Refine
Is part of the Bibliography
- yes (227)
Year of publication
Document Type
- Journal article (117)
- Doctoral Thesis (109)
- Book (1)
Keywords
- Fanconi-Anämie (13)
- Molekulargenetik (10)
- DNA methylation (9)
- Fanconi Anämie (9)
- DNS-Reparatur (8)
- Erbkrankheit (8)
- Epigenetik (7)
- Brustkrebs (6)
- Fanconi anemia (6)
- Mutation (6)
- breast cancer (6)
- BRCA1 (5)
- DNA repair (5)
- Genetik (5)
- Genmutation (5)
- heterochromatin (5)
- mutations (5)
- ovarian cancer (5)
- spectral karyotyping (5)
- Altern (4)
- Anura (4)
- BMD (4)
- Fanconi Anemia (4)
- Humangenetik (4)
- Makuladegeneration (4)
- Methylierung (4)
- Muskeldystrophie (4)
- Netzhaut (4)
- Zellzyklus (4)
- consortium (4)
- epigenetics (4)
- gene (4)
- genetics (4)
- mutation (4)
- sex chromosomes (4)
- zebrafish (4)
- 5-Methylcytosine (3)
- B chromosomes (3)
- DMD (3)
- Duchenne-Syndrom (3)
- Durchflusszytometrie (3)
- FISH (3)
- FSHD (3)
- Fanconi Anaemia (3)
- Genanalyse (3)
- Hereditäres Angioödem (3)
- Hämophilie A (3)
- Medizin (3)
- VKORC1 (3)
- VMD2 (3)
- Vitamin K (3)
- duchenne muscular dystrophy (3)
- fanconi anemia (3)
- genetic modifiers (3)
- genome-wide association (3)
- immunofluorescence (3)
- investigators (3)
- methylation (3)
- mosaicism (3)
- next generation sequencing (3)
- screening (3)
- sperm (3)
- susceptibility loci (3)
- whole exome sequencing (3)
- 2B (2)
- 5-Azadeoxycytidin (2)
- 5-azadeoxycytidine micronucleus (2)
- ADHD (2)
- AMD (2)
- Angiogenese (2)
- BRCA2 (2)
- C1-Inhibitor (2)
- Chromosomenverlust (2)
- Cytogenetik (2)
- DM2 (2)
- DNA (2)
- DNA Reparatur (2)
- DNA-Reparatur (2)
- DNA-Reparaturgene (2)
- Duchenne (2)
- Duchenne muscular dystrophy (2)
- Eierstockkrebs (2)
- Epigenetics (2)
- Exomsequenzierung (2)
- Fabry disease (2)
- Fabry genotype (2)
- Fabry phenotype (2)
- Gen (2)
- Gentherapie (2)
- Geschlechtschromosomen (2)
- Gliedergürtelmuskeldystrophie (2)
- HAE (2)
- HPP (2)
- Hypophosphatasie (2)
- Hämophilie (2)
- Hörstörung (2)
- Ionisierende Strahlung (2)
- Keimzellmosaik (2)
- Konsanguinität (2)
- Maus (2)
- Mausmodell (2)
- Mikronukleus (2)
- Mitomycin C (2)
- Molekularbiologie (2)
- Morbus Best (2)
- Mosaik (2)
- Mosaizismus (2)
- Mutationsanalyse (2)
- Mutationsraten (2)
- Next generation sequencing (2)
- PCR (2)
- Positionsklonierung (2)
- Progeria adultorum (2)
- Proteine (2)
- RAD51C (2)
- RPE (2)
- Retinoschisis (2)
- Reversion (2)
- SLX4 (2)
- STR profile (2)
- Screening (2)
- Spermium (2)
- TNAP (2)
- VKORC1L1 (2)
- Vitamin-K-Gruppe (2)
- Warfarin (2)
- Würzburg / Institut für Humangenetik (2)
- Zellzyklusanalyse (2)
- ageing (2)
- angiogenesis (2)
- association (2)
- bisulfite pyrosequencing (2)
- blood (2)
- cardiogenetics (2)
- case report (2)
- cell cycle analysis (2)
- chromosome loss (2)
- common variants (2)
- congenital myopathy (2)
- copy number variation (2)
- cytogenetics (2)
- deafness (2)
- degeneration (2)
- diagnosis (2)
- exome sequencing (2)
- extracellular matrix (2)
- fetal programming (2)
- fibrosis (2)
- flow cytometry (2)
- flowcytometry (2)
- gene therapy (2)
- genetic diagnostics (2)
- genetic heterogeneity (2)
- genome (2)
- genomic imprinting (2)
- genotype-phenotype correlation (2)
- gestational diabetes mellitus (2)
- gridle muscular-dystrophy (2)
- growth hormone deficiency (2)
- hearing impairment (2)
- hearing loss (2)
- hemophilia (2)
- hepatic stellate cell (2)
- hereditary angioedema (2)
- hereditary breast and ovarian cancer (2)
- hypophosphatasia (2)
- incidence (2)
- intellectual disability (2)
- liver (2)
- macular degeneration (2)
- microcephaly (2)
- mineralization (2)
- modifiers (2)
- mouse model (2)
- myofibrillar myopathy (2)
- myofibroblast (2)
- myopathy (2)
- nervous system (2)
- next generation sequencing (NGS) (2)
- positional cloning (2)
- protein (2)
- recombination (2)
- retina (2)
- risk (2)
- sensory neuropathy (2)
- single-nucleotide polymorphisms (2)
- somatic mosaicism (2)
- sperm DNA methylation (2)
- survival (2)
- variants (2)
- vitamin K (2)
- (classical and atypical) Werner syndrome (1)
- - (1)
- 16q22 (1)
- 3D modeling (1)
- 3R (1)
- 5-methylcytosine (1)
- A chromosomes (1)
- AFLP (1)
- AKT-signaling (1)
- ALPL (1)
- ART outcome (1)
- ATM (1)
- ATM gene (1)
- Achondroplasie (1)
- Adulthood (1)
- Age-related macular degeneration (1)
- Alburnus alburnus (1)
- Alkalische Phosphatase (1)
- Allelfrequenzen (1)
- Allgemeinmedizin (1)
- Allophrynidae (1)
- Alter (1)
- Alternatives Spleißen (1)
- Alzheimer's disease (1)
- Alzheimerkrankheit (1)
- Anticoagulants (1)
- Antralfollikel (1)
- Apolipoprotein (1)
- Array-Methoden (1)
- Arrhythmie (1)
- Asisted Reproduction (1)
- Aspergillus fumigatus (1)
- Assoziation (1)
- Ataxia telangiectasia (1)
- Ataxia telangiectasia (AT) (1)
- Ataxia teleangiectatica (1)
- Autism (1)
- Autism spectrum disorders (1)
- Autismus (1)
- B Chromosomen (1)
- B-Chromosom (1)
- B4GALT7 gene (1)
- BRCA1/2 (1)
- BRIP1 gene (1)
- Becker (1)
- Becker-Kiener-Syndrom (1)
- Berechnung (1)
- Best Disease (1)
- Best's Disease (1)
- Best-Krankheit (1)
- Bioinformatics (1)
- Blasentumor (1)
- Blutgefäß (1)
- Blutgerinnung (1)
- Brachmann-de-Lange-Syndrom (1)
- Brachmann-de-Lange-syndrome (1)
- BrdU replication banding pattern (1)
- BrdU/dT replication banding (1)
- Breastcancer (1)
- Brüder Grimm (1)
- C1 Inhibitor (1)
- C1-INH (1)
- C1-inhibitor (1)
- C1INH (1)
- C282Y (1)
- CAGSSS (1)
- CCM (1)
- CCM1/Krit1 (1)
- CCM2/Malcavernin (1)
- CCM3 (1)
- CCM3/PDCD10 (1)
- CDC14A (1)
- CIN (1)
- CLRN2 (1)
- CNV (1)
- COVID-19 (1)
- CRISPR-Cas Systems (1)
- CRISPR/Cas9 (1)
- Calcyon (1)
- Candida albicans (1)
- Carcinogenese (1)
- Caretaker gene syndromes (1)
- Caretaker-Gen-Syndrome (1)
- Cathepsin (1)
- Cellcycle (1)
- Cellcycle blockage (1)
- Central Core Disease (1)
- Centrolenidae (1)
- Charcot-Marie-Tooth neuropathy 1A (1)
- Checkpoints (1)
- Chromosomal instability (1)
- Chromosomenaberration (1)
- Chromosomenaberrationen (1)
- Chromosomenbruch (1)
- Chromosomenbruchanalyse (1)
- Chromosomenbruchsyndrome (1)
- Chromosomeninstabilitätssyndrome (1)
- Chromosomenkondensation (1)
- Coagulation factor IX (1)
- Coexpression (1)
- Cognitive control (1)
- Copy number variation (1)
- Cornelia-de-Lange-Syndrom (1)
- Cornelia-de-Lange-syndrome (1)
- Cortex (1)
- Coumarin (1)
- Cranial sutures (1)
- Craniosynostosis (1)
- Creatin Kinase (1)
- Cyrillic 2.13 (1)
- D4Z4 partial deletion (1)
- DFNB32 (1)
- DFNB68 (1)
- DLX5/6 (1)
- DM1 (1)
- DNA Methylation (1)
- DNA damage (1)
- DNA damage response (1)
- DNA double-strand break (1)
- DNA methylation dynamics (1)
- DNA methyltransferase gene (1)
- DNA purification (1)
- DNA repair defect (1)
- DNA repair gene (1)
- DNA repair genes (1)
- DNA-Instabilitätssyndrom (1)
- DNA-Methylation (1)
- DNA-Methylierung (1)
- DNA-Quervernetzung (1)
- DNA-Repair (1)
- DNA-Sequenz (1)
- DNA-repair (1)
- DNA-repair genes (1)
- DNER (1)
- DNMT3B (1)
- DNS-Methyltransferase (1)
- DYNC1I1 (1)
- Damage (1)
- Deflazacort (1)
- Degeneration (1)
- Deletion <Genetik> (1)
- Deutschland (1)
- Deutschland / Stammzellgesetz (1)
- Development (1)
- Diagnostik (1)
- Dickdarmkrebs (1)
- Domäne <Biochemie> (1)
- Down Syndrom (1)
- Down syndrome (1)
- Down´s Syndrome (1)
- Duchenne dystrphy (1)
- Duchennesche Muskeldystrophie (1)
- Duchflußzytophotometrie (1)
- Durchflusscytometrie (1)
- Durchflußzytometrie (1)
- Dystrophin Gene (1)
- Dystrophin-Gen (1)
- ENaC (1)
- ERCC1-XPF (1)
- ERCC4 (1)
- EU (1)
- Embryos (1)
- Endothelzelle (1)
- Endothelzellen (1)
- Enhancer elements (1)
- Entwicklung (1)
- Environment (1)
- Epigenetische Uhr (1)
- Epigenotypus (1)
- Epimutation (1)
- Epimutationen (1)
- Erbkrankheiten (1)
- Erfolg (1)
- Erkrankungswahrscheinlcihkeit (1)
- Erwachsener (1)
- Evans syndrome (1)
- Excelsior Cyrillic (1)
- Extracellular matrix (1)
- FA (1)
- FAAP100 (1)
- FADS1 (1)
- FADS2 (1)
- FADS3 (1)
- FANCA (1)
- FANCD2 (1)
- FANCO (1)
- FANCP (1)
- FAP-1/PTPN13 (1)
- Fabry (1)
- Fabry-Krankheit (1)
- Fallbeispiele (1)
- Familial Beckwith-Wiedemann syndrome (1)
- Familial breast cancer (1)
- Familienanamnese (1)
- Familiärer Brustkrebs (1)
- Fanconi Anämie (FA) (1)
- Fanconi Anämie A (1)
- Fanconi anaemia (1)
- Fanconi anemia (FA) (1)
- Fanconi anemia A (1)
- Fanconi-anemia subtype (1)
- Fetal brain development (1)
- Fetale Programmierung (1)
- Fettsäuredesaturasen (1)
- Fluorescence in situ hybridization (1)
- Fluorescence-in-situ-hybridization (1)
- Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (1)
- Fourthcorner analysis (1)
- Frequency (1)
- Frontal cortex (1)
- Fruchtwasserzellen (1)
- Frühgeburt (1)
- Förderung (1)
- G0/G1 (1)
- G2 Phase (1)
- GTL2 (1)
- Gamma-Carboxylase (1)
- Gecko (1)
- Gefäßkrankheit (1)
- Gehirn (1)
- Gen BRCA 1 (1)
- Gen BRCA 2 (1)
- Gendefekt (1)
- Gene-expression (1)
- Genes (1)
- Genetische Variabilität (1)
- Genetisches Imprinting (1)
- Genetisches Modell (1)
- Genom (1)
- Genome (1)
- Genort (1)
- Genotyp (1)
- Genotyp-Phänotyp Korrelation (1)
- Genotype-phenotype association (1)
- Genotype–phenotype correlations (1)
- Genotypisierung (1)
- Genpanel (1)
- Genregulation (1)
- Gerinnungsfaktor VIII (1)
- Gesundheitsstatus (1)
- Gesundheitssystem (1)
- Gewebe-unspezifische Alkalische Phosphatase (1)
- Glaukom (1)
- H63D (1)
- Hereditary Angioedem (1)
- Hereditary breast cancer (1)
- Herzmuskelkrankheit (1)
- High throughput screening (1)
- High-throughput data (1)
- Hindbrain (1)
- Histologic grade (1)
- Holliday junction reolvass (1)
- Holstein <Rind> (1)
- Human genetics (1)
- Human prefrontal cortex (1)
- Hypermutabilität (1)
- Hypophosphatasia (1)
- Hämatopoese (1)
- Hämochromatose (1)
- Hörstörungen (1)
- IARS2 (1)
- ICF2 (1)
- ICL (1)
- ICSI (1)
- IGF2-H19 (1)
- II citrullinemia (1)
- IMSI (1)
- Immunfluoreszenz (1)
- Imprinting (1)
- Indian muntjac (1)
- Induced Pluripotent Stem Cells (1)
- Infertilität (1)
- Informationsweitergabe (1)
- Instability (1)
- Instabilität (1)
- Inzidenz <Medizin> (1)
- Inzidenzschätzung (1)
- Jugendliche und erwachsene Probanden (1)
- KRAS (1)
- Kandidatengen (1)
- Kasuistik (1)
- Kathepsin (1)
- Kathepsin B (1)
- Kathepsin L (1)
- Kavernom (1)
- Keimzell- und Embryonalentwicklung (1)
- Knochenmarksversagen (1)
- Koagulopathie (1)
- Kolorektales Karzinom (1)
- Koppelungsanalyse (1)
- Korrelation (1)
- Kraniosynostosen (1)
- Krebserkrankungen (1)
- LGMDR5 (1)
- Landouzy-Déjerine-Atrophie (1)
- Langdon Down (1)
- Lautwahrnehmung (1)
- Legasthenie (1)
- Lese-Rechtschreibstörung (1)
- Limb development (1)
- Limb girdle muscular dystrophy (LGMD) (1)
- Long-term follow-up (1)
- MCPH1 (1)
- MEK/ERK-signaling (1)
- MFM (1)
- MPP4 (1)
- MPP5 (1)
- MTM (1)
- Makula (1)
- Makuladystrophie (1)
- Male breast cancer (1)
- Malignant Hyperthermia (1)
- Malignant neoplasms (1)
- Maligne Hyperthermie (1)
- Massive parallele Sequenzierung (1)
- Medizinisches Versorgungszentrum (1)
- Meiose (1)
- Membranproteine (1)
- Mensch (1)
- Mentale Retardierung (1)
- Methylome (1)
- Microarray (1)
- Microarray analysis (1)
- Microdeletions (1)
- Mikroarray (1)
- Mikrodeletionen (1)
- Mikrozephalie (1)
- Missbildung (1)
- Miyoshi myopathy (1)
- Molecular approaches (1)
- Monogen (1)
- Morbidität (1)
- Mortalität (1)
- Mucopolysaccharidosis IIIa (1)
- Muenke-Syndrom (1)
- Multiple displacement amplification (1)
- Multiproteinkomplex (1)
- Multivariate analysis (1)
- Muscular Dystrophy (1)
- Muskeldystrophie Becker (1)
- Muskeldystrophie Duchenne (1)
- Muskelentwicklung (1)
- Muskelkrankheit (1)
- Mutationen (1)
- Mutationrate (1)
- Mutationsrate (1)
- Mutationswahrscheinlichkeit (1)
- Myotone Dystrophie (1)
- Myotone Dystrophy (1)
- Myotonische Dystrophie (1)
- Myotubular Myopathy (1)
- Myotubuläre Myopathie (1)
- N170 (1)
- NEIL2 (1)
- NLS-Sequenz (1)
- Na-K-ATPase (1)
- Nachtblindheit (1)
- Neanderthal (1)
- Neisseria meningitidis (1)
- Nervendegeneration (1)
- Netzhautdegeneration (1)
- Neue Fanconi Anämie Gene (1)
- Neurodegeneration (1)
- Neuroepigenomics (1)
- Neuromuskuläre Erkrankungen (1)
- Neuromuskuläre Krankheit (1)
- Neurons (1)
- Next Generation Sequencing (1)
- Next Generation Sequencing (NGS) (1)
- Next-Generation Sequencing (1)
- Nibrin (1)
- Nijmegen Breakage Syndrom (1)
- Nijmegen Breakage Syndrom (NBS) (1)
- Nijmegen breakage syndrome (1)
- Nijmegen breakage syndrome (NBS) (1)
- Nonsensmutation (1)
- North Carolina Makuladystrophie (1)
- North Carolina Makuladystrophy (1)
- OGG1 (1)
- Oogenese (1)
- Oozyte (1)
- Ordination methods (1)
- Organisationsform (1)
- Ovarian (1)
- Ovariancancer (1)
- Ovarielle Alterung (1)
- P100 (1)
- PCC-Syndrom (1)
- PDZ domain (1)
- PROMM (1)
- PSD95 (1)
- Pakistan (1)
- Pankreaskarzinom (1)
- Parameter (1)
- Parameter <Mathematik> (1)
- Parent-of-origin (1)
- Paternal age effect (1)
- Pathology (1)
- Patterns (1)
- Penetranz (1)
- Pfeiffer-Syndrom (1)
- Phi29 Polymerase (1)
- Phänotyp (1)
- Phänotypische Heterogenität (1)
- Pigmentepithel (1)
- Plasma DNA (1)
- Pompe disease (1)
- Postovulatorische Alterung (1)
- Prenatal diagnosis (1)
- Primary Microcephaly (1)
- Primary care (1)
- Proteininteraktion (1)
- Proteomanalyse (1)
- Proximale myotone Myopathie (1)
- Pränataldiagnostik (1)
- Pränatale Diagnostik (1)
- Psychosoziale Beratung (1)
- Psychosoziale Situation (1)
- Punktmutation (1)
- Qualitätskontrolle (1)
- RAD50-Defizienz (1)
- RLQ analysis (1)
- RNA-Seq analysis (1)
- RPE specific genes (1)
- Rab14 (1)
- Radiosensitivität (1)
- Radiäre Drusen (1)
- Rechenprogramme (1)
- Regeneration (1)
- Rekombination (1)
- Remission (1)
- Renal abnormalities (1)
- Repair (1)
- Reproduktionsmedizin (1)
- Retina (1)
- Ribbon-Synapse (1)
- Risiko (1)
- Risikoberatung (1)
- Risikoberechnung (1)
- Risikoberechnungen (1)
- Risikofaktoren (1)
- Risk estimation (1)
- Robertsonian translocation chromosomes (1)
- Robertsonsche Translokation (1)
- Robin-Syndrom (1)
- Ryanodin-Rezeptor Gen (1)
- Ryanodine receptor gene (1)
- Ryr 1 (1)
- S1PR2 (1)
- SARS-CoV-2 (1)
- SH3 domain (1)
- SHFM (1)
- SKY analysis (1)
- SLC2A3 (1)
- SMA (1)
- SMN1-Kopien (1)
- SMN1-copies (1)
- SNP array (1)
- SNP-Array (1)
- SNP-microarray (1)
- SOX9 (1)
- STK25/SOK-1/YSK-1 (1)
- Sanger Sequenzierung (1)
- Sanger sequencing (1)
- Schizophrenia (1)
- Schwangerschaft (1)
- Schwangerschaftsdiabetes (1)
- Segregation (1)
- Selective attention (1)
- Self-renewal (1)
- Senile Makuladegeneration (1)
- Senile Makuladegeneration / Pigmentepithel / Genexpression (1)
- Sequenzdaten (1)
- Serpin (1)
- Skull (1)
- Somites (1)
- Spectral Karyotyping (1)
- Spermatogenese (1)
- Spermien (1)
- Spinale Muskelatrophie (1)
- Stability (1)
- Stammzelltransplantation (1)
- Staphylococcus aureus (1)
- Sterilität (1)
- Strahleninduzierte Genominstabilität (1)
- Strahlensensitivität (1)
- Suicidal behavior (1)
- Summe G2/GF (1)
- Susceptibility (1)
- TMEM43 (1)
- TRIM32 (1)
- TYPE-2 (1)
- Terminal 4q deletion syndrome (1)
- Th17 (1)
- Thrombozytopenie (1)
- Tight junction (1)
- Tissue Nonspecific Alkaline Phosphatase (1)
- Tnap (1)
- Transcription (1)
- Transcription regulation (1)
- Transcriptome (1)
- Transcriptomics (1)
- Transkription <Genetik> (1)
- Transkriptome (1)
- Tregs (1)
- Trisomie 21 (1)
- Trisomy 21 (1)
- UBZ (1)
- Ukelei (1)
