TY - THES A1 - Shkumatov, Alexander V. T1 - Methods for hybrid modeling of solution scattering data and their application T1 - Methoden zur Hybriden Modellierung von SAXS Daten (Röntgenkleinwinkelstreuung) und deren Anwendung N2 - Small-angle X-ray scattering (SAXS) is a universal low-resolution method to study proteins in solution and to analyze structural changes in response to variations of conditions (pH, temperature, ionic strength etc). SAXS is hardly limited by the particle size, being applicable to the smallest proteins and to huge macromolecular machines like ribosomes and viruses. SAXS experiments are usually fast and require a moderate amount of purified material. Traditionally, SAXS is employed to study the size and shape of globular proteins, but recent developments have made it possible to quantitatively characterize the structure and structural transitions of metastable systems, e.g. partially or completely unfolded proteins. In the absence of complementary information, low-resolution macromolecular shapes can be reconstructed ab initio and overall characteristics of the systems can be extracted. If a high or low-resolution structure or a predicted model is available, it can be validated against the experimental SAXS data. If the measured sample is polydisperse, the oligomeric state and/or oligomeric composition in solution can be determined. One of the most important approaches for macromolecular complexes is a combined ab initio/rigid body modeling, when the structures (either complete or partial) of individual subunits are available and SAXS data is employed to build the entire complex. Moreover, this method can be effectively combined with information from other structural, computational and biochemical methods. All the above approaches are covered in a comprehensive program suite ATSAS for SAXS data analysis, which has been developed at the EMBL-Hamburg. In order to meet the growing demands of the structural biology community, methods for SAXS data analysis must be further developed. This thesis describes the development of two new modules, RANLOGS and EM2DAM, which became part of ATSAS suite. The former program can be employed for constructing libraries of linkers and loops de novo and became a part of a combined ab initio/rigid body modeling program CORAL. EM2DAM can be employed to convert electron microscopy maps to bead models, which can be used for modeling or structure validation. Moreover, the programs CRYSOL and CRYSON, for computing X-ray and neutron scattering patterns from atomic models, respectively, were refurbished to work faster and new options were added to them. Two programs, to be contributed to future releases of the ATSAS package, were also developed. The first program generates a large pool of possible models using rigid body modeling program SASREF, selects and refines models with lowest discrepancy to experimental SAXS data using a docking program HADDOCK. The second program refines binary protein-protein complexes using the SAXS data and the high-resolution models of unbound subunits. Some results and conclusions from this work are presented here. The developed approaches detailed in this thesis, together with existing ATSAS modules were additionally employed in a number of collaborative projects. New insights into the “structural memory” of natively unfolded tau protein were gained and supramodular structure of RhoA-specific guanidine nucleotide exchange factor was reconstructed. Moreover, high resolution structures of several hematopoietic cytokine-receptor complexes were validated and re-modeled using the SAXS data. Important information about the oligomeric state of yeast frataxin in solution was derived from the scattering patterns recorded under different conditions and its flexibility was quantitatively characterized using the Ensemble Optimization Method (EOM). N2 - Röntgenkleinwinkelstreuung (small angle X-ray scattering, SAXS) ist eine fundamentale niedrigauflösende Methode zur Untersuchung von Proteinen in Lösung und Analyse von Strukturänderungen unter verschiedenen Bedingungen (pH, Temperatur, Ionenstärke, usw.). SAXS ist nicht durch die Teilchengröße begrenzt und die Anwendbarkeit reicht von kleinsten Proteinen bis hin zu großen makromolekularen Maschinen, wie Ribosomen und Viren. SAXS-Experimente sind normalerweise schnell durchzuführen und erfordern eine relativ geringe Menge gereinigten Materials. SAXS wird hauptsächlich eingesetzt, um Größe und Form der globulärer Proteine zu studieren. Die neuesten Entwicklungen ermöglichen jedoch auch die Untersuchung und quantitative Charakterisierung metastabiler Systeme, wie teilweise oder vollständig ungefaltete Proteine. Für die SAXS-Datenanalyse existiert das umfassende Programmpaket ATSAS, welches am EMBL-Hamburg entwickelt wurde. Es ermöglicht die de novo Modellierung der Proteinform mit niedriger Auflösung, wenn keine ergänzende Information über die dreidimensionale Struktur vorhanden ist. Des weiteren können diverse Gesamteigenschaften des untersuchten Systems berechnet werden. Wenn ein hoch oder niedrig aufgelöstes strukturell bestimmtes oder vorgesagtes Modell vorhanden ist, kann es gegen experimentellen SAXS Daten validiert werden. Wenn die Probe polydispers ist, kann der oligomere Zustand und/oder der oligomere Zusammensetzung in Lösung bestimmt werden. Einer der wichtigsten Ansätze für SAXS Untersuchungen an makromolekularen Komplexen ist die kombinierte ab initio/Starrkörper-Modellierung, wenn entweder komplette oder partielle Strukturen der einzelnen Untereinheiten zusammen mit SAXS Daten benutzt werden, um daraus den gesamten Komplex zu konstruieren. Außerdem kann diese Methode mit Informationen von anderen strukturellen, rechnerischen und biochemischen Methoden effektiv kombiniert werden. Um den Anwendungsbereich von SAXS in der Strukturbiologie zu erweitern, müssen Methoden für die SAXS-Datenanalyse weiter entwickelt werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurden zwei neue Module, RANLOGS und EM2DAM, entwickelt und zur ATSAS Programmsuite hinzugefügt. Ersteres kann eingesetzt werden, um eine Bibliothek verknüpfender Polypeptidketten (linkers) und -schleifen (loops) de novo aufzubauen und ist bereits ein Teil des Programms CORAL zur kombinierten ab initio/Starrkörper-Modellierung. EM2DAM kann eingesetzt werden, um Elektronenmikroskopie-Dichtekarten in Kugelmodelle umzuwandeln, welche für die Modellierung oder Struktur-Validierung benutzt werden können. Außerdem wurden die Programme CRYSOL und CRYSON zur Berechnung von Röntgenstrahl- beziehungsweise Neutronenstreumuster aus Atommodellen erweitert, um die Berechnung zu beschleunigen und neue Optionen einzubauen. Zwei weitere Programme, die noch nicht Teil des ATSAS Pakets sind, wurden entwickelt. Das erste ist ein Programm, das mögliche Proteinmodelle von Komplexen unter Verwendung des SAXS Starrkörper-Modellierung-Programms SASREF erstellt. Dann werden Modelle zu experimentellen SAXS-Daten angepasst, ausgewählt und verfeinert unter Verwendung des Protein-Protein-Docking-Programms HADDOCK. Das zweite Programm verfeinert binäre Protein-Protein-Komplexe unter Verwendung von SAXS-Daten sowie hochaufgelöster Modelle der ungebundenen Untereinheiten. Im Folgenden werden die einige Ergebnisse dargestellt und diskutiert. Die entwickelten Methoden wurden zusammen mit den vorhandenen ATSAS-Modulen im Rahmen von Kollaborationsprojekte eingesetzt. So war es möglich, neue Einblicke in das „strukturelle Gedächtnis“ des natürlicherweise ungefalteten Protein tau zu bekommen und die supramodulare Struktur eines RhoA-spezifischen Guanidinnukleotid-Austauschfaktors zu rekonstruieren. Außerdem wurden hoch aufgelöste Strukturen einiger blutbildender Cytokin-Empfänger-Komplexe unter Verwendung von SAXS Daten validiert und verfeinert. Wichtige Informationen über den oligomeren Zustand von Hefe-Frataxin in Lösung wurden aus den unter verschiedenen experimentelle Bedingungen gemessenen Streumustern abgeleitet, und seine Flexibilität wurde quantitativ unter Verwendung der Ensemble-Optimierungs-Methode (EOM) ermittelt. KW - Röntgen-Kleinwinkelstreuung KW - Tau-Protein KW - Datenanalyse KW - teilweise oder vollständig ungefaltete