Refine
Year of publication
Document Type
- Doctoral Thesis (8964)
- Journal article (8586)
- Complete part of issue (703)
- Book article / Book chapter (479)
- Book (218)
- Conference Proceeding (202)
- Preprint (130)
- Review (115)
- Master Thesis (105)
- Working Paper (105)
Language
- English (11113)
- German (8628)
- French (58)
- Multiple languages (22)
- Spanish (22)
- Russian (6)
- Italian (2)
- Portuguese (2)
Keywords
- Würzburg (739)
- Universität (668)
- Wuerzburg (668)
- Wurzburg (660)
- University (608)
- Organische Chemie (135)
- Psychologie (128)
- Anorganische Chemie (124)
- Maus (124)
- Toxikologie (123)
Institute
- Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften (2306)
- Graduate School of Life Sciences (1034)
- Physikalisches Institut (811)
- Institut für Anorganische Chemie (678)
- Medizinische Klinik und Poliklinik I (667)
- Institut für Psychologie (604)
- Medizinische Klinik und Poliklinik II (579)
- Institut für Organische Chemie (562)
- Neurologische Klinik und Poliklinik (527)
- Klinik und Poliklinik für Allgemein-, Viszeral-, Gefäß- und Kinderchirurgie (Chirurgische Klinik I) (508)
Schriftenreihe
- Cultural Animal Studies, Band 3 (24)
- Spezielle Didaktik der Sportarten (2)
- Aesthetische Eigenzeiten, 17 (1)
- Akten des ... Symposiums des Mediävistenverbandes; 13,2 (1)
- Alter Orient und Altes Testament : Sonderreihe Veröffentlichungen zur Kultur und Geschichte des Alten Orients ; 3 (1)
- Aventiuren; 13 (1)
- Berichte aus der Informatik (1)
- Deuterocanonical and Cognate Literature Studies (1)
- Deuterocanonical and Cognate Literature Yearbook (1)
- Epistemata. Reihe Literaturwissenschaft ; 483 (1)
Sonstige beteiligte Institutionen
- VolkswagenStiftung (24)
- Johns Hopkins School of Medicine (18)
- Fraunhofer-Institut für Silicatforschung ISC (8)
- Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research (HIRI) (7)
- IZKF Nachwuchsgruppe Geweberegeneration für muskuloskelettale Erkrankungen (7)
- Akademie der Wissenschaften und der Literatur, Mainz (6)
- DFG Forschungsgruppe 2757 / Lokale Selbstregelungen im Kontext schwacher Staatlichkeit in Antike und Moderne (LoSAM) (6)
- Clinical Trial Center (CTC) / Zentrale für Klinische Studien Würzburg (ZKSW) (5)
- Johns Hopkins University School of Medicine (5)
- Universität Leipzig (5)
ResearcherID
- B-1911-2015 (1)
- B-4606-2017 (1)
- C-2593-2016 (1)
- D-1221-2009 (1)
- D-1250-2010 (1)
- D-3057-2014 (1)
- I-5818-2014 (1)
- J-8841-2015 (1)
- M-1240-2017 (1)
- N-2030-2015 (1)
Zwischenruf: Toxische Theologien – toxische Therapien. Der unsägliche Fall des Tony Anatrella
(2023)
No abstract available.
No abstract available.
No abstract available.
Welche Erinnerung zählt? Die UnSichtbarkeit geschlechtsspezifischer Gewalt im Raum der Kirche
(2023)
No abstract available.
No abstract available.
No abstract available.
Das Westjordanland – Wo Vulnerabilitäten ein politisches Vakuum erzeugen und damit gefährlich werden
(2023)
No abstract available.
No abstract available.
No abstract available.
