread of a Novel Oncolytic Vaccinia Virus Carrying the Human Sodium Iodide Symporter JF - PLoS One N2 - Introduction: Oncolytic viruses show promise for treating cancer. However, to assess therapy and potential toxicity, a noninvasive imaging modality is needed. This study aims to determine the in vivo biodistribution, and imaging and timing characteristics of a vaccinia virus, GLV-1h153, encoding the human sodium iodide symporter (hNIS. Methods: GLV-1h153 was modified from GLV-1h68 to encode the hNIS gene. Timing of cellular uptake of radioiodide \(^{131}\)I in human pancreatic carcinoma cells PANC-1 was assessed using radiouptake assays. Viral biodistribution was determined in nude mice bearing PANC-1 xenografts, and infection in tumors confirmed histologically and optically via Green Fluorescent Protein (GFP) and bioluminescence. Timing characteristics of enhanced radiouptake in xenografts were assessed via \(^{124}\)I-positron emission tomography (PET). Detection of systemic administration of virus was investigated with both \(^{124}\)I-PET and 99m-technecium gamma-scintigraphy. Results: GLV-1h153 successfully facilitated time-dependent intracellular uptake of \(^{131}\)I in PANC-1 cells with a maximum uptake at 24 hours postinfection (P < 0.05). In vivo, biodistribution profiles revealed persistence of virus in tumors 5 weeks postinjection at 10\(^9\) plaque-forming unit (PFU)/gm tissue, with the virus mainly cleared from all other major organs. Tumor infection by GLV-1h153 was confirmed via optical imaging and histology. GLV-1h153 facilitated imaging virus replication in tumors via PET even at 8 hours post radiotracer injection, with a mean % ID/gm of 3.82 \(\pm\) 60.46 (P < 0.05) 2 days after intratumoral administration of virus, confirmed via tissue radiouptake assays. One week post systemic administration, GLV1h153-infected tumors were detected via \(^{124}\)I-PET and 99m-technecium-scintigraphy. Conclusion: GLV-1h153 is a promising oncolytic agent against pancreatic cancer with a promising biosafety profile. GLV-1h153 facilitated time-dependent hNIS-specific radiouptake in pancreatic cancer cells, facilitating detection by PET with both intratumoral and systemic administration. Therefore, GLV-1h153 is a promising candidate for the noninvasive imaging of virotherapy and warrants further study into longterm monitoring of virotherapy and potential radiocombination therapies with this treatment and imaging modality. KW - nude mice KW - pancreatic cancer KW - engineered measles-virus KW - positron-emission-tomography KW - malignant pleural mesothelioma KW - reporter gene KW - replicating adenovirus KW - NA/I symporter KW - breast cancer KW - viral therapy Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-130041 VL - 7 IS - 8 ER - TY - JOUR A1 - Haddad, Dana A1 - Chen, Nanhai G. A1 - Zhang, Qian A1 - Chen, Chun-Hao A1 - Yu, Yong A. A1 - Gonzalez, Lorena A1 - Carpenter, Susanne G. A1 - Carson, Joshua A1 - Au, Joyce A1 - Mittra, Arjun A1 - Gonen, Mithat A1 - Zanzonico, Pat B. A1 - Fong, Yuman A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Insertion of the human sodium iodide symporter to facilitate deep tissue imaging does not alter oncolytic or replication capability of a novel vaccinia virus JF - Journal of Translational Medicine N2 - Introduction: Oncolytic viruses show promise for treating cancer. However, to assess therapeutic efficacy and potential toxicity, a noninvasive imaging modality is needed. This study aimed to determine if insertion of the human sodium iodide symporter (hNIS) cDNA as a marker for non-invasive imaging of virotherapy alters the replication and oncolytic capability of a novel vaccinia virus, GLV-1h153. Methods: GLV-1h153 was modified from parental vaccinia virus GLV-1h68 to carry hNIS via homologous recombination. GLV-1h153 was tested against human pancreatic cancer cell line PANC-1 for replication via viral plaque assays and flow cytometry. Expression and transportation of hNIS in infected cells was evaluated using Westernblot and immunofluorescence. Intracellular uptake of radioiodide was assessed using radiouptake assays. Viral cytotoxicity and tumor regression of treated PANC-1tumor xenografts in nude mice was also determined. Finally, tumor radiouptake in xenografts was assessed via positron emission tomography (PET) utilizing carrier-free (124)I radiotracer. Results: GLV-1h153 infected, replicated within, and killed PANC-1 cells as efficiently as GLV-1h68. GLV-1h153 provided dose-dependent levels of hNIS expression in infected cells. Immunofluorescence detected transport of the protein to the cell membrane prior to cell lysis, enhancing hNIS-specific radiouptake (P < 0.001). In vivo, GLV-1h153 was as safe and effective as GLV-1h68 in regressing pancreatic cancer xenografts (P < 0.001). Finally, intratumoral injection of GLV-1h153 facilitated imaging of virus replication in tumors via (124)I-PET. Conclusion: Insertion of the hNIS gene does not hinder replication or oncolytic capability of GLV-1h153, rendering this novel virus a promising new candidate for the noninvasive imaging and tracking of oncolytic viral therapy. KW - Human Sodium/Iodide symporter KW - Reporter gene KW - NA+/I-symporter KW - Nude-mice KW - Cancer KW - In-Vivo KW - Expression KW - Therapy KW - Transporter KW - GLV-1H68 Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-140847 VL - 9 IS - 36 ER - TY - JOUR A1 - Haddad, Dana A1 - Socci, Nicholas A1 - Chen, Chun-Hao A1 - Chen, Nanhai G A1 - Zhang, Qian A1 - Carpenter, Susanne G A1 - Mittra, Arjun A1 - Szalay, Aladar A A1 - Fong, Yuman T1 - Molecular network, pathway, and functional analysis of-time dependent gene changes associated with pancreatic cancer susceptibility to oncolytic vaccinia virotherapy JF - Molecular Therapy — Oncolytics N2 - Background: Pancreatic cancer is a fatal disease associated with resistance to conventional therapies. This study aimed to determine changes in gene expression patterns associated with infection and susceptibility of pancreatic cancer cells to an oncolyticvaccinia virus, GLV-1h153, carrying the human sodium iodide symporter for deep tissue imaging of virotherapy. Methods: Replication and susceptibility of pancreatic adenocarcinoma PANC-1 cells to GLV-1h153 was confirmed with replication and cytotoxicity assays. PANC-1 cells were then infected with GLV-1h153 and near-synchronous infection confirmed via flow cytometry of viral-induced green fluorescent protein (GFP) expression. Six and 24 hours after infection, three samples of each time point were harvested, and gene expression patterns assessed using HG-U133A cDNA microarray chips as compared to uninfected control. Differentially expressed genes were identified using Bioconductor LIMMA statistical analysis package. A fold change of 2.0 or above was used as a cutoff, with a P value of 0.01. The gene list was then analyzed using Ingenuity Pathways Analysis software. Results: Differential gene analysis revealed a total of 12,412 up- and 11,065 downregulated genes at 6 and 24 hours postinfection with GLV-1h153 as compared to control. At 6 hours postinfection. A total of 139 genes were either up or downregulated >twofold (false discovery rate < 0.05), of which 124 were mapped by Ingenuity Pathway Analysis (IPA). By 24 hours postinfection, a total of 5,698 genes were identified and 5,563 mapped by IPA. Microarray revealed gene expression changes, with gene networks demonstrating downregulation of processes such as cell death, cell cycle, and DNA repair, and upregulation of infection mechanisms (P < 0.01). Six hours after infection, gene changes involved pathways such as HMGB-1, interleukin (IL)-2, IL-6, IL-8, janus kinase/signal tranducer and activator of transcription (JAK/STAT), interferon, and ERK 5 signaling (P < 0.01). By 24 hours, prominent pathways included P53- and Myc-induced apoptotic processes, pancreatic adenocarcinoma signaling, and phosphoinositide 3-kinase/v-akt murine thymoma vial oncogene homolog 1 (PI3/AKT) pathways. Conclusions: Our study reveals the ability to assess time-dependent changes in gene expression patterns in pancreatic cancer cells associated with infection and susceptibility to vaccinia viruses. This suggests that molecular assays may be useful to develop safer and more efficacious oncolyticvirotherapies and support the idea that these treatments may target pathways implicated in pancreatic cancer resistance to conventional therapies. KW - biochemistry Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-165855 VL - 3 ER - TY - THES A1 - Handoko, Lusy Lusiana T1 - Functional Characterization of IGHMBP2, the Disease Gene Product of Spinal Muscular Atrophy with Respiratory Distress Type 1 (SMARD1) T1 - Funktionelle Charakterisierung vom IGHMBP2, des Krankheitgenproduktes der Spinalen Muskelatrophie mit Atemnot Typ 1 N2 - Spinale Muskelatrophie mit Atemnot Type 1 (SMARD1) ist eine autosomal rezessive, neurodegenerative Erkrankung, die sich häufig schon im Säuglings- und Kleinkindalter manifestiert. Pathologisches Merkmal von SMARD1 ist eine frühe und akut einsetzende Atemnot und eine progrediente, zunächst distal betonte Muskelschwäche, die durch eine Lähmung des Zwerchfells und der Skelettmuskulatur aufgrund des Absterbens der motorischen Vordernhornzellen des Rückenmarks eintritt. SMARD1 ist eine monogene Krankheit, die durch Mutationen im Gen für das Immunoglobulin µ-bindende Protein 2“ (IGHMBP2) hervorgerufen wird. Obwohl Mutationen in IGHMBP2 ausschließlich die Degeneration von Motoneuronen auslösen, ist das Gen bei Menschen und Mäusen ubiquitär exprimiert. Deshalb scheint SMARD1 durch den Defekt eines „Haushaltsproteins“ statt eines Neuron-spezifischen Faktors verursacht zu werden. IGHMBP2 verfügt über eine N-terminale DEXDc-Helicase/ATPase-Domäne und gehört zur Superfamily 1 Helicase. Bislang war lediglich bekannt, dass das Protein in verschiedenen zellulären Aktivitäten wie DNA Replikation, Transkription und prä-mRNA Splicing zugewiesen wurde. Die präzise Funktion von IGHMBP2 in den obengenannten Prozessen, und damit auch die molekulare Ursache von SMARD1 sind jedoch noch völlig unklar. Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es daher, das IGHMBP2 Protein sowohl enzymatisch zu charakterisieren als auch den Prozess zu identifizieren, in dem dieses Protein in vivo agiert. Mit diesem Wissen sollten dann pathogene Mutanten von IGHMBP2 auf Defekte hin untersucht werden. Ein Schlüssel für diese Arbeit war die Gewinnung von rekombinantem, biologisch aktivem IGHMBP2 durch eine zweistufige Aufreinigungsstrategie. Dieses hochreine Enzym zeigte eine ATP-abhängige Helikaseaktivität, die sowohl doppelsträngige DNA als auch RNA mit einer 5’→3’ Direktionalität entwindet. Interessanterweise zeigte sich, dass dieses Enzym -im Gegensatz zu früheren Befunden- nahezu ausschließlich im Zytoplasma von Zellen lokalisiert ist. Darüber hinaus wiesen die Affinitätsaufreinigungsexperimente und Grossenfraktionierungsuntersuchungen daraufhin, dass IGHMBP2 ein Bestandteil des RNase-empfindlichen Komplexes ist, der als Ribosomen identifiziert wurde. IGHMBP2 interagiert primär mit 80S Monosomen, wobei das Protein mit beiden Untereinheiten in Kontakt steht. Hingegen ist IGHMBP2 an Polysomen nur in geringen Mengen zu finden. Diese Befunde deuten stark auf eine Rolle von IGHMBP2 bei der mRNA Verarbeitung am Ribosom hin, wobei noch unklar ist, ob es sich um translationsrelevante Prozesse handelt oder die mRNA-Stabilität beeinflusst. Die biochemische und enzymatische Charakterisierung von IGHMBP2 erlaubte erstmals Einblicke in den Pathomechanismus von SMARD1. In den folgenden Untersuchungen wurden die enzymatischen Aktivitäten der SMARD1-erregenden Ighmbp2 Mutante und ihre Assoziation mit ribosomalen Untereinheiten nachgeforscht. Interessanterweise konnten pathogene Missense-Mutanten von IGHMBP2 noch genauso gut wie das Wildtyp-Protein mit ribosomalen Untereinheiten wechselwirken. Jedoch inhibierten alle bisher getesteten Mutanten die RNA Helikaseaktivität, allerdings über unterschiedliche Mechanismen. Diese Daten weisen darauf hin, dass ein Defekt in den enzymatischen Aktivitäten des IGHMBP2 direkt mit der Pathogenese der SMARD1 korreliert. Des Weiteren lassen die im Rahmen dieser Arbeit erhaltenen Ergebnisse vermuten, dass SMARD1 durch Defekte in der zellularen Translationsmaschinerie entsteht. N2 - Spinal muscular atrophy with respiratory distress type 1 (SMARD1) is an autosomal recessive neuronal disorder in infants. The disease is marked by early onset of respiratory distress and predominantly distal muscle weakness, as consequences of diaphragmatic paralysis and progressive degeneration of  motor neurons in the spinal cord, respectively. Genetically, SMARD1 is caused by mutations in the single gene encoding Immunoglobulin µ-Binding Protein 2 (IGHMBP2). Despite the tissue specific degeneration observed in SMARD1 patients, the disease gene product IGHMBP2 is ubiquitously expressed in human and mouse tissues. Therefore, SMARD1 appears to be a motor neuron disease caused by the malfunction of a “housekeeping” protein, rather than a neuron specific factor. IGHMBP2 harbors an N-terminal DEXDc-type helicase/ATPase domain and has been classified as a member of the Superfamily 1 (SF1) of helicases. This protein has been assigned to various cellular activities such as DNA replication, pre-mRNA splicing and transcription. However its precise function in either process has remained elusive. The study presented here aimed at the enzymatic characterization of IGHMBP2, the identification of a specific cellular process to which IGHMBP2 is connected and the role of this factor in the pathophysiology of SMARD1. As a first step toward this end, a two-step purification strategy was established, which enabled the large-scale purification of properly folded and enzymatically active IGHMBP2. In vitro enzymatic studies using this recombinant protein defined IGHMBP2 as an ATP-dependent helicase that catalyzes unwinding of duplices composed of either DNA or RNA in a 5’→3’ direction. In contrast to previous reports, indirect immunofluorescence studies revealed a predominantly cytoplasmic localization of IGHMBP2. Size-fractionation studies and affinity-purification experiments further showed that IGHMBP2 is part of an RNase-sensitive macromolecular complex, which was identified as the ribosome. Interestingly, IGHMBP2 was abundantly detected in both subunits as well as to 80S ribosomes but only in small amounts in actively translating polysomes. These data strongly point to a role of IGHMBP2 in ribosomes-associated gene regulation control, such as in mRNA stabilization or mRNA translation. However, its precise function in those pathways remains to be identified. The biochemical and enzymatic characterization of IGHMBP2 allowed for the first time insights into the pathomechanism of SMARD1. SMARD1-causing pathogenic IGHMBP2 variants were investigated for their enzymatic activities and interaction with ribosomal subunits. Interestingly, among all missense mutations that have been tested thus far, none obstructs association with ribosomal subunits. However, these mutants exhibit specific defects in either the ATPase or RNA helicase activity or both. The data suggest that defects in the enzymatic activity of IGHMBP2 directly correlate with the pathogenesis of SMARD1. Furthermore, these data also raise the possibility that the disease SMARD1 is caused by alterations in the cellular translation machinery. KW - IGHMBP2 KW - SMARD1 KW - DSMA1 KW - Translation KW - RNA Helikase KW - IGHMBP2 KW - SMARD1 KW - DSMA1 KW - Translation KW - RNA Helicase Y1 - 2007 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-24984 ER - TY - INPR A1 - Hennig, Thomas A1 - Prusty, Archana B. A1 - Kaufer, Benedikt A1 - Whisnant, Adam W. A1 - Lodha, Manivel A1 - Enders, Antje A1 - Thomas, Julius A1 - Kasimir, Francesca A1 - Grothey, Arnhild A1 - Herb, Stefanie A1 - Jürges, Christopher A1 - Meister, Gunter A1 - Erhard, Florian A1 - Dölken, Lars A1 - Prusty, Bhupesh K. T1 - Selective inhibition of microRNA processing by a herpesvirus-encoded microRNA triggers virus reactivation from latency N2 - Herpesviruses have mastered host cell modulation and immune evasion to augment productive infection, life-long latency and reactivation thereof 1,2. A long appreciated, yet elusively defined relationship exists between the lytic-latent switch and viral non-coding RNAs 3,4. Here, we identify miRNA-mediated inhibition of miRNA processing as a novel cellular mechanism that human herpesvirus 6A (HHV-6A) exploits to disrupt mitochondrial architecture, evade intrinsic host defense and drive the latent-lytic switch. We demonstrate that virus-encoded miR-aU14 selectively inhibits the processing of multiple miR-30 family members by direct interaction with the respective pri-miRNA hairpin loops. Subsequent loss of miR-30 and activation of miR-30/p53/Drp1 axis triggers a profound disruption of mitochondrial architecture, which impairs induction of type I interferons and is necessary for both productive infection and virus reactivation. Ectopic expression of miR-aU14 was sufficient to trigger virus reactivation from latency thereby identifying it as a readily drugable master regulator of the herpesvirus latent-lytic switch. Our results show that miRNA-mediated inhibition of miRNA processing represents a generalized cellular mechanism that can be exploited to selectively target individual members of miRNA families. We anticipate that targeting miR-aU14 provides exciting therapeutic options for preventing herpesvirus reactivations in HHV-6-associated disorders like myalgic encephalitis/chronic fatigue syndrome (ME/CFS) and Long-COVID. KW - Herpesvirus KW - HHV-6 KW - miRNA processing KW - miR-30 KW - mitochondria KW - fusion and fission KW - type I interferon KW - latency KW - virus reactivation Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267858 UR - https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-820696/v1 ET - submitted version ER - TY - INPR A1 - Hennig, Thomas A1 - Prusty, Archana B. A1 - Kaufer, Benedikt A1 - Whisnant, Adam W. A1 - Lodha, Manivel A1 - Enders, Antje A1 - Thomas, Julius A1 - Kasimir, Francesca A1 - Grothey, Arnhild A1 - Herb, Stefanie A1 - Jürges, Christopher A1 - Meister, Gunter A1 - Erhard, Florian A1 - Dölken, Lars A1 - Prusty, Bhupesh K. T1 - Selective inhibition of miRNA 1 processing by a herpesvirus encoded miRNA N2 - Herpesviruses have mastered host cell modulation and immune evasion to augment productive infection, life-long latency and reactivation thereof 1,2. A long appreciated, yet elusively defined relationship exists between the lytic-latent switch and viral non-coding RNAs 3,4. Here, we identify miRNA-mediated inhibition of miRNA processing as a thus far unknown cellular mechanism that human herpesvirus 6A (HHV-6A) exploits to disrupt mitochondrial architecture, evade intrinsic host defense and drive