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Recent studies have shown aberrant expression of SOX11 in various types of aggressive B-cell neoplasms. To elucidate the molecular mechanisms leading to such deregulation, we performed a comprehensive SOX11 gene expression and epigenetic study in stem cells, normal hematopoietic cells and different lymphoid neoplasms. We observed that SOX11 expression is associated with unmethylated DNA and presence of activating histone marks (H3K9/14Ac and H3K4me3) in embryonic stem cells and some aggressive B-cell neoplasms. In contrast, adult stem cells, normal hematopoietic cells and other lymphoid neoplasms do not express SOX11. Such repression was associated with silencing histone marks H3K9me2 and H3K27me3. The SOX11 promoter of non-malignant cells was consistently unmethylated whereas lymphoid neoplasms with silenced SOX11 tended to acquire DNA hypermethylation. SOX11 silencing in cell lines was reversed by the histone deacetylase inhibitor SAHA but not by the DNA methyltransferase inhibitor AZA. These data indicate that, although DNA hypermethylation of SOX11 is frequent in lymphoid neoplasms, it seems to be functionally inert, as SOX11 is already silenced in the hematopoietic system. In contrast, the pathogenic role of SOX11 is associated with its de novo expression in some aggressive lymphoid malignancies, which is mediated by a shift from inactivating to activating histone modifications.
The actions of adenosine on histamine release of human lung fragments were investigated. Histamine release was stimulated either with the calcium ionophore A 23187 orwith concanavalin A. Adenosine and its analogue 5'-N-ethylcarboxamidoadenosine alone had no significant effect on basal release or on the release elicited by A 23187 or concanavalin A. However, in the presence of the adenosine receptor antagonist 8-[4-[[[[(2-aminoethyl)amino]-carbonyl] methyloxy]-phenyl]-1,3-dipropylaxanthine (XAC), which itself did not affect the release, adenosine increased the stimulated histamine release. On the other hand, in the presence of the nucleoside transport inhibitor S-(p-nitrobenzyl)-6-thioninosine (NBTI), adenosine caused a reduction in stimulated histamine release. NBTI itself caused a stimulation of release. Thus, a stimulatory effect of adenosine was seen in the presence ofXAC, whereas an inhibitory effect was unmasked by NBTI. From these data it is concluded that adenosine exerts two opposing effects on histamine release in the human lung which neutralize each other: it inhibits release via a si te antagonized by XAC, which presumably represents an A2 adenosine receptor, and it stimulates release via a mechanism that is blocked by NBTI, suggesting that adenosine needs to reach the interior of cells to exert this effect. The slight stimulatory effect of NBTI alone demonstrates that trapping intracellularly formed adenosine inside mast cells leads to sufficient concentrations of adenosine to stimulate histamine release. These findings suggest an important bimodal role of adenosine in regulating histamine release in the human lung.
Detailed Analysis of the Human Mitochondrial Contact Site Complex Indicate a Hierarchy of Subunits
(2015)
Mitochondrial inner membrane folds into cristae, which significantly increase its surface and are important for mitochondrial function. The stability of cristae depends on the mitochondrial contact site (MICOS) complex. In human mitochondria, the inner membrane MICOS complex interacts with the outer membrane sorting and assembly machinery (SAM) complex, to form the mitochondrial intermembrane space bridging complex (MIB). We have created knockdown cell lines of most of the MICOS and MIB components and have used them to study the importance of the individual subunits for the cristae formation and complex stability. We show that the most important subunits of the MIB complex in human mitochondria are Mic60/Mitofilin, Mic19/CHCHD3 and an outer membrane component Sam50. We provide additional proof that ApoO indeed is a subunit of the MICOS and MIB complexes and propose the name Mic23 for this protein. According to our results, Mic25/CHCHD6, Mic27/ApoOL and Mic23/ApoO appear to be periphery subunits of the MICOS complex, because their depletion does not affect cristae morphology or stability of other components.