Die städtische Umwelt ist in steter Veränderung, vor allem durch den Bau, aber auch durch die Zerstörung von städtischen Elementen. Die formelle Entwicklung ist ein Prozess mit langen Planungszeiträumen und die bebaute Landschaft wirkt daher statisch. Dagegen unterliegen informelle oder spontane Siedlungen aufgrund ihrer stets unvollendeten städtischen Form einer hohen Dynamik – so wird in der Literatur berichtet. Allerdings sind Dynamik und die morphologischen Merkmale der physischen Transformation in solchen Siedlungen, die städtische Armut morphologisch repräsentieren, auf globaler Ebene bisher kaum mit einer konsistenten Datengrundlage empirisch untersucht worden. Hier setzt die vorliegende Arbeit an. Unter der Annahme, dass die erforschte zeitliche Dynamik in Europa geringer ausfällt, stellt sich die generelle Frage nach einer katalogisierten Erfassung physischer Wohnformen von Armut speziell in Europa. Denn Wohnformen der Armut werden oft ausschließlich mit dem ‚Globalen Süden‘ assoziiert, insbesondere durch die Darstellung von Slums. Tatsächlich ist Europa sogar die Wiege der Begriffe ‚Slum‘ und ‚Ghetto‘, die vor Jahrhunderten zur Beschreibung von Missständen und Unterdrückung auftauchten. Bis heute weist dieser facettenreiche Kontinent eine enorme Vielfalt an physischen Wohnformen der Armut auf, die ihre Wurzeln in unterschiedlichen Politiken, Kulturen, Geschichten und Lebensstilen haben. Um über diese genannten Aspekte Aufschluss zu erlangen, bedarf es u.a. der Bildanalyse durch Satellitenbilder. Diese Arbeit wird daher mittels Fernerkundung bzw. Erdbeobachtung (EO) sowie zusätzlicher Literaturrecherchen und einer empirischen Erhebung erstellt. Um Unsicherheiten konzeptionell und in der Erfassung offenzulegen, ist die Methode der manuellen Bildinterpretation von Armutsgebieten kritisch zu hinterfragen.
Das übergeordnete Ziel dieser Arbeit ist eine bessere Wissensbasis über Armut zu schaffen, um Maßnahmen zur Reduzierung von Armut entwickeln zu können. Die Arbeit dient dabei als eine Antwort auf die Nachhaltigkeitsziele der Vereinten Nationen. Es wird Grundlagenforschung betrieben, indem Wissenslücken in der Erdbeobachtung zu physisch-baulichen bzw. morphologischen Erscheinungen von Armut auf Gebäude-Ebene explorativ analysiert werden. Die Arbeit wird in drei Forschungsthemen bzw. Studienteile untergliedert:
Ziel des ersten Studienteils ist die globale raumzeitliche Erfassung von Dynamiken durch Anknüpfung an bisherige Kategorisierungen von Armutsgebieten. Die bisherige Wissenslücke soll gefüllt werden, indem über einen Zeitraum von etwa sieben Jahren in 16 dokumentierten Manifestationen städtischer Armut anhand von Erdbeobachtungsdaten eine zeitliche Analyse der bebauten Umwelt durchgeführt wird. Neben einer global verteilten Gebietsauswahl wird die visuelle Bildinterpretation (MVII) unter Verwendung von hochauflösenden optischen Satellitendaten genutzt. Dies geschieht in Kombination mit in-situ- und Google Street View-Bildern zur Ableitung von 3D-Stadtmodellen. Es werden physische Raumstrukturen anhand von sechs räumlichen morphologischen Variablen gemessen: Anzahl, Größe, Höhe, Ausrichtung und Dichte der Gebäude sowie Heterogenität der Bebauung. Diese ‚temporale Analyse‘ zeigt zunächst sowohl inter- als auch intra-urbane Unterschiede. Es lassen sich unterschiedliche, aber generell hohe morphologische Dynamiken zwischen den Untersuchungsgebieten finden. Dies drückt sich in vielfältiger Weise aus: von abgerissenen und rekonstruierten Gebieten bis hin zu solchen, wo Veränderungen innerhalb der gegebenen Strukturen auftreten. Geographisch gesehen resultiert in der Stichprobe eine fortgeschrittene Dynamik, insbesondere in Gebieten des Globalen Südens. Gleichzeitig lässt sich eine hohe räumliche Variabilität der morphologischen Transformationen innerhalb der untersuchten Gebiete beobachten. Trotz dieser teilweise hohen morphologischen Dynamik sind die räumlichen Muster von Gebäudefluchten, Straßen und Freiflächen überwiegend konstant. Diese ersten Ergebnisse deuten auf einen geringen Wandel in Europa hin, weshalb diese europäischen Armutsgebiete im folgenden Studienteil von Grund auf erhoben und kategorisiert werden.
