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Background and Objective: Staphylococcus aureus is one of the major pathogens of nosocomial infections as wells as community-acquired (CA) infections worldwide. So far, large-scale comprehensive molecular and epidemiological characterisation of S. aureus from very diverse settings has not been carried out in India. The objective of this study is to evaluate the molecular, epidemiological and virulence characteristics of S. aureus in both community and hospital settings in Chennai, southern India. Methods: S. aureus isolates were obtained from four different groups (a) healthy individuals from closed community settings, (b) inpatients from hospitals, (c) outpatients from hospitals, representing isolates of hospital-community interface and (d) HIV-infected patients to define isolates associated with the immunocompromised. Antibiotic susceptibility testing, multiplex polymerase chain reactions for detection of virulence and resistance determinants, molecular typing including Staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) and agr typing, were carried out. Sequencing-based typing was done using spa and multilocus sequence typing (MLST) methods. Clonal complexes (CC) of hospital and CA methicillin-resistant S. aureus (MRSA) were identified and compared for virulence and resistance.
Results and Conclusion: A total of 769 isolates of S. aureus isolates were studied. The prevalence of MRSA was found to be 7.17%, 81.67%, 58.33% and 22.85% for groups a, b, c and d, respectively. Of the four SCCmec types (I, III, IV and V) detected, SCCmec V was found to be predominant. Panton-Valentine leucocidin toxin genes were detected among MRSA isolates harbouring SCCmec IV and V. A total of 78 spa types were detected, t657 being the most prevalent. 13 MLST types belonging to 9 CC were detected. CC1 (ST-772, ST-1) and CC8 (ST238, ST368 and ST1208) were found to be predominant among MRSA. CA-MRSA isolates with SCCmec IV and V were isolated from all study groups including hospitalised patients and were found to be similar by molecular tools. This shows that CA MRSA has probably infiltrated into the hospital settings.
Zusammenfassung
Hintergrund: Das saure Gliafaserprotein (GFAP) kommt im ZNS vor allem in Astrozyten vor und spielt eine Rolle bei der Astrozytose, die wiederum ist ein pathogenetisches Merkmal von HIV-assoziierten neurologischen Erkrankungen (HAND). In dieser Arbeit wird das Vorkommen von GFAP-Autoantikörpern bei PLWH und deren Bedeutung bei der Entstehung von HAND untersucht. Außerdem wird eruiert, ob GFAP-Autoantikörper als Marker eines neurokognitiven Defizites bei HAND in Frage kommen.
Methoden: Homogenisiert Gewebeschnitte von verschiedenen Gehirnareale wurden mittels SDS-Gelelektrophorese und Western Blot auf Membranen übertragen. Diese Membranen wurden mit Blutproben aus der HAND-1 Studie inkubiert. Der Nachweis von GFAP-Antikörpern erfolgte indirekt mittels eines IgG-Antikörpers. Die Anti-GFAP Signalintensitäten wurden semiquantitativ ausgewertet und mit den Daten der neurokognitiven Test der HAND-1 Studie korreliert.
Egebnisse: Die GFAP-Autoantikörper Signalintensität unterscheidet sich je nach Gehirnareal (p < 0,0001). Insbesondere die DM-Signale sind signifikant stärker als die der anderen Areale (p < 0,01). Es lässt sich insgesamt kein signifikanter Unterschied in der Signalstärke zwischen Menschen mit HIV und Kontrollen feststellen (p = 0,1742). Bei der HIV-Gruppe zeigt das Gesamtergebnis des MMS einen signifikanten, negativen und starken Zusammenhang mit der GFAP- Antikörpersignalintensität der Areale DM (p = 0,004), ST (p = 0,011), MC (p = 0,007) und FC (p = 0,002). Es konnten keine signifikanten Korrelationen zwischen den CD4-Zellzahlen und den Anti-GFAP Signalintensitäten festgestellt werden. Bei der Kontrollgruppe fanden sich lediglich vereinzelt signifikante Korrelationen.
