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Background: Renal cell carcinoma (RCC) is divided into three major histopathologic groups—clear cell (ccRCC), papillary (pRCC) and chromophobe RCC (chRCC). We performed a comprehensive re-analysis of publicly available RCC datasets from the TCGA (The Cancer Genome Atlas) database, thereby combining samples from all three subgroups, for an exploratory transcriptome profiling of RCC subgroups.
Materials and Methods: We used FPKM (fragments per kilobase per million) files derived from the ccRCC, pRCC and chRCC cohorts of the TCGA database, representing transcriptomic data of 891 patients. Using principal component analysis, we visualized datasets as t-SNE plot for cluster detection. Clusters were characterized by machine learning, resulting gene signatures were validated by correlation analyses in the TCGA dataset and three external datasets (ICGC RECA-EU, CPTAC-3-Kidney, and GSE157256).
Results: Many RCC samples co-clustered according to histopathology. However, a substantial number of samples clustered independently from histopathologic origin (mixed subgroup)—demonstrating divergence between histopathology and transcriptomic data. Further analyses of mixed subgroup via machine learning revealed a predominant mitochondrial gene signature—a trait previously known for chRCC—across all histopathologic subgroups. Additionally, ccRCC samples from mixed subgroup presented an inverse correlation of mitochondrial and angiogenesis-related genes in the TCGA and in three external validation cohorts. Moreover, mixed subgroup affiliation was associated with a highly significant shorter overall survival for patients with ccRCC—and a highly significant longer overall survival for chRCC patients.
Conclusions: Pan-RCC clustering according to RNA-sequencing data revealed a distinct histology-independent subgroup characterized by strengthened mitochondrial and weakened angiogenesis-related gene signatures. Moreover, affiliation to mixed subgroup went along with a significantly shorter overall survival for ccRCC and a longer overall survival for chRCC patients. Further research could offer a therapy stratification by specifically addressing the mitochondrial metabolism of such tumors and its microenvironment.
Background: Hybridization can have complex effects on evolutionary dynamics in ants because of the combination of haplodiploid sex-determination and eusociality. While hybrid non-reproductive workers have been found in a range of species, examples of gene-flow via hybrid queens and males are rare. We studied hybridization in East African army ants (Dorylus subgenus Anomma) using morphology, mitochondrial DNA sequences, and nuclear microsatellites. Results: While the mitochondrial phylogeny had a strong geographic signal, different species were not recovered as monophyletic. At our main study site at Kakamega Forest, a mitochondrial haplotype was shared between a “Dorylus molestus-like” and a “Dorylus wilverthi-like” form. This pattern is best explained by introgression following hybridization between D. molestus and D. wilverthi. Microsatellite data from workers showed that the two morphological forms correspond to two distinct genetic clusters, with a significant proportion of individuals being classified as hybrids. Conclusions: We conclude that hybridization and gene-flow between the two army ant species D. molestus and D. wilverthi has occurred, and that mating between the two forms continues to regularly produce hybrid workers. Hybridization is particularly surprising in army ants because workers have control over which males are allowed to mate with a young virgin queen inside the colony.
Der DNA-analytischen Untersuchung von frischem und gelagertem Skelettmaterial kommt bei der Identifikation unbekannter Toter zunehmende Bedeutung zu, insbesondere in Fällen, in denen nur Skelettüberreste einer DNA-Analyse zur Verfügung stehen. Zur Aufklärung der praktischen Durchführbarkeit von Knochen-DNA-Typisierungen im rechtmedizinischen Laboralltag wurden 21 Knochenproben unterschiedlicher Liegezeit analysiert. 14 Knochenproben stammten aus Sektionsgut (Liegezeit von einer Stunde bis 41 Wochen), 7 Proben aus Skelett- bzw. Knochenfunden (geschätzte Liegezeit zwischen 10 und über 200 Jahren). Die DNA-Extraktion wurde mittels reversibler DNA-Bindung an einer Silica-Membran durchgeführt. Die Typisierung erfolgte im Rahmen eines Multiplex-PCR-Ansatzes unter Amplifizierung von neun STR-Loci und dem Amelogenin-Locus. Zusätzlich wurden drei besonders kurze, sog. vs-STRs bestimmt und exemplarisch für zwei Proben Bereiche des mt-Genoms sequenziert. Bei der Multiplex-Analyse ließ sich für 13 der 14 aus Sektionsgut gewonnenen Proben (93 %) ein komplettes, reproduzierbares Allelprofil gewinnen, an einer der Proben konnte nur eine molekulare Geschlechtszuordnung durchgeführt werden. Ebenso konnten alle drei vs-STR-Loci für 13 der 14 Proben reproduzierbar bestimmt werden; eine Probe war in einem der drei vs-STR-Loci typisierbar. Die sieben Proben aus Skelett- bzw. Knochenfunden waren bei der Multiplex-Analyse nicht reproduzierbar typisierbar, die Bestimmung der vs-STR-Loci führte im Fall der ältesten Probe zur Typisierung eines der drei Loci (TPOXvs). Bei zwei Proben, welche im Rahmen der nukleären DNA-Analyse kein reproduzierbares Ergebnis gebracht hatten, erfolgte die mt-DNA-Sequenzierung eines jeweils 234, bzw. 194 Nukleotide langen Segmentes der HV1-Region des mitochondrialen Genoms. Umwelteinflüsse und Lagerungsbedingungen haben mehr Einfluss auf den Erhaltungszustand der DNA in Knochenmaterial, als der Faktor Zeit. Die Analyse und Typisierung von Knochen-DNA hat sich als wichtiges Verfahren zur Identifizierung im rechtsmedizinischen Alltag etabliert, die unverändert unbefriedigenden Typisierungsergebnisse bei der Analyse älteren Knochenmaterials unterstreichen jedoch die Notwendigkeit der Weiterentwicklung zuverlässiger und effektiver Extraktions- und Aufreinigungsverfahren.