Proteine KW - Proteinstruktur KW - Alzheimer-Krankheit KW - SAXS KW - IDPs KW - protein structure KW - Alzheimer disease KW - tau protein Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-65044 ER - TY - JOUR A1 - Gallo, Lorenzo T1 - Natural hybrids in Sedum series Rupestria Berger (Crassulaceae): a review of taxonomy and nomenclature N2 - The nothotaxa of the genus Sedum series Rupestria Berger (Crassulaceae) are reviewed, three new hybrids (S. ×affomarcoi, S. ×henkii and S. ×pascalianum) are described and Sedum brevierei Chass. is typified. The identity of the western (French) populations of S. rupestre L. subsp. erectum ‘t Hart is also clarified, and a table with all known combinations is given. KW - Botanik KW - Dickblattgewächse KW - Nothotaxa KW - typification KW - Sedum rupestre L. subsp. erectum ‘t Hart Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-71945 ER - TY - THES A1 - Subramanian, Narayan T1 - Role of NaV1.9 in activity dependent axon growth in embryonic cultured motoneurons T1 - Die Rolle der NaV1.9 in Aktivität abhängig Axonwachstum in embryonalen kultivierten Motoneuronen N2 - Spontaneous neural activity has been shown to regulate crucial events in neurite growth including axonal branching and path finding. In animal models of spinal muscular atrophy (SMA) cultured embryonic mouse motoneurons show distinct defect in axon elongation and neural activity. This defect is governed by abnormal clustering of Ca2+ channels in the axonal regions and the protruding growth cone area. The mechanisms that regulate the opening of calcium channels in developing motoneurons are not yet clear. The question was addressed by blocking neural activity in embryonic cultured motoneurons by pharmacological inhibition of voltage-gated sodium channels (VGSC) by saxitoxin (STX) and tetrodotoxin (TTX). Low dosages of STX resulted in significant reduction of axon growth and neural activity in cultured motoneurons. This pharmacological treatment did not affect survival of motoneurons in comparison to control motoneurons that was grown in the presence of survival neurotrophic factors BDNF and CNTF. It was also found that STX was 10 times more potent than TTX a common inhibitor of VGSC with a reduced activity on the TTX-insensitive sodium channels NaV1.5, NaV1.8 and NaV1.9. Reverse Transcriptase-PCR experiments revealed the presence of NaV1.9 as the likely candidate that begins to express from embryonic stage sixteen in the mouse spinal cord. Immunolabelling experiments showed that the channel is expressed in the axonal compartments and axonal growth cones in cultured motoneurons. Suppression of NaV1.9 in cultured motoneurons by lentivirus mediated short hairpin-RNA (shRNA) resulted in shorter axon length in comparison with uninfected and scrambled constructs. Further, embryonic motoneurons cultured from NaV1.9 knockout mice also showed a significant reduction in neural activity and axon growth. The findings of this work highlight the role of NaV1.9 as an important contender in regulating activity dependent axon growth in embryonic cultured motoneurons. NaV1.9 could therefore be considered as a prospective molecule that could play an important role in regulating axon growth in motoneuron disease models like spinal muscular atrophy (SMA). N2 - Spontane neuronale Aktivität reguliert essentielle Ereignisse im Neuritenwachstum, wie beispielsweise die axonale Verzweigung und die Erkennung des Wachstumspfades. Motoneurone, die aus Tiermodellen der Spinalen Muskelatrophie (SMA) gewonnen werden, zeigen einen auffälligen Defekt im Streckenwachstum von Axonen und in der neuronalen Aktivität. Dieser Defekt wird von anormaler Clusterbildung von Ca2+ Kanälen in axonalen Regionen und in Wachstumskegeln begleitet. Die Mechanismen, die das Öffnen von Kalziumkanälen in embryonalen Motoneuronen in der Entwicklung regulieren, und die für das aktivitätsabhängige Axonwachstum benötigt werden, sind nicht bekannt. Diese Frage wurde in dieser Studie bearbeitet, indem neuronale Aktivität in embryonalen Motoneuronen durch pharmakologische Inhibition von spannungsabhängigen