the lytic-latent switch. We demonstrate that virus-encoded miR-aU14 selectively inhibits the processing of multiple miR-30 family members by direct interaction with the respective pri-miRNA hairpin loops. Subsequent loss of miR-30 and activation of the miR-30/p53/Drp1 axis triggers a profound disruption of mitochondrial architecture. This impairs induction of type I interferons and is necessary for both productive infection and virus reactivation. Ectopic expression of miR-aU14 triggered virus reactivation from latency, identifying viral miR-aU14 as a readily drugable master regulator of the herpesvirus lytic-latent switch. Our results show that miRNA-mediated inhibition of miRNA processing represents a generalized cellular mechanism that can be exploited to selectively target individual members of miRNA families. We anticipate that targeting miR-aU14 provides exciting therapeutic options for preventing herpesvirus reactivations in HHV-6-associated disorders. KW - Herpesvirus KW - HHV-6A KW - miRNA processing KW - miR-30 KW - mitochondria KW - fusion and fission KW - type I interferon KW - latency KW - virus reactivation Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-267862 ET - accepted version ER - TY - THES A1 - Herrmann, Thomas T1 - Sequenz-spezifische Interaktion des murinen präreplikativen Komplexes mit Origin-DNA T1 - Sequence specific interaction of the murine prereplicative Complex with origin DNA N2 - Mit Hilfe von in vivo ChIP-Experimenten identifizierten wir eine präRC Bindungsstelle von -2519 bis -2152 (Fragment B) innerhalb eines „origin of bidirectional replication (OBR)“ der 44 kb langen Maus-rDNA-Einheit. Diese Bindungsstelle befindet sich ungefähr 2,3 kb ubstream des Transkriptionsstartpunktes der RNA-Poymerase I. An dieser Bindungsstelle konnte in der G1-Phase der komplette ORC-Komplex sowie Geminin, MCM3 und -6 nachgewiesen werden. Für den G1/S-Phasenübergang deuten die Ergebnisse darauf hin, dass sich ORC6 und Geminin von Fragment B ablösen, während sich CDC6 und -45 an den ORC-Komplex anlagern. Mit Erreichen der S-Phase konnte gezeigt werden, dass sich CDC6 und -45 sowie ORC1 wieder ablösen und ein Core-Komplex von ORC2-5 sowie MCM3 und -6 gebunden bleibt. Außerdem konnte an Fragment B eine spezifische Bindung eines aus FM3A-Zellkernprotein angereicherten präRC-Komplexes (Komplex A) auch in vitro mit Hilfe von EMSA-Experimenten beobachtet werden. Die Bindungsaktivität von Komplex A an Fragment B konnte durch ATP verstärkt werden. N2 - Using chromatin immunoprecipitation assays (ChIP) we identified in vivo a preRC binding site located from -2519 to –2152 (fragment B) within a previously mapped origin of bidirectional replication of the murine rDNA locus located approximately 2.3 kb upstream of the transcription start site of RNA polymerase I. At this sequence, ORC1, -2, -3, -4, -5 -6 as well as Geminin, MCM3 and -6 are bound in G1 phase; at the G1/S transition also CDC6, and -45 interact whereas ORC6 as well as Geminin dissociates. In S phase, ORC1, CDC6 and -45 are released from the preRC. We have reproduced an ATP-dependent assembly of the preRC at origin DNA in vitro using EMSA-Experiments with partially purified proteins from murine nuclear extracts. KW - Maus KW - Zellzyklus KW - Replikation KW - Replikationsursprung KW - präRC KW - Zellzyklus KW - ATP-Abhängigkeit KW - Maus KW - Origin of Recognition KW - preRC KW - Cell cycle KW - ATP-dependent KW - murine KW - Origin of Recognition Y1 - 2004 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-11241 ER - TY - THES A1 - Heubeck, Christian T1 - Zusammensetzung eukaryotischer RNase P aus pflanzlichen Zellkernen und Plastiden T1 - Composition of RNase P from plant nuclei and plastids N2 - Ribonuklease P (RNaseP) ist eine essentielle Endonuklease, welche die 5'-Flanke von pre-tRNAs entfernt. In nahezu allen bisher untersuchten Organismen und Organellen besteht das Holoenzym aus einer RNA-Untereinheit und einer Protein-Komponente. Nur die Zusammensetzung des Enzyms in den Chloroplasten und Mitochochondrien mehrzelliger Eukaryonten scheint unklar. Eine RNA-Untereinheit konnte hier bis jetzt nicht nachgewiesen werden. Um den Aufbau der RNaseP aus photosynthetischen Organellen zu klären, wurde die RNaseP aus den Cyanellen von Cyanophora paradoxa untersucht. Das Enzym enthält eine RNA, welche im Gegensatz zu bakteriellen RNaseP-RNAs nicht in der Lage ist, die pre-tRNA-Prozessierung unter invitro-Bedingungen durchzuführen, obwohl sie eindeutig dem cy- anobakteriellen Strukturtyp zugeordnet werden kann. Die Cyanellen-RNaseP-RNA aus C.paradoxa kann mit rekombinanten cyanobakteriellen RNaseP-Proteinen zum katalytisch aktiven Holoenzym rekonstituiert werden. Das Einführen der hochkonservierten Nukleotide G22 und G213 in die Cyanellen-RNaseP-RNA führt nicht zu signifikanten Unterschieden im Prozessierungsverhalten des heterologen Holoenzyms. Durch Mutationsanalyse einer cyanobakteriellen RNaseP-RNA an den entsprechenden Positionen wurde gezeigt, dass diese Konsensus-Nukleotide keinen essentiellen Einfluss auf die Katalyse ausüben. Die funktionelle Charakterisierung der RNaseP-RNA aus den Cyanellen von G. nostochinearum bestätigt die Ergebnisse für C.paradoxa. Die RNA besitzt keine Ribozym-Aktivität und kann mit cyanobakteriellen RNaseP-Proteinen zum aktiven Holoenzym rekonstituiert werden. Um zu klären, ob die fehlende Ribozym-Aktivität der Cyanellen-RNaseP-RNAs auf das Fehlen der Fähigkeit zur Substratbindung zurückzuführen ist, wurden zirkular permutierte Cyanellen-RNase P-RNAs mit kovalent verknüpften pre-tRNAs konstruiert. Entsprechende Transkripte weisen keine Ribozymaktivität auf, können aber mit cyanobakteriellem RNaseP-Protein zum aktiven Komplex rekonstituiert werden. Die Reaktion läuft intramolekular, da die Prozessierungsreaktion mit zirkular permutierten Konstrukten nicht durch reife tRNAs gehemmt wird. Zur Identifizierung der Protein-Untereinheit(en) aus Cyanellen-RNaseP wurden polyklonale Antikörper gegen das rekombinate RNaseP-Protein aus dem Cyanobakterium Synechocystis PCC 6803 gewonnen. Immunoblots zeigen spezifische Signale im homologen und im Cyanellen-Extrakt, jedoch keinerlei Bindung des RNase P Proteins aus E. coli. Die hohe Spezifität der Antikörper für ein Cyanellen-RNase P-Protein konnte durch Immunopräzipitations-Experimente bestätigt werden. Da im vollständig sequenzierten Cyanellen-Genom keine zu RNaseP-Proteinen homologe Sequenz identifiziert werden kann, muss das Cyanellen RNaseP-Protein im Kern codiert sein. Um die Proteinkomponente der Cyanellen-RNase P zu klonieren, wurde eine cDNA-Expressionsbank für Cyanophora paradoxa angelegt. Versuche zum Immuno-Screening wurden aufgrund eines schlechten Signal:Hintergrund-Verhältnisses nicht weiter verfolgt. Durch Screening der cDNA-Expressionsbank mit Cyanellen-RNaseP-RNA konnten zwei Cyanophora-Proteine mit hoher Homologie zu eukaryontischen RNA-bindenden Proteinen identifiziert werden. Das Molekulargewicht des C.paradoxa-Holoenzyms wurde durch Ultrazentrifugation im Glyceringradienten zu etwa 280kD bestimmt. RNaseP-Aktivität und RNaseP-RNA-Untereinheit korrelieren im Gradienten mit einem 30kD-Protein, welches im Immunoblot mit cyanobakteriellen RNaseP-Protein-Antikörpern spezifisch erkannt wird. Das Cyanellen-Holoenzym zeigt in wesentlichen Merkmalen eine Übereinstimmung mit eukaryontischer RNaseP. Dennoch scheint die katalytische Aktivität in der RNA-Untereinheit lokalisiert zu sein, da die native, relativ große Cyanellen-Protein-Untereinheit ohne Funktionsverlust gegen sehr viel kleinere cyanobakterielle Protein-Untereinheiten ausgetauscht werden kann. Die Protein-Komponente der Cyanellen RNaseP scheint deshalb trotz ihrer Größenzunahme im Vergleich zu ihren evolutiven, bakteriellen Vorfahren, keine weiteren essentiellen Aufgaben übernommen zu haben. Eukaryontische RNaseP ist aus bis zu zehn Protein-Untereinheiten aufgebaut. Durch Genom-Analyse konnte in Arabidopsis thaliana das potentielle RNaseP-Protein Pop1 identifiziert werden. Mit der experimentell bestätigten Identität dieses Proteins wurde erstmals ein RNaseP-Protein aus A.thaliana eindeutig identifiziert. Durch spezifische Antikörper gegen dieses Protein kann RNaseP-Aktivität aus Weizen-Extrakt präzipitiert werden. N2 - The essential tRNA-processing enzyme ribonucleaseP (RNaseP) is a striking example for evolution of an RNP enzyme. It is a ribonucleoprotein in bacteria, archea, and eukaryotic nuclei. No RNA component is found in mitochondria and chloroplasts of multicellular organisms to date, posing the question of enzyme evolution in these organelles of bacterial descent. The plastids (cyanelles) of some primitive algae, such as Cyanophora paradoxa and Glaucocystis nostochinearum, are intermediates in the evolution from cyanobacteria to chloroplasts and are an ideal model system to study the evolution of structure and function of RNaseP from organelles. C.paradoxa RNaseP has an essential RNA component which conforms to the bacterial consensus except for two highly conserved positions. The naked RNA has no ribozyme activity. Recombinant RNaseP-proteins from different cyanbacteria can form an active chimaeric holoenzyme with the catalytically inactive cyanelle RNaseP-RNA.Restoration of the bacterial consensus does not increase substrate turnover in the corresponding heterologous holoenzyme. Mutational analysis of cyanobacterial RNaseP-RNA ribozyme proved that these two consensus nucleotides have no essential influence