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- Ueckeroth, Frank (1)
- Uhl, Britta (1)
- Van Cutsem, Eric (1)
- Van de Weyer, Anna-Lena (1)
- Vargo, Edward L. (1)
- Varsányi, Balázs (1)
- Vaze, Koustubh M. (1)
- Veenstra, Jan A. (1)
- Veepaschit, Jyotishman (1)
- Vendelova, Emilia (1)
- Verboven, Hans A. F. (1)
- Vergara, Carlos H. (1)
- Verhulst, Jort (1)
- Verma, Neeraj (1)
- Vermeulen, Cornelis J. (1)
- Viala, Sèverine (1)
- Viera, Jonathan Trujillo (1)
- Vilà, Montserrat (1)
- Vogtmann, Emily (1)
- Voigt, Anita Y. (1)
- Vreja, I. C. (1)
- Vujanic, Gordan (1)
- Vujic, Ante (1)
- Vámos, Rita (1)
- Wagner, Thomas (1)
- Wakelam, Michael J. O. (1)
- Wallace, Helen (1)
- Walles, Thorsten (1)
- Walter, Ronald B. (1)
- Walther, Ronald B. (1)
- Walz, Susanne (1)
- Waterhouse, Robert M. (1)
- Waxman, Joshua S. (1)
- Weber, Andreas P. (1)
- Weber, Lorenz (1)
- Wegert, Jenny (1)
- Weirauch, Matthew T. (1)
- Weissbecker, Juliane (1)
- Weisschuh, Nicole (1)
- Weleber, Richard G. (1)
- Wernig, Sebastian (1)
- Werren, John H. (1)
- Westphal, Catrin (1)
- Wheeler, David (1)
- Wickens, Jennifer B. (1)
- Wickens, Victoria J. (1)
- Widmann, Annekathrin (1)
- Wiegering, A. (1)
- Williams, Richard Dafydd (1)
- Winkler, D. (1)
- Wissinger, Bernd (1)
- Witvliet, Daniel (1)
- Woelfing, Benno (1)
- Wolf, Beat (1)
- Wolf, Elmar (1)
- Wolf, Jana (1)
- Wolf, Jürgen (1)
- Wollborn, Jakob (1)
- Wood, Phillip G. (1)
- Worley, Kim C. (1)
- Wägele, Johann W. (1)
- Wölfling, Mirko (1)
- Wüstefeld, L. (1)
- Xu, Li (1)
- Yadav, Preeti (1)
- Yoon, Hyung Joo (1)
- Zancolli, Giulia (1)
- Zdobnov, Evgeny M. (1)
- Zeck, Sabine (1)
- Zeeshan, Saman (1)
- Zeis, Klara (1)
- Zeller, Georg (1)
- Zernecke, Alma (1)
- Zeug, A. (1)
- Zhang, Jie (1)
- Zhang, Qifeng (1)
- Zhao, Chaoyang (1)
- Zhen, Mei (1)
- Zhou, Jing-Jiang (1)
- Zhou, Meixue (1)
- Zhu, Fang (1)
- Zhu, Min (1)
- Zill, Christina (1)
- Zimmermann, Heiko (1)
- da Cruz, Irene (1)
- de Lima, Jeferson Camargo (1)
- de Rooij, Dirk G. (1)
- van Tinteren, Harm (1)
- van de Zande, Louis (1)
- van den Heuvel-Eibrink, Marry M. (1)
- von Eyss, Björn (1)
- von Rahden, Burkhard H. A. (1)
- Öckinger, Erik (1)
Institute
- Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften (107) (remove)
Sonstige beteiligte Institutionen
Die Sequenzierungstechnologien entwickeln sich stetig weiter, dies ermöglicht eine zuvor nicht erreichte Ausbeute an experimentellen Daten und auch an Neuentwicklungen von zuvor nicht realisierbaren Experimenten. Zugleich werden spezifische Datenbanken, Algorithmen und Softwareprogramme entwickelt, um die neu entstandenen Daten zu analysieren. Während der Untersuchung bioinformatischer Methoden für die Identifizierung und Klassifizierung somatischer Mutationen in hämatologischen Erkrankungen, zeigte sich eine hohe Vielfalt an alternativen Softwaretools die für die jeweiligen Analyseschritte genutzt werden können. Derzeit existiert noch kein Standard zur effizienten Analyse von Mutationen aus Next-Generation-Sequencing (NGS)-Daten. Die unterschiedlichen Methoden und Pipelines generieren Kandidaten, die zum größten Anteil in allen Ansätzen identifiziert werden können, jedoch werden Software spezifische Kandidaten nicht einheitlich detektiert.
Um eine einheitliche und effiziente Analyse von NGS-Daten durchzuführen war im Rahmen dieser Arbeit die Entwicklung einer benutzerfreundlichen und einheitlichen Pipeline vorgesehen. Hierfür wurden zunächst die essentiellen Analysen wie die Identifizierung der Basen, die Alignierung und die Identifizierung der Mutationen untersucht. Des Weiteren wurden unter Berücksichtigung von Effizienz und Performance diverse verfügbare Softwaretools getestet, ausgewertet und sowohl mögliche Verbesserungen als auch Erleichterungen der bisherigen Analysen vorgestellt und diskutiert. Durch Mitwirken in Konsortien wie der klinischen Forschergruppe 216 (KFO 216) und International Cancer Genome Consortium (ICGC) oder auch bei Haus-internen Projekten wurden Datensätze zu den Entitäten Multiples Myelom (MM), Burkitt Lymphom (BL) und Follikuläres Lymphom (FL) erstellt und analysiert. Die Selektion geeigneter Softwaretools und die Generierung der Pipeline basieren auf komparativen Analysen dieser Daten, sowie auf geteilte Ergebnisse und Erfahrungen in der Literatur und auch in Foren. Durch die gezielte Entwicklung von Skripten konnten biologische und klinische Fragestellungen bearbeitet werden. Hierzu zählten eine einheitliche Annotation der Gennamen, sowie die Erstellung von Genmutations-Heatmaps mit nicht Variant-Calling-File (VCF)-Syntax konformen Dateien. Des Weiteren konnten nicht abgedeckte Regionen des Genoms in den NGS-Daten identifiziert und analysiert werden. Neue Projekte zur detaillierten Untersuchung der Verteilung von wiederkehrender Mutationen und Funktionsassays zu einzelnen Mutationskandidaten konnten basierend auf den Ergebnissen initiiert werden.
Durch eigens erstellte Python-Skripte konnte somit die Funktionalität der Pipeline erweitert werden und zu wichtigen Erkenntnissen bei der biologischen Interpretation der Sequenzierungsdaten führen, wie beispielsweise zu der Detektion von drei neuen molekularen Subgruppen im MM. Die Erweiterungen, der in dieser Arbeit entwickelten Pipeline verbesserte somit die Effizienz der Analyse und die Vergleichbarkeit unserer Daten. Des Weiteren konnte durch die Erstellung eines eigenen Skripts die Analyse von unbeachteten Regionen in den NGS-Daten erfolgen.