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The identification of biomarker signatures is important for cancer diagnosis and prognosis. However, the detection of clinical reliable signatures is influenced by limited data availability, which may restrict statistical power. Moreover, methods for integration of large sample cohorts and signature identification are limited. We present a step-by-step computational protocol for functional gene expression analysis and the identification of diagnostic and prognostic signatures by combining meta-analysis with machine learning and survival analysis. The novelty of the toolbox lies in its all-in-one functionality, generic design, and modularity. It is exemplified for lung cancer, including a comprehensive evaluation using different validation strategies. However, the protocol is not restricted to specific disease types and can therefore be used by a broad community. The accompanying R package vignette runs in ~1 h and describes the workflow in detail for use by researchers with limited bioinformatics training.
Background:
Metastatic Adrenocortical Carcinoma (ACC) is a rare malignancy with a poor 5-year-survival rate (<15%). A surgical approach is recommended in selected patients if complete resection of distant metastasis can be achieved. To date there are only limited data on the outcome after surgical resection of hepatic metastases of ACC.
Methods:
A retrospective analysis of the German Adrenocortical Carcinoma Registry was conducted. Patients with liver metastases of ACC but without extrahepatic metastases or incomplete tumour resection were included.
Results:
Seventy-seven patients fulfilled these criteria. Forty-three patients underwent resection of liver metastases of ACC. Complete tumour resection (R0) could be achieved in 30 (69.8%). Median overall survival after liver resection was 76.1 months in comparison to 10.1 months in the 34 remaining patients with unresected liver metastases (p < 0.001). However, disease free survival after liver resection was only 9.1 months. Neither resection status (R0/R1) nor extent of liver resection were significant predictive factors for overall survival. Patients with a time interval to the first metastasis/recurrence (TTFR) of greater than 12 months or solitary liver metastases showed significantly prolonged survival.
Conclusions:
Liver resection in the case of ACC liver metastases can achieve long term survival with a median overall survival of more than 5 years, but disease free survival is short despite metastasectomy. Time to recurrence and single versus multiple metastases are predictive factors for the outcome.
Die Versorgung von Patienten mit konventioneller Prothetik stößt an ihre Grenzen, wenn diese anatomische Veränderungen der oralen Hart- und Weichgewebe aufweisen. Lippen-Kiefer-Gaumen-Spalten, Tumoren, entzündliche Erkrankungen und Traumata können mitunter erhebliche Knochendefekte in Ober- und Unterkiefer verursachen. Auch durch Atrophie kann die Fähigkeit der oralen Gewebe einen Zahnersatz zufrieden stellend zu tragen deutlich eingeschränkt werden. Durch ein chirurgisch-implantat-prothetisches Behandlungskonzept können derartig betroffene Patienten eine kaufunktionelle und ästhetische Rehabilitation erfahren. An der Klinik und Poliklinik für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie der Universität Würzburg wurden sowohl gesunden Patienten als auch Tumorpatienten Implantate vom Typ BoneLock® eingesetzt. Zahlreiche Patienten mit unzureichenden Kieferknochen erhielten zuvor eine Rekonstruktion bzw. Augmentation mit autogenen oder allogenen Knochentransplantaten. In diesem Behandlungskonzept schneidet das BoneLock®-Implantat für das gesamte Patientenkollektiv mit einer nach dem Verfahren von KAPLAN & MEIER ermittelten Erfolgsquote von 87,7 % nach 5 Jahren und 78,4 % nach 10 Jahren ähnlich gut ab wie andere Implantatsysteme. Es bestehen keine signifikanten Erfolgsunterschiede zwischen gesunden Patienten (77,4 % nach 10 Jahren) und Tumorpatienten (80,6 % nach 10 Jahren). Unter besonderer Berücksichtigung stehen in dieser Arbeit die verschiedenen