on catalysis. The results for C.paradoxa RNaseP-RNA could be confirmed by analysis of G. nostochinearum RNaseP-RNA. This RNA can form an active holoenzyme with cyanobacterial RNaseP proteins, but shows no ribozyme activity either. To establish whether the lack of substrate binding ability is the reason for the missing ribozyme activity of cyanelle RNaseP-RNA, circularly permuted RNaseP-RNAs were designed in which the RNaseP-RNA is covalently linked to pre-tRNA substrates with variable flank lengths. Corresponding transcripts showed no ribozyme activity, but coudl be reconstituted with cyanobacterial protein. Cleavage of these tethered substrates is not inhibited by an excess of mature tRNAs, proving that it is an intramolecular reaction. To facilitate identification of cyanelle RNase P protein(s), polyclonal antibodies were generated against the recombinant cyanobacterial RNaseP-protein from the cyanobacterium Synechocystis PCC6803 Immunoblots show specific signals in homologous and cyanelle extracts, but no binding of E. coli RNase P protein. The high specificity of these antibodies is supported by immunoprecipitation of RNaseP activity from the same preparation. As no sequence similarity to bacterial-type RNaseP proteins can be identified in the cyanelle genome, this RNaseP protein must be encoded in the nucleus or is of a completely new type. With the aim of isolating the cyanelle RNaseP protein subunit, a C.paradoxa cDNA-expression-library was constructed. Due to a poor signal-to-background ratio, immuno-screening experiments were not embarked on. Screening the expression library using labelled cyanelle RNaseP-RNA resulted in cDNAs for two cyanelle proteins showing significant homology to eukaryotic RNA binding proteins. The molecular weight of the cyanelle holoenzyme was determinated to 280kD by ultrazentrifugation in glycerol gradients. RNaseP activity and the RNaseP-RNA subunit correlate with a 30kD-protein, which is specifically recognised in immunoblots by antibodies against cyanobacterial RNaseP protein. Although the overall composition of cyanelle RNaseP seems more similar to the eukaryote- than to the bacterial-type enzymes, the catalytic activity still seems to reside in the RNA subunit as the sizeable protein complement of the native cyanelle RNaseP can be functionally replaced by the much smaller cyanobacterial protein subunit. Therefore it can be concluded that the cyanelle protein subunit has not gained significant additional functions if compared to its bacterial ancestor. Eukaryotic nuclear RNaseP is composed of one RNA and up to ten protein subunits. Genomic analysis of A.thaliana revealed at least five protein subunits similar to those found in humans und yeast. Antibodies against the Pop1p-homolog from A.thaliana specifically recognize a single protein in a variety of plant species and can immunoprecipitate RNaseP activity from a wheat germ preparation. Thus, ATPOP1p is the first known RNaseP-protein of A.thaliana which has been verified by direct experimental evidence. The antibodies specific for this protein will facilitate the purification of RNaseP from wheat extracts. KW - Plastide KW - Endoribonuklease P KW - RNase P KW - pflanzliche Zellkerne KW - Plastiden KW - RNase P KW - plant nuclei KW - plastids Y1 - 2003 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-7757 ER - TY - JOUR A1 - Hill, Philip J. A1 - Stritzker, Jochen A1 - Scadeng, Miriam A1 - Geissinger, Ulrike A1 - Haddad, Daniel A1 - Basse-Lüsebrink, Thomas C. A1 - Gbureck, Uwe A1 - Jakob, Peter A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Magnetic Resonance Imaging of Tumors Colonized with Bacterial Ferritin-Expressing \(Escherichia\) \(coli\) JF - PLoS ONE N2 - Background: Recent studies have shown that human ferritin can be used as a reporter of gene expression for magnetic resonance imaging (MRI). Bacteria also encode three classes of ferritin-type molecules with iron accumulation properties. Methods and Findings: Here, we investigated whether these bacterial ferritins can also be used as MRI reporter genes and which of the bacterial ferritins is the most suitable reporter. Bacterial ferritins were overexpressed in probiotic E. coli Nissle 1917. Cultures of these bacteria were analyzed and those generating highest MRI contrast were further investigated in tumor bearing mice. Among members of three classes of bacterial ferritin tested, bacterioferritin showed the most promise as a reporter gene. Although all three proteins accumulated similar amounts of iron when overexpressed individually, bacterioferritin showed the highest contrast change. By site-directed mutagenesis we also show that the heme iron, a unique part of the bacterioferritin molecule, is not critical for MRI contrast change. Tumor-specific induction of bacterioferritin-expression in colonized tumors resulted in contrast changes within the bacteria-colonized tumors. Conclusions: Our data suggest that colonization and gene expression by live vectors expressing bacterioferritin can be monitored by MRI due to contrast changes. KW - Blood-brain barrier KW - Gene-expression KW - Salmonella-typhimurium KW - Sugar-transport KW - Breast-tumors KW - MRI reporter KW - Iron-uptake KW - Proteins KW - Therapy KW - Mice Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-140920 VL - 6 IS - 10 ER - TY - JOUR A1 - Hofmann, Elisabeth A1 - Weibel, Stephanie A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Combination treatment with oncolytic Vaccinia virus and cyclophosphamide results in synergistic antitumor effects in human lung adenocarcinoma bearing mice N2 - Background The capacity of the recombinant Vaccinia virus GLV-1h68 as a single agent to efficiently treat different human or canine cancers has been shown in several preclinical studies. Currently, its human safety and efficacy are investigated in phase I/II clinical trials. In this study we set out to evaluate the oncolytic activity of GLV-1h68 in the human lung adenocarcinoma cell line PC14PE6-RFP in cell cultures and analyzed the antitumor potency of a combined treatment strategy consisting of GLV-1h68 and cyclophosphamide (CPA) in a mouse model of PC14PE6-RFP lung adenocarcinoma. Methods PC14PE6-RFP cells were treated in cell culture with GLV-1h68. Viral replication and cell survival were determined by plaque assays and 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) assays, respectively. Subcutaneously implanted PC14PE6-RFP xenografts were treated by systemic injection of GLV-1h68, CPA or a combination of both. Tumor growth and viral biodistribution were monitored and immune-related antigen profiling of tumor lysates was performed. Results GLV-1h68 efficiently infected, replicated in and lysed human PC14PE6-RFP cells in cell cultures. PC14PE6-RFP tumors were efficiently colonized by GLV-1h68 leading to much delayed tumor growth in PC14PE6-RFP tumor-bearing nude mice. Combination treatment with GLV-1h68 and CPA significantly improved the antitumor efficacy of GLV-1h68 and led to an increased viral distribution within the tumors. Pro-inflammatory cytokines and chemokines were distinctly elevated in tumors of GLV-1h68-treated mice. Factors expressed by endothelial cells or present in the blood were decreased after combination treatment. A complete loss in the hemorrhagic phenotype of the PC14PE6-RFP tumors and a decrease in the number of blood vessels after combination treatment could be observed. Conclusions CPA and GLV-1h68 have synergistic antitumor effects on PC14PE6-RFP xenografts. We strongly suppose that in the PC14PE6-RFP model the enhanced tumor growth inhibition achieved by combining GLV-1h68 with CPA is due to an effect on the vasculature rather than an immunosuppressive action of CPA. These results provide evidence to support further preclinical studies of combining GLV-1h68 and CPA in other highly angiogenic tumor models. Moreover, data presented here demonstrate that CPA can be combined successfully with GLV-1h68 based oncolytic virus therapy and therefore might be promising as combination therapy in human clinical trials. KW - Vaccinia virus KW - Chemotherapy KW - Combination therapy KW - Cyclophosphamide KW - Lung cancer Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-110168 ER - TY - THES A1 - Huber, Hannes T1 - Biochemical and functional characterization of DHX30, an RNA helicase linked to neurodevelopmental disorder T1 - Biochemische und funktionelle Charakterisierung von DHX30, einer RNA Helikase assoziiert mit neurologischen Entwicklungsstörungen N2 - RNA helicases are key players in the regulation of gene expression. They act by remodeling local RNA secondary structures as well as RNA-protein interactions to enable the dynamic association of RNA binding proteins to their targets. The putative RNA helicase DHX30 is a member of the family of DEAH-box helicases with a putative role in the ATP-dependent unwinding of RNA secondary structures. Mutations in the DHX30 gene causes the autosomal dominant neuronal disease “Neurodevelopmental Disorder with severe Motor Impairment and Absent Language” (NEDMIAL;OMIM#617804). In this thesis, a strategy was established that enabled the large-scale purification of enzymatically active DHX30. Through enzymatic studies performed in vitro, DHX30 was shown to act as an ATP-dependent 3’ → 5’ RNA helicase that catalyzes the unwinding of RNA:RNA and RNA:DNA substrates. Using recombinant DHX30, it could be shown that disease-causing missense