Ziel des zweiten Studienteils ist die Erschaffung einer neuen Kategorisierung, speziell für das in der Wissenschaft unterrepräsentierte Europa. Die verschiedenen Formen nicht indizierter Wohnungsmorphologien werden erforscht und kategorisiert, um das bisherige globale wissenschaftliche ontologische Portfolio für Europa zu erweitern. Hinsichtlich dieses zweiten Studienteils bietet eine Literaturrecherche mit mehr als 1.000 gesichteten Artikeln die weitere Grundlage für den folgenden Fokus auf Europa. Auf der Recherche basierend werden mittels der manuellen visuellen Bildinterpretation (engl.: MVII) erneut Satellitendaten zur Erfassung der physischen Morphologien von Wohnformen genutzt. Weiterhin kommen selbst definierte geographische Indikatoren zu Lage, Struktur und formellem Status zum Einsatz. Darüber hinaus werden gesellschaftliche Hintergründe, die durch Begriffe wie ‚Ghetto‘, ‚Wohnwagenpark‘, ‚ethnische Enklave‘ oder ‚Flüchtlingslager‘ beschrieben werden, recherchiert und implementiert. Sie sollen als Erklärungsansatz für Armutsviertel in Europa dienen. Die Stichprobe der europäischen, insgesamt aber unbekannten Grundgesamtheit verdeutlicht eine große Vielfalt an physischen Formen: Es wird für Europa eine neue Kategorisierung von sechs Hauptklassen entwickelt, die von ‚einfachsten Wohnstätten‘ (z. B. Zelten) über ‚behelfsmäßige Unterkünfte ‘ (z. B. Baracken, Container) bis hin zu ‚mehrstöckigen Bauten‘ - als allgemeine Taxonomie der Wohnungsnot in Europa - reicht. Die Untersuchung zeigt verschiedene Wohnformen wie z. B. unterirdische oder mobile Typen, verfallene Wohnungen oder große Wohnsiedlungen, die die Armut im Europa des 21. Jahrhunderts widerspiegeln. Über die Wohnungsmorphologie hinaus werden diese Klassen durch die Struktur und ihren rechtlichen Status beschrieben - entweder als geplante oder als organisch-gewachsene bzw. weiterhin als formelle, informelle oder hybride (halblegale) Formen. Geographisch lassen sich diese ärmlichen Wohnformen sowohl in städtischen als auch in ländlichen Gebieten finden, mit einer Konzentration in Südeuropa. Der Hintergrund bei der Mehrheit der Morphologien betrifft Flüchtlinge, ethnische Minderheiten und sozioökonomisch benachteiligte Menschen - die ‚Unterprivilegierten‘.
Ziel des dritten Studienteils ist eine kritische Analyse der Methode. Zur Erfassung all dieser Siedlungen werden heutzutage Satellitenbilder aufgrund der Fortschritte bei den Bildklassifizierungsmethoden meist automatisch ausgewertet. Dennoch spielt die MVII noch immer eine wichtige Rolle, z.B. um Trainingsdaten für Machine-Learning-Algorithmen zu generieren oder für Validierungszwecke. In bestimmten städtischen Umgebungen jedoch, z.B. solchen mit höchster Dichte und struktureller Komplexität, fordern spektrale und textur-basierte Verflechtungen von überlappenden Dachstrukturen den menschlichen Interpreten immer noch heraus, wenn es darum geht einzelne Gebäudestrukturen zu erfassen. Die kognitive Wahrnehmung und die Erfahrung aus der realen Welt sind nach wie vor unumgänglich. Vor diesem Hintergrund zielt die Arbeit methodisch darauf ab, Unsicherheiten speziell bei der Kartierung zu quantifizieren und zu interpretieren. Kartiert werden Dachflächen als ‚Fußabdrücke‘ solcher Gebiete. Der Fokus liegt dabei auf der Übereinstimmung zwischen mehreren Bildinterpreten und welche Aspekte der Wahrnehmung und Elemente der Bildinterpretation die Kartierung beeinflussen. Um letztlich die Methode der MVII als drittes Ziel selbstkritisch zu reflektieren, werden Experimente als sogenannte ‚Unsicherheitsanalyse‘ geschaffen. Dabei digitalisieren zehn Testpersonen bzw. Probanden/Interpreten sechs komplexe Gebiete. Hierdurch werden quantitative Informationen über räumliche Variablen von Gebäuden erzielt, um systematisch die Konsistenz und Kongruenz der Ergebnisse zu überprüfen. Ein zusätzlicher Fragebogen liefert subjektive qualitative Informationen über weitere Schwierigkeiten. Da die Grundlage der hierfür bisher genutzten Kategorisierungen auf der subjektiven Bildinterpretation durch den Menschen beruht, müssen etwaige Unsicherheiten und damit Fehleranfälligkeiten offengelegt werden. Die Experimente zu dieser Unsicherheitsanalyse erfolgen quantifiziert und qualifiziert. Es lassen sich generell große Unterschiede zwischen den Kartierungsergebnissen der Probanden, aber eine hohe Konsistenz der Ergebnisse bei ein und demselben Probanden feststellen. Steigende Abweichungen korrelieren mit einer steigenden baustrukturellen (morphologischen) Komplexität. Ein hoher Grad an Individualität bei den Probanden äußert sich in Aspekten wie z.B. Zeitaufwand beim Kartieren, in-situ Vorkenntnissen oder Vorkenntnissen beim Umgang mit Geographischen Informationssystemen (GIS). Nennenswert ist hierbei, dass die jeweilige Datenquelle das Kartierungsverfahren meist beeinflusst. Mit dieser Studie soll also auch an der Stelle der angewandten Methodik eine weitere Wissenslücke gefüllt werden. Die bisherige Forschung komplexer urbaner Areale unter Nutzung der manuellen Bildinterpretation implementiert oftmals keine Unsicherheitsanalyse oder Quantifizierung von Kartierungsfehlern. Fernerkundungsstudien sollten künftig zur Validierung nicht nur zweifelsfrei auf MVII zurückgreifen können, sondern vielmehr sind Daten und Methoden notwendig, um Unsicherheiten auszuschließen.
Zusammenfassend trägt diese Arbeit zur bisher wenig erforschten morphologischen Dynamik von Armutsgebieten bei. Es werden inter- wie auch intra-urbane Unterschiede auf globaler Ebene präsentiert. Dabei sind allgemein hohe morphologische Transformationen zwischen den selektierten Gebieten festzustellen. Die Ergebnisse deuten auf einen grundlegenden Kenntnismangel in Europa hin, weshalb an dieser Stelle angeknüpft wird. Eine über Europa verteilte Stichprobe erlaubt eine neue morphologische Kategorisierung der großen Vielfalt an gefundenen physischen Formen. Die Menge an Gebieten erschließt sich in einer unbekannten Grundgesamtheit. Zur Datenaufbereitung bisheriger Analysen müssen Satellitenbilder manuell interpretiert werden. Das Verfahren birgt Unsicherheiten. Als kritische Selbstreflexion zeigt eine Reihe von Experimenten signifikante Unterschiede zwischen den Ergebnissen der Probanden auf, verdeutlicht jedoch bei ein und derselben Person Beständigkeit.
Wo etwas Verborgenes, das vom öffentlichen Diskurs ausgeschlossen wurde, plötzlich sichtbar wird, ereignen sich Offenbarungen. Wenn es dabei um Menschenrechte geht, so entsteht ein prekärer Augenblick, der große Chancen und zugleich unübersehbare Risiken birgt. Verworfenes Leben kann sich Bahn brechen; oder es wird durch schmerzliche Vulneranz erneut verfemt und zerstört. In Verwundungen, die an der Schwelle des UnSichtbaren geschehen, tritt die Vulnerabilität der Menschenrechte hervor.
Das vorliegende Buch erscheint 2023 und damit 75 Jahre nach der "Allgemeinen Erklärung der Menschenrechte" der Vereinten Nationen. Menschenrechte sind eine gegen viele Widerstände und mit großen Opfern durchgesetzte Errungenschaft der Menschheit. Heute werden sie erneut zu einem verletzten und verletzbaren Gut.
