TY - THES A1 - Hammel, Clara T1 - Einfluss longitudinaler Veränderungen der linksventrikulären Ejektionsfraktion auf das Langzeitüberleben bei Herzinsuffizienzpatienten mit leicht reduzierter Ejektionsfraktion oder reduzierter Ejektionsfraktion T1 - Impact of longitudinal changes in left ventricular ejection fraction on outcomes of patients with mid-range ejection fraction and reduced ejection N2 - Diese retrospektive Studie an der Universitätsklinik Würzburg diente der Beurteilung der longitudinalen Funktion in Bezug auf die Gesamtmortalität bei Patienten mit HFmrEF und HFrEF. Die Gruppierung erfolgte anhand der jeweiligen Baseline LVEF. Eine weitere Unterteilung erfolgte in eine ischämische oder nicht-ischämische Genese der HF. Die Subgruppen wurden anhand der Baseline klinischen Charakteristika sowie der echokardiographischen Parameter verglichen. Hier ließ sich ein relativ ähnliches Patientenklientel mit vergleichbarem Alter, Geschlecht, BMI sowie kardialen Risikofaktoren zeigen. Signifikante Unterschiede ergab der Vergleich des NYHA-Stadiums, der Nierenfunktion sowie des Auftretens von Myokardinfarkten. Die Veränderung der LVEF über die Zeit hat einen zentralen Stellenwert zur Evaluation des Outcomes von Patienten mit HFmrEF und HFrEF. Eine Verbesserung der LVEF fand sich signifikant häufiger bei HFrEF Patienten als bei HFmrEF Patienten, welche über die Zeit signifikant häufiger eine stabile LVEF aufwiesen. Außerdem war nach Auswertung der Überlebenskurven nach Kaplan-Meier in HFmrEF Patienten eine verbesserte oder unveränderte LVEF über die Zeit mit einem besseren Überleben verbunden, vor allem bei Patienten mit ischämischer Ätiologie. In der HFrEF Gruppe konnte gezeigt werden, dass sowohl Patienten mit ischämischer als auch mit nicht-ischämischer Ätiologie bei Vorliegen einer verbesserten oder unveränderten LVEF über die Zeit ein besseres Outcome aufwiesen. Eine erniedrigte MAPSE bedeutete vor allem bei HFmrEF Patienten mit nicht-ischämischer Ätiologie ein schlechteres Outcome. Die Ergebnisse dienten unter anderem der weiteren Charakterisierung der HFmrEF und HFrEF Gruppe sowie der Identifikation von Faktoren zur Beurteilung der Veränderung der LVEF über die Zeit und der Prognose des Langzeitüberlebens beider Gruppen. Ziel für die Zukunft sollte sein, auch für HFmrEF Patienten evidenzbasierte Herzinsuffizienz Therapien zu etablieren. N2 - This retrospective study at the University Hospital of Wuerzburg was designed to assess longitudinal function in relation to all-cause mortality in patients with HFmrEF and HFrEF. The grouping was based on the respective baseline LVEF. A further subdivision was made using coronary angiographic data into ischemic or non-ischemic genesis of HF. The subgroups were compared on the basis of baseline clinical characteristics and echocardiographic parameters. This revealed a relatively similar patient cohort with comparable age, gender, BMI and cardiac risk factors. Significant differences were found in the comparison of NYHA stage, renal function and the occurrence of myocardial infarction. The change in LVEF over time is of central importance for evaluating the outcome of patients with HFmrEF and HFrEF. An improvement in LVEF was significantly more common in HFrEF patients than in HFmrEF patients, who were significantly more likely to have a stable LVEF over time. Furthermore, according to the Kaplan-Meier survival curves in HFmrEF patients, improved or unchanged LVEF over time was associated with better survival, especially in patients with ischemic etiology. In the HFrEF group, it was shown that both patients with ischemic and non-ischemic etiology had a better outcome with improved or unchanged LVEF over time. A lower MAPSE was associated with a worse outcome, especially in HFmrEF patients with non-ischemic etiology. The results were used, among other things, to further characterize the HFmrEF and HFrEF groups and to identify factors for evaluating the change in LVEF over time and the prognosis of long-term survival in both groups. The aim for the future should be to establish evidence-based heart failure therapies for HFmrEF patients as well. KW - Transthorakale Echokardiographie KW - Herzinsuffizienz KW - MAPSE KW - HFmrEF KW - HFrEF KW - Langzeitüberleben KW - leicht reduzierte Herzinsuffizienz KW - reduzierte Herzinsuffizienz KW - longitudinale