580 Pflanzen (Botanik)
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Forum Geobotanicum ist eine elektronische Plattform, deren Zielsetzung darin besteht, neue Erkenntnisse der geobotanischen Forschung in der Europäischen Union mit Schwerpunkt Mitteleuropa umfassend zu verbreiten. Das Journal befasst sich mit allen Fragen von Verbreitung, Ökologie, Morphologie und Taxonomie von Gefäßpflanzen und soll das gesamte Spektrum der Geobotanik von molekularbiologischen Aspekten bis zu Umwelt- und Naturschutzfragen abdecken. Der Hauptfokus liegt auf der Publikation von Originaluntersuchungen und Übersichtsartikeln sowie Behandlung aktueller Fragen des Naturschutzes. Die Zielgruppen sind Personen mit Allgemeinkenntnissen in der Botanik und Floristik sowie Spezialisten auf den Gebieten der Geobotanik und Pflanzensystematik.
Das Journal soll keine Zeitschrift in Druckform ersetzen, sondern eine Ergänzung zu den traditionellen Publikationsorganen bilden. Der Vorteil der Zeitschrift liegt in ihrer Flexibilität und raschen Publikationszeit nach Begutachtung der eingereichten Manuskripte und den Möglichkeiten, in größerem Umfang Fotografien und andere Abbildungen zu veröffentlichen. Der Vorteil einer elektronischen Zeitschrift besteht weiterhin darin, dass die Veröffentlichungen weltweit jedermann sofort zugänglich sind. Viele durchaus wichtige Untersuchungen aus dem Bereich der Geobotanik erscheinen in lokalen Publikationsorganen, wie Jahrbüchern und Heimatkalendern, oder auch im Eigenverlag. Da solche Veröffentlichungen bibliographisch kaum erfasst werden, können sie auch nicht in adäquater Weise wahrgenommen werden. Forum Geobotanicum soll ermöglichen, dass auch solche Publikationen in einer Literaturrubrik bekannt gemacht werden und ggf. nach Klärung von Copyright-Fragen als Supplemente der Zeitschrift ins Netz gestellt werden. Forum Geobotanicum nutzt die Vorteile des Internets, indem es abrufbare Hilfen, wie ein Verzeichnis von Adressen, Pflanzenlisten etc. zur Verfügung stellt. Insgesamt soll die Kommunikation zwischen Geobotanikern in Mitteleuropa erleichtert und eine Kommunikationsplattform etabliert werden, die die Aktivitäten auf dem gesamten Wissenschaftsgebiet stimuliert.
Das Journal ist uneigennützig und für Autoren und Benutzer kostenfrei. Für die Kostendeckung sind Sponsoren erwünscht, denen eine begrenzte Möglichkeit zur Darstellung eingeräumt werden kann. In der Anfangsphase wird das Journal von einem kleinen Herausgebergremiumbetrieben. Sollte sich Forum Geobotanicum erfolgreich weiter entwickeln, ist an eine Erweiterung des Herausgebergremiums auf Experten aus allen Nationen des mitteleuropäischen Raums gedacht. Um eine langfristige Verfügbarkeit der Publikationen zu gewährleisten, wird jeder Jahrgang von Forum Geobotanicum ausgedruckt, gebunden und mit digitalem Datenträger versehen an ausgewählte Universitätsbibliotheken, Landes- und Staatsbibliotheken Deutschlands und wichtiger Städte Mitteleuropas zur Archivierung und Ausleihe versandt.
Forum Geobotanicum ist eine elektronische Plattform, deren Zielsetzung darin besteht, neue Erkenntnisse der geobotanischen Forschung in der Europäischen Union mit Schwerpunkt Mitteleuropa umfassend zu verbreiten. Das Journal befasst sich mit allen Fragen von Verbreitung, Ökologie, Morphologie und Taxonomie von Gefäßpflanzen und soll das gesamte Spektrum der Geobotanik von molekularbiologischen Aspekten bis zu Umwelt- und Naturschutzfragen abdecken. Der Hauptfokus liegt auf der Publikation von Originaluntersuchungen und Übersichtsartikeln sowie Behandlung aktueller Fragen des Naturschutzes. Die Zielgruppen sind Personen mit Allgemeinkenntnissen in der Botanik und Floristik sowie Spezialisten auf den Gebieten der Geobotanik und Pflanzensystematik.
