Molekulare Identifizierung von Neisseriaceae und Moraxellaceae mittels ribosomaler DNA-Sequenzierung

Molecular Diagnostics of Neisseriaceae and Moraxellaceae by ribosomal DNA sequencing

Please always quote using this URN: urn:nbn:de:bvb:20-opus-16823
  • Die schnelle und verlässliche Identifizierung mikrobiologischer Isolate ist ein fundamentales Ziel der klinischen Mikrobiologie. Bei einigen gram–negativen Spezies ist die klassische phänotypische Identifizierung, basierend auf metabolischen, enzymatischen oder serologischen Methoden erschwert, zeitraubend oder nicht suffizient. Durch die Sequenzierung partieller Abschnitte der 16S- oder 23S-rDNA können Bakterien meist exakt spezifiziert werden. Hauptziel der vorliegenden Arbeit war es, hypervariable rDNA Abschnitte zu finden, die von starkDie schnelle und verlässliche Identifizierung mikrobiologischer Isolate ist ein fundamentales Ziel der klinischen Mikrobiologie. Bei einigen gram–negativen Spezies ist die klassische phänotypische Identifizierung, basierend auf metabolischen, enzymatischen oder serologischen Methoden erschwert, zeitraubend oder nicht suffizient. Durch die Sequenzierung partieller Abschnitte der 16S- oder 23S-rDNA können Bakterien meist exakt spezifiziert werden. Hauptziel der vorliegenden Arbeit war es, hypervariable rDNA Abschnitte zu finden, die von stark konservierten Regionen flankiert werden, um auf molekularer Ebene Mitglieder der Familie Neisseriaceae und Moraxellaceae zu diskriminieren. Die inter- und intragenetischen Beziehungen von insgesamt 94 Stämmen wurden untersucht. Im Vergleich zu den Referenzstämmen der Genera waren bei der partiellen 16S-rDNA (E. coli Position 54 – 510) je Spezies durchschnittlich 30 polymorphe Positionen vorhanden. Die partiellen 23S-rDNA Abschnitte (E. coli Position 1400 – 1600) zeigten durchschnittlich 11 polymorphe Positionen. Neisseria macacae und N. mucosa subsp. mucosa (ATCC 19696) zeigten identische 16S- und 23S-rDNA Sequenzen. Die Gruppierung verschiedener Isolate war bei Acinetobacter lwoffii, Moraxella lacunata und Neisseria mucosa an beiden untersuchten Genabschnitten heterogen. Im Fall von N. meningitidis konnte mit Hilfe der 23S-rDNA Daten nicht suffizient gruppiert werden. Die Ergebnisse zeigen eine Überlegenheit der untersuchten partiellen 16S-rDNA zur Diagnostik der Neisseriaceae und Moraxellaceae. Eine Referenzdatenbank zur Diagnostik von Mikroorganismen sollte mehr als ein Isolat einer Spezies enthalten und zudem einen polyphasischen Ansatz verfolgen. Die Sequenz–Chromatogramme und weitere diagnostisch relevante Informationen wurden mit der „offline“-Datenbank RIDOM_Tool gesammelt und sind ein Teil des Internet-basierenden Service von RIDOM (www.ridom-rdna.de). Eine eingegebene Sequenzfolge kann online eingefügt und damit ein direkter Vergleich mit den in der RIDOM Referenzdatenbank existierenden Datensätzen initiiert werden.show moreshow less
  • Fast and reliable identification of microbial isolates is a fundamental goal of clinical microbiology. However, in the case of some fastidious gram-negative bacterial species, classical phenotype identification based on either metabolic, enzymatic, or serological methods is difficult, time-consuming, and inadequate. 16S- or 23S-rDNA bacterial sequencing will most often result in accurate speciation of isolates. The objective of this study was to find a hypervariable rDNA stretch, flanked by strongly conserved regions, which is suitable forFast and reliable identification of microbial isolates is a fundamental goal of clinical microbiology. However, in the case of some fastidious gram-negative bacterial species, classical phenotype identification based on either metabolic, enzymatic, or serological methods is difficult, time-consuming, and inadequate. 16S- or 23S-rDNA bacterial sequencing will most often result in accurate speciation of isolates. The objective of this study was to find a hypervariable rDNA stretch, flanked by strongly conserved regions, which is suitable for molecular species identification of members of the Neisseriaceae and Moraxellaceae. The inter- and intrageneric relationships were investigated using comparative sequence analysis of PCR-amplified partial 16S- and 23S-rDNA from a total of 94 strains. When compared to the type species of the investigated genera an average of 30 polymorphic positions was observed within the partial 16S-rDNA (corresponding to E. coli position 54 – 510) for each species and an average of 11 polymorphic positions was observed within the 202 nucleotides of the 23S-rDNA gene (E. coli position 1400 – 1600). N. macacae and N. mucosa ssp. mucosa (ATCC 19696) had identical 16S- and 23S-rDNA sequences. Species clusters were heterogeneous in both genes in the case of A. lwoffii, M. lacunata, and N. mucosa. N. meningitidis isolates failed to cluster only in the 23S-rDNA subset. The data showed that the 16S-rDNA region is more suitable than the partial 23S-rDNA for the molecular diagnosis of Neisseriaceae and Moraxellaceae and that a reference database should include more than one strain of each species. Not all microorganisms can be identified by solely partial rDNA sequences. Therefore a database should pursue a polyphasic approach e. g. including phenotypic criteria or different molecular targets. All sequence chromatograms and species-specific information were administered offline with RIDOM_Tool. The dataset is available online as part of the web-based service RIDOM (www.ridom-rdna.de). Users can submit a sequence and conduct a similarity search against the RIDOM reference database for microbial identification purposes.show moreshow less

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Metadaten
Author: Christian J. Singer
URN:urn:nbn:de:bvb:20-opus-16823
Document Type:Doctoral Thesis
Granting Institution:Universität Würzburg, Medizinische Fakultät
Faculties:Medizinische Fakultät / Institut für Hygiene und Mikrobiologie
Date of final exam:2006/02/07
Language:German
Year of Completion:2005
Source:J Clin Microbiol. 2001 Mar;39(3):936-42.
Dewey Decimal Classification:6 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften / 61 Medizin und Gesundheit / 610 Medizin und Gesundheit
Tag:16S; DNA; Moraxellaceae; Neisseriaceae; Sequenzanalyse
16S; DNA; Moraxellaceae; Neisseriaceae; Sequence analysis
Release Date:2006/02/27
Advisor:Prof. Dr. med. Matthias Frosch