Diskussion: Diese Promotion ist die bis dato erste Veröffentlichung, in der GFAP-Autoantikörper bei Menschen mit HIV gemessen wurden. Dass kein Unterschied im Vorkommen von GFAP-Ak bei PLWH und der Kontrollgruppe gefunden wurde, könnte an der geringen Teilnehmendenzahl oder am Mangel von Teilnehmenden mit HAD liegen. Andererseits könnte es auch dafür sprechen, dass anti-GFAP nicht obligat pathogen ist, sondern erst nach Übertritt über die Blut-Hirn-Schranke pathologische Folgen hat. Für diese Hypothese spricht die Erkenntnis, dass eine höhere Menge von GFAP-Ak mit einem schlechteren Abschneiden bei neurokognitiven Tests korreliert. Demnach könnten sich GFAP-Autoantikörper als diagnostische und möglicherweise prognostische Marker eines neurokognitiven Defizites bei HAND eignen.
Im Jahr 2015 wurde Plasmaproben von 161 HIV-positive Menschen auf HIV-Drug-Resistance untersucht. Die Patienten waren therapienaiv und wurde am Lighthouse-Hospital in Lilongwe, die Hauptstadt Malawis behandelt. Es zeigte sich eine HIVDR von insgesamt 17% welche aus mehreren Gesichtspunkte dargestellt worden sind, um zu zeigen ob 20105 in Malawi eingesetzte first-line Therapieregime eine gute Wirksamkeit zeigte.
Die Prävalenz von Infektionen mit Neisseria gonorrhoeae (NG) bei HIV-positiven Patientinnen und Patienten einer auf HIV-Infektionen spezialisierten Klinik in Mwanza im Nordwesten Tansani- as erwies sich mit 0,4% bei Männern und 3,9% bei Frauen als relativ niedrig. In dieser aktuellen Studie gab es unter Verwendung molekularer Antibiotikaresistenz(AMR)-Tests keine Hinweise auf eine Resistenz gegen Cephalosporine der dritten Generation. Weitere Kontrollen und Entwicklungen von NG- und AMR-Tests müssen implementiert werden. Molekulare Diagnoseverfahren auf der Basis von Urinproben als diagnostisches Material zum Nachweis von NG weisen wesentliche Vorteile für das Screening auf. Die Durchführung eines Urinstreifentests hatte keinen positiven Vorhersagewert bezüglich einer Infektion mit NG oder einer AMR. Künftige Untersuchungen sind anzuregen, um einerseits eine exaktere Angabe der Prävalenzraten und Risikofaktoren von Infektionen mit NG sowie deren Resistenzlage zu ermöglichen und andererseits eine effizientere Versorgung bzw. Behandlung der Gonorrhoe gewährleisten zu können.
Background: In a 2008-10 study, we found a pretreatment HIV drug resistance (PDR) prevalence of 18.2% in patients at Bugando Medical Centre (BMC) in Mwanza, Tanzania.
Objectives: To determine the prevalence of PDR and transmitted HIV drug resistance (TDR) in patients visiting the BMC from 2013 to 2015.
Methods: Adult outpatients were sequentially enrolled into two groups, separated by whether they were initiating ART. Previous exposure to antiretroviral drugs, except for prevention of mother-to-child transmission, was an exclusion criterion. HIV pol sequences were analysed according to WHO guidelines for surveillance of PDR and TDR.
Results: Two hundred and thirty-five sequences were analysed (138 ART initiators, 97 non-initiators). The prevalence of PDR was 4.7% (95% CI 2.6%-8.2%) overall, 3.1% (95% CI 1.1%-8.7%) for non-initiators and 5.8% (95% CI 3.0%-11.0%) for ART initiators. PDR to NNRTIs and nucleoside or nucelotide reverse transcriptase inhibitors was found in 3.0% (95% CI 1.5%-6.0%) and 1.7% (95% CI 0.7%-4.3%) of patients, respectively. Resistance to PIs was not observed. The prevalence of TDR was 6.0% (95% CI 3.6%-9.8%).
Conclusions: Prevalence of PDR significantly decreased compared with 2008-10 and was below the WHO-defined threshold for triggering a public health response. National and systematic surveillance is needed to inform Tanzania's public health strategy.