Messungen mit Magnetresonanztomographen sind seit jeher mit hohen Lautstärken verbunden. Deshalb wird das Gerät im Volksmund auch als „laute Röhre“ bezeichnet. Bisher wurde das Problem mit Kopfhörern, Ohrenstöpseln und akustischer Dämmung des MRT-Scanners angegangen. Auch in der Fachliteratur wird das Problem als gegeben angesehen und es werden kaum wissenschaftliche Lösungsansätze zur Lautstärkereduktion beschrieben.
Das Ziel der vorliegenden Arbeit war es, Bildgebungs-Sequenzen für schwer‑optimierbare Bildkontraste und sogenannte Standard-Kontraste aus dem klinischen Umfeld hinsichtlich der Lautstärke zu optimieren. Viele dieser Kontraste können bereits mit einfachen Algorithmen wie dem Gradientenglättungsalgorithmus erfolgreich in Hinblick auf die Lautstärke optimiert werden. Allerdings existieren auch Sequenzen beziehungsweise Kontraste, die aufgrund ihrer Eigenschaften nicht von einem solchen Algorithmus profitieren können. Die Optimierungen und Änderungen sollten software-seitig erfolgen, das heißt durch Änderung der Gradientenformen und Datenakquisition.
In der Arbeit wurden die grundlegenden Zusammenhänge zwischen den verwendeten Geräteparametern und der Lautstärke untersucht und zudem die physikalischen Ursachen der Lautstärkeentwicklung hergeleitet. Diese konnten anhand der Lorentz-Kräfte quantitativ beschrieben werden. Somit konnten die Hauptursachen der Lautstärkeentwicklung identifiziert werden. Diese sind abhängig von der Gradienten-Steig-Rate, aber auch von der Amplitude der Gradienten. Es konnte gezeigt werden, dass eine Minimierung dieser Gradientenparameter zu einer geringeren Lautstärkeentwicklung führt. Allerdings führt diese Minimierung in den meisten Fällen auch zu einer systematischen Verlangsamung des Sequenzablaufs, was das Erreichen bestimmter Echozeiten und Bildkontraste unmöglich macht.
Zu den problematischen Kontrasten bezüglich der Lautstärkereduktion zählten der T1- und PD‑Kontrast einer Turbo-Spin-Echo-Sequenz. Durch die Kombination von mehreren Maßnahmen, wie der Adaption der k-Raum-Akquisition, der HF-Pulse-Parameter und den Gradientenformen, war es möglich, die Lautstärke in Beispielmessungen um bis zu 16,8 dB(A) zu reduzieren. Wie bei der kürzlich veröffentlichten Methode zur Reduktion für die T2‑gewichteten Kontraste, wurde dies zulasten einer Messzeitverlängerung von bis zu 50% erreicht. Die Endlautstärke betrug dabei circa 81 dB(A). Mit der Lautstärkeoptimierung der klinisch bedeutsamen T1- und PD‑Kontraste wurde die Palette an leisen, mit der Turbo-Spin-Echo‑Sequenz erzielbaren, Standard-Kontrasten (T1, T2 und PD) nun vervollständigt.
In einem anderen Ansatz wurde die Anwendbarkeit des CAT-Konzepts auf die Lautstärkereduktion untersucht. Beim CAT-Konzept wird die Messung in Einzelmessungen mit verschiedenen Parametern unterteilt. Bisher wurde dieser Ansatz zur SAR-Reduktion verwendet. Das Zentrum des k-Raums wird mit einer SAR-intensiven, kontrastgebenden Messung aufgenommen. Der verbleibende Teil des k-Raums wird mit einer SAR-reduzierten, bildstrukturrelevanten Messung aufgenommen. In dieser Arbeit wurde die Übertragung des CAT-Konzepts auf die Lautstärkereduktion untersucht. Anstelle von SAR-intensiven und SAR‑reduzierten Messungen, wurde hier die Unterteilung in „laute“ und „leise“ Messungen untersucht. Dabei wurden Überlegungen angestellt, die es für eine Vielzahl an Messungen ermöglichen, einen großen Teil der Messung leise zu gestalten ohne die Bildqualität oder den Bildkontrast zu verändern. In einem weiteren Schritt wurden Überlegungen für die Lautstärkereduktion der lauten Messungen vorgestellt. Anschließend wurden für eine GRE- und TSE-Sequenz Optimierungsschritte evaluiert und die Lautstärke gemessen.