- Ungarn (1)
- Urodela (1)
- Usher syndrome (1)
- VKCFD (1)
- Vater (1)
- Vektoren (1)
- Verteilung (1)
- Verwandtenehe (1)
- Visualization (1)
- Vitamin K epoxide reductase (1)
- Vitamin-K-Epoxid-Reduktase (1)
- Väterliches Alter (1)
- WDR62 mutation (1)
- Wachstumshormonmangel (1)
- Whole Genome Amplification (1)
- Working memory (1)
- X chromosome (1)
- X-Chromosom (1)
- X-Inaktivierung (1)
- X-chromosomal inactivation (1)
- X-gebundene juvenile Retinoschisis (1)
- X-linked juvenile retinoschisis (1)
- X. laevis-type karyotype (1)
- X. tropicalis-type karyotype (1)
- Xenopus (1)
- Xenopus laevis (1)
- Xenopus tropicalis (1)
- Y chromosome degeneration (1)
- ZBTB24 (1)
- ZBTB24 mutations (1)
- ZNF365 (1)
- ZW sex chromosomes (1)
- Zahnentwicklung (1)
- Zebrabärbling (1)
- Zebrafish (1)
- Zellkern (1)
- Zellkultur (1)
- Zellzyklus-Analyse (1)
- Zellzyklusdiagnostik (1)
- Zellzykluseffekte (1)
- Zentralfibrillen-Myopathie (1)
- Zytogenetik (1)
- abnormalities (1)
- adenoma (1)
- adrenal insufficiency (1)
- age (1)
- age at onset (1)
- age-related (1)
- age-related differentially methylated regions (ageDMRs) (1)
- aldehydes (1)
- allelefrequences (1)
- alleles (1)
- allopolyploidy (1)
- alternative methods (1)
- alternative splicing (1)
- altersabhängig (1)
- alu elements (1)
- alzheimers disease (1)
- amniotic fluid cells (1)
- amphiphysin-2 BIN1 (1)
- amplicon sequencing (1)
- antidepressants (1)
- anxiety disorders (1)
- apoptosis (1)
- array-CGH (1)
- arrhythmogenic cardiomyopathy (1)
- asexual reproduction (1)
- assistierte Reproduktion (1)
- ataxia telangiectasia (1)
- autism (1)
- autophagy (1)
- autopolyploidy (1)
- autosomal dominant (1)
- autosomal recessive (1)
- autosomal recessive hearing loss (1)
- autosomal recessive heredity (1)
- autosomal recessive non-synstromic hearing loss (1)
- autosomal rezessiver Erbgang (1)
- autosomal-dominant (1)
- autosomal-rezessiv (1)
- banding analyses (1)
- bcl-2 associated athanogene protein 3 (1)
- becker muscular dystrophy (1)
- behavior (1)
- bestrophin (1)
- bioinformatics and computational biology (1)
- bivariate Durchflußzytometrie (1)
- bleding disorders other than hemophilia (1)
- blood coagulation (1)
- bone marrow failure syndrome (1)
- bone-marrow failure (1)
- bovine (1)
- breakage (1)
- breast cancer predisposition genes (1)
- breast neoplasms (1)
- brothers grimm (1)
- cDNA Selektion (1)
- cDNA selection (1)
- cadherins (1)
- calculation (1)
- cancer (1)
- cancer treatment (1)
- candida genome database (1)
- candidate genes (1)
- cardiomyopathy (1)
- case reports (1)
- cataracts (1)
- cavernoma (1)
- cell (1)
- cell culture (1)
- cell cycle (1)
- cell cycle studies (1)
- cell death (1)
- cell division (1)
- cell wall (1)
- cellcycle (1)
- cellcycle effects (1)
- centromeric instability (1)
- childhood ataxia (1)
- childhood cancer (1)
- children (1)
- chip-seq (1)
- chromosomal aberrations (1)
- chromosomal abnormality (1)
- chromosomal breakage (1)
- chromosomal instability (1)
- chromosomal instability disorder (1)
- chromosomale Instabilität (1)
- chromosome (1)
- chromosome aberration (1)
- chromosome condensation (1)
- chromosome evolution (1)
- chromosome inversion (1)
- chromosome staining (1)
- chromsomal instability (1)
- classification (1)
- colorectal cancer (1)
- combined retinal dystrophy (1)
- comparative genomics (1)
- complex chromosome rearrangements (1)
- complex disorders (1)
- complex traits (1)
- computational prediction (1)
- congenital (1)
- congenital heart-deffects (1)
- connective tissue disorder (1)
- consanguinity (1)
- copy-number variation (1)
- coumarin (1)
- craniosynostosis (1)
- cross-link repair (1)
- cytokinesis (1)
- cytometrie (1)
- cytotoxicity (1)
- damage (1)
- danazol (1)
- danio rerio (1)
- database (1)
- deep bisulfite sequencing (1)
- deficiency (1)
- deletion (1)
- department of human genetics (1)
- design (1)
- development (1)
- developmental origins hypothesis (1)
- diagnostic delay (1)
- differentially methylated region (1)
- differentiation (1)
- diploidization (1)
- disease (1)
- disruption project (1)
- double trouble (1)
- duplication (1)
- duplication-deficiency (1)
- dysferlinopathy (1)
- dyslexia (1)
- dystrophin (1)
- eExons (1)
- early respiratory-failure (1)
- elective surgery (1)
- elements (1)
- embryos (1)
- emotional disorders (1)
- endonuclease (1)
- endothelial cells (1)
- epigenetic heterogeneity (1)
- epimutation (1)
- epithelial cells (1)
- erblicher Brustkrebs (1)
- establishment (1)
- etiology (1)
- euchromatin (1)
- evolutionary biology (1)
- evolutionary fixation (1)
- expansion (1)
- expression signature (1)
- extreme phenotypes (1)
- facial anomalies (1)
- facio-scapulo-humeral dystrophie (1)
- facio-scapulo-humeralen Muskeldystrophie (1)
- facioscapulohumeral muscular dystrophy (1)
- factor VIII (1)
- familial breast cancer (1)
- families (1)
- family history of glaucoma (1)
- fanconi anaemia (1)
- fanconi-anemia (1)
- fatty acid desaturases (1)
- features (1)
- female (1)
- female Fabry patients (1)
- fetal brain development (1)
- fetal cord blood (1)
- fetal overnutrition (1)
- fibroblasts (1)
- filamin C (1)
- fine-scale mapping (1)
- fish (1)
- flies (1)
- flow (1)
- flow-cytometry (1)
- frameshift (1)
- frontal cortex (1)
- früher vorzeitiger Blasensprung (1)
- functional analysis (1)
- functional modules (1)
- g2 phase (1)
- gamma-carboxylation (1)
- geckos (1)
- gene defect (1)
- gene mutations (1)
- gene panel (1)
- genetic (1)
- genetic causes of cancer (1)
- genetic diagnosis (1)
- genetic diseases (1)
- genetic interaction networks (1)
- genetic loci (1)
- genetic model (1)
- genetic risk (1)
- genetic skeletal disorders (1)
- genetic susceptibility (1)
- genetic testing (1)
- genetic variants (1)
- genetische Beratung (1)
- genetische Erkrankungen (1)
- genome sequencing (1)
- genome-wide association study (GWAS) (1)
- genome-wide linkage analysis (1)
- genomic analysis (1)
- genomic libraries (1)
- genomics (1)
- genotyping arrays (1)
- geprägte Gene (1)
- germ-line mosaicism (1)
- germinal mosaicism (1)
- germline mosaicism (1)
- germline mutations (1)
- glaucoma (1)
- glycogenin 1 (1)
- gonads (1)
- granulomas (1)
- great dane (1)
- growth failure (1)
- gynogenesis (1)
- haemophilia a (1)
- hand/foot malformation (1)
- haplogroups (1)
- haploinsufficiency (1)
- helicase BRIP1 (1)
- hematology (1)
- hemostasis and thrombosis (1)
- hereditary hearing loss (1)
- hereditary hemochromatosis (1)
- hereditary motor (1)
- hereditary motor and sensory neuropathy (1)
- heterogeneity (1)
- heteromorphic sex chromosomes (1)
- heterozygote (1)
- histological subtype (1)
- homoeologous chromosomes (1)
- hormone-related protein (1)
- host cells (1)
- human disease (1)
- human evolution (1)
- humane Keimzellen (1)
- humans (1)
- hybridogenesis (1)
- hypermethylated DNA (1)
- hypermethylation (1)
- hypermutable (1)
- hämatopoetisches Mosaik (1)
- illumina (1)
- immune thrombocytopenia (1)
- immunodeficiency (1)
- imprinting control region (1)
- in situ hybridization (1)
- in vitro model (1)
- induced pluripotent stem cells (1)
- infinium HumanOmni1-Quad (1)
- inflammation (1)
- inflammatory diseases (1)
- inherited disorders (1)
- inherited myopathy (1)
- insulin treatment (1)
- integrierte Versorgung (1)
- intergenerational contraction (1)
- interolog (1)
- interstrand crosslink (1)
- intrachromosomal telomeric sequences (1)
- inversion (1)
- italian patients (1)
- juvenile and adult patients (1)
- karyotype evolution (1)
- kongenitale Myopathie (1)
- limb development (1)
- limb-girdle dystrophie (1)
- limb-girdle muscular dystrophies (1)
- linkage analysis (1)
- linked myotubular myopathy (1)
- live-born (1)
- lymphoma (1)
- lyso‐Gb3 (1)
- macrophages (1)
- macula dystrophy (1)
- macular (1)
- maintenance (1)
- makula (1)
- male breast cancer (1)
- malformations (1)
- malignant hyperthermia (1)
- maligne Hyperthermie (1)
- mammalian male germline (1)
- mammographic density (1)
- meiosis (1)
- meiotic chromosomes (1)
- meiotic ‘superring’ (1)
- membrane curvature (1)
- membrane repair (1)
- mental retardation (1)
- metabolic disease (1)
- metabolism (1)
- methylation array (1)
- mice (1)
- microdeletion syndrome (1)
- microdissection (1)
- midbody (1)
- middle aged (1)
- mineraliztion (1)
- missense mutations (1)
- mitomycin c (1)
- mitotic chromosomes (1)
- mixed hearing loss (1)
- mixed mutation mechanisms (1)
- miyoshi myopathy (1)
- model (1)
- moderate-penetrance genes (1)
- molecular analysis (1)
- molecular cloning (1)
- monogeneic (1)
- monoubiquitination (1)
- monozygotic twins (1)
- morbidity (1)
- mortality (1)
- mouse (1)
- multi protein complex (1)
- multiple diseases (1)
- multiple myeloma (1)
- muscle disease (1)
- muscle strength (1)
- muscular dystrophy (1)
- muscular-dystrophy (1)
- mutation analysis (1)
- mutation mechanism (1)
- mutation rate (1)
- mutationrate (1)
- myotonic dystrophie (1)
- myotonic dytsrophy (1)
- natural variation (1)
- network inference (1)
- networks (1)
- neurodegeneration (1)
- neurodevelopmental disorders / genetics (1)
- neuromuscular disease (1)
- neurotransmission (1)
- neutrophils (1)
- next-generation sequencing (1)
- next-generation-sequencing (1)
- nibrin (1)
- night blindness (1)
- nomenclature (1)
- non-mosaic (1)
- non-sense mediated mRNA decay (1)
- nonspecific alkaline-phosphae (1)
- oocytes (1)
- organ toxicity (1)
- overlapping syndrome (1)
- oxidative stress (1)
- p.R245H (1)
- p.S298P (1)
- p53-deficient mice overexpressing TGFalpha (1)
- painful (1)
- pancreatic carcinoma (1)
- panel sequencing (1)
- panic disorder (1)
- paternal age (1)
- paternal age effect (1)
- paternal introgression (1)
- pathogen-host interaction (PHI) (1)
- pathogenicity (1)
- pathway (1)
- patient (1)
- penetrance (1)
- phalloidin stain (1)
- phenotype (1)
- phenotypic heterogeneity (1)
- photoreceptor synapse (1)
- phylloquinone (1)
- plasma (1)
- platelet disorders (1)
- polymerase chain reaction (1)
- polymorphism (1)
- polyneuropathy (1)
- polyploidization (1)
- polyploidy (1)
- population (1)
- potential role (1)
- prednisone (1)
- premature aging (1)
- premutation (1)
- prenatal diagnosis (1)
- preterm labor (1)
- preterm prelabor rupture of the membranes (1)
- prevalence (1)
- promoter methylation (1)
- promotes (1)
- protein aggregation (1)
- protein interaction (1)
- protein interaction database (1)
- protein-protein interaction (1)
- proteins (1)
- proteomic approach (1)
- proteomic signature (1)
- protocadherin gamma cluster (1)
- proximal myotonic myopathy (1)
- pseudotetraploidisierung (1)
- pseudotetraploidization (1)
- psychische Probleme (1)
- psychosocial aspects (1)
- psychosoziale Aspekte (1)
- qPCR (1)
- quality control (1)
- quantitative Polymerasekettenreaktion (1)
- radial drusen (1)
- radiosensitivity (1)
- radiosensivitity (1)
- recessive inheritance (1)
- reciprocal translocation (1)
- recurrence (1)
- regulatory T cells (1)
- regulatory mutations (1)
- reproduction (1)
- requency (1)
- reversion (1)
- rhodamine–phalloidin stain (1)
- risk assesment (1)
- risk factors (1)
- robertsonian translocation (1)
- ryr 1 (1)
- sarcoglycanopathy (1)
- sarcotubular myopathy (1)
- secondary cancer (1)
- segmental progeria (1)
- selection (1)
- sensorineural (1)
- sensorineural hearing loss (1)
- sequence alignment (1)
- sequence assembly tools (1)
- sex chromosome evolution (1)
- sex linked pigmentation pattern (1)
- sex ratio (1)
- sexual antagonistic genes (1)
- skeletal dysplasia (1)
- skeletal muscle (1)
- skeletal myopathy (1)
- skewed (1)
- species-specific epigenetic marks (1)
- spektrale Karyotypenanalyse (1)
- spektrale karyotypisierung (1)
- spinal muscular atrophy (1)
- splicing (1)
- spondylodysplastic Ehlers-Danlos syndrome (1)
- stem cell transplantation (1)
- steroids (1)
- stress fibers (1)
- structural genome variations (1)
- submicroscopic chromosome rearrangement (1)
- subtypes (1)
- success (1)
- suppression (1)
- susceptibility (1)
- susceptibility alleles (1)
- susceptibility gene (1)
- synaptonemal complex (1)
- systemic sclerosis (1)
- targeted gene panel (1)
- teeth (1)
- telomere length (1)
- telomeres (1)
- temperature (1)
- testes (1)
- testosterone (1)
- therapy (1)
- throat (1)
- thrombozytopenia (1)
- tinnitus (1)
- tissue-specific enhancers (1)
- tooth development (1)
- transcription deficiency (1)
- transgene TGFalpha-Mäuse (1)
- transgenic animals (1)
- transporter gene SLC2A3 (1)
- transposable elements (1)
- treatment (1)
- treatment guidelines (1)
- triple-negative breast cancer (1)
- triplosufficiency (1)
- trisomy 21 (1)
- trisomy 22 (1)
- tumor subtypes (1)
- tumor-suppressor (1)
- twin study (1)
- two-parameter flow cytometry (1)
- type II esophageal achalasia (1)
- ubiquitin (1)
- vacuolar myopathy (1)
- vascular malformation (1)
- vaskuläre Malformation (1)
- vectors (1)
- ventilation (1)
- vertebrate (1)
- werner syndrom (1)
- werner syndrome (1)
- whole genome amplification (1)
- whole genome sequencing (1)
- whole genome sequencing (WGS) (1)
- whole-exome sequencing (1)
- wuerzburg (1)
- zytogenetik (1)
- Änderung (1)
- Ätiologie (1)
- Ödem (1)
- α‐GalA 3D‐structure (1)
Institute
- Institut für Humangenetik (227) (remove)
Sonstige beteiligte Institutionen
- Comprehensive Hearing Center, Department of ORL, Plastic, Aesthetic and Reconstructive Head and Neck Surgery, Würzburg, Germany (1)
- DNA Analytics Core Facility, Biocenter, University of Würzburg, Würzburg, Germany (1)
- Department of Animal Ecology and Tropical Biology, University of Würzburg, Würzburg, Germany (1)
- Maastricht University, Maastricht, the Netherlands (1)
Arrhythmogenic cardiomyopathy (ACM) is an inherited heart muscle disease caused by heterozygous missense mutations within the gene encoding for the nuclear envelope protein transmembrane protein 43 (TMEM43). The disease is characterized by myocyte loss and fibro-fatty replacement, leading to life-threatening ventricular arrhythmias and sudden cardiac death. However, the role of TMEM43 in the pathogenesis of ACM remains poorly understood. In this study, we generated cardiomyocyte-restricted transgenic zebrafish lines that overexpress eGFP-linked full-length human wild-type (WT) TMEM43 and two genetic variants (c.1073C>T, p.S358L; c.332C>T, p.P111L) using the Tol2-system. Overexpression of WT and p.P111L-mutant TMEM43 was associated with transcriptional activation of the mTOR pathway and ribosome biogenesis, and resulted in enlarged hearts with cardiomyocyte hypertrophy. Intriguingly, mutant p.S358L TMEM43 was found to be unstable and partially redistributed into the cytoplasm in embryonic and adult hearts. Moreover, both TMEM43 variants displayed cardiac morphological defects at juvenile stages and ultrastructural changes within the myocardium, accompanied by dysregulated gene expression profiles in adulthood. Finally, CRISPR/Cas9 mutants demonstrated an age-dependent cardiac phenotype characterized by heart enlargement in adulthood. In conclusion, our findings suggest ultrastructural remodeling and transcriptomic alterations underlying the development of structural and functional cardiac defects in TMEM43-associated cardiomyopathy.
