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Hintergrund: Infektionen mit dem Respiratory Syncytial Virus (RSV) sind die häufigste virale Ursache für respiratorische Erkrankungen bei Säuglingen und Kleinkindern. Reinfektionen treten lebenslang auf. Es wurden zwei Typen (A und B) und mehrere Genotypen beschrieben. Die vorliegenden Daten über die molekulare Epidemiologie von RSV in Deutschland sind nur begrenzt. Material und Methoden: Zwischen Januar 2002 und Juli 2006 wurden 221 Nasenrachensekrete (NRS) von Kindern, welche in der Universitätskinderklinik Würzburg behandelt wurden, durch Routine-Untersuchung mit einem Immunfluoreszenztest auf RSV-Antigen positiv befunden. Die phylogenetische Analyse wurde aus Restmaterial von 211 NRS durchgeführt, indem die zweite variable Region des G-Gens amplifiziert und sequenziert wurde. Ergebnisse: Insgesamt war die Prävalenz von Typ A-Viren mit 69,5 % größer als die der Typ B-Viren mit 30,5 %. RSV Typ A war das dominierende Virus in allen Saisons außer in der Saison 2002-2003. Über den gesamten Beobachtungszeitraum traten drei A-Genotypen (GA2, GA5 und GA7) und vier B-Genotypen (GB3, SAB3, BA und ein neuer Genotyp) auf. Die Genotypen GA2, GA5, SAB3 und BA waren am häufigsten im Umlauf und in beinahe allen Saisons prävalent. Unter den B-Genotypen nahm der Anteil des Genotyps BA von 25 % (2002) auf 92 % (2005-2006) zu. Drei Typ B-Sequenzen wurden einem neuen Genotyp zugeordnet, welcher BWUE benannt wurde. Es wurde eine Reinfektion mit demselben Genotyp (GA5) bei einem Kind beobachtet, welches im Alter von 12 und 28 Monaten mit einer RSV-Infektion hospitalisiert war. Schlußfolgerung: Die Ergebnisse unserer Studie stehen in Einklang mit der molekularen Epidemiologie von RSV in anderen geographischen Regionen. Wir beobachteten sowohl Genotypen, welche über mehrere Saisons prävalent waren, als auch Genotypen, welche über den beobachteten Zeitraum zunehmend dominanter werdend andere Genotypen verdrängten. Zudem wurde ein neuer B-Genotyp entdeckt.