Supramolecular fluorescence resonance energy transfer in nucleobase-modified fluorogenic RNA aptamers
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- RNA aptamers form compact tertiary structures and bind their ligands in specific binding sites. Fluorescence-based strategies reveal information on structure and dynamics of RNA aptamers. Here we report the incorporation of the universal emissive nucleobase analog 4-cyanoindole into the fluorogenic RNA aptamer Chili, and its application as a donor for supramolecular FRET to bound ligands DMHBI+ or DMHBO+. The photophysical properties of the new nucleobase-ligand-FRET pair revealed structural restraints for the overall RNA aptamer organizationRNA aptamers form compact tertiary structures and bind their ligands in specific binding sites. Fluorescence-based strategies reveal information on structure and dynamics of RNA aptamers. Here we report the incorporation of the universal emissive nucleobase analog 4-cyanoindole into the fluorogenic RNA aptamer Chili, and its application as a donor for supramolecular FRET to bound ligands DMHBI+ or DMHBO+. The photophysical properties of the new nucleobase-ligand-FRET pair revealed structural restraints for the overall RNA aptamer organization and identified nucleotide positions suitable for FRET-based readout of ligand binding. This strategy is generally suitable for binding site mapping and may also be applied for responsive aptamer devices.…
Autor(en): | Christian Steinmetzger, Carmen Bäuerlein, Claudia HöbartnerORCiD |
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URN: | urn:nbn:de:bvb:20-opus-203084 |
Dokumentart: | Artikel / Aufsatz in einer Zeitschrift |
Institute der Universität: | Fakultät für Chemie und Pharmazie / Institut für Organische Chemie |
Sprache der Veröffentlichung: | Englisch |
Titel des übergeordneten Werkes / der Zeitschrift (Englisch): | Angewandte Chemie, International Edition |
Erscheinungsjahr: | 2020 |
Band / Jahrgang: | 59 |
Seitenangabe: | 6760–6764 |
Originalveröffentlichung / Quelle: | Angewandte Chemie, International Edition 2020, 59, 6760–6764. DOI:10.1002/anie.201916707 |
DOI: | https://doi.org/10.1002/anie.201916707 |
Allgemeine fachliche Zuordnung (DDC-Klassifikation): | 5 Naturwissenschaften und Mathematik / 54 Chemie / 547 Organische Chemie |
Freie Schlagwort(e): | Fluoreszenzresonanz-Energietransfer; Isomorphe Nukleobasen-Analoga; RNA-Aptamere; Stokes-Verschiebung; Struktursonden RNA aptamers; fluorescence resonance energy transfer; isomorphic nucleobase analog; large stokes shift; stokes shift; structure probes; structure probing |
Datum der Freischaltung: | 23.04.2020 |
EU-Projektnummer / Contract (GA) number: | 682586 |
OpenAIRE: | OpenAIRE |
Anmerkungen: | Parallel erschienen in Angewandte Chemie 2020,132, 6826–6830. DOI: 10.1002/ange.201916707 (Deutsche Ausgabe). |
Lizenz (Deutsch): | CC BY-NC-ND: Creative-Commons-Lizenz: Namensnennung, Nicht kommerziell, Keine Bearbeitungen 4.0 International |