Natriumkanälen durch Saxitoxin (STX) und Tetrodotoxin blockiert wurde. Geringe Dosen von Saxitoxin bewirkten eine deutliche Reduktion des Axonwachstums und der neuronalen Aktivität in kultivierten Motoneuronen. Diese pharmakologische Behandlung beeinflusste nicht das Überleben von Motoneuronen im Vergleich zu Kontroll-Motoneuronen, die in der Anwesenheit der neurotrophen Faktoren BDNF und CNTF kultiviert wurden. Saxitoxin war etwa 5-10-mal potenter als TTX, ein üblicher Blocker spannungsabhängiger Natriumkanäle mit einer verminderte Aktivität auf die TTX-insensitiven Natriumkanäle NaV1.5, NaV1.8, und NaV1.9. Reverse-Transkriptase-PCR Experimente bestätigten die Anwesenheit von NaV1.9 am Tag E16 (embryonaler Tag 16) im Rückenmark der Maus. NaV1.9 ist ein einzigartiger Typus von einem Natriumkanal welcher in der Lage ist neuronale Erregbarkeit in der Nähe des Ruhemembranpotentials zu steuern. Deshalb war NaV1.9 ein guter Kandidat für einen Kanal, der spontane Erregung in Motoneuronen vermittelt. Immunofärbungen zeigten, dass NaV1.9 in axonalen Kompartimenten und axonalen Wachstumskegeln von kultivierten Motoneuronen exprimiert ist. Die Unterdrückung von NaV1.9 in kultivierten Motoneuronen durch lentiviralexprimierte short hairpin-RNA (shRNA) resultierte in kürzerer Axonlänge, im Vergleich zu nicht-infizierten Motoneuronen oder Motoneuronen, die eine sinnlose Kontroll-shRNA Sequenz exprimierten. Embryonale, kultivierte Motoneurone von NaV1.9 knockout Mäusen zeigten eine signifikante Verringerung der neuronalen Aktivität und verkürzte Axone. Diese Ergebnisse weisen auf eine Bedeutung von NaV1.9 im aktivitätsabhängigen Axonwachstum hin KW - Axon KW - Embryonalentwicklung KW - Motoneuron KW - Natriumkanal KW - Motoneuronen KW - NaV1.9 KW - motoneuron KW - Nav1.9 KW - axon growth Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-57536 ER - TY - JOUR A1 - Jacka, Felice N. T1 - Nutritional Psychiatry: Inaugural Meeting in Tokyo N2 - Welcome to the inaugural meeting of the International Society for Nutritional Psychiatry Research (ISNPR). It is a great pleasure to have the opportunity to join with colleagues working in this new and exciting field of research. Although there has long been interest in the links between nutritional deficiencies and psychiatric illness, as well as interest in the role of food allergies in such illnesses, the last five years has seen a significant and notable growth in this nascent field of research, with an accompanying impact on the viewpoints and practices of scientists and clinicians working in mental health. In my particular field of interest – that of the role of overall dietary quality in the common mental disorders, depression and anxiety - there has been an exponential growth in the literature since the end of 2009. It is exciting and gratifying to see concordant results from across the globe, in young children and adolescents through to older adults, and from countries as diverse as Norway and Taiwan. The study of the efficacy of nutritional interventions in psychiatric illness is also developing rapidly, with high quality randomised controlled trials now being conducted in multiple settings and with outcomes that include cognition as well as depression, bipolar disorder, schizophrenia and anxiety disorders. Another important development in this field is the rapidly growing recognition that nutrition is of central importance in the risk for cognitive decline and dementia. As this new recognition filters through to clinical researchers, I look forward to seeing new interventions in this area. Another area of research with significant interest and activity grows from the understanding of the centrality of physical health to mental health and vice versa. There are many nutrition researchers, dietitians and other health practitioners working to address the physical health of patients with mental illness; acting on the recognition that physical and mental health are closely related and mutually reinforcing. There is no doubt that the formation of an international society is timely; we now have the opportunity