Global Genetic Heterogeneity in Adaptive Traits
Globale genetische Heterogenität in adaptiven Merkmalen
Zitieren Sie bitte immer diese URN: urn:nbn:de:bvb:20-opus-242468
- Genome Wide Association Studies (GWAS) have revolutionized the way on
how genotype-phenotype relations are assessed. In the 20 years long history
of GWAS, multiple challenges from a biological, computational, and statistical
point of view have been faced. The implementation of this technique using
the model plant species Arabidopsis thaliana, has enabled the detection of many
association for multiple traits. Despite a lot of studies implementing GWAS
have discovered new candidate genes for multiple traits, different samples are
usedGenome Wide Association Studies (GWAS) have revolutionized the way on
how genotype-phenotype relations are assessed. In the 20 years long history
of GWAS, multiple challenges from a biological, computational, and statistical
point of view have been faced. The implementation of this technique using
the model plant species Arabidopsis thaliana, has enabled the detection of many
association for multiple traits. Despite a lot of studies implementing GWAS
have discovered new candidate genes for multiple traits, different samples are
used across studies. In many cases, either globally diverse samples or samples
composed of accessions from a geographically restricted area are used. With
the aim of comparing GWAS outcomes between populations from different
geographic areas, this thesis describes the performance of GWAS in different
European samples of A. thaliana. Here, association mapping results for flowering
time were compared. Chapter 2 describes the analyses of random resampling
from this original sample. The aim was to establish reduced subsamples to
later carry out GWAS and compare the outcomes between these subsamples.
In Chapter 3, the European sample was split into eight equally-sized local
samples representing different geographic regions. Next, GWAS was carried
out and an attempt was made to clarify the differences in GWAS outcomes.
Chapter 4 contains the results of a collaboration with Prof. Dr. Wolfgang Dröge-
Laser, in which my mainly task was the analysis of RNAseq data from A.
thaliana plants infected by pathogenic fungi. Finally, Appendix A presents a very
short description of my participation in the GHP Project on Access to Care for
Cardiometabolic Diseases (HPACC) at the university of Heidelberg.…
- Die genomweiten Assoziationsstudien (GWAS) haben die Art und Weise revolutionierten,
wie genotypische-phänotypische Zusammenhänge untersucht
werden. In der 20-jährigen Geschichte dieser Analysen, gab es zahlreiche biologische,
mathematische und statistische Herausforderungen. Die Anwendung
dieser Methodik in der Modellpflanze Arabidopsis thaliana ermöglichte die Erkennung
neuer Zusammenhänge für zahlreicher Merkmale. Obwohl viele Studien,
die GWAS implementieren, neue Kandidatengene für verschiedene Merkmale
entdeckt haben, werden in denDie genomweiten Assoziationsstudien (GWAS) haben die Art und Weise revolutionierten,
wie genotypische-phänotypische Zusammenhänge untersucht
werden. In der 20-jährigen Geschichte dieser Analysen, gab es zahlreiche biologische,
mathematische und statistische Herausforderungen. Die Anwendung
dieser Methodik in der Modellpflanze Arabidopsis thaliana ermöglichte die Erkennung
neuer Zusammenhänge für zahlreicher Merkmale. Obwohl viele Studien,
die GWAS implementieren, neue Kandidatengene für verschiedene Merkmale
entdeckt haben, werden in den verschiedenen Analysen oft unterschiedliche
Populationen verwendet. Es werden entweder global unterschiedliche Accessionen
oder alternative welche aus einem geografisch begrenzten Gebiet als
Population für die Anaylsen verwendet. Mit dem Ziel, GWAS-Ergebnisse zwischen
Populationen aus verschiedenen geografischen Gebieten zu vergleichen,
beschreibt diese Arbeit die Eigenschaften der Analyse in verschiedenen europäischen
Populationen von A. thaliana. Verglichen wurden die Ergebnisse der
Assoziationskartierung für die Blütezeit. Kapitel 2 beschreibt die Analysen von
zufälligen Populationen im Vergleich zur gesamten europäischen Population.
Ziel war es, reduzierte Stichproben zu erstellen, um später GWAS durchzuführen
und die Ergebnisse zwischen diesen Stichproben zu vergleichen. In Kapitel 3
wurde die europäische Population in acht gleich große lokale Subpopulationen
aufgeteilt. Diese repräsentieren verschiedene geografische Regionen. Als
nächstes wurde GWAS durchgeführt und die Unterschiede in den jeweilgen
GWAS-Ergebnissen beschrieben. Kapitel 4 behinhaltet die Ergebnisse aus einer
Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Wolfgang Dröge-Laser: Hier war meine Hauptaufgabe
die Analyse von RNAs Sequenzierungsdaten von mit pathogenen
Pilzen befallenen A. thaliana-Pflanzen. Schließlich enthält Anhang A eine zusammenfassende
Beschreibung meiner Mitarbeit am GHP-Projekt zum Zugang zur
Versorgung bei kardiometabolischen Erkrankungen (HPACC) an der Universität
Heidelberg…
Autor(en): | William Andrés López Arboleda |
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URN: | urn:nbn:de:bvb:20-opus-242468 |
Dokumentart: | Dissertation |
Titelverleihende Fakultät: | Universität Würzburg, Fakultät für Biologie |
Institute der Universität: | Fakultät für Biologie / Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften |
Gutachter / Betreuer: | Prof. Dr. Arthur Korte, Prof. Dr. Thomas Dandekar |
Datum der Abschlussprüfung: | 26.07.2021 |
Sprache der Veröffentlichung: | Englisch |
Erscheinungsjahr: | 2021 |
DOI: | https://doi.org/10.25972/OPUS-24246 |
Allgemeine fachliche Zuordnung (DDC-Klassifikation): | 5 Naturwissenschaften und Mathematik / 57 Biowissenschaften; Biologie / 570 Biowissenschaften; Biologie |
Freie Schlagwort(e): | GWAS; Genotype-phenotype relationship; adaptive traits; local adaptation |
Datum der Freischaltung: | 04.08.2021 |
Lizenz (Deutsch): | ![]() |