Bei einem kleinen Prozentsatz (2–3 %) aller molekulargenetisch untersuchten Hä-mophilie-A-Fälle konnte bislang keine kausale Mutation innerhalb der F8-Gen-Region aufgedeckt werden. Die molekularen Ursachen der Hämophilie dieser Patienten sollten im ersten Teil der vorliegenden Doktorarbeit mittels zusätzlicher Methoden aufgeklärt werden. Bei zwei Patienten mit milder Hämophilie A konnte je ein Basenaustausch im Promotorbereich des F8-Gens identifiziert werden. Um die Kausalität dieser Austausche zu überprüfen, wurden für diese und zwei weitere bereits publizierte Promotor-Mutationen Luciferase-Assays durchgeführt. Diese Ergebnisse machten deutlich, dass die nachgewiesenen Promotor-Mutationen die Aktivität des Promotors deutlich herabsetzen und daher als ursächlich einzustufen sind. Weiterhin wurden die übrigen Patienten auf epigenetische Veränderungen in fünf CpG-Inseln im 5’UTR und Intron 1 des F8-Gens untersucht. Hierbei konnten bei drei Patienten auffällige Methylierungsmuster nachgewiesen werden, wobei diese auf ein Klinefelter-Syndrom und genomische Veränderungen im Intron 1 zurückzuführen sind, nicht jedoch auf einen aberranten Methylierungsstatus, der die FVIII-Expression beeinflussen könnte. Mit Hilfe von mRNA-Untersuchungen konnten bei vier Patienten mit mutmaßlichen F8-Spleißmutationen aberrante F8-Transkripte nachgewiesen werden und somit die Kausalität der Mutationen geklärt werden. Des Weiteren wurden aus der Literatur alle bisher als kausal identifizierten stillen Mutationen und Spleißmutationen zusammengestellt, um mit diesen Ergebnissen die Spleißvorhersage-Software Alamut zu validieren. Die große Mehrzahl (78 %) der Spleißvorhersagen stimmte mit den Resultaten der mRNA-Untersuchungen (zumindest im Trend) überein, während es bei 22 % der Vorhersagen und mRNA-Analysen zu unterschiedlichen Resultaten kam. Innerhalb einer vorangegangenen Diplomarbeit konnten zehn Duplikationsbruch-punkte im F8-Gen von nicht verwandten Hämophilie-A-Patienten aufgeklärt werden. Diese wurden nun mit verschiedenen in-silico-Programmen analysiert, um die Sequenzumgebung der Bruchpunkt genauer zu beschreiben. Die Untersuchung ergab, dass verschiedene Mechanismen zur Entstehung von Duplikationen führen können und vermutlich mehrere Sequenzmotive in direkter Nähe der Bruchpunkte hierzu beitragen. Im Rahmen der molekulargenetischen Hämophilie-A-Diagnostik zum Nachweis von Intron-1- bzw. Intron-22-Inversionen sind einige Patienten mit schwerer Hämophilie A aufgefallen, welche ungewöhnliche Bandenmuster in den analytischen PCRs bzw. Southern-Blots aufwiesen. Mittels MLPA-Analysen wurden bei diesen Patienten Deletionen oder Duplikationen (CNVs) aufgedeckt, die meist allein die auffälligen Bandenmuster nicht erklären konnten. Weitere Long-Range-PCR-Untersuchungen belegten dagegen, dass fünf der untersuchten Fälle auf ein kombiniertes Inversions- und Duplikations- bzw. Deletionsereignis zurückzuführen sind. Als zweiter Teil der Arbeit wurden Transkriptions- und Translationsuntersuchungen von Nonsense-Mutationen des F8-Gens in einem zellulären Expressionssystem durchgeführt. Es konnte nachgewiesen werden, dass trotz Nonsense-Mutation eine komplette F8-Tran¬skrip¬tion stattfindet. Antigenanalysen konnten die Expression von trunkierten Proteinen nachweisen, wenn die Nonsense-Mutationen in der leichten Kette, d.h. den distalen Domänen A3, C1 oder C2, lag. Bei Nonsense-Mutationen in der schweren Kette (den proximalen Domänen A1, A2 oder B) war keine Proteinexpression nachweisbar. Diese Daten konnte durch intrazelluläre Immunlokalisation der trunkierten Proteine bestätigt werden. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass die B-Domäne eine wichtige Rolle bei der Proteinprozessierung spielt, vermutlich indem sie die Bindung von Chaperonen ermöglicht und das FVIII-Protein vor Degradation schützt.
Die Arbeit dient der Aufklärung genetischer Ursachen der altersabhängigen Makuladegeneration (AMD) – einer komplexen Erkrankung mit bisher unklarer Ätiologie. Ziel der Arbeit war die Untersuchung einer möglichen Assoziation der AMD mit Polymorphismen in den Genen für Apolipoprotein E (ApoE) und Alpha-2-Makroglobulin. Voraussetzung für diese Arbeit waren Studien von Klaver et al. (1998) und Souied et al. (1998). Beide Studien belegen die Assoziation eines ApoE-Polymorphismus, dem ApoE-4-Allel, mit der AMD im Sinne eines protektiven Faktors: Bei den untersuchten AMD-Patienten war die Häufigkeit des ApoE-4-Allels signifikant geringer als in den Kontrollgruppen. Diese Assoziation sollte in der vorliegenden Arbeit an einem neuen und größeren Patientenkollektiv untersucht werden. Das ApoE-4-Allel ist ein Risikofaktor für Morbus Alzheimer (Corder et al, 1993). Wie AMD ist die Alzheimer Erkrankung eine neurodegenerative Erkrankung des Alters mit komplexer Ätiologie und Pathogenese. Deshalb wurde folgende Hypothese aufgestellt: Wenn das ApoE-4-Allel sowohl mit Morbus Alzheimer als auch mit der AMD assoziiert ist, sind möglicherweise auch andere, mit Morbus Alzheimer assoziierte Polymorphismen an den pathogenetischen Vorgängen der AMD beteiligt. Ausgehend von dieser Überlegung wurden neben den ApoE-Polymorphismen zwei häufige Polymorphismen eines weiteren Risikofaktors für Alzheimer untersucht: das Alpha-2-Makroglobulin (A2M). Die in den Studien vorbeschriebene, signifikant geringere Häufigkeit des ApoE-4-Allels bei AMD-Patienten konnte am vorliegenden Patientenkollektiv nicht nachvollzogen werden. Die ApoE-4-Allelfrequenz betrug in der Gruppe der AMD-Patienten 9,5% und in der Gruppe der altersgemäßen Kontrollpersonen ebenfalls 9,5% (p=0,998). Ein signifikantes Ergebnis brachte der Vergleich der ApoE-4-Allelhäufigkeit bei AMD-Patienten mit der Häufigkeit in der Gruppe „Normalbevölkerung“, die sich durch ein geringeres Durchschnittsalter auszeichnet (p= 0,001; Altersdurchschnitt 82,3 vs. 39,8 Jahre). Hier liegt aber vermutlich ein „selection bias“ zugrunde. Eine von Schachter et al. (1994) veröffentlichte Studie belegt die generelle Abnahme der Häufigkeit des ApoE-4-Allels in höheren Altersgruppen. Die Untersuchung der beiden A2M-Polymorphismen ergab keinen Hinweis auf eine mögliche Assoziation mit der AMD. Weder die A2M-Allelverteilung (p=0,649) noch die Verteilung der Genotypen (p=0,1) zeigte signifikante Unterschiede. Der Vergleich der Ergebnisse mit den bisher publizierten Studien zur Assoziation des ApoE-4-Allels mit der AMD ergibt ein widersprüchliches Bild. Obwohl die Studien von Klaver et al. (1998) und Souied et al. (1998) eine Assoziation des ApoE-4-Allels mit der AMD nachweisen, ist die Häufigkeitsverteilung des Allels in vier nachfolgenden Assoziationsstudien (Schmidt et al., 2000; Pang et al., 2000; Simonelli et al., 2001; Schultz et al. 2003) sowie in der vorliegenden Arbeit nicht signifikant. Allerdings belegen auch neuere Studien eindeutig eine Assoziation des Allels mit der AMD (Baird et al., 2004; Zareparsi et al., 2004). Möglicherweise stellt das ApoE-4-Allel einen protektiven Faktor dar, der Effekt ist aber in verschiedenen Populationen unterschiedlich stark ausgeprägt. Für Populationen mit schwächerer Ausprägung sind vermutlich große Studien¬gruppen notwendig, um bei einer Assoziationsstudie signifikante Frequenzunterschiede zu erhalten. Weiterhin könnte die Heterogenität der AMD ein Problem bei Assoziationsstudien darstellen. Denkbar wäre, dass unterschiedliche Formen der AMD auch mit unterschiedlichen genetischen Risikokonstellationen assoziiert sind. Eine mögliche Assoziation mit einem Polymorphismus würde in einem großen Patientenkollektiv, das unterschiedliche Formen der AMD enthält, statistisch nicht auffallen. Erst Untersuchungen an ausgewählten Patientengruppen, die nur einen streng definierten Phänotyp enthalten, würden den Effekt sichtbar machen. Einen Beleg hierfür bietet die Studie von Souied et al. (1998), die sich auf die exsudative Form der AMD beschränkt und eine deutlich signifikante Assoziation dieses Phänotyps mit dem ApoE-4-Allel nachweist. Der Aussagewert der bisher durchgeführten Studien zur Assoziation des ApoE-4-Allels mit der AMD ist noch begrenzt. Dennoch können Assoziationsstudien dazu beitragen, die genetischen Ursachen der AMD zu entschlüsseln und damit die Grundlage für neue Therapieansätze schaffen. Eine erfolgversprechende Strategie für zukünftige Assoziationsstudien ist sicherlich die Untersuchung an zahlenmäßig adäquaten und klinisch klar definierten Patientengruppen sowie einwandfreien, altersgemäßen Kontrollpersonen.
Copy number variants of SLC2A3, which encodes the glucose transporter GLUT3, are associated with several neuropsychiatric and cardiac diseases. Here, we report the successful reprogramming of peripheral blood mononuclear cells from two SLC2A3 duplication and two SLC2A3 deletion carriers and subsequent generation of two transgene-free iPSC clones per donor by Sendai viral transduction. All eight clones represent bona fide hiPSCs with high expression of pluripotency genes, ability to differentiate into cells of all three germ layers and normal karyotype. The generated cell lines will be helpful to enlighten the role of glucometabolic alterations in pathophysiological processes shared across organ boundaries.
Im Karpfenfisch Alburnus alburnus wurden die bisher größten überzähligen Chromosomen bei Wirbeltieren entdeckt. Dies ermöglichte eine umfangreiche zytogenetische und molekulare Studie dieser außergewöhnlichen Genomelemente. Aus Populationsstudien, die mehrere Fundorte in Deutschland einschlossen, konnten Informationen über die Verteilung der B Chromosomen in Fischen verschiedener Herkunftsorte ermittelt werden. Eine derartige Studie könnte zukünftig auch auf andere Länder ausgedehnt werden. Eine detaillierte, zytogenetische Analyse mit allen konventionellen Hellfeld- und Fluoreszenzbänderungen sowie Fluoreszenz in situ Hybridisierungen mit den ribosomalen 5S, 18S/28S rDNA-Proben und der Telomerprobe (TTAGGG)n, zeigte, dass die außergewöhnlich großen B Chromosomen von A. alburnus heterochromatisch, GC-reich und spät replizierend sind. Es wurden bei Alburnus alburnus keinerlei Hinweise auf heteromorphe Geschlechtschromosomen gefunden. Die molekularen Untersuchungen basierten hauptsächlich auf AFLP-Analysen, mit denen eine B Chromosomen-spezifische Bande entdeckt und isoliert werden konnte. Nach Klonierung und Sequenzierung sowie dem Durchsuchen einer Fischspezifischen Datenbank konnte eine retrotransposable Sequenz (Gypsy/Ty3 LTRRetrotranpson) gefunden werden. Ferner konnte eine deutliche Homologie zu dem Nterminalen Teil der reversen Transkriptase von Medaka, Oryzias latipes, dokumentiert werden. Die Southern blot-Untersuchungen und der PCR-Test zeigten, dass es sich bei der entdeckten 203 bp-Sequenz um eine B Chromosomen- und Alburnus alburnus-spezifische Sequenz handelt, welche hochrepetitiv über die beiden Arme der überzähligen Chromosomen verteilt ist. Der Ursprung und die Funktion der massiven überzähligen Chromosomen blieb offen. Da es aber nach wie vor wenig Information über B Chromosomensequenzen und DNA-Organisation im Allgemeinen und besonders bei Fischen gibt (Mestriner et al., 2000), sind die Ergebnisse dieser Studie für die Aufdeckung des Ursprungs und der Evolution überzähliger Chromosomen von allgemeiner Bedeutung, da sie wohl den Hauptanteil der DNA-Zusammensetzung des größten, bisher unter den Wirbeltieren entdeckten überzähligen Chromosoms darstellen. Die Analyse meiotischer Chromosomen zeigte, dass das B Chromosom in der Diakinese als selbstpaarendes Ringchromosom vorliegt. Zusammenfassung und Ausblick 101 Mittels durchflußzytophotometrischer DNA-Messungen konnte der Beitrag des außerordentlich großen B Chromosoms zum Gesamt-DNA-Gehalt von A. alburnus bestimmt werden und Fische auf das Vorhandensein des überzähligen Chromosoms, allerdings unter Tötung, analysiert werden. Dies kann in Zukunft durch Ausnutzung von Sequenzinformation über das B Chromosom und der damit einhergehenden Konstruktion spezifischer PCR-Primer („minimal-invasiver Flossentest“) vermieden werden. Fische aus unterschiedlichen Populationen, eventuell auch europaweit, können so schnell und zuverlässig auf das Vorhandensein des überzähligen Chromosoms hin untersucht werden, mit dem Zweck, durch künftige Verpaarung der Tiere mit 0, 1 oder 2 B Chromosomen den Vererbungs- bzw. Weitergabemechanismus der überzähligen Chromosomen auf die nächste Generation zu studieren.