to join forces to share knowledge and build important collaborations. Building capacity in this field by sharing our knowledge with students and early career researchers will be another important activity of our society, as will building the credibility of nutritional psychiatry research through a clear understanding and implementation of best practice scientific methodology. I welcome each of you to extend the invitation to join our new ISNPR to colleagues and students in your networks. I would also encourage you to contribute to the discussions and sharing of knowledge by contributing short pieces to our newsletter, which will be disseminated by the end of this year. For those who are unable to attend this year’s meeting, we hope that 2014 may present a possibility for attendance. Our aim is conduct our first Annual General Meeting before the end of July 2013 via teleconference and I welcome agenda items from those interested. With very best wishes Felice Jacka President ISNPR KW - diet KW - nutrition KW - depression KW - PUFA KW - omega-3 fatty acids KW - Omega-3-Fettsäuren KW - Ernährung KW - Depression KW - fatty acid metabolism KW - micronutrients KW - psychiatric illness Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-101072 ER - TY - JOUR A1 - Truswell, Arthur Stewart T1 - Medical history of obesity N2 - This paper contains the following sections, in approximate chronological order: Early years, Scientific research on energy metabolism, Clinical teaching, Evidence on health risks, Slow recognition of obesity in diabetes, Depression and war, some Obesity research continued in the 1950s and 1960s, New approaches to management, a Universal standard weight for height, Luxuskonsumption, Calories (incompletely) replaced by Joules, Food intakes of obese people, Genetics, unexpected Surge of obesity from 1980, Diabetes, Scarcity of effective, safe drugs for obesity, Leptin and Ghrelin stimulate basic research, Why has the obesity epidemic happened? What is the best weight-reducing diet? Bariatric surgery KW - Fettsucht KW - Ernährung KW - Diät KW - Stoffwechsel KW - Geschichte KW - obesity KW - nutrition KW - dieting KW - energy metabolism KW - Medical history KW - Obesity history KW - Diabetes history Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-78910 ER - TY - JOUR A1 - Gottschlich, Günter A1 - Tison, Jean-Marc A1 - Malecot, Valéry A1 - Rouillard, Thomas T1 - Typification of names in genus Hieracium based on original herbariummaterial of Alexis Jordan and Alexandre Boreau N2 - 181 names of Hieracium species going back to original herbarium material of Alexis Jordan or Alexandre Boreau are lectotypified, 27 are neotypified. The study is based on herbarium specimens of the Université Catholique de Lyon (LY) and Ville d’Angers (ANG), Martrin-Donos’s herbarium at the Institut Botanique de Montpellier (MPUTarn) and Arvet-Touvet’s herbarium at the Musée d’Histoire Naturelle de Grenoble (GRM-AT). The type specimens are illustrated by photographs of the entire herbarium sheets with some detail views of flower heads and leaves. Usual nomenclatural synonyms are given for each taxon. KW - Botanik KW - Habichtskraut KW - Hieracium Y1 - 2011 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-55533 ER - TY - JOUR A1 - Grünwald, Stefanie A1 - Fast, Anna A1 - Müller, Karen A1 - Boll, Michael A1 - Kler, Adolf A1 - Bonnländer, Bernd A1 - Wenzel, Uwe T1 - Feeding a grape seed extract extends the survival of the red flour beetle Tribolium castaneum under heat-stress depending on nrf-2, jnk-1, and foxo-1 homologous genes but independent of catechin monomers N2 - Besides caloric restriction, a diet rich in fruits and vegetables is believed to delay the ageing process thus providing a powerfull tool in preventive medicine. To investigate underlying interactions between food ingredients and genes simple models, such as the red flour beetle Tribolium castaneum, appear especially constructive. Here we show that 1 % of a grape seed extract containing 30 % of procyanidins, significantly increases the survival of T. castaneum at 42 °C when added to flour