Funktion Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360025 ER - TY - JOUR A1 - Allert, Stefanie A1 - Förster, Toni M. A1 - Svensson, Carl-Magnus A1 - Richardson, Jonathan P. A1 - Pawlik, Tony A1 - Hebecker, Betty A1 - Rudolphi, Sven A1 - Juraschitz, Marc A1 - Schaller, Martin A1 - Blagojevic, Mariana A1 - Morschhäuser, Joachim A1 - Figge, Marc Thilo A1 - Jacobsen, Ilse D. A1 - Naglik, Julian R. A1 - Kasper, Lydia A1 - Mogavero, Selene A1 - Hube, Bernhard T1 - \(Candida\) \(albicans\)-Induced Epithelial Damage Mediates Translocation through Intestinal Barriers JF - mBio N2 - Life-threatening systemic infections often occur due to the translocation of pathogens across the gut barrier and into the bloodstream. While the microbial and host mechanisms permitting bacterial gut translocation are well characterized, these mechanisms are still unclear for fungal pathogens such as Candida albicans, a leading cause of nosocomial fungal bloodstream infections. In this study, we dissected the cellular mechanisms of translocation of C. albicans across intestinal epithelia in vitro and identified fungal genes associated with this process. We show that fungal translocation is a dynamic process initiated by invasion and followed by cellular damage and loss of epithelial integrity. A screen of >2,000 C. albicans deletion mutants identified genes required for cellular damage of and translocation across enterocytes. Correlation analysis suggests that hypha formation, barrier damage above a minimum threshold level, and a decreased epithelial integrity are required for efficient fungal translocation. Translocation occurs predominantly via a transcellular route, which is associated with fungus-induced necrotic epithelial damage, but not apoptotic cell death. The cytolytic peptide toxin of C. albicans, candidalysin, was found to be essential for damage of enterocytes and was a key factor in subsequent fungal translocation, suggesting that transcellular translocation of C. albicans through intestinal layers is mediated by candidalysin. However, fungal invasion and low-level translocation can also occur via non-transcellular routes in a candidalysin-independent manner. This is the first study showing translocation of a human-pathogenic fungus across the intestinal barrier being mediated by a peptide toxin. IMPORTANCE Candida albicans, usually a harmless fungus colonizing human mucosae, can cause lethal bloodstream infections when it manages to translocate across the intestinal epithelium. This can result from antibiotic treatment, immune dysfunction, or intestinal damage (e.g., during surgery). However, fungal processes may also contribute. In this study, we investigated the translocation process of C. albicans using in vitro cell culture models. Translocation occurs as a stepwise process starting with invasion, followed by epithelial damage and loss of epithelial integrity. The ability to secrete candidalysin, a peptide toxin deriving from the hyphal protein Ece1, is key: C. albicans hyphae, secreting candidalysin, take advantage of a necrotic weakened epithelium to translocate through the intestinal layer. KW - Candida albicans KW - candidalysin KW - host cell damage KW - host cell invasion KW - intestinal barrier KW - necrosis KW - translocation Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-221084 VL - 9 IS - 3 ER - TY - THES A1 - Abelein, Christian Karl T1 - „Ich habe mich so daran gewöhnt, daß ich beinahe nie dichte ohne zugleich zu singen!“ – Der Briefwechsel zwischen August Heinrich Hoffmann von Fallersleben (1798–1874) und Hans Michael Schletterer (1824–1893) als Dokument einer konstruktiven Zusammenarbeit zwischen Dichter und Komponist im 19. Jahrhundert. T1 - “I've gotten so used to it that I almost never write poetry without singing at the same time!” - The correspondence between August Heinrich Hoffmann von Fallersleben (1798-1874) and Hans Michael Schletterer (1824-1893) as a document of a constructive collaboration between poets and composer in the 19th century. N2 - Die von Friedhelm Brusniak und Ulrich Konrad betreute und angenommene Dissertation nimmt den Briefwechsel zwischen August Heinrich Hoffmann von Fallersleben und dem jüngeren Augsburger Kapellmeister und Komponisten Hans Michael Schletterer in den Jahren 1862 bis 1873 in den Blick und dokumentiert dabei Hoffmanns Einfluss auf den Entstehungsprozess der