Background
Dystrophinopathies caused by variants in the DMD gene are a well‐studied muscle disease. The most common type of variant in DMD are large deletions. Very rarely reported forms of variants are chromosomal translocations, inversions and deep intronic variants (DIVs) because they are not detectable by standard diagnostic techniques (sequencing of coding sequence, copy number variant detection). This might be the reason that some clinically and histologically proven dystrophinopathy cases remain unsolved.
Methods
We used whole genome sequencing (WGS) to screen the entire DMD gene for variants in one of two brothers suffering from typical muscular dystrophy with strongly elevated creatine kinase levels.
Results
Although a pathogenic DIV could not be detected, we were able to identify a pericentric inversion with breakpoints in DMD intron 44 and Xq13.3, which could be confirmed by Sanger sequencing in the index as well as in his brother and mother. As this variation affects a major part of DMD it is most likely disease causing.
Conclusion
Our findings elucidate that WGS is capable of detecting large structural rearrangements and might be suitable for the genetic diagnostics of dystrophinopathies in the future. In particular, inversions might be a more frequent cause for dystrophinopathies as anticipated and should be considered in genetically unsolved dystrophinopathy cases.
Erweiterte Diagnostik bei neuromuskulären Erkrankungen: vom Genpanel zum Whole Genome Sequencing
(2019)
Muskeln und Nerven bilden eine essentielle funktionelle Einheit für den Bewegungsapparat. Neuromuskuläre Erkrankungen lassen sich unterteilen in Krankheiten, denen ein muskuläres Problem zu Grunde liegt, wie zum Beispiel Muskeldystrophien (Muskeldystrophie Duchenne, DMD) und Myopathien (Myofibrilläre Myopathie, MFM), und in Erkrankungen aufgrund von Nervenschädigungen, wie zum Beispiel Neuropathien und spastische Paraplegien (SPG).
In den vier Teilen der vorliegenden Arbeit konnte sowohl das genetische wie auch das phänotypische Spektrum von neuromuskulären Krankheiten erweitert werden. Die dafür verwendeten Methoden reichen von der Sanger-Sequenzierung einzelner Gene über Next-Generation Sequencing (NGS)-Panel-Diagnostik, zu Whole Exome Sequencing (WES) und schließlich zu Whole Genome Sequencing (WGS). Zusätzlich wurde cDNA zur Detektion von Veränderungen im Transkriptom sequenziert.
Im ersten Teil wurde der klinische Phänotyp der Seipinopathien erweitert, der jetzt auch amyotrophe Lateralsklerose (ALS) und multifokale motorische Neuropathie (MMN) beinhaltet. Dafür wurde eine Panel-Analyse durchgeführt, die eine bekannte Mutation in BSCL2 aufdeckte. Aufgrund des hiermit erweiterten Phänotyps der Seipinopathien sollten Mutationen in BSCL2 auch bei anderen Verdachtsdiagnosen, wie ALS oder MMN, berücksichtigt werden. Außerdem wurde gezeigt, dass in der Diagnostik SPGs und Charcot-Marie-Tooth Erkrankungen (CMTs) eine Überlappung zeigen und bei der Diagnose von Verdachtsfällen Gene aus beiden Krankheitsbereichen berücksichtigt werden sollten. Die Suche mit Hilfe eines Phänotyp-Filters hat sich dabei als erfolgreich erwiesen. Ungelöste Fälle sollten aber in regelmäßigen Abständen neu analysiert werden, da immer neue Gene mit den Phänotypen assoziiert werden.
Der zweite Teil befasst sich mit der Untersuchung von DMD-Patienten mit bisher ungeklärtem Genotyp. Durch eine RNA-Analyse des gesamten DMD-Transkripts wurden tief-intronische Mutationen aufgedeckt, die Einfluss auf das Spleißen haben. Durch diese Mutationen wurden intronische Sequenzen als Pseudoexons in die mRNA eingefügt. Diese Mutationsart scheint häufig unter ungeklärten DMD-Fällen zu sein, in unserer Kohorte von 5 DMD-Patienten wurden in zwei Fällen Pseudoexons entdeckt. Eine Besonderheit besteht darin, dass in der RNA-Analyse immer noch ein Rest Wildtyp-Transkript vorhanden war, wodurch die Patienten vermutlich einen milderen Becker-Phänotyp aufweisen. Ein weiterer ungeklärter DMD-Fall konnte durch die Sequenzierung der gesamten genomischen Sequenz aufgeklärt werden. Es wurde eine perizentrische Inversion entdeckt (46,Y,inv(X)(p21.1q13.3). Dies zeigt, dass WGS auch zur Detektion von großen Strukturvariationen geeignet ist.
Im dritten Teil wurden Spleißmutationen untersucht. Spleißmutationen wurden bisher nicht in TMEM5-assoziierter alpha-Dystroglykanopathie beschrieben und somit als neue Mutationsart für diese Erkrankung nachgewiesen. Dabei wurde auch die funktionelle Exostosin-Domäne in TMEM5 bestätigt. Eine RNA-Untersuchung verschiedener Spleißmutationen zeigte, dass Spleißmutationen häufig zu einem veränderten Transkript führen, auch wenn diese Mutationen weiter von der Konsensussequenz entfernt sind. Spleißmutation sollten daher häufiger in der Diagnostik berücksichtig und überprüft werden.
Im letzten Teil wurde eine strukturierte Diagnostik von MFM-Patienten beschrieben und neue Kandidaten-Gene für MFM vorgestellt. Es ist zu vermuten, dass auch Mutationen in Genen, die bisher für Kardiomyopathien, Kollagen Typ VI-Myopathien und Neuropathien beschrieben sind, einen MFM-Phänotyp verursachen können. Diese Ergebnisse erweitern das genetische Spektrum der MFM, was sich auf die Diagnostik dieser Erkrankungen auswirken sollte.
Im Laufe dieser Arbeit konnten damit die neuromuskulären Erkrankungen vieler Patienten genetisch geklärt werden. Neue Phänotypen und genetische Ursachen wurden beschrieben und es wurde gezeigt, dass sich WGS technisch für die Diagnostik, auch zur Detektion von großen Strukturvarianten, eignet.
Human growth has an estimated heritability of about 80%-90%. Nevertheless, the underlying cause of shortness of stature remains unknown in the majority of individuals. Genome-wide association studies (GWAS) showed that both common single nucleotide polymorphisms and copy number variants (CNVs) contribute to height variation under a polygenic model, although explaining only a small fraction of overall genetic variability in the general population. Under the hypothesis that severe forms of growth retardation might also be caused by major gene effects, we searched for rare CNVs in 200 families, 92 sporadic and 108 familial, with idiopathic short stature compared to 820 control individuals. Although similar in number, patients had overall significantly larger CNVs \((p-value <1 x 10^{-7})\). In a gene-based analysis of all non-polymorphic CNVs >50 kb for gene function, tissue expression, and murine knock-out phenotypes, we identified 10 duplications and 10 deletions ranging in size from 109 kb to 14 Mb, of which 7 were de novo (p < 0.03) and 13 inherited from the likewise affected parent but absent in controls. Patients with these likely disease causing 20 CNVs were smaller than the remaining group (p < 0.01). Eleven (55%) of these CNVs either overlapped with known microaberration syndromes associated with short stature or contained GWAS loci for height. Haploinsufficiency (HI) score and further expression profiling suggested dosage sensitivity of major growth-related genes at these loci. Overall 10% of patients carried a disease-causing CNV indicating that, like in neurodevelopmental disorders, rare CNVs are a frequent cause of severe growth retardation.
Anhand konsekutiver Zellzyklen wird das Proliferationsmuster PHA-stimulierter Lymphozyten bei Fanconi Anämie (FA), Ataxia teleangiectasia (AT), AT-verwandter Syndrome und Aplastischer Anämie untersucht und die Zellzyklusdaten als Funktion von Probandenalter und klinischer Diagnose dargestellt. Die Ergebnisse der Arbeit zeigen, dass die Alterseinflüsse auf die Zellkinetik sehr viel geringer sind als die Einflüsse von Genotyp und Krankheitstyp. Die Methode der mehrparametrigen Duchflußzytometrie konnte in der Differentialdiagnostik der aplastischen Anämien des Kindesalters sowie in der Erfassung der Genotypen mit erhöhter Sensitivität gegenüber ionisierender Strahlung validiert werden.
Central Core Disease (CCD) ist eine neuromuskuläre Erkrankung aus dem Formenkreis der kongenitalen Myopathien. Die Symptomatik umfaßt eine verzögerte motorische Entwicklung, eine nicht bis schwach progrediente Schwäche der Extremitätenmuskulatur mit Betonung der distalen, unteren Gliedmaßen sowie Defekte des Skelettapparates wie Kyphoskoliosen, Kontrakturen und Fußanomalien. Die Zentralfibrillen-Myopathie, wie man die Erkrankung im Deutschen nennt, imponiert durch eine mehr oder minder regelmäßige Assoziation mit der Veranlagung zur Malignen Hyperthermie (MHS), die wiederum von Mutationen im Ryanodinrezeptorgen (RYR1), einem sarkoplasmatischen Calciumkanal, verursacht wird. In genetischen Familienanalysen wurde die CCD ebenfalls zum RYR1-Gen auf dem Humanchromosom 19q13.1 kartiert, womit dieses Gen zum Kandidatengen für CCD avancierte. Es wurden in einigen wenigen Familien Mutationen im RYR1-Gen gefunden, die man für ursächlich für die Ausprägung der CCD hält. Mittlerweile häuften sich aber Hinweise, daß die CCD, ebenso wie die MHS heterogene Ursachen haben kann und damit die Rolle des RYR1-Gens als Kandidat für das CCD-Gen zunehmend in Frage gestellt wird. In der vorliegenden Arbeit wurde die Feinkartierung von CCD-Familien vorangetrieben, indem neue Familien gesammelt wurden und ein neuer, zusammengesetzter Mini-/ Mikrosatelliten-Marker charakterisiert wurde, der für die Feinkartierung an CCD-Familien eingesetzt werden konnte. Des weiteren wurden neuere Mikrosatelliten-Marker des Genethon-Konsortiums angewendet und die Koppelung der CCD-Familien zu Chromosom 19q13.1 konnte bestätigt werden, allerdings mit einigen Ausnahmen, so daß bei CCD ebenfalls heterogene Ursachen angenommen werden können. Ein weiteres Kandidatengen wurde mit dem MYH7-Gen für die beta-Kette des schweren Myosins auf Chromosom 14 vorgeschlagen, dies konnte aber weder bestätigt noch ausgeschlossen werden. Um die Rolle des RYR1-Gens für die CCD zu eruieren wurden die häufigsten bisher bei MHS-Familien gefundenen RYR1-Mutationen an CCD-Patienten untersucht. Lediglich in einer CCD/MHS-Familie konnte eine bereits bekannte Mutation bestätigt werden, das RYR1-Gen konnte nicht als verursachendes Gen der CCD bestätigt werden, allerdings konnte nicht das komplette Gen untersucht werden, aufgrund der großen Anzahl von Exons und der Größe des Gens. Ein zweiter Teil der Arbeit bestand in der Suche nach neuen Transkripten aus Muskelgewebe in der genomischen Region 19q13.1 mit dem Endziel der Erstellung einer Transkriptionskarte dieser Region. Hier kam die cDNA-Selektion zur Anwendung mit einer PCR-amplifizierten cDNA-Bibliothek aus Muskelgewebe sowie ein gut charakterisiertes Cosmid-Contig aus dem Bereich des RYR1-Gens. Es konnte lediglich ein kurzes Transkript isoliert werden, das auf den genomischen Ursprung zurückkartiert, aber es konnte nicht näher charakterisiert werden. Der dritte Teil der Arbeit stand im Zeichen der Kandidatengensuche im betreffenden Abschnitt q13.1 des Chromosoms 19. Anhand von genetischen Karten und Gendatenbanken sollten Gene gesucht werden, die in diesen Bereich kartieren und eine Expression im Skelettmuskel aufweisen und damit als Kandidat für die CCD in Frage kommen. Es wurden zwei Gene für nukleär codierte Untereinheiten der mitochondrialen Cytochrom c Oxidase untersucht. Von dem Gen, das die muskelspezifische Isoform von COX VIIa codiert, konnte die genomische Sequenz und die Exon-Intron Struktur ermittelt werden sowie eine Promotor-Analyse anhand einer Datenbanksuche durchgeführt werden. Der Vergleich mit der Sequenz des homologen Gen des Rindes ergab, daß es sich um ein evolutionär konserviertes Gen handelt mit dem typischen Eigenschaften eines Haushaltsgens. Ein weiteres Kandidatengen stellt das Gen für die kleine Untereinheit des Calpains dar, das möglicherweise direkt in die elektromechanische Koppelung zwischen Nerv und Muskel involviert ist und mit dem Ryanodinrezeptor interagiert. CCD-Patienten wurden mit der SSCP-Methode (Single-stranded conformation polymorphism) auf Mutationen in den Exons sowohl des COX7A1-Gens als auch des CANPS-Gens untersucht. In beiden Fällen konnten keine Mutationen gefunden werden. Die Suche nach dem CCD-Gen ist also nach wie vor offen.
Exon-4 Mutations in KRAS Affect MEK/ERK and PI3K/AKT Signaling in Human Multiple Myeloma Cell Lines
(2020)
Approximately 20% of multiple myeloma (MM) cases harbor a point mutation in KRAS. However, there is still no final consent on whether KRAS-mutations are associated with disease outcome. Specifically, no data exist on whether KRAS-mutations have an impact on survival of MM patients at diagnosis in the era of novel agents. Direct blockade of KRAS for therapeutic purposes is mostly impossible, but recently a mutation-specific covalent inhibitor targeting KRAS\(^{p.G12C}\) entered into clinical trials. However, other KRAS hotspot-mutations exist in MM patients, including the less common exon-4 mutations. For the current study, the coding regions of KRAS were deep-sequenced in 80 newly diagnosed MM patients, uniformely treated with three cycles of bortezomib plus dexamethasone and cyclophosphamide (VCD)-induction, followed by high-dose chemotherapy and autologous stem cell transplantation. Moreover, the functional impact of KRAS\(^{p.G12A}\) and the exon-4 mutations p.A146T and p.A146V on different survival pathways was investigated. Specifically, KRAS\(^{WT}\), KRAS\(^{p.G12A}\), KRAS\(^{p.A146T}\), and KRAS\(^{p.A146V}\) were overexpressed in HEK293 cells and the KRAS\(^{WT}\) MM cell lines JJN3 and OPM2 using lentiviral transduction and the Sleeping Beauty vector system. Even though KRAS-mutations were not correlated with survival, all KRAS-mutants were found capable of potentially activating MEK/ERK- and sustaining PI3K/AKT-signaling in MM cells.
Background:
The etiology of secondary cancer in childhood cancer survivors is largely unclear. Exposure of normal somatic cells to radiation and/or chemotherapy can damage DNA and if not all DNA lesions are properly fixed, the mis-repair may lead to pathological consequences. It is plausible to assume that genetic differences, i.e. in the pathways responsible for cell cycle control and DNA repair, play a critical role in the development of secondary cancer.
Methodology/Findings:
To identify factors that may influence the susceptibility for second cancer formation, we recruited 20 individuals who survived a childhood malignancy and then developed a second cancer as well as 20 carefully matched control individuals with childhood malignancy but without a second cancer. By antibody microarrays, we screened primary fibroblasts of matched patients for differences in the amount of representative DNA repair-associated proteins. We found constitutively decreased levels of RAD9A and several other DNA repair proteins in two-cancer patients, compared to one-cancer patients. The RAD9A protein level increased in response to DNA damage, however to a lesser extent in the two-cancer patients. Quantification of mRNA expression by real-time RT PCR revealed lower RAD9A mRNA levels in both untreated and 1 Gy gamma-irradiated cells of two-cancer patients.
Conclusions/Significance:
Collectively, our results support the idea that modulation of RAD9A and other cell cycle arrest and DNA repair proteins contribute to the risk of developing a second malignancy in childhood cancer patients.
