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Comprehensive bioinformatics identifies key microRNA players in ATG7-deficient lung fibroblasts
(2020)
Background: Deficient autophagy has been recently implicated as a driver of pulmonary fibrosis, yet bioinformatics approaches to study this cellular process are lacking. Autophagy-related 5 and 7 (ATG5/ATG7) are critical elements of macro-autophagy. However, an alternative ATG5/ATG7-independent macro-autophagy pathway was recently discovered, its regulation being unknown. Using a bioinformatics proteome profiling analysis of ATG7-deficient human fibroblasts, we aimed to identify key microRNA (miR) regulators in autophagy. Method: We have generated ATG7-knockout MRC-5 fibroblasts and performed mass spectrometry to generate a large-scale proteomics dataset. We further quantified the interactions between various proteins combining bioinformatics molecular network reconstruction and functional enrichment analysis. The predicted key regulatory miRs were validated via quantitative polymerase chain reaction. Results: The functional enrichment analysis of the 26 deregulated proteins showed decreased cellular trafficking, increased mitophagy and senescence as the major overarching processes in ATG7-deficient lung fibroblasts. The 26 proteins reconstitute a protein interactome of 46 nodes and miR-regulated interactome of 834 nodes. The miR network shows three functional cluster modules around miR-16-5p, miR-17-5p and let-7a-5p related to multiple deregulated proteins. Confirming these results in a biological setting, serially passaged wild-type and autophagy-deficient fibroblasts displayed senescence-dependent expression profiles of miR-16-5p and miR-17-5p. Conclusions: We have developed a bioinformatics proteome profiling approach that successfully identifies biologically relevant miR regulators from a proteomics dataset of the ATG-7-deficient milieu in lung fibroblasts, and thus may be used to elucidate key molecular players in complex fibrotic pathological processes. The approach is not limited to a specific cell-type and disease, thus highlighting its high relevance in proteome and non-coding RNA research.
Hintergrund
Die Fotodokumentation von offenen Frakturen, Wunden, Dekubitalulzera, Tumoren oder Infektionen ist ein wichtiger Bestandteil der digitalen Patientenakte. Bisher ist unklar, welchen Stellenwert diese Fotodokumentation bei der Abrechnungsprüfung durch den Medizinischen Dienst der Krankenkassen (MDK) hat.
Fragestellung
Kann eine Smartphone-basierte Fotodokumentation die Verteidigung von erlösrelevanten Diagnosen und Prozeduren sowie der Verweildauer verbessern?
Material und Methoden
Ausstattung der Mitarbeiter mit digitalen Endgeräten (Smartphone/Tablet) in den Bereichen Notaufnahme, Schockraum, OP, Sprechstunden sowie auf den Stationen. Retrospektive Auswertung der Abrechnungsprüfung im Jahr 2019 und Identifikation aller Fallbesprechungen, in denen die Fotodokumentation eine Erlösveränderung bewirkt hat.
Ergebnisse
Von insgesamt 372 Fallbesprechungen half die Fotodokumentation in 27 Fällen (7,2 %) zur Bestätigung eines Operationen- und Prozedurenschlüssels (OPS) (n = 5; 1,3 %), einer Hauptdiagnose (n = 10; 2,7 %), einer Nebendiagnose (n = 3; 0,8 %) oder der Krankenhausverweildauer (n = 9; 2,4 %). Pro oben genanntem Fall mit Fotodokumentation ergab sich eine durchschnittliche Erlössteigerung von 2119 €. Inklusive Aufwandpauschale für die Verhandlungen wurde somit ein Gesamtbetrag von 65.328 € verteidigt.
Diskussion
Der Einsatz einer Smartphone-basierten Fotodokumentation kann die Qualität der Dokumentation verbessern und Erlöseinbußen bei der Abrechnungsprüfung verhindern. Die Implementierung digitaler Endgeräte mit entsprechender Software ist ein wichtiger Teil des digitalen Strukturwandels in Kliniken.