Vertonungen seiner Lieder, besonders seiner Kinderlieder. Die Arbeit beleuchtet zudem den Erfahrungsschatz, den sich der ‚Dichter-Sänger‘ Hoffmann von Fallersleben auch durch die Zusammenarbeit mit anderen Musikern seiner Zeit, vorrangig Ludwig Christian Erk (1807–1883) und Ernst Heinrich Leopold Richter (1805–1876), erworben hatte. Darüber hinaus werden in der Korrespondenz Themen des gesellschaftlichen und politischen Lebens, der privaten und beruflichen Situation beider wie auch Hoffmanns Rolle als väterlicher Berater Schletterers berührt. Die Arbeit darf als neuer substantieller Beitrag der Hoffmann-Forschung und der interdisziplinären Liedforschung angesehen werden, der insbesondere der Kinderliedforschung neue Impulse verleiht. N2 - The dissertation, supervised by Friedhelm Brusniak and Ulrich Konrad and accepted, looks at the correspondence between August Heinrich Hoffmann von Fallersleben and the younger Augsburg conductor and composer Hans Michael Schletterer from 1862 to 1873 and documents Hoffmann's influence on the creation process of the settings his songs, especially his children's songs. The work also sheds light on the wealth of experience that the 'poet-singer' Hoffmann von Fallersleben acquired through collaboration with other musicians of his time, primarily Ludwig Christian Erk (1807–1883) and Ernst Heinrich Leopold Richter (1805–1876). . In addition, the correspondence touches on topics of social and political life, the private and professional situation of both, as well as Hoffmann's role as Schletterer's fatherly advisor. The work can be seen as a new, substantial contribution to Hoffmann research and interdisciplinary song research, which gives new impetus to children's song research in particular. KW - Hoffmann von Fallersleben, August Heinrich KW - Schletterer, Hans Michel KW - Hoffmann von Fallersleben Lieder Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-363862 ER - TY - JOUR A1 - Ghosh, Sujal A1 - Hönscheid, Andrea A1 - Dückers, Gregor A1 - Ginzel, Sebastian A1 - Gohlke, Holger A1 - Gombert, Michael A1 - Kempkes, Bettina A1 - Klapper, Wolfram A1 - Kuhlen, Michaela A1 - Laws, Hans-Jürgen A1 - Linka, René Martin A1 - Meisel, Roland A1 - Mielke, Christian A1 - Niehues, Tim A1 - Schindler, Detlev A1 - Schneider, Dominik A1 - Schuster, Friedhelm R. A1 - Speckmann, Carsten A1 - Borkhardt, Arndt T1 - Human RAD52 - a novel player in DNA repair in cancer and immunodeficiency JF - Haematologica N2 - No abstract available. KW - human medicine KW - DNA-Repair KW - cancer KW - immunodeficiency KW - RAD52 Y1 - 2017 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-180862 VL - 102 IS - 2 ER - TY - JOUR A1 - Hennrich, Marco L. A1 - Romanov, Natalie A1 - Horn, Patrick A1 - Jaeger, Samira A1 - Eckstein, Volker A1 - Steeples, Violetta A1 - Ye, Fei A1 - Ding, Ximing A1 - Poisa-Beiro, Laura A1 - Mang, Ching Lai A1 - Lang, Benjamin A1 - Boultwood, Jacqueline A1 - Luft, Thomas A1 - Zaugg, Judith B. A1 - Pellagatti, Andrea A1 - Bork, Peer A1 - Aloy, Patrick A1 - Gavin, Anne-Claude A1 - Ho, Anthony D. T1 - Cell-specific proteome analyses of human bone marrow reveal molecular features of age-dependent functional decline JF - Nature Communications N2 - Diminishing potential to replace damaged tissues is a hallmark for ageing of somatic stem cells, but the mechanisms remain elusive. Here, we present proteome-wide atlases of age-associated alterations in human haematopoietic stem and progenitor cells (HPCs) and five other cell populations that constitute the bone marrow niche. For each, the abundance of a large fraction of the ~12,000 proteins identified is assessed in 59 human subjects from different ages. As the HPCs become older, pathways in central carbon metabolism exhibit features reminiscent of the Warburg effect, where glycolytic intermediates are rerouted towards anabolism. Simultaneously, altered abundance of early regulators of HPC differentiation reveals a reduced functionality and a bias towards myeloid differentiation. Ageing causes alterations in the bone marrow niche too, and diminishes the functionality of the pathways involved in HPC homing. The data represent a valuable resource for further analyses, and for validation of knowledge gained from animal models. KW - ageing KW - haematopoietic stem cells KW - mesenchymal stem cells Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-319877 