Der hinsichtlich der Lautstärkeoptimierung herausforderndste Bildkontrast ist die diffusionsgewichtete Bildgebung. Diese besitzt eine Diffusions-Präparation zur Sichtbarmachung der Diffusivität, bei der die maximal mögliche Gradienten-Amplitude verwendet wird. Ebenso werden nach der Präparation die Daten mit einem EPI‑Akquisitionsmodul mit Blip-Gradienten akquiriert, das mit einem charakteristischem „Pfeifton“ einhergeht. Zum einen wurden die Gradientenformen konsequent angepasst. Zum anderen wurde eine Segmentierung der k-Raum-Akquisition in Auslese-Richtung verwendet, um die Gradienten‑Steig-Raten zu reduzieren. Auch hier konnte eine deutliche Lautstärkereduktion von bis zu 20,0 dB(A) erzielt werden. Dies wurde zulasten einer Messzeitverlängerung von 27% ‑ 34% im Vergleich zur Standard-Sequenz erreicht. Durch eine weitere Messzeitverlängerung um bis zu 23% kann die Lautstärke um weitere 0,9 dB(A) reduziert werden. Dabei hängt die genaue Messzeitverlängerung vom verwendeten GRAPPA-Faktor und der Anzahl der Auslese-Segmente ab. Die entstandene Sequenz wurde in mehreren Kliniken erfolgreich erprobt.
Bisher mussten bei MRT-Messungen stets Kompromisse zwischen „hoher Auflösung“, „hohem SNR“ und „geringer Messzeit“ getroffen werden. Als Anschauung dafür wurde das „Bermuda‑Dreieck der MRT“ eingeführt. Da alle drei Größen sich gegenseitig ausschließen, muss stets ein Mittelweg gefunden werden. Einige der in dieser Arbeit erzielten Erfolge bei der Lautstärkereduktion wurden auf Kosten einer verlängerten Messzeit erreicht. Daher ist es naheliegend, das „Bermuda-Dreieck der MRT“ um die Dimension der „geringen Lautstärke“ zu einer „Bermuda-Pyramide der MRT“ zu erweitern. Damit muss die Lautstärkeentwicklung in die Mittelweg‑Findung miteinbezogen werden.
Die in dieser Arbeit erzielten Lautstärken liegen in der Größenordnung zwischen 80 ‑ 85 dB(A). Somit können Messungen bei Verwendung von Gehörschutz angenehm für den Patienten durchgeführt werden. Durch neue Techniken der Zukunft wird es wahrscheinlich sein, höhere Auflösungen, höheres SNR oder kürzere Aufnahmedauern zu erzielen, beziehungsweise stattdessen diese in eine geringe Lautstärke „umzuwandeln“.
Ebenso werden möglicherweise auf der hardware-technischen Seite Fortschritte erzielt werden, so dass in neueren MRT-Scannergenerationen mehr Wert auf die Lärmdämmung gelegt wird und somit der softwarebasierten Lautstärkereduktion einen Schritt entgegen gekommen wird. Damit könnten zukünftige Patienten-Messungen gänzlich ohne störenden Gehörschutz durchgeführt werden.
Rare variants in at least 10 genes, including BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, and CHEK2, are associated with increased risk of breast cancer; however, these variants, in combination with common variants identified through genome-wide association studies, explain only a fraction of the familial aggregation of the disease. To identify further susceptibility genes, we performed a two-stage whole-exome sequencing study. In the discovery stage, samples from 1528 breast cancer cases enriched for breast cancer susceptibility and 3733 geographically matched unaffected controls were sequenced. Using five different filtering and gene prioritization strategies, 198 genes were selected for further validation. These genes, and a panel of 32 known or suspected breast cancer susceptibility genes, were assessed in a validation set of 6211 cases and 6019 controls for their association with risk of breast cancer overall, and by estrogen receptor (ER) disease subtypes, using gene burden tests applied to loss-of-function and rare missense variants. Twenty genes showed nominal evidence of association (p-value < 0.05) with either overall or subtype-specific breast cancer. Our study had the statistical power to detect susceptibility genes with effect sizes similar to ATM, CHEK2, and PALB2, however, it was underpowered to identify genes in which susceptibility variants are rarer or confer smaller effect sizes. Larger sample sizes would be required in order to identify such genes.
