@phdthesis{Rein2014,
  author    = {Rein, Alice Felicitas},
  title     = {Identifizierung von durch PI3K-Inhibition induzierten Spleißvarianten in T-Zellen mittels Exon Array und die Effekte funktionell relevanter Gene auf T-Zell-Funktionen und Viabilit{\"a}t},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-103462},
  school      = {Universit{\"a}t W{\"u}rzburg},
  year      = {2014},
  abstract  = {Die Interaktion des Masernvirus mit T-Zellen st{\"o}rt die Aktivierung der TCR-Signalkaskade durch die Hemmung der Phosphatidylinositol-3-Kinase (PI3K), die zur Einstellung der T-Zell-Funktionen f{\"u}hrt und dadurch nachgeschaltete (downstream) Signalwege sowie den Eintritt in den Zellzyklus, aber auch die Genexpression reguliert. Infolgedessen k{\"o}nnen die Aktivit{\"a}t spleißregulatorischer Faktoren sowie die Spleißmuster von mRNAs ver{\"a}ndert werden, wie zum Beispiel bei der alternativ gespleißten SHIP1-Isoform SIP110, die eine T-Zell-inhibitorische Aktivit{\"a}t zeigt. Um alternativ gespleißte (AS) und differentiell regulierte (RG) Transkripte in T-Zellen infolge von PI3K-Inhibition zu erfassen, wurde ein Human Exon 1.0 ST Array an RNA-Proben von humanen T-Zellen, 24 h stimuliert und stimuliert/ PI3K-inhibiert, durchgef{\"u}hrt. Durch die Anwendung geeigneter bioinformatischer Algorithmen konnten spezifisch in PI3K-inhibierten Zellen angereicherte Transkripte nachgewiesen und in die Kategorien AS (2192 Gene) und RG (619 Gene) eingeteilt werden. Ausgew{\"a}hlte Gene wurde mittels RT-PCR und qPCR validiert, gefolgt von der funktionellen Annotation beider Genlisten. AS Gene konnten verst{\"a}rkt in ECM-Rezeptor Interaktionen, fokaler Adh{\"a}sion, Proliferation, Zytoskelettorganisation und Tumorsignalwegen gefunden werden, w{\"a}hrend RG Gene eher in der DNA-Replikation, DNA-Reparatur und Stressantwort vertreten waren. Gene beider Gruppen konnten auf Signalwege bezogen werden, die essentiell f{\"u}r den TCR-Signalweg, die Zytoskelettdynamik und den Zellzykluseintritt waren. Das st{\"u}tzt die Annahme, dass die Außerkraftsetzung der PI3K-Sch{\"u}sselprozesse der T-Zell-Aktivierung sowohl auf der Ebene der RG als auch der AS Gene wirkt. {\"U}ber die Ingenuity Pathway Analyse konnten wir unsere Genlisten mit Genen vergleichen, die bereits auf solche Schl{\"u}sselprozesse und die Viabilit{\"a}t bezogen werden k{\"o}nnen. In der {\"U}berschneidung wurden z.B. die AS GTP-Austauschfaktoren Vav1 und Vav3 gefunden, die f{\"u}r die {\"U}bersetzung extrazellul{\"a}rer Signale in Zytoskelettdynamik, Proteinphosphatasen und Adapter von Bedeutung sind. Ausgew{\"a}hlte Gene (AS - FBXO6 und LAT2, RG - SLFN5) wurden aus PI3K-arretierten T-Zellen kloniert und deren Effekt auf grundlegende zellul{\"a}re Funktionen durch {\"U}berexpression in HEK293T-Zellen {\"u}berpr{\"u}ft. Die Fusionsproteine ver{\"a}nderten weder die Zellviabilit{\"a}t noch die Proliferation dieser Zellen. {\"U}ber einen auf siRNA basierenden Knockdown wurde {\"u}berpr{\"u}ft, ob das RG Gene SLFN5 als Suppressor auf die T-Zell-Aktivierung agiert. Der Knockdown in prim{\"a}ren T-Zellen zeigte keinen Einfluss auf die Zellviabilit{\"a}t, Proliferation und Polarisation. Jedoch konnte ein signifikanter Effekt auf die T-Zell-Adh{\"a}renz auf Fibronektin gezeigt werden, was darauf schließen l{\"a}sst, dass SLFN5 die T-Zell-Adh{\"a}renz negativ reguliert. Des Weiteren wurde die MV-induzierte Regulation selektierter Gene betrachtet und Unterschiede in der Regulation im Vergleich zur direkten PI3K-Inhibition festgestellt. Ein Grund daf{\"u}r k{\"o}nnte sein, dass das MV eine Inhibition auf vielen Ebenen induziert, anstelle der alleinigen PI3K-Inhibition. Abschließend wurde untersucht, ob ausgew{\"a}hlte Gene an der Regulation in verschiedenen T-Zelllinien beteiligt sind und als Tumorsuppressoren agieren k{\"o}nnten. FBXO6 als Regulator der CHK1-Stabilit{\"a}t wurde in den meisten Zelllinien nicht exprimiert. Die Annahme, dass eine Stress-induzierte defekte Ubiquitinierungsmaschinerie an der Resistenz von Tumorzellen auf Chemotherapeutika beteiligt ist, macht FBXO6 zu einem interessanten Kandidaten als Biomarker f{\"u}r Tumorsensitivit{\"a}t gegen{\"u}ber Krebsmedikamenten. Diese Annahme bedarf jedoch weiterer Untersuchungen.},