As viruses are obligatory intracellular parasites, any step during their life cycle strictly depends on successful interaction with their particular host cells. In particular, their interaction with cellular membranes is of crucial importance for most steps in the viral replication cycle. Such interactions are initiated by uptake of viral particles and subsequent trafficking to intracellular compartments to access their replication compartments which provide a spatially confined environment concentrating viral and cellular components, and subsequently, employ cellular membranes for assembly and exit of viral progeny. The ability of viruses to actively modulate lipid composition such as sphingolipids (SLs) is essential for successful completion of the viral life cycle. In addition to their structural and biophysical properties of cellular membranes, some sphingolipid (SL) species are bioactive and as such, take part in cellular signaling processes involved in regulating viral replication. It is especially due to the progress made in tools to study accumulation and dynamics of SLs, which visualize their compartmentalization and identify interaction partners at a cellular level, as well as the availability of genetic knockout systems, that the role of particular SL species in the viral replication process can be analyzed and, most importantly, be explored as targets for therapeutic intervention.
Background:
HIV-associated neurocognitive disorder (HAND) remains highly prevalent despite effective anti-retroviral therapy (ART). A number of adjunctive pharmacotherapies for HAND have been studied with disappointing results, but preliminary data suggest that lithium may provide clinical benefit. In addition, the low cost of lithium would facilitate access in low- and middle-income countries which carry the greatest burden of HIV.
Methods:
Our objective was to evaluate the 24-week efficacy and safety of lithium in patients with moderate to severe HAND. Our primary efficacy endpoint was the change in Global Deficit Score (GDS) from baseline to 24 weeks, whereas our secondary endpoint was the change in proton magnetic resonance spectroscopy (1H-MRS) brain metabolite concentrations. We conducted a 24-week randomized placebo-controlled trial of lithium as adjunctive pharmacotherapy. We enrolled participants with moderate to severe HAND, on ART for at least 6 months, with suppressed viral loads and attending public sector primary care clinics in Cape Town, South Africa. We randomized 66 participants to lithium (n = 32) or placebo (n = 34). Lithium or placebo was dosed 12-hourly and titrated to achieve the maintenance target plasma concentration of 0.6 to 1.0 mmol/L. Sham lithium concentrations were generated for participants receiving placebo.
Results:
Totally 61 participants completed the study (lithium arm = 30; placebo arm = 31). Participants at enrolment had a mean age of 40 years and a median CD4+ T-cell count of 500 cells/μL. The median change in GDS between baseline and week 24 for the lithium and placebo arms were –0.57 (95% confidence interval [CI] –0.77, –0.32) and –0.56 (–0.69, –0.34) respectively, with a mean difference of –0.054 (95% CI –0.26, 0.15); P = 0.716. The improvement remained similar when analyzed according to age, severity of impairment, CD4+ count, time on ART, and ART regimen. Standard 1H-MRS metabolite concentrations were similar between the treatment arms. The study drug was well tolerated in both study arms. Six serious adverse events occurred, but none were considered related to the study drug.
Conclusion:
Adjunctive lithium pharmacotherapy in patients on ART with HAND was well tolerated but had no additional benefit on neurocognitive impairment.
Bestimmung der Prävalenz medikamentenresistenter HIV-Infektionen bei therapienaiven Patienten in der Viktoriasee-Region in Tansania
Seitdem HIV im Jahr 1983 als Ursache des „acquired immundeficiency syndrome“ (AIDS) isoliert wurde, hat sich viel in der Therapie dieser Infektion getan. Trotzdem handelt es sich um eine Erkrankung, welche bisher nicht geheilt werden kann. Da der weitaus größere Anteil der betroffenen Menschen in strukturschwachen Ländern lebt, ist die größte Herausforderung, eine flächendeckende Therapie weltweit zu etablieren und diese für jeden zugänglich zu machen.