Daher analysiert das Buch die ambivalente Macht der Vulnerabilität an signifi kanten Diskursorten der Gegenwart; es legt die Vulneranz der katholischen Kirche bezüglich Missbrauch, Vertuschung und Gendertrouble frei; und es fragt nach der offenbarenden Kraft an jener Schwelle, wo die Menschenrechte in Gefahr sind.
Mit Beiträgen von Prof. Dr. Stephan Lessenich, Dr. Sabine Bauer-Amin, Florian Pistrol, Steven Höfner, Prof. Dr. Ute Leimgruber, Prof. Dr. Hildegund Keul, Dr. Andreas Heek, Prof. Dr. Peter G. Kirchschläger, Dr. Jutta Czapski, Prof. Dr. Ansgar Kreutzer.
Disentangling the Formation of PAHs in Extreme Environments by IR/UV Double Resonance Spectroscopy
(2023)
Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) are considered as key building blocks in the formation of carbonaceous particles such as soot. In our immediate surroundings, they are mainly generated in incomplete combustion processes and are further considered as carriers of the Unidentified Infrared Bands which are detected in a wide variety of astrophysical envelopes in the interstellar medium. Currently, astrochemical as well as combustion related models favour small resonance stabilized radicals (RSR) as major contributors to PAHs in sequential reactions. Therefore, we generated two RSR under well-defined conditions to investigate their contribution to PAH formation in a pyrolysis microreactor. The various reaction products were identified by IR/UV ion dip spectroscopy which combines the mass-selectivity of UV light with the structural sensitivity of IR radiation. Finally, we investigated the intermolecular interactions in azaphenanthrene dimers in combination with high-level theoretical calculations and found a preferential formation of pi-stacked van der Waals cluster in a molecular jet expansion.
The receptor activity-modifying proteins (RAMPs) are ubiquitously expressed membrane proteins that interact with several G protein-coupled receptors (GPCRs), the largest and pharmacologically most important family of cell surface receptors. RAMPs can regulate GPCR function in terms of ligand-binding, G-protein coupling, downstream signaling, trafficking, and recycling. The integrity of their interactions translates to many physiological functions or pathological conditions.
Regardless of numerous reports on its essential importance for cell biology and pivotal role in (patho-)physiology, the molecular mechanism of how RAMPs modulate GPCR activation remained largely elusive.
This work presents new insights that add to the common understanding of the allosteric regulation of receptor activation and will help interpret how accessory proteins - RAMPs - modulate activation dynamics and how this affects the fundamental aspects of cellular signaling. Using a prototypical class B GPCR, the parathyroid hormone 1 receptor (PTH1R) in the form of advanced genetically encoded optical biosensors, I examined RAMP's impact on the PTH1R activation and signaling in intact cells. A panel of single-cell FRET and confocal microscopy experiments as well canonical and non-canonical functional assays were performed to get a holistic picture of the signaling initiation and transduction of that clinically and therapeutically relevant GPCR. Finally, structural modeling was performed to add molecular mechanistic details to that novel art of modulation.
I describe here that RAMP2 acts as a specific allosteric modulator of PTH1R, shifting PTH1R to a unique pre-activated state that permits faster activation in a ligand-specific manner. Moreover, RAMP2 modulates PTH1R downstream signaling in an agonist-dependent manner, most notably increasing the PTH-mediated Gi3 signaling sensitivity and kinetics of cAMP accumulation. Additionally, RAMP2 increases PTH- and PTHrP-triggered β-arrestin2 recruitment to PTH1R and modulates cytosolic ERK1/2 phosphorylation. Structural homology modeling shows that structural motifs governing GPCR-RAMP interaction originate in allosteric hotspots and rationalize functional modulation. Moreover, to interpret the broader role of RAMP's modulation in GPCRs pharmacology, different fluorescent tools to investigate RAMP's spatial organization were developed, and novel conformational biosensors for class B GPCRs were engineered. Lastly, a high throughput assay is proposed and prototyped to expand the repertoire of RAMPs or other membrane protein interactors.
These data uncover the critical role of RAMPs in GPCR activation and signaling and set up a novel platform for studying GPCR modulation. Furthermore, these insights may provide a new venue for precise modulation of GPCR
function and advanced drug design.