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Hines, Rochelle M. A1 - Maric, Hans Michael A1 - Hines, Dustin J. A1 - Modgil, Amit A1 - Panzanelli, Patrizia A1 - Nakamura, Yasuko A1 - Nathanson, Anna J. A1 - Cross, Alan A1 - Deeb, Tarek A1 - Brandon, Nicholas J. A1 - Davies, Paul A1 - Fritschy, Jean-Marc A1 - Schindelin, Hermann A1 - Moss, Stephen J. T1 - Developmental seizures and mortality result from reducing GABAA receptor α2-subunit interaction with collybistin JF - Nature Communications N2 - Fast inhibitory synaptic transmission is mediated by γ-aminobutyric acid type A receptors (GABAARs) that are enriched at functionally diverse synapses via mechanisms that remain unclear. Using isothermal titration calorimetry and complementary methods we demonstrate an exclusive low micromolar binding of collybistin to the α2-subunit of GABAARs. To explore the biological relevance of collybistin-α2-subunit selectivity, we generate mice with a mutation in the α2-subunit-collybistin binding region (Gabra2-1). The mutation results in loss of a distinct subset of inhibitory synapses and decreased amplitude of inhibitory synaptic currents. Gabra2–1 mice have a striking phenotype characterized by increased susceptibility to seizures and early mortality. Surviving Gabra2-1 mice show anxiety and elevations in electroencephalogram δ power, which are ameliorated by treatment with the α2/α3-selective positive modulator, AZD7325. Taken together, our results demonstrate an α2-subunit selective binding of collybistin, which plays a key role in patterned brain activity, particularly during development. KW - cellular neuroscience KW - ion channels in the nervous system KW - neurotransmitters KW - synaptic development Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-320719 VL - 9 ER - TY - JOUR A1 - Hernández, Gonzalo A1 - José Ramírez, María A1 - Minguillón, Jordi A1 - Quiles, Paco A1 - Ruiz de Garibay, Gorka A1 - Aza-Carmona, Miriam A1 - Bogliolo, Massimo A1 - Pujol, Roser A1 - Prados-Carvajal, Rosario A1 - Fernández, Juana A1 - García, Nadia A1 - López, Adrià A1 - Gutiérrez-Enríquez, Sara A1 - Diez, Orland A1 - Benítez, Javier A1 - Salinas, Mónica A1 - Teulé, Alex A1 - Brunet, Joan A1 - Radice, Paolo A1 - Peterlongo, Paolo A1 - Schindler, Detlev A1 - Huertas, Pablo A1 - Puente, Xose S. A1 - Lázaro, Conxi A1 - Àngel Pujana, Miquel A1 - Surrallés, Jordi T1 - Decapping protein EDC4 regulates DNA repair and phenocopies BRCA1 JF - Nature Communications N2 - BRCA1 is a tumor suppressor that regulates DNA repair by homologous recombination. Germline mutations in BRCA1 are associated with increased risk of breast and ovarian cancer and BRCA1 deficient tumors are exquisitely sensitive to poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors. Therefore, uncovering additional components of this DNA repair pathway is of extreme importance for further understanding cancer development and therapeutic vulnerabilities. Here, we identify EDC4, a known component of processing-bodies and regulator of mRNA decapping, as a member of the BRCA1-BRIP1-TOPBP1 complex. EDC4 plays a key role in homologous recombination by stimulating end resection at double-strand breaks. EDC4 deficiency leads to genome instability and hypersensitivity to DNA interstrand cross-linking drugs and PARP inhibitors. Lack-of-function mutations in EDC4 were detected in BRCA1/2-mutation-negative breast cancer cases, suggesting a role in breast cancer susceptibility. Collectively, this study recognizes EDC4 with a dual role in decapping and DNA repair whose inactivation phenocopies BRCA1 deficiency. KW - cancer KW - double-strand DNA breaks KW - genomic instability KW - RNA metabolism Y1 - 2018 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-319929 VL - 9 ER - TY - THES A1 - Swain, Asim T1 - Helically Twisted Graphene Nanoribbons: Bottom-up Stereospecific Synthesis and Characterization T1 - Helikal verdrehte Graphen-Nanoribbons: Bottom-up stereospezifische Synthese und Charakterisierung N2 - Over the past decade, substantial progress has been made in synthesizing atomically precise carbon nanostructures, with a focus on graphene nanoribbons (NRs) through advanced synthetic techniques. Despite these advancements, precise control over the stereochemistry of twisted NRs remains challenging. This thesis introduces a strategic approach to achieve absolute