mutations in the conserved helicase core caused the disruption of its ATPase and helicase activity. The protein interactome of DHX30 however, was unchanged indicating that the pathogenic missense-mutations do not cause misfolding of DHX30, but rather specifically affect its catalytic activity. DHX30 localizes predominantly in the cytoplasm where it forms a complex with ribosomes and polysomes. Using a cross-linking mass spectrometry approach, a direct interaction of the N-terminal double strand RNA binding domain of DHX30 with sites next to the ribosome’s mRNA entry channel and the subunit interface was uncovered. RNA sequencing of DHX30 knockout cells revealed a strong de-regulation of mRNAs involved in neurogenesis and nervous system development, which is in line with the NEDMIAL disease phenotype. The knockdown of DHX30 results in a decreased 80S peak in polysome gradients, indicating that DHX30 has an effect on the translation machinery. Sequencing of the pool of active translating mRNAs revealed that upon DHX30 knockout mainly 5’TOP mRNAs are downregulated. These mRNAs are coding for proteins of the translational machinery and translation initiation factors. This study identified DHX30 as a factor of the translation machinery that selectively impacts the expression of a subset of proteins and provides insight on the etiology of NEDMIAL. N2 - RNA-Helikasen sind Schlüsselfaktoren bei der Regulierung der Genexpression. Sie remodellieren RNA-Sekundärstrukturen und RNA-Protein Interaktionen und dadurch die dynamische Interaktion von RNA-bindenden Proteinen mit deren Substraten. Die putative RNA-Helikase DHX30 ist Mitglied der DEAH-box Helikasen, welche in Abhängigkeit von ATP in der Lage sind, RNA-Sekundärstrukturen aufzulösen. Mutationen im DHX30 Gen verursachen die autosomal-dominante neuronale Krankheit “Neurodevelopmental Disorder with Severe Motor Impairment and Absent Language” (NEDMIAL; OMIM#617804). In dieser Arbeit wurde eine Aufreinigungs-Strategie etabliert, um im präparativen Maßstab enzymatisch-aktives DHX30 Protein zu gewinnen. Mit dem aufgereinigten Protein wurden enzymatische Experimente durchgeführt, wodurch DHX30 als ATP abhängige RNA-Helikase charakterisiert wurde. Es konnte gezeigt werden, dass es in der Lage ist RNA:RNA sowie RNA:DNA Substrate in einer 3’ → 5’ Richtung zu entwinden. Mithilfe des rekombinanten Proteins konnte weiter gezeigt werden, dass krankheitsverursachende Mutationen im hoch-konservierten Helikase-Kern von DHX30 zur Beeinträchtigung der ATPase und Helikase-Aktivität des Proteins führen. Des Weiteren ergab sich, dass das Protein-Interaktom der DHX30 Mutanten sich im Vergleich zum Wildtyp nicht verändert, was impliziert, dass die Mutationen nicht zu einer Missfaltung des Proteins, sondern dessen katalytische Aktivität inhibieren. DHX30 lokalisiert hauptsächlich im Cytoplasma und bildet dort einen Proteinkomplex mit Ribosomen und Polysomen. Mittels eines cross-linking mass spectrometry-Experiments konnte eine direkte Interaktion von DHX30 mit Stellen der ribosomalen mRNA Eintrittsstelle und dem Interface der ribosomalen Untereinheiten identifiziert werden. Die RNA Sequenzierung von DHX30-deletieren Zellen zeigte eine starke Deregulierung von mRNAs welche für die Entwicklung des Nervensystems und in der Neurogenese eine Rolle spielen, was mit dem Krankheits-Phänotyp von NEDMIAL korreliert. Weiter konnte gezeigt werden, dass es in DHX30-deletierten Zellen zur Abnahme von 80S Ribosomen in Polysomen-Gradienten kommt, was auf eine Funktion von DHX30 während der Translation schließen lässt. Durch das Sequenzieren aktiv translatierender mRNAs zeigte sich, dass der KO von DHX30 zur Abnahme von 5‘TOP mRNAs führt. Diese mRNAs kodieren für Proteine der Translations-Maschinerie und für Translations-Initiations Faktoren. Diese Studie identifiziert DHX30 als Faktor der Translations-Maschinerie, der selektiv die Expression einer mRNA-Untergruppe beeinflusst und Einblicke in die Ätiologie von NEDMIAL liefert. KW - DHX30 KW - NEDMIAL KW - Neurodevelopmental diseases KW - RNA helicase KW - RNA metabolism Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-280505 ER - TY - THES A1 - Höhn, Karsten P. T1 - Funktionsanalyse des murinen Replikationsfaktors ORC2 T1 - FUNCTIONAL ANALYSIS OF THE MURINE REPLICATIONFACTOR ORC2 N2 - Für Studien an murinen Initiationsfaktoren wurden in dieser Arbeit die Gene mcm2, orc3, cdc6, cdc7, dbf4 sowie das Gen ttf1 in ihrem chromosomalen Kontext mit Hilfe einer genomischen Bibliothek identifiziert und isoliert. Diese Gene sollen als Ausgang für Zielvektoren von transgenen Mäusen dienen oder für chromosomale Lokalisationsstudien verwendet werden. Weiterhin wurde in dieser Arbeit ein Zielvektor für eine orc2-„knock out“-Maus konstruiert. Für den „knock out“ wurde eine konditionale Strategie mit dem Cre/loxP-System gewählt, wobei Exon 2-5 von loxP-Stellen flankiert sein sollten. Als Ausgangsmaterial stand ein BAC-Vektor mit einem ca. 200 kb großen genomischen Insert, der das orc2-Gen enthält, zur Verfügung. Die erforderlichen Subklonierungen wurden durch die Größe des Inserts bzw. der daraus gewonnenen orc2-Subfragmente und durch die unbekannten Intronsequenzen negativ beeinträchtigt, da sich dadurch die Anzahl an verwendbaren Schnittstellen erheblich reduzierte. Nachdem es letztendlich nicht möglich war den vorletzten Schritt der Klonierung abzuschließen, wurde das Projekt aus Zeitgründen eingestellt. Ein weiterer Teil diese Arbeit beschäftigte sich mit der Lokalisation des murinen Orc2-Proteins am Centrosom. Bei Studien mit EGFP-gekoppelten murinen Replikationsproteinen zeigten Mcm4p-7p und Orc2p-5p eine Lokalisation am Centrosom. Für endogenes Orc2p sollte diese ebenfalls überprüft werden. Über Immunfluoreszenz-Doppelfärbungen mit Antikörpern sowohl gegen Orc2p als auch gegen das centrosomale Protein γ-Tubulin konnte in NIH/3T3-Zellen eine centrosomale Orc2p-Lokalisation bestätigt werden. Diese trat sowohl in Interphase- als auch in Mitose-Zellen auf. Darüber hinaus wurde von anti-Orc2-Antikörpern in Telophase-Zellen eine punktförmige Struktur in der äquatorialen Ringfurche angefärbt. Diese Region entspricht vermutlich der des „midbodys“. Zusätzlich zu den Immunfluoreszenz-Analysen wurden Immunpräzipitationen durchgeführt. Durch diese konnte gezeigt werden, dass Orc2p durch γ-Tubulin präzipitierbar ist. Solch eine Lokalisation und Interaktion von Orc2p am Centrosom legt eine von der Replikation unabhängige Funktion nahe, wie sie bereits für andere Initiationsfaktoren beschrieben wurde. Um die Funktion von Orc2p genauer untersuchen zu können, wurden in einem weiteren Teil dieser Arbeit die Auswirkungen eines Orc2p-“knock downs“ auf NIH/3T3-Zellen untersucht. Das dabei verwendete RNAi-System basiert auf einem induzierbaren Expressionssystem, wobei die Orc2-siRNA aus der exprimierten „small hairpin RNA“ prozessiert wird. Um eine zeitliche Regulation zu ermöglichen, wurde das Tet-on-System verwendet. Auf Basis dieser beiden Systeme wurde eine stabile NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA-Zelllinie hergestellt. Zur Vereinfachung zukünftiger Arbeiten mit regulierbaren Expressionssystemen, wurde parallel dazu eine NIH/3T3-Tet-on-Zelllinie, mit Neomycin als Selektionsmarker, hergestellt, in die nur noch der gewünschte shRNA-Expressionsvektor transfiziert werden muss. Durch Zugabe von Doxycyclin zum Nährmedium wird in den NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA-Zellen die Expression der Orc2-shRNA induziert. Dies löst anschließend den RNAi-Mechanismus aus. Es konnte bei diesen Zellen unter Einfluss von Doxycyclin eine deutliche Abnahme der Orc2-Proteinmenge festgestellt werden. Eine Analyse der Proliferationsrate von Zellen unter Doxycyclin-Einfluss ergab schon nach zwei Tagen eine deutliche Verlangsamung der Wachstumsrate. In Dox-behandelten Zellen führte die Orc2-shRNA-Expression zu einer veränderten Verteilung der Zellen auf die Zellzyklus-Phasen. Es konnte nach sieben Tagen eine Akkumulation der Zellen in der G2/M-Phase, nach 14 Tagen aber in der G1-Phase gezeigt werden. Diese Auswirkungen des Orc2p“knock downs“ stehen im Einklang mit dessen Funktion als Initiationsprotein. Weiterhin konnten während der Doxycyclin-Behandlung von NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA-Zellen auffällig viele multinukleäre Zellen, bzw. Zellen die über Zytoplasmabrücken verbunden waren, beobachtet werden. Dies deutet darauf hin, dass bei Zellen mit einer reduzierten Orc2-Proteinmenge die Cytokinese beeinträchtigt ist. Des weiteren zeigten sich auch Zellen mit einer ungeraden Anzahl von Kernen sowie Kerne verschiedener Größe. Eine Färbung dieser Zellen mit Propidiumiodid ergab, dass alle Tochterkerne Nukleinsäuren enthalten. Dies deutet darauf hin, dass nicht in allen Zellen die DNA in gleichen Teilen auf die Tochterkerne verteilt wird. Eine ungerade Anzahl an Kernen weist darauf hin, dass diese sich in unterschiedlichen Zellzyklus-Phasen befinden können. Da vielkernige Zellen auch bei Beeinträchtigung des Spindelfaserapparates auftreten können, wurden bei Doxycyclin-behandelten NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA-Zellen Immunfluoreszenzfärbungen mit anti-β-Tubulin-Antikörpern durchgeführt. Es konnte gezeigt werden, dass Zellen, die Orc2-siRNA exprimieren, diffus verteilte, unregelmäßig organisierte Mikrotubuli aufweisen. Dies spricht dafür, dass Orc2p neben seiner Funktion als Replikationsprotein noch weitere Aufgaben in der Mitose