Respiratory infections are a significant health concern worldwide, and the airway epithelium plays a crucial role in regulating airway function and modulating inflammatory processes. However, most studies on respiratory infections have used cell lines or animal models, which may not accurately reflect native physiological conditions, especially regarding human pathogens. We generated human nasal mucosa (hNM) and tracheobronchial mucosa (hTM) models to address this issue using primary human airway epithelial cells and fibroblasts. We characterised these human airway tissue models (hAM) using high speed video microscopy, single cell RNA sequencing, immunofluorescence staining,
and ultrastructural analyses that revealed their complexity and cellular heterogeneity. We demonstrated that Bordetella pertussis virulence factor adenylate cyclase toxin (CyaA) elevated the intracellular production of cyclic adenosine monophosphate (cAMP) and secretion of interleukin (IL) 6, IL 8, and human beta defensin 2 (HBD2). In addition, we compared the responses of the tissue models from two different anatomical sites (the upper and lower respiratory mucosa) and are the first to report such differential susceptibility towards CyaA using 3D primary airway cell derivedmodels. The effect of toxin treatment on the epithelial barrier integrity of the tissue models was assessed by measuring the flux of fluorescein isothiocyanate (FITC)-conjugated dextran across the models. Though we observed a cell type specific response with respect to intracellular cAMP production and IL 6, IL 8, and HBD2 secretion in the models treated with CyaA on the apical side, the epithelial membrane barrier integrity was not compromised. In addition to toxin studies, using these characterised models, we established viral infection studies for Influenza A (IAV), Respiratory Syncytial Virus subtype B (RSV), and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. We visualised the morphological consequences of the viral infection using ultrastructural analysis
and immunofluorescence. We verified the effective infection in hAM by measuring the viral RNA using RTqPCR and detected elevated cytokine levels in response to infection using biochemical assays. In contrast to cell lines, studies on viral infection using hAM demonstrated that infected areas were localized to specific regions. This led to the formation of infection hotspots, which were more likely to occur when models derived from different donors were infected separately with all three viruses. IAV infected tissue models replicate the clinical findings of H1N1 infection, such as mucus
hypersecretion, cytokine release, and infection-associated epithelial cell damage.Finally, we paved the steps towards understanding the impact of IAV infection on disease models. We generated hTM from biopsies obtained from chronic obstructive pulmonary disease (COPD) patients. As a model to study the impact of COPD on respiratory infections, considering the increase in COPD cases in the past decade and the continued predicted increase in the future. We established the IAV infection
protocol to capture the early infection signatures in non-COPD and COPD conditions using scRNA-seq. We investigated the infection kinetics of IAV (H1N1-clinical isolate) in hTM and found that viruses were actively released approximately 24 hours post infection. The scRNA-seq data from the hTM derived from non-COPD and COPD patients, revealed lower levels of SCGB1A1 (club cell marker) gene expression in the COPD-control group compared to the non-COPD control group, consistent with previous clinical studies. Furthermore, we observed that IAV infection elevated SCGB1A1 gene expression especially in secretory cells of both the COPD and non COPD groups. This may imply the role of club cells as early responders during IAV infection providing epithelial repair, regeneration, and resistance to spread of infection. This is the first study to address the molecular diversity in COPD and non-COPD disease models infected with IAV investigating the early response (6 h) of specific cell types in the human lower airways towards infection using scRNA-seq. These findings
highlight the potential interplay between COPD, IAV infection, and altered vulnerability to other viral infections and respiratory illnesses making the hAM applicable for addressing more specific research questions and validating potential targets, such as SCGB1A1 targeted therapy for chronic lung diseases. Our findings demonstrate the potential of the hNM and hTM for investigating respiratory infections, innate immune responses, and trained immunity in non-immune cells. Our experiments show that hAM may represent a more accurate representation of the native physiological condition and improve our understanding of the disease mechanisms. Furthermore, these models promote non-animal research as they replicate clinical findings. We can further increase their complexity by incorporating dynamic flow systems and immune cells catered to the research question.
