@article{ForsterKohlmorgenHaasetal.2022,
  author    = {Forster, Johannes and Kohlmorgen, Britta and Haas, Julian and Weis, Philipp and Breunig, Lukas and Turnwald, Doris and Mizaikoff, Boris and Schoen, Christoph},
  title     = {A streamlined method for the fast and cost-effective detection of bacterial pathogens from positive blood cultures for the BacT/ALERT blood culture system using the Vitek MS mass spectrometer},
  series = {PLoS ONE},
  volume    = {17},
  journal   = {PLoS ONE},
  number    = {4},
  doi       = {10.1371/journal.pone.0267669},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-300213},
  year      = {2022},
  abstract  = {Background and objective Prompt pathogen identification of blood stream infections is essential to provide appropriate antibiotic treatment. Therefore, the objective of this prospective single centre study was to establish an inexpensive, fast and accurate protocol for bacterial species identification with SDS protein-extraction directly from BacT/Alert® blood culture (BC) bottles by VitekMS®. Results Correct species identification was obtained for 198/266 (74.4\%, 95\%-CI = [68.8\%, 79.6\%]) of pathogens. The protocol was more successful in identifying 87/96 (91.4\%, 95\%-CI = [83.8\%, 93.2\%]) gram-negative bacteria than 110/167 (65.9\%, 95\%-CI = [58.1\%, 73.0\%]) gram-positive bacteria. The hands-on time for sample preparation and measurement was about 15 min for up to five samples. This is shorter than for most other protocols using a similar lysis-centrifugation approach for the combination of BacT/Alert® BC bottles and the Vitek® MS mass spectrometer. The estimated costs per sample were approx. 1.80€ which is much cheaper than for commercial kits. Conclusion This optimized protocol allows for accurate identification of bacteria directly from blood culture bottles for laboratories equipped with BacT/Alert® blood culture bottles and VitekMS® mass spectrometer.},
  language  = {en}
}
@phdthesis{Breunig2018,
  author    = {Breunig, Lukas},
  title     = {Optimierung und Validierung einer qualitativen PCR-Minipool-Strategie zum kombinierten Nachweis von virologischem Therapieversagen und antiretroviralen Medikamentenresistenzen bei HIV-1 positiven Patienten im s{\"u}dlichen Afrika},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-172359},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2018},
  abstract  = {Hintergrund: Die weltweit h{\"o}chsten HIV-Pr{\"a}valenzen finden sich im s{\"u}dlichen Afrika. In den letzten Jahren gelang in dieser Region die massive Ausweitung der Verf{\"u}gbarkeit antiretroviraler Medikamente - ein großer Erfolg im Kampf gegen HIV und AIDS. Doch nur durch regelm{\"a}ßiges Viruslastmonitoring k{\"o}nnen die Therapieerfolge nachhaltig gesichert werden. In vielen L{\"a}ndern des s{\"u}dlichen Afrikas ist die Verf{\"u}gbarkeit von Viruslasttests noch unzureichend. Gr{\"u}nde daf{\"u}r sind die hohen Kosten und die Komplexit{\"a}t kommerzieller Testsysteme. Als Alternative f{\"u}r ressourcenknappe Regionen wurde eine qualitative PCR-Minipool-Strategie zum kombinierten Nachweis von virologischem Versagen und Medikamentenresistenzen vorgeschlagen. In dieser Arbeit sollte diese Methode an die Gegebenheiten des s{\"u}dlichen Afrikas adaptiert und im Rahmen einer Studie validiert werden. Methoden: Die qualitative PCR wurde zun{\"a}chst f{\"u}r HIV-1 Subtyp C optimiert. Daf{\"u}r wurden Primer designt und in eine Nested-PCR integriert. Das Detektionslimit der optimierten Methode wurde bestimmt, um den HIV-1 RNA-Eintrag in die RT-PCR so abstimmen zu k{\"o}nnen, dass trotz der qualitativen Natur der PCR eine Unterscheidung zwischen hoch- und niedrigpositiven Proben m{\"o}glich war. Im Rahmen einer Studie an 50 s{\"u}dafrikanischen Patientenproben wurde die qualitative PCR-Minipool-Strategie mit der Referenzmethode verglichen. An einigen positiv getesteten Proben wurde eine genotypische Resistenztestung durchgef{\"u}hrt. Ergebnisse: Das Detektionslimit der Nested-PCR betrug 20 RNA-Kopien. Daraus wurde der optimale RNA-Eintrag in die RT-PCR abgeleitet. 50 Patientenproben wurden in 10 Minipools {\`a} 5 Proben getestet, anschließend erfolgte die Dekonvolution der 7 positiven Pools. Die qualitative PCR-Minipool-Strategie detektierte 10 der 11 Patientenproben mit einer Viruslast {\"u}ber 1.000 Kopien/ml. Die {\"U}bereinstimmung mit der Referenzmethode betrug 98 \%, die diagnostische Sensitivit{\"a}t f{\"u}r die Detektion von Therapieversagern betrug 91 \%, der negative pr{\"a}diktive Wert 98 \%. Die Spezifit{\"a}t und der positive pr{\"a}diktive Wert betrugen jeweils 100 \%. Durch die Minipool-Methode konnten 10 \% der Tests eingespart werden. Vier positiv getestete Patientenproben wurden der genotypischen Resistenztestung zugef{\"u}hrt. Alle wurden erfolgreich sequenziert und resistenzassoziierte Mutationen wurden identifiziert. Schlussfolgerung: Die konsequente Virussuppression verbessert die Gesundheit der Patienten unter ART und ist eine Schl{\"u}sselmaßnahme auf dem Weg zur Beendigung der HIV-Pandemie. Viele L{\"a}nder des s{\"u}dlichen Afrikas verf{\"u}gen jedoch noch nicht {\"u}ber angepasste Technologien zum Monitoring der Viruslast. Die in dieser Arbeit optimierte Methode zeigte bei der qualitativen Viruslastbestimmung von 50 s{\"u}dafrikanischen Patientenproben eine hervorragende {\"U}bereinstimmung mit der Referenzmethode. Durch die Kombination mit einer genotypischen Resistenztestung bietet sie dar{\"u}ber hinaus wichtige Informationen {\"u}ber die {\"A}tiologie des Therapieversagens. Dem behandelnden Arzt hilft das bei der Entscheidung {\"u}ber die Notwendigkeit einer Therapieumstellung. Durch ihr anpassungsf{\"a}higes und simples Testdesign ist die qualitative PCR-Minipool-Strategie f{\"u}r die Anwendung in ressourcenknappen Regionen des s{\"u}dlichen Afrikas geeignet.},
  subject      = {HIV-Infektion},
  language  = {de}
}