bzw. Cytokinese besitzt. N2 - To study the function of murine initiation factors of DNA replication one part of this work was dedicated to the identification and isolation of genes in their chromosomal context. A genomic mouse library was screened for the mcm2, orc3, cdc6, cdc7, dbf4 and ttf1 genes. Genes in their exon-intron structure can serve as an origin of targeting vectors for transgene mice or chromosomal localisation experiments, respectively. A further part of this work was the construction of a targeting vector for an orc2 knock out mouse. A conditional strategy based on the cre/loxP system was chosen for this purpose. In the targeting vector exons 2-5 of the orc2 gene should be flanked by loxP sites. The source for the orc2 gene was a BAC vector with an approximately 200 kb genomic insert. The size of this insert and the resulting orc2 fragments, respectively, limited considerably the number of useful restriction sites. As the steps of the cloning strategy were greatly time consuming and the penultimate step could not be finished, it was decided to discontinue this project. Furthermore, the function of Orc2p was examined via localisation analyses and knock down strategies. Studies with EGFP tagged components of the pre-replicative complex showed that Mcm4p-7p and Orc2p-5p were localised at the centrosome. Therefore, the centrosomal localisation of the endogenous murine Orc2 protein was examined. By immunofluorescence staining of NIH/3T3 cells against Orc2p and the well known centrosomal protein γ-tubulin, respectively, a co-localisation at the centrosome of both proteins was shown. This co-localisation could be shown in interphase as well as mitotic cells. Additionally, between separating cells a dot-shaped struc-ture was also stained by Orc2p antibodies, which likely represents the midbody region. Furthermore, the association of Orc2p with γ-tubulin was demonstrated by immunoprecipitation. The localisation at the centrosome and the interaction with γ-tubulin suggests that Orc2p is involved in functions beyound the initiation of DNA replication. A further aspect of this work was an approach to knock down Orc2p in NIH/3T3 cells. The knock down was induced by the expression of small hairpin RNA directed against Orc2. A temporal regulation of the shRNA expression was achieved by the use of the Tet-on system. Both systems were combined in a stable NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA cell line. To facilitate further work with Tet-on regulated expression systems, a stable NIH/3T3 cell line with a Tet-on system was created. This cell line only has to be transfected with the desired shRNA expression vector. In NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA cells the Orc2 shRNA expression was induced by application doxycycline to the media. This resulted in a down regulation of Orc2 protein via a RNAi mechanism. Also the proliferation rate of NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA cells decreased upon doxycycline treatment. Analysis of the cell cycle distribution of Orc2 shRNA-expressing cells by FACS analysis showed an accumulation in G2/M after seven days but in G1 after 14 days. These effects of the Orc2p knock down correspond with its function in the initiation process. Interestingly, the doxycycline treatment also resulted in cells with more than one nuclus as well as cells connected by cytoplasma bridges. This suggests that a reduced Orc2p level can lead to an impaired cytokinesis. Furthermore, several cells showed an odd number of nuclei and nuclei of different sizes, all containing DNA, which was sown by propidium iodide staining. This indicates that in cells with a reduced Orc2p level the distribution of the chromosomes is impaired. An odd number of nuclei suggests that not all nuclei are in the same cell cycle phase. Multinucleated cells also arise from defects in the spindle apparatus. Thus, microtubuli of doxycycline treated NIH/3T3-TetOn-Orc2siRNA cells were analysed. Immunofluorescence staining against β-tubulin showed insufficiently organized microtubuli which are deficiently bound to the cell periphery. These results indicate the possibility that Orc2p is also involved in functions in mitosis and cytokinesis, respectively. KW - DNA-Replikation KW - Initiation KW - ORC KW - Orc2 KW - DNA-Replication KW - Initiation KW - ORC KW - Orc2 Y1 - 2007 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-23488 ER - TY - THES A1 - Jehle, Margot T1 - Interaktionen der Replikationsproteine der Maus T1 - Interactions of the replicationproteins from mouse N2 - Zusammenfassung Die Initiation der DNA-Replikation in Eukaryonten ist ein hochkonservierter Prozeß, der in drei Stufen unterteilt werden kann. Im ersten Schritt bindet der ORC-Komplex an Replikationsorigins in chromosomaler DNA, wodurch die Assemblierung des präreplikativen Komplexes an den Origins ausgelöst wird. Anschließend lagern sich CDC6- und RLF-B/CDT1-Protein an den ORC an, die beide schließlich für die Rekrutierung des heterohexameren MCM-Komplexes verantwortlich sind. Durch die Aktivität der CDC7/DBF4-Kinase wird der Origin lizensiert, nachdem der letzte Initiationsfaktor CDC45 die Assemblierung des pre-RC vervollständigt hat. Ein Ziel dieser Arbeit war es, das komplexe Netzwerk von Protein-Proteininteraktionen zwischen den verschiedenen Initiationsproteinen durch Two-Hybrid-Studien aufzuklären. Dazu wurden die cDNAs aller bisher in Mus musculus charakterisierten Initiationsproteine, wie ORC1-6, CDC6, MCM2-7, CDC7, DBF4, CDC45, der "polo like kinase" CDC5/PLK, des DNA-Einzelstrang-bindenden Replikationsproteins RPA mit seinen Untereinheiten RPA14, RPA32, RPA70 und schließlich des heterodimeren Proteins Ku mit den Untereinheiten Ku80 und Ku70 jeweils in zwei verschiedene Hefevektoren inseriert. Zum einen handelt es sich dabei um den Ködervektor pEG202 und andererseits um den Beutevektor pJG4-5 des Two-Hybrid-Systems. Dabei wurden alle möglichen Köder-/Beute-Proteinkonstellationen auf eine Aktivierung des Reportergens LacZ hin untersucht und so zahlreiche Protein-Proteininteraktionen identifiziert. Einige der hier beschriebenen Wechselwirkungen waren auch in anderen Spezies identifiziert worden und konnten somit für Maus bestätigt werden. Im Rahmen dieser Two-Hybrid-Untersuchungen wurden allerdings auch erstmals neue Protein-Proteininteraktionen nachgewiesen, wie beispielsweise CDC5/PLK mit MCM2 oder Ku80 mit ORC1, -2, -4 und -5. Sowohl von CDC5/PLK- als auch von Ku80-Protein wurde vermutet, daß sie im Zusammenhang mit der Initiation der DNA-Replikation stehen könnten. Die Two-Hybrid-Interaktionen hier vermittelten neue Indizien, die diese Vermutung untermauern. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurden fünf CDC7-Deletionsmutanten konstruiert, um die Interaktionsdomänen des CDC7-Proteins mit anderen Proteinen im Rahmen des Two-Hybrid-Systems bestimmen zu können. Die Mutanten wurden dazu jeweils in den pEG202- und den pJG4-5-Hefevektor inseriert. Die Hefe-Studien wurden nur mit denjenigen Proteinen durchgeführt, mit denen das CDC7-Wildtyp-Protein im ersten Teil der Arbeit positive Interaktionen eingegangen war. Auffallend bei den Untersuchungen mit den Deletionsmutanten war, daß sie in der Köderposition mehr Interaktionen eingingen als in der Beuteposition. Nur die C1-, C2- und N2-Mutante gingen noch Wechselwirkungen mit einigen Initiatorproteinen ein, während weder die C2- noch die N1-Mutante dazu in der Lage waren. Als Resultat dieser CDC7-Interaktionsdomänenkartierung stellte sich das Kinase-Insert II als ein für die Mehrheit der Protein-Proteininteraktionen des CDC7-Proteins zentrales Element heraus. Ein weiterer Aspekt dieser Arbeit war es, paradigmatisch einzelne Protein-Proteininteraktionen, die in den Two-Hybrid-Studien aufgefunden worden waren, mittels einer zweiten Methode zu analysieren. Zusätzlich sollte die Zellzyklusabhängigkeit einzelner Interaktionen der an der Initiation der DNA-Replikation beteiligten Proteine untersucht werden. Dazu wurden Immunpräzipitationsversuche mit synchronisierten FM3A-Mauszellen durchgeführt. Die in Suspensionskultur kultivierten Mauszellen wurden mit Mevastatin in früher G1-, mit Mimosin in G1/S-, mit Hydroxyharnstoff in der S- und mit Nocodazol in der Mitose arretiert. Ausgangsbasis für die weiteren IP-Experimente waren aus den FM3A-Zellen präparierte Kernextrakte. Folgende Antikörper wurden zur Inkubation mit Kernextrakten verwendet: gegen ORC1-, ORC2-, ORC3-, ORC5-, ORC6-, CDC6-, MCM2-, MCM7- und DBF4 gerichtete Antikörper. Mit allen genannten Antikörpern konnten Immunpräzipitationen zwischen einzelnen ORC-Untereinheiten, CDC6- und ORC-Proteinen, einzelnen MCM-Untereinheiten und ORC2- bzw. CDC6-Protein und zwischen der regulatorischen Untereinheit der DDK-Kinase DBF4 und einigen ORC-Untereinheiten nachgewiesen werden. Ein großer Teil der IPs trat in zellzyklusunabhängiger Weise auf, während ein kleinerer Anteil Zellzyklusabhängigkeit zeigte, wie beispielsweise die CDC6-ORC2-Wechselwirkung, die nur von der frühen bis zur späten G1-Phase beobachtet werden konnte. Im vierten und letzten Abschnitt dieser Arbeit ging es um die Identifizierung eines Maus-EST-Klones für das CDT1-Gen. Das CDT1-Protein ist essentieller Bestandteil der Initiation der DNA-Replikation und sorgt gemeinsam mit dem CDC6-Protein für die Rekrutierung des MCM-Komplexes an den Origin, wodurch der präreplikative Komplex für die anstehende Initiation der DNA-Replikation lizensiert