control over the single-handed helical conformation in a cove-edged NR, utilizing enantiopure [n]helicenes as a molecular wrench to intricately dictate the overall conformation of the NR. Enantiopure [7]helicenes were stitched to the terminal K-regions of a conjugated pyrene NR using a stereospecific and site-selective palladium(II)-catalyzed annulative π-extension (APEX) reaction, resulting in a helically twisted NR with an end-to-end twist of 171°, the second-largest twist reported so far in the literature for twistacenes. The helical end-to-end twist increases with each addition of benzene ring to the central acene core, suggesting that the extra strain induced by the terminal [7]helicenes maintains such a high level of twist. The quantum chemical calculations were conducted to investigate the impact of twisting on the conformational population. At room temperature, the central backbone of the nanoribbon adopts the twisted helicity opposite to that of the attached [7]helicene, constituting around 99% of the molecular population. For instance, (P)-[7]helicenes produce a left-handed helical nanoribbon, while (M)-[7]helicenes produce a right-handed helical nanoribbon. In the presence of helicenes of opposite chirality, the nanoribbon adopts a waggling conformation. The helically twisted nanoribbons are conformationally robust, as variable temperature chiroptical measurements showed no change in CD and CPL spectra. The proposed strategy, involving the late-stage addition of [n]helicene units through the APEX reaction, appears promising for streamlining the synthesis of diverse cove edge NR variants with desired conformations. In addition to single-handed helically twisted nanoribbons, the symmetry-based functional properties of C2 and C1 symmetric pyrene-fused single and double [n]helicene compounds were studied. Owing to its higher structural rigidity, the C1 symmetric heptagonal ring-containing molecules exhibited exceptional configurational stability along with remarkable chiroptical properties compared to their C2 symmetric as well as pristine helicene congeners. N2 - In den letzten zehn Jahren wurden erhebliche Fortschritte bei der Synthese von atomar präzisen Kohlenstoffnanostrukturen erzielt, bei denen der Schwerpunkt durch verbesserte synthetische Methoden auf Graphen-Nanoribbons (NRs) lag. Trotz dieser Fortschritte bleibt die Kontrolle über die Stereochemie verdrehter NRs eine Herausforderung. Diese Dissertation stellt einen strategischen Ansatz vor, um absolute Kontrolle über die einhändig-helikale Konformation in einem cove-edged NR zu erreichen. Dabei werden enantiomerenreine [n]Helicene als molekulare Werkzeuge verwendet, um die Gesamtkonformation des NR präzise zu steuern. Enantiomerenreine [7]Helicene wurden mittels einer stereospezifischen und ortsselektiven Palladium(II)-katalysierten annulativen π-Erweiterungsreaktion (APEX) an die terminalen K-Regionen eines konjugierten Pyren-NR gebunden. Dies führte zu einem helikal-verdrehten NR mit einer End-zu-End-Windung von 171°, der zweithöchsten bisher in der Literatur für Twistacene berichteten Windung. Die helikale End-zu-End-Windung nimmt mit jeder Erweiterung um einen Benzolring zum zentralen Acenekern zu, was darauf hindeutet, dass die durch die terminalen [7]Helicene induzierte zusätzliche Spannung ein solch hohes Maß an Windung aufrechterhält. Quantenchemischen Berechnungen wurden durchgeführt, um den Einfluss der Verdrehung auf die konformationelle Population zu untersuchen. Bei Raumtemperatur nimmt das zentrale Rückgrat des Nanoribbons die entgegengesetzte Helizität zu der der angefügten [7]Helicene an, was etwa 99 % der molekularen Population ausmacht. Beispielsweise erzeugen (P)-[7]Helicene ein linkshändig-helikales Nanoribbon, während (M)-[7]Helicene ein rechtshändig-helikales Nanoribbon erzeugen. In Gegenwart von Helicenen entgegengesetzter Chiralität nimmt das Nanoribbon eine waggling-Konformation an. Die helikal-verdrehten Nanoribbons sbesitzen eine robuste Konformation, da chiroptische Messungen bei variablen Temperaturen keine Veränderung in den CD- und CPL-Spektren zeigten. Der vorgeschlagene Ansatz, der die Erweiterung durch [n]Helicen-Einheiten mithilfe der APEX-Reaktion umfasst, scheint vielversprechend für die Vereinfachung der Synthese verschiedener cove-edged NR-Varianten mit gewünschten Konformationen. Neben einhändig