  subject      = {Phosphatidylinositolkinase <Phosphatidylinositol-3-Kinase>},
  language  = {de}
}
@article{LauruschkatMuchsinReinetal.2023,
  author    = {Lauruschkat, Chris David and Muchsin, Ihsan and Rein, Alice and Erhard, Florian and Grathwohl, Denise and D{\"o}lken, Lars and K{\"o}chel, Carolin and Falk, Christine Susanne and Einsele, Hermann and Wurster, Sebastian and Grigoleit, G{\"o}tz Ulrich and Kraus, Sabrina},
  title     = {CD4+ T cells are the major predictor of HCMV control in allogeneic stem cell transplant recipients on letermovir prophylaxis},
  series = {Frontiers in Immunology},
  volume    = {14},
  journal   = {Frontiers in Immunology},
  doi       = {10.3389/fimmu.2023.1148841},
  url       = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:20-opus-316982},
  year      = {2023},
  abstract  = {Introduction Human cytomegalovirus (HCMV) causes significant morbidity and mortality in allogeneic stem cell transplant (alloSCT) recipients. Recently, antiviral letermovir prophylaxis during the first 100 days after alloSCT replaced PCR-guided preemptive therapy as the primary standard of care for HCMV reactivations. Here, we compared NK-cell and T-cell reconstitution in alloSCT recipients receiving preemptive therapy or letermovir prophylaxis in order to identify potential biomarkers predicting prolonged and symptomatic HCMV reactivation. Methods To that end, the NK-cell and T-cell repertoire of alloSCT recipients managed with preemptive therapy (n=32) or letermovir prophylaxis (n=24) was characterized by flow cytometry on days +30, +60, +90 and +120 after alloSCT. Additionally, background-corrected HCMV-specific T-helper (CD4+IFNγ+) and cytotoxic (CD8+IFNγ+CD107a+) T cells were quantified after pp65 stimulation. Results Compared to preemptive therapy, letermovir prophylaxis prevented HCMV reactivation and decreased HCMV peak viral loads until days +120 and +365. Letermovir prophylaxis resulted in decreased T-cell numbers but increased NK-cell numbers. Interestingly, despite the inhibition of HCMV, we found high numbers of "memory-like" (CD56dimFcεRIγ- and/or CD159c+) NK cells and an expansion of HCMV-specific CD4+ and CD8+ T cells in letermovir recipients. We further compared immunological readouts in patients on letermovir prophylaxis with non/short-term HCMV reactivation (NSTR) and prolonged/symptomatic HCMV reactivation (long-term HCMV reactivation, LTR). Median HCMV-specific CD4+ T-cell frequencies were significantly higher in NSTR patients (day +60, 0.35 \% vs. 0.00 \% CD4+IFNγ+/CD4+ cells, p=0.018) than in patients with LTR, whereas patients with LTR had significantly higher median regulatory T-cell (Treg) frequencies (day +90, 2.2 \% vs. 6.2 \% CD4+CD25+CD127dim/CD4+ cells, p=0.019). ROC analysis confirmed low HCMV specific CD4+ (AUC on day +60: 0.813, p=0.019) and high Treg frequencies (AUC on day +90: 0.847, p=0.021) as significant predictors of prolonged and symptomatic HCMV reactivation. Discussion Taken together, letermovir prophylaxis delays HCMV reactivation and alters NK- and T-cell reconstitution. High numbers of HCMV-specific CD4+ T cells and low numbers of Tregs seem to be pivotal to suppress post-alloSCT HCMV reactivation during letermovir prophylaxis. Administration of more advanced immunoassays that include Treg signature cytokines might contribute to the identification of patients at high-risk for long-term and symptomatic HCMV reactivation who might benefit from prolonged administration of letermovir.},
  language  = {en}
}