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- N-8985-2015 (1)
Copy number variations (CNVs) of the KITLG gene seem to be involved in the oncogenesis of digital squamous cell carcinoma (dSCC). The aims of this study were (1) to investigate KITLG CNV in giant (GS), standard (SS), and miniature (MS) schnauzers and (2) to compare KITLG CNV between black GS with and without dSCC. Blood samples from black GS (22 with and 17 without dSCC), black SS (18 with and 4 without dSSC; 5 unknown), and 50 MS (unknown dSSC status and coat colour) were analysed by digital droplet PCR. The results are that (1) most dogs had a copy number (CN) value > 4 (range 2.5–7.6) with no significant differences between GS, SS, and MS, and (2) the CN value in black GS with dSCC was significantly higher than in those without dSCC (p = 0.02). CN values > 5.8 indicate a significantly increased risk for dSCC, while CN values < 4.7 suggest a reduced risk for dSCC (grey area: 4.7–5.8). Diagnostic testing for KITLG CNV may sensitise owners to the individual risk of their black GS for dSCC. Further studies should investigate the relevance of KITLG CNV in SS and the protective effects in MS, who rarely suffer from dSCC.
Background
Obsessive-Compulsive Disorder (OCD) is a common and chronic disorder in which a person has uncontrollable, reoccurring thoughts and behaviours. It is a complex genetic condition and, in case of early onset (EO), the patients manifest a more severe phenotype, and an increased heritability. Large (>500 kb) copy number variations (CNVs) previously associated with autism and schizophrenia have been reported in OCD. Recently, rare CNVs smaller than 500 kb overlapping risk loci for other neurodevelopmental conditions have also been reported in OCD, stressing the importance of examining CNVs of any size range. The aim of this study was to further investigate the role of rare and small CNVs in the aetiology of EO-OCD.
Methods
We performed high-resolution chromosomal microarray analysis in 121 paediatric OCD patients and in 124 random controls to identify rare CNVs (>50 kb) which might contribute to EO-OCD.
Results
The frequencies and the size of the observed rare CNVs in the patients did not differ from the controls. However, we observed a significantly higher frequency of rare CNVs affecting brain related genes, especially deletions, in the patients (OR = 1.98, 95% CI 1.02–3.84; OR = 3.61, 95% CI 1.14–11.41, respectively). Similarly, enrichment-analysis of CNVs gene content, performed with three independent methods, confirmed significant clustering of predefined genes involved in synaptic/brain related functional pathways in the patients but not in the controls. In two patients we detected \(de-novo\) CNVs encompassing genes previously associated with different neurodevelopmental disorders \(\textit{NRXN1, ANKS1B, UHRF1BP1}\)).
Conclusions
Our results further strengthen the role of small rare CNVs, particularly deletions, as susceptibility factors for paediatric OCD.
Die Pierre-Robin-Sequenz ist eine angeborene kraniofaziale Fehlbildung, bei der häufig eine Triade von Symptomen, bestehend aus mandibulärer Mikrognathie/Retrognathie, Glossoptose und einer Gaumenspalte, beobachtet werden kann. Aufgrund der Heterogenität der PRS und der häufigen Vergesellschaftung mit Syndromen, konnten Ätiologie und Pathogenese der PRS bisher nur unzureichend geklärt werden. Für einen Teil der Patienten mit isolierter PRS konnte eine familiäre Häufung von PRS-Fällen nachgewiesen werden, was auf eine erbliche Komponente als krankheitsauslösenden Faktor hinweist. In diesem Zusammenhang konnten bei Patienten mit isolierter PRS gehäuft genetische Veränderungen mit einer Entfernung von über 1Mb zentromerisch (5´) von SOX9 auf dem Chromosom 17 detektiert werden. Es wird vermutet, dass diese genetischen Aberrationen am SOX9 Lokus eine gewebsspezifische Fehlregulation von SOX9 während der Embryonalentwicklung auslösen und somit ursächlich für die Entstehung von PRS sein können.
Das Ziel dieser Arbeit war es, eine Würzburger Patientenkohorte mit isolierter PRS zu gewinnen und Informationen über die phänotypischen Merkmale der Studienteilnehmer auszuwerten. Im Anschluss sollte die Patienten-DNS mittels molekulargenetischen Analysemethoden auf potenziell krankheitsauslösende genetische Aberrationen am SOX9 Lokus untersucht werden.