Aufgrund der hohen Mutationsrate des HI-Virus, kommt es zur schnellen Resistenzentwicklung. In strukturschwachen Ländern wie Tansania ist eine Resistenztestung vor Therapiebeginn aktuell aufgrund fehlender Infrastruktur sowie geringer finanzieller Mittel nicht denkbar. Deshalb wird nach WHO-Empfehlung eine standardisierte Dreifachkombination, in der Regel Tenofovir, Lamivudin und Efavirenz, angewendet, ohne vorher eine Resistenztestung vorzunehmen. In regelmäßigen Nachuntersuchungen wird anhand von Viruslast und CD4-Zahl der Erfolg der begonnenen Therapie gemessen und nur bei einem Versagen dieser eine Umstellung vorgenommen.
Bereits im Jahr 2011 wurde von unserer Arbeitsgruppe (Kasang, Kalluvya et al.) nachgewiesen, dass eine deutlich höhere Prävalenz für Primärresistenzen von HI-Viren gegenüber antiretroviraler Therapie bestand, als zuvor angenommen. Betrachtet wurden dabei alle Patienten, welche neu als HIV-positiv getestet wurden und nun therapiert werden sollten. Neu war, dass auch ältere Patienten (>25 Jahre) mit einbezogen wurden. Aufgrund der hohen Prävalenz an Primärresistenzen (19%) nahm man an, dass durch antiretrovirale Therapie entstandene resistente Viren zwischen Partnern direkt übertragen werden können.
In der vorliegenden Arbeit sollte durch die Untersuchung einer größeren Patientengruppe dieser These nachgegangen werden. Untersucht wurde das Plasma von 114 Patienten (> 25 Jahre), welche unmittelbar vor dem Start einer antiretroviralen Therapie standen und bisher therapienaiv waren. Zur Bestimmung von möglicherweise vorliegenden Resistenzen erfolgte im S3-Labor zunächst die Isolierung der Virus-RNA aus dem Plasma. Diese wurde anschließend in DNA umschrieben, amplifiziert, aufgereinigt und sequenziert. Die Sequenzen wurden online durch die „HIV DRUG RESISTANCE DATABASE“ der Stanford University im Hinblick auf den Subtyp der reversen Transkriptase (RT), der Protease sowie auf Resistenzen gegenüber den gängigen aniretroviralen Medikamenten analysiert mit folgenden Ergebnissen:
1. Die Prävalenz für eine Primärresistenz gegenüber antiretroviralen Medikamenten betrug 21,5 %
2. Die Medikamente der Triple-Therapie waren in der untersuchten Gruppe mit einer Prävalenz von 10,53 % betroffen.
3. Diese Ergebnisse sind besorgniserregend und bestätigen die von Kasang, Kalluvya et al. aufgestellte These
Für den weitaus größeren Teil der untersuchten Patienten wäre jedoch die Triple-Therapie ohne kostspielige und aufwendige Resistenztestung ausreichend gewesen. Vorderstes Ziel bleibt somit die finanziellen Ressourcen weiterhin Zugänglichkeit der medikamentösen Behandlung zu nutzen, da dies die beste Methode ist, die Ausbreitung dieser Pandemie einzudämmen. Dennoch werden in den nächsten Jahren weiterhin Untersuchungen mit noch größeren Patientenzahlen nötig sein, um die Wirksamkeit des aktuellen Therapieregimes ständig zu überprüfen und gegebenenfalls eine Anpassung vorzunehmen.
Background: Integrase strand transfer inhibitors (INSTIs) are the latest addition to the array of antiretroviral compounds used to treat an infection with Human Immunodeficiency Virus (HIV). Due to their high efficacy and increased tolerability, INSTIs have become an integral part of first-line therapy in most high-income countries over the past years. However, little is known about HIV-1’s genetic inter- and intra-subtype diversity on the Integrase (IN)-gene and its impact on the emergence of INSTI-resistance. In the absence of a functional cure, long-term efficacy of first-line compounds remains paramount for reducing virological failure and curbing on-going HIV transmissions. South Africa, harbouring more than 20% of the global HIV burden (7.7 / 37.9 million people), requires international attention in order to globally pursue UNAIDS’ (Joint United Nations Programme on HIV/AIDS) 90-90-90 goals and the road to ending the HIV/AIDS (Acquired immunodeficiency syndrome) pandemic by 2030.