helikal-verdrehten Nanoribbons wurden die symmetriebasierten funktionellen Eigenschaften von C2- und C1-symmetrischen Pyren-gebundenen Einzel- und Doppel-[n]Helicenverbindungen untersucht. Aufgrund ihrer höheren strukturellen Rigidität zeigten die C1-symmetrischen heptagonalen Ringverbindungen außergewöhnliche hohe Konfigurationsstabilität sowie bemerkenswerte chiroptische Eigenschaften im Vergleich zu ihren C2-symmetrischen sowie reinen Helicen-Kongeneren. KW - Helicene KW - Pyren KW - Nanoribbon KW - Chirality KW - Acenes KW - Pyrene Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360164 ER - TY - THES A1 - Ramirez, Yesid A. T1 - Structural basis of ubiquitin recognition and rational design of novel covalent inhibitors targeting Cdu1 from \(Chlamydia\) \(Trachomatis\) T1 - Strukturelle Grundlage der Ubiquitin-Erkennung und rationales Design neuer kovalenter Inhibitoren gegen die Deubiquitinylase Cdu1 aus \(Chlamydia\) \(Trachomatis\) N2 - The WHO-designated neglected-disease pathogen Chlamydia trachomatis (CT) is a gram-negative bacterium responsible for the most frequently diagnosed sexually transmitted infection worldwide. CT infections can lead to infertility, blindness and reactive arthritis, among others. CT acts as an infectious agent by its ability to evade the immune response of its host, which includes the impairment of the NF-κB mediated inflammatory response and the Mcl1 pro-apoptotic pathway through its deubiquitylating, deneddylating and transacetylating enzyme ChlaDUB1 (Cdu1). Expression of Cdu1 is also connected to host cell Golgi apparatus fragmentation, a key process in CT infections. Cdu1 may this be an attractive drug target for the treatment of CT infections. However, a lead molecule for the development of novel potent inhibitors has been unknown so far. Sequence alignments and phylogenetic searches allocate Cdu1 in the CE clan of cysteine proteases. The adenovirus protease (adenain) also belongs to this clan and shares a high degree of structural similarity with Cdu1. Taking advantage of topological similarities between the active sites of Cdu1 and adenain, a target-hopping approach on a focused set of adenain inhibitors, developed at Novartis, has been pursued. The thereby identified cyano-pyrimidines represent the first active-site directed covalent reversible inhibitors for Cdu1. High-resolution crystal structures of Cdu1 in complex with the covalently bound cyano-pyrimidines as well as with its substrate ubiquitin have been elucidated. The structural data of this thesis, combined with enzymatic assays and covalent docking studies, provide valuable insights into Cdu1s activity, substrate recognition, active site pocket flexibility and potential hotspots for ligand interaction. Structure-informed drug design permitted the optimization of this cyano-pyrimidine based scaffold towards HJR108, the first molecule of its kind specifically designed to disrupt the function of Cdu1. The structures of potentially more potent and selective Cdu1 inhibitors are herein proposed. This thesis provides important insights towards our understanding of the structural basis of ubiquitin recognition by Cdu1, and the basis to design highly specific Cdu1 covalent inhibitors. N2 - Der Krankheitserreger Chlamydia trachomatis (CT) - ein gramnegatives Bakterium - ist verantwortlich für die häufigste sexuell übertragene Infektionskrankheit weltweit, die CT basierte Chlamydiose. Sie wird von der Weltgesundheitsorganisation zu den vernachlässigten Krankheiten gezählt. CT Infektionen können unter anderem zu Unfruchtbarkeit, Erblindung und reaktiver Arthritis führen. CT agiert als Krankheitserreger mittels seiner Fähigkeit, die Immunantwort des Wirts zu umgehen. Dies umfasst unter anderem die Schwächung und Störung der NF-κB vermittelten Entzündungsantwort und des Mcl1 pro-Apoptoseweges über ihr deubiquitinierendes, deneddylierendes und trans-acetylierendes Enzym ChlaDub1 (Cdu1). Die Expression von Cdu1 ist aber auch mit der Fragmentierung des Golgi-Apparates des Wirtes verknüpft, ein Schlüsselprozess bei Infektionen mit CT. Cdu1 ist daher vermutlich ein attraktives Zielprotein für die Entwicklung von Wirkstoffen, um CT Infektionen zu behandeln. Eine Leitstrukturverbindung zur Entwicklung neuer wirksamer Inhibitoren war bislang jedoch noch nicht bekannt. Sequenzvergleiche und phylogenetische Untersuchungen verorten