Neben der Frage nach dem Lebensalter als Kriterium zur Identifizierung unbekannter Leichen und menschlicher Überreste, wird der Bedarf einer Altersschätzung an lebenden Personen derzeit immer größer. Hinzu kommt die Hoffnung, aus Spuren Rückschlüsse auf das Alter des Spurenlegers ziehen zu können. Ziel dieser Arbeit war es, aus verschiedenen biologischen Materialien das Alter anhand der 4.977 bp-Deletion in menschlicher mitochondrialer DNA abschätzen zu können, wobei der Schwerpunkt auf Material von lebenden Personen lag. Hierzu wurde mit Hilfe geeigneter DNA-Extraktionsmethoden aus verschiedenen Gewebearten, venösem Vollblut, Mundschleimhautabstrichen und Haarwurzeln ausreichend DNA guter Qualität gewonnen. Die Schwierigkeit dieser Untersuchung lag in der Ermöglichung einer Quantifizierungsmethode zur Erfassung der 4.977 bp-Deletion. Dieses Problem wurde, nach der Wahl optimaler Primer und Amplifizierung spezifischer DNA-Fragmente, für die deletierte und die normale mtDNA unter optimierten PCR-Bedingungen im Multi-plex-Ansatz, mit Hilfe der Kapillarelektrophorese gelöst. Mit ihr konnte der Anteil der 4.977 bp-deletierten und der normalen mtDNA durch die computeranalysierten Peakflächen der beiden Fragmente bestimmt und miteinander in Verhältnis gesetzt werden. Dieses Verhältnis wurde durch den Quotienten IDel/INorm ausgedrückt. Die gewonnenen Ergebnisse wurden anschließend ausgedehnten statistischen Erhebungen unterzogen. Die 4.977 bp-Deletion zeigte in allen untersuchten Materialien eine eindeutige Altersabhängigkeit. Dies wurde an der Zunahme des Quotienten IDel/INorm mit steigendem Alter ersichtlich. Für die verschiedenen Gewebearten war die Abhängigkeit dieser Deletion vom Alter bereits aus der Literatur bekannt. Im Blut wurde diese jedoch erstmalig gezeigt, ebenso wie in den Mundschleimhautabstrichen, die bisher noch nie für Untersuchungen der 4.977 bp-Deletion herangezogen wurden. In den Haarwurzeln konnte die Deletion nicht nachgewiesen werden. Auffällig war hierbei, dass die Altersabhängigkeit von Material zu Material unterschiedlich ausgeprägt war. Der größte Anteil deletierter mtDNA fand sich im Gehirngewebe, gefolgt von Skelettmuskulatur, Herz, Lunge, Milz, Niere Leber und Haut. Für diese unterschiedliche Akkumulierung der 4.977 bp-Deletion finden sich zwei mögliche Erklärungsansätze, die Theorie einer unterschiedlichen Mitoserate und die einer unterschiedlichen Stoffwechselaktivität, die beide die gewonnene Rangfolge bestätigen. Des Weiteren wurde eine Abhängigkeit der 4.977 bp-Deletion von der in die PCR eingesetzten DNA-Menge festgestellt. Dieser Effekt muss im Zusammenhang mit der unterschiedlichen Amplifizierungseffizienz der beiden relevanten DNA-Fragmente gesehen werden, wodurch jedoch die Einschränkungen der angewandten unkontrollierten Multiplex-PCR mit anschließender semi-quantitativer Detektion der Amplifikations- produkte deutlich werden. Unter Berücksichtigung der Einschränkungen gelang anhand von Perzentilentabellen eine Altersschätzung mit der Angabe einer Altersspanne von ungefähr 30 Jahren. Um eine genauere Altersschätzung zu erreichen, wäre eine Optimierung der Methode, z. B. durch Anwendung einer real-time quantitativen PCR, und eine Einbeziehung einer noch größeren Probenzahl nötig.