Das Journal soll keine Zeitschrift in Druckform ersetzen, sondern eine Ergänzung zu den traditionellen Publikationsorganen bilden. Der Vorteil der Zeitschrift liegt in ihrer Flexibilität und raschen Publikationszeit nach Begutachtung der eingereichten Manuskripte und den Möglichkeiten, in größerem Umfang Fotografien und andere Abbildungen zu veröffentlichen. Der Vorteil einer elektronischen Zeitschrift besteht weiterhin darin, dass die Veröffentlichungen weltweit jedermann sofort zugänglich sind. Viele durchaus wichtige Untersuchungen aus dem Bereich der Geobotanik erscheinen in lokalen Publikationsorganen, wie Jahrbüchern und Heimatkalendern, oder auch im Eigenverlag. Da solche Veröffentlichungen bibliographisch kaum erfasst werden, können sie auch nicht in adäquater Weise wahrgenommen werden. Forum Geobotanicum soll ermöglichen, dass auch solche Publikationen in einer Literaturrubrik bekannt gemacht werden und ggf. nach Klärung von Copyright-Fragen als Supplemente der Zeitschrift ins Netz gestellt werden. Forum Geobotanicum nutzt die Vorteile des Internets, indem es abrufbare Hilfen, wie ein Verzeichnis von Adressen, Pflanzenlisten etc. zur Verfügung stellt. Insgesamt soll die Kommunikation zwischen Geobotanikern in Mitteleuropa erleichtert und eine Kommunikationsplattform etabliert werden, die die Aktivitäten auf dem gesamten Wissenschaftsgebiet stimuliert.
Das Journal ist uneigennützig und für Autoren und Benutzer kostenfrei. Für die Kostendeckung sind Sponsoren erwünscht, denen eine begrenzte Möglichkeit zur Darstellung eingeräumt werden kann. In der Anfangsphase wird das Journal von einem kleinen Herausgebergremiumbetrieben. Sollte sich Forum Geobotanicum erfolgreich weiter entwickeln, ist an eine Erweiterung des Herausgebergremiums auf Experten aus allen Nationen des mitteleuropäischen Raums gedacht. Um eine langfristige Verfügbarkeit der Publikationen zu gewährleisten, wird jeder Jahrgang von Forum Geobotanicum ausgedruckt, gebunden und mit digitalem Datenträger versehen an ausgewählte Universitätsbibliotheken, Landes- und Staatsbibliotheken Deutschlands und wichtiger Städte Mitteleuropas zur Archivierung und Ausleihe versandt.
The plant hormone jasmonoyl-isoleucine (JA-Ile) is an important regulator of plant growth and defense in response to various biotic and abiotic stress cues. Under our experimental conditions, JA-Ile levels increased approximately seven-fold in NaCl-treated Arabidopsis thaliana roots. Although these levels were around 1000-fold lower than in wounded leaves, genes of the JA-Ile signaling pathway were induced by a factor of 100 or more. Induction was severely compromised in plants lacking the JA-Ile receptor CORONATINE INSENSITIVE 1 or enzymes required for JA-Ile biosynthesis. To explain efficient gene expression at very low JA-Ile levels, we hypothesized that salt-induced expression of the JA/JA-Ile transporter JAT1/AtABCG16 would lead to increased nuclear levels of JA-Ile. However, mutant plants with different jat1 alleles were similar to wild-type ones with respect to salt-induced gene expression. The mechanism that allows COI1-dependent gene expression at very low JA-Ile levels remains to be elucidated.
Pflanzen müssen sich während der Samenkeimung und Keimlingsentwicklung über eingelagerte Speicherstoffe heterotroph versorgen, bis sie, nach Etablierung ihres Photosyntheseapparats, einen autotrophen Lebensstil führen können.