Background
Germinal center-derived B cell lymphomas are tumors of the lymphoid tissues representing one of the most heterogeneous malignancies. Here we characterize the variety of transcriptomic phenotypes of this disease based on 873 biopsy specimens collected in the German Cancer Aid MMML (Molecular Mechanisms in Malignant Lymphoma) consortium. They include diffuse large B cell lymphoma (DLBCL), follicular lymphoma (FL), Burkitt’s lymphoma, mixed FL/DLBCL lymphomas, primary mediastinal large B cell lymphoma, multiple myeloma, IRF4-rearranged large cell lymphoma, MYC-negative Burkitt-like lymphoma with chr. 11q aberration and mantle cell lymphoma.
Methods
We apply self-organizing map (SOM) machine learning to microarray-derived expression data to generate a holistic view on the transcriptome landscape of lymphomas, to describe the multidimensional nature of gene regulation and to pursue a modular view on co-expression. Expression data were complemented by pathological, genetic and clinical characteristics.
Results
We present a transcriptome map of B cell lymphomas that allows visual comparison between the SOM portraits of different lymphoma strata and individual cases. It decomposes into one dozen modules of co-expressed genes related to different functional categories, to genetic defects and to the pathogenesis of lymphomas. On a molecular level, this disease rather forms a continuum of expression states than clearly separated phenotypes. We introduced the concept of combinatorial pattern types (PATs) that stratifies the lymphomas into nine PAT groups and, on a coarser level, into five prominent cancer hallmark types with proliferation, inflammation and stroma signatures. Inflammation signatures in combination with healthy B cell and tonsil characteristics associate with better overall survival rates, while proliferation in combination with inflammation and plasma cell characteristics worsens it. A phenotypic similarity tree is presented that reveals possible progression paths along the transcriptional dimensions. Our analysis provided a novel look on the transition range between FL and DLBCL, on DLBCL with poor prognosis showing expression patterns resembling that of Burkitt’s lymphoma and particularly on ‘double-hit’ MYC and BCL2 transformed lymphomas.
Conclusions
The transcriptome map provides a tool that aggregates, refines and visualizes the data collected in the MMML study and interprets them in the light of previous knowledge to provide orientation and support in current and future studies on lymphomas and on other cancer entities.
Nodular lymphocyte predominant Hodgkin lymphoma (NLPHL) can present with different histopathological growth patterns. The impact of these histopathological growth patterns on relapse characteristics is unknown. We therefore analyzed paired biopsies obtained at initial diagnosis and relapse from 33 NLPHL patients who had received first‐line treatment within German Hodgkin Study Group (GHSG) trial protocols, and from a second cohort of 41 relapsed NLPHL patients who had been treated outside GHSG studies. Among the 33 GHSG patients, 21 patients presented with a typical growth pattern at initial diagnosis, whereas 12 patients had a variant histology. The histopathological growth patterns at initial diagnosis and at relapse were consistent in 67% of cases. A variant histology at initial diagnosis was associated with a shorter median time to lymphoma recurrence (2.8 vs 5.2 years; P = .0219). A similar tendency towards a shorter median time to lymphoma recurrence was observed for patients presenting with a variant histology at relapse, irrespective of the growth pattern at initial diagnosis. Results obtained from the 41 NLPHL patients who had been treated outside GHSG studies were comparable (median time to lymphoma recurrence for variant histology vs typical growth pattern at initial diagnosis: 1.5 vs 7.0 years). In conclusion, the histopathological growth pattern remains consistent at relapse in the majority of NLPHL cases, and has major impact on the time of relapse.