as a dietary source. The beneficial effects of grape seed extract could not be reproduced by supplementing flour with single catechins of which the oligomeric procyanidins consist. We identified previously stress resistance genes responsible for a survival extension by dietary ingredients and show here by the use of RNA-interference that a knockdown of transcripts encoding homologues of Nrf-2 or Jnk-1 block the effects of grape seed extract on survival. Interestingly, grape seed extract under knockdown of Foxo-1 caused a significant survival reduction, stressing the hormetic response as underlying the survival extension by the dietary interventions. In conclusion, our studies provide evidence that a procyanidin-rich extract is able to extend the survival of the model organism T. castaneum. Catechin monomers, however, appear not to mediate the effects. The active ingredients, moreover, need the presence of stress resistance factors, and here especially of Foxo-1, in order to promote their preventive activities with regard to degenerations. KW - longevity KW - stress resistance KW - Tribolium castaneum KW - food-gene interactions KW - catechins KW - Langlebigkeit KW - Tribolium castaneum KW - Catechine Y1 - 2014 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-101089 ER - TY - THES A1 - Niederlechner, Stefanie T1 - Assessment of the basic molecular mechanisms underlying L-glutamine's cytoprotective effects after intestinal injury T1 - Untersuchung und Auswertung der molekularen Mechanismen, die L-Glutamin's protektivem Zellmechanismus nach Intestinaler Verletzung zugrunde liegen N2 - Critical illness like sepsis, shock, and intestinal bowel disease are one of the leading causes of morbidity and mortality in the US and around the world. At present, studies to define new therapeutic interventions that can protect tissues and cells against injury and attenuate inflammation are fields of intense investigation. While research over the past decade has clearly identified GLN as a vital stress substrate facilitating cellular survival following injury, the initiation steps in GLN’s cytoprotective molecular mechanism still remain elusive. Previously published work suggested that stabilization of ECM proteins and activation of ECM receptor osmosignaling may play a central role in the orchestration of many cellular pathways following stress. Thus, I hypothesized that preservation of ECM protein and EGFR levels as well as ECM receptor signaling play key roles in the molecular mechanisms underlying GLN’s protection against thermal injury in the intestine. I was able to confirm via Western blotting and by using silencing RNA against FN, Ntn-1, EGFR, and their negative controls, that GLN-mediated preservation of FN, Ntn-1, and EGFR levels is critical in GLN’s protection against hyperthermia in IEC-6 cells. By using a selective FN-Integrin interaction inhibitor GRGDSP, its negative control peptide GRGESP, and Src-kinase inhibitor PP2, I showed that FN-Integrin signaling and Src-kinase activation are essential in GLN-mediated protection in the intestine. This applied to EGFR signaling as demonstrated using the EGFR tyrosine kinase inhibitor AG1478. In addition to GRGDSP and AG1478, ERK1/2 inhibitors PD98059 and UO126 as well as the p38MAPK inhibitor SB203580 revealed that GLN is protective by activating ERK1/2 and dephosphorylating p38MAPK via FN-Integrin and EGFR signaling. However, GLN-mediated PI3-K/Akt/Hsp70 activation seems to occur independently of FN-Integrin and EGFR signaling as indicated by Western blots as well as experiments using the PI3-K inhibitor LY294002, GRGDSP, and AG1478. The results showed that GLN activates cell survival signaling pathways via integrins as well as EGFRs after hyperthermia. Moreover, I found that GLN-mediated preservation of FN expression after HS is regulated via PI3-K signaling. Whether GLN-mediated PI3-K signaling happens simultaneously to FN-Integrin and EGFR signaling or whether PI3-K signaling coordinates FN-Integrin and EGFR signaling needs to be investigated in future studies. Further, experiments with PD98059 