Background: The etiology of secondary cancer in childhood cancer survivors is largely unclear. Exposure of normal somatic cells to radiation and/or chemotherapy can damage DNA and if not all DNA lesions are properly fixed, the mis-repair may lead to pathological consequences. It is plausible to assume that genetic differences, i.e. in the pathways responsible for cell cycle control and DNA repair, play a critical role in the development of secondary cancer. Methodology/Findings: To identify factors that may influence the susceptibility for second cancer formation, we recruited 20 individuals who survived a childhood malignancy and then developed a second cancer as well as 20 carefully matched control individuals with childhood malignancy but without a second cancer. By antibody microarrays, we screened primary fibroblasts of matched patients for differences in the amount of representative DNA repair-associated proteins. We found constitutively decreased levels of RAD9A and several other DNA repair proteins in two-cancer patients, compared to onecancer patients. The RAD9A protein level increased in response to DNA damage, however to a lesser extent in the twocancer patients. Quantification of mRNA expression by real-time RT PCR revealed lower RAD9A mRNA levels in both untreated and 1 Gy c-irradiated cells of two-cancer patients. Conclusions/Significance: Collectively, our results support the idea that modulation of RAD9A and other cell cycle arrest and DNA repair proteins contribute to the risk of developing a second malignancy in childhood cancer patients.
Diese Arbeit vergleicht verschiedene Methoden zur Berechung der Lebenserkrankungswahrscheinlichkeit bei familiärem Brustkrebs. Dabei handelt es sich um Tabellen von Chang-Claude und die Computerprogramme Cyrillic Version 2.1 sowie IBIS Breast Cancer Risk Evaluation Tool. Es stellte sich heraus, dass sich die Ergebnisse der Modelle nicht wesentlich voneinander unterscheiden.
Background
Germline mutations in the BRIP1 gene have been described as conferring a moderate risk for ovarian cancer (OC), while the role of BRIP1 in breast cancer (BC) pathogenesis remains controversial.
Methods
To assess the role of deleterious BRIP1 germline mutations in BC/OC predisposition, 6341 well-characterized index patients with BC, 706 index patients with OC, and 2189 geographically matched female controls were screened for loss-of-function (LoF) mutations and potentially damaging missense variants. All index patients met the inclusion criteria of the German Consortium for Hereditary Breast and Ovarian Cancer for germline testing and tested negative for pathogenic BRCA1/2 variants.
Results
BRIP1 LoF mutations confer a high OC risk in familial index patients (odds ratio (OR) = 20.97, 95% confidence interval (CI) = 12.02–36.57, P < 0.0001) and in the subgroup of index patients with late-onset OC (OR = 29.91, 95% CI = 14.99–59.66, P < 0.0001). No significant association of BRIP1 LoF mutations with familial BC was observed (OR = 1.81 95% CI = 1.00–3.30, P = 0.0623). In the subgroup of familial BC index patients without a family history of OC there was also no apparent association (OR = 1.42, 95% CI = 0.70–2.90, P = 0.3030). In 1027 familial BC index patients with a family history of OC, the BRIP1 mutation prevalence was significantly higher than that observed in controls (OR = 3.59, 95% CI = 1.43–9.01; P = 0.0168). Based on the negative association between BRIP1 LoF mutations and familial BC in the absence of an OC family history, we conclude that the elevated mutation prevalence in the latter cohort was driven by the occurrence of OC in these families. Compared with controls, predicted damaging rare missense variants were significantly more prevalent in OC (P = 0.0014) but not in BC (P = 0.0693) patients.
Conclusions
To avoid ambiguous results, studies aimed at assessing the impact of candidate predisposition gene mutations on BC risk might differentiate between BC index patients with an OC family history and those without. In familial cases, we suggest that BRIP1 is a high-risk gene for late-onset OC but not a BC predisposition gene, though minor effects cannot be excluded.
Ziel dieser Arbeit war die Untersuchung der psychischen Befindlichkeit und anderer gesundheitsbezogenen Konditionen der Frauen und Männer mit familiären Mamma- und Ovarialkarzinomrisiko sowie die Klärung hinsichtlich der Bewältigung und Auswirkung genetischer Risikoinformation. Es wurden Risikowahrnehmung, Informationsstand, Inanspruchnahme der Beratungsangebote sowie der Früherkennungsmaßnahmen, Einstellung gegenüber genetischer Brustkrebsdiagnostik und familiärer/sozialer Kommunikation untersucht. Die vollständig ausgefüllten Fragebögen von Ratsuchenden und Betroffenen, die an der Beratung und Befragung im Zentrum für „Familiären Brust-/Eierstockkrebs“ teilgenommen haben, wurden von uns ausgewertet. Für die beratenden Institutionen ist das Wissen der vielfältigen psychischen und sozialen Folgen bei den Testsuchenden und deren Familien sehr wichtig. Nur so kann das Betreuungskonzept und das Beratungsangebot verbessert werden.
Treatment of dysferlinopathy with deflazacort: a double-blind, placebo-controlled clinical trial
(2013)
Background: Dysferlinopathies are autosomal recessive disorders caused by mutations in the dysferlin (DYSF) gene encoding the dysferlin protein. DYSF mutations lead to a wide range of muscular phenotypes, with the most prominent being Miyoshi myopathy (MM) and limb girdle muscular dystrophy type 2B (LGMD2B).
Methods: We assessed the one-year-natural course of dysferlinopathy, and the safety and efficacy of deflazacort treatment in a double-blind, placebo-controlled cross-over trial. After one year of natural course without intervention, 25 patients with genetically defined dysferlinopathy were randomized to receive deflazacort and placebo for six months each (1 mg/kg/day in month one, 1 mg/kg every 2nd day during months two to six) in one of two treatment sequences. Results: During one year of natural course, muscle strength declined about 2% as measured by CIDD (Clinical Investigation of Duchenne Dystrophy) score, and 76 Newton as measured by hand-held dynamometry. Deflazacort did not improve muscle strength. In contrast, there is a trend of worsening muscle strength under deflazacort treatment, which recovers after discontinuation of the study drug. During deflazacort treatment, patients showed a broad spectrum of steroid side effects.
Conclusion: Deflazacort is not an effective therapy for dysferlinopathies, and off-label use is not warranted. This is an important finding, since steroid treatment should not be administered in patients with dysferlinopathy, who may be often misdiagnosed as polymyositis.
Background
Although Fabry disease (FD) is an X-linked lysosomal storage disorder caused by mutations in the α-galactosidase A gene (GLA), women may develop severe symptoms. We investigated X-chromosomal inactivation patterns (XCI) as a potential determinant of symptom severity in FD women.
Patients and Methods
We included 95 women with mutations in GLA (n = 18 with variants of unknown pathogenicity) and 50 related men, and collected mouth epithelial cells, venous blood, and skin fibroblasts for XCI analysis using the methylation status of the androgen receptor gene. The mutated X-chromosome was identified by comparison of samples from relatives. Patients underwent genotype categorization and deep clinical phenotyping of symptom severity.
Results
43/95 (45%) women carried mutations categorized as classic. The XCI pattern was skewed (i.e., ≥75:25% distribution) in 6/87 (7%) mouth epithelial cell samples, 31/88 (35%) blood samples, and 9/27 (33%) skin fibroblast samples. Clinical phenotype, α-galactosidase A (GAL) activity, and lyso-Gb3 levels did not show intergroup differences when stratified for X-chromosomal skewing and activity status of the mutated X-chromosome.
Conclusions
X-inactivation patterns alone do not reliably reflect the clinical phenotype of women with FD when investigated in biomaterial not directly affected by FD. However, while XCI patterns may vary between tissues, blood frequently shows skewing of XCI patterns.
Die Auswirkungen der X-Inaktivierung auf den klinischen Phänotyp bei Patientinnen mit Morbus Fabry
(2023)
M. Fabry ist eine X-chromosomal vererbte Stoffwechselerkrankung. Die Mutation im α-Galactosidase A Gen führt zur reduzierten Aktivität des Enzyms und zur Akkumulation der Stoffwechselprodukte im gesamten Körper. Von der daraus resultierenden Multiorganerkrankung sind sowohl Männer, als auch Frauen betroffen. Als Grund hierfür steht eine verschobene X-Inaktivierung zur Diskussion.
In der vorliegenden Arbeit wurden 104 Frauen rekrutiert und die X-Inaktivierungsmuster in Mundschleimhautepithel, Blut und Hautfibroblasten untersucht. Es wurden umfangreiche klinische und laborchemische Untersuchungen durchgeführt, sodass von jeder Patientin ein klinischer Phänotyp vorlag, der mit Hilfe eines numerischen Scores klassifiziert wurde.
Es zeigte sich, dass Blut ein leicht zu asservierendes Biomaterial mit einer hohen Prävalenz an verschobenen X-Inaktivierungsmustern darstellt. Eine signifikante Korrelation mit dem klinischen Phänotyp konnte in keinem der drei untersuchten Gewebe nachgewiesen werden.
Zerebrale kavernöse Malfomationen (CCM) sind vaskuläre Fehlbildungen im Gehirn. Sie sind gekennzeichnet durch stark dilatierte, blutgefüllte Gefäße mit einschichtigem Endothel, denen Merkmale ausgereifter Blutgefäße fehlen. Die klinischen Symptome reichen von Kopfschmerz bis hin zu hämorraghischem Schlaganfall. Eine genaue Vorhersage des Krankheitsverlaufs ist nicht möglich und die neurochirurgische Dissektion ist in der Regel die Therapieform der Wahl. Die genauen molekularen Mechanismen der CCM-Pathogenese sind unbekannt. CCMs treten sporadisch oder familiär gehäuft auf und folgen einem autosomal-dominanten Erbgang. Drei krankheitsverursachende Gene wurden in familiären CCMs identifiziert: CCM1/KRIT1, CCM2/MGC4607 und CCM3/PDCD10. Da Patienten mit einer Mutation in einem der drei CCM-Gene denselben klinischen Phänotyp aufweisen, wurde angenommen, dass die CCM-Proteine (CCM1, CCM2 und CCM3) Bestandteile eines molekularen Signalwegs sind. In dieser Arbeit wurde erstmals gezeigt, dass CCM3 mit CCM2 interagiert und zusammen mit CCM1 einen ternären Proteinkomplex bildet. Untersuchungen mit der humanen in-frame CCM2-Deletionsmutante CCM2:p.P11_K68del belegten, dass CCM2 das zentrale Gerüstprotein des CCM1/CCM2/CCM3-Proteinkomplexes ist. Weiterhin konnte gezeigt werden, dass CCM3 an die Serin/Threonin-Kinase STK25 und an die Fas-assoziierte Phosphatase-1 (FAP-1) bindet. STK25 phosphoryliert CCM3 am Serin 39 und am Threonin 43. Die katalytische Domäne von FAP-1 dephosphoryliert CCM3. Untersuchungen mit der einzig bekannten humanen CCM3-Deletionsmutante, der aufgrund einer in-frame Deletion von Exon 5 im CCM3-Gen 18 Aminosäuren (CCM3:p.L33_K50del) fehlen, belegten zudem, dass in vitro dephosphoryliertes CCM3 Bestandteil des ternären CCM-Proteinkomplexes ist. Während STK25 die Deletionsmutante nicht mehr binden und phosphorylieren konnte, war die Interaktion mit CCM2 und die Bildung des ternären CCMKomplexes nicht beeinträchtigt. Somit könnte CCM3 über die Dephosphorylierung durch FAP-1 und die Phosphorylierung durch STK25 funktionell reguliert werden. Es stellte sich zudem heraus, dass CCM3 durch Induktion von oxidativem Stress mittels H2O2-Behandlung in humanen dermalen mikrovaskulären Endothelzellen herunterreguliert wird. Die in dieser Arbeit beschriebene Charakterisierung von CCM3-Interaktionen bringt CCM3 über seine Interaktionspartner erstmals in Zusammenhang mit molekularen Signalwegen, die an Prozessen der Angiogenese und vaskulären Entwicklung beteiligt sind. Die Ergebnisse liefern wichtige Hinweise für die Entschlüsselung der pathogenen Mechanismen zerebraler kavernöser Malformationen und stellen einen ersten Schritt dar, um andere Behandlungsansätze als den bisher angewandten chirurgischen Eingriff, der multiple Risiken birgt, entwickeln zu können.
Tinnitus is the perception of a phantom sound that affects between 10 and 15% of the general population. Despite this considerable prevalence, treatments for tinnitus are presently lacking. Tinnitus exhibits a diverse array of recognized risk factors and extreme clinical heterogeneity. Furthermore, it can involve an unknown number of auditory and non-auditory networks and molecular pathways. This complex combination has hampered advancements in the field. The identification of specific genetic factors has been at the forefront of several research investigations in the past decade. Nine studies have examined genes in a case-control association approach. Recently, a genome-wide association study has highlighted several potentially significant pathways that are implicated in tinnitus. Two twin studies have calculated a moderate heritability for tinnitus and disclosed a greater concordance rate in monozygotic twins compared to dizygotic twins. Despite the more recent data alluding to genetic factors in tinnitus, a strong association with any specific genetic locus is lacking and a genetic study with sufficient statistical power has yet to be designed. Future research endeavors must overcome the many inherent limitations in previous study designs. This review summarizes the previously embarked upon tinnitus genetic investigations and summarizes the hurdles that have been encountered. The identification of candidate genes responsible for tinnitus may afford gene based diagnostic approaches, effective therapy development, and personalized therapeutic intervention.
Deafness, the most frequent sensory deficit in humans, is extremely heterogeneous with hundreds of genes involved. Clinical and genetic analyses of an extended consanguineous family with pre-lingual, moderate-to-profound autosomal recessive sensorineural hearing loss, allowed us to identify CLRN2, encoding a tetraspan protein, as a new deafness gene. Homozygosity mapping followed by exome sequencing identified a 14.96 Mb locus on chromosome 4p15.32p15.1 containing a likely pathogenic missense variant in CLRN2 (c.494C > A, NM_001079827.2) segregating with the disease. Using in vitro RNA splicing analysis, we show that the CLRN2 c.494C > A variant leads to two events: (1) the substitution of a highly conserved threonine (uncharged amino acid) to lysine (charged amino acid) at position 165, p.(Thr165Lys), and (2) aberrant splicing, with the retention of intron 2 resulting in a stop codon after 26 additional amino acids, p.(Gly146Lysfs*26). Expression studies and phenotyping of newly produced zebrafish and mouse models deficient for clarin 2 further confirm that clarin 2, expressed in the inner ear hair cells, is essential for normal organization and maintenance of the auditory hair bundles, and for hearing function. Together, our findings identify CLRN2 as a new deafness gene, which will impact future diagnosis and treatment for deaf patients.
Background:
IARS2 encodes a mitochondrial isoleucyl-tRNA synthetase, a highly conserved nuclear-encoded enzyme required for the charging of tRNAs with their cognate amino acid for translation. Recently, pathogenic IARS2 variants have been identified in a number of patients presenting broad clinical phenotypes with autosomal recessive inheritance. These phenotypes range from Leigh and West syndrome to a new syndrome abbreviated CAGSSS that is characterised by cataracts, growth hormone deficiency, sensory neuropathy, sensorineural hearing loss, and skeletal dysplasia, as well as cataract with no additional anomalies.
Methods:
Genomic DNA from Iranian probands from two families with consanguineous parental background and overlapping CAGSSS features were subjected to exome sequencing and bioinformatics analysis.
Results:
Exome sequencing and data analysis revealed a novel homozygous missense variant (c.2625C > T, p.Pro909Ser, NM_018060.3) within a 14.3 Mb run of homozygosity in proband 1 and a novel homozygous missense variant (c.2282A > G, p.His761Arg) residing in an ~ 8 Mb region of homozygosity in a proband of the second family. Patient-derived fibroblasts from proband 1 showed normal respiratory chain enzyme activity, as well as unchanged oxidative phosphorylation protein subunits and IARS2 levels. Homology modelling of the known and novel amino acid residue substitutions in IARS2 provided insight into the possible consequence of these variants on function and structure of the protein.
Conclusions:
This study further expands the phenotypic spectrum of IARS2 pathogenic variants to include two patients (patients 2 and 3) with cataract and skeletal dysplasia and no other features of CAGSSS to the possible presentation of the defects in IARS2. Additionally, this study suggests that adult patients with CAGSSS may manifest central adrenal insufficiency and type II esophageal achalasia and proposes that a variable sensorineural hearing loss onset, proportionate short stature, polyneuropathy, and mild dysmorphic features are possible, as seen in patient 1. Our findings support that even though biallelic IARS2 pathogenic variants can result in a distinctive, clinically recognisable phenotype in humans, it can also show a wide range of clinical presentation from severe pediatric neurological disorders of Leigh and West syndrome to both non-syndromic cataract and cataract accompanied by skeletal dysplasia.
Objectives:
Despite recent advancements in diagnostic tools, the genomic landscape of hereditary hearing loss remains largely uncharacterized. One strategy to understand genome-wide aberrations includes the analysis of copy number variation that can be mapped using SNP-microarray technology. A growing collection of literature has begun to uncover the importance of copy number variation in hereditary hearing loss. This pilot study underpins a larger effort that involves the stage-wise analysis of hearing loss patients, many of whom have advanced to high-throughput sequencing analysis.
Data description:
Our data originate from the Infinium HumanOmni1-Quad v1.0 SNP-microarrays (Illumina) that provide useful markers for genome-wide association studies and copy number variation analysis. This dataset comprises a cohort of 108 individuals (99 with hearing loss, 9 normal hearing family members) for the purpose of understanding the genetic contribution of copy number variations to hereditary hearing loss. These anonymized SNP-microarray data have been uploaded to the NCBI Gene Expression Omnibus and are intended to benefit other investigators interested in aggregating platform-matched array patient datasets or as part of a supporting reference tool for other laboratories to better understand recurring copy number variations in other genetic disorders.