Diese Arbeit geht von der Hypothese aus, dass der evolutionär konservierten zentral-metabolischen Kinase Snf1-RELATED PROTEIN KINASE 1 (SnRK1) eine besondere Rolle bei der Mobilisierung von Speicherstoffen während der Keimlingsentwicklung zukommt. Während die Bedeutung von SnRK1 als zentraler Regulator katabolischer Prozesse unter Energiemangel- und Stresssituationen bereits gezeigt wurde, war die Funktion von SnRK1 im Zusammenhang mit der Samenkeimung weitgehend ungeklärt. In dieser Arbeit konnte erstmals gezeigt werden, dass SnRK1 in Arabidopsis die Mobilisierung und Degradation von Speicherstoffen, insbesondere von Triacylglyceride (TAGs), Samenspeicherproteinen und Aminosäuren, steuert. Sowohl Studien zur Lokalisation von SnRK1:GFP-Fusionsproteinen als auch Kinaseaktivitätsassays unterstützen eine mögliche Funktion von SnRK1 während der Keimlingsentwicklung. Eine induzierbare snrk1-knockdown Mutante zeigt neben einem eingeschränkten Wurzel- und Hypokotylwachstum auch keine Ausbildung eines Photosyntheseapparats, was die zentrale Rolle der SnRK1 in diesem frühen Entwicklungsstadium untermauert. Durch Fütterungsexperimente mit Glukose konnte der Phänotyp einer snrk1 -Mutante in Keimlingen gerettet werden. Dies zeigt, dass der metabolische Block durch externe Gabe von Kohlenhydraten umgangen werden kann. Die zentrale Funktion von SnRK1 ist folgich der Abbau von Speicherstoffen und keine allgemeine Deregulation des pflanzlichen Stoffwechsels. Durch massenspektrometrische Untersuchungen von Keimlingen des Wildtyps und der snrk1-Mutante konnte gezeigt werden, dass TAGs in der Mutante in der spä- ten Keimlingsentwicklung ab Tag 4 langsamer abgebaut werden als im Wildtyp. Ebenso werden Samenspeicherproteine in der Mutante langsamer degradiert, wodurch die Verfügbarkeit von freien Aminosäuren in geringer ist. Entgegen der allgemeinen Annahme konnte gezeigt werden, dass während der Keimlingsentwicklung zumindest in Arabidopsis, einer ölhaltigen Pflanze, zunächst Kohlenhydrate in Form von Saccharose abgebaut werden, bevor die Degradation von TAGs und Aminosäuren beginnt. Diese Abbauprodukte können dann der Glukoneogenese zugeführt werden um daraus Glukose herzustellen. Mittels Transkriptom-Analysen konnten zentrale SnRK1-abhängige Gene in der Speicherstoffmobilisierung von TAG, beispielsweise PEROXISOMAL NAD-MALATE DEHYDROGENASE 2 (PMDH2) und ACYL-CoA-OXIDASE 4 (ACX4), und Aminosäuren identifiziert werden. Somit wurde ein Mechanismus der SnRK1-abhängigen Genregulation während der Samenkeimung in Arabidopsis gefunden. Bei der Degradation von Aminosäuren wird die cytosolische PYRUVATE ORTHOPHOSPHATE DIKINASE (cyPPDK), ein Schlüsselenzym beim Abbau bestimmter Aminosäuren und bei der Glukoneogenese, SnRK1-abhängig transkriptionell reguliert. Durch Koregulation konnte der Transkriptionsfaktor bZIP63 (BASIC LEUCINE ZIPPER 63) gefunden werden, dessen Transkription ebenfalls SnRK1-abhängig reguliert wird. Außerdem konnte die Transkription von cyPPDK in bzip63-Mutanten nur noch sehr schwach induziert werden. In Protoplasten konnte der cyPPDK-Promotor durch Aktivierungsexperimente mit bZIP63 und SnRK1α1 induziert werden. Durch Mutationskartierung und Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP)PCR konnte mehrfach eine direkte Bindung von bZIP63 an den cyPPDK-Promotor nachgewiesen werden. Zusammenfassend ergibt sich ein mechanistisches Arbeitsmodell, in dem bZIP63 durch SnRK1 phosphoryliert wird und durch Bindung an regulatorische G-Box cis-Elemente im cyPPDK- Promotor dessen Transkription anschaltet. Infolgedessen werden Aminosäuren abgebaut und wird über die Glukoneogenese Glukose aufgebaut. Dieser Mechanismus ist essentiell für die Übergangsphase zwischen heterotropher und autotropher Lebensweise, und trägt dazu bei, die im Samen vorhandenen Ressourcen dem Keimling zum idealen Zeitpunkt zugänglich zu machen. Darüber hinaus werden Gene im Abbau von verzweigtkettigen Aminosäuren ebenfalls durch bZIP63 reguliert. Dabei wird dem Keimling Energie in Form von Adenosin-Triphosphat (ATP) zur Verfügung gestellt.