and GRGDSP revealed that ERK1/2 assists in mediating transactivation of HSF-1 following HS. This leads to increases in Hsp70 expression via FN-Integrin signaling, which is known to attenuate apoptosis after thermal injury. Fluorescence microscopy results indicated that HS and GLN regulate cell are size changes and the morphology of F-actin via FN-Integrin signaling. Experiments using GRGDSP and GRGESP showed that GLN enhances cellular survival via FN-Integrin signaling in a manner that does not require increased intracellular GLN concentrations (as quantified using LC-MS/MS). In summary, my thesis work gives new and potentially clinically relevant mechanistic insights into GLN-mediated molecular cell survival pathways. These results warrant clinical translation to assess if clinical outcome of critically ill patients suffering from gastrointestinal diseases can be improved by GLN treatment and/or by targeting the molecular pathways found in my studies. N2 - Kritische Erkrankungen wie Sepsis, Schock und entzündliche Darmerkrankungen sind eine der häufigsten Todesursachen in den Vereinigten Staaten und dem Rest der Welt. Von großer Bedeutung sind deshalb Studien, die darauf abzielen, neue therapeutische Ansätze zu finden, die Gewebe und Zellen vor Verletzungen schützen und Entzündungen verhindern. Im letzten Jahrzehnt hat sich herausgestellt, dass Glutamin Schutz gegen die pathophysiologischen und pathobiochemischen Entgleisungen während solcher Erkrankungen vermitteln kann. Trotzdem ist es bisher nur sehr unvollständig gelungen, die zugrundeliegenden molekularen Mechanismen, die für diese zellulären Schutzfunktionen von Glutamin verantwortlich sind, aufzuklären. In diesem Zusammenhang gab es erste Hinweise darauf, dass die Stabilisierung von extrazellulären Matrixproteinen und die Aktivierung der Signalwege extrazellulärer Matrixproteinrezeptoren eine wichtige Rolle spielen könnten. Hierauf basierend habe ich die Hypothesen aufgestellt, dass die Expression von extrazellulären Matrixproteingehalten und von epidermalen Wachstumsfaktorrezeptoren (EGFR), sowie die Aktivierung von Integrin- und EGFR-Signalwegen Schlüsselrollen in den protektiven Mechanismen von Glutamin spielen. Meine Arbeiten zeigten anhand von Western Blots und durch den Einsatz von Silencing RNA (gegen Fibronektin, Netrin-1, EGFR und deren Negativkontrollen), dass Glutamin extrazelluläre Matrixproteingehalte, wie Fibronektin und Netrin-1, und EGFR-Levels vor Hitzestress in Darmepithelzellen bewahrt, wodurch Apoptose verhindert wird. Außerdem konnte ich mit Hilfe des selektiven Inhibitors GRGDSP, seiner Negativkontrolle GRGESP und des Src-Kinase-Inhibitors PP2 nachweisen, dass auch die Aktivierung von Fibronektin-Integrin-Signalwegen und von Src-Kinasen an den Schutzmechanismen von Glutamin im Darm beteiligt sind. Wie mit Hilfe des spezifischen EGFR-Tyrosinkinase-Inhibitors AG1478 nachgewiesen werden konnte, trifft dies auch für die EGFR-Signalwege zu. Zusätzlich zu GRGDSP und AG1478 wurden auch die ERK1/2-Kinase-Inhibitoren PD98059 und UO126 und der p38MAPK-Inhibitor verwendet, um zu zeigen, dass Glutamin Darmepithelzellen durch die Aktivität von Fibronektin-Integrin- und EGFR-Signalwegen vor Hitzestress schützt, indem es EKR1/2 phosphoryliert und p38MAPK dephosphoryliert. PI-3K/Akt/Hsp70-Signalwege werden ebenfalls von Glutamin aktiviert, jedoch unabhängig von Fibronektin-Integrin- und EGFR-Signalwegen. Dies konnte anhand von Western Blot Experimenten und mit Hilfe von LY294002 (PI-3K-Inhibitor), GRGDSP und AG1478 bewiesen werden. Glutamin scheint die gleichen Signalwege sowohl mit Hilfe von Integrinen als auch von EGFR zu beeinflussen, um so den Zelltod in Darmepithelzellen nach Hitzestress zu verhindern. Desweiteren konnte gezeigt werden, dass Glutamin die Erhaltung von Fibronektinkonzentrationen nach Hitzestress durch den PI-3K-Signalweg reguliert. Ob Glutamin den PI-3K-Signalweg parallel zu den Integrin- und EGFR-Signalwegen aktiviert oder ob der von Glutamin ausgelöste PI-3K-Signalweg die Integrin- und EGFR-Signalwege steuert, muss noch weiter untersucht werden. Experimente