Implantatlager. Weder bestrahlter (94,0 % nach 5 Jahren) noch transplantierter Knochen (96,6 % nach 5 Jahren) zeigt gegenüber nativem Kieferknochen (84,6 % nach 5 Jahren) einen signifikanten Unterschied bezüglich der Erfolgswahrscheinlichkeit. In erster Linie sind pathologische Ursachen, wie bindegewebige Einheilung (33,7 %) und Periimplantitis (26,9 %) als Gründe für einen Implantatverlust anzuführen. Um Veränderungen am Implantatlager und am periimplantären Weichgewebe rechtzeitig erkennen und beurteilen zu können, wurden verschiedene Indizes im Rahmen der Implantat-Nachsorge aufgenommen. Die Untersuchungen ergaben eine gute, aber mit der Zeit etwas nachlassende Pflege der Implantate. Durchschnittlich zeigte sich eine minimale bis geringgradige Entzündung der Mukosa, die mit einer leicht zunehmenden Taschensondierung einhergeht. Die Beurteilung des periimplantären Knochens ergab nur einen geringfügigen Abbau des Knochens. Lediglich zwischen Implantation und prothetischer Versorgung waren höhere Resorptionen zu ermitteln. Zwischen den unterschiedlichen Implantatlagern (nativ, bestrahlt, transplantiert) bestehen keine signifikanten Unterschiede. Die implantat-prothetische Versorgung ist als erfolgreiche Alternative zur konventionellen Prothetik schon seit geraumer Zeit bekannt und wird durch die aktuellen Ergebnisse erneut bestätigt. Die vorliegende Studie zeigt darüber hinaus, dass auch bei Tumorpatienten, sowohl im rekonstruierten als auch bestrahlten Knochen, ein implantatverankerter Zahnersatz mit gleich großem Erfolg möglich ist. Dadurch besteht die Möglichkeit einer weitgehenden kaufunktionellen und ästhetischen Rehabilitation dieser häufig durch die Tumorresektion in starke Mitleidenschaft gezogenen Personen. Insbesondere bei voran gegangener Radiatio ist jedoch bei diesen Patienten noch mehr Aufmerksamkeit der Planung, der Implantatinsertion, der Einheilung, der Anfertigung des Zahnersatzes und der Nachsorge zu widmen als bei gesunden Menschen. Ähnlich hohe Erfolgsaussichten gelten auch für Patienten, die wegen unzureichendem Implantatlager vor der Implantation eine Augmentation ihrer Kieferknochen erhielten.
Ziel der vorliegenden Studie war es Ergebnisse über den Langzeiterfolg der verwendeten BONE-LOCK®Implantate bei der Rehabilitation teilbezahnter und zahnloser Patienten vorzulegen. In der Zeit von Juli 1988 bis Oktober 1997 wurden bei 222 Nicht-Tumor-Patienten insgesamt 718 BONE-LOCK®-Implantate an der Universitätsklinik für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie der Universität Würzburg inseriert. Die Beurteilung der periimplantären Gewebe zeigte eine sehr zufrieden stellende Weichgewebssituation, in Kombination mit einem meist sehr guten Mundhygienezustand der Patienten. Die Taschensondierungstiefen weisen einen Mittelwert von 3,55 mm auf. Die Beurteilung der Implantate mittels Hygieneindex und Periotestmessung fiel sehr gut aus. Die Auswertung der erhobenen Daten anhand des Kaplan-Meier-Verfahrens ergab für das Implantat-System eine indikationsunabhängige Erfolgsquote von 78,13 % über einen Gesamtzeitraum von 9 Jahren. Die Erfolgsquoten der vorliegenden Studie an Nicht-Tumor-Patienten im Vergleich zu einer Untersuchung an Tumorpatienten fiel mit einer 8-Jahreserfolgsquote von 62,8 % schlechter aus, als die Erfolgsrate nach 8 Jahren beim Tumorpatientengut mit 71,4 %. Es ergab sich für die Erfolgsquote der zahnlosen Patienten der niedrigste Wert mit 76,65 % und für die Indikation „Schaltlücke“ die beste Überlebensrate von 87,18 % im gesamten Untersuchungszeitraum. Im Vergleich der beiden Entwicklungsstufen des BONE-LOCK®-Systems fiel auf, dass das BONE-LOCK®-II-System mit einer 4-Jahreserfolgsquote von 82,9 % gegenüber dem BONE-LOCK®-I-System mit einer Erfolgsrate von 68,5 % nach 4 Jahren deutlich bessere Ergebnisse vorlegen kann. Zusammenfassend lässt sich feststellen, dass das System im Vergleich mit anderen Implantatsystemen etwas schlechtere Erfolgsraten aufweist, wobei in vorliegender Untersuchung das in Bezug auf den Erfolg eines Implantates sehr kritische erste Jahr der Einheilphase vor prothetischer Versorgung mitberücksichtigt wurde.