Methods: In this study, the prevalence of INSTI-resistance associated mutations (RAM) was investigated in a cohort of 169 archived drug-naïve blood samples from multiple collection sites around Cape Town, South Africa. Viral RNA was isolated from plasma samples, the integrase fragment amplified by RT-PCR and subsequently sequenced by Sanger-sequencing. Additionally, all publicly available drug-naïve, South African IN sequences, isolated before the availability of the first INSTIs in 2007, were retrieved from the Los Alamos HIV sequence database (n=284). All sequences were analysed for RAMs using the Stanford HIV Drug resistance database. The identification of polymorphism in the South African subtype C IN consensus sequence allowed for comparative analyses with global subtype B, as well as subtype C sequences, from countries other than South Africa.
Results: The IN gene could be amplified and sequenced in 95/169 samples (56%). Phylogenetic inference revealed close homology between three sequence-pairs, warranting the exclusion of 3/95 sequences from further analyses. Of the 92 samples used for mutational analyses, 86/92 (93.5%) belonged to subtype C, 5/92 (5.4%) to subtype B and 1/92 (1.1%) to subtype A. The prevalence of major and accessory INSTI RAMs was 0/92 (0%) and 1/91 (1.1%), respectively, similar to the observed rates of 8/284 (2.8%) and 8/284 (2.8%) in the database sequences (p = 0.2076 and p = 0.6944, Fisher’s exact test). Compared to subtype B IN sequences, 15 polymorphisms were significantly enriched in South African subtype C sequences (corrected p<0.0015. Fisher’s exact test, Bonferroni post-hoc procedure).
Compared to subtype C IN sequences isolated outside South Africa, four polymorphisms were significantly enriched in this study cohort (corrected p<0.0014, Fisher’s exact test, Bonferroni post-hoc procedure). The highest prevalence margin was observed for the polymorphism Met50Ile being present in 60.1% of South African subtype C sequences, compared to 37% in non-South African subtype C sequences.
Conclusions: The low prevalence of major and minor RAMs in all South African Integrase sequences predicts a high susceptibility to INSTIs, however, the presence of natural polymorphisms, in particular Met50Ile, in the majority of sequences warrants further monitoring under therapeutic pressure, as their role in mutational pathways leading to INSTI- resistance is yet to be determined. Additionally, this study revealed the presence of substantial inter- and intra-subtype diversity within the HIV-1 Subtype C IN-gene. These results implicate the need for more research on a regional, potentially patient-specific level, as mutational insights from other diverse backgrounds may not accurately represent the South African context. The implementation of a national pre-treatment INSTI-resistance screening program may provide necessary insights into the development of mutational pathways leading to INSTI-resistance under therapeutic pressure for the South African context and thereby bring South Africa one step closer to achieving UNAIDS 90-90-90 goals and ending the AIDS epidemic by 2030.
Der Nutzen von Therapeutischem Drug Monitoring (TDM) bei der Behandlung von HIV-infizierten Kindern in Ländern mit geringen finanziellen Ressourcen ist bisher nicht gründlich erforscht worden. Pharmakokinetische Studien antiretroviraler Medikamente haben bei Kindern eine hohe intra- und interpersonale Varianz gezeigt. Dies könnte den kontinuierlichen Prozessen von Reifung, Wachstum und Körperzusammensetzung geschuldet sein. Deswegen könnte TDM zu einer sichereren und erfolgreicheren Behandlung von HIV bei Kindern in Südafrika beitragen.
Diese Untersuchung einer pädiatrischen HIV-Kohorte zeigte, dass 73,5 % der Patienten innerhalb des empfohlenen therapeutischen Bereichs ihrer Medikamentenkonzentration waren.
Aufgrund einer hohen interpersonalen Varianz antiretroviraler Medikamentenkonzentrationen, eine großen Zahl an Komedikationen mit Interaktionspotential, das Risiko für Non-Adhärenz und Zeichen möglicher Arzneimittelnebenwirkungen, kann TDM die Effizienz und Sicherheit der antiretroviralen Kombinationstherapie von Kindern und Jugendlichen mit HIV verbessern.