mit PD98059 und GRGDSP zeigten, dass ERK1/2 in der Gegenwart von Glutamin den Transkriptionsfaktor HSF-1 durch den Fibronektin-Integrin-Signalweg nach Hitzestress transaktiviert. Dadurch nimmt die Expression von Hsp70, welches den Zelltod nach Hitzeschock verhindert, zu. Mit Hilfe der Fluoreszenzmikroskopie konnte gezeigt werden, dass Hitzestress und Glutamin die Zellgröße und die Aktinmorphologie von Darmepithelzellen durch Fibronektin-Integrin-Signalwege steuern können. Außerdem ergaben Versuche mit GRGDSP und GRGESP, dass Glutamin unabhänging von seinen intrazellulären Konzentrationen das Überleben von Darmepithelzellen durch die Aktivierung von Fibronektin-Integrin-Signalwegen erhöhen kann. Hierbei wurden die Glutaminkonzentrationen mit LC-MS/MS gemessen. Die Versuche im Rahmen meiner Dissertation konnten neue und potentiell klinisch relevante Signalwege der molekularen Schutzmechanismen von Glutamin aufdecken. Diese Ergebnisse können die Grundlage für translationale Studien darstellen, die weiter untersuchen, ob die Überlebensrate von Patienten mit entzündlichen Darmerkrankungen durch die Behandlung mit Glutamin oder durch gezielte Beeinflussung der hier untersuchten molekularen Mechanismen verbessert werden kann. KW - Glutamin KW - Integrine KW - Epidermaler Wachstumsfaktor-Rezeptor KW - Apoptosis KW - glutamine KW - integrins KW - epidermal growth factor receptor KW - cell death KW - cell survival KW - EGFR KW - ERK1/2 KW - p38MAPK KW - PI3-K KW - Akt KW - Apoptose Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-77399 ER - TY - GEN T1 - BLICK 2022 - Jahrbuch der Julius-Maximilians-Universität Würzburg BT - Wissenschaft für die Gesellschaft N2 - Die Entwicklung der Universität Würzburg im Jahr 2022. N2 - Annual Report of the University of Würzburg, 2022. T3 - Blick : die Jahrbücher der Julius-Maximilians-Universität Würzburg - 2022 KW - Bericht KW - Julius-Maximilians-Universität Würzburg KW - Jahresbericht KW - annual report KW - Wuerzburg KW - Wurzburg Y1 - 2023 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-317455 UR - https://www.uni-wuerzburg.de/presse/jmu/publikationen/jahresberichte/ SN - 2192-1431 VL - 2022 ER - TY - JOUR A1 - Steinmann, Rebekka A1 - Cortegoso Valdivia, Pablo A1 - Nowak, Tanja A1 - Koulaouzidis, Anastasios T1 - An overview of the evolution of capsule endoscopy research — text-mining analysis and publication trends JF - Diagnostics N2 - There has been a steady increase (annual percentage growth rate of 19.2%, average of 18.3 citations per document) in capsule endoscopy (CE) publications from a global, interdisciplinary research community on a growing range of CE applications over the last 20+ years. We here present the status of CE as a field of research, tracing its evolution over time and providing insight into its potential for diagnostics, prevention and treatment of gastrointestinal (GI) tract diseases. To portray the development of the CE research landscape in the 2000–2021 time span, we analyzed 5764 scientific publications. Analyses were performed using the R language and environment for statistical computing and graphics and VOSviewer, a software developed for scientific literature analysis by scientometricians. The aim of this paper is to provide a wide comprehensive analysis of the trends in CE publications. We thus performed subgroup analysis on the selected papers, including indications, annual percentage growth rate, average citations per document, most publications from research areas/interdisciplinary field of the articles, geography, collaboration networks through institutions, specific clinical keywords and device type. The firm increase in CE publications over the last two decades highlights the overall strength of the technology in GI applications. Furthermore, the introduction to the field of artificial intelligence (AI) tools has been promoting a range of technological advances that keep on affecting the diagnostic potential of CE. KW - capsule endoscopy KW - research KW - meta-view Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-288515 SN - 2075-4418 VL - 12 IS - 9 ER -