Zusammengefasst zeigen die Ergebnisse dieser Arbeit, dass die Mobilisierung von Speicherstoffen auch während der Keimlingsentwicklung direkt von SnRK1 abhängig ist. Die umfangreichen Datensätze der RNA-Seq-Analysen bieten zudem die Möglichkeit, weitere SnRK1-abhängige Gene der Speichermobilisierung zu identifizieren und somit einem besseren Verständnis der Keimlingsentwicklung beizutragen. Aufgrund der zentralen Bedeutung der SnRK1-Kinase in diesem entscheidenden Entwicklungsschritt ist davon auszugehen, dass diese Erkenntnisse mittelfristig auch für bessere Keimungsraten und somit bessere Erträge in der Landwirtschaft genutzt werden können.
Plant transpiration is a key element in the hydrological cycle. Widely used methods for its assessment comprise sap flux techniques for whole-plant transpiration and porometry for leaf stomatal conductance. Recently emerging approaches based on surface temperatures and a wide range of machine learning techniques offer new possibilities to quantify transpiration. The focus of this study was to predict sap flux and leaf stomatal conductance based on drone-recorded and meteorological data and compare these predictions with in-situ measured transpiration. To build the prediction models, we applied classical statistical approaches and machine learning algorithms. The field work was conducted in an oil palm agroforest in lowland Sumatra. Random forest predictions yielded the highest congruence with measured sap flux (r\(^2\) = 0.87 for trees and r\(^2\) = 0.58 for palms) and confidence intervals for intercept and slope of a Passing-Bablok regression suggest interchangeability of the methods. Differences in model performance are indicated when predicting different tree species. Predictions for stomatal conductance were less congruent for all prediction methods, likely due to spatial and temporal offsets of the measurements. Overall, the applied drone and modelling scheme predicts whole-plant transpiration with high accuracy. We conclude that there is large potential in machine learning approaches for ecological applications such as predicting transpiration.
While much research has addressed the aboveground response of trees to climate warming and related water shortage, not much is known about the drought sensitivity of the fine root system, in particular of mature trees. This study investigates the response of topsoil (0–10 cm) fine root biomass (FRB), necromass (FRN), and fine root morphology of five temperate broadleaf tree species (Acer platanoides L., Carpinus betulus L., Fraxinus excelsior L., Quercus petraea (Matt.) Liebl., Tilia cordata Mill.) to a reduction in water availability, combining a precipitation gradient study (nine study sites; mean annual precipitation (MAP): 920–530 mm year\(^{−1}\)) with the comparison of a moist period (average spring conditions) and an exceptionally dry period in the summer of the subsequent year. The extent of the root necromass/biomass (N/B) ratio increase was used as a measure of the species’ belowground sensitivity to water deficits. We hypothesized that the N/B ratio increases with long-term (precipitation gradient) and short-term reductions (moist vs. dry period) of water availability, while FRB changes only a little. In four of the five species (exception: A. platanoides), FRB did not change with a reduction in MAP, whereas FRN and N/B ratio increased toward the dry sites under ample water supply (exception: Q. petraea). Q. petraea was also the only species not to reduce root tip frequency after summer drought. Different slopes of the N/B ratio-MAP relation similarly point at a lower belowground drought sensitivity of Q. petraea than of the other species. After summer drought, all species lost the MAP dependence of the N/B ratio. Thus, fine root mortality increased more at the moister than the drier sites, suggesting a generally lower belowground drought sensitivity of the drier stands. We conclude that the five species differ in their belowground drought response. Q. petraea follows the most conservative soil exploration strategy with a generally smaller FRB and more drought-tolerant fine roots, as it maintains relatively constant FRB, FRN, and morphology across spatial and temporal dimensions of soil water deficits.
Protein purification is the vital basis to study the function, structure and interaction of proteins. Widely used methods are affinity chromatography-based purifications, which require different chromatography columns and harsh conditions, such as acidic pH and/or adding imidazole or high salt concentration, to elute and collect the purified proteins. Here we established an easy and fast purification method for soluble proteins under mild conditions, based on the light-induced protein dimerization system improved light-induced dimer (iLID), which regulates protein binding and release with light. We utilize the biological membrane, which can be easily separated by centrifugation, as the port to anchor the target proteins. In Xenopus laevis oocyte and Escherichia coli, the blue light-sensitive part of iLID, AsLOV2-SsrA, was targeted to the plasma membrane by different membrane anchors. The other part of iLID, SspB, was fused with the protein of interest (POI) and expressed in the cytosol. The SspB-POI can be captured to the membrane fraction through light-induced binding to AsLOV2-SsrA and then released purely to fresh buffer in the dark after simple centrifugation and washing. This method, named mem-iLID, is very flexible in scale and economic. We demonstrate the quickly obtained yield of two pure and fully functional enzymes: a DNA polymerase and a light-activated adenylyl cyclase. Furthermore, we also designed a new SspB mutant for better dissociation and less interference with the POI, which could potentially facilitate other optogenetic manipulations of protein–protein interaction.
