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Burkitt lymphoma (BL) is the most common B-cell lymphoma in children. Within the International Cancer Genome Consortium (ICGC), we performed whole genome and transcriptome sequencing of 39 sporadic BL. Here, we unravel interaction of structural, mutational, and transcriptional changes, which contribute to MYC oncogene dysregulation together with the pathognomonic IG-MYC translocation. Moreover, by mapping IGH translocation breakpoints, we provide evidence that the precursor of at least a subset of BL is a B-cell poised to express IGHA. We describe the landscape of mutations, structural variants, and mutational processes, and identified a series of driver genes in the pathogenesis of BL, which can be targeted by various mechanisms, including IG-non MYC translocations, germline and somatic mutations, fusion transcripts, and alternative splicing.
Chromosomal translocations affecting the MYC oncogene are the biological hallmark of Burkitt lymphomas but also occur in a subset of other mature B-cell lymphomas. If accompanied by a chromosomal break targeting the BCL2 and/or BCL6 oncogene these MYC translocation-positive (MYC+) lymphomas are called double-hit lymphomas, otherwise the term single-hit lymphomas is applied. In order to characterize the biological features of these MYC+ lymphomas other than Burkitt lymphoma we explored, after exclusion of molecular Burkitt lymphoma as defined by gene expression profiling, the molecular, pathological and clinical aspects of 80 MYC-translocation-positive lymphomas (31 single-hit, 46 double-hit and 3 MYC+-lymphomas with unknown BCL6 status). Comparison of single-hit and double-hit lymphomas revealed no difference in MYC partner (IG/non-IG), genomic complexity, MYC expression or gene expression profile. Double-hit lymphomas more frequently showed a germinal center B-cell-like gene expression profile and had higher IGH and MYC mutation frequencies. Gene expression profiling revealed 130 differentially expressed genes between BCL6(+)/MYC+ and BCL2(+)/MYC+ double-hit lymphomas. BCL2(+)/MYC+ double-hit lymphomas more frequently showed a germinal center B-like gene expression profile. Analysis of all lymphomas according to MYC partner (IG/non-IG) revealed no substantial differences. In this series of lymphomas, in which immunochemotherapy was administered in only a minority of cases, single-hit and double-hit lymphomas had a similar poor outcome in contrast to the outcome of molecular Burkitt lymphoma and lymphomas without the MYC break. Our data suggest that, after excluding molecular Burkitt lymphoma and pediatric cases, MYC+ lymphomas are biologically quite homogeneous with single-hit and double-hit lymphomas as well as IG-MYC and non-IG-MYC+ lymphomas sharing various molecular characteristics.
Recent studies have shown aberrant expression of SOX11 in various types of aggressive B-cell neoplasms. To elucidate the molecular mechanisms leading to such deregulation, we performed a comprehensive SOX11 gene expression and epigenetic study in stem cells, normal hematopoietic cells and different lymphoid neoplasms. We observed that SOX11 expression is associated with unmethylated DNA and presence of activating histone marks (H3K9/14Ac and H3K4me3) in embryonic stem cells and some aggressive B-cell neoplasms. In contrast, adult stem cells, normal hematopoietic cells and other lymphoid neoplasms do not express SOX11. Such repression was associated with silencing histone marks H3K9me2 and H3K27me3. The SOX11 promoter of non-malignant cells was consistently unmethylated whereas lymphoid neoplasms with silenced SOX11 tended to acquire DNA hypermethylation. SOX11 silencing in cell lines was reversed by the histone deacetylase inhibitor SAHA but not by the DNA methyltransferase inhibitor AZA. These data indicate that, although DNA hypermethylation of SOX11 is frequent in lymphoid neoplasms, it seems to be functionally inert, as SOX11 is already silenced in the hematopoietic system. In contrast, the pathogenic role of SOX11 is associated with its de novo expression in some aggressive lymphoid malignancies, which is mediated by a shift from inactivating to activating histone modifications.
Die Bedeutung von Störgeräuschen auf die Sprachdiskrimination ist hinreichend bekannt. Der Einfluss umweltspezifischer Störgeräusche auf die zwischenmenschliche Kommunikation manifestiert sich häufig in der Klage von Patienten in lärmerfüllter Umgebung nicht mehr ausreichend diskriminieren zu können. Es ist somit offensichtlich, dass eine Sprachaudiometrie ohne Berücksichtigung von Störlärm keine ausreichende Information über die tatsächliche Kommunikationsfähigkeit eines Patienten liefern kann. Unter Berücksichtigung dieser Tatsachen war es Ziel dieser Arbeit, herauszufinden, wie sich das Diskriminationsverhalten für Sprache ändert, wenn das Ohr noch extremeren Bedingungen ausgesetzt wird. So wurde unser Test nicht nur bei einem Störlärm von 60 und 80dB im freien Schallfeld durchgeführt, vielmehr wurde die Sprache zusätzlich bei einer Frequenz von 50ms zerhackt und alternierend aus dem rechten bzw. dem linken Lautsprecher dargeboten. Bocca und Calearo entwickelten diese Art von Test, um herauszufinden inwieweit zentrale Störungen Einfluss auf das Sprachverstehen haben. Ihre Untersuchungsergebnisse zeigten, dass nicht nur pathologische Veränderungen im Gehirn zu einer Verminderung der Sprachdiskrimination führten, sondern dass auch ein höheres Alter der Patienten die zentrale Verarbeitung des Hörereignisses negativ beeinflusste. Sie führten das auf eine Verlangsamung der Synapsentätigkeit im Alter zurück. Als Sprachmaterial verwendeten wir den HSM-Satztest (Hochmair, Schulz, Moser), als Hintergrundgeräusch das sprachmodulierte Rauschen nach CCITT Rec. G 227. Unser Probandenkollektiv bestand aus 60 Personen zwischen 40 und 58 Jahren, die sich selbst als normalhörend einstuften. Dieses Kollektiv wurde in eine schlechter und eine besser hörende Hälfte geteilt, wobei in dieser Dissertation nur die Ergebnisse der Letzteren genauer betrachtet wurden. Es ist zu erkennen, dass die Sprachverständlichkeitsschwelle mit dem HSM-Test nach Bocca-Calearo wesentlich höher lag, als mit dem HSM-Standardtest. Dies passt zu den Erkenntnissen, dass die Sprachdiskrimination unter erschwerten Bedingungen nachlässt. Im Gegensatz zu den Ergebnissen von Otto erreichten die Probanden bei unserem Versuch eine tendenziell bessere Verständnisquote bei 80dB Störlärm im Vergleich zu 60dB. Andere Untersuchungen kamen auch zu diesem Ergebnis. Bezüglich des Alters liegen unsere Werte für den HSM-Standardtest im Normbereich für diese Altersgruppe. Für den Test nach Bocca-Calearo gibt es bislang nur sehr wenige Vergleichsmöglichkeiten. Die durchschnittliche Sprachverständlichkeit war bei den Untersuchungen von Otto besser als bei unseren. Da sie Patienten im Alter von 20 bis 25 Jahren und somit ein jüngeres Probandengut testete, passen auch diese Ergebnisse durchaus zu dem bislang erhaltenen Erkenntnisstand.