wird. Der vollständige Maus-EST-Klon wurde mittels einer Sonde durch radioaktive Hybridisierung einer cDNA-Bibliothek von 9 Tage alten Mausembryonen identifiziert und charakterisiert. Die vollständige Sequenz von MmCDT1 ergab einen offenen Leserahmen von 1673bp und kodiert für ein Protein mit 557 Aminosäuren und einer Molmasse von 61.5 kDa. N2 - Summary The initiation of DNA replication is a highly conserved process which is subdivided into three steps. The first step is the binding of the origin recognition complex to the replication origins in chromosomal DNA which triggers off the assembly of the prereplicative complex at the origins. Subsequently the CDC6 and the RLF-B/CDT1 proteins bind to ORC which are both responsible for the recruitment of the heterohexameric MCM complex to the prereplicative complex (pre-RC). The CDC7/DBF4 kinase licenses the origin after completion of the pre-RC by binding of the CDC45 protein. One task of this work was to dissolve the complex network of protein-protein interactions between the different initiator proteins with the method of the two-hybrid-system. Therefore the cDNAs encoding all described initiator proteins of Mus musculus, ORC1-6, CDC6, MCM2-7, CDC7, DBF4, CDC45, the "polo like kinase" CDC5/PLK, the single-stranded replication protein RPA with its subunits RPA14, RPA32 and RPA70 as well as the heterodimeric Ku protein with the Ku70 and the Ku80 subunits were inserted into the two-hybrid vectors pEG202 and pJG4-5. All possible bait/prey protein combinations were tested for the activation of the LacZ reporter gene. Numerous protein-interactions were detected which have been described already in other species and were confirmed here for the mouse system. There were also new protein-protein interactions observed, for example the interaction between the CDC5/PLK protein and the MCM2 protein or between the Ku80 subunit and the ORC1, 2, 4 and 5 proteins. Both the CDC5/PLK and the Ku80 protein are thought to be involved in the initiation of DNA replication. The demonstrated protein interactions provide evidence for this hypothesis. In the second part of this work five deletion mutants of the CDC7 protein were constructed to determine the interaction domains relevant for protein interactions with other proteins in the two-hybrid system. The mutants were inserted into the vectors pEG202 and pJG4-5. Only those proteins were tested for interaction with the CDC7 deletion mutants which have already shown interactions with the wild-type CDC7 protein. Proteins in the bait position showed much more interactions as proteins in the prey position. Protein interactions were observed with the C1, C2 and the N2 mutants whereas the C3 and the N1 mutants were not able to interact with any of the initiator proteins. The kinase-insert II was shown to be a central element for the majority of the protein-protein interaction of the CDC7 protein, possibly being responsible for most of the CDC7 interactions. Further task was the analysis of some paradigmatically chosen protein-protein interactions obtained in the two-hybrid studies with the help of a second experimental method, i.e. the immunoprecipitation technique. Additionally the cell cycle dependence some of the interactions involved in the initiation of DNA replication was examined. Immunoprecipitation experiments were performed with synchronized mouse FM3A cells which were arrested in early G1 phase by mevastatin, at the G1/S transition by mimosine, in S phase by hydroxyurea and in mitosis by nocodazol. Nuclear extracts made from the FM3A cells were used for the immunoprecipitations. The following antibodies were used for incubation with the nuclear extracts: antibodies raised against ORC1, ORC2, ORC3, ORC5, ORC6, CDC6, MCM2, MCM7 and DBF4, respectively. Immunoprecipitations were found among some of the ORC subunits, CDC6 and ORC proteins, some MCM subunits and ORC2 and CDC6 proteins, respectively, as well as among the regulatory subunit DBF4 of the DDK kinase and some of the ORC subunits could be demonstrated with all the above mentioned antibodies. Most of the immunoprecipitations were found to be cell cycle-independent, whereas only some of them were cell cycle-dependent. For example the CDC6-ORC2 interaction which was only observed from early G1 phase to the G1/S transition. The last part of this work was the identification of a mouse EST clone for the CDT1 gene. The CDT1 protein together with CDC6 is essential for loading MCM2-7 proteins into prereplicative complexes during replication licensing. Screening a cDNA library of 9 days old mouse embryos with a radioactive labeled probe resulted in the complete mouse EST clone of CDT1. The full length sequence of MmCDT1 revealed an open reading frame encoding a predicted protein of 557 amino acids with a molecular mass of 61.5 kDa. KW - Maus KW - Replikation KW - Regulation KW - Initiation der DNA Replikation KW - Initiationsproteine der Maus KW - Two-Hybrid-System KW - Protein-Protein-Interaktionen KW - Immunpräzipitationen KW - initiation of DNA-replication KW - initiation proteins of mouse KW - two-hybrid-system KW - protein-protein-interactions KW - immunprecipitations Y1 - 2002 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-4068 ER - TY - JOUR A1 - Ji, Changhe A1 - Bader, Jakob A1 - Ramanathan, Pradhipa A1 - Hennlein, Luisa A1 - Meissner, Felix A1 - Jablonka, Sibylle A1 - Mann, Matthias A1 - Fischer, Utz A1 - Sendtner, Michael A1 - Briese, Michael T1 - Interaction of 7SK with the Smn complex modulates snRNP production JF - Nature Communications N2 - Gene expression requires tight coordination of the molecular machineries that mediate transcription and splicing. While the interplay between transcription kinetics and spliceosome fidelity has been investigated before, less is known about mechanisms regulating the assembly of the spliceosomal machinery in response to transcription changes. Here, we report an association of the Smn complex, which mediates spliceosomal snRNP biogenesis, with the 7SK complex involved in transcriptional regulation. We found that Smn interacts with the 7SK core components Larp7 and Mepce and specifically associates with 7SK subcomplexes containing hnRNP R. The association between Smn and 7SK complexes is enhanced upon transcriptional inhibition leading to reduced production of snRNPs. Taken together, our findings reveal a functional association of Smn and 7SK complexes that is governed by global changes in transcription. Thus, in addition to its canonical nuclear role in transcriptional regulation, 7SK has cytosolic functions in fine-tuning spliceosome production according to transcriptional demand. KW - Molecular neuroscience KW - RNA KW - RNA splicing KW - Transcription Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-259125 VL - 12 IS - 1 ER - TY - THES A1 - Jurak Begonja, Antonija T1 - NO/cGMP and ROS Pathways in Regulation of Platelet Function and Megakaryocyte Maturation T1 - NO/cGMP und ROS Singnalwege in Regulation der Plättchen Funktion und Megakaryozyten Entwicklung N2 - Blutplättchen spielen unter physiologischen Bedingungen eine wichtige Rolle bei der Erhaltung der Hämostase. So verhindern sie ein andauerndes Bluten von Wunden, indem sie in Blutgefässen zwischen normalen Zellen des Endothels und beschädigten Bereichen unterscheiden und sich dort gezielt anheften können. Das Zusammenspiel der Plättchenagonisten und den dazugehörigen Rezeptoren wird durch intrazelluläre Signalmoleküle kontrolliert, die die Aktivierung der Blutplättchen regulieren. Äusserst wichtige intrazellulare Signalmoleküle stellen dabei die zyklischen Nukleotide cGMP und cAMP dar, die bei der Hemmung der Plättchen beteiligt sind. Die Bildung von cGMP und cAMP in den Blutplättchen wird durch die aus dem Endothel freigesetzten Moleküle NO und Prostacyclin (PGI2) stimuliert, die ihrerseits Blutplättchen hemmen, indem sie Proteinkinase G (PKG) und Proteinkinase A (PKA) aktivieren. Neuerdings wird vorgeschlagen, dass es sich bei ROS („reactive oxygen species“) um einen neuen Modulator bei der Signaltransduktion zwischen verschiedenen Zelltypen handelt. Die hier zusammengefasste Arbeit beschreibt die Rolle der ROS-Produktion bei der Aktivierung von Blutplättchen, die Beziehung zwischen dem NO/cGMP/PKG I Signalweg und der ROS bzw. MAP-Kinase Signaltransduktion, und die Rolle von zyklischen Nukleotiden bei der Entwicklung von Megakaryozyten und Blutplättchen. Werden Blutplättchen durch unterschiedliche Einflüsse aktiviert, so produzieren sie über die Aktivierung von NAD(P)H-Oxidase nur intrazelluläres aber nicht extrazelluläres ROS. Dabei beinflusst das in den Blutplättchen produzierte ROS signifikant die Aktivierung von αIIbβ3 Integrin, nicht jedoch die Sekretion von alpha- bzw. dichten Granula oder die Gestalt der Blutplättchen. Die Thrombin-induzierte Integrin αIIbβ3-Aktivierung ist nach Behandlung der Blutplättchen mit Hemmstoffen der NAD(P)H-Oxidase oder Superoxid-Fängern signifikant reduziert. Diese Inhibitoren reduzieren auch die Aggregation der Blutplättchen bzw. die Thrombusbildung auf Kollagen, wobei diese Effekte unabhängig vom NO/cGMP Signalweg vermittelt werden. Sowohl ADP, das von dichten Granula der Blutplättchen sezerniert wird und zur Aktivierung von P2Y12-Rezeptoren führt, als auch die Freigabe von Thromboxan A2 stellen wichtige, vorgeschaltete Vermittler bei der p38 MAP Kinase-Aktivierung durch Thrombin dar. Jedoch spielt die p38 MAP-Kinase-Aktivierung keine signifikante