Post-transcriptional RNA modification methods are in high demand for site-specific RNA labelling and analysis of RNA functions. In vitro-selected ribozymes are attractive tools for RNA research and have the potential to overcome some of the limitations of chemoenzymatic approaches with repurposed methyltransferases. Here we report an alkyltransferase ribozyme that uses a synthetic, stabilized S-adenosylmethionine (SAM) analogue and catalyses the transfer of a propargyl group to a specific adenosine in the target RNA. Almost quantitative conversion was achieved within 1 h under a wide range of reaction conditions in vitro, including physiological magnesium ion concentrations. A genetically encoded version of the SAM analogue-utilizing ribozyme (SAMURI) was expressed in HEK293T cells, and intracellular propargylation of the target adenosine was confirmed by specific fluorescent labelling. SAMURI is a general tool for the site-specific installation of the smallest tag for azide-alkyne click chemistry, which can be further functionalized with fluorophores, affinity tags or other functional probes.
This thesis, first, is devoted to the theoretical and numerical investigation of an augmented Lagrangian method for the solution of optimization problems with geometric constraints, subsequently, as well as constrained structured optimization problems featuring a composite objective function and set-membership constraints. It is then concerned to convergence and rate-of-convergence analysis of proximal gradient methods for the composite optimization problems in the presence of the Kurdyka--{\L}ojasiewicz property without global Lipschitz assumption.
Deep learning enables enormous progress in many computer vision-related tasks. Artificial Intel- ligence (AI) steadily yields new state-of-the-art results in the field of detection and classification. Thereby AI performance equals or exceeds human performance. Those achievements impacted many domains, including medical applications.
One particular field of medical applications is gastroenterology. In gastroenterology, machine learning algorithms are used to assist examiners during interventions. One of the most critical concerns for gastroenterologists is the development of Colorectal Cancer (CRC), which is one of the leading causes of cancer-related deaths worldwide. Detecting polyps in screening colonoscopies is the essential procedure to prevent CRC. Thereby, the gastroenterologist uses an endoscope to screen the whole colon to find polyps during a colonoscopy. Polyps are mucosal growths that can vary in severity.
This thesis supports gastroenterologists in their examinations with automated detection and clas- sification systems for polyps. The main contribution is a real-time polyp detection system. This system is ready to be installed in any gastroenterology practice worldwide using open-source soft- ware. The system achieves state-of-the-art detection results and is currently evaluated in a clinical trial in four different centers in Germany.
The thesis presents two additional key contributions: One is a polyp detection system with ex- tended vision tested in an animal trial. Polyps often hide behind folds or in uninvestigated areas. Therefore, the polyp detection system with extended vision uses an endoscope assisted by two additional cameras to see behind those folds. If a polyp is detected, the endoscopist receives a vi- sual signal. While the detection system handles the additional two camera inputs, the endoscopist focuses on the main camera as usual.
The second one are two polyp classification models, one for the classification based on shape (Paris) and the other on surface and texture (NBI International Colorectal Endoscopic (NICE) classification). Both classifications help the endoscopist with the treatment of and the decisions about the detected polyp.
The key algorithms of the thesis achieve state-of-the-art performance. Outstandingly, the polyp detection system tested on a highly demanding video data set shows an F1 score of 90.25 % while working in real-time. The results exceed all real-time systems in the literature. Furthermore, the first preliminary results of the clinical trial of the polyp detection system suggest a high Adenoma Detection Rate (ADR). In the preliminary study, all polyps were detected by the polyp detection system, and the system achieved a high usability score of 96.3 (max 100). The Paris classification model achieved an F1 score of 89.35 % which is state-of-the-art. The NICE classification model achieved an F1 score of 81.13 %.
Furthermore, a large data set for polyp detection and classification was created during this thesis. Therefore a fast and robust annotation system called Fast Colonoscopy Annotation Tool (FastCAT) was developed. The system simplifies the annotation process for gastroenterologists. Thereby the
i
gastroenterologists only annotate key parts of the endoscopic video. Afterward, those video parts are pre-labeled by a polyp detection AI to speed up the process. After the AI has pre-labeled the frames, non-experts correct and finish the annotation. This annotation process is fast and ensures high quality. FastCAT reduces the overall workload of the gastroenterologist on average by a factor of 20 compared to an open-source state-of-art annotation tool.