The autosomal recessive immunodeficiency-centromeric instability-facial anomalies syndrome (ICF) is characterized by immunodeficiency, developmental delay, and facial anomalies. ICF2, caused by biallelic ZBTB24 gene mutations, is acknowledged primarily as an isolated B-cell defect. Here, we extend the phenotype spectrum by describing, in particular, for the first time the development of a combined immune defect throughout the disease course as well as putative autoimmune phenomena such as granulomatous hepatitis and nephritis. We also demonstrate impaired cell-proliferation and increased cell death of immune and non-immune cells as well as data suggesting a chromosome separation defect in addition to the known chromosome condensation defect.
Das genetische Modell der hereditären Hämochromatose soll Aufschluss über die ungefähre Größenordnung schlecht untersuchter Parameter geben. Hierzu gehören die Allelfrequenz der zusammengefassten restlichen Mutationen des HFE-Gens, sowie die Penetranzen der verschiedenen Genotypen. Durch die Analyse des Krankenkollektivs und die Berechnung der Häufigkeiten der verschiedenen Genotypen aus den Allelfrequenzen ist es mit Hilfe des genetischen Modells möglich, die Penetranzen der einzelnen Genotypen zu berechnen. Das Modell fasst die restlichen Mutationen des HFE-Gens als RM zusammen. In Europa und Nordamerika zusammengefasst ist so eine Allelfrequenz von 0,0153 mit einer Penetranz von 0,373 für RM-RM anzunehmen. In Italien allein betrachtet, ist die Allelfrequenz von RM etwa 0,098 mit einer Penetranz von 0,491 für RM-RM. Für Mitteleuropa errechnet sich eine Allelfrequenz von 0,0155 mit einer Penetranz von 0,482 für RM-RM, für Südeuropa ist es 0,0119 bzw. 0,482. Vergleiche von zusammengefassten Daten aus Mittel- und Südeuropa ergaben Unterschiede in der Verteilung der Genotypen, sowie der Penetranzen. So scheinen besonders in Südeuropa neben den Hauptmutationen im HFE-Gen, C282Y und H63D, andere Mutationen, RM, eine größere Rolle der Krankheitsmanifestation zu spielen als in Mitteleuropa. Das genetische Modell der Hämochromatose ermöglicht eine Risikoabschätzung bei Ratsuchenden mit an HH erkrankten Angehörigen. Auch bei Personen, die heterozygot für C282Y oder H63D sind, lässt sich nun ein Erkrankungsrisiko abschätzen. Das Erkrankungsrisiko variiert je nach Herkunftsland. Die Erhebung verschiedener Daten und die weitere Untersuchung anderer Mutationen im HFE-Gen sind abzuwarten, um das Modell komplettieren zu können. Bis dahin stellt es jedoch einen guten Anhaltspunkt für eben diese schlecht untersuchten Größen dar, und bietet daher die Möglichkeit, die Krankheit in ihrer Heterogenität und Komplexität vereinfacht darzustellen, und so Wahrscheinlichkeiten abschätzen zu können.
Fibroblasts isolated from a skin biopsy of a healthy 46-year-old female were infected with Sendai virus containing the Yamanaka factors to produce transgene-free human induced pluripotent stem cells (iPSCs). CRISPR/Cas9 was used to generate isogenic cell lines with a gene dose-dependent deficiency of CDH13, a risk gene associated with neurodevelopmental and psychiatric disorders. Thereby, a heterozygous CDH13 knockout (CDH13\(^{+/-}\)) and a CDH13 null mutant (CDH13\(^{-/-}\)) iPSC line was obtained. All three lines showed expression of pluripotency-associated markers, the ability to differentiate into cells of the three germ layers in vitro, and a normal female karyotype.
Population-based genome wide association studies have identified a locus at 9p22.2 associated with ovarian cancer risk, which also modifies ovarian cancer risk in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. We conducted fine-scale mapping at 9p22.2 to identify potential causal variants in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. Genotype data were available for 15,252 (2,462 ovarian cancer cases) BRCA1 and 8,211 (631 ovarian cancer cases) BRCA2 mutation carriers. Following genotype imputation, ovarian cancer associations were assessed for 4,873 and 5,020 SNPs in BRCA1 and BRCA 2 mutation carriers respectively, within a retrospective cohort analytical framework. In BRCA1 mutation carriers one set of eight correlated candidate causal variants for ovarian cancer risk modification was identified (top SNP rs10124837, HR: 0.73, 95%CI: 0.68 to 0.79, p-value 2× 10−16). These variants were located up to 20 kb upstream of BNC2. In BRCA2 mutation carriers one region, up to 45 kb upstream of BNC2, and containing 100 correlated SNPs was identified as candidate causal (top SNP rs62543585, HR: 0.69, 95%CI: 0.59 to 0.80, p-value 1.0 × 10−6). The candidate causal in BRCA1 mutation carriers did not include the strongest associated variant at this locus in the general population. In sum, we identified a set of candidate causal variants in a region that encompasses the BNC2 transcription start site. The ovarian cancer association at 9p22.2 may be mediated by different variants in BRCA1 mutation carriers and in the general population. Thus, potentially different mechanisms may underlie ovarian cancer risk for mutation carriers and the general population.
Objective
The biological interpretation of gene expression measurements is a challenging task. While ordination methods are routinely used to identify clusters of samples or co-expressed genes, these methods do not take sample or gene annotations into account. We aim to provide a tool that allows users of all backgrounds to assess and visualize the intrinsic correlation structure of complex annotated gene expression data and discover the covariates that jointly affect expression patterns.
Results
The Bioconductor package covRNA provides a convenient and fast interface for testing and visualizing complex relationships between sample and gene covariates mediated by gene expression data in an entirely unsupervised setting. The relationships between sample and gene covariates are tested by statistical permutation tests and visualized by ordination. The methods are inspired by the fourthcorner and RLQ analyses used in ecological research for the analysis of species abundance data, that we modified to make them suitable for the distributional characteristics of both, RNA-Seq read counts and microarray intensities, and to provide a high-performance parallelized implementation for the analysis of large-scale gene expression data on multi-core computational systems. CovRNA provides additional modules for unsupervised gene filtering and plotting functions to ensure a smooth and coherent analysis workflow.
Background: A growing number of non-coding regulatory mutations are being identified in congenital disease. Very recently also some exons of protein coding genes have been identified to act as tissue specific enhancer elements and were therefore termed exonic enhancers or "eExons".
Methods: We screened a cohort of 134 unrelated families with split-hand/split-foot malformation (SHFM) with high resolution array CGH for CNVs with regulatory potential.
Results: In three families with an autosomal dominant non-syndromic SHFM phenotype we detected microdeletions encompassing the exonic enhancer (eExons) 15 and 17 of DYNC1I1. In a fourth family, who had hearing loss in addition to SHFM, we found a larger deletion of 510 kb including the eExons of DYNC1I1 and, in addition, the human brain enhancer hs1642. Exons 15 and 17 of DYNC1I1 are known to act as tissue specific limb enhancers of DLX5/6, two genes that have been shown to be associated with SHFM in mice. In our cohort of 134 unrelated families with SHFM, deletions of the eExons of DYNC1I1 account for approximately 3% of the cases, while 17p13.3 duplications were identified in 13% of the families, 10q24 duplications in 12%, and TP63 mutations were detected in 4%.
Conclusions: We reduce the minimal critical region for SHFM1 to 78 kb. Hearing loss, however, appears to be associated with deletions of a more telomeric region encompassing the brain enhancer element hs1642. Thus, SHFM1 as well as hearing loss at the same locus are caused by deletion of regulatory elements. Deletions of the exons with regulatory potential of DYNC1I1 are an example of the emerging role of exonic enhancer elements and their implications in congenital malformation syndromes.
Die Hämophilie A ist mit einer Inzidenz von 1:5000-1:10000 bei männlichen Neugeborenen die häufigste genetisch bedingte Form einer schweren Blutungsneigung. In Deutschland leben zur Zeit ca. 6000 Hämophilie-A-Patienten. Das klinische Erscheinungsbild, die verschiedenen Phänotypen dieser Erkrankung werden durch ein defektes oder ein gar nicht vorhandenes FVIII-Protein, kodiert durch das FVIII-Gen, festgelegt. Zielsetzung der Arbeit war ein Mutationsprofil für schwere und nicht schwere Hämophilie zu erstellen. Die ermittelten Daten sollten der internationalen Datenbank HAMSTeRS und der kürzlich erschienenen Arbeit von Dr. J. Schröder gegenübergestellt werden. Zudem sollten wissenschaftlich interessante Zusammenhänge wie Verteilung der Mutation im FVIII-Gen und Mutationshotspots untersucht werden. Kennt man die Ursache der Mutation, kann man sich aufgrund bisheriger Erkenntnisse eine Vorhersage über den Krankheitsverlauf, wie Schweregrade und Hemmkörperentwicklung erlauben. Die Daten wurden mittels Microsoft Access verarbeitet. Diese Studie umfasste 1492 Hämophilie-A-Patienten. Bei 1422 (95,3%) konnte die krankheitsauslösende Mutation gefunden werden. Die häufigste Mutation bezogen auf alle Patienten war die Missensemutation mit 38,4% gefolgt von der Intron-22-Inversion mit 20,7%. Bezüglich der Schweregrade war die Intron-22-Inversion die häufigste Ursache (47,1%) einer schweren Verlaufsform der Hämophilie und die Missensemutation die häufigste Ursache (93%) der leichten Form der Hämophilie. 18,1% der Patienten mit schwerer Hämophilie entwickelten einen Hemmkörper. Es wurden 3 Hotspots gefunden, von denen die Intron-22-Inversion mit 29,7% den grössten Anteil ausmacht, gefolgt von den Mutationen an den CpG-Diknukleotiden mit 16,8% und kleinen Deletionen/Insertionen an Adenin Folgen mit 3,5%. Verglichen mit HAMSTeRS entsprachen unsere Ergebnisse, bis auf die Stopmutationen, relativ gleichmässig denen der internationalen Datenbank. Auch die Korrelation Genotyp-Phänotyp stimmte fast immer zu ca. 90% oder mehr als 90% überein. Wie zu erwarten entsprach unser Mutationsprofil auch dem der Arbeit von Dr. Schröder. Einzig die Intron-1-Inversion trat in unserer Studie häufiger auf, was an der Einführung der Intron-1-PCR als neue Screeningmethode liegt. Die Verteilung der Schweregrade korrelierte auch mit Dr. Schröders Arbeit. Das Aufstellen von Mutationsprofilen hat zum besseren Verständnis der Ätiologie und zum Krankheitsverlauf der Hämophilie A beigetragen. Die systematische Erfassung aller Krankendaten erleichtert dem Gesundheitswesen eine bessere Planung für die Bereitstellung von Mitteln für die Hämophilie. Im Einzelnen betrifft dies: Beratungstermine für schon betroffene Überträgerinnen, wie auch pränatale Diagnostik, allgemeine Konduktorinnendiagnostik, sowie psychische Beratung und Unterstützung. Für die Hämophiliepatienten bedeutet dies eine Verbesserung der Therapie und eine bessere Vorhersage bezüglich der Hemmkörperentwicklung.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden sechs FA-Patienten und eine Patientin, bei der eine Fanconi Anämie ausgeschlossen wurde, auf das Vorhandensein eines Mosaizismus untersucht. Dabei wurde bei allen Patienten eine zytogenetische Chromosomenbruchanalyse durchgeführt und die Ergebnisse mit den Daten der durchflusszytometrischen Zellzyklusanalyse verglichen. Bei einer FA-Patientin konnte weder in der Chromosomenbruchanalyse noch in der Zellzyklusanalyse das Vorhandensein eines Mosaizismus nachgewiesen werden. Bei drei FA-Patienten gab es in der Auswertung der Metaphasen auf Chromosomenbrüchigkeit den Hinweis auf das Vorliegen einer Mosaik-Konstellation, wobei dies in einem Fall (Proband 5) besonders ausgeprägt war. Die Zellzyklusanalyse konnte das Vorhandensein eines Mosaizismus jedoch in allen drei Fällen nicht bestätigen. Bei einer FAPatientin zeigten sich die Chromosomen in der Chromosomenbruchanalyse nahezu unauffällig. Die erfolgreiche und komplette Selbstkorrektur spiegelte sich auch eindeutig in der Zellzyklusanalyse wider. Zusammenfassend kann festgehalten werden, dass die zytogenetische Chromosomenbruchanalyse zum Nachweis eines Mosaizismus besser geeignet ist als die Zellzyklusanalyse, da sie eine höhere Sensitivität zu haben scheint. Um eine definitive Aussage sowohl über die Sensitivität, als auch die Spezifität beider Untersuchungen machen zu können, ist es nötig FAPatienten im Verlauf mehrmals zu untersuchen. Dabei müsste sowohl eine Chromosomenbruchanalyse als auch eine Durchflusszytometrie durchgeführt werden und die Ergebnisse dann mit dem klinischen Befinden bzw. den Blutwerten (Hämatokrit/Hämoglobinwert, Leukozyten-und Thrombozytenzahl) verglichen werden. Da das Vorhandensein eines Mosaizismus Konsequenzen für die Diagnose und eventuell Therapiefestlegung hat, erscheinen weitere Untersuchungen diesbezüglich sinnvoll.
Kathepsin B und L sind lysosomale Cysteinproteasen, die mit einer Reihe von pathologischen Prozessen, wie z. B. Cancerogenese, Tumorangiogenese und Neurodegeneration in Verbindung gebracht werden. Dennoch sind bis jetzt nur wenige Proteinsubstrate beschrieben. Ausserdem sind die Mechanismen der Regulation von Zellproliferation, -invasion und -apoptose durch Kathepsin B und L weitgehend unverstanden. Ein kombinierter Mangel beider Kathepsine führt zu einer frühzeitigen Neurodegeneration in Mäusen, die an neuronale Lipofuszinosen beim Menschen erinnert. In der vorliegenden Studie wurden Unterschiede in der Proteinzusammensetzung von wildtypischen und doppelt-defizienten Gehirnlysosomen quantifiziert. Eine Kombination von subzellulärer Fraktionierung und LC-MS/MS unter Verwendung einer isobarischen Markierung (iTraqTM) erlaubte uns die gleichzeitige Untersuchung von zerebralen Lysosomen aus Wildtyp und Kathepsin B-/-L-/- Mäusen. Ingesamt waren 19 Proteine signifikant erhöht in Kathepsin B-/-L-/- Lysosomen. Die meisten erhöhten Proteine wurden der neuronalen Biosynthese, regenerierenden bzw. endozytotischen oder lysosomalen Kompartimenten zugeordnet. Der Anstieg von Calcyon, dem Delta/Notch- verwandten epidermalen Wachstumsfaktor-Rezeptor (DNER), Neurochondrin, Phospholipase D3, Rab14, Cathepsin D und Apolipoprotein E lässt eine potentielle Rolle von Kathepsin B und L im Axonwachstum und der Synapsenbildung während der postnatalen Entwicklung des Zentralnervensystems vermuten.
