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Background: The weight that gene copy number plays in transcription remains controversial; although in specific cases gene expression correlates with copy number, the relationship cannot be inferred at the global level. We hypothesized that genes steadily expressed by 15 melanoma cell lines (CMs) and their parental tissues (TMs) should be critical for oncogenesis and their expression most frequently influenced by their respective copy number.
Results: Functional interpretation of 3,030 transcripts concordantly expressed (Pearson's correlation coefficient p-value < 0.05) by CMs and TMs confirmed an enrichment of functions crucial to oncogenesis. Among them, 968 were expressed according to the transcriptional efficiency predicted by copy number analysis (Pearson's correlation coefficient p-value < 0.05). We named these genes, "genomic delegates" as they represent at the transcriptional level the genetic footprint of individual cancers. We then tested whether the genes could categorize 112 melanoma metastases. Two divergent phenotypes were observed: one with prevalent expression of cancer testis antigens, enhanced cyclin activity, WNT signaling, and a Th17 immune phenotype (Class A). This phenotype expressed, therefore, transcripts previously associated to more aggressive cancer. The second class (B) prevalently expressed genes associated with melanoma signaling including MITF, melanoma differentiation antigens, and displayed a Th1 immune phenotype associated with better prognosis and likelihood to respond to immunotherapy. An intermediate third class (C) was further identified. The three phenotypes were confirmed by unsupervised principal component analysis.
Conclusions: This study suggests that clinically relevant phenotypes of melanoma can be retraced to stable oncogenic properties of cancer cells linked to their genetic back bone, and offers a roadmap for uncovering novel targets for tailored anti-cancer therapy.
Die Ätiologie und Pathogenese der Polyposis nasi ist trotz intensiver Forschung bis heute in vielen Zügen ungeklärt. Deshalb wurde eine histologische und immunhistochemische Arbeit bezüglich Pathomorphologie sowie Vorkommen, Häufigkeit und Verteilung von immunkompetenten Zellen bei Nasenpolypen mit besonderer Berücksichtigung verschiedener histologischer Subtypen durchgeführt. Dazu wurden Proben von 20 Patienten intraoperativ gewonnen und nach Anfertigung von Gefrierschnitten histologisch mit Hämalaun- Eosin und immunhistochemisch mit 8 spezifischen Antikörpern gefärbt. Die lichtmikroskopische Auswertung erfolgte qualitativ durch histologische Subtypisierung in Anlehnung an KAKOI und HIRAIDE (1987) in ödematöse, glandulär- zystische und fibröse Polypen und indem Epithel, Basalmembran (HE), Aktivierungszustand (ICAM- 1) und Gefäßverteilung (Collagen IV) beurteilt wurden. Es folgte eine semiquantitative Analyse des eosinophilen Infiltrates (HE), der Lymphozyten mit Schwerpunkt auf T- Zellen (LFA- 1, CD4, CD8) und der antigenpräsentierenden Zellen (HLA- DR, CD14, CD1). Die Ergebnisse zeigten überall mehrschichtiges Flimmerepithel ohne Metaplasien und zahlreiche Gefäße, die subepithelial mehr rund, im Stroma mehr sinusoid waren. Die Basalmembran war dünn bis stark verdickt. Die basale Epithelschicht war durchweg aktiviert, ebenso wie periglanduläre Zellen beim glandulär- zystischen Typ. Eosinophile Granulozyten fanden sich lediglich beim ödematösen Typ regelmäßig. Lymphozyten waren zahlenmäßig den Eosinophilen überlegen und es zeigte sich ein Überwiegen der CD8+- Zellen beim glandulär- zystischen und der CD4+- Zellen beim ödematösen und fibrösen Typ. Die Expression von CD1 fand sich lediglich beim glandulär- zystischen Typ, während die beiden anderen CD14- und HLA-DR- Expression zeigten. Es wird die Hypothese aufgestellt, daß es sich bei den Subtypen der Polyposis nasi nicht um vernachlässigbare histologische Varianten, sondern um Stadien der Pathogenese handelt, möglicherweise vom glandulär- zystischen, mit initialem, periglandulärem T8- Killerzellinfiltrat, über den ödematösen, mit eosinophilem Infiltrat und der Entwicklung einer sekundären, APC- vermittelten und auf einer bakteriell/ mykotischen Besiedelung beruhenden T4- Helferzellinfiltration, zum fibrösen Polypen mit Kumulieren der entzündlichen Infiltration und finaler Fibroblasteneinwanderung und Fibrosierung.