The N,C-coupled naphthylisoquinoline alkaloid ancistrocladinium A belongs to a novel class of natural products with potent antiprotozoal activity. Its effects on tumor cells, however, have not yet been explored. We demonstrate the antitumor activity of ancistrocladinium A in multiple myeloma (MM), a yet incurable blood cancer that represents a model disease for adaptation to proteotoxic stress. Viability assays showed a potent apoptosis-inducing effect of ancistrocladinium A in MM cell lines, including those with proteasome inhibitor (PI) resistance, and in primary MM cells, but not in non-malignant blood cells. Concomitant treatment with the PI carfilzomib or the histone deacetylase inhibitor panobinostat strongly enhanced the ancistrocladinium A-induced apoptosis. Mass spectrometry with biotinylated ancistrocladinium A revealed significant enrichment of RNA-splicing-associated proteins. Affected RNA-splicing-associated pathways included genes involved in proteotoxic stress response, such as PSMB5-associated genes and the heat shock proteins HSP90 and HSP70. Furthermore, we found strong induction of ATF4 and the ATM/H2AX pathway, both of which are critically involved in the integrated cellular response following proteotoxic and oxidative stress. Taken together, our data indicate that ancistrocladinium A targets cellular stress regulation in MM and improves the therapeutic response to PIs or overcomes PI resistance, and thus may represent a promising potential therapeutic agent.
The Essential Climate Variable (ECV) Permafrost is currently undergoing strong changes due to rising ground and air temperatures. Surface movement, forming characteristic landforms such as rock glaciers, is one key indicator for mountain permafrost. Monitoring this movement can indicate ongoing changes in permafrost; therefore, rock glacier velocity (RGV) has recently been added as an ECV product. Despite the increased understanding of rock glacier dynamics in recent years, most observations are either limited in terms of the spatial coverage or temporal resolution. According to recent studies, Sentinel-1 (C-band) Differential SAR Interferometry (DInSAR) has potential for monitoring RGVs at high spatial and temporal resolutions. However, the suitability of DInSAR for the detection of heterogeneous small-scale spatial patterns of rock glacier velocities was never at the center of these studies. We address this shortcoming by generating and analyzing Sentinel-1 DInSAR time series over five years to detect small-scale displacement patterns of five high alpine permafrost environments located in the Central European Alps on a weekly basis at a range of a few millimeters. Our approach is based on a semi-automated procedure using open-source programs (SNAP, pyrate) and provides East-West displacement and elevation change with a ground sampling distance of 5 m. Comparison with annual movement derived from orthophotos and unpiloted aerial vehicle (UAV) data shows that DInSAR covers about one third of the total movement, which represents the proportion of the year suited for DInSAR, and shows good spatial agreement (Pearson R: 0.42–0.74, RMSE: 4.7–11.6 cm/a) except for areas with phase unwrapping errors. Moreover, the DInSAR time series unveils spatio-temporal variations and distinct seasonal movement dynamics related to different drivers and processes as well as internal structures. Combining our approach with in situ observations could help to achieve a more holistic understanding of rock glacier dynamics and to assess the future evolution of permafrost under changing climatic conditions.
To define frailty in older cancer patients, the aim of this study was to assess the geriatric status and quality of life (QoL) aspects in patients suffering from recurrent/metastatic head and neck squamous cell carcinoma (r/m HNSCC) under palliative treatment. A comprehensive geriatric assessment (CGA) was performed on 21 r/m HNSCC patients at two defined assessments, and the QoL aspects and the impact of descriptive data were evaluated. The Kolmogorov–Smirnov test, Spearman’s rho correlation, and two-way mixed ANOVA were used for statistical analysis. All patients were found to be “frail”. Pain, fatigue, and the burden of illness were the highest-rated symptoms. Oral function and orofacial appearance were highly impaired. A significant impact of descriptive data on the CGA and QoL results was found (all p ≤ 0.05). Thus, the CGA results revealed high frailty, severe comorbidities, and high impairments in QoL aspects. The CGA and QoL results were negatively affected by the primary HNSCC treatment approach, the need for prosthetic treatment, and worse oral functional capacity. Therefore, frailty in r/m HNSCC patients seems to be multidimensional. The evaluation of the CGA and QoL aspects in r/m HNSCC patients can be recommended to detect special needs, organize aftercare, and improve the support for frail and vulnerable cancer patients to create a multidisciplinary treatment approach.