Caretaker-Gen-Syndrome
(2001)
Ataxia telangiectasia: Identifizierung und Charakterisierung nicht-konservativer Spleißmutationen und deren Auswirkungen im ATM-Gen. Ein hoher Anteil der bisher im ATM-Gen identifizierten Mutationen (>350, www.vmresearch.org/atm.htm) stellt Deletionen oder Insertionen direkt an den Exongrenzen dar; viele dieser Aberrationen wurden allerdings nur auf cDNA-Ebene detektiert. Sollte es sich hierbei in den meisten Fällen um Mutationen an den Spleiß-Konsensussequenzen handeln, läge der Anteil der Spleißmutationen im ATM-Gen beträchtlich höher (~35 Prozent) als in anderen betroffenen Genen (~15 Prozent). Um der Frage nachzugehen, ob im ATM-Primärtranskript aufgrund einer erhöhten Labilität gegenüber Spleißmutationen auch Veränderungen weniger konservierter Positionen innerhalb der Donor- oder Akzeptor-Spleißstellen zu aberrantem Spleißen führen, wurden 20 AT-Zellinien mittels „Protein Truncation Test“ nach Deletionen oder Insertionen an den Exongrenzen durchsucht. Die 7 neu identifizierten Spleißmutationen wurden anschließend unter Verwendung eines „Splice Scoring“- Systems näher charakterisiert, die Penetranz der jeweiligen Mutation durch semiquantitative PCR evaluiert und die Auswirkungen auf Proteinebene durch Western Blotting überprüft. Obwohl nur eine der 7 neu identifizierten Spleißmutationen eine schwächer konservierte Position der Spleißsequenzen betraf, konnten im Rahmen einer Kooperation mit der Medizinischen Hochschule Hannover (Arbeitsgruppe Dr. T. Dörk) weitere Spleißmutationen an den Intronpositionen +3, +5 und -6 identifiziert werden, die ebenfalls in völlig aberrantem Spleißen resultieren. Daten weiterer Arbeitsgruppen lassen vermuten, daß tatsächlich ~ 50 Prozent aller Spleißaberrationen im ATM-Gen auf Mutationen außerhalb der konservierten Dinukleotidbereiche (gt und ag) zurückführen sind. Nijmegen Breakage Syndrom (NBS): Suche nach Genen, die einen NBS-ähnlichen Phänotyp auslösen. Über 90 Prozent aller NBS-Patienten tragen Mutationen im NBS1-Gen, dessen Translationsprodukt im Komplex mit MRE11 und RAD50 eine zentrale Rolle in DNA-DSB-Reparatur und Zellzykluskontrolle spielt. Weitere Mutationen bei Patienten mit NBS-ähnlichem Phänotyp wurden im Gen der DNA-Ligase IV identifiziert, die zusammen mit weiteren Angehörigen des NHEJ-Reparaturweges (XRCC4, DNA-PKcs, Ku70, Ku80) ebenfalls in DNA-DSB-Reparatur involviert ist. Zellen von Patienten mit NBS-ähnlichem Phänotyp wurden daher durch direkte Sequenzierung und/oder Western Blotting auf Defekte in den oben genannten Genen/Proteinen untersucht. In einem parallel durchgeführten unabhängigen Mutationsscreening (Medizinische Hochschule Hannover, Arbeitsgruppe Dr. T. Dörk) wurden in Fibroblasten einer Patientin mit NBS-ähnlichem Phänotyp Mutationen im RAD50-Gen identifiziert. Die Auswirkungen der RAD50-Defizienz auf die zelluläre Lokalisation der beiden Komplexpartner NBS1 und MRE11 sowie deren Fähigkeit zur Focibildung nach DNA-Schädigung wurde im Rahmen dieser Arbeit durch Immunfluoreszenzstudien untersucht: während NBS1 vorwiegend nukleäre Lokalisation aufwies, war MRE11 zu etwa gleichen Anteilen zwischen Nukleus und Zytoplasma verteilt; beide Proteine waren nach Bestrahlung der Zellen nicht mehr zur Focibildung fähig. Da in MRE11-defizienten Zellen keine nukleäre NBS1-Lokalisation beobachtet wird, scheint der Kerntransport des NBS1 von funktionellem MRE11, nicht aber von RAD50 abhängig zu sein. Fanconi Anämie (FA): Untersuchung einer möglichen Verbindung zwischen den FA-Proteinen und der RAD51-Familie. FA-Zellen aller bisher bekannter Komplementationsgruppen zeichnen sich durch Hypersensitivität gegenüber DNA-„interstrand crosslinks“ (ICLs) aus, zu deren Behebung u.a. die homologe Rekombinationsreparatur (HRR) eingesetzt wird, bei der das RAD51(A)-Protein eine zentrale Rolle spielt. Aufgrund schwacher Homologien werden 5 weitere Proteine (RAD51B, C, D, XRCC2 und 3) der RAD51-Familie zugeordnet. Da Knockout-Zellinien aller RAD51-Familienmitglieder ebenfalls hohe Sensitivität gegenüber ICLs aufweisen, wurde eine mögliche Verbindung zwischen den FA-Proteinen FANCA, C, G und der RAD51-Familie getestet. Unter Verwendung des "Yeast Two Hybrid" (Y2H)-Systems konnten zunächst mehrere Interaktionen zwischen FA- und RAD51-Proteinen detektiert werden. Zur Bestätigung einer funktionellen Verbindung wurden die FA- und RAD51-Proteine in humanen 293-Zellen überexprimiert. Aufgrund der focibildenden Eigenschaften des RAD51-Proteins wurden die FA-Proteine und die RAD51-Familie auf Focibildung nach DNA-Schädigung sowie etwaige Kolokalisationen getestet; mögliche physikalische Interaktionen wurden durch Koimmunpräzipitationsstudien überprüft. Die RAD51-Familie zeigten keinerlei Focibildung nach DNA-Schädigung während die FA-Proteine in einigen Experimenten eine Lokalisation in nukleäre Foci zeigten, die sich jedoch in Größe und Homogenität deutlich von denen klassischer DNA-Reparaturfoci unterschieden und nicht mit RAD51 kolokalisierten. Die häufige Beschränkung der FA-Foci auf Bereiche besonders dicht gepackten Chromatins kann möglicherweise als weiterer Hinweis auf die postulierte Rolle der FA-Proteine bei Chromatin Remodelling Mechanismen interpretiert werden. Bei Überexpression in HEK293-Zellen konnte keine der im Y2H-System identifizierten Interaktionen zwischen FA- und RAD51-Proteinen durch Koimmunpräzipitationen detektiert werden. Dennoch erscheinen seit der Identifizierung des FANCD2, das durch den FA-Komplex aktiviert wird und mit dem RAD51-Interaktor BRCA1 in nukleäre Foci kolokalisiert, weitere Untersuchungen einer Verknüpfung der FA-Proteine mit den Angehörigen des HRR-Weges durchaus sinnvoll.
Background
BRCA1 and, more commonly, BRCA2 mutations are associated with increased risk of male breast cancer (MBC). However, only a paucity of data exists on the pathology of breast cancers (BCs) in men with BRCA1/2 mutations. Using the largest available dataset, we determined whether MBCs arising in BRCA1/2 mutation carriers display specific pathologic features and whether these features differ from those of BRCA1/2 female BCs (FBCs).
Methods
We characterised the pathologic features of 419 BRCA1/2 MBCs and, using logistic regression analysis, contrasted those with data from 9675 BRCA1/2 FBCs and with population-based data from 6351 MBCs in the Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) database.
Results
Among BRCA2 MBCs, grade significantly decreased with increasing age at diagnosis (P = 0.005). Compared with BRCA2 FBCs, BRCA2 MBCs were of significantly higher stage (P for trend = 2 × 10−5) and higher grade (P for trend = 0.005) and were more likely to be oestrogen receptor–positive [odds ratio (OR) 10.59; 95 % confidence interval (CI) 5.15–21.80] and progesterone receptor–positive (OR 5.04; 95 % CI 3.17–8.04). With the exception of grade, similar patterns of associations emerged when we compared BRCA1 MBCs and FBCs. BRCA2 MBCs also presented with higher grade than MBCs from the SEER database (P for trend = 4 × 10−12).
Conclusions
On the basis of the largest series analysed to date, our results show that BRCA1/2 MBCs display distinct pathologic characteristics compared with BRCA1/2 FBCs, and we identified a specific BRCA2-associated MBC phenotype characterised by a variable suggesting greater biological aggressiveness (i.e., high histologic grade). These findings could lead to the development of gender-specific risk prediction models and guide clinical strategies appropriate for MBC management.
Background
Inherited pathogenic variants in BRCA1 and BRCA2 are the most common causes of hereditary breast and ovarian cancer (HBOC). The risk of developing breast cancer by age 80 in women carrying a BRCA1 pathogenic variant is 72%. The lifetime risk varies between families and even within affected individuals of the same family. The cause of this variability is largely unknown, but it is hypothesized that additional genetic factors contribute to differences in age at onset (AAO). Here we investigated whether truncating and rare missense variants in genes of different DNA-repair pathways contribute to this phenomenon.
Methods
We used extreme phenotype sampling to recruit 133 BRCA1-positive patients with either early breast cancer onset, below 35 (early AAO cohort) or cancer-free by age 60 (controls). Next Generation Sequencing (NGS) was used to screen for variants in 311 genes involved in different DNA-repair pathways.
Results
Patients with an early AAO (73 women) had developed breast cancer at a median age of 27 years (interquartile range (IQR); 25.00–27.00 years). A total of 3703 variants were detected in all patients and 43 of those (1.2%) were truncating variants. The truncating variants were found in 26 women of the early AAO group (35.6%; 95%-CI 24.7 - 47.7%) compared to 16 women of controls (26.7%; 95%-CI 16.1 to 39.7%). When adjusted for environmental factors and family history, the odds ratio indicated an increased breast cancer risk for those carrying an additional truncating DNA-repair variant to BRCA1 mutation (OR: 3.1; 95%-CI 0.92 to 11.5; p-value = 0.07), although it did not reach the conventionally acceptable significance level of 0.05.
Conclusions
To our knowledge this is the first time that the combined effect of truncating variants in DNA-repair genes on AAO in patients with hereditary breast cancer is investigated. Our results indicate that co-occurring truncating variants might be associated with an earlier onset of breast cancer in BRCA1-positive patients. Larger cohorts are needed to confirm these results.
Background: Myofibrillar myopathies (MFM) are a group of phenotypically and genetically heterogeneous neuromuscular disorders, which are characterized by protein aggregations in muscle fibres and can be associated with multisystemic involvement.
Methods: We screened a large cohort of 38 index patients with MFM for mutations in the nine thus far known causative genes using Sanger and next generation sequencing (NGS). We studied the clinical and histopathological characteristics in 38 index patients and five additional relatives (n = 43) and particularly focused on the associated multisystemic symptoms.
Results: We identified 14 heterozygous mutations (diagnostic yield of 37%), among them the novel p. Pro209Gln mutation in the BAG3 gene, which was associated with onset in adulthood, a mild phenotype and an axonal sensorimotor polyneuropathy, in the absence of giant axons at the nerve biopsy. We revealed several novel clinical phenotypes and unusual multisystemic presentations with previously described mutations: hearing impairment with a FLNC mutation, dysphonia with a mutation in DES and the first patient with a FLNC mutation presenting respiratory insufficiency as the initial symptom. Moreover, we described for the first time respiratory insufficiency occurring in a patient with the p. Gly154Ser mutation in CRYAB. Interestingly, we detected a polyneuropathy in 28% of the MFM patients, including a BAG3 and a MYOT case, and hearing impairment in 13%, including one patient with a FLNC mutation and two with mutations in the DES gene. In four index patients with a mutation in one of the MFM genes, typical histological findings were only identified at the ultrastructural level (29%).
Conclusions: We conclude that extraskeletal symptoms frequently occur in MFM, particularly cardiac and respiratory involvement, polyneuropathy and/or deafness. BAG3 mutations should be considered even in cases with a mild phenotype or an adult onset. We identified a genetic defect in one of the known genes in less than half of the MFM patients, indicating that more causative genes are still to be found. Next generation sequencing techniques should be helpful in achieving this aim.
Muskeldystrophie Duchenne (DMD) (Xp21.2) und gehört mit 1:3500 männlichen Geburten zu den häufigsten genetisch-determinierten Erkrankungen. DMD ist bis heute nicht heilbar. Die genetische Beratung ist Teil der Betreuung dieser Patienten und bezieht auch die heterozygotenwahrscheinlichkeit weiblicher Angehöriger
mit ein. Für die Risikoberechnung zum Überträgerstatus weiblicher Angehöriger von DMD-Patienten sind neben Stammbauminformationen und Enzymwerten Verhältnisse der Mutationsraten ( k -Werte) essentiell, welche die
unterschiedliche Entstehungswahrscheinlichkeit der einzelnen Mutationstypen (Deletion, Duplikation, Punktmutation) in Spermatogenese oder Oogenese
beschreiben.Die Bestimmung des Verhältnisses k der Mutationsraten zeigte, dass einerseits Deletionen im Dystrophin-Gen viel häufiger großmütterlichen
Ursprungs (k Deletion ≈ 0,26) und andererseits Punktmutationen im Dystrophin-Gen meist großväterlichen Ursprungs (k Punktmutation ≈ 2,8) sind.
Fanconi anemia (FA) is an autosomal recessive or X-chromosomal inherited disorder, which is not only phenotypically but also genotypically very heterogeneous. While its hallmark feature is progressive bone marrow failure, many yet not all patients suffer additionally from typical congenital malformations like radial ray defects and growth retardation. In young adulthood the cumulative risk for developing hematological or other malignancies is compared to the general population several hundred-fold increased. The underlying molecular defect is the deficiency of DNA interstrand crosslink (ICL) repair. ICLs are deleterious lesions, which interfere with crucial cellular processes like transcription and replication and thereby can lead to malignant transformation, premature senescence or cell death. To overcome this threat evolution developed a highly complex network of interacting DNA repair pathways, which is conserved completely only in vertebrates. The so called FA/BRCA DNA damage response pathway is able to recognize ICLs on stalled replication forks and promotes their repair through homologous recombination (HR). Today we know 15 FA genes (FANCA, -B, -C, -D1, -D2, -E, -F, -G, -I, -J, -L, -M, -N, -O and -P) whose products are involved in this pathway. Although more than 80% of FA patients carry biallelic mutations in either FANCA, FANCC or FANCG, there are still some who cannot be assigned to any of the known complementation groups. This work aimed to indentify the di¬sease causing mutations in a cohort of those unassigned patients. Initial screens of the candidate genes FAN1, MHF1 and MHF2 did not reveal any pathogenic alterations. Moreover, FAN1 could be excluded as FA candidate gene because patients carrying a homozygous microdeletion including the FAN1 locus did not show a phenotype comparable to FA patients. In the case of MHF1 and MHF2 the reason for the negative screening result is not clear. Mutation carriers might be rare or, regarding the diverse and also FA pathway independent protein functions, phenotypically not comparable to FA patients. Nevertheless, this study contri¬buted to the identification and characterization of the most recent members of the FA pathway - RAD51C (FANCO), SLX4 (FANCP) and XPF (FANCQ). FANCO is one of the RAD51 paralogs and is involved in crucial steps of HR. But since the only reported FA-O patient has so far not developed any hematological anomalies, FANCO is tentatively designated as gene underlying an FA-like disorder. In contrast, patients carrying biallelic mutations in FANCP do not only show hematological anomalies, but as well congenital malformations typical for FA. The distinct role of FANCP in the FA pathway could not be determined, but it is most likely the coordination of structure-specific nucleases during ICL excision. One of these nucleases is the heterodimer XPF/ERCC1. XPF is probably disease causing in the complementation group FA-Q and is the first FA gene, which was identified by Next Generation Sequencing (NGS). Extraordinarily is that mutations in this gene had previously been reported to cause two other disorders, xeroderma pigmentosum and segmental progeria. Despite some overlaps, it was shown that the divergent phenotypes could clearly be distinguished and are caused by distinct functional defects of XPF. Additionally, this work aimed to improve and accelerate the genotyping process of FA patients in general. Therefore, classical approaches should be complemented or fully replaced by approa¬ches using NGS. Massively parallel sequencing of the whole exome proved to be most appro¬priate and the establishment of an FA-specific analysis pipeline facilitated improved molecular diagnostics by combining complementation group assignment and mutation analysis in one step. Consequently two NGS studies revealed the pathogenic defect in several previously unassigned FA patients and thereby added another patient to one of the most recent subtypes, FA-P. In summary, this work contributed not only to further completion of the FA/BRCA DNA repair network by adding three novel genes, it also showed that classical molecular approaches for re¬search as well as for diagnostics could be replaced by NGS.
The human retina is a multilayered neuroectodermal tissue specialized in the transformation of light energy into electric impulses which can be transmitted to the brain where they are perceived as vision. Since the retina is easily accessible and functional aspects are directly recordable, the study of this tissue has been at the forefront of neuroscience research for over a century. Studies have revealed that the distinct functions of the retina require a large degree of differentiation which is achieved by the coordinated function of approximately 55 different cell types. The highly structured anatomy and the functional differentiation of the retina is a result of its distinctive transcriptome and proteome. Due to the complexity of the retina it has been difficult to estimate the number of genes actively transcribed in this tissue. Great efforts in the elucidation of retinal disease genes have led to the identification of 139 retina disease loci with 90 of the corresponding genes cloned thus far . In contrast to the success in the hereditary disorders, efforts to identify the genetic factors conferring manifestations known as age-related macular degeneration (AMD) have revealed sparse results. AMD is a retinal disease affecting a significant percentage of the older population. This disorder is likely due to exogenic as well as genetic factors. To further our understanding of retinal physiology and facilitate the identification of genes underlying retinal degenerations, particularly AMD, our efforts concentrated on the systematic analysis of the retinal transcriptome. Since approximately half of all retinal degeneration-associated genes identified to date are preferentially expressed in retina, it is plausible that the investigation of gene expression profiles and the identification of retina-expressed transcripts could be an important starting point for characterizing candidate genes for the retinal diseases. The expressed sequence tags approach included the assessment of all retinal expressed sequence tags (EST) clusters indexed in the UniGene database and of 1080 single-pass ESTs derived from an in-house generated human retina suppression subtracted hybridization (SSH) cDNA library. In total, 6603 EST clusters were evaluated during this thesis and detailed in-silico analysis was performed on 750 EST clusters. The expression of the genes was evaluated using reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), followed by confirmation using quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (qRT-PCR), as well as conventional and virtual Northern blot analysis. The expression profiling of 337 selected EST clusters led to the identification of 111 transcripts, of which 60 are specific or abundant to the retina, 3 are expressed at high levels in the retinal pigment epithelium (RPE), and 48 are expressed in brain as well as in retina. The EST approach used to select candidate transcripts allowed us to assess the effectiveness of the two available resources, the UniGene database and the retinal SSH (retSSH) cDNA library. From the results obtained, it is evident that the generation of suppression subtracted libraries to identify cell-specific transcripts constitutes the most straight-forward and efficient strategy. In addition to the high percentage of candidate genes that are identified from an SSH cDNA library, it has the added benefit that genes expressed at low levels can be identified. Furthermore, comparison of our retina-enriched gene set with previously published studies demonstrated only limited overlap of the identified genes further confirming the valuable source of retinal genes from our retinal SSH cDNA library. The effort of our and other groups has resulted in the establishment of the full-length coding sequence of 55 of the 111 genes uniquely or preferentially expressed in the retina. Using various methods such as bioinformatical analysis, EST assembly, cDNA library screening, and rapid amplification of cDNA ends (RACE) a number of genes were cloned in the scope of this thesis including C1orf32, C4orf11, C7orf9, C12orf7, C14orf29, DAPL1, and GRM7. Bioinformatic analyses and cDNA library screening were used to isolate the full-length cDNA sequence and determine the genomic organization of C7orf9, also identified as RFRP. This 1190 bp retina-specific transcript from chromosome 7p15.3 encodes a precursor protein for at least two small neuropeptides, referred to as RFRP-1 and RFRP-3. Since C7orf9 is localized in the critical region for dominant cystoid macular dystrophy (CYMD) its role in the pathology was investigated. Southern blot analysis and sequencing of samples from two affected individuals of the original pedigree used to localize the disease gene excluded the gene from involvement in this disease. Multiple isoforms of the C12orf7 gene were assembled from a number of clones identified from library screenings, PCR amplifications, and RACE experiments. The gene variants, transcribed from chromosome 12q13.13, have been found to be expressed exclusively in retina. Because of the multiple alternative splicing of the gene, we can only speculate about the nature of the protein it encodes. The longest transcript, which includes all six exons plus the last intervening sequence, encodes a 471 aa protein which contains a nuclear localization signal and five ankyrin repeats. The existence of many isoforms is also observed in mouse suggesting that they may have a relevant role in cellular physiology. Five novel splice variants of the glutamate metabotropic receptor 7 (GRM7) resulting from the use of alternative 3’-end exons were identified and characterized. One of the novel variants, GRM7_v3, encodes a 924 aa protein and is therefore the longest putative GRM7 protein reported to date. Even though they are not retina-specific, the isoforms are preferentially expressed in the nervous system. Although the functional properties of the specific carboxyl-termini are still unclear, it is known that axon targeting of GRM7_v1 is mediated by the last 60 aa of the protein. Hence the novel isoforms may direct the protein to specific subcellular localizations. The C1orf32 gene, preferentially expressed in retina, is organized in 10 exons and is transcribed from chromosome 1q24.1. Bioinformatic analyses of the 639 aa putative protein not only identified the mouse and rat orthologous genes but also the LISCH7 gene as a potential member of the same family. Since the LISCH7 protein has been shown to function as a low density lipoprotein receptor, the C1orf32 protein may be involved in retinal lipid homeostasis. Disturbances in lipid metabolism have been proposed as one of the pathways involved in AMD etiology. Thus, the role of C1orf32 in this complex disease should be investigated. Expression analyses of the death-associated protein-like 1 (DAPL1) gene revealed that it is expressed in both the retina and the RPE at high levels. The 552 bp transcript encodes a 107 aa putative protein and is transcribed from chromosome 2q24.1. In-silico analyses identified an additional 12 related proteins from various species which share high similarity constituting a novel protein family. The similarity to the death-associated-protein (DAP) is particularly interesting since this protein has been found to be indispensable for programmed cell death. Therefore, DAPL1 is an excellent candidate for retinal disease as apoptosis is generally the ultimate cause in retinal degeneration. The retina-specific C4orf11 and C14orf29 genes localized on chromosome 4q21.22 and 14q22.1, respectively, are both transcribed in more than one isoform. The encoded proteins do not contain any known domains but because of their retina-specific expression they may be important for proper retinal physiology. As part of the long-term goals of the project, several of the cloned genes are being genotyped to construct single nucleotide polymorphism (SNP) maps. Projects to investigate haplotype frequencies of candidate genes in large cohorts of controls and AMD patients are ongoing. Thus, by establishing a collection of 111 genes expressed exclusively or preferentially in the retina, the present work has laid the foundation for future research in retinal diseases.
