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Neurophänomenologie ist der Versuch des Neurobiologen Francisco J. Varela seine eigene Disziplin mit der Phänomenologie zu verknüpfen. Anhand einer kritischen, vergleichenden Textanalyse wird in der vorliegenden Arbeit die Legitimität Varelas Rückbeziehung auf Husserl überprüft. Als Prüfsteine dienen die Begriffe "Leib", "phänomenologische Reduktion" und Zeitbewusstsein".
Natural and cryptic peptides dominate the immunopeptidome of atypical teratoid rhabdoid tumors
(2021)
Background
Atypical teratoid/rhabdoid tumors (AT/RT) are highly aggressive CNS tumors of infancy and early childhood. Hallmark is the surprisingly simple genome with inactivating mutations or deletions in the SMARCB1 gene as the oncogenic driver. Nevertheless, AT/RTs are infiltrated by immune cells and even clonally expanded T cells. However, it is unclear which epitopes T cells might recognize on AT/RT cells.
Methods
Here, we report a comprehensive mass spectrometry (MS)-based analysis of naturally presented human leukocyte antigen (HLA) class I and class II ligands on 23 AT/RTs. MS data were validated by matching with a human proteome dataset and exclusion of peptides that are part of the human benignome. Cryptic peptide ligands were identified using Peptide-PRISM.
Results
Comparative HLA ligandome analysis of the HLA ligandome revealed 55 class I and 139 class II tumor-exclusive peptides. No peptide originated from the SMARCB1 region. In addition, 61 HLA class I tumor-exclusive peptide sequences derived from non-canonically translated proteins. Combination of peptides from natural and cryptic class I and class II origin gave optimal representation of tumor cell compartments. Substantial overlap existed with the cryptic immunopeptidome of glioblastomas, but no concordance was found with extracranial tumors. More than 80% of AT/RT exclusive peptides were able to successfully prime CD8+ T cells, whereas naturally occurring memory responses in AT/RT patients could only be detected for class II epitopes. Interestingly, >50% of AT/RT exclusive class II ligands were also recognized by T cells from glioblastoma patients but not from healthy donors.
Conclusions
These findings highlight that AT/RTs, potentially paradigmatic for other pediatric tumors with a low mutational load, present a variety of highly immunogenic HLA class I and class II peptides from canonical as well as non-canonical protein sources. Inclusion of such cryptic peptides into therapeutic vaccines would enable an optimized mapping of the tumor cell surface, thereby reducing the likelihood of immune evasion.
Die Kniegelenksinnervation von 6 Mäusen wurde elektronenmikroskopisch untersucht. Der Mediale Artikuläre Nerv (MAN) enthielt durchschnittlich 75 Nervenfasern, 63 unmyelinisierte und 12 myelinisierte (Durchmesser 1 bis 8 µm, Maximum zwischen 2 und 5 µm). Der Posteriore Artikuläre Nerv (PAN) bestand durchschnittlich aus 195 Nervenfasern, 129 unmyelinisierte und 66 myelinisierte (Durchmesser zwischen 1 und 12 µm, Maximum bei 4 bis 5 µm). Diese Daten sprechen für eine weitgehende histologische Vergleichbarkeit der Kniegelenksinnervation bei Maus, Ratte und Katze. Lediglich die Anzahl der Nervenfasern ist bei der im Verhältnis kleineren Maus geringer. Spinalganglienzellen von 10 Mäusen wurden mittels hypoosmolarer Lösung gedehnt. Schwankungen der intrazellulären Kalzium-Konzentrationen und elektrophysiologische Veränderungen wurden dabei registriert (Calcium-Imaging und Patch-Clamp). Die primär sensorischen Neuronen, die nicht an der Kniegelenksinnervation beteiligt waren, konnten in schnell, langsam und nicht reagierende Subpopulationen unterteilt werden. Die Beobachtungen an den retrograd markierten Kniegelnksafferenzen erlaubten eine solche Differenzierung nicht. Die Reizung mit Capsaicin zeigte, dass es sich bei den mechanosensitiven Kniegelenksafferenzen selten um polymodale Nozizeptoren handelte.