Rolle bei der Thrombin-induzierten Kalzium-Mobilisierung, P-Selektin Exprimierung, αIIbβ3 Integrin Aktivierung oder Aggregation der Blutplättchen. Abschliessend kann festgestellt werden, dass sich die Aktivierung der PKG insgesamt klar hemmend auf die p38 and ERK MAP-Kinasen in menschlichen Blutplättchen auswirkt. Desweiteren zeigt diese Studie, dass zyklische Nukleotide nicht nur die Blutplättchen hemmen, sondern auch einen Einfluss auf die Entwicklung der Megakaryozyten und Blutplättchen haben, aber auf unterschiedliche Weise. cAMP ist an der Differenzierung von embryonalen hämatopoietischen Zellen zu Megakaryozyten beteiligt, wobei cGMP keine Rolle bei diesem Prozess spielt. Während PKA in embryonalen Zellen schon vertreten ist, steigt beim Reifungsprozess der Megakaryozyten die Expression von Proteinen, die bei der cGMP Signalverbreitung („soluble guanylyl cyclase“, sGC; PKG) mitwirken, stetig an. In der letzten Phase der Reifung von Megakaryozyten, die durch die Freisetzung der Blutplättchen charakterisiert ist, zeigen cGMP und cAMP leicht divergierende Effekte: cGMP verstärkt die Bildung von Blutplättchen, während cAMP dieselbe reduziert. Dies deutet auf einen fein abgestimmten Prozess hin, abhängig von einem Stimulus, der von den benachbarten Zellen des Sinusoid-Endothels stammen könnte. Die Ergebnisse dieser Dissertation tragen zu einen besseren Verständnis der Regulation von Blutplättchen sowie der möglichen molekularen Mechanismen bei, die eine Rolle bei der Reifung von Megakaryozyten im vaskularen Mikroumfeld des Knochenmarks innehaben. N2 - In physiological conditions platelets have a major role in maintaining haemostasis. Platelets prevent bleeding from wounds by distinguishing normal endothelial cells in vasculature from areas with lesions to which they adhere. Interaction of platelet agonists and their receptors is controlled by intracellular signaling molecules that regulate the activation state of platelets. Very important intracellular signaling molecules are cyclic nucleotides (cGMP and cAMP), both involved in inhibition of platelet activation. Formation of cGMP and cAMP in platelets is stimulated by endothelial-derived NO and prostacyclin (PGI2), which then mediate inhibition of platelets by activating protein kinase G (PKG) and protein kinase A (PKA). Recently, it has been suggested that reactive oxygen species (ROS) represent new modulators of cell signaling within different cell types. The work summarized here describes the involvement of platelet ROS production in platelet activation, the relation of NO/cGMP/PKG I pathway to ROS and to mitogen-activated protein kinases (MAP kinase) signaling, and the involvement of cyclic nucleotides in megakaryocyte and platelet development. Platelets activated with different agonists produce intracellular but not extracellular ROS by activation of NAD(P)H oxidase. In addition, ROS produced in platelets significantly affects αIIbβ3 integrin activation but not alpha/dense granule secretion and platelet shape change. Thrombin induced integrin αIIbβ3 activation is significantly decreased after pretreatment of platelets with NAD(P)H oxidase inhibitors and superoxide scavengers. These inhibitors also reduce platelet aggregation and thrombus formation on collagen under high shear and achieve their effects independently of the NO/cGMP pathway. ADP secreted from platelet dense granules with subsequent activation of P2Y12 receptors as well as thromboxane A2 release are found to be important upstream mediators of p38 MAP kinase activation by thrombin. However, p38 MAP kinase activation does not significantly contribute to calcium mobilization, P-selectin expression, αIIbβ3 integrin activation and aggregation of human platelets in response to thrombin. Finally, PKG activation does not stimulate, but rather inhibit, p38 and ERK MAP kinases in human platelets. Further study revealed that cyclic nucleotides not only inhibit platelet activation, but are also involved, albeit differentially, in megakaryocyte and platelet development. cAMP is engaged in haematopoietic stem cell differentiation to megakaryocytes, and cGMP has no impact on this process. While PKA is already present in stem cells, expression of proteins involved in cGMP signaling (soluble guanylyl cyclase, sGC; PKG) increases with maturation of megakaryocytes. In the final step of megakaryocyte maturation that includes release of platelets, cGMP and cAMP have mild but opposing effects: cGMP increases platelet production while cAMP decreases it indicating a finely regulated process that could depend on stimulus coming from adjacent endothelial cells of sinusoids in bone marrow. The results of this thesis contribute to a better understanding of platelet regulation and of the possible molecular mechanisms involved in megakaryocyte maturation in bone marrow vascular microenvironment. KW - Thrombozyt KW - Megakaryozyt KW - Signaltransduktion KW - Stickstoffmonoxid KW - Cyclo-GMP KW - Reaktive Sauerstoffspezies KW - Plättchen KW - NO KW - cGMP KW - ROS KW - Megakaryozyten KW - Platelets KW - NO KW - cGMP KW - ROS KW - Megakaryocytes Y1 - 2007 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-21954 ER - TY - JOUR A1 - Kilinc, Mehmet Okyay A1 - Ehrig, Klaas A1 - Pessian, Maysam A1 - Minev, Boris R. A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Colonization of xenograft tumors by oncolytic vaccinia virus (VACV) results in enhanced tumor killing due to the involvement of myeloid cells JF - Journal of Translational Medicine N2 - Background The mechanisms by which vaccinia virus (VACV) interacts with the innate immune components are complex and involve different mechanisms. iNOS-mediated NO production by myeloid cells is one of the central antiviral mechanisms and this study aims to investigate specifically whether iNOS-mediated NO production by myeloid cells, is involved in tumor eradication following the virus treatment. Methods Human colon adenocarcinoma (HCT-116) xenograft tumors were infected by VACV. Infiltration of iNOS\(^{+}\) myeloid cell population into the tumor, and virus titer was monitored following the treatment. Single-cell suspensions were stained for qualitative and quantitative flow analysis. The effect of different myeloid cell subsets on tumor growth and colonization were investigated by depletion studies. Finally, in vitro culture experiments were carried out to study NO production and tumor cell killing. Student’s t test was used for comparison between groups in all of the experiments. Results Infection of human colon adenocarcinoma (HCT-116) xenograft tumors by VACV has led to recruitment of many CD11b\(^{+}\) ly6G\(^{+}\) myeloid-derived suppressor cells (MDSCs), with enhanced iNOS expression in the tumors, and to an increased intratumoral virus titer between days 7 and 10 post-VACV therapy. In parallel, both single and multiple rounds of iNOS-producing cell depletions caused very rapid tumor growth within the same period after virus injection, indicating that VACV-induced iNOS\(^{+}\) MDSCs could be an important antitumor effector component. A continuous blockade of iNOS by its specific inhibitor, L-NIL, showed similar tumor growth enhancement 7–10 days post-infection. Finally, spleen-derived iNOS+ MDSCs isolated from virus-injected tumor bearing mice produced higher amounts of NO and effectively killed HCT-116 cells in in vitro transwell experiments. Conclusions We initially hypothesized that NO could be one of the factors that limits active spreading of the virus in the cancerous tissue. In contrast to our initial hypothesis, we observed that PMN-MDSCs were the main producer of NO through iNOS and NO provided a beneficial antitumor effect, The results strongly support an important novel role for VACV infection in the tumor microenvironment. VACV convert tumor-promoting MDSCs into tumor-killing cells by inducing higher NO production. KW - MDSCs KW - VACV KW - iNOS KW - oncolytic virus therapy KW - NO KW - innate immune system KW - antitumor immune response KW - antiviral immunity Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-168914 VL - 14 IS - 340 ER - TY - JOUR A1 - Kirscher, Lorenz A1 - Deán-Ben, Xosé Luis A1 - Scadeng, Miriam A1 - Zaremba, Angelika A1 - Zhang, Qian A1 - Kober, Christina A1 - Fehm, Thomas Felix A1 - Razansky, Daniel A1 - Ntziachristos, Vasilis A1 - Stritzker, Jochen A1 - Szalay, Aladar A. T1 - Doxycycline Inducible Melanogenic Vaccinia Virus as Theranostic Anti-Cancer Agent JF - Theranostics N2 - We reported earlier the diagnostic potential of a melanogenic vaccinia virus based system in magnetic resonance (MRI) and optoacoustic deep tissue imaging (MSOT). Since melanin overproduction lead to attenuated virus replication, we constructed a novel recombinant vaccinia virus strain (rVACV), GLV-1h462, which expressed the key enzyme of melanogenesis (tyrosinase) under the control of an inducible promoter-system. In this study melanin production was detected after exogenous addition of doxycycline in two different tumor xenograft mouse models. Furthermore, it was confirmed that this novel vaccinia virus strain still facilitated signal enhancement as detected by MRI and optoacoustic tomography. At the same time we demonstrated an enhanced oncolytic potential compared to the constitutively melanin synthesizing rVACV system. KW - reporter gene KW - oncolysis KW - molecular imaging KW - virotherapy Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-124987 VL - 5 IS - 10 ER -