Guard cells control the aperture of plant stomata, which are crucial for global fluxes of CO\(_2\) and water. In turn, guard cell anion channels are seen as key players for stomatal closure, but is activation of these channels sufficient to limit plant water loss? To answer this open question, we used an optogenetic approach based on the light-gated anion channelrhodopsin 1 (GtACR1). In tobacco guard cells that express GtACR1, blue- and green-light pulses elicit Cl\(^-\) and NO\(_3\)\(^-\) currents of -1 to -2 nA. The anion currents depolarize the plasma membrane by 60 to 80 mV, which causes opening of voltage-gated K+ channels and the extrusion of K+. As a result, continuous stimulation with green light leads to loss of guard cell turgor and closure of stomata at conditions that provoke stomatal opening in wild type. GtACR1 optogenetics thus provides unequivocal evidence that opening of anion channels is sufficient to close stomata.
Background
While leaves are far more accessible for analysing plant defences, roots are hidden in the soil, leading to difficulties in studying soil-borne interactions. Inoculation strategies for infecting model plants with model root pathogens are described in the literature, but it remains demanding to obtain a methodological overview. To address this challenge, this study uses the model root pathogen Verticillium longisporum on Arabidopsis thaliana host plants and provides recommendations for selecting appropriate infection systems to investigate how plants cope with root pathogens.
Results
A novel root infection system is introduced, while two existing ones are precisely described and optimized. Step-by-step protocols are presented and accompanied by pathogenicity tests, transcriptional analyses of indole-glucosinolate marker genes and independent confirmations using reporter constructs. Advantages and disadvantages of each infection system are assessed. Overall, the results validate the importance of indole-glucosinolates as secondary metabolites that limit the Verticillium propagation in its host plant.
Conclusion
Detailed assistances on studying host defence strategies and responses against V. longisporum is provided. Furthermore, other soil-borne microorganisms (e.g., V. dahliae) or model plants, such as economically important oilseed rape and tomato, can be introduced in the infection systems described. Hence, these proven manuals can support finding a root infection system for your specific research questions to further decipher root-microbe interactions.
Simple Summary
Abiotic and biotic stress conditions result in profound changes in plant lipid metabolism. Vegetable oil consists of triacylglycerols, which are important energy and carbon storage compounds in seeds of various plant species. These compounds are also present in vegetative tissue, and levels have been reported to increase with different abiotic stresses in leaves. This work shows that triacylglycerols accumulate in roots and in distal, non-treated leaves upon treatment with a fungal pathogen or lipopolysaccharide (a common bacterial-derived elicitor in animals and plants). Treatment of leaves with a bacterial pathogen or a bacterial effector molecule results in triacylglycerol accumulation in leaves, but not systemically in roots. These results suggest that elicitor molecules are sufficient to induce an increase in triacylglycerol levels, and that unidirectional long-distance signaling from roots to leaves is involved in pathogen and elicitor-induced triacylglycerol accumulation.
Abstract
Interaction of plants with the environment affects lipid metabolism. Changes in the pattern of phospholipids have been reported in response to abiotic stress, particularly accumulation of triacylglycerols, but less is known about the alteration of lipid metabolism in response to biotic stress and leaves have been more intensively studied than roots. This work investigates the levels of lipids in roots as well as leaves of Arabidopsis thaliana in response to pathogens and elicitor molecules by UPLC-TOF-MS. Triacylglycerol levels increased in roots and systemically in leaves upon treatment of roots with the fungus Verticillium longisporum. Upon spray infection of leaves with the bacterial pathogen Pseudomonas syringae, triacylglycerols accumulated locally in leaves but not in roots. Treatment of roots with a bacterial lipopolysaccharide elicitor induced a strong triacylglycerol accumulation in roots and leaves. Induction of the expression of the bacterial effector AVRRPM1 resulted in a dramatic increase of triacylglycerol levels in leaves, indicating that elicitor molecules are sufficient to induce accumulation of triacylglycerols. These results give insight into local and systemic changes to lipid metabolism in roots and leaves in response to biotic stresses.