Cdu1 im CE Clan der Cysteinproteasen. Die Adenovirus-Protease (Adenain) gehört ebenfalls diesem Clan an und besitzt strukturelle Ähnlichkeit mit Cdu1. Unter Ausnutzung der topologischen Ähnlichkeiten der aktiven Zentren von Cdu1 und Adenain wurde ein Target-Hopping Ansatz mit einem klar definierten und fokussierten Satz von bei Novartis entwickelten Adenain-Inhibitoren verfolgt. Die hierbei identifizierten Cyano-Pyrimidine stellen die ersten kovalenten Inhibitoren von Cdu1 dar, die an das aktive Zentrum von Cdu1 binden und es direkt adressieren. Hochauflösend wurden Kristallstrukturen sowohl von Komplexen von Cdu1 mit kovalent gebundenen Cyano-Pyrimidinen als auch mit Cdu1’s natürlichem Substrat Ubiquitin bestimmt. Die Kristallstrukturdaten dieser Doktorarbeit in Kombination mit Enzymassays und kovalenten Docking-Studien liefern wertvolle Hinweise bezüglich der Aktivität des Enzyms, der molekularen Substraterkennung, der Flexibiliät der Proteintasche rund um das aktive Zentrum und potentielle Hotspots für die Wechselwirkung mit Liganden. Ein strukturbasiertes Wirkstoffdesign erlaubte die Optimierung des Cyano-Pyrimidin-basierten Molekülgerüstes, die zu der Entwicklung der HJR108 Verbindung führte. Es ist das erste Molekül seiner Art, das speziell dazu entworfen wurde Cdu1 zu inhibieren. Strukturen potentiell noch wirksamerer und selektiver Cdu1 Inhibitoren werden in dieser Arbeit vorgeschlagen. Diese Dissertationsschrift liefert somit wertvolle Beiträge zum Verständnis der strukturellen Grundlagen der molekularen Erkennung von Ubiquitin durch Cdu1 und Hinweise, die die Entwicklung hoch-spezifischer kovalenter Cdu1 Inhibitoren erlauben sollten. KW - CE Proteaes KW - covalent inhibition KW - drug repurposing KW - DUB KW - Ubiquitin KW - Inhibitor KW - Chlamydia trachomatis Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-191683 ER - TY - THES A1 - Dietrich, Oliver T1 - Integrating single-cell multi-omics to decipher host-pathogen interactions T1 - Integration von Genomik Daten einzelner Zellen zur Entschlüsselung von Wirt-Pathogen Interaktionen N2 - Interactions between host and pathogen determine the development, progression and outcomes of disease. Medicine benefits from better descriptions of these interactions through increased precision of prevention, diagnosis and treatment of diseases. Single-cell genomics is a disruptive technology revolutionizing science by increasing the resolution with which we study diseases. Cell type specific changes in abundance or gene expression are now routinely investigated in diseases. Meanwhile, detecting cellular phenotypes across diseases can connect scientific fields and fuel discovery. Insights acquired through systematic analysis of high resolution data will soon be translated into clinical practice and improve decision making. Therefore, the continued use of single-cell technologies and their application towards clinical samples will improve molecular interpretation, patient stratification, and the prediction of outcomes. In the past years, I was fortunate to participate in interdisciplinary research groups bridging biology, clinical research and data science. I was able to contribute to diverse projects through computational analysis and biological interpretation of sequencing data. Together, we were able to discover cellular phenotypes that influence disease progression and outcomes as well as the response to treatment. Here, I will present four studies that I have conducted in my PhD. First, we performed a case study of relapse from cell-based immunotherapy in Multiple Myeloma. We identified genomic deletion of the epitope as mechanism of immune escape and implicate heterozygosity or monosomy of the genomic locus at baseline as a potential risk factor. Second, we investigated the pathomechanisms of severe COVID-19 at the earliest stage of the COVID- 19 pandemic in Germany in March 2020. We discovered that profibrotic macrophages and lung fibrosis can be caused by SARS-CoV-2 infection. Third, we used a mouse model of chronic infection with Staphylococcus aureus that causes Osteomyelitis similar to the human disease. We were able to identify dysregulated immunometabolism associated with the generation of myeloid-derived suppressor cells (MDSC). Fourth, we investigated Salmonella infection of the human small intestine in an in vitro model and describe