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Baumgraphen
(2013)
Die meisten Ansätze zur Analyse von Sätzen eröffnen die Möglichkeit einer graphischen Darstellung. Eine solche graphische Darstellung wird oft als „Baumgraph“ oder „Baumdiagramm“ bezeichnet. Um solche Baumgraphen verschiedener Analysemodelle geht es in der vorliegenden Arbeit. Einleitend wird kurz ihre Geschichte behandelt. Im ersten Teil der Arbeit wird dann auf eine Variante des Konstituentenmodells des französischen Linguisten Monneret eingegangen, im zweiten Teil wird das Dependenzmodell nach Tesnière betrachtet und im dritten Teil wird schließlich das Analysemodell der Germanistik Würzburg, welches Elemente der beiden zuvor gesehenen Ansätze vereint, vorgestellt und der französischen Sprache angepasst. Zuerst wird jeweils ein Blick auf die Modelle selbst geworfen, dann jedoch steht vor allem die Anwendung – und somit die graphische Darstellung von Satzanalysen in Baumgraphen – im Vordergrund: Es werden nach den drei vorgestellten Modellen stets sowohl die Fabel „La Cigale et la Fourmi“ von Jean de La Fontaine als auch ein Satz aus Bossuets „Panégyrique de saint Paul“ analysiert und abgebildet. Über die wiederholte Analyse derselben Sätze soll ein besserer Vergleich der Baumgraphen ermöglicht werden. Im letzten Teil werden die Baumgraphen der drei Modelle kritisch betrachtet. Es versteht sich von selbst, dass eine solche kritische Betrachtung nicht allumfassend sein kann. Die Aufmerksamkeit soll darum gezielt auf einige bedeutende Vor- und Nachteile der Baumgraphen gerichtet werden.
The internal transcribed spacer 2 (ITS2) of the ribosomal gene repeat is an increasingly important phylogenetic marker whose RNA secondary structure is widely conserved across eukaryotic organisms. The ITS2 database aims to be a comprehensive resource on ITS2 sequence and secondary structure, based on direct thermodynamic as well as homology modelled RNA folds. Results: (a) A rebuild of the original ITS2 database generation scripts applied to a current NCBI dataset reveal more than 60,000 ITS2 structures. This more than doubles the contents of the original database and triples it when including partial structures. (b) The end-user interface was rewritten, extended and now features user-defined homology modelling. (c) Other possible RNA structure discovery methods (namely suboptimal and shape folding) prove helpful but are not able to replace homology modelling. (d) A use case of the ITS2 database in conjunction with other tools developed at the department gave insight into molecular phylogenetic analysis with ITS2.