Background: We report on a patient with genetically confirmed overlapping diagnoses of CMT1A and FSHD. This case adds to the increasing number of unique patients presenting with atypical phenotypes, particularly in FSHD. Even if a mutation in one disease gene has been found, further genetic testing might be warranted in cases with unusual clinical presentation.
Case presentation: The reported 53 years old male patient suffered from walking difficulties and foot deformities first noticed at age 20. Later on, he developed scapuloperoneal and truncal muscle weakness, along with atrophy of the intrinsic hand and foot muscles, pes cavus, claw toes and a distal symmetric hypoesthesia. Motor nerve conduction velocities were reduced to 20 m/s in the upper extremities, and not educible in the lower extremities, sensory nerve conduction velocities were not attainable. Electromyography showed both, myopathic and neurogenic changes. A muscle biopsy taken from the tibialis anterior muscle showed a mild myopathy with some neurogenic findings and hypertrophic type 1 fibers. Whole-body muscle MRI revealed severe changes in the lower leg muscles, tibialis anterior and gastrocnemius muscles were highly replaced by fatty tissue. Additionally, fatty degeneration of shoulder girdle and straight back muscles, and atrophy of dorsal upper leg muscles were seen. Taken together, the presenting features suggested both, a neuropathy and a myopathy. Patient's family history suggested an autosomal dominant inheritance. Molecular testing revealed both, a hereditary motor and sensory neuropathy type 1A (HMSN1A, also called Charcot-Marie-Tooth neuropathy 1A, CMT1A) due to a PMP22 gene duplication and facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD) due to a partial deletion of the D4Z4 locus (19 kb).
Conclusion: Molecular testing in hereditary neuromuscular disorders has led to the identification of an increasing number of atypical phenotypes. Nevertheless, finding the right diagnosis is crucial for the patient in order to obtain adequate medical care and appropriate genetic counseling, especially in the background of arising curative therapies.
Prenatal stress-induced programming of genome-wide promoter DNA methylation in 5-HTT-deficient mice
(2014)
The serotonin transporter gene (5-HTT/SLC6A4)-linked polymorphic region has been suggested to have a modulatory role in mediating effects of early-life stress exposure on psychopathology rendering carriers of the low-expression short (s)-variant more vulnerable to environmental adversity in later life. The underlying molecular mechanisms of this gene-by-environment interaction are not well understood, but epigenetic regulation including differential DNA methylation has been postulated to have a critical role. Recently, we used a maternal restraint stress paradigm of prenatal stress (PS) in 5-HTT-deficient mice and showed that the effects on behavior and gene expression were particularly marked in the hippocampus of female 5-Htt+/- offspring. Here, we examined to which extent these effects are mediated by differential methylation of DNA. For this purpose, we performed a genome-wide hippocampal DNA methylation screening using methylated-DNA immunoprecipitation (MeDIP) on Affymetrix GeneChip Mouse Promoter 1.0 R arrays. Using hippocampal DNA from the same mice as assessed before enabled us to correlate gene-specific DNA methylation, mRNA expression and behavior. We found that 5-Htt genotype, PS and their interaction differentially affected the DNA methylation signature of numerous genes, a subset of which showed overlap with the expression profiles of the corresponding transcripts. For example, a differentially methylated region in the gene encoding myelin basic protein (Mbp) was associated with its expression in a 5-Htt-, PS- and 5-Htt × PS-dependent manner. Subsequent fine-mapping of this Mbp locus linked the methylation status of two specific CpG sites to Mbp expression and anxiety-related behavior. In conclusion, hippocampal DNA methylation patterns and expression profiles of female prenatally stressed 5-Htt+/- mice suggest that distinct molecular mechanisms, some of which are promoter methylation-dependent, contribute to the behavioral effects of the 5-Htt genotype, PS exposure and their interaction.
Untersuchungen zur Informationsweitergabe in Familien mit erblichem Brust- und Eierstockkrebs
(2021)
Für die hier beschriebene Studie wurde ein Fragebogen erstellt, welcher von 80 Trägerinnen und Trägern einer pathogenen Mutation in den Genen BRCA1 oder BRCA2 ausgefüllt wurde. Die Befragung sollte untersuchen, ob den Befragten das Risiko ihrer Verwandten, ebenso Mutationsträger zu sein, bewusst war. Weiterhin sollte ermittelt werden, ob sie die jeweiligen Risikopersonen darüber informierten. Es zeigte sich, dass den meisten Befragten dieses Risiko bekannt war. Einigen Personen schienen jedoch nicht genau zu wissen, welche Verwandten als „Risikopersonen“ zählen. Insbesondere war nicht allen Befragten die Möglichkeit bewusst, dass auch Männer die Mutation tragen und an ihre Kinder weitergeben sowie selbst an Brustkrebs erkranken können. Weiterhin gaben mehr als ein Viertel der Befragten an, dass sie mindestens ein Familienmitglied, obwohl es ihnen als Risikoperson bekannt war, nicht informierten. Als häufigste Grund hierfür wurde mangelnder Kontakt genannt. Vor dem Hintergrund der Angaben der Befragten sowie der aktuellen Forschungslage werden in der vorliegenden Arbeit Möglichkeiten diskutiert, wie die Anzahl der informierten Angehörigen verbessert werden könnte.
Plasma- und Serumproben waren in früheren epidemiologischen Studien häufig das einzige biologische Material, das gesammelt und untersucht wurde. Diese Studien besitzen gerade durch ihren sehr langen Untersuchungszeitraum einen riesigen Informationsgehalt und wären ein unbezahlbarer Schatz für genetische Analysen. Oft ist aufgrund damals mangelnder Akquirierung jedoch keine genomische DNA verfügbar. Um die in Plasmaproben in geringer Menge vorkommende DNA verwenden zu können, extrahierten wir die DNA mit Hilfe von magnetischen Partikeln und setzten sie in eine Whole Genome Amplification (WGA) mittels Φ29-DNA-Polymerase ein. Wir stellten 88 Probenpärchen, bestehend aus einer WGA-Plasma-DNA und der korrespondierenden Vollblut-DNA derselben Person, zusammen und genotypisierten bei diesen neun hochpolymorphe Short Tandem Repeats (STR) und 25 SNPs. Die durchschnittliche innerhalb der Probenpaare auftretende Diskordanzrate betrug 3,8% für SNPs sowie 15,9% für STRs. Basierend auf den Ergebnissen der Hälfte der Probenpaare entwickelten wir einen Ausschlussalgorithmus und validierten diesen in der anderen Hälfte der Probenpaare. Mit diesem ist es möglich, zum Einen diejenigen Proben mit einer guten DNA-Qualität herauszufiltern, um Genotypisierungsfehler zu vermeiden, und zum Anderen jene Proben mit insuffizienter DNA-Qualität auszuschließen. Nachdem Proben, die fünf oder mehr homozygote Loci in dem 9-STR-Markerset aufwiesen, ausgeschlossen wurden, resultierte dies in einer Ausschlussrate von 22,7% und senkte die durchschnittliche Diskordanzrate auf 3,92% für STRs bzw. 0,63% für SNPs. Bei SNPs entspricht dieser Wert ungefähr der Fehlerquote, wie er auch bei Genotypisierungen mit Vollblut-DNA in vielen Laboratorien auftritt. Unsere Methode und das Ausschlusskriterium bieten damit neue Möglichkeiten, um zuverlässige DNA aus archivierten Plasmaproben wiederzugewinnen. Dieser Algorithmus ist auch besser geeignet, als nur die eingesetzte DNA-Menge in die WGA-Reaktion als Kriterium zu benützen.
DNA methylation is an epigenetic modification that plays an important role in gene regulation. It can be influenced by stochastic events, environmental factors and developmental programs. However, little is known about the natural variation of genespecific methylation patterns. In this study, we performed quantitative methylation analyses of six differentially methylated imprinted genes (H19, MEG3, LIT1, NESP55, PEG3 and SNRPN), one hypermethylated pluripotency gene (OCT4) and one hypomethylated tumor suppressor gene (APC) in chorionic villus, fetal and adult cortex, and adult blood samples. Both average methylation level and range of methylation variation depended on the gene locus, tissue type and/or developmental stage. We found considerable variability of functionally important methylation patterns among unrelated healthy individuals and a trend toward more similar methylation levels in monozygotic twins than in dizygotic twins. Imprinted genes showed relatively little methylation changes associated with aging in individuals who are >25 years. The relative differences in methylation among neighboring CpGs in the generally hypomethylated APC promoter may not only reflect stochastic fluctuations but also depend on the tissue type. Our results are consistent with the view that most methylation variation may arise after fertilization, leading to epigenetic mosaicism.
The epigenome is thought to mediate between genes and the environment, particularly in response to adverse life experiences. Similar to other psychiatric diseases, the suicide liability of an individual appears to be influenced by many genetic factors of small effect size as well as by environmental stressors. To identify epigenetic marks associated with suicide, which is considered the endpoint of complex gene-environment interactions, we compared the cortex DNA methylation patterns of 6 suicide completers versus 6 non-psychiatric sudden-death controls, using Illumina 450K methylation arrays. Consistent with a multifactorial disease model, we found DNA methylation changes in a large number of genes, but no changes with large effects reaching genome-wide significance. Global methylation of all analyzed CpG sites was significantly (0.25 percentage point) lower in suicide than in control brains, whereas the vast majority (97%) of the top 1,000 differentially methylated regions (DMRs) were higher methylated (0.6 percentage point) in suicide brains. Annotation analysis of the top 1,000 DMRs revealed an enrichment of differentially methylated promoters in functional categories associated with transcription and expression in the brain. In addition, we performed a comprehensive literature research to identify suicide genes that have been replicated in independent genetic association, brain methylation and/or expression studies. Although, in general, there was no significant overlap between different published data sets or between our top 1,000 DMRs and published data sets, our methylation screen strengthens a number of candidate genes (APLP2, BDNF, HTR1A, NUAK1, PHACTR3, MSMP, SLC6A4, SYN2, and SYNE2) and supports a role for epigenetics in the pathophysiology of suicide.
Normal human brain development is dependent on highly dynamic epigenetic processes for spatial and temporal gene regulation. Recent work identified wide-spread changes in DNA methylation during fetal brain development. We profiled CpG methylation in frontal cortex of 27 fetuses from gestational weeks 12-42, using Illumina 450K methylation arrays. Sites showing genome-wide significant correlation with gestational age were compared to a publicly available data set from gestational weeks 3-26. Altogether, we identified 2016 matching developmentally regulated differentially methylated positions (m-dDMPs): 1767 m-dDMPs were hypermethylated and 1149 hypomethylated during fetal development. M-dDMPs are underrepresented in CpG islands and gene promoters, and enriched in gene bodies. They appear to cluster in certain chromosome regions. M-dDMPs are significantly enriched in autism-associated genes and CpGs. Our results promote the idea that reduced methylation dynamics during fetal brain development may predispose to autism. In addition, m-dDMPs are enriched in genes with human-specific brain expression patterns and/or histone modifications. Collectively, we defined a subset of dDMPs exhibiting constant methylation changes from early to late pregnancy. The same epigenetic mechanisms involving methylation changes in cis-regulatory regions may have been adopted for human brain evolution and ontogeny.
Ungefähr 1 -3 Lebendgeborene von 1000 sind von einer Hörstörung betroffen, wovon etwa 60% der Fälle genetisch bedingt sind und in der Mehrzahl einem autosomal rezessiven Erbgang unterliegen. Die Ursachen dieser, zumeist das Innenohr betreffenden, Schallempfindungsstörungen sind äußerst heterogen. Rund 50 Gene konnten bisher mit angeborener, nicht-syndromaler Schallempfindungsschwerhörigkeit in kausalen Zusammenhang gebracht werden, mit GJB2 als dem bislang bedeutendsten, das für bis zu 50% aller Fälle verantwortlich ist. Die Identifizierung weiterer Hörstörungsgene und deren Charakterisierung war Gegenstand dieser Arbeit. Dafür wurden Positionsklonierungsverfahren einerseits und Patienten-screenings andererseits, angewandt. Wir fanden eine homozygote, reziproke Translokation 46,XY,t(10;11),t(10;11) bei einem Patienten mit kongenitaler Schallempfindungsschwerhörigkeit. Beide Eltern und vier weitere Geschwister waren heterozygote Träger der Translokation. Nach der Einengung der Bruchpunktregionen durch Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) von spezifischen BAC-Klonen, konnte der exakte Bruchpunkt mittels Vektor-Ligation der Fusionsfragmente und anschließender Sequenzierung bestimmt werden. PDZD7 ist ein PDZ-Domänen-kodierendes Gen auf Chromosom 10, das durch die Translokation beim Patienten zerrissen ist. PDZD7 ist ein Paralog zu den PDZDomänen enthaltenden Genen Harmonin und Whirlin. Mutationen in beiden Genen können kongenitale nicht-syndromale Taubheit und das Usher-Syndrom verursachen, eine Erkrankung mit Taub- und Blindheit. Funktionelle Protein-Protein Interaktionsstudien und Genexpressionsmessungen konnten zeigen, dass PDZD7 mit den beiden Usher-Proteinen interagiert und im menschlichen Innenohr exprimiert wird. Diese Daten unterstützen eine starke Evidenz für PDZD7 als syndromales und nicht-syndromales Hörstörungsgen. Weiterhin wurden durch Screenings eines Hörstörungspatientenkollektives (n=534) genetische und epigentische, möglicherweise pathogene Mechanismen charakterisiert. Diese Screenings wurden für PDZD7, CX30, CX30.3, CX43 (Exomsequenzierung); OTOF, KCNE1 (SNP-Typisierung); del(chr13:19,837,344- 19,968,698) (Deletionsscreening) und GJB2 (Promotermethylierung) durchgeführt.
Sites and amounts of 5-methylcytosine (5-MeC)-rich chromosome regions were detected in the karyotypes of 9 Brazilian species of Characiformes fishes by indirect immunofluorescence using a monoclonal anti-5-MeC antibody. These species, belonging to the genera Leporinus, Triportheus and Hoplias, are characterized by highly differentiated and heteromorphic ZW and XY sex chromosomes. In all species, the hypermethylated regions are confined to constitutive heterochromatin. The number and chromosome locations of hypermethylated heterochromatic regions in the karyotypes are constant and species-specific. Generally, heterochromatic regions that are darkly stained by the C-banding technique are distinctly hypermethylated, but several of the brightly fluorescing hypermethylated regions merely exhibit moderate or faint C-banding. The ZW and XY sex chromosomes of all 9 analyzed species also show species-specific heterochromatin hypermethylation patterns. The analysis of 5-MeC-rich chromosome regions contributes valuable data for comparative cytogenetics of closely related species and highlights the dynamic process of differentiation operating in the repetitive DNA fraction of sex chromosomes.