features of pathogen invasion and host response. Overall, I have been able to successfully employ single-cell sequencing to discover important aspects of diseases ranging from development to treatment and outcome. I analyzed samples from the clinics, human donors, mouse models and organoid models to investigate different aspects of diseases and managed to integrate data across sample types, technologies and diseases. Based on successful studies, we increased our efforts to combine data from multiple sources to build comprehensive references for the integration of large collections of clinical samples. Our findings exemplify how single-cell sequencing can improve clinical research and highlights the potential of mechanistic discoveries to drive precision medicine. N2 - Interaktionen zwischen Wirt und Pathogen bestimmen die Entwicklung und den Verlauf von Erkrankungen als auch deren Ausgang. Die Medizin zieht Nutzen aus genaueren Beschreibungen von Krankheiten durch höhere Präzision von Prävention, Diagnose und Behandlung. Genomische Messungen in einzelnen Zellen werden durch innovative Technologien ermöglicht, welche die Wissenschaft revolutionieren indem sie die Auflösung erhöhen mit der wir Krankheiten untersuchen können. Inzwischen werden sowohl die Zusammensetzung von Zelltypen als auch Unterschiede in der Genexpression routinemäßig über Krankheiten hinweg untersucht. Der Einsatz von Technologien die einzelne Zellen untersuchen und ihre Anwendung auf klinische Proben wird die molekulare Interpretation, die Stratifizierung von Patienten und die Prognose des Ausgangs von Krankheiten verbessern. In den letzten Jahren konnte ich mich an interdisziplinären Forschungsgruppen beteiligen und die Bereiche der Biologie, klinischer Forschung und Datenwissenschaften kombinieren. Ich war in der Lage zu unterschiedlichen Projekten beizutragen und eine führende Rolle in der Analyse und biologischen Interpretation von Daten aus Sequenzierungen zu übernehmen. Zusammen konnten wir zelluläre Phänotypen entdecken, die Entwicklung und Ausgang von Krankheiten sowie die Antwort auf Therapien beeinflussen. In dieser Arbeit werde ich vier Studien vorstellen, die ich während meiner Promotion durchgeführt habe. Zuerst haben wir einen Fall vom Rezidiv des Multiplen Myeloms nach zellulärer Immuntherapie untersucht. Dabei konnten wir feststellen, dass eine Deletion des genomischen Abschnitts für das immunogene Epitop dafür sorgte, dass die Krebszellen der Immunantwort entkommen konnten. Des weiteren konnten wir nachweisen, dass einige Patienten vor Beginn der Therapie nur eine Kopie des Gens besitzen und dadurch einen potentiellen Risikofaktor für ein Scheitern der Therapie. Zweitens haben wir im März 2020 die ersten Fälle von akutem Lungenversagen in COVID-19 und die Ursachen der Pathologie untersucht. Dabei haben wir festgestellt, das profibrotische Makrophagen und Lungenfibrose durch SARS-CoV-2 ausgelöst werden. Als Drittes haben wir Osteomyelitis in Mäusen untersucht, die von dem Bakterium Staphylococcus aureus ausgelöst wird und der Erkrankung im Menschen ähnlich ist. Wir konnten feststellen, dass deregulierter Metabolismus von Immunzellen der Enstehung von myeloiden Zellen mit T-Zell supprimierender Aktivität (MDSC) zugrunde liegt. Viertens haben wir die Infektion des humanen Dünndarms mit Salmonella in einem Organoidmodell untersucht und konnten Merkmale der Pathogeninvasion und der Wirtsantwort beschreiben. Insgesamt konnte ich die Sequenzierung von RNAs in einzelnen Zellen nutzen um wichtige Aspekte in der Entwicklung, dem Verlauf und dem Ausgang von Erkrankungen zu entdecken. Ich konnte Proben aus der Klinik, von Donoren, Mausmodellen und Organoidmodellen analysieren und die Daten über die Art von Proben, Technologien und Krankheiten hinweg integrieren. Durch unsere erfolgreichen Studien konnten wir uns ambitioniertere Ziele setzen um Daten von verschiedenen Quellen in umfassenden Referenzen zusammenzuführen um große Kollektionen klinischer Proben gemeinsam zu untersuchen. Unsere Ergebnisse demonstrieren wie die Untersuchung einzelner Zellen die klinische Forschung verbessern kann und zeigt das Potential auf wie Entdeckungen in der Biomedizin zur Präzisionsmedizin beitragen können. KW - Einzelzellanalyse KW - Single-cell sequencing KW - Host-Pathogen Interactions Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-360138 ER -