Zunächst konnte eine Kohorte mit sieben PRS-Patienten erstellt und Informationen über die phänotypischen Krankheitsmerkmale erfasst und ausgewertet werden. Anschließend wurden bei den Studienteilnehmern eine Array-CGH, eine quantitative Echtzeit-Polymerase-Kettenreaktion und im Bereich von drei konservierten, potenziell regulatorischen Elementen des SOX9 Lokus eine Sanger Sequenzierung durchgeführt. Die Array-CGH ergab zunächst bei einem Patienten zwei große Deletionen im regulativen Umfeld des SOX9 Lokus, welche im Weiteren nicht durch qPCR bestätigt werden konnten. Letztendlich konnten durch die Sanger Sequenzierung 22 Varianten detektiert werden, wovon für drei Einzelnukleotid-Polymorphismen eine prädisponierende Wirkung diskutierbar und für zwei Einzelnukleotid-Varianten eine ursächlich pathogene Wirkung nicht auszuschließen ist.
Diese Arbeit widmet sich der Untersuchung einer Kopienzahlvariante (CNV) im Erbgut, die zu
einer genomischen Duplikation des SLC2A3-Gens führt. Die Auswirkungen der SLC2A3-
Duplikation wurden im Zellkulturmodell und durch bildgebende Verfahren untersucht. Für die
SLC2A3-Duplikation konnte eine populationsspezifische Assoziation mit ADHS gezeigt
werden (Merker et al. 2017). SLC2A3 kodiert für den neuronalen Glukosetransporter GLUT3,
der u.a. Prozesse der Neurotransmitterfreisetzung und Synaptogenese vermittelt und daher
wichtig für die Hirnreifung ist. Mögliche Endpunkte für Endophänotypen, die auf einem
alterierten Glukosemetabolismus basieren, sind dysfunktionale Hungerregulationsmechanismen
ebenso wie eine veränderte neurale Reaktivität gegenüber emotionalen Stimuli
und Belohnungsreizen.
In zwei peripheren Zellmodellen konnte gezeigt werden, dass die SLC2A3-Duplikation
Gen-Dosis-abhängig zu einer Steigerung der basalen SLC2A3-mRNA Expression führt. Ein
Expressionsunterschied auf Proteinebene konnte jedoch nicht gefunden werden. Metabolischer
Zellstress durch Aushungern der Zellkulturen und eine niedrige Glukosekonzentration im
Zellkulturmedium führten zu einer signifikanten Erhöhung des schon unter basalen
Bedingungen vorhandenen SLC2A3-Expressionsunterschiedes zwischen Duplikations- und
Kontrollzelllinien. Dies deutet darauf hin, dass die SLC2A3-Duplikation bei verminderter
zellulärer Energiezufuhr zu einer Überkompensation der Glukoseaufnahme führt.
In einer fMRT-Untersuchung wurden erwachsene ADHS-Patienten mit SLC2A3-
Duplikation mit ADHS-Patienten und gesunden Kontrollen mit jeweils 2 Genkopien
hinsichtlich ereigniskorrelierter neuraler Aktivität als Antwort auf emotionale Stimuli und
Essensreize verglichen. Es konnte gezeigt werden, dass die SLC2A3-Duplikation zu einer
veränderten Reaktivität gegenüber hochkalorischen Essensreizen führt, was sich in einem durch
maschinelles Lernen identifizierten multivariaten neuralen Antwortmuster und einer relativen
Unterschätzung des Kaloriengehaltes hochkalorischer Nahrung zeigt. Bei der univariaten
Gesamthirn-Analyse der Bilddaten wurden keine signifikanten Gruppenunterschiede gefunden,
was darauf hinweist, dass unter den gewählten Versuchsbedingungen keine fokal
umschriebenen Gruppenunterschiede der Hirnaktivierung bestehen.
Diese Arbeit zeigt, dass die SLC2A3-Duplikation zu einer Erhöhung der SLC2A3-
Genexpression mit bisher unbekannten Auswirkungen auf nachgeschaltete Stoffwechselwege
und zu einem komplex veränderten neuralen Antwortmuster führt, das durch einen linearen
Zusammenhang nicht zu beschreiben ist. Weitere Untersuchungen auf Zellebene und eine
Erweiterung der bildgebenden Verfahren könnten zu einer besseren Einordnung der SLC2A3-
Duplikation bezüglich ihres Anteils an der endophänotypischen Varianz der ADHS führen.