TY - JOUR A1 - Scheiner, Matthias A1 - Sink, Alexandra A1 - Spatz, Philipp A1 - Endres, Erik A1 - Decker, Michael T1 - Photopharmacology on Acetylcholinesterase: Novel Photoswitchable Inhibitors with Improved Pharmacological Profiles JF - ChemPhotoChem N2 - Considerable effort has previously been invested in a light‐controlled inhibition of the enzyme acetylcholinesterase (AChE). We found that a novel azobenzene‐based bistacrine AChE inhibitor switched faster than the known dithienylethene based bistacrine and inverted the photo‐controlled interactions of the photoisomers compared to its dithienylethene congener. Furthermore, we have optimized a previously described light‐controlled tacrine‐based AChE inhibitor. Isomerization upon irradiation with UV light of the novel inhibitor was observed in aqueous medium and showed no fatigue over several cycles. The cis‐enriched form showed an 8.4‐fold higher inhibition of hAChE compared with its trans‐enriched form and was about 30‐fold more active than the reference compound tacrine with a single‐digit nanomolar inhibition. We went beyond proof‐of‐concept to discover photoswitchable AChE inhibitors with pharmacologically desirable nanomolar inhibition, “cis‐on” effect, and pronounces differences between the photoisomers. KW - azobenzenes KW - enzymes KW - kinetics KW - photopharmacology KW - tacrine Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-218445 VL - 5 IS - 2 SP - 149 EP - 159 ER - TY - THES A1 - Endres, Erik T1 - Kovalente Inhibitoren: Modellierung und Design T1 - Covalent Inhibitors: Modeling and Design N2 - Kovalente Inhibition stellt einen effektiven Weg dar, die Verweildauer des Liganden innerhalb einer Bindetasche zu erhöhen. In dieser Arbeit wurden theoretische Methoden angewendet, um die Reaktivität und den nichtkovalenten Zustand vor der Reaktion zu modellieren. Im Rahmen einer Fallstudie zu Cathepsin K wurden nichtkovalente Modelle von kovalenten Inhibitoren generiert. Für verschiedene Komplexe aus Cathepsin K und einem kovalent gebundenem Liganden wurde der Zustand vor der Reaktion modelliert und dessen Stabilität im Rahmen einer klassischen MD-Simulation überprüft. Die Stabilität des Warheads in der Bindetasche hing hauptsächlich vom gewählten Protonierungszustand der katalytischen Aminosäuren ab. Für eine Reihe von Inhibitoren der ChlaDUB1 wurde ein Protokoll aus quantenmechanischen Rechnungen genutzt, um die Reaktivität verschiedener Warheads abzuschätzen. Die erhaltenen Aktivierungsenergien korrelierten mit experimentell bestimmten Raten zur Inaktivierung des Enzyms. Im Rahmen eines Wirkstoffdesign-Projektes zur Deubiquitinase USP28 wurden von unpublizierten Kristallstrukturen ausgehend erste Docking-Experimente durchgeführt. Es konnte gezeigt werden, dass ein literaturbekannter Inhibitor von USP28 mit einem Warhead so modifiziert werden kann, dass die reaktive Einheit in direkter Nachbarschaft zu einem Cystein positioniert wird. Für diese Warheads wurden ebenfalls quantenmechanische Rechnungen zur Bestimmung der Aktivierungsenergie durchgeführt. Um besser nachvollziehen zu können, warum bei einem Photoswitch-Inhibitor der Butyrylcholin-Esterase der cis-Zustand des Moleküls besser inhibiert als der trans-Zustand, wurde eine Docking-Studie des Zustandes vor der Reaktion durchgeführt. Es konnte ein qualitatives Modell aufgestellt werden, das zeigt, dass der trans-Zustand aufgrund seiner längeren Form mit wichtigen Aminosäuren am Eingang der Bindungstasche kollidiert. N2 - Covalent inhibition is an effective way to increase the residence time of a ligand within the active site. In this work theoretical methods were used to model the reactivity and the noncovalent pre-reaction state. Noncovalent models of covalent inhibitors were generated as part of a case study of Cathepsin K. Several complexes of Cathepsin K and a covalently bound ligand were modeled in their state before the reaction, and their stability was assessed by classical molecular dynamics simulations. In most cases the warhead was positioned in close proximity to the catalytic unit, remaining there for up to several hundred nanoseconds. This stable positioning was largely dependent on the protonation state of the catalytic amino acids. To estimate the reactivity of a series of ChlaDUB1 inhibitors, a protocol of quantum mechanical calculations was adapted. The obtained activation energies correlated with experimentally obtained rate constants of enzyme inactivation. Using unpublished crystal structures, first design steps for the inhibition of the deubiquitinase USP28 were performed. Docking studies showed that modification of a literature-known inhibitor of USP28 with a warhead allowed to place this reactive unit close to a cysteine. Activation energies were also obtained for these structures via quantum mechanical calculations. To better rationalize the differences in inhibition between the cis- and trans-state of a photoswitch inhibitor of butyrylcholine esterase, a docking study of the noncovalent state was performed. The different ring conformers and stereochemical properties of the photoswitch were critical for a sensible model of the ligand. A qualitative model could be obtained which explains that the cis-isomer is more active than the trans-isomer due to a steric clash of the latter with amino acids at the entrance of the pocket. KW - Molekulardynamik KW - Docking KW - Inhibitor KW - Computational chemistry KW - Arzneimitteldesign KW - Cathepsin KW - Deubiquitinasen KW - Kovalente Inhibitoren Y1 - 2024 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:20-opus-359330 ER -