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The genomes of both human cytomegalovirus (HCMV) and murine cytomegalovirus (MCMV) were first sequenced over 20 years ago. Similar to HCMV, the MCMV genome had initially been proposed to harbor ≈170 open reading frames (ORFs). More recently, omics approaches revealed HCMV gene expression to be substantially more complex comprising several hundred viral ORFs. Here, we provide a state-of-the art reannotation of lytic MCMV gene expression based on integrative analysis of a large set of omics data. Our data reveal 365 viral transcription start sites (TiSS) that give rise to 380 and 454 viral transcripts and ORFs, respectively. The latter include 200 small ORFs, some of which represented the most highly expressed viral gene products. By combining TiSS profiling with metabolic RNA labelling and chemical nucleotide conversion sequencing (dSLAM-seq), we provide a detailed picture of the expression kinetics of viral transcription. This not only resulted in the identification of a novel MCMV immediate early transcript encoding the m166.5 ORF, which we termed ie4, but also revealed a group of well-expressed viral transcripts that are induced later than canonical true late genes and contain an initiator element (Inr) but no TATA- or TATT-box in their core promoters. We show that viral upstream ORFs (uORFs) tune gene expression of longer viral ORFs expressed in cis at translational level. Finally, we identify a truncated isoform of the viral NK-cell immune evasin m145 arising from a viral TiSS downstream of the canonical m145 mRNA. Despite being ≈5-fold more abundantly expressed than the canonical m145 protein it was not required for downregulating the NK cell ligand, MULT-I. In summary, our work will pave the way for future mechanistic studies on previously unknown cytomegalovirus gene products in an important virus animal model.
ITN—VIROINF: Understanding (harmful) virus-host interactions by linking virology and bioinformatics
(2021)
Many recent studies highlight the fundamental importance of viruses. Besides their important role as human and animal pathogens, their beneficial, commensal or harmful functions are poorly understood. By developing and applying tailored bioinformatical tools in important virological models, the Marie Skłodowska-Curie Initiative International Training Network VIROINF will provide a better understanding of viruses and the interaction with their hosts. This will open the door to validate methods of improving viral growth, morphogenesis and development, as well as to control strategies against unwanted microorganisms. The key feature of VIROINF is its interdisciplinary nature, which brings together virologists and bioinformaticians to achieve common goals.
Die Morphogenese von Viruspartikeln und deren Freisetzung aus infizierten Zellen sind späte Schritte im viralen Lebenszyklus. Matrix-Proteine (M) negativsträngiger RNA-Viren und Retroviren, bei denen es sich um periphere Membran-assoziierte Proteine handelt, spielen für diese Prozesse eine besonders wichtige Rolle. Im Verlauf der Masernvirus (MV)-Infektion interagiert das M-Protein mit dem viralen Nukleoproteinkomplex im Innern der Viruspartikel einerseits und mit den viralen Glykoproteinen auf der Oberfläche andererseits. Die Bedeutung des MV M-Proteins für die Partikelproduktion und sein intrazellulärer Transport wurden bislang wenig untersucht. In dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass das MV M-Protein in höhermolekularen Komplexe oligomerisiert und transient mono-ubiquitiniert vorliegt. Beide biochemischen Eigenschaften des M-Proteins sind wahrscheinlich für die Partikelentstehung von Bedeutung, wie durch Studien an M-Protein-Orthologen anderer Viren bereits belegt wurde. Das MV M-Protein assoziierte mit Membranen und speziellen Membranmikrodomänen, sogenannten Detergenz-resistenten Membranfraktionen (DRMs), und vermittelte nach transienter Expression in Fibroblasten die Produktion Virus-ähnlicher Partikel (virus-like particles, VLPs). Es ist beschrieben, dass umhüllte Viren präferenziell aus DRMs freigesetzt werden. Die Koexpression des MV-Glykoproteins F erhöhte den Anteil mit DRM-assoziierten M-Proteins um ein Vierfaches, steigerte jedoch, wie auch das H-Protein, die Effizienz der VLP-Freisetzung nicht. Überraschenderweise waren beide jedoch selbst in der Lage VLPs zu induzieren. Die Effizienz der VLP-Produktion war gering und entsprach der der Viruspartikelfreisetzung. Dendritische Zellen (DCs) sind für MV semipermissiv. Obwohl alle viralen Proteine synthetisiert werden, wird kein infektiöses Virus freigesetzt. In dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass die intrazelluläre Lokalisation der M-, H- und N-Proteine dramatisch von der in der produktiv infizierbaren Fibroblastenzelllinie HeLa abweicht. Während in infizierten HeLa-Zellen das M-Protein mit Lamp-1-positiven späten Endosomen kolokalisierte, akkumulierten in DCs alle untersuchten viralen Proteine in einem spät endosomalen Kompartiment, das das Tetraspanin CD81, aber nicht Lamp-1, enthielt und möglicherweise an der MHC-Klasse-II-abhängigen Antigenpräsentation beteiligt ist.